Hva er bioinformatikk? Introduksjon til bioinformatikk. Summary. Menneskets genom. Prokaryoter og eukaryoter. Lars O. Baumbusch
|
|
|
- Lena Knutsen
- 7 år siden
- Visninger:
Transkript
1 Introduksjon til bioinformatikk Summary Hva er bioinformatikk? Bruk av informatikk og statistikk til å trekke biologisk forståelse ut av molekylære data fra levende organismer Lars O. Baumbusch Senter for Bioinformatikk, IFI, UiO Rikshospitalet - Radiumhospitalet Medical Center Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Bioinformatics is generally defined as the analysis, prediction, and modeling of biological data with the help of informatics Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Prokaryoter og eukaryoter Menneskets genom Prokaryoter Eukaryoter Genomet Enkel celle Ingen nukleus En eller flere celler Nukleus Kjernegenom bp ~ gener Mitokondrisk genom bp 37 gener Ingen organeller Ett sirkulært kromosom Enkel intern organisering Ingen mrna post transkriptsjonal modifikasjon Organeller To eller flere kromosomer Exons/Intron splicing 25% 75% Gen-relatert Ikke gen-relatert >10% <90% Kodende DNA Ikkekodende DNA Repetitiv DNA Annet Pseudogener Genfragmenter Introner m.m. Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst
2 Kromosomene dobbelheliks kromatin nukleosom Byggestenene i DNA er fire nukleotider Byggestenene i DNA er de fire nukleotidene 2'-deoxyadenosin 5'-trifosfat = datp = A 2'-deoxycytidin 5'-trifosfat = dctp = C 2'-deoxyguanosin 5'-trifosfat = dgtp = G 2'-deoxythymidin 5'-trifosfat = dttp = T kromosomer Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Det sentrale dogmet i biologi Fra DNA til protein Det er rekkefølgen av baser i DNA-sekvensen som bestemmer rekkefølgen av aminosyrer i proteinet. Transkripsjon (RNA syntese) og translasjon (protein syntese) fører fra DNA til protein promoter DNA pre-mrna exon intron transkripsjon exon terminator etterprosessering (splicing, capping, polyadenylering) mrna translasjon protein Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst
3 Proteiner er livets byggestener Celle-deling Proteiner er byggestenen i alle levende organismer Proteiner er lange kjeder av aminosyrer (21 ulike) Kveiler seg opp i kompliserte og veldig varierte 3D-strukturer Utfører mange forskjellige oppgaver: enzymer antistoffer transportproteiner (f.eks. hemoglobin) reseptorer visse hormoner (f.eks. insulin) muskler, hud, hår, brusk Hemoglobin 1. Mitotiske celle-deling Normal celledeling Resulterer i diploide datterceller Dattercellene er genetisk like 2. Meiotiske celle-deling (reduktiv deling) Gjelder kun primære eggceller og spermatocyter; gir som resultat gameter (spermceller og eggceller) Resulterer i haploide datterceller Dattercellene er genetisk ulike 2n 2n 2n 2n n n n n Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Mendels prinsipper Gener forekommer i ulike varianter eller alleler Vi har alle to utgaver av hvert gen. Disse kan være ulike alleler (heterozygot) eller samme allel (homozygot) Segregeringsprinsippet: Hver kjønnscelle (og følgelig hvert avkom) får en av de to utgavene og det er tilfeldig hvilken av dem det er. Prinsippet om uavhengig utplukk: Hvilken utgave vi får av et gen har ingen innvirkning på hvilken utgave vi får av et annet gen, forutsatt at genene ligger på forskjellige kromosomer. Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Genetisk variasjon og mutasjon Mutasjoner er svert sjelden skje under DNA replikasjon er tilfeldig forandrer DNA sekvens/kode > ny variasjon er dårlig for enkeltindivid sjeldne, trenges flere andre faktorer i tillegg for å transformere en art Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst
4 Genetisk kopling Aa Bb Cc La A,B,C være de maternale og a,b,c være de paternale allelene for de tre genene. Forutsatt at chiasmata (= overkrysning) oppstår med like stor sannsynlighet alle steder langs et kromosom, er det mer sannsynlig med en overkrysning mellom gen 2 og gen 3 enn det er mellom gen 1 og gen 2. Da forventer vi flere gameter med (A,B,c) eller (a,b,c) enn med (A,b,c) eller (a,b,c). Konstruksjon av genetiske kart Betrakt to genetiske markører på samme kromosom: Genotype AB Ab ab ab 50% 0% 0% 50% A a B b kromosom 1 Fordelingen til genotypene avhenger av antall rekombinasjoner mellom genene: Ingen rekombinasjon En rekombinasjon 25% 25% 25% 25% To rekombinasjoner 50% 0% 0% 50% Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Basics of biotechnology methods Cutting and pasting DNA Restriction enzymes Cloning Copying DNA Polymerase Chain Reaction Measuring DNA length Electrophoresis DNA sequencing Hybridization Southern blotting Microarrays Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Bruksområder Generelle formål for parallell eksperimenter genomiske undersøkelser: Whole genome arrays Kan se hvordan genekspresjon varierer over tid mellom individer eller i en cellesystem mellom sykdomstilstander Kan designe mikromatriser for spesielle formål human cancer array: 1700 utvalgte gener lymphochip: gener knyttet til lymfekreft Bestemte gener, pathways, organismer Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst
5 Mikromatriser trinn for trinn Array CGH tissue tissue 1. Extract RNA make cdna reference RNA tumor RNA 1. Extract DNA reference DNA tumor DNA 2. Label with fluorescent dyes 2. Label with fluorescent dyes 3. Hybridize to microarray 4. Scan intensity 5. Analyse 3. Hybridize to microarray 4. Scan intensity 5. Analyse (after: Brown PO and Botstein D 1999 and Perou CM et al., 2000) Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst (After: Brown and Botstein 1999 Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst 2007 and Perou et al., 2000) 18 An array of uses På lang sikt... BAC, oligos Copy number changes Bedre forståelse av mange geners funksjon Bedre differensiering mellom ulike sykdomstilfeller Skreddersydde behandlinger Utvikling av medikamenter som modifiserer ekspresjonen til farlige gener Gen-tester for diverse sykdommer ikke helt uproblematisk... (From: S. Saunak, Recent technologies Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst 2007 and applications, UCSF 2004) 19 Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst
6 Kompleks prosess Sammenlikning av flere populasjoner Biological question Differentially expressed genes Sample class prediction etc. Det er ofte interessant å sammenlikne gen-ekspresjonen i mange forskjellige populasjoner: Estimation Experimental design Microarray experiment 16-bit TIFF files Image analysis (Rfg, Rbg), (Gfg, Gbg) Normalization R, G Testing Clustering Discrimination Biological verification and interpretation Identifikasjon av vevsspesifikke gener Søke etter endringer i genekspresjon når normale celler endrer seg til kreftceller Skille mellom ulike ekspresjonsmønstre i samme krefttyper Studere cellulære responser til endringer i omgivelsene (f.eks. virusinfeksjon, giftstoffer, legemiddler) Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Hvorfor klustre ekspresjonsdata? Klustering metoder Hvorfor klustre gener: Redusere kompleksitet: identifisere typiske ekspresjonsmønstre Generere hypoteser: liknende ekspresjonsmønster kan være indikasjon på liknende funksjon eller koregulering Hvorfor klustre prøver: Identifisere kjente kategoriseringer (f.eks. i friske og syke ) basert på ekspresjon K-means klustering Hierarkisk klustring Self-organizing maps (SOM) Prinsipalkomponent klustring Finne nye (eller mer detaljerte) kategoriseringer (f.eks. subtyper av en sykdom) basert på ekspresjon Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst
7 Distance measure Distance measure Euclidean distance: Is the square root of the sum of squared distances between expression data points When comparing x gene expression with y gene expression at time point i (assuming there are n time points in total), the distance score (d) can be calculated by: n d = ( x y ) i= 1 i i 2 Euclidean distance: Manhattan- distance: d( xy, ) = ( x y ) d( xy, ) = xk yk k 2 k Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Distance measure Pearsons korrelasjonskoeffisient Pearson correlation coefficient: Measures the overall similarity between the trends or shapes of two sets of data To vektorer x og y (sentrerte): x Samme vektorer, nå skalert: ax Perfect positive correlation = 1 Perfect negative correlation = -1 Distance score (d) can be calcluated as: 1 n xi x yi y d = n i= 1 sdi sdi (Were n is the total number of time points, x and y are average values for the x gene and y gene data, and sd are the standard deviation values θ y Euklidsk avstand (svarer til stiplede linjer) avhenger av skaleringen Pearsons korrelasjonskoeffisient (svarer til vinkler) avhenger ikke av skaleringen Med Pearson korrelasjon er ikke skaleringen av dataene viktig; med Euklidsk avstand er den det θ by Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst
8 Hierarkisk klustring Resultatet er en nestet sekvens av partisjoner av dataene (partisjoner inni partisjoner) som normalt vises i form av et dendrogram Ordningen av objektene (genene, prøvene) er ikke entydig i et dendrogram: ved hver forgrening kan vi velge å bytte om plasseringen av høyre og venstre gren Tre sentrale varianter: single-link, complete-link, averagelink Mange varianter Avstanden mellom to klustre kan defineres på flere måter: Single linkage : bruk minste punktavstand Complete linkage: bruk største punktavstand Average linkage : bruk gjennomsnittlig punktavstand Complete linkage Single linkage Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst Validering av klustre Homogenitet innen klustre kan f.eks. måles som gjennomsnittlig avstand fra et klustermedlem til senteret av klusteret Separasjon mellom klustre kan f.eks. måles som gjennomsnittlig avstand mellom klustersentre, eller minste avstand mellom to klustersentre Robusthet av klustre kan f.eks. måles ved å se hvor stor endring man får i klusterne når punktene perturberes (dvs hvert punkt forflyttes litt i en tilfeldig retning) Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst
Algoritmer for klustering av mikromatriser. Kompleks prosess. Forelesning # 9. Sammenlikning av flere populasjoner. Mange gener og få prøver
, most ing ingle tip sists of nally xtract mages, it tely of each of ming this lify and ess. nalyze n each, most ing ingle tip sists of onally xtract mages, it tely of each of ming this lify and ess. analyze
Mikromatriser introduksjon. Strategi for mikromatrise eksperimenter. Forelesning # 8. Bruksområder. Mikromatriser trinn for trinn. Lars O.
Mikromatriser introduksjon Strategi for mikromatrise eksperimenter Forelesning # 8 probe Lars O. Baumbusch Radiumhospitalet Rikshospitalet HF Senter for Bioinformatikk, IFI, UiO Biological Question Lars
UNIVERSITETET I OSLO
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF2300 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Tirsdag 15. juni 2004 Tid for eksamen : 09.00 12.00 Oppgavesettet er på : 13
UNIVERSITETET I OSLO
Kandidatnummer: BOKMÅL UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF3350/INF4350 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Tirsdag 5. desember 2006 Tid for eksamen : 15.30
Plan. Pensum i bioinformatikk. Hva er bioinformatikk?
Bioinformatikk - en innføring fra en statistikers ståsted Mette Langaas Plan Hva er bioinformatikk? Hva er gen og genom? Forskningsområder innen bioinformatikk. Funksjonell genomikk: genekspresjon og DNA
Genetikk og bioteknologi. Litt historikk et perspektiv. Forelesning # 6. Publiserte genomsekvenser (2003) Bioteknologi etableres... Lars O.
Genetikk og bioteknologi Forelesning # 6 Lars O. Baumbusch Senter for Bioinformatikk, IFI, UiO Rikshospitalet - Radiumhospitalet Medical Centre Lars O. Baumbusch INF3350/INF4350 Høst 2007 1 Litt historikk
Mette Langaas. Norsk Regnesentral Mette Langaas 1. Plan
Bioinformatikk - en innføring fra en statistikers ståsted Mette Langaas Figur fra The Human Genome Project http://www.ornl.gov/hgmis / 08.05.2001 Mette Langaas 1 Plan Hva er bioinformatikk? Hva er gen
Oblig3 - obligatorisk oppgave nr. 3 (av 3) i INF3350/4350
Oblig3 - obligatorisk oppgave nr. 3 (av 3) i INF3350/4350 Levering av besvarelsen Besvarelse må leveres senest mandag 12. november kl 16.00. Send besvarelsen på epost til Lars Baumbusch (lars.o.baumbusch@rr-research.no).
UNIVERSITETET I OSLO
Bokmål UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF2300 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Mandag 6. juni 2005 Tid for eksamen : 09.00 12.00 Oppgavesettet er på
Foreleser: Eivind Coward, kontor 5. etg. Datablokken. coward@ii.uib.no Gruppeleder: Harald Barsnes
Foreleser: Eivind Coward, kontor 5. etg. Datablokken. coward@ii.uib.no Gruppeleder: Harald Barsnes Forelesninger: tirsdag og fredag 12 14 rom 2104 Øvinger: fredag 10 12 rom 2143 Gi en innføring i noen
Oversikt over kap. 11. Kap. 11 Den direkte påvisning av genotype skiller individuelle genomer. Fire klasser av DNA polymorfismer.
Kap. 11 Den direkte påvisning av genotype skiller individuelle genomer Oversikt over kap. 11 Fire klasser av DNA variasjon til direkte påvisning av genotype. Metoder som bruker hybridisering, elektroforese,
Examination paper for (BI 2015) (Molekylærbiologi, laboratoriekurs)
Department of (Biology) Examination paper for (BI 2015) (Molekylærbiologi, laboratoriekurs) Academic contact during examination: Thorsten Hamann Phone: 91825937 Examination date: 19.12.2016 Examination
Kapittel 14: Det eukaryote genom og dets uttrykksregulering
Kapittel 14: Det eukaryote genom og dets uttrykksregulering Innhold: 1. Det humane genom 2. Struktur av protein-kodende gener 3. RNA processering 4. Transkripsjonell kontroll 5. Posttranskripsjonell kontroll
GENER, genregulering, og genfamilier
GENER, genregulering, og genfamilier 1-A, H-11 Forelesning 21.11.11 Frank Skorpen, Institutt for Laboratoriemedisin, Barne- og Kvinnesykdommer, DMF, NTNU Gener Kromosom, kromatin og DNA Hva er et gen?
ML-208, generell informasjon
ML-208, generell informasjon Emnekode: ML-208 Emnenavn: Molekylærbiologi Dato:20.12.2017 Varighet:4 timer Tillatte hjelpemidler: Ingen Merknader:Lag gjerne tegninger og figurer for å illustrere og forklare
UNIVERSITETET I OSLO
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i: KJB 492 Bioinformatikk Eksamensdag: Fredag 14. desember 2001 Tid for eksamen: Kl.: 9.00 13.00 Oppgavesettet er på 7 sider. Vedlegg:
Genkartlegging. Hva er egentlig et genkart? Genetisk og fysisk kartlegging
NTNU Genkartlegging 1 Termin IC Frank Skorpen Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer Hva er egentlig et genkart? Kartet over det humane genom gir oss posisjonen av de ca 25,000 genene
Plan. Pensum i bioinformatikk. Hva er bioinformatikk?
Bioinformatikk - et interessant forskningsfelt for statistikere? Mette Langaas Hva er bioinformatikk? Plan Bakgrunn i biologi (gen, genom). Forskningsområder innen bioinformatikk. Funksjonell genomikk:
Genfeil i kreftsvulster nøkkelen til en mer persontilpasset behandling?
Genfeil i kreftsvulster nøkkelen til en mer persontilpasset behandling? Hege G. Russnes Forsker ved Avd. For Genetikk, Institutt for Kreftforskning og overlege ved Avd. For Patologi Oslo Universitetssykehus
Klustring av mikromatrisedata: Estimering av antall klustre og identifikasjon av subtyper.
Universitetet i Oslo Institutt for informatikk Klustring av mikromatrisedata: Estimering av antall klustre og identifikasjon av subtyper. Masteroppgave Espen Solberg 30. oktober 2007 Sammendrag Et sentralt
FAKULTET FOR TEKNOLOGI OG REALFAG EKSAMEN
g UNIVERSITETET I AGDER FAKULTET FOR TEKNOLOGI OG REALFAG EKSAMEN Emnekode: BI0105 Emnenavn: Genetikk og evolusjon Dato: 7. mai 2012 Varighet: 4 timer Antall sider inkl. forside 8 Tillatte hjelpemidler:
Flervalgsoppgaver: proteinsyntese
Flervalgsoppgaver - proteinsyntese Hver oppgave har ett riktig svaralternativ. Proteinsyntese 1 Hva blir transkribert fra denne DNA sekvensen: 3'-C-C-G-A-A-T-G-T-C-5'? A) 3'-G-G-C-U-U-A-C-A-G-5' B) 3'-G-G-C-T-T-A-C-A-G-5'
LEKSJON 4: BIOTEKNOLOGI HVORDAN VI BRUKER NATURENS EGNE MEKANISMER TIL VÅR FORDEL, OG UTFORDRINGENE SOM FØLGER MED
LEKSJON 4: BIOTEKNOLOGI HVORDAN VI BRUKER NATURENS EGNE MEKANISMER TIL VÅR FORDEL, OG UTFORDRINGENE SOM FØLGER MED KOMPETANSEMÅL Forklarebegrepene krysning og genmodifisering, og hvordan bioteknologi brukes
Sammenligningen mellom Arabidopsis thaliana genomet og de kjente genomene fra cyanobakterier, gjær, bananflue og nematode, viser bl. a.
Sammenligningen mellom Arabidopsis thaliana genomet og de kjente genomene fra cyanobakterier, gjær, bananflue og nematode, viser bl. a. Antall gener som er involvert i cellulær kommunikasjon og signaloverføring
Bioteknologi i dag muligheter for fremtiden
Bioteknologi i dag muligheter for fremtiden Arvestoff Genetisk materiale, DNA. Baser En del av et nukleotid som betegnes med bokstavene A, C, G og T. Med disse fire bokstavene skriver DNAtrådene sine beskjeder
Kapittel 12: FRA DNA TIL PROTEIN:
Kapittel 12: FRA DNA TIL PROTEIN: fra genotype til fenotype 1. Gener og polypeptider 2. DNA, RNA og informasjonsflow 3. Transkripsjon: DNA-dirigert RNA-syntese 4. Den genetiske kode 5. Aktører i Translasjon
EKSAMENSOPPGAVE I BI1001 CELLE- OG MOLEKYLÆRBIOLOGI
Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet Institutt for biologi KSAMNSOPPGAV I BI1001 CLL- OG MOLKYLÆRBIOLOGI Faglig kontakt under eksamen: Jens Rohloff Tlf.: 97608994 ksamensdato: 4. juni 2010 ksamenstid:
FYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, DNA, RNA, Translasjon, Transkripsjon Proteinsyntese, Cellesyklus
FYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, 2017 7 DNA, RNA, Translasjon, Transkripsjon Proteinsyntese, Cellesyklus Einar Sagstuen, Fysisk institutt, UiO 18.09.2017 1 DNA A / C / G / T 2 -deoxyribose monofosfate
FLERVALGSOPPGAVER ARV
FLERVALGSOPPGAVER ARV Hvert spørsmål har ett riktig svaralternativ. Arv 1 En organisme med to identiske alleler for en egenskap blir kalt A) homozygot B) dominant C) selvpollinerende D) heterozygot Arv
GRUNNLEGGENDE GENETISKE BEGREPER Del I - en serie om kattegenetikk
GRUNNLEGGENDE GENETISKE BEGREPER Del I - en serie om kattegenetikk Dette er første del i en serie om kattegenetikk. I denne første delen vil jeg ta for meg de ulike genetiske begrepene som blir brukt i
Status i forskning: Demens og arvelighet. Arvid Rongve Psykiatrisk Klinikk Helse Fonna
Status i forskning: Demens og arvelighet Arvid Rongve Psykiatrisk Klinikk Helse Fonna Arvelighet og genetiske metoder Alzheimers sykdom og arvelighet Hva kan vi lære av de nye genene? Betydning for behandling
FYS3710 Molekylærbiologi
1 2 I en eukaryot celle er kromosomene festet i en indre membran som omgir en kjerne. Proteinene produseres i cellens cytoplasma. 3 I en prokaryot celle (for eksempel en bakteriecelle) er det ett kromosom.
Kap 12. Det eukaryote kromosom. En organelle for pakking og styring av DNA
Kap 12. Det eukaryote kromosom En organelle for pakking og styring av DNA Oversikt over kapittel 12 Komponentene i et kromosom: DNA, histoner, og nonhiston proteiner Ett langt DNA molekyl og mange typer
Oppgave 2b V1979 Hvor i cellen foregår proteinsyntesen, og hvordan virker DNA og RNA i cellen under proteinsyntesen?
Bi2 «Genetikk» [3B] Målet for opplæringa er at elevane skal kunne gjere greie for transkripsjon og translasjon av gen og forklare korleis regulering av gen kan styre biologiske prosessar. Oppgave 2b V1979
Institutt for biologi Faglig kontaktperson under eksamen: Berit Johansen, 98691. EKSAMEN I: BI1001 Celle- og molekylærbiologi BOKMÅL
Side 1 av 5 Norges teknisknaturvitenskapelige universitet Fakultet for naturvitenskap og teknologi Institutt for biologi Faglig kontaktperson under eksamen: Berit Johansen, 98691 EKSAMEN I: BI1001 Celle-
Arabidopsis thaliana, vårskrinneblom
Arabidopsis thaliana, vårskrinneblom Tilhører Brassicaceae familien og ligger under ordenen Capparales. Nært beslektede planter er f. eks. raps og kål. Arabidopsis thaliana har i flere år vært en av modell
1. En ikke-naturlig forekommende eller konstruert sammensetning omfattende:
1 Patentkrav EP2931898 1. En ikke-naturlig forekommende eller konstruert sammensetning omfattende: et leveringssystem som er operativt konfigurert for å levere CRISPR-Caskomplekskomponenter eller polynukleotidsekvenser
ML-208, generell informasjon
ML-208, generell informasjon Emnekode: ML-208 Emnenavn: Molekylærbiologi Dato:20.12.2017 Varighet:4 timer Tillatte hjelpemidler: Ingen Merknader:Lag gjerne tegninger og figurer for å illustrere og forklare
4260 Mikrobiologi. Midtprøveoppgaver. 02. oktober 2013
1 Høgskolen i Telemark Fakultet for allmennvitenskapelige fag 4260 Mikrobiologi Midtprøveoppgaver 02. oktober 2013 Tid: 2 timer Sidetall: 7 (40 spørsmål) Hjelpemidler: Ingen Velg kun ett svaralternativ
Faglig kontaktperson under eksamen: 1.aman. Hans K. Stenøien ( )
Side 1 av 11 Norges teknisknaturvitenskapelige universitet Fakultet for naturvitenskap og teknologi Institutt for biologi Faglig kontaktperson under eksamen: 1.aman. Hans K. Stenøien (91897592) EKSAMEN
DNA - kroppens byggestener
DNA - kroppens byggestener Nina Baltzersen 22. september 2011 Enten man har slått seg, er forkjølet, støl etter trening eller rett og slett bare har en vanlig dag, så arbeider kroppen for fullt med å reparere
Født sånn eller blitt sånn: om gener, søppel-dna og epigenetikk
Født sånn eller blitt sånn: om gener, søppel-dna og epigenetikk Dag O. Hessen University of Oslo, Dept. Biology Center of Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES) Kappløpet et (kort) historisk tilbakeblikk
Holder cytoplasmaet på plass. Regulerer transporten inn i og ut av cellen og har kontakt med naboceller.
Figurer kapittel 7 Fra gen til egenskap Figur s. 189 elledel ellemembran ytoplasma Lysosom Ribosom Mitokondrie Kanalnettverk (endoplasmatisk nettverk) Kjernemembran ellekjerne rvestoff (= DN) Molekyl Protein
BIOINFORMATIKK ET INTERESSANT FORSKNINGSFELT FOR STATIS TIKERE? METTE LANGAAS, NORSK REGNESENTRAL Mette.Langaas@nr.no HVA ER BIOINFORMATIKK?
BIOINFORMATIKK ET INTERESSANT FORSKNINGSFELT FOR STATIS TIKERE? METTE LANGAAS, NORSK REGNESENTRAL Mette.Langaas@nr.no HVA ER BIOINFORMATIKK? Bioinformatikk er et tverrfaglig forskningsfelt der matematikk,
Kapittel 10, del 2: Klassisk genetikk: Mendels arvelover. -forhold som influerer fenotypen slik at den avviker fra det Mendel observerte:
Kapittel 10, del 2: Klassisk genetikk: Mendels arvelover -forhold som influerer fenotypen slik at den avviker fra det Mendel observerte: 1. Dominansforhold 2. Multiple allel 3. Geninteraksjon 4. Genuttrykk
EKSAMENSOPPGAVE I BI1001 CELLE- OG MOLEKYLÆRBIOLOGI
Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet Institutt for biologi EKSAMENSOPPGAVE I BI1001 CELLE- OG MOLEKYLÆRBIOLOGI Faglig kontakt under eksamen: Berit Johansen Tlf.: 91897000 Eksamensdato: 25. mai
Brystkreft; Hva har molekylærbiologi lært oss?
Brystkreft; Hva har molekylærbiologi lært oss? Anne-Lise Børresen-Dale Seksjon for Genetikk Institutt for Kreftforskning Oslo Unversitets sykehus, Radiumhospitalet NFR Brystkreft er en meget kompleks sykdom
UNIVERSITETET I AGDER
FAKULTET FOR TEKNOLOGI OG REALFAG EKSAMEN Emnekode: BI0105 Emnenavn: Genetikk og evolusjon Dato: 21. november 2011 Varighet: 2 timer Antall sider inkl. forside 8 Tillatte hjelpemidler: Kalkulator Merknader:
EKSAMENSOPPGAVE I BI3013 EKSPERIMENTELL CELLEBIOLOGI
Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet Institutt for biologi EKSAMENSOPPGAVE I BI3013 EKSPERIMENTELL CELLEBIOLOGI Faglig kontakt under eksamen: Tor-Henning Iversen (stedfortreder for Jens Rohloff)
Hvor er responsen når vi ikke bruker den? Tore Vignes og Stein Evensen
Hvor er responsen når vi ikke bruker den? Tore Vignes og Stein Evensen Responser Noen bruker vi hele tiden Noen bruker vi sjelden Noen har vi nesten ikke brukt! Where is the f.. response!? Klasser Funksjonelle
Epigenetikk; arvesynden i ny innpakning? Dag O. Hessen University of Oslo, Dept. Biology Center of Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES)
Epigenetikk; arvesynden i ny innpakning? Dag O. Hessen University of Oslo, Dept. Biology Center of Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES) Den genetiske kode Oppnøstingen av den genetiske kode foregikk
FLERVALGSOPPGAVER EVOLUSJON
FLERVALGSOPPGAVER EVOLUSJON FLERVALGSOPPGAVER FRA EKSAMEN I BIOLOGI 2 V2008 - V2011 Disse flervalgsoppgavene er hentet fra eksamen i Biologi 2 del 1. Det er fire (eller fem) svaralternativer i hver oppgave,
UNIVERSITETET I OSLO
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF2300 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Mandag 6. juni 2005 Tid for eksamen : 09.00 12.00 Oppgavesettet er på : xx
Klinisk molekylærmedisin (4): Indirekte diagnostikk ved koblingsanalyser
PEDENDO_SISTE_slutt.qxd 18.12.2003 21:34 Side 32 Pediatrisk Endokrinologi 2003;17: 34-38 Klinisk molekylærmedisin (4): Indirekte diagnostikk ved koblingsanalyser Pål Rasmus Njølstad 1,2,3,Jørn V. Sagen
Regulering av DNA Transkripsjon i Eukaryote Organismer. ID, Kull 99, Vår 2001 Frank Skorpen IKM, DMF
Regulering av DNA Transkripsjon i Eukaryote Organismer ID, Kull 99, Vår 2001 Frank Skorpen IKM, DMF 1 Regulering av gen-uttrykk på mange nivåer Klargjøring av DNA Transkripsjon Initiering Stopp hnrna prosessering
Examination paper for Bi2014 Molecular Biology
Department of Biology Examination paper for Bi2014 Molecular Biology Academic contact during examination: Professor Atle M. Bones Phone: 91897237 (73598692) Examination date/eksamensdag: 7. December 2016
Genetiske undersøkelser av biologisk materiale
Genetiske undersøkelser av biologisk materiale Torunn Fiskerstrand, overlege PhD Senter for klinisk medisin og molekylærmedisin, Haukeland Universitetssykehus Institutt for klinisk medisin, Universitetet
Læringsutbyttebeskrivelser
Delemne 1.5: Gener, celleproliferasjon og kreft Inngår i emne: MED-1501 Medisin og odontologi 1. studieår Oppdatert dato: 10. november 2018 Godkjent av Studieplanutvalget medisin Omfang: 5 uker Faglig
Viktige opplysninger: Oppgavesettet utgjør totalt 100 vekttall. Antall vekttall er vist i parentes ved hver spørsmålsgruppe.
Ordinær eksamen, MEDSEM/ODSEM/ERNSEM2 Vår 2012 Onsdag 20. juni 2012 kl. 09:00-15:00 Oppgavesettet består av 6 sider, inkludert vedlegg Viktige opplysninger: Oppgavesettet utgjør totalt 100 vekttall. Antall
Zebrafish as a model for human development and disease. Jon Vidar Helvik
Zebrafish as a model for human development and disease. Jon Vidar Helvik Mann versus fish Zebrafish is an important model for human development and disease. Most human organ system can be study on a cellular
Genetikk i vår tid: Et paradigmeskifte. Kaja Selmer Avd. for medisinsk genetikk NK-SE
Genetikk i vår tid: Et paradigmeskifte Kaja Selmer Avd. for medisinsk genetikk NK-SE Oversikt Kræsjkurs i genetikk Humangenetisk revolusjon Hvordan utreder vi barn genetisk i 2015? Et blikk mot epilepsi
FLERVALGSOPPGAVER GENETIKK
FLERVALGSOPPGAVER GENETIKK FLERVALGSOPPGAVER FRA EKSAMEN I BIOLOGI 2 Disse flervalgsoppgavene er hentet fra eksamen i Biologi 2 del 1. Det er fire (eller fem) svaralternativer i hver oppgave, og bare ett
BI Celle- og molekylærbiologi
BI1001 1 Celle- og molekylærbiologi Oppgaver Oppgavetype Vurdering Startside Dokument Automatisk poengsum 1 Oppgave 1 Skriveoppgave Manuell poengsum 2 Oppgave 2a Skriveoppgave Manuell poengsum 3 Oppgave
Reproduksjon av dyrevirus. Adsorpsjon Penetrasjon og avkledning Replikasjon og transkripsjon Syntese og samling (assembly) av viruskapsid Frigjøring
Reproduksjon av dyrevirus Adsorpsjon Penetrasjon og avkledning Replikasjon og transkripsjon Syntese og samling (assembly) av viruskapsid Frigjøring ATTACHMENT Click after each step to view process PENETRATION
Examination paper for Bi2014 Molecular Biology
Department of Biology Examination paper for Bi2014 Molecular Biology Academic contact during examination: Professor Atle M. Bones Phone: (+47-)91897237 Examination date/eksamensdag: 8. December 2017 Examination
Obligatorisk innlevering 3kb vår 2004
Obligatorisk innlevering 3kb vår 2004 1 I marsvin er mørk pels farge (F) dominant over albino (f), og hår (K) dominant over langt hår (k). Genene for disse to egenskapene følger prinsippet om uavhengig
5 E Lesson: Solving Monohybrid Punnett Squares with Coding
5 E Lesson: Solving Monohybrid Punnett Squares with Coding Genetics Fill in the Brown colour Blank Options Hair texture A field of biology that studies heredity, or the passing of traits from parents to
Institutt for biologi Faglig kontaktperson under eksamen: Berit Johansen (91897000) EKSAMEN I: BI1001 Celle- og molekylærbiologi BOKMÅL
1 av 7 Norges teknisknaturvitenskapelige universitet Fakultet for naturvitenskap og teknologi Institutt for biologi Faglig kontaktperson under eksamen: Berit Johansen (91897000) EKSAMEN I: BI1001 Celle-
Bruk av genteknologiske analyser ved diagnostikk av luftveisinfeksjoner. Gardermoen 27.02.08. Svein Arne Nordbø
Bruk av genteknologiske analyser ved diagnostikk av luftveisinfeksjoner Gardermoen 27.2.8 Svein Arne Nordbø Aktuelle genteknologiske metoder Hybridiseringsmetoder Ampifikasjonsmetoder PCR Konvensjonell
Genetisk variasjon i naturlige populasjoner. grunnlag for foredling. Mari Mette Tollefsrud. Foto: Arne Steffensrem
Genetisk variasjon i naturlige populasjoner grunnlag for foredling Mari Mette Tollefsrud Foto: Arne Steffensrem Genetisk variasjon Summen av forskjeller i genotypene til individene i en populasjon Oppstår
Matematisk evolusjonær genetikk, ST2301 Onsdag 15. desember 2004 Løsningsforslag
Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet Institutt for matematiske fag Side av 5 Matematisk evolusjonær genetikk, ST30 Onsdag 5. desember 004 Løsningsforslag Oppgave a) Vi setter først navn på de
FLERVALGSOPPGAVER BIOTEKNOLOGI
FLERVALGSOPPGAVER BIOTEKNOLOGI FLERVALGSOPPGAVER FRA EKSAMEN I BIOLOGI 2 V2008 - V2011 Disse flervalgsoppgavene er hentet fra eksamen i Biologi 2 del 1. Det er fire (eller fem) svaralternativer i hver
Kræsjkurs i STAT101. Noen anbefalinger Regn mange(5-10) oppgavesett til eksamen:
Kræsjkurs i STAT101 Noen anbefalinger Regn mange(5-10) oppgavesett til eksamen: Legg vekt på å forstå hva formlene brukes til, det vil si når, og hvordan? Lær sammenhengen mellom fordelingene og tema i
BINGO - Kapittel 1. kroppsceller hos menn (XY) Arvelærens far (G. J. Mendel) Forkortelse for genmodifiserte organismer (GMO)
BINGO - Kapittel 1 Bingo-oppgaven anbefales som repetisjon etter at kapittel 1 er gjennomgått. Klipp opp tabellen (nedenfor) i 24 lapper. Gjør det klart for elevene om det er en sammenhengende rekke vannrett,
EKSAMENSOPPGAVE I BI1001 CELLE- OG MOLEKYLÆRBIOLOGI
Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet Institutt for biologi EKSAMENSOPPGAVE I BI1001 CELLE- OG MOLEKYLÆRBIOLOGI Faglig kontakt under eksamen: Jens Rohloff Tlf.: 976 08 994 - Eksamensdato: 29.5.2008
Reproduksjon av dyrevirus. Adsorpsjon Penetrasjon og avkledning Replikasjon og transkripsjon Syntese og samling (assembly) av viruskapsid Frigjøring
Reproduksjon av dyrevirus Adsorpsjon Penetrasjon og avkledning Replikasjon og transkripsjon Syntese og samling (assembly) av viruskapsid Frigjøring ATTACHMENT Click after each step to view process PENETRATION
Faglig kontaktperson under eksamen: Jens Rohloff (mob 97608994)
Side 1 av 6 Norges teknisknaturvitenskapelige universitet Fakultet for naturvitenskap og teknologi Institutt for biologi Faglig kontaktperson under eksamen: Jens Rohloff (mob 97608994) EKSAMEN I: BI1001
EKSAMENSOPPGAVE I BI1001 Celle og molekylærbiologi
Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet Institutt for Biologi Norwegian University of Science and Technology Department of Biology EKSAMENSOPPGAVE I BI1001 Celle og molekylærbiologi - Faglig kontakt
FARGEGENETIKK. av Cecilie Schleer
FARGEGENETIKK Del 1: Introduksjon til genetikk av Cecilie Schleer Genetikk er læren om biologisk arvelighet. For å få fullt utbytte av fargegenetikk er det helt essensielt å forstå de genetiske begrepene
Løsningsforslag ST2301 Øving 4
Løsningsforslag ST301 Øving 4 Kapittel 1 Complement Anta at det er n allel med samme frekvens. Som funksjon av n, hva er andelen homozygoter og heterozygoter i populasjonen? Har at p 1 p... p n p p i p
FLERVALGSOPPGAVER GENETIKK
FLERVALGSOPPGAVER GENETIKK FLERVALGSOPPGAVER FRA EKSAMEN I BIOLOGI 2 Disse flervalgsoppgavene er hentet fra eksamen i Biologi 2 del 1. Det er fire (eller fem) svaralternativer i hver oppgave, og bare ett
Svar til oppgaver i Hartwell
Svar til oppgaver i Hartwell Kap.2 2.12: Hva er sjansen for at avkommet har den samme fenotype som en av de to foreldrene? a) AaBbCcDd x aabbccdd =P(A-B-C-D-) eller P(aabbccdd) = 1/2*1/2*1/2*1/2 + 1/2*1/2*1/2*1/2=2/16
INF280 Søking og maskinlæring
INF280 Søking og maskinlæring Foreleser: Eivind Coward, kontor 5. etg. Datablokken. coward@ii.uib.no Gruppeleder: Harald Barsnes Forelesninger: tirsdag og fredag 12 14 rom 2104 Øvinger: fredag 10 12 rom
Den komplette DNA sekvens fra en organisme.
Definisjoner: Hva er et genom? Den komplette DNA sekvens fra en organisme. Den komplette samlingen av gener som koder for alle proteiner, pluss ribosomalt RNA, trna, snrna (involvert i mrna spleising)
UNIVERSITY OF OSLO. Faculty of Mathematics and Natural Sciences
Page 1 UNIVERSITY OF OSLO Faculty of Mathematics and Natural Sciences Exam in BIO4210/9210 Classification and Phylogeny Day of exam: 13. December 2011 Exam hours: 9.00-12.00 (3 hours) This examination
Oncogenic Mutations Affecting Cell Proliferation
Oncogenic Mutations Affecting Cell Proliferation Fra RTK til Nucleus (Boka s.1070-74) Normalt kreves et vekst stimulerende signal ( growth factor eks. PDGF, EGF, NGF) for at celler skal gå inn i celledeling,
CELLER OG ARV TELLUS 10 KAP 1
CELLER OG ARV TELLUS 10 KAP 1 HVA SKAL VI LÆRE? Forskjell på levende og døde organismer Hvordan får levende organismer energi? Hva er arv? Å arve egenskaper CELLEN - LIVETS BYGGESTEIN Alt levende består
Naturfag for ungdomstrinnet
Naturfag for ungdomstrinnet Arv Illustrasjoner: Ingrid Brennhagen 1 Vi skal lære om arvestoffet, DNA celledeling genetisk variasjon arv 2 DNA Arvestoffet kalles DNA. DNA er kjempestore molekyler som inneholder
Brystkreft og gener. Vårmøtet 2013. Britt Fritzman
Brystkreft og gener Vårmøtet 2013 Britt Fritzman Hjelp jeg har fått brystkreft! Hvilken behandling skal jeg ha? Overlever jeg? Det er ingen i familien min som har hatt brystkreft! Hva har jeg gjort galt
«Immunterapi» Kreftutvikling. Myelomatose. Immunterapi. Anders'Sundan Senter'for'myelomforskning Institutt'for'klinisk'og'molekylær'medisin,'NTNU
«Immunterapi» Kreftutvikling Myelomatose Immunterapi Anders'Sundan Senter'for'myelomforskning Institutt'for'klinisk'og'molekylær'medisin,'NTNU 1 Kreft er genetiske sykdommer i den forstand at det alltid
I lys av akkreditering Overgang fra Sanger sekvensering til dypsekvensering innen genetisk sykdomsdiagnostikk
I lys av akkreditering Overgang fra Sanger sekvensering til dypsekvensering innen genetisk sykdomsdiagnostikk Knut Erik Berge, Avdeling for medisinsk genetikk, Oslo universitetssykehus Ullevål Agenda DNA
Kromosomer, gener og DNA
Kromosomer, gener og DNA Hva er det, og hvordan undersøker vi det Olaug Kristin Rødningen Dr.scient, overingeniør Avdeling for medisinsk genetikk, OUS Et menneske består av ulike organsystem Organsystemene
Examination paper for Bi2014 Molecular Biology
Department of Biology Examination paper for Bi2014 Molecular Biology Academic contact during examination: Professor Atle M. Bones Phone: (+47-)91897237 (+47-73598692) Examination date/eksamensdag: 9. June
Hvor er genene? Gensøk-algoritmer. Gener i prokaryoter. Genenes anatomi (prokaryoter) Forelesning INF3350/4350 5. sept 2007
Gensøk-algoritmer Hvor er genene? Forelesning INF330/430. sept 2007 Ole Christian Lingjærde Gruppen for bioinformatikk Institutt for Informatikk, UiO En viktig del av kartleggingen av et genom er å finne
BIO 1000 LAB-ØVELSE 1
Navn: Parti: Journalen leveres senest tirsdag 13. September 2005 i kassen utenfor labben. BIO 1000 LAB-ØVELSE 1 MENDELSK GENETIKK 6. september 2005 Faglig ansvarlig: Hovedansvarlig for lab-øvelsen: Øystein
Semmelweis University. Genetic and epigenetic regulation of. Dept. GCI. the immune response. András Falus. November
Genetic and epigenetic regulation of the immune response András Falus Do-Re-Mi November 5. 2013. Semmelweis University Dept. GCI Encyclopedy of DNA elements of human genome released: April, 2012 The human
NGS = Next generation sequencing Massiv parallell sekvensering (MPS) Dypsekvensering
NGS Sonja E. Steigen Overlege, Diagnostisk klinikk klinisk patologi, Universitetssykehuset Nord Norge Professor II, IMB, Uit Norges arktiske universitet 1 NGS = Next generation sequencing Massiv parallell
Løsningsforslag ST2301 Øving 2
Løsningsforslag ST2301 Øving 2 Kapittel 1 Exercise 6 Har et utvalg på 200 individer, fra en populasjon med forventet Hardy-Weinbergandeler for et locus med tre alleler, A 1, A 2 og A 3. Antall individer
Neural Network. Sensors Sorter
CSC 302 1.5 Neural Networks Simple Neural Nets for Pattern Recognition 1 Apple-Banana Sorter Neural Network Sensors Sorter Apples Bananas 2 Prototype Vectors Measurement vector p = [shape, texture, weight]