1. Forord...3 Mål Avdelingens funksjoner Organisasjon Bemanning IKT Kvalitetssikring og HMS Aktivitet...

Transkript

1 1. Forord...3 Mål Avdelingens funksjoner Organisasjon Bemanning IKT Kvalitetssikring og HMS Aktivitet Seksjon for bakteriologi Seksjon for virologi og genteknologi Seksjon for substrat og spesialvask Seksjon for sykehushygiene Nasjonale referansefunksjoner Meticillin resistente Staphylococcus aureus Gruppe B streptokokker Francisella tularensis Adenovirus Forskning og utvikling FoU Publikasjoner Produksjonstall Antall undersøkelser gruppert på materiale for bakteriologi og mykologi Infeksjonsimmunologiske undersøkelser Antall undersøkelser for virologi og genteknologi Spesielt ressurskrevende undersøkelser Funn: bakteriologi, mykologi, parasittologi Blodkulturfunn (per pasient) Dyrkningsfunn i spinalvæske Dyrkningsfunn i leddvæske Dyrkningsfunn i pleuravæske ESBL, MRSA og VRE Patogene tarmbakterier Salmonella serotyper Funn Tb-laboratorium Parasitter Sopp Funn: virus Antistoffpåvisning i tårevæske Viruspåvisning i cellekultur Viruspåvisning ved immunfluorescens direkte på materiale PCR- undersøkelser Funn agens i spinalvæske ved PCR Chlamydia trachomatis PCR (antall positive prøver) Bakterieidentifikasjon ved sekvensering av 16S rrna genet Adenovirus sekvensering Enterovirus sekvensering

2 8.4.7 HPV-typing ved sekvensering Hepatitt C virus genotyping Medieproduksjon Produksjon av faste dyrkingsmedier Produksjon av medier/ reagenser på flasker og rør Produksjon av medier/ reagenser/ oppløsninger

3 1. Forord Året 2009 har vært et positivt driftsår for avdelingen. Vi har blant annet bidratt positivt til å holde budsjettet og de pålagte innsparingene ved St. Olavs hospital. Alle medarbeiderne må berømmes for sin innsats i prosessen. Vi har fått en økt bevissthet angående kostnader og økonomiske vurderinger. Det er gjort en del faglige grep og prioriteringer som vi mener har økt kvaliteten på våre tjenester. Kvalitetsarbeidet har også vært i fokus i Det har vært god rekruttering til avdelingen, men strever fortsatt med å fylle overlegestillingene. Årsaken til mangel på overleger er ikke bare problemer med ekstern rekruttering. Tre av overlegene hadde permisjon i 2009, en har stilling som klinikksjef, en er ute i en 4-års stipendiatperiode, den siste har en kombinertstilling med 50% på NTNU. En av de viktigste hendelsene i 2009 var utviklingen av den pandemiske svineinfluensaen (H1N1). Pandemien var en utfordring på mange nivå, men St.Olavs og avdelingen gjorde grep som bidro til at driften fungerte greit. Nærmere detaljer vil bli samlet i en egen evaluering. Mål Avdeling for medisinsk mikrobiologi (AMM) har som mål å arbeide i overensstemmelse med Strategi- og Virksomhetsplaner for St. Olavs Hospital og Laboratoriemedisinsk klinikk. Dette innebærer å oppfylle behovet for infeksjonsdiagnostikk for Sør-Trøndelag fylke, regionfunksjoner innen infeksjonsdiagnostikk for helseregionen Helse Midt-Norge og noen nasjonale oppgaver. AMM vil ivareta faglige funksjoner som epidemiologisk overvåking og infeksjonsforebyggende arbeid i sykehus og dekke det undervisningsbehovet som er avtalt med St. Olavs Hospital, NTNU og andre institusjoner. AMM vil bidra aktivt til faglig utvikling og tilbud gjennom FoU, og utføre diagnostikk, undervisning og forskning på et høyt kvalitativt nivå. Hvert år utarbeides Virksomhetsplan og Handlingsplan for AMM. De bygger på Strategi- og virksomhetsdokument for Laboratoriemedisinsk klinikk og Styringsdokument for St. Olavs Hospital. 2. Avdelingens funksjoner Avdelingen har ansvaret for all mikrobiologisk diagnostikk i Sør-Trøndelag, og har et stort repertoar innen bakteriologi, virologi, mykologi, parasittologi og infeksjonsimmunologi. En bred satsning på genteknologiske metoder har ført til en stor ekspansjon innen denne type diagnostikk, og avdelingen har etablert en rekke egenproduserte metoder for påvisning av velkjente så vel som nyoppdagede mikrober i kliniske prøver. Avdelingen har spesiell kompetanse knyttet til genanalyser av arvematerialet til bakterier og virus og har bl.a. benyttet slike undersøkelser til epidemiologiske analyser. Disse metodene står sentralt i oppklaring av sykehusinfeksjoner og utbrudd av infeksjoner utenfor sykehus. Avdelingen har ansvaret 3

4 for referansefunksjonen for MRSA, GBS, Francisella tularensis og Adenovirus. Det oppleves som svært positivt for avdelingen. Gjennom årlige revisjoner av avdelingens strategi- og virksomhetsplaner tilstreber man å dekke behovet for en optimal infeksjonsdiagnostikk. Etablering og kvalitetssikring av nye diagnostiske metoder står sentralt, samt rasjonalisering og automatisering av eksisterende diagnostikk. Intern kompetanseutvikling er viktig for å heve kvaliteten på diagnostikken. Dette ivaretas ved intern undervisning, kurs og deltakelse i faglige arrangementer både nasjonalt og internasjonalt. Et nært samarbeid med andre mikrobiologisk avdelinger er viktig for den faglige utviklingen og kompetansen sett i nasjonalt perspektiv. Avdelingen er referanselaboratorium for Helseregion IV, og mottar i tillegg prøver fra hele landet til spesielle analyser som vi er alene om å tilby. Laboratoriet har egen produksjonsenhet som forsyner eget laboratorium og laboratoriene i Helse Nord-Trøndelag med medier. Det er satset aktivt på informasjon til brukerne ved besøk, kursvirksomhet samt utgivelse av informasjonsskriv LAB NYTT og oppdatert informasjon på hjemmesiden ( Brukerhåndboken, årsrapporter, både for avdelingen og referansefunksjonene, er fra 2007 elektronisk tilgjengelig via hjemmesiden. De ansatte deltar i undervisningen av medisinske studenter, andre studenter og helsepersonell, og har et nært samarbeid med Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer ved NTNU. Det er en betydelig forskningsaktivitet ved avdelingen som bl.a. inkluderer veiledningsoppgaver for hovedfagsstudenter og doktorgradsstipendiater. 3. Organisasjon Avdelingen er organisert i Laboratoriemedisinsk klinikk, som en av fire avdelinger. Klinikksjef er Trond Jacobsen. Avdelingssjef er Gilda Susan Opland. Seksjon for bakteriologi og prøvemottak (seksjonsleder Sissel Karin Eriksen) Seksjon for virologi og genteknologi (seksjonsleder Inger Johanne Haugen) Seksjon for medieproduksjon (seksjonsleder Sissel Frisvold Røe) Seksjon for sykehushygiene (seksjonsleder/overlege Andreas Radtke/2009 Raisa Hannula) 4

5 4. Bemanning Avdelingssjef Gilda S. Opland Kvalitetskoordinator 1 Overlege 6,2 (hvorav 1 i hovedstilling,1 i bistilling og 1 50% kombinert stilling ved NTNU) Sykehushygieniker/overlege 1 Assistentlege 4 Seksjonsleder 3 Spesialbioingeniør 2 Fagansvarlig bioingeniør 14,2 Bioingeniør 36,2 Fagansvarlig laboratorieingeniør 2 Laboratorieingeniør 2,5 Ingeniør 1 Tekniker 2,5 Assistent 4,5 Renholdsoperatører 2 Hygienesykepleier 3 TB-koordinator 1 5. IKT Dagens laboratoriedatasystem NSML (Non-stop mikrolab; TietoEnator Healthcare) har vært i bruk siden 1990 og skal på sikt erstattes med et mer moderne system som kan håndtere flest mulige prosesser elektronisk. I en mellomfase er det vedtatt at det skal innføres et eget datasystem for serologiske undersøkelser (NSL), mens man beholder NSML for øvrige mikrobiologiske undersøkelser. Felles prøvemottak tar seg av all registrering av mottatt prøver. Mottak, registrering og svarrapportering skal gå via en felles overbyggingsmodul (ROS (Rekvirering og Svar)), (TietoEnator Healthcare) som skal kommunisere med alle de fagspesifikke laboratoriedatasystemene. Avdelingen benytter programmet WHONET, et program utviklet av John Stelling/WHO. Programmet setter sammen fagdata slik at man får en god oversikt over insidens, prevalens og clusters i forhold til ulike mikrober, resistens m.m. Som rapportverktøy benyttes Crystal Reports. 5

6 6. Kvalitetssikring og HMS Avdelingens HMS/kvalitetsgruppe er aktiv, og har hatt 15 møter i Gruppen er bredt sammensatt med representanter fra alle yrkesgrupper og alle seksjoner. Avdelingen gjennomfører årlig HMS-runde med alle ansatte. Det jobbes med seksjonsvise tiltaksplaner gjennom hele året. Verneombudet har en aktiv rolle i avdelingen og møter ledelsen formelt og uformelt Tema innen kvalitet som har hatt stort fokus i 2009, er dokumentasjonen i forbindelse med CE-merking av in-house PCR metode for Chlamydia trachomatis, og søknad om akkreditering etter NS-EN ISO Begge deler har generert mye arbeid, og tatt lengre tid enn vi trodde. Akkrediteringssøknadens metodeomfang vil være store deler av vårt repertoar. EQS er St. Olavs Hospitals elektroniske kvalitetsstyringssystem. Dokumentstyring og avvikshåndtering styres av systemet. Etter en trøblete innkjøringsperiode fungerer avvikshåndteringen tålelig bra, og arbeidet med oppgraderinger av systemet er kontinuerlig. Avdelingen er gjenstand for både eksterne og interne systemrevisjoner. Dette sikrer kontroll av vårt kvalitetssystem. I tillegg gir avvikene ledelsen nyttig informasjon om forbedringer som kan iverksettes. Ledelsens gjennomgang er et annet verktøy vi benytter for hele tiden å forbedre kvaliteten på arbeidet vi gjør. Kompetanseheving av ansatte gjøres kontinuerlig. Utadrettet virksomhet og kommunikasjon med rekvirentene er viktig for oss. Nytt mikrosystem, bedre brukerhåndbok og oppdatert hjemmeside skal være et ledd i denne kommunikasjonen. Avdelingen deltar i nasjonale og internasjonale systemer for ekstern kvalitetskontroll. 6

7 7. Aktivitet 7.1 Seksjon for bakteriologi Seksjon for bakteriologi har 24,6 bioingeniørstillinger og 1 seksjonsleder. Seksjonen består av følgende fagområder: Resistensbestemmelse / sekundært prøvemottak m/utsåing og fordeling av prøver. Generell bakteriologi. Anaerob dyrkning / blodkulturer. Urin/urogenital. Tarmpatogene bakterier / parasitter. Mykologi. Mykobakterier. Hvert fagområde blir ledet av bioingeniør II med fagansvar. Som de senere år har vi spesiell fokus på diagnostikk ved ortopediske infeksjoner, anaerob diagnostikk, soppdyrkning og fæcesdiagnostikk. Året 2009 har vært preget av mange tilfeller med påvist enterohemorragisk E. coli (EHEC)-infeksjon hos barn i Midt- Norge. Dette har medført en rekke utbruddsoppklaringer, inkludert screening av barn og ansatte i barnehager, i samarbeid med smittevernleger og lokalt mattilsyn. Etter anbefaling fra vår avdeling har de fleste lokale legekontor gått over fra bruk av urindyppekultur til å sende ubehandlet urin til dyrkningsundersøkelse. Dette har medført forenkling og forbedring av urindiagnostikken ved vår avdeling. Enkelte av våre bioingeniører og leger deltar i undervisning av studenter ved Høgskolen i Sør-Trøndelag, og vi har også studenter til automasjonspraksis derfra. Også dette året har vi hatt flere grupper av bioingeniørstudenter som har gjennomført sin avsluttende bacheloroppgave hos oss. Vi samarbeider også med NTNU når det gjelder oppgaver til mastergradsstudenter. Vi deltar i et forskningsprosjekt, luftveisprosjektet, ved vår avdeling og NORM. Avdelingen har deltatt i folkehelseinstituttets ringtester og har fra 2009 også deltatt i Neqas-ringtester i bakteriologi og sopp. 7

8 7.2 Seksjon for virologi og genteknologi Seksjonen har i 2009 bestått av 23,4 bioingeniørstillinger, hvorav 1 seksjonsleder, 1 spesialbioingeniør og til sammen 7 bioingeniør II med fagansvar. Fra 1.september har seksjonen redusert antall ansatte med 1 bioingeniørstilling som følge av pålagt innsparing. Det utføres et bredt spekter av PCR-analyser for både bakterier og virus. De fleste analysene er basert på egenproduserte (in-house) real-time PCR metoder. Genotyping av virus og identifikasjon av enkelte bakterier utføres i alt vesentlig med sekvensering av oppformerte genprodukter. I tillegg utføres dykning av virus i cellekulturer samt påvisning av virus med immunologiske metoder (ELISA og IF). Diagnostikk av luftveisinfeksjoner har vært et satsningsområde. Funn av luftveisagens legges ut på hjemmesiden ukentlig. Seksjonen hadde i 2009 store utfordringer i forbindelse med influensapandemien. De første meldingene om et nytt influensavirus kom på våren. I august fikk vi en betydelig økning av prøver med spørsmål om svineinfluensa.tiltak som omrokkering av personale, innleie av studenter, omlegging av rutiner og en betydelig innsats fra de ansatte var nødvendig for at vi skulle klare å analysere alle prøvene vi mottok. I tillegg ble det kjøpt inn utstyr for å øke kapasiteten. En annen erfaring var at en slik pandemi medførte et stort behov for informasjon. Rekvirenter, pasienter og ikke minst media. Rapporteringsplikt til Helsedirektoratet, Folkehelsa og St.Olavs beredskapskomite. Toppen kom i november og kulminerte i begynnelsen av desember. Se tabell *** I tillegg hadde vi i 2009 en stor økning i antall påviste EHEC samt smitteoppsporing og oppfølging av disse. Dette er ressurskrevende analyser. Hvis man ser bort fra prøvene i forbindelse med EHEC og influensapandemien ser vi en nedgang i antall analyser i 2009 sammenlignet med Avdelingen arbeider kontinuerlig med å vedlikeholde og bygge opp kompetansen blant de ansatte. Det arbeides nå med å etablere påvisning av virus v.h.a. elektronmikroskopi, både til rutineprøver og innen forskning. Ansatte har deltatt med poster-presentasjoner på ulike kongresser. 8

9 7.3 Seksjon for substrat og spesialvask Seksjonen fungerer fortsatt godt i det nye Laboratoriesenter, og ansatte trives i lyse og romsligere arealer med utsikt til trivelige omgivelser. Flere tekniske detaljer har kommet på plass i løpet av året, bl.a. et vannporsjoneringsanlegg som tapper ut et forhåndsinntilt volum. Seksjon for substrat og spesialvask har tilknyttet 14 stillinger, 1 seksjonsleder, 2 fagansvarlig laboratorieingeniør, 2 laboratorieingeniør, 2,5 laboratorietekniker, 2,8 renholdsoperatør og 3,7 laboratorieassistenter. I flere måneder har seksjonen hatt en siv.ing. i arbeidspraksis med tilskudd fra NAV. Seksjonen har en stabil arbeidstokk med gjennomsnittsalder på ca 51 år. Flere har hatt glede av sykehusets seniorpolitiske tiltak første halvår. Vi har fått innvilget tilretteleggingstilskudd for montering av automatisk åpning av dører. Seksjon for substrat og spesialvask består av et produksjonslaboratorium, en vaskeenhet og en pakkeenhet. Produksjonslaboratoriet produserer faste og flytende dyrkningsmedier, reagenser og buffere. Vaskeenheten desinfiserer og rengjør laboratorieutstyr for både St. Olavs og NTNUs laboratorier i Laboratoriesenteret. Pakkeenheten pakker og steriliserer utstyr for bruk på laboratoriene, og har ansvar for forsendelse av pakker og prøver til andre laboratorier og samarbeidspartnere. Ca. 75 % av medieproduksjonen ble brukt innen avdelingen til rutineanalyser og til forskning, inkludert NTNUs mikrobiologiske forskningslaboratorium. Resten av produksjonen ble solgt til eksterne kunder. De største kundene var HiST ved Bioingeniørutdanningen, Helse Nord-Trøndelag ved Sykehuset Levanger og Helse Nordmøre og Romsdal ved Molde Sjukehus. Sistnevnte har i løpet av året lagt ned det meste av sin medieproduksjon. Private institusjoner kjøpte også medier. Av dem var SINTEF den største kunden. Våren 2009 ble det gjennomført en kundeundersøkelse som viste at kundene er godt fornøyde med seksjonens produkter, tjenester og service. Aktivitetene i året som har gått har som de siste årene vært preget av stram økonomi, men nytt bygg og utstyr har gjort at rutineproduksjonen har gått bra. Seksjonen jobber videre med utvikling og utprøving av nye dyrkningsmedier. Stammebanken som brukes til dyrkningskontroller har blitt oppgradert og medikontrollen har hatt en omfattende gjennomgang. Alle produkter som skal CE-merkes er registrert i direktoratets utstyrsregister. Seksjonen har hatt assesseringsbesøk fra TI-sertifisering og beholdt sertifiseringen etter NS-EN ISO 9001:2000 Ansatte har deltatt på relevante interne og eksterne kurs og konferanser. 9

10 7.4 Seksjon for sykehushygiene 7.5 Nasjonale referansefunksjoner Meticillin resistente Staphylococcus aureus Se egen rapport Gruppe B streptokokker Francisella tularensis Se egen rapport Adenovirus Se egen rapport 10

11 7.6 Forskning og utvikling FoU Avdelingens forskningsaktivitet knyttet til Gruppe B streptokokker fortsetter, og stipendiat Håkon Begrseng disputerte for den medisinske doktorgrad mars En PhD student fra Zimbabwe er i avslutningsfasen for sitt gradsarbeid. Arbeidet med nytt genotypisk system basert på tandem repeat variants i GBS er i god progress og et foreløpig typingssystem er konstruert. Det arbeides videre med karakterisering av et nytt kandidatantigen for GBS, hvori inngår proteomikk-analyse og fullsekvensering. Avdelingen har prosjekter på diarefremkallende E.coli med hovedvekt på enteropatogene E.coli (EPEC) og metoder for påvisning av toksingener i blandingskulturer i fekal flora. Et mastergradsprosjekt en pt under fullføring, og nye prosjekter er i oppstartsfasen. Luftveisprosjektet i samarbeid med barneavdelingen har hatt god progresjon, og aktiviteten videreføres med styrket innsats i og med sikret finansiering samt tildeling av stipendiatmidler. Genetisk karakterisering av enterovirus-stammer har i 2009 vært et område hvor det er nedlagt betydelig arbeidsinnsats. Samarbeid med ortopedisk avdeling fortsetter med fokus på diagnostiske utfordringer knyttet til proteseinfeksjoner. Et mastergradsprosjekt er tilknyttet prosjektet med hovedvekt på å etablere genteknologisk metode og visualisering av bakterielt DNA i klinisk materiale ved FISH (fluorescens in situ hybridisering)-metodikk. Avdelingen har i 2009 videre vært involvert i flere bachelor-oppgaver ved HIST. Det vises til separat vedlagt publikasjonsliste for 2009 utgående fra avdelingen Publikasjoner 2009 A. Avlagte doktorgrader Håkon Berseng Aspects of Group B streptococcus (GBS) disease in the newborn Disputas: Mars 2009: Veileder: Marite Rygg, Kåre Bergh, Lars S Bevanger 11

12 B. Artikler i peer-review tidsskrifter Bergseng H, Afset JE, Radtke A, Loeseth K, Lyng RV, Rygg M, Bergh K. Molecular and phenotypic characterization of invasive group B streptococcus strains from infants in Norway Clin Microbiol Infect. 2009, 15: Bjerkan G, Witsø E, Bergh K. Sonication is superior to scraping for retrieval of bacteria in biofilm on titanium and steel surfaces in vitro. Acta Orthop. 2009, 80: Flem E, Vainio K, Døllner H, Midgaard C, Bosse FJ, Rognlien AG, Rojahn A, Nordbo SA, Størvold G, Njølstad G, Wathne KO, Konsmo K, Aavitsland P. Rotavirus gastroenteritis in Norway: analysis of prospective surveillance and hospital registry data. Scand J Infect Dis. 2009; 41: Hernes SS, Hagen E, Tofteland S, Finsen NT, Christensen A, Giske CG, Spindler C, Bakke PS, Bjorvatn B. Transthoracic fine-needle aspiration in aetiological diagnosis of community-aquired penumonia. Clin Microbiol Infect 2009; Clin Microbiol Infect 2009; Jul 22, Epub ahead of print Mavenyengwa RT, Afset JE, Schei B, Berg S, Caspersen T, Bergseng H, Moyo SR. Group B Streptococcus colonization during pregnancy and maternal-fetal transmission in Zimbabwe. Acta Obstet Gynecol Scand Nov 17. [Epub ahead of print] Radtke A, Kong F, Bergh K, Lyng RV, Ko D, Gilbert GLRadtke A, Kong F, Bergh K, Lyng RV, Ko D, Gilbert GL Identification of surface proteins of group B streptococci: serotyping versus genotyping. J Microbiol Methods. 2009; 78: Skjeldestad FE, Marsico MA, Sings HL, Nordbø SA, Størvold G. Incidence and risk factors for genital Chlamydia trachomatis infection: a 4-year prospective cohort study. Sex Transm Dis. 2009, 36: Vainio K, Nordbø SA, Njølstad G, Størvold G, Døllner H, Midgaard C, Bosse FJ, Rognlien AG, Rojahn A, Wathne KO, Flem E. Detection and characterization of group A rotaviruses in children hospitalized with acute gastroenteritis in Norway, J Med Virol. 2009, 81: Ånestad G, Nordbo SA. Interference between outbreaks of respiratory viruses. Euro Surveill Oct 15;14(41): C. Kongress-presentasjoner med abstacts Bjerkan, Geir; Bergh, Kåre; Witsø, Eivind. Clinical assesment of patients with prosthetic loosening. EBJIS Vienna 2009; September17 12

13 Christensen A, H Døllner, AG W Rognlien, S Krokstad, S A Nordbø Human Boca-virus monoinfections and viremia are associated with airway infections in children. 12th Annual ESCV Meeting, Istanbul, September 27-30, 2009 Fjeldsæter, Kaja Linn; Marstein, Lillian; Kilnes, Anne Kristin; Fossum, Janne; Helland, Ann; Width Gran, Frode; Jacobsen, Trond. Kromogen MRSA-agar - sammenlignende studie. Den 45. årskonferansen, FHI Oslo, Stutzer, Alexa. Adenovirusinfeksjoner i Midt-Norge i perioden 1999 til og med En epidemiologisk oversikt. Den 45. årskonferansen, FHI Oslo,

14 8 Tabeller: Produksjonstall og funn Produksjonstall Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total %-vis endring Bakteriologi ,79 % Parasittologi ,44 % Infeksjonsimmunologi ,02 % Virologi ,38 % Mycologi ,76 % Genteknologi ,52 % Annet ,58 % Sykehushygiene ,94 % Total ,18 % 14

15 8.1.2 Antall undersøkelser gruppert på materiale for bakteriologi og mykologi Analyser totalt Aerob Anaerob Blodkultur Aerob Anaerob Luftveier Nese Øre Hals Ekspektorat Trakealsekret Bronkialskyllevæske Bronkialbørste 0 2 Hud/bløtdeler Vev Hud Sårsekret Abscess Materiale totalt Dir. Grampreparat Analyser totalt Urin Materiale totalt Fæces Patogene tarmbakterier Serotyping tarmpat Helicobacter dyrkning Cl.diff toxin A/B Resistens Analyser totalt MRSA Dyrkning totalt GBS Typing Urogenital GC dyrkning Parasittologi Mikroskopi Trichomonas dyrkning Giardia EIA Mykobakterier TB dyrkning Dir. mikroskopi Sopp Dir. mikroskopi Soppdyrkning Soppdyrkning genital Gjærsopptyping

16 8.1.3 Infeksjonsimmunologiske undersøkelser Analyse Totalt Analyse Totalt Analyse Totalt Adenovirus antistoff KBR 810 Hepatitt A antistoff total 3189 Parotitt IgM 173 Alt. HBVcore total 132 Hepatitt A IgM 513 Parvovirus B19 IgG 593 Alt. HBVs antigen 104 HEPATITT B-core 4243 Parvovirus B19 IgM 593 Anti-Dnase B 379 Hepatitt Bcore antistoff total 9628 Pertussis FHA IgA 2494 Antistreptolysin titer 493 Hepatitt Be antigen 373 Pertussis FHA IgG 2494 B. pertussis 2493 Hepatitt Be antistoff 413 Pertussis PT IgA 2494 Borrelia IgG 4562 Hepatitt Bs ag konfirmasj 89 Pertussis PT IgG 2494 Borrelia IgG Blot 203 Hepatitt Bs antigen 9636 Puumalavirus IgM 24 Borrelia IgM 4562 Hepatitt Bs antistoff 3501 Quantiferon TB 1400 Borrelia IgM Blot 208 HEPATITT Bs-ANTIGEN RPR 50 Borrelia ratio 25 Hepatitt C antistoff 9030 RPR (Syfilis) 132 Chlamydophila pneumoniae IgG 3982 Hepatitt C RIBA 274 Rubella IgG 3894 Chlamydophila pneumoniae IgM 3982 HEPATITT C-VIRUS Rubella IgM 95 Cox.B/Enterovirus as KBR 1364 Herpes simpex virus IgM 1033 Salmonella paratyphi O as 79 Cytomegalovirus IgG 4798 Herpes simpex virus2 IgG 12 Salmonella typhi O as 79 Cytomegalovirus IgM 4798 Herpes simplex virus IgG 1033 Syfilis tota antistoff 3213 Dengue Antigen 8 Herpes simplex virus1 IgG 12 SYFILIS-UNDERS Dengue IgG 32 Heterofile antistoff 95 Toxo antistoff total 2097 Dengue IgM 32 HIV Toxo IgG DA 267 EBNA IgG 9 HIV 1+2 ag/as 9182 Toxo IgM ISAGA 267 EBV VCA IgG ratio 1 HIV Western Blot as 177 TPPA (Syfilis) 181 EBV VCA IgG 5984 Legionella antistoff 130 Varicella z. virus IgM 1048 EBV VCA IgM 5986 Morbilli IgG 102 Varicella z. virus IgG 1048 F.tularensis agglutinasjon 436 Morbilli IgM 101 VZV IgG ratio 1 F.tularensis IgG 436 Mycoplasma IgG 5087 XSSE-Sendeprøve sendt 254 F.tularensis IgM 436 Mycoplasma IgM 5087 XSVA-Sendeprøve svar 148 Helicobacter pylori IgG 1624 Parotitt IgG 174 Yersinia as agglutinasjon 340 Total

17 8.1.4 Antall undersøkelser for virologi og genteknologi Direkte antigenpåvisning, IF 54 0 Chlamydia trach. PCR Direkte antigenpåvisning, fæces, EIA Elektronmikroskopi 0 0 Antistoff i tårevæske PCR u/chlamydia tr Virusdyrkning Sekvenseringer Spesielt ressurskrevende undersøkelser Tb, dir. mikroskopi Parasitt mikroskopi HIV 1 Western blot HCV konfirmasjonstest (RIBA) Sekvenseringer Pulsfelt gelelektroforese CMV kvantitativ PCR EBV kvantitativ PCR Hepatitt B kvantitativ PCR Hepatitt C kvantitativ PCR HIV kvantitativ PCR Virusdyrkning

18 8.2 Funn: bakteriologi, mykologi, parasittologi Blodkulturfunn (per pasient) Acinetobacter baumanii 1 Haemophilus influenzae 7 Actinobaculum schaalii 2 Haemophilus parainfluenzae 1 Actinomyces neuii neuii 1 Hafnia alvei 1 Aerococcus species 1 Klebsiella oxytoca 11 Aerococcus urinae 3 Klebsiella pneumoniae 28 Alfahemolytiske streptokokker 4 Klebsiella pneumoniae ssp pneumon. 11 Anaerob blandingsflora 1 Lactobacillus species 1 Anaerobe gram neg. staver 1 Leuconostoc species 1 Anaerobe gram pos. staver 1 Listeria monocytogenes 3 Anaerobe gram pos.kokker 1 Micrococcus species 5 Bacillus cereus 3 Micromonas micros 1 Bacillus species 11 Moraxella catarrhalis (branhamella) 2 Bacteroides distasonis 1 Moraxella nonliquefaciens 1 Bacteroides fragilis 8 Morganella morganii 2 Bacteroides species 1 Neisseria meningitidis 2 Bacteroides stercoris 1 Ochrobacter anthropi 1 Bacteroides uniformis 1 Prevotella buccae 1 Betahemol.streptokokker gr.g (str.dys.equisimilis) 2 Prevotella species 2 Betahemolytiske streptokokker gr. A 13 Propionibacterium acnes 1 Betahemolytiske streptokokker gr. B 19 Proteus mirabilis 7 Betahemolytiske streptokokker gr. G 3 Pseudomonas aeruginosa 20 Campylobacter species 1 Pseudomonas fluorescens 1 Candida albicans 13 Ralstonia pickettiia 1 Candida glabrata 4 Saccharomyces cerevisiae 1 Candida parapsilosis 1 Salmonella enteritidis 2 Cedecea species 1 Salmonella newport 1 Citrobacter braakii 1 Salmonella species 2 Citrobacter freundii 1 Salmonella thompson 1 Citrobacter koseri 1 serratia liquefaciens 1 Clostridium clostridioforme 2 Serratia marcescens 2 Clostridium perfringens 6 Shingomonas paucimobilis 1 Clostridium septicum 1 Staph. koagulase neg. (hvite staph.) 179 Clostridium species 3 Staphylococcus aureus 97 Coliforme staver 1 Staphylococcus capitis 4 Corynebacterium species 1 Staphylococcus epidermidis 47 Cryptococcus neoformans 1 Staphylococcus haemolyticus 2 Difteroide staver 13 Staphylococcus hominis 12 Enterobacter aerogenes 2 Staphylococcus lugdunensis 1 Enterobacter cloacae 17 Staphylococcus warneri 1 Enterobacter species 1 Stenotrophomonas maltophilia 1 Enterococcus avium 1 Streptococcus anginosus (milleri) 6 Enterococcus casseliflavus 1 Streptococcus bovis 2 Enterococcus durans 1 Streptococcus dys.dysgalactiae 3 Enterococcus faecalis 33 Streptococcus dysgalactiae equisimilis 10 Enterococcus faecium 18 Streptococcus gallolyticus spp.gallolyticus 1 Enterococcus gallinarium 3 Streptococcus gordonii 2 Escherichia coli 184 Streptococcus intermedius 1 Escherichia fergusonii 1 Streptococcus mitis 4 Fusobacterium species 1 Streptococcus oralis 4 Gemella hemolysans 2 Streptococcus parasanguinis 1 Gemella species 1 Streptococcus pneumoniae 46 Gram negative staver 1 Streptococcus pyogenes 12 Gram negative staver uidentifiserte 2 Streptococcus salivarius 8 Gram positive staver 3 Streptococcus sanguis 3 Streptococcus viridans 2 Total

19 8.2.2 Dyrkningsfunn i spinalvæske 2009 Betahemolytiske streptokokker gr. G 1 Coxsackie A virus type 9 2 Coxsackie B virus type 2 1 Echovirus type 30 2 Echovirus type 9 1 Enterococcus faecium 1 Enterovirus - (ikke poliovirus) 1 Gram positive kokker 1 Listeria monocytogenes 1 Neisseria meningitidis 1 Neisseria meningitidis gruppe B 2 Staph. koagulase neg. (hvite staph.) 1 Staphylococcus aureus 4 Staphylococcus epidermidis 1 Staphylococcus lugdunensis 1 Streptococcus pneumoniae 2 Total Dyrkningsfunn i leddvæske 2009 Alfahemolytiske streptokokker 1 Betahemolytiske streptokokker gr. A 2 Betahemolytiske streptokokker gr. B 2 Candida albicans 1 Difteroide staver 1 Enterokokker 1 Finegoldia magna (Peptostrept. magnus) 1 Micromonas micros 1 Pasteurella multocida 1 Pasteurella species 1 Propionibacterium acnes 2 Propionibacterium species 1 Proteus mirabilis 1 Pseudomonas species 1 Staph. koagulase neg. (hvite staph.) 9 Staphylococcus aureus 22 Staphylococcus caprae 1 Staphylococcus epidermidis 6 Staphylococcus lugdunensis 2 Staphylococcus warneri 2 Streptococcus mitis 1 Streptococcus oralis 1 Total Dyrkningsfunn i pleuravæske Alfahemolytiske streptokokker 3 Bacillus species 1 Betahemolytiske streptokokker gr. C 1 Candida albicans 1 Difteroide staver 1 Enterococcus faecalis 1 Enterococcus faecium 2 Escherichia coli 1 Fusobacterium nucleatum 1 Gram negative staver uidentifiserte 1 Mycobacterium tuberculosis 2 Propionibacterium acnes 1 Propionibacterium species 1 Proteus penneri 1 Pseudomonas species 1 Rhodococcus species 1 Staph. koagulase neg. (hvite staph.) 7 Staphylococcus aureus 1 Staphylococcus haemolyticus 1 Streptococcus anginosus (milleri) 3 Streptococcus viridans 1 Trichosporon mucoides 1 Total 27 19

20 8.2.5 ESBL, MRSA og VRE Antall personer med 1 bakterieisolat med ESBL (utvidet betalaktamase), MRSA (Meticillin-resistente Staphylococcus aureus eller VRE (Vancomycin-resistente enterokokker) Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total ESBL MBL MRSA VRE Patogene tarmbakterier utenom Salmonella (funn i avføringsprøver) 2009 Aeromonas caviae 2 Aeromonas hydrophila 3 Aeromonas species 4 Campylobacter jejuni 238 Campylobacter species 12 Gjærsopp 80 Plesiomonas shigelloides 4 Proteus species 24 Pseudomonas aeruginosa 5 Pseudomonas species 24 Shigella dysenteriae 1 Shigella flexnerii 1 Shigella sonnei 16 Staphylococcus aureus 3 Yersinia enterocolitica 5 Total Salmonella serotyper 2009 Salmonella bareilly 1 Salmonella bredeney 1 Salmonella corvallis 1 Salmonella dublin 1 Salmonella enterica 1 Salmonella enteritidis 48 Salmonella infantis 2 Salmonella kiambu 1 Salmonella kottbus 1 Salmonella london 1 Salmonella newport 2 Salmonella oranienburg 1 Salmonella reading 1 Salmonella saint-paul 1 Salmonella san-diego 1 Salmonella schwarzengrund 2 Salmonella stanley 1 Salmonella thompson 3 Salmonella typhimurium 15 Salmonella virchow 5 Salmonella wangata 1 Sum 91 20

21 8.2.8 Funn Tb-laboratorium 2009 Mycobacterium abscessus 1 Mycobacterium africanum 1 Mycobacterium avium 7 Mycobacterium bovis 1 Mycobacterium fortuitum 2 Mycobacterium gordonae 1 Mycobacterium intracellulare 1 Mycobacterium simiae 1 Mycobacterium tuberculosis 20 Mycobacterium xenopi 1 Syrefaste staver 46 Sum Parasitter 2009 Ancylostoma duodenale (hakeorm) egg 2 Apatogene amøbecyster 79 Ascaris lumbricoides 1 Ascaris lumbricoides egg 1 Cryptosporidium 3 Cyclospora cayetanensis 1 Diphyllobothrium latum egg 1 Entamoeba coli cyster 1 Entamoeba histolytica/dispar 23 Enterobius vermicularis egg 2 Giardia lamblia cyster/eia 50/49 Hakemark egg (ancylostoma eller necator) 5 Hymenolepis nana egg 4 Pneumocystis jiroveci 1 Schistosoma haematobium 1 Schistosoma mansoni 4 Strongyloides stercoralis larver 1 Taenia species egg 1 Trichomonas vaginalis 1 Trichuris trichiura egg 9 Total

22 Sopp 2009 Absidia corymbifera 2 Epidermophyton floccosum 6 Absidia species 1 Exophiala dermatitidis 1 Acremonium species 4 Exophiala species 1 Aspergillus candidus 4 Fusarium oxysporum 3 Aspergillus flavus 43 Fusarium proliferatum 1 Aspergillus fumigatus 23 Fusarium species 3 Aspergillus niger 26 Geotricum species 1 Aspergillus ochraceus 1 Gjærsopp 4 Aspergillus species 2 Malassezia furfur (pityrosporum orb) 62 Aspergillus versicolor 3 Malassezia furfur (pityrosporum ovale) 21 Candida albicans 1975 Microsporum audouinii 3 Candida catenulata 1 Microsporum canis 2 Candida dubliniensis 17 Microsporum species 1 Candida famata (torulopsis candida) 7 Muggsopp 2 Candida glabrata 116 Paecilomyces species 2 Candida guilliermondii 8 Penicillium species 24 Candida kefyr (pseudotropicalis) 2 Rhizopus species 1 Candida krusei 21 Rhodotorula species 2 Candida lambica 3 Saccharomyces cerevisiae 38 Candida lipolytica 4 Scopulariopsis brevicaulis 5 Candida lusitaniae 7 Scytalidium species 1 Candida magnoliae 1 Trichophyton mentagrophytes 11 Candida norvegensis 1 Trichophyton rubrum 294 Candida parapsilosis 109 Trichophyton soudanense 1 Candida sake 2 Trichophyton species 6 Candida species 11 Trichophyton tonsurans 2 Candida sphaerica 1 Trichophyton violaceum 12 Candida tropicalis 26 Trichosporon asahii 3 Cryptococcus neoformans 1 Trichosporon mucoides 8 Total Funn: virus Antistoffpåvisning i tårevæske (IgA-immunflourescens) Adenovirus 1 0 Herpes simplex virus 6 19 Total Antigenpåvisning i fæces (EIA) Adenovirus Astrovirus Rotavirus Total

23 8.3.3 Viruspåvisning i cellekultur Adenovirus Cytomegalovirus ENTEROVIRUS - (ikke poliovirus) Herpes simplex virus type Herpes simplex virus type Humant metapneumovirus 6 9 Influensavirus A Influensavirus B 12 2 Parainfluensavirus Parainfluensavirus type Parainfluensavirus type Parainfluensavirus type Parechovirus 9 8 Picornavirus 3 2 Respiratorisk syncytialt virus Rhinovirus 7 13 Varicella/zoster virus 5 2 Total Viruspåvisning ved immunfluorescens direkte på materiale Negative Positive Negative Positive Herpes simplex virus Influensa A Influensa B Parainfluensa RSV VZV Total

24 8.4.1 PCR- undersøkelser Negative Positive Total Negative Positive Total 16S ribosomalt DNA PCR direkte Adenovirus - PCR: Bartonella henselae - PCR: Bordetella parapertussis - PCR Bordetella pertussis - PCR: Chlamydophila pneumoniae- PCR: Chlamydophila psittaci - PCR : Coronavirus - PCR : Cytomegalovirus - PCR : Enterohemor. E.coli (EHEC)PCR: Enteroinv. E.coli/Shigella PCR Enterotoxinprod. E.coli - PCR Enterovirus - PCR : Enterovirus-PCR Epstein-Barr virus PCR: Exfoliativt toxin (A/B) PCR: Francisella tularensis PCR Gruppe B streptokokker - PCR Helicobacter pylori PCR Herpes simplex virus - PCR : Human papillomav-pcr konsensus Humangenomisk DNA - PCR : Humant bocavirus PCR: Humant Herpesvirus 6 - PCR : Humant Herpesvirus 7 - PCR : Humant Herpesvirus 8 - PCR : Infl. A (H1N1 - generell) PCR: Influensa A virus PCR : Influensa B virus PCR : Influensavirus A SW(H1N1) PCR: Kvantitativ CMV-PCR : Kvantitativ EBV-PCR : Legionella pneumophila PCR : Listeria monocytogenes PCR : Ljunganvirus - PCR : mec A-gen: Met.res.Staph.aureus PCR Metapneumovirus - PCR : Morbilli - PCR: Mycobacterium PCR: Mycobacterium tuberculosis PCR Mycoplasma genitalium PCR : Mycoplasma pneumoniae PCR : N. meningitidis serogruppe PCR Neisseria Meningitidis PCR

25 Neisseria Meningitidis PCR : Norovirus PCR : nuc-gen: Orfvirus - PCR: Parainfluensavirus PCR: Parainfluensavirus type 4 PCR: Parechovirus - PCR : Parotittvirus - PCR: Parvovirus B19 - PCR : Pneumocystis jiroveci PCR: Pneumolysin PCR : P-valentine Leucocidin PCR: Resp.syncitialt(RS)-virus PCR: Rhinovirus - PCR : Staph.aureus PCR Staphylococcus PCR: Tropheryma Whipplei PCR : Ureaplasma urealyticum PCR : Vancomycin res.(van A ) PCR: Vancomycin res.(van B ) PCR: Vancomycin res.(van C1) PCR: Vancomycin res.(van C2) PCR: Varicella Zoster virus - PCR : Total Funn agens i spinalvæske ved PCR Cytomegalovirus - PCR : 0 1 Enterovirus - PCR : Epstein-Barr virus PCR: 7 8 Herpes simplex virus - PCR : 3 6 Humant Herpesvirus 6 - PCR : 3 6 Listeria monocytogenes PCR : 0 4 N. meningitidis serogruppe PCR 0 2 Neisseria Meningitidis PCR 1 0 Neisseria Meningitidis PCR : 1 4 Pneumolysin PCR : 8 3 Varicella Zoster virus - PCR : 12 9 Total Chlamydia trachomatis PCR (antall positive prøver) Chlamydia trachomatis

26 8.4.4 Bakterieidentifikasjon ved sekvensering av 16S rrna genet 2009 Staphylococcus species, mulig S. pettenkoferi 1 Actinomyces turicensis 1 Gemella haemolysans 1 Shewanella algae 1 Streptococcus constellatus 1 Corynebacterium kroppenstedtii 1 Moraxella nonliguefaciens 2 Streptococcus pneumoniae 1 Burkholderia species 1 Mycobacterium fortuitum 1 Eikenella corrodens 1 Fusobacterium nukleatum 1 Enterobacteriaceae-species 1 Gordonia spp., mulig Gordonia sputi 1 Solobacterium moorei 1 Bilophilia wadsworthia 1 Campylobacter fetus sannsynlig 1 Streptococcus dysgalactiae 1 Actinomyces spp. 1 Erysipelotrichaceae-familien 1 Actinobaculum schaalii 2 Heamophilus aphrophilus 1 Finegoldia magna (tidl. Peptostreptococcus magnus) 1 Eggerthella lenta 1 Erysipelotrix rhusiopathiae 1 Atopobiom vaginae 1 Lactobacillus species 1 Fusobacterium spp. 2 Arcanobacterium haemolyticum 1 Aggregatibacter actinomycetemcomitans 1 Staphylophylococcus aureus 1 Klebsiella pneumoniae 1 Streptomyces species 2 Lactobacillus species, mulig L.rhamnosus 1 Enterococcus faecalis 2 Actinomyces neuii subsp neuii 1 Corynebacterium species 1 Pseudomonas species, sannsynlig P.stutzeri 1 Prevotella species 1 Streptococcus Agalactiae 1 Rhodococcus species 1 Stenotrophomonas maltophilia

27 8.4.5 Adenovirus sekvensering Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Total Enterovirus sekvensering Coxsackie A virus type Coxsackie A virus type Coxsackie A virus type Coxsackie A virus type Coxsackie A virus type Coxsackie B virus type Coxsackie B virus type Coxsackie B virus type Coxsackie B virus type Echovirus type Echovirus type Echovirus type Echovirus type Echovirus type Echovirus type Echovirus type Enterovirus type Total

28 8.4.7 HPV-typing ved sekvensering HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV HPV Total Hepatitt C virus genotyping Hepatitt C virus genotype Hepatitt C virus genotype Hepatitt C virus genotype Hepatitt C virus genotype Total

29 8.5 Medieproduksjon Produksjon av faste dyrkingsmedier Dyrkningsmedium Antall skåler 2008 Antall skåler 2009 Blod-agar MacConkey-agar FA-agar Resistens-agar Sjokolade-agar MNYC-agar Saboraud-agar SSI-agar Andre Sum Produksjon av medier/ reagenser på flasker og rør Medium/reagens Antall flasker og rør 2008 Antall flasker og rør 2009 Stuart transportmedium Cary Blair Virus transportmedium Løwenstein Jensen medium Saltvanns- og PBSrør GBS-buljong Anaerob-buljong Andre Sum = Produksjon av medier/ reagenser/ oppløsninger Tot.prod volum Liter 2008 Liter 2009 Sum =