Mikrobiologisk avdeling ÅRSRAPPORT 2013

Transkript

1 Mikrobiologisk avdeling ÅRSRAPPORT 2013

2 Mikrobiologisk avdeling, Sykehuset i Vestfold HF (SiVHF), har som mål å dekke behovet for mikrobiologisk service for befolkningen i eget sykehusområde, samt å gi råd og veiledning i bruk av tjenestene. Avdelingens visjon er: Mikrobiologisk avdeling, et ledende laboratorium innen service, kvalitet og kompetanse. Virksomheten består hovedsaklig av pasientrettet diagnostikk av bakterie-, parasitt-, sopp- og virusinfeksjoner. Prøver mottas fra primærhelsetjenesten samt fra spesialisthelsetjenesten i og utenfor sykehus. Avdelingen er organisert i Klinikk Medisinsk Diagnostikk (KMD). Foruten Mikrobiologisk avdeling omfatter klinikken Sentrallaboratoriet, Avdeling for Patologi, Radiologisk avdeling, Fysioterapiavdelingen samt Prestetjenesten. Aktivitet 2013, totalt samt fordelt på fagområdene: Aktivitet % vis fagområdene endring fra Totalt antall analyser ,2 Bakteriologi ,8 Infeksjonsimmunologi ,1 Genteknologi ,5 Aktivitet fordelt på rekvirenter Total poliklinikk ,7 SiV HF ,4 ST HF ,7 Andre HF ,5 Blodgivere ,2 Det har vært en nedgang i aktivitet sammenlignet med 2012, genteknologisk undersøkelser hadde høyere aktivitet enn plantall i januar og august 2013, mens aktiviteten lå under plantall i de øvrige månedene. Totalt poliklinisk aktivitet lå 4,7 % under Tabellen viser oversikt over poliklinisk aktivitet Organisering Avdelingen ledes av avdelingssjef sammen med to seksjonsledere som har ansvaret for hver sin seksjon; fagseksjon og laboratorieseksjon. Kvalitetskoordinator og IKT-koordinator er organisert i stab til avdelingssjef. Det ble ikke gjennomført noen organisatoriske endringer i Klinikken opprettet en midlertidig stilling for brukerkontakt, den ble besatt av enhetsansvarlig preanalytisk enhet. Kvalitetskoordinator Hilde Kaasa, permisjon fra Anja Hannisdal ble ansatt som kvalitetskoordinator fra febr. IKT-koordinator Liv Brown har hovedansvaret for IKTarbeidet. Det har i tillegg vært ansatt 100 % IKT personell fra febr Bemanning pr Seksjonsleder fag: Avdelingsoverlege Nils Grude Seksjonen består av avdelingsoverlege, 3 overleger og 2 LIS. Seksjonsleder laboratorium: Seksjonsleder Wenche Håkegård Oversikt over ansatte på seksjon lab.: : 38,9 årsverk = 44 pers Seksjonsleder 1 Genteknolog 1 Bioingeniør 29,1 (33 pers) Lab.assistent 3 Helsesekretær 4,8 (6 pers) (2014: 0,52 helsesekretær omgjort til bioingeniør) Fordeling på enheter: Bakteriologi 18,1 årsverk Infeksjonsimmunologi/ Genteknologi 11,25 årsverk Preanalystisk 5,8 årsverk Felles (-0,75 årsverk) (4 vikarer) (1 vikar) 3 årsverk Råd og utvalg * Avdelingssjef Bodil T. Ruud er medlem av RUFMIK (Rådgivende utvalg for mikrobiologi)bfi-nito * Overlege Dagfinn Skaare er vitenskaplig sekretær i NordicAST og leder i AFA (Arbeidsgruppen for antibiotikaspørsmål). * Avdelingsoverlege Nils Grude er medlem i Spesialitetskomiteen i medisinsk mikrobiologi og faglig rådgiver for ASP(Antibiotikasenteret for primærmedisin), UiO. Han er også med i forskningsutvalget ved SiV. * Overlege Øystein Haarklau Johansen sitter i styret for NFMM(Norsk forening for medisinsk mikrobiologi) * LIS Heidi C. Villmones sitter i råd for antibiotikautvalg på SiV. Kontakt med brukere, utdanning og kursvirksomhet Det er et utstrakt samarbeid mellom avdelingens leger og de kliniske avdelinger når det gjelder diagnostikk og rådgiving om pasientbehandling. Faste samarbeidsmøter er etablert med barneleger, infeksjonsmedisinere og leger på intensivavdelingen. Avdelingens leger har også nær kontakt med allmennpraktikere via telefon og møter for generell informasjon om våre tjenester samt rådgivning i behandling av den enkelte pasient. Nyopprettet brukerkontakt i KMD har utadrettet kontakt med interne og eksterne rekvirenter når det gjelder veiledning i prøvetaking og forsendelse av mikrobiologiske prøver. Avdelingen har ukentlig internundervisning med aktuelle faglige tema. Personalet har deltatt på diverse kurs, kongresser og faglige møter gjennom året. I 2013 har kvalitetskoordinator Anja Hannisdal gjennomført kurs i kvalitetsledelse ved HiBU. Seksjonsleder Wenche Håkegård har deltatt på modulbasert opplæring i kvalitetsarbeid ved SiV. Forskningsprosjekter * Kromosomal betalaktamresistens og klonalitet hos Haemophilus influenzae. Del av Ph.d-studium ved Universitetet i Tromsø for overlege Dagfinn Skaare. Prosjektgruppen består for øvrig av Dr.scient I.L. Anthonisen, overbioingeniør A. Lia og overbioingeniør A. Hannisdal. * Prosjektet innebærer: * Fenotypisk og genotypisk karakterisering av H.influenzae-isolater med non-betalaktamasemediert betalaktamresistens * Kartlegging av klonalitet og horisontal spredning av resistensgener som medvirkende årsak til økt forekomst av resistente stammer * Dagfinn Skaare har fra september 2012 hatt 50 % forskerstilling ved SIV for å fullføre sitt doktorgradarbeid * Genotyping av kryptosporidiose i Norge utvikling av laboratoriemetoder for molekylær epidemiologi og utbruddsoppklaring. Overlege Øystein Haarklau Johansen i samarbeid med Dr.scient I.L. Anthonisen, Nasjonalt folkehelseinstitutt og Norges veterinærhøgskole * Singel mecillinamresistens hos E. coli, avdelingsoverlege Nils Grude i samarbeid med professor Andrew Jenkins (Høyskolen i Telemark). Nils Grude har deltatt i flere eksterne prosjekter innen UVI, E. coli samt borreliose. * Prevalenskartlegging Mycoplasma genitalium og Ureaplasma urealyticum. Ved bioingeniør Liv Kjersti Paulsen. * Borreliose og PCR. Dr. scient. Inger-Lill Anthonisen og avdelingsoverlege Nils Grude * Blodkulturporsjekt i Etiopia; avdelingsoverlege Nils Grude og overlege Thor-Henrik Henriksen * Prevalens av Borrelia antistoff hos blodgivere: avdelingsoverlege Nils Grude og fagansvarlig Anne Berit Pedersen * Clamydiadiagnostikk i praksis, Maria Romøren, Dagfinn Skaare og Nils Grude * Mycoplasma pneumoniae prosjekt; Dagfinn Skaare og Nils Grude 2 3

3 Andre prosjekter Etiopiaprosjektet Sykehuset har inngått et samarbeid med Fredskorpset(FK) om utveksling av kompetanse mellom SiV og to sykehus i Addis Abeba; Black Lion Hospital og Yekatit 12 Hospital. Mikrobiologisk avdeling har stort engasjement i forhold til dette prosjektet og flere representanter har og besøkt disse to sykehusene. Prosjektet startet formelt opp febr med hospitering av en bioingeniør fra hvert av de to sykehusene i Etiopia. De returnerte til SiV i 3 måneder hver i 2013 for å få godkjenning som spesialister innen mikrobiologi i Etiopia. Vi hadde også en ny hospitant fra Yekatit 12 fra mai som skal være ved avdelingen i ett år. De får en innsikt i hvordan mikrobiologisk avdeling er organisert, håndtering og oppfølging av mikrobiologiske prøver og kjennskap til ny teknologi. Vår representant i Etiopia var i 2013, overbioingeniør Anne Britt Lerkerød som avsluttet sitt 6 måneders opphold febr. 2013, mens bioingeniør Charlotte Markussen startet sitt opphold. Hun har til sammen ett års hospitering i Etiopia. Øystein H. Johansen deltok på en ekspertreise i januar, mens avdelingsoverlege Nils Grude var sammen med overlege Tor-Henrik Henriksen på et kortopphold i sept. Publikasjoner 2013 Publisert i Tittel Forfattere Nasjonal faglig retningslinje for bruk av antibiotika i sykehus. Helsedirektoratet, Oslo Tidskrift for den norske legeforening, mai 2013, nr. 10 Epidermiol.Infect. Ticks Tick Borne Dis Jun;4(4): Nasjonale faglige retningslinjer for antibiotikabruk i primærhelsetjenesten Helsedirektoratet Oslo 2012/2013 Samfunnservervet pneumoni Nye regningslinjer for antibiotika i primærhelsetjenesten Second outbreak of infection with a rare Cryptosporidium parvum genotype in schoolchildren associated with contact with lambs/ goat kids at a holiday farm in Norway Mikrobiologisk diagnostikk Urinveier: Generelt Nedre UVI Tick bites in healthy adults from western Norway: occurrence, risk factors, and outcomes Kapitlene cystitt, pyelonefritt og ABU Berild D, Rysstad R, Pedersen K, Heggelund L, Berdal J-E, Telle A, Skaare D. M Lindbæk, S Jensen, KE Eliassen, A Fetveit, N Grude, D Berild, P Hjortdal H Lange, ØH Johansen, L Vold, LJ Robertson, IL A Wester AL, Tveten Y, Leegaard T, Grude N Grude N, Haug JB Ringstad J nthonisen, K Nygard Hjetland R, Eliassen KE, Lindbæk M, Nilsen RM, Grude N, Ulvestad E. Bærheim A, Grude N Kvalitetsarbeid Avdelingen er akkreditert etter NS-EN ISO Det ble søkt ytterligere utvidelse av akkrediteringsomfanget høsten Avdelingen har kontinuerlig høyt fokus på avvik og avvikshåndtering og kvalitetsforbedrende tiltak. Dokumentstyringssystem for kvalitetsarbeidet er Elektronisk kvalitetshåndbok fra Datakvalitet AS i Tromsø og for avviksbehandlingen brukes TQM Helse fra TQM Partner AS i Skien. Avdelingen deltar i nasjonale og internasjonale systemer for ekstern kvalitetskontroll/ sammenlignende laboratorieprøving (SLP). Vi deltar i nasjonale Ringtester fra Folkehelseinstituttet innen bakteriologi og virologi/ serologi. I forbindelse med rapportering av resistensdata for invasive isolater til EARSS deltar vi også i SLP fra EARSS. Videre deltar vi i en rekke SLP-programmer innen bakteriologi, parasittologi, antibiotikaresistens, virologi/serologi, molekylærbiologi og immunologi fra UK NEQAS, EQUALIS, INSTAND, QCMD og Immuno- Concepts. Fra Labquality har vi kontrollene: Legionella-antigen og Pneumokokkantigen. Avdelingens kvalitetsråd har hatt 10 møter i Det er utarbeidet årsrapport. Revisjonsteamet utførte 7 interne revisjoner. Sykehuset ble sertifisert etter ISO standard i jan Områder som avdelingen må arbeide videre: ytre miljø, avfall-kildesortering og produktkontroll-substitusjonsplikt. KMD opprettet et kvalitetsnettverk med kvalitetskoordinatorene som har til formål å standardisere kvalitetsarbeidet. Eksterne tilsyn: IKT-utvikling Avdelingen anvender fagsystemet Miclis. Miclis sender svarrapporter til Dips. Elektronisk rekvirering i Dips for sykehusets interne rekvirenter ble implementert høsten Det ble utført en omfattende opplæring og informasjonsarbeid i forbindelse med innføringen. Avdelingen fikk også ansvar for installering av diverse etikettskrivere på avdelingene. SiV er pilot for prosjektet interaktiv henvisning og rekvirering (IHR) som er igangsatt av HSØ. Det ble satt i gang en pilotering av IHR på et legekontor i Tønsberg fra 1. juni Prosjektet ble videreført i 2013, og flere legekontorer i Vestfold ble involvert. I 2012 valgte HSØ et nytt felles labdatasystem C5LIMS levert av Software Point, nå kaldt Labvantage. Forventet implementering på SiV er satt til Ved overgang til elektronisk rekvirering har bioingeniørene fått opplæring og utfører mottak av elektroniske rekvisisjoner. Rekvisisjoner blir skannet inn i Skandale i Miclis. KMD har også opprettet et IKT-nettverk for IKT-koordinatorene i klinikken. Utvikling og innføring av nye metoder/utstyr Det ble i løpet av høst 2013 gradvis innført elektronisk rekvirering i DIPS. Enhetsansvarlig preanalytisk fikk stilling som brukerkontakt for laboratoriefagene i KMD fra 12. aug. Nyansatt enhetsansvarlig ble delaktig sammen med IKT-koordinator for opplæring av ansatte på SiV i bruk av elektronisk rekvirering. I løpet av høsten endret alle interne rekvirenter rutiner for rekvirering. Ved elektronisk rekvirering ble oppgaver som tidligere har vært utført av helsesekretærer overtatt av bioingeniører. Helsetilsynet var på tilsyn 20. mars i forbindelse om godkjenning etter forskrift av 7.mars 2008 om krav til kvalitet og sikkerhet ved håndtering av humane celler og vev. Avdelingen har kontinuerlig fokus på å yte god service for eksterne og interne rekvirenter. Navn på personene fra venstre prosjekt Etiopia, Zerihun Woldesenbet, Kebede Fufa Woldesenbet, Anne Britt Lerkerød, Torill Odden og Charlotte Markussen. SiV var pilot for revisjon fra HSØ våren 2013, KMD var involvert i dette arbeidet. Avdelingen hadde ikke tilsyn fra NA i

4 Bakteriologisk enhet Enheten har fortsatt pågående opplæring av bioingeniører/lis leger. Enheten hadde også hovedansvar for etiopierne som hospiterte ved avdelingen i løpet av Det er en økning av bakteriologiske prøver fra inneliggende på SiV på 8,4 % i forhold til Infeksjonsimmunologisk enhet Enheten har etablert Reiber-metode ved diagnostikk av neuroborreliose. Genteknologi Enheten utvikler kontinuerlig in-house PCR metodikk for ulike agnes. Enheten hadde høy aktivitet januar og februar Det arbeides kontinuerlig med forbedring av NØKKELTALL FOR VIRKSOMHETEN metodene, CE-merking og automatisering av analyseprosessen innen genteknologi. Det ble installert en QIAsymphoni som skal bl.annet utføre HCV-testing. En tredje Lightcycler 480 ble også installert. Avdelingen har hatt hovedansvaret for prosjekt utvikling av genteknologisk analyser i KMD. Samarbeid med andre laboratorier Mikrobiologisk avdeling ved SiV har etablert et godt samarbeid med Seksjon for laboratoriemedisin ved ST- HF, hvor vi årlig har etablert formelle samarbeidsmøter. Avdelingen har et godt samarbeid med henvisningslaboratorier hvor vi har inngått skriftelige avtaler. Arealer Mikrobiologisk avdeling disponerer ca 1200 m². ANTALL UNDERSØKELSER FORDELT PÅ SEKSJONER OG KATEGORI REKVIRENTER Totalt Innl.andre HF Innlagte SiV Polikliniske Blodgivere Antall undersøkelser % total % endring Bakteriologisk seksjon Serologi/ virus seksjon Generelle og spesielle bakteriologiske us ,42-1,82 Tilleggstester / videreforsendelse m.m ,14 4,91 Mykologiske og parasittologiske us ,95-6,23 Mykobakterie us ,02 64,86 Bakterieantistoffer ,43-7,07 Protozoantistoffer ,92-4,87 Immunologiske undersøkelser m.m ,56 7,31 Viruspåvisning ,88-5,67 Virusantistoffer ,69-0,89 SUM ,00-1,17 ANTALL UNDERSØKELSER FORDELT PÅ ENHETER Antall undersøkelser % total % endring Bakteriologisk enhet ,90 0,13 Infeksjonsimmunologisk enhet ,68-6,31 Genteknologisk enhet ,43 0,46 SUM ,00-1,17 Nukleinsyre seksjon SUM UNDERSØKELSER FORDELT PÅ KATEGORIER REKVIRENTER PRODUKSJON AV MEDIER OG REAGENSER Antall undersøkelser % total % endring Innlagte Sykehuset i Vestfold ,92 9,27 Innlagte andre HF ,41 1,49 Polikliniske pasienter ,95-4,63 Blodgivere ,72-5,24 SUM ,00-1,17 Laboratoriet er selvforsynt med de fleste medier. I 2013 ble det produsert i alt skåler eller rør, en økning på 8,7 % fra ( i 2006, i 2007, i 2008, i 2009, i 2010, i 2011 og i 2012). 6 7

5 GENERELLE OG SPESIELLE BAKTERIOLOGISKE UNDERSØKELSER Antall undersøkelser med pos. funn* Aerob dyrkning (ikke spesifisert) Anaerob dyrkning Blodkultur aerob/anaerob dyrkning inkl. mikroskopi Blodgiver bakt.undersøkelser (bl.a. trombocyttkonsentrat) Urin dyrkning Spinalvæske dyrkning Spinalvæske antigentest (6 ag.) Pneumokokk antigentest Salmonella dyrkning Shigella dyrkning Yersinia dyrkning Campylobact. dyrkning Enterohemorrhagisk/Enteropatogen E.coli dyrkning Enterohemorrhagisk E.coli (EHEC) (PCR) Enteropatogen E.coli (EPEC) PCR Gonokokk dyrkning Meningokokk dyrkn. (nese/hals) Corynebacterium diphteriae dyrkning Vibrio dyrkning (kolera) Bordetella pertussis dyrkning (kikhoste) Bordetella pertussis (PCR) Bordetella parapertussis/holmesii (PCR) parapertussis Bordetella parapertussis/holmesii (PCR) holmesii positive Legionella antigentest Legionella dyrkning Leishmania dyrkning Burkholderia cepacia dyrkning Helicobacter pylori dyrkning Borrelia (PCR) MRSA dyrkning MRSA Mec A (PCR) MRSA (PCR) MRSA Direkte påvisning (PCR) Resistensbestemmelse VRE dyrkning VRE PCR ESBL dyrkning Chlamydia trachomatis PCR Mycoplasma genitalium DNA (PCR) Ureaplasma urealyticum DNA (PCR) Clostridium difficile toksin A og B Mikroskopi (ikke feces eller blodkultur) QuantiFeron - TB Gold videreforsendelse Prøver til videreforsendelse Tilleggstester (ikke spesifisert) SUM *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert, oppgitt kun 1 gang pr. agens. 8 BLODKULTUR Av totalt blodkulturflasker er det funnet vekst hos 929 pasienter. Følgende agens er isolert (kun funn hvor det er gjort resistensbestemmelse er tatt med): Achromobacter xylosoxidans 1 1 Acinetobacter baumannii 1 0 Acinetobacter pittii 0 1 Acinetobacter lwoffi 2 0 Acinetobacter sp. 1 1 Actinobaculum schaalii 0 3 Actinomyces neuii 0 2 Actinomyces odontolyticus 1 2 Actinomyces oris 0 3 Aerococcus sanguinicola 0 1 Aerococcus urinae 0 5 Aeromonas caviae 1 0 Aeromonas veronii 0 1 Aggregatibacter aphrophilus 0 1 Allloscardovia omnicolens 1 0 Anaerobe gram negative staver 1 3 Anaerobe gram positive bakterier 3 0 Anaerobe staver 2 0 Arcanobacterium haemolyticum 0 1 Bacillus cereus 3 4 Bacillus sp. 3 0 Bacteroides caccae 1 2 Bacteroides fragilis Bacteroides intestinalis 0 2 Bacteroides ovatus 0 1 Bacteroides thetaiotaomicron 2 6 Bacteroides uniformis 4 2 Bacteroides vulgatus 4 2 Bacteroides sp. 3 1 Bifidobacterium sp. 0 1 Brevibacterium sp. 0 1 Burkholderia sp. 1 0 Campylobacter festus 0 1 Campylobacter jejuni 1 1 Campylobacter sp. 0 1 Candida albicans 3 10 Candida glabrata 1 1 Candida dubliniensis 0 2 Candida parapsilosis 0 3 Candida sp. 0 1 Candida tropicalis 0 1 Capnocytophaga sputigena 0 2 Citrobacter braakii 0 1 Citrobacter freundii 5 4 Citrobacter koseri 3 3 Citrobacter sp. 1 0 Clostridium cadaveris 0 1 Clostridium difficile 0 1 Clostridium hathewayi 1 1 Clostridium innocuum 1 0 Clostridium perfringens 2 3 Clostridium ramosum 2 4 Clostridium septicum 0 3 9

6 Clostridium sp. 1 2 Corynebacterium amycolatum 1 0 Corynebacterium pseudodiphtericum 1 0 Corynebacterium sp. 2 0 Cronobacter sakazakii 2 0 Delftia acidovorans 1 0 Dermabacter hominis 0 1 Dialister pneumosintes 1 0 Difteroider 0 1 E.coli E.coli (AmpC+) 1 2 E.coli (ESBL+) Eggerthella lenta 1 0 Eikinella corrodens 0 1 Enterobacter aerogenes 2 3 Enterobacter asburiae 2 3 Enterobacter cloacae Enterobacter kobei 0 1 Enterobacter sp. 2 1 Enterococcus avium 1 1 Enterococcus casseliflavus 0 1 Enterococcus faecium Enterococcus faecium (vancomycinresistent) 0 1 Enterococcus faecalis Enterococcus gallinarum 1 2 Eubacterium art 0 1 Fusobacterium necrogenes 1 0 Fusobacterium necrophorum 1 0 Fusobacterium nucleatum 0 2 Fusobacterium sp. 1 1 Francisella philomiragia 1 0 Flavonifractor plautii 1 0 Gemella haemolysans 1 1 Gemella sanguinis 0 1 Gramvariable kokkobasiller 0 1 Granulicatella adiacens 2 6 Haemophilus influenzae- BNAR 2 0 Haemophilus influenzae 4 3 Haemophilus parainfluenzae2 1 2 Hafnia alvei 0 1 Klebsiella oxytoca Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae ESBL 0 3 Laktobasiller 0 1 Lactobasillus rhamnosus 1 0 Lactobasillus salivarius 0 1 Listeria monocytogenes 0 3 Microaerofile difteroider 1 0 Micrococccus luteus 6 1 Moraxella catarrhalis 1 0 Moraxella nonliquefaciens 0 1 Moraxella osloensis 1 1 Morganella (Proteus) morganii 0 5 Neisseria meningitidis 1 1 Neisseria meningitidis gr. B 0 1 Neisseria meningitidis gr. C 0 1 Nocardia farcinica 1 0 Blodkultur fortsetter Nocardia nova 0 1 Parvimonas micra 1 0 Pasteurella multocida 0 1 Peptoniphilus harei 0 2 Peptostreptococcus anaerobius 1 1 Peptostreptokokker 0 1 Prevotella bivia 1 1 Prevotella denticola 0 1 Prevotella intermedia 1 0 Propionibacterium acnes 0 1 Proteus mirabilis 6 15 Proteus vulgaris 0 3 Pseudomonas aeruginosa Raoultella ornithinolytica 2 3 Rothia denticariosa 0 1 Rothia mucilaginosa 1 0 Ruminococcus gnavus 0 1 Salmonella enteritidis 1 0 Salmonella newport 0 1 Salmonella paratyphi A 0 2 Salmonella sp. 1 0 Serratia fonticola 0 1 Serratia marcescens 2 11 Shewanella putrefaciens 1 0 Shuttleworthia satelles 0 1 Sphingomonas paucimobilis 1 1 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus (methicillinreisistent) 0 1 Staphylococcus capitis 8 9 Staphylococcus caprae 0 3 Staphylococcus equorum 1 0 Staphylococcus epidermidis Staphylococcus epidermidis (methicillinresistent) 1 0 Staphylococcus haemolyticus 4 4 Staphylococcus hominis Staphylococcus lugdunensis 3 1 Staphylococcus lutetiensis 1 0 Staphylococcus saprophyticus 1 2 Staphylococcus sciuri 1 0 Staphylococcus pettenkoferi 0 1 Staphylococcus warneri 3 2 Staphylococcus xylosus 1 0 Stenotrophomonas maltophilia 1 0 Beta-hemolyt. Strept. gr. A 1 0 Beta-hemolyt. Strept. gr. A (Strept.pyogenes) 6 15 Beta-hemolyt. Strept. gr. B 0 1 Beta-hemolyt. Strept. gr. B (Strept. agalactiae) Beta-hemolyt. Strept gr.c 0 1 Beta-hemolyt. Strept gr.c (S.dys.equisimilis) 3 0 Beta hemolyt. Strept. gr C (S.dys.galactiae) 0 2 Beta-hemolyt. Strept. gr. C (S.equi ssp zooepidemicus) 0 1 Beta-hemolyt. Strept gr.g 0 1 Beta-hemolyt. Strept gr.g (S.dys.equisimilis) 4 1 Beta-hemolyt. Strept gr.g (S.dysgalactiae) 3 6 Streptococcus anginosus (Milleri gr.)

7 Streptococcus constellatus (Milleri gr.) 2 6 Streptococcus cristatus 1 0 Streptococcus dysgalactiae 2 2 Streptococcus gallolyticus 0 1 Streptococcus gordonii 2 1 Streptococcus infantarius 1 0 Streptococcus intermedius (Milleri gr.) 3 1 Streptococcus milleri 1 1 Streptococcus mitis 1 7 Streptococcus mitis/oralis 0 1 Streptococcus mutans 1 1 Streptococcus oralis 6 2 Streptococcus parasanguis 2 3 Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae, penicillinintermediær 3 1 Streptococcus salivarius 5 8 Streptococcus sanguinis 0 4 Grønne (alfa-hemolytiske) Streptokokker 4 1 Veillonella parvula 1 1 Yersinia enterocolitica 0 1 SUM MYKOBAKTERIER Antall undersøkelser med pos. funn Syrefaste staver i direkte preparat GONOKOKKER Det ble utført til sammen 585 dyrkninger og påvist gonokokker hos 8 pasienter i Gonokokker I 2013 var 76 positive blodkultur bakteriemier med mer enn ett agens (100 i 2010, 77 i 2011, 54 i 2012). SPINALVÆSKER Det ble dyrket 478 spinalvæsker aerobt. Som tabellen nedenfor viser hadde 8 pasienter positiv spinalvæske med reelle funn. Årlig antall pasienter med påvist gonokokker med pos. funn samme funn i bl.k. Beta-hemolyttiske streptokokker gr. A Beta-hemolyttiske streptokokker gr. B Klebsiella pneumoniae Neisseria meningitidis gr. C Neisseria meningitidis gr. W Staphylococcus aureus Staphylococcus capitis Staphylococcus epidermidis Streptococcus pneumoniae Streptococcus salivarius SUM Totalt antall positive dyrkninger

8 FECES Det ble utført til sammen dyrkninger med henblikk på Salmonella (3840), Shigella (3741), Yersinia (3745) og Campylobacter (3846). med pos. funn Salmonella Abony 0 1 Campylobacter jejuni Salmonella Anatum 0 1 Campylobacter coli 8 18 Salmonella Bareilly 0 1 Campylobacter upsaliensis 1 0 Salmonella Bovismorbificans 1 1 Sum Campylobacterw Salmonella Chester 1 0 SUM Salmonella Coeln 0 2 Salmonella Corvallis 1 1 Alle Salmonella, Shigella og Yersiniastammer er sendt Folkehelseinstituttet. Salmonella Derby 1 0 Salmonella Enteritidis Salmonella Enterica subspecies Enterica gr.o:4,monofasisk variant 14 4 Salmonella Hvittingfoss 1 0 Salmonella Javiana 0 1 Salmonella Johannesburg 1 0 Salmonella Kalamu 0 1 Salmonella Kenya 0 1 Salmonella Kedougou 1 0 Salmonella Kottbus 0 1 Salmonella Larochelle 0 1 Salmonella Liverpool 1 0 Salmonella Mikawasima 1 1 Salmonella Minnesota 1 0 Salmonella Montevideo 1 0 Salmonella Muenchen 0 1 Salmonella Newport 1 3 Salmonella Paratyphi B 2 0 Salmonella Saintpaul 0 1 Salmonella Stanley 1 5 Salmonella Solna 0 1 Salmonella Thompson 0 2 Salmonella Typhimurium 8 10 Salmonella Uganda 1 0 Sum Salmonella Shigella boydii 1 0 Shigella flexneri 1 0 Shigella sonnei 1 2 Sum Shigella 3 2 Yersinia enterocolitica serogruppe O Yersinia enterocolitica serogruppe O Yersinia enterocolitica serogruppe 4,33, biotype 1A 0 1 Yersinia enterocolitica serogruppe 5, biotype Yersinia enterocolitica serogruppe 5, biotype 1A 1 0 Yersinia enterocolitica serogruppe 5,27, biotype Yersinia enterocolitica serogruppe 6,31, biotype 1A 0 1 Yersinia enterocolitica serogruppe 7,8, biotype 1A 0 2 Yersinia enterocolitica serogruppe 16, biotype 3, apatogen 0 1 Yersinia enterocolitica biotype Yersinia enterocolitica biotype 1A 1 1 Yersinia enterocolitica biotype Yersinia frederiksenii 0 1 Yersinia frederiksenii serogruppe Sum Yersinia

9 Høstkonferansen i mikrobiologi 2013 Mikrobiologisk avdeling arrangerte for første gang Høstkonferansen i mikrobiologi 18. og 19. september 2013 på Quality hotell Oseberg. Det var påmeldt 124 deltagere fra hele landet og 27 leverandører deltok som utstillere. Konferansen hadde faglige foredragsholdere internt fra egen avdeling og fra sykehusets ansatte. MYKOLOGISKE OG PARASITTOLOGISKE UNDERSØKELSER Antall undersøkelser med pos. funn Gjærsopp, muggsopp gj gg gm ms so Dermatofytter Cryptosporidier (IF) mc Andre parasitter mp mk ev ma mi SUM Høstkonferansen 2013, navn på personene fra venstre: Liv Brown, Anne-Berit Pedersen, Sissel D. Nysæter, Bodil T. Ruud, Kristin Jørgensen, Reidun Hæreid, Inger-Britt Høysveen, Mette L. Dahl og Wenche Håkegård. Alt fra smittevern til borrelia og sushi venter bioingeniørene som inntar Oseberg kulturhus september. Da går nemlig den årlige høstkonferansen i mikrobiologi av stabelen, og i år er mikrobiologisk avdeling ved Sykehuset i Vestfold arrangør. - Det kommer deltakere fra hele landet, og det er rift om å få delta. Det er en fin mulighet å få presentert avdelingen og arbeidet vi utfører, sier avdelingssjef Bodil Tidemand Ruud. Presenterer nytt utstyr Konferansen ble tidligere arrangert av Folkehelseinstituttet, men har de siste årene gått på rundgang mellom sykehusene. Arrangementskomiteen ved SiV har jobbet med det faglige programmet i to år, og kan friste med flere spennende temaer, presentert av sykehusets egne folk. - Resistens og resistensutvikling, smittevern, automasjon, borrelia og molekylærdiagnostikk er temaer som står på programmet. Vi er også stolte over å kunne presentere Etiopia-prosjektet vårt, sier avdelingssjefen. I det eksotiske hjørnet får deltakerne stifte nærmere bekjentskap med dengueviruset, og svaret på om det er trygt å spise sushi i Norge. Det blir også anledning til å delta på en omvisning ved mikrobiologisk avdeling. - God økonomi de siste årene har ført til at vi har kunnet investere i nytt utstyr. Erfaringer med dette vil også bli presentert, forklarer Tidemand Ruud. Det vil også være 26 leverandører som har utstilling i lobbyen på Oseberg. Kulturvandring Fire guider skal også sørge for at bioingeniørene kan reise hjem med litt annet påfyll enn kun det faglige. Onsdag kveld blir det nemlig kulturvandring fra Oseberg over Slottsfjellet til Kastellkafeen. - Vi avslutter dagen med festmiddag på Kastellkafeen. Det er hyggelig å kunne vise deltakerne Norges eldste by, sier Tidemand Ruud. DERMATOFYTTER OG MUGGSOPP Antall pasiente med pos. funn Trichophyton sp. 0 1 Trichophyton mentagrophytes 8 2 Trichophyton rubrum Trichophyton tonsurans 5 1 Trichophyton verrucosum 1 0 Trichophyton violaceum 8 5 Trichophyton soudanense 2 2 Epidermophyton floccosum 1 1 Scopulariopsis brevicaulis 0 1 Microsporum canis 0 1 Aspergillus sp Aspergillus flavus 3 3 Aspergillus fumigatus Aspergillus niger Aspergillus terreus 1 1 Tritirachium sp. 0 0 SUM PARASITTER Det ble mottatt 661 fecesprøver til mikroskopi med følgende funn. med pos. funn Ascaris lumbricoides (spoleorm) 2 0 Enterobius vermicularis 4 8 Entamoeba histolytica/ entamoeba dispar cyster 0 0 Entamoeba coli 2 2 Giardia lamblia cyster 8 3 Hakeorm egg 1 0 Hymenolepis nana 2 1 Taenia species 0 2 Trichuris trichiura 1 1 SUM

10 RESISTENSUTVIKLING med aktuelt funn per år. Det er ikke korrigert for funn hos samme pasient tidligere år. Det er ikke korrigert for utvikling i antall undersøkte prøver eller endringer i brytningspunkter. CHLAMYDIA TRACHOMATIS Positive prøver Antall undersøkelser Andel pos. prøver av tot. 5,07 4,64 5,12 5,35 5,73 6,05 7,01 6,80 8,19 7,63 7,58 8,32 8,39 8, E.coli ESBL-A E.coli AmpC K.pneumoniae ESBL-A K.pneumoniae AmpC Proteus mirabilis ESBL-A Proteus mirabilis AmpC P.aeruginosa Meropenem IR Acinetobacter spp. Meropenem IR S.aureus MRSA Pneumokokker Benzylpenicillin IR E.faecalis/E.faecium VRE H.influenzae Cefotaksim R Antall pasienter 250 Resistensutvikling utvalgte agens/mekanismer Isolater påvist ved Mikrobiologisk avdeling SiV E.coli ESBL-A S.aureus MRSA P.aeruginosa Meropenem IR E.coli AmpC Pneumokokker Benzylpenicillin IR K.pneumoniae ESBL-A E.faecalis/E.faecium VRE 19 20

11 ANTISTOFFUNDERSØKELSER BAKTERIEANTISTOFFER Antall undersøkelser med pos. funn * AST DNase B Borrelia IgG Borrelia IgM Borrelia IgG nevro Borrelia IgM nevro Borrelia C6 peptid IgG/IgM Borrelia immunoblot IgG Borrelia immunoblot IgM TBE IgG TBE IgM Bordetella pertussis IgA (avsluttet i 2012) Bordetella pertussis IgG (avsluttet i 2012) Bordetella pertussis toxin Helicobacter pylori IgG TP IgG/IgM TP IgG/IgM - Blodgivere TP IgG/IgM - Gravide SUM *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert, oppgitt kun 1 gang pr. agens. Det er påvist Syfilis antistoff (TP IgG/IgM) hos 16 pasienter. PROTOZOANTISTOFFER Antall undersøkelser med pos. funn * Toxoplasma IgG Toxoplasma IgG SUM IMMUNOLOGISKE UNDERSØKELSER m.m. Antall undersøkelser anti-ccp Ra-test (ut av bruk 2012) RF IgM ANA anti n-dna (nativt) anti-ssa anti -SSB anti-rnp anti-sm anti-scl anti-jo Centromere HLA-B27 DNA (PCR) PR3 (c-anca) MPO (p-anca) SUM VIRUSPÅVISNING - ANTIGEN OG NUKLEINSYRE Antall undersøkelser med pos. funn *) Adenovirus DNA (PCR) Adenovirus (feces) Chlamydophila pneumoniae DNA (PCR) Cytomegalovirus DNA (PCR) Denguevirus antigen Enterovirus RNA (PCR) HBsAg HBsAg - Blodgivere HBeAg Hepatitt C RNA PCR Herpes simplex virus type 1 DNA (PCR) Herpes simplex virus type 2 DNA (PCR) Humant metapneumovirus RNA (PCR) Influensa A virus RNA (ikke H1N1) (PCR) Influensa A H1N1 virus RNA (PCR) Influensa B virus RNA (PCR) Mycoplasma pneumoniae DNA (PCR) Norovirus RNA (PCR) Parainfluensa 1,2,3,4 RNA (PCR) Parecho RNA (PCR) Respiratorisk syncytialvirus RNA (PCR) Rotavirus Sapovirus RNA (PCR) Varicella-zoster virus DNA (PCR) SUM *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert

12 VIRUS UNDERSØKELSER Til sammen ga 3563 virusundersøkelser holdepunkt for aktuelle infeksjoner i 2013, bedømt ut fra påvisning av agens eller positiv IgM. med positive funn SUM POS VIRUS Kontaktinformasjon Mikrobiologisk avdeling Besøksadresse: Halfdan Wilhelmsens allé 17 Postadresse: Postboks 2168, 3103 Tønsberg Ekspedisjon: tlf (mandag-lørdag: ) Fax: Se Mikrobiologisk avdelings nettside på Se nettside for nedlasting eller kontakt oss for tilsendelse av informasjonsbrosjyre. VIRUSANTISTOFFER Antall undersøkelser med pos. funn *) Cytomegalovirus IgG Cytomegalovirus IgM Denguevirus IgG Denguevirus IgM Heterofile antistoffer Epstein-Barr virus NA IgG Epstein-Barr virus VCA IgG Epstein-Barr virus VCA IgM Epstein-Barr virus immunoblot IgG Epstein-Barr virus immunoblot IgM Hepatitt A virus IgG Hepatitt A virus IgM Hepatitt B virus core Ig Hepatitt B virus core Ig Blodgivere Hepatitt B virus e Ig Hepatitt B virus s Ig Hepatitt C virus - Blodgivere Hepatitt C virus - Pasienter Hepatitt C virus (RIBA) HIV - Blodgivere HIV - Gravide HIV - Pasienter Parvovirus B19 IgG Parvovirus B19 IgM Puumala virus IgM Rubellavirus IgG Varicella-zoster virus IgG SUM *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert, oppgitt kun 1 gang pr. agens Brukekontakt for laboratoriefagene i klinikken Brukerkontakten gir informasjon og veiledning om analysetilbud, prøvetaking, prøvetakingsutstyr og transport av prøver. Brukerkontakten arbeider for å sikre de preanalytiske forhold og legge praktisk til rette for god prøveflyt fra legekontor til laboratoriene. Brukerkontakten tilbyr besøk på legekontor og er tilgjengelig for spørsmål både på telefon og e-post: brukerkontakt.lab@siv.no 20 21