Bruk av DNA-sekvensering i mikrobiologisk diagnostikk. Øyvind Kommedal Haukeland Universitetssykehus
|
|
- Christina Berg
- 8 år siden
- Visninger:
Transkript
1 Bruk av DNA-sekvensering i mikrobiologisk diagnostikk Øyvind Kommedal Haukeland Universitetssykehus
2 Hvordan sekvensering revolusjonerte mikrobiologien
3 Bakterienes morfologi
4 Fenotypisk identifikasjon
5 Fylogentisk analyse av Mycobacterium aureum ATCC stammer M. aurum ATCC M. petoleophilum M. aurum ATCC M. fluoranthenivorans M. aurum ATCC M. neoaurum M. aurum ATCC T M. aureum M. aurum ATCC M. bacteremicum M. aurum ATCC M. chlorophenolicum M. aurum ATCC M. laticola M. aurum ATCC M. laticola M. aurum ATCC M. laticola M. aurum ATCC M. laticola M. aurum ATCC M. neoaurum Simmon et al.; IJSEM 2009 and Brown-Elliot et al.; JCM 2010
6 Wexler et al.; IJSEB, 1996 «Bacteroides gracilis»
7 1970: DNA-DNA-hybridisering Modified from The University of California, Museum of Paleontology, Berkeley
8 1970: DNA-sekvensering Ex: Sammenligning mellom 16S rrna-genet for Streptococcus pneumoniae og Streptococcus pyogenes
9 16S rrna-genet et molekylært kronometer BP 1 BP 1542 BP BP BP V1 V2 V3 V4 V5 V7 V8 V9 V6 BP 4-27 BP BP BP Tilstede i alle organismer du vil sammenligne 2. Vekselsvis variable og konserverte områder 3. Jevn, forutsigbar mutasjonsrate 4. Mutasjonsrate som er egnet for det du vil undersøke
10 Wexler et al.; IJSEB, 1996 Fylogenetiske trær
11 Begynnelsen av 1990-tallet Automatisering av DNA-sekvensering Automatisering av PCR-reaksjonen Opprettelsen av GenBank Tilgang til GenBank via internett Identifikasjon av bakterier v.h.a 16S rrna-gene sekvensering i diagnostiske laboratorier 16S PCR
12 Identifikasjon av nylig beskrevne/uvanlige agens Fenotypisk identifikasjon Høre om bakterien Mistenke bakterien Etablere tester for bakterien Type-stamme for kontroll 16S rrna sekvensering Rutinemessig Tidligere måtte man lære om en bakterieart før man kunne identifisere den. Nå lærer man om den fordi man har identifisert den.
13 Tolkningskriterier 16S 99 % homologi med en god referanse for species ID I tillegg > 0,8 % avstand til neste alternative species 97 % homologi for ID på genus-nivå (e.g Prevotella sp.)
14 16S rrna versus DNA-DNA hybridisering Adekambi et al.; IJSEB, 2008
15 RpoB versus DNA-DNA hybridisering
16 DNA preparation Initial sample processing (10 min) Bacterial lysis (5 min) DNA extraction (45 min) 60 min Amplification Real-time SYBR Green PCR (60 min) PCR Clean-up Exo-Sap IT enzymatic degradation (45 min) Cycle sequencing ( min) min Sample purification (40 min) Capillary electrophoresis With POP 7 (75 min) Interpretation BLAST/GenBank (5 min/sample) 5 min/sample
17 Praktisk øvelse Analyse av 16S-sekvens
18 Men nå har vi da Maldi-TOF!
19 16S sekvensering 16S rrna-genet Døde/levende bakterier Bakterielt DNA PCR (DNA-oppkopiering) DNA-sekvensering (leser oppkopiert DNA) Sammenligning med kjente bakteriesekvenser E. Coli 100 % match ID 19
20 Bacillær angiomatose «An atypical subcutaneous infection assosiated with acquired immune deficiency syndrome» Stoler et al.; Am J Clin Pathol; 1983 Relman et al.; NEJM 1990
21 «The agent of bacillary angiomatosis» Relman et al.; NEJM 1990 B.
22 Dyrkningsbasert diagnostikk er upålitelig hvis pasienten har fått antibiotika før prøvetaking og ved infeksjoner med anaerobe, kravfulle eller atypiske mikrober Direkte 16S er et universelt, dyrkningsuavhengig supplement Sample type Antibiotics Culture Direct 16S sequencing Campylobacter gracilis Liver No Fusobacterium nucleatum abscess Streptococcus intermedius Streptococcus intermedius Aortic Doxycyclin (7 d) No growth Streptococcus pneumoniae abscess Ovarial abscess No No growth Chlamydia trachomatis 22
23 Fordeler 16S sekvensering vs. MALDI Kan gå direkte fra prøvematerialet trenger ikke levende mikrober som kan vokse i lab Kan plassere tidligere ukjente mikrober i sin fylogenetiske kontekst Større database som oppdateres fortløpende Platform-agnostisk database
24 Utfordringer knyttet til 16S sekvensering direkte fra pasientprøvene
25 Kryssreaktivitet mot humant DNA Kommedal et al., JCM
26 PCR-reagenser inneholder bakterielt DNA Konsekvensen av bakgrunns-dna er at direkte 16S sekvensering blir vesentlig mindre sensitivt En spesies-spesifikk PCR er omkring 100 ganger mer følsom! 26
27 Polymikrobielle prøver A. aphrophilus S. intermedius A G T T C T T T C G G T A G C T C T G T T G T T Kommedal et al.; JCM; 2008 NB! Lyseringen må være like effektiv for både G + og G- mikrober 27
28 Typisk blandet DNA-kromatogram RipSeq Mixed: Unik basecalling og søkealgoritme Kan identifisere inntil 3 mikrober fra en blandet sekvens Kommersielt foreleser har eierinteresser 28
29 Begrensninger universell amplifikasjon Polymikrobiell prøve Universell 16S PCR Prøve Resultat dyrkning Resultat 16S sekvensering Hjerneabsess Actinomyces meyeri Fusobacterium nucleatum?! Campylobacter gracilis Fusobacterium nucleatum Peptostreptococcus sp. 29
30 Gruppespesifikke PCR 1-3 BAKTERIER RATIO 1:10 ALLE BAKTERIER PCR U PCR A G+ AEROBE G- AEROBE PCR B 1-9 BAKTERIER RATIO 1:1000 PCR C ANAEROBE 30
31 Resultater gruppespesifikke PCR 37 spp. 51 spp. Prøvetype Antall Absesser 17 Galle 2 Empyem 6 95 spp. Kommedal et al., JCM
32 Utvalgte eksempler PRØVETYPE DYRKING UNIVERSELL PCR GRUPPESPESIFIKK PCR Pleuravæske Hjerneabsess Miltabsess S. intermedius A. meyeri F. nucleatum Enterococcus sp. S. epidermidis F. nucleatum P. micra S. intermedius C. gracilis F. nucleatum Peptostreptococcus sp. E. gallinarum E. faecalis F. nucleatum P. micra S. intermedius A. meyeri C. gracilis Eikenella sp. F. nucleatum Peptostreptococcus sp. E. gallinarum E. coli E. faecalis F. nucleatum S. anginosus S. epidermidis 32
33 Relevante prøver Spinalvæske ved spm. om bakteriell meningitt Hjerteklaffer ved spm. om endokarditt Leddvæske/vev ved spm. om proteseinfeksjoner Aspirat fra spondylodiskitter Vevsprøver fra dype infeksjoner (polymikrobielle) Pleuraempyem (polymikrobielle) Abscesser (polymikrobielle)
34 Typiske ikke-relevante prøver BAL (lite/fortynnet materiale, forurensing) Parafin-innstøpte preparater (lite materiale, forurensing) Små biopsier fra diverse lokalisasjoner (lite materiale) Områder med normalflora (kompleksitet)
35 Når skal man gjøre direkte 16S? Strategi 1 Definere viktige og egnede prøvetyper Vente å se om man finner noe på dyrkning Gjøre 16S hvis dyrkning er negativ Strategi 2 Definere viktige og egnede prøvetyper Gjøre 16S umiddelbart hvis det er gitt antibiotika eller det er mistanke om atypiske mikrober evt. anaerobe
36 Kasuistikker
37 Universell amplifikasjon av andre mikroorganismer fra en bakgrunn av Sopp - JA humant DNA? Parasitter NEI, for likt humant DNA Virus NEI, ingen/liten homologi mellom ulike slekter/familier
38 Universell sekvensering av sopp Khot et al., Applied and Environmental Microbiology, 2009
39 Annen sekvensering Typing av virus fra cellekultur eller direkte fra klinisk materiale (kryssreaktivitet!) Påvisning av resistens som skyldes genmutasjoner f.eks rpob-sekvensering for rifampicin-resistens hos M. tuberkulosis Klassifisering av resistensgener, f.eks CTX-M typer Sekvensering av alternative gener for sikker ID der 16S er utilstrekkelig Utbruddskartlegging (MLST, Spa etc.) Troubleshooting PCR
40 Hva du trenger Vite hvilken del av genet som er viktig for det du vil undersøke Noenlunde stabile områder for primer-design En database med relevante referanser (GenBank eller mer spesialiserte) Hvis direkte fra prøvemateriale sjekk for kryssreaktivitet Hvis du skal klassifisere/identifisere: Cutoffverdier
41 Genotyping av Hepatitt C Utdrag Hepatitt C genomet (start5 NTR)gccagccccctgatgggggcgacactccaccatgaatcactcccctgtgaggaactattgtcttcacgcaga aagcgtctagccatggcgttagtatgagtgtcgtgcagcctccaggaccccccctcccgggagagccatagtggtctgcggaac cggtgagtacaccggaattgccaggacgaccgggtcctttcttggataaacccgctcaatgcctggagatttgggcgtgcccccg caagactgctagccgagtagtgttgggtcgcgaaa(dpof)ggccttgtggtactgcctgatagggtgcttg cgagtgcc ccgggaggtctcgtagaccgtgcacc(startcore)atgagcacgaatcctaaacctcaaagaaaaaccaaacgtaacac caaccgtcgcccacaggacgtcaagttcccg(417f)ggtggcggtcagatcgttggt ggagtttacttgttgccgcgcag gggccctagattgggtgtgcgcgcgacgaggaagacttccgagcggtcgcaacctcgaggtagacgtcagcctatccccaagg cacgtcggcccgagggcaggacctgggctcagcccgggtacccttggcccctctatggcaatgagggttgcgggtgggcggg atggctcctgtctccccgtggctctcggcctagctggggccccacagacccccggcgtaggtcgcgcaatttgggtaaggtcatc gatacccttacgtgcggcttc gccgacctcatggggtacat(752r)accgctcgtcggcgcccctcttggaggcgctgcc agggccctggcgcatggcgtccgggttctggaagacggcgtgaactatgcaacagggaaccttcct ggttgctctttctcta tcttcct(874r)tctggccctgctctcttgcctgactgtgcccgcttcagcctaccaagtgcgcaattcctcggggctttaccatgt caccaatgattgccctaactcgagtattgtgtacgaggcggccgatgccatcctgcacactccggggtgtgtcccttgcgttcgcg agggtaacgcctcgaggtgtt
42 Praktisk øvelse HCV-genotyping og gdh-sekvensering for mitis/oralis/pneumoniae
43 Sekvensering av PCR-produkt PRIMER 5-3: REVERSERT 3-5: C G C G G C T G C T G G C A I I I A I T T R G C C G R T T I A I I I A C G G T C G T C G G C G C INVERTERT: G C Y A A I T I I I T G C C A GCA G C C G C G C C A G A A A G G G A C G G C T A A C T A C G T G C C A G C AG C C G C G A
44 En siste kasuistikk Pasient med pneumoni og pleuraempyem. Negativ dyrkning. Nå lungebiopsi til 16S. Acidovorax temperans Diaphorobacter nitroreducens Francisella tularensis
45
46 Dye-terminator sequencing
47 Trouble shooting PCR Utdrag Humant poliovirus I med våre primere: ggctaacgccatgggacgctagatgtgaacaaggtgtgaagagcctattgagctacttaagagtc ctccggcccctgaatgcggctaatcccaaccacggagcaggtgccttcaacccagagggtggcct gtcgtaacgcgcaagtctgtggcggaaccgactactttgggtgtccgtgtttccttttatctttt atatggctgcttatggtgacaatcatagattgttatcataaagcgacttggattggccatccggt aaaatacaaacacat
Direkte identifikasjon av mikrober fra positive blodkulturer ved hjelp av MALDI-TOF
Direkte identifikasjon av mikrober fra positive blodkulturer ved hjelp av MALDI-TOF Aleksandra Jakovljev Kjersti Haugum Siri Beate Nergård Valle Kåre Bergh MALDI-TOF MS (Matrix Assisted Laser Desorption
DetaljerOppgave: MED3300-2_MIKROBIOLOGI_H18_ORD
Side 14 av 30 Oppgave: MED3300-2_MIKROBIOLOGI_H18_ORD Del 1: Du tar imot en 36 år gammel kvinne i akuttmottaket som legges inn grunnet akutt innsettende feber, frostanfall og redusert almentilstand. Hun
DetaljerLuftveisinfeksjoner - PCR-basert diagnostikk. Anne-Marte Bakken Kran Overlege, førsteamanuensis Mikrobiologisk avd. UOS Ullevål
Luftveisinfeksjoner - PCR-basert diagnostikk Anne-Marte Bakken Kran Overlege, førsteamanuensis Mikrobiologisk avd. UOS Ullevål Temaer PCR-basert mikrobiologisk diagnostikk Klinisk betydning av funn/fravær
DetaljerProblembakterier karakterisering og genotyping. André Ingebretsen Avdeling for smittevern og Avdeling for mikrobiologi Oslo universitetssykehus
Problembakterier karakterisering og genotyping André Ingebretsen Avdeling for smittevern og Avdeling for mikrobiologi Oslo universitetssykehus Mikroorganismer finnes i alle miljøer? Estimat av biodiversitet
DetaljerResistensbestemmelse av anaerobe bakterier. Truls Leegaard AFA-kurs 2015
Resistensbestemmelse av anaerobe bakterier Truls Leegaard AFA-kurs 2015 Anaerober - utfordring Langsomtvoksende Identifikasjon Krever spesielle vekstvilkår Opprettholdes anaerobe forhold? Hvilke funn skal
DetaljerFramtidstrender innen mikrobiologi. Fredrik Müller Mikrobiologisk avdeling, Oslo universitetssykehus HF
Framtidstrender innen mikrobiologi Fredrik Müller Mikrobiologisk avdeling, Oslo universitetssykehus HF 1 Dette vil jeg si noe om: 1. Samfunnsmessige trender i. Befolkningstall ii. Alderssammensetning iii.
DetaljerMikrobiologisk prøvetakning hva og hvordan
Mikrobiologisk prøvetakning hva og hvordan Karianne Wiger Gammelsrud Overlege, PhD Avd. for mikrobiologi, Oslo Universitetssykehus Smitteverndagen Diakonhjemmet 25.09.18 Disposisjon Brukerhåndbok Rekvisisjonen
DetaljerPCR-analyser i rutinediagnostikken Pål A. Jenum
PCR-analyser i rutinediagnostikken Pål A. Jenum september 2015 1 Utvikling Antall genmolekylære analyser pr år (unntatt klamydia og gonokokker: Ca 32.000 i 2015) 120000 Stipulert for hele året 100000 80000
DetaljerMolekylær diagnostikk av Leishmaniasis og Malaria
Molekylær diagnostikk av Leishmaniasis og Malaria Dr scient. Cathrine Fladeby Seksjon for utvikling, Ullevål Avdeling for mikrobiologi Oslo universitetssykehus Leishmaniasis WHO, Control of the leishmaniases
DetaljerMolekylær diagnostikk av Leishmaniasis og Malaria
Molekylær diagnostikk av Leishmaniasis og Malaria Bioingeniør Gunilla Løvgården Seksjon for utvikling, Ullevål Avdeling for mikrobiologi Oslo universitetssykehus Leishmaniasis forårsakes av parasitten
DetaljerVankomycinresistente enterokokker VRE Epidemiologi/utbruddet på Haukeland Universitetssjukehus
Vankomycinresistente enterokokker VRE Epidemiologi/utbruddet på Haukeland Universitetssjukehus Kristin Stenhaug Kilhus LIS, Mikrobiologisk avdeling Haukeland Universitetssykehus 2 Enterokokker Gram positive
DetaljerÅRSRAPPORT 2008. fra. Nasjonalt referanselaboratorium for Francisella tularensis
ÅRSRAPPORT 2008 fra Nasjonalt referanselaboratorium for Francisella tularensis Avdeling for medisinsk mikrobiologi, St. Olavs Hospital Besøksadresse: Erling Skjalgsons gate 1 Postadresse: St. Olavs Hospital,
DetaljerVRE-utbrudd ved St.Olavs Hospital Vancomycinresistente enterokokker. Smittevern St. Olavs Hospital HF
VRE-utbrudd ved St.Olavs Hospital Vancomycinresistente enterokokker Marthe Lind Kroknes Spesialbioingeniør Andreas Radtke Smittevernlege Smittevern St. Olavs Hospital HF Enterokokker Enterokokker er i
DetaljerNOTAT. Eksempler på mikrobiologi. 1. Testcase
NOTAT Til Leverandører og IT-personell Fra Annebeth Askevold, KITH Dato 15.09.2004 Tema Eksempelmeldinger på mikrobiologisvar Eksempler på mikrobiologi Notatet inneholder noen eksempler på mikrobiologisvar,
DetaljerFilmArray i praksis Spesialbioingeniør Hanna Ilag, Bakteriologisk enhet Lege i spesialisering Hanne Brekke, Bakteriologisk enhet
FilmArray i praksis Spesialbioingeniør Hanna Ilag, Bakteriologisk enhet Lege i spesialisering Hanne Brekke, Bakteriologisk enhet 1 2 FilmArrayer en kvalitativ hurtigtest basert på multipleks real-time
DetaljerPåvisning av resistensmekanismer ved hjelp av MALDI-TOF massespektrometri
Påvisning av resistensmekanismer ved hjelp av MALDI-TOF massespektrometri André Ingebretsen Avd. for smittevern og Avd. for mikrobiologi Oslo Universitetssykehus NordicAST workshop 2012, Gøteborg MALDI-TOF
DetaljerMikrobiologisk prøvetaking og diagnostikk
Mikrobiologisk prøvetaking og diagnostikk Kristin Stenhaug Kilhus Smittevernoverlege Seksjon for pasientsikkerhet Haukeland Universitetssykehus Helse Bergen En god mikrobiologisk diagnose avhenger av:
DetaljerClostridium - utenom C. difficile. Truls Leegaard Avdeling for mikrobiologi og smittevern
Clostridium - utenom C. difficile Truls Leegaard Avdeling for mikrobiologi og smittevern NFMMs nettundervisning 12. des. 12013 En håndtein eller håndten, det vil si en håndholdt tein, også kalt håndsnelle,
DetaljerPBM 233 Mikrobiologi for farmasøyter
PBM 233 Mikrobiologi for farmasøyter Faglærer 2004: Per Arne Risøen Biologisk seksjon, ZEB Kap. 11 Mikrobiell evolusjon og systematikk Dateringer av fossiler viser at bakterier oppstod for ca. 3,6 milliarder
DetaljerÅRSRAPPORT 2013. Nasjonalt referanselaboratorium for Francisella tularensis
Erling Skjalgsons gate 1 Postadresse: St. Olavs Hospital, ÅRSRAPPORT 2013 Nasjonalt referanselaboratorium for Francisella tularensis Bakgrunnsinformasjon Helse Midt-Norge RHF ved ble tildelt nasjonal referansefunksjon
DetaljerDentinkanaler Bikanaler Periapikalt vev. Oppdatert viten refraktær infeksjon i rotkanal og periapikalt vev
Spredning av infeksjon ut av kanalen Dentinkanaler Bikanaler Periapikalt vev Oppdatert viten refraktær infeksjon i rotkanal og periapikalt vev dr. odont. Pia Titterud Sunde Årsmøte NEF, Holmsbu 11. november
DetaljerSerologisk diagnostikk av luftveisinfeksjoner; Hva kan vi? Nina Evjen Mikrobiologisk avdeling Ahus
Serologisk diagnostikk av luftveisinfeksjoner; Hva kan vi? Nina Evjen Mikrobiologisk avdeling Ahus Hva gjør vi? Serologisk rutinetilbud tilgjengelig for Bakterier Mycoplasma pneumoniae Chlamydophila pneumoniae
DetaljerBruk av genteknologiske analyser ved diagnostikk av luftveisinfeksjoner. Gardermoen 27.02.08. Svein Arne Nordbø
Bruk av genteknologiske analyser ved diagnostikk av luftveisinfeksjoner Gardermoen 27.2.8 Svein Arne Nordbø Aktuelle genteknologiske metoder Hybridiseringsmetoder Ampifikasjonsmetoder PCR Konvensjonell
DetaljerVisjonene bakteriologi / genteknologi
NFMM Fagmøte 29.01.09 Medisinsk mikrobiologi - et fag nær undergangen? Visjonene bakteriologi / genteknologi Kåre Bergh NTNU / DMF ; St.Olavs Hospital, AMM For de med anlegg for å se mørkt på perspektivene:
DetaljerHenning Onarheim overlege, Kirurgisk serviceklinikk, Haukeland universitetssjukehus professor II, Klinisk institutt 1, Universitetet i Bergen og
INFEKSJONSUTBRUDD BLANT BRANNSKADEDE: KLINISK BAKGRUNN OG MIKROBIOLOGISKE UTFORDRINGER Henning Onarheim overlege, Kirurgisk serviceklinikk, Haukeland universitetssjukehus professor II, Klinisk institutt
DetaljerAutomasjon. Erfaringer med nytt utstyr på bakteriologisk enhet. Jaswinder Sandhu (Bioingeniør, Mikrobiologisk avd.)
Automasjon Erfaringer med nytt utstyr på bakteriologisk enhet Jaswinder Sandhu (Bioingeniør, Mikrobiologisk avd.) Mikrobiologisk avdeling (SiV) Årsverk 47,8 (2012) Avdelingssjef 1 Avdelingsoverlege 1 Seksjonsleder
DetaljerForslag til opplegg for kontroll av blodkultur og ID-systemer
Forslag til opplegg for kontroll av blodkultur og ID-systemer Fredrik Müller Mikrobiologisk institutt Rikshospitalet Bestilling: Å presentere et lavterskel opplegg for bruk av kvalitetskontroller knyttet
DetaljerMikrobiologi: Meningitt IIAB
Mikrobiologi: Meningitt IIAB Forfatter Navn Institutt Undervisningsenhet E-post Telefon Kåre Bergh IKOM Mikrobiologi Kare.bergh@ntnu.no 95223850 Jan Egil Afset IKOM Mikrobiologi jan.afset@ntnu.no 99267367
DetaljerÅRSRAPPORT for 2011. fra. Nasjonalt referanselaboratorium for Francisella tularensis
ÅRSRAPPORT for 2011 fra Nasjonalt referanselaboratorium for Francisella tularensis Avdeling for medisinsk mikrobiologi, St. Olavs Hospital Besøksadresse: Erling Skjalgsons gate 1 Postadresse: St. Olavs
DetaljerLaboratoriemedisinsk klinikk Avdeling for medisinsk mikrobiologi ÅRSRAPPORT fra. Nasjonalt referanselaboratorium for Streptococcus agalactiae
Laboratoriemedisinsk klinikk Avdeling for medisinsk mikrobiologi ÅRSRAPPORT 2016 fra Nasjonalt referanselaboratorium for Streptococcus agalactiae Postadresse: St. Olavs Hospital HF, Sentral stab, Fagavdelingen,
DetaljerHva kan vi bruke WGS til?
Hva kan vi bruke WGS til? (innen klinisk bakteriologi / forskning) Ola Brynildsrud Bioinformatiker/forsker Folkehelseinstituttet En forelesning på Bioingeniørdagen, 11. april 2018 «In five years time,
DetaljerMikrobiologiske prøver i allmennpraksis: Forbedringspotensiale? Nils Grude Mikrobiologisk avd. SiV, Tønsberg
Mikrobiologiske prøver i allmennpraksis: Forbedringspotensiale? Nils Grude Mikrobiologisk avd. SiV, Tønsberg Veileder: Eget kapittel + hurtigguide for mikrobiologiske undersøkelser Andre labundersøkelser:
DetaljerRandi Monsen Nygaard
Bruk av massiv parallell sekvensering for påvisning og identifikasjon av mikrober i galle hos pasienter med akutt kolecystitt og akutt kolangitt Masteroppgave Randi Monsen Nygaard Masterprogram i helsevitenskap
DetaljerResistensrapport for Sykehuset Innlandet 2017
Resistensrapport for Sykehuset Innlandet Rapportmalen er utarbeidet av Seksjon for mikrobiologi og smittevern, Akershus universitetssykehus, brukt med tillatelse fra seksjonsoverlege Silje Bakken Jørgensen.
DetaljerEr det farlig med antibiotikaresistens i maten?
Er det farlig med antibiotikaresistens i maten? Frokostseminar: Bakterier og antibiotikaresistens 6. Mars 2015 Trine L Abée-Lund Antibiotikaresistens og mat Norges miljø- og biovitenskapelige universitet
DetaljerOppgave: MED1100-3_OPPGAVE4_H17_ORD
Side 34 av 41 Oppgave: MED1100-3_OPPGAVE4_H17_ORD Del 1: Oppgaver i mikrobiologi Spørsmål 1: En 2 år gammel pike blir innlagt med mistanke om hjernehinnebetennelse. Spinalvæsken blir tappet. Bildet viser
DetaljerMuligheter og begrensninger med genotypisk påvisning av resistens DAGENS ARBEIDSFLYT. Whole genome sequencing (WGS) 19.11.2014
Muligheter og begrensninger med genotypisk påvisning av resistens TØ-28244 Antibakterielle resistensmekanismer, metoder for påvisning, tolkning og klinisk betydning Tromsø, 20.11.14 Arnfinn Sundsfjord
DetaljerBærerskap av ESBL blant Tromsøs befolkning
Bærerskap av ESBL blant Tromsøs befolkning Samt bærerskap av Klebsiella pneumoniae Masterprosjekt 2015-2017 Lotte Leonore Eivindsdatter Andreassen UiT(IMB)/UNN (K-res) Begrepsavklaring β-laktamase = enzym
DetaljerLaboratorieundersøkelser av mykobakterier. Christian Lidstedt. Bioingeniør ved avdeling for medisinsk mikrobiologi
Laboratorieundersøkelser av mykobakterier Christian Lidstedt. Bioingeniør ved avdeling for medisinsk mikrobiologi 1. Arbeid i P3-lab 2. Bakteriens virulensegenskaper 3. Prøvetakning Strenge smittevernregler
DetaljerHurtigtester innen mikrobiologi. Fredrik Müller Avdeling for mikrobiologi, Oslo universitetssykehus HF
Hurtigtester innen mikrobiologi Fredrik Müller Avdeling for mikrobiologi, Oslo universitetssykehus HF Hva mener vi med mikrobiologiske «Hurtigtester»? Ingen entydig definisjon Kanskje kan en hensiktsmessig
DetaljerHoldbarhet (maksimal tid): Kommentar: Prøvebeholder/ Transport-medium: Materiale/ lokasjon: Undersøkelse. Universalcontainer. 2 t ved romtemp.
Universalcontainer Midtstråle- urin. Morgen- urin. Ved kateterurin: Skille mellom engangs- og permanent kateter. Ved forsendelse bruk glass tilsatt borsyre. Informer pasienten om riktig prøvetaking Legionella-antigen/
DetaljerA New Approach for the Detection of the Seven Most Common α-thalassemia Deletions
A New Approach for the Detection of the Seven Most Common α-thalassemia Deletions Catherine B. Herrera, Lamya Garabet, Hege Smith Tunsjø and Tor-Arne Hagve Unit of Gene Technology, Multidisciplinary Laboratory
DetaljerResistensrapport for Sykehuset Innlandet 2016
Resistensrapport for Sykehuset Innlandet Rapportmalen er utarbeidet av Seksjon for mikrobiologi og smittevern, Akershus universitetssykehus, brukt med tillatelse fra seksjonsoverlege Silje Bakken Jørgensen.
Detaljernye definisjoner for S-I-R
Kliniske brytningspunkter og nye definisjoner for S-I-R P. Christoffer Lindemann Seksjonsoverlege/stipendiat 10.04.2019 www.eucast.org 2 Tema Resistensbestemmelse i laboratoriet Kliniske brytningspunkter
DetaljerAntibiotikaresistens og antibiotikapolitikk i kommunene. Andreas Radtke Smittevernoverlege, PhD St.Olavs Hospital
Antibiotikaresistens og antibiotikapolitikk i kommunene Andreas Radtke Smittevernoverlege, PhD St.Olavs Hospital 1 2 Works Progress Administration, 1936 From: Trends in Infectious Disease Mortality in
DetaljerMikrobiologiske prøver ved borreliose i allmennpraksis. Nils Grude Avd. ovl. Mikrobiologisk avd. SiV, Tønsberg
Mikrobiologiske prøver ved borreliose i allmennpraksis Nils Grude Avd. ovl. Mikrobiologisk avd. SiV, Tønsberg Diagnostikk i lab.: Dyrkning Nukleinsyre amplifikasjon Serologi ELISA/CLIA Immunoblot Indikasjon,
DetaljerHurtigdiagnostikk ved luftveisinfeksjoner
Hurtigdiagnostikk ved luftveisinfeksjoner Fredrik Müller Mikrobiologisk institutt Rikshospitalet Hva er hurtigdiagnostikk? Valgt definisjon: Tid fra prøven når laboratoriet til svar rapporteres: < 1 time
DetaljerPreanalytiske forhold ved urinprøver kan forårsake unødvendig antibiotikabehandling hos eldre
Preanalytiske forhold ved urinprøver kan forårsake unødvendig antibiotikabehandling hos eldre Kari van den Berg Bioingeniør/laboratoriekonsulent Noklus Rekvirering av prøven Preanalytisk fase Forberedelse
DetaljerForutsetninger for tolkning av funn. Opplysninger: Hva slags sår? Kirurgi? Hva slags? Anatomisk lokalisasjon av såret? Grunnsykdom?
Tolkning av funn Forutsetninger for tolkning av funn Opplysninger: Hva slags sår? Kirurgi? Hva slags? Anatomisk lokalisasjon av såret? Grunnsykdom? Forutsetning for tolkning av funn Er såret rengjort før
DetaljerMolekylær fæcesdiagnostikk St. Olavs Hospital
Molekylær fæcesdiagnostikk St. Olavs Hospital Janne Fossum Malmring Spesialbioingeniør Seksjon for diagnostikk Avd. for medisinsk mikrobiologi St. Olavs Hospital HF Foredragets innhold I. Presentasjon
DetaljerMikroorganismer periapikalt finnes de?
Mikroorganismer periapikalt finnes de? p.t. sunde, l.tronstad og i. olsen Innledning Apikal periodontitt er en immuninflammatorisk sykdom med mikrobiell etiologi 1. Den apikale prosessen er først og fremst
DetaljerAntibiotikabruk og mikrobielle økologiske effekter
Antibiotikabruk og mikrobielle økologiske effekter Ragnhild Raastad Oslo universitetssykehus Disposisjon I. Introduksjon II. a. Hva er økologi? b. Normalflora Antibiotikabruk og resistens a. Internasjonalt
DetaljerPåviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt eller meldt til Veterinærinstituttet januar - desember 2014
Påviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt eller meldt til Veterinærinstituttet januar - desember 2014 1. Oversikt Tabellen viser en oversikt over antall lokaliteter hvor det er påvist
DetaljerDE ULIKE TEKNIKKENE VI HAR IMPLEMENTERT
MALDI-TOF kvalitetsmessig og logistisk effektivisering av bakteriologisk lab. Erfaringer fra Haukeland universitetssjukehus DE ULIKE TEKNIKKENE VI HAR IMPLEMENTERT Direkte metode med/uten syre Etanol-Maursyre
DetaljerLINEZOLIDRESISTENS HOS GRAM-POSITIVE KOKKER
LINEZOLIDRESISTENS HOS GRAM-POSITIVE KOKKER KRISTIN HEGSTAD INNHOLD Linezolid Prevalens resistens Tedizolid nytt oxazolidinon Kliniske brytningspunkter Resistensmekanismer Molekylære metoder for deteksjon
DetaljerHva vet vi om mikrobiologisk logistikk? Brita Skodvin,
Hva vet vi om mikrobiologisk logistikk? Brita Skodvin, 03.05.18 Hvilke faktorer påvirker anibiotikaforskrivningen? «Mikrobiologiske prøver er viktig, men det er for dårlig og for sen tilgang på prøvesvar»
DetaljerHvorfor er kliniske opplysninger viktig for en mikrobiolog?
Hvorfor er kliniske opplysninger viktig for en mikrobiolog? En kort reise gjennom medisinsk mikrobiologi. Anita Kanestrøm Senter for laboratoriemedisin Fagområde medisinsk mikrobiologi Vårmøtet 2014 Legens
DetaljerIdentifikasjon av mykobakterier vha MALDI-TOF MS. Aina Myhre Tuberkuloselaboratoriet, Rikshospitalet
Identifikasjon av mykobakterier vha MALDI-TOF MS Aina Myhre Tuberkuloselaboratoriet, Rikshospitalet Nåværende identifikasjonsrutiner Direkte i (NALC-behandlet) prøvemateriale: Mikroskopi (auramin) PCR
DetaljerBrukerundersøkelsen 2015
Brukerundersøkelsen 15 Brukerundersøkelsen 15 Gjennomført mai/juni 15 NORM-ansvarlig lege og bioingeniør v/ 22 medisinsk mikrobiologiske laboratorier i Norge ble invitert til å delta spørsmål i Questback-format
DetaljerResistensutvikling og overvåking i Norge
Resistensutvikling og overvåking i Norge Gunnar Skov Simonsen Bioingeniørdagen 29.3.217 Hva er resistens? Kliniker: Antibiotika virker ikke! Manglende effekt ut fra klinikk og erfaring Mikrobiolog: Endring
DetaljerHvorfor kan VRE være vanskelig å detektere i laboratoriet?
Hvorfor kan VRE være vanskelig å detektere i laboratoriet? Kristin Hegstad SEM image E. faecium E155 (K-res) Innhold Hvordan og hvorfor spres enterokokker? Overvekst i tamen og overlevelse i miljøet Suksessfulle
DetaljerMikrobiologisk diagnostikk av tuberkulose. Fagdag Helse Førde 16. mai 2017 Reidar Hjetland Mikrobiologisk avdeling
Mikrobiologisk diagnostikk av tuberkulose Fagdag Helse Førde 16. mai 2017 Reidar Hjetland Mikrobiologisk avdeling Agenda Generelt om mykobakteriar IGRA Direkte påvising av tuberkelbakterien Mikroskopi
DetaljerPrinsipper ved rapportering av resistenssvar. Truls Leegaard Akershus universitetssykehus
Prinsipper ved rapportering av resistenssvar Truls Leegaard Akershus universitetssykehus AFA-kurs nov. 2015 Er dette noe å bry seg om? Som laboratorium kan man ha stor inflydelse på hva som faktisk brukes
DetaljerREFERAT FRA MØTE I FAGRÅDET FOR NORM 1. NOVEMBER 2018
REFERAT FRA MØTE I FAGRÅDET FOR NORM 1. NOVEMBER 2018 Til stede: Forfall: Dag Harald Skutlaberg (HUS), Thea Bergheim (OUS, NITO), Aasmund Fostervold (SUS, NFMM), Heidi Cecilie Villmones (SIV), Didrik Vestrheim
DetaljerBakteriologisk undersøkelse. Tabell 1: Oversikt vanlig prøvemateriale for generell bakteriologisk undersøkelse: Prøvemateriale Forsendelse Kommentar
Informasjon Senter for laboratoriemedisin Bakteriologisk undersøkelse Endring siden forrige versjon Oppdatert oktober 2017. TB i blod: BD BACTEC erstatter BactAlert-flaske. Hp-dyrkning: Endring i tekst
DetaljerKvalitetskontroll av resistensbestemmelse. Iren Høyland Löhr Avd. for medisinsk mikrobiologi, Stavanger Universitetssjukehus AFA-kurs, november 2015
Kvalitetskontroll av resistensbestemmelse Iren Høyland Löhr Avd. for medisinsk mikrobiologi, Stavanger Universitetssjukehus AFA-kurs, november 2015 Disposisjon EUCASTs lappediffusjonsmetode Resistensbestemmelse
DetaljerÅRSRAPPORT fra. Nasjonalt referanselaboratorium for Francisella tularensis
ÅRSRAPPORT 2010 fra Nasjonalt referanselaboratorium for Francisella tularensis Avdeling for medisinsk mikrobiologi, St. Olavs Hospital Besøksadresse: Erling Skjalgsons gate 1 Postadresse: St. Olavs Hospital,
DetaljerRekvirere SOI-prøver i DIPS
Kategori: Pasientbehandling somatikk Gyldig fra: 29.08.2016 Organisatorisk plassering: HVRHF - Helse Bergen HF Prosedyre Dok. eier: Øygunn Kallevik Dok. ansvarlig: Tone Bjerregård Rekvirere SOI-prøver
DetaljerPåvisning av patogene bakterier og antibiotikaresistens (10) i drikkevann med PCR Dr. scient Vidar Lund og professor dr. philos Georg Kapperud
Prosjektdeltakere: stipendiat Astrid S. Waage, avd. ing. Traute Vardund, Avdeling for bakteriologi, Folkehelsa. Prosjektledere: professor dr. philos Georg Kapperud, Avdeling for bakteriologi, Folkehelsa
DetaljerClostridium difficile - diagnostikk og epidemiologi i Norge
Clostridium difficile - diagnostikk og epidemiologi i Norge André Ingebretsen Avd. for smittevern og Avd. for mikrobiologi Nasjonalt referanselaboratorium for Clostridium difficile Oslo universitetssykehus
DetaljerÅRSRAPPORT fra. Nasjonalt referanselaboratorium for Francisella tularensis
ÅRSRAPPORT 2009 fra Nasjonalt referanselaboratorium for Francisella tularensis Avdeling for medisinsk mikrobiologi, St. Olavs Hospital Besøksadresse: Erling Skjalgsons gate 1 Postadresse: St. Olavs Hospital,
Detaljer2 BIO HØST GENERELL IMMUNOLOGI OG MEDISINSK MIKROBIOLOGI HBIO2003
2 BIO HØST GENERELL IMMUNOLOGI OG MEDISINSK MIKROBIOLOGI HBIO2003 Delemne: MIKROBIOLOGI LABORATORIEKURS I MIKROBIOLOGI MÅL: Holdninger Studentene skal ta ansvar for å: - gi beskjed når vedkommende ikke
DetaljerKlinisk emnekurs i laboratoriemedisin Karianne Wiger Gammelsrud, kst overlege, førsteamanuensis Avd. for mikrobiologi, OUS, Ullevål
Resistensproblemer og bruk av screeningprøver ved mistanke om resistente bakterier Klinisk emnekurs i laboratoriemedisin Karianne Wiger Gammelsrud, kst overlege, førsteamanuensis Avd. for mikrobiologi,
DetaljerAntibiotikaresistens Hva er det, og hvorfor angår det sykehjemmene?
Antibiotikaresistens Hva er det, og hvorfor angår det sykehjemmene? Overlege Ragnhild Raastad Regionalt kompetansesenter for smittevern HSØ Disposisjon Hva er antibiotikaresistens? Hvordan oppstår det?
DetaljerResistente bakterier i mat hva vet vi? Marianne Sunde 8. desember 2014
Resistente bakterier i mat hva vet vi? Marianne Sunde 8. desember 2014 Resistente bakterier i mat er i utgangspunktet uønsket! Hvorfor er vi bekymret? Hvilke resistente bakterier har størst betydning i
DetaljerHva betyr antibiotikaresistens for folkehelsen? Jørgen Vildershøj Bjørnholt Avdeling for Infeksjonsovervåking, FHI 20 mars 2014
Hva betyr antibiotikaresistens for folkehelsen? Jørgen Vildershøj Bjørnholt Avdeling for Infeksjonsovervåking, FHI 20 mars 2014 AMR - et globalt anliggende! Antibiotikaresistens hva er problemet? Antibiotika
DetaljerLegionellaseminar 11.11.2015 Prøvetaking, analysemetoder og svartid på Legionellaprøver. v/ Anne Kristin Gussiås, fagansvarlig analytiker
Legionellaseminar 11.11.2015 Prøvetaking, analysemetoder og svartid på Legionellaprøver. v/ Anne Kristin Gussiås, fagansvarlig analytiker mikrobiologi Disposisjon Laboratoriene, Kvalitetssikring / Akkrediteringsprosessen
DetaljerResistensrapport for Sykehuset Innlandet 2018
Resistensrapport for Sykehuset Innlandet Rapportmalen er utarbeidet av Seksjon for mikrobiologi og smittevern, Akershus universitetssykehus, brukt med tillatelse fra seksjonsoverlege Silje Bakken Jørgensen.
DetaljerNyttig mikrobiologi med en praktisk vri
Nyttig mikrobiologi med en praktisk vri Undervisning for legene på Diakonhjemmet 26.05.16 Karianne Wiger Gammelsrud, overlege, førsteamanuensis Avd. for mikrobiologi, OUS, Ullevål Disposisjon Grunnprinsipper
DetaljerResistente bakterier i mat hva vet vi og hva er bekymringen?
Resistente bakterier i mat hva vet vi og hva er bekymringen? Resistens mot antibiotika medieskapt frykt eller dødsens alvor? 9. sept 2015 Trine L Abée-Lund Resistens mot antibiotika Norges miljø- og biovitenskapelige
DetaljerInfeksjon og hofteproteser
Infeksjon og hofteproteser Marianne Westberg Seksjonsoverlege PhD Seksjon for protesekirurgi Ortopedisk avdeling, OUS 09. mars 2016 Hvorfor hofteprotese? Lårhalsbrudd Hofteleddsartrose Hvorfor hofteprotese?
DetaljerPåviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt eller meldt til Veterinærinstituttet januar til desember 2015
Påviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt eller meldt til Veterinærinstituttet januar til desember 2015 1. Oversikt Tabellen viser en oversikt over antall lokaliteter hvor det er påvist
DetaljerNøyaktig og presis? Er vi skikket til å utføre resistensbestemmelse? Årlig kvalitetskontroll av bioingeniører.
Nøyaktig og presis? Er vi skikket til å utføre resistensbestemmelse? Årlig kvalitetskontroll av bioingeniører. Astrid Lia Fagansvarlig for resistensbestemmelse Mikrobiologisk avdeling, Sykehuset i Vestfold
DetaljerPåviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt eller meldt til Veterinærinstituttet november 2016
Påviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt eller meldt til Veterinærinstituttet november 2016 1. Oversikt Tabellen viser en oversikt over antall lokaliteter hvor det er påvist eller
DetaljerPåviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt eller meldt til Veterinærinstituttet desember 2017
Påviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt eller meldt til Veterinærinstituttet desember 2017 1. Oversikt Tabellen viser en oversikt over antall lokaliteter hvor det er påvist eller
DetaljerLegionella dyrkning Daglig (man-lør) 7 dager hvis negativ > 7 dager hvis positiv Listeria dyrkning (fra sterile områder) Daglig (man-lør) 5 dager hvis
Dokumentansvarlig: Eirik Steinland Godkjent av: Terje Aspenes Gyldig for: Avdeling for mikrobiologi og smittevern UNN Dokumentnummer: PB0265 Endringskontroll labhåndbok: Ved endringer i dette dokumentet
DetaljerÅRSRAPPORT Nasjonalt referanselaboratorium for Francisella tularensis. Bakgrunnsinformasjon. Påvisning
ÅRSRAPPORT 2015 Nasjonalt referanselaboratorium for Francisella tularensis Bakgrunnsinformasjon Helse Midt-Norge RHF ved St Olavs Hospital HF ble tildelt nasjonal referansefunksjon for diagnostikk av Francisella
DetaljerPåviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt eller meldt til Veterinærinstituttet januar til desember 2016
Påviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt eller meldt til Veterinærinstituttet januar til desember 2016 1. Oversikt Tabellen viser en oversikt over antall lokaliteter hvor det er påvist
DetaljerPåviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt til Veterinærinstituttet januar-desember 2011
Påviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt til Veterinærinstituttet januar-desember 2011 1. Oversikt Tabellen viser en oversikt over antall lokaliteter hvor det er påvist eller mistanke
DetaljerInfeksjoner i svangerskapet. Grete A.B. Kro Mikrobiologisk avdeling, OUS Rikshospitalet
Infeksjoner i svangerskapet Grete A.B. Kro Mikrobiologisk avdeling, OUS Rikshospitalet Innhold Diagnostikk ved infeksjoner i svangerskapet Parvovirus B19 Rubella Normalflora og sykdom Toxoplasmose Innhold
DetaljerEnterovirus D68. Sidsel Krokstad Spesialbioingeniør Avdeling for medisinsk mikrobiologi St.Olavs Hospital
Enterovirus D68 Enterovirus D68 Sidsel Krokstad Spesialbioingeniør Avdeling for medisinsk mikrobiologi St.Olavs Hospital Internundervisning 03.12.2014 8.10.2014 Adressa lørd.29.nov.2014 Enterovirus tilhører
DetaljerHYPERBAR OKSYGENBEHANDLING ved infeksjoner
HYPERBAR OKSYGENBEHANDLING ved infeksjoner Seksjon for hyperbarmedisin Oksygen og bakterier Strikt anaerobe Fakultativt anaerobe Strikt aerobe Oksygen og bakterier O 2 Anaerobe bakterier Metabolisme Toksiske
DetaljerPåviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt eller meldt til Veterinærinstituttet september 2017
Påviste og mistenkte tilfeller av pankreassykdom (PD) innsendt eller meldt til Veterinærinstituttet september 2017 1. Oversikt Tabellen viser en oversikt over antall lokaliteter hvor det er påvist eller
DetaljerNGS (Neste Generasjons Sekvensering) i diagnostikk, erfaringer og resultater
NGS (Neste Generasjons Sekvensering) i diagnostikk, erfaringer og resultater Emiel Janssen Seksjonsleder for Kvantitativ og Molekylær Patologi Daglig leder for laboratoriet for molekylær biologi Avdeling
DetaljerMolekylære metoder i medisinsk mikrobiologi.
- 1 - Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi. Laboratorieøvelser onsdag 18.mars 2014. Øvelser: 5. Gelelektroforese på PCR produkt fra meca og nuc PCR fra dag 1 6. Mycobakterium genus FRET realtime
DetaljerAFA-kurs 2013 6. November OUS-Rikshospitalet
ESBL A & ESBL M-C AFA-kurs 2013 6. November OUS-Rikshospitalet Ørjan Samuelsen, Forsker Kompetansetjeneste for påvisning av antibiotikaresistens (K-res) Avd. for mikrobiologi og smittevern Universitetssykehuset
DetaljerKasuistikker bruk og tolkning av definisjoner. Thale Berg og Nina Sorknes Avdeling for infeksjonsovervåking Overvåkingsdagen, 11.09.
Kasuistikker bruk og tolkning av definisjoner Thale Berg og Nina Sorknes Avdeling for infeksjonsovervåking Overvåkingsdagen, 11.09.2012 Innledning Definisjon av Helsetjeneste Assosierte Infeksjoner (HAI)
DetaljerÅRSRAPPORT fra. Postadresse: St. Olavs Hospital HF, Sentral stab, Fagavdelingen, Postboks 3250, Sluppen, 7006 TRONDHEIM
Laboratoriemedisinsk klinikk Avdeling for medisinsk mikrobiologi ÅRSRAPPORT 2018 fra Nasjonalt referanselaboratorium for Streptococcus agalactiae Postadresse: St. Olavs Hospital HF, Sentral stab, Fagavdelingen,
DetaljerPasientnær analysering innen medisinsk mikrobiologi
Pasientnær analysering innen medisinsk mikrobiologi Marie Elisabeth Vad Fagbioingeniør/ Medlem av RUFMIK Seksjon for Utvikling Avdeling for Mikrobiologi Ullevål,OUS Hva mener vi med pasientnær analysering(pna)?
DetaljerIntravenøs antibiotikabruk i sykehjem. Erna Harboe Overlege infeksjonsavdelingen SUS
Intravenøs antibiotikabruk i sykehjem Erna Harboe Overlege infeksjonsavdelingen SUS Spørsmål og svar Ny utvikling vedrørende antibiotika? Egentlig ikke prinsippet om smalt spekter gjelder fremdeles. Hva
Detaljer