St. Olavs Hospital Universitetssykehuset i Trondheim. Årsrapport Laboratorium for medisinsk mikrobiologi

Transkript

1 St. Olavs Hospital Universitetssykehuset i Trondheim Årsrapport 2002 Laboratorium for medisinsk mikrobiologi

2 1. Forord Høsten 2002 feiret avdelingen sitt 50-årsjubileum med faglige foredrag, festmiddag og jubileumstur for alle ansatte. Utbyggingen av Det bakteriologisk laboratorium startet 15. oktober 1952, og fikk midlertidige lokaler i Epidemiavdelingen ved sykehuset på Øya. Etter innflyttingen i nåværende lokaler fra 1960 har virksomheten økt betydelig, og avdelingen sliter i dag med trangboddhet og lite hensiktsmessige lokaler. Flere ombyggingsarbeider er igangsatt for å løse driftsproblemene inntil vi kan flytte inn i nytt laboratoriebygg i Omorganiseringer og planlegging av nytt laboratoriebygg har lagt beslag på betydelige ressurser, men de ansatte har tatt utfordringene på en forbilledlig måte, og ytt den ekstrainnsatsen som har vært nødvendig for å fullføre dette arbeidet. Det har også vært nok av faglige utfordringer med kartlegging av epidemier, etablering av analyser for påvisning av nye agens og en betydelig opptrapping av den molekylærgenetiske virksomheten. I tillegg har avdelingen en betydelig undervisningsvirksomhet for medisinske studenter, samt andre studenter og helsepersonell. Det er et aktivt forskningsmiljø ved avdelingen, og et nært samarbeid med universitetet (NTNU). Avdelingen er et regionalt referanselaboratorium for mikrobiologiske analyser, og har også enkelte nasjonale referansefunksjoner. 2. Avdelingens funksjoner Avdelingen har ansvaret for all mikrobiologisk diagnostikk i Sør-Trøndelag, og har et bredt repertoar innen bakteriologi, virologi, mykologi, parasittologi og infeksjonsimmunologi. En bred satsning på genteknologiske metoder har ført til en stor ekspansjon innen denne type diagnostikk, og avdelingen har etablert en rekke egenproduserte metoder for påvisning av velkjente så vel som nyoppdagede mikrober i kliniske prøver. Avdelingen har spesiell kompetanse knyttet til genanalyser av arvematerialet til bakterier og virus og har bl.a. benyttet slike undersøkelser til epidemiologiske analyser. Disse metodene står sentralt i oppklaring av sykehusinfeksjoner og utbrudd av infeksjoner utenfor sykehus. Avdelingen er referanselaboratorium for Helseregion IV, og mottar i tillegg prøver fra hele landet til spesielle analyser som vi er alene om å tilby. Laboratoriet har egen produksjonsenhet som forsyner eget laboratorium og laboratoriene i Helse Nord-Trøndelag med medier. Det er satset aktivt på informasjon til brukerne ved besøk, kursvirksomhet samt utgivelse av informasjonsskriv (MikroNytt) og oppdatert informasjon på hjemmesiden (MikroWeb: krobiologi/web/). De ansatte deltar i undervisningen av medisinske studenter, andre studenter og helsepersonell, og har et nært samarbeid med Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer ved NTNU. Det er en betydelig forskningsaktivitet ved avdelingen som bl.a. inkluderer veiledningsoppgaver for hovedfagsstudenter og doktorgradsstipendiater. 3. Organisasjon Avdelingen har gjennomgått en betydelig omorganisering i løpet av 2002 og skiftet navn fra Avdeling for mikrobiologi til Laboratorium for medisinsk mikrobiologi. Ved lederskifte 1. februar 2002 opphørte stillingene som avdelingsoverlege og sjefsbioingeniør og ble avløst av ny 2

3 avdelingssjef (laboratorieleder). Etter navneskiftet ble laboratoriet en del av Avdeling for laboratoriemedisin ledet av avdelingssjef Siri Bratlid. Avdelingen/laboratoriet har vært inndelt i 8 seksjoner: Seksjon for generell bakteriologi (seksjonsleder Marit Piene) Seksjon for spesiell bakteriologi (seksjonsleder Bjørg Lodgaard) Seksjon for virologi (seksjonsleder Marit Eggan) Seksjon for genteknologi (seksjonsleder Inger Johanne Haugen) Seksjon for infeksjonsimmunologi (seksjonsleder Sissel Karin Eriksen) Seksjon for medieproduksjon (seksjonsleder Arnhild Viken) Seksjon for sykehushygiene (seksjonsoverlege Trond Jacobsen) Ekspedisjon og prøvemottak (kontorleder Rigmor Zachariassen) 4. Bemanning Avdelingsledelse Avdelingsoverelege Johan A. Mæland (t.o.m ) Sjefsbioingeniør Sissel Frisvold Røe (t.o.m ) Avdelingssjef /laboratorieleder Svein Arne Nordbø (f.o.m ) Overlege 5,2 (hvorav 1 i hovedstilling og 3 i bistilling ved NTNU) Sykehushygieniker/overlege 1 Assistentlege 3 Overbioingeniør 5 Spesialbioingeniør 1 Bioingeniør II 7 Bioingeniør I 12,5 Bioingeniør 14,5 Avdelingsingeniør I 1 Avdelingsingeniør 2 Ingeniør 1 Tekniker I 2 Assistent I 4 Kontorleder 1 Sekretær 3,3 Helsesekretær 2,2 Økonomikonsulent 1 Hygienesykepleier 2,5 5. Datasystem Dagens laboratoriedatasystem NSML (Non-stop mikrolabsystem, TietoEnator Healthcare) har vært i bruk siden 1990 og er nå under revisjon for å få en mer moderne plattform (NSL). Det er etablert et regionalt samarbeid med brukere i Helseregion 4 samt Mikrobiologisk avdeling i Tromsø (UNN) for å oppgradere sytemet. Når alle brukerne er flyttet inn i det nye laboratoriesenteret ved St. Olavs Hospital i 2006, skal man ha et felles prøvemottak hvor all registrering og svarrapportering skal gå via en felles 3

4 overbyggingsmodul (ROS, TietoEnator Healthcare) som skal kommunisere med alle de fagspesifikke laboratoriedatasystemene. 6. Aktivitet 6.1 Seksjon for generell bakteriologi Seksjonen bestod i 2002 av 11 bioinginører derav 1 overbioingeniør, og en bioingeniør knyttet opp mot FOU og serotyping av gruppe B streptokokker. Generell bakteriologi var delt inn i tre laboratorier, urinlaboratorium, lab.for polikliniske prøver og lab. for prøver fra inneliggende pasienter. I sommerhalvåret var det en betydelig økning av prøvematerialer fra pasienter med impetigo (brennkopper), en økning som fortsatte ut året. Av totalt undersøkte blodkulturflasker var det vekst i kulturene fra 621 pasienter. E. coli ble funnet hos 117 pasienter, fulgt av S. pneumoniae (56 pasienter) og S. aureus (52 pasienter). I alt 77 stammer av gr. B streptokokker ble serotypet, noe som representerte vel 60% av alle systemiske GBS infeksjoner meldt til MSIS. Det er ønskelig at flere enn de som nå har rutiner for det sender isolater fra blod og spinalvæsker til laboratoriet for serotyping med henblikk på å etablere en større stammebank av GBS. Det ble diagnostisert 12 tularemi-tilfeller i laboratoriets nedslagsfelt. Elleve av disse var ledd i et utbrudd i Midtre Gauldal i Sør-Trøndelag (se MSIS 2002, uke 37). Laboratoriet tilbyr diagnostikk av Francisella tularensis infeksjon med serologi og PCR i tilegg til dyrkning. Diagnostikk av kikhoste ble overført fra dyrkning til real-time PCR i løpet av året. Det har resultert i en økning av antall diagnostiserte tilfeller samt bedre servise for rekvirentene. Pasientbro prøver Høsten 2000 ble det i Stortinget vedtatt å bevilge penger til kirurgisk behandling i utlandet for norske ventelistepasienter. Etter strenge kvalitetskriterier ble det inngått avtaler med utvalgte sykehus særlig i Danmark, Sverige og i Nord-Tyskland. Grunnet frykt for import av antibiotikaresistens, ble det etablert et overvåknings-system for å: 1. kartlegge risiko for at pasienter behandlet i sykehus utenfor Skandinavia ble kolonisert/infisert med multiresistente bakterier 2. hindre smitteoverføring til norske sykehus og helseinstitusjoner I den anledning skulle alle pasienter som takket ja til operasjon i land utenfor Skandinavia, undersøkes med nese- og rectalprøve, samt evt. prøve fra postoperativ sårinfeksjon både før utreise og etter hjemkomst. Prøvene skulle tas hos egen lege og sendes til mikrobiologisk avdeling ved enten Akershus Universitetssykehus eller St. Olavs Hospital. Overvåkningen ble koordinert av Universitetssykehuset i Nord-Norge. De bakteriologiske prøver ble undersøkt spesifikt med henblikk på MRSA i neseprøve og i eventuell postoperativ sårprøve. Rektalprøven ble undersøkt spesifikt med henblikk på VRE, samt E.coli og Klebsiella ssp med produksjon av bredspektrede betalaktamaser (ESBL) eller nedsatt følsomhet for ciprofloxacin eller gentamicin. Alle bakteriologiske prøver ble sådd ut på selektive medier med ulik antibiotika-konsentrasjon etter AFA s (Arbeidsgruppen for antibiotikaspørsmål) anbefalinger og positive funn ble bekreftet med E-tester og molekylærgenetiske tester. 4

5 NORM Avdeling for mikrobiologi deltok i NORM (norsk overvåkningssystem for antibiotikaresistens hos mikrober) og i 2002 det ble samlet og resistensbestemt (etter protokoll) isolater fra (antall): Blodkultur: E.coli (50), Klebsiella spp (20), Staph. aureus (29), Strept. pneumoniae (26), Enterococcus spp (15) Luftveier og Sårsekret: Gruppe A Streptokokker (54) Urin: E.coli (50) Alle blodkulurisolater av Pseudomonas aeruginosa og anaerober ble nedfrosset. Alle isolater av Mycobacterium tuberculosis, Salmonella spp, Shigella spp, Yersinia enterocolitica og et utvalg av Campylobacter spp ble sendt Nasjonalt folkehelseinstitutt. 6.2 Seksjon for spesiell bakteriologi Seksjonen var i 2002 delt inn i fem laboratorier. Tarmpatogener/parasitter, resistensbestemmelser, uro/genitaldiagnostikk, sopp og mykobakterier. 10 bioingeniørstillinger, derav en overbioingeniør var knyttet til seksjonen. Prøvemengden har for 2002 vært ganske lik fra tidligere år. Nedgang på noen typer undersøkelser, mens det har vært oppgang på andre. På fæceslaboratoriet ble det utført dyrkninger m.h.p. tarmpatogene bakterier. Campylobakter ble funnet hos 132 pasienter, mens 87 pasienter hadde oppvekst av Salmonella. Det ble påvist 4 Salmonella fra andre prøvematerialer ( urin og blodkultur). S. Enteritidis var hyppigste serotype (49 pasienter), fulgt av S.Typhimurium (11 pasienter) og ellers 19 forskjellige serotyper fordelt på 31 pasienter. Det ble påvist enterohaemorragisk E.coli (EHEC) hos 6 personer, tre med serotype O157:H-, to med O26:H- og en med ukjent serotype. En 4 år gammel jente med O26:H- fikk diagnosen HUS. Laboratoriet baserer diagnostikken av EHEC på påvisning av shigatoxin-gener i strøk fra vekst i primær oppvekstkultur. Ved positiv funn blir stammen isolert ved å teste multiple kolonier. Nedgangen av funn av Neisseria gonorrhoeae har fortsatt i Det ble utført 5684 dyrkninger. Av disse var 7 positive, mot 10 positive i En av stammene var penicillinaseproduserende, og en stamme resistent for ciprofloksacin. Mycobacterium tuberculosis ble i 2002 påvist hos 8 pasienter, alle av utenlandsk opprinnelse. En stamme var resitent for rifampicin og INH, mens 3 andre stammer var resistente for de fleste tuberkulosemidlene, men følsom for rifampicin. I 2002 ble det påvist 419 dermatofytter fra hud/negl/hår mot 512 i Årsaken til det større antall funn i 2001 kan være den intensive reklamekampanjen på TV for terbinafin med påfølgende stor økning av negleprøver. Vi har ingen statistikk for positive funn av sopphyfer ved direkte mikroskopi, og samtidig negativ dyrkning. Telling i perioder har vist at dyrkningssvikten ligger på ca 40%. Dette sier noe om viktigheten av å utføre direkte mikroskopi av prøvematerialet. I juli 2002 ble konsentrasjonsbestemmelse av antibiotika i serum overført til Laboratorium for medisinsk biokjemi. 6.3 Seksjon for virologi Seksjonen har i 2002 bestått av 4 bioingeniørstillinger. Seksjonen utfører virusdyrking i cellekulturer, både humane og animalske celler benyttes. Vi har et eget produksjonslaboratorium som produserer celler til virusdyrkingen. Til tross for at flere og flere analyser blir utført med genteknologiske teknikker har antall undersøkelser utført med virusdyrking vært stabilt. Epidemiologisk var 2002 et forhodsvis rolig år. RS-virus epidemien som startet i november 2001 fortsatte ut januar 2002 (påvist til sammen 120 tilfeller av RS-virus infeksjon). 5

6 Parainfluensavirus ble påvist i november og desember, og da stort sett parainfluensavirus type 3. Årets influensasesong var rolig. Som det har vært vanlig de siste årene startet den sent, først i februar og varte til mai. Det var influensa A som ble påvist etterfulgt av noen influensa B på slutten av sesongen Influensavirusforekomsten overvåkes kontinuerlig, og vi er deltakere i norsk influensavirusovervåking ved å sende stammer og ukentlige rapporter til Folkehelseinstituttet, WHO nasjonalt influensasenter. Seksjonen deltar også i nasjonalt spesialprosjekt for virologisk overvåking av poliovirus i fæces. 6.4 Seksjon for genteknologi Seksjonen har i 2002 bestått av 6,5 bioingeniørstillinger hvorav 1 overbioingeniør og 1 spesialbioingeniør. Seksjonen utfører genanalyser av arvemateriale til både bakterier og virus. Det har i løpet av året vært en kraftig økning i antall undersøkelser med molekylærbiologiske teknikker. I tillegg til å gjøre flere analyser av tidligere etablerte tester har også etablering av nye tester vært en viktig del av arbeidet. For å kunne imøtekomme økt etterspørsel av våre analyser har vi investert i nytt utstyr for å øke kapasiteten og få raskere svar. De fleste analysene er derfor omlaget til real-time PCR. Å bygge opp kompetanse innen fagfeltet har derfor krevd store ressurser og vi ser for oss en videre ekspandering. I løpet av 2002 har vi etablert nye tester for påvisning av Gruppe B streptokokker, Listeria monocytogenes, Legionella pneumophila, norovirus, morbillivirus, influensa A virus, influensa B virus, Mycoplasma pneumonie, rhinovirus, humant metapneumovirus, hepatitt B virus, humant herpesvirus 7 og humant herpesvirus 8. Kompliserte analyser som kvantitative tester for påvisning av virusmengde i blod for Epstein- Barr virus og cytomegalovirus kan nå tilbys. Genotyping av hepatitt C virus tilbys til pasienter som er aktuelle for antriviral behandling. For å sikre kvaliteten av våre tester har vi deltatt i både nasjonale (Folkehelseinstituttet) og internasjonale ringtester (Quality control conserted action og Equalis). I desember arrangerte seksjonen et seminar innen genteknologi der ansatte ved St.Olavs hospital, Bioingeniørutdanningen og NTNU deltok. 6.5 Seksjon for infeksjonsimmunologi Seksjonen hadde i stillinger: en leder/overbioingeniør, en laboratorieingeniør og 7 bioingeniører. Det ble utført et vidt spekter av serologiske undersøkelser for virus og bakterier, deriblant referanseundersøkelser for helseregion IV (Midt-Norge). Seksjonen har også en nasjonal referansefunksjon for Francisella. De fleste serologiske teknikker er i bruk. HIV- og hepatittserologi foregår i dag på helautomatiske instrumenter. Samlet antall undersøkte pasientprøver i 2002 var ca Screening av blodgivere er tillagt Laboratorium for immunologi og transfusjonsmedisin. 6.6 Seksjon for medieproduksjon I 2002 hadde produksjonslaboratoriet 6 stillinger, 1 leder/overbioingeniør, 2 laboratorieingeniører, 1 ingeniør og 2 teknikere. Vaske- og pakkeenheten hadde 4 assistent I- stillinger. Overbioingeniøren hadde i tillegg hovedansvaret for alt innkjøp til hele Lab. for medisinsk mikrobiologi. Laboratoriet produserer faste og flytende dyrkningsmedier, reagenser og buffere. 6

7 Ca. 75% av produksjonen brukes innen avdelingen til rutineanalyser og til forskning, inkludert NTNUs mikrobiologiske forskningslaboratorium. Ca. 25% av produksjonen selges eksternt. Den største kunden var Helse Nord-Trøndelag ved Sykehuset Namsos og Sykehuset Levanger, men også private institusjoner kjøpte medier. I 2002 hadde seksjonen et uhell med en destruksjonsautoklave, den ene døra åpnet seg mens det enda var noe overtrykk i kammeret. Det ga heldigvis ingen personskade. Produksjonslaboratoriet tok i bruk en ny mediepreparator som vi har vært med på videreutvikling av. Laboratoriet arbeider til stadighet med videreutvikling og utprøving av nye dyrkningsmedier. Tabell 1. Produksjon av faste medier Dyrkningsmedium Antall skåler Blod-agar Mac-Conkey-agar Deco-agar FA-agar Resistens-agar Sjokolade-agar MNYC-agar Saboraud dextrose-agar SSI-agar Andre agarer Sum Tabell 2. Produksjon av medier/reagenser på flasker og rør Medium/reagens Antall Stuart transportmedium Cary Blair transportmedium Virus transportmedium Løwenstein Jensen medium Saltvannsrør GBS-buljong Anaerob-buljong Andre medier/reagenser Sum Tabell 3 Produksjon av medier/reagenser/oppløsninger Medium/reagens Liter Faste medier i petriskåler Faste og flytende medier/regaenser i flasker og rør Reagenser og oppløsninger 532 Sum

8 6.7 Seksjon for sykehushygiene SSH har ivaretatt aktiviteter som infeksjonsovervåkning, smitteoppsporing, undervisning og implementering av prosedyrer innen smitteforebyggelse. Seksjonen har videreført tilsynet ved sykehusets sengeposter slik at det nå er gjennomgått smittevern og sykehushygienisk problematikk/-løsningsmodeller ved de aller fleste kliniske avdelinger. SSH har dessuten vært rådgiver innen praktisk smitteverns arbeid både internt og eksternt herunder også Helsebygg Midt-Norge. Seksjonens bestod i 2002 av 3 hygienesykepleiere, 1 bioingeniør og 1 lege. Seksjonsoverlege fra 1999, Trond Jacobsen, gikk ved årsskiftet over i annen stilling ved Laboratorium for medisinsk mikrobiologi. Ny seksjonsoverlege i 2003 er Olaf Scheel. Spesielle problemstillinger: Pseudomonas aeruginosa I januar 2002 oppdaget flere sykehus en økning av Pseudomonas aeruginosa (Ps.a.)-infeksjoner, spesielt hos respiratorbehandlede pasienter ved intensivavdelingene. Ved sammenlikning av PFGE (pulsfelt gelelektroforese) ved SSH ble tilsvarende utbrudd med genotypisk identisk stamme avslørt ved en rekke sykehus i landet. Smittespredning utelukkende forårsaket av overflyttinger av pasienter eller personale var lite sannsynlig, og i regi av Folkehelseinstituttet (Fhi) undersøkte man en rekke produkter for å finne en felles utbruddskilde. Dent-o-sept munnpensler ble tidlig undersøkt, men innledningsvis med negative dyrkningsresultater. Etter funn av Pseudomonas species i en munnpensel fra Feiringklinikken, ble flere produksjonsserier av Dent-o-sept undersøkt. Kvelden 8. april 2002 påvist St. Olavs Hospital utbruddstammen i en produksjonsserie av Dento-sept (47.01). Seinere ble genotypisk identisk Ps.a. også påvist i flere andre produksjonsserier. Umiddelbart etter funnet ved St Olavs Hospital, ble helsemyndighetene, helsetjenesten, publikum og produsenten av Dent-o-sept varslet og produktet ble trukket tilbake. Spredningen av mikroben hadde imidlertid allerede skjedd til en rekke pasienter ved flere av landets sykehus, og i regi av Fhi ble det i løpet av høsten 2002 gjennomført en kartlegging av utbruddets omfang ved alle landets sykehus, både mht. antall smittede personer, hvilken betydning bakterien har hatt for det kliniske forløpet hos den enkelte pasient samt kartlegging av antallet Ps.a. i blodkulturer / spinalvæske i løpet av de siste 10 år med tillegg av genotyping av isolatene fra årene I tillegg ble alle klinisk relevante Ps.a.-isolater påvist i 2002 genotypet. Som ett av fem referanselaboratorier i landet, ble mye av den laboratoriemessige kapasiteten til SSH beslaglagt ved dette. Norovirus: Sykehuset hadde to utbrudd med Norovirus (Calici) i løpet av Et første og relativt begrenset utbrudd fant sted i mars-april og et større tok til ultimo oktober (og fortsatte inn i 2003). Begge utbruddene affiserte i hovedsak Medisinsk avdeling. Laboratorium for medisinsk mikrobiologi utviklet et PCR oppsett for norovirus i mars slik at undersøkelsen av pasientprøver ble vesentlig enklere og mindre personalresurs krevende enn ved den tidligere elektonmikroskopiske diagnostikken. MRSA: Det var nødvendig med screening dyrkningsundersøkelser av medpasienter og personell ved 3 anledninger. Ingen sekundærtilfeller ble påvist. 6.8 Ekspedisjon og prøvemottak Ekspedisjonen har hatt åpent alle hverdager inkl. lørdager. Bemanningen har bestått av 1 kontorleder og 5 helsesekretærer/sekretærer. 8

9 Prøvemottakets primæroppgave er å sortere, registrere og fordele prøver til de respektive laboratoriene, samt pakking og utsendelse av svarrapport. I tillegg fungerer prøvemottaket som et lokalt sentralbord for laboratoriet. Prøveantallet har økt med ca undersøkelser i forhold til Økningen har vært størst for genteknologiske undersøkelser. Dette har gjort registreringsarbeidet mer komplisert og tidkrevende. Mye tid er gått med til opplæring av nye medarbeidere, og arbeidsforholdene er utilfredsstillende p.g.a. trangboddhet. 7. Forskning og utvikling En del av forsknings- og utviklingsarbeidet skjer parallelt med rutinevirksomheten, spesielt mht utprøving av diagnostiske reagenser og tester. 1 spesialbioingeniør ved seksjon for virologi og genteknologi arbeider hovedsakelig med utprøving og etablering av nye tester i genteknologi. Avdelingen har allokert 1 bioingeniør til Forskningslaboratoriet (fellesareal med de universitetstilsatte). Denne bioingeniøren er nesten utelukkende knyttet til en langsiktig, kontinuerlig aktivitet knyttet til forskning omkring Gruppe B streptokokker. Det er forøvrig intet strikt skille mellom forskningsområdende for hva som også bedrives av de universitetsansatte i Forskningslaboratoriet. Eksempler på dette er nye molekylær-genetiske diagnostiske tester som etableres for så å implementeres i rutine-diagnostikken. Et hovedsatsningsområde er forbedring av diagnostikk ved hjelp av molekylærgenetiske metoder og utvikling av genotypiske metoder ( molekylær epidemiologi ). Sammen med Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer, har avdelingen et bredt armamentarium av moderne vitenskapelig utstyr, som spesielt legger et godt fundament for fremtidig utvikling innen molekylærgenetisk diagnostikk. På universitetssiden i tillegg til de akademisk ansatte, er 2.3 avdelingsingeniørstillinger tilknyttet Forskningslaboratoriet. Sylvester Moyo fra Universitetet i Harare, Zimbabwe fullførte sitt doktorgradsarbeid over karakterisering av Gruppe B streptokokker og disputerte i S. Moyo har vært stipendiat ved NTNU i regi av et NUFU-prosjekt. (Samarbeidsprosjekt med Universitetet i Harare fortsetter). Avdelingen haddde i 2002 ansvar for veiledning av ytterligere to doktorgradsstipendiater: Torunn Bruland disputerte juni 2003 på tema retrovirus-indusert immunsvikt, og disputas for Eivind Witsø på emnet antibiotikafrigjøring fra beintransplantat er planlagt til desember Professor Ole-Jan Iversen har vært veileder for Cathrin Ahlen som vil disputere høsten 2003 på tema infeksjoner /mikrobiell økologi relatert til dykkermiljø. Forøvrig utføres hovedoppgaver i medisinstudiet ved Forskningslaboratoriet samt hovedfagsoppgaver ved andre studier. Det vises til separat vedlagt publikasjonsliste utgående fra avdelingen. 9

10 Undersøkelser utført i 2002 Undersøkelsesgrupper Antall undersøkelser Bakteriologi Sum Innel. Pol. Aerob dyrkning Anaerob dyrkning Mikroskopi Blodkultur aerob Blodkultur anaerob Patogene tarmbakt Serotyping tarmpat Helicobacter dyrkn Clostridium difficile toxin A/B EIA Resistensbestemmelser Serumkons. målinger MRSA dyrkning Serotyping gruppe B str Parasittologi Parasittologisk us Trichomonas dyrkning Giardia EIA Mykobakteriologi Dir.mikro tuberkelbasiller Tb dyrkning Mykologi Dir. mikro sopp Soppdyrkning Soppdyrkning genitalprøver Gjærsopptyping Genteknologiske undersøkelser Pulsfelt gel el.fo Sekvenseringer Chlamydia trachomatis PCR Mycobacterium tuberculosis PCR Andre PCR undersøkelser Virologi Virusdyrkning Viruspåvisning EIA/IF Viruspåvisning elektronmikro Serologiske undersøkelser Diverse Sum

11 Bakteriologi Positive funn Tabell 1. Blodkulturfunn Mikrobe Antall pasienter Acinetobacter baumannii 1 Aerococcus urinae 1 Alfahemolytiske streptokokker 12 Bacteroides spp 7 Betahemolytiske streptokokker gr A 9 Betahemolytiske streptokokker gr B 6 Betahemolytiske streptokokker gr C 3 Betahemolytiske streptokokker gr G 4 Campylobacter jejuni 1 Candida abicans 8 Candida glabrata 3 Candida norvegensis 1 Capnocytophaga spp 1 Citrobacter freundii 2 Clostridium spp 3 Enterobacter spp 7 Enterococcus spp 33 Escherichia coli 117 Haemophilus spp 4 Klebsiella spp 29 Koagulase negative stafylokokker 169 Leuconostoc spp 1 Moraxella spp 2 Morganella morganii 1 Neisseria spp 1 Peptostreptokokker 1 Proteus mirabilis 10 Pseudomonas aeruginosa 25 Salmonella Saintpaul 1 Serratia marcescens 3 S aureus 52 S milleri-gruppen 6 S pneumoniae 56 Stenotrophomonas maltophilia 2 Andre 39 Sum

12 Tabell 2. Dyrkningsfunn i spinalvæske Mikrobe Antall pasienter Acinetobacter baumannii 1 Difteroide staver 1 Enterobacter cloacae 1 Enterococcus faecalis 3 N. meningitidis 1 Propionibacterium acnes 1 Koagulase negative stafylokokker 4 S. aureus 1 S. pneumoniae 4 S. dysgalactiae subsp. equisimilis 1 Sum 18 Tabell 3. Dyrkningsfunn i leddvæske Mikrobe Antall pasienter Betahemolytiske streptokokker gr B 1 Betahemolytiske streptokokker gr G 2 Escherichia coli 1 Candida albicans 1 Pripionibacterium acnes 1 Koagulase negative stafylokokker 3 S. aureus 14 S. pneumoniae 2 Sum 25 Tabell 4. Dyrkningsfunn i pleuravæske Mikrobe Antall pasienter Alfahemolytiske streptokokker 1 Betahemolytiske streptokokker gr B 1 Betahemolytiske streptokokker gr C 1 Corynebacterium spp 1 Enterobacter cloacae 1 Enterococcus spp 4 Prevotella spp 1 Pseudomonas aeruginosa 1 Serratia marcescens 1 Koagulase negative stafylokokker 11 S. aureus 6 S. milleri-gruppen 1 Sum 30 12

13 Tabell 5. Patogene tarmbakterier (avføringsprøver) Mikrobe Antall pasienter Aeromonas spp 3 Campylobacter jejuni 127 Campylobacter coli 5 Clostridium difficile toxin A/B 191 Enterohaemorragisk E. coli 6 Enteropatogen E. coli (eae-positive) 51 (EPEC serogr. 4, non-epec serogr. 47) Enterotoxigen E. coli 3 Enteroinvasiv E. coli 1 Salmonella 87 Shigella 3 Vibrio parahaemolyticus 1 Yersinia enterocolitica 6 Sum 484 Salmonella serotyper Antall pasienter S. Agona 2 S. Amsterdam 2 S. Anatum 3 S. Blockley 1 S. Bonn 1 S. Bovis-morbificans 1 S. Braenderup 1 S. Drypool 1 S. Ealing 1 S. Enteritidis 49 S. Hadar 3 S. Haifa 2 S. Livingstone 1 S. Newport 1 S. Paratyphi B 1 S. Saintpaul 2 S. Senftenburg 2 S. Thompson 2 S. Typhi 2 S. Typhimurium 11 S. Virchow 2 Sum 91 13

14 Parasittologi Tabell 6. Parasitter Mikrobe Antall pasienter Ascaris lumbricoides 9 Blastocystis hominis 5 Entamoeba histolytica 2 Enterobius vermicularis 3 Giardia lamblia (mikro/ EIA) 76/106 Hakeorm 2 Hymenolepis nana 10 Malaria 1 Pneumocystis carini 4 Schistosoma mansoni 3 Strongyloides stercoralis 3 Taenia spp 1 Trichuris trichiura 21 Sum 170 Mykobakteriologi Tabell 7. Mykobakterier Mikrobe Antall pasienter Syrefaste staver ved mikroskopi: 8 Dyrkning : M. tuberculosis komplekset 8 M. avium intracellulare kompl. 5 M. gordonae 2 M. malmoense 1 M. simiae 1 M. fortuitum 1 Andre uidentifiserte 2 Sum dyrkning 20 Mykologi Tabell 8. Dermatofytter Mikrobe Antall funn Trichophyton rubrum 364 Trichophyton mentagrophytes 20 Trichophyton raubitschekii 6 Trichophyton tonsurans 10 Trichophyton violaceum 6 Trichophyton soudanense 5 Trichophyton verrucosum 1 Trichophyton megninii 1 Trichophyton spp. 1 Epidermophyton floccosum 6 Microsporum canis 5 Sum

15 Tabell 9. Genteknologiske undersøkelser (PCR) Antall undersøkelser Antall positive Adenovirus - PCR: Bartonella henselae - PCR: 5 0 Bordetella pertussis - PCR: Calicivirus PCR : Chlamydia pneumoniae - PCR : Cytomegalovirus - PCR : Enteropatogen E. coli (eae-gen) Enterohemor. E.coli (EHEC)PCR: Enteroinv. E.coli/Shigella PCR 8 1 Enterotoxinprod. E.coli - PCR Enterovirus - PCR : Epstein-Barr virus PCR: Epstein-Barr virus kvantitativ PCR: 57 Francisella tularensis PCR 11 4 HCV - PCR : Helicobacter pylori PCR (totalt) vac A cag A urease C Hepatitt B virus- PCR : Hepatitt B virus kvantitativ PCR 5 Hepatitt G - PCR : 30 2 Herpes simplex virus 1- PCR : Herpes simplex virus 2- PCR : 197 HIV kvantitering : 353 Human papillomav.-pcr typing : Human papillomav-pcr konsensus Humant Herpesvirus 6 - PCR : 72 3 Legionella PCR : 90 6 Legionella pneumophila PCR : 4 4 meca PCR(met.res.Staph.aureus) Metapneumovirus - PCR : Morbilli - PCR: 5 0 Mycobacterium PCR: Mycobacterium tuberculosis PCR Mycoplasma pneumoniae PCR : Neisseria Meningitidis PCR 19 4 Parvovirus B19 - PCR : 36 0 Rhinovirus - PCR : Staph.aureus PCR 5 2 Staphylococcus PCR: 13 2 Streptococcus pneumoniae - PCR 26 8 Vancomycin res.(van A ) PCR: 9 0 Vancomycin res.(van B ) PCR: 9 0 Vancomycin res.(van C1) PCR: 9 2 Vancomycin res.(van C2) PCR: 9 1 Varicella Zoster virus - PCR : Sum

16 Tabell 10. Chlamydia trachomatis PCR Antall pasienter Antall positive Andre genteknologiske analyser Tabell 11. Pulsfelt gelelektroforese Mikrobe Antall Pseudomonas aeruginosa 677 Staphylococcus aureus (MSSA) 24 Legionella spp 10 Streptococcus pyogenes 5 Staphylococcus aureus (MRSA) 3 Sum 719 Tabell 12. Sekvenseringer Bakterieidentifkasjon ved sekvensering av 16S rrna genet: Burkholderia cepacia 1 Capnocythophaga spp 1 Capnocythophaga sputigena 1 Enterococcus faecium 1 Haemophilus spp 1 Lactobacillus salivarius 1 Legionella pneumophila 2 Moraxella atlantae 1 Neisseria weaveri 2 Staphylococcus aureus 1 Staphylococcus epidermidis 1 Staphylococcus hominis 1 Sum 14 Adenovirus sekvensering: Adenovirus type 1: 9 Adenovirus type 2: 9 Adenovirus type 3: 19 Adenovirus type 6: 1 Adenovirus type 8: 36 Adenovirus type 19: 1 Adenovirus type 37: 3 Adenovirus type 40: 1 Adenovirus type 41: 19 Sum 98 16

17 Enterovirus sekvensering: Coxsackievirus B2: 1 Coxsackievirus B3: 1 Echovirus type 1: 2 Echovirus type 6: 2 Echovirus type 9: 2 Echovirus type 11: 2 Echovirus type 13: 3 Echovirus type 18: 12 Echovirus type 30: 1 Sum 26 HCV genotyping: Hepatitt C virus genotype 1 4 Hepatitt C virus genotype 2 1 Hepatitt C virus genotype 3 5 Sum 10 HPV- typing ved sekvensering/ hybridisering: Humant papillomavirus ikke vanlig onkogen type. 2 Humant papillomavirus type 6 4 Humant papillomavirus type 6/11/31 2 Humant papillomavirus type 6/11/33 1 Humant papillomavirus type 6/31 5 Humant papillomavirus type 6/31/33 2 Humant papillomavirus type 11 6 Humant papillomavirus type 11/31 1 Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type 16/18 1 Humant papillomavirus type 16/31 1 Humant papillomavirus type 16/31/33 1 Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type 18/31 1 Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type 31/33 3 Humant papillomavirus type 33 1 Humant papillomavirus type 52 3 Humant papillomavirus type 53 3 Humant papillomavirus type 54 1 Humant papillomavirus type 57 2 Humant papillomavirus type 58 1 Humant papillomavirus type 62 3 Humant papillomavirus type 66 1 Humant papillomavirus type 68 1 Humant papillomavirus type 70 3 Humant papillomavirus type MM4 1 Humant papillomavirus type MM8 1 Sum

18 Tabell 13. Virologiske undersøkelser Antigenpåvisning i fæces: Antall undersøkelser Antall positive Adenovirus antigen ELISA: Rotavirus antigen - ELISA : Sum Antistoffpåvisning i tårevæske: Antall undersøkelser Antall positive Adenovirus IgA immunfl.: Herpes simplex IgA immunfl.: Varicella/Zoster IgA immunfl.: 3 Sum Viruspåvisning i cellekultur: Antall undersøkelser Antall positive Virus dyrkning : Adenovirus: 77 Cytomegalovirus: 26 Enterovirus: Herpes simplex virus: Coxsackievirus type A9 1 Coxsackievirus type B3 1 Echovirus type 1 2 Echovirus type 6 1 Echovirus type 9 1 Echovirus type 13 3 Echovirus type 18 9 Echovirus type 25 1 Echovirus type 29 2 Enterovirus utypet: 3 Herpes simplex virus type Herpes simplex virus type 2 50 Influensa A virus: 23 Influensa B virus: 2 Parainfluensavirus: Parainfluensavirus type 1 8 Parainfluensavirus type 2 4 Parainfluensavirus type 3 16 Parainfluensavirus utypet 4 Respiratorisk syncytialt virus: 39 Varicella Zoster virus: 31 Sum

19 Tabell 14. Viruspåvisning ved immunfluorescens direkte på materiale: Antall undersøkelser Antall positive Influensa A IF dir. på matr.: Influensa B IF dir. på matr.: Parainfluensa IF dir. på matr RSV IF direkte på matr.: HSV immunfl.direkte på matr.: 24 7 VZV immunfl.direkte på matr.: 18 8 Sum Tabell 15. Viruspåvisning ved elektronmikroskopi: Antall undersøkelser 295 Antall positive Calicivirus: 61 Molluscum contagiosum: 2 Orfvirus: 1 64 Tabell 16. Funn av viralt agens i spinalvæske Undersøkelse Antall pasienter Adenovirus PCR: Adenovirus type 8 1 Epstein-Barr virus PCR: 14 Enterovirus - PCR : Coxsackievirus type A9 1 Echovirus type 18 2 Enterovirus ikke typet: 15 Humant Herpesvirus 6 - PCR : 1 Herpes simplex virus - PCR : 10 Varicella Zoster virus - PCR : 4 Virus dyrkning : Coxsackievirus type A9(samme pasient som funnet ved PCR) 1 Sum: 47 19

20 Tabell 17. Infeksjonsimmunologiske undersøkelser Undersøkelse Antall undersøkelser Adenovirus antistoff - KBR : Anti-streptokokk-Dnase B : 741 AST : ASTA : 19 Bartonella henselae antistoff: 33 Borrelia IgG - ELISA : Borrelia IgM - ELISA : Borrelia ratio sp.v/serum : 8 Brucella abortus Bang antist.: 28 Candida antigen : 13 Chlamydia antistoff - KBR : Cox.B-/Enterov. antist. KBR : Cytomegalovirus IgG - ELISA : Cytomegalovirus IgM - ELISA : Denguevirus antist. total 7 EB virus early antigen IgG: 24 EB virus nuclear antigen IgG: 23 Epstein-Barr IgG - ELISA : Epstein-Barr IgM - ELISA : Epstein-Barr VCA IgG - ELISA : 821 Epstein-Barr VCA IgM - ELISA : 821 Francisella IgG - ELISA : 217 Francisella IgM - ELISA : 217 Francisella mikroaggl. titer: 218 HCV konfirmasjonstest (RIBA) : 485 Helicobacter-G ELISA : 682 Hepatitt A IgM : Hepatitt A Total Hepatitt A Total vaksinestudie 39 Hepatitt B e - antigen : 292 Hepatitt B e - antistoff : 295 Hepatitt B s - antigen : Hepatitt B s Ag - confirm.test: 88 Hepatitt B s - antistoff: Hepatitt Bcore antistoff total Hepatitt Bcore IgM : 8 Hepatitt C antistoff : Herpes simplex IgG - ELISA : 859 Herpes simplex IgM - ELISA : 859 Herpes simplex virus 1 IgG : 1 Herpes simplex virus 2 IgG : 2 Heterofile as. hurtigtest : HIV 1 Western Blot : 155 HIV 1+2 antistoff - ELISA : HSV IgG ratio serum/spinalv.: 1 Influensa A antistoff - KBR : Influensa B antistoff - KBR : Undersøkelse Antall undersøkte 20

21 Legionella antistoff ELISA : 997 Legionella antistoff IF : 306 Legionella antistoff titer IF: 167 Morbilli IgG - ELISA : 145 Morbilli IgG ratio serum/spin. 1 Morbilli IgM - ELISA : 145 Mycoplasma IgG - ELISA : Mycoplasma IgM - ELISA : Parainfluensa antistoff KBR : Parotittvirus IgG - ELISA : 253 Parotittvirus IgM - ELISA : 253 Parvovirus IgG - ELISA : 747 Parvovirus IgM - ELISA : 747 Pertussis hemagglutinin IgA : Pertussis hemagglutinin IgG : Pertussis toxin IgA : Pertussis toxin IgG : Puumulavirus IgM: 6 Resp.sync.virus antistoff-kbr: RPR : Rubella antist. agglutinasjon: Rubella IgM - ELISA : 67 Toxoplasma IgG - ELISA : Toxoplasma IgG titrering : 65 Toxoplasma IgM - ELISA : Toxoplasma IgM titrering : 19 TPPA : Varicella-Zoster IgG - ELISA : 654 Varicella-Zoster IgM - ELISA : 654 VZV IgG ratio serum/spinalv.: 1 Widal-Salm. typhi-o antistoff: 419 Widal-Salm.paratyphi-O antist: 419 Yersinia - O-3 antistoff : 16 Yersinia O3 ELISA IgA : 505 Yersinia O3 ELISA IgG : 505 Sum Publikasjoner 2002 A. Doktorgrader: Sylvester Rodgers Moyo: Studies on Streptococcus agalactiae (Group B streptococcus) surfaceanchored markers with emphasis on strains and human sera from Zimbabwe, B. Artikler i referee-baserte tidskrifter: 1. Andersen BM, Lindemann R, Bergh K, Nesheim B-I, Syversen G, Solheim N, Laugerud F. Spread of methicillin-resistant Stahylococcus aureus in a neonatal intensive unit associated with understaffing, overcrowding and mixing of patients. J Hosp Infection, 2002, 50:

22 2. Bergh K, Bevanger L, Hanssen I, Løseth K. Low prevalence of Bartonella henselae infections in Norwegian domestic and feral cats. APMIS, 2002, 110: Bruland T, Dai HY, Lavik LAS, Dalen A., Early dissemination rates of Friend murine lekaemia virus correlate with late pathogenesis. APMIS Dec;110(12): Haram K, Jensen OH, Dalen A. Bergsjø P. HIV-infeksjon hos gravide kliniske funn og behandling. Tidskr. Nor Laegefor 2002, 122: Moyo SR, Maeland JA, Bergh K. Typing of human isolates of Streptococcus agalactiae (group B streptococcus; GBS) strains from Zimbabwe. J Med Microbiol., 2002, 51: Nordbø SA, Johansen OJ, Brubakk A-M, Bakke K. Vertikal overføring av hepatitt C- virus i Sør-Trøndelag. Tidsskr Nor Lægefor 2002, 20: Laukeland H, Bergh K, Bevanger L. Endophthalmitis caused by Moraxella nonliquefaciens. J Clin Microbiol, 2002, 40: Myhre AK, Bevanger LS, Berntzen K, Bratlid D. Anogenital bacteriology in non-abused preschool children: a descriptive study of the aerobic genital flora and the isolation of anogenital Gardnerella vaginalis. Acta Paediatr. 2002;91(8): Witzø E, Persen L, Benum P, Bergh, K. Release of netilmicin and vancomycin from cancellous bone. Acta Orthopaedica Scandinavica 2002, 73: C. Presentasjoner med abstracts. 1. Afset JE, Bergh K, Bevanger L, Lassen J. eae-positive E.coli in stool samples from children with diarrhoea in Norway. 3rd International EPEC symposium, Puerto Vallarta, Mexico, oktober Bergh K, Stølhaug A, Løseth K, and Bevanger L. Detection of Group B streptococci (GBS) in vaginal swabs using real-time PCR with TaqMan probe hybridization. XVth Lancefield International symposium on streptococci and streptococcal diseases. Goa, India, October 6-10, Christensen, Andreas; Nordbø, Svein Arne; Jeansson, Stig. Humant metapnevmovirus - nyoppdaget luftveispatogen hos menneske. Årskonferansen Folkehelseinstituttet, Oslo, Halvorsen DS 1, Jacobsen T 2, Smith H 3, Wiik M 2, Simonsen GS 1, Digranes A 4, Harthug S 5, Steinbakk M 3 (Mikrobiologisk avdeling ved UNN 1, St. Olavs Hospital 2, AHUS 3, Haukeland sykehus 4 og Avdeling for Sykehushygiene, Haukeland sykehus 5.) Mikrobiologisk overvåkning av pasienter i Kirurgibro-prosjektet. Foreløpige resultater. Norsk Forum for Sykehus Hygiene. Drammen, Jacobsen T 1, Iversen BG 2 (Avdeling for mikrobiologi, St. Olavs hospital 1, Seksjon for forebyggende infeksjonsmedisin, Nasjonalt folkehelseinstitutt 2 ) Pseudomonas aeruginosa og Dent-o-sept munnpensler. Norsk Forum for Sykehus Hygiene. Drammen,

23 6. Lyng, Randi; Mæland, Johan A. R1 protein varianter hos gruppe B streptokokker (GBS). Årskonferansen Folkehelseinstituttet, Oslo, Norge, Mæland JA, Afset JE, Marstein L. PFGE determined clonal lineages of fusidic acid resistant (FusR) versus sensitive (FusS) Staphylococcus aureus (SA). ECCMID, Milano. 8. Nordbø, SA. Diagnostikk av adenovirusinfeksjoner med real-time PCR. Norsk Virologisk Kontaktmøte, Tromsø, Nordbø, SA. Epstein-Barr virus (EBV) laboratoriediagnostikk. Strategimøte: mikrobiologisk diagnostikk ved virale CNS-infeksjoner. Oslo, Nordbø, SA. Humant herpesvirus 6 (HHV-6) -laboratoriediagnostikk. Strategimøte: mikrobiologisk diagnostikk ved virale CNS-infeksjoner. Oslo, Skjeldestad, FE; Pouliakova, IE; Sandem, S; Nordbø, Svein Arne; Størvold, G; Øvrenæss, T. 12 month incidence of C trachomatis in young Norwegian women. Norsk forening for epidemiologi, Årsmøte, Trondheim, Skjærvold NK, Bergh K, Bevanger L.: Distribution of pulsed-field gel electrophoresis types of invasive Norwegian group B streptococci in relation to serotype. XV Lancefield International Symposium on Streptococci and Streptococcal Diseases, Goa, India, October 6-10,

24 Det nye Laboratoriesenteret september