2. Avdelingens funksjoner

Transkript

1

2 Innhold Forord Avdelingens funksjoner Organisasjon Bemanning Datasystem Aktivitet Seksjon bakteriologi og prøvemottak Seksjon for virologi og genteknologi Seksjon for infeksjonsimmunologi Seksjon for medieproduksjon Seksjon for sykehushygiene Forskning og utvikling FoU Publikasjoner Tabeller og Funn Produksjonstall Undersøkelser utført i 2003 og Antall undersøkelser gruppert på materiale for bakteriologi og mykologi Infeksjonsimmunologiske undersøkelser Antall undersøkelser for virologi og genteknologi Spesielt ressurskrevende undersøkelser Pulsfelt gelelektroforese Funn: Bakteriologi, Mykologi, Parasittologi Blodkulturfunn (per pasient) Dyrkningsfunn i spinalvæske Dyrkningsfunn i leddvæske Dyrkningsfunn i pleuravæske ESBL, MRSA og VRE Patogene tarmbakterier Salmonella serotyper Mykobakterier Parasitter Sopp Funn: Virus Antistoffpåvisning i tårevæske Viruspåvisning i cellekultur Viruspåvisning ved immunfluorescens Viruspåvisning ved elektronmikroskopi Funn: Genteknologiske undersøkelser PCR Funn agens i spinalvæske ved PCR Chlamydia trachomatis PCR Bakterieidentifkasjon ved sekvensering av 16S rrna genet Adenovirus sekvensering Enterovirus sekvensering HPV-typing ved sekvensering Hepatitt C virus genotyping Medieproduksjon Produksjon av faste dyrkingsmedier Produksjon av medier/reagenser på flasker og rør Produksjon av medier/reagenser/oppløsninger

3 1. Forord Omorganiseringer og planlegging av nytt laboratoriebygg har lagt beslag på betydelige ressurser i Mye personalressurser er gått med til å planlegge videre drift i nytt laboratoriebygg, så vel som selve flytteprosessen. Laboratoriemedisinsk klinikk er en av de første klinikkene som skal flytte i denne fasen (Fase I) av prosjektet Nytt sykehus. Det gir mange utfordringer da virksomheten er kompleks. Mye nytt utstyr og instrumenter skal installeres, testes og settes i gang, og noe gammelt utstyr skal flyttes over. Det nye bygget står der som en fristelse og alle gleder seg til å flytte inn. Men det er også mange utfordringer. Ny organisering, omstillingsprosesser, innføring av et stort og komplekst IT-prosjekt har vært en utfordring i 2004 Planlagt innflytting er 3.oktober Det har også vært nok av faglige utfordringer med kartlegging av epidemier og etablering av analyser for påvisning av nye agens. I tillegg har avdelingen en betydelig undervisningsvirksomhet for medisinske studenter, samt andre studenter og helsepersonell. Det er et aktivt forskningsmiljø ved avdelingen, og et nært samarbeid med universitetet (NTNU). Avdelingen er et regionalt referanselaboratorium for mikrobiologiske analyser, og har også enkelte nasjonale referansefunksjoner. 2. Avdelingens funksjoner Avdelingen har ansvaret for all mikrobiologisk diagnostikk i Sør-Trøndelag, og har et stort repertoar innen bakteriologi, virologi, mykologi, parasittologi og infeksjonsimmunologi. En bred satsning på genteknologiske metoder har ført til en stor ekspansjon innen denne type diagnostikk, og avdelingen har etablert en rekke egenproduserte metoder for påvisning av velkjente så vel som nyoppdagede mikrober i kliniske prøver. Avdelingen har spesiell kompetanse knyttet til genanalyser av arvematerialet til bakterier og virus og har bl.a. benyttet slike undersøkelser til epidemiologiske analyser. Disse metodene står sentralt i oppklaring av sykehusinfeksjoner og utbrudd av infeksjoner utenfor sykehus. Dersom tilrådningen fra det mikrobiologiske fagmiljøet i Norge blir fulgt opp på departementalt hold, vil avdelingen få en nasjonal referansefunksjon for MRSA fra Gjennom årlige revisjoner av avdelingens strategi- og virksomhetsplaner tilstreber man å dekke behovet for en optimal infeksjonsdiagnostikk. Etablering og kvalitetssikring av nye diagnostiske metoder står sentralt, samt rasjonalisering og automatisering av eksisterende diagnostikk. Intern kompetanseutvikling er viktig for å heve kvaliteten på diagnostikken. Dette ivaretas ved intern undervisning, kurs og deltakelse i faglige arrangementer både nasjonalt og internasjonalt. Et nært samarbeid med andre mikrobiologisk avdelinger er viktig for den faglige utviklingen og kompetansen sett i nasjonalt perspektiv. Avdelingen er referanselaboratorium for Helseregion IV, og mottar i tillegg prøver fra hele landet til spesielle analyser som vi er alene om å tilby. Laboratoriet har egen produksjonsenhet som forsyner eget laboratorium og laboratoriene i Helse Nord-Trøndelag med medier. Det er satset aktivt på informasjon til brukerne ved besøk, kursvirksomhet samt utgivelse av informasjonsskriv (MikroNytt) og oppdatert informasjon på hjemmesiden (MikroWeb: Herfra kan man også laste ned en elektronisk utgave av vårt rekvisisjonsskjema. De ansatte deltar i undervisningen av medisin-, bioingeniør-, andre studenter, samt øvrig helsepersonell, og har et nært samarbeid med Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer ved NTNU. Det er en betydelig forskningsaktivitet ved avdelingen som bl.a. inkluderer veiledningsoppgaver for hovedfagsstudenter og doktorgradsstipendiater. 3

4 3. Organisasjon Avdelingen er organisert i Laboratoriemedisinsk klinikk, som en av fire avdelinger. Klinikksjef er Siri Bratlid. Omorganisering som startet i 2003 er gjennomført i Seksjon for bakteriologi og prøvemottak (seksjonsleder Bjørg Lodgaard) Seksjon for virologi og genteknologi (seksjonsleder Inger Johanne Haugen) Seksjon for infeksjonsimmunologi (seksjonsleder Sissel-Karin Eriksen) Seksjon for medieproduksjon (seksjonsleder Sissel Frisvold Røe) Seksjon for sykehushygiene (seksjonsoverlege Olaf Scheel) 4. Bemanning Avdelingsleder Svein Arne Nordbø valgte i løpet av 2004 å slutte som avdelingsleder, han fortsetter i avdelingen som overlege. Ny avdelingsleder fra september 2004 er Gilda S. Opland. Overlege 5,2 (hvorav 1 i hovedstilling og 2 i bistilling ved NTNU) Sykehushygieniker/overlege 1 Assistentlege 3 Seksjonsleder 4 Bioingeniør II 7 Bioingeniør I 12,5 Bioingeniør 16,5 Laboratorieingeniør II 2 Laboratorieingeniør 3,5 Tekniker I 2 Assistent I 4 Konsulent 1 Sekretær 3 Helsesekretær 2 Økonomikonsulent 1 Hygienesykepleier 2,5 Tuberkulosekoordinator 0,5 5. Datasystem Dagens laboratoriedatasystem NSML (Non-stop mikrolabsystem, TietoEnator Healthcare) har vært i bruk siden 1990 og skal på sikt erstattes med et mer moderne system som kan håndtere flest mulige prosesser elektronisk. I en mellomfase er det vedtatt at det skal innføres et eget datasystem for serologiske undersøkelser (NSL), mens man beholder NSML for øvrige mikrobiologiske undersøkelser. Når alle brukerne er flyttet inn i det nye laboratoriesenteret ved St. Olavs Hospital høsten 2005, skal man ha et felles prøvemottak hvor all registrering og svarrapportering skal gå via en felles overbyggingsmodul (ROS, TietoEnator Healthcare) som skal kommunisere med alle de fagspesifikke laboratoriedatasystemene. 4

5 6. Aktivitet 6.1 Seksjon bakteriologi og prøvemottak Seksjon for bakteriologi og prøvemottak har i 2004 hatt 30,2 stillinger, fordelt på 23,6 bioingeniørstillinger, 5,6 helsesekretær/sekretærstillinger og 1 seksjonsleder. Med deltid og vikarer til sammen 40 personer. Omorganisering av seksjonen i fagområder med fagansvarlige bioingeniør II var på plass i april Seks fagområder, prøvemottak, generell bakteriologi, anaerob dyrkning/blodkultur, tarmpatogener/parasitter, urin/urogenital/antibiotikaresistens og mykologi /mykobakterier. Organiseringen har fungert svært bra. Bioingeniør II har tatt ansvar for opplæring, prosedyreskriving, faglig oppdatering samt vært et bindeledd mellom medisinsk ekspertise og den enkelte bioingeniør. I 2004 fikk seksjonen på plass to nye instrumenter. BacTALERT blodkultursystem og BactecMGIT 960, et instrument for dyrkning av mykobakterier i flytende medium med helautomatisk innkubering og avlesning. Opplæring av brukerne av det nye blodkultursystem på St.Olavs Hospital og Orkdal sykehus samt innkjøring av systemet hos oss gikk problemfritt. Tabell 3 viser antall pasienter med positive funn fra blodkultur. 790 pasienter i 2004 mot 722 i BactecMGIT 960 instrumentet gir raskere vekst av mykobakterier enn dyrkning på tradisjonelle Løvenstein Jensens medium. I 2004 har det blitt dyrket parallelt, for å erfare avvik mellom de to dyrkningsmetodene. Falske positive dyrkningsrør, det vil si vekst av andre bakterier, har ikke vært noe stort problem, men har gitt oss en del ekstra arbeid. Kulturene må såes ut, mikroskoperes og forbehandles om igjen. Instrumentet gir en raskere og bedre diagnostikk, men har ikke frigitt resurser som vi håpet. PCR-diagnostikk ble utført direkte fra positive dyrkningsrør. Mycobacterium tuberculosis ble påvist hos 15 pasienter siste år, mot 22 i 2003 og 8 i Laboratorium for tarmbakterier og parasitter har hatt flere interessante funn i Blant annet et utbrudd av Giardia lambliainfeksjon knyttet til en barnehave. Til sammen 13 personer fikk påvist smitte fra april til ut i august. De fleste kasus var barn som gikk i samme barnehave, men også familiemedlemmer og en ansatt var blant de smittede. I november ble Salmonella Thomson påvist hos to pasienter som ikke hadde vært utenlands. Dette ga mistanke om matbåren smitte. Folkehelseinstituttet ble umiddelbart varslet, og det ble raskt knyttet til rucolasalat. Vår avdeling påviste senere ytterligere 2 tilfeller. Neisseria gonorrhoea ble i 2004 påvist hos 11 pasienter mot 10 i Av de 11 tilfellene er bare 2 kvinner, alder henholdsvis 19 og 21 år. De resterende 9 var godt voksne menn, alder fra 33 til 48 år, de fleste smittet utenlands. Avdelingen påviste sist sommer et tilfelle av spyfluelarveassosiert sepsis hos en 86 år gammel pasient. En Gram negativ stav ble dyrket fra blodkultur og ved sekvensering identifisert som Schineria larva. Kasus ble i desember presentert på mikrobiologiforeningens årskonferanse på Folkehelseinstituttet. Ved mykologisk laboratorium ble det siste år påvist dermatofytter fra negl/hud/hår hos 449 pasienter, mot 500 i Som tidligere år dominerte Trichophyton rubrum med 417 stammer. Cryptococcus neoformans ble funnet fra blodkultur hos en AIDS pasient. 6.2 Seksjon for virologi og genteknologi Seksjonen har i 2004 bestått av 12 bioingeniørstillinger hvorav 1 seksjonsleder, 3 bioingeniør II med fagansvar og en spesialbioingeniør. Ny organisering innad i seksjonen med 3 fagområder kom på plass i Fagansvarlige har ansvar for prosedyrer, opplæring, utstyr osv. Disse har lang erfaring og fungerer som ressurspersoner i seksjonen. 5

6 Det har vært en økning av analyser både når det gjelder virus dyrkning, chlamydiapåvisning og påvisning av agens ved genteknologiske teknikker. Vi har nå en fagansvarlig innen området cellekulturarbeid, virus dyrkning, agenspåvisning ved ulike immunfluorescens-teknikker, ELISA og EM. Det har vært en økning i prøvetallet innen dette området. Virus dyrkning krever trenet personale og er ressurskrevende analyser. Det arbeides derfor kontinuerlig med å bygge opp kompetanse blant personalet startet med uvanlig mange funn av RSV. Denne epidemien avløste en influensa-epidemi. Året startet med mange funn av norovirus i januar, februar og mars. Fra april til oktober var det roligere men sporadiske funn. Fra november ble det igjen påvist mye norovirus, noe som genererer mye arbeid også for seksjon for sykehushygiene. Mot slutten av året så vi starten på en epidemi med humant metapneumovirus. Videre har vi en fagansvarlig innen feltet bakterie- og chlamydia-påvisning ved genteknologiske analyser. Vi deltar i et prosjekt i samarbeid med SINTEF der vi undersøker prevalens av Chlamydia blant kvinner i alderen år. I forbindelse med denne studien sammenligner vi penselprøver fra cervix og vagina med urinprøver. Vi ser at uriner egner seg godt som prøvemateriale til påvisning av Chlamydia. Tendensen har også vist at vi får flere urinprøver. Dette innebærer en omlegging av arbeidet med Chlamydiapåvisning. Målet er å få automatisert denne diagnostikken. Det er et kontinuerlig arbeid med utvikling og vedlikehold av tester innen påvisning av bakterier ved genteknologiske teknikker. Vi har i løpet av 2004 arbeidet med å legge flere tester over på real-time plattform (gener for påvisning av EHEC og EPEC). Dette gir raske svar og god sensitivitet. I løpet av 2004 er det etablert test for Panton-Valentine Leukocidin gen som er et virulens gen hos stafylokokker. I tillegg er det etablert test for påvisning av Mycoplasma genitalium. Vi har tidligere hatt tester for Mycoplasma pneumoniae og Chlamydia pneumoniae. Disse kan nå kjøres som multiplex real-time PCR. Den tredje fagansvarlige har ansvar for prøvepreparering/mottak, isolering av nukleinsyre og påvisning av virus ved genteknologiske teknikker. I tillegg gjøres det kvantitative analyser for påvisning av virusmengde i blod. Det har vært arbeidet med å få etablert flere multiplex real-time PCR tester for å kunne rasjonalisere arbeidet og redusere kostnader. Vi kan nå påvise parainfluensavirus 1,2 & 3 samt influensavirus type A & B ved multiplex PCR. I tillegg er det etablert tester for coronavirus OC43 og coronavirus 229E. Vi har også testet ut at vår PCR for påvisning av influensa A kan fange opp fugleinfluensa, slik at vi har en beredskap på dette området. Som i tidligere år har seksjonen deltatt i nasjonale og europeiske ringtester. Dette er spesielt viktig fordi mange av våre tester er basert på in-house metode. Ved å delta i ringtester får vi gode data på kvaliteten av våre tester. 2 bioingeniører deltok på verdenskongress for bioingeniører som ble arrangert i Stockholm. En av bioingeniørene deltok med poster der utbrudd av MRSA i to helseinstitusjoner, samt karakterisering av stammene ved Puls Field Gelelektroforese og Multi Locus Sekvenstyping ble presentert. I tillegg har vi hatt deltakere på ulike brukermøter for analyseinstrumenter, og ved høstkonferansen i mikrobiologi. Også dette året har bioingeniørstudenter vært utplassert ved seksjonen for observasjon, automasjon og prosjektoppgaver. I løpet av året har vi hatt besøk fra flere andre laboratorier som har ønsket å hospitere ved seksjonen. 6.3 Seksjon for infeksjonsimmunologi Seksjonen hadde i ,5 stillinger: 1 seksjonsleder, 1/2 laboratorieingeniør og 6 bioingeniører. Seksjonen er inne i sitt andre år med adresse Parkbygget, 2 etg. 6

7 Det ble utført et vidt spekter av serologiske undersøkelser for virus og bakterier, deriblant referanseundersøkelser for helseregion IV (Midt- Norge). Seksjonen har også en nasjonal referansefunksjon for Francisella. De fleste serologiske teknikker er i bruk. HIV- og hepatittserologi foregår i dag stort sett på helautomatiske instrumenter. Samlet antall undersøkte pasientprøver i 2004 var ca Screening av blodgivere er foreløpig tillagt Avd. for immunologi og tranfusjonsmedisin. 6.4 Seksjon for medieproduksjon Seksjon for medieproduksjon hadde ved utgangen av året tilknyttet 11 stillinger, 1 seksjonsleder, 2 laboratorieingeniører II, 2 laboratorieingeniør, 2½ tekniker og 3½ assistent I. Seksjonsleder hadde i tillegg ansvaret for kvalitetssikringen ved avdelingen. Seksjonen har i løpet av året hatt mindre utvikling enn håpet, bl.a. grunnet sykdom og langtidsfravær. Seksjon for medieproduksjon består av et produksjonslaboratorium, en vaskeenhet og en pakkeenhet. Produksjonslaboratoriet produserer faste og flytende dyrkningsmedier, reagenser og buffere. Vaskeenheten desinfiserer og rengjør utstyr som brukes på avdelingen. Pakkeenheten pakker og steriliserer utstyr for bruk på avdelingen, og har ansvar for pakking og forsendelse av prøvetakingsutstyr til primærhelsetjenesten. Ca. 75% av medieproduksjonen ble brukt innen avdelingen til rutineanalyser og til forskning, inkludert NTNUs mikrobiologiske forskningslaboratorium. Resten av produksjonen ble solgt til eksterne kunder. Den største kunden var Helse Nord-Trøndelag ved Sykehuset Levanger, men også private institusjoner kjøpte medier. Ved årsskiftet 2003/2004 fikk avdelingen mulighet til å CE-merke produkter i henhold til " IVF- DIREKTIVET, Europaparlaments- og rådsdirektiv 98/78/EF". I desember fikk seksjonen innstallert en ny autoklave som vil bidra til raskere produksjon og bedre produkter. Laboratoriet arbeider til stadighet med videreutvikling og utprøving av nye dyrkningsmedier. 6.5 Seksjon for sykehushygiene Seksjon for sykehushygiene (SSH) har ivaretatt infeksjonsovervåkning, smitteoppsporing, undervisning samt utarbeidelse og implementering av prosedyrer innen smitteforebygging. Smittevern i de psykiatriske avdelinger var et nytt område for seksjonen i SSH fikk månedlig rundt 100 eksterne og interne telefonforespørsler om faglige råd. Helsebygg Midt-Norge benytter seg mye av seksjonens kompetanse. Både medvirkning i planlegging, rådgiving under byggeprosessen og befaring er vanlige oppgaver. Smittevernarbeid internt: Det ble gjennomført 4 prevalensundersøkelser. Andel av pasienter med sykehuservervede infeksjoner var på 8,7% i snitt. Det har vært 5 innlagte og 5 polikliniske pasienter med MRSA. Fire større screeninger av personal på St.Olav ble nødvendig pga. uventete MRSA-funn. Ellers har norovirus og C.difficile utbrudd krevde oppfølging. Arbeidet med å få på plass et dataverktøy som overvåker forekomsten av problembakterier ble nærmest fullført i Undervisning har vært utført som faste innslag ved kurs for nytilsatte, kurs om blodsmitte, enkelttimer ved sengeposter og deltakelse i temadager for avdelinger. Metodebok i hygiene skal overføres til EQS og hoveddelen av arbeidet ble gjort i Det forventes avsluttet i 2005, deretter vil papirversjonene bli fjernet fra avdelingene. 7

8 Smittevernarbeid eksternt: Den nasjonale trenden med økt forekomst av MRSA i helseinstitusjoner utenfor sykehus har også gitt problemer i Trøndelag. Seksjonen har lagt ned et betydelig arbeid i kartlegging, rådgiving og oppfølging av MRSA-utbrudd på sykehjem, i år over 20 tilfeller, hovedsakelig på Ørland og Tempe (Trondheim). En kort veileder for MRSA handtering i kommunale helseinstitusjoner basert på den nasjonale MRSA-veilederen er blitt produsert. SSH har arrangert en regional samling av smittevernpersonell i regionen. Tuberkulosekontroll: I 2004 startet 10 pasienter med tuberkulosebehandling, 13 personer startet med forebyggende behandling. ¾ av pasientene er av utenlandsk bakgrunn. Norge skiftet sin Tb screening metode fra Pirquet til Mantoux i Tb-koordinator har hatt ansvaret, sammen med smittevernkontoret i Trondheim, for opplæring av helsepersonell i Sør-Trøndelag i den nye metoden. Laboratorievirksomhet: Hovedarbeidet her ligger i genteknologisk sammenligning av bakteriestammer med pulsfelt gelelektroforese både i sykehushygienisk sammenheng og for mikrobiologisk rutinediagnostikk. Muligheten med videre karakterisering av stammer med multilokus sekvenstyping ble etablert i seksjonen Screening for MRSA rundt påviste tilfeller er ressurskrevende i perioder. Bemanning: Seksjonen besto i 2004 av 2,5 hygienesykepleiere, 0,5 tuberkuloserkoordinator, 1 (2) bioingeniør(er) og 1 lege. Hygienesykepleier Arne Ødegaard sluttet etter 21 år i seksjonen. Ødegaard har i mange år vært eneste smittevernarbeider på huset og således bygget opp seksjonen. Han var sentral i sykehusets kvalitetssikringsarbeid som sekretær for prosedyrebokutvalget. Med sin svært omfattende erfaring har sykehuset mistet en betydelig ressurs. Arbeidsmengden på laboratoriesiden krever stort sett 2 bioingeniører. Merbehovet har blitt dekket opp fra bakteriologisk seksjon og en bioingeniør derfra har opparbeidet seg kompetanse i forhold til analyserepertoaret. Seksjonens overlege sa opp sin stilling i slutten av 2004 med sluttdato Forskning og utvikling FoU Parallelt med rutinevirksomheten foregår en del utviklingsarbeid, spesielt relatert til nye diagnostiske reagenser og tester. 2 bioingeniørstillinger er knyttet til FoU-aktivitet med hovedområder hhv bakteriologi og virologi / genteknologi. For å styrke avdelingens FoU-aktivitet er en molekylærbiolog tiltrådt i en nyopprettet stilling i En del av FoU-aktiviteten skjer i forskningsarealer samlokalisert med universitetsfunksjonen i mikrobiologi. Et hovedsatsningsområde er forbedring av diagnostikk ved hjelp av molekylær-genetiske metoder og utvikling av genotypiske metoder ( molekylær epidemiologi ). Sammen med Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer, har avdelingen et bredt armamentarium av moderne vitenskapelig utstyr, som spesielt legger et godt fundament for fremtidig utvikling innen molekylærgenetisk diagnostikk. Utviklingsarbeide med molekylærgenetiske metoder innen virologi har vært utført innen humant metapneumovirus i et klinisk samarbeid med barneavdelingen, også forbedret deteksjon av diarefremkallende norovirus har vært utført. Initiale undersøkelser med bruk av microarray teknikk i deteksjon av ulike HPV er påbegynt. Forskningsaktivitet knyttet til Gruppe B streptokokker (GBS) fortsetter, og en stipendiat er tiltrådt ultimo 2004 på et GBS-prosjekt i samarbeid primært med pediatere, men som også involverer Føde- / Barsel-avdelingen ved St.Olavs Hospital. Samarbeidet om GBS med en forskningsgruppe i Göteborg har fortsatt i 2004 og avdelingen har hatt hospitant fra dette miljøet i løpet av året. Også samarbeids- 8

9 prosjektet om GBS i NUFU-regi med Universitetet i Harare, Zimbabwe fortsetter. Dette medfører at stipendiater fra Zimbabwe i perioder har forskningsopphold i Trondheim, men pga lokale forhold og midlertidige vansker knyttet til rekruttering i Zimbabwe har det i 2004 ikke vært forskningsopphold fra samarbeidspartnerne i Zimbabwe. Avdelingen har også forskningsaktivitet knyttet til Enteropatogene E.coli (EPEC) med en dr.gradsstipendiat tilknyttet dette prosjektet. Etter innledning med epidemiologiske studier er prosjektet nå inne en fase mer rettet mot molelylærgenetisk karakterisering av EPEC-isolater. Dette har involvert samarbeid met et kanadisk forskningsmiljø ved bruk av microarray for karakterisering av virulensgener. Samarbeidet med ortopedisk avdeling vedrørende proteseinfeksjoner fortsetter også etter at Eivind Witsø avsluttet sitt doktorgradsarbeid ved avdelingen (disputerte januar 2004). En ny stipendiat er tilsatt og påbegynte stipendet i løpet av høsten Hovedfokus for denne forskningsaktivitet er forbedret diagnostikk av proteseinfeksjoner innen ortopedien. Her utgjør prospektive studier av revisjonsproteser med forbedret konvensjonell diagnostikk og molekylærgenetisk studier en hovedaktivitet. Forøvrig utføres hovedoppgaver i medisinstudiet ved Forskningslaboratoriet samt hovedfagsoppgaver ved andre studier. Det vises til separat vedlagt publikasjonsliste for 2004 utgående fra avdelingen Publikasjoner 2004 A. Dr.grader: Eivind Witsø: Bone graft as an antibiotic carrier. In vitro, in vivo and clinical studies. B. Artikler i referee-baserte tidskrifter 2004: Afset JE, Bevanger L, Romundstad P, Bergh K. Association of atypical enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) with prolonged diarrhoea. J Med Microbiol. 2004; 53: Bakken IJ, Skjeldestad FE, Nordbø SA. Chlamydia trachomatis blant abortsøkende kvinner i Trondheim Tidsskr Nor Lægeforen. 2004; 124: Bakken IJ, Skjeldestad FE, Øvreness T, Nordbø SA, Størvold G. Chlamydiainfeksjon og seksualatferd blant unge kvinner. Tidsskr Nor Lægeforen ; 124: Bergh K, Stølhaug A, Løseth K, Bevanger L. Detection of group B streptococci (GBS) in vaginal swabs using real-time PCR with TaqMan probe hybridization. Indian J Med Res ;119 (Suppl): Døllner H, Risnes K, Radtke A, Nordbø SA. Outbreak of human metapneumovirus infection in norwegian children. Pediatr Infect Dis J. 2004, 23: Mæland JA, Bevanger L, Lyng RV. Antigenic determinants of alpha-like proteins of Streptococcus agalactiae. Clin Diagn Lab Immunol. 2004, 11:

10 Melbye H, Hvidsten D, Holm A, Nordbø SA, Brox J. The course of C-reactive protein response in untreated upper respiratory tract infection. Br J Gen Pract. 2004; 54: Moyo SR, Mæland JA. Recognition of different epitopes on the Ca & R4 proteins of group B streptococci by normal human & antibodies induced in animals. Indian J Med Res. 2004;119 (Suppl): Simonsen GS, Bergh K, Bevanger L, Digranes A, Gaustad P, Melby KK, Høiby EA. Susceptibility to quinupristin-dalfopristin and linezolid in 839 clinical isolates of Gram-positive cocci from Norway. Scand J Infect Dis. 2004; 36: Skjærvold NK, Bergh K, Bevanger L. Distribution of PFGE types of invasive Norwegian group B streptococci in relation to serotypes. Indian J Med Res. 2004;119 (Suppl) : Strand RH, Skjeldestad FE, Øvreness T, Nordbø SA. Chlamydia trachomatis - prøvetakingsmønster og prevalens blant unge kvinner. Tidsskr Nor Lægeforen. 2004; 124: Witsø E, Persen L, Benum P, Aamodt A, Husby OS, Bergh K. High local concentrations without systemic adverse effects after impaction of netilmicin-impregnated bone. Acta Orthop Scand ; 75: C. Presentasjoner med abstracts. Castanheira C, Haldorsen B, Sundsfjord A, Jacobsen T, Afset JE, Walsh T. Non-enzymic mediated imipenem resistance in clinical isolate of Citrobacter freundii from Trondheim, Norway. 14 th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Praha, May Iversen BG, Jacobsen T, Bukholm G, Melby KK, Eriksen HM, Aavitsland P. Outbreak of Pseudomonas aeruginosa infection due to contaminated mouth swabs. International Conference on Emerging Infectious Diseases (ASM), Atlanta, USA; mars Jacobsen T, Børseth AW, Marstein L, Vik E, Hide R, Vada AN, Scheel O. Detection of MRSA in the throat. Norsk Forum for Sykehushygiene, Tromsø, November Jacobsen T, Børseth AW, Marstein L, Vik E, Hide R, Vada AN, Scheel O. MRSA-screening swabs from where? Årskonferansen, Folkehelseinstituttet, Oslo, desember Jacobsen T, Afset JE, Marstein L, Iversen G, Gran FW, Bevanger LS. Infections caused by a fusidic acid-resistant Staphylococcus aureus clone at a university hospital in Mid-Norway. 2 nd Symposium on Resistance in Gram-Positive Microbes. Berlin, December Jacobsen T, Jensen J, Marstein L, Hulsund M, Witsø E, Bergh K, Bevanger LS. Phenotypic variants of Staphylococcus epidemidis in hip joint prosthesis infection. 2 nd Symposium on Resistance in Gram- Positive Microbes. Berlin, December Larssen KW, Iversen G, Jacobsen T, Bergh K, Scheel O. MRSA outbreaks in nursing homes in central Norway. 14 th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Praha, May Larssen KW, Aasly K, Bergh K, Bevanger LS. Endoftalmitt med Rhizobium (Agrobacter) radiobacter. Årskonferansen ved Folkehelseinstituttet;

11 Lyng, Randi V; Marstein, Lillian; Bevanger, Lars Solbu; Mæland, Johan A.. Streptococcus agalactiae (GBS) serotypes VII and VIII identified in Norway by retyping non-typable strains. International Fedration of Biomedical Laboratory Science 26th World Congress 2004; Lysvand, Hilde; Løseth, Kirsti; Iversen, Grete L; Bergh, Kåre. Outbreak of MRSA in two nursing homes in Norway: Characterization of strains by Pulsed-Field Gel Electrophoresis and Multi Locus Sequence Typing. International Federation of Biomedical Laboratory Science 26th World Congress 2004; Stockholm, Radtke A, Nordbø SA. Prevalens av HBsAg og anti-hcv hos gravide i Sør-Trøndelag. Årskonferanser ved Folkehelseinstituttet; Scheel O, Ødegaard A, Holme G.F. Improving knowledge and physical standard in basic infection control in Narva, Estonia. 6 th Nordic-Baltic Congress on Infectious Diseases. Palanga, Lithuania, Jene 3-6,

12 7. Tabeller og funn 7.1 Produksjonstall Undersøkelser utført i 2003 og Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total %-vis endring Bakteriologi ,5 % Parasittologi ,0 % Infeksjonsimmunologi ,8 % Virologi ,1 % Mycologi ,9 % Genteknologi ,0 % Annet ,0 % Sum ,0 % Antall undersøkelser gruppert på materiale for bakteriologi og mykologi Prøver totalt Aerob Dir. Grampreparat Analyser totalt Anaerob Resistens Analyser totalt Blodkultur Aerob Anaerob MRSA Dyrkning Spinalvæske GBS Typing Luftveier Nese Urogenital Dyrkning Øre GC dyrkning Hals Ekspektorat Parasittologi Mikroskopi Trakealsekret Trichomonas dyrkning Bronkialskyllevæske Giardia EIA Bronkialbørste 11 7 Mykobakterier TB dyrkning Hud/bløtdeler Vev Dir. mikroskopi Hud Sårsekret Sopp Dir. mikroskopi Soppdyrkning Abscess Materiale totalt Soppdyrkning genital Gjærsopptyping Urin Materiale totalt Fæces Patogene tarmbakterier Serotyping tarmpat Helicobacter dyrkning Cl.diff toxin A/B

13 7.1.3 Infeksjonsimmunologiske undersøkelser Adenovirus antistoff - KBR Herpes simplex IgG - ELISA Anti-Streptokokk DNase B Herpes simplex IgM - ELISA AST HSV IgG ratio serum/spinalvæske 1 0 ASTA 12 5 Herpes simplex virus type 1 IgG 0 31 Antistreptolysin screening Herpes simplex virus type 2 IgG 0 31 Bartonella henselae antistoff Influensa A antistoff - KBR Borrelia IgM - BLOT: 0 9 Influensa B antistoff - KBR Borrelia IgG - ELISA Legionella antistoff ELISA Borrelia IgM - ELISA Legionella antistoff IF 2 2 Borrelia ratio spinalvæske/serum 7 7 Legionella antistoff titer IF Brucella abortus Bang antistoff Morbilli IgG - ELISA Candida antigen 5 5 Morbilli IgM - ELISA Chlamydia antistoff KBR Mycoplasma antistoff - KBR : Coxsackie B-/Enterovirus antistoff. KBR Mycoplasma IgG - ELISA Cytomegalovirus IgG ELISA Mycoplasma IgM - ELISA Cytomegalovirus IgM ELISA Parainfluensa antistoff KBR Denguevirus antistoff total 3 8 Parotittvirus IgG - ELISA EB virus early antigen IgG - ELISA 10 1 Parotittvirus IgM - ELISA EB virus nuclear antigen IgG - ELISA Parvovirus IgG - ELISA Epstein-Barr VCA IgG - ELISA Parvovirus IgM - ELISA Epstein-Barr VCA IgM - ELISA Pertussis hemagglutinin IgA ELISA Heterofile antistoffer hurtigtest Pertussis hemagglutinin IgG ELISA Francisella IgG - ELISA Pertussis toxin IgA Francisella IgM - ELISA Pertussis toxin IgG Francisella mikroagglutinasjonstiter: Puumalavirus IgM Helicobacter IgG ELISA Respiratorisk syncytial virus antistoff-kbr Hepatitt A IgM Rubella antist. agglutinasjon Hepatitt A total Rubella IgM - ELISA Hepatitt Bcore antistoff total Salmonella typhi-o antistoff (Widal) Hepatitt Bcore IgM 9 14 Salmonella paratyphi-o antistoff (Widal) Hepatitt B e antigen Toxoplasma antistoff total Hepatitt B e antistoff: Toxoplasma IgG ELISA 46 0 Hepatitt B s antigen Toxoplasma IgG Titrering Hepatitt B hurtigtest : 0 1 Toxoplasma IgM ELISA 47 0 Hepatitt B s antistoff Toxoplasma IgM titrering Hepatitt BsAg - konfirmasjonstest Treponema antistoffer (RPR) Hepatitt C hurtigtest : 0 1 Treponema antistoffer (TPPA) Hepatitt C antistoff Treponema EIA total Ig HCV konfirmasjonstest (RIBA) Varicella-zoster IgG ELISA HIV 1 antistoff hurtigtest 1 1 Varicella-zoster IgM ELISA HIV 1+2 antistoff - ELISA VZV IgG ratio serum/spinalvæske 2 1 HIV 1 Western blot Yersinia - O-3 antistoff Yersinia O3 ELISA IgA Yersinia O3 ELISA IgG Sum:

14 7.1.4 Antall undersøkelser for virologi og genteknologi Direkte antigenpåvisning, IF Chlamydia trach. PCR Direkte antigenpåvisning, fæces, EIA Elektronmikroskopi 6 14 Antistoff i tårevæske PCR u/chlamydia tr Virusdyrkning Sekvenseringer Spesielt ressurskrevende undersøkelser Mykobakterieundersøkelser Pneumocystis carinii IF 64 Legionella antigen IF 102 Legionella antistoff IF 64 2 HIV 1 Western blot HCV konfirmasjonstest (RIBA) Sekvenseringer Pulsfelt gelelektroforese CMV kvantitativ PCR 1 7 EBV kvantitativ PCR Hepatitt B kvantitativ PCR Hepatitt C kvantitativ PCR HIV kvantitativ PCR Virusdyrkning Pulsfelt gelelektroforese Staphylococcus aureus (MSSA) Staphylococcus aureus (MRSA) Koagulase negative stafylokokker Pseudomonas aeruginosa Streptococcus pneumoniae 25 7 Legionella pneumophila Gram negative stavbakterier Andre Sum

15 7.2 Funn: bakteriologi, mykologi, parasittologi Blodkulturfunn (per pasient) Acinetobacter baumanii 2 Kingella kingae 1 Acinetobacter lwoffi 2 Klebsiella oxytoca 14 Aerococcus urinae 2 Klebsiella pneumoniae 26 Aerococcus viridans 1 Klebsiella terrigena 1 Alfahemolytiske streptokokker 4 Lactobacillus species 1 Anaerobe difteroider 3 Listeria monocytogenes 1 Anaerobe gram neg. staver 7 Methicillin resistente Staphylococcus aureus 1 Anaerobe gram pos. staver 1 Micrococcus species 2 Bacillus cereus 2 Morganella morganii 2 Bacillus species 8 Neisseria meningitidis gruppe B 1 Bacteroides capillosus 3 Neisseria meningitidis gruppe C 1 Bacteroides fragilis 11 Peptostreptococcus micros 2 Bacteroides fragilis gruppen 1 Peptostreptokokker, (anaer strept) 2 Bacteroides ovatus 1 Propionbacterium species 1 Bacteroides species 5 Propionibacterium acnes 3 Bacteroides thetaiotaomicron 2 Proteus mirabilis 12 Bacteroides ureolyticus 2 Proteus vulgaris 1 Betahemolytiske streptokokker gr. A 10 Pseudomonas aeruginosa 17 Betahemolytiske streptokokker gr. B 9 Pseudomonas stutzeri 1 Betahemolytiske streptokokker gr. G 5 Salmonella enterica 1 Brevundimonas vesicularis 1 Salmonella enteritidis 4 Candida albicans 1 Salmonella panama 1 Chryseobacterium indologenes 1 Salmonella species 1 Citrobacter braakii 1 Salmonella thompson 1 Citrobacter koseri 2 Salmonella typhi 1 Clostridium clostridioforme 2 Serratia liquefaciens 1 Clostridium perfringens 5 Serratia marcescens 5 Clostridium species 4 Sphingomonas paucimobilis 1 Corynebacterium jeikeium 1 Staph. koagulase neg. (hvite staph.) 221 Difteroide staver 13 Staphylococcus aureus 71 Eikenella corrodens 1 Staphylococcus capitis 4 Enterobacter aerogenes 3 Staphylococcus epidermidis 19 Enterobacter cloacae 12 Staphylococcus hominis 1 Enterobacter sakazakii 1 Staphylococcus lugdunensis 2 Enterobacter species 1 Staphylococcus warneri 2 Enterococcus avium 1 Stenotrophomonas maltophilia 2 Enterococcus casseliflavus 1 Streptococcus anginosus (milleri) 7 Enterococcus faecalis 41 Streptococcus anginosus Gruppe C 1 Enterococcus faecium 6 Streptococcus bovis 2 Enterococcus gallinarium 6 Streptococcus constellatus 2 Enterokokker 2 Streptococcus dysgalactiae equisimilis 8 Escherichia coli 160 Streptococcus equi zooepidemicus 1 Fusobacterium necrophorum 1 Streptococcus intermedius 1 Gjærsopp 15 Streptococcus mitis 6 Gram negative staver 2 Streptococcus mutans 3 Gram negative staver uidentifiserte 3 Streptococcus oralis 8 Gram positive kokker 2 Streptococcus parasanguis 2 Granulicatella adiacens 2 Streptococcus pneumoniae 75 Haemophilus aphrophilus 1 Streptococcus salivarius 2 Haemophilus influenzae 8 Streptococcus sanguis 8 Haemophilus influenzae Type B 1 Veillonella species 1 Hafnia alvei 1 Sum

16 7.2.2 Dyrkningsfunn i spinalvæske 2004 Cryptococcus neoformans 1 Enterococcus faecalis 1 Enterococcus faecium 1 Escherichia coli 3 Haemophilus influenzae 2 Haemophilus influenzae type B 1 Klebsiella oxytoca 1 Neisseria meningitidis 1 Neisseria meningitidis gruppe C 1 Propionibacterium acnes 1 Staph. koagulase neg. (hvite Staph.) 7 Staphylococcus aureus 3 Streptococcus mitis 1 Streptococcus pneumoniae 9 Sum Dyrkningsfunn i leddvæske 2004 Anaerobe difteroider 1 Betahemolytiske streptokokker gr. A 3 Betahemolytiske streptokokker gr. G 1 Difteroide staver 1 Enterococcus faecalis 3 Gram negative staver uidentifiserte 1 Methicillin resistente Staphylococcus aureus 1 Proteus mirabilis 1 Staph. koagulase neg. (hvite Staph.) 8 Staphylococcus aureus 19 Streptococcus oralis 1 Sum Dyrkningsfunn i pleuravæske 2004 Candida albicans 3 Eikenella corrodens 1 Enterococcus faecalis 5 Enterococcus faecium 3 Fusobacterium necrophorum 1 Fusobacterium nucleatum 1 Gemella morbillorum 1 Gjærsopp 3 Gram negative staver uidentifiserte 1 Pseudomonas aeruginosa 2 Staph. koagulase neg. (hvite Staph.) 7 Staphylococcus aureus 7 Stenotrophomonas maltophilia 1 Streptococcus oralis 1 Streptococcus pneumoniae 1 Sum 22 16

17 7.2.5 ESBL, MRSA og VRE Antall personer med 1 bakterieisolat med ESBL (utvidet betalaktamase), MRSA (Meticillin-resistente Staphylococcus aureus eller VRE (Vancomycin-resistente enterokokker) Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total ESBL MRSA VRE Patogene tarmbakterier utenom Salmonella (funn i avføringsprøver) 2004 Aeromonas caviae 1 Aeromonas hydrophila 2 Aeromonas sobria 2 Aeromonas species 5 Clostridium difficile 430 Coliforme staver 1 Enteropatogen E.coli (EPEC) 5 Eenterohemorragisk E.coli (EHEC) 6 Enteroinvasiv E.coli (EIEC) 2 Enterotoksigen E.coli (ETEC) 11 Plesiomonas shigelloides 3 Yersinia enterocolitica serogruppe 3 5 Yersinia enterocolitica andre serogrupper 11 Shigella boydii 2 Shigella dysenteria 1 Shigella flexneri 1 Shigella sonii 1 Sum Salmonella serotyper 2004 Salmonella Blockley 1 Salmonella Braenderup 2 Salmonella Enteritidis 48 Salmonella Haifa 1 Salmonella Heidelberg 2 Salmonella Infantis 1 Salmonella Kentucky 1 Salmonella Newport 3 Salmonella Panama 2 Salmonella Paratyphi A 2 Salmonella Paratyphi B 2 Salmonella Saint-Paul 1 Salmonella Schwarzengrund 1 Salmonella Senftenberg 2 Salmonella Stanley 1 Salmonella Thompson 4 Salmonella Typhi 1 Salmonella Typhimurium 11 Salmonella Virchow 5 Sum Mykobakterier 2004 Mycobacterium avium intracellulare 11 Mycobacterium bovis 1 Mycobacterium gordonae 1 Mycobacterium malmoense 2 Mycobacterium simiae 1 Mycobacterium tuberculosis 15 Sum 31 17

18 7.2.9 Parasitter Apatogene amøbecyster 85 Hymenolepis nana egg 6 Ascaris lumbricoides 1 Isospora belli 1 Ascaris lumbricoides egg 10 Malaria 0 Blastocystis hominis 2 Pneumocystis carinii 4 Entamoeba histolytica/dispar 48 Schistosoma mansoni 3 Enterobius vermicularis egg 4 Strongyloides stercoralis larver 4 Giardia lamblia cyster mik/eia 57/60 Taenia species egg 4 Hakemark egg (ancylostoma eller necator) 9 Trichuris trichiura egg 19 Sum Sopp Absidia corymbifera 1 Exophiala species 3 Acremonium species 2 Fusarium oxysporum 4 Aspergillus flavus 2 Fusarium species 4 Aspergillus fumigatus 28 Gjærsopp 729 Aspergillus niger 5 Malassezia furfur (pityrosporum orb) 90 Aspergillus species 3 Malassezia furfur (pityrosporum ovale) 34 Candida albicans Microsporum canis 1 Candida dubliniensis 9 Muggsopp 27 Candida famata (torulopsis candida) 2 Paecilomyces species 1 Candida glabrata (torulopsis glabr) 128 Penicillium species 5 Candida guilliermondii 12 Rhizomucor species 1 Candida kefyr (pseudotropicalis) 2 Rhodotorula species 14 Candida krusei 17 Saccharomyces cerevisiae 66 Candida lipolytica 3 Scopulariopsis brevicaulis 6 Candida lusitaniae 3 Trichophyton mentagrophytes 8 Candida norvegensis 3 Trichophyton mentagrophytes var/mentagrophytes 8 Candida parapsilosis 87 Trichophyton raubitschekii 1 Candida rugosa 2 Trichophyton rubrum 417 Candida sake 1 Trichophyton soudanense 2 Candida species 1 Trichophyton tonsurans 1 Candida tropicalis 18 Trichophyton verrucosum 2 Candida valida 2 Trichophyton violaceum 6 Chrysosporium species 1 Trichosporon mucoides 5 Cryptococcus neoformans 2 Uidentifisert gjærsopp 2 Dermatofytter 443 Zygosaccharomyces species 1 Epidermophyton floccosum 3 Sum

19 7.3 Funn: virus Antistoffpåvisning i tårevæske (IgA-immunflourescens) Adenovirus 1 3 Herpes simplex virus 6 10 Varicella-zoster virus 1 2 Sum Antigenpåvisning i fæces (EIA) Adenovirus Astrovirus Rotavirus Sum Viruspåvisning i cellekultur Adenovirus Cytomegalovirus Enterovirus - (ikke poliovirus) Herpes simplex virus type Herpes simplex virus type Herpes simplex virus utypet 1 2 Humant metapneumovirus 1 6 Influensa A virus Influensa B virus 10 1 Parainfluensavirus type Parainfluensavirus type Parainfluensavirus type Parainfluensavirus utypet 1 1 Respiratorisk syncytialt virus Rhinovirus 10 2 Varicella/zoster virus Sum Viruspåvisning ved immunfluorescens direkte på materiale HSV 8 6 Influensa A 61 0 Influensa B 2 0 Parainfluensa RSV IF VZV IF 9 10 Sum Viruspåvisning ved elektronmikroskopi Molluskvirus 1 3 Norovirus 0 5 Orfvirus 0 6 Sum

20 7.4 Funn: genteknologiske undersøkelser PCR Adenovirus Bordetella pertussis Chlamydia pneumoniae Cytomegalovirus Enteropatogen E. coli (EPEC) 0 89 Enterohemorragisk E.coli (EHEC) Enteroinvasiv E.coli (EIEC) 5 6 Enterotoxigene E.coli (ETEC) 8 12 Enterovirus Epstein-Barr virus Exfoliativt toxin (A/B) 3 12 Francisella tularensis 2 3 Gruppe B streptokokker 2 1 Hepatitt C virus Hepatitt C virus kvantitativ Helicobacter pylori (totalt) Hepatitt B virus Hepatitt G virus/ GBV-C 1 5 Herpes simplex virus (type 1+2) HIV kvantitering : Human papillomavirus konsensus Humant herpesvirus type Humant herpesvirus type Humant herpesvirus type Influensa A virus Influensa B virus 18 1 Legionella pneumophila Listeria monocytogenes 1 2 Metapneumovirus MRSA Mycobacterium Mycobacterium tuberculosis Mycoplasma genitalium 11 Mycoplasma pneumoniae Neisseria meningitidis 5 6 Norovirus PCR : Parvovirus B Rhinovirus Streptococcus pneumoniae Vancomycin resistente enterokokker (Van A ) 0 1 Vancomycin resistente enterokokker (Van B ) 0 0 Vancomycin resistente enterokokker.(van C1) 5 3 Vancomycin resistente enterokokker.(van C2) 3 1 Varicella-zoster virus Sum