Avdeling for medisinsk mikrobiologi. Å r s r a p p o r t 2008

Transkript

1 Avdeling for medisinsk mikrobiologi Å r s r a p p o r t

2 1. Forord...3 Mål Avdelingens funksjoner Organisasjon Bemanning IKT Kvalitetssikring og HMS Aktivitet Seksjon for bakteriologi Seksjon for virologi og genteknologi Seksjon for substrat og spesialvask Seksjon for sykehushygiene Nasjonale referansefunksjoner Meticillin resistente Staphylococcus aureus Gruppe B streptokokker Francisella tularensis Adenovirus Forskning og utvikling FoU Publikasjoner Publikasjoner Tabeller: Produksjonstall og funn Produksjonstall Antall undersøkelser gruppert på materiale for bakteriologi og mykologi Infeksjonsimmunologiske undersøkelser Antall undersøkelser for virologi og genteknologi Spesielt ressurskrevende undersøkelser Funn: bakteriologi, mykologi, parasittologi Blodkulturfunn (per pasient) Dyrkningsfunn i spinalvæske Dyrkningsfunn i leddvæske Dyrkningsfunn i pleuravæske ESBL, MRSA og VRE Patogene tarmbakterier Salmonella serotyper Funn Tb-laboratorium Parasitter Sopp Funn: virus Antistoffpåvisning i tårevæske Viruspåvisning i cellekultur Viruspåvisning ved immunfluorescens direkte på materiale PCR- undersøkelser Funn agens i spinalvæske ved PCR Chlamydia trachomatis PCR (antall positive prøver) Bakterieidentifikasjon ved sekvensering av 16S rrna genet

3 8.4.5 Adenovirus sekvensering Enterovirus sekvensering HPV-typing ved sekvensering Hepatitt C virus genotyping Medieproduksjon Produksjon av faste dyrkingsmedier Produksjon av medier/ reagenser på flasker og rør Produksjon av medier/ reagenser/ oppløsninger

4 1. Forord Året 2008 har vært et positivt driftsår for avdelingen. Vi har blant annet bidratt positivt til å holde budsjettet og de pålagte innsparingene ved St. Olavs hospital. Alle medarbeiderne må berømmes for sin innsats i denne prosessen. Vi har fått en økt bevissthet angående kostnader og økonomiske vurderinger. Det er gjort en del faglige grep og prioriteringer som vi mener har økt kvaliteten på våre tjenester. Kvalitetsarbeidet, har vært i fokus i Spesielt må det nevnes at Seksjon for substrat og spesialvask ble ISO-sertifisert etter ISO-standard Etter flere år med rekrutteringsproblemer i legegruppen fikk vi i 2008 på plass både en overlege/prof.dr.med. og vi har rekruttert leger i spesialisering, som vi har godt håp om vil være ved avdelingen i mange år. Vi har også bidratt til utdanning av flere infeksjonsmedisinere ved St. Olavs hospital. Mål Avdeling for medisinsk mikrobiologi (AMM) har som mål å arbeide i overensstemmelse med Strategi- og Virksomhetsplaner for St. Olavs Hospital og Laboratoriemedisinsk klinikk. Dette innebærer å oppfylle behovet for infeksjonsdiagnostikk for Sør-Trøndelag fylke, regionfunksjoner innen infeksjonsdiagnostikk for helseregionen Helse Midt-Norge og noen nasjonale oppgaver. AMM vil ivareta faglige funksjoner som epidemiologisk overvåking og infeksjonsforebyggende arbeid i sykehus og dekke det undervisningsbehovet som er avtalt med St. Olavs Hospital, NTNU og andre institusjoner. AMM vil bidra aktivt til faglig utvikling og tilbud gjennom FoU, og utføre diagnostikk, undervisning og forskning på et høyt kvalitativt nivå. Hvert år utarbeides Virksomhetsplan og Handlingsplan for AMM. De bygger på Strategi- og virksomhetsdokument for Laboratoriemedisinsk klinikk og Styringsdokument for St. Olavs Hospital. 2. Avdelingens funksjoner Avdelingen har ansvaret for all mikrobiologisk diagnostikk i Sør-Trøndelag, og har et stort repertoar innen bakteriologi, virologi, mykologi, parasittologi og infeksjonsimmunologi. En bred satsning på genteknologiske metoder har ført til en stor ekspansjon innen denne type diagnostikk, og avdelingen har etablert en rekke egenproduserte metoder for påvisning av velkjente så vel som nyoppdagede mikrober i kliniske prøver. Avdelingen har spesiell kompetanse knyttet til genanalyser av arvematerialet til bakterier og virus og har bl.a. benyttet slike undersøkelser til epidemiologiske analyser. Disse metodene står sentralt i oppklaring av sykehusinfeksjoner og utbrudd av infeksjoner utenfor sykehus. Avdelingen har ansvaret for referansefunksjonen for MRSA, GBS, Francisella tularensis og Adenovirus. Det oppleves som svært positivt for avdelingen. 3

5 Gjennom årlige revisjoner av avdelingens strategi- og virksomhetsplaner tilstreber man å dekke behovet for en optimal infeksjonsdiagnostikk. Etablering og kvalitetssikring av nye diagnostiske metoder står sentralt, samt rasjonalisering og automatisering av eksisterende diagnostikk. Intern kompetanseutvikling er viktig for å heve kvaliteten på diagnostikken. Dette ivaretas ved intern undervisning, kurs og deltakelse i faglige arrangementer både nasjonalt og internasjonalt. Et nært samarbeid med andre mikrobiologisk avdelinger er viktig for den faglige utviklingen og kompetansen sett i nasjonalt perspektiv. Avdelingen er referanselaboratorium for Helseregion IV, og mottar i tillegg prøver fra hele landet til spesielle analyser som vi er alene om å tilby. Laboratoriet har egen produksjonsenhet som forsyner eget laboratorium og laboratoriene i Helse Nord-Trøndelag med medier. Det er satset aktivt på informasjon til brukerne ved besøk, kursvirksomhet samt utgivelse av informasjonsskriv LAB NYTT og oppdatert informasjon på hjemmesiden ( Herfra kan man også laste ned en elektronisk utgave av vårt rekvisisjonsskjema, samt finne Brukerhåndboken. Årsrapporter, både for avdelingen og referansefunksjonene, vil fra 2007 være elektronisk tilgjengelig via hjemmesiden. De ansatte deltar i undervisningen av medisinske studenter, andre studenter og helsepersonell, og har et nært samarbeid med Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer ved NTNU. Det er en betydelig forskningsaktivitet ved avdelingen som bl.a. inkluderer veiledningsoppgaver for hovedfagsstudenter og doktorgradsstipendiater. 3. Organisasjon Avdelingen er organisert i Laboratoriemedisinsk klinikk, som en av fire avdelinger. Klinikksjef er Trond Jacobsen. Avdelingssjef er Gilda Susan Opland. Seksjon for bakteriologi og prøvemottak (seksjonsleder Sissel Karin Eriksen) Seksjon for virologi og genteknologi (seksjonsleder Inger Johanne Haugen) Seksjon for medieproduksjon (seksjonsleder Sissel Frisvold Røe) Seksjon for sykehushygiene (seksjonsleder/overlege Andreas Radtke/Raisa Hannula) 4

6 4. Bemanning Avdelingssjef Gilda S. Opland Kvalitetskoordinator 1 Overlege 6,2 (hvorav 1 i hovedstilling og 3 i bistilling ved NTNU) Sykehushygieniker/overlege 1 Assistentlege 3 (4) Seksjonsleder 3 Spesialbioingeniør 2 Bioingeniør II 14,2 Bioingeniør I 9,2 Bioingeniør 20,8 Laboratorieingeniør II 2 Laboratorieingeniør 2,5 Ingeniør 1 Tekniker I 2,5 Assistent I 4,5 Renholdsoperatører 2 Hygienesykepleier 3 TB-koordinator 1 5. IKT Dagens laboratoriedatasystem NSML (Non-stop mikrolab; TietoEnator Healthcare) har vært i bruk siden 1990 og skal på sikt erstattes med et mer moderne system som kan håndtere flest mulige prosesser elektronisk. I en mellomfase er det vedtatt at det skal innføres et eget datasystem for serologiske undersøkelser (NSL), mens man beholder NSML for øvrige mikrobiologiske undersøkelser. Felles prøvemottak tar seg av all registrering av mottatt prøver. Mottak, registrering og svarrapportering skal gå via en felles overbyggingsmodul (ROS (Rekvirering og Svar)), (TietoEnator Healthcare) som skal kommunisere med alle de fagspesifikke laboratoriedatasystemene. Avdelingen benytter programmet WHONET, et program utviklet av John Stelling/WHO. Programmet setter sammen fagdata slik at man får en god oversikt over insidens, prevalens og clusters i forhold til ulike mikrober, resistens m.m. Som rapportverktøy benyttes Crystal Reports. Innen IKT har vi hatt store utfordringer, feil, mangler og forsinkelser i ulike prosjekter har bidratt til at målene for 2008 ikke ble nådd. 5

7 6. Kvalitetssikring og HMS Avdelingen har stort fokus på HMS/Kvalitetsarbeid, og har en aktiv HMS/Kvalitetsgruppe med representanter fra alle seksjonene og de fleste yrkesgrupper. Gruppen møtes hver 14.dag, og møte referatføres. Seksjon substrat og spesialvask ble sertifisert i år. Avdelingens kvalitetshåndbok og de overordnede prosedyrene er stort sett på plass i EQS, men vi mangler noe mht analyseprosedyrer. Avdelingen har etablert et system for interne revisjoner, og vi er i ferd med å bygge opp et dyktig revisjonsteam. I 2008 gjennomførte vi 4 interne revisjoner, der de aller fleste avvik og merknader nå er lukket. Avvikshåndtering er implementer, og håpet er at den elektroniske versjonen av avvikshåndtering skal gjøre prosessen enda enklere. Det er høyt under taket for å skrive avvik, vi meldte 1177 egne avvik i Antall avvik sendt ut av klinikken er 39. Feilregistreringer i felles prøvemottak registreres av AMB. Samarbeid med Felles prøvemottak er helt nødvendig for å redusere feilprosenten. Kompetanseheving av ansatte er viktig for kvaliteten, og godkjente og oppdaterte opplæringsplaner, regelmessig internundervisning, eksterne kurs og konferanser er et ledd den sammenheng. Avdelingen ser mye på den utadrettede virksomheten og kommunikasjonen med rekvirentene. Nytt mikrosystem, gode el-svar, bedre hjemmeside og en god brukerhåndbok er noe av det som kan bidra til å øke kommunikasjonen. Avdelingen har gjennomført HMS-runde. Man jobber med tiltakene gjennomgående hele året, og de aller fleste avvikene er lukket. Seksjonene har gjennomført medarbeidersamtaler. Arbeidet med å implementere stoffkartoteket i ecoonline, og å få risikovurdert kjemikaliene har pågått hele året. Sykefravær/overtid/mertid/IA-tiltak er tema på møtene våre, og seksjonsledere har stort fokus på disse områdene. 6

8 7. Aktivitet 7.1 Seksjon for bakteriologi Seksjon har i 2008 hatt 24,6 bioingeniørstillinger og 1 seksjonsleder. Seksjonen består av følgende fagområder: Blodkulturer/ anaerob dyrkning Generell bakteriologi Mykobakterier. Mykologi Resistensbestemmelse / sekundært prøvemottak m/utsåing og fordeling av prøver Tarmpatogene bakterier / parasitter Urin/urogenital. Hvert fagområde blir ledet av fagansvarlig bioingeniør. Det har vært satset spesielt på enkelte områder som diagnostikk ved ortopediske infeksjoner, anaerob diagnostikk, soppdyrkning og fæcesdiagnostikk. Bioingeniører fra vårt fagområde for fæcesdiagnostikk har dette året hospitert ved parasittlaboratoriet ved Ullevål universitetssykehus. Enkelte av våre bioingeniører deltar i undervisning av studenter ved Høgskolen i Sør- Trøndelag, og vi har også studenter til automasjonspraksis derfra. Vi samarbeider også med NTNU når det gjelder oppgaver til mastergradsstudenter. Vi har i år hatt en sykepleier fra infeksjonsposten ved medisinsk avdeling og en bioingeniørstudent fra Sverige som hospitanter. Vi deltar i flere ulike prosjekter: luftveisprosjektet ved vår avdeling, et EU- basert Clostridium difficile- overvåkningsprosjekt, et S. aureus-vaksineprosjekt (MSD) i samarbeid med hjertekirurgisk avdeling ved St. Elisabeth, og NORM. I år har vi lagt om resistenstestingen av uriner med agarfortynningsmetodikk (multipoint) til to antibiotikakonsentrasjoner for klassifikasjon i henhold til SIR-systemet, og forbedret identifiseringen av ekstendert spektrum laktamaser (ESBL) i urinisolater. Seksjonen deltar i nasjonale og internasjonale ringtester. 7.2 Seksjon for virologi og genteknologi Seksjonen har i 2008 bestått av 23,4 bioingeniørstillinger, hvorav 1 seksjonsleder, 1 spesialbioingeniør og til sammen 7 bioingeniør II med fagansvar. Det utføres et bredt spekter av PCR-analyser for både bakterier og virus. De fleste analysene er basert på egenproduserte (in-house) real-time PCR metoder, bortsett fra 7

9 tester hvor det er krav om CE-merking. Genotyping av virus og identifikasjon av enkelte bakterier utføres i alt vesentlig med sekvensering av oppformerte genprodukter. I tillegg utføres dykning av virus i cellekulturer samt påvisning av virus med immunologiske metoder (ELISA og IF). I 2007 så vi en nedgang i etterspørselen av infeksjonsimmunologiske analyser. Denne utviklingen har i 2008 snudd til tross for nedleggelse av enkelte analyser og oppfordringer om heller å sende prøver til direkte påvisning av agens. Vi ser en økning av infeksjonsimmunologiske prøver fra våre eksterne rekvirenter. Diagnostikk av luftveisinfeksjoner har vært et satsningsområde. Funn av luftveisagens legges ut på hjemmesiden ukentlig. Avdelingen arbeider kontinuerlig med å vedlikeholde og bygge opp kompetansen blant de ansatte. Det arbeides nå med å etablere påvisning av virus v.h.a. elektronmikroskopi, både til rutineprøver og innen forskning. Ansatte har deltatt med poster-presentasjoner på ulike kongresser. 7.3 Seksjon for substrat og spesialvask Seksjonen fungerer godt i det nye Laboratoriesenter, og vi trives i lyse og romsligere arealer med utsikt til trivelige omgivelser. Enda flere tekniske detaljer har kommet på plass i løpet av året. Seksjon for substrat og spesialvask har tilknyttet 14 stillinger, 1 seksjonsleder, 2 fagansvarlige laboratorieingeniører, 2 laboratorieingeniør, 2½ tekniker, 2½ renholdsoperatører og 4 laboratorieassistenter. Seksjonen har en stabil arbeidstokk med gjennomsnittsalder vel 51 år. Flere har hatt glede av sykehusets seniorpolitiske tiltak dette året, og vi har fått ekstra tilpassing av noe utstyr. Seksjon for substrat og spesialvask består av et produksjonslaboratorium, en vaskeenhet og en pakkeenhet. Produksjonslaboratoriet produserer faste og flytende dyrkningsmedier, reagenser og buffere. Vaskeenheten desinfiserer og rengjør laboratorieutstyr for både St. Olavs og NTNUs laboratorier i Laboratoriesenteret. Pakkeenheten pakker og steriliserer utstyr for bruk på laboratoriene, og har ansvar for forsendelse av pakker og prøver til andre laboratorier og samarbeidspartnere. Ca. 75 % av medieproduksjonen ble brukt innen avdelingen til rutineanalyser og til forskning, inkludert NTNUs mikrobiologiske forskningslaboratorium. Resten av produksjonen ble solgt til eksterne kunder. De største kundene var Helse Nord- Trøndelag ved Sykehuset Levanger og Sintef, men også private institusjoner kjøpte medier. Aktivitetene i året som har gått har vært preget av stram økonomi, men nytt bygg og utstyr har gjort at rutineproduksjonen har gått bra. Seksjonen jobber videre med utvikling 8

10 og utprøving av nye dyrkningsmedier. Alle produkter som skal CE-merkes er registrert i direktoratets utstyrsregister. Seksjonen ble i august sertifisert etter NS-EN ISO 9001:2000 I mai sto seksjonene som arrangør av Substratkonferansen 2008 med deltakere fra hele landet. I tilknytning til konferansen deltok mange leverandører med utstilling. Spesialvaskerne har vært på en vellykket ekskursjon til tilsvarende enhet på Ullevål Universitetssykehus og Rikshospitalet. Ansatte har også delta på andre aktuelle kurs og konferanser. 7.4 Seksjon for sykehushygiene Seksjon for sykehushygiene er i faglige spørsmål underlagt direktøren, og administrativt6 er en del av Avdeling for medisinsk mikrobiologi. Smittevernarbeidet er lovfestet i Forskrift om smittevern i helseinstitusjoner som er hjemlet i Smittevernloven. Seksjonen er også et kompetansesenter for alle helseinstitusjoner i Midt- Norge, hvor vi bidrar med faglige råd innen smittevern, som for eksempel smitteoppsporing, oppklaring av infeksjonsutbrudd. Ved oppklaring av utbrudd kan vi med hjelp av vårt laboratorium drive epidemiologisk oppsporing med moderne genteknologisk metoder. Smittevernloven gjennom Forskrift om smittevern i helsetjenesten, pålegger alle helseinstitusjoner å ha et infeksjonskontrollprogram. Seksjon for sykehushygiene har ansvar for å oppdatere og utarbeide ev nye prosedyrer i infeksjonskontrollprogrammet ved St. Olav Hospital. Noen overordnede prosedyrer mangler ennå og dette arbeidet er planlagt fullført i Seksjon for sykehushygiene har en stor oppgave knyttet til rådgivning internt og også til kommunen og de andre regionale HF. Dette krever at de ansatte ved seksjonen holder seg til en hver tid faglig oppdatert og leser forskning og publikasjoner innen smittevern. I forbindlese med kompetanseheving på seksjonen, har seksjonen for tiden 2 hygienesykepleiere som er studenter ved Nordiske högskolan for folkhälsovetenskap NHV, i Göteborg, for å ta Diplom i smittevern. Seksjonen har økende etterspørsel om undervisning. Undervisning utgjør ca. 250 timer i året med fast undervisning i regi av Undervisningsseksjonen, undervisning på fagdager i avdelinger, smittevernuker og temadager. Sengeposter og avdelinger kan ha behov for undervisning på kort varsel, for eksempel i forbindelse med utbrudd av smittsomme sykdommer. Seksjonen arrangerte smittevernkurs spesielt for leger i 2008, og dette arbeidet videreføres i Seksjonen har også gjennomført dagskurs i smittevern 2 ganger for alle ansatte også regi av Undervisningsseksjonen. Kursene er godkjent av NSF som en del av klinisk fagstige. Det ble gjennomført en smittevernuke ved Orkdal sykehus i Programmet for den uken var daglig undervisning for alle ansatte ved sykehuset. I tillegg utfører seksjonen underving til studenter ved HIST for sykepleierstudenter og videreutdanning i sykepleie og ved NTNU. 9

11 Ved St. Olavs Hospital Øya har medisinsk avdeling opprettet hygienekontakter, der hygienesykepleiere deltar på møter og holder undervisning. Også ved Orkdal sykehus er det hygienekontakter som det arrangeres møter og underving for. Seksjonen har som mål å gjennomføre 2 intern revisjoner på smittevern årlig jamfør sykehusets revisjonsprogram. Seksjonen hadde 2 internrevisjoner i smittevern på programmet for 2008, den ene ble flyttet til begynnelsen av I forbindelse med Byggefase 2 ved sykehuset, har seksjonen deltatt på befaringer og gitt uttalelser i forbindelse med dette. Dette arbeidet tar svært mye tid, og krever mange forberedelser. I forbindelse med seksjonens arbeid i forhold til kvalitet og smittevern overordnet på sykehuset, er seksjonsoverlege medlem i Kvalitetsutvalget og en av hygienesykepleierne sitter som medlem av Utvalg i styrende dokumenter. Registrering av sykehusinfeksjoner gjennomføres av seksjonen med fire punktprevalenser årlig, to av disse rapporteres til Folkehelseinstituttet. Arbeidet med insidensregistrering av postoperative sårinfeksjoner på keisersnitt, innsetting av protese i hofteledd og aortokoronarbypass er videreført jamfør NOIS forskriften. Forskrift anbefaler i tillegg registrering av postoperative sårinfeksjoner ved appendektomi og kolecystektomi. Dette har det ikke vært kapasitet til i Hygienesykepleiere og bioingeniører utfører luftmålinger (CFU-målinger) på operasjonsstuer i følge Retningslinjer for mikrobiologisk kontroll av luft i rom hvor det foretas operative inngrep og større invasive prosedyrer. Anbefalingen er at luftmålinger blir gjort i alle stuer en gang i året, dette har ikke seksjonen kapasitet til. I 2008 ble det foretatt målinger på 7 ulike operasjonsmålinger i tillegg til at det er blitt utført målinger på noen spesialavdelinger. Det er også tatt en del miljøprøver rundt utbrudd av ulike agens. I disse tilfellene har også sykehushygiene vært i dialog med avdelingene med rådgiving og undervisning. Regionalt kompetansesenter har avholdt kun ett regionalt møte for smittevernspersonell i regionen i 2008 og deltatt på to nasjonale nettverksamlinger for HF, RHF og FHI. Tuberkulosekoordinator har koordinert og avholdt behandlingsplassmøter sammen med smittevernlege, hjemmesykepleien, og pasienter før oppstart av tuberkulosemedikamenter. I Sør-Trøndelag ble det diagnostisert 10 nye pasienter med tuberkulose i I tillegg har TB koordinator vært involvert i mange av tuberkulosepasientene i Helse-Midt Norge. 45 personer fått forebyggende behandling for tuberkulose. Det har vært utført undervisning om TBC ved St. Olavs Hospital og i hjemmesykepleien, sykehjem, intermediæravdeling, rehabiliteringsavdeling. Telefoniske oppfølgingssamtaler med hjemmesykepleien og pasienter skjer daglig. I forbindlese med oppstart av Quantiferon TB GOLD diagnostikk for tuberkulose, har det vært mange henvendelser internt i sykehuset og eksternt i regionene. 10

12 Tuberkulosekoordinator har arrangert en fagdag med tuberkulosekoordinatorer i helseregionen Midt-Norge. Det er også blitt arrangert samarbeidsmøter med St. Olavs Hospital, Trondheim kommune ved Smittevernkontoret og flyktningshelsetjenesten. I begynnelsen av 2008 ble det utørt MRSA screening i forbindelse med uventet MRSA funn sykehjem og hjemmetjenesten. Bioingeniør utførte også stor screening i en barnehage ved utbrudd av S. pyogenes. Det utføres mange PFGE-analyser rekvirert fra bakteriologisk seksjon og fra andre avdelinger. I 2008 ble det laget noen nye laboratorieprosedyrer, og dette arbeidet vil fortsette i 2009 etter en utarbeidet prioritetsplan. Det er også arbeidet med oppfølging og videreutvikling av en nasjonal, regional og lokal typings-database for MRSA, som videreføres i Oppfølging og videreutvikling av Spa-database og videre samarbeid med SeqNet.org. Videreføring av prosjekt: Identifisering av dominant S.aureus stammer som forårsaker invasive infeksjoner i Europa, dette er et samarbeid med EARSS/ SeqNet.org. 11

13 7.5 Nasjonale referansefunksjoner Helse- og omsorgsdepartementet har fra tildelt Helse Midt-Norge v/st. Olavs hospital nasjonale medisinske mikrobiologiske referansefunksjoner for følgende fire agens: Meticillin resistente Staphylococcus aureus, Gruppe B streptokokker, Francisella tularensis og adenovirus, sistnevnte delt med Folkehelseinstituttet (departementets rundskriv I-14/2005) Meticillin resistente Staphylococcus aureus Se egen rapport Gruppe B streptokokker Referansefunksjonen for gruppe B streptokokker har i 2008 undersøkt i alt 206 isolater, tre flere enn i Av disse var 179 funnet i blodkultur eller spinalvæske, derav var 45 fra barn>1år. De øvrige fordeler seg på ulike materialer, deriblant overflateprøve fra mor eller avdøde fostre, puss, og autopsimateriale. Invasive tilfeller av GBS sykdom skal meldes til MSIS og der er det registrert 179 tilfeller, derav 45 barn. Vi har altså veldig god overensstemmelse i våre materialer, noe som tyder på at de mikrobiologiske laboratoriene i landet har godt innarbeidede rutiner i forhold til GBS. I 2008 har vi fått stammer fra i alt 50 (2007: 39) tilfeller av nyfødtsepsis, som fordelte seg til 27 (25) tilfeller av early-onset disease og 23 (11) med late-onset disease. Etter tre år med til sammen 19 dødsfall blant nyfødte er det gledelig at vi ikke mistet et barn i 2008 pga. GBS. Kapseltypene har i 2008 fordelt seg etter vanlig mønster der type III står for en stor del av nyfødtsykdom (64,0 %), mens type V er den viktigste typen hos voksne (32,6 %). Kapseltype IV har også i år vært tredjehyppigste type, delt med den mer tradisjonell viktige type Ia. Referansefunksjonen har også i år undersøkt alle stammer på erytromycin og clindamycin resistens, samt blunting fenomenet med lappeteknikk. I år fant vi erytromycin resistens hos 12,1 % av stammene og klindamycin resistens hos 9,2 %. Blunting fenomenet ble påvist hos 13 stammer (6,3 %). Resistens ovenfor erytromycin og clindamycin er igjen hyppigst hos kapseltype V, med henholdsvis 9 og10 av 49 stammer som er resistent. Høygradig resistens var mer sjeldent enn i de siste to år (henholdsvis 9 og 7 stammer) og resistens hos barn <1år var ikke hyppigere enn hos alle stammer. I tillegg har vi undersøkt de fleste stammer (n=173) på tetracyclin resistens, en internasjonal utbredt resistenstype. Her holder norske stammer internasjonal nivå, 84,4 % av stammene er resistent. Referansefunksjonen deltok i en internasjonal ringtest for typing av GBS kapselantigenet. Testen var sendt ut fra Health Protection Agency, Colindale, UK. Ved Lancefield International Symposium on Streptococci and Streptococcal Diseases I Hellas var referansefunksjonen representert med to deltakere og tre postere. 12

14 GBS typing 2008, tabellarisk oversikt Kapseltype Ia Ib II III IV V SUM Invasive isolater (blodkultur eller spinalvæske) Total derav barn <1år Isolater relatert til graviditet/fødsel EOD LOD dødfødsler derav steril materiale sepsis hos mor under graviditet/fødsel dødsfall 0 I forskningssammenheng har referansefunksjonen assistert PhD student Andreas Radtke (NTNU). Prosjekter som startet i 2008 ble videreført Av betydning er særlig oppdagelsen av et nytt overflateprotein i GBS av JA Mæland og R Mavenyengwa som ser ut til å være hyppig i stammer fra Zimbabwe (27,2 %). Vestlige stammer er ikke undersøkt med henblikk på dette proteinet Francisella tularensis Se egen rapport Adenovirus Se egen rapport 13

15 7.6 Forskning og utvikling FoU Forskningsaktivitet knyttet til Gruppe B streptokokker (GBS) ved en stipendiat er i løpet av 2008 avsluttet og arbeidet innlevert for dr. grad. En PhD-student fra Universitetet i Harare har arbeidet ved avdelingen / NTNU med sitt GBS-prosjekt. Dette arbeidet er foreløpig avsluttet og dr.gradsavhandling forberedes. En stipendiat har arbeidet med utvikling av nytt genotypisk typingssystem for GBS. Forskningsaktivitet knyttet til Enteropatogene E.coli (EPEC) er videreført, og mastergradsprosjekt tilknyttet dette er under oppstart.. Samarbeidet med ortopedisk avdeling vedrørende proteseinfeksjoner har fortsatt i 2007 med en stipendiat utgående fra ortopedisk miljø. Her utgjør prospektive studier av revisjonsproteser med forbedret konvensjonell diagnostikk og molekylærgenetisk studier en hovedaktivitet. I tillegg utføres in vitro studier av påvisning av biofilmassosierte implantatinfeksjoner og etablering av in vivo modeller for lavvirulente implantatinfeksjoner. Luftveisprosjektet er videreført i noen grad, men foreløpig finansiering er ikke sikret. Det vises til separat vedlagt publikasjonsliste for 2008 utgående fra avdelingen. 14

16 7.6.2 Publikasjoner 2008 A. Avlagte doktorgrader Jan Egil Afset: Role of enteropathogenic Escherichia coli in childhood diarrhoea in Norway. Trondheim: NTNU-trykk ISBN B. Artikler i referee-baserte tidskrifter / bokkapitel 2008: Publikasjoner 2008 Afset JE, Anderssen E, Bruant G, Harel J, Wieler L, Bergh K. Phylogenetic backgrounds and virulence profiles of atypical enteropathogenic Escherichia coli strains from a casecontrol study using multilocus sequence typing and DNA microarray analysis. J Clin. Microbiol. 2008; 46: Bergseng H, Rygg M, Bevanger L, Bergh K. Invasive group B streptococcus (GBS) disease in Norway Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2008; 27: Eriksen R, Westre B, Bergh K, Qvigstad G. Whipple's sykdom. Tidsskr Nor Laegeforen. 2008; 128: Christensen A, Nordbø SA, Krokstad S, Rognlien AG, Døllner H. Human bocavirus commonly involved in multiple viral airway infections. J Clin Virol. 2008; 41: Jakopanec I, Borgen K, Vold L, Lund H, Forseth T, Hannula R, Nygård K. A large waterborne outbreak of campylobacteriosis in Norway: the need to focus on distribution system safety. BMC Infect Dis. 2008;8:128 (Open Access Article von Linstow ML, Høgh M, Nordbø SA, Eugen-Olsen J, Koch A, Høgh B. A community study of clinical traits and risk factors for human metapneumovirus and respiratory syncytial virus infection during the first year of life. Eur J Pediatr. 2008; 167: Moser KH, Rødevand E, Hammerstrøm J, Steinum HO, Hannula R. En tidligere frisk mann med feberepisoder med kirkespirforløp Tidsskr Nor Laegeforen. 2008;128: Mavenyengwa RT, Maeland JA, Moyo SR. Distinctive features of surface-anchored proteins of Streptococcus agalactiae strains from Zimbabwe revealed by PCR and dot blotting. Clin Vaccine Immunol. 2008;15: Persson E, Berg S, Bevanger L, Bergh K, Valsö-Lyng R, Trollfors B. Characterisation of invasive group B streptococci based on investigation of surface proteins and genes encoding surface proteins. Clin Microbiol Infect Jan;14(1):

17 Persson E, Berg S, Bergseng H, Bergh K, Valsö-Lyng R, Trollfors B. Antimicrobial susceptibility of invasive group B streptococcal isolates from south-west Sweden Scand J Infect Dis. 2008; 40: C. Presentasjoner med abstracts 2008 Bergh K. The role of the microbiological laboratory in the diagnosis of bacterial endopthalmitis. XXXVII Nordic Congress of Ophthalmology, Tromsø, Norway June Bergh K. PCR for molecular diagnosis of bacterial infection vs cultures in periprosthetic infections. EBJIS 27th Annual Meeting, Barcelona, September 18-20, Bergh K, Witsø E. Koagulase-negative stafylokokker og kronisk proteseinfeksjon: Fallgruber ved fenotypisk diagnostikk. Årskonferansen, Folkehelseinstsituttet, Oslo, 4-5. desember Bjerkan G, Witsø E, Nor A, Bergh K. Bacterial detection on prosthetic surfaces. EBJIS 27th Annual Meeting, Barcelona, September 18-20, Christensen A, Nordbø SA, Døllner H. Human bocavirus in respiratory tract infections in children. Meeting for Norwegian Society for Microbiology and Norwegian Society for Virology. Krisiansand, May Christensen A. Utslett ved enterovirusinfeksjoner. Strategimøte 2008: Virus som gir utslett. Folkehelseinstituttet, Oslo, 6. november Hannula R, Iversen G. Resistance of Bacteroides species in Trondheim, Norway. 18 th ECCMID, Barcelona, Spain, april Nordbø, SA. Luftveisinfeksjoner hos barn. Barnelegeforum, Oslo, 18. april Nordbø,SA. Diagnostiske utfordringer ved hepatitt B virus infeksjoner. Brukerforum for infeksjonsimmunologi, Tromsø 7-8. mai Døllner H, Christensen A, Rognlien AG, Nordbø SA. Multiple virus er vanlig hos innlagte barn med luftveisinfeksjon. Vårmøtet Norsk barnelegeforening, Fredrikstad, mai, Døllner H, Christensen A, Rognlien, AG, Nordbø SA. Multiple viral infections in children from Mid-Norway. 26th Annual meeting of the European society for pediatrics infectious diseases, Graz, Austria, May 13-17,

18 Nordbø, SA. Virus og luftveisinfeksjoner. Dnlf kurs nr.: B-23114: Virusinfeksjoner og virologisk diagnostikk: en oppdatering. Bergen, oktober Nordbø, SA. Humant herpesvirus 6 (HHV-6) og humant herpesvirus 7 (HHV-7). Strategimøte 2008: Virus som gir utslett. Folkehelseinstituttet, Oslo, 6. november Nordbø SA. Parvovirus B19 en ulv i fåreklær eller kun et sort får? Årskonferansen, Folkehelseinstsituttet, Oslo, 4-5. desember Radtke A, Lyng RV, Bergseng H, Bergh K. Norwegian Capsular Type V Streptococcus agalactiae (GBS) Strains resistant to erythromycin and clindamycin are closely related. XVII Lancefield Intrenational Symposium on streptococci and streptococcal diseases; Porto Heli, Hellas, D. Andre publikasjoner 2008 Bergh K. The role of the microbiological laboratory in the diagnosis of bacterial endopthalmitis. Acta Opthalmologica, 2008, 86 Suppl.241:

19 8 Tabeller: Produksjonstall og funn Produksjonstall Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total %-vis endring Bakteriologi ,06 % Parasittologi ,65 % Infeksjonsimmunologi ,41 % Virologi ,88 % Mycologi ,20 % Genteknologi ,21 % Annet ,51 % Sykehushygiene ,82 % Total ,53 % 18

20 8.1.2 Antall undersøkelser gruppert på materiale for bakteriologi og mykologi Analyser totalt Aerob Anaerob Blodkultur Aerob Anaerob Luftveier Nese Øre Hals Ekspektorat Trakealsekret Bronkialskyllevæske Bronkialbørste 1 0 Hud/bløtdeler Vev Hud Sårsekret Abscess Materiale totalt Dir. Grampreparat Analyser totalt Urin Materiale totalt Fæces Patogene tarmbakterier Serotyping tarmpat Helicobacter dyrkning Cl.diff toxin A/B Resistens Analyser totalt MRSA Dyrkning totalt GBS Typing Urogenital GC dyrkning Parasittologi Mikroskopi Trichomonas dyrkning Giardia EIA Mykobakterier TB dyrkning Dir. mikroskopi Sopp Dir. mikroskopi Soppdyrkning Soppdyrkning genital Gjærsopptyping