St. Olavs Hospital Universitetssykehuset i Trondheim. Årsrapport Avdeling for medisinsk mikrobiologi

Transkript

1 St. Olavs Hospital Universitetssykehuset i Trondheim Årsrapport 2003 Avdeling for medisinsk mikrobiologi

2 1. Forord Omorganiseringer og planlegging av nytt laboratoriebygg har lagt beslag på betydelige ressurser i I løpet av året ble det tilsatt en bioingeniør med IT-ansvar, og dette har vært en viktig ressurstilgang for å videreutvikle laboratoriedatasystemet fra NSML- til NSL-plattform. Den lenge planlagte og nødvendige ombyggingen av Tb-laboratoriet til et P3-laboratorium ble gjennomført med godt resultat, og infeksjonsimmunologien ble flyttet fra Midtblokken til et ledig areal i Parkbygget. Dette har medført en betydelig vanskeligere arbeidssituasjon for de som arbeider med serologisk diagnostikk pga lang transport og betydelig trangboddhet. Flyttingen var imidlertid nødvendig for at det skulle bli plass til den genteknologiske virksomheten som har hatt en formidabel vekst i løpet av de siste årene. Trøsten er at avdelingen skal flytte inn i nytt laboratoriebygg i løpet av høsten Det har også vært nok av faglige utfordringer med kartlegging av epidemier og etablering av analyser for påvisning av nye agens. I tillegg har avdelingen en betydelig undervisningsvirksomhet for medisinske studenter, samt andre studenter og helsepersonell. Det er et aktivt forskningsmiljø ved avdelingen, og et nært samarbeid med universitetet (NTNU). Avdelingen er et regionalt referanselaboratorium for mikrobiologiske analyser, og har også enkelte nasjonale referansefunksjoner. 2. Avdelingens funksjoner Avdelingen har ansvaret for all mikrobiologisk diagnostikk i Sør-Trøndelag, og har et stort repertoar innen bakteriologi, virologi, mykologi, parasittologi og infeksjonsimmunologi. En bred satsning på genteknologiske metoder har ført til en stor ekspansjon innen denne type diagnostikk, og avdelingen har etablert en rekke egenproduserte metoder for påvisning av velkjente så vel som nyoppdagede mikrober i kliniske prøver. Avdelingen har spesiell kompetanse knyttet til genanalyser av arvematerialet til bakterier og virus og har bl.a. benyttet slike undersøkelser til epidemiologiske analyser. Disse metodene står sentralt i oppklaring av sykehusinfeksjoner og utbrudd av infeksjoner utenfor sykehus. Gjennom årlige revisjoner av avdelingens strategi- og virksomhetsplaner tilstreber man å dekke behovet for en optimal infeksjonsdiagnostikk. Etablering og kvalitetssikring av nye diagnostiske metoder står sentralt, samt rasjonalisering og automatisering av eksisterende diagnostikk. Intern kompetanseutvikling er viktig for å heve kvaliteten på diagnostikken. Dette ivaretas ved intern undervisning, kurs og deltakelse i faglige arrangementer både nasjonalt og internasjonalt. Et nært samarbeid med andre mikrobiologisk avdelinger er viktig for den faglige utviklingen og kompetansen sett i nasjonalt perspektiv. Avdelingen er referanselaboratorium for Helseregion IV, og mottar i tillegg prøver fra hele landet til spesielle analyser som vi er alene om å tilby. Laboratoriet har egen produksjonsenhet som forsyner eget laboratorium og laboratoriene i Helse Nord-Trøndelag med medier. Det er satset aktivt på informasjon til brukerne ved besøk, kursvirksomhet samt utgivelse av informasjonsskriv (MikroNytt) og oppdatert informasjon på hjemmesiden (MikroWeb: Herfra kan man også laste ned en elektronisk utgave av vårt rekvisisjonsskjema. De ansatte deltar i undervisningen av medisinske studenter, andre studenter og helsepersonell, og har et nært samarbeid med Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer ved NTNU. Det er en betydelig forskningsaktivitet ved avdelingen som bl.a. inkluderer veiledningsoppgaver for hovedfagsstudenter og doktorgradsstipendiater. 2

3 3. Organisasjon Også i 2003 har avdelingen gjennomgått en betydelig omorganisering og skiftet navn fra Laboratorium for medisinsk mikrobiologi til Avdeling for medisinsk mikrobiologi som hører til Laboratoriemedisinsk klinikk under ledelse av klinikksjef Siri Bratlid. Avdelingen har redusert antallet seksjoner til 5: Seksjon for bakteriologi og prøvemottak (seksjonsleder Bjørg Lodgaard) Seksjon for virologi og genteknologi (seksjonsleder Inger Johanne Haugen) Seksjon for infeksjonsimmunologi (seksjonsleder Sissel-Karin Eriksen) Seksjon for medieproduksjon (seksjonsleder Sissel Frisvold Røe) Seksjon for sykehushygiene (seksjonsoverlege Olaf Scheel) 4. Bemanning Avdelingsleder Svein Arne Nordbø Overlege 5,2 (hvorav 1 i hovedstilling og 2 i bistilling ved NTNU) Sykehushygieniker/overlege 1 Assistentlege 3 Seksjonsleder 4 Overbioingeniør 4 Bioingeniør II 7 Bioingeniør I 12,5 Bioingeniør 16,5 Laboratorieingeniør II 2 Laboratorieingeniør 1,5 Tekniker I 2 Assistent I 4 Konsulent 1 Sekretær 3 Helsesekretær 2 Økonomikonsulent 1 Hygienesykepleier 2,5 5. Datasystem Dagens laboratoriedatasystem NSML (Non-stop mikrolabsystem, TietoEnator Healthcare) har vært i bruk siden 1990 og er nå under revisjon for å få en mer moderne plattform (NSL). Det er etablert et regionalt samarbeid med brukere i Helseregion 4 samt Mikrobiologisk avdeling i Tromsø (UNN) for å oppgradere sytemet. Når alle brukerne er flyttet inn i det nye laboratoriesenteret ved St. Olavs Hospital i 2005, skal man ha et felles prøvemottak hvor all registrering og svarrapportering skal gå via en felles overbyggingsmodul (ROS, TietoEnator Healthcare) som skal kommunisere med alle de fagspesifikke laboratoriedatasystemene. 3

4 6. Aktivitet 6.1 Seksjon bakteriologi og prøvemottak Seksjonen har i 2003 gjennomgått en betydelig endring. Generell og spesiell bakteriologi samt avdelingens prøvemottak ble slått sammen til en seksjon. Organisering av seksjonen innad til fagområder med bioingeniør II som fagansvarlig ble påbegynt, men ikke avsluttet i seksjonsleder, 21,5 bioingeniørstillinger og 5,5 helsesekretærer/sekretærer stillinger fordelt på 38 personer har vært tilknyttet seksjonen. De fleste ansatte har lang og god erfaring, men også dyktige nyutdannede bioingeniører har kommet til. For gruppen helsesekretærer/sekretærer, som har sitt daglige virke på avdelingens prøvemottak, ble det høsten 2003 startet et opplæringsprogram for å øke forståelsen for hva som skjer med de mikrobiologiske prøvene etter at de forlater mottaket. Avdelingens leger og bioingeniører har undervist i utvalgte temaer, og en rekke misforståelser er oppklart. Seksjonens ansatte føler dette har bedret rutinene for den primære prøvehåndteringen for hele avdelingen. Prøvemengden for seksjonen har for 2003 vært ganske lik forrige år. Det er fortsatt en høy forekomst av impetigo (brennkopper) hos befolkningen i Sør-Trøndelag, noe som avspeiles i en tilsvarende stor prøvemengde av sår/hudutslett. Legionella pneumophila ble funnet i trakealsekret hos 2 pasienter og begge hadde positiv antigentest i urin. Ytterligere 3 pasienter hadde positiv Legionella-antigentest i urin. MRSA ble funnet hos 29 nye pasienter. Rutineprøver og miljøundersøkelser i forbindelse med MRSA er et samarbeid mellom bioingeniører på seksjon for bakteriologi og prøvemottak og seksjon for sykehushygiene. Seksjonen har eget laboratorium for resistensbestemmelse. Til rutineoppsett benyttes agardiffusjonsmetode med ROSCO-tabletter eller multipoint (MAST). MIC-bestemmelse utføres med Etest (Biodisk). Alle Gram-negative stavbakterier undersøkes med henblikk på ESBL (extended-spectrum- lactamase)-produksjon med cefpodoxim/klavulansyre lapper (Oxoid). Positiv screeningtest verifiseres med Etester. Alle stammer med påvist ESBL ble en tid sendt til mikrobiologisk laboratorium i Tromsø der det over noen måneder foregikk en nasjonal ESBL-studie. Gram-negative staver resistente for carbapenemer eller som har betydelig nedsatt følsomhet, undersøkes for metallo-beta-lactamaser med imipenem/edta Etest. På fæceslaboratoriet ble det i 2003 funnet Enterohaemorragisk E.coli (EHEC) hos 7 pasienter. Tre småbarn bosatt i Trondheim med felles dagmamma fikk i mars påvist EHEC O157. I samarbeid med smittevernlegen i Trondheim kommune, ble det i forbindelse med dette utbruddet nedlagt et betydelig arbeid for å oppspore smittekilder. I alt 60 prøver ble tatt fra personer i nærmiljøet. Neisseria gonorrhoeae ble siste år påvist hos 10 pasienter, inkludert en pasient med funn fra leddvæske. Denne stammen var penicillinaseproduserende og resistent for ciprofloxacin og de fleste andre antibiotika. Penicillinaseproduserende stammer ble påvist hos ytterligere 4 pasienter, mens 2 pasienter hadde stammer resistente for ciprofloxacin. Mycobacterium tuberculosis ble påvist hos 22 pasienter mot 8 pasienter i Av disse var 8 pasienter av norsk opprinnelse, gjennomsnittalder var 70 år (19-89 år). De resterende16 pasientene var av utenlandsk opprinnelse, gjennomsnittsalder var 27 år (16-57 år). En stamme var resistent for rifampicin og INH. Ved mykologisk laboratorium ble det siste år påvist 500 dermatofytter fra negl/hud/hår, mot 419 i Som tidligere år dominerer T.rubrum med 437 stammer hovedsakelig fra negl. 4

5 NORM Som i tidligere år, deltok avdelingen i NORM (norsk overvåkingssystem for antibiotikaresistens hos mikrober) også i Etter protokoll ble det samlet og resistensbestemt isolater fra (antall): Blodkultur: E.coli (49), Klebsiella spp (20), Staphylococcus aureus (36), Streptococcus pneumoniae (23), Enterococcus spp (10). Luftveier og sårsekret: Streptococcus pneumoniae (25), Staphylococcus aureus (50). Urin: E.coli (47), Klebsiella spp (49) Alle blodkulturisolater av Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter spp og anaerober ble nedfrosset. Alle isolater av Mycobacterium tuberculosis, Salmonella spp, Shigella spp, Yersinia enterocolitica og et utvalg av Campylobacter spp ble sendt Nasjonalt folkehelseinstitutt. 6.2 Seksjon for virologi og genteknologi Seksjonen har i 2003 bestått av 12 bioingeniørstillinger hvorav 1 overbioingeniør og 1 spesialbioingeniør. Det ble utført analyser for påvisning av virus ved dyrkning, ELISA og ulike immunfluorescensteknikker i tillegg til genteknologiske analyser av arvemateriale til både bakterier og virus. Seksjonen ble fra juni slått sammen av tidligere seksjon for viruspåvisning og seksjon for genteknologi. I tillegg til ny organisering fikk vi tilgang på nye arealer slik at den genteknologiske virksomheten kunne flytte opp fra kjellerlokalene til 2.etg. Dette innebar en klar forbedring av lokalitetene og gjorde oss i stand til å gjennomføre videre ekspansjon. Målet var å få til et vaktsystem slik at begge fagfeltene ble dekket både på lørdager og ettermiddager til kl Dette medførte et stort behov for opplæring av staben slik at alle kunne beherske vaktarbeid innen begge fagfelt. Det viste seg umulig å få gjennomført dette under ferieavviklingen, men fra høsten av kom vi i gang med åpningstid til kl Også dette året har det vært en kraftig økning i antall analyser. Fra 2002 til 2003 var økningen på 73,2% for PCR-analyser. For å øke kapasiteten har vi investert i en real-time maskin som kan ta 96 prøver i hver kjøring. Vårt repertoar ble utvidet med kvantitative tester for påvisning av hepatitt B virus og hepatitt C virus for påvisning av virusmengde i blod. Det ble også etablert test for påvisning av hepatitt G virus ved real-time PCR og vi kan nå påvise exfoliativt toxin hos stafylokokker ved PCR. Deltagelse i nasjonale (Folkehelseinstituttet) og internasjonale ringtester (Quality control conserted action og Eqalis) ga oss gode data på kvaliteten av våre analyser. Årets influensaepidemi startet allerede i november. Dette var uvanlig tidlig og antall positive funn har aldri vært så høyt. Influensavirus kan påvises både ved dyrkning og PCR. Dyrkning av influensavirus er viktig for å kunne bidra med stammer til WHO s influensaovervåkning. Epidemier med norovirus ser vi hvert år. I 2003 ble det påvist flest tilfeller i årets 4 første måneder, men positive funn ble meldt hele året. Hver måned ble det sendt en rapport over positive funn av virus til Folkehelseinstituttet. 2 bioingeniører og 2 leger deltok ved en europeisk viruskongress i Lyon. Vi deltok med 2 postere. Vår PCR test for påvisning og typing av adenovirus ved sekvensering ble presentert på den ene og påvisning av humant metapneumovirus ved real-time PCR på den andre. Begge testene er utviklet ved vår seksjon. I tillegg har vi hatt deltakere på ulike brukermøter for analyseinstrumenter, og ved høstkonferansen i mikrobiologi. I løpet av året har vi hatt besøk fra flere andre laboratorier som har ønsket å hospitere ved seksjonen. 5

6 6.3 Seksjon for infeksjonsimmunologi Seksjonen hadde i stillinger: 1 seksjonsleder, 0,5 laboratorieingeniør og 8,5 bioingeniører. Seksjonen ble i juni 2003 flyttet fra hovedlaboratoriet til Parkbygget, 2 etg. Det ble utført et vidt spekter av serologiske undersøkelser for virus og bakterier, deriblant referanseundersøkelser for helseregion IV (Midt- Norge). Seksjonen har også en nasjonal referansefunksjon for Francisella. Seksjonen deltar i nasjonale ringtester (Folkehelseinstituttet). Dette gir oss gode data på kvaliteten av våre analyser. De fleste serologiske teknikker er i bruk. HIV- og hepatittserologi foregår i dag på helautomatiske instrumenter. Hver måned sendes en rapport over positive funn av virus til Folkehelseinstituttet. Samlet antall analyser i 2003 var ca Screening av blodgivere er foreløpig tillagt Avd. for immunologi og transfusjonsmedisin. 6.4 Seksjon for medieproduksjon Ved Seksjon for medieproduksjon var det ved utgangen av året tilknyttet 11 stillinger, 1 seksjonsleder, 1 overbioingeniør, 2 laboratorieingeniører II, 1 ingeniør, 2 teknikere og 4 assistent I. Seksjonsleder hadde i tillegg ansvaret for kvalitetssikringen ved avdelingen, og overbioingeniør hadde ansvaret for innkjøp og innkjøpsrelatert arbeid for avdelingen. Seksjonen har i løpet av året hatt mindre utvikling enn håpet, bl.a. grunnet sykdom og langtidsfravær. Seksjon for medieproduksjon består av et produksjonslaboratorium, en vaskeenhet og en pakkeenhet. Produksjonslaboratoriet produserer faste og flytende dyrkningsmedier, reagenser og buffere. Vaskeenheten desinfiserer og rengjør utstyr som brukes på avdelingen. Pakkeenheten pakker og steriliserer utstyr for bruk på avdelingen, og har ansvar for pakking og forsendelse av prøvetakingsutstyr til primærhelsetjenesten. Ca. 75% av medieproduksjonen brukes innen avdelingen til rutineanalyser og til forskning, inkludert NTNUs mikrobiologiske forskningslaboratorium. Ca. 25% av produksjonen selges eksternt. Den største kunden var Helse Nord-Trøndelag ved Sykehuset Namsos og Sykehuset Levanger, men også private institusjoner kjøpte medier. I løpet av siste kvartal sendte Seksjon for medieproduksjon "ERKLÆRING OM SAMSVAR TIL IVF-DIREKTIVET, Europaparlaments- og rådsdirektiv 98/78/EF" og registreringer til Utstyrsregisteret slik at medier for salg kan CE-merkes i henhold til direktivet. Laboratoriet arbeider til stadighet med videreutvikling og utprøving av nye dyrkningsmedier. 6.5 Seksjon for sykehushygiene Seksjon for sykehushygiene (SSH) har ivaretatt infeksjonsovervåkning, smitteoppsporing, undervisning samt utarbeidelse og implementering av prosedyrer innen smitteforebygging. SSH har dessuten vært rådgiver innen praktisk smittevernarbeid både internt og eksternt herunder også Helsebygg Midt-Norge. Undervisning har vært utført som faste innslag ved kurs for nytilsatte, som enkelttimer ved sengeposter og som deltakelse i temadager for avdelinger. SSH fikk månedlig rundt 50 eksterne og interne telefonforespørsler om faglige råd. 6

7 Seksjonen besto i 2003 av 3 hygienesykepleiere, 1 bioingeniør og 1 lege. Ny seksjonsoverlege tiltrådte i januar. En hygienesykepleier gikk i mai over i 50% nyopprettet stilling som tuberkulosekoordinator i Sør-Trøndelag og 50% stilling som hygienesykepleier. Tuberkulosekoordinatorstillingen er pålagt i forskrift og skal være et bindeledd mellom spesialisthelsetjenesten og primærhelsetjenesten. Hygienesykepleierstillingen (50%) med tjenestested Orkdal Sykehus sto vakant fram til november, da en ny hygienesykepleier tiltrådte. Hun har også 50% stilling ved St. Olavs Hospital. Spesielle problemstillinger: MRSA: 5 tilfeller av MRSA hos inneliggende pasienter førte i noen tilfeller til screening av medpasienter og personell. Ingen sekundærtilfeller ble påvist. 5 tilfeller av MRSA i primærhelsetjenesten i Sør-Trøndelag har medført mye rådgivning per telefon til sykehjem og omsorgsboliger. Hygienesykepleier har besøkt hjemmesykepleien i en kommune. I kraft av å være regionalt kompetansesenter er SSH blitt involvert i et utbrudd som i alt omfatter 3 institusjoner i Nord-Trøndelag. Det ble analysert en rekke screeningprøver og utført Pulsed Field Gel Electroforesis (PFGE) for nabofylket. Seksjonsoverlegen og en hygienesykepleier har vært på besøk ved et sykehjem i Nord-Trøndelag der det er et omfattende utbrudd. SSH utfører typing ved PFGE av alle MRSA-isolater som påvises i regionen. Seksjonen utfører også PFGE av isolater av andre bakterier for å se om sammenheng kan indikere infeksjonsutbrudd. Tuberkulose: 25 pasienter har vært under 6 måneders behandling for tuberkulose i Sør-Trøndelag i har fått 3 måneders forebyggende behandling uten å ha vært syke. Tuberkulosekoordinator har møter med pasient og primærhelsetjeneste ved oppstart av direkte observert behandling og oppfølgende telefonkontakt med hjemmesykepleien i hele behandlingstiden. Arbeidsmengden er økende og utgjør allerede mer enn 50% stilling. Norovirus: Sykehuset hadde flere tilfeller av norovirus (tidl. calicivirus) i løpet av våren og høsten 2003, uten at det kan kalles større utbrudd. Tilfellene har hovedsakelig vært konsentrert om noen få sengeposter med immunsvekkede pasienter. En del ansatte har vært affisert. Godt samarbeid mellom Seksjon for virologi og genteknologi og SSH gjør også at smittesituasjonen kan overvåkes og smitteverntiltak raskt kan iverksettes. 6.6 Forskning og utvikling. Parallelt med rutinevirksomheten foregikk en del utviklingsarbeide, spesielt relatert til nye diagnostiske reagenser og tester. 2 stillinger er knyttet til FoU-aktivitet med hovedområder hhv bakteriologi og virologi / genteknologi. Det ble opprettet ny stilling for en molekylærbiolog som vil styrke FoU-aktiviteten i betydelig grad. En del av FoU-aktiviteten skjer i forskningsarealer samlokalisert med universitetsfunksjonen i mikrobiologi. Et hovedsatsningsområde er forbedring av diagnostikk ved hjelp av molekylær-genetiske metoder og utvikling av genotypiske metoder ( molekylær epidemiologi ). Sammen med Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer, har avdelingen et bredt utvalg av moderne vitenskapelig utstyr, som spesielt legger et godt fundament for fremtidig utvikling innen molekylærgenetisk diagnostikk. Professor og tidligere avd.overlege Johan A. Mæland fratrådte ved årsslutt sin formelle tilknytning til avdelingen. Forskningsaktivitet knyttet til Gruppe B streptokokker (GBS) vil fortsette, og det er søkt om ny stipendiat knyttet til GBS-relatert tematikk i samarbeid med 7

8 pediatere. Et samarbeid er etablert om GBS med en forskningsgruppe i Göteborg. Også samarbeidsprosjektet om GBS i NUFU-regi med Universitetet i Harare, Zimbabwe fortsetter. Dette medfører at stipendiater fra Zimbabwe i perioder har forskningsopphold i Trondheim. Avdelingen har også forskningsaktivitet knyttet til Enteropatogene E.coli (EPEC) med en dr.grads-stipendiat tilknyttet dette prosjektet. Samarbeidet med ortopedisk avdeling vedrørende proteseinfeksjoner fortsetter også etter at Eivind Witsø har avsluttet sitt dr.gradsarbeide ved avdelingen (disputas januar 2004). Ny stipendiat er tilsatt og vil påbegynne stipendet i Torunn Bruland (veiledet av professor Are Dalen) disputerte i 2003 på avhandling om retrovirusindusert immunsvikt. Catrine Ahlén (veiledet av professor Ole-Jan Iversen) disputerte på avhandling om infeksjonsproblematikk knyttet til metningsdykking. Forøvrig utføres hovedoppgaver i medisinstudet ved Forskningslaboratoriet samt hovedfagsoppgaver ved andre studier. Det vises til separat vedlagt publikasjonsliste for 2003 utgående fra avdelingen. 8

9 Tabell 1 Undersøkelser utført i 2002 og Total Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total %-vis endring Bakteriologi ,8 % Parasittologi ,0 % Infeksjonsimmunologi ,3 % Virologi ,3 % Mykologi ,0 % Genteknologi ,4 % Diverse ,1 % Totalt ,1% Tabell 2 Antall undersøkelser gruppert på materiale for bakteriologi og mykologi Prøver totalt Aerob Anaerob Blodkultur Aerob Anaerob Luftveier Nese Øre Hals Ekspektorat Trakealsekret Bronkialskyllevæske Bronkialbørste 7 11 Hud/bløtdeler Vev Hud Sårsekret Abscess Materiale totalt MRSA Dyrkning totalt GBS Typing Urogenital Dyrkning GC dyrkning Parasittologi Mikroskopi Trichomonas dyrkning Giardia EIA Mykobakterier TB dyrkning Dir. mikroskopi Sopp Dir. mikroskopi Soppdyrkning Soppdyrkning genital Gjærsopptyping Dir. Grampreparat Analyser totalt Urin Materiale totalt Fæces Patogene tarmbakterier Serotyping tarmpat Helicobacter dyrkning Cl.diff toxin A/B Resistens Analyser totalt

10 Tabell 3 Blodkulturfunn Mikrober Antall pasienter Acinetobacter baumanii 3 Aeromonas caviae 1 Bacillus cereus 1 Bacteroides fragilis 5 Bacteroides fragilis gruppen 1 Bacteroides spp 1 Bacteroides thetaiotaomicron 2 Betahemolytiske streptokokker Gr. A 9 Betahemolytiske streptokokker Gr. B 9 Betahemolytiske streptokokker Gr. C 1 Betahemolytiske streptokokker Gr. G 5 Brevundimonas vesicularis 1 Candida albicans 3 Candida glabrata 1 Capnocytophaga spp. 1 Citrobacter koseri 1 Citrobacter spp. 2 Clostridium paraputrificum 1 Clostridium perfringens 2 Clostridium tertium 1 Corynebacterium jeikeium 1 Corynebacterium spp. 1 Difteroide staver 25 Difteroider anaerobe 3 Enterobacter aerogenes 1 Enterobacter cloacae 8 Enterobacter spp. 2 Enterococcus casseliflavus 1 Enterococcus faecalis 19 Enterococcus faecium 1 Enterococcus spp. 1 Escherichia coli 130 Gram negative staver uidentifiserte 2 Haemophilus influenzae 7 Haemophilus parainfluenzae 2 Klebsiella oxytoca 7 Klebsiella pneumoniae 20 Lactobacillus spp. 3 Listeria monocytogenes 1 Morganella morganii 3 Neisseria meningitidis 1 Neisseria meningitidis Gr. B 2 Proteus mirabilis 15 Proteus vulgaris 1 Pseudomonas aeruginosa 18 Salmonella enteritidis 1 Salmonella paratyphi A 1 Serratia marcescens 5 Serratia spp. 1 Mikrober Antall pasienter Stafylokokker, koagulase negative 216 Staphylococcus aureus 55 Staphylococcus capitis 1 Staphylococcus epidermidis 25 Staphylococcus haemolyticus 1 Staphylococcus hominis 5 Staphylococcus saprophyticus 1 Staphylococcus warneri 1 Stenotrophomonas maltophilia 1 Streptokokker, -hemolytiske 7 Streptococcus anginosus (milleri) 2 Streptococcus bovis 1 Streptococcus intermedius 1 Streptococcus mutans 2 Streptococcus oralis 9 Streptococcus pneumoniae 57 Streptococcus salivarius 1 Streptococcus sanguis 2 Sum

11 Tabell 4 Dyrkningsfunn i spinalvæske Mikrobe Antall pasienter Abiotrophia defectiva 1 Acinetobacter baumanii 2 H. influenzae 1 Koagulase negative stafylokokker 3 N. meningitidis 3 Propionibacterium acnes 3 Serratia marcescens 1 Staphylococcus aureus 1 Streptococcus intermedius 1 Streptococcus mitis 1 Streptococcus pneumoniae 7 Sum 24 Tabell 5 Dyrkningsfunn i leddvæske Mikrobe Antall pasienter Anaerobe difteroider 3 Betahemolytiske streptokokker gr A 1 Betahemolytiske streptokokker gr B 4 Citrobacter freundii 1 Enterococcus spp. 2 Gram positive kokker (uspesifisert) 2 Koagulase negative stafylokokker 5 N. gonorrhoeae 1 Propionibacterium acnes 1 Staphylococcus aureus 18 Staphylococcus lugdunensis 1 Streptococcus pneumoniae 1 Sum 40 Tabell 6 Dyrkningsfunn i pleuravæske Mikrobe Antall pasienter Anaerobe difteroider 1 Candida spp 2 Clostridium spp 1 Eikenella corrodens 1 Enterococcus spp 2 Fusobacterium spp 2 Gram positive kokker (uspesifisert) 1 Koagulase negative stafylokokker 4 Pseudomonas aeruginosa 1 Serratia marcescens 1 Staphylococcus aureus 6 Stenotrophomonas maltophilia 1 Streptococcus milleri-gruppen 1 Sum 24 11

12 Tabell 7 ESBL og MBL Antall personer med 1 bakterieisolat med ESBL (utvidet betalaktamase) eller MBL (metallo-betalaktamase) Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total ESBL MBL Tabell 8a Patogene tarmbakterier (funn i avføringsprøver) Mikrobe Antall pasienter Aeromonas spp 23 Campylobacter jejuni/ coli 156 Clostridium difficile toxin A/B 295 Enterohaemorragisk E. coli 7 Enteropatogen E. coli (eae-positive) 43 Enterotoxigen E. coli 7 Salmonella (se tabell 8b) 116 Shigella 13 Vibrio parahaemolyticus 1 Vibrio alginolyticus 10 Yersinia enterocolitica 8 Sum 679 Tabell 8b Salmonella serotyper Serotype Antall pasienter S. abony 1 S. agona 1 S. anatum 1 S. berta 1 S. blockley 2 S. braenderup 1 S. colindale 1 S. concord 2 S. derby 1 S. enteritidis 57 S. hadar 1 S. heidelberg 1 S. hillingdon 1 S. infantis 1 S. kentucky 1 S. kottbus 1 S. lagos 1 S. livingstone 2 S. newport 1 S. oranienburg 2 S. panama 1 S. paratyphi A 2 S. paratyphi B 1 S. rissen 1 S. saintpaul 1 S. schwarzengrund 1 S. senftenburg 1 S. stanley 3 Serotype Antall pasienter S. typhi 1 S. typhimurium 22 S. virchow 1 S. zanzibar 1 Sum

13 Tabell 9 Mykobakterier Mikrobe Antall pasienter Syrefaste staver ved mikroskopi: 11 Dyrkning : M. tuberculosis komplekset 22 M. avium intracellulare 7 M. gordonae 1 M. kansasii 1 M. malmoense 4 Andre uidentifiserte 1 Sum dyrkning 36 Tabell 10 Parasitter Mikrobe Antall pasienter Ascaris lumbricoides 19 Blastocystis hominis 3 Entamoeba histolytica/dispar 31 Giardia lamblia (mikro/ EIA) 70/ 82 Hakeorm 5 Hymenolepis nana 8 Malaria 2 Schistosoma mansoni 11 Strongyloides stercoralis 1 Taenia spp 2 Trichuris trichiura 23 Sum 187 Tabell 11 Dermatofytter Mikrobe Antall funn Trichophyton rubrum 437 Trichophyton mentagrophytes 26 Trichophyton raubitschekii 2 Trichophyton tonsurans 3 Trichophyton violaceum 13 Trichophyton soudanense 2 Trichophyton verrucosum 1 Trichophyton spp. 3 Epidermophyton floccosum 8 Microsporum canis 5 Microsporum gypseum 1 Sum

14 Virologiske undersøkelser Tabell 12 Antistoffpåvisning i tårevæske: Undersøkelser Positive Undersøkelser Positive Adenovirus IgA-IF Herpes simplex IgA-IF Varicella-zoster IgA-IF Sum Tabell 13 Antigenpåvisning i fæces: Undersøkelser Positive Undersøkelser Positive Adenovirus antigen ELISA: Astrovirus antigen - ELISA : Rotavirus antigen - ELISA : Sum Tabell 14 Viruspåvisning i cellekultur: Undersøkelser Positive Undersøkelser Positive Virus dyrkning : Adenovirus: Cytomegalovirus: Enterovirus: Herpes simplex virus type Herpes simplex virus type Humant metapneumovirus 1 Influensa A virus: Influensa B virus: 2 10 Parainfluensavirus type Parainfluensavirus type Parainfluensavirus type Parainfluensavirus utypet 4 Respiratorisk syncytialt virus: Rhinovirus 10 Varicella-zoster virus: Sum

15 Tabell 15 Viruspåvisning ved immunfluorescens direkte på materiale Undersøkelser Positive Undersøkelser Positive Influensa A IF dir. på matr.: Influensa B IF dir. på matr.: Parainfluensa IF d. på matr RSV IF direkte på matr.: HSV IF direkte på matr.: VZV IF direkte på matr.: Sum Tabell 16 Viruspåvisning ved elektronmikroskopi: Antall undersøkelser Antall positive 6 1 (Molluscum contagiosum) Tabell 17 Genteknologiske undersøkelser (PCR) Undersøkelser Positive Undersøkelser Positive Adenovirus Bartonella henselae 5 0 Bordetella pertussis Calicivirus Chlamydia pneumoniae Coronavirus 1 Coronavirus SARS 7 Cytomegalovirus Cytomegalovirus kvantitativ 2 1 Enteropatogen E. coli (EPEC) Enterohemorragisk E.coli (EHEC) Enteroinvasiv E.coli (EIEC) Enterotoxinproduserende E.coli (ETEC) Enterovirus Epstein-Barr virus Epstein-Barr virus kvantitativ Exfoliativt toxin (A/B) 9 3 Francisella tularensis Gruppe B streptokokker 19 2 Hepatitt C virus Hepatitt C virus kvantitativ 1 59 Helicobacter pylori (totalt) vac A cag A urease C Hepatitt B virus Hepatitt B virus kvantitativ

16 Hepatitt G virus/ GBV-C Herpes simplex virus type Herpes simplex virus type HIV kvantitering : Human genomisk DNA Human papillomavirus typing: Human papillomavvirus sekvensering: 106 Human papillomavirus konsensus Humant herpesvirus type Humant herpesvirus type 7 8 Humant herpesvirus type 8 2 Influensa A virus Influensa B virus Legionella 90 6 Legionella pneumophila Listeria monocytogenes 9 1 Metapneumovirus MRSA Morbilli 5 0 Mycobacterium Mycobacterium tuberculosis Mycoplasma pneumoniae Neisseria meningitidis Neisseria meningitidis serogruppe 2 Parvovirus B Rhinovirus Staphylococcus Staphylococcus aureus Streptococcus pneumoniae Vancomycin resistente enterokokker (Van A ) Vancomycin resistente enterokokker (Van B ) Vancomycin resistente enterokokker.(van C1) Vancomycin resistente enterokokker.(van C2) Varicella-zoster virus Sum

17 Tabell 18 Funn av viralt agens i spinalvæske Undersøkelse Antall pasienter Epstein-Barr virus PCR 13 Enterovirus - PCR Coxsackievirus type B1: 1 Echovirus type 11 2 Echovirus type 18 4 Enterovirus utypet 5 Herpes simplex virus - PCR Herpes simplex virus type 1 2 Herpes simplex virus type 2: 5 Varicella Zoster virus - PCR 11 Virus dyrkning : Echovirus type 11 (også ved PCR) 2 Echovirus type 18 (også ved PCR) 1 Sum 43 Tabell 19 Chlamydia trachomatis PCR Antall pasienter Antall positive Antall pasienter Antall positive Tabell 20 Andre genteknologiske analyser Antall analyser Antall analyser Pulsfelt gelelektroforese Sekvenseringer Tabell 21 Pulsfelt gelelektroforese 2003 Mikrobe Antall Staphylococcus aureus (MSSA) 117 Staphylococcus aureus (MRSA) 84 Koagulase negative stafylokokker 43 Pseudomonas aeruginosa 39 Streptococcus pneumoniae 25 Legionella pneumophila 24 Gram negative stavbakterier 23 Andre 14 Sum

18 Tabell 22 Bakterieidentifkasjon ved sekvensering av 16S rrna genet Species Antall Abiotrophia defectiva 1 Actinomyces naeslundii 1 Bacillus species 2 Capnocytophaga sputigena 1 Eubacterium species 1 Haemophilus species 1 Lactobacillus species 1 Legionella species 1 Moraxella nonliquefaciens 2 Mycoplasma species 2 Neisseria species 1 Neisseria weaveri 2 Nocardia farcinica 1 Nocardia species 1 Staphylococcus epidermidis 1 Sum 19 Tabell 23 Adenovirus sekvensering Genotype Antall Adenovirus type 1 17 Adenovirus type 2 14 Adenovirus type 3 10 Adenovirus type 5 1 Adenovirus type 6 1 Adenovirus type 7 1 Adenovirus type 8 3 Adenovirus type 19 7 Adenovirus type 31 1 Adenovirus type 35 1 Adenovirus type 37 8 Adenovirus type 40 4 Adenovirus type Sum 96 Tabell 25 Hepatitt C virus genotyping Genotype Antall Genotype 1 27 Genotype 1a 3 Genotype 2 6 Genotype 3 32 Sum 68 Tabell 24 Enterovirus sekvensering Genotype Antall Coxsackievirus A9 1 Coxsackievirus B1 6 Coxsackievirus B4 1 Echovirus type 11 3 Echovirus type 18 5 Echovirus type 30 1 Enterovirus 71 4 Sum 21 Tabell 26 HPV-typing ved sekvensering Genotype Antall Humant papillomavirus type 6 7 Humant papillomavirus type 11 2 Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type 18 7 Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type 33 8 Humant papillomavirus type 45 2 Humant papillomavirus type 52 7 Humant papillomavirus type 53 1 Humant papillomavirus type 58 4 Humant papillomavirus type 61 1 Humant papillomavirus type 66 2 Humant papillomavirus type 68 2 Humant papillomavirus type 70 2 Sum 92 18

19 Tabell 27 Infeksjonsimmunologiske undersøkelser Undersøkelse Antall undersøkelser Adenovirus antistoff - KBR Anti-Streptokokk DNase B AST ASTA Bartonella henselae antistoff Borrelia IgG - ELISA Borrelia IgM - ELISA Borrelia Ratio spinalvæske/serum 8 7 Brucella abortus Bang antistoff Candida antigen 13 5 Chlamydia antistoff KBR Coxsackie B-/Enterovirus antistoff. KBR Cytomegalovirus IgG ELISA Cytomegalovirus IgG ELISA 0 7 Cytomegalovirus IgM ELISA Cytomegalovirus IgM ELISA 0 7 Denguevirus antistoff total 8 3 EB virus early antigen IgG - ELISA EB virus nuclear antigen IgG - ELISA Epstein-Barr VCA IgG - ELISA Epstein-Barr VCA IgM - ELISA Francisella IgG - ELISA Francisella IgM - ELISA Francisella mikroagglutinasjonstiter: HCV konfirmasjonstest (RIBA) Helicobacter IgG ELISA Hepatitt A IgM Hepatitt A total Hepatitt B e antigen Hepatitt B e antistoff: Hepatitt B s antigen Hepatitt B s antistoff Hepatitt Bcore antistoff total Hepatitt Bcore IgM 8 9 Hepatitt BsAg - konfirmasjonstest Hepatitt C antistoff Herpes simplex IgG - ELISA Herpes simplex IgM - ELISA Herpes simplex virus type 1 IgG 1 0 Herpes simplex virus type 2 IgG 2 0 Heterofile antistoffer hurtigtest HIV 1 antistoff hurtigtest 0 1 HIV 1 Western blot HIV 1+2 antistoff - ELISA HSV IgG ratio serum/spinalvæske 1 1 Influensa A antistoff - KBR Influensa B antistoff - KBR

20 Undersøkelse Antall undersøkelser Legionella antistoff ELISA Legionella antistoff IF Legionella antistoff titer IF Morbilli IgG - ELISA Morbilli IgG ratio serum/spinalvæske 1 0 Morbilli IgM - ELISA Mycoplasma IgG - ELISA Mycoplasma IgM - ELISA Parainfluensa antistoff KBR Parotittvirus IgG - ELISA Parotittvirus IgM - ELISA Parvovirus IgG - ELISA Parvovirus IgM - ELISA Pertussis hemagglutinin IgA ELISA Pertussis hemagglutinin IgG ELISA Pertussis toxin IgA Pertussis toxin IgG Puumalavirus IgM 6 13 Respiratorisk syncytial virus antistoff-kbr Rubella antist. agglutinasjon Rubella IgM - ELISA Salmonella typhi-o antistoff (Widal) Salmonella paratyphi-o antistoff (Widal) Toxoplasma antistoff total Toxoplasma IgG ELISA Toxoplasma IgG Titrering Toxoplasma IgM ELISA Toxoplasma IgM titrering Treponema antistoffer (RPR) Treponema antistoffer (TPPA) Treponema EIA total Ig Varicella-zoster IgG ELISA Varicella-zoster IgM ELISA VZV IgG ratio serum/spinalvæske 1 2 Yersinia - O-3 antistoff 16 2 Yersinia O3 ELISA IgA Yersinia O3 ELISA IgG Sum:

21 Tabell 28 Produksjon av faste dyrkingsmedier Dyrkningsmedium Antall skåler 2002 Antall skåler 2003 Blodagar MacConkey agar Deco-agar FA-agar Resistensagar Sjokoladeagar MNYC Saboraud dextrose-agar SSI-agar Andre agarer Sum Tabell 29 Produksjon av medier/reagenser på flasker og rør Medium/reagens Antall 2002 Antall 2003 Stuart transportmedium Cary Blair transportmedium Virus transportmedium Löwenstein Jensen medium Saltvannsrør GBS-buljong Anaerob buljong Andre medier/reagenser Sum Tabell 30 Produksjon av medier/reagenser/oppløsninger Medium/reagens Liter 2002 Liter 2003 Faste medier i petriskåler Andre medier og reagenser/oppløsniger Sum

22 Publikasjoner A. Dr.grader Torunn Bruland. Studies of early Retrovirus Host Interactions Viral Determinants for Pathogenesis and the Influences of Sex on the Susceptibility to Friend Murine Leukaemia Virus Infection. (dr.phil.) Catrine Ahlén. Skin Infections in Occupational Saturation Divers in the North Sea and the Impact of the Environment. (dr.phil.) B. Artikler i referee-baserte tidskrifter Afset JE, Bergh K, Bevanger L. High prevalence of atypical enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) in Norwegian children with diarrhoea. J Med Microbiol. 2003,52: Afset JE, Maeland JA. Susceptibility of skin and soft tissue isolates of Staphylococcus aureus and Streptococcus pyogenes to topical antibiotics: Indications of clonal spread of fusidic acid resistant Staphylococcus aures. Scand J Infect Dis. 2003; 35: Ahlén C, Mandal LH, Iversen OJ. An in-field demonstration of the true relationship between skin infections and their sources in occupational diving systems in the North Sea. Ann Occup Hyg Apr;47: Bruland T, Lavik LA, Dai HY, Dalen A. Identification of Friend murine retrovirus-infected immune cells and studies of the effects of sex and steroid hormones in the early phase of infection. APMIS 2003,111: Bruland T, Lavik LA, Dai HY, Dalen A. A Glucocorticoid response element in the LTR U3 region of Friend murine leukaemia virus variant FIS-2 enhanches virus production in vitro and is a major determinant for sex-related differences in susceptibility to FIS-2 infection in vivo. J Gen Virol : Christensen A, Nordbø SA, Jeansson S, Slørdahl S. Lower respiratory tract infection caused by human metapneumovirus in two children: the first report of human metapneumovirus infection in Norway. Scand J Infect Dis. 2003, 35: Christensen A, Nordbø SA. Enterovirusinfeksjoner diagnostisert i Midt-Norge i perioden Tidsskr Nor Laegefor 2003, 123: Hanssen, I., Bergh, K. Kaninsyfilis (Treponema paraluis-cuniculi infeksjon) i en avlsbesetning. Norsk Veterinærtidsskrift, 2003,10: Hanssen, I., Bevanger, L., Løseth, K., Bergh, K. Undersøkelse av katter i Midt-Norge for Bartonella henselae-infeksjon. Norsk Veterinærtidsskrift, 2003,115: Haristoy X, Lozniewski A, Tram C, Simeon D, Bevanger L, Lion C. Francisella tularensis bacteremia. J Clin Microbiol. 2003, 41: Kapperud G, Espeland G, Wahl E, Walde A, Herikstad H, Gustavsen S, Tveit I, Natas O, Bevanger L, Digranes A. Factors associated with increased and decreased risk of Campylobacter infection: a prospective case-control study in Norway. Am J Epidemiol. 2003, 158:

23 Moyo SR, Mæland JA. Antibodies raised in animals against the Streptococcus agalactiae proteins c alpha and R4 and normal human serum antibodies target distinct epitopes. J Med Microbiol. 2003,52: Myhre AK, Dalen A, Berntzen K, Bratlid D. Anogenital human papillomavirus in non-abused preschool children.acta Paediatr. 2003,92: Nossum V, Hjelde A, Bergh K, Ustad AL, Brubakk AO. Anti-C5a monoclonal antibodies and pulmonary polymorphonuclear leukocyte infiltration--endothelial dysfunction by venous gas embolismeur J Appl Physiol. 2003,89: C. Presentasjoner med abstracts Afset JE, Jacobsen T, Mæland JA. Fusidic acid-resistant Staphylococcus aureus-clone in out- and inpatients 20 th Annual meeting of the Scandinavian society for antimicrobial chemotherapy, Odense, Denmark, October 24-26, Bevanger L. Strategier for forebyggelse av neonatal GBS sykdom. Mikrobiologiske synspunkter. I rapport fra strategimøte nr. 15, Streptokokker (gruppe A og B). Folkehelseinstituttet, Oslo, Einar Vik, Lars Bevanger, Peter Gaustad og Arne Høiby, red. ISSN: Bevanger L. Påvisning av gruppe B streptokokker i Laboratoriet. I rapport fra strategimøte nr. 15, Streptokokker (gruppe A og B). Folkehelseinstituttet, Oslo, Einar Vik, Lars Bevanger, Peter Gaustad og Arne Høiby, red. ISSN: Bjerkan G, Witsø E, Løseth K, Persen L, Bergh K. Is the routine use of PCR in detecting prosthetic infection still premature? 22 nd Annual Meeting. European Bone and Joint Infection Society 2003, Trondheim May 8-10, Hagen IJ, Aandahl E, Hasseltvedt V, Bevanger L. Tularemi i Oppland og Hedmark Mikrobiologi og epidemiologi. Presentasjon ved Årskonferansen, Folkehelseinstituttet, Oslo Jacobsen T, Afset JE, Iversen G, Hassel B, Bergh K, Bevanger L. Forbedret deteksjon av MRSA i en utbrudds-situasjon ved bruk av selektiv buljong. Presentasjon ved Årskonferansen, Folkehelseinstituttet, Oslo Jacobsen T, Scheel O, Hannula R, Høiby EA. Outbreak of necrotizing fasciitis in central Norway. 20 th Annual Meeting of the Scandinavian Society for antimicrobial Chemotherapy, Odense, Denmark, October 24-26, Krokstad S, Haugen IJ, Nordbø SA. Rapid detection and typing of human adenoviruses by real-time PCR. 6 th Annual Meeting of the European Society for Clinical Virology; Lyon, France; Aug 24-27, Larssen KW, Iversen G, Jacobsen T, Scheel O. MRSA outbreaks in nursing homes in central Norway. Presentasjon ved Årskonferansen, Folkehelseinstituttet, Oslo Nordbø SA. Mycoplasma pneumoniae agenspåvisning. Strategimøte nr.17 i bakteriologi 2003: Nedre luftveisinfeksjoner. Spesielle kliniske og diagnostiske problemer. Jenum PA, Skarpaas T, Natås OB, red. ISSN: , s Nordbø SA. Prenatal diagnostikk. Strategimøte i virologi og serologi 2003: Diagnostikk av virusinfeksjoner hos gravide og nyfødte. Folkehelseinstituttet, Oslo Radtke A. Graviditet, nyfødte og CMV. Strategimøte i virologi og serologi 2003: Diagnostikk av virusinfeksjoner hos gravide og nyfødte. Folkehelseinstituttet, Oslo

24 Radtke A, Nordbø SA, Human metapneumovirus in Norway during winter th Annual Meeting of the European Society for Clinical Virology; Lyon, France Aug 24-27, Witsø E, Beisvåg V, Langaas M, Lysvand H, Persen L, Lægreid A, Bergh K. DNA microarray: A new diagnostic tool in orthopaedic infections? 22 nd Annual Meeting. European Bone and Joint Infection Society 2003, Trondheim May 8-10,

25 Det nye Laboratoriesenteret juni