Madeleine Fannemel Avd for medisinsk genetikk

Transkript

1 Madeleine Fannemel Avd for medisinsk genetikk

2 Norsk portal for medisinsk-genetiske analyser. Oversikt over hvilke laboratorier som gjør de ulike analyser.

3 Avd for medisinsk genetikk Seksjon for klinisk genetikk Seksjon for kreftgenetikk Seksjon for laboratoriediagnostikk Laboratorielege boks Forskningsseksjonen Avd for driftsstøtte.

4 Diagnostikk og utredning Syndromdiagnostikk Presymptomatisk testing Veiledning i forbindelse med bærerutredning Veiledning av familier med sjeldne genetiske tilstander Tolkning av prøvesvar bla. kromosomfunn

5 Undersøkelsesmetoder Kromosomundersøkelse/FISH MLPA undersøkelse Sangersekvensering Array CGH HTS

6 Kromosomundersøkelse Mistanke om strukturelle avvik Mistanke om kjønnskromosomavvik Mistanke om mosaikktilstnad-hudbiopsi Mistanke om trisomi Heparinisert blod- Grønn kork.

7 MLPA Multiplex Ligation-dependent Probe amplification Påviser delesjoner og duplikasjoner Kan påvise forandringer i opptil mange ulike DNA områder i en reaksjon. Kan undersøke på delesjoner duplikasjoner i eksoner i ulike gener. Indikasjon: mistanke om mikrodelesjon/duplikasjon syndrom eller intrageniske duplikasjoner/delesjoner. EDTA blod

8 Indikasjon for arraycgh Forsinket utvikling/ psykisk utviklingshemming (DD/ID) Autismespekterlidelser Multiple kongenitte misdannelser Strukturelle forandringer ses ikke Lavgradige mosaikktilstander vanskelige David T Miller; The American Journal of Human Genetics, 2010 Consensus Statement: Chromosomal Microarray is a First-Tier Clinical diagnostic test for individuals with DD or CA.

9 Hva er arraycgh Hver spot inneholder : -enkeltrådet DNA=probe -kjent sekvens -kjent kromosomlokalisering -kjent posisjon på microarrayet

10 Flere array formater: 44 k 100Kb resolusjon 105k 50Kb resoluajon 244k 20Kb resolusjon Meget god spesifisitet og sensitivitet God reproduserbarhet Bra oppløsning, kan finne meget små variasjoner Meget bra dataanalysepakke (CGH Analytics)

11 Pasient-DNA Kontroll DNA ering Ratioer gjøres om til lpg2-verdier 0: normal (2 kopier) -1: heterozygot delesjon(1kopi) >-2: homozygot delesjon (0kopier) +0.58:duplikasjon(3 kopier) +1: duplikasjon(4 kopier) Røde signaler: for mye fra pasient Grønne signaler: for lite fra pasient Gule signaler: like mye av hver

12 Vurdering av acgh resultat Mest sannsynlig patogent avvik hvis: Samme avvik er rapportert tidligere med samme fenotype Gener som er involvert i avviket passer med pasientens sykdomsbilde Avviket er de novo Avviket er en delesjon Avvik ligger i et genrikt område Avvik ikke rapportert som en kjent normal CNV Avviket har en størrelse på >0.5 Mb (selv avvik på flere Mb kan være normale)

13 Mest sannsynlig benignt avvik hvis: Avviket er arvet fra friske foreldre Avviket er påvist hos andre friske individer Små områder <0,5 Mb (små områder kan og være patogene) Avviket er en duplikasjon Ligger i et genfattig område Konklusjon: Dette er vanskelig og avhengig av god kommunikasjon mellom lab og klinikk

14 Exomsekvensering Spesifikke krav til genetisk veiledning Samtykke og informasjon ved triotesting. Hva skal meldes tilbake? Finnes arvelige sykdommer i familien allerede? Tilbakemelding om genfeil som gir høy risiko for alvorlig arvelig sykdom? Hjelpeplikten. Begrense utilsiktet prediktive funn, filtrering av data Ikke tilbakemelding om prediktive funn hos barn dersom sykdommen ikke kan behandles eller redusere helseskade Tilbakemelding for varianter som gir sikker høy risiko for sykdom, og der det finnes effektiv behandling Tilbakemelding om: tilstander som kan gi alvorlig sykdom hos fremtidig avkom Recessive tilstander

15

16

17 Genpakker. EE-PU pakke: Epileptisk Encephalopati og psykisk utviklingshemming: 59 gener. Iktyose: 40 gener. Ciliopatier:90 gener Bindevevssykdommer: 33 gener Mitokondriesykdommer:115 gener Medfødte glykosyleringsdefekter:25 gener. Hereditær spastisk paraparese/herditær ataksi:51 gener.

18 Andre ressurser Sykehuset Telemark, enhet for medisinsk genetikk tilbyr genpakker: Arvelige perifere nevropatier (CMT,dHMN,HSAN,HNPP, HNA,ACCPN,CCFDN,GAN1,HSN1D,Waardenburg-Shah) Hereditær spastisk paraparese Nevrofibromatose Amyotrofisk lateral sklerose Noonan syndrome Marfan syndrom Trio testing Asper Biotech-Estland(bla trio-testing)

19 Samarbeid innad i OUS Møte med radiologer Møte med barnenevrologer Metabolsk møte Craniofascialt team Skjelettdysplasipoliklinikk Tilsyn med nyfødte RH og Ullevål Patologimøte Studentundervsning.

20 Eksternt samarbeide Poliklinikkdager i Kristiansand Poliklinikkdager i Drammen Undervisning Felleskonsultasjoner Avdelingens ønske Tettere samarbeide med henvisere Etablere felleskonsultasjoner og bedre samarbeide med ulike typer avdelinger i regionen Åpne for forslag