Materiale/ Beskrivelse Metode Markør for MRD

Transkript

1 Radiumhospitalet Analyse Aktuell ved/ Problemstilling Materiale/ Beskrivelse Metode Markør for MRD forsendelse AFF1-MLL AML (monocytisk), t(4;11)(q21;q23) pro-b-all, og ALL (MLL-AF4, MLLT2- hos spedbarn. Ved MLL, økt antall AFF1-KMT2A) leukocytter 1,2 For screening av MLL-translokasjoner 28Q. Ved behov kan det benyttes en InHouse test som identifiserer type AFF1-MLLfusjonstranskript. I tillegg tilbys det kvantitering og beregning av resttumor for de hyppigst forekommne fusjonstranskriptene. Revers transkriptase, PCR og. I tillegg utføres kvantitativ PCR., for de mest vanlige fusjonstranskriptene BCR-ABL1 t(9;22)(q34;q11.2) CALR (19p13.3-p13.2) CBFB-MYH11 inv(16)(p13.1q22) BCR-ABL1 B-ALL /AML sekundær til KML/ bifenotypisk akutt leukemi. MERK! Ved mistanke om KML og oppfølging utføres analysen ved MolPat på Rikshospitalet. Myeloproliferativ neoplasi, myelodysplasi, myelofibrose, essensiell trombocyttemi 1,2 Kvantitering/ påvisning av minor- BCR (e1-a2) og Major-BCR (b2-a2/ b3-a2). For screening av fusjonstranskript kan også Hemavision 28Q bestilles, da denne detekterer noen av de mer sjeldne variantene. Revers transkriptase og kvantitativ PCR 1,2 Påvisning av lengdemutasjon i CALR-genet, ekson 9. Analysen er aktuell ved negativ JAK2 og MPL. og AML 1,2 Kvantitering/påvisning Revers transkriptase av type A, D og E. og kvantitativ PCR t(16;16)(p13.1;q22) For screening av mer sjeldne fusjonstranskript tilbys Hemavision, for de mest vanlige fusjonstranskriptene

2 28Q CEBPA-mutasjon (19q13.1) AML 1,2 Påvisning av lengdemutasjon (delesjon/insersjon) av CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP) alpha-genet. og DEK-NUP214 AML, myeloid 1,2 Kvantitering/påvisning Revers transkriptase t(9;11)( neoplasi med av DEK-NUP214- og kvantitativ PCR (DEK-CAN) basofili fusjonstranskript. Ved leukemiscreening 28Q ETV6-RUNX1 B-ALL 1,2 Kvantitering/påvisning Revers transkriptase t(12;21)(p13;q22) av ETV6-RUNX1 og kvantitativ PCR (TEL-AML1) fusjonstranskript. Ved leukemiscreening 28Q EVI1 -genuttrykk AML 1,2 Kvantitering av EVI1- Revers transkriptase (3q26.2) genuttrykk. Analysen og kvantitativ PCR MECOM benyttes som prognistisk markør ved AML EWSR1-FLI1/ERG Ewing sarkom 3, (4) Påvisning av de hittil Revers transkriptase, t(11;22)(q24;q12) beskrevne PCR og t(21;22)(q22;q12) fusjonstranskriptene ved EWSR1-FLI1 og EWSR1- ERG, kun relativ beregning av fusjonstranskript. FIP1L1-PDGFRA Lymfoid/myeloid 1,2 Påvisning av Revers transkriptase,, kvantitativ neoplasi med intrakromosomal og real-time PCR. FIP1L1-PDGFRA eosinofili delesjon som fører Eller long-range PCR ASO kan etableres sammen FIP1L1- og for følge den PDGRFA-gen. enkelte Analysen kan utføres både i DNA og RNA- hvor RNA er den med lavest deteksjonsgrense FLT3-mutasjon AML, APL og MLL- 1,2 Påvisning av intern (13q12) tandem duplikasjon mutert/translokert restriksjonsenzym- leukemi. (ITD) i ekson 14/15 kutting og og D835-

3 punktmutasjon i FLT3-genet. Ved påvist ITD semikvantiteres andel muterte ITD fragment/normale fragment (utføres kun ved diagnose) FUS-DDIT3 t(12;16)(q13;p11) myxoid liposarkom 3, (4) Påvisning av FUS- DDIT3 fusjonstranskript Revers transkriptase og real-time PCR Hemavision 28Q ALL, AML, KML 1,2 Screening for de hyppigste fusjonstranskriptene ved leukemi. BCR- ABL1(M-, m- og µ- bcr), CBFB-MYH11, DEK-NUP214, ETV6- ABL1, ETV6-MN1, ETV6-PDGFRB, ETV6-RUNX1, FUS- ERG, MLL-AFF1, MLL-ELL, MLL- EPS15, MLL-FOXO4, MLL-MLLT1, MLL- MLLT3, MLL-MLLT4, MLL-MLLT6, MLL- MLLT10, MLL- MLLT11, NPM1- MLF1, NPM-RARA, PML-RARA(bcr1, -2 og -3), RUNX1- MECOM, RUNX1- RUNX1T1, SET- NUP214, STIL-TAL1, TCF3-HLF, TCF3- PBX1 og ZBTB16- RARA Revers transkriptase og real-time PCR IgH VHmutasjonsanalyse (14q32.33) KLL 1,2 Beregning av Revers transkriptase, somatiske mutasjoner PCR og i VH-genet. Primere rettet mot både Leader og FR1- regionen benyttes for, kvantitativ IgH- ASO kan etableres for følge den enkelte

4 IgH(DJ) (14q32.33) IgH(FR123) (14q32.33) IgK/Kde (2p11.2) KIT-D816V KIT -ex8/ex17 amplifisering av klonal IgHrearrangering før.. Analysen utføres fortrinnsvis i RNA, men DNA kan også benyttes.. B- og T-celle 1-5 Analyse av Multipleks PCR og neoplasier ufullstendig IgH(DJ)- genrearrangering, etter biomed2- protokoll. Analysen utføres sekundært ved negativ/polyklonal IgH VDJ og IgK/Kde. Utføres også ved B- /T-ALL for etablering av MRD-test. B- celle neoplasier 1-5 Analyse av fullstendig Multipleks PCR og IgH(VDJ)- genrearrangering, etter biomed2- protokoll. Utføres også ved B-ALL for etablering av MRDtest. B- celle neoplasier 1-5 Analyse av IgK- og Multipleks PCR og kdelgenrearrangering, etter biomed2- protokoll. Utføres også ved B-ALL for etablering av MRDtest. mastocytose 1-2 Påvisning av Allel-spesifikk punktmutasjon kvantitativ PCR c.2447a>t, p.asp816val i KIT exon 17. AML positiv for 1,2 Påvisning av KITmutasjoner RUNX1-RUNX1T1 i ekson 8 og eller CBFB- og 17, kvantitativ IgH- ASO kan etableres for følge den enkelte, kvantitativ IgH- ASO kan etableres for følge den enkelte, kvantitativ IgK/Kde-ASO kan

5 KIT og PDGFRA MDM2 og CDK4 (12q13-q14) og ( 12q13) MLL-PTD (11q23) MLLT3-MLL t(9;11)(p22;q23) (MLL-AF9 MLLT3-KMT2A) MPL-mutasjon (1p34) MYD88-mutasjon (3p22) MYH11. Gastrointestinal 3,4 Mutasjonsanalyse av stromal KIT (ekson 9, 11, 13 og tumor(gist) og ev. og 17) og PDGFRA melanom (kun (ekson 12, 14, 18) KIT). Lipom eller høyt 3,4 Påvisning av Kvantitativ PCR differensiert amplifikasjon av liposarkom MDM2-og CDK4- genet AML 1,2 Påvisning av Revers transkripsjon, duplikasjon i MLL PCR og (KMT2A)-genet. AML (monocytisk og myelomonocytisk), pro-b-all og 1,2 Som primærscreening for MLL-translokasjoner Revers transkripsjon, PCR og.i tillegg kvantitativ leukemi hos barn (<1 år) 28Q. I tillegg benyttes PCR en InHouse test som kan være et viktig supplement til Hemavision testen. Denne kan identifiserer type MLLT3-MLLfusjonstranskript. I tilllegg tilbys det kvantitering og beregning av resttumor for to av de hyppigst forekommne fusjonstranskriptene. Myeloproliferativ 1,2 Påvisning av Allel spesifikk realtime neoplasi, punktmutasjonen PCR myelofibrose, MPL W515L og essensiell W515K. Analysen trombocytemi aktuell ved negativ JAK2 V617F Lymfoplasmacyttisk 3,4 Påvisning av PCR og lymfom, B-celle punktmutasjon mini lymfom MYD88 L265P for skille LPL fra andre lavgradige B-celle lymfomer, for e8e6 og e9e6- fusjonstranskript

6 AML 1,2 Påvisning av Alveolært rhabdomyosarkom. Lymfoid/myeloid neoplasi med eosinofili Lymfoid/myeloid neoplasi med eosinofili PCR og NPM1-mutasjon (5q35) PAX3/7-FOXO1 t(2;13)(q35;q14) PDGFRAgenuttrykk PDGFRBgenuttrykk (5q33.1) PML-RARA t(15;17)(q22;q12) RUNX1-RUNX1T1 t(8;21)(q22;q22) (AML-ETO) SIL-TAL1 del(1)(p32;p32) lengdemutasjon i 5- ende av ekson 12 i nucleophosmin-genet 3,4 Påvisning av PAX3/7- Rever transkripsjon FOXO1- og real-time PCR fusjonsgentranskript 1,2 Screening av mulig Rever transkripsjon PDGFRalfa og kvantitativ PCR translokasjon. Kvantitering av 3 ende (C-terminal) PCGFRA-genuttrykknormalisert med referansegen og 5 ende (N-terminal) PDGFRA 1,2 Screening av mulig Rever transkripsjon PDGFRbetatranslokasjon. og kvantitativ PCR Kvantitering av 3 ende (C-terminal) PCGFRB-genuttrykknormalisert med referansegen og 5 ende (N-terminal) PDGFRB AML 1,2 Kvantitering av T-ALL 1,2 Påvisning av Rever transkripsjon Rever transkripsjon APL., AML 1,2 Påvisning av PML- RARAfusjonsgentranskript og kvantitativ PCR bcl1, bcl2 og bcl3. Ved primærutredning av AML utføres Hemavision 28Q RUNX1-RUNX1T1- og kvantitativ PCR fusjonsgentranskript. Ved leukemiscreening 28Q del(1)(p32;p32), kun de hyppigste og, kvantitativ SIL- TAL1-ASO kan

7 SS18-SSX1/2/4 t(x;18)(p11;q11) TCF3-PBX1 t(1;19)(q23;p13.3) (E2A-PBX1) TCR beta (7q34) TCR delta (14q11.2) TCR gamma (7p14) WT1- genekspresjon (11p13) bruddpunkt kan detekteres. Analysen utføres kun ved ønske om å etablere MRD-test. Synovialt sarkom 3,4 Påvisning av SS18- Rever transkripsjon SSX1/2/4- og real-time PCR fusjonsgentranskript B-ALL 1,2 Kvantitering av TCF3- Rever transkripsjon PBX1 og kvantitativ PCR fusjonsgentranskript. Ved leukemiscreening 28Q T-celle neoplasi 1-5 Analyse av fullstendig Multiplex PCR og og ufullstendig TCRbgenrearrangering, etter Biomed2 protokoll (VDJ og DJ). Utføres også ved T- ALL for etablering av MRD-test. T-ALL og B-ALL 1-5 Påvisning av modne og umodne TCRdgenrearrangering. og Analysen utføres kun ved ønske om å etablere MRD-test. B- og T-celle neoplasi 1-5 Analyse av TCRggenrearrangering, etter Biomed2 protokoll. Utføres Multiplex PCR og også ved B-/T-ALL for etablering av MRDtest. AML og ALL 1,2 Kvantifisering av Revers transkripsjon Wilms tumor (WT1)- og kvantitativ PCR genuttrykk. Analysen utføres ved oppfølging av AML og ALL (MRD) der en mangler annen MRDmarkør., kvantitativ TCRb-ASO kan, kvantitativ TCRd-ASO kan, kvantitativ TCRg-ASO kan

8 Prøvemateriale: ml benmarg tilsatt EDTA (eller Heparin). Prøven bør ankomme snarest mulig og innen 20 timer etter prøvetakning. Prøven må ankomme laboratoriet senest kl 14, hvis ikke annen avtale er gjort Oppbevares i romtemperatur og må ikke utsettes for frost. a,b, ml EDTA blod. Prøven bør ankomme snarest mulig og innen 20 timer etter prøvetakning. Prøven må ankomme laboratoriet senest kl 14, hvis ikke annen avtale er gjort. Oppbevares i romtemperatur og må ikke utsettes for frost. a,b, 3. Ferskfrosset vev. 4. Formalinfiksert parafininstøpt vev. c 5. Ulike aspirat, leveres snarest til laboratoriet. Oversikten over materialet er kun ment som en veiledning, kontakt laboratoriet dersom spørsmål om annet materiale. a. RNA-baserte metoder (dette gjelder analyser hvor det utfløres revers transkripsjon): Prøver som blir mellom timer vil analyseres for fusjonstranskripter selv om dette ikke er optimalt. Det er da ikke mulig isolere mononukleære celler, som er anbefalt ved akutte leukemi. I eldre prøver kan også transkriptnivået kan være redusert, dette kan påvirke sensitiviteten til analysen. b. DNA-baserte metoder: Prøver som er eldre enn 24 timer kan analyseres for de fleste DNA analyser. Det er da ikke mulig isolerer mononukleære celler noe som kan gi redusert sensitivitet. Prøver > 48 timer kan kun benyttes til DNA-baserte metoder. c. Ved behov kan RNA-analyser kan forsøkes i formalinfiksert vev, men kvaliteten er ofte forringet.