artus CMV QS-RGQ-sett Ytelsesegenskaper artus CMV QS-RGQ-sett, Versjon 1, 4503363 Se etter nye elektroniske etikettoppdateringer på www.qiagen.com/products/artuscmvpcrkitce.aspx før testen utføres. Gjeldende revisjonsstatus indikeres av utgivelsesdato (format: måned/år). Analytisk følsomhet plasma Den analytiske deteksjonsgrensen med hensyn til rensingen (følsomhetsgrense) ble vurdert for artus CMV QS-RGQ-settet ved bruk av CMV-positive kliniske prøver i kombinasjon med ekstraheringen på QIAsymphony SP. For plasma ble den analytiske følsomheten med hensyn til rensingen av artus CMV QS-RGQ-settet bestemt ved bruk av en dilusjonsserie av CMV-virusmateriale fra 1000 til nominelt 0,316 CMV kopier/ml tilsatt i kliniske plasmaprøver. Disse ble utsatt for DNA-ekstrahering ved bruk av QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi-settet i kombinasjon med Cellfree1000-protokollen (ekstraheringsvolum: 1 ml, elusjonsvolum: 60 µl). Hver av de 10 fortynningene ble analysert med artus CMV QS-RGQ-settet på 4 ulike måter i 4 kjøringer med 8 replikater i hver. Resultatene ble bestemt av en probitanalyse. En grafisk illustrasjon av probitanalysen vises i figur 1. Den analytiske påvisningsgrensen med hensyn til rensingen av artus CMV QS-RGQ-settet i kombinasjon med Rotor-Gene Q er 42,5 kopier/ml (p = 0,05). Dette betyr at det er en sannsynlighet på 95 % for at 42,5 kopier/ml vil bli påvist. Mai 2012 Sample & Assay Technologies
1.0 95% Proporsjoner Proportions 0.8 0.6 0.4 1,63 ~ 42,5 kopier/ml (95%) 1.63 (29,4 70,2 ~ 42.5 copies/ml kopier/ml) (95%) (29.4 70.2 copies/ml) 0.2 0.0-1 0 1 2 3 log (dose) Figur 1 Probitanalyse: Plasma, CMV (Rotor-Gene Q). Analytisk følsomhet med hensyn til rensingen (plasma, ved bruk av QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi-settet) av artus CMV QS- RGQ-settet på Rotor-Gene Q. Spesifisitet plasma Spesifiteten til artus CMV QS-RGQ -settet er først og fremst sikret gjennom valget av primere og prober, samt valget av strenge reaksjonsbetingelser. Primere og prober ble kontrollert for mulige homologier for alle sekvenser som er utgitt i genbanker etter sekvenssammenligningsanalyse. Påvisningsevnen for alle relevante genotyper har dermed blitt sikret. Videre ble spesifiteten validert med 100 ulike CMV-negative plasmaprøver. Disse genererte ikke noen signaler med de CMV-spesifikke primerne og probene, som er inkludert i CMV RG Master. En potensiell kryssreaktivitet for artus CMV QS-RGQ-settet ble testet ved bruk av kontrollgruppen som er opplistet i tabell 1 (nedenfor). Ingen av de testede patogenene har vært reaktive. Ingen kryssreaktiviteter vistes med blandede infeksjoner. Ytelsesegenskaper: artus CMV QS-RGQ-sett Side 2 av 10
Tabell 1. Testing av spesifisiteten til settet med potensielt kryssreaktive patogener Kontrollgruppe CMV (Cycling Green) Intern kontroll (Cycling Yellow) Humant herpesvirus 1 (Herpes simplex-virus 1) Humant herpesvirus 2 (Herpes simplex-virus 2) Humant herpesvirus 3 (Varicella-zoster-virus) Humant herpesvirus 4 (Epstein-Barr-virus) + + + + Humant herpesvirus 6A + Humant herpesvirus 6B + Humant herpesvirus 7 + Humant herpesvirus 8 (Kaposis sarkomtilknyttet herpesvirus) + Hepatitt A-virus + Hepatitt B-virus + Hepatitt C-virus + Humant immunsviktvirus 1 + Humant T-celleleukemivirus 1 + Humant T-celleleukemivirus 2 + Vestnilvirus + Enterovirus + Parvovirus B19 + Ytelsesegenskaper: artus CMV QS-RGQ-sett Side 3 av 10
Lineært område plasma Det lineære området med hensyn til rensingen av artus CMV QS-RGQ-settet ble bestemt ved å analysere en fortynningsserie av CMV-virusmateriale som strekker seg fra 1,00 x 10 8 kopier/ml til 3,16 x 10 1 kopier/ml i plasma. Rensingen ble utført i replikater (n = 4 for konsentrasjoner 1,00 x 10 7 kopies/ml; n = 8 for konsentrasjoner <1,00 x 10 7 kopier/ml) ved bruk av QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi-sett i kombinasjon med Cellfree1000 -protokollen (ekstraheringsvolum: 1 ml, elusjonsvolum: 60 µl). Hver av prøvene ble analysert ved bruk av artus CMV QS-RGQ-settet. Det lineære området med hensyn til rensingen av artus CMV QS-RGQsettet har blitt fastsatt til å dekke konsentrasjoner fra 7,94 x 10 1 kopier/ml til 1,00 x 10 8 kopier/ml for plasma (figur 2). 10 log 10 beregnet konsentrasjon (kopier/ml) log 10 estimated concentration (copies/ml) 8 6 y y = = 1.0521x 1,0521x 0.3653 0,3653 R 2 R 2 = = 0.9991 0,9991 4 2 0 0 2 4 6 8 10 log 10 log nominell 10 nominal konsentrasjon concentration (kopier/ml) (copies/ml) Figur 2. Lineært område for artus CMV QS-RGQ-settet (plasma). Kalkulering av det lineære området. Den rette linjen ble bestemt ved en lineær regresjon av log 10 -kalkulerte konsentrasjoner med log 10 nominelle konsentrasjoner. Ligningen til regresjonslinjen er inkludert på figuren. Robusthet plasma Verifiseringen av robustheten gjør det mulig å fastsette den totale feilraten for artus CMV QS-RGQsettet. For å verifisere robustheten ble 100 CMV-negative plasmaprøver tilsatt med 130 kopier/ml av CMV (omtrent tredobbelt konsentrasjon av den analytiske følsomhetsgrensen). After extraction using the QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi-sett in combination with the Cellfree1000_DSP Protokoll for Plasma (extraction volume: 1 ml, elusjonsvolum: 60 µl), ble disse prøvene analysert med artus CMV QS-RGQ-settet. I tillegg ble robustheten for den interne kontrollen vurdert ved Ytelsesegenskaper: artus CMV QS-RGQ-sett Side 4 av 10
rensing og analyse av de 100 tilsatte plasmaprøvene. Inhiberinger ble ikke observert. Dermed er robustheten til artus CMV QS-RGQ-settet 99 %. Analytisk følsomhet fullblod Den analytiske deteksjonsgrensen med hensyn til rensingen (følsomhetsgrense) ble vurdert for artus CMV QS-RGQ-settet ved bruk av CMV-positive kliniske prøver i kombinasjon med ekstraheringen på QIAsymphony SP. For fullblod ble den analytiske følsomheten med hensyn til rensingen av artus CMV QS-RGQ-settet bestemt ved bruk av en fortynningsserie av CMV-virusmateriale fra 1000 til nominelt 3,16 CMV kopier/ml tilsatt i humane fullblodsprøver. Disse ble utsatt for DNA-ekstrahering ved bruk av QIAsymphony DNA Mini-settet i kombinasjon med VirusBlood200-protokollen (ekstraheringsvolum: 200 µl, elusjonsvolum: 60 µl). Hver av de 8 fortynningene ble analysert med artus CMV QS-RGQsettet på 3 ulike måter i 6 kjøringer med 11 replikater i hver. Resultatene ble bestemt av en probitanalyse. En grafisk illustrasjon av probitanalysen vises i figur 3. Den analytiske påvisningsgrensen med hensyn til rensingen av artus CMV QS-RGQ-settet i kombinasjon med Rotor-Gene Q er 164,55 kopier/ml (p = 0,05). Dette betyr at det er en sannsynlighet på 95 % for at 164,55 kopier/ml vil bli påvist. 1.0 95% 0.8 Proporsjoner Proportions 0.6 0.4 2.21631 2,21631 ~ ~ 164.55 164,55 copies/ml kopier/ml (95%) %) (82.01 636.34 (82,01 636,34 copies/ml) kopier/ml) 0.2 0.0-1 0 1 2 3 log (dose) Figur 3. Probitanalyse: Fullblod, CMV (Rotor-Gene Q).Analytisk følsomhet med hensyn til rensingen (fullblod, ved bruk av QIAsymphony DNA Mini-settet) av artus CMV QS-RGQ-settet på Rotor-Gene Q. Ytelsesegenskaper: artus CMV QS-RGQ-sett Side 5 av 10
Spesifisitet fullblod Spesifiteten til artus CMV QS-RGQ -settet er først og fremst sikret gjennom valget av primere og prober, samt valget av strenge reaksjonsbetingelser. Primere og prober ble kontrollert for mulige homologier for alle sekvenser som er utgitt i genbanker etter sekvenssammenligningsanalyse. Påvisningsevnen for alle relevante genotyper har dermed blitt sikret. Videre ble spesifiteten validert med 100 ulike CMV-negative helblodprøver. Disse genererte ikke noen signaler med de CMV-spesifikke primerne og probene, som er inkludert i CMV RG Master. En potensiell kryssreaktivitet for artus CMV QS-RGQ-settet ble testet ved bruk av kontrollgruppen som er opplistet i tabell 1 (se side 3). Ingen av de testede patogenene har vært reaktive. Ingen kr yssreaktiviteter vistes med blandede infeksjoner. Lineært område fullblod Det lineære området med hensyn til rensingen av artus CMV QS-RGQ-settet ble bestemt ved å analysere en fortynningsserie av CMV-virusmateriale som strekker seg fra 5,00 x 10 7 til 1,00 x 10 2 i fullblod. Rensingen ble utført i replikater (n = 4 for konsentrasjoner 1,00 x 10 7 kopies/ml; n = 8 for konsentrasjoner <1,00 x 10 7 kopier/ml) ved bruk av QIAsymphony DNA Mini-settet i kombinasjon med VirusBlood200-protokollen (ekstraheringsvolum: 200 µl, elusjonsvolum: 60 µl). Hver av prøvene ble analysert ved bruk av artus CMV QS-RGQ-settet. Det lineære området med hensyn til rensingen av artus CMV QS-RGQ-settet har blitt fastsatt til å dekke konsentrasjoner fra 1,00 x 10 3 ko pier/ml til 5,00 x 10 7 kopier/ml for fullblod (figur 4). log log 10 beregnet 10 estimated konsentrasjon concentration (kopier/ml) (copies/ml) 10 8 6 y = 1,0514x 1.0514x 0,2366 0.2366 4 RR 2 2 = 0,9999614 0.9999614 2 0 0 2 4 6 8 10 log 10 nominell nominal konsentrasjon concentration (copies/ml) (kopier/ml) Figur 4. Lineært område for artus CMV QS-RGQ-settet (fullblod).kalkulering av det lineære området. Den rette linjen ble bestemt ved en lineær regresjon av log 10 -kalkulerte konsentrasjoner med log 10 nominelle konsentrasjoner. Ligningen til regresjonslinjen er inkludert på figuren. Ytelsesegenskaper: artus CMV QS-RGQ-sett Side 6 av 10
Robusthet fullblod Verifiseringen av robustheten gjør det mulig å fastsette den totale feilraten for artus CMV QS-RGQsettet. For å verifisere robustheten ble 100 CMV-negative fullblodprøver tilsatt med 500 kopier/ml av CMV (omtrent tredobbelt konsentrasjon av den analytiske følsomhetsgrensen). Etter ekstrahering ved bruk av QIAsymphony DNA Mini-settet i kombinasjon med VirusBlood200-protokollen for fullblod, ble disse prøvene analysert med artus CMV QS-RGQ-settet. I tillegg ble robustheten for den interne kontrollen vurdert ved rensing og analyse av de 100 tilsatte fullblodprøvene. Inhiberinger ble ikke observert. Dermed er robustheten til artus CMV QS-RGQ-settet 99%. Nøyaktighet Nøyaktighetsdata for artus CMV QS-RGQ-settet gjør det mulig å bestemme den totale variansen til analysen. Den totale variasjonen omfatter intra-analysevariabilitet (variabilitet for flere resultater av prøver med samme konsentrasjon innenfor ett eksperiment), inter-analysevariabilitet (variabilitet for flere resultater som er generert på ulike instrumenter av samme type, men av ulike operatører på ett laboratorium) og inter-batchvariabilitet (variabilitet for flere resultater av analysen ved bruk av ulike batcher). Den data som ble oppnådd ble brukt til å bestemme standardavvik, varians og koeffisient for variasjonen for den patogenspesifikke og den interne kontroll-pcr. Analytisk presisjonsdata for artus CMV QS-RGQ-settet (uten å ta hensyn til rensingen) ble innsamlet ved bruk av kvantifiseringsstandarden for den laveste konsentrasjon (QS 4; 10 kopier/µl). Testingen ble utført med 8 replikater. Nøyaktighetsdata ble kalkulert på grunnlag av C T -verdiene for forsterkningskurvene (C T :Terskelsyklus, se tabell 2, side 8). I tillegg ble nøyaktighetsdata for kvantitative resultater i kopier/µl bestemt ved bruk av tilsvarende C T -verdier (tabell 3, side 8). Basert på disse resultatene er den helhetlige statistiske spredningen av enhver gitt prøve med den nevnte konsentrasjonen 1,21 % (C T ) eller 14,38 % (konsentrasjon) og 1,93 % (C T ) for påvisningen av den interne kontrollen. Disse verdiene er basert på totaliteten for alle de enkelte verdiene for de bestemte variabilitetene. Ytelsesegenskaper: artus CMV QS-RGQ-sett Side 7 av 10
Tabell 2. Nøyaktighetsdata på grunnlag av C T -verdiene Standardavvik Varians Koeffisient variasjon (%) for Intra-analysevariabilitet: 0,17 0,03 0,57 Intra-analysevariabilitet: Intern kontroll 0,31 0,10 1,16 Inter-analysevariabilitet: Inter-analysevariabilitet: Intern kontroll Inter-batchvariabilitet: Inter-batchvariabilitet: Intern kontroll 0,38 0,14 1,27 0,47 0,22 1,77 0,33 0,11 1,10 0,53 0,28 2,02 Total Total Intern kontroll Varians: Varians: 0,36 0,13 1,21 0,51 0,26 1,93 Tabell 3. Nøyaktighetsdata på grunnlag av kvantitative resultater (i kopier/µl) Standardavvik Varians Koeffisient for variasjon (%) Intra-analysevariabilitet: Inter-analysevariabilitet: Inter-batchvariabilitet: 1,34 1,80 13,30 1,54 2,38 15,25 1,46 2,12 14,41 Total Varians: 1,45 2,11 14,38 Ytelsesegenskaper: artus CMV QS-RGQ-sett Side 8 av 10
Reproduserbarhet Reproduserbarhetsdata gjør det mulig med en regelmessig ytelsesvurdering av artus CMV QS- RGQ-settet samt en effektivitetssammenligning med andre produkter. Disse dataene oppnås gjennom deltakelsen i etablerte ferdighetsprogrammer. Krysskontaminering Fravær av krysskontaminering mellom prøver for hele arbeidsflyten ble bevist av korrekt påvisning av alle kjent positive og negative prøver i vekslende posisjoner (sjakkbrettmønster) for et representerende artus QS-RGQ-system. Ytelsesegenskaper: artus CMV QS-RGQ-sett Side 9 av 10
For oppdatert lisensinformasjon og produktspesifikke ansvarsfrasigelser, se den respektive QIAGEN setthåndboken eller brukerhåndboken. QIAGEN setthåndboker og brukerhåndbøker er tilgjengelige på www.qiagen.com eller kan forespørres fra QIAGENs tekniske tjenester eller din lokale distributør. Varemerker: QIAGEN, QIAsymphony, artus, Rotor-Gene (QIAGEN Group); ATCC (American Type Culture Collection); Acrometrix (Life Technologies). Mai-12 2012 QIAGEN, alle rettigheter forbeholdt. www.qiagen.com France 01-60-920-930 The Netherlands 0800 0229592 Australia 1-800-243-800 Austria 0800/281010 Belgium 0800-79612 Canada 800-572-9613 China 021-51345678 Denmark 80-885945 Finland 0800-914416 Germany 02103-29-12000 Hong Kong 800 933 965 Ireland 1800 555 049 Italy 800 787980 Japan 03-5547-0811 Korea (South) 1544 7145 Luxembourg 8002 2076 Norway 800-18859 Singapore 65-67775366 Spain 91-630-7050 Sweden 020-790282 Switzerland 055-254-22-11 UK 01293-422-911 USA 800-426-8157 Sample & Assay Technologies