Se etter nye elektroniske etikettoppdateringer på før testen utføres.

Transkript

1 artus GBS QS-RGQ Kit Ytelsesegenskaper artus GBS QS-RGQ Kit, versjon 1, Versjonsadministrasjon Dette dokumentet er Ytelsesegenskaper for artus GBS QS-RGQ-kit, versjon 1, R1. Se etter nye elektroniske etikettoppdateringer på før testen utføres. Deteksjonsgrense Deteksjonsgrensen (LoD) ble evaluert for artus GBS QS-RGQ-kitet ved bruk av to serotyper av gruppe B-streptokokk (GBS): GBS serotype Ia ( BAA-1177) og serotype III ( 12403). Hver stamme ble serielt fortynnet i Lim Broth-vekstmedium pluss matriks (Lim-kulturer som var inokulert med vaginale/rektale penselprøver og funnet å være negative for GBS), ved bruk av 2-gangers fortynninger, og kjørt i replikater på 20 på QIAsymphony RGQ. LoD for hver stamme ble bestemt ved å plotte deteksjonsraten mot den bakterielle inngangstiteren og utføre en probit-analyse (figur 1 og 2). Deteksjonsgrensen for artus GBS QS-RGQ-kitet er 74,07 CFU/ml for GBS serotype Ia og 24,29 CFU/ml for serotype III. Dette betyr at det er en 95 % sannsynlighet for at 74,07 CFU/ml av GBS serotype Ia og 24,29 CFU/ml av GBS serotype III vil bli. Mai 2014 Sample & Assay Technologies

2 100 % Detektert LoD: 74,07 95 % CI: (40,29-181,06 CFU/ml) ,001 0,01 0, GBS serotype Ia log CFU/ml Figur 1. Probit-analyse: GBS serotype Ia. Deteksjonsgrense for artus GBS QS-RGQ-kitet LoD: 24,29 95 % CI: (16,73-64,57 CFU/ml) % Detektert , GBS serotype III log CFU/ml Figur 2. Probit-analyse: GBS serotype III. Deteksjonsgrense for artus GBS QS-RGQ-kitet. Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 2 av 20

3 Analytisk reaktivitet Den analytiske reaktiviteten for artus GBS QS-RGQ-kitet ble vurdert ved å bestemme om kitet kunne detektere en array av GBS-serotyper og kliniske isolater. Totalt 21 GBS-isolater som representerte ulike serotyper (tabell 1), ble fortynnet i Lim Broth-vekstmedium pluss matriks til ca. 2-3x LoD og testet med artus GBS QS-RGQ-kitet. ble i alle testede stammer. Tabell 1. GBS-stammer testet i analytiske reaktivitetsstudier Serotype Stamme-ID Hemolyse Ib *: BAA 1174 Hemolytisk + + V : BAA 23 Hemolytisk + + VI CDC : ABC Hemolytisk + + VII CDC: ABC Hemolytisk + + VIII CDC: ABC Hemolytisk + + IV : Hemolytisk + + Ia : BAA1138 Hemolytisk + + V : Hemolytisk + + III : BAA22 Hemolytisk + + V : Hemolytisk + + V : Hemolytisk + + Ib BEI : MNZ929 Hemolytisk + + II BEI: MNZ933 Hemolytisk + + III BEI: MNZ938 Hemolytisk + + * American Type Culture Collection. Centers for Disease Control and Prevention. BEI-ressurser. Tabellen fortsettes neste side Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 3 av 20

4 Tabell 1. Fortsatt Serotype Stamme-ID Hemolyse V CDC*: ABC Hemolytisk + + II : BAA1175 Hemolytisk + + Ib : Hemolytisk + + Ic : Hemolytisk + + Ukjent York Hosp 130 Ukjent York Hosp 144 Ukjent Evanston 2 Ikkehemolytisk Ikkehemolytisk Ikkehemolytisk * Centers for Disease Control and Prevention. American Type Culture Collection. Kryssreaktivitet og mikrobiell interferens Et panel med mikroorganismer som kan finnes i pasientprøver, ble testet for å bestemme om disse mikroorganismene interfererte med deteksjon av GBS eller var kryssreaktive med artus GBS QS- RGQ-kitet. For å vurdere interferens fra mikrober, ble GBS serotype III fortynnet i Lim Brothvekstmedium pluss matriks til en konsentrasjon på ca. 2-3x LoD. Potensielt interfererende organismer ble fortynnet i Lim Broth-vekstmedium pluss matriks. Bakterier og sopp ble fortynnet til tilnærmede arbeidskonsentrasjoner på 1,0 x 10 6 CFU/ml, og virus ble fortynnet til tilnærmede konsentrasjoner på 1,0 x 10 5 TCID50/ml eller PFU/ml Bakterie- og virusnukleinsyrer ble fortynnet til en sluttkonsentrasjon på 1 x 10 6 genomkopier/ml. Humant genomisk DNA ble fortynnet til en sluttkonsentrasjon på 1 x 10 6 genomkopier/ml. Hver potensielt interfererende organisme ble testet med artus GBS QS-RGQ-kitet ved tilstedeværelse av GBS serotype III. For å vurdere kryssreaktiviteten ble hver organisme fra panelet testet ved fravær av GBS, ved samme konsentrasjoner som beskrevet ovenfor. Ingen av de potensielt interfererende organismene kryssreagerte eller interfererte med deteksjon av GBS serotype III med artus GBS QS-RGQ-kitet. Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 4 av 20

5 Tabell 2. Panel av organismer testet for interferens og kryssreaktivitet Interferens Kryssreaktivitet Testet organisme Kilde-ID Acinetobacter baumannii * Adenovirus 40 ZMC CF Aeromonas hydrophila 7966 Bacillus cereus Bacteroides fragilis Campylobacter coli Candida albicans ZMC C. glabrata ZMC Z007 C. guilliermondii ZMC Z008 C. krusei ZMC Z009 C. parapsilosis ZMC Z011 * American Type Culture Collection. Zeptometrix Corporation. Tabellen fortsettes på neste side Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 5 av 20

6 Tabell 2. Fortsatt Interferens Kryssreaktivitet Testet organisme Kilde-ID Candida tropicalis Chlamydia trachomatis Citrobacter amalonaticus ZMC* Z012 VR C. freundii 8090 C. koseri Coxsackievirus Cytomegalovirus Echovirus Enterobacter aerogenes E. cloacae Enterococcus casseliflavus E. faecalis ZMC CF ZMC CF ZMC CF * Zeptometrix Corporation. American Type Culture Collection. Tabellen fortsettes på neste side Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 6 av 20

7 Tabell 2. Fortsatt Interferens Kryssreaktivitet Testet organisme Kilde-ID Enterococcus faecium Escherichia coli Enterovirus type 71 Herpes simplexvirus 1 Herpes simplexvirus 2 HIV HPV 11 HPV 16 HPV 18 Klebsiella pneumoniae * BAA ZMC CF VR VR- 734 ZMC CF 45151D 45113D Lactobacillus acidophilus 4356 Lactococcus lactis * American Type Culture Collection. Zeptometrix Corporation. Tabellen fortsettes på neste side Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 7 av 20

8 Tabell 2. Fortsatt Interferens Kryssreaktivitet Testet organisme Kilde-ID Listeria monocytogenes Mobiluncus mulieris BV 64-5 * D-5 Moraxella catarrhalis 8176 Mycoplasma hominis Neisseria gonorrhoeae N. meningitides Proteus mirabilis P. penneri Pseudomonas aeruginosa Rotavirus Serratia marcescens 23114D ZMC CF Streptococcus mutans Z072 ZMC Z072 * American Type Culture Collection. Zeptometrix Corporation. Tabellen fortsettes på neste side Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 8 av 20

9 Tabell 2. Fortsatt Interferens Kryssreaktivitet Testet organisme Kilde-ID Staphylococcus aureus S. epidermidis Streptococcus dysgalactiae S. mitis S.pneumoniae S.pyogenes Toxoplasma gondii Trichomonas vaginalis Ureaplasma urealyticum Vibrio parahaemolyticus Yersinia enterolitica Humant gdna * ZMC klinisk isolat ZMC CF Promega G304A * American Type Culture Collection. Zeptometrix Corporation. Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 9 av 20

10 Presisjon Presisjonen til artus GBS QS-RGQ-kitet ble vurdert ved bruk av et panel med 7 prøver, som besto av 2 serotyper av GBS: Serotype Ia ( BAA-1177) og serotype III ( 12403). Panelprøvene ble formulert i Lim Broth-vekstmedium pluss matriks med en enkel serotype til stede (Ia eller III) ved 3 konsentrasjoner; positiv (ca. 2-3x LoD), lavt positiv (1x LoD) og høyt negativ (<1x LoD). En sjuende panelprøve (negativ) ble klargjort kun ved bruk av Lim Broth-vekstmedium pluss matriks. Den data som ble oppnådd ble brukt til å bestemme gjennomsnittlig CT standardavvik (SD) og variasjonskoeffisient (%CV) for hvert mål og internkontrollen. For repeterbarhetsstudien innen laboratorium ble panelet med sju prøver testet i replikater på 3, én gang daglig i totalt 12 dager. Testingen ble utført av 2 alternerende operatører ved bruk av ett instrumentsystem (QIAsymphony RGQ) og én lot med artus GBS QS-RGQ-kitet. Tabell 3. Sammendrag av repeterbarhet innen laboratorium for artus GBS QS-RGQ-kitet GBS Serotype Panelprøve Positiv 29,87 0,32 1,08 31,19 0,53 1,71 Ia LoD 29,77 0,30 1,00 32,85 1,04 3,15 Høy negativ 29,78 0,31 1,05 35,54 0,88 2,47 Positiv 29,72 0,30 1,01 32,16 0,50 1,55 III LoD 29,82 0,27 0,90 33,35 0,82 2,45 Høy negativ 29,76 0,29 0,96 35,93 0,62 1,72 Negativ 30,09 0,25 0,84 n.a.* n.a. n.a. * n.a.: ikke relevant. Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 10 av 20

11 Reproduserbarhet mellom loter ble evaluert ved bruk av 3 ulike loter av artus GBS QS-RGQ-kitet. En enkel analyseserie ble utført for hver av de 3 lotene (i totalt 3 analyseserier) ved bruk av et enkelt instrumentsystem (QIAsymphony RGQ), av en enkel operatør. For hver analyseserie ble hver panelprøve testet i replikater på 6 (tabell 4). Tabell 4. Sammendrag av reproduserbarhet mellom loter for artus GBS QS-RGQ-kitet GBS Stamme Panelprøve Lot 1 29,50 0,42 1,41 29,88 0,27 0,90 Positiv 2 29,46 0,17 0,59 29,87 0,13 0, ,00 0,50 1,65 30,10 0,32 1,07 Samlet 29,65 0,44 1,49 29,95 0,26 0, ,44 0,20 0,69 31,30 0,46 1,46 Ia LoD 2 29,39 0,19 0,64 31,19 0,35 1, ,15 0,38 1,28 31,73 0,39 1,24 Samlet 29,66 0,44 1,48 31,41 0,44 1, ,65 0,13 0,44 n.a.* n.a. n.a. Høy negativ 2 29,46 0,33 1,13 34,00 0,51 1, ,90 0,35 1,16 36,16 n.a. n.a. Samlet 29,67 0,33 1,11 34,72 1,30 3, ,61 0,31 1,06 31,77 0,92 2,89 III Positiv 2 29,49 0,35 1,17 32,03 0,45 1, ,05 0,31 1,04 31,91 0,41 1,28 Samlet 29,72 0,39 1,33 31,90 0,61 1,90 * n.a.: ikke relevant. Tabellen fortsettes neste side Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 11 av 20

12 Tabell 4. Fortsatt GBS Stamme Panelprøve Lot 1 29,49 0,12 0,42 33,28 0,49 1,47 LoD 2 29,54 0,26 0,87 32,56 0,44 1, ,96 0,36 1,20 33,62 0,69 2,04 Samlet 29,66 0,33 1,12 33,15 0,69 2,08 III 1 29,46 0,25 0,83 35,72 0,12 0,34 Høy negativ 2 29,40 0,32 1,10 36,69 0,60 1, ,99 0,39 1,29 36,05 n.a. n.a. Samlet 29,62 0,41 1,38 36,32 0,64 1, ,79 0,27 0,89 36,01 n.a. n.a. Negativ 2 29,69 0,18 0,59 n.a.* n.a. n.a. 3 30,20 0,22 0,73 n.a. n.a. n.a. Samlet 29,90 0,31 1,04 36,01 n.a. n.a. * n.a.: ikke relevant. For å måle reproduserbarhet for instrumentet, ble panelet med 7 prøver kjørt på 3 ulike QIAsymphony RGQ-instrumentsystemer. Panelprøver ble testet i replikater på 6 av en enkelt operatør med én lot av artus GBS QS-RGQ-kitet (se tabell 5). Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 12 av 20

13 Tabell 5. Sammendrag av reproduserbarhet mellom instrumenter for artus GBS QS-RGQ-kitet GBS Stamme Panelprøve Instrument 1 29,63 0,24 0,80 30,11 0,20 0,66 Positiv 2 29,89 0,20 0,68 29,96 0,19 0, ,63 0,20 0,68 30,03 0,22 0,72 Samlet 29,72 0,24 0,80 30,04 0,20 0, ,49 0,19 0,65 31,81 0,72 2,26 Ia LoD 2 29,87 0,17 0,58 31,66 0,37 1, ,57 0,35 1,19 30,90 0,17 0,56 Samlet 29,64 0,29 0,99 31,46 0,61 1, ,66 0,36 1,22 36,37 0,01 0,02 Høy negativ 2 30,00 0,30 1,00 35,88 n.a.* n.a. 3 29,55 0,29 0,98 34,68 1,74 5,02 Samlet 29,74 0,36 1,21 35,59 1,22 3, ,83 0,20 0,67 32,55 0,31 0,95 III Positiv 2 29,93 0,37 1,23 32,77 0,55 1, ,47 0,22 0,74 31,99 0,26 0,82 Samlet 29,74 0,33 1,10 32,44 0,50 1,54 * n.a.: ikke relevant. Tabellen fortsettes neste side Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 13 av 20

14 Tabell 5. Fortsatt GBS Stamme Panelprøve Instrument 1 29,56 0,22 0,76 33,41 0,72 2,16 LoD 2 30,10 0,32 1,05 34,17 1,24 3, ,63 0,24 0,81 33,16 0,57 1,73 Samlet 29,76 0,35 1,17 33,58 0,95 2,82 III 1 29,51 0,26 0,88 36,22 0,82 2,26 Høy negativ 2 30,10 0,24 0,81 36,12 1,44 3, ,56 0,27 0,92 35,65 0,77 2,16 Samlet 29,72 0,37 1,23 36,04 1,12 3, ,07 0,16 0,53 n.a.* n.a. n.a. Negativ 2 30,95 0,48 1,54 n.a. n.a. n.a. 3 30,15 0,40 1,31 n.a. n.a. n.a. Samlet 30,39 0,54 1,77 n.a. n.a. n.a. * n.a.: ikke relevant. For å måle reproduserbarheten mellom arbeidssteder, ble panelet med 7 prøver kjørt av 2 brukere ved hvert av 3 arbeidssteder. Hver av de 2 brukerne utførte 5 analyseserier på alternerende testdager. Panelprøvene ble testet i replikater på 3, som ble randomisert og blindet for brukeren. Et enkelt QIAsymphony RGQ-instrumentsystem og én lot med artus GBS QS-RGQ-kitet ble brukt ved hvert arbeidssted for å utføre studien (tabell 6). Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 14 av 20

15 Tabell 6. Sammendrag av reproduserbarhet mellom arbeidssteder for artus GBS QS-RGQ-kitet GBS Stamme Panelprøve Arbeidssted 1 29,51 0,31 1,05 30,25 0,34 1,14 Positiv 2 29,15 0,35 1,19 30,21 0,78 2, ,47 0,27 0,90 30,30 0,28 0,94 Samlet 29,38 0,34 1,17 30,25 0,51 1, ,49 0,39 1,33 31,63 0,47 1,49 Ia LoD 2 29,21 0,41 1,39 31,40 0,93 2, ,43 0,32 1,07 31,40 0,39 1,26 Samlet 29,38 0,39 1,32 31,48 0,65 2, ,47 0,35 1,17 35,32 0,95 2,70 Høy negativ 2 29,24 0,67 2,28 34,66 0,77 2, ,51 0,37 1,26 35,39 1,41 4,00 Samlet 29,40 0,49 1,68 35,13 1,07 3, ,37 0,33 1,14 31,45 0,33 1,06 III Positiv 2 29,14 0,47 1,60 31,35 0,90 2, ,55 0,34 1,14 31,92 0,45 1,40 Samlet 29,36 0,41 1,41% 31,57 0,65 2,07 Tabellen fortsetter neste side Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 15 av 20

16 Tabell 6. Fortsatt GBS Stamme Panelprøve Arbeidssted 1 29,48 0,33 1,14 31,67 0,52 1,65 LoD 2 29,19 0,41 1,42 31,79 0,74 2, ,40 0,33 1,13 32,50 0,54 1,67 Samlet 29,36 0,38 1,29 31,99 0,70 2,20 III 1 29,38 0,35 1,20 35,29 0,82 2,33 Høy negativ 2 29,06 0,29 0,99 35,59 1,19 3, ,46 0,25 0,84 35,89 0,99 2,75 Samlet 29,30 0,34 1,17 35,57 1,03 2, ,81 0,32 1,08 36,70 0,23 0,62 Negativ 2 29,44 0,33 1,12 n.a.* n.a. n.a. 3 29,73 0,39 1,30 36,77 n.a. n.a. Samlet 29,66 0,38 1,28 36,72 0,17 0,45 * n.a.: ikke relevant. Overdraging Mindre enn 1 % overdraging (krysskontaminering) mellom prøver for hele arbeidsflyten ble påvist med korrekt deteksjon av >99 % av høyt positive og negative prøver i alternerende posisjoner. Formulerte positive og negative GBS-prøver ble klargjort i Lim Broth-vekstmedium pluss matriks. Høyt positive prøver ble formulert ved en konsentrasjon på CFU/ml. Disse prøvene ble prosessert med den fullstendige arbeidsflyten for artus GBS QS-RGQ. Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 16 av 20

17 Interfererende substanser Et panel med 34 substanser som kan finnes i pasientprøver, ble testet for å bestemme om disse substansene interfererte med ytelsen til artus GBS QS-RGQ-kitet. GBS serotype III ble brukt for denne studien og fortynnet til ca. 2-3x LoD i Lim Broth-vekstmedium pluss matriks. GBS ble individuelt tilsatt hver potensielt hemmende substans og testet med artus GBS QS-RGQ-kitet. Prøver og varemerker vises i tabell 7. Ingen av substansene viste en hemmende effekt på signalene i internkontrollen og GBS. Tabell 7. Substanser testet for mulig interferens Substans Potensielt interfererende substans Testet konsentrasjon* Aleve Naproksennatrium 0,5 mg/ml Hemorroidekrem/-gel Fenylefedrin HCL 0,25 % Fostervann Fostervann 10 % volum/volum Astringerende middel Trollhassel 50 % Bariumsulfat Bariumsulfat 12 mg/ml Kondomer Nonoksynol-9 7 % volum/volum Etanol Etanol 0,05 % volum/volum ex-lax Sennosider 0,6 % volum/volum Avføring Avføring 100 % Gaviscon Aluminiumhydroksid 42 µg/ml Bakteriedrepende såpe Triclosan 0,015 % volum/volum Humant hemoglobin Hemoglobin 0,025 mg/ml Imodium Loperamid HCL 0,8 µg/ml Isopropylalkohol Isopropylalkohol 0,05 % volum/volum Leukocytter Leukocytter 2,5 % volum/volum Meticillin Meticillin 0,5 mg/ml * Representerer fysiologisk relevante konsentrasjoner av substanser Tabellen fortsettes på neste side Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 17 av 20

18 Tabell 7. Fortsatt Substans Potensielt interfererende substans Testet konsentrasjon* Mineralolje Mineralolje 1,5 % volum/volum Våtservietter Benzalkoniumklorid 0,30 % Monistat Derm Mikonazolnitratkrem 2 % Slim Mucin 1 % volum/volum Palmitinsyre Palmitinsyre 0,025 mg/ml Pepto Bismol Vismutsubsalicylat 1 % volum/volum Deodorantspray Deodorantspray 100 % Preparation H Hydrokortison 1 % Prilosec Omeprazolmagnesium 8 µg/ml Natriumhypokloritt Natriumhypokloritt 0,05 % volum/volum Stearinsyre Stearinsyre 0,025 mg/ml Tagamet Cimetidin 80 µg /ml Tums Kalsiumkarbonat 200 µg/ml Urin Urin 10 % volum/volum Vankomycin Vankomycin 0,5 mg/ml Vaseline Vaselin 100 % Fullblod Fullblod-EDTA 5 % volum/volum Sinkoksid Sinkoksid 20 % vekt/vekt * Representerer fysiologisk relevante konsentrasjoner av substanser Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 18 av 20

19 Evaluering av diagnostisk ytelse Ytelsen til artus GBS QS-RGQ-kitet ble evaluert ved bruk av kliniske prøver fra 4 geografisk forskjellige steder i USA i Totalt 369 Lim Broth-kulturer ble evaluert, og resultatene fra artus GBS QS-RGQ-kitet ble sammenlignet med resultater som var oppnådd fra referansekultur og bidireksjonal sekvensering. Kliniske prøver ble ansett som positive hvis CT-verdier var 39,7. Med de testede kliniske prøvene viste artus GBS QS-RGQ-kitet en samlet diagnostisk følsomhet på 95 % (med en positiv prediktiv verdi på 87 %) og spesifisitet på 95 % (med en negativ prediktiv verdi på 98 %) for GBS sammenlignet med beriket kultur og bidireksjonal sekvensering (tabell 8 og 9). Tabell 8. Resultater fra den kliniske samsvarsstudien for GBS Kultur + bidireksjonal sekvensering + Samlet artus GBS QS-RGQ Kit Samlet Tabell 9. Resultater fra den kliniske samsvarsstudien for GBS 95 % CI Følsomhet 95 % % Spesifisitet 95 % % Positiv prediktiv verdi 87 % % Negativ prediktiv verdi 98 % % Utbredelse 26 % % Overensstemmelse 95 % I/R Ytelsesegenskaper: artus GBS QS-RGQ Kit side 19 av 20

20 Se den respektive håndboken eller brukerhåndboken for QIAGEN-kitet for oppdatert lisensinformasjon og produktspesifikke ansvarsfraskrivelser. Håndbøker og brukerhåndbøker for QIAGEN-kit er tilgjengelige på eller kan bestilles fra QIAGENs tekniske tjenester eller din lokale distributør. Varemerker: QIAGEN, QIAsymphony, artus, Rotor-Gene (QIAGEN Group); Aleve (Bayer HealthCare LLC); (American Type Culture Collection Corporation); ex-lax (Sandoz Pharmaceuticals Corporation); Gaviscon (Aventis Holdings Inc); Imodium (Johnson & Johnson Corporation); Preparation H (American Home Products Corporation); Prilosec (AstraZeneca AB Corporation); Tagamet, Tums (SmithKline Beecham Pharmaceuticals Co.); Vaseline (Unilever Supply Chain, Inc.). Registrerte navn, varemerker osv. som brukes i dette dokumentet, selv når de ikke er spesifikt merket som sådan, skal anses som lovbeskyttede. Mai QIAGEN, med enerett. Denmark Italy Singapore Australia Finland Japan Spain Austria France Korea (South) Sweden Belgium Germany Luxembourg Switzerland Brazil Hong Kong Mexico Taiwan Canada India The Netherlands UK China Ireland Norway USA Sample & Assay Technologies