PCR-analyser i rutinediagnostikken Pål A. Jenum

Transkript

1 PCR-analyser i rutinediagnostikken Pål A. Jenum september

2 Utvikling Antall genmolekylære analyser pr år (unntatt klamydia og gonokokker: Ca i 2015) Stipulert for hele året Totalt analysevolum VVHF 2015 Ca Bakteriologi: Blodkultur: PCR: Serologi:

3 Hva er PCR? Polymerase Chain Reaction Polymerase kjedereaksjon 3

4 Hva er PCR? Den varmestabile DNA polymerasen Taq, ble kåret til «Molecule of the year» i Science i 1989 Kary Mullis og Michael Smith Nobel prisen i kjemi 1993 for PCR 4

5 Hva er PCR? PCR-produktene etter hver syklus påvises ved bruk av spesifikk fluorecens-merket probe. Fluorescensen er proporsjonal med mengde DNA. 5

6 Hva er PCR? Max ideelt en dobling av genmengden per syklus. 40 sykler tilsvarer en økning på 2 40 = = Tusen milliarder 6

7 Hva kan PCR brukes til? Påvisning av DNA-fragmenter Påvisning av RNA-fragmenter etter revers transkribering til DNA I mikrobiologi: Påvisning av mikrober bakterier, virus, sopp, parasitter Påvisning av resistensgener Påvisning av virulensfaktorer 7

8 Hva kan PCR brukes til? Bekrefte infeksiøsitet? Påviser gener IKKE levende organismer! MEN: Oftest samsvar er genet skrudd på? OBS: IKKE egnet til å vurdere behandlingseffekt PÅ KORT SIKT! 8

9 Hva kan PCR brukes til? Påvise infeksjon med obligat patogene mikrober Forutsetninger riktig prøve riktig tatt prøve riktig forsendt prøve rask forsendelse 9

10 Luftveisinfeksjoner Eksempler Nasopharynx-, hals- TransSwab pensel Mycoplasma pneumoniae Chlamydophila pneumoniae Bordetella pertussis Legionella pneumophila Pneumocystis jirovecii Influensa A+B Parainfluensa Metapneumovirus RS-virus Adenovirus Rhinovirus Enterovirus CNS/Blemmeinfeksjoner TransSwab pensel Herpes simplex virus 1-2 Varicella-Zoster virus Enterovirus Orf virus 10

11 Genitalinfeksjoner Eksempler Spesifikk prøvepensel: Vestre Viken: Aptima Chlamydia trachomatis Urethra-, cervix- eller vaginalpensel Urin Neisseria gonorrhoeae (gonokokker) Urethra-, cervix- eller vaginalpensel Urin Mycoplasma genitalium VVHF: Kommer i Videresender foreløpig Herpes simplex virus

12 Eksempler Diaré Faeces uten tilsetning Norovirus 1-2 Virusgen Rotavirus Virusgen Adenovirus Virusgen Clostridium difficile Toxingen 12

13 Eksempler Diaré Faecal Swab Campylobacter Bakteriegen 16s rrna Salmonella Bakteriegen ttra Shigella/EIEC Virulensgen ipah EHEC Toxingener stx1, stx2, eae EPEC Virulensgener eae, EAF-plasmid ETEC Toxingener ST1a, ST1b, LT Yersinia enterocolitica Bakteriegen gyrb Giadia lamblia Parasittgen 18S RNA Cryposporidium parvum Parasittgen COWP Entamøba histolytica Parasittgen rrna 13

14 Hva kan PCR brukes til? Påvise bærerskap av resistente mikrober. Identifisere resistens hos isolerte mikrober MRSA (gule stafylokokker) MecA gen + S.aureus-gen (S442) VRE (enterokokker) Van A, Van B ESBL? NEI for mange mulige genetiske varianter ESBLCARBA JA, mulig. Færre genetiske varianter 14

15 Blodbårne infeksjoner Eksempler Bekrefte smittsomhet/aktuell infeksjon/ Vurdere behandlingseffekt IKKE primæranalyse! Kvantitative analyser EDTA-blod HIV HIV Combo-test (serum) HBV HBsAg, anti-hbc (serum) HCV Anti-HCV (serum) CMV PCR hvis positiv CMV-IgG/IgM (serum) (PCR ved oppfølging av transplanterte) EBV 15

16 Hva kan PCR ikke brukes til? Påvise infeksjon med mikrober som kan anses normalflora/kontaminert med normalflora Påvise infeksjon som kan ha mange ulike årsaker Sårinfeksjoner, abscesser Staphylococcus aureus E.coli, Klebsiella, Proteus, Enterokokker, Urinveisinfeksjoner Luftveisinfeksjoner pneumokokker Haemophilus influenzae streptokokker 16

17 Hva kan PCR ikke brukes til? Tonsillitt (dyrkning, antigen test) Borrelia-infeksjoner (klinikk, serologi) PCR-analyser finnes, men har lav diagnostisk sensitivitet - er ikke i rutinemessig bruk Syfilis (klinikk, serologi) PCR- finnes for påvisning i primærchanker. Sepsis/osteomyelitt Kan ha utallige ulike årsaker. (Dyrkning) 17

18 Sluttkommentar Genmolekylær diagnostikk har endret den medisinsk mikrobiologiske diagnostikkverdenen fundamentalt. På tross av en kraftig ekspansjon de siste år er vi sannsynligvis fortsatt bare i starten av utviklingen. Sensitivitet Spesifisitet Hurtighet MEN: Fortsatt er tradisjonell dyrkning med resistensbestemmelse og infeksjonsserologiske analyser viktige 18