Avdeling for medisinsk mikrobiologi. Årsrapport 2011

Transkript

1 Avdeling for medisinsk mikrobiologi Årsrapport

2 1. Forord... 3 Mål Avdelingens funksjoner Organisasjon Bemanning IKT Kvalitetssikring og HMS Aktivitet Seksjon for bakteriologi Seksjon for virologi og genteknologi Seksjon substrat og spesialvask / Seksjon spesialfunksjoner Seksjon for sykehushygiene Nasjonale referansefunksjoner Meticillin resistente Staphylococcus aureus Gruppe B streptokokker Francisella tularensis Adenovirus Forskning og utvikling FOU Publikasjoner Tabeller og produksjonstall Nøkkeltall Produksjonstall Infeksjonsimmunologiske undersøkelser Antall undersøkelser for virologi og genteknologi Spesielt ressurskrevende undersøkelser Funn bakteriologi, mykologi og parasittologi Blodkulturfunn (per pasient) Dyrkningsfunn i spinalvæske ESBL og MBL Patogene tarmbakterier Salmonella serotyper Funn Tb-laboratorium Parasitter Sopp Funn virus Antistoffpåvisning i tårevæske Antigenpåvisning i fæces (EIA) Viruspåvisning i cellekultur Funn vha PCR teknikk PCR- undersøkelser Funn agens i spinalvæske ved PCR Adenovirus sekvensering Picornavirus sekvensering HPV-typing ved sekvensering Hepatitt C virus genotyping Medieproduksjon Produksjon av faste dyrkingsmedier Produksjon av medier/ reagenser på flasker og rør Produksjon av medier/ reagenser/ oppløsninger

3 1. Forord Året 2011 har vært et positivt driftsår for avdelingen. Vi har blant annet bidratt positivt til å holde budsjettet og de pålagte innsparingene ved St. Olavs hospital. Alle medarbeiderne må berømmes for sin innsats i prosessen. Vi har fått en økt bevissthet angående kostnader og økonomiske vurderinger. Det er gjort en del faglige grep og prioriteringer som vi mener har økt kvaliteten på våre tjenester. Kvalitetsarbeidet har også vært i fokus i Det har vært god rekruttering til avdelingen, men strever fortsatt med å fylle overlegestillingene. Det vi ønsker særlig å trekke frem til 2011 er at avdelingen har nådd målet om akkreditering etter NS-EN ISO Videre har avdelingen gått til innkjøp av et massespektrometer (Maldi TOF) og utsåingsmaskin i bakteriologi. Faget er stadig utvikling slik at det er gjort mange forbedringsprosesser for å bedre svartider og å ha et oppdatert diagnostisk tilbud. Gjennom kvalitetsarbeidet har vi også fått økt fokus på FoU-arbeidet. Et område som vil bli særskilt fulgt opp i Mål Avdeling for medisinsk mikrobiologi (AMM) har som mål å arbeide i overensstemmelse med Strategi- og Virksomhetsplaner for St. Olavs Hospital og Laboratoriemedisinsk klinikk. Dette innebærer å oppfylle behovet for infeksjonsdiagnostikk for Sør-Trøndelag fylke, regionfunksjoner innen infeksjonsdiagnostikk for helseregionen Helse Midt-Norge og noen nasjonale oppgaver. AMM vil ivareta faglige funksjoner som epidemiologisk overvåking og infeksjonsforebyggende arbeid i sykehus og dekke det undervisningsbehovet som er avtalt med St. Olavs Hospital, NTNU og andre institusjoner. AMM vil bidra aktivt til faglig utvikling og tilbud gjennom FoU, og utføre diagnostikk, undervisning og forskning på et høyt kvalitativt nivå. Hvert år utarbeides Virksomhetsplan og Handlingsplan for AMM. De bygger på Strategi- og virksomhetsdokument for Laboratoriemedisinsk klinikk og Styringsdokument for St. Olavs Hospital. 2. Avdelingens funksjoner Avdelingen har ansvaret for all mikrobiologisk diagnostikk i Sør-Trøndelag, og har et stort repertoar innen bakteriologi, virologi, mykologi, parasittologi og infeksjonsimmunologi. En bred satsning på genteknologiske metoder har ført til en stor ekspansjon innen denne type diagnostikk, og avdelingen har etablert en rekke egenproduserte metoder for påvisning av velkjente så vel som nyoppdagede mikrober i kliniske prøver. Avdelingen har spesiell kompetanse knyttet til genanalyser av arvematerialet til bakterier og virus og har bl.a. benyttet slike undersøkelser til epidemiologiske analyser. Disse metodene står sentralt i oppklaring av sykehusinfeksjoner og utbrudd av infeksjoner utenfor sykehus. Avdelingen har ansvaret for referansefunksjonen for MRSA, GBS, Francisella tularensis og Adenovirus. Det oppleves som svært positivt for avdelingen. Gjennom årlige revisjoner av avdelingens strategi- og virksomhetsplaner tilstreber man å dekke behovet for en optimal infeksjonsdiagnostikk. Etablering og kvalitetssikring av nye diagnostiske metoder står sentralt, samt rasjonalisering og automatisering av eksisterende diagnostikk. 3

4 Intern kompetanseutvikling er viktig for å heve kvaliteten på diagnostikken. Dette ivaretas ved intern undervisning, kurs og deltakelse i faglige arrangementer både nasjonalt og internasjonalt. Et nært samarbeid med andre mikrobiologisk avdelinger er viktig for den faglige utviklingen og kompetansen sett i nasjonalt perspektiv. Avdelingen er referanselaboratorium for Helseregion IV, og mottar i tillegg prøver fra hele landet til spesielle analyser som vi er alene om å tilby. Laboratoriet har egen produksjonsenhet som forsyner eget laboratorium og laboratoriene i Helse Nord-Trøndelag og Molde Sjukehus i Helse Nordmøre og Romsdal med medier. Det er satset aktivt på informasjon til brukerne ved besøk, kursvirksomhet samt utgivelse av informasjonsskriv LAB NYTT og oppdatert informasjon på hjemmesiden ( Brukerhåndboken, årsrapporter, både for avdelingen og referansefunksjonene, er elektronisk tilgjengelig via hjemmesiden. De ansatte deltar i undervisningen av medisinske studenter, andre studenter og helsepersonell, og har et nært samarbeid med Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer ved NTNU. Det er en betydelig forskningsaktivitet ved avdelingen som bl.a. inkluderer veiledningsoppgaver for hovedfagsstudenter og doktorgradsstipendiater. 3. Organisasjon Avdelingen er organisert i Laboratoriemedisinsk klinikk, som en av fire avdelinger. Klinikksjef er Trond Jacobsen. Organisatorisk endring i 2011 er at Seksjon for sykehushygiene er flyttet til fagavdelingen sentralt på sykehuset og har skiftet navn til Seksjon for smittevern. Det regionale kompetansesenteret i smittevern, som er samlokalisert vil være operativt fra 2012 med en overlegestilling og en hygienesykepleier/spesialrådgiver. Avdelingssjef er Gilda Susan Opland. Seksjon for bakteriologi og prøvemottak (seksjonsleder Sissel Karin Eriksen) Seksjon for virologi og genteknologi (seksjonsleder Inger Johanne Haugen) Seksjon for spesialfunksjoner (seksjonsleder Sissel Frisvold Røe), tidligere seksjon for substrat og spesialvask. I 2011 ble den utvidet til også å inneholde laboratoriedelen av smittevern med en spesialbioingeniør, samt referansefunksjonen for MRSA og GBS. 4. Bemanning Avdelingssjef Gilda S. Opland Kvalitetskoordinator 1 Overlege 6,2 (hvorav 1 i hovedstilling,1 i bistilling og 1 50% kombinert stilling ved NTNU) Assistentlege 4 Seksjonsleder 3 Spesialbioingeniør 4 Fagansvarlig bioingeniør 14,2 Bioingeniør 30 Fagansvarlig laboratorieingeniør 2 Laboratorieingeniør 2,5 Ingeniør 1 4

5 Tekniker 2,5 Assistent 4,5 Renholdsoperatører 2 5. IKT Dagens laboratoriedatasystem NSML (Non-stop mikrolab; Tieto) har vært i bruk siden 1990 og skal på sikt erstattes med et mer moderne system som kan håndtere flest mulige prosesser elektronisk. I en mellomfase er det vedtatt at det skal innføres et eget datasystem for infeksjonsimmunologiske undersøkelser (NSL), mens man beholder NSML for øvrige mikrobiologiske undersøkelser. Felles prøvemottak tar seg av all registrering av mottatt prøver. Mottak, registrering og svarrapportering skal gå via en felles overbyggingsmodul (ROS (Rekvirering og Svar)), (Tieto) som skal kommunisere med alle de fagspesifikke laboratoriedatasystemene. Avdelingen benytter programmet WHONET, et program utviklet av John Stelling/WHO. Programmet setter sammen fagdata slik at man får en god oversikt over insidens, prevalens og clusters i forhold til ulike mikrober, resistens m.m. Som rapportverktøy benyttes Crystal Reports. 6. Kvalitetssikring og HMS Avdelingens HMS/kvalitetsgruppe er aktiv, og har hatt.møter i Gruppen er bredt sammensatt med representanter fra alle yrkesgrupper og alle seksjoner. Avdelingen gjennomfører årlig HMS-runde med alle ansatte. Det jobbes med seksjonsvise tiltaksplaner gjennom hele året. Verneombudet har en aktiv rolle i avdelingen og møter ledelsen formelt og uformelt Kvalitet som har hatt stort fokus også i Dokumentasjon i forbindelse med CE-merking av in-house PCR metode for Chlamydia trachomatis er fulgt opp og avdelingen er fra sommeren 2011 akkreditert etter NS-EN ISO EQS er St. Olavs Hospitals elektroniske kvalitetsstyringssystem. Dokumentstyring og avvikshåndtering styres av systemet. Avdelingen er gjenstand for både eksterne og interne systemrevisjoner. Dette sikrer kontroll av kvalitetssystemet. Trender i avvikene gir ledelsen nyttig informasjon om forbedringer som kan iverksettes. Ledelsens gjennomgang er et annet verktøy som benyttes for hele tiden å sikre og forbedre kvaliteten på utført arbeid. Kompetanseheving av ansatte gjøres kontinuerlig. Utadrettet virksomhet og kommunikasjon med rekvirentene er viktig. I den anledningen ble det satt i gang et prosjekt på klinikknivå som vil gi stor gevinst både for rekvirenten og avdelingen. Nytt mikrosystem, bedre brukerhåndbok og oppdatert hjemmeside skal være et ledd i denne kommunikasjonen. Avdelingen deltar i nasjonale og internasjonale systemer for ekstern kvalitetskontroll. 7. Aktivitet 5

6 7.1 Seksjon for bakteriologi Seksjon for bakteriologi har 24,6 bioingeniørstillinger og 1 seksjonsleder. Seksjonen består av følgende fagområder: Resistensbestemmelse / sekundært prøvemottak m/utsåing og fordeling av prøver. Generell bakteriologi. Anaerob dyrkning / blodkulturer. Urin/urogenital. Tarmpatogene bakterier / parasitter. Mykologi. Mykobakterier. Hvert fagområde blir ledet av bioingeniør II med fagansvar. Som de senere år har vi spesiell fokus på diagnostikk ved ortopediske infeksjoner, anaerob diagnostikk, soppdyrkning og fæcesdiagnostikk. Enkelte av våre bioingeniører og leger deltar i undervisning av studenter ved Høgskolen i Sør- Trøndelag, og vi har også studenter til automasjonspraksis derfra. Også dette året har vi hatt flere grupper av bioingeniørstudenter som har gjennomført sin avsluttende bacheloroppgave hos oss. Vi samarbeider også med NTNU når det gjelder oppgaver til mastergradsstudenter. I 2011 har vi deltatt i følgende forskningsprosjekter: Luftveisprosjektet, Intense-studien, har levert prøver til en hjerneabscess-studie ved Haukeland Universitetssykehus, og har selv tatt initiativ til et prosjekt innen resistenstesting og genotyping av Francisella tularensis i samarbeid med Veterinærinstituttet. I tillegg deltar avdelingen i NORM. Avdelingen deltar i en rekke eksterne ringtester, både fra UKNeqas og Folkehelseinstituttet. Avdelingen ble i 2011 akkreditert for en rekke ulike analyser innen bakteriologi etter omfattende arbeid med etablering og oppdatering av prosedyrer. I løpet av året har avdelingen forberedt omlegging av urindiagnostikken i henhold til metodikk anbefalt i Strategimøte Ny metode vil bli tatt i bruk i januar Utstyr for MALDI-TOF massespektrometri ble anskaffet, og det ble gjennomført en omfattende validering av instrument og bruk i løpet av høsten. Søknad om akkreditering av metoden for bruk i rutinediagnostikk ble sendt like før jul. Kravsspesifikasjon for automatisk utsåingsmaskin for bakteriologisk prøver ble utarbeidet og anbud ble sendt ut høsten Seksjon for virologi og genteknologi Seksjonen har i 2011 bestått av 23,4 bioingeniørstillinger, hvorav 1 seksjonsleder, 2 spesialbioingeniører og til sammen 7 bioingeniører med fagansvar. På grunn av stort arbeidspress har vi leid inn 2 ekstra bioingeniørstillinger fra sommeren I tillegg har vi 1 stilling knyttet til luftveisprosjektet. 6

7 Det utføres et bredt spekter av PCR-analyser for både bakterier og virus. De fleste analysene er basert på egenproduserte (in-house) real-time PCR metoder. Genotyping av virus og identifikasjon av enkelte bakterier utføres i alt vesentlig med sekvensering av oppformerte genprodukter. I tillegg utføres dykning av virus i cellekulturer samt påvisning av virus med immunologiske metoder (ELISA og IF). Diagnostikk av luftveisinfeksjoner er et satsningsområde. Funn av luftveisagens legges ut på hjemmesiden ukentlig. I 2011 har vi hatt en kraftig økning i antall analyser utført, mest innen serologi og PCR. Mye av dette skyldes en epidemi med Mycoplasma pneumoniae som har pågått over flere måneder. I tillegg har vi hatt uvanlig mange funn av Francisella tularensis. Flere grupper av bioingeniørstudenter har fått sin automasjonspraksis ved seksjonen og 2 grupper har gjennomført sin avsluttende bacheloroppgave hos oss. Seksjonen bidrar i flere FOU-prosjekter. Se egen rapport. Avdelingen ble akkreditert i Kvalitetsarbeidet har krevd mye ressurser. Avdelingen arbeider kontinuerlig med å vedlikeholde og bygge opp kompetansen blant de ansatte. Ansatte har deltatt på ulike brukermøter, kurs og kongresser. 7.3 Seksjon substrat og spesialvask / Seksjon spesialfunksjoner Seksjonen fungerer godt i det nye Laboratoriesenter, og ansatte trives i lyse og romsligere arealer med utsikt til trivelige omgivelser. Flere tekniske detaljer har kommet på plass i løpet av året. Første oktober ble seksjonen tilknyttet nye fagområder og endret navn til Seksjon spesialfunksjoner. Seksjon har pr tilknyttet 22 personer med forskjellige oppgaver og faglig bakgrunn. Seksjon spesialfunksjoner består av tidligere Seksjon substrat og spesialvask og bioingeniører fra tidligere Seksjon sykehushygiene. Seksjonen består av et produksjonslaboratorium, en vaskeenhet, en pakkeenhet, to nasjonale referansefunksjoner og en smittevernfunksjon. Produksjonslaboratoriet produserer faste og flytende dyrkningsmedier, reagenser og buffere. Snaut 70 % av medieproduksjonen ble brukt innen avdelingen til rutineanalyser og til forskning, inkludert NTNUs mikrobiologiske forskningslaboratorium. Resten av produksjonen ble solgt til eksterne kunder. De største kundene var HiST ved Bioingeniørutdanningen, Helse Nord-Trøndelag ved Sykehuset Levanger og Helse Møre og Romsdal ved Molde Sjukehus. Private institusjoner kjøpte også medier. Av dem var SINTEF den største kunden. Vaskeenheten desinfiserer og rengjør laboratorieutstyr for både St. Olavs og NTNUs laboratorier i Laboratoriesenteret. Samarbeidet med de andre laboratorieavdelingene og NTNUs institutter i Laboratoriesenteret fungerer veldig bra. Pakkeenheten pakker og steriliserer utstyr for bruk på laboratoriene, og har ansvar for forsendelse av pakker og prøver til andre laboratorier og samarbeidspartnere. Nasjonal referansefunksjon for MRSA (Meticillinresistent Staphylococcus aureus) ble etablert ved avdelingen 1. januar Den ivaretar en stammebank av MRSA og inneholder 7

8 tilnærmet alle nypåviste MRSA isolater i Norge etter 1. januar Funksjonen leverer egen årsrapport. Nasjonal referansefunksjon for GBS (gruppe B streptokokker, Streptococcus agalactiae) har hatt funksjonen offisielt siden 2006, etter å ha utført typing av GBS på kollegial basis siden begynnelsen av 1990-tallet. Referansefunksjonen mottar tilnærmet like mange stammer som tilfeller meldt til MSIS. Funksjonen leverer egen årsrapport. Smittevernfunksjonen har et tett samarbeid med sykehusets smittevernseksjon og har ansvar for å analysere prøver i forbindelse med utbrudd og epidemier og deltar i infeksjonsovervåking og mikrobiologisk kontroll av luft i operasjonsrom. Funksjonen leverer egen årsrapport sammen med sykehusets smittevernseksjon. Aktiviteten i året som har gått har som de siste årene vært preget av stram økonomi, men bra utstyr har gjort at rutineproduksjonen har gått bra, til tross for en del utstyrsproblemer. Seksjonen jobber videre med utvikling og utprøving av nye dyrkningsmedier. Stammebanken som brukes til dyrkningskontroller har blitt ytterligere utvidet med sertifiserte kontrollstammer. Bredden i varespekteret øker stadig og er nå på over 200 ulike produkter. Alle produkter som skal CE-merkes er registrert i Helsedirektoratets utstyrsregister. Seksjonen substrat og spesialvask var sertifisert etter NS-EN ISO 9001:2008. Hele avdelingen ble i august akkreditert etter NS-EN ISO 15189, og seksjonen er en del av den akkrediteringen. Seksjonen har bra resultat med hensyn til måloppnåelse. Dette året har det vært noe endring i personalgruppen med flere nyansettelser og vikarer pga naturlig avgang og litt stort sykefravær. Personalet har vist stor innsatsvilje, og arbeidet har blitt utført til alles tilfredshet. Stresset arbeidssituasjon har ikke ført til større avvik. Seksjonen jobber stadig med tilrettelegging for at ansatte skal stå lengst mulig i jobb. Flere ansatte har redusert stillingsandel på grunn av små barn eller delvis AFP. Noen har hatt glede av sykehusets seniorpolitiske tiltak. Ansatte har deltatt på relevante interne og eksterne kurs og konferanser. 7.4 Seksjon for smittevern Seksjonen er fra oktober 2011 organisert under Fagavdelingen ved St. Olavs Hospital Se egen rapport 7.5 Nasjonale referansefunksjoner Meticillin resistente Staphylococcus aureus Se egen rapport Gruppe B streptokokker Se egen rapport Francisella tularensis Se egen rapport 8

9 7.5.4 Adenovirus Se egen rapport 7.6 Forskning og utvikling FOU Publikasjoner 2010 Artikler i peer-review tidsskrifter Kongress/konferanse-presentasjoner med abstracts 9

10 8. Tabeller og produksjonstall 8.1 Nøkkeltall Produksjonstall Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total Endring Bakteriologi % Parasittologi % Infeksjonsimmunologi % Virologi % Mycologi % Genteknologi % Annet % Sykehushygiene % Total % 10

11 8.1.2 Infeksjonsimmunologiske undersøkelser Analyse Totalt Analyse Totalt Alt. HBVcore total 156 Herpes simpex virus IgM Alt. HBVs antigen 48 Herpes simpex virus2 IgG 1 Anti-Dnase B 710 Herpes simplex virus IgG Antistreptolysin titer 816 Herpes simplex virus1 IgG 1 B. pertussis Heterofile antistoff 64 Borrelia IgG HIV 1+2 ag/as Borrelia IgG Blot 146 HIV Western Blot as 90 Borrelia IgM Morbilli IgG 94 Borrelia IgM Blot 348 Morbilli IgM 94 Borrelia-index 38 Mycoplasma IgG Chlamydophila pneumoniaeigg Mycoplasma IgM Chlamydophila pneumoniaeigm Parotitt IgG 130 Cytomegalovirus IgG Parotitt IgM 130 Cytomegalovirus IgM Parvovirus B19 IgG 638 Dengue Antigen 56 Parvovirus B19 IgM 638 Dengue IgG 56 Pertussis FHA IgA Dengue IgM 56 Pertussis FHA IgG EBNA IgG 1 Pertussis PT IgA EBV VCA IgG Pertussis PT IgG EBV VCA IgM Puumala/Hantavirus 137 F.tularensis agglutinasjon Quantiferon TB F.tularensis IgG RPR (Syfilis) 250 F.tularensis IgM Rubella IgG Helicobacter pylori IgG Rubella IgM 79 Hepatitt A antistoff total Salmonella paratyphi O as 32 Hepatitt A IgM 336 Salmonella typhi O as 32 Hepatitt Bcore antistoff total Syfilis total antistoff Hepatitt Be antigen 334 Toxo antistoff total Hepatitt Be antistoff 382 Toxo IgG DA 277 Hepatitt Bs ag konfirmasj 100 Toxo IgM ISAGA 275 Hepatitt Bs antigen TPPA (Syfilis) 250 Hepatitt Bs antistoff Varicella z. virus IgM Hepatitt C antistoff Varicella z. virus IgG Hepatitt C RIBA 229 Yersinia as agglutinasjon 393 Totalt

12 8.1.3 Antall undersøkelser for virologi og genteknologi Direkte antigenpåvisning, fæces, EIA Antistoff i tårevæske Virusdyrkning Chlamydia trach. PCR PCR u/chlamydia tr Sekvenseringer Spesielt ressurskrevende undersøkelser Tb, dir. mikroskopi Parasitt mikroskopi HIV 1 Western blot HCV konfirmasjonstest (RIBA) Sekvenseringer Pulsfelt gelelektroforese 30 0 CMV kvantitativ PCR EBV kvantitativ PCR Hepatitt B kvantitativ PCR Hepatitt C kvantitativ PCR HIV kvantitativ PCR Virusdyrkning

13 8.2 Funn bakteriologi, mykologi og parasittologi Blodkulturfunn (per pasient) Achromobacter xylosoxidans 1 Gram positive staver 1 Acinetobacter baumanii 2 Granulicatella adiacens 1 Acinetobacter species 1 Haemophilus influenzae 4 Actinobaculum schaalii 2 Hafnia alvei 1 Actinomyces 1 Klebsiella oxytoca 16 Aerococcus species 1 Klebsiella pneumoniae 20 Aerococcus urinae 1 Klebsiella pneumoniae ssp pneumon. 13 Aerococcus viridans 2 Lactobacillus species 1 Alfahemolytiske streptokokker 6 Listeria monocytogenes 3 Anaerobe diftroider 1 Micrococcus species 2 Anaerobe gram neg. staver 2 Micromonas micros 1 Anaerobe gram pos. staver 1 Moraxella catarrhalis (branhamella) 1 Bacillus cereus 3 Moraxella nonliquefaciens 1 Bacillus circulans 1 Moraxella species 2 Bacillus species 2 Muggsopp 1 Bacteroides capillosus 1 Neisseria meningitidis 1 Bacteroides eggerthii 1 Nonhemolytiske streptokokker 1 Bacteroides fragilis 4 Paenibacillus species 1 Bacteroides merdae 1 Pantoea species 1 Bacteroides ovatus 1 Peptinophilus asaccharolyticus 1 Bacteroides species 1 Peptostreptococcus asaccharolyticus/indlicus 1 Bacteroides thetaiotaomicron 3 Prevotella buccae 1 Betahemol.streptokokker gr.g 1 Prevotella oralis 2 (str.dys.equisimilis) Betahemolytiske streptokokker gr. A 15 Prevotella species 1 Betahemolytiske streptokokker gr. B 12 Propionibacterium acnes 3 Betahemolytiske streptokokker gr. C 1 Proteus mirabilis 10 Betahemolytiske streptokokker gr. G 1 Proteus vulgaris 1 Candida albicans 13 Providencia rettgeri 1 Candida dubliniensis 1 Pseudomonas aeruginosa 14 Candida glabrata 2 Pseudomonas stutzeri 1 Candida parapsilosis 3 Raoultella ornithinolytica 1 Candida species 1 Raoultella terrigena 2 Candida tropicalis 2 Rothia mucilaginosa (Stomatococcus 1 mucilaginosus) Capnocytophaga canimorsus (df2) 1 Salmonella schwarzengrund 1 Capnocytophaga species 1 Salmonella typhi 1 Capnocytophaga sputigena 1 Serratia marcescens 5 Citrobacter freundii 3 Serratia species 1 Citrobacter species 1 Staph. koagulase neg. (hvite staph.) 187 Clostridium difficile 1 Staphylococcus aureus 92 Clostridium perfringens 3 Staphylococcus capitis 8 Clostridium sordellii 1 Staphylococcus epidermidis 29 Clostridium species 3 Staphylococcus haemolyticus 2 Coliforme staver 1 Staphylococcus hominis 5 Comamonas species 1 Staphylococcus lugdunensis 1 Comamonas testosteroni 1 Staphylococcus simulans 1 Corynebacterium j.k. 1 Staphylococcus warneri 1 Difteroide staver 16 Stenotrophomonas maltophilia 1 13

14 Eggerthella lenta 1 Streptococcus anginosus (milleri) 8 Enterobacter aerogenes 3 Streptococcus bovis 2 Enterobacter cloacae 21 Streptococcus constellatus 4 Enterococcus casseliflavus 1 Streptococcus dys.dysgalactiae 3 Enterococcus durans 1 Streptococcus dysgalactiae equisimilis 7 Enterococcus faecalis 39 Streptococcus gordonii 1 Enterococcus faecium 17 Streptococcus mitis 5 Enterococcus gallinarium 2 Streptococcus mutans 1 Enterococcus hirae 1 Streptococcus oralis 3 Escherichia coli 215 Streptococcus pneumoniae 52 Eubacterium lentum 3 Streptococcus pyogenes 10 Francisella tularensis 3 Streptococcus salivarius 4 Fusobacterium necrophorum 1 Streptococcus sanguis 6 Fusobacterium nucleatum 5 Streptococcus species 1 Gemella morbillorum 1 Veillonella species (gram neg kokk) 2 Globi.sanquinis 1 Total Dyrkningsfunn i spinalvæske 2011 Alfahemolytiske streptokokker 2 Betahemolytiske streptokokker gr. A 1 Betahemolytiske streptokokker gr. B 1 Enterobacter cloacae 1 Escherichia coli 1 Gjærsopp 1 Gram positive staver 1 Haemophilus influenzae 2 Listeria monocytogenes 1 Neisseria meningitidis 2 Neisseria meningitidis gruppe B 1 Neisseria species 1 Nonhemolytiske streptokokker 1 Propionibacterium acnes 1 Staph. koagulase neg. (hvite staph.) 3 Staphylococcus aureus 2 Staphylococcus chromogenes 1 Staphylococcus epidermidis 6 Staphylococcus hominis 1 Staphylococcus lugdunensis 1 Streptococcus anginosus (milleri) 2 Streptococcus pneumoniae 4 Syrefaste staver 1 14

15 8.2.3 ESBL og MBL Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total ESBL MBL Total Patogene tarmbakterier 2011 Aeromonas caviae 2 Aeromonas hydrophila 4 Aeromonas sobria 1 Aeromonas species 3 Campylobacter jejuni 187 Campylobacter species 9 Plesiomonas shigelloides 1 Shigella boydii 1 Shigella flexnerii 4 Shigella sonnei 6 Shigella species 1 Yersinia enterocolitica 2 Yersinia frederiksenii 2 Totalt Salmonella serotyper 2011 Salmonella agona 2 Salmonella bareilly 1 Salmonella braenderup 1 Salmonella eastbourne 1 Salmonella enterica 3 Salmonella enteritidis 27 Salmonella kottbus 1 Salmonella panama 1 Salmonella paratyphi B 3 Salmonella senftenberg 1 Salmonella species 38 Salmonella stanley 2 Salmonella typhi 1 Salmonella typhimurium 14 Salmonella virchow 1 Salmonella weltevreden 1 Total 98 15

16 8.2.6 Funn Tb-laboratorium 2011 Mycobacterium abscessus 2 Mycobacterium avium 3 Mycobacterium avium komplekset 4 Mycobacterium bovis 1 Mycobacterium chelonae 1 Mycobacterium gordonae 7 Mycobacterium intracellulare 2 Mycobacterium mucogenicum 1 Mycobacterium simiae 2 Mycobacterium tuberculosis 25 Sum Parasitter 2011 Ancylostoma duodenale (hakeorm) egg 1 Apatogene amøbecyster 44 Ascaris lumbricoides egg 1 Blastocystis hominis 1 Cryptosporidium 4 Cyclospora cayetanensis 1 Diphyllobothrium latum egg 1 Entamoeba coli cyster 1 Entamoeba histolytica/dispar 8 Giardia lamblia cyster 36 Hymenolepis nana egg 8 Isospora belli 1 Plasmodium falciparum 2 Plasmodium vivax 1 Pneumocystis jiroveci 3 Schistosoma haematobium 1 Schistosoma mansoni 4 Schistosoma species 1 Taenia species egg 2 Trichomonas vaginalis 2 Trichuris trichiura egg 4 Total

17 8.2.8 Sopp Aspergillus candidus 1 Dermatofytter 1 Aspergillus flavus 13 Epidermophyton floccosum 4 Aspergillus fumigatus 34 Exophiala species 1 Aspergillus glaucus 1 Fusarium oxysporum 3 Aspergillus niger 16 Fusarium species 11 Aspergillus species 11 Fusobacterium species 1 Aspergillus terreus 2 Geotricum species 7 Aspergillus versicolor 1 Gjærsopp 2 Aureobasidium pullulans 1 Malassezia furfur (pityrosporum orb) 15 Candida albicans 1949 Malassezia furfur (pityrosporum ovale) 12 Candida dubliniensis 58 Malassezia species 97 Candida famata (torulopsis candida) 6 Microsporum audouinii 3 Candida glabrata 125 Microsporum canis 1 Candida guilliermondii 5 Microsporum species 1 Candida inconspicua 2 Muggsopp 1 Candida kefyr (pseudotropicalis) 4 Neosartorya pseudofisheri 1 Candida krusei 16 Paecilomyces species 1 Candida lambica 2 Penicillium species 66 Candida lipolytica 4 Rhodotorula species 4 Candida lusitaniae 4 Saccharomyces cerevisiae 47 Candida parapsilosis 98 Scopulariopsis brevicaulis 10 Candida pelliculosa 1 Trichoderma species 1 Candida pulcherrima 2 Trichophyton mentagrophytes 13 Candida rugosa 1 Trichophyton rubrum 246 Candida sake 1 Trichophyton species 17 Candida species 6 Trichophyton violaceum 9 Candida tropicalis 33 Trichosporon mucoides 1 Total

18 8.3 Funn virus Antistoffpåvisning i tårevæske Herpes simplex virus Antigenpåvisning i fæces (EIA) Adenovirus Astrovirus 16 8 Rotavirus Total Viruspåvisning i cellekultur Adenovirus Cytomegalovirus Enterovirus - (ikke poliovirus) Herpes simplex virus Herpes simplex virus type Herpes simplex virus type Humant metapneumovirus 7 19 Influensavirus Parainfluensavirus Parainfluensavirus type Parainfluensavirus type Parainfluensavirus type Parainfluensavirus type Parechovirus 3 4 Picornavirus 0 8 Respiratorisk syncytialt virus Rhinovirus Varicella/zoster virus 0 5 Total

19 8.4 Funn vha PCR teknikk PCR- undersøkelser S ribosomalt DNA PCR direkte Adenovirus - PCR: Bartonella henselae - PCR: Bordetella parapertussis - PCR Bordetella pertussis - PCR: Chlamydia Tr. PCR - retest : Chlamydia Trachomatis - PCR : Chlamydophila pneumoniae- PCR: Chlamydophila psittaci - PCR : Coronavirus - PCR : Coronavirus HKU1 - PCR : Cytomegalovirus - PCR : Eksfoliativt toxin (A/B) PCR: Enterohemor. E.coli (EHEC)PCR: Enteroinv. E.coli/Shigella PCR Enterotoxinprod. E.coli - PCR Enterovirus - PCR : Enterovirus-PCR Epstein-Barr virus PCR: Francisella tul.tularensis PCR Francisella tularensis PCR Gruppe B streptokokker - PCR Helicobacter pylori PCR Herpes simplex virus - PCR : Human papillomav-pcr konsensus Humant bocavirus PCR: Humant Herpesvirus 6 - PCR : Humant Herpesvirus 6A - PCR : Humant Herpesvirus 6B - PCR : Humant Herpesvirus 7 - PCR : Humant Herpesvirus 8 - PCR : Influensa A virus PCR : Influensa A(H1N1)pdm09 PCR: Influensa B virus PCR : Intimin-gen (eae) PCR: Kvantitativ CMV-PCR : Kvantitativ EBV-PCR : Legionella pneumophila PCR : Listeria monocytogenes PCR : Ljunganvirus - PCR : mec A-gen: Met.res.Staph.aureus PCR Metapneumovirus - PCR : Morbilli - PCR: Mycobacterium PCR:

20 Mycobacterium tuberculosis PCR Mycoplasma genitalium PCR : Mycoplasma pneumoniae PCR : N. meningitidis serogruppe PCR Neisseria Meningitidis PCR Neisseria Meningitidis PCR : Norovirus PCR : nuc-gen: Orfvirus - PCR: Pan-enterovirus-rhinovirus PCR Parainfluensavirus PCR: Parainfluensavirus type 4 PCR: Parechovirus - PCR : Parotittvirus - PCR: Parvovirus B19 - PCR : Picornavirus, sekvensering : Pneumocystis jiroveci PCR: Pneumolysin PCR Pneumolysin PCR : P-valentine Leucocidin PCR: Resp.syncitialt(RS)-virus PCR: Rhinovirus - PCR : Shigatoksin-gen stx1 PCR: Shigatoksin-gen stx2 PCR: Staphylococcus PCR: Tropheryma Whipplei PCR : Ureaplasma urealyticum PCR : Vancomycin res.(van A ) PCR: Vancomycin res.(van B ) PCR: Vancomycin res.(van C1) PCR: Vancomycin res.(van C2) PCR: Varicella Zoster virus - PCR : Varmelabilt enterotoksin PCR: Varmestabilt enterotoksin PCR: Total

21 8.4.2 Funn agens i spinalvæske ved PCR Enterovirus - PCR : 5 27 Epstein-Barr virus PCR: 4 6 Gruppe B streptokokker - PCR 1 1 Herpes simplex virus - PCR : 9 7 Humant Herpesvirus 6 - PCR : 3 0 Listeria monocytogenes PCR : 0 1 Mycobacterium PCR: 0 1 Mycobacterium tuberculosis PCR 0 1 N. meningitidis serogruppe PCR 0 1 Neisseria Meningitidis PCR 0 1 Neisseria Meningitidis PCR : 1 2 Pan-enterovirus-rhinovirus PCR 0 2 Parechovirus - PCR : 1 10 Pneumolysin PCR : 3 4 Tropheryma Whipplei PCR : 0 2 Varicella Zoster virus - PCR : 6 6 Total Adenovirus sekvensering Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Adenovirus type Total

22 8.4.4 Picornavirus sekvensering Antwerp rhinovirus 98/ Coxsackie A virus type Coxsackie A virus type Coxsackie A virus type Coxsackie A virus A type Coxsackie B virus type Coxsackie B virus type Coxsackie B virus type Coxsackie B virus type Echovirus 0 3 Echovirus type Echovirus type Echovirus type Echovirus. Echovirus 9 mulig. 0 1 Echovirus type 9, 15, 24 mulig. 0 2 Echovirus type Echovirus type Echovirus type Echovirus type Enterovirus species B 1 0 Enterovirus species C 1 0 Enterovirus type Enterovirus type Rhinovirus species 1 0 Rhinovirus gruppe A 0 4 Rhinovirus gruppe C 15 3 Rhinovirus NH Rhinovirus NH Rhinovirus NH Rhinovirus type Rhinovirus type Rhinovirus type Rhinovirus type Rhinovirus type Rhinovirus type Rhinovirus type Rhinovirus type Rhinovirus type Rhinovirus type Total

23 8.4.5 HPV-typing ved sekvensering HPV - ikke onkogen type. 0 1 Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Humant papillomavirus type Total Hepatitt C virus genotyping Hepatitt C virus genotype Hepatitt C virus genotype Hepatitt C virus genotype Hepatitt C virus genotype Hepatitt C virus genotype Total

24 8.5 Medieproduksjon Produksjon av faste dyrkingsmedier Dyrkningsmedium Antall skåler 2010 Antall skåler 2011 Blod-agar MacConkey-agar FA-agar Resistens-agar Sjokolade-agar MNYC-agar Saboraud-agar SSI-agar Andre Sum Produksjon av medier/ reagenser på flasker og rør Medium/reagens Antall flasker og rør 2010 Antall flasker og rør 2011 Stuart transportmedium Cary Blair Virus transportmedium Løwenstein Jensen medium Saltvanns- og PBSrør GBS-buljong Anaerob-buljong Andre Sum = Produksjon av medier/ reagenser/ oppløsninger Tot.prod volum Liter 2010 Liter 2011 Sum =