Mikrobiologisk avdeling

Transkript

1 Mikrobiologisk avdeling ÅRSRAPPORT 2012

2 Mikrobiologisk avdeling, Sykehuset i Vestfold HF (SiV- HF), har som mål å dekke behovet for mikrobiologisk service for befolkningen i eget sykehusområde, samt å gi råd og veiledning i bruk av tjenestene. Avdelingens visjon er: Mikrobiologisk avdeling, et ledende laboratorium innen service, kvalitet og kompetanse. Virksomheten består hovedsaklig av pasientrettet diagnostikk av bakterie-, parasitt-, sopp- og virusinfeksjoner. Prøver mottas fra primærhelsetjenesten samt fra spesialisthelsetjenesten i og utenfor sykehus. Avdelingen er organisert i Klinikk Medisinsk Diagnostikk (KMD). Foruten Mikrobiologisk avdeling omfatter klinikken Sentrallaboratoriet, Avdeling for Patologi, Radiologisk avdeling samt Prestetjenesten. Fra ble også Fysioterapiavdelingen en del av klinikken. Mikrobiologiske Mikrobiologiske % øking fra undersøkelser 2012 undersøkelser Totalt antall: Totalt antall: ,9 % Bakteriologi: Bakteriologi: ,2 % Infeksjonsimmunologi: Infeksjonsimmunologi: ,3 % Genteknologi: Genteknologi: ,6 % Tabellen viser total økning av antall analyser fra , størst økning hadde genteknologisk enhet forårsaket av Mycoplasma pneumoniae utbruddet. Organisering Avdelingen ledes av avdelingssjef sammen med to seksjonsledere som har ansvaret for hver sin seksjon; fagseksjon og laboratorieseksjon. Kvalitetskoordinator og IKT-koordinator er organisert i stab til avdelingssjef. Det ble ikke gjennomført noen organisatoriske endringer i Avdelingen ble tilført en ny overlegestilling i forbindelse med øking av antall analyser i forhold til HSØ-avtalen. Stillingen var vakant i Avdelingen utarbeidet i 2012 visjon og måldokument. Bemanning pr Avdelingssjef Bodil T. Ruud Kvalitetskoordinator Hilde Kaasa IKT-koordinator Liv Brown Seksjonsleder fag Avdelingsoverlege Nils Grude Seksjonsleder lab. Wenche Håkegård Årsverk 47,8 Avdelingssjef 1 Avdelingsoverlege 1 Seksjonsleder 1 Kvalitetskoordinator 1 IKT-koordinator 1,5 Overlege 3 Lege i spesialisering (gr. 2) 2 Genteknolog (Dr.scient) 1 Bioingeniør 28 Lab.assistent 3 Helsesekretær 5,3 Råd og utvalg * Avdelingssjef Bodil T. Ruud er medlem av RUFMIK (Rådgivende utvalg for mikrobiologi)bfi-nito * Kvalitetskoordinator Hilde Kaasa er medlem i RUFKA (Rådgivende utvalg for kvalitetsutvikling og akkreditering)bfi-nito. * Overlege Dagfinn Skaare er vitenskaplig sekretær i NordicAST og leder i AFA (Arbeidsgruppen for antibiotikaspørsmål). * Avdelingsoverlege Nils Grude er medlem i Spesialitetskomiteen i medisinsk mikrobiologi og faglig rådgiver for ASP(Antibiotikasenteret for primærmedisin), UiO. Han er også med i forskningsutvalget ved SiV. * Konstituert overlege Øystein Haarklau Johansen sitter i styret for NFMM(Norsk forening for medisinsk mikrobiologi) Kontakt med brukere, utdanning og kursvirksomhet Det er et utstrakt samarbeid mellom avdelingens leger og de kliniske avdelinger når det gjelder diagnostikk og rådgiving om pasientbehandling. Faste samarbeidsmøter er etablert med barneleger, infeksjonsmedisinere og leger på intensivavdelingen. Avdelingens leger har også nær kontakt med allmennpraktikere via telefon og møter for generell informasjon om våre tjenester samt rådgivning i behandling av den enkelte pasient. Overbioingeniør Toril Svendsen har utadrettet kontakt med interne og eksterne rekvirenter når det gjelder veiledning i prøvetaking og forsendelse av mikrobiologiske prøver. 2

3 Avdelingen har ukentlig internundervisning med aktuelle faglige tema. Personalet har deltatt på diverse kurs, kongresser og faglige møter gjennom året. Forskningsprosjekter * Kromosomal betalaktamresistens og klonalitet hos Haemophilus influenzae. Del av Ph.d-studium ved Universitetet i Tromsø for overlege Dagfinn Skaare. Prosjektgruppen består for øvrig av Dr.scient I.L. Anthonisen, overbioingeniør A. Lia og overbioingeniør A. Hannisdal. Prosjektet innebærer: Fenotypisk og genotypisk karakterisering av H.influenzae-isolater med non-betalaktamasemediert betalaktamresistens Kartlegging av klonalitet og horisontal spredning av resistensgener som medvirkende årsak til økt forekomst av resistente stammer Dagfinn Skaare har fra september 2012 hatt 50 % forskerstilling ved SIV for å fullføre sitt doktorgradarbeid * Genotyping av kryptosporidiose i Norge utvikling av laboratoriemetoder for molekylær epidemiologi og utbruddsoppklaring. Ved lege i spesialisering Øystein Haarklau Johansen i samarbeid med Dr.scient I.L. Anthonisen, Nasjonalt folkehelseinstitutt og Norges veterinærhøgskole * Singel mecillinamresistens hos E. coli. Ved avdelingsoverlege Nils Grude i samarbeid med professor Andrew Jenkins (Høyskolen i Telemark). Nils Grude har deltatt i flere eksterne prosjekter innen UVI, E. coli samt borreliose. * Prevalenskartlegging Mycoplasma genitalium og Ureaplasma urealyticum. Ved bioingeniør Liv Kjersti Paulsen. * Borreliose og PCR. Dr. scient. Inger-Lill Anthonisen og avdelingsoverlege Nils Grude * Blodkulturporsjekt i Etiopia; avdelingsoverlege Nils Grude og overlege Thor-Henrik Henriksen Andre prosjekter Etiopiaprosjektet Sykehuset har inngått et samarbeid via Fredskorpset om utveksling av kompetanse mellom SiV og to sykehus i Addis Abeba; Black Lion Hospital og Yekatit 12 Hospital. Mikrobiologisk avdeling har stort engasjement i forhold til dette prosjektet og flere representanter har vært og besøkt disse to sykehusene. Fra 12. februar til 12. august har avdelingen hatt hospitering av en bioingeniør fra hvert av de to sykehusene i Etiopia. De har fått en innsikt i hvordan mikrobiologisk avdeling er organisert, håndtering og oppfølging av mikrobiologiske prøver og kjennskap til ny teknologi. Overbioingeniør Anne Britt Lerkerød har hospitert i 6 måneder på de to sykehusene fra 20. august Bildet viser fra venstre: Ayelign Derebe Kindie, Kebede Fufa Gemechu og Charlotte Markussen. Publikasjoner 2012 Publikasjoner: Nasjonalt folkehelseinstitutt: Rapport: Utbrudd av kryptosporidier blant skolebarn på leirskole, uke i Medforfatter Øystein Haarklau Johansen JCM Recovery og Bordetella pertussis from PCR-positive nasopharyngeal samples is dependent on bacterial load-vestrheim, Steinbakk, Bjørnstad, Moghaddam, Reieton, Dahl, Grude og Sandven Nasjonalt folkehelseinstitutt: Strategi rapport, Laboratoriediagnostikk ved borreliose: Grude, Tveten, Stutzer, Hoddevik og Aaberge. Rapport Ringtest for bakteriologi, mykologi og parasittologi 3/2011, medforfatter Øystein Haarklau Johansen. Abstrakt: FHI 48. årskonferanse i mikrobiologi og immunologi; Utbrudd av kryptosporidiose blant skoleelever på leirskole: Lang H. Vild L, Johansen ØH, Ribertson L, Sørilie K, Lund V, Thranan F, Nelke C, Nygård K. FHI 48. årskonferanse i mikrobiologi og immunologi; Mycoplasma pneumoniae i allmennpraksis; Vestfold fylke, Høsten Mats Foshaug, Maria Vandbakk- Ruther, Dagfinn Skaare, Nils Grude og Morten Lindbæk. 3

4 Markering av 40-års jubileum for mikrobiologisk avdeling. Mikrobiologisk avdeling markerte 40 års jubileum ved å invitere alle medarbeidere, pensjonister, klinikksjef, rådgiver og avdelingssjefer i klinikken til jubileumsmiddag på Gimle selskapslokaler 13. april Våre etiopiske hospitanter deltok også i markeringen. Det ble en minnerik aften med tilbakeblikk på utviklingen innen medisinsk mikrobiologi, ressursøking og ikke minst øking av arealer ved innflytting i nye lokaler i laboratoriebygget i Kvalitetsarbeid Avdelingen er akkreditert etter NS-EN ISO Det ble søkt ytterligere utvidelse av akkrediteringsomfanget høsten Avdelingen har kontinuerlig høyt fokus på avvik og avvikshåndtering og kvalitetsforbedrende tiltak. Avdelingen er også godkjent etter forskrift av 7.mars 2008 om krav til kvalitet og sikkerhet ved håndtering av humane celler og vev. Dokumentstyringssystem for kvalitetsarbeidet er Elektronisk kvalitetshåndbok fra Datakvalitet AS i Tromsø og for avviksbehandlingen brukes TQM Helse fra TQM Partner AS i Skien. Avdelingen deltar i nasjonale og internasjonale systemer for ekstern kvalitetskontroll/ sammenlignende laboratorieprøving (SLP). Vi deltar i nasjonale Ringtester fra Folkehelseinstituttet innen bakteriologi og virologi/ serologi. I forbindelse med rapportering av resistensdata for invasive isolater til EARSS deltar vi også i SLP fra EARSS. Videre deltar vi i en rekke SLP-programmer innen bakteriologi, parasittologi, antibiotikaresistens, virologi/serologi, molekylærbiologi og immunologi fra UK NEQAS, EQUALIS, INSTAND, QCMD og Immuno- Concepts. Det ble i 2012 innført ekstern kvalitetskontroll Labquality, Legionella-antigen og Pneumokokkantigen. Avdelingens kvalitetsråd har hatt 11 møter i Det er utarbeidet årsrapport. Revisjonsteamet utførte 7 interne revisjoner. Avdelingen hadde intern revisjon i forbindelse med innføring av sykehusets satsning om miljøsertifisering etter standard ISO Tilsynet ble gjennomført 23. febr Fokusområder var forurensning -ytre miljø, avfallkildesortering og produktkontroll-substitusjonsplikt Eksterne tilsyn: Legemiddelverket hadde revisjon av Blodbanken i januar 2012, i den forbindelse hadde de tilsyn også ved infeksjonsimmunologisk enhet. KMD hadde tilsyn fra Tollvesenet 1. oktober i forhold til Tollvesenets forskrift av 11. desember 2011 nr 1451 om særavgifter 5-9 stiller krav til organisasjoner som benytter udenaturert teknisk etanol. Mikrobiologisk avdeling var også omfattet av dette tilsynet. Avdelingen hadde oppfølgingsbesøk som ble omgjort til et fornyelsesbesøk fra NA 29. og 30. november IKT-utvikling Avdelingen anvender fagsystemet Miclis. Miclis sender svarrapporter til Dips. Elektronisk rekvirering i Dips ble ikke innført i 2012, men det ble fra Sykehuspartner lagt til rette for oppstart av testing av elektronisk rekvirering for interne rekvirenter på SiV. SiV er pilot for prosjektet interaktiv henvisning og rekvirering (IHR) som er igangsatt av HSØ. Det ble satt i gang en pilotering av IHR på et legekontor i Tønsberg fra 1. juni. Elektronisk rekvirering gjøres i tillegg til papirrekvisisjon som følger prøven. IKT koordinator har sittet i prosjektgruppa for nytt felles dataprogram for laboratoriene og det ble våren 2012 valgt et nytt felles labdatasystem for HSØ, labdatasystem C5LIMS levert av Software Point, hvor forventet implementering på SiV er satt til Implementering av elektronisk dokumentasjon av arbeidsprosesser som erstatter manuell dokumentasjon ble gjennomført i løpet av Rekvisisjoner blir skannet inn i Skandale i Miclis. Utvikling og innføring av nye metoder/utstyr Preanalytisk enhet Det har i løpet av 2012 vært fokus på avvik knyttet opp mot preanalytisk enhet. Det har vært registrert samleavvik på mangelfull samsvar mellom prøvemateriale, transportmedium og ønskede undersøkelser og samleavvik på prøve og rekvisisjon som ikke har vært merket tilfredsstillende med pasientens personalia(identitetssikring). Avvikene med tilhørende tiltak har blitt diskutert i kvalitetsrådet. Det har vært innført endringer i forhold til prøveflyt til de respektive fagområdene. Avdelingen har økt fokus på å yte god service for eksterne og interne rekvirenter. Enhetsansvarlig har drevet informasjon/ kurs og oppsøkende virksomhet i forhold 4

5 bedre samhandling mellom rekvirent og avdeling. Informasjon til rekvirentene om endring av prøvetakingsmedier i forhold til omlegging av clamydiadiagnostikk ble også utført. Bakteriologisk enhet Enheten har fortsatt pågående opplæring for bioingeniører/lis leger. Enheten hadde også et hovedansvar for etiopierne som hospiterte ved avdelingen i 6 måneder. Skålmerkemaskin ble installert nov./des. 2012, testing og utprøving pågikk ut året. Det er innført elektronisk arbeidskort i påvente av elektronisk rekvirering. Infeksjonsimmunologisk enhet Enheten tok i bruk nytt utstyr fra Montebello, Panther for Clamydia trachomatis diagnostikk, fra mai Dette er et helautomatisk analyseinstrument med stor analysekapasitet. Enheten har også fått anskaffet et BEP 2000 til erstatting for Vidas og for kapasitetsøkning. Genteknologi Enheten utvikler kontinuerlig in-house PCR metodikk for ulike agnes. Enheten måtte også våren 2012 håndtere stor prøvemengde i forhold til pågående utbrudd av mykoplasma pneumoniae. Det arbeides kontinuerlig med forbedring av metodene, CE-merking og automatisering av analyseprosessen innen genteknologi. Samarbeid med andre laboratorier. Mikrobiologisk avdeling ved SiV har etablert et godt samarbeid med Seksjon for laboratoriemedisin ved ST- HF, hvor vi årlig har etablert formelle samarbeidsmøter. Avdelingen har et godt samarbeid med henvisningslaboratorier hvor vi har inngått skriftelige avtaler. Arealer Mikrobiologisk avdeling disponerer ca 1200 m². NØKKELTALL FOR AVDELINGEN Antall undersøkelser % total % endring Generelle og spesielle bakteriologiske us ,68 5,80 Tilleggstester / videreforsendelse m.m ,55-0,06 Mykologiske og parasittologiske us ,11 7,02 Mykobakterie us ,01-14,94 Bakterieantistoffer ,71-1,17 Protozoantistoffer ,96 6,52 Immunologiske undersøkelser m.m ,64 5,20 Viruspåvisning ,68 23,08 Virusantistoffer ,65 1,44 SUM ,00 6,89 ANTALL UNDERSØKELSER FORDELT PÅ ENHETER Antall undersøkelser % total % endring Bakteriologisk enhet ,29 6,70 Infeksjonsimmunologisk enhet ,81 17,10 Genteknologisk enhet ,90 1,13 SUM ,00 6,89 5

6 ANTALL UNDERSØKELSER FORDELT PÅ ENHETER OG KATEGORI REKVIRENTER Totalt Innl.andre HF Innlagte SiV Polikliniske Blodgivere Bakteriologisk seksjon Serologi/ virus seksjon Nukleinsyre seksjon SUM PRODUKSJON AV MEDIER OG REAGENSER Laboratoriet er selvforsynt med de fleste medier. I 2012 ble det produsert i alt skåler eller rør, en økning på 6,3 % fra ( i 2006, i 2007, i 2008, i 2009 og i 2010 og i 2011). 6

7 GENERELLE OG SPESIELLE BAKTERIOLOGISKE UNDERSØKELSER Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn* Aerob dyrkning (ikke spesifisert) Anaerob dyrkning Blodkultur aerob/anaerob dyrkning inkl. mikroskopi Blodgiver bakt.undersøkelser (bl.a. trombocyttkonsentrat) Urin dyrkning Spinalvæske dyrkning Spinalvæske antigentest (6 ag.) Pneumokokk antigentest Salmonella dyrkning Shigella dyrkning Yersinia dyrkning Campylobact. dyrkning Enterohemorrhagisk/Enteropatogen E.coli dyrkning Enterohemorrhagisk E.coli (EHEC) (PCR) Gonokokk dyrkning Meningokokk dyrkn. (nese/hals) Corynebacterium diphteriae dyrkning Vibrio dyrkning (kolera) Bordetella pertussis dyrkning (kikhoste) Bordetella pertussis (PCR) Bordetella parapertussis/holmesii (PCR) parapertussis Bordetella parapertussis/holmesii (PCR) holmesii positive Legionella antigentest Legionella dyrkning Leishmania dyrkning Burkholderia cepacia dyrkning Helicobacter pylori dyrkning Borrelia (PCR) MRSA dyrkning MRSA Mec A (PCR) MRSA (PCR) MRSA Direkte påvisning (PCR) Resistensbestemmelse VRE ESBL Chlamydia trachomatis PCR Mycoplasma genitalium DNA (PCR) Ureaplasma urealyticum DNA (PCR) Clostridium difficile toksin A og B Mikroskopi (ikke feces eller blodkultur) QuantiFeron - TB Gold videreforsendelse Prøver til videreforsendelse Tilleggstester (ikke spesifisert) SUM

8 BLODKULTUR Av totalt blodkulturflasker er det funnet vekst hos 1085 pasienter. Følgende agens er isolert (kun funn hvor det er gjort resistensbestemmelse er tatt med): Acinetobacter baumannii 2 1 Acinetobacter lwoffi 1 2 Achromobacter xylosoxidans 0 1 Actinobaculum massiliae 1 0 Acinetobacter sp. 0 1 Actinomyces meyeri 1 0 Actinomyces odontolyticus 1 1 Aeromonas caviae 0 1 Aerococcus urinae 1 0 Aerococcus viridans 1 0 Allloscardovia omnicolens 0 1 Anaerobe gram negative staver 0 1 Anaerob gram positiv staver 1 0 Anaerobe gram positive bakterier 0 3 Anaerob bakterie 1 0 Anaerobe staver 0 2 Bacillus cereus 0 3 Bacillus sp. 1 3 Bacteroides caccae 0 1 Bacteroides fragilis Bacteroides thetaiotaomicron 2 2 Bacteroides uniformis 3 4 Bacteroides vulgatus 1 4 Bacteroides sp. 0 2 Bifidobacterium sp. 1 0 Burkholderia cepacia 1 0 Burkholderia sp. 0 1 Campylobacter jejuni 0 1 Candida albicans 7 3 Candida glabrata 2 1 Capnocytophaga canimorsus(df2) 1 0 Citrobacter braakii 1 0 Citrobacter freundii 0 5 Citrobacter koseri 1 3 Citrobacter sp. 0 1 Clostridium clostridiiforme 1 0 Clostridium cadaveris 1 0 Clostridium hathewayi 0 1 Clostridium innocuum 1 1 Clostridium perfringens 4 2 Clostridium ramosum 1 2 Clostridium septicum 1 0 Clostridium symbiosum 1 0 Clostridium tertium 2 0 Clostridium sp. 3 1 Corynebacterium amycolatum 0 1 Corynebacterium pseudodiphtericum 0 1 Corynebacterium sp. 3 2 Cronobacter sakazakii 0 2 Delftia acidovorans 0 1 Dialister pneumosintes 0 1 E.coli E.coli (AmpC+) 0 1 8

9 E.coli (ESBL+) 0 13 Eggerthella lenta 0 1 Enterobacter aerogenes 0 2 Enterobacter asburiae 1 2 Enterobacter cloacae Enterobacter sp. 0 2 Enterococcus avium 0 1 Enterococcus casseliflavus 2 0 Enterococcus faecium Enterococcus faecalis Enterococcus gallinarum 3 1 Fusobacterium necrogenes 0 1 Fusobacterium necrophorum 0 1 Fusobacterium nucleatum 2 0 Fusobacterium sp. 1 1 Francisella philomiragia 0 1 Flavonifractor plautii 0 1 Gemella haemolysans 0 1 Granulicatella adiacens 0 2 Haemophilus influenzae- BNAR 14 2 Haemophilus influenzae 0 4 Haemophilus influenzae type F 1 0 Haemophilus parainfluenzae 0 1 Hafnia alvei 1 0 Klebsiella oxytoca Klebsiella pneumoniae Kluyvera cryocrescens 1 0 Laktobasillus rhamnosus 2 1 Listeria monocytogenes type Microaerofile difteroider 0 1 Micrococccus luteus 1 6 Micromonas sp. 2 0 Moraxella catarrhalis 0 1 Moraxella osloensis 0 1 Moraxella sp. 1 0 Morganella moganii 3 0 Neisseria meningitidis gr. B 1 0 Neisseria meningitidis 0 1 Neisseria sicca 1 0 Nocardia farcinica 1 1 Pantoea sp. 1 0 Parvimonas micra 0 1 Pediococcus sp. 1 0 Peptoniphilus harei 1 0 Peptostreptococcus anaerobius 0 1 Peptostreptokokker 3 0 Prevotella bivia 0 1 Prevotella intermedia 1 1 Prevotella sp. 1 0 Propionibacterium acnes 1 0 Proteus mirabilis 21 6 Pseudomonas aeruginosa Raoultella ornithinolytica 0 2 Raoultella planticola 2 0 Rothia mucilaginosa 1 1 Salmonella Enteritidis 3 1 Salmonella Eppendorf 1 0 9

10 Blodkultur fortsetter Salmonella Heidelberg 1 0 Salmonella Newport 1 0 Salmonella oranienburg 1 0 Salmonella typhimurium 2 0 Salmonella sp. 0 1 Serratia marcescens 10 2 Shewanella putrefaciens 0 1 Sphingomonas paucimobilis 2 1 Staphylococcus aureus Staphylococcus capitis 6 8 Staphylococcus caprae 2 0 Staphylococcus equorum 0 1 Staphylococcus epidermidis Staphylococcus epidermidis (methicillinresistent) 0 1 Staphylococcus haemolyticus 2 4 Staphylococcus hominis Staphylococcus lugdunensis 2 3 Staphylococcus lutetiensis 0 1 Staphylococcus saprophyticus 1 1 Staphylococcus sciuri 0 1 Staphylococcus warneri 0 3 Staphylococcus xylosus 0 1 Stenotrophomonas maltophilia 1 1 Beta-hemolyt. Strept. gr. A 1 1 Beta-hemolyt. Strept. gr. A (Strept.pyogenes) 18 9 Beta-hemolyt. Strept. gr. B 1 0 Beta-hemolyt. Strept. gr. B (Strept. agalactiae) 9 19 Beta-hemolyt. Strept gr.c (S.dys.equisimilis) 4 3 Beta-hemolyt. Strept gr.g (S.canis) 1 0 Beta-hemolyt. Strept gr.g (S.dys.equisimilis) 14 4 Beta-hemolyt. Strept gr.g (S.dys.galactiae) 0 3 Streptococcus anginosus (Milleri gr.) 9 8 Streptococcus bovis 1 0 Streptococcus constellatus (Milleri gr.) 2 2 Streptococcus cristatus 0 1 Streptococcus dysgalactiae 0 2 Streptococcus gordonii 2 2 Streptococcus infantarius 0 1 Streptococcus intermedius (Milleri gr.) 3 3 Streptococcus milleri 0 1 Streptococcus mitis 2 1 Streptococcus mutans 1 1 Streptococcus mitis/oralis 1 0 Streptococcus oralis 2 6 Streptococcus parasanguis 2 2 Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae, penicillinintermediær 0 3 Streptococcus salivarius 3 5 Streptococcus sanguinis 1 0 Streptococcus sanguis 2 0 Grønne (alfa-hemolytiske) Streptokokker 0 1 Sutterella wadsworthensis (SWAD) 1 0 Veillonella parvula 0 1 SUM

11 SPINALVÆSKER Det ble dyrket 516 spinalvæsker aerobt. Som tabellen nedenfor viser hadde 3 pasienter positiv spinalvæske med reelle funn. Antall pasienter Antall pasienter med pos. funn samme funn i bl.k Beta-hemolyttiske streptokokker gr.b Neisseria meningitidis gr. B Streptococcus pneumoniae Staphylococcus aureus Capnocytophaga canimorsus (DF2) SUM Totalt antall positive dyrkninger Streptococcus pneumoniae vokste ikke, men i preparat ble det påvist Gram positive diplokokker og antigen testen var positiv. MYKOBAKTERIER Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn Syrefaste staver i direkte preparat GONOKOKKER Det ble utført til sammen 659 dyrkninger og påvist gonokokker hos 9 pasienter i Gonokokker Årlig antall pasienter med påvist gonokokker

12 BLODKULTUR Det ble utført til sammen dyrkninger med henblikk på Salmonella (4064), Shigella (3992), Yersinia (3994) og Campylobacter (4069). Antall pasienter med pos. funn Salmonella Agona 1 0 Salmonella Brandenborg 1 0 Salmonella Bovismorbificans 2 1 Salmonella Chester 0 1 Salmonella Corvallis 2 1 Salmonella Derby 0 1 Salmonella Enteritidis Salmonella Enterica subspecies Enterica gr.o:4,monofasisk variant 4 14 Salmonella Heidelberg 1 0 Salmonella Hvittingfoss 0 1 Salmonella Johannesburg 0 1 Salmonella Kenya 1 0 Salmonella Kedougou 0 1 Salmonella Liverpool 0 1 Salmonella Mikawasima 0 1 Salmonella Minnesota 0 1 Salmonella Montevideo 1 1 Salmonella Newport 1 1 Salmonella Oranienburg 1 0 Salmonella Paratyphi B 2 2 Salmonella Poona 1 0 Salmonella Saintpaul 3 0 Salmonella Stanley 4 1 Salmonella Thompson 1 0 Salmonella Typhimurium 6 8 Salmonella Zanzibar 2 0 Salmonella Uganda 0 1 Salmonella Virchow 1 0 Sum Salmonella Shigella boydii 0 1 Shigella flexneri 0 1 Shigella sonnei 0 1 Sum Shigella 0 3 Yersinia enterocolitica serogruppe O Yersinia enterocolitica serogruppe O Yersinia enterocolitica serogruppe 5, biotype Yersinia enterocolitica serogruppe 5, biotype 1A 0 1 Yersinia enterocolitica serogruppe 5, Yersinia enterocolitica serogruppe 16 apatogen 1 0 Yersinia enterocolitica biotype Yersinia enterocolitica biotype 1A 0 1 Yersinia enterocolitica biotype Yersinia frederiksenii serogruppe 3 apatogen 0 1 Sum Yersinia 8 9 Campylobacter jejuni Campylobacter coli 4 8 Campylobacter fetus 1 0 Campylobacter upsaliensis 0 1 Campylobacter sp. 4 0 Sum Campylobacter SUM Alle Salmonella, Shigella og Yersiniastammer er sendt Folkehelseinstituttet. 12

13 MYKOLOGISKE OG PARASITTOLOGISKE UNDERSØKELSER Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn Gjærsopp, muggsopp Dermatofytter Cryptosporidier (IF) Andre parasitter SUM DERMATOFYTTER OG MUGGSOPP Antall pasiente med pos. funn Trichophyton mentagrophytes 6 8 Trichophyton rubrum Trichophyton tonsurans 1 5 Trichophyton verrucosum 0 1 Trichophyton violaceum 5 8 Trichophyton soudanense 2 2 Epidermophyton floccosum 0 1 Scopulariopsis brevicaulis 1 0 Microsporum canis 3 0 Aspergillus sp Aspergillus flavus 1 3 Aspergillus fumigatus Aspergillus niger Aspergillus terreus 0 1 Tritirachium sp. 1 0 SUM PARASITTER Det ble mottatt 661 fecesprøver til mikroskopi med følgende funn. Antall pasienter med pos. funn Ascaris lumbricoides (spoleorm) 0 2 Enterobius vermicularis 5 4 Entamoeba histolytica/ entamoeba dispar cyster 1 0 Entamoeba coli 4 2 Giardia lamblia cyster 7 8 Hakeorm egg 0 1 Hymenolepis nana 1 2 Taenia species 1 0 Trichuris trichiura 0 1 SUM

14 CHLAMYDIA TRACHOMATIS Positive prøver Antall undersøkelser Andel pos. prøver av tot. 5,07 4,64 5,12 5,35 5,73 6,05 7,01 6,80 8,19 7,63 7,58 8,32 8, Antall positive Chlamydia prøver ,00 % Positive Chlamydiaprøver beregnet ut fra totalt antall. 8,00 6,00 4,00 2,00 0,

15 RESISTENSUTVIKLING Antall pasienter med aktuelt funn per år. Det er ikke korrigert for funn hos samme pasient tidligere år. Det er ikke korrigert for utvikling i antall undersøkte prøver eller endringer i brytningspunkter E.coli ESBL-A E.coli AmpC K.pneumoniae ESBL-A K.pneumoniae AmpC Proteus mirabilis ESBL-A Proteus mirabilis AmpC P.aeruginosa Meropenem IR Acinetobacter spp. Meropenem IR S.aureus MRSA Pneumokokker Benzylpenicillin IR E.faecalis VRE E.faecium VRE H.influenzae Cefotaksim R

16 ANTISTOFFUNDERSØKELSER BAKTERIEANTISTOFFER Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn * AST DNase B Borrelia IgG Borrelia IgM Borrelia IgG nevro Borrelia IgM nevro Borrelia C6 peptid IgG Borrelia immunoblot IgG Borrelia immunoblot IgM TBE IgG TBE IgM Bordetella pertussis IgA Bordetella pertussis IgG Bordetella pertussis toxin Helicobacter pylori IgG TP IgG/IgM TP IgG/IgM - Blodgivere TP IgG/IgM - Gravide Chlamydophila IgM Mycoplasma pneumoniae IgM RPR TP IgG/IgM TP IgG/IgM - Blodgivere TP IgG/IgM - Gravide SUM *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert, oppgitt kun 1 gang pr. agens. Det er påvist Syfilis antistoff (TP IgG/IgM) hos 17 pasienter. PROTOZOANTISTOFFER Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn * Toxoplasma IgG/IgM Toxoplasma IgG Toxoplasma IgM SUM

17 IMMUNOLOGISKE UNDERSØKELSER m.m. Antall undersøkelser anti-ccp Ra-test RF IgM ANA anti n-dna (nativt) anti-ssa anti -SSB anti-rnp anti-sm anti-scl anti-jo Centromere HLA-B27 DNA (PCR) PR3 (c-anca) MPO (p-anca) SUM VIRUSPÅVISNING - ANTIGEN OG NUKLEINSYRE Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn *) Adenovirus DNA (PCR) Adenovirus (feces) Chlamydophila pneumoniae DNA (PCR) Cytomegalovirus DNA (PCR) Enterovirus RNA (PCR) HBsAg HBsAg - Blodgivere HBeAg Hepatitt C RNA PCR Herpes simplex virus type 1 DNA (PCR) Herpes simplex virus type 2 DNA (PCR) Humant metapneumovirus RNA (PCR) Influensa A virus RNA (ikke H1N1) (PCR) Influensa A H1N1 virus RNA (PCR) Influensa B virus RNA (PCR) Mycoplasma pneumoniae DNA (PCR) Norovirus RNA (PCR) Parainfluensa 1,2,3,4 RNA (PCR) Parecho RNA (PCR) Respiratorisk syncytialvirus RNA (PCR) Rotavirus Sapovirus RNA (PCR) Varicella-zoster virus DNA (PCR) SUM *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert. 17

18 VIRUS UNDERSØKELSER Til sammen 3565 virusundersøkelser som ga holdepunkt for aktuelle infeksjoner i 2012 bedømt ut fra påvisning av agens eller positiv IgM. Antall pasienter med positive funn SUM POS VIRUS Positive virus undersøkelser VIRUSANTISTOFFER Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn *) Cytomegalovirus IgG Cytomegalovirus IgM Heterofile antistoffer Epstein-Barr virus NA IgG Epstein-Barr virus VCA IgG Epstein-Barr virus VCA IgM Epstein-Barr virus immunoblot IgG Epstein-Barr virus immunoblot IgM Hepatitt A virus IgG Hepatitt A virus IgM Hepatitt B virus core Ig Hepatitt B virus core Ig Blodgivere Hepatitt B virus e Ig Hepatitt B virus s Ig Hepatitt C virus - Blodgivere Hepatitt C virus - Pasienter Hepatitt C virus (RIBA) HIV - Blodgivere HIV - Gravide HIV - Pasienter Parvovirus B19 IgG Parvovirus B19 IgM Puumala virus IgM Rubellavirus IgG Varicella-zoster virus IgG Parvovirus B19 IgM Puumala virus IgM Rubellavirus IgG Varicella-zoster virus IgG Varicella-zoster virus IgM SUM *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert, oppgitt kun 1 gang pr. agens 18

19 Kontaktinformasjon Mikrobiologisk avdeling Besøksadresse: Halfdan Wilhelmsens allé 17 Postadresse: Postboks 2168, 3103 Tønsberg Ekspedisjon: tlf (mandag-lørdag: ) Fax: Se Mikrobiologisk avdelings nettside på Se nettside for nedlasting eller kontakt oss for tilsendelse av informasjonsbrosjyre. Foto: Morten Rakke 19

20