Avføringsprøver - vurdering og tolkning av funn

Transkript

1 Avføringsprøver - vurdering og tolkning av funn 1. "Standarddiagnostikk" for Salmonella, Shigella, Campylobacter og Yersinia Salmonella/Shigella Fra laktoseskål subkultiveres laktose-negative kolonier til XLD-skål. På XLD-skål (primærskål, etter eventuell subkultivering fra laktoseskål, og fra tetrationat- og selenittbuljong) identifiseres H 2 S- produserende salmonella-kolonier som svarte, mens Shigella sp. vil vokse som rosa, gjennomskinnelige kolonier. Suspekte kolonier undersøkes videre med 3-rørs-forgjæring, LDC (lysin decarboksylase) og ONPG (o-nitrophenyl-b-d-galaktopyranosid). Typisk reaksjonsmønster: Salmonella sp. Shigella sp. Laktose - - Glukose + + Gass +/(-) * - # H 2 S +/(-) ** - Mannitol + +/- ## Bevegelighet + - Indol - -/(+) Urease - - LDC +/- *** - ONPG - -/+ ### * S.typhi danner ikke gass. ** S. paratyphi A danner ikke H 2 S. S. typhi danner ofte sparsomt med H 2 S. *** S. paratyphi A er LDC neg. # Noen serovarianter av S. flexneri og S. boydii er svakt gassproduserende. ## S. boydii, S. flexneri og S. sonnei er mannitol-positive mens S. dysenteriae er mannitol-negativ ### S. sonnei er ONPG-positiv. Ved tvil kan biokjemisk identifikasjon ved kommersielle systemer (Vitek 2 eller Crystal BBL) utføres som supplement. Agglutinasjon: Salmonellaisolater undersøkes først med omnivalent antiserum. Videre undersøkelse med agglutinerende antiserum mot Vi-antigen har til hensikt å identifisere S. typhi. Isolater som kommer biokjemisk ut som Salmonella og som agglutinerer med omnivalent antiserum, gis ut som Salmonella sp. Ved positiv Vi-reaksjon og passende biokjemi benevnes isolatet S. typhi. Shigellaisolater undersøkes med agglutinerende antisera mot S. dysenteriae, S. boydii, S. flexneri og S. sonnei. For alle Salmonella- og Shigella-isolater gjøres det "Tarm"-resistensbestemmelse (T) Bestemmelse med tanke på produksjon av ESBL utføres ved I eller R for cefpodoxim Ved alle besvarelser av førstegangsisolater anføres en fritekstkommentar som gir råd om kontrolltiltak (basert på MSIS 1999, 52B)

2 Fritekstkommentar SA for Salmonella (retningslinjer for hygiene, behandling og kontrollrutiner). Fritekstkommentar SH for Shigella (retningslinjer for hygiene, behandling og kontrollrutiner). Alle Salmonella- og Shigella-isolater sendes Folkehelseinstituttet for endelig identifikasjon. Nominativ meldeplikt. Yersinia Yersinia enterocolitica serogruppe O:3 er den alt dominerende årsak til yersiniose. I Europa gir også den mer sjelden forekommende serogruppe O:9 diaré. I USA forekommer serogruppe O:8 som årsak til diaré i tillegg til serogruppe O:3. Ved funn av andre serogrupper av Y. enterocolitica og funn i faeces av andre Yersinia arter (Y. intermedia, Y. kristensenii og Y. fredriksenii) er årsakssammenhengen med diare usikker. På CIN-skål vokser Yersinia som små, blanke kolonier med en sentral, velavgrenset rød prikk (kokarde) og gjennomskinnelig periferi. Andre mikrober vil oftest gi større kolonier som er diffust rosa i midten og ikke-gjennomskinnelig i periferien. Videre identifikasjon ved 3-rørsforgjæring med tillegg av motilitet ved 20 o C (Mannitol-rør på benk), eventuelt etter subkultivering på laktoseskål hvor man kun går videre med laktose negative kolonier. Typisk reaksjonsmønster som skiller Yersinia fra andre Enterobacteriaceae viser at 3-rør systemet ikke sikkert kan skille innbyrdes mellom de ulike Yersinia-species Ved 3-rørsforgjæring forenlig med Yersinia species gjøres derfor videre identifikasjon på VITEK 2. Dessverre vil heller ikke den skille pålitelig mellom Yersinia enterocolitica og andre Yersinia-species (OBS Y. enterocolitica group i VITEK 2 vil omfatte både Y. frederiksenii og Y. kristensenii). Dersom isolatet identifiseres som Yersinia enterocolitica, gjøres agglutinasjon med antiserum mot serogruppe O:3 I tillegg gjøres "Tarm" resistensbestemmelse. Ved alle besvarelser av førstegangsisolater av Yersinia enterocolitica serogruppe O:3 anføres en fritekstkommentar som gir råd om kontrolltiltak og behandling (basert på MSIS 1999, 52B) Svarkode i MICLIS YEN3 Merknad RL: Sendt referanselaboratorium Merknad FY: Frosset i vårt stammearkiv Fritekstkommentar YE (retningslinjer for hygiene, behandling og kontrollrutiner). Resistensbestemmelse gies ut. Ved funn av Yersinia enterocolitica som IKKE agglutiner med antiserum mot serogruppe O:3 brukes følgende koder: Svarkode i MICLIS YERS Merknad RL Merknad FY Fritekstkommentar Y- (Om ulike Yersiniaspecies, serotyper Y. enterocolitica, usikker klinisk betydning og videresending til FHI). Resistensbestemmelse "sladdes". Andre Yersiniaspecies enn Y. enterocolitica og Y. pseudotuberculosis besvares ikke., dvs.ye. Resistensbestemmelse settes ikke opp. Alle potensielt humanpatogene Yersinia-isolater sendes Folkehelseinstituttet for endelig identifikasjon. Det vil si at vi skal sende Yersinia enterocolitica stammer uavhengig om de

3 agglutinerer med O:3 antiserum eller ikke. Nominativ meldeplikt ved agglutinasjon mot O:3 antiserum eller dersom undersøkelse ved FHI påviser en annen humanpatogen serotype. Y. enterocolitica Y. intermedia Y. kristensenii Y. fredriksenii Laktose - V - V Glukose Gass - V V V H 2 S V Mannitol Bevegelighet, 37 o C Bevegelighet, 20 o C Indol -* + V + Urease +** +** +** +** LDC ONPG *: Biotype 1 og 2 er indol-positive (sjeldne i Norge) **: Raskere positiv ved o C. Campylobacter Hyppigst sees Campylobacter jejuni og C. coli. Andre arter som gir diaré er C. fetus ssp. fetus, C. upsaliensis og C. lari. På CCDA-skål vokser Campylobacter sp. som grå utflytende kolonier som av og til kan dekke skålen som et jevnt lag. C. coli har en mer grågul kolonifarge. Suspekte kolonier undersøkes m.h.p. oksydase og katalase, Ved behov undersøkes våtpreparat fra skål (nylig tatt ut av kolbe) ved 100x forstørrelse og høy kontrast (Campylobacter sp. er hurtig, roterende bevegelig). Videre identifikasjon ved subkultivering på sjokoladeskål aerobt, mikroaerofilt og anaerobt i ett døgn. De fleste Campylobacter sp. vokser kun mikroaerofilt, men noen kan vokse aerobt eller anaerobt. Ved mikroaerofil vekst av oksydase-positiv, katalase-positiv, (livlig bevegelig) mikrobe settes det opp hippurattest. Typiske reaksjonsmønster for utvalgte Campylobacter-species fremgår av tabellen, men de utvalgte parametrene kan ikke gi entydig identifikasjon av hippurat-negative Campylobacter-iolater C. jejuni C. coli C. fetus C. upsaliensis C. laridis ssp. jejuni ssp. doylei Vekst v/42 o C + (+) Vekst v/37 o C + (+) Katalase + d + + (+) + Nalidixin S* S S* R S R Cefalotin R S R S S R Hippurat Anaerob vekst *: Et økende antall C. jejuni og C. coli er etterhvert blitt nalidixin-resistente.

4 Hippurat-positive bakterier benevnes Campylobacter jejuni. Hippurat-negative bakterier gis ut som Campylobacter sp. og sendes Folkehelseinstituttet for artsidentifikasjon. Se forøvrig tabell. Ved alle besvarelser av førstegangsisolater anføres en fritekstkommentar som gir råd om kontrolltiltak (basert på MSIS 1999, 52B) Fritekstkommentar CA (retningslinjer for hygiene, behandling og kontrollrutiner). Det gjøres ingen resistensbestemmelse rutinemessig. Nominativ meldeplikt. Escherichia coli Enteropatogene E. coli : EPEC Ved rik vekst og (nesten) renkultur av E. coli (kan være laktose negative) fra barn < 2 år med diaré vurderes muligheten for EPEC. Prøven sendes Folkehelseinstituttet for videre undersøkelser. Enterotoksigene E. coli : ETEC «Turistdiaré». Svært liten indikasjon for bakteriologisk undersøkelse. Kan overveies hos hjemvendte turister med voldsom, vandig diaré (Bør da også undersøkes m.h.p. kolera). Minst 10 E.coli kolonier plukkes og sendes Folkehelseinstituttet for toksinpåvisning. Enteroinvasive E. coli : EIEC Ved dysenteri-liknende sykdom og oppvekst av "inaktiv" E. coli. "Inaktiv" definert som 2 av følgende 3 karakteristika til stede: ubevegelig, ikke gassdannende, LDC-negativ Slike isolater sendes Folkehelseinstituttet for videre undersøkelser. Enterohemorragiske E. coli : EHEC "Hamburger"-bakterien. Kan gi alvorlig dysenterisk sykdomsbilde. Hemolytisk uremisk syndrom ansees som den alvorligste komplikasjon. Viktigst er serogruppen O:157 (O157:H7, O157:H-) som er sorbitol-negative, fargeløs til lys rosa på McConkey sorbitol agar, mens de fleste andre mikrober er sorbitol-positive og gir røde kolonier. Sorbitol-negative kolonier identifiseres og dersom de kommer ut som E.coli gjøres agglutinasjon med O:157 antiserum En annen viktig gruppe er O:103 ("Gilde-utbruddet"). Den er vanligvis sorbitol og laktose positiv og kan således ikke skilles fra de fleste andre E.coli-arter. Presumptiv identifikasjon av andre mulige EHEC skjer ved agglutinasjon av kolonier fra laktoseskål med pool-sera eller spesifikt serum. Positive kolonier må bekreftes som E.coli(3-rørsforgjæring, VITEK 2) og subkultiveres på blodskål for verifikasjon av agglutinasjonsresultatet fra laktoseskålen da agglutinasjon fra laktoseskål kan gi falskt positivt resultat. Ved positivt funn besvares som følger: Positivt for O157: EHEC Positivt for O103: EHE3 I tillegg legges til : Fritekstkommentar EH (retningslinjer for hygiene, behandling og kontrollrutiner). Sendes Folkehelseinstituttet for videre undersøkelser med henblikk på EHEC-gener og?fingerprint?- analyse. Nominativ meldeplikt.

5 Vibrionacea (Vibrio sp., Aeromonas sp., Plesiomonas sp.) Vibrio cholerae, andre Vibrio spp. På TCBS skål vokser vokser de fleste Vibrio sp. (inkl. V. chlolerae) som middelstore, glatte, ikkegjennomskinnelige gule kolonier, noen Vibrio sp. som ikke fermenterer sukrose vil ha en olivengrønn farge. Noen Vibrio sp. (inkl. V. cholerae) vokser også på laktoseskål som laktose- negative kolonier. Vibrio sp. er oksydase-positive. Biokjemisk identifikasjon ved 3-rørsfor- gjæring (se tabell) og kommersielle systemer (API eller Crystal BBL). Sendes Folkehelseinstituttet for videre undersøkelser. Vibrio cholerae er meldepliktig i gruppe A (både umiddelbart telefonisk og nominativt skriftlig) Aeromonas og Plesiomonas Aeromonas sp. og P. shigelloides vokser som laktose-negative, oksydase-positive kolonier på laktoseskål. Biokjemisk identifikasjon ved 3-rørsforgjæring (se tabell) og kommersielle systemer (Crystal BBL GN). Sendes kun til Folkehelseinstituttet dersom identifikasjonen er usikker. Ikke meldepliktig. Typisk reaksjonsmønster ved 3-rørsforgjæring for utvalgte Vibrionaceae Besvares med kommentaren: AE: Kan gi diare. Oftest assosiert med sjømat fra ferskvann eller brakkvann. V. cholerae A. hydrophila P. shigelloides Laktose Glukose Gass - +/- - H 2 S - +/- - Mannitol Bevegelighet, 37 o C Indol Urease LDC Vekst, TCBS Clostridium difficile toxin Clostridium difficile er en anaerob bakterie som kan finnes normalt i tarmen, særlig hos barn, uten å gi symptomer. Ved antibiotikabehandling kan bakteriefloraen forskyves og denne bakterien, med sine toksiner (primært A men også B), kan forårsake diaré og pseudomembranøs colitt som er en alvorlig tilstand, spesielt hos fra før svekkede pasienter. C.difficile har nosokomialt spedningspotensiale. Pasienter med påvist difficile-toxin blir isolert i avdelingen. Sykdommen behandles med antibiotika, eksempelvis metronidazol. Det påvises Cl. difficile toksin A ved kommersiell metodikk. Toksin kan påvises noen tid etter effektvt behandlet tilstand. Det anbefales derfor ikke kontroll. Giardia lamblia og Cryptosporidier Disse parasittene kan gi diaré. Undersøkelse er indisert spesielt ved langvarig diaré, kvalme og abdominale kramper, hvor parasitter mistenkes som årsak. Særlig etter utenlandsopphold, men

6 innenlandssmitte kan forekomme. Særlig ved immunsvikt. Kan tilleggsrekvireres av laboratoriet ved opplysninger om langvarig diaré. Det påvises Giardia antigen og Cryptosporidium antigen separat, men ved samme test, ved kommersiell metodikk. Stafylokokker og gjærsopp For nyfødte med anført diaré rapporteres dominerende funn av S.aureus og gjærsopp. Disse mikrobene ansees tilhører normalfloraen men S.aureus kan ved toksinproduksjon gi symtomer. Dominans av gjærsopp indikerer en ubalanse i floraen, og kan opptre som følge av antibakteriell behandling. Eksterne referanser 1. Lassen J, Hovig B, Sandven P. Bakteriologiske faecesundersøkelser. Strategimøte nr. 10, Folkehelsa, Degre M, Hovig B, Bukholm G, Rollag H. Medisinsk mikrobiologi. Gyldendal Akademisk; 2000: