1. Forord 3 2. Avdelingens funksjoner 5 3. Organisasjon 5 4. Bemanning 6 5. Datasystem 6 6. Aktivitet Seksjon for bakteriologi 6 6.

Transkript

1 1. Forord 3 2. Avdelingens funksjoner 5 3. Organisasjon 5 4. Bemanning 6 5. Datasystem 6 6. Aktivitet Seksjon for bakteriologi Seksjon for virologi og genteknologi Seksjon for medieproduksjon/seksjon for substrat og spesialvask Seksjon for sykehushygiene Nasjonalt referanselaboratorium for MRSA Forskning og utvikling FoU Publikasjoner Tabeller: Produksjonstall og funn Produksjonstall Antall undersøkelser gruppert på materiale for bakteriologi og mykologi Infeksjonsimmunologiske undersøkelser Antall undersøkelser for virologi og genteknologi Spesielt ressurskrevende undersøkelser Pulsfelt gelelektroforese Funn: bakteriologi, mykologi, parasittologi Blodkulturfunn (per pasient) Dyrkningsfunn i spinalvæske Dyrkningsfunn i leddvæske Dyrkningsfunn i pleuravæske ESBL, MRSA og VRE Patogene tarmbakterier Salmonella serotyper Funn Tb-laboratorium Parasitter Sopp Funn: virus Antistoffpåvisning i tårevæske Antigenpåvisning i fæces (EIA) Viruspåvisning i cellekultur Viruspåvisning ved immunfluorescens Viruspåvisning ved elektronmikroskopi Funn: genteknologiske undersøkelser PCR Funn agens i spinalvæske ved PCR Chlamydia trachomatis PCR Bakterieidentifkasjon ved sekvensering av 16S rrna genet Adenovirus sekvensering Enterovirus sekvensering HPV-typing ved sekvensering Hepatitt C virus genotyping Medieproduksjon Produksjon av faste dyrkingsmedier Produksjon av medier/reagenser på flasker og rør Produksjon av medier/reagenser/oppløsninger 26 1

2 1. Forord Omorganisering, planlegging og flytting til nytt laboratoriebygg har lagt beslag på betydelige ressurser i Laboratoriemedisinsk klinikk er en av de første klinikkene som flytter i fase 1 av prosjektet Nytt sykehus. Etter flytting har det vært en del innkjøringsproblemer. Bl.a. har IKT og telefoni vært et stadig irritasjonsmoment. På grunn av sykehusets krav til sikkerhet har man valgt en IKTarkitektur som gjør at alle programmer styres av sentrale servere (Terminalserverprosjektet). Det vi oppdaget etter innflytting var at det har vært endel uklarheter i bestillingen angående telefoni (IPtelefoni) og struktur i bruk av felles IKT-utstyr mellom miljøene i bygget. Det har utfordret oss i hverdagen, bl.a. i vår samhandling med klinikkene, våre rekvirenter og samarbeidspartnere. Men vi regner med at dette blir bedre i løpet av våren Til tross for en del frustrasjoner må vi si at vi har flyttet inn i et flott bygg. Vi har fått mye nytt utstyr og det oppleves som positivt at laboratoriene er blitt samlet i ett bygg. I tillegg er også store forskningsmiljøer fra NTNU flyttet inn, samt studenter fra både NTNU og HIST. Vi håper og tror at det skal gi gode synergier etter hvert. Klinikken har gjennomgått en omorganisering, og for vår avdeling har det betydd at vi nå er med i blodprøvetakingen for sykehuset. I praksis er det en utfordring da gjennomgang av prøver og oppsetting av analyser starter fra morgenen av. Det er etablert et felles prøvemottak, organisert under Avdeling for medisinsk biokjemi. Man kan konkludere med at det er underdimensjonert ut i fra dagens drift. Planleggingen forutsatte i sin tid et mottak basert på fullelektronisk registrering, men man nådde ikke denne målsettingen før innflytting. Det arbeides nå intenst med å få tilpasset arealer og organisering etter dagens behov. I planleggingen av Nytt sykehus har man også et stort IKT-prosjekt. Blant annet ble det igangsatt et regionalt prosjekt for å utvikle NSL (Non Stop Lab, et system for klinisk kjemiske analyser) til også å håndtere serologiske undersøkelser i mikrobiologi. Visjonen var å samle alle blodprøveanalyser i ett system for å få en praktisk driftsgevinst (bl.a. automatisk serumavtak). Utfordringen ligger i at de mikrobiologiske svarene blir det i to systemer, slik at vi må etablere nye besvarelsesrutiner for å kunne gi en helhetsvurdering av analyseresultatene for den enkelte pasient. Det mikrobiologiske fagmiljøet har behov for et nytt mikrobiologisystem som omfatter både dyrkning, PCR-analyser og serologiske analyser. ROS (elektronisk Rekvisisjon og Svar) vil være et godt verktøy for våre rekvirenter. Det planlegges breddet i sykehuset våren Blodgiverscreeningen for Avdeling for immunologi og transfusjonsmedisin er nå fordelt på to avdelinger. HIV, hepatitt.b og HCV screening kjøres som storvolumanalyser i "Kjernelab. /Avdeling for medisinsk biokjemi. Referanseundersøkelser og utvidet testing foregår på vår avdeling. Her utfordres vi på logistikk og samhandling. Målet er at analysene som kjøres i Kjernelab. skal kunne yte service døgnet rundt. 2

3 2. Avdelingens funksjoner Avdelingen har ansvaret for all mikrobiologisk diagnostikk i Sør-Trøndelag, og har et stort repertoar innen bakteriologi, virologi, mykologi, parasittologi og infeksjonsimmunologi. En bred satsning på genteknologiske metoder har ført til en stor ekspansjon innen denne type diagnostikk, og avdelingen har etablert en rekke egenproduserte metoder for påvisning av velkjente så vel som nyoppdagede mikrober i kliniske prøver. Avdelingen har spesiell kompetanse knyttet til genanalyser av arvematerialet til bakterier og virus og har bl.a. benyttet slike undersøkelser til epidemiologiske analyser. Disse metodene står sentralt i oppklaring av sykehusinfeksjoner og utbrudd av infeksjoner utenfor sykehus. Avdelingen har fått tildelt nasjonal referansefunksjon for MRSA fra Det oppleves som svært positivt for avdelingen. Gjennom årlige revisjoner av avdelingens strategi- og virksomhetsplaner tilstreber man å dekke behovet for en optimal infeksjonsdiagnostikk. Etablering og kvalitetssikring av nye diagnostiske metoder står sentralt, samt rasjonalisering og automatisering av eksisterende diagnostikk. Intern kompetanseutvikling er viktig for å heve kvaliteten på diagnostikken. Dette ivaretas ved intern undervisning, kurs og deltakelse i faglige arrangementer både nasjonalt og internasjonalt. Et nært samarbeid med andre mikrobiologisk avdelinger er viktig for den faglige utviklingen og kompetansen sett i nasjonalt perspektiv. Avdelingen er referanselaboratorium for Helseregion IV, og mottar i tillegg prøver fra hele landet til spesielle analyser som vi er alene om å tilby. Laboratoriet har egen produksjonsenhet som forsyner eget laboratorium og laboratoriene i Helse Nord-Trøndelag med medier. Det er satset aktivt på informasjon til brukerne ved besøk, kursvirksomhet samt utgivelse av informasjonsskriv (MikroNytt) og oppdatert informasjon på hjemmesiden (MikroWeb: Herfra kan man også laste ned en elektronisk utgave av vårt rekvisisjonsskjema. De ansatte deltar i undervisningen av medisinske studenter, andre studenter og helsepersonell, og har et nært samarbeid med Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer ved NTNU. Det er en betydelig forskningsaktivitet ved avdelingen som bl.a. inkluderer veiledningsoppgaver for hovedfagsstudenter og doktorgradsstipendiater. 3. Organisasjon Avdelingen er organisert i Laboratoriemedisinsk klinikk, som en av fire avdelinger. Klinikksjef er Siri Bratlid. Omorganisering som startet i 2003 er gjennomført i Seksjon for bakteriologi og prøvemottak (seksjonsleder Bjørg Lodgaard/Sissel Karin Eriksen) Seksjon for virologi og genteknologi (seksjonsleder Inger Johanne Haugen) Seksjon for medieproduksjon (seksjonsleder Sissel Frisvold Røe) Seksjon for sykehushygiene (Seksjonsleder/overlege Andreas Radtke) 3

4 4. Bemanning Avdelingsleder Gilda S. Opland Overlege 5,2 (hvorav 1 i hovedstilling og 2 i bistilling ved NTNU) Sykehushygieniker/overlege 1 Assistentlege 3 Molekylærbiolog 1 Seksjonsleder 3 Spesialbioingeniør 1 Bioingeniør II 11,8 Bioingeniør I 11,8 Bioingeniør 16,9 Laboratorieingeniør II 2 Laboratorieingeniør 2,5 Ingeniør 1 Tekniker I 2,5 Assistent I 4,5 Renholdsoperatører 2 Konsulent 1 Sekretær 1 Hygienesykepleier 2 TB-koordinator 1 5. Datasystem Dagens laboratoriedatasystem NSML (Non-stop mikrolabsystem, TietoEnator Healthcare) har vært i bruk siden 1990 og skal på sikt erstattes med et mer moderne system som kan håndtere flest mulige prosesser elektronisk. I en mellomfase er det vedtatt at det skal innføres et eget datasystem for serologiske undersøkelser (NSL), mens man beholder NSML for øvrige mikrobiologiske undersøkelser. Felles prøvemottak tar seg av all registrering av mottatt prøver. Mottak, registrering og svarrapportering skal gå via en felles overbyggingsmodul (ROS: Rekvirering og Svar), (TietoEnator Healthcare) som skal kommunisere med alle de fagspesifikke laboratoriedatasystemene. 6. Aktivitet 6.1 Seksjon for bakteriologi Seksjon for bakteriologi og prøvemottak har i 2005 hatt 30,2 stillinger fordelt på 23,6 bioingeniørstillinger, 5,6 helsesekretær / sekretærstillinger og en seksjonsleder. Fra og ut året har seksjonen hatt 23,6 bioingeniør stillinger og to seksjonsledere. Forandringen i seksjonen var forårsaket av at vi flyttet inn i nytt laboratoriesenter. Seksjonen ble da delt og prøvemottaket ble overført til avd.for med. biokjemi. 4

5 Vi har nå opprettet et sekundert prøvemottak / utsåing, hvor våre egne bioingeniører rullerer med jevne mellomrom. TB prøver, sopp prøver og fæces prøver blir sådd ut i de respektive laboratoriene. Vi hadde en del vanskeligheter med lokalene etter innflytting, men det meste løste seg etter hvert. Enkelte arbeidsområder er blitt mer isolert enn før i og med at arbeidet i dag foregår i P3- laboratorier. Dette gjelder tarmpatogene / parasitter, mykologi og antibiotikaresistens. Fra før av arbeidet man med mykobakterier i egen P3-lab. Arbeidet med generell bakteriologi, anaerob dyrkning / blodkulturer, urin / urogenital, foregår i et åpent laboratorielandskap. Av nye instrumenter har vi ved innflytting fått en skålmerkemaskin - POS 720 fra Sarstedt og et instrument for avlesning av resistensskåler - Mastascan elite. I november reiste en lege og en bioingeniør på hospitering i 10 dg. til mykologisk lab. ved Helsingfors Universitetssykehus. Dette har ført til nye rutiner og nye medier, som igjen har vært en forbedring til diagnostikken og måten å arbeide på. Ved innflytting i nytt senter fikk vi også deleansvar for blodprøvetaking. Ni av våre bioingeniører har fått opplæring til dette. Tuberkuloselaboratoriet har i høst fått prøver som ledd i smitteoppsporing rundt to pasienter med lungetuberkulose. Pasientene er elever ved en videregående skole i Trondheim og har et stort kontaktnett. I tillegg til å gjøre en Mantoux-test, ønsket smittevernoverlegen i Trondheim kommune å ta blodprøver av kontaktene. Til sammen ble det tatt 152 blodprøver av 76 personer i Disse ble inkubert og sentrifugert hos oss før videresending til Folkehelseinstituttet for interferon-γ-elisa test, som påvisning av en latent infeksjon. Prøvene til 19 personer var positive, og disse blir fulgt opp av lungelege eller barnelege. Tuberkuloselaboratoriet har i en periode i 2005 mottatt prøver fra Stavanger Universitetssykehus pga ombygging av tuberkuloselaboratoriet der. Avdelingen dyrket Leishmania promastigoter fra en hudlesjon på en pasient fra Afghanistan. Leishmania tropica ble påvist ved PCR-undersøkelse av kulturen i Basel, Sveits. 6.2 Seksjon for virologi og genteknologi Seksjonen har i 2005 bestått av 19 bioingeniørstillinger hvorav 1 seksjonsleder, 5 bioingeniør II med fagansvar og en spesialbioingeniør. Også 2005 har vært preget av omorganiseringer. Tidligere seksjon for infeksjonsimmunologi og seksjon for virologi og genteknologi er nå slått sammen til en seksjon. Opplæring av personale til blodprøvetaking og blodgiverscreening har i tillegg til opplæring på nytt utstyr og tilpasning til nye arealer ført til store belastninger på personalet. De første månedene etter innflytting ble det jobbet mye overtid. Ansatte har bidratt sterkt til at ikke pasienten skal bli skadelidende og stått på for å få prøvene analysert. Blodgiverscreening på Hepatitt C virus v.hj.a PCR-teknikk er nå underlagt vår seksjon. Denne analysen skal også utføres på lørdager. I tillegg til disse utfordringene har vi hatt en kraftig økning i antall analyser tilhørende seksjonen. I 2005 har vi utført ca 25% flere analyser sammenlignet med Avdelingen ble i 2005 tildelt nasjonal referansefunksjon for adenovirus. Det er etablert tester for coronavirus NL-63 og humant bocavirus. 5

6 Som i tidligere år har seksjonen deltatt i nasjonale og europeiske ringtester. Dette er spesielt viktig fordi mange av våre tester er basert på in-house metode. Ved å delta i ringtester får vi gode data på kvaliteten av våre tester. I februar fikk 2 bioingeniører og 2 leger fra seksjonen anledning til å hospitere ved virusavdelingen ved Erasmus MC i Rotterdam. Dette er et av de største viruslaboratorier i Europa og var utrolig lærerikt. Vi har hatt deltakere på ulike brukermøter for analyseinstrumenter, og deltatt ved høstkonferansen i mikrobiologi. Også dette året har bioingeniørstudenter vært utplassert ved seksjonen for observasjon, automasjon og prosjektoppgaver. I løpet av året har vi hatt besøk fra flere andre laboratorier som har ønsket å hospitere ved seksjonen. 6.3 Seksjon for medieproduksjon/seksjon for substrat og spesialvask Ved innflytting i nytt Laboratoriesenter i oktober ble Seksjon for medieproduksjon endret til Seksjon for substrat og spesialvask. Omorganiseringen innebar overføring av tre stillinger slik at seksjonen ved utgangen av året hadde tilknyttet 14 stillinger, 1 seksjonsleder, 2 laboratorieingeniører II, 2 laboratorieingeniør, 2½ tekniker, 2 renholdsoperatører og 4½ assistent I. Seksjonsleder hadde i tillegg ansvaret for kvalitetssikringen ved avdelingen. Seksjonen har også dette året hatt mindre utvikling enn håpet, grunnet både flytteprosess og sykdom/langtidsfravær. Seksjon for substrat og spesialvask består av et produksjonslaboratorium, en vaskeenhet og en pakkeenhet. Produksjonslaboratoriet produserer faste og flytende dyrkningsmedier, reagenser og buffere. Vaskeenheten desinfiserer og rengjør laboratorieutstyr. Etter innflytting i nytt bygg utføres de tjenestene for både St. Olavs og NTNUs laboratorier i Laboratoriesenteret, Pakkeenheten pakker og steriliserer utstyr for bruk på laboratoriene. Ca. 75% av medieproduksjonen ble brukt innen avdelingen til rutineanalyser og til forskning, inkludert NTNUs mikrobiologiske forskningslaboratorium. Resten av produksjonen ble solgt til eksterne kunder. De største kundene var Helse Nord-Trøndelag ved Sykehuset Levanger og Sintef, men også private institusjoner kjøpte medier. Aktivitetene i året som har gått har vært preget av forberedelser til flytting og innkjøring/installering i nytt bygg. Nytt utstyr, lyse og romsligere arealer vil etter hvert gjøre arbeidsdagen og produksjonen bedre. Laboratoriet arbeider stadig med videreutvikling og utprøving av nye dyrkningsmedier. 6.4 Seksjon for sykehushygiene Seksjon for sykehushygiene (SSH) har ivaretatt infeksjonsovervåkning, smitteoppsporing, undervisning samt utarbeidelse og implementering av prosedyrer innen smitteforebygging på 6

7 St.Olavs Hospital. SSH fikk månedlig rundt 100 eksterne og interne telefonforespørsler om faglige råd. Helsebygg Midt-Norge benytter seg mye av seksjonens kompetanse. Både medvirkning i planlegging, rådgiving under byggeprosessen og befaring er vanlige oppgaver. Første halvår stod i lyset av gjennomføringen av den nasjonale håndhygienekampanjen. Den markerte overgangen fra håndvask til hånddesinfeksjon som standarttiltak. Utskifting av personal, oppstart av MRSAreferansefunksjonen og flytting til nytt laboratoriebygg var andre utfordringer i Nye sentrale forskrifter for smittevern trådde i kraft NOIS-forskriftens krav om insidensregistrering av postoperative sårinfeksjoner kunne ikke følges opp pga. manglende dataverktøy. Arbeidet med å utvikle dataverktøyet har kommet i gang og vil forhåpentligvis bli ferdig i løpet av 1. halvår Smittevernarbeid internt: Det ble gjennomført 4 prevalensundersøkelser. Andel av pasienter med sykehuservervede infeksjoner var på 6,4 % i snitt. Det har vært innlagte og polikliniske pasienter med MRSA. Fire større screeninger av personal på St.Olav ble nødvendig pga. uventete MRSA-funn. Ellers har norovirus krevet oppfølging. Et dataverktøy som overvåker forekomsten av problembakterier (WHO-net) har blitt tatt i bruk i 2005 og vil gi muligheten til å oppdage utbrudd raskere. Undervisning har vært utført som faste innslag ved kurs for nytilsatte, kurs om blodsmitte, undervisning på infusjonskurs, enkelttimer ved sengeposter og deltakelse i temadager for avdelinger. Dessuten opplæring for ansatte ved nye sentra for bruk av isolater osv. Metodebok i hygiene skal overføres til EQS. Arbeidet med det har foregått i 2005 og forventes avsluttet i første halvår Deretter vil papirversjonene bli fjernet fra avdelingene. Et samarbeid med apoteket om antibiotika forbruksdata har blitt startet. Smittevernarbeid eksternt: Det har ikke vært nye utbrudd med MRSA på sykehjem i Trøndelag. Seksjonen har derfor ikke jobbet så mye med kartlegging, rådgiving og oppfølging av MRSA-utbrudd på sykehjem som i 2002/03. SSH har arrangert to regionale samlinger av smittevernpersonell i regionen. Tuberkulosekontroll: Antallet personer som fikk profylaktisk behandling har økt betydelig over de siste to år og generert mye arbeid for tuberkulosekoordinatoren. I 2005 (2004) startet 16 (10) pasienter med tuberkulosebehandling, 46 (13) personer startet med forebyggende behandling % av pasientene er av utenlandsk bakgrunn. Laboratorievirksomhet: Siden har avdelingen mottatt MRSA-stammer fra nesten alle landets laboratorier i forbindelse med oppstarten av MRSA referansefunksjonen. PFGE karakteriseringen av disse stammene har krevd omtrent et bioingeniørårsverk. Se for øvrig eget avsnitt om referansefunksjon. Utover det ble rutinearbeidet med genteknologisk sammenligning av bakteriestammer med pulsfelt gelelektroforese både i sykehushygienisk sammenheng og for mikrobiologisk rutinediagnostikk utført. Muligheten med videre karakterisering av stammer med multilokus sekvenstyping og spatyping av MRSA stammer ble benyttet enkelte ganger. Screening for MRSA rundt påviste tilfeller er ressurskrevende i perioder. Bemanning: Etter at Olaf Scheel sluttet i februar ble Andreas Radtke ny seksjonsoverlege, først konstituert og fom i fast stilling. En ny hygienesykepleier (Kirsti Hermstad) med tilleggsutdanning i public health (mastergrad fra England) ble ansatt fom. 31.mai. 7

8 6.5 Nasjonalt referanselaboratorium for MRSA Behovet for et landsdekkende system for mikrobiologisk karakterisering av og etablering av en nasjonal stammebank for MRSA-isolater har vært etterlyst så vel fra mikrobiologisk fagmiljø som fra nasjonale smittevernmyndigheter i en årrekke. I 2004 ble lokaliseringen av en referansefunksjon for MRSA anbefalt lagt til St. Olavs Hospital (STOLAV) både av Lederforum for medisinsk mikrobiologi (Folkehelseinstituttet) samt Sosial- og helsedirektoratet. I påvente av endelig beslutning om lokalisering og drifting av referanselaboratoriet, oppfordret STOLAV via MSIS (2005-1) og separate brev, landets øvrige mikrobiologiske laboratorier til å sende alle nyoppdagete MRSA-isolater til genotypisk karakterisering og oppbevaring i nasjonal stammebank for MRSA. Endelig vedtak om å legge referanselaboratoriet for MRSA til STOLAV, ble fattet av Helse- og Omsorgsdepartementet desember I løpet av 2005 er det, fra de fleste områder i landet, blitt innsendt MRSA-bekreftede isolater fra totalt 341 enkeltpasienter. Isolater fra flest pasienter er innsendt fra Hordaland (56), fulgt av Vest- Agder (38), Sør-Trøndelag (37) og Rogaland (36). Alle isolater er karakterisert med pulsfelt gelelektroforese (PFGE) og 278 isolater (82 %) er videre karakterisert med multilokus sekvens typing (MLST) eller bedømt som MLST-like ut fra tilhørighet innen definerte PFGE-klynger. I landet som helhet, påvises hyppigst PFGE-klynger med likhet overfor ST 8 (69, herav Møre og Romsdal og Rogaland begge med 13), ST 45 med tilhørende single lokus varianter (66, herav Hordaland 36), ST 80 (44, herav Vest- Agder 13), ST 30 (41, herav Buskerud og Vest-Agder begge med 8) og ST 5 (34, herav Troms 12)(MRSA tabell 1). Referanselaboratoriet har gjennom 2005 benyttet PFGE som basismetode for genotyping. Metoden har stor diskriminerende styrke, men er problematisk å besvare, spesielt i situasjoner der like MRSA-genotyper forekommer hos flere innsenderlaboratorier. Referanselaboratoriet har derfor planer om å gå over til spa-typing som basismetode, supplert med MLST, SCCmec og evt PFGE. MRSA tabell 1 Enkeltpasienter med MLST-like MRSA isolater baser på PFGE-klynger Antall ST 5 lik ST 8 lik ST 30 lik ST 45 lik ST 80 lik 17 Østfold Akershus 1 Hedemark 10 Oppland Oslo Buskerud Vestfold Telemark Via SVA Aust-Agder 38 Vest-Agder Rogaland Hordaland Sogn og 2 10 Fjordane 19 Møre og Romsdal 37 Sør-Trøndelag Nord Trøndelag 13 Nordland Troms Via Finnmark UNN 341 TOTALT

9 Referanselaboratoriet vil i 2006 arbeide for å etablere et desentralisert nettverk for primærkarakterisering av MRSA. I et slikt nettverk kan de regionale kompetansesentra for MRSA karakterisere lokale utbrudd, mens den nasjonale epidemiologiske situasjonen karakteriseres med sekvensbasert metodikk av referanselaboratoriet. Arbeidet for å etablere en brukervennlig web-basert hjemmeside for besvarelser av prøver samt oversikt over regional og nasjonal epidemiologisk utvikling, vil også bli prioritert. 6.6 Forskning og utvikling FoU Året 2005 har i stor grad vært preget av flytteprosessen i forbindelse med nytt laboratoriesenter med noe redusert aktivitet på utviklingssiden. Innflytting i laboratoriesentret medførte en betydelig økning av arealene for de universitetsansatte innen mikrobiologi, men samtidig vil den økte fysiske avstanden og klarere skiller kreve en aktiv holdning for å opprettholde det kreative samarbeidet mellom universitetsoppgavene og universitetsklinikkens funksjon. Spesielt på utstyrssiden har man etter flytting fått nytt og bedre utstyr. Utviklingsarbeide med molekylærgenetiske metoder innen mikrobiologisk diagnostikk har fortsatt for mikrobielle agens ved luftveisinfeksjoner i samarbeid med barneavdelingen. Forskningsaktivitet knyttet til Gruppe B streptokokker (GBS) fortsetter med en stipendiat på et GBS-prosjekt i samarbeid Barneklinikken og Kvinneklinikken ved St.Olavs Hospital. Samarbeidet om GBS med en forskningsgruppe i Göteborg fortsetter, likeledes samarbeidsprosjektet i NUFU-regi med Universitetet i Harare, Zimbabwe hvor en ny PhD-student vil komme til avdeling primo Avdelingen har også forskningsaktivitet knyttet til Enteropatogene E.coli (EPEC) med en dr.gradsstipendiat. Hovedaktivitet for dette prosjektet i 2005 har vært molekylærgenetisk karakterisering av EPEC-isolater med bruk av microarray for karakterisering av virulensgener. Samarbeidet med ortopedisk avdeling vedrørende proteseinfeksjoner hat fortsatt i 2005 med en stipendiat utgående fra ortopedisk miljø. Her utgjør prospektive studier av revisjonsproteser med forbedret konvensjonell diagnostikk og molekylærgenetisk studier en hovedaktivitet. Forøvrig utføres hovedoppgaver i medisinstudiet ved Forskningslaboratoriet samt hovedfagsoppgaver ved andre studier. Det vises til separat vedlagt publikasjonsliste for 2005 utgående fra avdelingen Publikasjoner 2005 A. Artikler i referee-baserte tidskrifter / bokkapitel 2005: Bakken IJ, Nordbø SA, Skjeldestad FE. Prøvetakingsmønster og prevalens av chlamydiainfeksjon blant kvinner. Tidsskr Nor Lægeforen 2005; 125: Bakken IJ, Nordbø SA, Skjeldestad FE. Prøvetakingsmønster og prevalens av chlamydiainfeksjon blant menn. Tidsskr Nor Lægeforen 2005;

10 Bakken IJ, Bratt H, Skjeldestad FE, Nordbø SA. Påvisning av Chlamydia tracomatis i urin-, vulvaog cervixprøver. Tidsskr Nor Lægeforen 2005; 125: Lars S. Bevanger; Kåre Bergh; Johan A. Maeland. Streptococcus, Group B. Encyclopedia of Medical Genomics and ProteomicsT. Pp: 1-6 DOI: /E-EDGP Published on: 28/Nov/2005 Dahl T, Lange C, Odegard A, Bergh K, Osen SS, Myhre HO. Ruptured abdominal aortic aneurysm secondary to tuberculous spondylitis. Int Angiol. 2005,24 : Fjær RB, Bruu AL, NordbøSA. Extrahepatic bile duct atresia and viral involvement. Pediatr Transplant. 2005; 9: Kalland KH, Myrmel H, Nordbø SA. Nukleinsyrediagnostikk i medisinsk mikrobiologi. Tidsskr Nor Lægeforen 2005; 125: Larssen KW, Jacobsen T, Bergh K, Tvete P, Kvello E, Scheel O. Outbreak of methicillinresistant Staphylococcus aureus in two nursing homes in Central Norway. J Hosp Infect. 2005; 60: Maeland JA, Bevanger L, Lyng RV. Immunological markers of the R4 protein of Streptococcus agalactiae. Clin Diagn Lab Immunol. 2005; 12: Martinsen TC, Bergh K, Waldum HL. Gastric juice: a barrier against infectious diseases. Basic Clin Pharmacol Toxicol. 2005; 96: Review. Radtke A, Risnes K, Døllner H, Nordbø SA. Humant metapneumovirus virologiske og diagnostiske aspekter. Tidsskr Nor Lægeforen 2005; 125: Risnes K, Radtke A, Nordbø SA, Grammeltvedt AT, Døllner H. Humant metapneumovirus forekomst og klinisk betydning. Tidsskr Nor Lægeforen 2005; 125: Robertsson J, Petzold K, Lofvenberg L, Backman L. Folding of spectrin's SH3 domain in the presence of spectrin repeats. Cell Mol Biol Lett. 2005;10(4): Stenstrom B, Loseth K, Bevanger L, Sturegard E, Wadstrom T, Chen D. Gastric bypass surgery does not increase susceptibility to Helicobacter pylori infection in the stomach of rat or mouse. Inflammopharmacology 2005; 13: Torp SH, Bringedal K, Dalen A. Immunohistochemical detection of epidermal growth factor receptor in human high-grade astrocytomas--a comparison between frozen- and paraffin sections. J Exp Clin Cancer Res. 2005; 24: Witso E, Persen L, Benum P, Bergh K. Cortical allograft as a vehicle for antibiotic delivery. Acta Orthop ;76:

11 B. Presentasjoner med abstracts 2005 Afset, JE. Atypical enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) in Norwegian children. GREMIP Conference; Afset JE. Forårsaker atypisk Enteropatogen E.coli diaresykdom?. Årskonferansen; Afset JE, Bevanger LS, Bergh K. Analysis of atypical enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) strains by PFGE and DNA microarray of LEE genes. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM7); Bergseng H, Bevanger LS, Rygg M, Bergh K. Detection of Group B streptococcal (GBS) colonization in pregnant women at term A comparison between real-time PCR and optimized GBS culture. The XVIth Lancefield International symposium on Streptococci and Streptococcal Diseases; Cairns, Australia, Bergh K. Nukleinsyrebasert diagnostikk av Legionella. Årskonferansen; Bevanger L, Bergh K. Metoder for serotyping av gruppe B streptokokker og betegnelse på serovarianter vil trolig bli endret. Årskonferansen; Folkehelseinstituttet ; R.Hannula, L.Bevanger. Antibiotic susceptibility of Fusobacterium necrophorum strains causing serious infections. ECCMID; København; Jacobsen T. MRSA referansefunksjon. Norsk forum sykehushygiene. Bergen, juni Jacobsen T. Oppdatering om nasjonal referansefunksjon for MRSA. Årskonferansen; Folkehelseinstituttet ; Jacobsen T, Tveten Y. Nye retningslinjer for MRSA screening AFA anbefaler cefoxitin. Årskonferansen; Folkehelseinstituttet ; Moyo SR, Bevanger LS, Mavenyengwa RT, Madekufamba P, Masunga P, Meque E, Berejens C, Bergh K. Group B streptococcus (GBS) colonization and persistence in two diverse communities (rural and urban) in Zimbabwe. The XVIth Lancefield International symposium on Streptococci and Streptococcal Diseases; Cairns, Australia Nordbø SA. Adenovirus. Strategimøte 3. november 2005: Virale gastroenteritter. Folkehelseinstituttet, Oslo. Nordbø SA, Krokstad S, Døllner H. Humant bocavirus et nyoppdaget luftveisvirus. Årskonferansen desember Folkehelseinstituttet, Oslo. Nordbø SA, Krokstad S, Døllner H. Detection of human bocavirus in nasopharyngeal specimens from Norwegian children by real-time PCR Joint Meeting (Society for General Microbiology, UK and Society for Medical Microbiology, Norway), Bergen September Radtke A. Skal adoptivbarn screenes for MRSA? Årskonferansen, Folkehelsa, Scheel O, Marstein L, Jacobsen T, Jensen J, Andersen BM, Bergh K. Molecular epidemiology of MRSA outbreaks in nursing homes in Central Norway. International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM7), Victoria, Canada, May

12 Stølhaug A, Bergh K. Rapid differentiation of Legionella pneumophila from other Legionella species by 16S rdna real-time PCR and species identification by mip sequencing. 6 th International conference on Legionella, Chicago, Illinois October 16-20, Andre publikasjoner 2005 Radtke A, Jacobsen T, Bergh K. Internationally adopted children as a source for MRSA. Eurosurveillance Weekly 2005; 10(10):

13 7 Tabeller: Produksjonstall og funn 7.1 Produksjonstall Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total %-vis endring Bakteriologi ,42 % Parasittologi ,49 % Infeksjonsimmunologi ,57 % Virologi ,94 % Mykologi ,09 % Genteknologi ,01 % Annet ,09 % Sum ,53 % Antall undersøkelser gruppert på materiale for bakteriologi og mykologi Prøver totalt Aerob Fæces Patogene tarmbakterier Anaerob Serotyping tarmpat Helicobacter dyrkning Blodkultur Aerob Cl.diff toxin A/B Anaerob Resistens Analyser totalt Luftveier Nese Øre MRSA Dyrkning totalt Hals Ekspektorat GBS Typing Trakealsekret Bronkialskyllevæske Urogenital Dyrkning Bronkialbørste 7 8 GC dyrkning Hud/bløtdeler Vev Parasittologi Mikroskopi Hud Trichomonas dyrkning Sårsekret Giardia EIA Abscess Materiale totalt Mykobakteri er TB dyrkning Dir. mikroskopi Dir. Analyser totalt Grampreparat Sopp Dir. mikroskopi Urin Materiale totalt Soppdyrkning Soppdyrkning genital Gjærsopptyping

14 7.1.3 Infeksjonsimmunologiske undersøkelser Adenovirus antistoff - KBR : Herpes simplex IgG - ELISA : Anti-streptokokk-Dnase B : Herpes simplex IgM - ELISA : Antistreptolysin screening : Herpes simplex virus 1 IgG : Antistreptolysin titer : Herpes simplex virus 2 IgG : ASTA : 6 7 Heterofile as. hurtigtest : Bartonella henselae antistoff: HIV 1 antistoff hurtigtest : 1 0 Borrelia IgG - BLOT: 0 54 HIV 1 Western Blot : Borrelia IgG - ELISA : HIV 1+2 antistoff - ELISA : Borrelia IgM - BLOT: HIV 1+2 as - ELISA (ref. us) 0 45 Borrelia IgM - ELISA : HTLV I/II antistoff : 2 11 Borrelia IgM abs. med RHfaktor 0 2 Influensa A antistoff - KBR : Borrelia Ratio sp.v/serum : 7 27 Influensa B antistoff - KBR : Brucella abortus Bang antist.: Legionella antistoff ELISA : Candida antigen : 5 0 Legionella antistoff IF : 2 5 Chlamydia antistoff - KBR : Legionella antistoff titer IF: Cox.B-/Enterov. antist. KBR : Morbilli IgG - ELISA : Cytomegalovirus IgG - ELISA : Morbilli IgM - ELISA : Cytomegalovirus IgG - ELISA : 3 0 Mycoplasma antistoff - KBR : Cytomegalovirus IgM - ELISA : Mycoplasma IgG - ELISA : Cytomegalovirus IgM - ELISA : 3 0 Mycoplasma IgM - ELISA : Denguevirus antist. total 8 0 Parainfluensa antistoff KBR : Denguevirus IgG - ELISA: 0 11 Parotittvirus IgG - ELISA : Denguevirus IgM - ELISA: 0 11 Parotittvirus IgM - ELISA : EB virus early antigen IgG: 1 0 Parvovirus IgG - ELISA : EB virus nuclear antigen IgG: Parvovirus IgM - ELISA : EBNA IgG ratio: 0 1 Pertussis hemagglutinin IgA : EBVA VCA IgG ratio: 0 1 Pertussis hemagglutinin IgG : Epstein-Barr VCA IgG - ELISA : Pertussis toxin IgA : Epstein-Barr VCA IgM - ELISA : Pertussis toxin IgG : Francisella IgG - ELISA : Puumalavirus IgM: Francisella IgM - ELISA : Resp.sync.virus antistoff-kbr: Francisella mikroaggl. titer: RPR (VDRL) : 4 2 HCV konfirmasjonstest (RIBA) : RPR : Helicobacter IgG ELISA: Rubella antist. agglutinasjon: Hepatitt A IgM : Rubella IgG - ELISA : 0 6 Hepatitt A Total Rubella IgM - ELISA : Hepatitt B E - antigen : Tick-Born encephalitis - KBR: 0 18 Hepatitt B E - antistoff : Toxo Aviditet: 0 2 Hepatitt B hurtigtest : 1 1 Toxoplasma antistoff total : Hepatitt B S - antigen : Toxoplasma IgG Titrering : Hepatitt B S - antigen(ref.us) 0 97 Toxoplasma IgM Titrering : Hepatitt B S - antistoff: TPPA : Hepatitt Bc as total (ref. us) 0 70 Treponema EIA total Ig: Hepatitt Bcore antistoff total Varicella-Zoster IgG - ELISA : Hepatitt Bcore antistoff total 0 1 Varicella-Zoster IgM - ELISA : Hepatitt Bcore IgM : 14 6 VZV IgG ratio serum/spinalv.: 1 6 Hepatitt BS Ag - confirm.test: Widal-Salm. typhi-o antistoff: Hepatitt C antistoff (ref. us) 0 99 Widal-Salm.paratyphi-O antist: Hepatitt C antistoff : Yersinia - O-3 antistoff :

15 Hepatitt C hurtigtest : 1 1 Yersinia O3 ELISA IgA : Yersinia O3 ELISA IgG : Sum Antall undersøkelser for virologi og genteknologi Direkte antigenpåvisning, IF Chlamydia trach. PCR Direkte antigenpåvisning, fæces, EIA Elektronmikroskopi Antistoff i tårevæske PCR u/chlamydia tr Virusdyrkning Sekvenseringer Spesielt ressurskrevende undersøkelser Mykobakterieundersøkelser Pneumocystis carinii IF Legionella antigen IF Legionella antistoff IF HIV 1 Western blot HCV konfirmasjonstest (RIBA) Sekvenseringer Pulsfelt gelelektroforese CMV kvantitativ PCR 7 23 EBV kvantitativ PCR Hepatitt B kvantitativ PCR Hepatitt C kvantitativ PCR HIV kvantitativ PCR Virusdyrkning

16 7.1.6 Pulsfelt gelelektroforese Staphylococcus aureus (MSSA) Staphylococcus aureus (MRSA) Koagulase negative stafylokokker Pseudomonas aeruginosa Streptococcus pneumoniae 7 0 Legionella pneumophila 12 0 Gram negative stavbakterier Enterokokker 49 Andre 38 4 Sum Funn: bakteriologi, mykologi, parasittologi Blodkulturfunn (per pasient) Acinetobacter baumanii 1 Haemophilus influenzae type B 1 Acinetobacter lwoffi 1 Haemophilus parainfluenzae 1 Aerococcus species 1 Klebsiella ornithinolytica 1 Aerococcus urinae 1 Klebsiella oxytoca 13 Aeromonas veronii 1 Klebsiella pneumoniae 25 Alcaligenes xylosoxidans ssp xyloso. 1 Klebsiella pneumoniae ssp pneumon. 12 Alfahemolytiske streptokokker 3 Klebsiella species 2 Anaerobe diftroider 2 Lactobacillus species 1 Anaerobe gram neg. staver 1 Leptotrichia species 1 Bacillus cereus 3 Listeria monocytogenes 1 Bacillus species 4 Micrococcus species 6 Bacteroides fragilis 10 Moraxella catarrhalis 1 Bacteroides fragilis gruppen 1 Morganella morganii 1 Bacteroides species 4 Neisseria meningitidis gruppe B 1 Bacteroides thetaiotaomicron 2 Neisseria species 1 Bacteroides uniformis 1 Peptostreptococcus micros 2 Bacteroides ureolyticus 1 Peptostreptokokker, (anaer strept) 1 Bacteroides vulgatus 1 Prevotella oralis 1 Betahemolytiske streptokokker gr. A 12 Prevotella species 1 Betahemolytiske streptokokker gr. B 9 Propionibacterium acnes 7 Betahemolytiske streptokokker gr. G 2 Proteus mirabilis 25 Candida albicans 14 Pseudomonas aeruginosa 32 Candida dubliniensis 2 Pseudomonas putida 1 Candida glabrata (torulopsis glabr) 3 Rhizobium radiobacter (Agrob.radiobacter) 1 Candida kefyr (pseudotropicalis) 1 Salmonella enteritidis 2 Candida krusei 2 Salmonella stanley 1 Candida species 1 Salmonella thompson 1 Capnocytophaga species 1 Serratia marcescens 4 Citrobacter koseri 3 Staph. koagulase neg. (hvite staph.)

17 Clostridium perfringens 1 Staphylococcus aureus 80 Clostridium ramosum 1 Staphylococcus epidermidis 12 Clostridium septicum 4 Staphylococcus hominis 3 Clostridium sordellii 1 Staphylococcus lugdunensis 1 Clostridium species 2 Staphylococcus warneri 1 Corynebacterium species 1 Staphylococcus xylosus 1 Difteroide staver 8 Stenotrophomonas maltophilia 1 Enterobacter aerogenes 5 Streptococcus anginosus (milleri) 3 Enterobacter amnigenus 1 Streptococcus anginosus gruppe a 1 Enterobacter cloacae 11 Streptococcus anginosus gruppe c 1 Enterobacter sakazakii 1 Streptococcus bovis 1 Enterobacter species 1 Streptococcus constellatus 1 Enterococcus faecalis 43 Streptococcus dysgalactiae equisimilis 6 Enterococcus faecium 15 Streptococcus equi zooepidemicus 1 Enterococcus gallinarium 4 Streptococcus gordonii 1 Enterococcus hirae 1 Streptococcus intermedius 1 Enterokokker 1 Streptococcus mitis 3 Escherichia coli 182 Streptococcus oralis 5 Eubacterium limosum 1 Streptococcus parasanguis 1 Fusobacterium nucleatum 3 Streptococcus pneumoniae 74 Gardnerella vaginalis 1 Streptococcus pyogenes 4 Gemella morbillorum 1 Streptococcus salivarius 2 Gram negative staver 8 Streptococcus salivarus 1 Gram negative staver uidentifiserte 1 Streptococcus sanguis 3 Gram positive kokker 6 Veillonella species (anaerob gram negativ kokk) 1 Haemophilus influenzae 5 Sum

18 7.2.2 Dyrkningsfunn i spinalvæske 2005 Acinetobacter baumanii 2 Alfahemolytiske streptokokker 1 Betahemolytiske streptokokker gr. B 1 Betahemolytiske streptokokker gr. G 1 Coxsackie b virus type 5 1 Echovirus type 30 1 Enterococcus faecalis 3 Enterococcus faecium 1 Enterovirus - (Ikke poliovirus) 1 Escherichia coli 2 Gram positive kokker 1 Haemophilus influenzae 1 Neisseria meningitidis 1 Neisseria meningitidis gruppe B 1 Neisseria meningitidis gruppe C 1 Propionibacterium acnes 5 Pseudomonas aeruginosa 1 Serratia marcescens 1 Staph. koagulase neg. (hvite staph.) 5 Staphylococcus aureus 1 Streptococcus pneumoniae 6 Sum Dyrkningsfunn i leddvæske 2005 Alfahemolytiske streptokokker 1 Betahemolytiske streptokokker gr. A 4 Betahemolytiske streptokokker gr. B 1 Betahemolytiske streptokokker gr. G 1 Citrobacter freundii 1 Enterobacter cloacae 1 Enterococcus faecalis 3 Gram positive kokker 1 Propionibacterium acnes 1 Proteus mirabilis 1 Staph. koagulase neg. (hvite staph.) 12 Staphylococcus aureus 17 Staphylococcus epidermidis 1 Streptococcus pneumoniae 1 Sum Dyrkningsfunn i pleuravæske Acinetobacter baumanii 1 Haemophilus influenzae 1 Alfahemolytiske streptokokker 1 Mycobacterium gordonae 1 Betahemolytiske streptokokker gr. C 1 Mycobacterium tuberculosis 1 Betahemolytiske streptokokker gr. G 1 Neisseria species 1 Candida albicans 1 Pseudomonas aeruginosa 1 Clostridium species 1 Staph. Koagulase neg. (hvite staph.) 10 Eikenella corrodens 1 Staphylococcus aureus 4 Enterococcus faecalis 2 Streptococcus anginosus (milleri) 1 Enterococcus faecium 1 Streptococcus salivarius 1 Escherichia coli 2 Streptococcus sanguis 1 Gjærsopp 1 Syrefaste staver 2 Sum 29 18

19 7.2.5 ESBL, MRSA og VRE Antall personer med 1 bakterieisolat med ESBL (utvidet betalaktamase), MRSA (Meticillinresistente Staphylococcus aureus eller VRE (Vancomycin-resistente enterokokker) Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total ESBL MRSA VRE Patogene tarmbakterier utenom Salmonella (funn i avføringsprøver) 2005 Aeromonas caviae 3 Aeromonas hydrophila 1 Aeromonas sobria 1 Aeromonas species 10 Campylobacter coli 7 Campylobacter jejuni 209 Campylobacter species 3 Campylobacter upsaliensis 2 Clostridium difficile (toksin) 369 Enterohemorrhagisk E.coli (EHEC) 8 Enteropatogen E.coli (EPEC) 1 Enterotoksigen E.coli (ETEC) 13 Plesiomonas shigelloides 3 Shigella boydii 2 Shigella dysenteriae 1 Shigella flexnerii 6 Shigella sonnei 8 Yersinia enterocolitica Salmonella serotyper 2005 Salmonella arizonae 1 Salmonella blockley 1 Salmonella chester 1 Salmonella duisburg 1 Salmonella enterica 1 Salmonella enteritidis 55 Salmonella goald coast 1 Salmonella infantis 3 Salmonella kingston 1 Salmonella livingstone 1 Salmonella mbandaka 1 Salmonella muenchen 1 Salmonella newport 3 Salmonella ohio 1 Salmonella panama 1 Salmonella paratyphi A 1 Salmonella paratyphi B 3 Salmonella saint-paul 2 Salmonella schwarzengrund 1 Salmonella singapore 1 Salmonella species 4 Salmonella stanley 8 Salmonella thompson 1 Salmonella typhi 1 Salmonella typhimurium 19 Salmonella virchow 3 Sum

20 7.2.8 Funn Tb-laboratorium 2005 Mycobacterium avium 1 Mycobacterium avium intracellulare 20 Mycobacterium bovis 2 Mycobacterium fortuitum 1 Mycobacterium gordonae 4 Mycobacterium obuense 1 Mycobacterium malmoense 1 Mycobacterium peregrinum 1 Mycobacterium simiae 2 Mycobacterium tuberculosis komplex 18 Nocardia sp. 2 Rhodococcus sp. 2 Streptomyces sp 1 Tsukamurella tyrosinosolvens Sopp Parasitter 2005 Apatogene am\becyster 90 Ascaris lumbricoides egg 3 Ascaris lumbricoides mark 3 Blastocystis hominis 8 Cyclospora cayetanensis 1 Dermanyssus species (fuglemidd) 1 Dicrocoelium dendriticum (egg) 3 Diphyllobothrium latum egg 2 Entamoeba histolytica/dispar 38 Enterobius vermicularis egg 1 Giardia lamblia cyster mik/eia 39/44 Hakemark egg (ancylostoma eller necator) 4 Hymenolepis nana egg 7 Ixodes ricinus 2 Leishmania tropica 1 Pneumocystis carinii 1 Schistosoma haematobium 1 Schistosoma mansoni 1 Strongyloides stercoralis larver 6 Taenia saginata 1 Trichuris trichiura egg 13 Sum Cryptococcus species 1 Epidermophyton floccosum 4 Absidia species 1 Exophiala species 3 Acremonium species 3 Fusarium oxysporum 1 Aspergillus flavus 3 Fusarium species 1 Aspergillus fumigatus 23 Geotricum species 1 Aspergillus niger 12 Malassezia furfur (pityrosporum orb) 72 Aspergillus species 4 Malassezia furfur (pityrosporum ovale) 40 Aspergillus terreus 2 Microsporum canis 4 Candida albicans Paecilomyces species 1 Candida dubliniensis 12 Penicillium species 5 Candida famata (torulopsis candida) 3 Rhodotorula species 2 Candida glabrata (torulopsis glabr) 136 Saccharomyces cerevisiae 91 Candida guilliermondii 9 Scopulariopsis brevicaulis 5 Candida kefyr (pseudotropicalis) 2 Trichophyton mentagrophytes 12 Candida krusei 16 Trichophyton metagrophytes var/interdigitale 4 Candida lambica 1 Trichophyton metagrophytes var/mentagrophytes 4 Candida lipolytica 1 Trichophyton rubrum 370 Candida lusitaniae 8 Trichophyton soudanense 5 Candida norvegensis 9 Trichophyton species 5 Candida parapsilosis 81 Trichophyton tonsurans 4 Candida pelliculosa 1 Trichophyton verrucosum 3 Candida sake 1 Trichophyton violaceum 11 Candida species 4 Trichosporon mucoides 4 Candida tropicalis 22 Uidentifisert gjærsopp 286 Cladosporium species 1 Uidentifisert muggsopp 15 Sum

21 7.3 Funn: virus Antistoffpåvisning i tårevæske (IgA-immunflourescens) Adenovirus 3 8 Herpes simplex virus Varicella-zoster virus 2 0 Sum Antigenpåvisning i fæces (EIA) Adenovirus Astrovirus Rotavirus Sum Viruspåvisning i cellekultur Adenovirus Cytomegalovirus Enterovirus - (ikke poliovirus) Herpes simplex virus type Herpes simplex virus type Herpes simplex virus utypet 2 0 Humant metapneumovirus 6 35 Influensavirus a 3 36 Influensavirus b 1 6 Parainfluenzavirus type Parainfluenzavirus type Parainfluenzavirus type Parainfluenzavirus utypet 1 7 Respiratorisk syncytialt virus Rhinovirus 2 16 Varicella/zoster virus Sum Viruspåvisning ved immunfluorescens direkte på materiale HSV 6 2 Influensa A 0 8 Influensa B 0 1 Parainfluensa RSV IF VZV IF 10 4 Sum Viruspåvisning ved elektronmikroskopi Molluskvirus 3 0 Norovirus 5 0 Orfvirus 6 0 Sum

22 7.4 Funn: genteknologiske undersøkelser PCR Adenovirus - PCR: Influensa B virus PCR : 1 17 Bartonella henselae - PCR: 0 0 Kvalitativ HIV-PCR : 5 1 Bordetella parapertussis - PCR 0 0 Kvantitativ CMV-PCR : 7 23 Bordetella pertussis - PCR: Kvantitativ EBV-PCR : Chlamydia pneumoniae - PCR : Legionella pneumophila PCR : Chlamydia psittaci - PCR : 0 0 Listeria monocytogenes PCR : 2 1 Coronavirus - PCR : 0 1 Met.res.Staph.aureus PCR Coronavirus NL63 PCR : 0 0 Metapneumovirus - PCR : Coronavirus SARS - PCR : 0 0 Morbilli - PCR: 0 0 Cytomegalovirus - PCR : Mycobacterium PCR: 14 1 Enterohemor. E.coli (EHEC)PCR: Mycobacterium tuberculosis PCR Enteroinv. E.coli/Shigella PCR 6 11 Mycoplasma genitalium PCR : Enterotoxinprod. E.coli - PCR Mycoplasma pneumoniae PCR : Enterovirus - PCR : N. meningitidis serogruppe PCR 4 0 Epstein-Barr virus PCR: Neisseria Meningitidis PCR 6 1 Exfoliativt toxin (A/B) PCR: 12 5 Norovirus PCR : Francisella tularensis PCR 3 10 Orfvirus - PCR: 0 5 Gruppe B streptokokker - PCR 1 2 Parainfluensa 1 virus PCR: 0 0 H. pylori cag A PCR : 10 0 Parainfluensa 2 virus PCR: 2 0 H. pylori urease C PCR : Parainfluensa 3 virus PCR: 1 0 H. pylori vac A PCR : 22 0 Parainfluensavirus PCR: 0 17 HCV - PCR : Parvovirus B19 - PCR : 0 4 HCV kvantitering : Pneumolysin PCR Helicobacter pylori PCR P-valentine Leucocidin PCR: 0 1 Hepatitt B virus kvant. PCR Resp.syncitialt(RS)-virus PCR: 6 44 Hepatitt B virus- PCR : Rhinovirus - PCR : Hepatitt C virus - genotyping: Staph.aureus PCR 0 0 Hepatitt G - PCR : 5 1 Staphylococcus PCR: 5 6 Herpes simplex virus - PCR : Tropheryma Whippeli PCR : 0 0 HIV kvantitering : Ureaplasma urealyticum PCR : 0 0 Human papillomav-pcr konsensus Vancomycin res.(van A ) PCR: 1 1 Humant bocavirus PCR: 0 0 Vancomycin res.(van B ) PCR: 0 1 Humant Herpesvirus 6 - PCR : 2 11 Vancomycin res.(van C1) PCR: 3 0 Humant Herpesvirus 7 - PCR : 0 0 Vancomycin res.(van C2) PCR: 1 1 Humant Herpesvirus 8 - PCR : 2 3 Varicella Zoster virus - PCR : Influensa A virus PCR : 3 84 Sum

23 7.4.2 Funn agens i spinalvæske ved PCR Adenovirus - PCR: 1 0 Enterovirus - PCR : Epstein-Barr virus PCR: 3 13 Herpes simplex virus - PCR : 9 10 Humant Herpesvirus 6 - PCR : 1 0 Varicella Zoster virus - PCR : 9 8 Bakterier Neisseria Meningitidis PCR 5 1 Pneumolysin PCR 5 9 Staphylococcus PCR: 2 1 Gruppe B streptokokker - PCR 1 0 Sum Chlamydia trachomatis PCR Chlamydia trachomatis Bakterieidentifkasjon ved sekvensering av 16S rrna genet 2005 Actinobaculum species 1 Actinobacillus species 1 Aerococcus urinae 1 Aeromonas species 1 Bordetella bronchiseptica/parapertussis 1 Clostridium species 1 Corynebacterium species 1 Desulfovibrio desulfuricans 1 Desulfovibrio species 1 Eikenella corrodens 1 Enterococcus faecalis 1 Gardnerella vaginalis 1 Gordonia species 1 Leptothichia species 1 Neisseria species 2 Nocardia species 2 Pasteurella multocida 1 Peptoniphilus lacrimalis 1 Peptostreptococcus micros 1 Streptococcus gordonii 1 Streptococcus species 1 Sum 23 23

24 7.4.5 Adenovirus sekvensering Adenovirus Adenovirus Adenovirus Adenovirus 05 1 Adenovirus Adenovirus Adenovirus Adenovirus 22 1 Adenovirus 31 2 Adenovirus 35 1 Adenovirus Adenovirus 40 2 Adenovirus Sum Enterovirus sekvensering Coxsackie A2 1 Coxsackie A6 1 Coxsackie A9 3 Coxsackie A16 2 Coxsackie B2 2 Coxsackie B4 2 Coxsackie B5 4 3 Echovirus 3 3 Echovirus 5 1 Echovirus 7 1 Echovirus Echovirus 11 1 Echovirus 18 1 Echovirus 25 5 Enterovirus 71 1 Sum HPV-typing ved sekvensering Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Type Utypet 1 0 Sum Hepatitt C virus genotyping Genotype Genotype Genotype Genotype Sum

25 7.5 Medieproduksjon Produksjon av faste dyrkingsmedier Dyrkningsmedium Antall skåler 2004 Antall skåler 2005 Blodagar MacConkey agar Deco-agar Lages ikke FA-agar Resistensagar Sjokoladeagar MNYC Saboraud dextrose-agar SSI-agar Andre agarer Sum Produksjon av medier/reagenser på flasker og rør Medium/reagens Antall 2004 Antall 2005 Stuart transportmedium Cary Blair transportmedium Virus transportmedium Löwenstein Jensen medium Saltvannsrør GBS-buljong Anaerob buljong Andre medier/reagenser Sum Produksjon av medier/reagenser/oppløsninger Tot.prod (liter) Sum