Primer og probe design
|
|
- Ruben Nygård
- 7 år siden
- Visninger:
Transkript
1 Primer og probe design Kurs TH Molekylærgenetiske metoder i medisinsk mikrobiologi mars 2015 Kåre Bergh Overlege St.Olavs Hospital / professor NTNU
2 Tema Valg av målsete («target sequence») Primer design Probe design ( evt PCR optimalisering)
3 Litteratur søk Hva vites om aktuelle agens? Søk litteratur, f.eks Pubmed: Finnes et gen som er unik for dette agens? Single-gen eller multi-kopi gen? Publiserte PCR metoder Hvis ja, hvilke gener er benyttet? Hvis ja, hvor gammel publikasjon? Benyttet av andre senere? Hva er gjort på feltet senere år? Publisert nye alleler?
4 Genbank søk Søk i Genbank for gen-sekvenser Hvor konservert er aktuelle sekvens? Hvor mange ulike alleler er kjent? Alignment av alle kjente alleler, f.eks v hj a ClustalW Konserverte regioner Polymorfismer Passende områder for primere/ probe i konserverte del av genet? Designe primere/ probe(r)
5 OBS! Fallgruve ved alignment - retningsavhengig CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment 1 CTTCTTCTTCTT 12 2 AAGAAGAAGAAG 12. :. :. :. :
6 Hjelpemiddel for å omforme sekvenser: F.eks Reverse Complement converts a DNA sequence into its reverse, complement, or reverse-complement counterpart. You may want to work with the reverse-complement of a sequence if it contains an ORF on the reverse strand. Paste the raw or FASTA sequence into the text area below. >Sample sequence cttcttcttctt ******* The Sequence Manipulation Suite: Reverse Complement Results for 12 residue sequence "Sample sequence" starting "cttcttcttc". aagaagaagaag
7 OBS! Fallgruve ved alignment - retningsavhengig CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment CLUSTAL multiple sequence alignment etter sekvens 2 reverse complement 1 cttcttcttctt 2 cttcttcttctt ************ 1 cttcttcttctt 12 2 aagaagaagaag 12. :. :. :. :
8 Primerparets rolle Startpunkt for initiering av DNA syntese DNA polymeraser trenger en primer for start av DNA syntese Definerer PCR produktstørrelsen Komplementært til templat DNA Essentielt for spesifisitet til PCR reaksjonen
9 Ulike termer for primere Primer oligonukleotid Sense- Antisense Forward - Reverse Primer 1 -Primer 2
10 Primer egenskaper Hydrogen bindinger: GC basepar 3 stk AT basepar 2 stk GC mer stabil enn AT
11 Primer design Ingen eksakt vitenskap. Mye empiri Optimal primer lengde: (16-30) nt Primer smeltetemperatur (Tm) Avhengig av lengde og GC-innhold Flere måter på beregne / ulike formler for kalkulering Vanlig, enkel (ofte greit fungerende) metode: Tm = 2(A+T) + 4(G+C) Nearest neighbor method anses ofte best Eksempel web-basert Tm calculator: Anbefalt primer Tm: C Tm differanse mellom primere: < 5 C Tm diff primer vs PCR produkt: < 22 C
12 Primer design Repeats Ex: ATATATAT Kan medføre slipping av primer Max 4 dinukleotid repeats Runs Ex: AGCGGGGGATGGGG Kan forårsake mispriming Opp til 4 kan være akseptabelt
13 Primer design 3 -ende stabilitet Beregnes på basis av 5 siste baser i 3 - ende Mispriming mindre hvis 3 -ende ikke er for stabil GC clamp Fare for mispriming til GC-rike områder Maximum 3 G/C i 3 -ende GC-innhold (anbefalt %) Fortrinnsvis jevn/balansert fordeling av nt
14 Fri energi (kcal/mol) Primer design Mål for stabilitet til primer binding Beregnes ofte som Gibbs fri energi (ΔG), men flere metoder benyttes Avhengig av nukleotid sammensetning, elektrolytt konsentrasjon og temperatur Høy stabilitet ved lav ΔG (høy negativ verdi)
15 Primer design Sekundær-strukturer hårnål / hairpin Bør unngås i 3 -ende Bør ikke være for mange (men usikkert å kalkulere effekten), vurder energi og arbeidstemperatur Primer-dimerer Selv-dimer og kryss-dimer 3 -ende: ingen komplementaritet Intern (< 8nt)
16 Primer design Vanlig størrelse PCR-produkt: Konvensjonell PCR: bp Real-time PCR: SybrGreen: TaqMan probe: Hyb probe: (300) bp bp bp
17 Primer design Templat sekundær strukturer bør unngås Single strand DNA hybridiserer til seg selv Avhengig av ΔG og templat Tm Noen primer design-software kan beregne dette Viktigst ved design av kvantitativ PCR
18 Primer design Spesifisitet Perfekt match mellom primer og templat i 3 ende DNA-syntese pga DNA polymerase starter kun når 3 ende av primer festes til templatet Viktig for sikre spesifisitet for annealing til den korrekt målsekvens 5 ende mindre viktig mht spesifisitet Kan endre sekvense ved å legge inn restriksjon sete eller gjøre andre modifikasjoner Så primer BLAST for å sjekke spesifisitet
19 Primer design Resultat fra BLAST S Score Indikerer likhet mellom query sekvens og treffene i sekvuens databasee Score for en match: +2, og -1 for en mismatch E verdi expectation value Antall ulike alignments med score lik S som kan forventes å opptre tilfeldig Jo lavere E-verdi, jo mer signifikant er Score.
20 Primer design God primer? (mht sensitivitet og spesifisitet basert på BLAST resultater) 100 % komplementaritet til referanse sekvensen Høy Score og lav E-verdi Ulikhet til andre sekvenser som bør ha lavere Score og høyere E-verdi Dårlig primer? (mht spesifisitet basert på BLAST resultater) Komplementaritet med andre targets Lik Score og E-verdi som for referanse sekvensen
21 GenBank number Hits in GenBank Score the percent of the query length that is included in the aligned segments E-value GenBank number Lenght of hit Desciption of hit Query coverage Which strand Query searching sequence Sbject sequence of hit in the database
22 Software for primer design Kommersiell software OLIGO primer analysis software (Oligo.net ) AlleleID (Premier Biosoft) + andre Gratis programmer (eksempler) Primer-BLAST Primer3 GeneFisher
23
24 Primer design Degenererte primere Mix av primere 6 bases 2 6 = 64 forskjellige primere AGCTGACTGCTGATGCTAG AGGGGCTTGCTGGTGCTTG AGSKGMYTGCTGRTGCTWG
25
26
27 Probe design Generelle prinsipper (både TaqMan og Hybridiseringsprober Tm for probe(r) må være 5-10 C høyere enn for primerne For å sikre hybridisering av probe før primer annealing Unngå repetitive enheter og strekk av identiske nucleotider (slipping av probe;? Mispriming?) Unngå sekvenser med selv-komplementaritet (evt sekundær strukturer, redusert tilgjengelighet Unngå sekvenser som kan hybridisere til 3 ende av primere Kan danne primer-probe dimerer Blokker 3 ende av probe for å unngå elongering under PCR
28 Probe design TaqMan probe GC innhold: % Ikke G i 5 end Risiko for quenching Konstruerte probe bør ha flere C enn G (evt velge komplementær tråden) FRET probes Begge prober på samme tråd, 1-5 nucleotider fra hverandre, unngå C i gap Energy transfer mellom prober er avhengig av distanse Donor probe merkes med fluorescein i 3 end Akseptor probe merkes med fluorophore i 5 end
29 Probe design Unngå clustre av G og C i noen ende Proben kan bindes for sterkt til target Unngå ekstremt purin (A/G) -rike sekvenser Kan gi dårlig hybridisering Spesielle momenter for deteksjon av mutasjoner Sensor probe dekke predikert sete for mutasjonen Anchor probe producer fluorescens signalet Tm sensor < Tm anchor Sikre at proben som dekker mutasjonssetet vil kontrollere dannelsen av fluorescens signalet
30 Etablering av en nypcr Optimalisering av parametre som affiserer PCR reaksjonen Denaturering: temperatur og tid Annealing : temperatur og tid Ekstensjon : temperatur og tid MgCl 2 konsentrasjon Sensitivitet og spesifisitet Effektivitet Hvordan detektere / måle PCR produkt? Hvordan forbedre en dårlig PCR? Checkboard analysis (primer kons.c vs MgCl kons.)
31 Eksempler på noen modifikasjoner: - PNA - LNA - DPO
32 PNA (Peptide Nucleic Acid) prober Polyamid N-(2-aminethyl)-glycin skjelett istedet for sukker-fosfat i DNA / RNA Nt kovalent bundet til den uladete polyamid hydrofob ikke fosfat - mindre elektrostatisk repulsjon - sterkere binding - kortere prober - meget sensitiv for mismatcher
33 PNA prober Andre egenskaper: høy affinitet rask hybridiseringskinetikk bedre penetrasjon gj den hydrofobe bakterieveggen? økt resistens mot nukleaser/proteaser stabil over vidt ph område Betydelig økte kostnader
34 LNA: Locked Nucleic Acid Modifisert RNA nt Bro mellom 2 O og 4 C «locks in 3 endo-pos» Øker hybridiseringsegenskaper (+ antatt andre gunstige egenskaper som økt sensitivitet og spesifisitet) Mest brukt i DNA microarray og FISH, også som real-time PCRprimere og -prober
35 DPO: dual priming oligonucleotide: Hensikt hindre mismatch priming og uspesifikk priming
36 Teoretisk fordel med DPO: Første priming; stabilizer lokalisere primerbindings område, den andre «determiner» gir mulighet for kritisk spesifisitet. Sies å ha en «større komfortsone» (mindre optimalisering, mindre kritisk mht sekundærstrukturer, hairpins, kryss- og selv-komplementaritet)
Amplifikasjonsteknikker - andre metoder
Amplifikasjonsteknikker - andre metoder Svein Arne Nordbø TH-28973 17.03.15 Alternative amplifikasjonsmetoder Templat-amplifikasjons metoder Signal-amplifikasjonsmetoder Templat-amplifikasjons metoder
DetaljerMolekylær patologi Amplifikasjonsmetoder
Molekylær patologi Amplifikasjonsmetoder Emiel Janssen Seksjonsleder for Kvantitativ og Molekylær Patologi Daglig leder for laboratoriet for molekylær biologi Avdeling for Patologi Stavanger Universitetssjukehus
DetaljerML-208, generell informasjon
ML-208, generell informasjon Emnekode: ML-208 Emnenavn: Molekylærbiologi Dato:20.12.2017 Varighet:4 timer Tillatte hjelpemidler: Ingen Merknader:Lag gjerne tegninger og figurer for å illustrere og forklare
DetaljerML-208, generell informasjon
ML-208, generell informasjon Emnekode: ML-208 Emnenavn: Molekylærbiologi Dato:20.12.2017 Varighet:4 timer Tillatte hjelpemidler: Ingen Merknader:Lag gjerne tegninger og figurer for å illustrere og forklare
DetaljerBruk av genteknologiske analyser ved diagnostikk av luftveisinfeksjoner. Gardermoen 27.02.08. Svein Arne Nordbø
Bruk av genteknologiske analyser ved diagnostikk av luftveisinfeksjoner Gardermoen 27.2.8 Svein Arne Nordbø Aktuelle genteknologiske metoder Hybridiseringsmetoder Ampifikasjonsmetoder PCR Konvensjonell
DetaljerMolekylære metoder i medisinsk mikrobiologi.
- 1 - Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi. Laboratorieøvelser onsdag 18.mars 2014. Øvelser: 5. Gelelektroforese på PCR produkt fra meca og nuc PCR fra dag 1 6. Mycobakterium genus FRET realtime
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i: KJB 492 Bioinformatikk Eksamensdag: Fredag 14. desember 2001 Tid for eksamen: Kl.: 9.00 13.00 Oppgavesettet er på 7 sider. Vedlegg:
DetaljerRealitetsuttalelse i patentsøknad nr
Zacco Norway AS Postboks 2003 Vika 0125 OSLO Oslo, 2013.11.11 Deres referanse:p61202980no00 EKR/LWA Svarfrist: 2014.05.13 Søknadsnr.: 20130468 (må oppgis ved svar) 1 Søker: NIVA Realitetsuttalelse i patentsøknad
Detaljer2. Fremgangsmåten ifølge krav 1, hvori dsrna-duplekset har en lengde fra 8 basepar (bp) ti 30 bp.
1 Patentkrav 1. Fremgangsmåte for å endre et mål-dna, der fremgangsmåten omfatter å bringe mål-dna-et i kontakt med et kompleks omfattende: (a) et Cas9-polypeptid og (b) et enkeltmolekyl-rna som er målrettet
DetaljerOversikt over kap. 11. Kap. 11 Den direkte påvisning av genotype skiller individuelle genomer. Fire klasser av DNA polymorfismer.
Kap. 11 Den direkte påvisning av genotype skiller individuelle genomer Oversikt over kap. 11 Fire klasser av DNA variasjon til direkte påvisning av genotype. Metoder som bruker hybridisering, elektroforese,
DetaljerUtvikling av real-time PCR assay for påvisning av Staphylococcus epidermidis
Hanne Regine Hognestad Utvikling av real-time PCR assay for påvisning av Staphylococcus epidermidis Veileder: Kåre Bergh Hovedoppgave i medisin Trondheim, januar 2016 Norges teknisk-naturvitenskapelige
DetaljerLINEZOLIDRESISTENS HOS GRAM-POSITIVE KOKKER
LINEZOLIDRESISTENS HOS GRAM-POSITIVE KOKKER KRISTIN HEGSTAD INNHOLD Linezolid Prevalens resistens Tedizolid nytt oxazolidinon Kliniske brytningspunkter Resistensmekanismer Molekylære metoder for deteksjon
DetaljerFYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, DNA, RNA, Translasjon, Transkripsjon Proteinsyntese, Cellesyklus
FYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, 2017 7 DNA, RNA, Translasjon, Transkripsjon Proteinsyntese, Cellesyklus Einar Sagstuen, Fysisk institutt, UiO 18.09.2017 1 DNA A / C / G / T 2 -deoxyribose monofosfate
DetaljerGenotyping ved bruk av Loop-mediert Isotermal DNA-amplifisering (LAMP)
Genotyping ved bruk av Loop-mediert Isotermal DNA-amplifisering (LAMP) Hundhausen, T.; Hulsbeek, M.; Avreid, T.; Heggøy, M.; Lacsamana, N.; Tednes, U.; Slettan, A. Genotyping is the process of determining
DetaljerForelesninger i BI Cellebiologi. Protein struktur og funksjon - Kap. 3
Forelesninger i BI 212 - Cellebiologi Protein struktur og funksjon - Kap. 3 Tor-Henning Iversen, Plantebiosenteret (PBS),Botanisk institutt,ntnu e-mail : Tor-Henning.Iversen@chembio.ntnu.no Tlf. 73 59
DetaljerNye genetiske metoder for en mer effektiv overvåkning av giftproduserende cyanobakterier
Nye genetiske metoder for en mer effektiv overvåkning av giftproduserende cyanobakterier Sigrid Haande, NIVA Fagtreff i Vannforeningen, 11.05.2009 25. mai 2009 1 Innhold Toksinproduserende cyanobakterier
DetaljerFYS3710 Molekylærbiologi
1 2 I en eukaryot celle er kromosomene festet i en indre membran som omgir en kjerne. Proteinene produseres i cellens cytoplasma. 3 I en prokaryot celle (for eksempel en bakteriecelle) er det ett kromosom.
DetaljerDynamic Programming Longest Common Subsequence. Class 27
Dynamic Programming Longest Common Subsequence Class 27 Protein a protein is a complex molecule composed of long single-strand chains of amino acid molecules there are 20 amino acids that make up proteins
DetaljerExamination paper for (BI 2015) (Molekylærbiologi, laboratoriekurs)
Department of (Biology) Examination paper for (BI 2015) (Molekylærbiologi, laboratoriekurs) Academic contact during examination: Thorsten Hamann Phone: 91825937 Examination date: 19.12.2016 Examination
DetaljerMolekylære metoder i medisinsk mikrobiologi.
- 1 - Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi. Laboratorieøvelser tirsdag 17.mars. Øvelser: 1. Ekstraksjon av nukleinsyrer ved varmelysering (S. aureus) 2. DNA-isolering med Qiagen kolonne (to prøver:
DetaljerLuftveisinfeksjoner - PCR-basert diagnostikk. Anne-Marte Bakken Kran Overlege, førsteamanuensis Mikrobiologisk avd. UOS Ullevål
Luftveisinfeksjoner - PCR-basert diagnostikk Anne-Marte Bakken Kran Overlege, førsteamanuensis Mikrobiologisk avd. UOS Ullevål Temaer PCR-basert mikrobiologisk diagnostikk Klinisk betydning av funn/fravær
DetaljerInformation search for the research protocol in IIC/IID
Information search for the research protocol in IIC/IID 1 Medical Library, 2013 Library services for students working with the research protocol and thesis (hovedoppgaven) Open library courses: http://www.ntnu.no/ub/fagside/medisin/medbiblkurs
DetaljerAppendix C. ClustalW alignments and. Blast search results
Appendix C ClustalW alignments and Blast search results 167 NOP56 protein alignment CLUSTAL W (1.81) Multiple Sequence Alignments Sequence format is Pearson Sequence 1: Arabidopsis-T6H22 Sequence 2: Cicer
DetaljerNucleic Acid Research Group Study:
Nucleic Acid Research Group 2007-2008 Study: A Comparison of Different Priming Strategies for cdna Synthesis by Reverse Transcriptase as Measured by Real-Time RT-qPCR NARG Survey Results for Types of Primers
DetaljerNORGE. Patentstyret (12) SØKNAD (19) NO (21) (13) A1. (51) Int Cl.
(12) SØKNAD (19) NO (21) 161140 (13) A1 NORGE (1) Int Cl. C12N 1/11 (06.01) C12N 1/09 (06.01) C12Q 1/68 (06.01) Patentstyret (21) Søknadsnr 161140 (86) Int.inng.dag og søknadsnr 06.03.03 PCT/KR06/00746
DetaljerMolekylærbiologiske målemetoder: Mange metoder og noen anvendelser
Molekylærbiologiske målemetoder: Mange metoder og noen anvendelser Kari Bente Foss Haug, Seksjon for forskning Avdeling for medisinsk biokjemi Oslo universitetssykehus, Ullevål Molekylærbiologi: Molekylære
DetaljerCOMPAS-PCR fremgangsmåte og fremgangsmåter for påvisning, identifisering eller overvåking av laksearter og /eller kjønn
COMPAS-PCR fremgangsmåte og fremgangsmåter for påvisning, identifisering eller overvåking av laksearter og /eller kjønn 1 OPPFINNELSENS OMRÅDE Foreliggende oppfinnelse tilveiebringer en asymmetrisk PCR-metode;
DetaljerKapittel 12: FRA DNA TIL PROTEIN:
Kapittel 12: FRA DNA TIL PROTEIN: fra genotype til fenotype 1. Gener og polypeptider 2. DNA, RNA og informasjonsflow 3. Transkripsjon: DNA-dirigert RNA-syntese 4. Den genetiske kode 5. Aktører i Translasjon
DetaljerBLAST. Blast. Noen mulige sammenstilling av CHAEFAP og CAETP. Evolusjonær basis for sekvenssammenstilling. Sekvenssammenstilling og statistikken brukt
Blast BLAST Sekvenssammenstilling og statistikken brukt Finner best mulig sammenstilling(er), evt. finner veldig gode sammenstillinger. Kan teoretisk unngå å finne beste sammenstilling. Avgjør om sammenstillingen
DetaljerNORGE. Patentstyret (12) SØKNAD (19) NO (21) (13) A1. (51) Int Cl.
(12) SØKNAD (19) NO (21) 1468 (13) A1 NORGE (1) Int Cl. C12Q 1/68 (06.01) Patentstyret (21) Søknadsnr 1468 (86) Int.inng.dag og søknadsnr (22) Inng.dag 13.04.08 (8) Videreføringsdag (24) Løpedag 13.04.08
DetaljerKvalitetskontroll av genteknologiske metoder
RAPPORT 2018 STRATEGIMØTE 2017 Kvalitetskontroll av genteknologiske metoder Program Oppsummering Abstrakter Redaktører: Andreas Christensen, St. Olavs hospital Øyvind Kommedal, Haukeland Universitetssjukehus
DetaljerFlerveis søketrær og B-trær
Flerveis søketrær og B-trær Flerveis (multi-way, n-ært) søketre Generalisering av binært søketre Binært søketre: Hver node har maksimalt 2 barn og 1 nøkkelverdi. Barna ligger sortert på verdi i forhold
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF2300 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Tirsdag 15. juni 2004 Tid for eksamen : 09.00 12.00 Oppgavesettet er på : 13
Detaljer(12) Translation of european patent specification
(12) Translation of european patent specification (11) NO/EP 26098 B1 (19) NO NORWAY (1) Int Cl. C07K 14/08 (06.01) C12Q 1/70 (06.01) Norwegian Industrial Property Office (21) Translation Published 16..24
DetaljerCOMPAS-PCR fremgangsmåte og fremgangsmåter for påvisning, identifisering eller overvåking av laksearter, kit, samt anvendelse av metoden og kit
COMPAS-PCR fremgangsmåte og fremgangsmåter for påvisning, identifisering eller overvåking av laksearter, kit, samt anvendelse av metoden og kit 1 OPPFINNELSENS OMRÅDE Foreliggende oppfinnelse tilveiebringer
DetaljerHva kan vi bruke WGS til?
Hva kan vi bruke WGS til? (innen klinisk bakteriologi / forskning) Ola Brynildsrud Bioinformatiker/forsker Folkehelseinstituttet En forelesning på Bioingeniørdagen, 11. april 2018 «In five years time,
DetaljerSystem integration testing. Forelesning Systems Testing UiB Høst 2011, Ina M. Espås,
System integration testing Forelesning Systems Testing UiB Høst 2011, Ina M. Espås, Innhold Presentasjon Hva er integration testing (pensum) Pros og cons med integrasjonstesting Når bruker vi integration
DetaljerSupporting Information
Electronic Supplementary Material (ESI) for Molecular BioSystems. This journal is The Royal Society of Chemistry 2015 Supporting Information Molecular simulations studies on the binding selectivity of
DetaljerKlinisk molekylærmedisin (1): Diagnostikk av større delesjoner og rearrangementer
Pediatrisk Endokrinologi 2001;15:61-65. Klinisk molekylærmedisin (1): Diagnostikk av større delesjoner og rearrangementer Pål Rasmus Njølstad 1, Dagfinn Aarskog Seksjon for endokrinologi og metabolisme,
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
Kandidatnummer: BOKMÅL UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF3350/INF4350 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Tirsdag 5. desember 2006 Tid for eksamen : 15.30
DetaljerBasepar i DNA. TFY4215 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk Våren 2006 Kjemisk fysikk Øving 3 Innleveringsfrist, gruppe 1: gruppe 2:
TFY4215 Kjemisk fysikk og kvantemekanikk Våren 2006 Kjemisk fysikk Øving 3 Innleveringsfrist, gruppe 1: 07.05. gruppe 2: 09.05. Basepar i DNA. Innledning DNA, deoxyribonucleic acid er molekylene som inneholder
DetaljerGeWare: A data warehouse for gene expression analysis
GeWare: A data warehouse for gene expression analysis T. Kirsten, H.-H. Do, E. Rahm WG 1, IZBI, University of Leipzig www.izbi.de, dbs.uni-leipzig.de Outline Motivation GeWare Architecture Annotation Integration
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF2300 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Mandag 6. juni 2005 Tid for eksamen : 09.00 12.00 Oppgavesettet er på : xx
Detaljer(12) PATENT (19) NO (11) (13) B1. (51) Int Cl. NORGE. Patentstyret
(12) PATENT (19) NO (11) 337188 (13) B1 NORGE (1) Int Cl. C12Q 1/68 (2006.01) Patentstyret (21) Søknadsnr 20130468 (86) Int.inng.dag og søknadsnr (22) Inng.dag 2013.04.08 (8) Videreføringsdag (24) Løpedag
DetaljerBasepar i DNA. TFY4215 Innføring i kvantefysikk Øving 13 Molekylfysikk
TFY4215 Innføring i kvantefysikk Øving 13 Molekylfysikk Basepar i DNA. Innledning DNA, deoxyribonucleic acid er molekylene som inneholder biologiske cellers genetiske informasjon. DNA er en såkalt biopolymer
DetaljerGensøk. Oppsummering. Typer av sammenstillinger. Sammenstilling av sekvenser. To prinsipper for søking etter gener i DNA:
Oppsummering Gensøk Oppsummeringen som gis her omfatter bare de temaer som er forelest av Ole Christian, og er ikke ment å være komplett. I korte trekk gjelder for denne delen av pensum som for de øvrige:
DetaljerUniversitetet i Oslo
Universitetet i Oslo Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i: MBV1030 - Generell biokjemi Eksamenstype: Midtterminseksamen Eksamensdag: Mandag 11. oktober 2004 Tid for eksamen: kl 14.30 17.30
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet BIOKJEMISK INSTITUTT
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet BIOKJEMISK INSTITUTT Eksamen i: KJB492 - Bioinformatikk, 3 vekttall Eksamensdag: Onsdag 13.november 2000 Tid for eksamen: kl. 09.00-13.00
DetaljerBAKGRUNN FOR OPPFINNELSEN OMRÅDE FOR OPPFINNELSEN
BAKGRUNN FOR OPPFINNELSEN OMRÅDE FOR OPPFINNELSEN Den foreliggende oppfinnelse vedrører forskjellige framgangsmåter som benytter en oligonukleotid med dobbel spesifisitet, og en oligonukleotid med dobbel
DetaljerFlervalgsoppgaver: proteinsyntese
Flervalgsoppgaver - proteinsyntese Hver oppgave har ett riktig svaralternativ. Proteinsyntese 1 Hva blir transkribert fra denne DNA sekvensen: 3'-C-C-G-A-A-T-G-T-C-5'? A) 3'-G-G-C-U-U-A-C-A-G-5' B) 3'-G-G-C-T-T-A-C-A-G-5'
DetaljerEmnedesign for læring: Et systemperspektiv
1 Emnedesign for læring: Et systemperspektiv v. professor, dr. philos. Vidar Gynnild Om du ønsker, kan du sette inn navn, tittel på foredraget, o.l. her. 2 In its briefest form, the paradigm that has governed
DetaljerPBM 233 Mikrobiologi for farmasøyter
PBM 233 Mikrobiologi for farmasøyter Faglærer 2004: Per Arne Risøen Biologisk seksjon, ZEB Kap. 11 Mikrobiell evolusjon og systematikk Dateringer av fossiler viser at bakterier oppstod for ca. 3,6 milliarder
DetaljerThe Norwegian Citizen Panel, Accepted Proposals
PROGRAMMER NOTE: There are 4 ways question is asked. That is, each of these one of these 4 questions. Please be sure to use a truly random assignment method to determine
DetaljerGraphs similar to strongly regular graphs
Joint work with Martin Ma aj 5th June 2014 Degree/diameter problem Denition The degree/diameter problem is the problem of nding the largest possible graph with given diameter d and given maximum degree
Detaljer5 E Lesson: Solving Monohybrid Punnett Squares with Coding
5 E Lesson: Solving Monohybrid Punnett Squares with Coding Genetics Fill in the Brown colour Blank Options Hair texture A field of biology that studies heredity, or the passing of traits from parents to
DetaljerUnit Relational Algebra 1 1. Relational Algebra 1. Unit 3.3
Relational Algebra 1 Unit 3.3 Unit 3.3 - Relational Algebra 1 1 Relational Algebra Relational Algebra is : the formal description of how a relational database operates the mathematics which underpin SQL
DetaljerKlinisk molekylærmedisin (3): DNA-sekvensering
Pediatrisk Endokrinologi 2002;16:51 56 Klinisk molekylærmedisin (3): DNA-sekvensering elge Ræder 1, Maria Ræder 2, Pål Rasmus Njølstad 1,3,4 1 Pediatrisk institutt, Universitetet i Bergen; 2 Anestesiavdelingen
DetaljerKlinisk molekylærmedisin (4): Indirekte diagnostikk ved koblingsanalyser
PEDENDO_SISTE_slutt.qxd 18.12.2003 21:34 Side 32 Pediatrisk Endokrinologi 2003;17: 34-38 Klinisk molekylærmedisin (4): Indirekte diagnostikk ved koblingsanalyser Pål Rasmus Njølstad 1,2,3,Jørn V. Sagen
DetaljerNytt fotopigment funnet hos fisk
Nytt fotopigment funnet hos fisk I vår molekylære søken etter synspigmenter hos torsk ble et nytt fotopigment funnet, som tidligere ikke er kjent fra teleoster. Dette fotopigmentet hører til melanopsin
DetaljerOm Kurset og Analyse av Algoritmer
Om Kurset og Analyse av Algoritmer Lars Vidar Magnusson 8.1.2014 Praktisk informasjon om kurset Hva er en algoritme? (kapittel 1) Hvordan analysere en algoritme? (kapittel 2) Praktisk Informasjon Introduction
DetaljerGYRO MED SYKKELHJUL. Forsøk å tippe og vri på hjulet. Hva kjenner du? Hvorfor oppfører hjulet seg slik, og hva er egentlig en gyro?
GYRO MED SYKKELHJUL Hold i håndtaket på hjulet. Sett fart på hjulet og hold det opp. Det er lettest om du sjølv holder i håndtakene og får en venn til å snurre hjulet rundt. Forsøk å tippe og vri på hjulet.
DetaljerKJ2050 Analytisk kjemi, GK
KJ2050 Analytisk kjemi, GK Kromatografi (Analytiske separasjoner og kromatografi) 1. Innledning (og noe terminologi) 2. Noe generell teori A. Retensjonsparametre B. Sonespredning C. Sonespredningsmekanismer
DetaljerUV-desinfeksjon - effekt på amøbens evne til å. framkalle sykdom
MATEMATISK NATURVITENSKAPELIG FAKULTET UV-desinfeksjon - effekt på amøbens evne til å framkalle sykdom Mark Powell Universitetet i Bergen NIVA Takk til Anders Lepperød (UiB) MSc thesis Herman Kvinnsland
DetaljerGjermund Vidhammer Avdelingsleder Governance, risk & compliance
VEIEN TIL GDPR: PLANLEGG DINE NESTE 12 MÅNEDER Gjermund Vidhammer Avdelingsleder Governance, risk & compliance Agenda Hvordan påvirker GDPR arbeid med informasjonssikkerhet Etterlevelse: plan for de neste
DetaljerNeural Network. Sensors Sorter
CSC 302 1.5 Neural Networks Simple Neural Nets for Pattern Recognition 1 Apple-Banana Sorter Neural Network Sensors Sorter Apples Bananas 2 Prototype Vectors Measurement vector p = [shape, texture, weight]
DetaljerNGS (Neste Generasjons Sekvensering) i diagnostikk, erfaringer og resultater
NGS (Neste Generasjons Sekvensering) i diagnostikk, erfaringer og resultater Emiel Janssen Seksjonsleder for Kvantitativ og Molekylær Patologi Daglig leder for laboratoriet for molekylær biologi Avdeling
DetaljerAngir sannsynligheten for å finne fordelingen av elektroner i rommet
Atom Orbitaler Angir sannsynligheten for å finne fordelingen av elektroner i rommet Matematisk beregning gir formen og orientering av s, p, d og f orbitaler Kun s og p orbitalene viktige i organisk kjemi
DetaljerExamination paper for Bi2014 Molecular Biology
Department of Biology Examination paper for Bi2014 Molecular Biology Academic contact during examination: Professor Atle M. Bones Phone: (+47-)91897237 Examination date/eksamensdag: 8. December 2017 Examination
DetaljerForelesninger i BI Cellebiologi. Enzymer : senker aktiveringsenergien. Figure 6.13
Enzymer : senker aktiveringsenergien Figure 6.13 Aktive seter : camp-avhengig protein kinase *For å illustrere hvordan det aktive setet binder et spesifikt substrat er valgt som eksempel camp-avhengig
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
Bokmål UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF2300 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Mandag 6. juni 2005 Tid for eksamen : 09.00 12.00 Oppgavesettet er på
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i: MBV3070 Eksamensdag: 10. juni 2005 Tid for eksamen: 9:00 12:00 Oppgavesettet er på 3 side(r) Vedlegg: Ingen Tillatte hjelpemidler:
DetaljerFonema 1 - Metodeutvikling for naturtro norsk talesyntese
Prosjektforslag: Fonema 1 - Metodeutvikling for naturtro norsk talesyntese Jon Emil Natvig elenor FoU 1) (gr. Fonema: lyd av stemme, tale) Motivasjon Norsk talesyntese Ikke god nok i dag Internasjonal
DetaljerArabidopsis thaliana, vårskrinneblom
Arabidopsis thaliana, vårskrinneblom Tilhører Brassicaceae familien og ligger under ordenen Capparales. Nært beslektede planter er f. eks. raps og kål. Arabidopsis thaliana har i flere år vært en av modell
DetaljerDette vil jeg si noe om
Diagnostisk klinikk Klinisk patologi Kvalitetssikring av molekylærgenetiske undersøkelser Ann Hilde Kalsaas Seksjon for Molekylær Patologi Universitetssykehuset Nord-Norge Dette vil jeg si noe om Litt
DetaljerDatabases 1. Extended Relational Algebra
Databases 1 Extended Relational Algebra Relational Algebra What is an Algebra? Mathematical system consisting of: Operands --- variables or values from which new values can be constructed. Operators ---
DetaljerExamination paper for Bi2014 Molecular Biology
Department of Biology Examination paper for Bi2014 Molecular Biology Academic contact during examination: Professor Atle M. Bones Phone: (+47-)91897237 (+47-73598692) Examination date/eksamensdag: 9. June
Detaljerpnvdb Documentation Release Jan Tore Kyrdalen
pnvdb Documentation Release 0.1.0 Jan Tore Kyrdalen Oct 31, 2017 Contents 1 Installation 3 2 Getting started 5 3 Methods 7 3.1 status................................................... 7 3.2 objekt...................................................
DetaljerExercise 1: Phase Splitter DC Operation
Exercise 1: DC Operation When you have completed this exercise, you will be able to measure dc operating voltages and currents by using a typical transistor phase splitter circuit. You will verify your
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO ØKONOMISK INSTITUTT
UNIVERSITETET I OSLO ØKONOMISK INSTITUTT Eksamen i: ECON20/420 Matematikk 2: Matematisk analyse og lineær algebra Exam: ECON20/420 Mathematics 2: Calculus and Linear Algebra Eksamensdag: Fredag 2. mai
DetaljerEvaluering av vernet. Ellen Arneberg Fagsamling Asker mai 2009
Evaluering av vernet Ellen Arneberg Fagsamling Asker mai 2009 fra st.prp.nr 1 (2004-2005) Forankring I medhald av St.meld. nr. 42 (2000-2001) Biologisk mangfold og St.meld. nr 25 (2002-2003) Regjeringens
DetaljerUNIVERSITY OF OSLO. Make sure that your copy of this examination paperis complete before answering.
UNIVERSITY OF OSLO Faculty of Mathematics and Natural Sciences Exam in BIO4200 Molecular Evolution Day of exam: Wednesday December 17th Exam hours: 14.30 17.30 This examination paper consists of 2 pages.
DetaljerGonoré. Diagnostikk terapi resistens. Overlege / professor Kåre Bergh. Avd for med.mikrobiologi / NTNU. Høstkonferansen 2015
Gonoré Diagnostikk terapi resistens Høstkonferansen 2015 Overlege / professor Kåre Bergh Avd for med.mikrobiologi / NTNU 1 Gonoré meldt MSIS i 2014 etter bostedsfylke (rate per 100 000 innb.) FHI: Smittevernboka
DetaljerSERK1/2 Acts as a Partner of EMS1 to Control Anther Cell Fate Determination in Arabidopsis
SERK1/2 Acts as a Partner of EMS1 to Control Anther Cell Fate Determination in Arabidopsis Supplemental Data Supplemental Figure S1 Supplemental Figure S1. Identification of the ems1-2 weak allele. A,
DetaljerMolekylær diagnostikk av Leishmaniasis og Malaria
Molekylær diagnostikk av Leishmaniasis og Malaria Bioingeniør Gunilla Løvgården Seksjon for utvikling, Ullevål Avdeling for mikrobiologi Oslo universitetssykehus Leishmaniasis forårsakes av parasitten
DetaljerVIALOX NAV-T SUPER 4Y
VIALOX NAV-T SUPER 4Y Høytrykks damplamper til åpne og lukkede armaturer Bruksområder _ Gater _ Utendørsbelysning _ Industrielle installasjoner Produktfordeler _ Lang levetid _ Veldig høy belysningseffekt
DetaljerSlope-Intercept Formula
LESSON 7 Slope Intercept Formula LESSON 7 Slope-Intercept Formula Here are two new words that describe lines slope and intercept. The slope is given by m (a mountain has slope and starts with m), and intercept
DetaljerTDT4117 Information Retrieval - Autumn 2014
TDT4117 Information Retrieval - Autumn 2014 Assignment 1 Task 1 : Basic Definitions Explain the main differences between: Information Retrieval vs Data Retrieval En samling av data er en godt strukturert
DetaljerDNA isolering Elektroforese av DNA og protein
DNA isolering Elektroforese av DNA og protein Et teoritisk labkurs Medisin IA v/ Øyvind Halaas 1 Molekylær biologi er i hovedsak studiet av informasjonsbærerne DNA og proteiner De mest brukte metodene
DetaljerLogistisk regresjon 2
Logistisk regresjon 2 SPSS Utskrift: Trivariat regresjon a KJONN UTDAAR Constant Variables in the Equation B S.E. Wald df Sig. Exp(B) -,536,3 84,56,000,25,84,08 09,956,000,202 -,469,083 35,7,000,230 a.
DetaljerSubstiTUBE T5 High Output
SubstiTUBE T5 High Output LED rør til elektronisk høyfrekvens forkoblingsutstyr Bruksområder _ Belysning av produksjonsområder _ Supermarkeder og varemagasiner _ Offentlige bygninger, resepsjonsområder,
DetaljerPrO-ASTM Centrifuges. Centurion. C1015 Micro Prime Centrifuge. A Micro that offers: Oil testing. Petroleum testing, ASTM methods
PrO-ASTM Centrifuges Oil testing. Petroleum testing, ASTM methods C1015 Micro Prime Centrifuge C1015. (230V 50/60Hz). 1.C1015. (110V 60Hz) Speed Rcf Max Timer Dims HWD Weight Power Memory Accel rates Decel
DetaljerChemical Concept Inventory
Læringskonferansen NTNU, januar 2017 Chemical Concept Inventory Et verktøy for diagnose, kursutvikling og forskning Et samarbeidsresultat CCI er utviklet som en diagnostisk test i prosjektet Video for
DetaljerKapittel 14: Det eukaryote genom og dets uttrykksregulering
Kapittel 14: Det eukaryote genom og dets uttrykksregulering Innhold: 1. Det humane genom 2. Struktur av protein-kodende gener 3. RNA processering 4. Transkripsjonell kontroll 5. Posttranskripsjonell kontroll
DetaljerPreanalyse. Kurs i Molekylærpatologi Oslo, juni 2017
Preanalyse Kurs i Molekylærpatologi Oslo, 07.-08. juni 2017 Heidemarie Svendsen Bioingeniør Enhet for molekylærpatologi Avdeling for Patologi Oslo Universitetssykehus Innhold Prøvemateriale Preparering
DetaljerMOL204 Anvendt bioinformatikk I. MOL204 Applied Bioinformatics I
Universitetet i Bergen Molekylærbiologisk institutt Matematisk naturvitenskapelig embetseksamen MOL204 Anvendt bioinformatikk I bokmål / nynorsk / english Onsdag 21. mai 2008, 4 timer, kl 9:00 13:00 Alle
DetaljerMolekylær diagnostikk av Leishmaniasis og Malaria
Molekylær diagnostikk av Leishmaniasis og Malaria Dr scient. Cathrine Fladeby Seksjon for utvikling, Ullevål Avdeling for mikrobiologi Oslo universitetssykehus Leishmaniasis WHO, Control of the leishmaniases
DetaljerBI 212- Protein Sorting - Kap. 17 Post-translasjonell modifisering og kvalitetskontroll i r-er (Del 17.6)
Før de sekretoriske proteiner transporteres videre fra ER-lumen til sitt endelige bestemmelsessted, blir de modifisert ; Dannelse av disulfid-bindinger Foldinger av proteinet Påleiring og prosessering
DetaljerCitation and reference tools for your master thesis
Citation and reference tools for your master thesis Verktøy for å håndtere siteringer og referanser i masteroppgaven 1 Citations and references The citation goes into the body text and points to the full
DetaljerFlervalgsoppgaver: Arvestoffet
Flervalgsoppgaver - Arvestoffet ver oppgave har ett riktig svaralternativ Arvestoffet 1 va er komponentene i et DNA-nukleotid? A) et par komplementære baser B) en dobbelthelix som holdes sammen av hydrogenbindinger
Detaljer