Årsrapport Mikrobiologisk avdeling

Transkript

1 Årsrapport 2011 Mikrobiologisk avdeling 1. Beskrivelse av avdelingen Mikrobiologisk avdeling, Ahus ble godkjent som utdanningsinstitusjon gruppe II fra og gruppe I fra Mikrobiologisk avdeling ble knyttet til Universitet i Oslo fra Som en del av "Hovedstadsprosessen" har sykehuset fått økt sitt opptaksområde med ca innbyggere fra , slik at opptaktsområdet nå er ca innbyggere. Dette har økt avdelingens aktivitet betydelig. 1

2 1.2 Diagnostisk tilbud Avdelingen utfører og/eller tolker dyrkning og resistensbestemmelse av bakterier og sopp, parasittologisk diagnostikk, infeksjonsimmunologisk diagnostikk og diagnostikk basert på molekylærbiologiske metoder. Avdelingen har nasjonal referansefunksjon for diagnostikk og typing av humant papillomavirus (HPV). Avdelingen yter mikrobiologiske tjenester til Akershus universitetssykehus, sykehjem og primærhelsetjenesten i Akershus og deler av Oslo. Avdelingen utfører noen molekylærbiologiske og infeksjonsimmunologiske undersøkelser for Rikshospitalet og enkelte andre sykehus i Helse Sør-Øst. Avdelingen samarbeider nært med Seksjon for smittevern i Avdeling for klinisk molekylærbiologi og laboratoriefag (EpiGen) som utfører genotyping av bakteriestammer, primært MRSA, som ledd i epidemiologisk overvåking og utbruddsoppklaring. 1.3 Organisasjonsmodell Fagområdet medisinsk mikrobiologi var frem til medio 2007 organisert i Mikrobiologisk avdeling. Medio 2007 ble avdelingen innlemmet i Laboratoriemedisinsk senter som også omfattet spesialitetene immunologi og transfusjonsmedisin, klinisk kjemi og patologi. Deler av avdelingens funksjoner (infeksjonsimmunologi, genteknologi og prøvemottak) ble da administrativt flyttet fra Mikrobiologisk avdeling til en ny enhet, Avdeling for tverrfaglig laboratoriemedisin og medisinsk biokjemi, dette inkluderte driftspersonell og budsjett. Kontorpersonalet ble flyttet over i et eget Kundesenter. Mikrobiologisk avdeling ble stående igjen med bakteriologisk lab, substratproduksjon og glassvask. 1. oktober 2010 ble Laboratoriemedisinsk senter slått sammen med Bildediagnostisk senter og Senter for e-helse, informasjonsteknologi og medisinsk teknisk utstyr i Divisjon for diagnostikk og teknologi (DDT). Det mikrobiolologiske fagområdet er fortsatt delt som beskrevet. Merkantile funksjoner er organisert i egen avdeling (MA). Fra blir klinisk smittevern og en del av det tidligere EpiGen-instituttet slått sammen med Mikrobiologisk avdeling til Avdeling for mikrobiologi og smittevern (MIKS). Avdelingen vil få fem seksjoner: Bakteriologi, Substrat/glassvask, Smittevern, Forskning og utvikling, Spesialister/LIS. Fagområdets leger var i 2011 ansatt i Mikrobiologisk avdeling, men hadde medisinskfaglig ansvar også for mikrobiologiske analyser utført ved Avdeling for tverrfaglig laboratoriemedisin og medisinsk biokjemi. 1.4 Infrastruktur Avdelingen flyttet i oktober 2008 inn i nye lokaler i nytt sykehus. Fagområdet er fysisk plassert i flere ulike lokaliteter i 4. etg. i sykehusets nye behandlingsbygg. Seksjon for medieproduksjon har moderne og vel tilpassede lokaler. Arealene for bakteriologisk diagnostikk har mye moderne utstyr, men er dessverre små i forhold til virksomheten. Mikrobiologisk avdeling har 2 store og gode BSL3-laboratorier. Seksjon for genteknologi er fysisk plassert i egne og moderne lokaler direkte tilknyttet bakteriologisk lab. Infeksjonsimmunologi utføres på maskiner plassert i 2 ulike lokaliteter i Avdeling for tverrfaglig laboratoriemedisin og medisinsk biokjemi, også dette i umiddelbar nærhet til bakteriologisk lab. Medio 2008 tok avdelingen i bruk nytt laboratoriedatasystem, et papirløst system hvor en del arbeid kan gjøres mot skjerm. Ved oppstart var systemet langt fra ferdig utviklet, og det har frem til i dag vært brukt noe ressurser på utvikling og konfigurering. Mye funksjonalitet er nå 2

3 på plass, men relativt mye arbeid gjenstår fortsatt. Særlig gjelder dette innenfor brukervennlighet på benk, svarkonfigurasjon, manglende funksjonalitet innenfor medisinsk validering av infeksjonsimmunologiske/molekylærbiologiske analyser og verktøy for uttrekk av data fra laboratoriedatabasen. Funksjonaliteten for datauttrekk har vært særlig mangelfull, hvilket har gjort det vanskelig å få fullstendig oversikt over aktivitet og kunne trekke ut data til rapporteringer og vitenskapelig aktivitet. Avdelingen deltar nå, som et av to laboratorier i Norden, i et pilotprosjekt for utvikling av et nytt databaseverktøy. Verktøyet er under utprøving pr og forventes å kunne tas i bruk fra høsten Annen aktivitet Avdelingen har regelmessige møter med infeksjonsmedisinsk avdeling, intensivavdelingen og barneavdelingen. I forbindelse med HPV referansefunksjon er det tett samarbeid med Avdeling for patologi. Avdelingens leger driver etterutdannelse av alle typer helsepersonell, undervisnings- og forelesningsaktivitet både på høyskole-/universitetsnivå og på medisinske møter/konferanser. Avdelingen ble knyttet til Universitet i Oslo fra 2006 og deltar i undervisningen av medisinstudenter. Bioingeniørstudenter ved Bioingeniørhøyskolen i Oslo får sin praksis på avdelingen, og i 2011 gjennomførte 14 studenter sin bacheloroppgave med avdelingens bioingeniører og leger som veiledere. 1.6 Råd og utvalg - interne Avdelingsutvalget: Består av alle avdelingens ansatte. Utdanningsutvalget: Består av alle avdelingens leger. Leder i 2011 har vært Aasmund Fostervold. 1.7 Råd og utvalg - eksterne AFA (Arbeidsgruppen for antibiotikaspørsmål. Truls Leegaard medlem siden Representerer også AFA i NordicAST ( ESCMID: Truls Leegaard medlem av Professional affairs committee ( UEMS ( (Union Européenne des Médecins Spécialistes/European union of medical specialists) ( Truls Leegaard norsk representant seksjon for Medisinsk Mikrobiologi leder der arbeidsgruppen for nye felles spesialistregler i Europa. Antibiotikaveileder for sykehusene: Truls Leegaard, medlem av redaksjonskomiteen. Nasjonal beredskapskomité: Trond E. Ranheim Nasjonal referansegruppe for bakteriologi: Trond E. Ranheim RUFUT (Rådgivende utvalg for utdanning av bioingeniører): Merete Holth Fagråd for infeksjonssykdommer, smittevern og immunologi Helse Sør-Øst: Silje B. Jørgensen Rådgivningsgruppen for Masseundersøkelsen mot livmorhalskreft. Christine M. Jonassen. Helsedirektoratets arbeidsgruppe som utreder bruk av HPV-test i primærscreening. Christine M. Jonassen. Ahus og Referanselaboratoriet er også representert ved Styringsgruppa for HPV vaksineoppfølgingsprogrammet. Medlem av /Deltar på eksterne møter: Norsk forum for helseledelse NORM (nasjonal overvåkning for resistente mikrober) 3

4 1.8 Mål og strategiarbeid Avdelingen startet arbeidet med mål -og strategiutvikling i Det har vært et bevisst fokus på dette og en strategiplan for avdelingen fra er utarbeidet. Avdelingen hadde i 2011 et seminar til Amsterdam hvor dette var tema. Det ble igangsatt gruppearbeider for å operasjonalisere strategiplaner til konkrete målplaner på seksjonsnivå 1.9 Åpningstider og kontaktinfo Det er felles ekspedisjon for alle laboratoriene lokalisert i B304 Åpningstid: Tlf.: (679) Avdelingen har åpningstid alle hverdager kl Bakteriologisk seksjon er i tillegg bemannet alle dager i året. Det er opprettet rådgivingstelefon som betjenes av lege på hverdager Telefon: (679) Mikrobiologiske prøvesvar gis på hverdager på lør-, søn- og helligdager Telefon: (679) Ledelse: Avdelingssjef: Merete Holth Avdelingsoverlege og 1. amanuensis, dr med: Truls Leegaard Medisinsk faglig ansvar bakteriologi og medieproduksjon: Seksjonsoverlege Trond E. Ranheim Medisinsk faglig ansvar genteknologi: Kst overlege, Aasmund Fostervold til 1/11, deretter Truls Leegaard Medisinsk faglig ansvar infeksjonsimmunologi: Kst overlege Silje Bakken Jørgensen til 1/9, deretter kst overlege Patricia Merckoll Overbioingeniør Anne Borling Overbioingeniør Kaja Marienborg Verneombud: May Lilly Colban 4

5 2. Driftsåret 2011 oppsummering Driftsåret 2011 bar fortsatt preg av tilpasninger til nytt sykehus, implementering av nytt utstyr og av ny teknologi samt organisering i ny divisjon DDT. I tillegg har 2011 vært utfordrende med tanke på 2011 prosessen med overflytting av pasienter fra Oslo Universitetssykehus, Hovedstadsprosessem. Utvikling av nye metoder: MRSA-diagnostikken er endret. Nå gjøres PCR direkte på prøvemateriale etter oppformering i buljong. Det er brukt mye legeressurser på validering av nye instrumenter for infeksjonsimmunologisk diagnostikk av HIV og hepatitt (UniCel fra Beckman Coulter). 2.1 Aktivitetsutvikling Som en del av "Hovedstadsprosessen" har sykehuset fått økt opptaksområde med ca innbyggere fra Dette har økt avdelingens aktivitet betydelig. 2.2 Aktiviteten i 2011 Avdelingen utførte i 2011 totalt analyser fordelt på bakteriologi: , infeksjonsimmunologi og genteknologi analyser. Aktivitetsøkning på bakteriologi har vært på 49,1 % Analyser bakteriologi 2010/11 inkl MRSA gentekanalyser Interne analyser 2010 Interne analyser 2011 PHT 2010 PHT 2011 Totalt 2010 Totalt JAN FEB MAR APR MAI JUN JUL AUG SEP OKT NOV DES Måneder Tabell 1 Fordeling interne eksterne prøver: Det har vært en uventet nedgang i antall analyser fra primærhelsetjenesten (PHT) sett i lys av økt opptaksområde. Fordelingen mellom PHT og interne prøver er om lag 50 / 50. 5

6 Utvikling medieproduksjon: Det har vært en økning på 3,2 % sammenlignet med Egenproduksjon har vært liter, skåler har blitt kjøpt inn. Aktivitetsøkningen på medieproduksjon har vært beskjeden sammenlignet med bakteriologi. Dette skyldes omlegging av analyser. Hovedårsaken er endring av MRSA-metodikk fra tradisjonell dyrkning til molekylærbiologisk metode, og automatisert resistensbestemmelse på Phoenix på uriner. Medieproduksjon 2010/11 Antall liter JAN FEB MAR APR MAI JUN JUL AUG SEP OKT NOV DES Medieproduksjon 2010 Medieproduksjon 2011 Tabell 2 Aktivitet i forbindelse med nasjonal referansefunksjon for humant papillomavirus (HPV): Se vedlegg 4 Resistensrapport: Se vedlegg 1 Funn av tarmpatogene i feces. Se vedlegg 2 Agensfordeling av funn i blodkultur: Se vedlegg Kvalitet og kvalitetsarbeid i 2011 Avdelingens metodebøker og Laboratoriehåndbok er overført til EQS kvalitetssystem og er tilgjengelig på alle lokale arbeidsstasjoner. Det har vært revidert/utarbeidet flere prosedyrer i De fleste testprosedyrer er utarbeidet ved årets utgang selv om ikke alle er formelt godkjent i kvalitetssystemet. Likeledes er prosedyrer for medieproduksjon utarbeidet/revidert i løpet av Alle medier er søkt godkjent for CE-merking. 4. Utdanning Avdelingen har gjennom 2011 hatt ansvar for spesialistutdanning av 6 leger, fire innenfor medisinsk mikrobiologi og to innenfor infeksjonsmedisin. En lege har fullført sin spesialisering i mikrobiologi i løpet av året. 6

7 5. Forskning 2011 Avdelingen har som intensjon å gi mulighet til forskningsaktivitet, og i 2011 har én LIS hatt 1 måneds forskningspermisjon. Økt akademisk aktivitet er et av avdelingens satsningsområder. For at dette skal la seg gjennomføre satses det på å frigjøre tid i vanlig arbeidstid. Lav legebemanning er nå det fremste hinderet for forskningsaktiviteten. Det jobbes kontinuerlig med forenkling av arbeidsrutiner for å frigjøre tid til forskning. Det er i 2011 utført interne prosjekter og prosjekter i samarbeid med Epi-Gen, kliniske avdelinger, andre mikrobiologiske avdelinger, NORM, K-res, AFA og EUCAST. Det er også muligheter for samarbeide med sykehusets øvrige forskningsmiljø. Fra juni 2011 er det ansatt en 1. amanuensis ved avdelingen. 3 bacheloroppgaver har utgått fra avdelingen i 2011! Publikasjoner: Se vedlegg 5 6. Personellmessige forhold 6.1 Bemanning pr Mikrobiologisk avdeling: 1. amanuensis ansatt fra juni 2011 (20 % universitetsstilling og 80 % sykehusstilling). Overleger: 3 av 6 besatt. LIS: Medisinsk mikrobiologi 2 av 2 besatt. Infeksjonsmedisin 1 av 1 besatt. Fra februar 2011 har en mikrobiolog vært konstituert i 20 % stilling som smittevernoverlege. Bakteriologisk lab: Bioingeniører 27,5 av 27,5 stillinger besatt. Substrat og glassvask: Bioingeniører/ingeniører/teknisk personell 6,5 av 6,5 besatt. HPV-gruppa: Ingeniører/forskere 4,2 stillinger hvorav 2 har PhD, 1 med bakgrunn i bakteriologi og 1 med bakgrunn i virologi. I tillegg er det fra oktober ansatt en forsker i engasjement (PhD med bakgrunn i infeksjonsepidemiologi). Tverrfaglig laboratoriemedisin og medisinsk biokjemi- seksjon for genteknologi: Forskere med doktorgrad: 3 hvorav 1 med bakgrunn fra bakteriologi og 2 med bakgrunn fra molekylær genetikk. Bioingeniører (ikke angitt pga funksjonsdeling med andre avdelinger). Tverrfaglig laboratoriemedisin og medisinsk biokjemi- seksjon for infeksjonsimmunologi Bioingeniører (ikke angitt pga funksjonsdeling med andre avdelinger). 7

8 6.2 Utvikling i årsverk Tabell 3 Mikrobiologisk avdeling 6.3 Turnover/rekruttering Avdelingen fikk tilført ni nye stillinger i forbindelse med hovedstadsprosessen. En tekniker, 6 bioingeniørstillinger og to legespesialister i mikrobiologi. Alle stillinger er blitt besatt. Det har vært liten turnover i løpet av året. De fleste endringer har affisert ingeniør- eller bioingeniørstillinger. Dette er ikke nevneverdig forskjellig fra tidligere år. Det er imidlertid en utfordring og ansette spesialister innen mikrobiologi. 6.4 Sykefravær Totalt sykefravær har vært 6,7 % i løpet av året. Tabell 4 Mikrobiologisk avdeling 8

9 6.5 Opplæring og kompetanseutvikling Vi har hatt en økning i antall stillinger for både leger og bioingeniører i forbindelse med økt opptaksområde, og mye tid har gått med til opplæring av nyansatte. I tillegg har vi endret metode for MRSA-screening og implementert automatisk resistensbestemmelse ved oppstart av Phoenix fra BD, hvilket har vært store omstillinger. 3 bioingeniører har gjennomført etterutdanning i mikrobiologi ved Høgskolen i Oslo. Nyansatt overbioingeniør har deltatt på lederutviklingsprogram i regi av Dale Carnegie. 7. HMS arbeid i 2011 Avdelingen har høyt fokus på HMS arbeidet i avdelingen. HMS-runde er gjennomført og tiltaksplaner fulgt opp. Det er gjennomført medarbeiderundersøkelse (PULS-måler n). Det har vært stort fokus på det fysiske arbeidsmiljøet i avdelingen og det har blitt invistert i spesialstoler, hev-/ senkpulter og i gangsatt daglig pausegym. Verneombud: May Lilly Colban 8. Organisasjonsutvikling Ny organisasjonsplan fra ultimo Divisjon for diagnostikk og teknologi (DDT) Direktør Kjell Borthne Stab Tverrfaglig laboratoriemedisin og medisinsk biokjemi Immunologisk og transfusjonsmedisinsk avdeling Avdeling for mikrobiologi og smittevern Avdeling for patologi Bildediagnostisk avdeling Medisinsk teknisk avdeling E-helse Merkantil avdeling 2 Vedlegg til EQS dok Administrerende direktør på Ahus er juridisk ansvarlig for foretakets virksomhet. Godkjent av Janne Pedersen

10 Mikrobiologisk avdeling 2011 Avdelingssjef Avdelingsoverlege Bakteriologi Medieproduksjon og glassvask Medisinsk faglig ansvar Infeksjons immunologi Medisinsk faglig ansvar genteknologi Bakteriologi - generell Medieproduksjon Mykobakteriologi Glassvask Mykologi Parasittologi Resistensovervåkning 9 Vedlegg til EQS dok Administrerende direktør på Ahus er juridisk ansvarlig for foretakets virksomhet. Godkjent av Janne Pedersen Tverrfaglig Laboratoriemedisin og Medisinsk biokjemi Avdelingssjef Leger Medisinsk Biokjemi, NOKLUS Prøvemottak/-taking Klinisk Kjemi Immunologi Hematologi, Koagulasjon, Flowcytometri Genteknologi Medisinsk faglig ansvar Medisinsk biokjemi NOKLUS Prøvetaking og desentralisert prøvetaking Desentralisert analysering Prøvemottak Klinisk kjemiske analyser Elektroforese og proteinanalyser Medikamenter og misbruksanalyser Kromatografi Sporelementer Hormoner og hjertemarkører Allergologi Autoimmune analyser Infeksjonsimmunologi Hematologi Morfologi Koagulasjon Flowcytometri Genteknologi fra alle spesialistområdene Automatisk prøvehåndtering Enhet Ski: Prøvetaking / prøvemottak Hematologi / Koagulasjon Klinisk kjemiske / Immunologiske analyser 5 Vedlegg til EQS dok Administrerende direktør på Ahus er juridisk ansvarlig for foretakets virksomhet. Godkjent av Janne Pedersen

11 9. Anskaffelse av nytt utstyr/nye metoder Ny metodikk for resistensbestemmelse med lappediffusjon etter EUCASTs retningslinjer i rutinedrift fra 1/ Phoenix for automatisk resistensbestemmelse og identifisering tatt i bruk i februar Ny MRSA-metodikk basert på PCR etter buljongoppformering tatt i bruk i mars/ april BSL 3-laboratoriet klar til bruk i desember Anaerobskap ferdig validert og tatt i bruk i desember Ion Torrent PGM anskaffet i desember 2011 i forbindelse med HPV- oppfølgingsprosjketet. Eksterne midler. Avslutning på anskaffelse av MALDI TOF MS (Matrixassisted laser desorption/ionisation time of flight mass spectometry) høsten Økonomi Mikrobiologisk avdeling hadde et driftsmessig overskudd på kr millioner per Dette skyldes i hovedsak ubesatte overlegestillinger og lavere varekostnader enn forventet grunnet redusert aktivitet fra PHT. Tabell 5 Vedlegg 1: Resistensrapport Vedlegg 2: Funn av tarmpatogene bakterier i fæces Ahus 2011 Vedlegg 3: Blodkulturfunn AHUS, NORM agensfordeling i blodkultur Vedlegg 4: Årsmelding for 2011 fra HPV-referanselaboratoriet, Mikrobiologisk avdeling, Ahus Vedlegg 5: Mikrobiologiske avdeling, Akershus universitetssykehus, Publikasjoner