Nasjonalt referanselaboratorium for humant papillomavirus (HPV)

Transkript

1 Nasjonalt referanselaboratorium for humant papillomavirus (HPV) Seksjon for forskning og utvikling, Avdeling for mikrobiologi og smittevern, 1478 Lørenskog Årsrapport 2013 HPV referansefunksjonen er organisert under Seksjon for forskning og utvikling (FoU) ved Avdeling for mikrobiologi og smittevern (MIKS), Akershus universitetssykehus (Ahus) og ble i første halvdel av 2013 ledet av PhD Ole Herman Ambur (leder av FoU); fra 1/ tiltrådte PhD Irene Kraus Christiansen som ny leder av referanselaboratoriet. Irene Kraus Christiansen har jobbet med HPVdiagnostikk og forskning siden 2001 og disputerte i 2008 med doktorgradsarbeidet HPV and cervical carcinognesis; an investigation og HPV E6/E7 expression and chromosomal integration. Aktiviteten ved referanselaboratoriet foregår i godt samarbeid med øvrig aktivitet ved MIKS, samt med Avdeling for patologi og Kvinneklinikken. Personer som er involvert i aktiviteten og representerer kompetansen ved referanselaboratoriet er: leder av referanselaboratoriet, seksjonsleder FoU, avdelingsleder for MIKS, en avdelingsingeniør, en overlege i medisinsk mikrobiologi, tre overleger i patologi, samt en forsker og tre ingeniører som er dedikert arbeidet med HPVvaksineoppfølgingsprosjektet, HPVnorvaks (nasjonal oppfølging av HPV-vaksinasjonsprogrammet). HPVnorvaks er et samarbeidsprosjekt med Folkehelseinstituttet (FHI) og Kreftregisteret (KRG). Rapporteringspunktene som følger under står i henhold til rundskriv nr. I-5/2013, 26/ «Krav til laboratorier med nasjonal referansefunksjon i medisinsk mikrobiologi». Referansediagnostikk Etablerte metoder for påvisning av HPV Seksjonen utfører HPV-diagnostikk (etter de nasjonale retningslinjene i Masseundersøkelsen mot livmorhalskreft) med den akkrediterte analysen Cobas 4800 HPV test (Roche Diagnostics) for påvisning av 14 høyrisiko HPV-typer samt genotyping av HPV 16 og 18. I HPVnorvaks brukes en inhouse Luminex-metode (betegnes heretter som Luminex ), utviklet ved WHO-referanselaboratoriet i Malmö, for genotyping av 40 ulike HPV-typer. Denne metoden brukes også i referansediagnostikk til å genotype HPV-positive prøver eller for eventuell påvisning av et utvidet spekter av HPV-typer. I tillegg til de to metodene nevnt over, som først og fremst brukes i hhv. diagnostikk og vaksineoppfølging, har referanselaboratoriet i løpet av de siste årene etablert en rekke metoder for påvisning av HPV. Som også rapportert for 2012 har laboratoriet de siste årene hatt utstyr og kompetanse til å kjøre fire ulike kommersielle HPV deteksjonsmetoder: Cobas 4800 (Roche Diagnostics) som beskrevet over; Amplicor HPV DNA test (Roche Diagnostics) for påvisning og genotyping av 13 høyrisiko typer; PreTect HPV-Proofer (NorChip AS) for genotyping av E6/E7 mrna fra fem høyrisiko typer; Linear Array (Roche Diagnostics) for genotyping av 37 HPV-typer. I tillegg til disse har laboratoriet i løpet av 2013 etablert ytterligere to påvisningsmetoder: Hybrid Capture II (Qiagen) for påvisning av DNA fra 40 HPV-typer og Anyplex II HPV28 (Seegene) for påvisning og genotyping av 28 HPV-typer. Hybrid Capture II er en metode som er grundig validert og er dermed en metode som er hensiktsmessig å inkludere ved validering av nye metoder. Anyplex II HPV28 er en metode basert på real-time multiplex PCR for simultan deteksjon av DNA og som bruker en teknologi som muliggjør høy analytisk sensitivitet og spesifisitet. Vi har i tillegg til disse metodene et instrument på utlån fra Genomica (CLART HPV2) for utprøving, som påviser og genotyper HPV 1

2 DNA fra 35 ulike HPV-typer. Instrumentet er foreløpig kun testet på urinprøver for studie av analytisk sensitivitet. Siste del av 2013 har vi jobbet med å få på plass en in house påvisningsmetode rettet mot HPV E6/E7 genene (HPV E6/E7 type-spesifikk PCR) der vi konsentrerer oss om de vanligste HPV typene. Dette er en metode som kan brukes ved eventuell mistanke om virus-integrasjon i det humane genomet (og eventuelt bortfall av L1 genet). Metoden kan også brukes for å bekrefte analyseresultater med andre tester. Dette arbeidet fortsetter i Referanselaboratoriet har deltatt i ekstern kvalitetsvurdering i regi av Equalis (WHO, Luminex) og QCMD (Cobas 4800) i 2013, hvor resultatet har vært profficient (godkjent innenfor et gitt krav) på begge ringtestene. Som referanselaboratorium ønsker vi å spesifisere at alle laboratorier har et stående tilbud om HPVtesting hos oss og oppfordrer alle til å bruke oss ved 1) ønske om tilleggsanalyser for presis diagnosesetting og oppfølging (som for eksempel genotyping eller bruk av en analytisk mer sensitiv metode) eller 2) ved ønske om å kontrollere egne prøvesvar. Alle laboratorier som sender prøver for referansediagnostikk får skriftlig tilbakemelding og rapport over alle analyser utført med prøvesvar. Utførte HPV-analyser i 2013 Ved referanselaboratoriet ble det totalt utført ca 8000 analyser i løpet av Rutinediagnostikk (prøver analysert etter de nasjonale retningslinjene i Masseundersøkelsen mot livmorhalskreft, etter takst 701k) (Cobas 4800): 1276 prøver Laboratoriet mottar prøver for HPV-analyse fra Avdeling for patologi, Ahus (776 henvisninger i 2013), Avdeling for patologi, Innlandet Sykehus, Lillehammer (474 henvisninger i 2013) og Avdeling for patologi, Sykehuset Østfold, Fredrikstad (66 henvisninger i 2013). Laboratoriet har kapasitet til å ta imot flere prøver/fra flere laboratorier for rutinediagnostikk. HPVnorvaks: 3800 urinprøver er ekstrahert og analysert på Luminex. Betaglobin PCR kjøres på alle prøvene som en kontroll på at vi har humant DNA i prøvene (kontroll på at vi har tilstrekkelig prøvemateriale og at ekstraksjon er ok). Referansediagnostikk Tilleggsanalyser utført for andre laboratorier for presis diagnosesetting og oppfølging: Universitetet i Nord-Norge (UNN): 5 prøver, HPV-genotyping med ulike metoder Avdeling for patologi, Ahus: 10 prøver, HPV-genotyping med ulike metoder HPV-analyse på klinisk indikasjon fra gynekolog: 2 prøver Kontrollanalyser: 2500 kontrollanalyser er utført, som blant annet inkluderer kulekontroll Luminex, troubleshooting, kvalitetssikring og omkjøringer. Uttesting og validering 200 prøver er analysert i forbindelse med validering av SurePath LBC-medie (liquid based cytology, BD Diagnostics-TriPath). 200 prøver er analysert i forbindelse med uttesting av metodene Anyplex II HPV28 og CLART HPV2. Opprettholdelse av referansemateriale Plasmid-banker Referanselaboratoriet har en L1-fragment plasmidbank for HPV-typene som inngår i Luminex. I tillegg har vi en plasmidbank med en rekke helgenom HPV plasmider. 2

3 Biobanker I 2010 ble det etablert en egen HPV-forskningsbiobank for prøver mottatt i forbindelse med HPVnorvaks. Urinprøvene samlet inn i forbindelse med prosjektet lagres ved FHI mens total nukleinsyre (DNA og RNA) ekstrahert fra disse lagres midlertidig ved Ahus. DNA-biobanken ved Ahus inneholdt pr ca prøver. Det ble i 2005 etablert en forskningsbiobank ved Ahus i forbindelse med forskningsprosjektet HPVscreening en populasjonsbasert metodestudie (Tropé et al., 2009; 2011; 2012; Sjøborg et al., 2010). Vitenskapelig råd og støtte Vi ved referanselaboratoriet jobber kontinuerlig med å opprettholde solid kompetanse på alle områdene innenfor HPV-feltet (HPV-relaterte kreftformer, diagnostikk, screening mot livmorhalskreft, HPV-vaksine og vaksineoppfølging). Dette gjør vi blant annet ved å delta på seminarer og konferanser. Liste over deltakelser 2013 er vedlagt. Vi har flere samarbeidsprosjekter gående der vi i tillegg til HPV-analyse bidrar med vitenskapelig kompetanse på området (se nedenfor for gående samarbeidsprosjekter). Referanselaboratoriet har vært representert med en representant i Faglig Rådgivningsgruppe for Masseundersøkelsen mot livmorhalskreft. Irene Kraus Christiansen overtok etter Ole Herman Ambur fra oktober Samarbeid og forskning Internt I 2012 ble det etablert et HPV-fagråd ved Ahus som er sammensatt av representanter fra Avdeling for mikrobiologi og smittevern, Avdeling for patologi og Avdeling for gynekologi, alle med bred kompetanse innen cervixcancer og HPV diagnostikk og forskning. Irene Kraus Christiansen overtok som leder for HPV-fagrådet fra mai Det har vært avholdt 4 møter i Referanselaboratoriet planlegger studier for å dokumentere ytterligere de ulike HPV analysemetodene vi har tilgjengelig hos oss. Mens noen metoder først og fremt er aktuelle for klinisk diagnosesetting, er andre metoder i første omgang aktuelle for bruk i prevalensundersøkelser av HPV i ulikt vev. God analytisk sensitivitet og spesifisitet er viktig blant annet i vaksineoppfølgingsprosjektet, samt ved utredning av hvorvidt en kreftform eller et enkelt sykdomstilfelle er HPV-relatert eller ikke. Referanselaboratoriet ønsker derfor å gjennomføre studier som dokumenter disse egenskapene hos utvalgte analysemetoder. Nye forskningsprosjekter som tar utgangspunkt i biobanken knyttet til HPV-screening en populasjonsbasert metodestudie er under planlegging. Referanselaboratoriet har et løpende samarbeid til Avdeling for klinisk molekylærbiologi og laboratoriefag (Epigen) ved sykehuset. Eksternt FHI og KRG I samarbeid med FHI og KRG har referanselaboratoriet i 2013 arbeidet videre med HPVnorvaks, etter mandat fra Helse- og omsorgsdepartementet (HOD). Leder for FoU (Ole Herman Ambur) har sammen med avdelingssjef for Avdeling for mikrobiologi og smittevern (Merete Holth) sittet i Styringsgruppen for HPVnorvaks nedsatt av HOD. De første dataene fra prosjektet vil bli publisert i

4 Januar 2013 ble det startet opp et samarbeidsprosjekt mellom referanselaboratoriet, FHI og KRG der vi jobber med å utvikle en alternativ HPV genotypingsmetode for bruk i HPVnorvaks. Denne metoden baserer seg på next-generation sequencing og utvikles på platformen Ion Torrent fra Life Technologies. Gruppen har etablert nært samarbeid med bioinformatikkmiljøet ved Universitetet i Oslo (UiO), Institutt for informatikk, for analyse av store mengder sekvensdata. Dette arbeidet fortsetter i KRG August 2013 ble det startet opp et samarbeidsprosjekt mellom referanselaboratoriet og KRG som fokuserer på metodeutvikling for HPV helgenomsekvensering for bruk i forskning. Prosjektet fortsetter i Referanselaboratoriet har et pågående samarbeid til Kreftregisteret i et metodeutviklingsprosjekt for isolering og karakterisering av exosomer og mirna fra væskebaserte cytologiske prøver (LBC). Oslo universitetssykehus (OUS) Irene Kraus Christiansen har HPV integrasjon i det humane genomet som et av sine interessefelt og samarbeid til Avdeling for tumorbiologi, OUS og Institutt for informatikk, UiO, pågår. Referanselaboratoriet har i 2013 etablert et samarbeid til Seksjon for genetikk, Institutt for kreftforskning, OUS, for påvisning av HPV i relevante kliniske prøver utenfor cervix. Prosjektet fortsetter i Et studie med Laboratorium for molekylær patologi, OUS, er under planlegging, for sammenlikning av ulike HPV genotypingsmetoder. Overvåking, beredskap og respons ved utbrudd av smittsomme sykdommer Ikke relevant for HPV-referanselaboratoriet Annet HPV-fagmøte Referanselaboratoriet arrangerte 14. november 2013 et nasjonalt HPV-fagmøte ved Ahus. Hovedmålet for møtet var å samle miljøet og å formidle faglige aktualiteter innenfor forebygging (screening og vaksine), diagnostikk og forskning, samt å belyse kliniske utfordringer og muligheter. Programmet for møtet ble lagt opp deretter og besto av 10 innlegg med interne (4), nasjonale (6) og skandinaviske (2) foredragsholdere. Fagdagen ble godt mottatt med totalt 111 påmeldte deltakere. Webside Hjemmesiden til referanselaboratoriet ( ble revidert november Aktuell informasjon er gjort lettere tilgjengelig. Vi har blant annet utarbeidet en fullstendig oversikt over referanselaboratoriets tilgjengelige tester for påvisning og genotyping av HPV. Oppdatering av sidene gjøres kontinuerlig. Minimetodevurdering Leder for FoU (Ole Herman Ambur) har i perioden jobbet med minimetodevurderingen HPV DNA testing på cervicale celler innsamlet i Surepath-konserveringsvæske (BD Diagnostics-TriPath), som ble ferdigstilt og som er publisert på kunnskapssenterets hjemmesider Avdeling for patologi gikk i september 2013 over til væskebasert cytologi (LBC) med SurePath og i den forbindelse gjennomførte HPV-laboratoriet en intern metodevalidering for påvisning av HPV fra dette mediet. Denne ferdigstilles februar

5 Presentasjoner informasjon og rapportering Vi har hatt flere presentasjoner om HPV i rutinediagnostikk og forskning i ulike fora i løpet av For en oversikt, se liste vedlagt. Ahus, 12. februar 2014 Irene Kraus Christiansen Ole Herman Ambur Truls Leegaard Leder for HPVreferanselaboratoriet, PhD Seksjonsleder, forskning og utvikling, PhD Avdelingsoverlege dr.med. 5

6 Vedlegg Vitenskapelige foredrag og presentasjoner Erfaringer fra mini-metodevurdering HPV DNA-testing på cervikale celler innsamlet i SurePath konserveringsvæske (BD Diagnostics-TriPath) Ole Herman Ambur, Seminar om helseøkonomi 27. nov 2013, Forskningsparken, Oslo Molekylærbiologiske mekanismer bak HPV-indusert kreftutvikling Irene Kraus Christiansen, HPV-fagmøte, 14. nov 2013, Ahus Erfaringer med HPV-testing Mona Hansen, HPV-fagmøte, 14. nov 2013, Ahus Cervixcytologiens nye ansikt: væskebasert cytologi Torill Sauer, HPV-fagmøte, 14. nov 2013, Ahus HPV DNA testing på cervicale celler innsamlet i Surepath konserveringsvæske - En litteraturgjennomgang Ole Herman Ambur, HPV-fagmøte, 14. nov 2013, Ahus Erfaringer fra et laboratorium - Cobas 4800 og HPV testing Mona Hansen, Brukermøte Cobas 4800, Roche Diagnostics, 15. okt 2013, Oslo Typing of human papillomavirus using high-throughput DNA sequencing Roger Meisal, Brukermøte Ion Torrent, Life Technologies, 13. sept 2013, Stockholm Erfaringer fra et laboratorium - Cobas 4800 og HPV testing Mona Hansen, Brukermøte Cobas 4800, Roche Diagnostics, 24. jan 2013, Oslo Novel approach for the detection and analysis of human papillomavirus using high throughput DNA sequencing Roger Meisal, NBS kontaktmøte, 31. jan - 3. febr 2013, Lillehammer Deltakelse på møter og konferanser HPV-fagmøte, 14. nov 2013, Ahus Eurogin 2013, nov 2013, Firenze, Italia Brukermøte Cobas 4800, Roche Diagnostics, 15. okt 2013, Oslo Høstkonferansen i mikrobiologi 2013, sept 2013, Sykehuset i Vestfold Brukermøte Ion Torrent, Life Technologies, 13. sept 2013, Stockholm Seminar i molekylær diagnostikk innen medisinsk mikrobiologi, 31. mai - 1. juni, OUS Ullevål NBS kontaktmøte 2013, 31. jan - 3. febr 2013, Lillehammer Brukermøte Cobas 4800, Roche Diagnostics, 24. jan 2013, Oslo 6