Digital Patologi konseptstudie

Transkript

1 Digital Patologi konseptstudie Hovedprodukt 2.0 Erfaringer fra regionale prosjekter September 2016 Versjonsnr: 1.0 Godkjenning Organisasjon Navn Dato Versjonsnr. Prosjektstyret Prosjektstyreleder Lisbet Sviland

2 1 Innledning Endringshistorikk Formålet med dokumentet Dokumentets omfang og avgrensninger Arbeidsgruppen for dokumentet Prosjektproduktene Produktnedbrytningsstruktur Overordnet beskrivelse av hovedproduktene Regionale prosjekter Pågående prosjekter Avsluttede prosjekter Planlagte prosjekter Erfaringer fra prosjektene Helse Nord Helse Midt Helse Vest Helse SørØst Oppsummering og konklusjoner Vedlegg:... 14

3 1 Innledning 1.1 Endringshistorikk Versjon Endring Dato Forfatter 0,34 Dokumentet opprettes 20.mai 2016 Line Rodahl Dokset 0,5 Dokumentet utarbeides August 2016 Gaute Skiple Bjotveit 0,8 Godkjenningsprosess August 2016 Line Rodahl Dokset 0,9 Til prosjektstyret September 2016 Line Rodahl Dokset 1.0 Godkjent av prosjektstyret Oktober 2016 Line Rodahl Dokset 1.2 Formålet med dokumentet Frem til nå har det vært og er ulike initiativ rundt digital patologi i de ulike helse foretakene i spesialisthelsetjenesten. Dette dokumentet beskriver kort erfaringer fra ulike prosjekt rundt digital patologi og snittskannere for de fire helseregionene. 1.3 Dokumentets omfang og avgrensninger Dokumentet oppsummer erfaringer fra prosjekter/ aktiviteter i forbindelse med digitale snittskannere for patologi. Prosjektet tar også med noe rundt såkalte digitale/regionale media arkiv løsninger. 1.4 Arbeidsgruppen for dokumentet Erik Billington, Gunnar Kopstad, Inger Tranung, Gaute S. Bjotveit

4 2 Prosjektproduktene 2.1 Produktnedbrytningsstruktur 2.2 Overordnet beskrivelse av hovedproduktene

5 3 Regionale prosjekter I de ulike helse regionene har det vært og er en del aktivitet og prosjektarbeid rundt digital patologi, nedenfor er prosjekter som prosjektgruppen har fått kjennskap til listet opp. 3.1 Pågående prosjekter HN Er i en anskaffelsesfase for skanner og programvare for digitalisering av histopatologiske snitt. Har gjennomført leverandørpresentasjon. Kravspesifikasjon for anskaffelsen er i sluttfasen. HMN Er i anskaffelsesfase for skanner og programvare for digitalisering av histopatologiske snitt. Kravspesifikasjon for skanner er i sluttfasen. Digitalt mediarkiv testing avsluttes jul 2016, implementering våren HV Regionalt forprosjekt startet mai Forprosjektet skal kartlegge nåsituasjon og ønsket situasjon, på bakgrunn av dette utarbeide prosjektplan for gjennomføring av hovedprosjektet og forslå ulike alternativer for å gjennomføring. Overordnet målsetning er å etablere digital arbeidsflyt på et regionalt nivå. HSØ Startet regionalt forprosjekt for DP jan Konseptfasen ble avsluttet juli 2016 og prosjektet er nå i gang med planleggingsfasen. I tillegg har Ahus hatt skannere i bruk siden Avsluttede prosjekter HN HMN HV Nasjonalt senter for telemedisin (NST) gjennomførte i 2012 et teknisk utredningsarbeid for å kartlegge tekniske forutsetninger for innføring av digital patologi i regionen. Resultatet ble presentert i form av en rapport "Digital patologi" Gjennomført "fjerndiagnostikk" mot Levanger sykehuset (2012). Ikke integrert mot LIMS eller database. Gjennomført forprosjekt for et regionalt innføringsprosjekt (april-oktober 2015). Innføringsprosjekt er "på vent" inntil videre. Prosjekt i Helse-Bergen fra oktober 2010 juni 2012: digitalt arkiv for nyrebiopsier, digitale snitt for forskningsprosjekter, studentundervisning og MDT møter. Fra 2012 også digital nyrebiopsidiagnostikk. Helse Førde gjennomførte okt sept et prosjekt for digital patologi, der man testet ut fullt digitalisert arbeidsflyt for patolog som alternativ arbeidsform med tanke på diagnostikk, ergonomiske forhold og muliggjøre patologarbeid fra arbeidsstasjon lokalisert utenfor avdelingen.

6 HSØ Helse Stavanger installerte Snittskanner i Siden da har digitaliserte snitt og automatisert bildeanalyse vært brukt daglig for forskning og utvikling, validerings prosjekter for primær diagnostikk, frysesnitt, intern konsultasjon, undervisning og Avdelingen samarbeider med eksterne forskningsinstitusjoner i regionen og leverer inntektsgivende histologi og digital patologi tjenester til eksterne samarbeidspartnere. I 2015 ble en integrasjonsløsning mot LIMS (Sympathy) etablert. Mer enn 1000 prøver ble diagnostisert ved hjelp av denne løsningen. Ny integrasjonsløsning er utarbeidet for nåværende LIMS (Unilab), men enda ikke installert og testet. HSØ har også hatt en frysesnittjeneste mellom Radiumhospitalet og Lillehammer i 2008/09. Men dette prosjektet ble avsluttet for flere år siden. 3.3 Planlagte prosjekter HMN Lage en off-lims lagringsløsning for skanner. Hensikt: Evaluere laboratorierutiner og digital patologidiagnostikk. Dokumentasjon (erstatte digitale kamera). Starte bildeanalyseassistert diagnostikk. Fjerndiagnostikk (konsultasjon) for sykehusene i Møre og Romsdal: Sykehusene anskaffer samme skanner som for St Olav og benytter samme lagringsløsning. Det regionale innføringsprosjektet avventer oppstart uvisst når dette kan skje.

7 4 Erfaringer fra prosjektene Nedenfor er erfaringer fra prosjekt i regionene beskrevet, hovedsakelig fra pågående og avsluttede prosjekt. 4.1 Helse Nord Helse-Nord har over tid vært en region hvor digitalisering og bruk av teletjenester har vært i fokus på grunn av lange avstander. Nasjonalt Senter for telemedisin ble etablert som et nasjonalt senter i Fra begynnelsen av 1990 tilbød patologiavdelingen i Tromsø telemedisinske tjenester for frysesnittdiagnostikk mot andre sykehus i regionen, men denne ble etter hvert lagt ned. Nasjonalt senter for telemedisin (NST) utlyste midler til telemedisinprosjekt i Klinisk patologi ved UNN søkte om midler og fikk godkjennelse Fokus fra Regionen Fokusområdene for søknaden var: Hvilken lagringskapasitet trenger vi til digitaliserte snitt? Hvilken linjekapasitet er nødvendig internt og eksternt for overføring av bilder? Funksjonalitet med tanke på konsultasjoner og undervisning? Samdrift med Bodø i forhold til patologidiagnostikk Databasebehov (Tromsø og Bodø) Utstyrsbehov IKT-utstyr Ressurser En hel ressurs fra NST i perioden juni til oktober 2012 (ca. 110 timer). Ingen ressurser frikjøpt fra det kliniske miljøet, men fem ressurser deltok i prosjektgruppen. Prosjektgruppen hadde ett møte hvor resultat av utredningen som nevnt over ble presentert Organisering Prosjektleder: Medisinsk ansvarlig Klinisk patologi. Prosjektmedarbeidere: Avdelingsleder, Klinisk patologi. It-ansvarlig, Klinisk patologi Bioingeniør, Klinisk patologi Teknologiressurs, NST Annet Prosjektet resulterte i rapporten "Digital Patologi".

8 4.1.5 Tekniske muligheter Digitalt multimediaarkiv er lagt inn i investeringsbudsjettet for Helse-Nord, dermed mulig å rigge prosjekt på dette i Et digitalt multimediaarkiv kan gi blant annet muligheter i forbindelse med lagring av patologibilder. 4.2 Helse Midt Siden 2008 har digitalisering av patologivirksomheten vært et ønske, og i 2012 kunne enkel løsning for fjerndiagnostikk mot Levanger settes i drift. I 2015 gjennomførte Hemit og patologiavdelingen et forprosjekt for et regionalt innføringsprosjekt. Innføringsprosjektet er på "vent" på tross av signifikant erkjennelse av nødvendigheten av dette. Andre kostnader og prosjekter er så langt prioritert. Avdelingen kjøper nå skanner for off-lims lagring - målet er evaluering, dokumentasjon og konsultasjon. Digitalt mediaarkiv sluttestes jul 2016 og implementeres våren Fokus fra Regionen Fjerndiagnostikk Levanger: Hovedhensikten og fokus har vært å lage en enkel og robust løsning for fjerndiagnostikk: Prøvetallet er moderat og det har ikke vært fokus på ergonomi eller validering av digital diagnostikk. Forprosjekt: Utgangpunkt for innføringsprosjekt. Gevinstanalyse, "as is" - og "to be" - analyse. Lagringsbehov og PACS Ressurser I ingen av prosjektene var det behov for frikjøp av ressurser Organisering Fjerndiagnostikk: Et rimelig enkelt prosjekt og ikke spesiell fokus på organisering. Bidrag fra Hemit og bioingeniører ved avdelingen. Forprosjekt: Prosjektledelse fra Hemit. Hemit, og bioingeniører og lege ved avdelingen var med i prosjektet Anskaffelser Fjerndiagnostikk: Anskaffelse av snittskanner (2016). I tillegg til Hemit var Medisinsk teknisk avdeling betydelig inne i prosessen, med spesifisering og vurdering av innkomne tilbud, konfigurering og drift av skanner. Pr tiden anskaffes skanner for St. Olav Tekniske utfordringer Det ble ikke rapportert om alvorlige utfordringer i Levanger prosjektet (2012). Utfordringen vi nå ser er hvordan bildene fra off-lims skanneren skal lagres i filmappe i leverandørens

9 database eller se på Sectra PACS (digitalt multimediaarkiv). Bruk av DICOM dersom skanner genererer bilder i DICOM vil mange metadata ikke være tilgjengelig dersom informasjonen kun hentes fra strekkoden på objektglasset Tekniske muligheter Videreføre Digitalt multimediaarkiv for lagring av patologibilder i Sectra PACS kan være riktig å gjøre Annet DICOM pr i dag støtter ikke fluorescensbilder eller "z-skanning", men er i seg selv ikke et hinder for bruk av standarden i patologi allerede nå. 4.3 Helse Vest Det har blitt gjennomført flere prosjekt og aktiviteter rundt utprøving av digitale snittskannere og automatisert bildeanalyse i Helse Vest. Erfaringer fra disse oppsummeres her Fokus fra Regionen Fokus i tidlig fase har vært på å teste digitale snittskannere med tanke på kvalitet, hastighet og lagringsbehov for skanning av snitt. Etterhvert har man også verifisert at diagnostikk basert på digitale snitt tilfredsstiller gjeldende krav til diagnostikk. Arbeidet med å utvikle og tilpasse digital bildeanalyse til diagnostikk, som tidligere ble gjort på bilder tatt med kameraer integrert med mikroskop, er videreført til bildeanalyse av bilde/skann fra digitale skannere. Man har og sett på forenkling/ tidsbesparelser ved bruk av digitalpatologi, ergonomi på patolog sin arbeidsplass og støtte til patologarbeid fra arbeidsstasjon lokalisert utenfor avdeling. Fokus er nå å etablere digitale arbeidsflyt på regionalt nivå Ressurser Det ville vært fordel om foretak hadde hatt ressurser til frikjøp av sentrale medarbeidere, slik at prosjektarbeid ikke må utføres i tillegg til daglig drift av patologiavdelingen Organisering Prosjektene har vært nybrottsarbeid og således en blanding av innovasjon og pilotprosjekt. Tverrfaglige team med realkompetanse, viktig med tett samarbeid mellom patologer, bioingeniører, medisinskteknisk, IKT-personell og leverandører. Sentrale medarbeidere må ha en kommunikasjonskanal (som tillater for eksempel skjermdeling) med ekstern fagpersonale for feilhåndtering.

10 En vanlig IKT help-desk er ikke en god nok løsning, i hvert fall ikke i prosjekt- og innføringsfasen Anskaffelser Anskaffelsen av digital skanner skiller seg ikke vesentlig fra alminnelige innkjøp som gjøres når det gjelder ikt/ medisinsk teknisk utstyr knyttet til datanettverk i laboratorier og røntgenavdelinger. Fra 2011 til 2016 har det vært en betraktelig økning av antall dokumenter tilknyttet en alminnelig anskaffelse, slik at det er blitt vanskelig for alminnelige medarbeidere å få oversikt over innholdet. Dette øker faren for å gjøre feil ved anskaffelser. En lik utvikling finnes for servicekontrakter. For å ivareta kvalitet i anskaffelsesprosessen og for å forhindre feil bør anskaffelsesdokumenter forenkles Tekniske utfordringer I innføringsfasen har det vært problemer tilknyttet skanningskvalitet (for eksempel fokusfeil). Håndtering av slike feil tar tid. Fargehåndtering er fremdeles et problem. Det samme snitt kan vise svært forskjellig fargetone avhengig av skanner. Optimal kompresjon er viktig for reduksjon av filstørrelse. Utvikling av optimale kompresjonsinnstillinger krever tett samarbeid av kompetente medarbeidere med leverandører. IKT system må jevnt oppgraderes. Oppgraderinger har vært slitsomme på grunn av mange utforutsatte feil. Gode testsystemer som kan håndteres av sentrale medarbeidere er en forutsetning for vedlikehold av systemer. Det har vært utfordrende med såkalte ferdige integrasjonsløsninger mellom skannere og LIS system, erfaringer viser at her vil man ofte måtte gjøre tilpasninger Tekniske muligheter Helse Vest holder på å implementere et digitalt media arkiv (vendor neutral archive VNA). Løsningen fra Sectra innholder en patologi modul for digitale snitt som ikke har blitt aktivert enda Annet Innføring av digitale patologisystem er utfordrende på mange plan. Behovet for tid, kompetanse og kommunikasjon har generelt vært undervurdert. Positive erfaringer har vært: Digital diagnostikk åpner for mange flere muligheter. Digitale bilder åpnes raskt, både innenfor systemet, hjemmefra eller langt fra. Lagring har ikke vært et problem inntil nå, lagringsbehov i Helse-Bergen inntil nå er 14 Tb og i Helse Stavanger 8Tb.

11 4.4 Helse Sør-Øst HSØ har hatt flere initiativer som er relevant for det nasjonale digital patologi prosjektet. De viktigste erfaringene oppsummeres her Fokus fra Regionen I Regional Klinisk Løsning (RKL) programmet ble det i januar 2016 startet et eget prosjekt for digital patologi. Prosjektet gjennomførte konseptfasen første halvår 2016 og er nå i en planleggingsfase. Målet er full digitalisering av digital patologi i HSØ. I første omgang vil prosjektet fokusere på å få opp digital patologi slik at man kan utveksle digitalt prøvemateriale mellom Kalnes i Østfod, OUS og Ahus. En viktig del av prosjektet er å kartlegge arbeidsprosessene og definere hvordan de kan bli forbedret med digital patologi. I tillegg til pågående prosjekt for digital patologi som startet i 2016 har Ahus benyttet skannere siden I prosjektet trekker man erfaringer fra bruken på Ahus. I RKL programmet i regi av Digital fornying er det også et stort relatert LAB prosjekt som skal konsolidere alle de ulike LAB systemene til en regional løsning med felles Lab database. Digital Patologi prosjektet i RKL forutsetter at man har en konsolidert Lab løsning for patologi. I RKL programmet er det også et prosjekt RMA (Regionalt multimedia arkiv) som skal etablere multimedia arkiv i HSØ. Digital patologi prosjektet i RKL jobber sammen med dette prosjektet for å se på om digital patologi i HSØ kan/bør benytte lagringstjenester fra multimedia arkivet. Foreløpig har man konkludert med at dette er noe som er svært aktuelt. RMA prosjektet vil også kunne tilby et enkelt brukergrensesnitt for klinikere for tilgang til digital patologi bilder (men ikke diagnostisering). Norges Forskningsråd har i 2016 også innvilget penger for et forskningsprosjekt fra OUS på digital patologi (DOMore!). Prosjektet skal forbedre diagnostikk og prognose ved kreft ved å utvikle automatiske og bildebaserte metoder slik at man i større grad baserer diagnostikk på helt like og reproduserbare kriterier, da undersøkelser viser at det er store variasjon i tolkningen av prøver mellom patologer (Ref. Kreftregisterets årsrapporter, nasjonale kreftregistre) Ressurser Digital Patologi prosjektet i RKL er bemannet med fagpersoner fra patologi området og relevante teknisk/arkitektur/prosess kompetanse samt ressurser med praktisk erfaring med skannere fra Ahus. Mange av ressursene i prosjektet jobber også i det regionale LAB prosjektet. Prosjektet har flere ressurser som også er sentrale i det nasjonale prosjektet Organisering Digital Patologi prosjektet er et prosjekt i Regional Klinisk Løsning(RKL) programmet som er et program i Digital Fornying programmet til HSØ.

12 4.4.4 Anskaffelser Prosjektet jobber med å lage en kravspesifikasjon for å gjøre en eller flere anskaffelser av skannere og software. I første omgang vil man trolig gjøre en anskaffelse for en pilot mellom Østfold, OUS og Ahus Tekniske utfordringer Digital patologi krever mye lagringsplass for å arkivere digitalisert prøvemateriale. Det blir dermed svært kostbart om alt langtidsarkiverte digitalisert prøvemateriale lagres med rask tilgjengelighet/responstid. Det er behov for både lagring med rask responstid (nærarkiv) og langtidsarkivert lagring som kan ha responstid på kanskje så mye som sekunder for visning av arkiverte bilder til sluttbrukere. Per idag tilbyr ikke Sykehuspartner kostnadseffektive lagringstjenester tilpasset behovene Digital Patologi har for langtidsarkivering. Hvilke metadata og strukturen/format på lagring er viktige utfordringer som det jobbes med i prosjektet. Videre må integrasjoner og funksjonsdelingen mellom bildeviewer og LIMS avklares nærmere. Det finner per i dag ikke tilstrekkelig modne lagringsstandarder for digitalisert prøvemateriale for Patologi. Per i dag benytter helt eller delvis proprietære formater. Erfaringer fra Ahus viser at det gir begrenset gevinst å anskaffe skannere for digitalisering av prøvemateriale uten å ha en løsning/bildeviewer som er integrert med LIMS Tekniske muligheter DICOM standarden vil trolig i løpet av de nærmeste årene videreutvikles og bli mer moden for behovene man har til digitalisert prøvemateriale. Prosjektet for Digital Patologi har fått demonstrert at det finnes svært brukervennlige og gode verktøy på markedet i dag for digital patologi. Lagringstjenester for lagring av store datamengder er i utvikling og det forventes at kostnadene går ned og ytelsen/kapasiteten går opp. Utviklingen går ofte i rykk og napp og det er vanskelig å forutsi hvor langt man er kommet de neste par årene. Det er et stort potensial med Bildeanalyseassistert programvare. Erfaringene fra Ahus er at de patologene som har begynt å bruke dette har gode erfaringer og benytter dette i økende grad. Forskningsprosjekter som DOMore på OUS vil i framtiden kunne bidra til at disse verktøyene i enda større grad vil bistå og effektivisere og standardisere analysearbeidet til patologene Annet Digital Patologi prosjektet til HSØ i RKL trenger følgende to avklaringer fra det nasjonale prosjektet:

13 - Skal det fortsatt være påkrevd med permanent lagring av glass når man har lagret digitalisert prøvemateriale - Felles nasjonal database med digitalisert prøvemateriale eller regional lagring og utveksle digitalisert prøvemateriale?

14 5 Oppsummering og konklusjoner Det er stor interesse og mange lignende initiativer i de ulike RHF-ene som både vil etablere og understøtte Digital Patologi. Det blir viktig at det nasjonale målbilde for Digital Patologi bygger videre på målbildene til de andre initiativene. Samtidig viser det viktigheten av å etablere et tydelig målbilde nasjonalt for Digital Patologi som de regionale initiativene kan forholde seg til slik at de regionale løsningene kan spille godt sammen med en nasjonal løsning for digital patologi. Erfaringene fra de regionale digital patologi prosjektene viser at det er stor interesse for Digital Patologi. De foreløpige erfaringene fra ulike piloter er gode. Av dagens piloter og initiativer er det kun to som så langt har etablert en løsning i produksjon som har integrasjon mellom bilde viewer og LIMS. Alle regionene har etablert målbilder som skal ha regionale LIMS for patologi. Målbildet beskrevet i Hovedprodukt 1.0 kap LIMS viser de ulike regionale målbildene hvor HN og HMN vil få regionale LIMS basert på Sympathy mens HV og HSØ regionaliserer henholdsvis på Unilab og LVMS. Konsekvensen av dette vil være at en nasjonal løsning for Digital Patologi vil kunne forholde seg til regionale LIMS systemer. Dette forenkler integrasjonsbildet da man alternativt ville måtte forholdt seg til ulike LIMS systemer per HF. Videre må nasjonal løsning for Digital Patologi trolig måtte forholde seg til minst 3 ulike LIMS systemer og leverandører. Dette understreker behovet for bruk av standardiserte grensesnitt som flere LIMS systemer kan forholde seg til. Det er også viktig innspill ift. hvordan Digital Patologi arbeidsflyten skal styres. Flere av RHF-ene satser også på digitale multimedia arkivløsninger i parallell med digital patologi. Multimedia arkivløsninger vil kunne tilby lagringstjenester for lagring av store mengder med bildefiler. Dette er tjenester som potensielt også vil kunne benyttes av en nasjonal løsning for Digital Patologi. Det er derimot viktig at multimedia arkivløsningene kan tilby kostnadseffektive lagringsløsninger tilpasset langtidsarkivering. Multimedia arkivløsningene tilbyr enkle brukergrensesnitt for å se på digital patologi bilder for klinikerne, men noen av dem tilbyr i tillegg moduler som støtter prosess for å diagnostisere snitt. Vedlegg: Sluttrapport Prosjekt Digital patologi Helse Førde, Aleksandar Vodovnik. Digital Patologi V/ Nasjonalt senter for samhandling og telemedisin, Elisabeth E Sjaaeng. Helse Vest Digitalisering av nyrebiopsiregisteret, Sabine Leh.