Avdeling for medisinsk mikrobiologi. Årsrapport 2011

Avdeling for medisinsk mikrobiologi Årsrapport 2011 2005 1

1. Forord... 3 Mål... 3 2. Avdelingens funksjoner... 3 3. Organisasjon... 4 4. Bemanning... 4 5. IKT... 5 6. Kvalitetssikring og HMS... 5 7. Aktivitet... 5 7.1 Seksjon for bakteriologi... 6 7.2 Seksjon for virologi og genteknologi... 6 7.3 Seksjon substrat og spesialvask / Seksjon spesialfunksjoner... 7 7.4 Seksjon for sykehushygiene... 8 7.5 Nasjonale referansefunksjoner... 8 7.5.1 Meticillin resistente Staphylococcus aureus... 8 7.5.2 Gruppe B streptokokker... 8 7.5.3 Francisella tularensis... 8 7.5.4 Adenovirus... 9 7.6 Forskning og utvikling... 9 7.6.1 FOU... 9 7.6.2 Publikasjoner 2010... 9 8. Tabeller og produksjonstall... 10 8.1 Nøkkeltall... 10 8.1.1 Produksjonstall... 10 8.1.2 Infeksjonsimmunologiske undersøkelser... 11 8.1.3 Antall undersøkelser for virologi og genteknologi... 12 8.1.4 Spesielt ressurskrevende undersøkelser... 12 8.2 Funn bakteriologi, mykologi og parasittologi... 13 8.2.1 Blodkulturfunn (per pasient)... 13 8.2.2 Dyrkningsfunn i spinalvæske... 14 8.2.3 ESBL og MBL... 15 8.2.4 Patogene tarmbakterier... 15 8.2.5 Salmonella serotyper... 15 8.2.6 Funn Tb-laboratorium... 16 8.2.7 Parasitter... 16 8.2.8 Sopp... 17 8.3 Funn virus... 18 8.3.1 Antistoffpåvisning i tårevæske... 18 8.3.2 Antigenpåvisning i fæces (EIA)... 18 8.3.3 Viruspåvisning i cellekultur... 18 8.4 Funn vha PCR teknikk... 19 8.4.1 PCR- undersøkelser... 19 8.4.2 Funn agens i spinalvæske ved PCR... 21 8.4.3 Adenovirus sekvensering... 21 8.4.4 Picornavirus sekvensering... 22 8.4.5 HPV-typing ved sekvensering... 23 8.4.6 Hepatitt C virus genotyping... 23 8.5 Medieproduksjon... 24 8.5.1 Produksjon av faste dyrkingsmedier... 24 8.5.2 Produksjon av medier/ reagenser på flasker og rør... 24 8.5.3 Produksjon av medier/ reagenser/ oppløsninger... 24 2

1. Forord Året 2011 har vært et positivt driftsår for avdelingen. Vi har blant annet bidratt positivt til å holde budsjettet og de pålagte innsparingene ved St. Olavs hospital. Alle medarbeiderne må berømmes for sin innsats i prosessen. Vi har fått en økt bevissthet angående kostnader og økonomiske vurderinger. Det er gjort en del faglige grep og prioriteringer som vi mener har økt kvaliteten på våre tjenester. Kvalitetsarbeidet har også vært i fokus i 2011. Det har vært god rekruttering til avdelingen, men strever fortsatt med å fylle overlegestillingene. Det vi ønsker særlig å trekke frem til 2011 er at avdelingen har nådd målet om akkreditering etter NS-EN ISO 15189. Videre har avdelingen gått til innkjøp av et massespektrometer (Maldi TOF) og utsåingsmaskin i bakteriologi. Faget er stadig utvikling slik at det er gjort mange forbedringsprosesser for å bedre svartider og å ha et oppdatert diagnostisk tilbud. Gjennom kvalitetsarbeidet har vi også fått økt fokus på FoU-arbeidet. Et område som vil bli særskilt fulgt opp i 2012. Mål Avdeling for medisinsk mikrobiologi (AMM) har som mål å arbeide i overensstemmelse med Strategi- og Virksomhetsplaner for St. Olavs Hospital og Laboratoriemedisinsk klinikk. Dette innebærer å oppfylle behovet for infeksjonsdiagnostikk for Sør-Trøndelag fylke, regionfunksjoner innen infeksjonsdiagnostikk for helseregionen Helse Midt-Norge og noen nasjonale oppgaver. AMM vil ivareta faglige funksjoner som epidemiologisk overvåking og infeksjonsforebyggende arbeid i sykehus og dekke det undervisningsbehovet som er avtalt med St. Olavs Hospital, NTNU og andre institusjoner. AMM vil bidra aktivt til faglig utvikling og tilbud gjennom FoU, og utføre diagnostikk, undervisning og forskning på et høyt kvalitativt nivå. Hvert år utarbeides Virksomhetsplan og Handlingsplan for AMM. De bygger på Strategi- og virksomhetsdokument for Laboratoriemedisinsk klinikk og Styringsdokument for St. Olavs Hospital. 2. Avdelingens funksjoner Avdelingen har ansvaret for all mikrobiologisk diagnostikk i Sør-Trøndelag, og har et stort repertoar innen bakteriologi, virologi, mykologi, parasittologi og infeksjonsimmunologi. En bred satsning på genteknologiske metoder har ført til en stor ekspansjon innen denne type diagnostikk, og avdelingen har etablert en rekke egenproduserte metoder for påvisning av velkjente så vel som nyoppdagede mikrober i kliniske prøver. Avdelingen har spesiell kompetanse knyttet til genanalyser av arvematerialet til bakterier og virus og har bl.a. benyttet slike undersøkelser til epidemiologiske analyser. Disse metodene står sentralt i oppklaring av sykehusinfeksjoner og utbrudd av infeksjoner utenfor sykehus. Avdelingen har ansvaret for referansefunksjonen for MRSA, GBS, Francisella tularensis og Adenovirus. Det oppleves som svært positivt for avdelingen. Gjennom årlige revisjoner av avdelingens strategi- og virksomhetsplaner tilstreber man å dekke behovet for en optimal infeksjonsdiagnostikk. Etablering og kvalitetssikring av nye diagnostiske metoder står sentralt, samt rasjonalisering og automatisering av eksisterende diagnostikk. 3

Intern kompetanseutvikling er viktig for å heve kvaliteten på diagnostikken. Dette ivaretas ved intern undervisning, kurs og deltakelse i faglige arrangementer både nasjonalt og internasjonalt. Et nært samarbeid med andre mikrobiologisk avdelinger er viktig for den faglige utviklingen og kompetansen sett i nasjonalt perspektiv. Avdelingen er referanselaboratorium for Helseregion IV, og mottar i tillegg prøver fra hele landet til spesielle analyser som vi er alene om å tilby. Laboratoriet har egen produksjonsenhet som forsyner eget laboratorium og laboratoriene i Helse Nord-Trøndelag og Molde Sjukehus i Helse Nordmøre og Romsdal med medier. Det er satset aktivt på informasjon til brukerne ved besøk, kursvirksomhet samt utgivelse av informasjonsskriv LAB NYTT og oppdatert informasjon på hjemmesiden (http://www.stolav.no/mikrobiologi). Brukerhåndboken, årsrapporter, både for avdelingen og referansefunksjonene, er elektronisk tilgjengelig via hjemmesiden. De ansatte deltar i undervisningen av medisinske studenter, andre studenter og helsepersonell, og har et nært samarbeid med Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer ved NTNU. Det er en betydelig forskningsaktivitet ved avdelingen som bl.a. inkluderer veiledningsoppgaver for hovedfagsstudenter og doktorgradsstipendiater. 3. Organisasjon Avdelingen er organisert i Laboratoriemedisinsk klinikk, som en av fire avdelinger. Klinikksjef er Trond Jacobsen. Organisatorisk endring i 2011 er at Seksjon for sykehushygiene er flyttet til fagavdelingen sentralt på sykehuset og har skiftet navn til Seksjon for smittevern. Det regionale kompetansesenteret i smittevern, som er samlokalisert vil være operativt fra 2012 med en overlegestilling og en hygienesykepleier/spesialrådgiver. Avdelingssjef er Gilda Susan Opland. Seksjon for bakteriologi og prøvemottak (seksjonsleder Sissel Karin Eriksen) Seksjon for virologi og genteknologi (seksjonsleder Inger Johanne Haugen) Seksjon for spesialfunksjoner (seksjonsleder Sissel Frisvold Røe), tidligere seksjon for substrat og spesialvask. I 2011 ble den utvidet til også å inneholde laboratoriedelen av smittevern med en spesialbioingeniør, samt referansefunksjonen for MRSA og GBS. 4. Bemanning Avdelingssjef Gilda S. Opland Kvalitetskoordinator 1 Overlege 6,2 (hvorav 1 i hovedstilling,1 i bistilling og 1 50% kombinert stilling ved NTNU) Assistentlege 4 Seksjonsleder 3 Spesialbioingeniør 4 Fagansvarlig bioingeniør 14,2 Bioingeniør 30 Fagansvarlig laboratorieingeniør 2 Laboratorieingeniør 2,5 Ingeniør 1 4

Tekniker 2,5 Assistent 4,5 Renholdsoperatører 2 5. IKT Dagens laboratoriedatasystem NSML (Non-stop mikrolab; Tieto) har vært i bruk siden 1990 og skal på sikt erstattes med et mer moderne system som kan håndtere flest mulige prosesser elektronisk. I en mellomfase er det vedtatt at det skal innføres et eget datasystem for infeksjonsimmunologiske undersøkelser (NSL), mens man beholder NSML for øvrige mikrobiologiske undersøkelser. Felles prøvemottak tar seg av all registrering av mottatt prøver. Mottak, registrering og svarrapportering skal gå via en felles overbyggingsmodul (ROS (Rekvirering og Svar)), (Tieto) som skal kommunisere med alle de fagspesifikke laboratoriedatasystemene. Avdelingen benytter programmet WHONET, et program utviklet av John Stelling/WHO. Programmet setter sammen fagdata slik at man får en god oversikt over insidens, prevalens og clusters i forhold til ulike mikrober, resistens m.m. Som rapportverktøy benyttes Crystal Reports. 6. Kvalitetssikring og HMS Avdelingens HMS/kvalitetsgruppe er aktiv, og har hatt.møter i 2011. Gruppen er bredt sammensatt med representanter fra alle yrkesgrupper og alle seksjoner. Avdelingen gjennomfører årlig HMS-runde med alle ansatte. Det jobbes med seksjonsvise tiltaksplaner gjennom hele året. Verneombudet har en aktiv rolle i avdelingen og møter ledelsen formelt og uformelt Kvalitet som har hatt stort fokus også i 2011. Dokumentasjon i forbindelse med CE-merking av in-house PCR metode for Chlamydia trachomatis er fulgt opp og avdelingen er fra sommeren 2011 akkreditert etter NS-EN ISO 15189. EQS er St. Olavs Hospitals elektroniske kvalitetsstyringssystem. Dokumentstyring og avvikshåndtering styres av systemet. Avdelingen er gjenstand for både eksterne og interne systemrevisjoner. Dette sikrer kontroll av kvalitetssystemet. Trender i avvikene gir ledelsen nyttig informasjon om forbedringer som kan iverksettes. Ledelsens gjennomgang er et annet verktøy som benyttes for hele tiden å sikre og forbedre kvaliteten på utført arbeid. Kompetanseheving av ansatte gjøres kontinuerlig. Utadrettet virksomhet og kommunikasjon med rekvirentene er viktig. I den anledningen ble det satt i gang et prosjekt på klinikknivå som vil gi stor gevinst både for rekvirenten og avdelingen. Nytt mikrosystem, bedre brukerhåndbok og oppdatert hjemmeside skal være et ledd i denne kommunikasjonen. Avdelingen deltar i nasjonale og internasjonale systemer for ekstern kvalitetskontroll. 7. Aktivitet 5

7.1 Seksjon for bakteriologi Seksjon for bakteriologi har 24,6 bioingeniørstillinger og 1 seksjonsleder. Seksjonen består av følgende fagområder: Resistensbestemmelse / sekundært prøvemottak m/utsåing og fordeling av prøver. Generell bakteriologi. Anaerob dyrkning / blodkulturer. Urin/urogenital. Tarmpatogene bakterier / parasitter. Mykologi. Mykobakterier. Hvert fagområde blir ledet av bioingeniør II med fagansvar. Som de senere år har vi spesiell fokus på diagnostikk ved ortopediske infeksjoner, anaerob diagnostikk, soppdyrkning og fæcesdiagnostikk. Enkelte av våre bioingeniører og leger deltar i undervisning av studenter ved Høgskolen i Sør- Trøndelag, og vi har også studenter til automasjonspraksis derfra. Også dette året har vi hatt flere grupper av bioingeniørstudenter som har gjennomført sin avsluttende bacheloroppgave hos oss. Vi samarbeider også med NTNU når det gjelder oppgaver til mastergradsstudenter. I 2011 har vi deltatt i følgende forskningsprosjekter: Luftveisprosjektet, Intense-studien, har levert prøver til en hjerneabscess-studie ved Haukeland Universitetssykehus, og har selv tatt initiativ til et prosjekt innen resistenstesting og genotyping av Francisella tularensis i samarbeid med Veterinærinstituttet. I tillegg deltar avdelingen i NORM. Avdelingen deltar i en rekke eksterne ringtester, både fra UKNeqas og Folkehelseinstituttet. Avdelingen ble i 2011 akkreditert for en rekke ulike analyser innen bakteriologi etter omfattende arbeid med etablering og oppdatering av prosedyrer. I løpet av året har avdelingen forberedt omlegging av urindiagnostikken i henhold til metodikk anbefalt i Strategimøte 2008. Ny metode vil bli tatt i bruk i januar 2012. Utstyr for MALDI-TOF massespektrometri ble anskaffet, og det ble gjennomført en omfattende validering av instrument og bruk i løpet av høsten. Søknad om akkreditering av metoden for bruk i rutinediagnostikk ble sendt like før jul. Kravsspesifikasjon for automatisk utsåingsmaskin for bakteriologisk prøver ble utarbeidet og anbud ble sendt ut høsten 2011. 7.2 Seksjon for virologi og genteknologi Seksjonen har i 2011 bestått av 23,4 bioingeniørstillinger, hvorav 1 seksjonsleder, 2 spesialbioingeniører og til sammen 7 bioingeniører med fagansvar. På grunn av stort arbeidspress har vi leid inn 2 ekstra bioingeniørstillinger fra sommeren 2011. I tillegg har vi 1 stilling knyttet til luftveisprosjektet. 6

Det utføres et bredt spekter av PCR-analyser for både bakterier og virus. De fleste analysene er basert på egenproduserte (in-house) real-time PCR metoder. Genotyping av virus og identifikasjon av enkelte bakterier utføres i alt vesentlig med sekvensering av oppformerte genprodukter. I tillegg utføres dykning av virus i cellekulturer samt påvisning av virus med immunologiske metoder (ELISA og IF). Diagnostikk av luftveisinfeksjoner er et satsningsområde. Funn av luftveisagens legges ut på hjemmesiden ukentlig. I 2011 har vi hatt en kraftig økning i antall analyser utført, mest innen serologi og PCR. Mye av dette skyldes en epidemi med Mycoplasma pneumoniae som har pågått over flere måneder. I tillegg har vi hatt uvanlig mange funn av Francisella tularensis. Flere grupper av bioingeniørstudenter har fått sin automasjonspraksis ved seksjonen og 2 grupper har gjennomført sin avsluttende bacheloroppgave hos oss. Seksjonen bidrar i flere FOU-prosjekter. Se egen rapport. Avdelingen ble akkreditert i 2011. Kvalitetsarbeidet har krevd mye ressurser. Avdelingen arbeider kontinuerlig med å vedlikeholde og bygge opp kompetansen blant de ansatte. Ansatte har deltatt på ulike brukermøter, kurs og kongresser. 7.3 Seksjon substrat og spesialvask / Seksjon spesialfunksjoner Seksjonen fungerer godt i det nye Laboratoriesenter, og ansatte trives i lyse og romsligere arealer med utsikt til trivelige omgivelser. Flere tekniske detaljer har kommet på plass i løpet av året. Første oktober ble seksjonen tilknyttet nye fagområder og endret navn til Seksjon spesialfunksjoner. Seksjon har pr. 31.12.11 tilknyttet 22 personer med forskjellige oppgaver og faglig bakgrunn. Seksjon spesialfunksjoner består av tidligere Seksjon substrat og spesialvask og bioingeniører fra tidligere Seksjon sykehushygiene. Seksjonen består av et produksjonslaboratorium, en vaskeenhet, en pakkeenhet, to nasjonale referansefunksjoner og en smittevernfunksjon. Produksjonslaboratoriet produserer faste og flytende dyrkningsmedier, reagenser og buffere. Snaut 70 % av medieproduksjonen ble brukt innen avdelingen til rutineanalyser og til forskning, inkludert NTNUs mikrobiologiske forskningslaboratorium. Resten av produksjonen ble solgt til eksterne kunder. De største kundene var HiST ved Bioingeniørutdanningen, Helse Nord-Trøndelag ved Sykehuset Levanger og Helse Møre og Romsdal ved Molde Sjukehus. Private institusjoner kjøpte også medier. Av dem var SINTEF den største kunden. Vaskeenheten desinfiserer og rengjør laboratorieutstyr for både St. Olavs og NTNUs laboratorier i Laboratoriesenteret. Samarbeidet med de andre laboratorieavdelingene og NTNUs institutter i Laboratoriesenteret fungerer veldig bra. Pakkeenheten pakker og steriliserer utstyr for bruk på laboratoriene, og har ansvar for forsendelse av pakker og prøver til andre laboratorier og samarbeidspartnere. Nasjonal referansefunksjon for MRSA (Meticillinresistent Staphylococcus aureus) ble etablert ved avdelingen 1. januar 2006. Den ivaretar en stammebank av MRSA og inneholder 7

tilnærmet alle nypåviste MRSA isolater i Norge etter 1. januar 2008. Funksjonen leverer egen årsrapport. Nasjonal referansefunksjon for GBS (gruppe B streptokokker, Streptococcus agalactiae) har hatt funksjonen offisielt siden 2006, etter å ha utført typing av GBS på kollegial basis siden begynnelsen av 1990-tallet. Referansefunksjonen mottar tilnærmet like mange stammer som tilfeller meldt til MSIS. Funksjonen leverer egen årsrapport. Smittevernfunksjonen har et tett samarbeid med sykehusets smittevernseksjon og har ansvar for å analysere prøver i forbindelse med utbrudd og epidemier og deltar i infeksjonsovervåking og mikrobiologisk kontroll av luft i operasjonsrom. Funksjonen leverer egen årsrapport sammen med sykehusets smittevernseksjon. Aktiviteten i året som har gått har som de siste årene vært preget av stram økonomi, men bra utstyr har gjort at rutineproduksjonen har gått bra, til tross for en del utstyrsproblemer. Seksjonen jobber videre med utvikling og utprøving av nye dyrkningsmedier. Stammebanken som brukes til dyrkningskontroller har blitt ytterligere utvidet med sertifiserte kontrollstammer. Bredden i varespekteret øker stadig og er nå på over 200 ulike produkter. Alle produkter som skal CE-merkes er registrert i Helsedirektoratets utstyrsregister. Seksjonen substrat og spesialvask var sertifisert etter NS-EN ISO 9001:2008. Hele avdelingen ble i august akkreditert etter NS-EN ISO 15189, og seksjonen er en del av den akkrediteringen. Seksjonen har bra resultat med hensyn til måloppnåelse. Dette året har det vært noe endring i personalgruppen med flere nyansettelser og vikarer pga naturlig avgang og litt stort sykefravær. Personalet har vist stor innsatsvilje, og arbeidet har blitt utført til alles tilfredshet. Stresset arbeidssituasjon har ikke ført til større avvik. Seksjonen jobber stadig med tilrettelegging for at ansatte skal stå lengst mulig i jobb. Flere ansatte har redusert stillingsandel på grunn av små barn eller delvis AFP. Noen har hatt glede av sykehusets seniorpolitiske tiltak. Ansatte har deltatt på relevante interne og eksterne kurs og konferanser. 7.4 Seksjon for smittevern Seksjonen er fra oktober 2011 organisert under Fagavdelingen ved St. Olavs Hospital Se egen rapport 7.5 Nasjonale referansefunksjoner 7.5.1 Meticillin resistente Staphylococcus aureus Se egen rapport 7.5.2 Gruppe B streptokokker Se egen rapport 7.5.3 Francisella tularensis Se egen rapport 8

7.5.4 Adenovirus Se egen rapport 7.6 Forskning og utvikling 7.6.1 FOU 7.6.2 Publikasjoner 2010 Artikler i peer-review tidsskrifter Kongress/konferanse-presentasjoner med abstracts 9

8. Tabeller og produksjonstall 8.1 Nøkkeltall 8.1.1 Produksjonstall 2010 2010 2010 2011 2011 2011 Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total Endring Bakteriologi 89 815 116 848 206 663 97 165 124 250 221 415 7.14 % Parasittologi 305 2 847 3 152 334 2 720 3 054-3.11 % Infeksjonsimmunologi 17 661 189 203 206 864 20 491 197 529 218 020 5.39 % Virologi 2 922 5 373 8 295 4 292 6 147 10 439 25.85 % Mycologi 3 373 10 427 13 800 3 230 10 930 14 160 2.61 % Genteknologi 25 590 103 545 129 135 33 520 139 701 173 221 34.14 % Annet 333 600 933 296 593 889-4.72 % Sykehushygiene 51 5 343 5 394 32 5 494 5 526 2.45 % Total 140 050 434 186 574 236 159 360 487 364 646 724 12.62 % 10

8.1.2 Infeksjonsimmunologiske undersøkelser Analyse Totalt Analyse Totalt Alt. HBVcore total 156 Herpes simpex virus IgM 1 370 Alt. HBVs antigen 48 Herpes simpex virus2 IgG 1 Anti-Dnase B 710 Herpes simplex virus IgG 1 369 Antistreptolysin titer 816 Herpes simplex virus1 IgG 1 B. pertussis 2 471 Heterofile antistoff 64 Borrelia IgG 5 033 HIV 1+2 ag/as 32 814 Borrelia IgG Blot 146 HIV Western Blot as 90 Borrelia IgM 5 031 Morbilli IgG 94 Borrelia IgM Blot 348 Morbilli IgM 94 Borrelia-index 38 Mycoplasma IgG 5 895 Chlamydophila pneumoniaeigg 4 523 Mycoplasma IgM 5 895 Chlamydophila pneumoniaeigm 4 523 Parotitt IgG 130 Cytomegalovirus IgG 5 080 Parotitt IgM 130 Cytomegalovirus IgM 5 078 Parvovirus B19 IgG 638 Dengue Antigen 56 Parvovirus B19 IgM 638 Dengue IgG 56 Pertussis FHA IgA 2 479 Dengue IgM 56 Pertussis FHA IgG 2 479 EBNA IgG 1 Pertussis PT IgA 2 479 EBV VCA IgG 6 119 Pertussis PT IgG 2 479 EBV VCA IgM 6 119 Puumala/Hantavirus 137 F.tularensis agglutinasjon 2 305 Quantiferon TB 1 771 F.tularensis IgG 2 307 RPR (Syfilis) 250 F.tularensis IgM 2 307 Rubella IgG 3 706 Helicobacter pylori IgG 1 772 Rubella IgM 79 Hepatitt A antistoff total 2 914 Salmonella paratyphi O as 32 Hepatitt A IgM 336 Salmonella typhi O as 32 Hepatitt Bcore antistoff total 14 736 Syfilis total antistoff 9 160 Hepatitt Be antigen 334 Toxo antistoff total 2 037 Hepatitt Be antistoff 382 Toxo IgG DA 277 Hepatitt Bs ag konfirmasj 100 Toxo IgM ISAGA 275 Hepatitt Bs antigen 29 322 TPPA (Syfilis) 250 Hepatitt Bs antistoff 4 223 Varicella z. virus IgM 1 387 Hepatitt C antistoff 28 753 Varicella z. virus IgG 1 386 Hepatitt C RIBA 229 Yersinia as agglutinasjon 393 Totalt 216 739 11

8.1.3 Antall undersøkelser for virologi og genteknologi 2010 2011 Direkte antigenpåvisning, fæces, EIA 4 548 4 243 Antistoff i tårevæske 121 132 Virusdyrkning 2 759 3 809 Chlamydia trach. PCR 20 754 20 796 PCR u/chlamydia tr. 108 381 152 425 Sekvenseringer 503 420 8.1.4 Spesielt ressurskrevende undersøkelser 2010 2011 Tb, dir. mikroskopi 1 381 915 Parasitt mikroskopi 1 359 1 283 HIV 1 Western blot 91 90 HCV konfirmasjonstest (RIBA) 226 229 Sekvenseringer 503 420 Pulsfelt gelelektroforese 30 0 CMV kvantitativ PCR 51 33 EBV kvantitativ PCR 66 25 Hepatitt B kvantitativ PCR 636 748 Hepatitt C kvantitativ PCR 411 499 HIV kvantitativ PCR 1 596 1 764 Virusdyrkning 2 759 3 809 12

8.2 Funn bakteriologi, mykologi og parasittologi 8.2.1 Blodkulturfunn (per pasient) 2011 2011 Achromobacter xylosoxidans 1 Gram positive staver 1 Acinetobacter baumanii 2 Granulicatella adiacens 1 Acinetobacter species 1 Haemophilus influenzae 4 Actinobaculum schaalii 2 Hafnia alvei 1 Actinomyces 1 Klebsiella oxytoca 16 Aerococcus species 1 Klebsiella pneumoniae 20 Aerococcus urinae 1 Klebsiella pneumoniae ssp pneumon. 13 Aerococcus viridans 2 Lactobacillus species 1 Alfahemolytiske streptokokker 6 Listeria monocytogenes 3 Anaerobe diftroider 1 Micrococcus species 2 Anaerobe gram neg. staver 2 Micromonas micros 1 Anaerobe gram pos. staver 1 Moraxella catarrhalis (branhamella) 1 Bacillus cereus 3 Moraxella nonliquefaciens 1 Bacillus circulans 1 Moraxella species 2 Bacillus species 2 Muggsopp 1 Bacteroides capillosus 1 Neisseria meningitidis 1 Bacteroides eggerthii 1 Nonhemolytiske streptokokker 1 Bacteroides fragilis 4 Paenibacillus species 1 Bacteroides merdae 1 Pantoea species 1 Bacteroides ovatus 1 Peptinophilus asaccharolyticus 1 Bacteroides species 1 Peptostreptococcus asaccharolyticus/indlicus 1 Bacteroides thetaiotaomicron 3 Prevotella buccae 1 Betahemol.streptokokker gr.g 1 Prevotella oralis 2 (str.dys.equisimilis) Betahemolytiske streptokokker gr. A 15 Prevotella species 1 Betahemolytiske streptokokker gr. B 12 Propionibacterium acnes 3 Betahemolytiske streptokokker gr. C 1 Proteus mirabilis 10 Betahemolytiske streptokokker gr. G 1 Proteus vulgaris 1 Candida albicans 13 Providencia rettgeri 1 Candida dubliniensis 1 Pseudomonas aeruginosa 14 Candida glabrata 2 Pseudomonas stutzeri 1 Candida parapsilosis 3 Raoultella ornithinolytica 1 Candida species 1 Raoultella terrigena 2 Candida tropicalis 2 Rothia mucilaginosa (Stomatococcus 1 mucilaginosus) Capnocytophaga canimorsus (df2) 1 Salmonella schwarzengrund 1 Capnocytophaga species 1 Salmonella typhi 1 Capnocytophaga sputigena 1 Serratia marcescens 5 Citrobacter freundii 3 Serratia species 1 Citrobacter species 1 Staph. koagulase neg. (hvite staph.) 187 Clostridium difficile 1 Staphylococcus aureus 92 Clostridium perfringens 3 Staphylococcus capitis 8 Clostridium sordellii 1 Staphylococcus epidermidis 29 Clostridium species 3 Staphylococcus haemolyticus 2 Coliforme staver 1 Staphylococcus hominis 5 Comamonas species 1 Staphylococcus lugdunensis 1 Comamonas testosteroni 1 Staphylococcus simulans 1 Corynebacterium j.k. 1 Staphylococcus warneri 1 Difteroide staver 16 Stenotrophomonas maltophilia 1 13

Eggerthella lenta 1 Streptococcus anginosus (milleri) 8 Enterobacter aerogenes 3 Streptococcus bovis 2 Enterobacter cloacae 21 Streptococcus constellatus 4 Enterococcus casseliflavus 1 Streptococcus dys.dysgalactiae 3 Enterococcus durans 1 Streptococcus dysgalactiae equisimilis 7 Enterococcus faecalis 39 Streptococcus gordonii 1 Enterococcus faecium 17 Streptococcus mitis 5 Enterococcus gallinarium 2 Streptococcus mutans 1 Enterococcus hirae 1 Streptococcus oralis 3 Escherichia coli 215 Streptococcus pneumoniae 52 Eubacterium lentum 3 Streptococcus pyogenes 10 Francisella tularensis 3 Streptococcus salivarius 4 Fusobacterium necrophorum 1 Streptococcus sanguis 6 Fusobacterium nucleatum 5 Streptococcus species 1 Gemella morbillorum 1 Veillonella species (gram neg kokk) 2 Globi.sanquinis 1 Total 997 8.2.2 Dyrkningsfunn i spinalvæske 2011 Alfahemolytiske streptokokker 2 Betahemolytiske streptokokker gr. A 1 Betahemolytiske streptokokker gr. B 1 Enterobacter cloacae 1 Escherichia coli 1 Gjærsopp 1 Gram positive staver 1 Haemophilus influenzae 2 Listeria monocytogenes 1 Neisseria meningitidis 2 Neisseria meningitidis gruppe B 1 Neisseria species 1 Nonhemolytiske streptokokker 1 Propionibacterium acnes 1 Staph. koagulase neg. (hvite staph.) 3 Staphylococcus aureus 2 Staphylococcus chromogenes 1 Staphylococcus epidermidis 6 Staphylococcus hominis 1 Staphylococcus lugdunensis 1 Streptococcus anginosus (milleri) 2 Streptococcus pneumoniae 4 Syrefaste staver 1 14

8.2.3 ESBL og MBL 2010 2011 Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total ESBL 34 69 103 66 105 171 MBL 0 0 0 4 4 8 Total 34 69 103 70 109 179 8.2.4 Patogene tarmbakterier 2011 Aeromonas caviae 2 Aeromonas hydrophila 4 Aeromonas sobria 1 Aeromonas species 3 Campylobacter jejuni 187 Campylobacter species 9 Plesiomonas shigelloides 1 Shigella boydii 1 Shigella flexnerii 4 Shigella sonnei 6 Shigella species 1 Yersinia enterocolitica 2 Yersinia frederiksenii 2 Totalt 223 8.2.5 Salmonella serotyper 2011 Salmonella agona 2 Salmonella bareilly 1 Salmonella braenderup 1 Salmonella eastbourne 1 Salmonella enterica 3 Salmonella enteritidis 27 Salmonella kottbus 1 Salmonella panama 1 Salmonella paratyphi B 3 Salmonella senftenberg 1 Salmonella species 38 Salmonella stanley 2 Salmonella typhi 1 Salmonella typhimurium 14 Salmonella virchow 1 Salmonella weltevreden 1 Total 98 15

8.2.6 Funn Tb-laboratorium 2011 Mycobacterium abscessus 2 Mycobacterium avium 3 Mycobacterium avium komplekset 4 Mycobacterium bovis 1 Mycobacterium chelonae 1 Mycobacterium gordonae 7 Mycobacterium intracellulare 2 Mycobacterium mucogenicum 1 Mycobacterium simiae 2 Mycobacterium tuberculosis 25 Sum 48 8.2.7 Parasitter 2011 Ancylostoma duodenale (hakeorm) egg 1 Apatogene amøbecyster 44 Ascaris lumbricoides egg 1 Blastocystis hominis 1 Cryptosporidium 4 Cyclospora cayetanensis 1 Diphyllobothrium latum egg 1 Entamoeba coli cyster 1 Entamoeba histolytica/dispar 8 Giardia lamblia cyster 36 Hymenolepis nana egg 8 Isospora belli 1 Plasmodium falciparum 2 Plasmodium vivax 1 Pneumocystis jiroveci 3 Schistosoma haematobium 1 Schistosoma mansoni 4 Schistosoma species 1 Taenia species egg 2 Trichomonas vaginalis 2 Trichuris trichiura egg 4 Total 127 16

8.2.8 Sopp 2011 2011 Aspergillus candidus 1 Dermatofytter 1 Aspergillus flavus 13 Epidermophyton floccosum 4 Aspergillus fumigatus 34 Exophiala species 1 Aspergillus glaucus 1 Fusarium oxysporum 3 Aspergillus niger 16 Fusarium species 11 Aspergillus species 11 Fusobacterium species 1 Aspergillus terreus 2 Geotricum species 7 Aspergillus versicolor 1 Gjærsopp 2 Aureobasidium pullulans 1 Malassezia furfur (pityrosporum orb) 15 Candida albicans 1949 Malassezia furfur (pityrosporum ovale) 12 Candida dubliniensis 58 Malassezia species 97 Candida famata (torulopsis candida) 6 Microsporum audouinii 3 Candida glabrata 125 Microsporum canis 1 Candida guilliermondii 5 Microsporum species 1 Candida inconspicua 2 Muggsopp 1 Candida kefyr (pseudotropicalis) 4 Neosartorya pseudofisheri 1 Candida krusei 16 Paecilomyces species 1 Candida lambica 2 Penicillium species 66 Candida lipolytica 4 Rhodotorula species 4 Candida lusitaniae 4 Saccharomyces cerevisiae 47 Candida parapsilosis 98 Scopulariopsis brevicaulis 10 Candida pelliculosa 1 Trichoderma species 1 Candida pulcherrima 2 Trichophyton mentagrophytes 13 Candida rugosa 1 Trichophyton rubrum 246 Candida sake 1 Trichophyton species 17 Candida species 6 Trichophyton violaceum 9 Candida tropicalis 33 Trichosporon mucoides 1 Total 2397 17

8.3 Funn virus 8.3.1 Antistoffpåvisning i tårevæske 2010 2011 Herpes simplex virus 11 7 8.3.2 Antigenpåvisning i fæces (EIA) 2010 2011 Adenovirus 82 41 Astrovirus 16 8 Rotavirus 185 195 Total 283 244 8.3.3 Viruspåvisning i cellekultur 2010 2011 Adenovirus 43 34 Cytomegalovirus 25 19 Enterovirus - (ikke poliovirus) 16 60 Herpes simplex virus 90 97 Herpes simplex virus type 1 88 91 Herpes simplex virus type 2 5 6 Humant metapneumovirus 7 19 Influensavirus 17 82 Parainfluensavirus 67 69 Parainfluensavirus type 1 0 1 Parainfluensavirus type 2 0 4 Parainfluensavirus type 3 7 1 Parainfluensavirus type 4 0 4 Parechovirus 3 4 Picornavirus 0 8 Respiratorisk syncytialt virus 156 222 Rhinovirus 12 11 Varicella/zoster virus 0 5 Total 536 737 18

8.4 Funn vha PCR teknikk 8.4.1 PCR- undersøkelser 2010 2011 16S ribosomalt DNA PCR direkte 10 29 39 8 44 52 Adenovirus - PCR: 221 2 685 2906 120 2 908 3028 Bartonella henselae - PCR: 0 10 10 0 15 15 Bordetella parapertussis - PCR 0 3 3 0 3 3 Bordetella pertussis - PCR: 143 4 490 4633 235 8 538 8773 Chlamydia Tr. PCR - retest : 1 847 268 2115 1 611 297 1908 Chlamydia Trachomatis - PCR : 1 847 16 788 18635 1 611 17 274 18885 Chlamydophila pneumoniae- PCR: 79 5 455 5534 321 11 333 11654 Chlamydophila psittaci - PCR : 0 18 18 0 32 32 Coronavirus - PCR : 60 820 880 54 1 044 1098 Coronavirus HKU1 - PCR : 0 0 0 0 3 3 Cytomegalovirus - PCR : 122 2 266 2388 74 2 697 2771 Eksfoliativt toxin (A/B) PCR: 1 3 4 0 3 3 Enterohemor. E.coli (EHEC)PCR: 74 1 492 1566 0 2 2 Enteroinv. E.coli/Shigella PCR 9 6 15 8 7 15 Enterotoxinprod. E.coli - PCR 10 61 71 0 16 16 Enterovirus - PCR : 134 2 319 2453 244 2 949 3193 Enterovirus-PCR 0 0 0 6 2 8 Epstein-Barr virus PCR: 343 1 544 1887 285 1 890 2175 Francisella tul.tularensis PCR 0 3 3 0 15 15 Francisella tularensis PCR 16 77 93 81 404 485 Gruppe B streptokokker - PCR 3 41 44 1 67 68 Helicobacter pylori PCR 281 922 1203 240 953 1193 Herpes simplex virus - PCR : 783 3 237 4020 871 3 539 4410 Human papillomav-pcr konsensus 39 81 120 38 74 112 Humant bocavirus PCR: 48 759 807 47 999 1046 Humant Herpesvirus 6 - PCR : 32 480 512 31 735 766 Humant Herpesvirus 6A - PCR : 0 1 1 0 0 0 Humant Herpesvirus 6B - PCR : 1 0 1 0 0 0 Humant Herpesvirus 7 - PCR : 1 107 108 1 29 30 Humant Herpesvirus 8 - PCR : 3 28 31 1 25 26 Influensa A virus PCR : 6 1 264 1270 102 2 801 2903 Influensa A(H1N1)pdm09 PCR: 3 523 526 71 29 100 Influensa B virus PCR : 42 1 228 1270 370 2 533 2903 Intimin-gen (eae) PCR: 0 1 1 369 1 451 1820 Kvantitativ CMV-PCR : 0 51 51 2 31 33 Kvantitativ EBV-PCR : 0 66 66 0 25 25 Legionella pneumophila PCR : 4 574 578 9 935 944 Listeria monocytogenes PCR : 0 110 110 4 165 169 Ljunganvirus - PCR : 0 172 172 0 97 97 mec A-gen: 86 10 96 76 21 97 Met.res.Staph.aureus PCR 77 15 92 62 24 86 Metapneumovirus - PCR : 41 910 951 68 1 372 1440 Morbilli - PCR: 1 4 5 3 8 11 Mycobacterium PCR: 56 6 62 63 13 76 19

Mycobacterium tuberculosis PCR 42 1 514 1556 51 1 233 1284 Mycoplasma genitalium PCR : 213 4 300 4513 294 7 476 7770 Mycoplasma pneumoniae PCR : 98 5 619 5717 882 11 172 12054 N. meningitidis serogruppe PCR 1 3 4 1 4 5 Neisseria Meningitidis PCR 2 1 3 2 0 2 Neisseria Meningitidis PCR : 3 27 30 7 32 39 Norovirus PCR : 364 2 455 2819 406 2 448 2854 nuc-gen: 90 10 100 79 19 98 Orfvirus - PCR: 25 16 41 26 37 63 Pan-enterovirus-rhinovirus PCR 22 31 53 36 60 96 Parainfluensavirus PCR: 106 1 306 1412 105 1 845 1950 Parainfluensavirus type 4 PCR: 28 827 855 35 1 002 1037 Parechovirus - PCR : 39 889 928 123 1 416 1539 Parotittvirus - PCR: 0 32 32 0 21 21 Parvovirus B19 - PCR : 8 167 175 4 180 184 Picornavirus, sekvensering : 0 7 7 1 21 22 Pneumocystis jiroveci PCR: 25 160 185 31 157 188 Pneumolysin PCR 1 0 1 1 1 2 Pneumolysin PCR : 3 26 29 8 33 41 P-valentine Leucocidin PCR: 0 0 0 1 0 1 Resp.syncitialt(RS)-virus PCR: 245 1 855 2100 336 2 645 2981 Rhinovirus - PCR : 352 1 758 2110 368 2 613 2981 Shigatoksin-gen stx1 PCR: 0 1 1 60 1 759 1819 Shigatoksin-gen stx2 PCR: 1 0 1 32 1 786 1818 Staphylococcus PCR: 6 3 9 0 1 1 Tropheryma Whipplei PCR : 2 21 23 5 113 118 Ureaplasma urealyticum PCR : 17 89 106 14 81 95 Vancomycin res.(van A ) PCR: 2 11 13 2 14 16 Vancomycin res.(van B ) PCR: 2 11 13 3 13 16 Vancomycin res.(van C1) PCR: 5 7 12 9 11 20 Vancomycin res.(van C2) PCR: 1 10 11 3 17 20 Varicella Zoster virus - PCR : 257 1 399 1656 295 1 603 1898 Varmelabilt enterotoksin PCR: 0 0 0 6 54 60 Varmestabilt enterotoksin PCR: 0 0 0 12 48 60 Total 8 383 71 482 79 865 10 325 103 317 113 642 20

8.4.2 Funn agens i spinalvæske ved PCR 2010 2011 Enterovirus - PCR : 5 27 Epstein-Barr virus PCR: 4 6 Gruppe B streptokokker - PCR 1 1 Herpes simplex virus - PCR : 9 7 Humant Herpesvirus 6 - PCR : 3 0 Listeria monocytogenes PCR : 0 1 Mycobacterium PCR: 0 1 Mycobacterium tuberculosis PCR 0 1 N. meningitidis serogruppe PCR 0 1 Neisseria Meningitidis PCR 0 1 Neisseria Meningitidis PCR : 1 2 Pan-enterovirus-rhinovirus PCR 0 2 Parechovirus - PCR : 1 10 Pneumolysin PCR : 3 4 Tropheryma Whipplei PCR : 0 2 Varicella Zoster virus - PCR : 6 6 Total 33 72 8.4.3 Adenovirus sekvensering 2010 2011 Adenovirus type 1 16 9 Adenovirus type 2 34 19 Adenovirus type 3 25 14 Adenovirus type 4 0 1 Adenovirus type 5 3 1 Adenovirus type 6 3 1 Adenovirus type 8 9 4 Adenovirus type 17 0 1 Adenovirus type 19 9 2 Adenovirus type 22 1 0 Adenovirus type 31 4 1 Adenovirus type 35 1 0 Adenovirus type 37 14 5 Adenovirus type 41 65 35 Total 184 93 21

8.4.4 Picornavirus sekvensering 2010 2011 Antwerp rhinovirus 98/99 2 0 Coxsackie A virus type 6 8 0 Coxsackie A virus type 9 1 3 Coxsackie A virus type 14 2 0 Coxsackie A virus A type 16 1 10 Coxsackie B virus type 2 1 1 Coxsackie B virus type 3 0 7 Coxsackie B virus type 4 2 3 Coxsackie B virus type 5 1 1 Echovirus 0 3 Echovirus type 3 5 1 Echovirus type 4 0 2 Echovirus type 6 1 4 Echovirus. Echovirus 9 mulig. 0 1 Echovirus type 9, 15, 24 mulig. 0 2 Echovirus type 18 0 3 Echovirus type 21 0 1 Echovirus type 25 1 1 Echovirus type 30 0 3 Enterovirus species B 1 0 Enterovirus species C 1 0 Enterovirus type 68 1 0 Enterovirus type 104 2 0 Rhinovirus species 1 0 Rhinovirus gruppe A 0 4 Rhinovirus gruppe C 15 3 Rhinovirus NH290 1 0 Rhinovirus NH334 1 0 Rhinovirus NH71 1 0 Rhinovirus type 2 3 0 Rhinovirus type 6 1 0 Rhinovirus type 9 0 1 Rhinovirus type 15 0 2 Rhinovirus type 16 0 1 Rhinovirus type 24 1 0 Rhinovirus type 28 0 1 Rhinovirus type 51 2 2 Rhinovirus type 56 1 0 Rhinovirus type 59 0 2 Total 57 62 22

8.4.5 HPV-typing ved sekvensering 2010 2011 HPV - ikke onkogen type. 0 1 Humant papillomavirus type 6 11 15 Humant papillomavirus type 11 1 7 Humant papillomavirus type 16 9 9 Humant papillomavirus type 18 6 0 Humant papillomavirus type 22 0 1 Humant papillomavirus type 27 0 1 Humant papillomavirus type 31 2 1 Humant papillomavirus type 33 2 0 Humant papillomavirus type 35 1 2 Humant papillomavirus type 39 1 0 Humant papillomavirus type 52 1 0 Humant papillomavirus type 53 1 2 Humant papillomavirus type 56 1 0 Humant papillomavirus type 58 0 1 Humant papillomavirus type 59 1 0 Humant papillomavirus type 66 0 1 Humant papillomavirus type 67 1 0 Humant papillomavirus type 70 2 1 Humant papillomavirus type 81 3 0 Humant papillomavirus type 84 1 1 Total 44 43 8.4.6 Hepatitt C virus genotyping 2010 2011 Hepatitt C virus genotype 1 60 60 Hepatitt C virus genotype 2 11 9 Hepatitt C virus genotype 3 66 69 Hepatitt C virus genotype 4 1 2 Hepatitt C virus genotype 6 1 2 Total 139 142 23

8.5 Medieproduksjon 8.5.1 Produksjon av faste dyrkingsmedier Dyrkningsmedium Antall skåler 2010 Antall skåler 2011 Blod-agar 133 920 164 340 MacConkey-agar 49 378 52 636 FA-agar 23 309 22 330 Resistens-agar 82 031 86 814 Sjokolade-agar 35 616 37 418 MNYC-agar 3 753 4 114 Saboraud-agar 18 351 18 560 SSI-agar 12 773 12 576 Andre 104 328 101 873 Sum 463 459 500 661 8.5.2 Produksjon av medier/ reagenser på flasker og rør Medium/reagens Antall flasker og rør 2010 Antall flasker og rør 2011 Stuart transportmedium 13 773 17 686 Cary Blair 9 865 8 711 Virus transportmedium 6 915 11 029 Løwenstein Jensen medium 5 128 6 450 Saltvanns- og PBSrør 68 328 71 149 GBS-buljong 752 1 155 Anaerob-buljong 6 506 7 981 Andre 40 606 44 050 Sum = 151 873 168 211 8.5.3 Produksjon av medier/ reagenser/ oppløsninger Tot.prod volum Liter 2010 Liter 2011 Sum = 14 582 15 280 24