Mikrobiologisk avdeling ÅRSRAPPORT 2013

Mikrobiologisk avdeling ÅRSRAPPORT 2013

Mikrobiologisk avdeling, Sykehuset i Vestfold HF (SiVHF), har som mål å dekke behovet for mikrobiologisk service for befolkningen i eget sykehusområde, samt å gi råd og veiledning i bruk av tjenestene. Avdelingens visjon er: Mikrobiologisk avdeling, et ledende laboratorium innen service, kvalitet og kompetanse. Virksomheten består hovedsaklig av pasientrettet diagnostikk av bakterie-, parasitt-, sopp- og virusinfeksjoner. Prøver mottas fra primærhelsetjenesten samt fra spesialisthelsetjenesten i og utenfor sykehus. Avdelingen er organisert i Klinikk Medisinsk Diagnostikk (KMD). Foruten Mikrobiologisk avdeling omfatter klinikken Sentrallaboratoriet, Avdeling for Patologi, Radiologisk avdeling, Fysioterapiavdelingen samt Prestetjenesten. Aktivitet 2013, totalt samt fordelt på fagområdene: Aktivitet % vis fagområdene 2011 2012 2013 endring fra 12-13 Totalt antall analyser 484 158 517 631 511 624-1,2 Bakteriologi 223 965 233 513 241 103 2,8 Infeksjonsimmunologi 163 828 165 992 165 767-0,1 Genteknologi 96 365 118 126 105 754-10,5 Aktivitet fordelt på rekvirenter Total poliklinikk 265 914 321 582 306 547-4,7 SiV HF 91 444 114 059 122 457 7,4 ST HF 42 185 38 847 39 135 0,7 Andre HF 7100 3707 3986 7,5 Blodgivere 41 731 39 436 39 499 0,2 Det har vært en nedgang i aktivitet sammenlignet med 2012, genteknologisk undersøkelser hadde høyere aktivitet enn plantall i januar og august 2013, mens aktiviteten lå under plantall i de øvrige månedene. Totalt poliklinisk aktivitet lå 4,7 % under 2012. Tabellen viser oversikt over poliklinisk aktivitet 2013. Organisering Avdelingen ledes av avdelingssjef sammen med to seksjonsledere som har ansvaret for hver sin seksjon; fagseksjon og laboratorieseksjon. Kvalitetskoordinator og IKT-koordinator er organisert i stab til avdelingssjef. Det ble ikke gjennomført noen organisatoriske endringer i 2013. Klinikken opprettet en midlertidig stilling for brukerkontakt, den ble besatt av enhetsansvarlig preanalytisk enhet. Kvalitetskoordinator Hilde Kaasa, permisjon fra 010213. Anja Hannisdal ble ansatt som kvalitetskoordinator fra febr. IKT-koordinator Liv Brown har hovedansvaret for IKTarbeidet. Det har i tillegg vært ansatt 100 % IKT personell fra febr. 2013. Bemanning pr. 31.12.13 Seksjonsleder fag: Avdelingsoverlege Nils Grude Seksjonen består av avdelingsoverlege, 3 overleger og 2 LIS. Seksjonsleder laboratorium: Seksjonsleder Wenche Håkegård Oversikt over ansatte på seksjon lab.: 01.01.14: 38,9 årsverk = 44 pers Seksjonsleder 1 Genteknolog 1 Bioingeniør 29,1 (33 pers) Lab.assistent 3 Helsesekretær 4,8 (6 pers) (2014: 0,52 helsesekretær omgjort til bioingeniør) Fordeling på enheter: Bakteriologi 18,1 årsverk Infeksjonsimmunologi/ Genteknologi 11,25 årsverk Preanalystisk 5,8 årsverk Felles (-0,75 årsverk) (4 vikarer) (1 vikar) 3 årsverk Råd og utvalg * Avdelingssjef Bodil T. Ruud er medlem av RUFMIK (Rådgivende utvalg for mikrobiologi)bfi-nito * Overlege Dagfinn Skaare er vitenskaplig sekretær i NordicAST og leder i AFA (Arbeidsgruppen for antibiotikaspørsmål). * Avdelingsoverlege Nils Grude er medlem i Spesialitetskomiteen i medisinsk mikrobiologi og faglig rådgiver for ASP(Antibiotikasenteret for primærmedisin), UiO. Han er også med i forskningsutvalget ved SiV. * Overlege Øystein Haarklau Johansen sitter i styret for NFMM(Norsk forening for medisinsk mikrobiologi) * LIS Heidi C. Villmones sitter i råd for antibiotikautvalg på SiV. Kontakt med brukere, utdanning og kursvirksomhet Det er et utstrakt samarbeid mellom avdelingens leger og de kliniske avdelinger når det gjelder diagnostikk og rådgiving om pasientbehandling. Faste samarbeidsmøter er etablert med barneleger, infeksjonsmedisinere og leger på intensivavdelingen. Avdelingens leger har også nær kontakt med allmennpraktikere via telefon og møter for generell informasjon om våre tjenester samt rådgivning i behandling av den enkelte pasient. Nyopprettet brukerkontakt i KMD har utadrettet kontakt med interne og eksterne rekvirenter når det gjelder veiledning i prøvetaking og forsendelse av mikrobiologiske prøver. Avdelingen har ukentlig internundervisning med aktuelle faglige tema. Personalet har deltatt på diverse kurs, kongresser og faglige møter gjennom året. I 2013 har kvalitetskoordinator Anja Hannisdal gjennomført kurs i kvalitetsledelse ved HiBU. Seksjonsleder Wenche Håkegård har deltatt på modulbasert opplæring i kvalitetsarbeid ved SiV. Forskningsprosjekter * Kromosomal betalaktamresistens og klonalitet hos Haemophilus influenzae. Del av Ph.d-studium ved Universitetet i Tromsø for overlege Dagfinn Skaare. Prosjektgruppen består for øvrig av Dr.scient I.L. Anthonisen, overbioingeniør A. Lia og overbioingeniør A. Hannisdal. * Prosjektet innebærer: * Fenotypisk og genotypisk karakterisering av H.influenzae-isolater med non-betalaktamasemediert betalaktamresistens * Kartlegging av klonalitet og horisontal spredning av resistensgener som medvirkende årsak til økt forekomst av resistente stammer * Dagfinn Skaare har fra september 2012 hatt 50 % forskerstilling ved SIV for å fullføre sitt doktorgradarbeid * Genotyping av kryptosporidiose i Norge utvikling av laboratoriemetoder for molekylær epidemiologi og utbruddsoppklaring. Overlege Øystein Haarklau Johansen i samarbeid med Dr.scient I.L. Anthonisen, Nasjonalt folkehelseinstitutt og Norges veterinærhøgskole * Singel mecillinamresistens hos E. coli, avdelingsoverlege Nils Grude i samarbeid med professor Andrew Jenkins (Høyskolen i Telemark). Nils Grude har deltatt i flere eksterne prosjekter innen UVI, E. coli samt borreliose. * Prevalenskartlegging Mycoplasma genitalium og Ureaplasma urealyticum. Ved bioingeniør Liv Kjersti Paulsen. * Borreliose og PCR. Dr. scient. Inger-Lill Anthonisen og avdelingsoverlege Nils Grude * Blodkulturporsjekt i Etiopia; avdelingsoverlege Nils Grude og overlege Thor-Henrik Henriksen * Prevalens av Borrelia antistoff hos blodgivere: avdelingsoverlege Nils Grude og fagansvarlig Anne Berit Pedersen * Clamydiadiagnostikk i praksis, Maria Romøren, Dagfinn Skaare og Nils Grude * Mycoplasma pneumoniae prosjekt; Dagfinn Skaare og Nils Grude 2 3

Andre prosjekter Etiopiaprosjektet Sykehuset har inngått et samarbeid med Fredskorpset(FK) om utveksling av kompetanse mellom SiV og to sykehus i Addis Abeba; Black Lion Hospital og Yekatit 12 Hospital. Mikrobiologisk avdeling har stort engasjement i forhold til dette prosjektet og flere representanter har og besøkt disse to sykehusene. Prosjektet startet formelt opp febr. 2012 med hospitering av en bioingeniør fra hvert av de to sykehusene i Etiopia. De returnerte til SiV i 3 måneder hver i 2013 for å få godkjenning som spesialister innen mikrobiologi i Etiopia. Vi hadde også en ny hospitant fra Yekatit 12 fra mai som skal være ved avdelingen i ett år. De får en innsikt i hvordan mikrobiologisk avdeling er organisert, håndtering og oppfølging av mikrobiologiske prøver og kjennskap til ny teknologi. Vår representant i Etiopia var i 2013, overbioingeniør Anne Britt Lerkerød som avsluttet sitt 6 måneders opphold febr. 2013, mens bioingeniør Charlotte Markussen startet sitt opphold. Hun har til sammen ett års hospitering i Etiopia. Øystein H. Johansen deltok på en ekspertreise i januar, mens avdelingsoverlege Nils Grude var sammen med overlege Tor-Henrik Henriksen på et kortopphold i sept. Publikasjoner 2013 Publisert i Tittel Forfattere Nasjonal faglig retningslinje for bruk av antibiotika i sykehus. Helsedirektoratet, Oslo 2013. Tidskrift for den norske legeforening, mai 2013, nr. 10 Epidermiol.Infect. Ticks Tick Borne Dis. 2013 Jun;4(4):304-10 Nasjonale faglige retningslinjer for antibiotikabruk i primærhelsetjenesten Helsedirektoratet Oslo 2012/2013 Samfunnservervet pneumoni Nye regningslinjer for antibiotika i primærhelsetjenesten Second outbreak of infection with a rare Cryptosporidium parvum genotype in schoolchildren associated with contact with lambs/ goat kids at a holiday farm in Norway Mikrobiologisk diagnostikk Urinveier: Generelt Nedre UVI Tick bites in healthy adults from western Norway: occurrence, risk factors, and outcomes Kapitlene cystitt, pyelonefritt og ABU Berild D, Rysstad R, Pedersen K, Heggelund L, Berdal J-E, Telle A, Skaare D. M Lindbæk, S Jensen, KE Eliassen, A Fetveit, N Grude, D Berild, P Hjortdal H Lange, ØH Johansen, L Vold, LJ Robertson, IL A Wester AL, Tveten Y, Leegaard T, Grude N Grude N, Haug JB Ringstad J nthonisen, K Nygard Hjetland R, Eliassen KE, Lindbæk M, Nilsen RM, Grude N, Ulvestad E. Bærheim A, Grude N Kvalitetsarbeid Avdelingen er akkreditert etter NS-EN ISO 15189. Det ble søkt ytterligere utvidelse av akkrediteringsomfanget høsten 2012. Avdelingen har kontinuerlig høyt fokus på avvik og avvikshåndtering og kvalitetsforbedrende tiltak. Dokumentstyringssystem for kvalitetsarbeidet er Elektronisk kvalitetshåndbok fra Datakvalitet AS i Tromsø og for avviksbehandlingen brukes TQM Helse fra TQM Partner AS i Skien. Avdelingen deltar i nasjonale og internasjonale systemer for ekstern kvalitetskontroll/ sammenlignende laboratorieprøving (SLP). Vi deltar i nasjonale Ringtester fra Folkehelseinstituttet innen bakteriologi og virologi/ serologi. I forbindelse med rapportering av resistensdata for invasive isolater til EARSS deltar vi også i SLP fra EARSS. Videre deltar vi i en rekke SLP-programmer innen bakteriologi, parasittologi, antibiotikaresistens, virologi/serologi, molekylærbiologi og immunologi fra UK NEQAS, EQUALIS, INSTAND, QCMD og Immuno- Concepts. Fra Labquality har vi kontrollene: Legionella-antigen og Pneumokokkantigen. Avdelingens kvalitetsråd har hatt 10 møter i 2013. Det er utarbeidet årsrapport. Revisjonsteamet utførte 7 interne revisjoner. Sykehuset ble sertifisert etter ISO standard 14001 i jan. 2013. Områder som avdelingen må arbeide videre: ytre miljø, avfall-kildesortering og produktkontroll-substitusjonsplikt. KMD opprettet et kvalitetsnettverk med kvalitetskoordinatorene som har til formål å standardisere kvalitetsarbeidet. Eksterne tilsyn: IKT-utvikling Avdelingen anvender fagsystemet Miclis. Miclis sender svarrapporter til Dips. Elektronisk rekvirering i Dips for sykehusets interne rekvirenter ble implementert høsten 2013. Det ble utført en omfattende opplæring og informasjonsarbeid i forbindelse med innføringen. Avdelingen fikk også ansvar for installering av diverse etikettskrivere på avdelingene. SiV er pilot for prosjektet interaktiv henvisning og rekvirering (IHR) som er igangsatt av HSØ. Det ble satt i gang en pilotering av IHR på et legekontor i Tønsberg fra 1. juni 2012. Prosjektet ble videreført i 2013, og flere legekontorer i Vestfold ble involvert. I 2012 valgte HSØ et nytt felles labdatasystem C5LIMS levert av Software Point, nå kaldt Labvantage. Forventet implementering på SiV er satt til 2016. Ved overgang til elektronisk rekvirering har bioingeniørene fått opplæring og utfører mottak av elektroniske rekvisisjoner. Rekvisisjoner blir skannet inn i Skandale i Miclis. KMD har også opprettet et IKT-nettverk for IKT-koordinatorene i klinikken. Utvikling og innføring av nye metoder/utstyr Det ble i løpet av høst 2013 gradvis innført elektronisk rekvirering i DIPS. Enhetsansvarlig preanalytisk fikk stilling som brukerkontakt for laboratoriefagene i KMD fra 12. aug. Nyansatt enhetsansvarlig ble delaktig sammen med IKT-koordinator for opplæring av ansatte på SiV i bruk av elektronisk rekvirering. I løpet av høsten endret alle interne rekvirenter rutiner for rekvirering. Ved elektronisk rekvirering ble oppgaver som tidligere har vært utført av helsesekretærer overtatt av bioingeniører. Helsetilsynet var på tilsyn 20. mars i forbindelse om godkjenning etter forskrift av 7.mars 2008 om krav til kvalitet og sikkerhet ved håndtering av humane celler og vev. Avdelingen har kontinuerlig fokus på å yte god service for eksterne og interne rekvirenter. Navn på personene fra venstre prosjekt Etiopia, Zerihun Woldesenbet, Kebede Fufa Woldesenbet, Anne Britt Lerkerød, Torill Odden og Charlotte Markussen. SiV var pilot for revisjon fra HSØ våren 2013, KMD var involvert i dette arbeidet. Avdelingen hadde ikke tilsyn fra NA i 2013. 4 5

Bakteriologisk enhet Enheten har fortsatt pågående opplæring av bioingeniører/lis leger. Enheten hadde også hovedansvar for etiopierne som hospiterte ved avdelingen i løpet av 2013. Det er en økning av bakteriologiske prøver fra inneliggende på SiV på 8,4 % i forhold til 2012. Infeksjonsimmunologisk enhet Enheten har etablert Reiber-metode ved diagnostikk av neuroborreliose. Genteknologi Enheten utvikler kontinuerlig in-house PCR metodikk for ulike agnes. Enheten hadde høy aktivitet januar og februar 2013. Det arbeides kontinuerlig med forbedring av NØKKELTALL FOR VIRKSOMHETEN metodene, CE-merking og automatisering av analyseprosessen innen genteknologi. Det ble installert en QIAsymphoni som skal bl.annet utføre HCV-testing. En tredje Lightcycler 480 ble også installert. Avdelingen har hatt hovedansvaret for prosjekt utvikling av genteknologisk analyser i KMD. Samarbeid med andre laboratorier Mikrobiologisk avdeling ved SiV har etablert et godt samarbeid med Seksjon for laboratoriemedisin ved ST- HF, hvor vi årlig har etablert formelle samarbeidsmøter. Avdelingen har et godt samarbeid med henvisningslaboratorier hvor vi har inngått skriftelige avtaler. Arealer Mikrobiologisk avdeling disponerer ca 1200 m². ANTALL UNDERSØKELSER FORDELT PÅ SEKSJONER OG KATEGORI REKVIRENTER Totalt Innl.andre HF Innlagte SiV Polikliniske Blodgivere 2012 2013 Antall undersøkelser % total % endring 2012 2013 2013 2013 Bakteriologisk seksjon 239574 239874 31901 32714 71833 77272 133020 126768 2820 3120 Serologi/ virus seksjon 165096 165862 1258 1139 13616 13332 111360 115012 38862 36379 Generelle og spesielle bakteriologiske us. 210543 206721 40,42-1,82 Tilleggstester / videreforsendelse m.m. 49438 51866 10,14 4,91 Mykologiske og parasittologiske us. 16104 15101 2,95-6,23 Mykobakterie us. 74 122 0,02 64,86 Bakterieantistoffer 24380 22657 4,43-7,07 Protozoantistoffer 4952 4711 0,92-4,87 Immunologiske undersøkelser m.m. 55079 59105 11,56 7,31 Viruspåvisning 91508 86323 16,88-5,67 Virusantistoffer 65469 64884 12,69-0,89 SUM 517547 511490 100,00-1,17 ANTALL UNDERSØKELSER FORDELT PÅ ENHETER Antall undersøkelser % total % endring 2012 2013 2013 2013 Bakteriologisk enhet 239574 239874 46,90 0,13 Infeksjonsimmunologisk enhet 112877 105754 20,68-6,31 Genteknologisk enhet 165096 165862 32,43 0,46 SUM 517547 511490 100,00-1,17 Nukleinsyre seksjon 112877 105754 9214 9152 26503 31726 77160 64876 0 0 SUM 517547 511490 42373 43005 111952 122330 321540 306656 41682 39499 UNDERSØKELSER FORDELT PÅ KATEGORIER REKVIRENTER PRODUKSJON AV MEDIER OG REAGENSER Antall undersøkelser % total % endring 2012 2013 2013 2013 Innlagte Sykehuset i Vestfold 111952 122330 23,92 9,27 Innlagte andre HF 42373 43005 8,41 1,49 Polikliniske pasienter 321540 306656 59,95-4,63 Blodgivere 41682 39499 7,72-5,24 SUM 517547 511490 100,00-1,17 Laboratoriet er selvforsynt med de fleste medier. I 2013 ble det produsert i alt 395 467 skåler eller rør, en økning på 8,7 % fra 2012. (237517 i 2006, 215197 i 2007, 239423 i 2008, 307758 i 2009, 317370 i 2010, 342241 i 2011 og 363858 i 2012). 6 7

GENERELLE OG SPESIELLE BAKTERIOLOGISKE UNDERSØKELSER Antall undersøkelser med pos. funn* Aerob dyrkning (ikke spesifisert) 34940 34190 - - Anaerob dyrkning 7121 7727 - - Blodkultur aerob/anaerob dyrkning inkl. mikroskopi 30559 34609 941 929 Blodgiver bakt.undersøkelser (bl.a. trombocyttkonsentrat) 2822 3051 - - Urin dyrkning 39518 39944 - - Spinalvæske dyrkning 516 478 2 11 Spinalvæske antigentest (6 ag.) 134 82 1 7 Pneumokokk antigentest 167 181 6 10 Salmonella dyrkning 4064 3840 66 81 Shigella dyrkning 3992 3741 3 2 Yersinia dyrkning 3994 3745 9 13 Campylobact. dyrkning 4069 3846 166 177 Enterohemorrhagisk/Enteropatogen E.coli dyrkning 520 472 4 7 Enterohemorrhagisk E.coli (EHEC) (PCR) 494 446 2 5 Enteropatogen E.coli (EPEC) PCR - 1-0 Gonokokk dyrkning 659 585 9 8 Meningokokk dyrkn. (nese/hals) 56 28 - - Corynebacterium diphteriae dyrkning 0 0 0 0 Vibrio dyrkning (kolera) 157 192 0 0 Bordetella pertussis dyrkning (kikhoste) 15 11 0 0 Bordetella pertussis (PCR) 14436 10294 264 48 Bordetella parapertussis/holmesii (PCR) parapertussis 14436 10293 111 12 Bordetella parapertussis/holmesii (PCR) holmesii positive - - 5 13 Legionella antigentest 177 144 3 0 Legionella dyrkning 5 4 0 0 Leishmania dyrkning 1 0 0 0 Burkholderia cepacia dyrkning 39 30 0 0 Helicobacter pylori dyrkning 17 9 6 4 Borrelia (PCR) 10 38 2 5 MRSA dyrkning 5478 5598 - - MRSA Mec A (PCR) 3 3 - - MRSA (PCR) 85 87 - - MRSA Direkte påvisning (PCR) 314 353 - - Resistensbestemmelse 27134 27745 - - VRE dyrkning 56 244 - - VRE PCR - 14-1 ESBL dyrkning 84 266 - - Chlamydia trachomatis PCR 10938 10647 918 878 Mycoplasma genitalium DNA (PCR) 576 771 24 27 Ureaplasma urealyticum DNA (PCR) 577 765 77 126 Clostridium difficile toksin A og B 1688 1604 153 126 Mikroskopi (ikke feces eller blodkultur) 692 643 - - QuantiFeron - TB Gold videreforsendelse 373 518 - - Prøver til videreforsendelse 1335 1711 - - Tilleggstester (ikke spesifisert) 47730 49637 - - SUM 259981 258587 2772 2490 *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert, oppgitt kun 1 gang pr. agens. 8 BLODKULTUR Av totalt 34609 blodkulturflasker er det funnet vekst hos 929 pasienter. Følgende agens er isolert (kun funn hvor det er gjort resistensbestemmelse er tatt med): 2012 2013 Achromobacter xylosoxidans 1 1 Acinetobacter baumannii 1 0 Acinetobacter pittii 0 1 Acinetobacter lwoffi 2 0 Acinetobacter sp. 1 1 Actinobaculum schaalii 0 3 Actinomyces neuii 0 2 Actinomyces odontolyticus 1 2 Actinomyces oris 0 3 Aerococcus sanguinicola 0 1 Aerococcus urinae 0 5 Aeromonas caviae 1 0 Aeromonas veronii 0 1 Aggregatibacter aphrophilus 0 1 Allloscardovia omnicolens 1 0 Anaerobe gram negative staver 1 3 Anaerobe gram positive bakterier 3 0 Anaerobe staver 2 0 Arcanobacterium haemolyticum 0 1 Bacillus cereus 3 4 Bacillus sp. 3 0 Bacteroides caccae 1 2 Bacteroides fragilis 15 22 Bacteroides intestinalis 0 2 Bacteroides ovatus 0 1 Bacteroides thetaiotaomicron 2 6 Bacteroides uniformis 4 2 Bacteroides vulgatus 4 2 Bacteroides sp. 3 1 Bifidobacterium sp. 0 1 Brevibacterium sp. 0 1 Burkholderia sp. 1 0 Campylobacter festus 0 1 Campylobacter jejuni 1 1 Campylobacter sp. 0 1 Candida albicans 3 10 Candida glabrata 1 1 Candida dubliniensis 0 2 Candida parapsilosis 0 3 Candida sp. 0 1 Candida tropicalis 0 1 Capnocytophaga sputigena 0 2 Citrobacter braakii 0 1 Citrobacter freundii 5 4 Citrobacter koseri 3 3 Citrobacter sp. 1 0 Clostridium cadaveris 0 1 Clostridium difficile 0 1 Clostridium hathewayi 1 1 Clostridium innocuum 1 0 Clostridium perfringens 2 3 Clostridium ramosum 2 4 Clostridium septicum 0 3 9

Clostridium sp. 1 2 Corynebacterium amycolatum 1 0 Corynebacterium pseudodiphtericum 1 0 Corynebacterium sp. 2 0 Cronobacter sakazakii 2 0 Delftia acidovorans 1 0 Dermabacter hominis 0 1 Dialister pneumosintes 1 0 Difteroider 0 1 E.coli 268 300 E.coli (AmpC+) 1 2 E.coli (ESBL+) 13 19 Eggerthella lenta 1 0 Eikinella corrodens 0 1 Enterobacter aerogenes 2 3 Enterobacter asburiae 2 3 Enterobacter cloacae 18 13 Enterobacter kobei 0 1 Enterobacter sp. 2 1 Enterococcus avium 1 1 Enterococcus casseliflavus 0 1 Enterococcus faecium 19 25 Enterococcus faecium (vancomycinresistent) 0 1 Enterococcus faecalis 39 38 Enterococcus gallinarum 1 2 Eubacterium art 0 1 Fusobacterium necrogenes 1 0 Fusobacterium necrophorum 1 0 Fusobacterium nucleatum 0 2 Fusobacterium sp. 1 1 Francisella philomiragia 1 0 Flavonifractor plautii 1 0 Gemella haemolysans 1 1 Gemella sanguinis 0 1 Gramvariable kokkobasiller 0 1 Granulicatella adiacens 2 6 Haemophilus influenzae- BNAR 2 0 Haemophilus influenzae 4 3 Haemophilus parainfluenzae2 1 2 Hafnia alvei 0 1 Klebsiella oxytoca 13 11 Klebsiella pneumoniae 50 62 Klebsiella pneumoniae ESBL 0 3 Laktobasiller 0 1 Lactobasillus rhamnosus 1 0 Lactobasillus salivarius 0 1 Listeria monocytogenes 0 3 Microaerofile difteroider 1 0 Micrococccus luteus 6 1 Moraxella catarrhalis 1 0 Moraxella nonliquefaciens 0 1 Moraxella osloensis 1 1 Morganella (Proteus) morganii 0 5 Neisseria meningitidis 1 1 Neisseria meningitidis gr. B 0 1 Neisseria meningitidis gr. C 0 1 Nocardia farcinica 1 0 Blodkultur fortsetter 2012 2013 Nocardia nova 0 1 Parvimonas micra 1 0 Pasteurella multocida 0 1 Peptoniphilus harei 0 2 Peptostreptococcus anaerobius 1 1 Peptostreptokokker 0 1 Prevotella bivia 1 1 Prevotella denticola 0 1 Prevotella intermedia 1 0 Propionibacterium acnes 0 1 Proteus mirabilis 6 15 Proteus vulgaris 0 3 Pseudomonas aeruginosa 20 14 Raoultella ornithinolytica 2 3 Rothia denticariosa 0 1 Rothia mucilaginosa 1 0 Ruminococcus gnavus 0 1 Salmonella enteritidis 1 0 Salmonella newport 0 1 Salmonella paratyphi A 0 2 Salmonella sp. 1 0 Serratia fonticola 0 1 Serratia marcescens 2 11 Shewanella putrefaciens 1 0 Shuttleworthia satelles 0 1 Sphingomonas paucimobilis 1 1 Staphylococcus aureus 119 132 Staphylococcus aureus (methicillinreisistent) 0 1 Staphylococcus capitis 8 9 Staphylococcus caprae 0 3 Staphylococcus equorum 1 0 Staphylococcus epidermidis 50 57 Staphylococcus epidermidis (methicillinresistent) 1 0 Staphylococcus haemolyticus 4 4 Staphylococcus hominis 45 23 Staphylococcus lugdunensis 3 1 Staphylococcus lutetiensis 1 0 Staphylococcus saprophyticus 1 2 Staphylococcus sciuri 1 0 Staphylococcus pettenkoferi 0 1 Staphylococcus warneri 3 2 Staphylococcus xylosus 1 0 Stenotrophomonas maltophilia 1 0 Beta-hemolyt. Strept. gr. A 1 0 Beta-hemolyt. Strept. gr. A (Strept.pyogenes) 6 15 Beta-hemolyt. Strept. gr. B 0 1 Beta-hemolyt. Strept. gr. B (Strept. agalactiae) 19 14 Beta-hemolyt. Strept gr.c 0 1 Beta-hemolyt. Strept gr.c (S.dys.equisimilis) 3 0 Beta hemolyt. Strept. gr C (S.dys.galactiae) 0 2 Beta-hemolyt. Strept. gr. C (S.equi ssp zooepidemicus) 0 1 Beta-hemolyt. Strept gr.g 0 1 Beta-hemolyt. Strept gr.g (S.dys.equisimilis) 4 1 Beta-hemolyt. Strept gr.g (S.dysgalactiae) 3 6 Streptococcus anginosus (Milleri gr.) 8 14 10 11

Streptococcus constellatus (Milleri gr.) 2 6 Streptococcus cristatus 1 0 Streptococcus dysgalactiae 2 2 Streptococcus gallolyticus 0 1 Streptococcus gordonii 2 1 Streptococcus infantarius 1 0 Streptococcus intermedius (Milleri gr.) 3 1 Streptococcus milleri 1 1 Streptococcus mitis 1 7 Streptococcus mitis/oralis 0 1 Streptococcus mutans 1 1 Streptococcus oralis 6 2 Streptococcus parasanguis 2 3 Streptococcus pneumoniae 49 47 Streptococcus pneumoniae, penicillinintermediær 3 1 Streptococcus salivarius 5 8 Streptococcus sanguinis 0 4 Grønne (alfa-hemolytiske) Streptokokker 4 1 Veillonella parvula 1 1 Yersinia enterocolitica 0 1 SUM 941 1080 MYKOBAKTERIER Antall undersøkelser med pos. funn Syrefaste staver i direkte preparat 74 122 2 4 GONOKOKKER Det ble utført til sammen 585 dyrkninger og påvist gonokokker hos 8 pasienter i 2013. 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 Gonokokker 15 6 0 10 10 3 4 9 7 2 5 9 8 I 2013 var 76 positive blodkultur bakteriemier med mer enn ett agens (100 i 2010, 77 i 2011, 54 i 2012). SPINALVÆSKER Det ble dyrket 478 spinalvæsker aerobt. Som tabellen nedenfor viser hadde 8 pasienter positiv spinalvæske med reelle funn. Årlig antall pasienter med påvist gonokokker 2001-2013 med pos. funn samme funn i bl.k. Beta-hemolyttiske streptokokker gr. A 0 1 0 1 Beta-hemolyttiske streptokokker gr. B 1 0 1 0 Klebsiella pneumoniae 0 1 0 0 Neisseria meningitidis gr. C 0 1 0 1 Neisseria meningitidis gr. W135 0 1 0 0 Staphylococcus aureus 1 0 1 0 Staphylococcus capitis 0 1 0 0 Staphylococcus epidermidis 0 1 0 0 Streptococcus pneumoniae 1 1 1 1 Streptococcus salivarius 0 1 0 1 SUM Totalt antall positive dyrkninger 3 8 3 4 13 14

FECES Det ble utført til sammen 15172 dyrkninger med henblikk på Salmonella (3840), Shigella (3741), Yersinia (3745) og Campylobacter (3846). med pos. funn 2012 2013 Salmonella Abony 0 1 Campylobacter jejuni 157 161 Salmonella Anatum 0 1 Campylobacter coli 8 18 Salmonella Bareilly 0 1 Campylobacter upsaliensis 1 0 Salmonella Bovismorbificans 1 1 Sum Campylobacterw 166 179 Salmonella Chester 1 0 SUM 244 263 Salmonella Coeln 0 2 Salmonella Corvallis 1 1 Alle Salmonella, Shigella og Yersiniastammer er sendt Folkehelseinstituttet. Salmonella Derby 1 0 Salmonella Enteritidis 28 30 Salmonella Enterica subspecies Enterica gr.o:4,monofasisk variant 14 4 Salmonella Hvittingfoss 1 0 Salmonella Javiana 0 1 Salmonella Johannesburg 1 0 Salmonella Kalamu 0 1 Salmonella Kenya 0 1 Salmonella Kedougou 1 0 Salmonella Kottbus 0 1 Salmonella Larochelle 0 1 Salmonella Liverpool 1 0 Salmonella Mikawasima 1 1 Salmonella Minnesota 1 0 Salmonella Montevideo 1 0 Salmonella Muenchen 0 1 Salmonella Newport 1 3 Salmonella Paratyphi B 2 0 Salmonella Saintpaul 0 1 Salmonella Stanley 1 5 Salmonella Solna 0 1 Salmonella Thompson 0 2 Salmonella Typhimurium 8 10 Salmonella Uganda 1 0 Sum Salmonella 66 69 Shigella boydii 1 0 Shigella flexneri 1 0 Shigella sonnei 1 2 Sum Shigella 3 2 Yersinia enterocolitica serogruppe O 3 2 2 Yersinia enterocolitica serogruppe O 9 0 1 Yersinia enterocolitica serogruppe 4,33, biotype 1A 0 1 Yersinia enterocolitica serogruppe 5, biotype 1 1 0 Yersinia enterocolitica serogruppe 5, biotype 1A 1 0 Yersinia enterocolitica serogruppe 5,27, biotype 2 1 1 Yersinia enterocolitica serogruppe 6,31, biotype 1A 0 1 Yersinia enterocolitica serogruppe 7,8, biotype 1A 0 2 Yersinia enterocolitica serogruppe 16, biotype 3, apatogen 0 1 Yersinia enterocolitica biotype 1 1 0 Yersinia enterocolitica biotype 1A 1 1 Yersinia enterocolitica biotype 3 1 1 Yersinia frederiksenii 0 1 Yersinia frederiksenii serogruppe 3 1 1 Sum Yersinia 9 13 15 16

Høstkonferansen i mikrobiologi 2013 Mikrobiologisk avdeling arrangerte for første gang Høstkonferansen i mikrobiologi 18. og 19. september 2013 på Quality hotell Oseberg. Det var påmeldt 124 deltagere fra hele landet og 27 leverandører deltok som utstillere. Konferansen hadde faglige foredragsholdere internt fra egen avdeling og fra sykehusets ansatte. MYKOLOGISKE OG PARASITTOLOGISKE UNDERSØKELSER Antall undersøkelser med pos. funn Gjærsopp, muggsopp gj gg gm ms so 14524 13825 - - Dermatofytter 692 644 126 127 Cryptosporidier (IF) mc 227 68 16 1 Andre parasitter mp mk ev ma mi 661 564 20 17 SUM 16104 15101 162 145 Høstkonferansen 2013, navn på personene fra venstre: Liv Brown, Anne-Berit Pedersen, Sissel D. Nysæter, Bodil T. Ruud, Kristin Jørgensen, Reidun Hæreid, Inger-Britt Høysveen, Mette L. Dahl og Wenche Håkegård. Alt fra smittevern til borrelia og sushi venter bioingeniørene som inntar Oseberg kulturhus 18.-19. september. Da går nemlig den årlige høstkonferansen i mikrobiologi av stabelen, og i år er mikrobiologisk avdeling ved Sykehuset i Vestfold arrangør. - Det kommer deltakere fra hele landet, og det er rift om å få delta. Det er en fin mulighet å få presentert avdelingen og arbeidet vi utfører, sier avdelingssjef Bodil Tidemand Ruud. Presenterer nytt utstyr Konferansen ble tidligere arrangert av Folkehelseinstituttet, men har de siste årene gått på rundgang mellom sykehusene. Arrangementskomiteen ved SiV har jobbet med det faglige programmet i to år, og kan friste med flere spennende temaer, presentert av sykehusets egne folk. - Resistens og resistensutvikling, smittevern, automasjon, borrelia og molekylærdiagnostikk er temaer som står på programmet. Vi er også stolte over å kunne presentere Etiopia-prosjektet vårt, sier avdelingssjefen. I det eksotiske hjørnet får deltakerne stifte nærmere bekjentskap med dengueviruset, og svaret på om det er trygt å spise sushi i Norge. Det blir også anledning til å delta på en omvisning ved mikrobiologisk avdeling. - God økonomi de siste årene har ført til at vi har kunnet investere i nytt utstyr. Erfaringer med dette vil også bli presentert, forklarer Tidemand Ruud. Det vil også være 26 leverandører som har utstilling i lobbyen på Oseberg. Kulturvandring Fire guider skal også sørge for at bioingeniørene kan reise hjem med litt annet påfyll enn kun det faglige. Onsdag kveld blir det nemlig kulturvandring fra Oseberg over Slottsfjellet til Kastellkafeen. - Vi avslutter dagen med festmiddag på Kastellkafeen. Det er hyggelig å kunne vise deltakerne Norges eldste by, sier Tidemand Ruud. DERMATOFYTTER OG MUGGSOPP Antall pasiente med pos. funn 2012 2013 Trichophyton sp. 0 1 Trichophyton mentagrophytes 8 2 Trichophyton rubrum 102 111 Trichophyton tonsurans 5 1 Trichophyton verrucosum 1 0 Trichophyton violaceum 8 5 Trichophyton soudanense 2 2 Epidermophyton floccosum 1 1 Scopulariopsis brevicaulis 0 1 Microsporum canis 0 1 Aspergillus sp. 11 7 Aspergillus flavus 3 3 Aspergillus fumigatus 17 12 Aspergillus niger 13 14 Aspergillus terreus 1 1 Tritirachium sp. 0 0 SUM 172 161 PARASITTER Det ble mottatt 661 fecesprøver til mikroskopi med følgende funn. med pos. funn 2012 2013 Ascaris lumbricoides (spoleorm) 2 0 Enterobius vermicularis 4 8 Entamoeba histolytica/ entamoeba dispar cyster 0 0 Entamoeba coli 2 2 Giardia lamblia cyster 8 3 Hakeorm egg 1 0 Hymenolepis nana 2 1 Taenia species 0 2 Trichuris trichiura 1 1 SUM 20 17 17 18

RESISTENSUTVIKLING med aktuelt funn per år. Det er ikke korrigert for funn hos samme pasient tidligere år. Det er ikke korrigert for utvikling i antall undersøkte prøver eller endringer i brytningspunkter. CHLAMYDIA TRACHOMATIS 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 Positive prøver 587 530 556 552 565 590 691 628 687 633 811 891 918 879 Antall undersøkelser 11584 11423 10866 10311 9862 9759 9854 9236 8386 8298 10705 10705 10938 10647 Andel pos. prøver av tot. 5,07 4,64 5,12 5,35 5,73 6,05 7,01 6,80 8,19 7,63 7,58 8,32 8,39 8,26 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 E.coli ESBL-A 10 32 37 57 70 112 161 178 223 E.coli AmpC 10 10 8 27 24 24 K.pneumoniae ESBL-A 3 5 2 0 4 6 8 12 17 K.pneumoniae AmpC 1 1 0 0 0 0 Proteus mirabilis ESBL-A 1 1 2 0 Proteus mirabilis AmpC 1 1 2 0 P.aeruginosa Meropenem IR 19 30 28 47 39 45 Acinetobacter spp. Meropenem IR 0 4 2 3 1 1 S.aureus MRSA 17 23 30 21 38 41 49 63 75 Pneumokokker Benzylpenicillin IR 12 6 7 11 17 22 17 18 27 E.faecalis/E.faecium VRE 0 0 2 0 0 1 0 3 3 H.influenzae Cefotaksim R 6 1 0 2 2 6 Antall pasienter 250 Resistensutvikling utvalgte agens/mekanismer Isolater påvist ved Mikrobiologisk avdeling SiV E.coli ESBL-A 200 150 100 50 S.aureus MRSA P.aeruginosa Meropenem IR E.coli AmpC Pneumokokker Benzylpenicillin IR K.pneumoniae ESBL-A 0 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 E.faecalis/E.faecium VRE 19 20

ANTISTOFFUNDERSØKELSER BAKTERIEANTISTOFFER Antall undersøkelser med pos. funn * AST 280 283 - - DNase B 279 283 - - Borrelia IgG 7341 6751 1 2 Borrelia IgM 7353 6754 1 4 Borrelia IgG nevro 665 728 5 7 Borrelia IgM nevro 665 728 3 7 Borrelia C6 peptid IgG/IgM 735 716 - - Borrelia immunoblot IgG 209 173 - - Borrelia immunoblot IgM 215 169 - - TBE IgG 68 78 - - TBE IgM 65 78 3 1 Bordetella pertussis IgA (avsluttet i 2012) 230-25 - Bordetella pertussis IgG (avsluttet i 2012) 230 - - - Bordetella pertussis toxin 232 224 12 5 Helicobacter pylori IgG 1694 1573 - - TP IgG/IgM 947 1135 - - TP IgG/IgM - Blodgivere 610 466 0 0 TP IgG/IgM - Gravide 2562 2518 - - SUM 24380 22657 50 26 *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert, oppgitt kun 1 gang pr. agens. Det er påvist Syfilis antistoff (TP IgG/IgM) hos 16 pasienter. PROTOZOANTISTOFFER Antall undersøkelser med pos. funn * Toxoplasma IgG 2480 2356 - - Toxoplasma IgG 2472 2355 1 7 SUM 4952 4711 1 7 IMMUNOLOGISKE UNDERSØKELSER m.m. Antall undersøkelser 2012 2013 anti-ccp 4618 4830 Ra-test (ut av bruk 2012) 3439 - RF IgM 1181 4838 ANA 4631 4818 anti n-dna (nativt) 4626 4815 anti-ssa 4626 4815 anti -SSB 4626 4815 anti-rnp 4626 4814 anti-sm 4626 4815 anti-scl-70 4626 4815 anti-jo-1 4626 4814 Centromere 4626 4815 HLA-B27 DNA (PCR) 2013 4084 PR3 (c-anca) 1094 1009 MPO (p-anca) 1095 1008 SUM 55079 59105 VIRUSPÅVISNING - ANTIGEN OG NUKLEINSYRE Antall undersøkelser med pos. funn *) Adenovirus DNA (PCR) 520 376 18 19 Adenovirus (feces) 695 572 15 13 Chlamydophila pneumoniae DNA (PCR) 15062 10987 73 56 Cytomegalovirus DNA (PCR) 1061 1138 32 31 Denguevirus antigen - 5 - Enterovirus RNA (PCR) 745 740 69 38 HBsAg 4914 5298 26 39 HBsAg - Blodgivere 11862 11015 0 0 HBeAg 126 126 - - Hepatitt C RNA PCR 1041 1005 103 92 Herpes simplex virus type 1 DNA (PCR) 1384 1445 163 207 Herpes simplex virus type 2 DNA (PCR) 1384 1445 85 112 Humant metapneumovirus RNA (PCR) 3227 4029 219 83 Influensa A virus RNA (ikke H1N1) (PCR) 8746 9437 920 721 Influensa A H1N1 virus RNA (PCR) 104 174 3 115 Influensa B virus RNA (PCR) 8745 9436 67 483 Mycoplasma pneumoniae DNA (PCR) 15062 10986 492 98 Norovirus RNA (PCR) 1373 1282 159 174 Parainfluensa 1,2,3,4 RNA (PCR) 8742 9437 253 406 Parecho RNA (PCR) 743 731 7 9 Respiratorisk syncytialvirus RNA (PCR) 3226 4030 379 385 Rotavirus 696 572 97 61 Sapovirus RNA (PCR) 1365 1281 20 21 Varicella-zoster virus DNA (PCR) 685 776 96 98 SUM 91508 86323 3296 3261 *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert. 21 22

VIRUS UNDERSØKELSER Til sammen ga 3563 virusundersøkelser holdepunkt for aktuelle infeksjoner i 2013, bedømt ut fra påvisning av agens eller positiv IgM. med positive funn 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 SUM POS VIRUS 1033 1520 1571 1873 1473 1461 1480 1753 1734 2829 2492 4388 3565 3563 Kontaktinformasjon Mikrobiologisk avdeling Besøksadresse: Halfdan Wilhelmsens allé 17 Postadresse: Postboks 2168, 3103 Tønsberg Ekspedisjon: tlf 33 34 27 45 (mandag-lørdag: 08.00 15.30) Fax: 33 34 39 39 Se Mikrobiologisk avdelings nettside på www.siv.no/mikrobiologi Se nettside for nedlasting eller kontakt oss for tilsendelse av informasjonsbrosjyre. VIRUSANTISTOFFER Antall undersøkelser med pos. funn *) Cytomegalovirus IgG 2109 2158 - - Cytomegalovirus IgM 2092 2135 10 13 Denguevirus IgG - 5 - - Denguevirus IgM - 5-0 Heterofile antistoffer 363 302 2 12 Epstein-Barr virus NA IgG 2694 2758 - - Epstein-Barr virus VCA IgG 2694 2758 - - Epstein-Barr virus VCA IgM 2701 2763 154 160 Epstein-Barr virus immunoblot IgG 92 107 - - Epstein-Barr virus immunoblot IgM 91 102 - - Hepatitt A virus IgG 1574 1800 - - Hepatitt A virus IgM 115 143 1 1 Hepatitt B virus core Ig 4960 5337 - - Hepatitt B virus core Ig Blodgivere 2508 2231 0 0 Hepatitt B virus e Ig 133 137 - - Hepatitt B virus s Ig 4996 5310 - - Hepatitt C virus - Blodgivere 11930 11015 0 Hepatitt C virus - Pasienter 4438 4737 80 92 Hepatitt C virus (RIBA) 155 160 - - HIV - Blodgivere 11952 11015 0 0 HIV - Gravide 2535 2501 0 1 HIV - Pasienter 3615 3816 7 0 Parvovirus B19 IgG 598 586 - - Parvovirus B19 IgM 598 588 15 23 Puumala virus IgM 16 17 0 0 Rubellavirus IgG 2067 2002 - - Varicella-zoster virus IgG 443 396 - - SUM 65469 64884 269 302 *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert, oppgitt kun 1 gang pr. agens Brukekontakt for laboratoriefagene i klinikken Brukerkontakten gir informasjon og veiledning om analysetilbud, prøvetaking, prøvetakingsutstyr og transport av prøver. Brukerkontakten arbeider for å sikre de preanalytiske forhold og legge praktisk til rette for god prøveflyt fra legekontor til laboratoriene. Brukerkontakten tilbyr besøk på legekontor og er tilgjengelig for spørsmål både på telefon og e-post: brukerkontakt.lab@siv.no 20 21