Gentesting ved alvorlig sykdom. Rapport fra

Transkript

1 Gentesting ved alvorlig sykdom Rapport fra Torunn Fiskerstrand, dr philos, Laboratorieoverlege, spesialist i medisinsk genetikk, amanuensis Møte i Prioriteringsutvalget, Helsedirektoratet 6 april 2017

2 Ca gentester per år 30 % økning siste året ved medisinsk genetikk, HUS

3 Hverdagen før og etter NGS... "Gamle dager" Kjente våre gener og sykdommene vi testet for Persontilpasset medisin - NGS-æraen Vi undersøker alle genene i en prøve Kan legge på filter og se på kun relevante gener for en tilstand Hver dag: Nye gener og tilstander vi aldri har hørt om før... Å tolke genvarianter er vanskelig Spesielt i gener vi ikke kjenner Ulike mutasjonstyper, pseudogener, spesifikke domener... Spesielt dersom vi ikke har god klinisk beskrivelse av pasienten

4 Persontilpasset medisin vi er i gang! Over 50 ulike NGS-genpanel tilbys nå i Norge Utviklingshemming, blindhet, nevrologisk sykdom Finner genetisk årsak i 20-50% av prøvene Revolusjonerer måten vi arbeider på Bioinformatikk er en nødvendighet Mer informasjon fra rekvirentene er nødvendig Tolkningen av NGS er meget krevende Kunnskap om molekylærgenetikk, klinikk, cellebiologi.

5 Gentesting på speed... Økt tempo...økt kompleksitet Teknologien endrer seg utrolig raskt Arbeidsmengden i laboratoriene øker 30 % økning i antall prøver i fjor Svært stor økning i antall funn og varianter som skal tolkes Vi pøser ut flere og flere brede genpakker Genetisk anarki hvem som helst kan tilby hva som helst Rekvirentene henger ikke med...

6 Hvordan velger man genetiske tester? Legene har til nå hatt et begrenset repertoar Og begrenset kunnskap om genetikk Faglige metodebøker og veiledere gir råd Stor variasjon i anbefalinger De fleste anbefalinger er utdaterte Ingen systematikk i samarbeid om råd på tvers av fagdisipliner

7 Genetikkportalen.no Alle lab er som tilbyr gentester deltar

8 Tiltak som kan gjennomføres via genetikkportalen Pedagogisk tilleggseffekt... Klinisk redaksjonskomite for kuratering av alle genpanel Panel med lavrisiko-gener for brystkreft - nyttig? Genpanel skal ha presis indikasjon og teststrategi Bigger is not always better!!! Hver hovedkategori skal ha en overordnet teststrategi/informasjon

9

10 Utfordring ved tolkning av prøvesvar Et menneske har ca 4 millioner genetiske varianter Mange av disse er aldri rapportert før I våre analyser kommer mange sjeldne Dette behovet skjønner ikke legene som varianter opp - hvilken er sykdomsgivende?? Store NGS genpanel rekvirerer...de blir fornærmet... Vi kan ikke tolke alle sjeldne varianter som flagges Detaljerte kliniske opplysninger er et "must"

11 5 millioner til Variantdatabase Ikke bare en - men tre hovedtyper variantdatabaser Database som kun viser hyppigheten til varianter (ExAC-lignende) Delt database over alle varianter som er sett og tolket i norske lab er Database som inneholder hele genomer/eksomer ( Norvariom ) Akutt behov i genetisk diagnostikk for de to første databasetypene Finnes, og kan allerede kan tas i bruk Å lage dataverktøy for tolkning av varianter og lagring/deling av disse er komplisert og tar mange år Hvis vi venter på dette blir det flere feildiagnostiseringer med fatale konsekvenser

12 Tolkning av varianter Det vi kan gjøre akkurat nå for å redusere feil... Bruke NCGC sin norske database som viser hyppigheten til de ulike variantene Er allerede juridisk vurdert i HDIR og klar til bruk Bruke Cartagenia for å dele alle varianter som er sett og TOLKET i norske laboratorier Helse Vest og Nord bruker programmet, Helse Midt er på gang Personvernombudet ved OUS blokkerer dette IKKE svare ut usikre varianter til legene som skal formidle svar til pasienten Risiko for at de misforstår og tolker dem som sykdomsgivende

13 Kommunikasjon...rekvisisjonsskjema 21 ulike papir-rekvisisjonsskjema for gentester Mye detaljer... Legene som rekvirerer har det TRAVELT Skriver minst mulig Legeskrift... Dette er ikke analyser de rekvirerer til dagen... FELLES ELEKTRONISK REKVISISJONSSKJEMA Vil sikre god kommunikasjon fra rekvirent til lab NB: Nært samarbeid med medisinske fagfolk!!!!

14 Hvilken NGS kapasitet har vi? Teoretisk teknisk kapasitet NorSeq prosjektet fikk i fjor 8 store maskiner humane helgenom per år Eller: helgenom og eksom Kapasitet i praksis Ca eksomer? Flaskehals: Molekylærbiologer og leger som kan tolke Ukyndig personell flere feiltolkninger...

15 Persontilpasset medisin - gentester ØH tiltak konkrete arbeidsoppgaver å løse Etablere nettverk på tvers av spesialiteter Teststrategier "Hurtigveileder" for rekvirenter Ta i bruk de to variantdatabasene vi trenger En mer langsiktig plan Utvikle programvare Detaljert plan for samhandling og nettverk Kunnskapsløft og utdanning av personell

16 Hvordan sikre likt tilbud over hele landet? Forvaltningen Fagfolkene Medisinsk genetikk Andre lab er Andre kliniske spesialiteter Andre Legeforeningen Kreftforeningen Store prosjekter som Norseq og BigMed Data Genetikk