Avdeling for medisinsk mikrobiologi. Å r s r a p p o r t 2006

Avdeling for medisinsk mikrobiologi Å r s r a p p o r t 2006 2005

1. Forord 1 2. Avdelingens funksjoner 1 3. Organisasjon 2 4. Bemanning 2 5. Datasystem 3 6. Aktivitet 3 6.1 Seksjon for bakteriologi 3 6.2 Seksjon for virologi og genteknologi 4 6.3 Seksjon for medieproduksjon/seksjon for substrat og spesialvask 5 6.4 Seksjon for sykehushygiene 5 6.5 Nasjonalt referanselaboratorium for MRSA 6 6.6 Forskning og utvikling 7 6.6.1 FoU 8 6.6.2 Publikasjoner 2005 8 7 Tabeller: Produksjonstall og funn 10 7.1 Produksjonstall 10 7.1.2 Antall undersøkelser gruppert på materiale for bakteriologi og mykologi 10 7.1.3 Infeksjonsimmunologiske undersøkelser 11 7.1.4 Antall undersøkelser for virologi og genteknologi 12 7.1.5 Spesielt ressurskrevende undersøkelser 12 7.1.6 Pulsfelt gelelektroforese 12 7.2 Funn: bakteriologi, mykologi, parasittologi 13 7.2.1 Blodkulturfunn (per pasient) 13 7.2.2 Dyrkningsfunn i spinalvæske 14 7.2.3 Dyrkningsfunn i leddvæske 14 7.2.4 Dyrkningsfunn i pleuravæske 14 7.2.5 ESBL, MRSA og VRE 15 7.2.6 Patogene tarmbakterier 15 7.2.7 Salmonella serotyper 15 7.2.8 Funn Tb-laboratorium 16 7.2.9 Parasitter 16 7.2.10 Sopp 17 7.3 Funn: virus 18 7.3.1 Antistoffpåvisning i tårevæske 18 7.3.2 Antigenpåvisning i fæces (EIA) 18 7.3.3 Viruspåvisning i cellekultur 18 7.3.4 Viruspåvisning ved immunfluorescens 18 7.4 Funn: genteknologiske undersøkelser 19 7.4.1 PCR 19 7.4.2 Funn agens i spinalvæske ved PCR 20 7.4.3 Chlamydia trachomatis PCR 20 7.4.4 Bakterieidentifkasjon ved sekvensering av 16S rrna genet 20 7.4.5 Adenovirus sekvensering 21 7.4.6 Enterovirus sekvensering 21 7.4.7 HPV-typing ved sekvensering 21 7.4.8 Hepatitt C virus genotyping 21 7.5 Medieproduksjon 22 7.5.1 Produksjon av faste dyrkingsmedier 22 7.5.2 Produksjon av medier/reagenser på flasker og rør 22 7.5.3 Produksjon av medier/reagenser/oppløsninger 22

1. Forord Som kjent er St.Olavs hospital HF i en stor utbyggingsprosess. Avdelingen og laboratoriemedisinsk klinikk er etablert i laboratoriesenteret sammen med miljøer fra NTNU og HIST. Sykehusets økonomi har vært en stor sak for alle fagmiljøene i 2006. Videre har avdelingen arbeidet mye med å etablere nye rutiner i nytt laboratoriesenter. På bemanningssiden fikk vi fire nye bioingeniørstillinger i 2006. Fra 2004 har tre overleger gått av for alderpensjon slik at avdelingen er i et generasjonsskifte på legesiden. St.Olavs har mange og store IKTprosjekter. Bl.a. er ROS (Rekvirering Og Svar) et prosjekt som har stor betydning for laboratoriedriften. Forhåpentligvis vil ROS være en overbygning som kan bidra til bedre rekvirerings- og svarrutiner. Dette henger også sammen med EPJ o.a. fullelektroniske systemer som er planlagt innført i sykehuset. Mål Avdeling for medisinsk mikrobiologi (AMM) har som mål å arbeide i overensstemmelse med Strategi- og Virksomhetsplaner for St. Olavs Hospital og Laboratoriemedisinsk klinikk. Dette innebærer å oppfylle behovet for infeksjonsdiagnostikk for Sør-Trøndelag fylke, regionfunksjoner innen infeksjonsdiagnostikk for helseregionen Helse Midt-Norge og noen nasjonale oppgaver. AMM vil ivareta faglige funksjoner som epidemiologisk overvåking og infeksjonsforebyggende arbeid i sykehus og dekke det undervisningsbehovet som er avtalt med St. Olavs Hospital, NTNU og andre institusjoner. AMM vil bidra aktivt til faglig utvikling og tilbud gjennom FoU, og utføre diagnostikk, undervisning og forskning på et høyt kvalitativt nivå. Hvert år utarbeides Virksomhetsplan og Handlingsplan for AMM. De bygger på Strategi- og virksomhetsdokument for Laboratoriemedisinsk klinikk og Styringsdokument for St. Olavs Hospital. 2. Avdelingens funksjoner Avdelingen har ansvaret for all mikrobiologisk diagnostikk i Sør-Trøndelag, og har et stort repertoar innen bakteriologi, virologi, mykologi, parasittologi og infeksjonsimmunologi. En bred satsning på genteknologiske metoder har ført til en stor ekspansjon innen denne type diagnostikk, og avdelingen har etablert en rekke egenproduserte metoder for påvisning av velkjente så vel som nyoppdagede mikrober i kliniske prøver. Avdelingen har spesiell kompetanse knyttet til genanalyser av arvematerialet til bakterier og virus og har bl.a. benyttet slike undersøkelser til epidemiologiske analyser. Disse metodene står sentralt i oppklaring av sykehusinfeksjoner og utbrudd av infeksjoner utenfor sykehus. Avdelingen har fått tildelt referansefunksjonen for MRSA fra 2006. Det oppleves som svært positivt for avdelingen. Gjennom årlige revisjoner av avdelingens strategi- og virksomhetsplaner tilstreber man å dekke behovet for en optimal infeksjonsdiagnostikk. Etablering og kvalitetssikring av nye diagnostiske metoder står sentralt, samt rasjonalisering og automatisering av eksisterende diagnostikk. Intern kompetanseutvikling er viktig for å heve kvaliteten på diagnostikken. Dette ivaretas ved intern undervisning, kurs og deltakelse i faglige arrangementer både nasjonalt og internasjonalt. Et 1

nært samarbeid med andre mikrobiologisk avdelinger er viktig for den faglige utviklingen og kompetansen sett i nasjonalt perspektiv. Avdelingen er referanselaboratorium for Helseregion IV, og mottar i tillegg prøver fra hele landet til spesielle analyser som vi er alene om å tilby. Laboratoriet har egen produksjonsenhet som forsyner eget laboratorium og laboratoriene i Helse Nord-Trøndelag med medier. Det er satset aktivt på informasjon til brukerne ved besøk, kursvirksomhet samt utgivelse av informasjonsskriv (MikroNytt, fra 2007 - LAB NYTT) og oppdatert informasjon på hjemmesiden (MikroWeb: http://www.stolav.no/mikrobiologi). Herfra kan man også laste ned en elektronisk utgave av vårt rekvisisjonsskjema, samt finne Brukerhåndboken. De ansatte deltar i undervisningen av medisinske studenter, andre studenter og helsepersonell, og har et nært samarbeid med Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer ved NTNU. Det er en betydelig forskningsaktivitet ved avdelingen som bl.a. inkluderer veiledningsoppgaver for hovedfagsstudenter og doktorgradsstipendiater. 3. Organisasjon Avdelingen er organisert i Laboratoriemedisinsk klinikk, som en av fire avdelinger. Klinikksjef er Trond Jacobsen. Seksjon for bakteriologi og prøvemottak (seksjonsleder Sissel Karin Eriksen) Seksjon for virologi og genteknologi (seksjonsleder Inger Johanne Haugen) Seksjon for medieproduksjon (seksjonsleder Sissel Frisvold Røe) Seksjon for sykehushygiene (Seksjonsleder/overlege Andreas Radtke) 4. Bemanning Avdelingssjef Gilda S. Opland Overlege 5,2 (hvorav 1 i hovedstilling og 2 i bistilling ved NTNU) Sykehushygieniker/overlege 1 Assistentlege 3 Molekylærbiolog 1 (sluttet høsten 2006) Seksjonsleder 3 Spesialbioingeniør 1 Bioingeniør II 11,8 Bioingeniør I 11,8 Bioingeniør 16,9 Laboratorieingeniør II 2 Laboratorieingeniør 2,5 Ingeniør 1 Tekniker I 2,5 Assistent I 4,5 Renholdsoperatører 2 2

Konsulent 1 Sekretær 1 Hygienesykepleier 2 TB-koordinator 1 5. Datasystem Dagens laboratoriedatasystem NSML (Non-stop mikrolabsystem, TietoEnator Healthcare) har vært i bruk siden 1990 og skal på sikt erstattes med et mer moderne system som kan håndtere flest mulige prosesser elektronisk. I en mellomfase er det vedtatt at det skal innføres et eget datasystem for serologiske undersøkelser (NSL), mens man beholder NSML for øvrige mikrobiologiske undersøkelser. Felles prøvemottak tar seg av all registrering av mottatt prøver. Mottak, registrering og svarrapportering skal gå via en felles overbyggingsmodul (ROS (Rekvirering og Svar)), (TietoEnator Healthcare) som skal kommunisere med alle de fagspesifikke laboratoriedatasystemene. I 2006 har vi gått inn i et nært samarbeid med John Stelling (WHO). Han har designet et program som heter WHONET. Programmet gir en fantastisk mulighet til å sette sammen fagdata slik at man får en god oversikt over innsidens, prevalens og clusters i forhold til ulike mikrober, resistens m.m. Som rapportverktøy benyttes Crystal Reports. Vår IKT-ansvarlig, Frode W.Gran er en kjemperessurs når det gjelder uttak av rapporter av alle slag, det være seg produksjonsstatistikker, fagstatistikker, økonomirapporter.m.m. Han er også den som leder mye av utviklingsarbeidet innen IKT. 6. Aktivitet 6.1 Seksjon for bakteriologi Seksjon for bakteriologi har 24,6 bioingeniørstillinger og 1 seksjonsleder. Seksjonen består av følgende fagområder: Sekundært prøvemottak m/utsåing og fordeling av prøver, og generell bakteriologi. Anaerob dyrkning / blodkulturer. Urin/urogenital, resistensbestemmelse, Tarmpatogene bakterier / parasitter, Mykologi og mykobakterier. Hvert fagområdet blir ledet av bioingeniør II med fagansvar. Vi har også en bioingeniør II knyttet opp mot FOU og serotyping av gr.b streptokokker. Året 2006 har vært preget av at vi flyttet inn i nytt sykehus høsten 2005, og det har vært en utfordring for oss. Arbeidsrutiner og logistikk er forandret. Nye lokaler krever nye rutiner, men nå er mye på plass. Utvikling av anaerob dyrkning, soppdyrkning og TB dyrkning er, blant mange andre områder, et satsningsfelt for oss. I den forbindelse har flere bioingeniører deltatt på kurs og møter i inn- og utland. Vi endret resistensmetode i juni, fra Rosco tabletter til Oxoid lapper, som gjør våre resultater sammenlignbare med resultater fra andre mikrobiologiske laboratorier i landet. Laboratoriet fikk inn mange prøver i forbindelse med et utbrudd av gastroenteritt og påvisning av enterohemorragisk E.coli (EHEC) og enteropatogen E.coli (EPEC) i en familiebarnehage. Økt 3

prøvemengde på vårparten skyldes også funnet av E.coli O103 i spekemat fra Gilde og funnet av S. kedougou i spekemat fra Grilstad. Seksjonen har vært veileder for to bacheloroppgaver for bioingeniørstudenter. Den ene omhandlet resistensutvikling av E.coli i blodkultur fra 1998 til 2004 og den andre tok for seg resistensmønster for Bacteroides-gruppen i blodkultur fra 1992-2005. Luftveisprosjektet og NORM er også to prosjekter som vi deltar i. 6.2 Seksjon for virologi og genteknologi Seksjonen har i 2006 bestått av 22,4 bioingeniørstillinger hvorav 1 seksjonsleder, 5 bioingeniør II med fagansvar og en spesialbioingeniør. Seksjonen har ansvar for analyser innen infeksjonsimmunologi, genteknologiske metoder og virus dyrkning. Innen infeksjonsimmunologi har vi i 2006 brukt mye ressurser på å kjøre inn nye analyseinstrumenter. På våren ble alle analyser tilhørende infeksjonsimmunologi lagt over i et annet laboratoriedatasystem, felles NSL. Dette innebar at vi kunne gå i gang med arbeidet med å koble flere analyseinstrumenter online. Det har vært en ressurskrevende prosess da mye utviklingsarbeid gjenstod. Fra høsten av startet interne rekvirenter med elektronisk rekvirering. Innføring av ROS er nå gjennomført for hele St.Olavs hospital og skal videreføres for primærhelsetjenesten i 2007. Ved flytting til nytt laboratoriesenter var det bestemt at screening-analyser innen HIV og hepatitt skulle utføres i kjernelab ved Avdeling for medisinsk biokjemi. Erfaringen viste at det var vanskelig å få til en god logistikk, med det resultat at svartidene gikk opp. På tampen av 2006 ble det besluttet at disse analysene skulle tilbakeføres til vår seksjon og analyseinstrumentene ble flyttet inn i vårt laboratorieareal. I februar hadde vi inspeksjon fra Octapharma AS med tanke på HCV-PCR testing av blodgivere. Ved innflytting endret vi metode for påvisning av Chlamydia trachomatis. Usikkerhet vedrørende tolkningen av enkelte av prøvesvarene med denne metoden samt krav om innsparing førte til at vi på slutten av året utviklet en in-house PCR metode som også detekterte den nylig oppdagete svenske Chlamydia-varianten med delesjon i det kryptiske plasmidet. Siste del av året ble brukt til validering av denne metoden og den er nå satt i rutine. Ved årsskifte ble også siste del av et HPVvaksine prosjekt avsluttet. Vår del av prosjektet bestod i å teste deltakernes uriner med tanke på Chlamydia trachomatis. Også i 2006 hadde vi en økning i antall PCR analyser. Vi etablerte en ny analyse for påvisning av Pneumocystis jiroveci, ellers har repertoaret vært det samme. Laboratoriet fikk inn mange prøver i forbindelse med utbruddet av Enterohemorragisk E.coli der flere barn ble alvorlig syke. I tillegg påviste vi mye norovirus og rotavirus i samme periode. Kombinert med flere oppslag i pressen førte dette til en travel periode for laboratoriet. I 2006 påviste vi for første gang Tropheryma whipplei ved molekylærgenetisk diagnostikk. Det første tilfelle var hos en pasient med feber, vekttap og malabsorpsjon der vi mottok en tynntarmsbiopsi. I det andre tilfelle mottok vi spinalvæske med spørsmål om T. whipplei hos en pasient med nevrologiske utfallssymptomer som tidligere hadde histologiske funn forenlig med Whipples sykdom i tarmbiopsi. Fra august påviste vi mange forskjellige enterovirus, hvorav echovirus type 30 og 18, samt enterovirus type 71 og coxsackievirus type B4 dominerte. Seksjonen har i flere år arbeidet aktivt med å utvikle analyser for å påvise ulike luftveis-agens. I løpet av høsten påviste vi mest coronavirus OC43, humant bocavirus og enterovirus hos barn som var hospitalisert for lufveisinfeksjoner. I over 25% av tilfellene ble det påvist mer enn ett agens i samme 4

luftveisprøve. I samarbeid med barneklinikken har vi nå fått godkjenning for et prosjekt der vi analyserer for et bredt spekter av luftveisagens. Barneklinikken ser på de kliniske aspekter ved disse funnene. Studien kom i gang ved slutten av 2006 og vil fortsette i 5 år fremover. Det er etablert flere samarbeidprosjekter vedrørende luftveisagens med så vel innenlandske som utenlandske fagmiljøer. 6.3 Seksjon for substrat og spesialvask Seksjonen fungerer godt i det nye Laboratoriesenter, og trives i lyse og romsligere arealer med utsikt til trivelige omgivelser. Noen tekniske detaljer gjenstår det å få plass. Seksjon for substrat og spesialvask har tilknyttet 14 stillinger, 1 seksjonsleder, 2 laboratorieingeniører II, 2 laboratorieingeniør, 2½ tekniker, 2 renholdsoperatører og 4½ assistent I. Seksjonsleder hadde i tillegg ansvaret for kvalitetssikringen ved avdelingen. Seksjonen har også dette året hatt mindre utvikling enn håpet, grunnet sykdom og langtidsfravær første halvår. Siste halvår har arbeidstokken vært stabil. Seksjon for substrat og spesialvask består av et produksjonslaboratorium, en vaskeenhet og en pakkeenhet. Produksjonslaboratoriet produserer faste og flytende dyrkningsmedier, reagenser og buffere. Vaskeenheten desinfiserer og rengjør laboratorieutstyr for både St. Olavs og NTNUs laboratorier i Laboratoriesenteret. Pakkeenheten pakker og steriliserer utstyr for bruk på laboratoriene. Ca. 75% av medieproduksjonen ble brukt innen avdelingen til rutineanalyser og til forskning, inkludert NTNUs mikrobiologiske forskningslaboratorium. Resten av produksjonen ble solgt til eksterne kunder. De største kundene var Helse Nord-Trøndelag ved Sykehuset Levanger og Sintef, men også private institusjoner kjøpte medier. Aktivitetene i året som har gått har vært preget av innkjøring i nytt bygg og av nye rutiner. Nytt utstyr har gjort arbeidsdagen og produksjonen bedre. Vi har fått installert Blood in line som vi mener gir topp kvalitet på blodagarskåler. Laboratoriet arbeider til stadighet med videreutvikling og utprøving av nye dyrkningsmedier, og har som mål å søke om ISO-sertifisering av laboratoriet i løpet av 2007. 6.4 Seksjon for sykehushygiene Seksjon for sykehushygiene (SSH) har ivaretatt infeksjonsovervåkning, smitteoppsporing, undervisning samt utarbeidelse og implementering av prosedyrer innen smitteforebygging på St.Olavs Hospital. SSH ser seg ikke i stand til å kunne ivareta disse funksjonene med de nåværende ressurser. NOIS-forskriftens krav om insidensregistrering av postoperative sårinfeksjoner kunne følges opp i år etter at et dataverktøy ble ferdig til oppstart 01.september. Smittevernarbeid internt: Det ble gjennomført 4 prevalensundersøkelser. Andel av pasienter med sykehuservervede infeksjoner var på 8,5% i snitt. Innføringen av insidensregistrering av postoperative sårinfeksjoner har krevd etablering av nye rutiner og opplæring på de aktuelle avdelingene. Overvåkningen er pålagt alle helseforetak via forskrift. Av de fem operasjonskodene som skal overvåkes, overvåket vi i 2006 to, 5

nemlig keisersnittene og ACB-operasjoner. Overvåking av hofteproteser skal startes 01.01.07. Det har vært innlagte og polikliniske pasienter med MRSA. Fire større screeninger av personal på St.Olav ble nødvendig pga. uventete MRSA-funn. Ellers har norovirus funn krevd oppfølging. Sykehuset har klart å unngå store norovirusutbrudd i de siste årene, noe vi tolker slik at det er gode rutiner ovenfor norovirusfunn på huset. Undervisning har vært utført som faste innslag ved kurs for nytilsatte, kurs om blodsmitte, undervisning på infusjonskurs, enkelttimer ved sengeposter og deltakelse i temadager for avdelinger. Dessuten opplæring for ansatte ved nye sentrene for bruk av isolater osv. I oktober var SSH med på å gjennomføre en sykehushygiene-temauke på Barne- og ungdomsklinikken. Alle vesentlige prosedyrer innen smittevern er blitt overført til på EQS i løpet av året. Antibiotika forbruksdata har fortsatt ikke blitt tilgjengelig for SSH, men det jobbes med en løsning for dette. Smittevernarbeid eksternt: Det har ikke vært nye utbrudd med MRSA på sykehjem i Trøndelag. Seksjonen har derfor ikke jobbet så mye med kartlegging, rådgiving og oppfølging av MRSA-utbrudd på sykehjem som i 2002/03. Smittevernforskriften pålegger helseforetakene å utarbeide et tilbud om smittevernbistand til kommunene. SSH har arbeidet mot å få ressurser for etablering av et slikt tilbud. Regional kompetansesenter SSH jobber mot å kunne være en ressurs for det øvrige smittevernpersonalet i regionen. Foreløpig har vi ikke bemanning for å kunne gi et slikt tilbud fullt ut. SHH har arrangert to regionale samlinger av smittevernpersonell i regionen og representert regionen i samarbeidsforumet mellom de regionale kompetansesentrene, de regionale helseforetak og Folkehelseinstituttet. Tuberkulosekontroll: Antallet personer som fikk profylaktisk behandling har økt betydelig over de siste to år og generert mye arbeid for tuberkulosekoordinatoren. I 2005 (2004) startet 16 (10) pasienter med tuberkulosebehandling, 46 (13) personer startet med forebyggende behandling. 80-90% av pasientene er av utenlandsk bakgrunn. Laboratorievirksomhet: Seksjonens bioingeniør har også i 2006 deltatt i betydelig grad i arbeidet rundt MRSA referansefunksjonen. Se for øvrig eget avsnitt om referansefunksjon. Vi har kommet i gang med mer systematiske luftmålinger på husets kirurgiske operasjonsstuer. I alt seks luftmålinger ble gjennomført på Kvinne- barnsenteret, nevrokirurgisk operasjon og Fremtidens operasjonsstue. Screening for MRSA rundt påviste tilfeller er ressurskrevende i perioder. Bemanning: En halv sykepleierstilling ble opprettet ved seksjonen i forbindelse med oppstarten av insidensovervåkningen. En 50% stilling ble ledig etter at tuberkulosekoordiantorstillingen ble oppgradert til en 100% stilling. Dermed kunne vi ansette en ny hygienesykepleier fra 15.august. Samtidig har vi tatt inn en vikar pga. svangerskapspermisjon på en av de andre stillingene. 6.5 Nasjonale referansefunksjoner Helse- og omsorgsdepartementet har fra 01.01.06 tildelt Helse Midt-Norge v/st.olavs hospital nasjonale medisinske mikrobiologiske referansefunksjoner for følgende fire agens: Meticillin 6

resistente Staphylococcus aureus, Gruppe B streptococcer, Francisella tularensis og adenovirus, sistnevnete delt med Folkehelseinstituttet (departementets rundskriv I-14/2005). 6.5.1 Meticillin resistente Staphylococcus aureus Se egen rapport 6.5.2 Gruppe B streptokokker Siden begynnelsen av 90-tallet har vår avdelingen utøvd en kollegial referansefunksjon for gruppe B streptokokker. Siden 01.01.06 har dette blitt formalisert av Helse- og omsorgsdepartementet. I 2005 ble typing av bakterien med PCR utviklet og verifisert. Fra og med 01.01.06 ble denne typingen rutinemetode og serotyping med IF blir deretter bare brukt unntaksvis som supplement. PCR basert typing er mer entydig og vi har ikke hatt stammer i 2006 som vi ikke har kunnet type. Referansefunksjonen har hatt et uvanlig aktivt år i 2006. I løpet av det første halvåret ble det klart at flere nyfødte enn vanlig døde av GBS. Sosial- og helsedirektoratet (SHdir) påla Folkehelseinstituttet og referanselaboratoriet å undersøke stammene fra 2005 og 2006. For formålet fikk referanselaboratoriet unntaksvis tilgang til MSIS listene og innkalte manglende stammer fra de to år. For 2006 endte man opp med 183 stammer fra 162 pasienter plus 24 stammer fra 2005 som også ble typet. I alt 207 stammer mot 96 stammer i 2005, altså en betydelig økning av aktiviteten. Undersøkelsen av stammene skal føre til en rapport til SHdir som offentliggjøres i mars/april 2007. Samkjøringen av MSIS listene med listen over stammen vi har motatt viser at det er et ikke ubetydelig antall stammer som ikke ble sendt til oss, men også at vi har fått stammer fra invasive tilfeller som ikke er meldt MSIS. Vi mottok stammer fra 152 invasive tilfeller. Deriblant 29 tilfeller av early onset disease hos nyfødte og 22 stammer fra late onset. Totalt døde 10 barn med GBS relatert sykdom og et så høyt antall har aldri før blitt registrert. Som vanlig var kapseltype III, V, Ia de viktigste. Vi har også hatt et større antall type IV isolater enn vanlig. Blant barna som døde var det en klon av type V isolater geografisk konsentrert på Østlandsområdet. Denne klonen følges opp med utvidet overvåkning og forskning i 2007. For 2006 viser vi til rapporten referanselaboratoriet har laget for SHdir, tilgjengelig via Folkehelseinstituttets websider. I tillegg har referanselaboratoriet mottatt 151 stammer fra Universitetet i Sydney/Australia for serotyping av proteiner. Det arbeidet ble betydelig forsinket pga. arbeidet ovenfor SHdir og sykemeldinger. Arbeidet er ikke avsluttet ved utgangen av 2006. 6.5.3 Francisella tularensis Se egen rapport 6.5.4 Adenovirus Se egen rapport 6.6 Forskning og utvikling 6.6.1 FoU 7

Utviklingsarbeide med molekylærgenetiske metoder innen mikrobiologisk diagnostikk har fortsatt for mikrobielle agens ved ulike infeksjoner. Implementering av infeksjonsdiagnostikk med PCR teknikk er satt i gang i form av et større prosjekt ved luftveisinfeksjoner i samarbeid med barneavdelingen. Dette vil gå over flere år. Forskningsaktivitet knyttet til Gruppe B streptokokker (GBS) fortsetter med en stipendiat på et GBS-prosjekt i samarbeid Barneklinikken og Kvinneklinikken ved St.Olavs Hospital. Samarbeidet om GBS med en forskningsgruppe i Göteborg fortsetter, likeledes samarbeidsprosjektet i NUFU-regi med Universitetet i Harare, Zimbabwe hvor en PhD-student er i gang med sitt prosjekt. Avdelingen har også forskningsaktivitet knyttet til Enteropatogene E.coli (EPEC) med en dr.gradsstipendiat som nå er i avslutningsfasen for sitt prosjekt. I 2006 har hovedaktiviteten vært molekylærgenetisk karakterisering av EPEC-isolater med bruk av microarray for karakterisering av virulensgener og genotyping for fylogenetiske analyser. Samarbeidet med ortopedisk avdeling vedrørende proteseinfeksjoner har fortsatt i 2006 med en stipendiat utgående fra ortopedisk miljø. Her utgjør prospektive studier av revisjonsproteser med forbedret konvensjonell diagnostikk og molekylærgenetisk studier en hovedaktivitet. I tillegg utføres in vitro studier av påvisning av biofilmassosierte implantatinfeksjoner og etablering av in vivo modeller for lavvirulente implantatinfeksjoner. Forøvrig utføres hovedoppgaver i medisinstudiet ved Forskningslaboratoriet samt masterstudiet i molekylær medisin. Det vises til separat vedlagt publikasjonsliste for 2005 utgående fra avdelingen. 6.6.2 Publikasjoner 2006 A. Artikler i referee-baserte tidskrifter / bokkapitel 2006: Afset, J.E., Bruant, G., Brousseau, R., Harel, J., Anderssen, E., Bevanger, L., Bergh, K. Identification of virulence genes linked with diarrhea in atypical enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) using DNA microarray and PCR. J Clin Microbiol, 2006,44: 3703-11. Bakken IJ, Nordbø SA. Skjeldestad FE. Chlamydia trachomatis testing patterns of genital chlamydial infection among young men and women in central Norway 1990-2003: a population-based registry study. Sex Transm Dis 2006; 33: 26-30. Bakken IJ, Skjeldestad FE, Nordbø SA. Chlamydia Trachomatis Infections Increase the Risk for Ectopic Pregnancy: A Population-Based, Nested Case-Control Study. Sex Transm Dis. 2006 Jul 6; [Epub ahead of print]. Bakken IJ, Skjeldestad FE, Halvorsen TF, Thomassen T, Nordbø SA. Chlamydia trachomatis Among Young Norwegian Men: Sexual Behavior and Genitourinary Symptoms. Sex Transm Dis. 2006 Aug 18; [Epub ahead of print] Drogset, L.O., Grøntvedt, T., Jessen, V., Tegnander, A., Mollnes, T.E., Bergh, K. Comparison of in vitro and in vivo complement activation by metal and bioabsorbable screws used in Anterior cruciate ligament reconstruction. Arthroscopy, 2006, 22: 489-96. Moxness M, Bergh K. Tularemi som differensialdiagnose ved tumor colli. Tidsskr Nor Laegefor, 2006, 126: 1055-57. 8

Roberts CC, Tadesse AS, Sands J, Halvorsen T, Schofield TL, Dalen A, Skjeldestad FE, Jansen KU. Detection of HPV in Norwegian cervical biopsy specimens with type-specific PCR and reverse line blot assays. J Clin Virol. 2006, 36:277-82. Sandven P, Bevanger L, Digranes A, Haukland HH, Mannsaker T, Gaustad P; Norwegian Yeast Study Group. Candidemia in Norway (1991 to 2003): results from a nationwide study. J Clin Microbiol. 2006, 44: 1977-81 Stølhaug A., Bergh K, Identification and Differentiation of Legionella pneumophila and Legionella spp. with Real-time PCR Targeting the 16S rrna Gene and Species Identification by mip Sequencing. Appl Envir Microbiol, 2006,72: 6394-98. B. Presentasjoner med abstracts 2006 Bjerkan G, Witsø E, Bergh K. Release of bacteria from biofilm on metal surfaces. 12th International Symposium on staphylococci & staphylococcal infections. Maastricht, The Nederlands, 3-6 September 2006. Bjerkan G, Witsø E, Bergh K. Release of bacteria from biofilm on metal surfaces. European Bone and Joint Infection Society, Budapest, Hungary, 25-27 May, 2006 Bjerkan G, Witsø E, Bergh K. Release of bacteria from biofilm on metal surfaces. 53rd Congress of The Nordic Orthopaedic Federation, Oslo May 31 st to June 2 nd 2006 Christensen A. Diagnostikk av enterovirusinfeksjoner ved immunsvikt. Virusinfeksjoner ved immunsvikt. Strategimøte 2. november 2006, Folkehelseinstituttet, Oslo. Jacobsen T, Radtke A, Marstein L, Jensen J, Iversen G,, Bergh K. Internationally adopted children as a source of MRSA. 12th International Symposium on staphylococci & staphylococcal infections. Maastricht, The Nederlands, 3-6 September 2006. Jacobsen T, Marstein L, Jensen J, Iversen G, Radtke A, Bergh K. Distribution of MRSA in Norway 2005. 12th International Symposium on staphylococci & staphylococcal infections. Maastricht, The Nederlands, 3-6 September 2006. Nordbø SA. Nye patogene luftveisvirus og diagnostikk. Pediaterdagene, Lillestrøm, 13. - 14.10.06. Nordbø SA. Diagnostikk av HHV-6, HHV-7 og HHV-8. Virusinfeksjoner ved immunsvikt. Strategimøte 2. november 2006. Nordbø SA. Diagnostikk av luftveisinfeksjoner inklusive adenovirusinfeksjoner. Virusinfeksjoner ved immunsvikt. Strategimøte 2. november 2006. Nordbø SA. Utfordringer ved rapportering av svake positive Chlamydia testresultater. Årskonferansen 7. 8. desember 2006, Folkehelseinstituttet, Oslo. 9

7 Tabeller: Produksjonstall og funn 7.1.1 Produksjonstall 2005 2005 2006 2006 Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total %-vis endring Bakteriologi 84633 126440 211062 95460 120631 216348 2,5 % Parasittologi 469 3801 4270 417 3093 3510-17,8 % Infeksjonsimmunologi 20823 124568 145391 20205 191134 211339 45,4 % Virologi 6050 6772 12822 6863 8283 15146 18,1 % Mykologi 2626 15670 18296 3072 14327 17399-4,9 % Genteknologi 15847 67868 83715 16684 103208 119892 43,2 % Annet 727 1312 2039 862 1345 2207 8,2 % Sum 131175 346431 477595 143563 442021 585841 18,5% 7.1.2 Antall undersøkelser gruppert på materiale for bakteriologi og mykologi Analyser totalt Aerob 89 349 90 328 Fæces Patogene tarmbakterier 24 880 27 624 Anaerob 17 735 18 857 Serotyping tarmpat. 694 502 Helicobacter dyrkning 532 101 Blodkultur Aerob 13 405 14 444 Cl.diff toxin A/B 2 802 2 665 Anaerob 13 035 14 038 Urogenital GC dyrkning 4644 3811 Resistens Analyser totalt 40 473 40 612 Luftveier Nese 1 379 1 707 Øre 1 342 1 576 Parasittologi Mikroskopi 1 499 1 205 Hals 2 792 3 184 Trichomonas dyrkning 672 358 Ekspektorat 1 393 1 530 Giardia EIA 1 986 1 820 Trakealsekret 564 631 Bronkialskyllevæske 567 541 Mykobakterier TB dyrkning 1 895 1 728 Bronkialbørste 8 3 Dir. mikroskopi 1 608 1 534 Hud/bløtdeler Vev 1 944 1 911 Sopp Dir. mikroskopi 1 991 2 086 Hud 720 700 Soppdyrkning 4 230 4 352 Sårsekret 5 708 5 747 Soppdyrkning genital 7 508 6 228 Gjærsopptyping 1 331 3 373 Abscess Materiale totalt 1 158 1 112 Dir. Grampreparat Analyser totalt 6 021 6 147 Urin Materiale totalt 37 957 38 607 10

7.1.3 Infeksjonsimmunologiske undersøkelser 2006 2006 Anti-streptokokk-Dnase B : 791 Morbilli IgG - ELISA : 169 Adenovirus antistoff - KBR : 2 195 Morbilli IgM - ELISA : 169 ASTA : 6 Mycoplasma IgG - ELISA : 282 ANTISTREPTOLYSIN TITER : 1 025 Mycoplasma IgM - ELISA : 7 156 Bartonella henselae antistoff: 39 Chlamydia antistoff - KBR : 5 512 Brucella abortus Bang antist.: 14 Parotittvirus IgG - ELISA : 241 Borrelia IgG - BLOT: 1 37 Parotittvirus IgM - ELISA : 241 Borrelia IgM - BLOT: 214 Parainfluensa antistoff KBR : 1 471 Borrelia IgG - ELISA : 3 769 Pertussis toxin IgA : 4 618 Borrelia IgM - ELISA : 3 769 Pertussis toxin IgG : 4 618 Borrelia Ratio sp.v/serum : 23 Puumalavirus IgM: 26 Cytomegalovirus IgG - ELISA : 5 655 Parvovirus IgG - ELISA : 1 153 Cytomegalovirus IgM - ELISA : 5 658 Parvovirus IgM - ELISA : 1 153 Cox.B-/Enterov. antist. KBR : 1 939 Hepatitt Bc as total (ref. us) 1 195 Denguevirus IgG - ELISA: 32 Hepatitt B S - antigen(ref.us) 990 Denguevirus IgM - ELISA: 32 Hepatitt C antistoff (ref. us) 1 077 EB virus nuclear antigen IgG: 18 HIV 1+2 as - ELISA (ref. us) 812 Epstein-Barr VCA IgG - ELISA : 6 402 HCV konfirmasjonstest (RIBA) : 338 Epstein-Barr VCA IgM - ELISA : 6 401 RPR : 261 Pertussis hemagglutinin IgG : 4 619 Resp.sync.virus antistoff-kbr: 1 102 Pertussis hemagglutinin IgA : 4 618 Rubella antist. agglutinasjon: 3 389 Francisella IgG - ELISA : 181 Rubella IgM - ELISA : 77 Francisella IgM - ELISA : 181 Widal-Salm.paratyphi-O antist: 512 Francisella mikroaggl. titer: 298 Widal-Salm. typhi-o antistoff: 512 HIV 1+2 antistoff - ELISA : 7 310 Treponema EIA total Ig: 2 720 HIV 1 Western Blot : 103 Tick-Born encephalitis - KBR: 10 Heterofile as. hurtigtest : 51 Toxoplasma antistoff total : 2 622 Hepatitt A IgM : 398 TPPA : 266 Hepatitt A Total 3 034 Treponema pallidum ELISA IgM 3 Hepatitt Bcore antistoff total 7 640 Toxoplasma IgG Titrering : 288 Hepatitt B E - antigen : 292 Toxoplasma IgM Titrering : 306 Hepatitt B E - antistoff : 307 Varicella-Zoster IgG - ELISA : 958 Hepatitt B S - antigen : 7 650 Varicella-Zoster IgM - ELISA : 958 Hepatitt B S - antistoff: 3 676 Yersinia - O-3 antistoff : 629 Hepatitt BS Ag - confirm.test: 60 Hepatitt C antistoff : 6 954 Helicobacter IgG ELISA: 1 041 HIV 1 antistoff hurtigtest : 3 Herpes simplex IgG - ELISA : 1 055 Herpes simplex IgM - ELISA : 1 056 Herpes simplex virus 1 IgG : 24 Herpes simplex virus 2 IgG : 24 Influensa A antistoff - KBR : 2 110 Influensa B antistoff - KBR : 2 111 Legionella antistoff ELISA : 1 720 Legionella antistoff titer IF: 43 Sum 140 512* * Blodgivere er utelatt fra tabell 7.1.3. 11

7.1.4 Antall undersøkelser for virologi og genteknologi Direkte antigenpåvisning, IF 1832 1927 Chlamydia trach. PCR 22092 23317 Direkte antigenpåvisning, fæces, EIA 4456 7843 Elektronmikroskopi 12 0 Antistoff i tårevæske 299 189 PCR u/chlamydia tr. 42829 96575 Virusdyrkning 4237 3426 Sekvenseringer 396 475 7.1.5 Spesielt ressurskrevende undersøkelser Tb, dir. mikroskopi 1 608 1 534 Parasitt mikroskopi 1 499 1 205 HIV 1 Western blot 108 74 HCV konfirmasjonstest (RIBA) 412 251 Sekvenseringer 396 475 Pulsfelt gelelektroforese 473 602 CMV kvantitativ PCR 23 10 EBV kvantitativ PCR 48 39 Hepatitt B kvantitativ PCR 112 80 Hepatitt C kvantitativ PCR 170 81 HIV kvantitativ PCR 482 235 Virusdyrkning 4237 3331 7.1.6 Pulsfelt gelelektroforese Staphylococcus aureus (MSSA) 10 23 Staphylococcus aureus (MRSA) 325 550 Koagulase negative stafylokokker 55 0 Pseudomonas aeruginosa 14 0 Streptococcus agalactiae (GBS) 0 18 Gram negative stavbakterier 16 11 Enterokokker 49 0 Andre 4 0 Sum 473 602 12

7.2 Funn: bakteriologi, mykologi, parasittologi 7.2.1 Blodkulturfunn (per pasient) 2006 2006 Acinetobacter baumanii 2 Lactobacillus species 2 Aerococcus viridans 1 Lactococcus species 1 Alfahemolytiske streptokokker 4 Leclerica adecarboxylata 1 Anaerobe difteroider 1 Listeria monocytogenes 1 Anaerobe gram neg. Staver 4 Micrococcus species 5 Anaerobe gram pos. Staver 1 Moraxella atlantae 1 Bacillus cereus 3 Moraxella catarrhalis (branhamella) 1 Bacillus species 4 Morganella morganii 4 Bacillus subtilis 1 Morganella morganii 4 Bacteroides fragilis 12 Neisseria meningitidis 1 Bacteroides ovatus 2 Neisseria species 1 Bacteroides species 2 Nonhemolytiske streptokokker 1 Bacteroides uniformis 1 Paecilomyces variotii 1 Bacteroides vulgatus 1 Paenibacillus spp. 1 Betahemolytiske streptokokker gr. B 14 Pantoea species 1 Betahemolytiske streptokokker gr. C 1 Peptostreptococcus asaccharolyticus/indlicus 1 Betahemolytiske streptokokker gr. G 5 Peptostreptococcus micros 1 Brucella species 1 Peptostreptokokker, (anaer strept) 4 Candida albicans 11 Prevotella species 1 Candida glabrata (torulopsis glabr) 4 Propionibacterium acnes 2 Candida krusei 1 Proteus mirabilis 25 Citrobacter braakii 2 Pseudomonas aeruginosa 28 Citrobacter freundii 2 Pseudomonas luteola 1 Citrobacter koseri 3 Pseudomonas oryzihabitans 1 Clostridium cadaveris 1 Salmonella dublin 1 Clostridium clostridioforme 1 Salmonella heidelberg 1 Clostridium histolyticum 1 Salmonella javiana 1 Clostridium perfringens 1 Salmonella saint-paul 1 Clostridium species 1 Salmonella typhi 1 Clostridium sporogenes 2 Serratia marcescens 4 Coliforme staver 1 Serratia species 1 Corynebacterium species 4 Sphingomonas species 1 Corynebacterium urealyticum 1 Staph. Koagulase neg. (hvite staph.) 281 Cryptococcus neoformans 1 Staphylococcus aureus 86 Difteroide staver 17 Staphylococcus capitis 3 Enterobacter aerogenes 3 Staphylococcus chromogenes 1 Enterobacter amnigenus 1 Staphylococcus epidermidis 24 Enterobacter cloacae 18 Staphylococcus haemolyticus 1 Enterobacter species 1 Staphylococcus hominis 6 Enterococcus casseliflavus 1 Staphylococcus saprophyticus 2 Enterococcus faecalis 41 Stenotrophomonas maltophilia 1 Enterococcus faecium 10 Streptococcus anginosus (milleri) 2 Enterokokker 1 Streptococcus bovis 2 Escherichia coli 174 Streptococcus constellatus 2 Eubacterium lentum 1 Streptococcus dysgalactiae equisimilis 4 Fusobacterium necrophorum 3 Streptococcus equi zooepidemicus 1 Fusobacterium nucleatum 3 Streptococcus intermedius 1 Fusobacterium species 1 Streptococcus mitis 10 Granulicatella adiacens 1 Streptococcus mutans 2 Haemophilus influenzae 8 Streptococcus oralis 8 Haemophilus influenzae type f 1 Streptococcus pneumoniae 59 Haemophilus parainfluenzae 1 Streptococcus pyogenes 4 Hafnia alvei 2 Streptococcus salivarius 7 Klebsiella oxytoca 10 Streptococcus sanguis 5 Klebsiella pneumoniae 36 Veillonella species (gram neg kokk) 1 Klebsiella terrigena 1 Zygosaccharomyses species 1 Sum 432 13

7.2.2 Dyrkningsfunn i spinalvæske 2006 Acinetobacter lwoffi 1 Bacillus species 1 Citrobacter freundii 1 Clostridium sordellii 1 Coxsackie b virus type 4 1 Difteroide staver 1 Echovirus type 11 1 Echovirus type 18 1 Echovirus type 30 5 ENTEROVIRUS - (ikke poliovirus) 5 Gram negative staver uidentifiserte 1 Listeria monocytogenes 1 Propionibacterium acnes 3 Staph. Koagulase neg. (hvite staph.) 10 Staphylococcus aureus 3 Staphylococcus capitis 1 Staphylococcus epidermidis 1 Streptococcus pneumoniae 4 Sum 42 7.2.3 Dyrkningsfunn i leddvæske 2006 Betahemolytiske streptokokker gr. B 5 Betahemolytiske streptokokker gr. G 3 Candida albicans 1 Corynebacterium species 1 Enterobacter sakazakii 1 Enterococcus faecalis 5 Escherichia coli 2 Gram positive kokker 1 Klebsiella pneumoniae ssp pneumon. 1 Neisseria meningitidis 1 Pasteurella multocida 1 Propionbacterium species 1 Propionibacterium acnes 2 Proteus mirabilis 2 Staph. Koagulase neg. (hvite staph.) 11 Staphylococcus aureus 14 Staphylococcus epidermidis 4 Staphylococcus lugdunensis 1 Streptococcus dysgalactiae equisimilis 1 Sum 58 7.2.4 Dyrkningsfunn i pleuravæske 2006 Alfahemolytiske streptokokker 2 Candida albicans 2 Candida glabrata (Trulopsis glabr) 1 Candida parapsilosis 2 Corynebacterium striatum 1 Difteroide staver 2 Enterococcus faecalis 4 Gram positive kokker 1 Leuconostoc species 1 Peptostreptokokker, (anaer strept) 1 Porphyromonas ginggivalis 1 Prevotella buccae 1 Prevotella buccalis 1 Prevotella species 1 Propionibacterium acnes 2 Pseudomonas aeruginosa 3 Staph. Koagulase neg. (hvite staph.) 14 Staphylococcus aureus 3 Streptococcus anginosus (milleri) 2 Streptococcus pneumoniae 1 Sum 46 14

7.2.5 ESBL, MRSA og VRE Antall personer med 1 bakterieisolat med ESBL (utvidet betalaktamase), MRSA (Meticillinresistente Staphylococcus aureus eller VRE (Vancomycin-resistente enterokokker) Inneliggende Poliklinisk Total Inneliggende Poliklinisk Total Positive Positive Positive Positive ESBL 12 5 17 16 22 38 MRSA 6 42 48 10 40 50 VRE 2 0 2 1 0 1 7.2.6 Patogene tarmbakterier utenom Salmonella (funn i avføringsprøver) 7.2.7 Salmonella serotyper 2006 Aeromonas hydrophila 1 Aeromonas species 7 Aeromonas veronii 1 Campylobacter coli 4 Campylobacter jejuni 210 Enterohemorrhagisk e.coli (EHEC) 11 Enteroinvasiv e.coli 1 Enteropatogen e.coli (EPEC) 5 Enterotoksigen e.coli (ETEC) 9 Plesiomonas shigelloides 2 Shigella flexnerii 5 Shigella sonnei 2 Yersinia enterocolitica 10 2006 Salmonella agona 1 Salmonella arizonae 1 Salmonella augustenborg 1 Salmonella blockley 1 Salmonella bovis morbificans 1 Salmonella brandenburg 1 Salmonella corvallis 1 Salmonella derby 1 Salmonella dublin 1 Salmonella durham 1 Salmonella enterica 5 Salmonella enteritidis 64 Salmonella give 1 Salmonella goald coast 1 Salmonella hadar 1 Salmonella heidelberg 2 Salmonella infantis 2 Salmonella isangi 1 Salmonella jangwani 1 Salmonella javiana 2 Salmonella kedougou 1 Salmonella newport 1 Salmonella paratyphi b 1 Salmonella saint-paul 2 Salmonella species 11 Salmonella stanley 8 Salmonella typhi 2 Salmonella typhimurium 17 Salmonella umbilo 1 Salmonella virchow 5 Salmonella weltevreden 1 Sum 140 15

7.2.8 Funn Tb-laboratorium 2006 Mycobacterium avium intracellulare 6 Mycobacterium gordonae 2 Mycobacterium intracellulare 2 Mycobacterium malmoense 1 Mycobacterium peregrinum 1 Mycobacterium simiae 1 Mycobacterium tuberculosis 15 Syrefaste staver 32 7.2.9 Parasitter 2006 Ancylostoma duodenale (hakeorm) egg 1 Apatogene am\becyster 95 Ascaris lumbricoides 6 Ascaris lumbricoides egg 4 Blastocystis hominis 8 Clonorchis sinensis 1 Dicrocoelium dendriticum (egg) 1 Entamoeba histolytica/dispar 23 Enterobius vermicularis 1 Enterobius vermicularis egg 1 Giardia lamblia cyster mik/eia 27/30 Hakemark egg (ancylostoma eller necator) 5 Hymenolepis nana egg 10 Pneumocystis carinii 3 Schistosoma mansoni 2 Strongyloides stercoralis larver 3 Taenia species egg 2 Trichuris trichiura egg 15 Sum 172 16

7.2.10 Sopp 2006 Acremonium kiliense 1 Exophiala dermatitidis 1 Aspergillus candidus 3 Exophiala species 5 Aspergillus flavus 12 Fusarium oxysporum 5 Aspergillus fumigatus 34 Fusarium species 1 Aspergillus glaucus 1 Fusobacterium species 1 Aspergillus niger 27 Geotricum species 2 Aspergillus ochraceus 1 Gjærsopp 2 279 Aspergillus species 5 Gram positive kokker 1 Aspergillus terreus 3 Kloeckera apis 1 Aspergillus versicolor 3 Malassezia furfur (pityrosporum orb) 60 Aureobasidium melanogenum 1 Malassezia furfur (pityrosporum ovale) 24 Aureobasidium species 3 Microsporum audouinii 1 Candida albicans 2 532 Microsporum canis 5 Candida dubliniensis 8 Muggsopp 110 Candida famata (torulopsis candida) 3 Paecilomyces variotii 1 Candida glabrata (torulopsis glabr) 145 Penicillium species 17 Candida guilliermondii 5 Phaeoannellomyces werneckii 1 Candida inconspicua 2 Pichia farinosa 1 Candida kefyr (pseudotropicalis) 6 Rhodotorula mucilaginosa 1 Candida krusei 24 Rhodotorula rubra 2 Candida lipolytica 1 Rothia mucilaginosa 1 Candida lusitaniae 8 Saccharomyces cerevisiae 72 Candida norvegensis 3 Scopulariopsis brevicaulis 16 Candida parapsilosis 98 Trichophyton mentagrophytes 7 Candida sake Trichophyton mentagrophytes 3 var/interdigitale 1 Candida species 7 Trichophyton mentagrophytes var/mentagrophytes 3 Candida tropicalis 26 Trichophyton rubrum 328 Candida valida 1 Trichophyton soudanense 2 Chrysosporium species 2 Trichophyton species 3 Cladosporium species 2 Trichophyton tonsurans 2 Cryptococcus neoformans 1 Trichophyton violaceum 9 Dermatofytter 356 Trichosporon mucoides 6 Epidermophyton floccosum 2 Zygosaccharomyses species 1 Sum 3 439 17

7.3 Funn: virus 7.3.1 Antistoffpåvisning i tårevæske (IgA-immunflourescens) 7.3.2 Antigenpåvisning i fæces (EIA) Adenovirus 8 0 Herpes simplex virus 12 9 Varicella-zoster virus 0 0 Sum 20 9 Adenovirus 29 66 Astrovirus 18 43 Rotavirus 73 295 Sum 120 404 7.3.3 Viruspåvisning i cellekultur Adenovirus 72 59 Cytomegalovirus 45 25 ENTEROVIRUS - (ikke poliovirus) 72 57 Herpes simplex virus type 1 142 71 Herpes simplex virus type 2 19 4 Humant metapneumovirus 35 1 Influensavirus 41 0 Influensavirus a 5 64 Influensavirus b 0 41 Parainfluensavirus 76 5 Parainfluensavirus type 1 37 12 Parainfluensavirus type 2 8 7 Parainfluensavirus type 3 21 38 Respiratorisk syncytialt virus 148 89 Rhinovirus 16 20 Varicella/zoster virus 20 2 Sum 683 495 7.3.4 Viruspåvisning ved immunfluorescens direkte på materiale HSV 2 0 Influensa A 8 5 Influensa B 1 9 Parainfluensa 21 20 RSV IF 114 91 VZV IF 4 1 Sum 150 126 18

7.4 Funn: genteknologiske undersøkelser 7.4.1 PCR (antall positive) Adenovirus - PCR: 120 175 Influensa B virus PCR : 17 94 Bartonella henselae - PCR: 0 0 Kvalitativ HIV-PCR : 1 0 Bordetella parapertussis - PCR 0 0 Kvantitativ CMV-PCR : 23 8 Bordetella pertussis - PCR: 136 206 Kvantitativ EBV-PCR : 48 39 Chlamydia pneumoniae - PCR : 12 17 Legionella pneumophila PCR : 11 2 Chlamydia psittaci - PCR : 0 0 Listeria monocytogenes PCR : 1 1 Coronavirus - PCR : 1 44 mec A-gen: 327 553 Coronavirus NL63 PCR : 0 0 Met.res.Staph.aureus PCR 324 545 Cytomegalovirus - PCR : 121 93 Metapneumovirus - PCR : 64 27 DNA/RNA- ekstraksjon: 0 0 Morbilli - PCR: 0 0 Enterohemor. E.coli (EHEC)PCR: 18 64 Mycobacterium PCR: 1 0 Enteroinv. E.coli/Shigella PCR 11 7 Mycobacterium tuberculosis PCR 44 34 Enterotoxinprod. E.coli - PCR 14 10 Mycoplasma genitalium PCR : 24 17 Enterovirus - PCR : 144 168 Mycoplasma pneumoniae PCR : 111 253 Enterovirus-PCR 7 1 Neisseria Meningitidis PCR 1 3 Epstein-Barr virus PCR: 199 228 Norovirus PCR : 396 516 Exfoliativt toxin (A/B) PCR: 5 6 nuc-gen: 358 607 Francisella tularensis PCR 10 1 Nuclisens DNA/RNA- ekstraksjon 0 0 Gruppe B streptokokker - PCR 2 1 Orfvirus - PCR: 5 8 HCV - PCR : 609 230 Parainfluensavirus PCR: 17 19 HCV kvantitering : 170 81 Parvovirus B19 - PCR : 4 27 Helicobacter pylori PCR 262 262 Pneumocystis jiroveci PCR: 0 2 Hepatitt B virus kvant. PCR 112 80 Pneumolysin PCR 20 23 Hepatitt B virus- PCR : 144 90 P-valentine Leucocidin PCR: 1 1 Hepatitt C virus - genotyping: 113 46 Resp.syncitialt(RS)-virus PCR: 44 85 Hepatitt G - PCR : 1 1 Rhinovirus - PCR : 171 208 Herpes simplex virus - PCR : 784 735 Staph.aureus PCR 0 2 HIV kvantitering : 482 235 Staphylococcus PCR: 6 8 Human papillomav-pcr konsensus 105 100 Tropheryma Whippeli PCR : 0 3 Humangenomisk DNA - PCR : 0 30 Ureaplasma urealyticum PCR : 0 1 Humant bocavirus PCR: 0 27 Vancomycin res.(van A ) PCR: 1 0 Humant Herpesvirus 6 - PCR : 11 4 Vancomycin res.(van B ) PCR: 1 0 Humant Herpesvirus 7 - PCR : 0 0 Vancomycin res.(van C1) PCR: 0 1 Humant Herpesvirus 8 - PCR : 3 2 Vancomycin res.(van C2) PCR: 1 2 Influensa A virus PCR : 84 101 Varicella Zoster virus - PCR : 196 189 Sum 5898 6323 19

7.4.2 Funn agens i spinalvæske ved PCR Positive Positive Cytomegalovirus - PCR : 0 2 Enterovirus - PCR : 46 49 Epstein-Barr virus PCR: 13 16 Gruppe B streptokokker - PCR 0 1 Herpes simplex virus - PCR : 10 15 Humant Herpesvirus 6 - PCR : 0 1 Listeria monocytogenes PCR : 0 1 mec A-gen: 0 1 Mycoplasma pneumoniae PCR : 0 3 Neisseria Meningitidis PCR 1 0 Pneumolysin PCR 9 11 Staphylococcus PCR: 2 6 Tropheryma Whippeli PCR : 0 1 Varicella Zoster virus - PCR : 9 5 Sum 83 109 7.4.3 Chlamydia trachomatis PCR (antall positive prøver) Chlamydia trachomatis 1739 1992 7.4.4 Bakterieidentifkasjon ved sekvensering av 16S rrna genet 2006 Actinobacillus actinomycetemcomitans 1 Enterococcus faecalis 1 Fusobacterium species 1 Granulicatella adiacens 1 Lactobacillus species 3 Moraxella atlantae 1 Propionibacterium acnes 1 Tropheryma whipplei 1 Clostridium species 2 Bacillus species 1 Anaerob gram negativ uidentifisert stavbakterie 1 Anaerob gram positiv stav (Turibacter sanguinis) 1 Eggerthella species 1 Solobacterium moorei 1 Campylobacter gracilis 1 Moraxella nonliquefaciens 1 Brucella species 1 Streptococcus sanguis 1 Capnocytophaga canimorsus 1 Capnocytophaga species 1 Streptomyces species 1 Eggerthella lenta 1 Granulicatella species 1 Paenibacillus species 1 SUM 27 20

7.4.5 Adenovirus sekvensering 7.4.6 Enterovirus sekvensering Adenovirus 01 15 11 Adenovirus 02 23 12 Adenovirus 03 21 5 Adenovirus 04 0 1 Adenovirus 05 0 1 Adenovirus 06 5 0 Adenovirus 08 3 6 Adenovirus 19 1 3 Adenovirus 22 1 1 Adenovirus 31 0 1 Adenovirus 35 1 0 Adenovirus 37 8 4 Adenovirus 40 2 0 Adenovirus 41 23 26 Sum 103 71 7.4.7 HPV-typing ved sekvensering Coxsackie A2 1 0 Coxackie A5 0 1 Coxsackie A6 1 1 Coxsackie A9 3 5 Coxsackie B2 0 3 Coxackie B3 0 2 Coxsackie B4 2 2 Coxsackie B5 3 0 Echovirus 3 3 1 Echovirus 5 1 0 Echovirus 7 1 0 Echovirus 9 1 0 Echovirus 11 1 1 Echovirus 14 0 2 Echovirus 18 0 4 Echovirus 30 0 7 Enterovirus 71 0 6 Sum 17 35 Type 6 2 6 Type 11 1 1 Type 16 38 36 Type 18 3 8 Type 30 3 1 Type 31 14 16 Type 33 4 4 Type 35 1 5 Type 39 7 2 Type 45 7 5 Type 51 1 0 Type 52 6 2 Type 53 3 0 Type 58 11 8 Type 59 4 0 Type 66 0 2 Type 67 0 1 Type 68 1 3 Type 70 1 4 Sum 107 104 7.4.8 Hepatitt C virus genotyping Genotype 1 38 38 Genotype 2 7 5 Genotype 3 60 39 Genotype 4 2 0 Utypet 1 Sum 107 83 21

7.5 Medieproduksjon 7.5.1 Produksjon av faste dyrkingsmedier Dyrkningsmedium Antall skåler 2005 Antall skåler 2006 Blod-agar 138 750 142 129 MacConkey-agar 87 581 76 719 FA-agar 18 258 17 640 Resistens-agar 32 748 21 565 Sjokolade-agar 24 269 26 722 MNYC-agar 5 828 4 995 Saboraud-agar 19 274 18 687 SSI-agar 12 535 16 238 Andre 82 766 106 201 Sum 422 009 430 896 7.5.2 Produksjon av medier/reagenser på flasker og rør Medium/reagens Antall flasker og rør 2005 Antall flasker og rør 2006 Stuart transportmedium 14 131 17 862 Cary Blair 8 951 9 286 Virus transportmedium 6 901 8 910 Løwenstein Jensen medium 2 630 1 700 Saltvanns- og PBSrør 69 936 87 376 GBS-buljong 1 731 2 095 Anaerob-buljong 5 056 5 224 Andre 59 334 70 192 Sum 168 670 202 645 7.5.3 Produksjon av medier/reagenser/oppløsninger Tot.prod volum Liter 2005 Liter 2006 Sum 12 544 13 887 22