Mikrobiologisk avdeling

Mikrobiologisk avdeling ÅRSRAPPORT 2012

Mikrobiologisk avdeling, Sykehuset i Vestfold HF (SiV- HF), har som mål å dekke behovet for mikrobiologisk service for befolkningen i eget sykehusområde, samt å gi råd og veiledning i bruk av tjenestene. Avdelingens visjon er: Mikrobiologisk avdeling, et ledende laboratorium innen service, kvalitet og kompetanse. Virksomheten består hovedsaklig av pasientrettet diagnostikk av bakterie-, parasitt-, sopp- og virusinfeksjoner. Prøver mottas fra primærhelsetjenesten samt fra spesialisthelsetjenesten i og utenfor sykehus. Avdelingen er organisert i Klinikk Medisinsk Diagnostikk (KMD). Foruten Mikrobiologisk avdeling omfatter klinikken Sentrallaboratoriet, Avdeling for Patologi, Radiologisk avdeling samt Prestetjenesten. Fra 010112 ble også Fysioterapiavdelingen en del av klinikken. Mikrobiologiske Mikrobiologiske % øking fra undersøkelser 2012 undersøkelser 2011 2011-12 Totalt antall: 517 631 Totalt antall: 484 158 6,9 % Bakteriologi: 233 513 Bakteriologi: 223 965 4,2 % Infeksjonsimmunologi: Infeksjonsimmunologi: 165 992 163 828 1,3 % Genteknologi: 118 126 Genteknologi: 96 365 22,6 % Tabellen viser total økning av antall analyser fra 2011-12, størst økning hadde genteknologisk enhet forårsaket av Mycoplasma pneumoniae utbruddet. Organisering Avdelingen ledes av avdelingssjef sammen med to seksjonsledere som har ansvaret for hver sin seksjon; fagseksjon og laboratorieseksjon. Kvalitetskoordinator og IKT-koordinator er organisert i stab til avdelingssjef. Det ble ikke gjennomført noen organisatoriske endringer i 2012. Avdelingen ble tilført en ny overlegestilling i forbindelse med øking av antall analyser i forhold til HSØ-avtalen. Stillingen var vakant i 2012. Avdelingen utarbeidet i 2012 visjon og måldokument. Bemanning pr. 31.12.12 Avdelingssjef Bodil T. Ruud Kvalitetskoordinator Hilde Kaasa IKT-koordinator Liv Brown Seksjonsleder fag Avdelingsoverlege Nils Grude Seksjonsleder lab. Wenche Håkegård Årsverk 47,8 Avdelingssjef 1 Avdelingsoverlege 1 Seksjonsleder 1 Kvalitetskoordinator 1 IKT-koordinator 1,5 Overlege 3 Lege i spesialisering (gr. 2) 2 Genteknolog (Dr.scient) 1 Bioingeniør 28 Lab.assistent 3 Helsesekretær 5,3 Råd og utvalg * Avdelingssjef Bodil T. Ruud er medlem av RUFMIK (Rådgivende utvalg for mikrobiologi)bfi-nito * Kvalitetskoordinator Hilde Kaasa er medlem i RUFKA (Rådgivende utvalg for kvalitetsutvikling og akkreditering)bfi-nito. * Overlege Dagfinn Skaare er vitenskaplig sekretær i NordicAST og leder i AFA (Arbeidsgruppen for antibiotikaspørsmål). * Avdelingsoverlege Nils Grude er medlem i Spesialitetskomiteen i medisinsk mikrobiologi og faglig rådgiver for ASP(Antibiotikasenteret for primærmedisin), UiO. Han er også med i forskningsutvalget ved SiV. * Konstituert overlege Øystein Haarklau Johansen sitter i styret for NFMM(Norsk forening for medisinsk mikrobiologi) Kontakt med brukere, utdanning og kursvirksomhet Det er et utstrakt samarbeid mellom avdelingens leger og de kliniske avdelinger når det gjelder diagnostikk og rådgiving om pasientbehandling. Faste samarbeidsmøter er etablert med barneleger, infeksjonsmedisinere og leger på intensivavdelingen. Avdelingens leger har også nær kontakt med allmennpraktikere via telefon og møter for generell informasjon om våre tjenester samt rådgivning i behandling av den enkelte pasient. Overbioingeniør Toril Svendsen har utadrettet kontakt med interne og eksterne rekvirenter når det gjelder veiledning i prøvetaking og forsendelse av mikrobiologiske prøver. 2

Avdelingen har ukentlig internundervisning med aktuelle faglige tema. Personalet har deltatt på diverse kurs, kongresser og faglige møter gjennom året. Forskningsprosjekter * Kromosomal betalaktamresistens og klonalitet hos Haemophilus influenzae. Del av Ph.d-studium ved Universitetet i Tromsø for overlege Dagfinn Skaare. Prosjektgruppen består for øvrig av Dr.scient I.L. Anthonisen, overbioingeniør A. Lia og overbioingeniør A. Hannisdal. Prosjektet innebærer: Fenotypisk og genotypisk karakterisering av H.influenzae-isolater med non-betalaktamasemediert betalaktamresistens Kartlegging av klonalitet og horisontal spredning av resistensgener som medvirkende årsak til økt forekomst av resistente stammer Dagfinn Skaare har fra september 2012 hatt 50 % forskerstilling ved SIV for å fullføre sitt doktorgradarbeid * Genotyping av kryptosporidiose i Norge utvikling av laboratoriemetoder for molekylær epidemiologi og utbruddsoppklaring. Ved lege i spesialisering Øystein Haarklau Johansen i samarbeid med Dr.scient I.L. Anthonisen, Nasjonalt folkehelseinstitutt og Norges veterinærhøgskole * Singel mecillinamresistens hos E. coli. Ved avdelingsoverlege Nils Grude i samarbeid med professor Andrew Jenkins (Høyskolen i Telemark). Nils Grude har deltatt i flere eksterne prosjekter innen UVI, E. coli samt borreliose. * Prevalenskartlegging Mycoplasma genitalium og Ureaplasma urealyticum. Ved bioingeniør Liv Kjersti Paulsen. * Borreliose og PCR. Dr. scient. Inger-Lill Anthonisen og avdelingsoverlege Nils Grude * Blodkulturporsjekt i Etiopia; avdelingsoverlege Nils Grude og overlege Thor-Henrik Henriksen Andre prosjekter Etiopiaprosjektet Sykehuset har inngått et samarbeid via Fredskorpset om utveksling av kompetanse mellom SiV og to sykehus i Addis Abeba; Black Lion Hospital og Yekatit 12 Hospital. Mikrobiologisk avdeling har stort engasjement i forhold til dette prosjektet og flere representanter har vært og besøkt disse to sykehusene. Fra 12. februar til 12. august har avdelingen hatt hospitering av en bioingeniør fra hvert av de to sykehusene i Etiopia. De har fått en innsikt i hvordan mikrobiologisk avdeling er organisert, håndtering og oppfølging av mikrobiologiske prøver og kjennskap til ny teknologi. Overbioingeniør Anne Britt Lerkerød har hospitert i 6 måneder på de to sykehusene fra 20. august 2012. Bildet viser fra venstre: Ayelign Derebe Kindie, Kebede Fufa Gemechu og Charlotte Markussen. Publikasjoner 2012 Publikasjoner: Nasjonalt folkehelseinstitutt: Rapport: Utbrudd av kryptosporidier blant skolebarn på leirskole, uke 10-12 i 2012. Medforfatter Øystein Haarklau Johansen JCM Recovery og Bordetella pertussis from PCR-positive nasopharyngeal samples is dependent on bacterial load-vestrheim, Steinbakk, Bjørnstad, Moghaddam, Reieton, Dahl, Grude og Sandven Nasjonalt folkehelseinstitutt: Strategi rapport, Laboratoriediagnostikk ved borreliose: Grude, Tveten, Stutzer, Hoddevik og Aaberge. Rapport Ringtest for bakteriologi, mykologi og parasittologi 3/2011, medforfatter Øystein Haarklau Johansen. Abstrakt: FHI 48. årskonferanse i mikrobiologi og immunologi; Utbrudd av kryptosporidiose blant skoleelever på leirskole: Lang H. Vild L, Johansen ØH, Ribertson L, Sørilie K, Lund V, Thranan F, Nelke C, Nygård K. FHI 48. årskonferanse i mikrobiologi og immunologi; Mycoplasma pneumoniae i allmennpraksis; Vestfold fylke, Høsten 2011- Mats Foshaug, Maria Vandbakk- Ruther, Dagfinn Skaare, Nils Grude og Morten Lindbæk. 3

Markering av 40-års jubileum for mikrobiologisk avdeling. Mikrobiologisk avdeling markerte 40 års jubileum ved å invitere alle medarbeidere, pensjonister, klinikksjef, rådgiver og avdelingssjefer i klinikken til jubileumsmiddag på Gimle selskapslokaler 13. april 2012. Våre etiopiske hospitanter deltok også i markeringen. Det ble en minnerik aften med tilbakeblikk på utviklingen innen medisinsk mikrobiologi, ressursøking og ikke minst øking av arealer ved innflytting i nye lokaler i laboratoriebygget i 1993. Kvalitetsarbeid Avdelingen er akkreditert etter NS-EN ISO 15189. Det ble søkt ytterligere utvidelse av akkrediteringsomfanget høsten 2012. Avdelingen har kontinuerlig høyt fokus på avvik og avvikshåndtering og kvalitetsforbedrende tiltak. Avdelingen er også godkjent etter forskrift av 7.mars 2008 om krav til kvalitet og sikkerhet ved håndtering av humane celler og vev. Dokumentstyringssystem for kvalitetsarbeidet er Elektronisk kvalitetshåndbok fra Datakvalitet AS i Tromsø og for avviksbehandlingen brukes TQM Helse fra TQM Partner AS i Skien. Avdelingen deltar i nasjonale og internasjonale systemer for ekstern kvalitetskontroll/ sammenlignende laboratorieprøving (SLP). Vi deltar i nasjonale Ringtester fra Folkehelseinstituttet innen bakteriologi og virologi/ serologi. I forbindelse med rapportering av resistensdata for invasive isolater til EARSS deltar vi også i SLP fra EARSS. Videre deltar vi i en rekke SLP-programmer innen bakteriologi, parasittologi, antibiotikaresistens, virologi/serologi, molekylærbiologi og immunologi fra UK NEQAS, EQUALIS, INSTAND, QCMD og Immuno- Concepts. Det ble i 2012 innført ekstern kvalitetskontroll Labquality, Legionella-antigen og Pneumokokkantigen. Avdelingens kvalitetsråd har hatt 11 møter i 2012. Det er utarbeidet årsrapport. Revisjonsteamet utførte 7 interne revisjoner. Avdelingen hadde intern revisjon i forbindelse med innføring av sykehusets satsning om miljøsertifisering etter standard ISO 14001. Tilsynet ble gjennomført 23. febr. 2012. Fokusområder var forurensning -ytre miljø, avfallkildesortering og produktkontroll-substitusjonsplikt Eksterne tilsyn: Legemiddelverket hadde revisjon av Blodbanken i januar 2012, i den forbindelse hadde de tilsyn også ved infeksjonsimmunologisk enhet. KMD hadde tilsyn fra Tollvesenet 1. oktober i forhold til Tollvesenets forskrift av 11. desember 2011 nr 1451 om særavgifter 5-9 stiller krav til organisasjoner som benytter udenaturert teknisk etanol. Mikrobiologisk avdeling var også omfattet av dette tilsynet. Avdelingen hadde oppfølgingsbesøk som ble omgjort til et fornyelsesbesøk fra NA 29. og 30. november 2012. IKT-utvikling Avdelingen anvender fagsystemet Miclis. Miclis sender svarrapporter til Dips. Elektronisk rekvirering i Dips ble ikke innført i 2012, men det ble fra Sykehuspartner lagt til rette for oppstart av testing av elektronisk rekvirering for interne rekvirenter på SiV. SiV er pilot for prosjektet interaktiv henvisning og rekvirering (IHR) som er igangsatt av HSØ. Det ble satt i gang en pilotering av IHR på et legekontor i Tønsberg fra 1. juni. Elektronisk rekvirering gjøres i tillegg til papirrekvisisjon som følger prøven. IKT koordinator har sittet i prosjektgruppa for nytt felles dataprogram for laboratoriene og det ble våren 2012 valgt et nytt felles labdatasystem for HSØ, labdatasystem C5LIMS levert av Software Point, hvor forventet implementering på SiV er satt til 2016. Implementering av elektronisk dokumentasjon av arbeidsprosesser som erstatter manuell dokumentasjon ble gjennomført i løpet av 2012. Rekvisisjoner blir skannet inn i Skandale i Miclis. Utvikling og innføring av nye metoder/utstyr Preanalytisk enhet Det har i løpet av 2012 vært fokus på avvik knyttet opp mot preanalytisk enhet. Det har vært registrert samleavvik på mangelfull samsvar mellom prøvemateriale, transportmedium og ønskede undersøkelser og samleavvik på prøve og rekvisisjon som ikke har vært merket tilfredsstillende med pasientens personalia(identitetssikring). Avvikene med tilhørende tiltak har blitt diskutert i kvalitetsrådet. Det har vært innført endringer i forhold til prøveflyt til de respektive fagområdene. Avdelingen har økt fokus på å yte god service for eksterne og interne rekvirenter. Enhetsansvarlig har drevet informasjon/ kurs og oppsøkende virksomhet i forhold 4

bedre samhandling mellom rekvirent og avdeling. Informasjon til rekvirentene om endring av prøvetakingsmedier i forhold til omlegging av clamydiadiagnostikk ble også utført. Bakteriologisk enhet Enheten har fortsatt pågående opplæring for bioingeniører/lis leger. Enheten hadde også et hovedansvar for etiopierne som hospiterte ved avdelingen i 6 måneder. Skålmerkemaskin ble installert nov./des. 2012, testing og utprøving pågikk ut året. Det er innført elektronisk arbeidskort i påvente av elektronisk rekvirering. Infeksjonsimmunologisk enhet Enheten tok i bruk nytt utstyr fra Montebello, Panther for Clamydia trachomatis diagnostikk, fra mai 2012. Dette er et helautomatisk analyseinstrument med stor analysekapasitet. Enheten har også fått anskaffet et BEP 2000 til erstatting for Vidas og for kapasitetsøkning. Genteknologi Enheten utvikler kontinuerlig in-house PCR metodikk for ulike agnes. Enheten måtte også våren 2012 håndtere stor prøvemengde i forhold til pågående utbrudd av mykoplasma pneumoniae. Det arbeides kontinuerlig med forbedring av metodene, CE-merking og automatisering av analyseprosessen innen genteknologi. Samarbeid med andre laboratorier. Mikrobiologisk avdeling ved SiV har etablert et godt samarbeid med Seksjon for laboratoriemedisin ved ST- HF, hvor vi årlig har etablert formelle samarbeidsmøter. Avdelingen har et godt samarbeid med henvisningslaboratorier hvor vi har inngått skriftelige avtaler. Arealer Mikrobiologisk avdeling disponerer ca 1200 m². NØKKELTALL FOR AVDELINGEN Antall undersøkelser % total % endring 2011 2012 2012 2012 Generelle og spesielle bakteriologiske us. 198998 210543 40,68 5,80 Tilleggstester / videreforsendelse m.m. 49468 49438 9,55-0,06 Mykologiske og parasittologiske us. 15048 16104 3,11 7,02 Mykobakterie us. 62 74 0,01-14,94 Bakterieantistoffer 24668 24380 4,71-1,17 Protozoantistoffer 4649 4952 0,96 6,52 Immunologiske undersøkelser m.m. 52355 55079 10,64 5,20 Viruspåvisning 74350 91508 17,68 23,08 Virusantistoffer 64541 65469 12,65 1,44 SUM 484164 517547 100,00 6,89 ANTALL UNDERSØKELSER FORDELT PÅ ENHETER Antall undersøkelser % total % endring 2011 2012 2012 2012 Bakteriologisk enhet 224527 239574 46,29 6,70 Infeksjonsimmunologisk enhet 96393 112877 21,81 17,10 Genteknologisk enhet 163244 165096 31,90 1,13 SUM 484164 517547 100,00 6,89 5

ANTALL UNDERSØKELSER FORDELT PÅ ENHETER OG KATEGORI REKVIRENTER Totalt Innl.andre HF Innlagte SiV Polikliniske Blodgivere 2011 2012 2011 2012 2011 2012 2011 2012 2011 2012 Bakteriologisk seksjon 224527 239574 31102 31901 64015 71833 126967 133020 2443 2820 Serologi/ virus seksjon 163244 165096 2821 1258 13449 13616 107569 111360 39405 38862 Nukleinsyre seksjon 96393 112877 7625 9214 15216 26503 73552 77160 0 0 SUM 484164 517547 41548 42373 92680 111952 308088 321540 41848 41682 PRODUKSJON AV MEDIER OG REAGENSER Laboratoriet er selvforsynt med de fleste medier. I 2012 ble det produsert i alt 363858 skåler eller rør, en økning på 6,3 % fra 2011. (237517 i 2006, 215197 i 2007, 239423 i 2008, 307758 i 2009 og 317370 i 2010 og 342241 i 2011). 6

GENERELLE OG SPESIELLE BAKTERIOLOGISKE UNDERSØKELSER Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn* 2011 2012 2011 2012 Aerob dyrkning (ikke spesifisert) 33490 34940 - - Anaerob dyrkning 6558 7121 - - Blodkultur aerob/anaerob dyrkning inkl. mikroskopi 26690 30559 949 1085 Blodgiver bakt.undersøkelser (bl.a. trombocyttkonsentrat) 2390 2822 - - Urin dyrkning 37943 39518 - - Spinalvæske dyrkning 417 516 8 2 Spinalvæske antigentest (6 ag.) 66 134 0 1 Pneumokokk antigentest 184 167 11 6 Salmonella dyrkning 3999 4064 56 66 Shigella dyrkning 3927 3992 0 3 Yersinia dyrkning 3936 3994 8 9 Campylobact. dyrkning 3971 4069 135 166 Enterohemorrhagisk/Enteropatogen E.coli dyrkning 438 520 0 4 Enterohemorrhagisk E.coli (EHEC) (PCR) 413 494 2 2 Gonokokk dyrkning 698 659 5 9 Meningokokk dyrkn. (nese/hals) 53 56 - - Corynebacterium diphteriae dyrkning 1 0 1 0 Vibrio dyrkning (kolera) 134 157 0 0 Bordetella pertussis dyrkning (kikhoste) 24 15 2 0 Bordetella pertussis (PCR) 13008 14436 277 264 Bordetella parapertussis/holmesii (PCR) parapertussis 12835 14436 111 111 Bordetella parapertussis/holmesii (PCR) holmesii positive - - 11 5 Legionella antigentest 223 177 2 3 Legionella dyrkning 11 5 1 0 Leishmania dyrkning 0 1 0 0 Burkholderia cepacia dyrkning 29 39 0 0 Helicobacter pylori dyrkning 8 17 2 6 Borrelia (PCR) 18 10 0 2 MRSA dyrkning 5305 5478 - - MRSA Mec A (PCR) 5 3 - - MRSA (PCR) 74 85 - - MRSA Direkte påvisning (PCR) 299 314 - - Resistensbestemmelse 26859 27134 - - VRE 3 56 - - ESBL 0 84 - - Chlamydia trachomatis PCR 10705 10938 633 918 Mycoplasma genitalium DNA (PCR) 607 576 17 24 Ureaplasma urealyticum DNA (PCR) 598 577 60 77 Clostridium difficile toksin A og B 1760 1688 162 153 Mikroskopi (ikke feces eller blodkultur) 1319 692 - - QuantiFeron - TB Gold videreforsendelse 396 373 - - Prøver til videreforsendelse 1294 1335 - - Tilleggstester (ikke spesifisert) 47778 47730 - - SUM 248466 259981 2453 2916 7

BLODKULTUR Av totalt 30559 blodkulturflasker er det funnet vekst hos 1085 pasienter. Følgende agens er isolert (kun funn hvor det er gjort resistensbestemmelse er tatt med): 2011 2012 Acinetobacter baumannii 2 1 Acinetobacter lwoffi 1 2 Achromobacter xylosoxidans 0 1 Actinobaculum massiliae 1 0 Acinetobacter sp. 0 1 Actinomyces meyeri 1 0 Actinomyces odontolyticus 1 1 Aeromonas caviae 0 1 Aerococcus urinae 1 0 Aerococcus viridans 1 0 Allloscardovia omnicolens 0 1 Anaerobe gram negative staver 0 1 Anaerob gram positiv staver 1 0 Anaerobe gram positive bakterier 0 3 Anaerob bakterie 1 0 Anaerobe staver 0 2 Bacillus cereus 0 3 Bacillus sp. 1 3 Bacteroides caccae 0 1 Bacteroides fragilis 16 15 Bacteroides thetaiotaomicron 2 2 Bacteroides uniformis 3 4 Bacteroides vulgatus 1 4 Bacteroides sp. 0 2 Bifidobacterium sp. 1 0 Burkholderia cepacia 1 0 Burkholderia sp. 0 1 Campylobacter jejuni 0 1 Candida albicans 7 3 Candida glabrata 2 1 Capnocytophaga canimorsus(df2) 1 0 Citrobacter braakii 1 0 Citrobacter freundii 0 5 Citrobacter koseri 1 3 Citrobacter sp. 0 1 Clostridium clostridiiforme 1 0 Clostridium cadaveris 1 0 Clostridium hathewayi 0 1 Clostridium innocuum 1 1 Clostridium perfringens 4 2 Clostridium ramosum 1 2 Clostridium septicum 1 0 Clostridium symbiosum 1 0 Clostridium tertium 2 0 Clostridium sp. 3 1 Corynebacterium amycolatum 0 1 Corynebacterium pseudodiphtericum 0 1 Corynebacterium sp. 3 2 Cronobacter sakazakii 0 2 Delftia acidovorans 0 1 Dialister pneumosintes 0 1 E.coli 264 268 E.coli (AmpC+) 0 1 8

E.coli (ESBL+) 0 13 Eggerthella lenta 0 1 Enterobacter aerogenes 0 2 Enterobacter asburiae 1 2 Enterobacter cloacae 16 18 Enterobacter sp. 0 2 Enterococcus avium 0 1 Enterococcus casseliflavus 2 0 Enterococcus faecium 11 19 Enterococcus faecalis 46 39 Enterococcus gallinarum 3 1 Fusobacterium necrogenes 0 1 Fusobacterium necrophorum 0 1 Fusobacterium nucleatum 2 0 Fusobacterium sp. 1 1 Francisella philomiragia 0 1 Flavonifractor plautii 0 1 Gemella haemolysans 0 1 Granulicatella adiacens 0 2 Haemophilus influenzae- BNAR 14 2 Haemophilus influenzae 0 4 Haemophilus influenzae type F 1 0 Haemophilus parainfluenzae 0 1 Hafnia alvei 1 0 Klebsiella oxytoca 13 13 Klebsiella pneumoniae 47 50 Kluyvera cryocrescens 1 0 Laktobasillus rhamnosus 2 1 Listeria monocytogenes type 1 1 0 Microaerofile difteroider 0 1 Micrococccus luteus 1 6 Micromonas sp. 2 0 Moraxella catarrhalis 0 1 Moraxella osloensis 0 1 Moraxella sp. 1 0 Morganella moganii 3 0 Neisseria meningitidis gr. B 1 0 Neisseria meningitidis 0 1 Neisseria sicca 1 0 Nocardia farcinica 1 1 Pantoea sp. 1 0 Parvimonas micra 0 1 Pediococcus sp. 1 0 Peptoniphilus harei 1 0 Peptostreptococcus anaerobius 0 1 Peptostreptokokker 3 0 Prevotella bivia 0 1 Prevotella intermedia 1 1 Prevotella sp. 1 0 Propionibacterium acnes 1 0 Proteus mirabilis 21 6 Pseudomonas aeruginosa 17 20 Raoultella ornithinolytica 0 2 Raoultella planticola 2 0 Rothia mucilaginosa 1 1 Salmonella Enteritidis 3 1 Salmonella Eppendorf 1 0 9

Blodkultur fortsetter 2011 2012 Salmonella Heidelberg 1 0 Salmonella Newport 1 0 Salmonella oranienburg 1 0 Salmonella typhimurium 2 0 Salmonella sp. 0 1 Serratia marcescens 10 2 Shewanella putrefaciens 0 1 Sphingomonas paucimobilis 2 1 Staphylococcus aureus 128 119 Staphylococcus capitis 6 8 Staphylococcus caprae 2 0 Staphylococcus equorum 0 1 Staphylococcus epidermidis 46 50 Staphylococcus epidermidis (methicillinresistent) 0 1 Staphylococcus haemolyticus 2 4 Staphylococcus hominis 25 45 Staphylococcus lugdunensis 2 3 Staphylococcus lutetiensis 0 1 Staphylococcus saprophyticus 1 1 Staphylococcus sciuri 0 1 Staphylococcus warneri 0 3 Staphylococcus xylosus 0 1 Stenotrophomonas maltophilia 1 1 Beta-hemolyt. Strept. gr. A 1 1 Beta-hemolyt. Strept. gr. A (Strept.pyogenes) 18 9 Beta-hemolyt. Strept. gr. B 1 0 Beta-hemolyt. Strept. gr. B (Strept. agalactiae) 9 19 Beta-hemolyt. Strept gr.c (S.dys.equisimilis) 4 3 Beta-hemolyt. Strept gr.g (S.canis) 1 0 Beta-hemolyt. Strept gr.g (S.dys.equisimilis) 14 4 Beta-hemolyt. Strept gr.g (S.dys.galactiae) 0 3 Streptococcus anginosus (Milleri gr.) 9 8 Streptococcus bovis 1 0 Streptococcus constellatus (Milleri gr.) 2 2 Streptococcus cristatus 0 1 Streptococcus dysgalactiae 0 2 Streptococcus gordonii 2 2 Streptococcus infantarius 0 1 Streptococcus intermedius (Milleri gr.) 3 3 Streptococcus milleri 0 1 Streptococcus mitis 2 1 Streptococcus mutans 1 1 Streptococcus mitis/oralis 1 0 Streptococcus oralis 2 6 Streptococcus parasanguis 2 2 Streptococcus pneumoniae 84 49 Streptococcus pneumoniae, penicillinintermediær 0 3 Streptococcus salivarius 3 5 Streptococcus sanguinis 1 0 Streptococcus sanguis 2 0 Grønne (alfa-hemolytiske) Streptokokker 0 1 Sutterella wadsworthensis (SWAD) 1 0 Veillonella parvula 0 1 SUM 949 941 10

SPINALVÆSKER Det ble dyrket 516 spinalvæsker aerobt. Som tabellen nedenfor viser hadde 3 pasienter positiv spinalvæske med reelle funn. Antall pasienter Antall pasienter med pos. funn samme funn i bl.k. 2011 2012 2011 2012 Beta-hemolyttiske streptokokker gr.b 1 1 1 1 Neisseria meningitidis gr. B 1 0 1 0 Streptococcus pneumoniae 5 1 4 1 Staphylococcus aureus 0 1 0 1 Capnocytophaga canimorsus (DF2) 1 0 1 0 SUM Totalt antall positive dyrkninger 8 11 7 3 Streptococcus pneumoniae vokste ikke, men i preparat ble det påvist Gram positive diplokokker og antigen testen var positiv. MYKOBAKTERIER Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn 2011 2012 2011 2012 Syrefaste staver i direkte preparat 87 74 6 2 GONOKOKKER Det ble utført til sammen 659 dyrkninger og påvist gonokokker hos 9 pasienter i 2012. 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 Gonokokker 15 6 0 10 10 3 4 9 7 2 5 9 16 14 12 10 8 6 4 2 0 Årlig antall pasienter med påvist gonokokker 2001-2012 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 11

BLODKULTUR Det ble utført til sammen 16119 dyrkninger med henblikk på Salmonella (4064), Shigella (3992), Yersinia (3994) og Campylobacter (4069). Antall pasienter med pos. funn 2011 2012 Salmonella Agona 1 0 Salmonella Brandenborg 1 0 Salmonella Bovismorbificans 2 1 Salmonella Chester 0 1 Salmonella Corvallis 2 1 Salmonella Derby 0 1 Salmonella Enteritidis 21 28 Salmonella Enterica subspecies Enterica gr.o:4,monofasisk variant 4 14 Salmonella Heidelberg 1 0 Salmonella Hvittingfoss 0 1 Salmonella Johannesburg 0 1 Salmonella Kenya 1 0 Salmonella Kedougou 0 1 Salmonella Liverpool 0 1 Salmonella Mikawasima 0 1 Salmonella Minnesota 0 1 Salmonella Montevideo 1 1 Salmonella Newport 1 1 Salmonella Oranienburg 1 0 Salmonella Paratyphi B 2 2 Salmonella Poona 1 0 Salmonella Saintpaul 3 0 Salmonella Stanley 4 1 Salmonella Thompson 1 0 Salmonella Typhimurium 6 8 Salmonella Zanzibar 2 0 Salmonella Uganda 0 1 Salmonella Virchow 1 0 Sum Salmonella 56 66 Shigella boydii 0 1 Shigella flexneri 0 1 Shigella sonnei 0 1 Sum Shigella 0 3 Yersinia enterocolitica serogruppe O 3 3 2 Yersinia enterocolitica serogruppe O 9 3 0 Yersinia enterocolitica serogruppe 5, biotype 1 0 1 Yersinia enterocolitica serogruppe 5, biotype 1A 0 1 Yersinia enterocolitica serogruppe 5,27 0 1 Yersinia enterocolitica serogruppe 16 apatogen 1 0 Yersinia enterocolitica biotype 1 1 1 Yersinia enterocolitica biotype 1A 0 1 Yersinia enterocolitica biotype 3 0 1 Yersinia frederiksenii serogruppe 3 apatogen 0 1 Sum Yersinia 8 9 Campylobacter jejuni 126 157 Campylobacter coli 4 8 Campylobacter fetus 1 0 Campylobacter upsaliensis 0 1 Campylobacter sp. 4 0 Sum Campylobacter 135 166 SUM 199 244 Alle Salmonella, Shigella og Yersiniastammer er sendt Folkehelseinstituttet. 12

MYKOLOGISKE OG PARASITTOLOGISKE UNDERSØKELSER Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn 2011 2012 2011 2012 Gjærsopp, muggsopp 13939 14524 - - Dermatofytter 536 692 112 126 Cryptosporidier (IF) 100 227 1 16 Andre parasitter 473 661 19 20 SUM 15048 16104 132 162 DERMATOFYTTER OG MUGGSOPP Antall pasiente med pos. funn 2011 2012 Trichophyton mentagrophytes 6 8 Trichophyton rubrum 98 102 Trichophyton tonsurans 1 5 Trichophyton verrucosum 0 1 Trichophyton violaceum 5 8 Trichophyton soudanense 2 2 Epidermophyton floccosum 0 1 Scopulariopsis brevicaulis 1 0 Microsporum canis 3 0 Aspergillus sp. 12 11 Aspergillus flavus 1 3 Aspergillus fumigatus 23 17 Aspergillus niger 17 13 Aspergillus terreus 0 1 Tritirachium sp. 1 0 SUM 170 172 PARASITTER Det ble mottatt 661 fecesprøver til mikroskopi med følgende funn. Antall pasienter med pos. funn 2011 2012 Ascaris lumbricoides (spoleorm) 0 2 Enterobius vermicularis 5 4 Entamoeba histolytica/ entamoeba dispar cyster 1 0 Entamoeba coli 4 2 Giardia lamblia cyster 7 8 Hakeorm egg 0 1 Hymenolepis nana 1 2 Taenia species 1 0 Trichuris trichiura 0 1 SUM 19 20 13

CHLAMYDIA TRACHOMATIS 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 Positive prøver 587 530 556 552 565 590 691 628 687 633 811 891 918 Antall undersøkelser 11584 11423 10866 10311 9862 9759 9854 9236 8386 8298 10705 10705 10938 Andel pos. prøver av tot. 5,07 4,64 5,12 5,35 5,73 6,05 7,01 6,80 8,19 7,63 7,58 8,32 8,39 1000 900 800 700 600 500 400 300 200 100 0 Antall positive Chlamydia prøver 2000-2012. 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 10,00 % Positive Chlamydiaprøver beregnet ut fra totalt antall. 8,00 6,00 4,00 2,00 0,00 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 14

RESISTENSUTVIKLING Antall pasienter med aktuelt funn per år. Det er ikke korrigert for funn hos samme pasient tidligere år. Det er ikke korrigert for utvikling i antall undersøkte prøver eller endringer i brytningspunkter. 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 E.coli ESBL-A 10 32 37 57 70 112 161 178 E.coli AmpC 10 10 8 27 24 K.pneumoniae ESBL-A 3 5 2 0 4 6 8 12 K.pneumoniae AmpC 1 1 0 0 0 Proteus mirabilis ESBL-A 1 1 2 Proteus mirabilis AmpC 1 1 2 P.aeruginosa Meropenem IR 19 30 28 47 39 Acinetobacter spp. Meropenem IR 0 4 2 3 1 S.aureus MRSA 17 23 30 21 38 41 49 63 Pneumokokker Benzylpenicillin IR 12 6 7 11 17 22 17 18 E.faecalis VRE 0 0 0 0 0 1 0 2 E.faecium VRE 0 0 2 0 0 0 0 1 H.influenzae Cefotaksim R 6 1 0 2 2 15

ANTISTOFFUNDERSØKELSER BAKTERIEANTISTOFFER Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn * 2011 2012 2011 2012 AST 278 280 - - DNase B 278 279 - - Borrelia IgG 7080 7341 2 1 Borrelia IgM 7085 7353 1 1 Borrelia IgG nevro 984 665 6 5 Borrelia IgM nevro 984 665 9 3 Borrelia C6 peptid IgG 875 735 - - Borrelia immunoblot IgG 171 209 - - Borrelia immunoblot IgM 179 215 - - TBE IgG 0 68 - - TBE IgM 0 65-3 Bordetella pertussis IgA 554 230 0 25 Bordetella pertussis IgG 554 230 - - Bordetella pertussis toxin 0 232-12 Helicobacter pylori IgG 1361 1694 - - TP IgG/IgM 989 947 - - TP IgG/IgM - Blodgivere 717 610 1 0 TP IgG/IgM - Gravide 2579 2562 - - Chlamydophila IgM 685 0 14 0 Mycoplasma pneumoniae IgM 695 0 34 0 RPR 0 0 - - TP IgG/IgM 891 989 - - TP IgG/IgM - Blodgivere 892 717 0 1 TP IgG/IgM - Gravide 2697 2579 - - SUM 24668 24380 19 50 *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert, oppgitt kun 1 gang pr. agens. Det er påvist Syfilis antistoff (TP IgG/IgM) hos 17 pasienter. PROTOZOANTISTOFFER Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn * 2011 2012 2011 2012 Toxoplasma IgG/IgM 795 0 - - Toxoplasma IgG 1935 2480 - - Toxoplasma IgM 1919 2472 3 1 SUM 4649 4952 3 1 16

IMMUNOLOGISKE UNDERSØKELSER m.m. Antall undersøkelser 2011 2012 anti-ccp 4427 4618 Ra-test 4423 3439 RF IgM 0 1181 ANA 4480 4631 anti n-dna (nativt) 4475 4626 anti-ssa 4476 4626 anti -SSB 4476 4626 anti-rnp 4476 4626 anti-sm 4476 4626 anti-scl-70 4476 4626 anti-jo-1 4475 4626 Centromere 4476 4626 HLA-B27 DNA (PCR) 1243 2013 PR3 (c-anca) 989 1094 MPO (p-anca) 987 1095 SUM 52355 55079 VIRUSPÅVISNING - ANTIGEN OG NUKLEINSYRE Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn *) 2011 2012 2011 2012 Adenovirus DNA (PCR) 373 520 12 18 Adenovirus (feces) 599 695 12 15 Chlamydophila pneumoniae DNA (PCR) 13246 15062 169 73 Cytomegalovirus DNA (PCR) 724 1061 29 32 Enterovirus RNA (PCR) 566 745 69 69 HBsAg 4433 4914 32 26 HBsAg - Blodgivere 12058 11862 0 0 HBeAg 73 126 - - Hepatitt C RNA PCR 983 1041 219 103 Herpes simplex virus type 1 DNA (PCR) 1214 1384 171 163 Herpes simplex virus type 2 DNA (PCR) 1214 1384 108 85 Humant metapneumovirus RNA (PCR) 2046 3227 94 219 Influensa A virus RNA (ikke H1N1) (PCR) 5016 8746 49 920 Influensa A H1N1 virus RNA (PCR) 159 104 120 3 Influensa B virus RNA (PCR) 5011 8745 210 67 Mycoplasma pneumoniae DNA (PCR) 13249 15062 1347 492 Norovirus RNA (PCR) 2331 1373 654 159 Parainfluensa 1,2,3,4 RNA (PCR) 4911 8742 218 253 Parecho RNA (PCR) 554 743 10 7 Respiratorisk syncytialvirus RNA (PCR) 2046 3226 371 379 Rotavirus 599 696 66 97 Sapovirus RNA (PCR) 2331 1365 25 20 Varicella-zoster virus DNA (PCR) 614 685 80 96 SUM 74350 91508 4065 3296 *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert. 17

VIRUS UNDERSØKELSER Til sammen 3565 virusundersøkelser som ga holdepunkt for aktuelle infeksjoner i 2012 bedømt ut fra påvisning av agens eller positiv IgM. Antall pasienter med positive funn 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 SUM POS VIRUS 1033 1520 1571 1873 1473 1461 1480 1753 1734 2829 2492 323 269 Positive virus undersøkelser 2000-2012 5000 3750 2500 1250 0 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 VIRUSANTISTOFFER Antall undersøkelser Antall pasienter med pos. funn *) 2010 2011 2010 2011 Cytomegalovirus IgG 2152 2109 - - Cytomegalovirus IgM 2138 2092 23 10 Heterofile antistoffer 567 363 6 2 Epstein-Barr virus NA IgG 2823 2694 - - Epstein-Barr virus VCA IgG 2823 2694 - - Epstein-Barr virus VCA IgM 2826 2701 171 154 Epstein-Barr virus immunoblot IgG 112 92 - - Epstein-Barr virus immunoblot IgM 111 91 - - Hepatitt A virus IgG 1348 1574 - - Hepatitt A virus IgM 90 115 0 1 Hepatitt B virus core Ig 4431 4960 - - Hepatitt B virus core Ig Blodgivere 2496 2508 0 0 Hepatitt B virus e Ig 80 133 - - Hepatitt B virus s Ig 4540 4996 - - Hepatitt C virus - Blodgivere 12053 11930 0 0 Hepatitt C virus - Pasienter 4069 4438 100 80 Hepatitt C virus (RIBA) 151 155 - - HIV - Blodgivere 12053 11952 0 0 HIV - Gravide 2555 2535 1 0 HIV - Pasienter 3527 3615 4 7 Parvovirus B19 IgG 535 598 - - Parvovirus B19 IgM 534 598 18 15 Puumala virus IgM 15 16 0 0 Rubellavirus IgG 2133 2067 - - Varicella-zoster virus IgG 379 443 - - Parvovirus B19 IgM 487 534 11 18 Puumala virus IgM 5 15 1 0 Rubellavirus IgG 2142 2133 - - Varicella-zoster virus IgG 297 379 - - Varicella-zoster virus IgM 81 0 1 0 SUM 64541 65469 323 269 *) Kjente positive prøver og kontroller er ikke inkludert, oppgitt kun 1 gang pr. agens 18

Kontaktinformasjon Mikrobiologisk avdeling Besøksadresse: Halfdan Wilhelmsens allé 17 Postadresse: Postboks 2168, 3103 Tønsberg Ekspedisjon: tlf 33 34 27 45 (mandag-lørdag: 08.00 15.30) Fax: 33 34 39 39 Se Mikrobiologisk avdelings nettside på www.siv.no/mikrobiologi Se nettside for nedlasting eller kontakt oss for tilsendelse av informasjonsbrosjyre. Foto: Morten Rakke 19