Francisella diversitet i Norge -akvatisk miljø Duncan J. Colquhoun Samuel Duodu Veterinærinstituttet Seksjon for bakteriologi
Men.hvorfor? Tularemi (harepest) i pattedyr... Francisellose i torsk in Norge + andre land. Francisellose i laks i Chile.. Francisellose i tilapia i mange land.. Francisellose i bløttdyr (Abalone)... F. philomiragia i miljø (og pattedyr)..i Norge? Andre varianter som venter nye oppdrettsarter i Norge?
Francisella spp. hele verden 100 100 2811 92 5598 2806 2804 2801 5597 100 B28 2803 5596 99 2796 2799 5411 2793 2797 98 2802 100 2795 NVIB21 2800 2810 100 25017 2794 100 5409 Dyr og miljø 0,02 100 100 5666 0609611 0609319 S 0509498 0509481 0509511 100 5330 0609074 0609130 0609508 0509512 AL1106 GA3548 GA3549 WY96 100 SCUH LVS 100 OSU18 fisk F. noatunensis subsp. noatunensis Dyr F. tularensis subsp. tularensis type A/B
Tularemi (Francisella tularensis)
Francisella tur 2010 12 dager Prøver tatt: Ca. hver 30 km Harstad Ørnes Sandnessjøen Storuman Steinkjer Alta Kirkenes 149 sjø/sediment 64 ferskvann Ålesund Bergen 6211 km kjørt! Kolbotn Sandnes Kragerø
Bakgrunn/Resultater Tidspunkt Sent august/tidlig september Høyest vanntemperatur Høyest biologisk aktivitet Vanntemperatur Sjøvann: Ferskvann: 9,4 21,2 o C 7,7 20,3 o C
Prøvetaking/ lokaliteter
Prøvebehandling Fem prøver ble tatt per lokalitet (5-10m i mellom) Hver prøve: 50 ml vann/sediment Kjølig Sendte Oslo fra Reg. labene Frosset (-20 o C) ved ankomst i Oslo DNA ekstrahering ved Powersoil Kit Dyrkning bortvalgt pga plass/arbeids kapasitet Fokus på PCR
Phylum Class Domain Clonal complexes Family Genus Order Species Multi- husholdningsgener Enkelte husholdningsgener 16S rrna
Amplifisering av Francisella gensekvenser 16S rrna Primere tilgengelig i litteraturet Gir informasjon om positiv/negativ men forholdvis grovt redskap for differensiering mellom Francisella linjer Husholdnings-gener sdha (primere tilgengelig i litteraturet) Brukt tidligere i andre studier, tillater sammenligning.. purcd (designet in house ) God resolusjon blant «miljø typer»
Tilfeldig funn
Primær resultater Ingen positiver blant ferskvannsprøvene 45/149 sjøvannsprøver positiv (30 %) med 16S primere 28/45 positiv (62%) med sdha primere 27/45 positiv (60%) med purcd primere
Lokaliteter positiv for Francisella gensekvenser Polarsirklen
Diversitet blant Francisella sekvensene 100 90 (JQ027631) 62 (JQ027619) 123 (JQ027632) 86a (JQ027624) 93 55 86b (JQ027625) 97 Francisella sp. TX077310* (EU848560) 118 (JQ027633) 44 96 005a# (AY968291) 70 119 (JQ027634) 57 32 112 (JQ027628) Francisella sp. TX077308* (EU848559) 87 (JQ027627) 104 (JQ027622) 100 54 (JQ027620) F. philomiragia clinical isolate (DQ314206) F. philomiragia CCUG 19701 (EF364047) F. philomiragia NVI B21 (EF364048) 34 F. philomiragia CCUG 13404 (EF364049) 42 F. philomiragia CCUG 12603 (EF364050) F. philomiragia MB71 (EU503155) 71 (JQ027635) F. philomiragia ATCC 25017 (AY928395) 32 F. noatunensis subsp. orientalis PQ1104 (EU597812) 67 MB33 (EU503153) F. philomiragia 081407-14 (EU503168) 034b# (AY968301) 23 F. noatunensis subsp. noatunensis 2006-Chile (AM403242) 66 F. noatunensis subsp. noatunensis NVI 06/09/130 (EF490217) 142 (JQ027626) 53 (JQ027630) 83 (JQ027621) 027b# (AY968288) 61 Francisella sp. TX076608* (EU848558) MB98 (EU492359) 95 F. tularensis subsp. tularensis FSC237 (AY968226) F. tularensis subsp. holarctica UT01-1901 (AY968232) 93 F. tularensis subsp. mediasiatica FSC149 (AY968236) F. tularensis subsp. novicida FSC 040 (AY968237) 039a# (AY968284) 47 F. hispaniensis FnSp1 (FJ997642) 100 139 (JQ027623) 045a# (AY968303) 92 (JQ027629) 43 16S rrna 98 0.05
Diversitet blant Francisella sekvensene 54 (JQ0277654) 90 (JQ027657) 56 43 Francisella cantonensis 08HL01032 (FJ939310.1) 23 63 (JQ027655) 64 52 (JQ027653) 74 (JQ027656) 99 Francisella sp- TX077308 (CP002872) 99 118 (JQ027658) 140 (JQ027660) 119 (JQ027659) 100 F. noatunensis subsp. orientalis FSC 770 (JQ027670) F. noatunensis subsp. orientalis FSC771 (JQ027669) F. philomiragia ATCC 25018 (JQ027661) 99 F. philomiragia ATCC 25017 (CP000937) F. philomiragia ATCC 25016 (JQ027662) 57 93 37 77 86 F. philomiragia FSC039 (AY968281) F. noatunensis subsp. noatunensis PQ 1106 (PQ027668) F. noatunensis subsp. noatunensis SVA 78/04 (JQ027664) F. noatunensis subsp. noatunensis NVI 7061 (JQ027667) F. noatunensis subsp. noatunensis NCIMB 14265 (SQ027665) F. philomiragia CCUG 12603 (JQ027666) 38 F. philomiragia FSC154 (JQ027663) F. tularensis subsp. holarctica FSC539 (JQ027675) F. tularensis subsp. tularensis FSC054 (JQ027673) 97 F. tularensis subsp. tularensis SCHU4 (AJ749949) F. tularensis subsp. holarctica FTNF002-00 (CP000803) F. tularensis subsp. holarctica FSC021 (JQ027676) 27 F. tularensis subsp. mediasiatica FSC148 (JQ027671) 67 F. tularensis subsp. mediasiatica FSC147 (CP000915) F. novicida FSC595 (JQ027688) 56 Wolbachia persica FSC845 (JQ027678) 39 60 F. hispaniensis FSC454 (JQ027690) F. novicida fx2 FSC159 (JQ027672) F. novicida fx1 (CP002557) 0.05 sdha
Diversitet blant Francisella sekvensene 74a (JQ027644) 83 (JQ027647) 97 53 (JQ027639) 46 (JQ027637) 61 (JQ027641) 78 98 81 62 (JQ027642) 52 (JQ027638) 75 74b (JQ027645) 72 (JQ027643) 106 (JQ027649) Francisella sp. TX077308 (CP002872) 89 81 119 (JQ027650) 92 (JQ027648) 79 (JQ027646) 23 F. philomiragia FSC154 (JQ027681) 78 125 (JQ027652) F. philomiragia ATCC 25017 (CP000937) 6 F. philomiragia ATCC 25016 (JQ027680) 77 95 F. philomiragia ATCC 25018 (JQ027679) 123 (JQ027651) 51 54 (JQ027640) 100 F. noatunensis subsp. orientalis PQ1104 (JQ027692) F. noatunensis subsp. orientalis PQ1105 (JQ027686) F. noatunensis subsp. noatunensis NCIMB 14265 (JQ027684) 91 F. noatunensis subsp. noatunensis DSM 18777 (JQ027683) F. noatunensis subsp. noatunensis SVA 78/04 (JQ027682) 100 F. noatunensis subsp. noatunensis PQ 1106 (JQ027687) F. noatunensis subsp. noatunensis NVI 7061 (JQ027685) 29 54 60 0.05 purcd s37a F. novicida 3523 (CP002558) F. hispaniensis FSC454 (JQ027690) F. novicida FSC595 (JQ027688) F. tularensis subsp. tularensis NE061598 (CP001633) F. tularensis subsp. tularensis SCHU4 (AJ749949) 88 F. tularensis subsp. mediasiatica FSC147 (CP000915) F. tularensis subsp. tularensis WY-963418 (CP000608) 100 F. tularensis subsp. tularensis FSC198 (AM286280) F. tularensis subsp. holarctica FSC021 (JQ027691) F. tularensis subsp. novicida U112 (CP000439) 43 F. tularensis subsp. novicida fx2/fsc159 (JQ027689)
Resultatene oppsummert: Francisella først og fremst marinbakterier Påvist høy prevalens og diversitet blant Francisella spp. i sjøvann i Norge sør for polarsirklen Helt sikkert en undervurdering av både diversitet og prevalens Flere ubeskrevet typer identifisert. F. noatunensis ikke funnet tross bredt tilstedeværelse (i torsk) i sør og vest Norge! Nå er vi klarere for mulig nye sykdommer i nye oppdrettsarter...
Takk til Geir Bornø og Cecilie VI Harstad Torkjel Bruheim VI Trondheim Hanne Nilsen VI Bergen Marianne Heum og Fredsvold VI Oslo Inger-Lise Engen VI Oslo Peder Jansen VI Oslo NFR for økonomisk støtte