Elucigene QST*R -produkter Veiledning til analyseprogramvaren

Elucigene QST*R -produkter Veiledning til analyseprogramvaren Produsert av: Gen-Probe Life Sciences Ltd. Oaks Business Park Crewe Road Wythenshawe Manchester M23 9HZ, Storbritannia Salg, kundetjeneste og teknisk støtte: T: +49 (0) 6122 7076451 F: +49 (0) 6122 7076155 E: eucustomerservice@hologic.com E: eutechnicalsupport@hologic.com AN000GSNO Rev.10/2013 Side 1 av 29

GeneMapper-analyse Introduksjon Følgende avsnitt beskriver prosedyrene for prøveanalyse av Elucigene QST*R-resultater med bruk av Applied Biosystems GeneMappers programvarepakker (versjon 3.7 eller større) og hvordan tabelldata plasseres i Excel-malen for QST*R-rapporter. Analyseprosessering Analyseprosesseringen av prøver er oppsummert i flytdiagrammet nedenfor: AN000GSNO Rev.10/2013 Side 2 av 29

GeneMapper Åpne programfilen GeneMapper og importer de nødvendige FSA-filene ved å klikke på knappen add samples to project (legg til prøver til prosjektet). Naviger til ønsket kjøringsmappe ved hjelp av mappetreet på venstre side i vinduet. Velg mappen og klikk på knappen Add to List >> (legg til på listen). Kjøringsmappen vises nå i vinduet samples to add (prøver som skal legges til). Et dobbeltklikk på kjøringsmappeikonet i dette vinduet viser alle FSA-filer som skal importeres (Figur 1). Prøvene blir deretter lagt til ved å klikke på knappen Add (legg til). Figur 1: Prøver som er klar til å legge til i prosjektet AN000GSNO Rev.10/2013 Side 3 av 29

Importere QST*R analyseinnstillinger i GeneMapper Manager (GeneMapperstyring) Det er nødvendig å importere QST*R-innstillingene for GeneMapper. Denne prosessen kontrolleres gjennom grensesnittet for GeneMapper Manager (GeneMapper-styring). Innstillingene for QST*R GeneMapper er tilgjengelig fra Gen-Probes nettsted: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Åpne programmet GeneMapper Manager (GeneMapper-styring) ved å klikke på ikonet (Figur 2 og 3). Figur 2: Åpne GeneMapper Manager (GeneMapper-styring) Figur 3: Grensesnitt for GeneMapper Manager (GeneMapper-styring) AN000GSNO Rev.10/2013 Side 4 av 29

2. Velg kategorien Analysis Methods (analysemetoder) og klikk deretter på importknappen. 3. Naviger til og importer nødvendig(e) QST*R-fil(er) med analyseinnstillingene: 3130 eller 3500 (Figur 4). Figur 4: Importere analysemetoder 4. Gjenta fremgangsmåten, velg den aktuelle kategorien og importer korresponderende filer for: Table Settings (tabellinnstillinger) Plot Settings (plottinnstillinger) Size Standards (størrelsesstandarder) Merknad: Cluster Plot Settings (klyngeplot-innstillinger), Matrices (matriser), SNP Sets (SNP-sett) og Report Settings (rapportinnstillinger) krever ikke import av filer. AN000GSNO Rev.10/2013 Side 5 av 29

Importere QST*R panelinnstillinger i Panel Manager (panelstyring) Det er nødvendig å importere QST*R panel- og bin-innstillinger for GeneMapper. Denne prosessen kontrolleres gjennom grensesnittet for Panel Manager (panelstyring). QST*R GeneMapper panel- og bin-innstillinger er tilgjengelige fra Gen-Probes nettsted: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Åpne Panel Manager-programmet ved å klikke på -ikonet. 2. Klikk på Panel Manager (panelstyring) i venstre navigasjonsvindu. Panelstyringen vises nå uthevet i blå farge. 3. Velg File/Import Panels (fil/import paneler). Naviger til og importer GeneMapperpanelfilen anan000 gmbf*.txt (Figur 5). 4. Panelfilen vises nå i venstre navigasjonsvindu. Klikk på panelfilen og påse at den er uthevet i blå farge. 5. Velg File/Import Bin Set (fil/import bin-sett). Naviger til og importer bin-filen GeneMapper anan000 gmbf*.txt (Figur 6). 6. Klikk på Apply (bruk) og klikk deretter på OK. Figur 5: Importere QST*R panelfil AN000GSNO Rev.10/2013 Side 6 av 29

Figur 6: Importere QST*R bin-settfil Endre analyseparameterfilen Det er mulig at standard Analysis Ranges (analyseområder) i analyseinnstillingene for QST*R må endres for å redegjøre for lokale varianser i kjøringsforholdene. Minimum analyseområde avhenger av kapillaritet og polymeret som brukes under dataoppsamling. Vise dine gjeldende analyseinnstillinger: 1. Åpne GeneMapper Manager (GeneMapper-styring). 2. Velg kategorien Analysis Methods (analysemetoder). Den importerte QST*R-filen vil bli oppført som QSTR Analysis (QSTR-analyse). 3. Klikk på QSTR Analysis (QSTR-analyse). Raden blir nå uthevet. 4. Klikk på knappen Open (åpne) og velg kategorien Peak Detector (toppdetektor) (Figur 7). Analyseområdene er satt som standard til 2.000 og avsluttes med 18.000. AN000GSNO Rev.10/2013 Side 7 av 29

Figur 7: Analyseområde Finne riktig analyseområde for ditt laboratorium: 1. Dobbeltklikk på den importerte kjøringsmappen i hovedvinduet GeneMapper hvis du skal vise listen over FSA-filer den inneholder. 2. Velg en FSA-fil. 3. Et klikk på kategorien Raw data (rådata) viser elektroferogrammet over rådata. 4. Bruk den første toppen på størrelsesstandarden (for eksempel 75 bp GS500LIZ) som veiledning og bestem et datapunkt som er omtrent 100 datapunkt større (Figur 8). Dette bestemmer det laveste punktet i det analyserbare området. 5. Sørg for at maksimum analyseområde innbefatter den største toppen i størrelsesstandarden (for eksempel 500 bp GS500LIZ eller 600 bp GS600LIZv2). 6. Sett inn de nye verdiene QST*R analysefil (tilgang til filen beskrives ovenfor). AN000GSNO Rev.10/2013 Side 8 av 29

Figur 8: Finne minimumsområdet ved hjelp av prøverådata Analysere importerte QST*R-filer 1. I hovedvinduet for GeneMapper velges QST*R Table Settings (QST*R tabellinnstillinger) (Figur 9). Figur 9: Rullemenyen for QST*R Table settings (tabellinnstillinger) 2. I hovedvinduet for GeneMapper velges den første cellen under Analysis Method (analysemetode) og velg enten QSTR Analysis 3130 (QSTR-analyse 3130) eller QSTR Analysis 3500 (QSTR-analyse 3500) fra rullemenyen. Gjenta prosessen for størrelsesstandard, velg QSTRLIZ500 eller QSTRLIZ600 fra rullemenyen. 3. Velg QSTR gm* -panelet og klikk på det aktuelle underpanelet (Figur 10). 4. Fyll ut hver kolonne ved å velge kolonneoverskriften og bruke Ctrl-D -tastene. 5. Klikk på for å starte prøveanalysen. Tilordne prosjektnavn når du blir bedt om det. AN000GSNO Rev.10/2013 Side 9 av 29

Figur 10: Velge innstillinger for QST*R-panelet Gjennomgå QST*R-data 1. Velg prøven som skal analyseres (uthev prøveraden). 2. Klikk på for å Display Plots (vise plotter). 3. Velg QST*R Plot settings (plottinnstillinger) (Figur 11). Figur 11: QST*R plottinnstillinger, rullemeny 4. Plottvinduet viser prøveprofil med tabulerte data (Figur 12). Minimum to topper for hver markør blir merket automatisk av GeneMapper. Hvis tre alleler er tilstede for en markør, skal den tredje umerkede toppen merkes manuelt (se: Manuell redigering av profiler). Merknad: Allelstørrelsesområdene for hver markør er basert på tidligere observerte data. Sjeldne alleler kan falle utenfor den gitte markørens størrelsesområdet og det kan være nødvendig å justere bin-settet i samsvar med dette. 5. Det anbefales at Single click editing (redigere med enkeltklikk) er aktivert i plottvinduet. Dette gjøres ved å velge Alleles/set click editing (alleler/still inn klikkredigering) og påse at dette alternativet er avmerket. AN000GSNO Rev.10/2013 Side 10 av 29

Figur 12: Prøveplottvinduet viser merkede spordata og korrelerende genotypetabell AN000GSNO Rev.10/2013 Side 11 av 29

Manuell redigering av profiler ADVARSEL! GeneMapper tilordner bare etiketter for opptil 2 topper per markør. Manuell redigering av profiler kan derfor være nødvendig, det vil si ved tilordning av etiketter til 3. topper (hvis dette er tilstede) eller fjerne etiketter fra skyggebånd (stutter peaks). Du kan legge til en toppetikett ved å venstreklikke på den umerkede toppen. Du får mulighet til å legge til allelkommentar. Klikk på OK. Toppen vil nå bli merket med sin størrelse i basepar og dens toppområde. Tabellen vil automatisk inkorporere den nylig merkede toppen. Du kan fjerne en toppetikett ved å venstreklikke på toppetiketten. Du får mulighet til å slette en allelkommentar. Klikk på OK. Toppetiketten blir nå fjernet. Tabellen fjerner de slettede toppdataene automatisk. Det finnes mer informasjon om skåring av QST*R-prøver i Elucigene QST*R: Instructions for Use (Bruksanvisning) og Guide to Interpretation (veiledningsinstruksjoner) for tolkning, tilgjengelig fra Gen-Probes nettsted: www.gen-probe.com/global/products-services/ Kopiere tabelldata 1. Uthev alle radene i tabellen nederst i plottvinduet. 2. Kopier de valgte radene ved bruk av Ctrl+C -tastene. QST*R rapportmal QST*R rapportmaler kan brukes til å bestemme topp-forholdene for en markør. Rapportmalen for hvert av produktene innen QST*R-området er tilgjengelig på Gen-Probes nettsted: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Åpne den aktuelle rapportmalfilen. 2. Hvis rapportmalen viser et sikkerhetsvarsel som angir at makroer har blitt deaktivert, klikk på alternativknappen som angitt i Figur 13. 3. Vinduet Security Options (sikkerhetsalternativ) vises (Figur 14). Velg alternativet Enable this content (aktiver dette innholdet) og klikk på OK. AN000GSNO Rev.10/2013 Side 12 av 29

Figur 13: Sikkerhetsvarsel (deaktiverte makros) Figur 14: Vinduet Security Options (sikkerhetsalternativer) (for å aktivere makroer) 4. Velg arket Import GM (importer GM) og sørg for at celle A1 er valgt. 5. Lim inn tabelldata som er kopiert fra GeneMapper ved bruk av Ctrl+V -tastene og klikk umiddelbart på Sort -knappen (sorter) (Figur 15). Merknad: All data som er limt inn MÅ velges for at Sort -funksjonen skal kjøre. 6. Velg kategorien QSTR-GM (- angir hvilket regneark som er i bruk). Resultatrapporten inneholder nå all toppinformasjon og forhold for din prøve (Figur 16). AN000GSNO Rev.10/2013 Side 13 av 29

Figur 15: Eksempel på importert GeneMapper-tabell for QST*Rplusv2 Figur 16: Eksempel på QST*Rplusv2-rapport AN000GSNO Rev.10/2013 Side 14 av 29

Skåre rapporten 1. Trisomi bestemmes av enten: a) To topper med ujevn høyde, fordi den ene av toppene representerer to alleler som er vanlige hos begge foreldrene. I dette tilfellet blir forholdet mellom de to toppene klassifisert som 2:1 eller 1:2. Der A1/A2 gir et resultat i 1,8 til 2,4-området når toppen representerer allelen med kortest lengde, er større i området enn toppen som representerer allelen med den lengste lengden, eller der A1/A2 gir et resultat i 0,45 til 0,65-området når toppen som representerer allelen med den korteste lengden er mindre i området enn toppen som representerer allelen med den lengste lengden. I begge tilfeller vises Ratio (forhold) i kolonnen Warning (advarsel). b) Tre topper med sammenlignbare høyde er tilstede. Forholdet mellom toppene blir klassifisert som 1:1:1, og verdiene deres faller innenfor det normale 0,8-1,4-området (selv for alleler som er atskilt av mer enn 24 bp, er et allelforhold på opp til 1,5 akseptabelt). I dette tilfellet vises 3 Alleles (3 alleler) i kolonnen Warning (advarsel). 2. For å tolke et resultat som unormalt (det vil si trisomi er tilstede), er det nødvendig at minst to informative markører er forenlige med en triallelisk genotype der alle andre markører er uinformative. Det anbefales ikke å tolke et resultat som unormalt, basert på informasjon fra bare én markør. 3. For å tolke et resultat som normalt, er det nødvendig at minst to informative markører er forenlige med en diallelisk genotype, der alle andre markører er uinformative. Et normalt resultat angir det normale komplementet av to for kromosomene som er testet. 4. Toppområdeforholdene som faller mellom de normale og unormale områdene klassifiseres som ufullstendige. Ufullstendige resultater kan løses ved å bruke enkeltkromosomsettene. 5. Ved fravær av noen toppdata for en markør, vises Absent (fraværende) i varslingskolonnen. Denne advarselen blir rutinemessig observert ved fravær av Y- kromosommarkører. AN000GSNO Rev.10/2013 Side 15 av 29

GeneMarker-analyse Introduksjon Følgende avsnitt beskriver prosedyrene for prøveanalyse av Elucigene QST*R-resultater ved bruk av SoftGenetics GeneMarker programvarepakker (versjon 1.65 og høyere). Bildene som brukes i dette avsnittet er tatt fra versjon 1.85 i GeneMarker-programvaren. Analyseprosessering Analyseprosesseringen av prøver er oppsummert i flytdiagrammet nedenfor: AN000GSNO Rev.10/2013 Side 16 av 29

Legge til prøvefiler i GeneMarker Åpne GeneMarker-programfilen, og velg Open Data (åpne data) ved ledeteksten. Boksen Open Data Files (åpne datafiler) vises. Klikk på Add (legg til)-knappen. Dialogboksen Open (åpne) vises. Navigere til katalogen som inneholder rådatafiler: Velg alle filene med CTRL+A eller bruk CTRL og/eller SHIFT-tastene for å velge individuelle prøver Klikk på knappen Open (åpne) i dialogboksen Open (åpne) De valgte filene vises i feltet Data File List (datafilliste) (Figur 1). Figur 1: Prøver lagt til på Data File (datafil)-listen Klikk på OK -knappen i boksen Open Data Files (åpne datafiler). Dette laster opp prøvene til GeneMarker. Programvaren vil deretter automatisk åpne vinduet Raw Data Analysis (rådataanalyse) (Figur 2). AN000GSNO Rev.10/2013 Side 17 av 29

Figur 2: Vinduet Raw Data Analysis (rådataanalyse) AN000GSNO Rev.10/2013 Side 18 av 29

Importere panelinnstillinger for QST*R GeneMarker Det er nødvendig å importere QST*R-panelinnstillingene for GeneMarker Denne prosessen kontrolleres gjennom grensesnittet for Panel Editor (panelredigering). Panelinnstillingene for QST*R GeneMarker er tilgjengelige på Gen-Probes nettsted: www.gen-probe.com/global/products-services Åpne Panel Editor (panelredigering) på rullemenyen Tools (verktøy). Figur 3: Velge panelredigering Velg Import Panels (importere paneler) fra rullemenyen File (fil). Figur 4: Importere paneler Naviger til og importer panelet, for eksempel anan0pl_gupf***.xml Merknad: * angir et tresifret versjonsnummer (for eksempel anan0pl_gupf002.xml) Gjenta prosessen etter behov for andre relevante panelfiler. AN000GSNO Rev.10/2013 Side 19 av 29

Behandle data Når rådatafilene har blitt lastet opp til GeneMarker, er de klar til prosessering. Prosesseringstrinnet inkluderer applikasjon av størrelsesstandard, filtrering av støytopper og sammenligning med et kjent allelisk panel, hvis dette ønskes. GeneMarker kombinerer alle disse trinnene i ett lettvint verktøy, kalt Run Wizard (kjøringsveiviser) (Figur 5). Du får tilgang til Run Wizard (kjøringsveiviser) ved å ganske enkelt klikke på ikonet Run Project (kjør prosjekt) i hovedverktøylinjen. Run Wizard (kjøringsveiviser) opprette en Run Template (kjøringsmal) Det er nødvendig å opprette en kjøringsmal første gang denne programvaren brukes til å analysere QST*R-data. Dette gjøres gjennom Run Wizard (kjøringsveiviser). Du får tilgang til Run Wizard (kjøringsveiviser) ved å ganske enkelt klikke på ikonet Run Project (kjør prosjekt) i hovedverktøylinjen. Tilordne et malnavn, for eksempel QSTR Velg Panel, Size Standard (størrelsesstandard), Standard Colour (standardfarge) og Analysis Type (analysetype) som vist i figur 5 nedenfor Klikk på Save (lagre) for å lagre malen for fremtidige analyser Klikk på Next (neste) for å fortsette Figur 5: Run Wizard (kjøringsveileder) Malutvelgelsesvindu AN000GSNO Rev.10/2013 Side 20 av 29

Run Wizard (kjøringsveileder) Data Process (dataprosessering) Vinduet Data Process (dataprosessering) i Run Wizard (kjøringsveileder) gjør det mulig for brukeren å velge toppfiltreringsparametre. Velg de aktuelle analyseinnstillingene i dataprosesseringsvinduet som vist i figuren nedenfor Klikk på Next (neste) for å fortsette. Merknad: Innstillingene for analyseområde i rådataanalyseboksen varierer, avhengig av polymeret som brukes under datainnsamlingen. Operatøren bør velge en startdatapunktverdi som inkluderer standardtoppstørrelsen på 75 bp. Figur 6: Run Wizard (kjøringsveileder) Vinduet Data Process (dataprosessering) Merknad: For 3500 data økes Minimum Intensity (minimum intensitet) til 150. Run Wizard (kjøringsveileder) Ekstra innstillinger Det er ikke nødvendig med ekstra innstillinger ved utførelsen av QST*R-analysen. Klikk på OK for å fortsette. AN000GSNO Rev.10/2013 Side 21 av 29

Figur 7: Run Wizard (kjøringsveileder) Ekstra innstillinger Databehandlingsboks Etter å ha klikket på OK i boksen Run Wizard Additional Settings (kjøringsveiviser ekstra innstillinger), vises boksen Data Processing (dataprosessering) (Figur 8). Rådataene behandles og ordnet etter størrelse, deretter brukes filtreringsparametrene og det valgte QST*R-panelet. Klikk på OK i dataprosesseringsboksen når analysen er ferdig. Figur 8: Databehandlingsboks AN000GSNO Rev.10/2013 Side 22 av 29

Hovedanalysevindu Hovedanalysevinduet (Figur 9) i GeneMarker har en brukervennlig utforming. Utformingen omfatter: Liste over prøvefiler vises på venstre side i vinduet. Synthetic Gel Image (syntetisk gel-bilde) vises øverst i vinduet. Data Electropherograms (dataelektroferogrammer) under gel-bildet. Report Table (rapporttabell) vises på høyre side i vinduet. I dette vinduet er det viktig å kontrollere at alle aktuelle topper i hver profil har blitt riktig beskrevet. Dobbeltklikk fortløpende på hver prøve i prøvefiltreet på venstre siden på skjermen. Høyreklikk på eventuelle aktuelle topper og velg fra alternativene i dialogboksen, for eksempel for å redigere eller slette allele, bekrefte eller avkrefte etter det som passer. Velg Applications (applikasjoner) på rullemenyen i hovedanalysevinduet øverst på skjermen. Velg Trisomy Analysis (trisomianalyse). Voksen Trisomy Analysis Settings (trisomianalyseinnstillinger) åpnes (Figur 10). Figur 9: Hovedanalysevindu AN000GSNO Rev.10/2013 Side 23 av 29

Figur 10: Innstillingsboks for trisomianalyse Merknad: For 3500 data økes Minimum Intensity (minimum intensitet) til 150. Trisomy Analysis Settings (innstillinger for trisomianalyse) I innstillingsboksen for trisomianalyse er to kategorier tilgjengelig: Analysis (Analysekategorien) Statistics Plot (Statistikkplottkategorien) Analysekategorien Analysekategorien angir de alternative terskelinnstillingene for trisomianalyse. Påse at BPG er valgt i analyseboksen og at følgende innstillinger vises. Peak Height (Topphøyde) 50: Minimumshøyde på 50 for at toppene skal benevnes. (150 hvis det brukes 3500 data) Height Ratio (Høydeforhold) 30 %: Maksimum prosent av hovedtoppen som den andre toppen må nå for at to alleler skal bli identifisert. Quantification by Peak Area (Kvantifisering etter toppområde). Shorter Length/Longer Length (Kortere lengde/lengre lengde valgt). Trisomy Ratio (Trisomitersklene) er 0,80-1,40. Apply Linear Correction (Bruk bortvalgt Linear Correction) er bortvalgt. Klikk på OK. AN000GSNO Rev.10/2013 Side 24 av 29

Vinduet Trisomy Analysis (trisomianalyse) Vinduet Trisomy Analysis (trisomianalyse) (Figur 11) gjør det mulig for operatøren å gjennomgå QST*R-prøvedata og vise forholdet mellom topper for hver markør og få tilgang til GeneMarker-rapporten. Det finnes flere skjermer som hjelper operatøren med dataanalysen: Disse er: Sample List (prøveliste) Elektroferogram Ratio Plot (forholdsplott) Rapporttabell Figur 11: Vinduet Trisomy Analysis (trisomianalyse) Du finner mer detaljert informasjon om trisomianalysekarakteristikker og bruk av disse i GeneMarker Manual (GeneMarker-håndboken). AN000GSNO Rev.10/2013 Side 25 av 29

GeneMarker-rapport GeneMarker inkluderer en rapportmal som er kompatibel med Elucigene QST*R-settene. Du får tilgang til rapporten ved å klikke på ikonet Print (skriv ut) på verktøylinjen øverst til venstre for trisomianalysevinduet. Dette åpner vinduet Trisomy Print Settings (innstillinger for trisomiutskrift) (Figur 12). Vinduet Trisomy Print Settings (trisomiutskriftsinnstillinger) Trisomiutskriftsinnstillingene beskriver i detalj alternativene ved inkludering og visualisering av prøvedata i GeneMarker-rapporten. Velg alternativene som vist i Figur 12. Påse at Custom Size Range (Tilpasset størrelsesområde) er innstilt på 98 bp (Start) og 510 bp (End). Figur 12: Vinduet Trisomy Print Settings (trisomiutskriftsinnstillinger) AN000GSNO Rev.10/2013 Side 26 av 29

Forhåndsvise GeneMarker Klikk på Preview (Forhåndsvisning) for å vise GeneMarker-rapporten (Figur 13). I dette vinduet kan operatøren gjennomgå og skrive ut toppdata fra hver prøve på tvers av alle markører og lage en enkel prøverapport på én eller to sider. Figur 13: GeneMarker-rapport GeneMarker-rapporten inkluderer følgende funksjoner: Rapportoverskrift: Inneholder informasjon om analyse, prosjekt, prøve og parametre. Underskriftboks: Dato og initial plass til rapportgranskere. Elektroferogram: Ligner trisomianalysevinduet, viser alle farger i prøvesporingen. Rapporttabell: Viser valgte topp- og markørverdier for gjeldende prøve. Trisomiresultatene vises med grå farge. Det finnes en ekstra kontrollkolonne for granskerens initialer. Korrigert forholdsplott: Inneholder hele datasettets plottpunkter for alle markører i farge. Symbolformene representerer forskjellige markører og kan tydes fra Symbol-raden i rapporttabellen. Gule symboler representerer datapunkter for den gjeldende prøven. Symboler med røde konturer representerer trisomiresultater. Merknad: Det korrigerte forholdsplottet vises på side 2 for hver prøve, bare når forholdsplottet er valgt i innstillingsboksen for utskrift av trisomirapporter. AN000GSNO Rev.10/2013 Side 27 av 29

Toppetiketter Toppetikettene er fargekodet i samsvar med kvaliteten på samsvaret mellom de detekterte toppene og observerte panel-bins. I elektroferogrammet er markørene horisontale grå streker og senteret i toppene er markert med en vertikal grå strek. Topper som faller utenfor markørene eller bins i panelet er merket med rød farge som Off Ladder (utenfor stigen) ( OL ). Merknad: Varianter i maskinpolymertype og størrelsesstandard kan gjøre det nødvendig å optimalisere markør-bins slik at programvaren kan tilpasses kjøringsforholdene som blir brukt. Mer informasjon om endring av panel-bins finnes i GeneMarker Manual (GeneMarker-håndboken) som følger med programvaren. Skåre rapporten Generelle, detaljerte retningslinjer for analyse finnes i avsnittet Analysis and Interpretation of Results (analyse og tolkning av resultater) i Instructions for Use (bruksanvisning) på Gen-Probes nettsted: www.gen-probe.com/global/products-services 1. Trisomi bestemmes av enten: a) To topper med ulik høyde, fordi én av toppene representerer to alleler, som er felles for én eller begge foreldrene. I dette tilfellet blir forholdet mellom de to toppene klassifisert som 2:1 eller 1:2. Der A1/A2 gir et resultat i 1,8 til 2,4-området når toppen representerer allelen med kortest lengde, er større i området enn toppen som representerer allelen med den lengste lengden, eller der A1/A2 gir et resultat i 0,45 til 0,65-området når toppen som representerer allelen med den korteste lengden er mindre i området enn toppen som representerer allelen med den lengste lengden. b) Tre topper med sammenlignbare høyde er tilstede. Forholdet mellom toppene blir klassifisert som 1:1:1, og verdiene deres faller innenfor det normale 0,8-1,4-området (selv for alleler som er atskilt av mer enn 24 bp, er et allelforhold på opp til 1,5 akseptabelt). Merknad: Markørene blir skravert med grå farge i rapporttabellen hvis: Toppforholdet for en markør faller utenfor de forhåndsdefinerte grensene (0,8 og 1,4). Tre alleler blir detektert. 2. For å tolke et resultat som unormalt (det vil si trisomi er tilstede), er det nødvendig at minst to informative markører er forenlige med en triallelisk genotype der alle andre markører er uinformative. Det anbefales ikke å tolke et resultat som unormalt, basert på informasjon fra bare én markør. 3. For å tolke et resultat som normalt, er det nødvendig med minst to informative markører som er forenlige med en diallelisk genotype og alle andre markører som uinformative. Et normalt resultat angir det normale komplementet av to for kromosomene som er testet. 4. Toppområdeforholdene som faller mellom de normale og unormale områdene klassifiseres som ufullstendige. Ufullstendige resultater kan løses ved å bruke enkeltkromosomsettene. AN000GSNO Rev.10/2013 Side 28 av 29

ELUCIGENE og QST*R er varemerker for Gen-Probe Life Sciences Ltd. GENEMAPPER er et varemerke for Life Technologies Corporation. GENEMARKER er et varemerke for SoftGenetics Corporation. Merknad til kjøperen: Begrenset lisens Polynucleotider merket med VIC-, NED - og PET farger og/eller bruk av disse kan være dekket av en eller flere patenter som eies av Applied Biosystems, LLC. Kjøpesummen for dette produktet inkluderer begrensede, uoverførbare rettigheter under visse krav i visse patenter tilhørende Applied Biosystems, LLC om å bruke denne produktmengden kun for kjøperens aktiviteter i forbindelse med deteksjon av mål innen human diagnostikk-feltet. Ingen andre rettigheter er overført. Mer informasjon om kjøp av lisenser i forbindelse med fargene nevnt ovenfor, kan fås ved å kontakte Director of Licensing, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California 94404, USA. Copyright 2013 Gen-Probe Life Sciences Ltd. AN000GSNO Rev.10/2013 Side 29 av 29