Universitetet i Oslo. Biologisk institutt, Institutt for Molekylær Biovitenskap, Naturhistorisk Museum

Transkript

1 Universitetet i Oslo Biologisk institutt, Institutt for Molekylær Biovitenskap, Naturhistorisk Museum Ressurskartlegging,

2 INNHOLD Biologisk institutt og Institutt for Molekylær Biovitenskap Vitenskapelig personale ved Biologisk institutt og Institutt for Molekylær Biovitenskap Utstyr og dyrkingsfasiliteter ved Biologisk institutt og Institutt for Molekylær Biovitenskap Prosjektet og/eller program innen plantebiologisk forskning Matematisk naturvitenskapelig fakultets nye satsningsområder Forskningsstasjoner og -fartøy... 7 Naturhistorisk museum, Tøyen (Botanisk hage og museum) Plantebiologisk aktivitet ved Naturhistorisk museum

3 Biologisk institutt og Institutt for Molekylær Biovitenskap 1. Vitenskapelig personale ved Biologisk institutt og Institutt for Molekylær Biovitenskap Tabell 1: Fast og midlertidig vitenskapelig personale og stipendiater Antall forskere og stipendiater per Institusjon Fast vit.ansatte Midlertidig ansatte Stipendiater Sum Biologisk institutt Inst. for Molekylær Biovitenskap SUM Utstyr og dyrkingsfasiliteter ved Biologisk institutt og Institutt for Molekylær Biovitenskap Tabell 2: Klimaregulerte fasiliteter i Biobygget (Kristine Bonnevies hus) Institusjon Fasilitet Antall rom m² totalt Kjølerom-klimaregulerte rom Klimasimuleringsrom med dagslys Vekstrom med kunstlys, lavtemp. (0 til 25 o C) 5 52 Klimasimuleringsrom (5 til 42 o C) Veksthus 3 hus á 3 rom 450 Vekstrom med kunstlys, lavtemperatur (-20 til 25 o C) 1 14 Fryserom 4 80 Klimasimuleringsrom med lab. for transgene planter (S3) (lab) SUM

4 Tabell 3: Annet utstyr til plantebiologisk forskning Institusjon/institutt UiO Biologisk og IMBV Utstyr/fasiliteter Anvendelsesområde Ekstern brukertilgang* ABI DNA sekvenseringslab DNA sekvensering Ultra-High Throughput Sequencing Platform 454 GS FLX Bioportalen Bioinformatikk plattform Elektronmikroskopisk Lab Imaging Platform - FUGE Real-time PCR Genotyping De novo genomsekvensering Resekvensering SNP analyse Metagenomics EST sekvensering BAC sekvensering Bioinformatikk Fylogenetisk analyse Nukelotid/aa statistikk Sekvensannotering Biostatistikk Populasjonsgenetikk Scanning Transmisjonsmikroskopi Ulike typer konfokal- Mikroskopi, inkl. spinning disc. 2 stk. Roche Light Cycler stk. Light Cyclers Gel and blot imaging Typhoon analyser nasjonal FUGE plattform Massespektroskopi Proteomics lab NMR DPX300, DPX200 and Varian Gemini 200/2000 MALDI-TOF LC-MSMS Separasjonsutstyr 4

5 3. Prosjektet og/eller program innen plantebiologisk forskning Tabell 4: Institutt for Molekylær Biovitenskap. Pågående prosjekter og/eller program innen plantebiologisk forskning. Prosjektnavn Startdato Sluttdato /120 Elucidation of the process of abscission using the model plant Arabidopsis and the ornamental plant poinsettia (samarbeid med UMB) /150 NARC delprosjekt - FUGE: Functional Plant Genomics /V40 GRINI - Genetic dissection of maternal effects in early embryo and endosperm development /S10 IDA - FUGE NTNU - Signal transduction in cell separation precesses - A novel, important signaling module in plants possibly involving RLKs, RopGEFs and RAC/ROP (samarbeid med NTNU) FRIBIOMOL - A novel signal transduction pathway regulating cell separation processes in plants - the IDA/IDL network and their predicted partners (samarbeidsprosjekt med NTNU) Functional genomics of cell-separation processes /S10 Epigenetic gene regulation: The 'conspiracy' between chromatin modification and transcription factors (samarbeidsprosjekt med UiB) Structural elucidation of SET-domain proteins (Knyttet til Satsningsområde PROSTRUC) /S10 - Seeds for growth - Identification of transcriptional programs controlling seed growth and development from Arabidopsis to rice /S10 - Dissection of Epigenetic Mechanisms and Transcripitional Networks in Seed Development

6 Tabell 5: Biologisk institutt. Pågående prosjekter og/eller program innen plantebiologisk forskning. Prosjektnavn Tot.bevilgn. Sluttdatto - Evolution of mating type and vegetative incompatibility genes in fungi: The dry rot fungus Serpula lacrymans as a model species A molecular phylogeny of the brown-spored agarics Dr.gradsstipendiat til From Food to Waste to Food PRO 53 BiO EAA From Food to Waste to Food: Developing gourment mushroom substrate from municipal source separated food waste and forest by-products Areal dispersal- Areal dispersal of forest fungi inferred by molecular targeting BIO NORSK WAX MM - Biologisk produkttesting S 40 Flag /140 UIB Vestre Vansjø - Utredning interngjødsling i Vestre Vansjø Krypsivprosjektet på Sørlandet "Kan næringsubalanse i vann føre til problemvekst av krypsiv?" US Insjøer Asker Undersøkelsesprogram EVOL Evolution of chloroplasts Algal toxins & polyunsaturated fatty acids: a polyketide genomic approach to safe and efficient utilisation of microalgae in bioproduction Allopolyployd evolution in plants: patterns and processes within the genus Viola SUM Matematisk naturvitenskapelig fakultets nye satsningsområder Biologisk institutt har i konkurranse med forskningsgruppene ved Mat-Nat fakultetet, fått tildelt midler til to nye satsningsområder: en nyetablering innen "Toksikologi" og et utviklingsmiljø i Microbial Evolution Research Group (MERG). Disse to satsningsområdene vil bli gitt finansiell støtte og stipendiatstillinger av Mat- Nat fakultetet for en 4 årsperiode, men det er mulighet for forlengelse. Dette er en betydelig satsning på den plantebiologiske forskningen ved Biologisk institutt. Begge satsningsområdene vil i stor grad benytte seg av fasilitetene i Fytotronen ved UiO til sine forskningsprosjekter. 6

7 SFF Senter for fremragende forskning CEES Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis ble i 2007 startet opp som et Senter for fremragende forskning ved Biologisk institutt. Senteret representerer et tverrfagelig forskningssamarbeid mellom økologer, evolusjonsbiologer, molekylærbiologer, genetikere, matematikere, statistikere og økonomer. Forskningen fokuseres på sammenhenger mellom miljømessige, økologiske og evolusjonære prosesser. Foruten den viktige grunnforskningsdelen arbeides det med utvikling av strategier for bærekraftig forvaltning av naturressursene og bevaring av biologisk mangfold. 5. Forskningsstasjoner og -fartøy Biologisk institutt driver Drøbak Forskningsstasjon og sammen med Universitetet i Bergen Finse Forskningssenter. Disse to stasjonene har stor forskningsaktivitet og mye kursundervisning er lagt til dit. Stasjonene utgjør en viktig del av Biologisk institutts aktivitet der i blant den plantebiologiske. Mat-Nat fakultetet ved UiO har to forskningsfartøyer som Biologisk institutt også benytter forskning og undervisning, ofte sammen med Drøbak Forskningsstasjon. Finse forskningssenter Forskningsfartøy F/F Trygve Braarud Biologisk stasjon Drøbak 7

8 Naturhistorisk museum, Tøyen (Botanisk hage og museum) 6. Plantebiologisk aktivitet ved Naturhistorisk museum 1. Vitenskapelig personale Tabell 1: Fast og midlertidig vitenskapelig personale og stipendiater Antall forskere (NHM: samlingsansvarlige) og stipendiater per Institusjon Fast vit.ansatte Midlertidig ansatte Stipendiater x) Sum Naturhistorisk museum, Botanisk hage * Naturhistorisk museum, Seksjon for botanikk ** SUM X) definert som doktorgradsstudenter uavhengig av finansiering. *) I tillegg har NHM, bot.hage 2 overgartnere utdannet ved UMB, 12 helårsgartnere samt 11 sesongarbeidere. **) seksjon for botanikk har også fagpersonell i teknisk/adm. stilling som er arbeider med plantesamlinger/forskning: tototalt.ca 10. 8

9 2. Utstyr og dyrkingsfasiliteter Tabell 2: Klimaregulerte fasiliteter Institusjon Antall Fasilitet rom m² totalt Kjølerom 1 4 Vekstrom med dagslys Vekstrom med kunstlys Klimakabinetter, klimasimuleringsrom Veksthus Isolatanlegg Fryserom 1 5 Vekstrom + lab. for transgene planter SUM Tabell 3: Annet utstyr til plantebiologisk forskning Institusjon/institutt Utstyr/fasiliteter Anvendelsesområde Ekstern brukertilgang* DNA-laboratorium - sentrifuge: Eppendorf 5417C - 2 varmeblokker: Grant BOEKEL og Stuart - varmeskap: Termaks - ryster: Sarstedt og Vortex Genie2 - spektrofotometer: Pharmacia Biotech, GeneQuant - kombiskap (kjøl/frys nr 6) Biosystematikk/populasjons genetikk Diverse lysmikroskoper Cytologi, embryologi, morfologi Elektronmikroskop mikromorfologi ja Cytologi-lab Cytologi Lavkjemi-lab Lavkjemi Diverse mikroskoper/stereoluper Zeiss Axioplan 2 mikroskop Artsidentifisering Lysmikroskopi, fluorescence mikroskopi og digital fotografering/bildebehandling * Med Ekstern brukertilgang menes muligheter for institutter/institusjoner utenfra til å bruke utstyret. Sett eller Nei og før evt. på fotnote ved behov for utdyping. 3. Prosjekter og/eller program innen plantebiologisk forskning 9

10 Tabell 5: Pågående prosjekter og/eller program innen plantebiologisk forskning Tittel på prosjektet Varighet* Ressursbruk (i 1000 kr)** Phylogeny and biogeography of lamioid mints as affected by Tertiary and Quaternary environmental change in northern latitudes (NFR) AFROALP - Afroalpine islands as natural laboratories: dynamics and units of plant biodiversity. AFROALP-II Afro-alpine sky island : genetic versus taxonomic biodiversity, climate change, and conservation (NUFU) SURV-ICE - Did vascular plants and bryophytes survive the last ice age in Scandinavia? (NFR) Effects of climate change on ecosystems in Svalbard: Past and future immigration of thermophilous key species (NFR) Exceptions can become the rule: genetic differentiation and migration history of a rare annual plan species on Svalbard (NFR) The genus Aloe: Taxonomy, Phylogeny, Speciation, Conservation and Ethnobotany. The effect of the sheep grazing on alpine plant communities, species and populations: what is the importance of plant life histories? ECOCHANGE: Challenges in assessing and forecasting biodiversity and ecosystem changes in Europe (EU 6FRP) * Start- og sluttår ** bare eksterne midler oppgitt (fra NFR, EU, NUFU etc). Egenfinansiering kommer i tillegg I tillegg kommer alle kartleggingsprosjektene som også inkluderer kartlegging av zoologi: GBIF noden Global ,5 mill. årlig Biodiversity Information Facility (GBIF) Ny norsk naturtypeinndeling 2006,2007 -? Pr. 2007: 1359 Kartlegging og overvåking av rødlistearter. 10