Utvikling av forskningsinfrastruktur i samspill med brukerne og hvordan sikre transparent prosjektutvelgelse. Dag Undlien

Transkript

1 Utvikling av forskningsinfrastruktur i samspill med brukerne og hvordan sikre transparent prosjektutvelgelse Dag Undlien

2

3 Vertsinstitusjonene Institutt for biovitenskap - CEES Avdeling for medisinsk genetikk

4 Menneskene De som jobber med Illuminateknologi

5 Noen av dem som jobber med Pac Bio Roche 454 Ion Torrent

6 NSC service

7 Sekvenseringsplattformer Produsent Plattform N Pacific Biosciences RS 1 Roche Life (Ion Torrent) PGM 1 Life (Ion Torrent) Proton 1 Illumina HiSeq Illumina HiSeq Illumina MiSeq 2 + automatiseringsutstyr

8 Data - lagring og analyse Genome data needs high performance computing Lagring Lokalt: ~80 Tb lokalt Sentralisert Astrastore 7 petabyte NORSTORE TSD (sensitive data; 400 Tb) Datakraft Lokalt 70 CPUs Sentralisert Colossus high performance computing (sensitive data) Abel high performance computing (ikkesensitive data)

9 Brukere fra alle institusjoner 65% Oslo 25% resten av Norge 10% internasjonale

10 Støtter alle vanlige protokoller 60% humant 40% andre species

11 Gb produsert HiSeq2500 HiSeq2000

12 Delivery time (weeks) Cirka tid fra prøve til data - Illumina HiSeq2000 Instrument bryter sammen HiSeq Implementert automatisering + Økende antall brukere Kapasitet ett enkelt instrument for liten Ventetid varierer avhengig av analysetype

13 Kommende utfordring Raskt økende etterspørsel etter sekvenseringstjenester viktige drivkrefter Økende bruk av sekvensering i livsvitenskaplig forskning generelt Nasjonale/regionale strategiske satsninger (for eksempel Biotek 2021) For eksempel innebærer Biotek2021 prosjektet Aqua Genome Project sekvensering av 1000 individer torsk og laks Etterspørselen kan bli større enn hva NSC kan levere Vår nåværende politikk - first-come first-served, og vi tar i mot alle prosjekter - vil kanskje ikke være bærekraftig Behov for å utvikle handlingsplan for hvordan håndtere situasjonen hvis etterspørsel >> kapasitet

14 Biotek 2021 Research Grant Awarded to CEES Research Team 40 million Norwegian kroner over the next four years to go to the 'Aqua Genome' project genomer av torsk og laks Selekterte ville populasjoner Oppdrettsfisk kunstig seleksjon Utvalgte fenotyper Epigenetikk og fenotypisk plastisitet Genomisk arkitektur Kandidat-gener From Left to Right: Paul Berg, Lex Nederbragt, Bastiaan Star, Sissel Jentoft, Kjetill Jakobsen and Asbjørn Vøllestad. The Norwegian Research Council (RCN) announced last week the five projects that were funded through the new BioTek2012-programme - and the CEES' application headed by Kjetill Jakobsen was one of the selected projects. The research team that will lead the project from CEES includes Kjetill Jakobsen, Asbjørn Vøllestad, Sissel Jentoft, Bastiaan Star, Lex Nederbragt and Paul Berg. The project is a national initiative and the overall aim of The 'Aqua Genome' project is to take the skills and expertise gained from the sequencing of genomes from the Atlantic cod (by the Norwegian Sequencing Centre at CEES) and Atlantic salmon (by CIGENE) to further our understanding of the genetic basis of phenotypic variation in key traits in these two species and explore how their genomes influenced by artificial selection and adaptation to changing climates and environments. The consortium partners are Sigbjørn Lien, Dag Våge, and Matthew Kent at Centre for Integrative Genetics (CIGENE) in the Norwegian University of Life Sciences (UMB); Øivind Andersen, Marit Seppola and Matthew Baranski at the food research inisitute (Nofima); and Thomas Moen, and Nina Santi at Aqua Gen AS. See the bottom of the page for a list of collaborators Genomes Dette prosjektet vil alene kunne beslaglegge hele NSCs kapasitet

15 Scenario 1: Økende kapasitet dekker etterspørselsbehovet Det optimistiske scenarioet Avhengig av finansiering/bevilgninger Skandinavisk nettverk av sekvenseringssentre som gjør det mulig å samarbeide om store prosjekter, teknologioverføring mm Men: Vi trenger back-up planer for det (sannsynlige) tilfellet at vi av og til vil være i situasjoner hvor etterspørselen er større enn kapasiteten Hvordan prioriterer vi mellom ulike prosjekter?

16 Prioritering I noen muligheter Ingen prioritering er ikke en mulighet. Vil føre til at alle får dårlig service Prioritere basert på institusjonell tilknytning? Nasjonale før internasjonale, akademiske før industri Prioritere de som bruker oss mye på bekostning av nye brukere? Interne vs. eksterne brukere?

17 Prioritering II noen muligheter Prioritere store prestisjeprosjekter? Pro: Store prosjekter er lettere å gjennomføre, stordriftsfordeler Gir god synlighet/markedsføring for NSC Slike prosjekter stimulerer ofte til utvikling av bedre service Contra: De som profitterer mest på å bruke et nasjonalt senter er kanskje de minste prosjektene hvor erfaringen med sekvensering er liten Denne prioriteringsformen anbefales av vårt Scientific Advisory Board Avvise store prosjekter og henvise dem til andre i utlandet? Pro et contra motsatt av forrige alternativ Prioritere visse protokoller?