Bestillingsinformasjon AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 Tests P/N: Specimen Preparation Kit ART: US: 83315

Transkript

1 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test CT FOR BRUK TIL IN VITRO-DIAGNOSTIKK. Bestillingsinformasjon AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 Tests P/N: Specimen Preparation Kit ART: US: AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 Tests P/N: Amplification Kit ART: US: COBAS AMPLICOR CT DK 100 Tests P/N: Chlamydia trachomatis ART: Detection Kit US: COBAS AMPLICOR DK 100 Tests P/N: Detection Reagents Kit ART: US: COBAS AMPLICOR WB 500 Tests P/N: Wash Buffer ART: US: Følgende kit kan brukes til deteksjon av Neisseria gonorrhoeae i prøver som er amplifisert med AMPLICOR CT/NG Amplification Kit. Deteksjon av Neisseria gonorrhoeae er en valgfri mulighet for brukeren. COBAS AMPLICOR NG DK 100 Tests P/N: Neisseria gonorrhoeae ART: Detection Kit US: Følgende kit kan brukes til deteksjon av CT/NG-internkontroll som er amplifisert med AMPLICOR CT/NG Amplification Kit. Deteksjon av CT/NG-internkontroll er valgfri for brukeren ved testing av urinprøver eller penselprøver fra chlamydiadyrkningstransportmedier. Deteksjon av internkontroll er obligatorisk ved testing av penselprøver som er tatt og transportert ved hjelp av AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit. COBAS AMPLICOR IC DK 100 Tests P/N: Internal Control Detection Kit ART: US: Følgende kit kan brukes til prøvetaking og transport av endocervikale og uretrale penselprøver. AMPLICOR STD STD SWAB 50 Tests P/N: Swab Specimen Collection and ART: Transport Kit US: /2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 1/35 P/N:

2 Tiltenkt bruk COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis (CT)-testen er en kvalitativ in vitro-test for deteksjon av C. trachomatis-dna i kliniske prøver med COBAS AMPLICOR -analysatoren. Testen benytter nukleinsyreamplifikasjonsteknikken polymerasekjedereaksjon (PCR) og nukleinsyrehybridisering for å detektere C. trachomatis i urogenitale prøver. Oppsummering og forklaring av testen Testprinsipper Chlamydia er gram-negative, ikke-motile bakterier som eksisterer som obligate intracellulære parasitter i eukaryote celler på grunn av sin manglende evne til å syntetisere ATP. Chlamydia-genuset består av fire rapporterte arter: C. trachomatis, C. psittaci, C. pecorum og C. pneumoniae (TWAR). C. psittaci og C. pecorum er primært dyrepatogener 1-3. C. trachomatis-infeksjoner er nå anerkjent som den nest viktigste årsaken til seksuelt overførbare sykdommer (STD) på verdensbasis med cirka 89,1 millioner nye tilfeller per år 4. I USA er det cirka 3 millioner tilfeller hver år 5. C. trachomatis forårsaker cervicitt, bekkeninfeksjon (PID), konjunktivitt hos spedbarn, lungebetennelse hos spedbarn, uretritt, epididymitt og proktitt 1,6. C. trachomatis er også den vanligste årsaken til ikke-gonoreisk uretritt (NGU) hos menn (cirka % av tilfellene). Konsekvensene av klamydiainfeksjon hos kvinner er alvorlig dersom den ikke behandles. Siden cirka tre firedeler av disse infeksjonene er asymptomatiske, er det mange tilfeller som ikke detekteres eller behandles, noe som fører til ytterligere problemer, spesielt hos gravide kvinner. Spedbarn som er født av mødre med klamydiainfeksjon, har høy risiko for å utvikle inklusjonskonjunktivitt og lungebetennelse. Flere metoder er tilgjengelig for deteksjon av C. trachomatis i kliniske prøver. Disse metodene inkluderer direkte giemsafarging av infisert vev, deteksjon av chlamydiainklusjonslegemer i infiserte kulturceller ved hjelp av fluorescerende antistoffer, direkte antigendeteksjon ved hjelp av fluorescerende antistoffer og nukleinsyreprober 1,7-9. Dyrkning er svært spesifikk, men er mindre enn 100 % sensitiv ved bruk i klinisk praksis. Fordi chlamydia-dyrkning ikke er 100 % sensitiv, er bruk av multiple ikke-dyrkningsmetoder foreslått for å identifisere infiserte prøver som ikke detekteres ved hjelp av dyrkning 10. Ikke-dyrkningsbaserte testmetoder brukes til å identifisere komponenter fra organismen (proteiner eller nukleinsyre) som antas å korrelere med infeksiøse organismer. Disse metodene kan detektere ytterligere positive prøver som ikke kan detekteres ved dyrkning. Da disse metodene er mindre enn 100 % spesifikke, anbefales det å verifisere funn av C. trachomatis-antigen eller nukleinsyre ved hjelp av en alternativ metode (anbefalt i 1993 CDC) 4. COBAS AMPLICOR CT-testen er basert på fire hovedprosesser: prøvepreparering, PCR-amplifikasjon 11,12 av mål-dna ved hjelp av CT-spesifikke komplementære primere, hybridisering av de amplifiserte produktene til oligonukleotidprober som er målspesifikke, og deteksjon av probebundne amplifiserte produkter ved kolorimetrisk bestemmelse. Utviklingen av en PCR-analyse involverer å identifisere den særskilte regionen i mål- DNA som skal amplifiseres, samt å syntetisere to korte biotinylerte oligonukleotidprimere som er komplementære til regionene ytterst på målsekvensen. Disse 2/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

3 Chlamydia trachomatis biotinylerte primerne binder seg til den komplementære ytre regionen, og DNApolymerasen forlenger sekvensen i 5' til 3'-retning ved hjelp av deoksynukleotidtrifosfater (dntp) i overskudd i reaksjonsblandingen og danner med dette en biotinylert, komplementær DNA-sekvens som kalles et amplicon. En oligonukleotidprobe, som er spesifikk for ampliconet, er bundet til en fast fase (mikropartikler) og brukes til hybridisering (binding) av ampliconet. Analysens deteksjonssystem benytter et avidin-hrp-konjugat som binder seg til det biotinylerte ampliconet som ble bundet på mikropartiklene. Et hydrogenperoksidsubstrat og en tetrametylbenzidin (TMB)-kromofor brukes for å få en fargeutvikling. COBAS AMPLICOR CT-testen er en multipleks-analyse som muliggjør samtidig amplifikasjon av C. trachomatis-mål-dna, Neisseria gonorrhoeae-mål-dna og CT/NG-internkontroll (CT/NG IC)-DNA. Master Mix-reagenset inneholder biotinylerte primerpar som er spesifikke for C. trachomatis, N. gonorrhoeae og CT/NG IC. Deteksjon av N. gonorrhoeae-amplifisert DNA er valgfri, og utføres etter brukers ønske. Deteksjon av CT/NG IC må utføres ved testing av penselprøver som er tatt og transportert ved hjelp av AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit. Deteksjon av CT/NG-internkontroll er valgfri for brukeren ved testing av urinprøver eller penselprøver fra chlamydia-dyrkningstransportmedier. Prøvepreparering PCR-amplifikasjon Urogenitale epitelceller innsamlet ved hjelp av penselprøver eller pelletert fra urin, behandles med en detergentløsning for å frigjøre chlamydia-dna fra chlamydiabakteriens retikulærlegemer. En ytterligere detergentløsning tilsettes for å klargjøre den lyserte prøven for amplifikasjon. Valg av mål I tillegg til kromosomalt DNA inneholder C. trachomatis et kryptisk plasmid på cirka 7500 basepar, som er felles for alle serovarer av C. trachomatis 13,14. COBAS AMPLICOR CT-testen bruker de biotinylerte primerne CP24 og CP27 som definerer en sekvens på cirka 208 nukleotider i det kryptiske plasmid-dna-et fra C. trachomatis. Målamplifikasjon Preparerte prøver tilsettes amplifikasjonsblandingen i amplifikasjonsrør (A-rør) der PCR-amplifikasjon skjer. Reaksjonsblandingen varmes opp for å denaturere den dobbelttrådete DNA-heliksen og eksponere de spesifikke primersekvensene på det kryptiske C. trachomatis-plasmidet. Når blandingen avkjøles, hybridiserer de biotinylerte primerne CP24 og CP27 til mål-dna. I nærvær av deoksynukleosidtrifosfater (dntp) i overskudd, inkludert deoksyadenosin-, deoksyguanosin-, deoksycytidin- og deoksyuridin- (i stedet for deoksytymidin-) trifosfater, forlenger termostabil Thermus aquaticus DNA-polymerase (Taq pol) de hybridiserte primerne langs måltemplatene og produserer et dobbelttrådet DNA-molekyl med 208 basepar som kalles et amplicon. COBAS AMPLICOR -analysatoren gjentar denne prosessen automatisk i et bestemt antall sykluser, der hver syklus teoretisk dobler mengden amplicon-dna. Internkontrollamplifikasjon I enzymbaserte amplifikasjonsprosesser som PCR, kan hemmere som kan finnes i den kliniske prøven, redusere effektiviteten. CT/NG-internkontrollen gir mulighet til å identifisere preparerte prøver som inneholder substanser som kan interferere med PCR-amplifikasjon. CT/NG-internkontrollen er et ikke- 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 3/35

4 infeksiøst, rekombinant plasmid-dna med primerbindende regioner identiske med dem i C. trachomatis-målsekvensen, en randomisert intern sekvens med tilsvarende lengde og basesammensetning som C. trachomatis-målsekvensen og en unik probebindende region som gjør det mulig å skille CT/NG-internkontrollen fra målamplicon. Disse egenskapene ble valgt for å sikre en likeverdig amplifikasjon av CT/NG-internkontrollen og mål-dna fra C. trachomatis. CT/NG-internkontrollreagenset er inkludert i AMPLICOR CT/NG Amplification Kit og tilsettes til hver amplifikasjonsreaksjon slik at den koamplifiseres med mål-dna fra den kliniske prøven. Det valgfrie COBAS AMPLICOR Internal Control Detection Kit inneholder en IC-spesifikk oligonukleotid-bindingsprobe som kan brukes for å identifisere et positivt ICsignal i reaksjonsblandingen. CT/NG-internkontrollen er utviklet for å identifisere prøver som inneholder hemmere som interfererer med amplifikasjon og deteksjon av 20 eller flere kopier av C. trachomatis-målnukleinsyre bestemt ved Poisson-analyse. Deteksjon av CT/NG-internkontrollen er valgfri for brukeren ved testing av urinprøver eller penselprøver fra Chlamydiadyrkningstransportmedier. Deteksjon av CT/NG IC er obligatorisk ved testing av penselprøver som er tatt og transportert ved hjelp av AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit. Selektiv amplifikasjon Selektiv amplifikasjon av målnukleinsyre fra den kliniske prøven oppnås i COBAS AMPLICOR CT-testen ved hjelp av AmpErase (uracil-n-glykosylase)-enzym og deoksyuridintrifosfat (dutp). AmpErase-enzymet gjenkjenner og katalyserer destruksjonen av DNA-tråder som inneholder deoksyuridin 15, men ikke DNA-tråder som inneholder deoksytymidin. Deoksyuridin finnes ikke i naturlig forekommende DNA, men finnes alltid i amplicon på grunn av bruken av deoksyuridintrifosfat i stedet for deoksytymidintrifosfat som en av dntp-ene i Master Mix-reagenset. Derfor er det kun amplicon som inneholder deoksyuridin. Deoksyuridin gjør kontaminerende amplicon mottakelig for destruksjon ved hjelp av AmpErase-enzymet forut for amplifikasjon av mål-dna. AmpErase-enzymet, som inngår i Master Mix-reagenset, katalyserer nedbrytning av DNA som inneholder deoksyuridin ved å bryte deoksyuridingruppens deoksyribosekjede i C1-posisjonen. Ved temperaturøkning i det første varmetrinnet ved alkalisk ph i Master Mixen, brytes amplicon-dna-kjeden der deoksyuridinet finnes, noe som fører til at DNA ikke lenger er amplifiserbart. AmpErase-enzymet er inaktivt ved temperaturer over 55 ºC, dvs. gjennom alle termosykliske trinn, og derfor blir ikke målamplicon ødelagt. Etter amplifikasjon denatureres eventuelle rester av enzymet ved å tilsette denatureringsløsning, og dermed hindres nedbryting av målamplicon. AmpErase-enzym i COBAS AMPLICOR CT-testen har vist seg å kunne inaktivere minst 10 3 kopier av deoksyuridin-inneholdende C. trachomatis-amplicon per PCR Hybridiseringsreaksjon Etter PCR-amplifikasjonen tilsetter COBAS AMPLICOR -analysatoren automatisk denatureringsløsning i A-rørene for kjemisk denaturering av CTamplicon og CT/NG-internkontrollamplicon for å danne enkelttrådet DNA. Porsjoner av denaturert amplicon overføres til deteksjonskoppene (D-kopper). En suspensjon av magnetiske partikler som er belagt med en oligonukleotidprobe som er spesifikk for C. trachomatis (eller internkontroll, etter brukerens ønske) tilsettes til hver enkelt D-kopp. Det biotinmerkede CT- og CT/NG-internkontrollampliconet hybridiseres til de målspesifikke oligonukleotidprobene som er bundet til magnetpartiklene. Hybridiseringen av amplicon til den målspesifikke proben øker testens samlede spesifisitet. 4/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

5 Chlamydia trachomatis Deteksjonsreaksjon Reagenser Etter hybridiseringsreaksjonen vasker COBAS AMPLICOR -analysatoren de magnetiske partiklene i D-koppene for å fjerne ubundet materiale, og deretter tilsettes avidin-hrp-konjugat (Avidin-Horseradish Peroxidase Conjugate). Avidin-HRP binder seg til det biotinmerkede ampliconet som er hybridisert til de målspesifikke oligonukleotidprobene bundet til de magnetiske partiklene. COBAS AMPLICOR -analysatoren fjerner ubundet konjugat ved å vaske de magnetiske partiklene og tilsetter deretter en substratløsning som inneholder hydrogenperoksid og 3,3',5,5'-tetrametylbenzidin (TMB) i hver D-kopp. I nærvær av hydrogenperoksid katalyserer det partikkelbundne HRP oksidering av TMB, som danner et farget kompleks, og absorbansen av dette måles av COBAS AMPLICOR -analysatoren ved en bølgelengde på 660 nm. AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 tester P/N: Specimen Preparation Kit ART: AMPLICOR CT/NG prøveprepareringskit US: CT/NG URINE WASH (CT/NG urinvaskebuffer) Tris-HCl-buffer 300 mm natriumklorid < 0,1 % detergent 0,09 % natriumazid CT/NG LYS (CT/NG lyseringsreagens) Tris-HCl-buffer < 1 % solubiliserende middel 0,09 % natriumazid CT/NG DIL (CT/NG fortynningsløsning) Tris-HCl-buffer 6 mm magnesiumklorid < 25 % detergent 0,05 % natriumazid 1 x 50 ml 1 x 25 ml 2 x 50 ml AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 tester P/N: Amplification Kit ART: AMPLICOR CT/NG amplifikasjonskit US: CT/NG MMX (CT/NG Master Mix) Tris-HCl-buffer EDTA 100 mm kaliumklorid Glyserol < 0,016 % dutp < 0,01 % AmpliTaq (Taq DNA-polymerase, mikrobiell) < 0,005 % datp, dctp, dgtp < 0,01 % AmpErase (uracil-n-glykosylase)-enzym (mikrobielt) < 0,0004 % SS01-, SS02-, CP24- og CP27-primere, biotinylerte 0,05 % natriumazid 3 x 1,8 ml 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 5/35

6 CT/NG IC (CT/NG-internkontroll) Tris-HCl-buffer < 0,001 % ikke-infeksiøst rekombinant plasmid-dna (mikrobielt) som inneholder CT primerbindende sekvenser og en unik probebindende region < 0,005 % Poly ra RNA (syntetisk) EDTA Amarantfarge 0,05 % natriumazid CT (+) C [C. trachomatis (+)-kontroll] Tris-HCl-buffer < 0,001 % ikke-infeksiøst rekombinant plasmid-dna (syntetisk) som inneholder C. trachomatis-sekvenser < 0,005 % Poly ra RNA (syntetisk) < 0,5 % detergent EDTA 0,05 % natriumazid NG (+) C [C. trachomatis ( )-kontroll] Tris-HCl-buffer < 0,001 % ikke-infeksiøst rekombinant plasmid-dna (syntetisk) som inneholder N. gonorrhoeae-sekvenser < 0,005 % Poly ra RNA (syntetisk) < 0,5 % detergent EDTA 0,05 % natriumazid 3 x 0,1 ml 1 x 0,8 ml 1 x 0,8 ml COBAS AMPLICOR CT DK 100 tester P/N: Chlamydia trachomatis ART: Detection Kit US: COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis deteksjonskit CT PS1 1 x 100 tester (CT probesuspensjon 1) MES-buffer < 0,3 % suspensjon av Dynabeads (paramagnetiske partikler) belagt med C. trachomatis-spesifikk oligonukleotid-bindingsprobe CP35 0,9 % natriumazid CT4 (CT probesuspensjon 2) Natriumfosfatbuffer 25 % natriumtiocyanat < 0,2 % solubiliserende middel + Xn 25 % (v/v) natriumtiocyanat 1 x 100 tester Helseskadelig 6/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

7 Chlamydia trachomatis COBAS AMPLICOR DK 100 tester P/N: Detection Reagents Kit ART: COBAS AMPLICOR deteksjonsreagenskit US: DN4 (denatureringsløsning) 1,6 % natriumhydroksid EDTA Tymolblått + Xi 1,6 % (v/v) natriumhydroksid 1 x 100 tester Irriterende CN4 (avidin-hrp-konjugat) Tris-HCl-buffer < 0,001 % avidin-hrp-konjugat Bovint serumalbumin (pattedyr) Emulsit 25 (Dai-ichi Kogyo Seiyaku Co., Ltd.) 0,1 % fenol 1 % ProClin 150 konserveringsvæske SB3 (substrat A) Sitratløsning 0,01 % hydrogenperoksid 0,1 % ProClin 150 konserveringsvæske SB (substrat B) 0,1 % 3,3',5,5'-tetrametylbenzidin (TMB) 40 % dimetylformamid (DMF) T 40 % (v/v) dimetylformamid (DMF) 1 x 100 tester 5 x 75 tester 5 x 5 ml Giftig R: 61-20/21-36 Kan gi fosterskader. Farlig ved innånding og hudkontakt. Irriterer øynene. S: Unngå direkte kontakt innhent spesielle opplysninger før bruk. Ved uhell eller illebefinnende er omgående legebehandling nødvendig; vis etiketten om mulig. 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 7/35

8 COBAS AMPLICOR WB 500 tester P/N: Wash Buffer ART: COBAS AMPLICOR vaskebuffer US: WB (10X-vaskekonsentrat) < 2 % fosfatbuffer < 9 % natriumklorid EDTA < 2 % detergent 0,5 % ProClin 300 konserveringsvæske 2 x 250 tester Advarsler og forholdsregler For bruk til in vitro-diagnostikk. Bruken av termen kopi i dette pakningsvedlegget viser til 1 kopi av C. trachomatismålnukleinsyre. Én (1) kopi tilsvarer den minste mengden C. trachomatismålnukleinsyre som må til for å generere et positivt PCR-testresultat. Denne testen skal kun brukes til endocervikale prøver, uretrale prøver og urinprøver. Denne testen skal ikke brukes til halsprøver, rektalprøver eller andre prøvetyper enn de som er angitt. Ikke pipetter med munnen. Ikke spis, drikk eller røyk i laboratoriets arbeidsområder. Bruk beskyttende engangshansker uten pudder, laboratoriefrakk og vernebriller når du håndterer prøver og reagenser. Vask hendene nøye etter håndtering av prøver og reagenser. Unngå mikrobiell kontaminering av reagensene når du pipetterer ut porsjoner fra reagensflasker. Bruk av sterile engangspipetter og pipettespisser anbefales. Reagenser fra ulike lot eller ulike flasker innen samme lot må ikke slås sammen. Kast ubrukte reagenser og avfall i henhold til nasjonalt, regionalt og lokalt regelverk. Kit som er utgått på dato må ikke brukes. Dataark om materialsikkerhet (MSDS) kan på forespørsel sendes fra ditt lokale Roche-kontor. Arbeidsflyten på laboratoriet må være unidireksjonal, og starte i preamplifikasjonsområdet og fortsette videre til postamplifikasjonsområdet (amplifikasjon/ deteksjon). Preamplifikasjonsaktiviteter må starte med reagenstillaging og fortsette med prøvepreparering. Forbruksmateriell og utstyr må være dedikert for hver preamplifikasjonsaktivitet og må ikke brukes til andre aktiviteter eller flyttes mellom områdene. Hansker må brukes i alle områder og må byttes før området forlates. Utstyr og forbruksmateriell som brukes til reagenstillaging, må ikke brukes til prøvepreparering eller pipettering eller bearbeiding av amplifisert DNA eller andre kilder for mål-dna. Forbruksmateriell og utstyr for postamplifikasjon skal forbli i postamplifikasjonsområdet. 8/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

9 Chlamydia trachomatis Prøver må håndteres som smittebærende, og sikre laboratorierutiner må følges. Disse er beskrevet i Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories 16 og CLSI-dokumentet M29-A3 17. Rengjør og desinfiser alle arbeidsoverflater nøye med en nylaget løsning av 0,5 % natriumhypokloritt i deionisert eller destillert vann. Kommersielt tilgjengelig blekemiddel til husholdningsbruk inneholder normalt natriumhypokloritt med en konsentrasjon på 5,25 %. En fortynning i forholdet 1:10 med et slikt blekemiddel gir en 0,5 % natriumhypoklorittløsning. Prøver som ankommer laboratoriet med prøvepenselen i AMPLICOR STM, skal ikke aksepteres for analysering. Disse prøvene må kastes, og en ny prøve må tas. Prøver som er tatt og transportert ved hjelp av AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit, kan hemme PCR. Deteksjon av CT/NG IC må utføres ved testing av disse prøvene. For prøver som transporteres i chlamydia-dyrkningstransportmedier skal prøvepenselen etterlates i transportrøret som en visuell bekreftelse på at prøven er inokulert. COBAS AMPLICOR CT/NG-testen for Chlamydia trachomatis ble evaluert med prøver som ble transportert med prøvepenselen i chlamydiadyrkningstransportmedierøret (CTM). CTM-prøver som transporteres uten prøvepensel, er ikke evaluert og anbefales ikke for bruk i denne testen. Oppbevaring av urinprøver i romtemperatur i mer enn 24 timer kan føre til forringelse av prøvene. Urinprøver som er oppbevart i mer enn 24 timer i romtemperatur, skal ikke brukes til testing. CT/NG URINE WASH, CT/NG LYS, CT/NG DIL, CT/NG MMX, CT/NG IC, CT (+) C, NG (+) C, CT PS1 og IC PS1 inneholder natriumazid. Natriumazid kan reagere med bly- og kobberrør og danne svært eksplosive metallazider. Hvis løsninger som inneholder natriumazid helles i avløp i laboratoriet, må de skylles ned med store mengder vann for å unngå azidoppbygging. Bruk vernebriller, laboratoriefrakk og engangshansker uten pudder ved håndtering av DN4, CN4, SB3, SB og aktivt substrat (blandet SB3- og SBreagens). Unngå kontakt med hud, øyne eller slimhinner. Skyll umiddelbart med mye vann hvis slik kontakt oppstår. Hvis kontaktstedet ikke blir behandlet, kan det oppstå brannskade. Fortynn med vann før du tørker opp eventuelt søl fra reagensene. Unngå at SB eller det aktive substratet kommer i kontakt med hud og slimhinner. Skyll umiddelbart med mye vann hvis slik kontakt oppstår. SB og aktivt substrat inneholder dimetylformamid som er rapportert å være giftig i høye orale doser og som kan gi fosterskader. Unngå hudkontakt, innånding av damp og svelging. Ved hudkontakt må du vaske grundig med såpe og vann og oppsøke lege umiddelbart. Rør med skrukork må brukes til preparering av prøver og kontroller for å forhindre søl og mulig krysskontaminering av prøver. Ikke bruk rør med snapplokk. 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/35

10 Krav til oppbevaring og håndtering Ikke frys reagenser. Oppbevar CT/NG LYS ved 2 25 C. Oppbevar CT/NG URINE WASH og CT/NG DIL ved 2 8 C. Hvis det dannes bunnfall i ett av disse reagensene under oppbevaring, må reagenset varmes opp til omgivelsestemperatur og blandes godt før bruk. Disse reagensene er stabile til angitt utløpsdato. Oppbevar CT/NG MMX og CT/NG IC ved 2 8 C. Disse reagensene er stabile til angitt utløpsdato. Working Master Mix (tillaget ved å tilsette CT/NG IC til CT/NG MMX) må oppbevares ved 2 8 ºC og er stabil i 4 uker. Oppbevar CT (+) C og NG (+) C ved 2 8 C. Disse reagensene er stabile til angitt utløpsdato. Oppbevar CT PS1 og CT4 ved 2 8 C. Disse reagensene er stabile til angitt utløpsdato. Så snart CT PS1 og CT4 er blandet, er det aktive reagenset stabilt i 30 dager ved 2 8 C. Dette aktive reagenset kan brukes i maks. 6 instrumentsykluser (12 timer per syklus) og må oppbevares ved 2 8 C mellom instrumentsyklusene. Oppbevar DN4 ved 2 25 C. DN4 er stabil til angitt utløpsdato. Så snart DN4 er åpnet, er den holdbar i 30 dager ved 2 8 C eller til utløpsdato, avhengig av hva som kommer først. DN4 kan brukes i maks. 6 instrumentsykluser (12 timer per syklus) og må oppbevares ved 2 8 C mellom instrumentsyklusene. Oppbevar CN4 ved 2 8 C. CN4 er stabil til angitt utløpsdato. Så snart CN4 er åpnet, er den holdbar i 30 dager ved 2 8 C eller til utløpsdato, avhengig av hva som kommer først. CN4 kan brukes i maks. 6 instrumentsykluser (12 timer per syklus) og må oppbevares ved 2 8 C mellom instrumentsyklusene. Oppbevar SB3 og SB ved 2 8 C. Når disse reagensene er uåpnet, er de stabile til angitt utløpsdato. Aktivt substrat må tillages hver dag ved å blande SB3 og SB. Det aktive substratet er stabilt i 16 timer i COBAS AMPLICOR -analysatoren. SB3, SB eller det aktive substratet må ikke utsettes for metaller, oksideringsmidler eller direkte lys. Oppbevar WB ved 2 30 C. WB er stabil til angitt utløpsdato. Inspiser WB, og om nødvendig, varm opp til C for å løse opp ev. bunnfall. Den aktive vaskebufferen (1X), som tillages ved å fortynne WB 1:10 med destillert eller deionisert vann, må oppbevares ved 2 25 C i COBAS AMPLICOR - vaskebufferreservoaret og er stabil i 2 uker fra tillagingsdato. Oppbevar delvis brukte deteksjonsreagenser ved 2 8 C mellom analyseseriene. Sjekk utløpsdatoen til åpnede eller aktive reagenser før de settes i COBAS AMPLICOR -analysatoren. 10/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

11 Chlamydia trachomatis Materiell som medfølger AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP P/N: Specimen Preparation Kit ART: AMPLICOR CT/NG prøveprepareringskit US: CT/NG URINE WASH (CT/NG urinvaskebuffer) CT/NG LYS (CT/NG-lyseringsreagens) CT/NG DIL (CT/NG-fortynningsløsning) AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP P/N: Amplification Kit ART: AMPLICOR CT/NG amplifikasjonskit US: CT/NG MMX (CT/NG Master Mix) CT/NG IC (CT/NG-internkontroll) CT (+) C [C. trachomatis (+)-kontroll] NG (+) C [C. trachomatis ( )-kontroll] COBAS AMPLICOR CT DK P/N: Chlamydia trachomatis Detection Kit ART: COBAS AMPLICOR US: Chlamydia trachomatis deteksjonskit CT PS1 (CT probesuspensjon 1) CT4 (CT probesuspensjon 2) COBAS AMPLICOR DK P/N: Detection Reagents Kit ART: COBAS AMPLICOR deteksjonsreagenskit US: DN4 (denatureringsløsning) CN4 (avidin-hrp-konjugat) SB3 (substrat A) SB (substrat B) 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 11/35

12 COBAS AMPLICOR WB P/N: Wash Buffer ART: COBAS AMPLICOR vaskebuffer US: WB (10X-vaskekonsentrat) Materiell som kreves, men som ikke medfølger Prøvetaking Endocervikale og uretrale prøvepensler: Bruk kun pensel med dacron-, rayoneller kalsiumalginatspiss med skaft av plast eller ikke-aluminium Bruk kun 2SP eller SPG Culture Transport Media, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest Culture Transport System eller M4RT MicroTest Culture Transport System (Remel, Inc.) Polypropylen prøvetakingsrør for urin, uten konserveringsmidler M4RT MicroTest Culture Transport System for kvinner (x100) (Remel, Inc.) M4RT MicroTest Culture Transport System for menn (x 100) (Remel, Inc.) Preamplifikasjon reagensklargjøringsområdet COBAS AMPLICOR A-ring utstyrt med 12 A-rør COBAS AMPLICOR A-ringholder Eppendorf Multipette -pipette med 1,25 ml Combitip -reservoar (steril, enkeltpakket) Pipette (kapasitet 100 μl)* med aerosolbarriere- eller positive displacement - spisser Vortexmikser Engangshansker, uten pudder Preamplifikasjon prøve- og kontrollprepareringsområdet 2,0 ml polypropylenrør med skrukork, sterile, ikke silikonbehandlede, koniske (for eksempel Sarstedt )** Rørstativ (for eksempel Sarstedt ) Sterile overføringspipetter, graderte Pipetter (kapasitet 50 μl, 100 μl, 200 μl, 250 μl, 500 μl og 1000 μl)* med aerosolbarriere- eller positive displacement -spisser Mikrosentrifuge (maks. RCF x g, min. RCF x g); Eppendorf 5415C, HERMLE Z230M, eller tilsvarende Forlengede spisser med aerosolbarriere (Matrix 7055 eller tilsvarende) for bruk til prøver transportert i Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest Culture Transport System eller M4RT MicroTest Culture Transport System (Remel, Inc.) 37 C ± 2 C varmeblokk Vortexmikser Absorberende papir Engangshansker, uten pudder 12/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

13 Chlamydia trachomatis Postamplifikasjon amplifikasjons-/deteksjonsområdet COBAS AMPLICOR -analysator og skriver Operatørmanual for COBAS AMPLICOR -analysatoren Valgfritt: AMPLILINK-programvare, inkludert: Datastasjon for AMPLILINK-programvare, med skriver Applikasjonsmanual for AMPLILINK Software versjon 3.2 Series for bruk sammen med COBAS AmpliPrep-instrument, COBAS TaqMan -analysator eller COBAS TaqMan 48-analysator og COBAS AMPLICOR -analysator (for bruk sammen med AMPLILINK Software, v3.2 Series) eller applikasjonsmanual for AMPLILINK Software versjon 3.3 Series for bruk sammen med COBAS AmpliPrep-instrument, COBAS TaqMan -analysator, COBAS TaqMan 48-analysator, COBAS AMPLICOR -analysator og cobas p 630-instrument (for bruk sammen med AMPLILINK Software, v3.3 Series). Stativ med D-kopper Destillert eller deionisert vann 5 ml serologiske pipetter Målesylinder (minimum 1 liter) Vortexmikser Engangshansker, uten pudder * Pipettene må ha en nøyaktighet innenfor 3 % av angitt volum. Aerosolbarriere eller positive displacement -spisser må brukes der dette er angitt for å hindre krysskontaminering mellom prøver og amplicon. ** Rør med skrukork må brukes til preparering av prøver og kontroller for å forhindre søl og mulig krysskontamintering av prøver og kontroller. Ikke bruk rør med snapplokk. Prøvetaking, transport og oppbevaring Alle prøver må behandles som om de er potensielt infeksiøse. De eneste godkjente prøvene er: 1. Urinprøver (menn og kvinner) transportert i rene polypropylenbeholdere. Ikke bruk urinprøver tatt i beholdere som inneholder konserveringsmidler. 2. Endocervikale og uretrale penselprøver tatt og transportert ved hjelp av AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit. Deteksjon av CT/NG IC må utføres ved testing av disse prøvene. 3. Endocervikale og uretrale penselprøver tatt og transportert i: 2SP eller SPG Culture Transport Media, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest Culture Transport System (Remel, Inc.), M4RT MicroTest Culture Transport System (Remel, Inc.). 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 13/35

14 Hver lot av medium må kvalitetssikres for bruk i hvert enkelt laboratorium (se Kvalitetskontroll for mer informasjon). Følg instruksjonene for riktig prøvetaking nedenfor for å oppnå pålitelige testresultater. Denne testen skal ikke brukes til halsprøver, rektalprøver eller andre prøvetyper enn de som er angitt. For å sikre at prøvene holder god kvalitet når de leveres til laboratoriet for testing, må urinprøver og urogenitale penselprøver transporteres til laboratoriet så raskt som mulig. Prøvene skal ikke transporteres uten kontrollerte temperaturforhold. Prøvetaking Urinprøver Pasienten må ikke ha urinert de siste 2 timer. 1. Samle 10 til 50 ml førstestrømsurin (første del av strømmen) i en ren polypropylenbeholder uten konserveringsmidler. 2. Forsegl prøvebeholderen og merk den med relevante opplysninger. Følg laboratoriets prøvetakings- og transportprosedyre. Prøven kan transporteres til teststedet ved romtemperatur, C. Penselprøver tatt i AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) 1. Fjern slimsekret fra exocervix ved hjelp av en av de store prøvepenslene som medfølger, og kast den etterpå. 2. Sett den andre store prøvepenselen inn i cervikalkanalen til spissen på prøvepenselen ikke lenger er synlig. 3. Roter penselen i 3 5 sekunder og trekk den ut. Unngå kontakt med vaginale overflater. 4. Plasser penselen i AMPLICOR STM-røret, og rist eller rør prøvepenselen kraftig rundt i væsken i 15 sekunder. PCR kan hemmes hvis prøvepenselen er i kontakt med STM i mer enn 15 sekunder. 5. Press ut væsken fra prøvepenselen ved å trykke prøvepenselen mot siden av røret. Eventuell overskytende slim i prøven må fjernes på dette tidspunktet ved å samle det opp på prøvepenselen. Press ut eventuell væske fra slimet ved å trykke prøvepenselen mot siden av røret. Fjern prøvepenselen og eventuelt overskytende slimsekret oppsamlet på den, og kast prøvepenselen. Kork røret. 6. Forsegl prøvebeholderen og merk den med relevante opplysninger. Følg laboratoriets transportprosedyre. Oppbevar prøvene i romtemperatur frem til de transporteres til laboratoriet. Penselprøver tatt i dyrkningstransportmedier (CTM) 1. Endocervikale og uretrale penselprøver kan tas og transporteres i 1 til 3 ml 2SP eller SPG Culture Transport Medium, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest Culture Transport System eller M4RT MicroTest Culture Transport System (Remel, Inc.). Bruk anbefalte metoder til å ta prøver av sylinderceller og skvamøse sylinderceller etter fjerning av cervicalt slimsekret /35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

15 Chlamydia trachomatis 2. Bruk kun pensel med dacron-, rayon- eller kalsiumalginatspiss med skaft av plast eller ikke-aluminium. Ikke bruk pensler med skaft av tre eller aluminium. 3. La penslene være igjen i dyrkningstransportmediet. Forsegl prøvebeholderen og merk den med relevante opplysninger. Følg laboratoriets prøvetakings- og transportprosedyre. Oppbevar penselprøvene kjølig hvis transporten til laboratoriet skjer senere enn én time etter prøvetaking. Transport av prøver Urinprøver 1. Urinprøver kan transporteres til teststedet ved C. Urinprøver er stabile i 24 timer ved C. Urinprøver som ikke vil bli behandlet innen 24 timer etter prøvetaking, må oppbevares ved 2 8 C og må behandles innen 7 dager etter prøvetaking. Urinprøver som ikke vil bli behandlet innen 7 dager etter prøvetaking, må oppbevares ved 20 C eller kaldere og analyseres innen 30 dager etter prøvetaking. 2. Urinprøver som krever transport til eksterne testsentre må sendes via en levering-over-natten -tjeneste som garanterer levering innen 24 timer. Transporten kan skje ved C. Hvis urinprøvene transporteres ved C, må de oppbevares ved 2 8 C fram til transporttidspunktet for å sikre at oppbevaringen ved C ikke overskrider 24 timer. Transport av prøver må skje i henhold til nasjonalt, regionalt og lokalt regelverk for transport av biologisk materiale 18. Penselprøver tatt i AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) 1. Penselprøver er stabile i opptil 10 dager ved C. Penselprøver må oppbevares i romtemperatur og behandles innen 10 dager etter prøvetaking. 2. Penselprøver som krever transport til eksterne testsentre, må oppbevares i romtemperatur fram til transporttidspunktet. De må transporteres ved romtemperatur og må ankomme teststedet slik at de kan behandles innen 10 dager etter prøvetaking. Transport av prøver må skje i henhold til nasjonalt, regionalt og lokalt regelverk for transport av biologisk materiale 18. Penselprøver tatt i dyrkningstransportmedier (CTM) 1. Penselprøver kan transporteres til teststedet ved C forutsatt at den totale oppbevarings- og transportperioden ved C er mindre enn 1 time. Oppbevar penselprøvene kjølig hvis transporten til laboratoriet skjer senere enn én time etter prøvetaking. 2. Penselprøver som krever transport til eksterne laboratorier, bør transporteres nedkjølt så raskt som mulig etter prøvetaking i overensstemmelse med laboratoriets prosedyrer for transport av prøver til chlamydiadyrkning. Transport av prøver må skje i henhold til nasjonalt, regionalt og lokalt regelverk for transport av biologisk materiale 18. 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 15/35

16 Oppbevaring av prøver Rutinemessing nedfrysing eller forlenget oppbevaring av prøver kan påvirke ytelsen. Urinprøver 1. Urinprøver som ikke vil bli behandlet i løpet av 24 timer etter prøvetaking, må lagres ved 2 8 C. Disse prøvene må behandles innen 7 dager etter prøvetaking. Urinprøver som ikke kan behandles i løpet av 7 dager etter prøvetaking, kan oppbevares ved 20 C eller lavere i opptil 30 dager. Penselprøver tatt i AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) 1. Penselprøver er stabile i opptil 10 dager ved C. Penselprøver må oppbevares ved C og behandles innen 10 dager etter prøvetaking. 2. Penselprøver må oppbevares i romtemperatur fram til transporttidspunktet. De må transporteres ved C og må ankomme teststedet slik at de kan behandles innen 10 dager etter prøvetaking. Penselprøver tatt i dyrkningstransportmedier (CTM) 1. Oppbevar penselprøvene kjølig hvis transporten til laboratoriet eller behandlingen av prøven skjer senere enn én time etter prøvetaking. Penselprøver som krever transport til eksterne laboratorier, skal transporteres så raskt som mulig etter prøvetaking i overensstemmelse med laboratoriets prosedyrer for transport av prøver til chlamydiadyrkning. 2. Oppbevar penselprøver som ikke skal analyseres umiddelbart etter mottak i laboratoriet, ved 2 8 C, og analyser dem innen 7 dager. Penselprøver som ikke analyseres innen 7 dager etter prøvetaking, må oppbevares ved 20 C eller kaldere og analyseres innen 30 dager etter prøvetaking. Bruksanvisning Hvis du ønsker detaljert informasjon, utskrift av resultater og tolking av flagg og kommentarer, kan du se i (1) operatørmanualen for COBAS AMPLICOR - analysator, og (2) ved bruk av AMPLILINK Software v3.2, kan du se i applikasjonsmanualen for AMPLILINK Software versjon 3.2 Series for bruk sammen med COBAS AmpliPrep-instrument, COBAS TaqMan -analysator, COBAS TaqMan 48-analysator og COBAS AMPLICOR -analysator, eller ved bruk av AMPLILINK Software v3.3, kan du se i applikasjonsmanualen for AMPLILINK Software versjon 3.3 Series for bruk sammen med COBAS AmpliPrep-instrument, COBAS TaqMan -analysator, COBAS TaqMan 48- analysator, COBAS AMPLICOR -analysator og cobas p 630-instrument. Alle reagenser må holde romtemperatur før bruk. Bruk pipetter med aerosolbarriere- eller positive displacement -spisser der dette er angitt. Vær svært forsiktig for å sikre selektiv amplifikasjon. Urin- og penselprøver må oppnå romtemperatur før bruk. Bruk pipetter med aerosolbarriere- eller positive displacement -spisser der dette er angitt. Vær svært forsiktig for å sikre selektiv amplifikasjon. PCR-hemming kan reduseres ved å oppbevare behandlede prøver over natten ved 2 8 C før prøven tilsettes til Working Master Mix /35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

17 Chlamydia trachomatis Størrelse på analyseserier Rør med skrukork må brukes til preparering av prøver og kontroller for å forhindre søl og mulig krysskontamintering av prøver. Ikke bruk rør med snapplokk. Hvert kit inneholder reagenser som er tilstrekkelig for åtte analyseserier à 12 tester. Disse kan utføres separat eller simultant. Minst ett replikat av C. trachomatis (+)-kontrollen og ett replikat av C. trachomatis ( )-kontrollen må være inkludert i hver analyseserie (se Kvalitetskontroll ). NG (+)-kontrollen fungerer som en CT ( )-kontroll for COBAS AMPLICOR CT -testen. Prøveprepareringsreagensene er i en forpakning for 100 tester. CT (+)-kontrollen og NG (+)-kontrollen leveres i engangsflasker som inneholder nok materiale til å fremstille 8 sett preparerte kontroller. CT/NG Master Mix og CT/NG-internkontrollen leveres i tre flasker som hver inneholder nok materiale til å utføre en analyseserie på opptil 32 tester, inkludert prøver og kontroller. For å få en mest mulig effektiv bruk av reagenser, bør prøver og kontroller kjøres i analyseserier bestående av et antall som er multipler av 12. Arbeidsflyt Reagenstillaging COBAS AMPLICOR CT-testen kan fullføres i løpet av én dag eller over to dager. Følg instruksjonene som er beskrevet under Reagenstillaging, Prøvepreparering, Kontrollpreparering og Amplifikasjon og deteksjon i tur og orden hvis analyseringen skal fullføres i løpet av én arbeidsdag. Analyseringen kan fullføres over 2 dager ved å utføre prøvepreparering på dag 1 etterfulgt av reagenstillaging, kontrollpreparering, amplifikasjon og deteksjon på dag 2. Alternativt kan du foreta Reagenstillaging, Prøvepreparering og Kontrollpreparering samt tilsette preparerte prøver og kontroller til Master Mix på dag 1 etterfulgt av Amplifikasjon og Deteksjon på dag 2. Utføres i: Preamplifikasjon reagensklargjøringsområdet 1. Bestem antall A-ringer som er nødvendig for analysering av pasientprøver og kontroller. Plasser A-ringen(e) i A-ringholderen(e). Selv om det ikke utføres deteksjon av CT/NG-internkontroll, må det tilsettes CT/NC IC til Master Mix. 2. Klargjør Working Master Mix ved å tilsette 100 μl CT/NG IC til en flaske CT/NG MMX. Det er ikke nødvendig å måle Master Mix-volumet. Tilsett 100 μl CT/NG IC til hele flasken med CT/NG MMX. Sett på korken og bland godt ved å vende røret opp-ned ganger. Ikke vortex Working Master Mix. Den rosa fargen i CT/NG IC brukes som en visuell bekreftelse på at CT/NG IC er blitt tilsatt til CT/NG MMX. Kast resterende CT/NG IC. Blandes godt ved å vende opp-ned ganger. Working Master Mix må oppbevares ved 2 8 C og brukes innen 4 uker etter tillaging. 3. Tilsett 50 μl Working Master Mix i hvert A-rør ved hjelp av en multisteppipette eller en pipette med aerosolbarriere- eller positive displacement - spiss. Ikke sett på lokkene på A-rørene i dette trinnet. 4. Plasser A-ringen(e) som inneholder Working Master Mix, i en forseglbar plastpose, og lukk plastposen godt. Flytt A-ringen(e) til preamplifikasjon prøveprepareringsområdet. Oppbevar A-ringen(e) som inneholder Working Master Mix, ved 2 8 C i preamplifikasjon prøveprepareringsområdet til prøve- og kontrollprepareringen er fullført. Working Master Mix er stabil i 48 timer ved 2 8 C når A-rørene oppbevares i den forseglede plastposen. 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 17/35

18 Prøvepreparering Utføres i: Preamplifikasjon prøveprepareringsområdet Urinprøver 1. Merk ett 2,0 ml rør med skrukork for hver pasientprøve. Ikke bruk rør med snapplokk. 2. Tilsett 500 μl CT/NG URINE WASH i hvert av de merkede rørene. 3. Vortex urinen godt (3 10 sekunder). Hvis du bruker frosne prøver, skal prøvene tines i romtemperatur før vortexing (volum på mer enn 2 ml må tines over natten ved 2 8 C). Fortsett med prøveprepareringen selv om det måtte forekomme bunnfall. Fjern korkene forsiktig fra urinprøvebeholderne. Unngå å kontaminere hanskene med urin fra korken. Hvis kontaminering skulle skje, må hanskene byttes ut med et rent par før neste prøve behandles. 4. Tilsett 500 μl godt blandet urinprøve fra pasienten til det korresponderende merkede røret som inneholder CT/NG URINE WASH. Bruk en ny spiss med aerosolbarriere for hver prøve. Kork rørene og bland godt ved hjelp av vortexing. 5. Inkuber i 15 minutter ved 37 C. 6. Sentrifuger ved x g i 5 minutter. 7. Tøm ut supernatanten og trykk hvert rør mot et separat ark av absorberende papir. 8. Bruk en ny pipettespiss med aerosolbarriere for hver prøve, og tilsett 250 μl CT/NG LYS til hvert rør. Kork rørene og bland godt ved hjelp av vortexing. 9. Inkuber rørene i 15 minutter ved romtemperatur. 10. Bruk en ny pipettespiss med aerosolbarriere for hver prøve, og tilsett 250 μl CT/NG DIL til hvert rør. Kork rørene og bland godt ved hjelp av vortexing. 11. Sentrifuger rørene i 10 minutter ved x g. 12. Preparerte prøver kan oppbevares ved romtemperatur i opptil 2 timer før overføring av en avpipettert mengde til A-rørene som inneholder Working Master Mix. Oppbevar preparerte prøver ved 2 8 C hvis avpipettering til A-rør ikke vil finne sted innen 2 timer. Preparerte prøver som oppbevares ved 2 8 C må testes innen 7 dager. 13. Hvis preparerte prøver ble oppbevart ved 2 8 C, må de varmes opp til romtemperatur og blandes godt ved vortexing før amplifikasjon. Sentrifuger preparerte prøver i 10 minutter ved x g etter vortexing. 14. Bruk en pipette med en spiss med aerosolbarriere til å overføre 50 μl supernatant til det aktuelle A-røret. Bruk en ny spiss med aerosolbarriere for hver prøve. Vær forsiktig for ikke å ødelegge pelleten (det er mulig at pelleten ikke kan ses tydelig). Noter ned posisjonene for pasientprøvene på A-ring-kartet. Kork A-rørene. 15. Gjenværende materiale fra de preparerte prøvene skal oppbevares ved 2 8 ºC i tilfelle retesting blir nødvendig. Eventuell retesting må utføres innen 7 dager etter prøvepreparering. 18/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

19 Chlamydia trachomatis Penselprøver Penselprøver transportert i AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) Deteksjon av CT/NG IC må utføres ved testing av disse prøvene. 1. Kontroller AMPLICOR STM-prøvetransportrøret. Hvis en prøve er blitt transportert i et rør med en prøvepensel, må denne prøven kastes, og det må tas en ny prøve. 2. Pipetter 1 ml CT/NG DIL til hvert transportrør ved hjelp av en separat, steril pipette for hvert rør. 3. Kork rørene. Vortex i 5 10 sekunder. 4. Inkuber alle rørene i 10 minutter ved romtemperatur. 5. Preparerte prøver kan oppbevares ved romtemperatur i opptil 2 timer før overføring av en avpipettert mengde til A-rørene som inneholder Working Master Mix. Oppbevar preparerte prøver ved 2 8 C hvis avpipettering til A-rør ikke vil finne sted innen 2 timer. Preparerte prøver som oppbevares ved 2 8 C, må testes innen 4 dager. 6. Hvis preparerte prøver oppbevares ved 2 8 C, må de varmes opp til romtemperatur og blandes godt ved vortexing før amplifikasjon. 7. Bruk en pipette med en spiss med aerosolbarriere til å overføre 50 μl av hver preparerte prøve til det aktuelle A-røret. Noter ned posisjonene for pasientprøvene på A-ring-kartet. Kork rørene. 8. Gjenværende materiale fra de preparerte prøvene skal oppbevares ved 2 8 ºC i tilfelle retesting blir nødvendig. Eventuell retesting må utføres innen 4 dager etter prøvepreparering. Penselprøver tatt i dyrkningstransportmedier (CTM) COBAS AMPLICOR CT-testen er blitt evaluert med 2SP eller SPG Culture Transport Media, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest Culture Transport System eller M4RT MicroTest Culture Transport System (Remel, Inc.). Bruk av alternative transportmedier må evalueres av laboratoriet. 1. Kontroller at dyrkningstransportmediet inneholder en prøvepensel. Det er ikke utviklet ytelsesspesifikasjoner for denne testen for prøver som ikke inneholder prøvepensler. 2. Merk ett 2,0 ml rør med skrukork for hver pasientprøve. Ikke bruk rør med snapplokk. 3. Tilsett 100 μl CT/NG LYS til de korresponderende 2 ml polypropylenrørene. 4. Bland prøvene ved hjelp av vortexing. Hvis prøvene ble oppbevart nedfrosset, skal de tines i romtemperatur før vortexing. Fjern korkene forsiktig fra prøverørene. Unngå å kontaminere hanskene. Hvis kontaminering skulle skje, må hanskene byttes ut med et rent par før neste prøve behandles. 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 19/35

20 5. Bruk en pipette med en ny spiss med aerosolbarriere og tilsett 100 μl av en godt blandet prøve til det korresponderende røret som inneholder CT/NG LYS. Bruk en ny spiss med aerosolbarriere for hver prøve. Kork røret og bland godt ved hjelp av vortexing. 6. Inkuber alle rørene i 10 minutter ved romtemperatur. 7. Bruk en ny pipettespiss med aerosolbarriere for hver prøve, og tilsett 200 μl CT/NG DIL til hvert rør. Kork røret og bland godt ved hjelp av vortexing. 8. Inkuber alle rørene i 10 minutter ved romtemperatur. 9. Preparerte prøver kan oppbevares ved romtemperatur i opptil 2 timer før overføring av en avpipettert mengde til A-rør som inneholder Working Master Mix. Oppbevar preparerte prøver ved 2 8 C hvis avpipettering til A-rør ikke vil finne sted innen 2 timer. Preparerte prøver som oppbevares ved 2 8 C må testes innen 7 dager. 10. Hvis preparerte prøver ble lagret ved 2 8 C, må de varmes opp til romtemperatur og blandes godt ved vortexing før amplifikasjon. 11. Bruk en pipette med en spiss med aerosolbarriere til å overføre 50 μl av hver preparerte prøve til det aktuelle A-røret. Bruk en ny spiss med aerosolbarriere for hver prøve. Noter ned posisjonene for pasientprøvene på A-ring-kartet. Kork A-rørene. 12. Gjenværende materiale fra de preparerte prøvene skal oppbevares ved 2 8 ºC i tilfelle retesting blir nødvendig. Eventuell retesting må utføres innen 7 dager etter prøvepreparering. Kontrollpreparering Utføres i: Preamplifikasjon kontrollprepareringsområdet Arbeidskontroller må tilberedes ferskt samme dag som testen utføres. Arbeidskontroller kan brukes til å klargjøre flere preparerte kontroller i løpet av dagen, men må kastes ved arbeidsdagens slutt. CT (+)-kontrollen fungerer som en positiv kontroll for CT-testen. NG (+)- kontrollen fungerer som en negativ kontroll for CT-testen. Del A. Arbeidskontroller: Ved testing av både penselprøver og urinprøver er det nødvendig å preparere ett sett med kontroller for hver prøvetype. Klargjør følgende CT (+)- og CT ( )-arbeidskontroller. A1. Bruk en steril pipettespiss til å tilsette 1 ml CT/NG DIL til hvert av to 2 ml polypropylenrør med skrukork. Merk ett rør med CT (+)-arbeidskontroll, og merk det andre røret med CT ( )-arbeidskontroll. A2. Vortex CT (+) C og NG (+) C ved maksimal hastighet i 5 sekunder. Fjern korkene forsiktig fra rørene. Unngå å kontaminere hanskene. Hvis kontaminering skulle skje, må hanskene byttes ut med et rent par før du fortsetter. A3. Bruk en pipette med en ny spiss med aerosolbarriere og tilsett 100 μl CT (+) C til røret som er merket CT (+)-arbeidskontroll. A4. Bruk en pipette med en ny spiss med aerosolbarriere og tilsett 100 μl NG (+) C til røret som er merket CT ( )-arbeidskontroll. A5. Kork rørene og bland godt ved hjelp av vortexing. Oppbevar ved romtemperatur og kast dem ved arbeidsdagens slutt. 20/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

21 Chlamydia trachomatis Del B. Urin og AMPLICOR STD-penselprøver: Klargjør følgende CT (+)- og CT ( )-preparerte kontroller. B1. Bruk en steril pipettespiss til å tilsette 250 μl CT/NG LYS til hvert av to 2 ml polypropylenrør med skrukork. Merk et rør med CT (+) preparert kontroll, og merk det andre røret med CT ( ) preparert kontroll. B2. Bruk en pipette med en ny spiss med aerosolbarriere, og tilsett 250 μl av CT (+)-arbeidskontrollen til røret som er merket CT (+) preparert kontroll. B3. Bruk en pipette med en ny spiss med aerosolbarriere, og tilsett 250 μl av CT ( )-arbeidskontrollen til røret som er merket CT ( ) preparert kontroll. B4. Kork rørene og bland godt ved hjelp av vortexing. Inkuber alle rørene i 10 minutter ved romtemperatur. Oppbevar ved romtemperatur og kast dem ved arbeidsdagens slutt. B5. Bruk en pipette med en spiss med aerosolbarriere til å overføre 50 μl av hver preparerte kontroll til det aktuelle A-røret. Kork A-rørene og noter ned posisjonene for kontrollene på A-ring-kartet. B6. Flytt de preparerte prøvene (pasientprøver og kontroller) i A-ringene til postamplifikasjonsområdet. Disse PCR-klargjorte prøvene kan oppbevares ved 2 8 C i opptil 16 timer. Del C. CTM-penselprøver: Klargjør følgende CT (+)- og CT ( )-preparerte kontroller. C1. Bruk en steril pipettespiss til å tilsette 100 μl CT/NG LYS til hvert av to 2 ml polypropylenrør med skrukork. Merk et rør med CT (+) preparert kontroll, og merk det andre røret med CT ( ) preparert kontroll. C2. Bruk en steril pipettespiss til å tilsette 100 μl av dyrkningstransportmediet til hvert av rørene som inneholder CT/NG LYS. C3. Kork rørene og bland godt ved hjelp av vortexing. C4. Bruk en pipette med en ny spiss med aerosolbarriere og tilsett 200 μl av CT (+)-arbeidskontrollen til røret som er merket CT (+) preparert kontroll. C5. Bruk en pipette med en ny spiss med aerosolbarriere og tilsett 200 μl av CT ( )-arbeidskontrollen til røret som er merket CT ( ) preparert kontroll. C6. Kork rørene og bland godt ved hjelp av vortexing. Inkuber alle rørene i 10 minutter ved romtemperatur. Oppbevar ved romtemperatur og kast dem ved arbeidsdagens slutt. C7. Bruk en pipette med en spiss med aerosolbarriere til å overføre 50 μl av hver preparerte kontroll til det aktuelle A-røret. Kork A-rørene og noter ned posisjonene for de preparerte prøvene og kontrollene på A-ring-kartet. C8. Flytt de preparerte prøvene (pasientprøver og kontroller) i A-ringene til postamplifikasjonsområdet. Disse PCR-klargjorte prøvene kan oppbevares ved 2 8 C i opptil 16 timer. 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 21/35