Maxwell CSC DNA FFPE Kit

Transkript

1 TEKNISK HÅNDBOK Maxwell CSC DNA FFPE Kit Bruksanvisning for produktet AS1350 Forsiktig: Håndter kassetter med forsiktighet, forseglingskantene kan være skarpe. BRUKANVISNING FOR PRODUKTET AS Woods Hollow Rd. Madison, WI USA MDSS GmbH Schiffgraben Hannover, Germany Revidert 5/18 TM395

2 Maxwell CSC DNA FFPE Kit Alle teknisk litteratur er tilgjengelig på: Gå til nettstedet for å kontrollere at du bruker den mest oppdaterte versjonen av denne tekniske håndboken. Send e-post til Promega Technical Services dersom du har spørsmål vedrørende bruk av dette systemet: 1. Beskrivelse Produktkomponenter, oppbevaringsbetingelser og symbolforklaring Tiltenkt bruk av produktet Bruksbegrensninger for produktet Før du starter A. Klargjøre FFPE-prøver B. Klargjøre Maxwell FFPE-kassetten Instrumentkjøring Etter rensing Feilsøking Referanse Oppsummering av endringer Maxwell CSC DNA FFPE Kit er bare tilgjengelig i visse land. Dette produktet overholder de vesentlige kravene i EU-direktiv 98/79/EF vedrørende in vitro-diagnostiske medisinske enheter. 1. Beskrivelse Maxwell CSC DNA FFPE Kit (a) brukes sammen med Maxwell CSC-instrumentet for å oppnå en enkel metode for effektiv og automatisert rensing av genomisk DNA (gdna) fra humane FFPE-vevsprøver (formalinfikserte, parafininnstøpte) fra bryst, lunge eller tykktarm. Maxwell CSC-instrumentet leveres med forhåndsprogrammerte rensemetoder og er utformet for bruk med de forhåndsdispenserte reagenskassettene samt ytterligere reagenser som følger med i settet, noe som dermed maksimerer enkelthet og brukervennlighet. Instrumentet kan behandle opptil 16 prøver på < 60 minutter, og det rensede DNA-et kan brukes direkte i nedstrøms amplifikasjonsbaserte bruksområder som PCR. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI USA Grønn linje i USA: Faks: TM395 Revidert 5/18

3 Maxwell CSC DNA FFPE Kit renser nukleinsyre ved hjelp av paramagnetiske partikler, som gir en mobil solid fase for å optimalisere prøveinnhenting, vask og rensing av gdna. Maxwell CSC-instrumentet er et instrument til håndtering av magnetiske partikler. Dette systemet muliggjør effektiv binding av gdna til de paramagnetiske partiklene i første brønn av en forhåndsfylt kassett, beveger prøven gjennom brønnene i kassetten og blander den under behandlingen. Denne tilnærmingen til magnetisk registrering unngår vanlige problemer som tette tupper eller delvise reagensoverføringer som resulterer i suboptimal rensebehandling, som oppstår i andre ofte brukte automatiserte systemer. 2. Produktkomponenter, oppbevaringsbetingelser og symbolforklaring PRODUKT STØRRELSE KAT.NR. Maxwell CSC DNA FFPE Kit 48 preps AS1350 For in vitro-diagnostisk bruk. Kun til profesjonell bruk. Tilstrekkelig til 48 automatiserte isoleringer fra FFPE-prøver. Maxwell FFPE-kassetter er kun beregnet på engangsbruk. 15 C 30 C 6010TB 48 Inneholder: 25ml Mineral Oil 20ml Lysis Buffer 2 1ml Proteinase K (PK) 100µl Blue Dye 1ml RNase A 48 Maxwell FFPE Cartridges 50 CSC/RSC Plungers 50 Elution Tubes (0.5ml) 25ml Nuclease-Free Water Oppbevaringsbetingelser: Maxwell CSC DNA FFPE Kit oppbevares ved C. Sikkerhetsinformasjon: Reagenskassettene inneholder etanol og isopropanol. Disse stoffene anses som brannfarlige, skadelige og irriterende. Maxwell FFPE-kassetter er designet til bruk med potensielt smittefarlig materiale. Bruk riktig personlig verneutstyr (f.eks. hansker og beskyttelsesbriller) ved håndtering av potensielt smittefarlig materiale. Følg institusjonens retningslinjer for håndtering og kassering av potensielt smittefarlig materiale brukt med dette systemet. Forsiktig: Håndter kassetter med forsiktighet, forseglingskantene kan være skarpe. 2 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI USA Grønn linje i USA: Faks: TM395 Revidert 5/18

4 Tilleggsinformasjon: Maxwell CSC DNA FFPE Kit-komponentene er kvalifisert og kvalitetssikringstestet for å fungere sammen. Det anbefales ikke å blande settkomponenter mellom forskjellige settloter. Bruk bare komponentene som følger med i settet. Symbolforklaring Symbol Forklaring Symbol Forklaring Medisinsk utstyr for in vitro-diagnostikk Autorisert representant 15 C 30 C Oppbevares ved C Woods Hollow Rd. Madison, WI USA Produsent Viktig Irriterende Kreftfremkallende Innholdet rekker til n tester Conformité Européenne Advarsel. Biologisk fare. Advarsel. Klemfare. Bestillingsnummer Lotnummer Skal ikke gjenbrukes 3. Tiltenkt bruk av produktet Maxwell CSC DNA FFPE Kit er beregnet på bruk sammen med Maxwell CSC-instrumentet og Maxwell CSC FFPE DNA-rensemetoden, som en in vitro-diagnostisk (IVD) medisinsk enhet for å utføre automatisert isolering av genomisk DNA fra humane FFPE-vevsprøver (formalinfikserte, parafininnstøpte) fra bryst, lunge og kolon. Det rensede DNA-et er egnet for bruk i amplifikasjonsbaserte in vitro-diagnostiske analyser. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI USA Grønn linje i USA: Faks: TM395 Revidert 5/18

5 Maxwell CSC DNA FFPE Kit skal brukes ved en temperatur på C. Bruk utenfor dette temperaturområdet kan medføre suboptimale resultater. FFPE-prøver klargjort med 10 % nøytralbufret formalin kan brukes med Maxwell CSC DNA FFPE Kit. Maxwell CSC DNA FFPE Kit skal ikke brukes som en del av en spesifikk diagnostisk test. Maxwell CSC DNA FFPE Kit er bare beregnet på profesjonell bruk. Diagnostiske resultater som oppnås med DNA-et som renses med dette systemet, må tolkes i sammenheng med andre kliniske funn eller laboratoriedata. 4. Bruksbegrensninger for produktet Maxwell CSC DNA FFPE Kit er kun beregnet på bruk med FFPE-vevsprøver innsamlet fra humant bryst, lunge eller kolon. Det er ikke beregnet på bruk med ikke-ffpe-vevsprøver, for eksempel ferske eller frosne vevsprøver, eller FFPE-vevsprøver innsamlet fra andre vev enn humant bryst, lunge og kolon. Maxwell CSC DNA FFPE Kit er ikke beregnet på bruk med andre typer prøver, inkludert ikke-humane prøver, eller til rensing av RNA. Maxwell CSC DNA FFPE Kit er ikke beregnet på bruk med vevsprøver som har blitt klargjort med andre fiksativer enn 10 % nøytralbufret formalin. Ytelsen til Maxwell CSC DNA FFPE Kit ble evaluert ved å isolere DNA fra FFPE-vevsprøver i størrelse fra 0,1 mm 3 til 2,0 mm 3. Produktet skal ikke brukes med prøver utenfor dette området. Brukeren er ansvarlig for å kontrollere hvilke ytelseskarakteristikker som kreves til nedstrøms diagnostiske formål. Egnede kontroller skal inkluderes i alle nedstrøms diagnostiske applikasjoner med DNA renset med Maxwell CSC DNA FFPE Kit. 5. Før du starter Materialer som må anskaffes av bruker mikrosentrifuge pipettorer og pipettespisser for å forhåndsbehandle prøveoverføring til forhåndsfylte reagenskassetter 1,5 2,0 ml rør for inkubasjon av prøver (f.eks. mikrorør, 1,5 ml [kat.nr. V1231]) varmeblokker stilt til 56 C og 80 C (Merk: Varmeblokken må settes til den nødvendige temperaturen. Faktisk varmblokktemperatur må måles til temperaturen innenfor kalibreringsspesifikasjonene for termometeret som brukes for målingen.) FFPE-prøver med totalt vevsvolum på 0,1 til 2,0 mm 3 (Merk: Prøver må oppbevares ved romtemperatur [15 30 C].) barberhøveblader (Merk: Vær forsiktig under bruk av barberblader til å skrape prøve fra objektglasset.) 4 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI USA Grønn linje i USA: Faks: TM395 Revidert 5/18

6 5.A. Klargjøre FFPE-prøver Forbehandle seksjonsprøver 1. Plasser seksjonsmaterialet i 1,5 ml mikrosentrifugerør. Ved bruk av vevsseksjoner på objektglass skraper du seksjonsmaterialet av objektglasset ved hjelp av et rent barberblad. 2. Tilsett 300µl mineralolje i prøverørene. Bland i virvelblander i 10 sekunder. 3. Varm opp prøvene til 80 C i 2 minutter. Plasser prøvene i romtemperatur mens du klargjør masterblandingen. 4. Klargjør en masterblanding av lyseringsbuffer, proteinase K-løsning og blåfarge som vist nedenfor. Reagens Mengde/reaksjon Reaksjoner (antallet som skal kjøres + 1) Totalt Lyseringsbuffer 224 µl n (n + 1) µl Proteinase K 25 µl n (n + 1) µl Blåfarge 1 µl n (n + 1) µl 5. Tilsett 250 µl masterblanding i hvert prøverør og bland i virvelblander i 5 sekunder. 6. Sentrifuger ved g i 20 sekunder for å skille lag. Hvis en pellet er til stede i det vandige laget (lavere, blått lag), blander du forsiktig den vandige fasen med en pipette. 7. Overfør prøverørene til 56 C varmeblokk og inkuber i 30 minutter. 8. Overfør prøverørene til 80 C varmeblokk og inkuber i 4 timer. 9. Overføre prøverørene til benk og la prøven kjøle seg ned til romtemperatur i 5 minutter. 10. Tilsett 10 µl RNase A i hvert prøverør. Bland ved å pipettere. 11. Inkuber i 5 minutter ved romtemperatur (15 30 C). 12. Sentrifuger ved full hastighet i en mikrosentrifuge i 5 minutter. 13. Overfør umiddelbart blå, vandig fase som inneholder DNA, til brønn nr. 1 av Maxwell FFPE-kassettet før del 6, trinn 5. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI USA Grønn linje i USA: Faks: TM395 Revidert 5/18

7 5.B. Klargjøre Maxwell FFPE-kassetten 1. Bytt hansker før du håndterer Maxwell FFPE-kassetter, CSC/RSC-stempler og elueringsrør. Kassetter settes opp på Maxwell CSC-dekkbrettet utenfor instrumentet, og dekkbrettet som inneholder kassettene og prøvene, overføres til instrumentet for rensing. Plasser kassettene som skal brukes, i Maxwell CSCdekkbrettet (figur 2). Plasser hver kassett i dekkbrettet med brønn nr. 1 (den største brønnen i kassetten) lengst borte fra elueringsrørene. Trykk ned kassetten slik at den sitter helt på plass. Kontroller at begge kassettendene er helt festet dekkbrettet. Dra forsiktig vekk forseglingen slik at hele forseglingen fjernes fra toppen av kassetten. Kontroller at all forseglingsteip og klebende materiale har blitt fjernet før kassettene plasseres i dekkbrettet. Forsiktig: Håndter kassetter med forsiktighet. Forseglingskantene kan være skarpe. 2. Plasser ett stempel i brønn nr. 8 i hver kassett. Merk: Bruk bare stemplene som følger med i Maxwell CSC FFPE Kit. Stempler for Maxwell 16 LEV og SEV Kit er ikke kompatible med Maxwell CSC-instrumentet. 3. Plasser et tomt elueringsrør i elueringsrørposisjonen for hver kassett i Maxwell CSC-dekkbrettet. Merk: Bruk bare elueringsrørene som følger med i Maxwell CSC DNA FFPE Kit. Andre elueringsrør vil kanskje ikke være kompatible med Maxwell CSC-instrumentet og kan påvirke DNA-renseytelsen. 4. Tilsett 50 µl nukleasefritt vann i bunnen av hvert elueringsrør. Merk: Bruk bare det nukleasefrie vannet som følger med i Maxwell CSC DNA FFPE Kit. Bruk av andre elueringsbuffere kan påvirke DNA-rensingen. Merknader for klargjøring av Maxwell FFPE-kassetten 1. Dersom du behandler færre enn 16 prøver, skal kassettene midtstilles på dekkbrettet. 2. Fjern prøve- eller reagenssøl på alle deler av Maxwell CSC-dekkbrettet som angitt i Maxwell CSC Instrument Operating Manual. Ikke bruk blekemiddel på noen av instrumentdelene TC Bindeløsning Binding Buffer 2. Magnetiske Magnetic Particles partikler 3. Vaskemiddel Wash Solution 4. Vaskemiddel Wash Solution 5. Vaskemiddel Wash Solution Vaskemiddel Wash Solution 7. Empty 7. Tomt 8. Empty 8. Tomt Well Content User Adds: Brønninnhold 1. Preprocessed som sample brukeren tilsetter Forbehandlet CSC/RSC Plunger prøve 8. CSC/RSC-stempel Figur 1. Maxwell FFPE-kassett. Denne figuren viser innholdet i en kassett. Forbehandlet FFPE-prøve tilsettes i brønn nr. 1, og et stempel settes i brønn nr Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI USA Grønn linje i USA: Faks: TM395 Revidert 5/18

8 10828TB Figur 2. Oppsett og konfigurering av Maxwell CSC-dekkbrettet. Nukleasefritt vann tilsettes i elueringsrørene som angitt. 6. Instrumentkjøring Maxwell CSC FFPE-metoden kan lastes ned fra Promega-nettstedet: maxwellcscmethod. Se Maxwell CSC Methods Installation Technical Manual #TM401 for mer detaljert informasjon. 1. Slå på Maxwell CSC-instrumentet og nettbrettet. Instrumentets brukergrensesnitt starter automatisk, og instrumentet fortsetter med en selvtest og setter alle bevegelige deler i utgangsposisjon. 2. Velg Start på startskjermbildet. 3. Skann eller legg inn metodestrekkoden på Maxwell CSC DNA FFPE Kit-etiketten for automatisk å velge metoden som skal kjøres (figur 3). Merk: Maxwell CSC FFPE DNA Kit-metodestrekkoden er påkrevd for rensing av DNA på Maxwell CSCinstrumentet. Settetiketten inneholder to strekkoder. Metodestrekkoden er angitt på figur 3 nedenfor. Hvis strekkoden ikke kan skannes, kontakter du Promega Technical Services. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI USA Grønn linje i USA: Faks: TM395 Revidert 5/18

9 6. Instrumentkjøring (fortsettelse) Figur 3. Settetiketten som indikerer metodestrekkoden som skal skannes. I den røde boksen vises metodestrekkoden på settetiketten som skal skannes for å starte en rensekjøring. 4. Velg kassettposisjoner som skal kjøres (se Maxwell CSC Instrument Operating Manual), og skann eller legg manuelt inn den påkrevde prøvesporingsinformasjonen. Velg bort eventuelle ubrukte posisjoner. Velg Fortsett når du er klar. 5. Kontroller at prøvene ble tilsatt i brønn nr. 1 i kassettene (som anvist i del 5.A), at kassettene er lastet på instrumentet, at elueringsrørene som inneholder 50 μl nukleasefritt vann, er til stede, og at stemplene er plassert i brønn nr Overfør Maxwell CSC-dekkbrettet som inneholder de klargjorte kassettene, til Maxwell CSCinstrumentdekket. Kontroller at dekkbrettet er plassert i Maxwell CSC-instrumentet med elueringsrørene nærmest døren. Dekkbrettet får bare plass i instrumentet dersom det vender i denne retningen. Dersom dekkbrettet ikke passer på plattformen, kontrollerer du at det er satt inn riktig vei. Kontroller at dekkbrettet sitter plant på instrumentdekket. Merk: Hold Maxwell CSC-dekkbrettet etter sidene for å unngå å forflytte kassettene fra stativet. Advarsel: Klemfare. 7. Bekreft at all angitt forbehandling har blitt utført, og trykk på Start for å lukke instrumentdøren og starte behandlingen. 8. Maxwell CSC-instrument starter rensingen umiddelbart. Skjermen viser trinnene som utføres og omtrentlig tid som er igjen i kjøringen. Merk: Dersom kjøringen avbrytes før fullføring, vil instrumentet vaske partiklene av stemplene og slippe stemplene i brønn nr. 8 i kassetten. Prøvene vil da gå tapt. Ikke forsøk å rense på nytt prøver som har vært i en instrumentkjøring som ble avbrutt. 9. Når den automatiske rensekjøringen er fullført, viser nettbrettskjermen en melding om at metoden er avsluttet. Kjøring avsluttet TA 8 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI USA Grønn linje i USA: Faks: TM395 Revidert 5/18

10 Kjøring avsluttet 10. Følg instruksjonene på skjermen etter at metoden har blitt fullført, for å åpne døren. Kontroller at stemplene befinner seg i brønn nr. 8 i kassetten etter fullført kjøring. Fjern dekkbrettet fra instrumentet og fjern eluerte prøver fra dekkbrettet. Hvis alle stempler ikke har blitt fjernet fra stempelstangen: Følg meldingene på skjermen for å utføre rengjøringsmetoden for en avbrutt kjøring, eller velg rengjøringsmetoden fra innstillingsskjermbildet for en fullført kjøring for å fjerne de gjenværende stemplene. 11. Sett på hetter og fjern elueringsrørene som inneholder DNA, umiddelbart etter kjøringen for å forhindre fordampning av eluatene. Fjern Maxwell CSC-dekkbrettet fra instrumentet. Merk: Etter den automatiserte renseprosedyren kan Maxwell CSC-dekkbrettet være varmt. Hvis du vil fjerne stativet fra instrumentplattformen, holder du stativet etter sidene. Sørg for at prøvene er fjernet fra instrumentet før kjøring av UV-sterilisering, for å unngå skader på den rensede nukleinsyren. 12. Fjern kassettene og stemplene fra Maxwell CSC-dekkbrettet og håndter dem som farlig avfall i henhold til institusjonens prosedyrer. Kassettene, stemplene og elueringsrørene er bare til engangsbruk. Maxwell FFPE-kassetter, CSC/RSC-stempler og elueringsrør må ikke brukes på nytt. 7. Etter rensing Fastslå om utbyttet til det rensede DNA-et oppfyller de angitte kravene for den aktuelle nedstrøms diagnostiske analysen før bruk i denne analysen. Settytelsen ble evaluert basert på rensing av amplifiserbart DNA. Andre former for kvantifisering som omfatter absorbans eller binding fluorescerende farge, vil kanskje ikke samsvare med amplifiseringen (1). Absorbansavlesninger for rensede FFPE-prøver kan overvurdere utbyttet. Vi anbefaler bruk av andre metoder for å bestemme utbytte (1). Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI USA Grønn linje i USA: Faks: TM395 Revidert 5/18

11 8. Feilsøking For spørsmål som ikke besvares her, bes du kontakte ditt lokale Promega-kontor eller den lokale forhandleren. Kontaktinformasjon er tilgjengelig på: E-post: Symptomer Lavere enn forventet konsentrasjon DNA i eluat En typisk FFPE-seksjon skal gi amplifiserbart DNA avhengig av vevsstørrelse, cellularitet, formalinfikseringstilstand og håndtering. Lavere kvalitet enn forventet Eluatet inneholder svært fragmentert DNA eller hemmere av nedstrøms analyser. Årsaker og kommentarer Settytelsen ble evaluert ved å isolere DNA fra FFPEvevsprøver i størrelse fra 0,1 mm 3 til 2,0 mm 3. Det er ikke utformet for prøver utenfor dette området. Bruk seksjonsmateriale som faller innenfor dette området. Settet ble utformet for bruk med FFPE-vevsprøver innsamlet fra humant bryst, lunge eller kolon. Det er ikke beregnet på bruk med ikke-ffpe-vevsprøver, for eksempel ferske eller frosne vevsprøver, eller FFPE-vevsprøver innsamlet fra andre vev enn humant bryst, lunge og kolon. Inkubasjonstider og -temperaturer ble testet kun for humant bryst, lunge og kolon. Settet ble ikke utformet for bruk med vevsprøver som har blitt klargjort med andre fiksativer enn 10 % nøytralbufret formalin. Sjekk med patologilaboratoriet eller leverandøren for å sikre at et alternativt bindemiddel ikke ble brukt. Det foreligger ingen utsagn vedrørende fargede objektglass eller seksjonsmateriale. Gjenta rensingen med et ikkefarget objektglass eller seksjonsmateriale. Settytelsen ble evaluert basert på rensing av amplifiserbart DNA. Andre former for kvantifisering som omfatter absorbans eller binding fluorescerende farge, vil kanskje ikke samsvare med amplifiseringen. Bruk en amplifikasjonskvantifisering for å vurdere rensingen. Vevsseksjonen som brukes til rensing, kan inneholde fragmentert DNA grunnet av formalinfikseringsforhold eller håndtering. Hvis DNA-et fragmenteres før ekstraksjonsrensing, vil fragmentert DNA bli renset med dette settet. Gjenta med en tilstøtende seksjon for å vurdere om det er et problem med seksjonen eller prosessen. Noen amplifikasjonsbaserte analyser er spesielt følsomme for tilstedeværelse av hemmere. Nedstrøms analysekontroller bør kunne identifisere tilstedeværelsen av en amplifikasjonshemmer i eluatet. Det er brukerens ansvar å kontrollere kompatibiliteten til dette produktet med nedstrøms analyser. 10 Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI USA Grønn linje i USA: Faks: TM395 Revidert 5/18

12 9. Referanse 1. Bonin, S. et al. (2010) Multicentre validation study of nucleic acids extraction from FFPE tissues. Virchows Arch. 457, Oppsummering av endringer Følgende endringer ble foretatt i 5/18-revisjonen av dette dokumentet: 1. Oppdatert med tilføying av kravene i EU IVD-direktivet (98/79/EF). (a) Amerikansk pat. nr. 6,027,945, 6,368,800 og 6,673,631, europeisk pat. nr , og , japansk pat. nr og , 2018 Promega Corporation. Med enerett. Maxwell er et registrert varemerke tilhørende Promega Corporation. Produkter kan være omfattet av anmeldte eller utstedte patentbeskyttelser, eller kan ha visse begrensninger. Det henvises til vårt nettsted for ytterligere informasjon. Alle priser og spesifikasjoner oppgis med forbehold om endringer. Produktutsagn oppgis med forhold om endringer. Kontakt Promega Technical Services eller se Promegas online-katalog for oppdatert informasjon vedrørende Promega-produkter. Promega Corporation 2800 Woods Hollow Road Madison, WI USA Grønn linje i USA: Faks: TM395 Revidert 5/18