Bioinformatikk ved UiO, OUS og HSØ USITs perspektiv

Transkript

1 Bioinformatikk ved UiO, OUS og HSØ USITs perspektiv H.A. Eide, USIT/UAV/ITF

2 VG mai 2014 Computerworld mai, 2014

3 Utvikling innen DNA sekvensering Slide lånt fra Prof. Dag Undlien

4 IT utfordringer som følge av bioinformatikkeksplosjonen Store datamengder, svært store Avansert regnekraft, mye Kompetanse Sensitive data Lovpålagte krav Etterprøvbarhet Deling, arkivering, gjenfinnbarhet Utdanning/rekruttering

5 USIT USIT universitetets sentrale IT enhet (ca. 200 åv) Lokal IT IT tjenester/drift/støtte ved enhetene Stor variasjon i organisering, størrelse, oppgaver/ansvar fra enhet til enhet USIT har ansvar for å levere infrastrukturen og IT-tjenestene og - løsningene universitetet trenger for å nå sine mål for utdanning, forsking, formidling og administrativt arbeid USIT er også et kompetanse- og driftssenter for IT i forskning og utdanning på nasjonalt plan Forskning: USIT leverer tjenester og ressurser i form av programvare, beregningsresursser, lagringstjenester, tilgang til datasamlinger og avansert brukerstøtte for forskningsvirksomhet, ved universitetet og nasjonalt. Utfører nasjonale oppgaver i internasjonale prosjekt.

6 USIT Seksjon for IT i forskning (ITF) Gir råd om digitale løsninger i forskning og sørger for løsninger, tjenester og kompetanse til universitetets forskere og forskningsmiljøer innen metodiske hovedretninger, inkludert museenes forskning Bidrar til UiOs strategi for området IT i forskning og representerer UiO i nasjonale og internasjonale prosjekter og program som omfatter e-infrastruktur og IT-tjenester til forskning Designer løsninger, gjør innkjøp (i samarbeid med innkjøpsavdelingen) og drifter e-infrastruktur for forskning Seksjonens ca. 25 medarbeidere er organisert i tre grupper: Gruppe for forskningsinfrastruktur (FI) Gruppe for forskningstjenester (FT) Gruppe for digital samlingsforvaltning (DS)

7 USITs Tjenester for Sensitive Data - TSD Et sikkert mini-usit som en veldig avansert nettbank uten direkte kontakt med internett begrensende muligheter for data-eksport/import stor lagringskapasitet stor regnekraft (Colossus, 3k CPUer) programvare (HTS, statistikk etc.) virtuelle arbeidsmaskiner (Windows, Linux) sikkert nettskjema (web-basert datainnsamling) databaser høy båndbredde langtids lagring eller tidsbegrenset rich media (video og lyd under utvikling)

8 TSD offisielt i produksjon fra mai 2014 > 40 aktive prosjekt, > 100 aktive brukere, hvorav > 60% medisinsk Julieffekten

9 TSD en flerbruker/flerbruksløsning TSD VM U 1 S 1 S 1 DB S 2 DB VM U 2 S 2 User 1 Study 1 User 2 Study 2 GW Front end Colossus TSD disk R STATA SPSS MatLab SAS MS Office... Colossus (HPC 3k CPU) Colossus disk S 1 S 2 Gard Thomassen,TSD 2.0

10 Sikker web-basert datainnsamling med TSD minid Nettskjema Encrypted XML (PGP) Import mechanism Project VM Project disk TSD Gard Thomassen,TSD 2.0

11 Norsk Kostholdsregister & UiO Nettskjema

12 Samarbeid omkring TSD Samarbeidspartnere og finansiering UiO NorStore (NFR via UNINETT Sigma) Norsk Genetisk Analyseplattform (GenAP, OUS/UiO) Norsk Kostholdsregister (MedFak) Psykologisk Institutt (SV) Norsk Kreftgenomkonsortium (NCGC, OUS/UiO) Referansegruppe Oslo Universitetssykehus, NorStore, REK, Folkehelseinstituttet, Kreftregisteret, rr-research ved OUS, Elixir Norge, NCGC, GenAP og Psykologisk Institutt Gard Thomassen,TSD 2.0

13 TSD... en nasjonal og snart internasjonal tjeneste NFR (via NorStore) som bidragsyter forutsetter tilgang til tjenestene for UH-sektoren. Notur har signalisert interesse for investere i regneklyngen Colossus Helse med Norsk Genetisk Analyseplattform (GenAP, OUS/UiO), nye muligheter med Forskernett+ Nordic einfrastructure Collaboration (NeIC) prosjekt Tryggve etter Elixir initiativ hvor TSD er en hovedkomponent Nordisk samarbeidsplattform for sensitive data Stor interesse for TSD i EUDAT (FP7, H2020), prosjekt Prevent Adall (barneallergi m.m.)

14 Forskernett+

15 Forskernett+ I samarbeid med Det Medisinske fakultet (MedFak) og HSØ har USIT laget en skisse til en løsning hvor alle forskere i HSØ benytter en IT-løsning basert på UiOs generelle IT-løsning. Dette vil gi alle forskerne et bedre IT-verktøy, bedre tilgang til pasientdata og også gjøre samarbeidet mellom forskerne langt enklere. Det er besluttet å gå i forhandlinger om denne løsningen. «Forskernett+» vil være basert på UiOs generelle IT-løsninger inklusive USITs Tjenester for Sensitive Data (TSD)

16 Forskernett+ De viktigste elementene i «Forskernett+» er: Basere seg på UiOs eksisterende løsninger Forlenge UiOs nett ut på sykehusene via HSØs eget datanett Samordne alle lisenser både på programvare og biblioteksressurser Samordne tillatt utstyr (PCer, skrivere etc.) Lage system for å gi HSØs forskere brukernavn i UiO systemet TSD

17 Hvordan får vi utnyttet IT best mulig? Noen ressursutfordringer sett fra USIT einfrastrukturelle ressurser. Miljøene må være med å finansiere sine spissbehov, inkludere disse i sine søknader. Bemanning og kapasitet. Domenespesifikk IT kompetanse og utviklingsressurser må tilsvarende med-finansieres eller tilføres fra miljøene. Utdanning og kompetanseressurser. Sørge for at studieløp og forskerutdanning har vesentlig IT komponent.

18 Cluster Cluster Avansert brukerstøtte og spissressurser (IT til admin.) IT til forskning USIT (IT til utdanning) einfrastruktur Beregninger Lagring Software Nettverk Clustere (hub er) adresserer utfordringene, kan styrke IT-komponenten for forskning og utdanning Fellestjenester og ressurser leveres av USIT, spiss- og domene ressurser i tett samarbeid mellom clustre og USIT Modell utredes av arbeidsgruppen for IT til forskning

19 Lifeportal: Galaxy-basert portaltjeneste i tett samarbeid mellom USIT og CLS

20 USITs rolle innenfor utdanningen IT i utdanningen : CSE modellen! Nye tilnærminger: MOOCs, digitale læremidler Egne kurs og opplæring bruk av beregnigsressurser og lagringstjenester programmering og verktøy programvare for statistikk programvare for kvalitative metoder spesifikke applikasjoner lifeportal lynkurs Stiller gjerne på forespørsel og holder skreddersydde kurs i samarbeid med forskergrupper!

21 Takk for oppmerksomheten Cluster Cluster Avansert brukerstøtte og spissressurser (IT til admin.) IT til forskning USIT (IT til utdanning) einfrastruktur Beregninger Lagring Software Nettverk