Et virus assosiert med HSMB er kartlagt. Del 2: Metodikk og potensiale. Torstein Tengs
|
|
- Unni Carlson
- 7 år siden
- Visninger:
Transkript
1 Et virus assosiert med HSMB er kartlagt. Del 2: Metodikk og potensiale Torstein Tengs
2 Ukjente patogener I alle systemer finnes det sykdommer hvor man mistenker et infektiøst agens, men hvor dette ikke er blitt identifisert Sannsynligvis store mørketall (sykdommer hvor et patogen er involvert men hvor man ikke ennå har data som underbygger dette) Hos menneske er det en rekke kjente sykdommer hvor man har lett etter patogener (lymfomer, astma, MS osv) Sopp, parasitter, protister, virus, bakterier etc.
3 Hva er problemet? Det er ikke trivielt å plukke rett vev/tidspunkt i sykdomsforløpet. Av og til er det bra å ikke ha detaljert kunnskap om sykdommen... Agens kan ikke dyrkes eller anrikes enkelt Klassiske molekylære metoder fungere ikke (konsensus PCR, subtraksjon etc.) Alternative metoder fungerer ikke/har ikke blitt prøvd: enzymatisk nedbrytning av vert DNA, screening av biblioteker med prober osv Sykdommen er ikke et resultat av, eller bare delvis forårsaket av, en infeksjon (autoimmun?)...
4 Sekvenserings-basert patogen karakterisering Man kan studere alle levende organismer indirekte ved å studere deres genomer og transkripter (og proteiner ) DNA/RNA må opprenses og prepareres for sekvensering Stor mengder sekvensdata må genereres Datakraft brukes til å fjerne sekvenser man forventer (vertsgenom/transkriptom, kjente kontaminanter osv) Kandidatsekvenser følges opp med videre sekvensering og PCR
5 Første eksempel: Computational Subtraction Alle sekvenser fra humane transkripter ble lastet ned fra GenBank (>3 millioner EST sekvenser) Humane (og muse) sekvenser ble fjernet ved å bruke BLAST og MegaBLAST kandidatsekvenser ble identifisert Weber et al. Identification of foreign gene sequences by transcript filtering against the human genome. Nat Genet Feb;30(2):141-2.
6 Computational Subtraction Se også: Pathogen discovery from human tissue by sequence-based computational subtraction. Xu et al. Genomics Mar;81(3):
7 Computational Subtraction - GMO Norge har ett av verdens strengeste regelverk når det kommer til genetisk modifiserte organismer. Det er tillatt kun med spormengder i materiale som skal til humant konsum og inntil 5% i dyrefôr (godkjente GMOer). En GMO defineres som en organisme som er blitt genetisk manipulert ved hjelp av molekylærbiologiske metoder. Brorparten av GMOene har fått satt inn et konstrukt: Toksiner som dreper sopp/bakterier/parasitter (men ikke oss ) Toleranse ovenfor sprøytemidler (Økt næringsinnhold, bedre dyrkbarhet etc.)
8 Analyse av 5455 EST sekvenser fra GMO ris og mrna sekvenser fra SunUp papaya
9 Computational Subtraction - GMO 454-sekvensering av mrna fra GMO Arabidopsis thaliana - Fant også en rekke nye gener/splice former Characterization of unknown genetic modifications using high throughput sequencing and computational subtraction. Tengs et al. BMC Biotechnol Oct 8;9:87.
10 Mer data for pengene Man trenger ikke lange sekvenser for å kunne si om noe ser ut til å være en god kandidat eller ikke Tradisjonell Sanger sekvensering (og til en viss grad 454-basert pyrosekvensering) gir egentlig lengre sekvenser ( reads ) enn det man trenger ( baser) Man kan subsample DNA/RNA ved å kutte det i småbiter og lime det sammen til lange kjeder ved hjelp av molekylærbiologisk akrobatikk (SAGE, RECORD etc.) Man kan da identifisere flere fragmenter per read
11 Genomic representations using concatenates of Type IIB restriction endonuclease digestion fragments. Tengs et al. Nucleic Acids Res Aug 25;32(15):e121. Patent: Nucleic acid representations utilizing Type IIB restriction endonuclease cleavage products. Matthew L. Meyerson and Torstein Tengs. Patent publication number 2005/079357, application number PCT/US2005/
12 Subtraksjon av sekvens tags Det er ikke trivielt å filtrere bort uønskede sekvenser (Alternativ løsning sammenlign data mot kjente patogen grupper ) Pass på å ikke kast ut barnet med badevannet Viktig å trimme sekvenser for vektor, linkere etc. Bare bruk sekvenser/baser av god kvalitet Masse data i GenBank (og andre steder) er feilannotert og svært mange komplette genomer er lang fra ferdige (inkluder det human genomet )
13 Lipkins metode Det går an å bruke både polya RNA og genomisk DNA for å lete etter patogener. Det er også mulig å gjøre ting billigere/enklere ved å bruke sekvens tags Man gjør færrest antagelser ved å bruke total RNA som utgangspunkt, men da ender man opp med >90 % rrna reads Lengre reads er bedre enn tags, men dette vil kreve masse ressurser både til sekvensering og analyse Nye sekvenseringsteknologier og raske algoritmer/datamaskiner har i de siste årene allikevel gjort dette mulig! A metagenomic survey of microbes in honey bee colony collapse disorder. Cox-Foster et al. Science Oct 12;318(5848): Microbe hunting in the 21st century. Lipkin WI. Proc Natl Acad Sci U S A Jan 6;106(1):6-7.
14 Lipkins metode - HSMI Total RNA ble isolert fra hjerte og serum fra utbruddsfisk og fisk fra smitteeksperiment (Kongtorp & Taksdal. J Fish Dis Mar;32(3):253-62) Total RNA ble revers transkribert og PCR amplifisert ved hjelp av todelte primere (randomisert oktamer og definert primer sekvens) 15 prøver (9 hjerte og 6 serum) ble sekvenser ved hjelp av 454 pyrosekvensering (om lag reads per prøve) Sekvenser ble assemblet slik at contigs ble konstruert av overlappende reads Sekvenser som matchet ribosomalt RNA ble fjernet (SILVA database) Sekvenser som matchet sebrafisk (komplett genom tilgjengelig) ble fjernet Resterende contigs ble oversatt i alle leserammer til protein og BLAST et mot GenBank ved hjelp av tblastx (alle leserammer mot alle leserammer) Resultatet ble tabulert med detaljert info (antall reads i hver contig, bit score, taksonomi til treff, lengde på contig osv)
15 Lipkins metode - HSMI Flere contigs ble funnet fra noe som lignet på et reovirus Ett PCR assay ble designet for et konservert fragment Alle prøvene ble screenet med dette assayet og den prøven som så ut til å ha høyest titer ble sekvensert en runde til ved hjelp av 454 En rekke contigs ble identifisert fra et nytt reovirus og ingen reads fra andre typer virus ble observert (som ikke kunne avskrives som kontaminanter eller feilannotasjoner) Ved hjelp av forskjellige versjoner av BLAST og FASTX i tillegg til FASD ble en rekke contigs identifisert, og RACE ble brukt for å komplettere 10 genom fragmenter FASD (Frequency Analysis of Sequence Data) er en algoritme som sammenligner metainformasjon fra sekvenser; ikke primærsekvens, men (di/tri) nukleotid mønstre, basesammensetning etc.
16 Bioinformatikk Når det komplette genomet forelå kunne man konstantere: Bare 1.5 % av genomet kunne gjenkjennes som viralt ved hjelp av nukleotid BLAST 54 % av genomet kunne gjenkjennes som viralt ved hjelp av protein blast reovirus reads ble generert fra den opprinnelige 454 sekvenseringen Alle (bortsett fra èn) kom fra sekvensering av serum RNA
17 Fjern alle punktum, komma og mellomrom gruppèr basert på frekvenser av tekstvindu (lengde 9). Alignment-free genome comparison with feature frequency profiles (FFP) and optimal resolutions. Sims et al. Proc Natl Acad Sci U S A Feb 24;106(8):
18 Jeg vil takke Veterinærinstituttet Marie Løvoll Torstein Tengs Anja Braathen Kristoffersen Columbia University W. Ian Lipkin Gustavo Palacio Harvard University Matthew Meyerson
Arabidopsis thaliana, vårskrinneblom
Arabidopsis thaliana, vårskrinneblom Tilhører Brassicaceae familien og ligger under ordenen Capparales. Nært beslektede planter er f. eks. raps og kål. Arabidopsis thaliana har i flere år vært en av modell
DetaljerDen komplette DNA sekvens fra en organisme.
Definisjoner: Hva er et genom? Den komplette DNA sekvens fra en organisme. Den komplette samlingen av gener som koder for alle proteiner, pluss ribosomalt RNA, trna, snrna (involvert i mrna spleising)
DetaljerHva kan vi bruke WGS til?
Hva kan vi bruke WGS til? (innen klinisk bakteriologi / forskning) Ola Brynildsrud Bioinformatiker/forsker Folkehelseinstituttet En forelesning på Bioingeniørdagen, 11. april 2018 «In five years time,
DetaljerKapittel 14: Det eukaryote genom og dets uttrykksregulering
Kapittel 14: Det eukaryote genom og dets uttrykksregulering Innhold: 1. Det humane genom 2. Struktur av protein-kodende gener 3. RNA processering 4. Transkripsjonell kontroll 5. Posttranskripsjonell kontroll
DetaljerProblembakterier karakterisering og genotyping. André Ingebretsen Avdeling for smittevern og Avdeling for mikrobiologi Oslo universitetssykehus
Problembakterier karakterisering og genotyping André Ingebretsen Avdeling for smittevern og Avdeling for mikrobiologi Oslo universitetssykehus Mikroorganismer finnes i alle miljøer? Estimat av biodiversitet
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF2300 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Tirsdag 15. juni 2004 Tid for eksamen : 09.00 12.00 Oppgavesettet er på : 13
DetaljerHva viser genanalyser av muskulatur hos laks med mørke flekker. Aleksei Krasnov, Hooman Moghadam Nofima, Ås
Hva viser genanalyser av muskulatur hos laks med mørke flekker Aleksei Krasnov, Hooman Moghadam Nofima, Ås Spørsmål Har mørke flekker lik eller ulik profil? Vevsskade og nydannelse av vev? Type betennelse?
DetaljerOversikt over kap. 11. Kap. 11 Den direkte påvisning av genotype skiller individuelle genomer. Fire klasser av DNA polymorfismer.
Kap. 11 Den direkte påvisning av genotype skiller individuelle genomer Oversikt over kap. 11 Fire klasser av DNA variasjon til direkte påvisning av genotype. Metoder som bruker hybridisering, elektroforese,
DetaljerKarakterisering av PISCINE MYOCARDITIS VIRUS (PMCV)
Karakterisering av PISCINE MYOCARDITIS VIRUS (PMCV) Aase B. Mikalsen Norges miljø og biovitenskapelige universitet CMS Introduksjon Kardiomyopatisyndrom/Cardiomyopathy syndrome (CMS) «Hjertesprekk» Rammer
DetaljerKlinisk molekylærmedisin (3): DNA-sekvensering
Pediatrisk Endokrinologi 2002;16:51 56 Klinisk molekylærmedisin (3): DNA-sekvensering elge Ræder 1, Maria Ræder 2, Pål Rasmus Njølstad 1,3,4 1 Pediatrisk institutt, Universitetet i Bergen; 2 Anestesiavdelingen
Detaljer(12) Translation of european patent specification
(12) Translation of european patent specification (11) NO/EP 26098 B1 (19) NO NORWAY (1) Int Cl. C07K 14/08 (06.01) C12Q 1/70 (06.01) Norwegian Industrial Property Office (21) Translation Published 16..24
DetaljerFYS3710 Molekylærbiologi
1 2 I en eukaryot celle er kromosomene festet i en indre membran som omgir en kjerne. Proteinene produseres i cellens cytoplasma. 3 I en prokaryot celle (for eksempel en bakteriecelle) er det ett kromosom.
DetaljerLEKSJON 4: BIOTEKNOLOGI HVORDAN VI BRUKER NATURENS EGNE MEKANISMER TIL VÅR FORDEL, OG UTFORDRINGENE SOM FØLGER MED
LEKSJON 4: BIOTEKNOLOGI HVORDAN VI BRUKER NATURENS EGNE MEKANISMER TIL VÅR FORDEL, OG UTFORDRINGENE SOM FØLGER MED KOMPETANSEMÅL Forklarebegrepene krysning og genmodifisering, og hvordan bioteknologi brukes
DetaljerFLERVALGSOPPGAVER BIOTEKNOLOGI
FLERVALGSOPPGAVER BIOTEKNOLOGI FLERVALGSOPPGAVER FRA EKSAMEN I BIOLOGI 2 V2008 - V2011 Disse flervalgsoppgavene er hentet fra eksamen i Biologi 2 del 1. Det er fire (eller fem) svaralternativer i hver
DetaljerSammenligningen mellom Arabidopsis thaliana genomet og de kjente genomene fra cyanobakterier, gjær, bananflue og nematode, viser bl. a.
Sammenligningen mellom Arabidopsis thaliana genomet og de kjente genomene fra cyanobakterier, gjær, bananflue og nematode, viser bl. a. Antall gener som er involvert i cellulær kommunikasjon og signaloverføring
DetaljerGenkartlegging. Hva er egentlig et genkart? Genetisk og fysisk kartlegging
NTNU Genkartlegging 1 Termin IC Frank Skorpen Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer Hva er egentlig et genkart? Kartet over det humane genom gir oss posisjonen av de ca 25,000 genene
DetaljerGenressurser i moderne planteforedling og forskning
Genressurser i moderne planteforedling og forskning Odd Arne Rognli, Institutt for plantevitenskap, NMBU 03.09.2015 Kilde: Petter Marum, Graminor Kilde: Petter Marum, Graminor Kilde: Petter Marum, Graminor
DetaljerAmplifikasjonsteknikker - andre metoder
Amplifikasjonsteknikker - andre metoder Svein Arne Nordbø TH-28973 17.03.15 Alternative amplifikasjonsmetoder Templat-amplifikasjons metoder Signal-amplifikasjonsmetoder Templat-amplifikasjons metoder
DetaljerML-208, generell informasjon
ML-208, generell informasjon Emnekode: ML-208 Emnenavn: Molekylærbiologi Dato:20.12.2017 Varighet:4 timer Tillatte hjelpemidler: Ingen Merknader:Lag gjerne tegninger og figurer for å illustrere og forklare
DetaljerFHF prosjekt nr 900658: Multifaktorielle sykdommer i norsk lakseoppdrett. Lill-Heidi Johansen
FHF prosjekt nr 900658: Multifaktorielle sykdommer i norsk lakseoppdrett Lill-Heidi Johansen Prosjektdeltagere: Aleksei Krasnov, Sven Martin Jørgensen, Gerrit Timmerhaus, Lill-Heidi Johansen (prosjektleder)
DetaljerVil laksegenomet løse sykdomsproblematikken i akvakulturnæringen? Unni Grimholt CEES, Biologisk Institutt, UiO
Vil laksegenomet løse sykdomsproblematikken i akvakulturnæringen? Unni Grimholt CEES, Biologisk Institutt, UiO tja Men det er et skritt videre i riktig retning? Patogene problemer i oppdrett Antall oppdretts
DetaljerImmunstimulanter for potensiering av torskens naturlige immunsystem
Store programmer HAVBRUK - En næring i vekst Faktaark www.forskningsradet.no/havbruk Immunstimulanter for potensiering av torskens naturlige immunsystem Prosjekt: Immunostimulation of Atlantic cod (Gadus
Detaljer1. En ikke-naturlig forekommende eller konstruert sammensetning omfattende:
1 Patentkrav EP2931898 1. En ikke-naturlig forekommende eller konstruert sammensetning omfattende: et leveringssystem som er operativt konfigurert for å levere CRISPR-Caskomplekskomponenter eller polynukleotidsekvenser
DetaljerBioteknologi i dag muligheter for fremtiden
Bioteknologi i dag muligheter for fremtiden Arvestoff Genetisk materiale, DNA. Baser En del av et nukleotid som betegnes med bokstavene A, C, G og T. Med disse fire bokstavene skriver DNAtrådene sine beskjeder
DetaljerBruk av genteknologiske analyser ved diagnostikk av luftveisinfeksjoner. Gardermoen 27.02.08. Svein Arne Nordbø
Bruk av genteknologiske analyser ved diagnostikk av luftveisinfeksjoner Gardermoen 27.2.8 Svein Arne Nordbø Aktuelle genteknologiske metoder Hybridiseringsmetoder Ampifikasjonsmetoder PCR Konvensjonell
DetaljerPBM 233 Mikrobiologi for farmasøyter
PBM 233 Mikrobiologi for farmasøyter Faglærer 2004: Per Arne Risøen Biologisk seksjon, ZEB Kap. 11 Mikrobiell evolusjon og systematikk Dateringer av fossiler viser at bakterier oppstod for ca. 3,6 milliarder
DetaljerTverrfaglige studier av HSMB nye veier til sykdomsforebyggende kunnskap. FHF prosjekt nr 900658: Multifaktorielle sykdommer i norsk lakseoppdrett
Tverrfaglige studier av HSMB nye veier til sykdomsforebyggende kunnskap FHF prosjekt nr 900658: Multifaktorielle sykdommer i norsk lakseoppdrett Prosjektdeltagere Aleksei Krasnov, Sven Martin Jørgensen,
DetaljerZebrafish as a model for human development and disease. Jon Vidar Helvik
Zebrafish as a model for human development and disease. Jon Vidar Helvik Mann versus fish Zebrafish is an important model for human development and disease. Most human organ system can be study on a cellular
DetaljerExamination paper for Bi2014 Molecular Biology
Department of Biology Examination paper for Bi2014 Molecular Biology Academic contact during examination: Professor Atle M. Bones Phone: (+47-)91897237 Examination date/eksamensdag: 8. December 2017 Examination
DetaljerLINEZOLIDRESISTENS HOS GRAM-POSITIVE KOKKER
LINEZOLIDRESISTENS HOS GRAM-POSITIVE KOKKER KRISTIN HEGSTAD INNHOLD Linezolid Prevalens resistens Tedizolid nytt oxazolidinon Kliniske brytningspunkter Resistensmekanismer Molekylære metoder for deteksjon
DetaljerUtbytte og utnytte av resultater fra et storstilt CMS-prosjekt
Utbytte og utnytte av resultater fra et storstilt CMS-prosjekt Cardiomyopathy syndrome: A multi-task approach to reduce losses and improve knowledge (NFR: 187301) Britt Bang Jensen 1, Edgar Brun 1, Sven
DetaljerVegard Eldholm. Molekylær TB epidemiologi
Vegard Eldholm Molekylær TB epidemiologi Molekylærepidemiologiske metoder Sannsynliggjøre eller avkrefte transmisjonslinker mellom TB pasienter. Avdekke krysskontaminasjon i laboratoriet Skille reinfeksjon
DetaljerML-208, generell informasjon
ML-208, generell informasjon Emnekode: ML-208 Emnenavn: Molekylærbiologi Dato:20.12.2017 Varighet:4 timer Tillatte hjelpemidler: Ingen Merknader:Lag gjerne tegninger og figurer for å illustrere og forklare
DetaljerIntroduksjon til RNA & Transkriptomikk
Introduksjon til RNA & Transkriptomikk Steinar Daae Johansen RNA & Trancriptomics group, IMB - Helsefakultetet, Universitetet i Tromsø Marine Genomics group, Fakultet for Biovitenskap og Akvakultur Høgskolen
DetaljerGenetikk i vår tid: Et paradigmeskifte. Kaja Selmer Avd. for medisinsk genetikk NK-SE
Genetikk i vår tid: Et paradigmeskifte Kaja Selmer Avd. for medisinsk genetikk NK-SE Oversikt Kræsjkurs i genetikk Humangenetisk revolusjon Hvordan utreder vi barn genetisk i 2015? Et blikk mot epilepsi
DetaljerHurtige metoder for analyse av mikrobiell forurensning
Hurtige metoder for analyse av mikrobiell forurensning Et forprosjekt finansiert av NFR-Forkommune. Initiert av Teknologiutviklingsnettverket i Norsk Vann Ledet av Nedre Romerike Vannverk IKS ved Jan Morten
DetaljerILA virus HPR0 i norsk oppdrettslaks fylogeografi
Programkonferansen HAVBRUK 2012, Stavanger 16-18 april 2012 ILA virus HPR0 i norsk oppdrettslaks fylogeografi Trude M Lyngstad a, Anja B Kristoffersen a, Monika J Hjortaas a, Magnus Devold b, Vidar Aspehaug
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
Kandidatnummer: BOKMÅL UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF3350/INF4350 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Tirsdag 5. desember 2006 Tid for eksamen : 15.30
DetaljerKlipp og lim: Genredigering med CRISPR teknologi
Klipp og lim: Genredigering med CRISPR teknologi Realfagskonferanse 4. mai 2017 Magnar Bjørås Institutt for kreftforskning og molekylærmedisin, NTNU Klinikk for laboratoriemedisin, Oslo Universitetssykehus
DetaljerLuftveisinfeksjoner - PCR-basert diagnostikk. Anne-Marte Bakken Kran Overlege, førsteamanuensis Mikrobiologisk avd. UOS Ullevål
Luftveisinfeksjoner - PCR-basert diagnostikk Anne-Marte Bakken Kran Overlege, førsteamanuensis Mikrobiologisk avd. UOS Ullevål Temaer PCR-basert mikrobiologisk diagnostikk Klinisk betydning av funn/fravær
DetaljerHvordan standardisere en metode for isolering av plasmid til syntese av diabetes antigener?
Hvordan standardisere en metode for isolering av plasmid til syntese av diabetes antigener? Ranveig Østrem, Bioingeniør Hormonlaboratoriet, Aker Oslo Universitetssykehus Bakgrunn for analysen Pasienter
DetaljerNytt fotopigment funnet hos fisk
Nytt fotopigment funnet hos fisk I vår molekylære søken etter synspigmenter hos torsk ble et nytt fotopigment funnet, som tidligere ikke er kjent fra teleoster. Dette fotopigmentet hører til melanopsin
Detaljer(12) Translation of european patent specification
(12) Translation of european patent specification (11) NO/EP 2514842 B1 (19) NO NORWAY (51) Int Cl. G06F 19/00 (2011.01) C12Q 1/68 (2006.01) Norwegian Industrial Property Office (21) Translation Published
DetaljerVi som står bak prosjektet er Eirik Krogstad og Petter Hannevold. Vi har gjort et prosjekt sammen med Microbial Evolution Research Group (MERG) ved
1 Vi som står bak prosjektet er Eirik Krogstad og Petter Hannevold. Vi har gjort et prosjekt sammen med Microbial Evolution Research Group (MERG) ved Biologisk institutt, Universitetet i Oslo. Disse jobber
DetaljerSå, hvordan lager man nye nerveceller?
Forskningsnyheter om Huntingtons sykdom. I et lettfattelig språk. Skrevet av forskere. Til det globale HS-fellesskapet. Å omdanne hudceller til hjerneceller: et gjennombrudd innen forskning på Huntingtons
Detaljer1. Medfødt og ervervet immunitet. Karl Schenck, V2015
1. Medfødt og ervervet immunitet Karl Schenck, V2015 Medfødt og ervervet immunforsvar Antimicrobial peptides «Alltid beredt!» Relativt uspesifikt Må aktiveres Spesifikt Komponenter av medfødt immunitet
DetaljerIntroduksjon av genteknologi i akvakultur: etiske og økologiske implikasjoner for vitenskap og forvaltning
Introduksjon av genteknologi i akvakultur: etiske og økologiske implikasjoner for vitenskap og forvaltning Tom Tonheim, Anne Ingeborg Myhr og Terje Traavik GEAQUA; Hovedformålet Å identifisere risikoer
DetaljerMolekylærbiologi: Nøkkelen til alle levende organismer
Molekylærbiologi: Nøkkelen til alle levende organismer Svein-Ole Mikalsen Náttúruvísindadeildin Megindeildin fyri náttúru- og heilsuvísindi Fróðskaparsetur Føroya Botanikk Zoologi Genetikk Mikrobiologi
DetaljerEffekter av PRV-infeksjon på robusthet hos laks mer enn HSMB?
Effekter av PRV-infeksjon på robusthet hos laks mer enn HSMB? Smitteforsøk for å avklare effekten av blodcelleinfeksjon med piscine orthoreovirus (PRV) på laksens robusthet for smoltifisering, oksygenforhold,
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF2300 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Mandag 6. juni 2005 Tid for eksamen : 09.00 12.00 Oppgavesettet er på : xx
Detaljer(74) Agent or Attorney ZACCO NORWAY AS, Postboks 2003 Vika, 0125 OSLO, Norge
(12) Translation of new European patent specification After opposition procedure (11) NO/EP 2183693 B2 (19) NO NORWAY (51) Int Cl. G06F 19/00 (2018.01) C12Q 1/68 (2018.01) Norwegian Industrial Property
DetaljerHva GMO er, utbredelse og forventede nye produkter. Professor Hilde-Gunn O Hoen-Sorteberg
Hva GMO er, utbredelse og forventede nye produkter Professor Hilde-Gunn O Hoen-Sorteberg Inst. Plante & Miljøvitenskap (IPM) Universitetet for Miljø & Biovitenskap (UMB) 1 Vitenskapskomiteen for mattrygghet
DetaljerGensøk. Oppsummering. Typer av sammenstillinger. Sammenstilling av sekvenser. To prinsipper for søking etter gener i DNA:
Oppsummering Gensøk Oppsummeringen som gis her omfatter bare de temaer som er forelest av Ole Christian, og er ikke ment å være komplett. I korte trekk gjelder for denne delen av pensum som for de øvrige:
Detaljer(12) Translation of european patent specification
(12) Translation of european patent specification (11) NO/EP 2771468 B1 (19) NO NORWAY (51) Int Cl. C12N 15/63 (2006.01) Norwegian Industrial Property Office (21) Translation Published 2015.07.06 (80)
DetaljerFødt sånn eller blitt sånn: om gener, søppel-dna og epigenetikk
Født sånn eller blitt sånn: om gener, søppel-dna og epigenetikk Dag O. Hessen University of Oslo, Dept. Biology Center of Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES) Kappløpet et (kort) historisk tilbakeblikk
DetaljerGenetiske undersøkelser av biologisk materiale
Genetiske undersøkelser av biologisk materiale Torunn Fiskerstrand, overlege PhD Senter for klinisk medisin og molekylærmedisin, Haukeland Universitetssykehus Institutt for klinisk medisin, Universitetet
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
Bokmål UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF2300 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Mandag 6. juni 2005 Tid for eksamen : 09.00 12.00 Oppgavesettet er på
DetaljerHva er Immunterapi? Anders Sundan Senter for myelomforskning, NTNU
Hva er Immunterapi? Anders Sundan Senter for myelomforskning, NTNU 1 3 typer immunterapi; Antistoffer som aktiverer immunforsvaret mot kreftcellene. (Anti-CTLA4, -PD1/PD1L) Antistoffer som binder kreftceller
Detaljer(12) Translation of european patent specification
(12) Translation of european patent specification (11) NO/EP 2898075 B1 (19) NO NORWAY (51) Int Cl. C12N 15/63 (2006.01) Norwegian Industrial Property Office (21) Translation Published 2016.07.25 (80)
DetaljerMolekylær patologi Amplifikasjonsmetoder
Molekylær patologi Amplifikasjonsmetoder Emiel Janssen Seksjonsleder for Kvantitativ og Molekylær Patologi Daglig leder for laboratoriet for molekylær biologi Avdeling for Patologi Stavanger Universitetssjukehus
DetaljerFigurer kapittel 8: Bioteknologi Figur s
2 Figurer kapittel 8: Bioteknologi Figur s. 236 237 5' 3' 5' 3' DNA-primer 5' 3' DNA bit som skal kopieres Oppvarming 3' 5' 5' DNAprimer tilsettes 3' 3' 5' DNApolymerase Nytt DNA dannes Kopieringen gjentas
DetaljerForeleser: Eivind Coward, kontor 5. etg. Datablokken. coward@ii.uib.no Gruppeleder: Harald Barsnes
Foreleser: Eivind Coward, kontor 5. etg. Datablokken. coward@ii.uib.no Gruppeleder: Harald Barsnes Forelesninger: tirsdag og fredag 12 14 rom 2104 Øvinger: fredag 10 12 rom 2143 Gi en innføring i noen
DetaljerI lys av akkreditering Overgang fra Sanger sekvensering til dypsekvensering innen genetisk sykdomsdiagnostikk
I lys av akkreditering Overgang fra Sanger sekvensering til dypsekvensering innen genetisk sykdomsdiagnostikk Knut Erik Berge, Avdeling for medisinsk genetikk, Oslo universitetssykehus Ullevål Agenda DNA
DetaljerKapittel 12: FRA DNA TIL PROTEIN:
Kapittel 12: FRA DNA TIL PROTEIN: fra genotype til fenotype 1. Gener og polypeptider 2. DNA, RNA og informasjonsflow 3. Transkripsjon: DNA-dirigert RNA-syntese 4. Den genetiske kode 5. Aktører i Translasjon
DetaljerRisikofaktorer assosiert med piscine reovirus (PRV) smitte hos Atlantisk laks fanget i norske elver
Risikofaktorer assosiert med piscine reovirus (PRV) smitte hos Atlantisk laks fanget i norske elver Åse Helen Garseth 1*, Eirik Biering 1, Camilla Fritsvold 1 og Arnfinn Aunsmo 2 1. Veterinærinstituttet
DetaljerResistent lakselus - kvifor er det eit problem og korleis diagnostisere resistens?
University of Bergen Resistent lakselus - kvifor er det eit problem og korleis diagnostisere resistens? Frank Nilsen Sea Lice Research Centre Institutt for Biologi, Universitetet i Bergen Norwegian School
DetaljerHvordan kan kartleggingen av laksens genom bidra til å løse utfordringene i norsk havbruksnæring
Hvordan kan kartleggingen av laksens genom bidra til å løse utfordringene i norsk havbruksnæring Sigbjørn Lien Centre for Integrative Genetics (CIGENE) Institutt for husdyr- og akvakulturvitenskap (IHA)
DetaljerKromosomer, gener og DNA
Kromosomer, gener og DNA Hva er det, og hvordan undersøker vi det Olaug Kristin Rødningen Dr.scient, overingeniør Avdeling for medisinsk genetikk, OUS Et menneske består av ulike organsystem Organsystemene
DetaljerKokeboka, oppskriften og kirsebærpaien
Forskningsnyheter om Huntingtons sykdom. I et lettfattelig språk. Skrevet av forskere. Til det globale HS-fellesskapet. Farefull spleising - en ny måte å tenke om det skadelige huntingtinproteinet Forskere
DetaljerGrunnleggende og anvendt biovitenskap. Are Halvor Aastveit IKBM
Grunnleggende og anvendt biovitenskap Are Halvor Aastveit IKBM Grunnleggende og anvendt biovitenskap Grunnleggende biovitenskap -Biologi -Økologi -Kjemi/biokjemi -Mikrobiologi -Genomikk -Kvantitativ analyse
DetaljerJanus kreftbiobank og mirna forskning
Janus kreftbiobank og mirna forskning Big data og biomedisinsk næringsutvikling Fra genomikk til real world data 7. mai 2015 Hilde Langseth, Forsker PhD, leder Janus Serumbank Kreftregisteret Institutt
Detaljer(12) Translation of european patent specification
(12) Translation of european patent specification (11) NO/EP 2896697 B1 (19) NO NORWAY (51) Int Cl. C12N 15/63 (2006.01) Norwegian Industrial Property Office (21) Translation Published 2016.01.25 (80)
DetaljerBIOS 2 Biologi
. BIOS 2 Biologi..... 2..................................... Figurer kapittel 7: Bioteknologi Figur s. 220 Mikroorganisme Virus Bakterier Parasitter Sykdommer Hepatitt og B, Herpes simplex, rabies, hiv
DetaljerMOLEKYLÆRBIOLOGISK FAGDAG
MOLEKYLÆRBIOLOGISK FAGDAG Velkommen til Molekylærbiologisk institutt, Universitetet i Bergen 8. mars 2017 Forsidebilde (fotograf: Marc Niere) Dyrkede celler som vokser og deler seg i det uendelige er et
DetaljerKan ILA virus spres via rogn og melke? Espen Rimstad, NMBU- Veterinærhøgskolen
Kan ILA virus spres via rogn og melke? Espen Rimstad, NMBU- Veterinærhøgskolen Vertikal overføring definisjoner, risikovurdering OIE s Aquatic Animal Health Code (2008) har følgende definisjon på vertikal
DetaljerUtvikling av molekylære metoder
Utvikling av molekylære metoder Gunhild Trøen Overingeniør Sivilingeniør, PhD Enhet for molekylærpatologi Avdeling for patologi OUS- Radiumhospitalet NITO-kurs: Molekylærpatologi, 7-8 juni 2017 Oversikt
DetaljerPCR-analyser i rutinediagnostikken Pål A. Jenum
PCR-analyser i rutinediagnostikken Pål A. Jenum september 2015 1 Utvikling Antall genmolekylære analyser pr år (unntatt klamydia og gonokokker: Ca 32.000 i 2015) 120000 Stipulert for hele året 100000 80000
DetaljerClostridium difficile - diagnostikk og epidemiologi i Norge
Clostridium difficile - diagnostikk og epidemiologi i Norge André Ingebretsen Avd. for smittevern og Avd. for mikrobiologi Nasjonalt referanselaboratorium for Clostridium difficile Oslo universitetssykehus
DetaljerBLAST. Blast. Noen mulige sammenstilling av CHAEFAP og CAETP. Evolusjonær basis for sekvenssammenstilling. Sekvenssammenstilling og statistikken brukt
Blast BLAST Sekvenssammenstilling og statistikken brukt Finner best mulig sammenstilling(er), evt. finner veldig gode sammenstillinger. Kan teoretisk unngå å finne beste sammenstilling. Avgjør om sammenstillingen
DetaljerFlervalgsoppgaver: proteinsyntese
Flervalgsoppgaver - proteinsyntese Hver oppgave har ett riktig svaralternativ. Proteinsyntese 1 Hva blir transkribert fra denne DNA sekvensen: 3'-C-C-G-A-A-T-G-T-C-5'? A) 3'-G-G-C-U-U-A-C-A-G-5' B) 3'-G-G-C-T-T-A-C-A-G-5'
DetaljerMikroalger til medisin; krefthemmere
Mikroalger til medisin; krefthemmere Kari Skjånes og Hanne Skomedal Bioforsk Jord og Miljø og Plantehelse Agenda Hvorfor mikroalger som krefthemmere Kreftutvikling Potensiale Hva kan utvikles Hvordan utvikle
DetaljerHIV / AIDS -infeksjon - behandling
HIV / AIDS -infeksjon - behandling HIV / AIDS 1981 første gang anerkjent som distinkt sykdom Opprinnelig overført fra sjimpanse Viruset kan ha sirkulert fra 1915-1941 Trolig sirkulert blant populasjoner
DetaljerHIV / AIDS - infeksjon - behandling. PBM 233 Mikrobiologi Siri Mjaaland
HIV / AIDS - infeksjon - behandling PBM 233 Mikrobiologi 10.02.2005 Siri Mjaaland HIV / AIDS 1981 første gang anerkjent som distinkt sykdom Opprinnelig overført fra sjimpanse Viruset kan ha sirkulert fra
DetaljerPrimer og probe design
Primer og probe design Kurs TH-28973 Molekylærgenetiske metoder i medisinsk mikrobiologi 16.-20.mars 2015 Kåre Bergh Overlege St.Olavs Hospital / professor NTNU Tema Valg av målsete («target sequence»)
DetaljerLukka og semi-lukka teknologi for økt helse- og sykdomskontroll. Lill-Heidi Johansen Avd. leder, Forebyggende Fiskehelse CtrlAqua SFI Nofima
Lukka og semi-lukka teknologi for økt helse- og sykdomskontroll Lill-Heidi Johansen Avd. leder, Forebyggende Fiskehelse CtrlAqua SFI Nofima Avd. Forebyggende Fiskehelse Innovasjoner for å forebygge, detektere
DetaljerTrenger vi mer eller mindre forsøksfisk?
Trenger vi mer eller mindre forsøksfisk? Trenger vi mer eller mindre forsøksfisk? Nasjonal plattform for alternativer Renate Johansen renate.johansen@veths.no Ja, vi trenger mer forsøksfisk for å løse
DetaljerNGS (Neste Generasjons Sekvensering) i diagnostikk, erfaringer og resultater
NGS (Neste Generasjons Sekvensering) i diagnostikk, erfaringer og resultater Emiel Janssen Seksjonsleder for Kvantitativ og Molekylær Patologi Daglig leder for laboratoriet for molekylær biologi Avdeling
DetaljerOversikt over kap.10. Kap 10. Rekonstruksjon av Genomet. Splitt og overvinn strategien imøtekommer de fleste utfordringer
Kap 10. Rekonstruksjon av Genomet Gjennom genetisk og molekylær analyse Oversikt over kap.10 Utfordringer og strategier ved genomanalyse Genomstørrelse Egenskaper må også analyseres Problemer med DNA polymorfismer
Detaljer(12) Translation of european patent specification
(12) Translation of european patent specification (11) NO/EP 2784162 B1 (19) NO NORWAY (51) Int Cl. C12N 15/63 (2006.01) Norwegian Industrial Property Office (21) Translation Published 2015.08.31 (80)
DetaljerKromosomer, gener og DNA
Kromosomer, gener og DNA Hva er det, og hvordan undersøker vi det Olaug Kristin Rødningen Dr.scient, overingeniør Avdeling for medisinsk genetikk, OUS Et menneske består av ulike organsystem Organsystemene
DetaljerKan triste mus hjelpe i behandlingen av Huntington sykdom? Depresjon ved HS
Forskningsnyheter om Huntingtons sykdom. I et lettfattelig språk. Skrevet av forskere. Til det globale HS-fellesskapet. Kan triste mus hjelpe i behandlingen av Huntington sykdom? Hva kan vi lære om depresjonssymptomer
DetaljerEpigenetikk; arvesynden i ny innpakning? Dag O. Hessen University of Oslo, Dept. Biology Center of Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES)
Epigenetikk; arvesynden i ny innpakning? Dag O. Hessen University of Oslo, Dept. Biology Center of Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES) Den genetiske kode Oppnøstingen av den genetiske kode foregikk
DetaljerOrganismer med strekkoder artsbestemming med DNA-sekvenser
Torbjørn Ekrem og Bjarte H. Jordal Organismer med strekkoder artsbestemming med DNA-sekvenser Tenk deg at du er på tur i skogen, kanskje med en skoleklasse på slep, og finner en plante eller et dyr som
DetaljerFaglig kontaktperson under eksamen: 1.aman. Hans K. Stenøien ( )
Side 1 av 11 Norges teknisknaturvitenskapelige universitet Fakultet for naturvitenskap og teknologi Institutt for biologi Faglig kontaktperson under eksamen: 1.aman. Hans K. Stenøien (91897592) EKSAMEN
Detaljertrenger ikke GOD MAT GENMODIFISERING SUNN SKEPSIS TIL GMO
GOD MAT trenger ikke GENMODIFISERING SUNN SKEPSIS TIL GMO Vi har ingen genmodifiserte organismer (GMO) til mat og fôr i Norge i dag. Du er med å avgjøre om vi får det i framtida! HVA ER GMO? GMO er en
DetaljerAvhengighet og gener - et evolusjonært perspektiv
Avhengighet og gener - et evolusjonært perspektiv Dag O. Hessen University of Oslo, Dept. Biology Center of Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES) Det sentrale spørsmål Er vår adferd og preferanser
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i: KJB 492 Bioinformatikk Eksamensdag: Fredag 14. desember 2001 Tid for eksamen: Kl.: 9.00 13.00 Oppgavesettet er på 7 sider. Vedlegg:
DetaljerSupplemental Data. Wiludda et al. Plant Cell. (2012) /tpc
Supplemental Figure 1. Analysis of mrna 5' ends in leaves of transgenic A. thaliana and F. bidentis harboring the GLDPA-Ft:GUS transgene. (A) Schematic structure of the GLDPA-Ft construct. TSS, transcription
Detaljer