Automatisering av molekylær diagnostikk

Transkript

1 Automatisering av molekylær diagnostikk Anne Tomine Jorde Utviklingsseksjonen

2 Innhold Innledning Prosjekt for automatisering Utfordringer med mulige løsninger og tips Fremtidsplaner

3 Innledning Markant økning i prøvevolum til CMV PCR (og EBV PCR): År Antall CMV PCR Antall EBV PCR % Økning fra CMV: 64% EBV: 124% CMV: 21% EBV: 24% Gammel metode tidkrevende og lav throughput: Ekstraksjon (24 prøver): 1,5-2,5 timer Amplifisering og analysering: 6 timer Hands-on tid: ca 1 time Totalt 9-10 timer...og selvfølgelig kostnader.

4 Innledning Tenke nytt i forhold til: Prøveflyt Automatisering Høyere kapasitet på ekstraksjon og PCR Metode for påvisning Raskere metode Realtime PCR Billigere metode InHouse PCR erstatte kostbare kommersielle kit

5 Prosjekt for automatisering Vårt ønske: Prøve Resultat

6 Hva trenger vi får å oppnå dette: Pipetteringsrobot (-er) Nukleinsyreekstraktor RealTime PCR instrument Utvikle en InHouse RealTime PCR analyse

7 Viktig for vårt valg av instrumenter: Tid til analysesvar foreligger Throughput Mest mulig automatisert (lite hands-on tid) Kommunikasjon med LIS Sporbarhet

8 Valgt løsning: Tid fra prøve settes på til analysesvar: ca 2,5 timer

9 Throughput 1 t 2, 5 t 3,5 t 4,5 t 5,5 t 6,5 t 7,5 t Start Serie 2 Start Serie 3 Start Serie 4 Start Serie 5 Start Serie 6 Daglig vedlikehold Klargjøring av prøver Primærrør pipettering MagNA Pure 96 PCR oppsett LightCycler 480 ca 10 min ca 5 min ca 20 min ca 50 min ca 15 min ca 60 min Totalt 576 analysesvar

10 Kommunikasjon mellom instrumenter, mellomvare og LIS

11 Hva gjøres av Aurora mellomvare? Kommunikasjon med LIS Overvåkning av hele arbeidsflyten: Arbeidsliste hentes fra LIS Status på prøvene oppdateres kontinuerlig: Kan enkelt få en oversikt over hvor i prosessen den enkelte prøve er Feilmeldinger underveis i prosessen logges Validering av resultater To ulike brukere må logge inn og validere Etter validering går resultat over i LIS

12 Eksempel resultat i Aurora

13 Utfordringer med mulige løsninger og tips Plassering av instrument Begynn tidlig i prosjektet å bestemme plassering Ombygging av laboratoriet Vær sikker på at det er nok plass (Husk plass til PCer!) Avtal ombygging og ta dette med i kostnadene i prosjektet Elektristet og nett Få avklart at det er nok nettverkspunkter Finn ut hvor mange uttak som må være på avbruddsfri strøm Sørg for å ha nok stikkontakter

14 Utfordringer med mulige løsninger og tips Flere underleverandører Sørg for tidlig og hyppig involvering av alle parter Hyppige statusmøter Relativt komplekst nettverk Hold deg inne med kvalifiserte IT folk Ha de rette kontaktpersonene Generelt kan man aldri få for mye informasjon...

15 Fremtidsplaner Flere metoder over på plattformen: PCR pipetteringsrobot klargjort for: å kunne sette opp fra 6 ulike PCR mastermikser (etter info fra LIS) å pipettere fra 5 ulike elueringsbrett Programvaren: Kan legge inn et ubegrenset antall assay Pipettering fra primærrør til arkivrør: Gjøres idag manuelt Primærrør pipetteringsrobot Eget program for pipettering til arkivrør, og kan dermed benyttes til alle innkomne prøver

16 Takk til: Christine Hanssen Rinaldo og UNN for utveksling av data og prøver! Alle involverte i prosjektet på Rikshospitalet! Takk for oppmerksomheten

17 Oslo universitetssykehus eies av Helse Sør-Øst og består av de tidligere helseforetakene Aker universitetssykehus, Rikshospitalet og Ullevål universitetssykehus. Oslo universitetssykehus leverer spesialisthelsetjenester og ivaretar både lands-, regions- og lokalfunksjoner. Sykehuset er landets største med over ansatte og har et budsjett på 18 milliarder kroner. Oslo universitetssykehus står for en betydelig andel av medisinsk forskning og utdanning av helsepersonell i Norge.