Intern årsrapport for GBIF-Norge GBIF-Norge Naturhistorisk museum Universitetet i Oslo

Transkript

1 GBIF-Norge Naturhistorisk museum Universitetet i Oslo Intern årsrapport for GBIF-Norge 2013 GBIF-Norge er et prosjekt ved Naturhistorisk museum ved Universitetet i Oslo som er finansiert fra Norges Forskningsråd (168002/E10) som nå er i sin tredje prosjektperiode (2012 til 2016). GBIF-Norge har hatt tilfredsstillende progresjon i henhold til arbeidsplanen for Den viktigste erfaring er allikevel at arbeidsplanen for 2013 var for omfattende med hensyn til tilgjengelig arbeidskapasitet ved noden. GBIF-Norge hadde 9 nodemøter (med referat) i 2013: 16. januar, 30. januar, 13. mars, 17. april, 28. mai, 20. juni, 10. september, 1. oktober, 2. desember. Et intervall med nodemøte hver måned har fungert fint og planlegges å fortsette også for Tilknyttet noden var Dag Endresen (50% nodeleder), Christian Svindseth (100% database administrator), Fridtjof Mehlum (10% prosjektleder), Einar Timdal, Vegar Bakkestuen, og Geir Søli. GBIF-Norge samarbeider også i nær koordinering med Artsdatabanken representert av i hovedsak Nils Valland og Wouter Koch. Norge publiserer totalt nesten 12,9 millioner stedfestede artsdata til GBIFportalen (og Artskart) fra totalt 81 datasett. Stedfestede artsdata fra Norge dekker i all hovedsak lokaliteter i Norge (12,7 millioner), men inkluderer også totalt artsdata fra andre land (totalt 179 andre land). Totalt 30 andre land publiserer totalt artsdata lokalisert i Norge. 1

2 Hovedpunkter fra arbeidsplanen for 2013: 1. Resolver for globalt unike og stabile ID-nøkler 2. Rutiner for implementering av ID-nøkler 3. GIS portal for miljødata (redusert aktivitet) 4. Biodiversitet beskrevet i eldre litteratur (avlyst aktivitet) 5. Kvalitetssikring av koordinater 6. Kvalitetssikring av artsnavn 7. Datasett metadata-katalog og datasett-hotell for Darwin Core arkiv 8. Samlingsportal for Bergen og GBIF Nodes Portal Toolkit (NPT) 9. GBIF governing board (GB20) i Berlin 10. Biodiversity Information Standards (TDWG) konferanse Support til norske dataeiere for deling av artsdata 12. Årlig rapportering til Forskningsrådet fra GBIF-Norge 1. Resolver for globalt unike og stabile ID-nøkler Arbeidet med en teknisk løsning for stabile ID-nøkler har en meget god progresjon under 2013 med nye rutiner og en fungerende resolver etablert. Våre tekniske løsninger har også blitt meget godt mottatt internasjonalt. Vi ønsker at dataeiere i Norge selv skal etablere http-uuid-nøkler for sine egne datasett. Det har betydning for full funksjonalitet at dataeiere selv setter og anvender disse ID-nøklene i sin egen database. Videre etablering av stabile ID-nøkler for norske datasett har meget høy prioritering for 2014 der fokus i hovedsak blir informasjon om nytteverdi og å oppfordre flere norske dataeiere til å inkludere slike stabile ID-nøkler i originaldatabasene. En slik løsning er avtalt med blant andre MUSIT for samlingsdatabasene og Artsdatabanken for Artsobservasjoner og Artsnavnebasen. 2. Rutiner for implementering av ID-nøkler Teknologivalg for stabile ID-nøkler og resolver er testet og beskrevet. Både Artsdatabanken og MUSIT er nå i gang med å etablere nettopp http-uuid-nøkler som stabile ID-nøkler for deres respektive datasett. 3. GIS portal for miljødata (redusert aktivitet) GBIF-Norge har installert og konfigurert en GIS-portal (GeoNetwork programvare), men denne er ikke tatt i bruk. Vi ønsker gjerne å komme i gang i 2014 med å publisere økologiske bakgrunnskart og tilsvarende aktuelle miljødata-resultater fra forskningsgrupper ved NHM. Publisering av GISresultater forutsetter at forfatter av respektive miljødata bidrar til metadata beskrivningen (ISO 19115). GIS-portalen er foreløpig bare en teknisk installasjon av GeoNetwork programvare og uten noe GIS-data. Portalen må selvsagt evalueres videre som en prototype med reelle miljødata (i samarbeid med GEco forskningsgruppen) før vi eventuelt kan vurdere å etablere en permanent løsning. Oppsummert ble det lavere progresjon i arbeidet med GIS-portalen enn det vi hadde planlagt for 2013 i arbeidsplanen. 2

3 4. Biodiversitet beskrevet i eldre litteratur (avlyst aktivitet) Vi har blitt enige om å ikke prioritere digitalisering av eldre litteratur innen biodiversitet, og har ikke tatt initiativ til kontakt om samarbeide med Biodiversity Heritage Library (BHL). Vi har hatt noen helt uformelle og positive samtaler med BHL Europa (lokalisert i Praha) og med hovedkontoret i St Louis (USA) ved TDWG 2013 konferansen. Planlagte aktiviteter for 2013 i arbeidsplanen ble avlyst. 5. Kvalitetssikring av koordinater Kvalitetssikring av koordinater. GBIF-Norge har etablert dokumenterte rutiner for kvalitetssikring av artsdata. Disse rutiner ble presentert ved det globale nodemøtet i Berlin. Vi har videre avtalt med MUSIT at GBIF-Norge nå er ansvarlig for konvertering og validering av koordinater fra MUSITsamlingsdatabasene og dermed erstatter tilsvarende behov for koordinatkonvertering hos MUSIT. God progresjon i henhold til arbeidsplanen, men arbeidet med dokumentasjon bør fortsette i Kvalitetssikring av artsnavn Kvalitetssikring av artsnavn. Artsdatabanken planlegger en større gjennomgang av alle artsnavn som anvendes for norske datasett i GBIF og Artskart for å skaffe en oversikt over arbeidsmengde for å få alle disse artsnavn kvalitetssikret av de norske navnekomiteer. GBIF-Norge vil fortsatt validere alle norske datasett for GBIF og Artskart mot den norske Artsnavnebasen. Vi har også i 2013 sett på artsnavnelisten fra Catalog of Life (CoL) samt avtalt med Artsdatabanken at de offisielle norske artsnavn fra Artsnavnebasen skal publiseres til GBIF-portalen. Publisering av Artsnavnebasen avventer fortsatt noe mindre arbeide hos Artsdatabanken slik som etablering av stabile ID-nøkler for navn. 7. Datasett metadata-katalog og datasett-hotell for Darwin Core arkiv Datasett-hotell for alle norske datasett. Darwin Core og Darwin Core Arkiv (DwC- A) er de facto standard i GBIF og planlegges etablert som standard teknologi for å dele artsdata også nasjonalt innen Norge mellom norske partnere. Dette er avtalt som et mål med Artsdatabanken og MUSIT. Vi kan også nevne at arbeidet ved den globale node-komiteen med en ny MoU direkte mellom de nasjonale noder og dataeiere har en viss progresjon og vil behandles videre ved kommende internasjonale nodemøter. En liste over alle de norske datasett som deles med GBIF portalen og deres respektive dataeiere er etablert og arbeidet med å oppdatere (og komplementere) metadata for våre datasett i GBIF sitt sentrale system er startet. En målsetning for 2014 blir etablering av data paper for de første norske datasett slik at de får en datasett-doi og dermed forberedes for meget bedre rutiner for sitering ved bruk etter nedlasting fra GBIF-portalen. Vi har startet arbeidet med å etablere dokumentasjon for våre arbeidsrutiner for håndtering av datasett. Noen datasett har ikke lengre noe aktivt vedlikehold og vil derfor ikke forventes å bli oppdatert. Andre datasett som har aktivt vedlikehold hos dataeier, skal oppdateres regelmessig med aktuelt tidsintervall dokumentert. Arbeidsoppgaver beskrevet i arbeidsplanen er i hovedsak fullført. Noen oppgaver slik som en bred overgang til Darwin Core Arkiv som format mellom GBIF-Norge, MUSIT og Artskart avventer fortsatt noe arbeide som vil fortsette i

4 8. Samlingsportal for Bergen og GBIF Nodes Portal Toolkit (NPT) GBIF-Norge har ikke planlagt å aktivt ta i bruk Nodes Portal Toolkit (NPT) programvaren som utvikles av GBIF-nodene i fellesskap. I Norge leverer Artskart den tilsvarende funksjonen som nasjonal GBIF-portal helt tilfredsstillende og dekker de aller fleste behov som NPT er tiltenkt å dekke. GBIF-Norge vurderer derimot andre portalløsninger som blir mer tilpasset nasjonale samlinger og institusjoner i Norge. En samlingsportal for Universitetsmuseet i Bergen er utviklet ved noden og er lansert. For 2014 planlegger vi videre utvikling av denne programvaren samt å etablere tilsvarende samlingsportaler for flere norske samlinger ved universitetsmuseene, inkludert samlinger ved NHM-UiO. Forøvrig vil evaluering og etablering av en prototype portal for transkribering av etikettinformasjon for samlingsobjekter som fotograferes få høy prioritet for GBIF-Norge i Vi vil grundig evaluere programvare for Notes from Nature som er utviklet i USA. Evaluering av Notes from Nature i 2014 vil være for samlinger ved NHM på Tøyen. Dersom evalueringen er positiv kan det bli aktuelt å tilby en Notes from Nature løsning for transkribering også for andre samlinger i Norge. 9. GBIF governing board (GB20) i Berlin Det europeiske regionale GBIF-møtet ble i 2013 organisert i Finland (6. til 8. mars) med deltagelse fra Dag. Governing board møtet (GB20) ble organisert i Berlin (4. til 9. oktober) med bred deltagelse fra Norge (Per Backe-Hansen, Ivar Myklebust, Fridtjof Mehlum, Dag Endresen, Christian Svindseth og Wouter Koch). Europeisk nodemøte i Joensuu 6. til 8. mars. Governing board og internasjonalt nodemøte i Berlin 4. til 9. oktober. 10. Biodiversity Information Standards (TDWG) konferanse 2013 GBIF-Norge (Dag) deltok ved TDWG 2013 konferansen i Firenze med aktivt bidrag til organisering av et seminar for semantiske kunnskapssystemer og forslag til nye rutiner for samarbeide rundt TDWG/GBIF standarder som Darwin Core. Dette seminaret ble organisert av Eamonn O Tuama fra GBIF sekretariatet, Dag fra GBIF-Norge, Steve Baskauf fra Vanderbilt universitet og Gregor Hagedorn fra Naturhistorisk museum i Berlin. Deltagelse fra GBIF-Norge ved nasjonale og internasjonale møter: Møte for universitets- og høyskolerådets museumsutvalg innen naturhistorie på NHM-UiO på Tøyen 7. februar (Dag og Fridtjof). EU BON oppstartmøte i Berlin 13. til 15. februar (Dag). Seminar om samarbeid innen naturhistorie på NHM-UiO på Tøyen 12. mars inkludert en presentasjon av GBIF-Norge (Dag, Christian og Fridtjof). Arbeidsmøte for LifeWatch Norden i Akureyri, Island 6. til 9. mai (Dag). Arbeidsmøte med Artsdatabanken for ny versjon av Artskart på Værnes 14. mai (Christian). Arbeidsmøte for utvidelse av Darwin Core standarden i København 22. til 24. mai på GBIF sekretariatet (Dag). Bidrag fra GBIF-Norge til en evaluering av teknologi-løsninger for biologiske samlinger av plantegenetiske resurser sammen med Global Crop Diversity Trust, Musa International Transit Center (ITC) i Leuven, Belgia 25. september (Dag). 4

5 11. Support til norske dataeiere for deling av artsdata GBIF-Norge og Artsdatabanken har opprettholdt progresjon i kontakt med nye dataeiere for å promotere datadeling med GBIF-portalen og Artskart. Vi har vært i kontakt med flere dataeiere, men har dessverre ikke gjennomført så mange besøk som vi opprinnelig hadde planlagt. Det er en målsetning at vi gjennomfører flere besøk hos potensielle nye dataeiere i neste periode, Presentasjoner og besøk hos dataeiere fra GBIF-Norge (og Artsdatabanken) i 2013: MUSIT seminar på Gardermoen 6. februar med presentasjon av GBIF-Norge (Dag og Christian). Møte på Ås med forskere ved UMB (Siri Fjellheim og Simen Sandve) med fokus på anvendelse av Poaceae data fra GBIF-portalen, 21. februar (Dag). Møte på NHM Tøyen med Astrid Skrindo fra miljødataseksjonen ved Statens veivesen, 24. april (Dag, Christian og Einar). Seminar om genetikk og evolusjon for gress på UMB på Ås, med presentasjon av GBIF-Norge, 7. mai (Einar). Fagseminar for bruk av artsdata i offentlig forvaltning på KLIF konferansesenter på Helsfyr i Oslo 5. juni. Presentasjoner fra både Artsdatabanken (Nils) og GBIF-Norge (Dag). Prosjektmøte for inventering og utvikling av bevaringsstrategi for kulturplantenes ville slektninger i Norge, Kragerø 19. september (Dag). Datadelingsmøte hos Skog og landskap på Ås, 17. oktober (Nils og Wouter fra Artsdatabanken, Dag og Christian fra GBIF-Norge, 12 deltagere fra Skog og landskap). Koordineringsmøter mellom Artsdatabanken og GBIF-Norge i 2013: Samarbeidsmøte med Artsdatabanken ble organisert 26. februar på Tøyen der ny samarbeidsavtale samt en oversikt og koordinering for kontakt med aktuelle norske dataeiere ble behandlet (Nils deltok fra Artsdatabanken). Arbeidsmøte med Artsdatabanken (Toril Moen og Askild Olsen) på NHM-UiO Tøyen med fokus på behandling av artsnavn samt anvendelse og publisering av Artsnavnebasen, 19. april (Dag, Christian, Einar og Geir). Arbeidsmøte med Artsdatabanken i Trondheim 5. november for å sluttføre samarbeidsavtalen (fra Artsdatabanken deltok Ivar Myklebust, Nils Valland, Wouter Koch, Arild Lindgaard og Toril Moen; fra NHM-UiO deltok Dag, Fridtjof og Rune Halvorsen). 12. Årlig rapportering til Forskningsrådet fra GBIF-Norge Framdriftsrapporten til NFR for GBIF-Norge er sluttført og ble godkjent fra Forskningsrådet. Status for GBIF-Norge sin arbeidsplan for 2013 ble behandlet ved nodemøtet i oktober 2013 (nodemøte 2013:8) i januar 2014 (gbifn 2014:1) samt i mars (gbifn 2014:2). 5