Janus mirna nytt datasett

Størrelse: px

Begynne med side:

Download "Janus mirna nytt datasett"

Benedikte Carlsen
7 år siden
Visninger:

1 Janus mirna nytt datasett Biobank og Helsedatakonferansen 2015 Litteraturhuset 8. september 2015 Hilde Langseth, Forsker PhD, leder Janus Serumbank Kreftregisteret Institutt for Populasjons-basert kreftforskning Forskningsavdelingen

2 Disposisjon Potensiale i kobling av biobank og helseregistre/helseundersøkelser eksempler fra Janusbanken og Kreftregisteret Janus mirna prosjekt bakgrunn og forskningsformål Beskrivelse av materiale og studiedesign Resultater fra kvalitetsstudier av Janusmaterialet Hvilke data har vi produsert? Hvordan få tilgang til data? Hva kan disse data brukes til?

3 Hvem er med i Janusbanken og hva har de donert? Helseundersøkelser på og 90 og 00 tallet Populasjonbasert biobank Kvinner Menn Blodprøver - serum Spørreskjema Røykevaner Høyde/vekt Alkohol Kosthold

4 Prøveinnsamlingen i Janusbanken Totalt n 3250 Diagnostiske prøver fra pasienter ved Radiumhospitalet Røde Kors blodgivere i Oslo (10%) Helseundersøkelser (90%) Janus prøveinnsamling Antall personer n=

5 krefttilfeller i Janusbanken per

6 Eksempler på hva biobank og registerdata kan fortelle oss Studier av assossiasjon mellom kreft og: virus og bakterier miljøgifter ernæring endring i genprofiler Studier av tidlig markører for kreft eks PSA, CA125 og mirna Studier av prognostiske markører for kreft i bla prostata skille mellom agressive og snille typer

7 Datakoblinger i forskningsprosjekter Langseth H et.al. Acta Oncologica 2010;49:

8 Helgenomisk profilering av mirna i prediagnostiske prøver fra Janus serumbank - for tidlig diagnose, forbedret terapi og oppfølging av behandling Fokus på lungekreft og kreft i tykk og endetarm Finansiert av Forskningsrådets program: Humane Biobanker og Helsedata (BIOBANK)

9 Prosjektgruppe og samarbeidspartnere Projectgroup and collaborators Hilde Langseth, MSc PhD (PI) Kristina Kjærheim, MD PhD Trine Rounge, MSc PhD Randi Gislefoss, MSc PhD Tom Grotmol, MD PhD Tom K Grimsrud, MD PhD Steinar Tretli, MSc PhD Giske Ursin, MD PhD Robert Lyle, MSc PhD Eivind Hovig, MSc PhD Eckart Meese MSc, Phd Ragnhild Lothe MSc PhD (CRC) Geir Hoff MD PhD (CRC) Olav Dahl MD PhD (CRC) Åslaug Helland MD PhD (LC) Tom Dømmen MD PhD (LC) Roy A. Bremnes MD PhD (LC) Stein Kaasa MD PhD (LC) Bjørn H. Grønberg MD PhD (LC) Institution Cancer Registry of Norway, Inst of Population-based Cancer Research, Oslo University Hospital, Oslo Norwegian Sequencing Centre, Department og Medical Genetics, Oslo University Hospital, Oslo Institute of Informatics, University of Oslo, Oslo Institute of Cancer Research, Oslo University Hospital Institute of Human Genetics, Saarland University, Germany Oslo University Hospital, Radium Hospital, Oslo Telemark Central Hospital, Skien University of Bergen, Bergen Oslo University Hospital, Radium Hospital University Hospital of North Norway, Tromsø University Hospital of North Norway, Tromsø Norwegian University of Science and Technology, Trondheim Norwegian University of Science and Technology, Trondheim

10 Hva er mirna? MicroRNA (mirna) er en familie av enkelt-trådet ikkekodende RNA molekyler 22 nucleotider lang Regulerer ekspresjonen av protein kodende gener Ett mirna kan regulere flere mrna ved å hindre overføring av eller destabilisere mrnas mirna er tilstede i ulike kroppsvæsker i svært stabil form Finnes ca 2500 kjente humane mirna (mirbase)

11 Hva er kjent om mirna og kreft? mirnas er vist å ha en sentral rolle i utviklingen og progresjonen av kreft Endringer sett i kreftceller består både av opp- og nedregulering i mirna (Calin et al, Nat Rev Cancer, 2006) Flest studier av mirna og kreft har anvendt biologisk materiale samlet inn fra tumorvev små studier (Schweiger et al, Wiley Int Rev Syst Biol Med, 2013) Lite er kjent om sirkulerende mirna uttrykk forut for en kreftdiagnose

12 Dataproduksjon og forskningsformål Produsere og organisere high-throughput mirna data fra et stort antall prediagnostiske serum prøver fra Janusbanken Beskrive mirna ekspresjons profiler fra pasienter med lungekreft og kreft i tykk- og endetarm, og en frisk kontrollgruppe Undersøke mirna som tidlig markør for kreft Identifisere mirna ekspresjons profiler for ulike histologiske subtyper

13 Kreftdødelighet i Norge Cancer Registry of Norway. Cancer in Norway Cancer incidence, mortality, survival and prevalence in Norway

14 Studiepopulasjonen og prøvemateriale 566 colorectal cancer pasienter 455 lunge cancer pasienter 460 friske kontroller 933 samples 440 samples 79 samples 5-10 år 1 4 år < 1 år Diagnose tidspunkt

15 mirna forskning i Janusbanken 904 unike mirna Størst endring i mirna profil nært diagnosetidpunktet PCR metode

16 mirna kvalitet i Janusmaterialet Langtidslagring av serum ved 25 C i opptil 42 år påvirker ikke mirna kvalitet og kvantitet vesentlig Ulik preanalytisk prøvehåndtering av serumprøvene ser ut til å påvirke utbytte av mirna. Testing av serum input volum viser at 500 µl er tilstrekkelig for å sekvensere prøvene RNA kvaliteten i Janusprøvene er god nok til å gjennomføre mirna dypsekvensering ved NSC Identifiserte i gjennomsnitt 641 unike mirnas per prøve

18 Etablering av tungregnemaskin ved KRG Bioinformatisk pipeline for analyse av mirna er utviklet ved Kreftregisteret Alle komponenter til tungregnemaskin er kjøpt inn Maskinen er bygd og operativsystem installert Prosessere hele mirna datasettet

Plan for dataflyt, lagring og tilgang Researchers: - Research ideas - Additional samples/data Norwegian sequencing center FastQ files Cancer Registry of Norwayregistry data Cancer Registry of

19 Plan for dataflyt, lagring og tilgang Researchers: - Research ideas - Additional samples/data Norwegian sequencing center FastQ files Cancer Registry of Norwayregistry data Cancer Registry of Norway's High performance computer Main mirna database: - Quality accurance - Sample information - Cancer site, date of diagnosis, date of sample, mortality - mirna counts per sample - mirna profiles - Raw data Project webpage: - Project overview - Number of samples per cancer site - Number of serial samples - Overview sequencing statistics - Linkage potentials - Contact information Data to be linked Cancer Registry of Norway data delivery unit Regional Ethic Committee approval Researchers: - Data analyses

20 Sequence counts Små ikke-kodene RNA i Janus prøver Sequence length distribution mirna Andre små RNA Sequence length

21 Oversikt over mirna datasettet Metode identifiserer små RNA fra 17 til 41 nukleotider Qiacube RNA ekstraksjon Små NEB RNA sekvenseringbibiliotek Små RNA Illumina sekvensering Kvalitetskontroll I hver prøve : spike-in Suksess rate ~ 95 % mirna datasettet per prøve Gjennomsnitt Standard avvik Maks Minimum sekvenseringsdybde 18.1 mill 4.9 mill 42 mill 4.1 mill mirna sekvenser antall mirna

22 MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT MIMAT Value olor Key Histogram Et blikk på resultatfilen

23 Mer om Janusbanken Til deg som har gitt prøve til Janus personvern samtykke og tilbaketrekking av samtykke sentrale lover aktuelle forskningsprosjekter Publikasjonsliste Kvalitetssikring Kreftstatistikk Informasjon om tilgang til materialet

Like dokumenter

Janus kreftbiobank og mirna forskning

Janus kreftbiobank og mirna forskning Big data og biomedisinsk næringsutvikling Fra genomikk til real world data 7. mai 2015 Hilde Langseth, Forsker PhD, leder Janus Serumbank Kreftregisteret Institutt