Bioforsk Rapport Vol. 2 Nr. 74 2007 Populasjonsovervåkning av brunbjørn (Ursus Arctos) 2005-2008 DNA-test for rødrev (Vulpes vulpes) utført på brunbjørn-negative ekskrementprøver fra 2006 Siv Grete Bjervamoen og Hans Geir Eiken Bioforsk Jord og Miljø Svanhovd
Forsidebilde: Steinar Wikan 2
Innhold 1. 2. 3. 4. 5. 6. Sammendrag... 4 Innledning... 5 Metoder... 6 Resultater og konklusjon............... 7 Referanser.................. 8 Vedlegg 1... 9 3
1. Sammendrag Populasjonsovervåkning av brunbjørn (Ursuss arctos) i 2006 resulterte i at det ble det samlet inn 662 ekskrementprøver i Norges fem nordligste fylker. DNA analyse gav en DNA profil for bjørn på 227 av disse prøvene. Denne rapporten beskriverr en spesifikk DNA-test for rødrev (Vulpes vulpes), og deretter analysen av de resterende 435 ikke- noe fungerende ekskrementprøvene fra 2006. Av disse 435 prøvene var 113 rødrev, som utgjør 17 % av totalt mottatte ekskrementprøverr i 2006. Andelen prøver positive for bjørn totalt i 2006-innsamlingen vil dermed gå opp fra 34 % til 44 % dersom vi trekker bort disse 113 rødrevekskrementenee i materialet. 4
2. Innledning I 2006 ble det samlet innn 662 ekskrementprøver til DNA-analyse for brunbjørn i Norges fem nordligste fylker. Av disse gav 227 prøver en fullstendig DNA profil på bjørn (34 %) (Eiken et al. 2007). I innsamlingen var der stor variasjon i andel positive prøver i de ulike fylkene (10-50 %), og også stor variasjon mellom enkelte regioner. Rapporten for 2006 viser at med bruk av samme metode som i 2005 (Eiken et al. 2006) er andelen positive ekskrementprøver lavere enn tidligere. Innsamling av ekskrementprøver fra andre arter (rødrev, grevling, elg med mer) i innsamlingen til populasjonsovervåkning av bjørn er en mulig feilkilde. Etter en diskusjon med Direktoratet for Naturforvaltning ble det konkludert med at rødrev var prioritertt i en utvidet analyse i prosjektet, ut fra muligheter for forveksling i felt (figur 1). En spesifikk DNA-test for rødrev (Vulpes vulpes) ble etablert, og deretter utført på alle ikke-fungerende ekskrementprøver, totalt 435 prøver. Denne tilleggsrapporten omhandler kun ekskrementprøver, og andre prøver (hår med mer) er beskrevet i tidligere rapport (Eiken et al. 2007). Figur 1. Rødrevekskrement (venstre) og bjørneekskrement (høyre) kan forveksles i innsamling til populasjonsovervåkning på brunbjørn. 5
3. Metoder Den spesifikkee DNA-testen som ble brukt baserer seg på PCR-amplifisering av DNA- en fragmenter fra kontrollregionen i mitokondrie DNA, og følgendee primere ble brukt: forward primer som er arts-spesifikk for rødrev (VUL1F) og en revers primer (H3R) som binder seg til de fleste pattedyr (pers. med Ø. Flagstad, Dalèn et al., 2004). PCR med påfølgende analyse i kapillærelektroforese ble utførtt som tidligere beskrevet (Eiken et al. 2007). Ekskrementprøver som var positive for rødrev hadde DNA-fragmenter på ca 98 basepar (figur 2). Testen ble utført med positive og negative kontroller. Figur 2. DNA-testt for rødrev (vulpes vulpes). Panel 1 (øverst) og 2 (midten)viser resultatet fra kapillærelektroforese (ABI 310) for rødrev-dna fra henholdsvis vev og ekskrementer. Panel 3 (nederst) viser en negativ kontroll med DNA fra brunbjørn. 6
4. Resultater og konklusjon Av de 435 ikke-fungerende ekskrementprøvene som ble analysert, gav 113 positivt utslag for rødrev (vedlegg1). Dette utgjør 17 % av totalt mottatte ekskrementprøver i 2006 (662 prøver). Tabell 1 viser en oversikt over prosent fungerende ekskrementprøver for hvert enkelt fylke. Resultatet fra alle enkeltprøvene er lagt inn i Rovbase 3.0. De 113 positive prøvenee er et minimumstall, siden det er rimelig å antaa at det kan finnes flere prøver fra rødrev i materiale, uten at disse har gitt DNA i ekstraksjon nen som lar seg PCR-amplifisere. Det gjelder selvsagt det samme også for DNA-analysen av bjørn og andeler fungerende prøver (tabell 1). De 113 prøvene som er positive for rødrev viser likevel at forveksling med bjørneekskrementer var et problem i 2006- innsamlingen i de fleste regionene/fylkene (17-25 % rødrevekskrementer). I Anarjokka i Finnmark var forveksling med rødrev ikke et problem i 2006 innsamlingen. Andelen prøver positive for bjørn totalt i 2006-innsamlingen vil gå opp fra 34 % til 44 % dersom vi tar bort de 113 rødrevekskrementene i materialet. For Finnmark,, og - nærmer andelen bjørne-dna positive prøver seg resultatet fra tidligere studier, mens for land og særlig Sør- er andelen positive prøver fortsattt lav. Til slutt kan vi slå fast at fortsatt er det ukjent hvor mange prøver i 2006- innsamlingen som virkelig er fra bjørn. Materialet kan fortsattt inneholde ekskrementer fra andre arter, og i så fall må spesifikke DNA-tester gi svar på dette. En annen mulighet er å bruke mer sensitivee DNA-metoder i fremtiden (for eksempel sanntids-pcr) for å påvise DNA fra brunbjørn (eller andre arters DNA) i ikke- fungerende prøver. Tabell 1: Fylkesvis fordeling av fungerende ekskrementprøver hvor det er påvist DNA fra brunbjørn (Ursus arctos) eller rødrev (Vulpes vulpes). Fylke / Region Antall ekskrement Fungerende ekskrement- Fungerende ekskrement- Andel positive ekskrementprøver -prøver prøver (%) prøver (%) (%) for brunbjørn 2006 for brunbjørn for rødrev etter revtest * Finnmark - Øst 173 34,7 16,8 41,1 (n=146) Finnmark- Anarjokka 39 46,1 0, 0 46,1 (n=39) land Sør Oppland Sogn og Fjordane 32 24 333 59 1 1 50,0 20,8 36, 6 10,2 0,0 0,0 21,9 25,0 16, 8 25,4 0, 0 0, 0 64,0 (n=25) 27,8 (n=18) 44,0 (n=277) 13,6 (n=44) 0,0 (n=1) 0, 0 (n=1) Totalt alle fylker 662 34,3 17,1 * n= totalt innsamlede ekskrementprøverr minus prøver positivt testet for rødrev 44,5 (n=510) 7
5. Referanser Dalén L.; Götherström A.; Angerbjörn A. (2004). Identifying species from pieces of faeces. Cons.gen. 5, 109-111(3). Eiken et al. 2006. Populasjonsovervåkning av brunbjørn 2005-2008: Rapport for Sør- for Sør- Varanger, Finnmark for 2004 og 2005. Bioforsk rapport 62:1-18 Eiken et al. 2007. Populasjonsovervåkning av brunbjørn 2005-2008: Rapport, -, land, og Finnmark. Bioforsk rapport 47:1-29 8
6. Vedlegg 1 Ekskrementprøver som gav positivtt utslag for rødrev. Prøvenummer Rovbase nr Strekkode Fylke/Region BF009 BF024 BF025 BF026 BF027 BF065 BF066 BF071 BF072 BF079 BF080 BF081 BF082 BF083 BF084 BF085 BF086 BF087 BF091 BF095 BF105 R 309 567 BF143 R 309 622 BF165 R 309 658 BF181 R 309 674 BF207 R 309 708 BF217 R 309 717 Sør BF224 R 309 727 Sør BF232 R 309 744 land BF233 R 309 746 land BF241 R 309 761 land BF247 BF253 BF286 BF294 BF301 BF302 BF319 BF320 BF321 BF340 B 00008040 land 9
BF345 BF347 BF369 BF370 BF371 BF373 BF376 BF383 BF384 BF386 BF387 BF391 BF395 BF398 BF399 BF425 BF427 BF440 BF441 BF446 BF447 BF448 BF455 BF463 BF464 BF469 BF474 BF477 BF478 BF481 BF484 BF485 BF486 BF495 BF496 BF500 BF504 BF507 BF513 BF515 BF518 BF524 BF525 BF526 BF531 BF532 BF534 R 400053 R 400055 R 400054 R 400062 R 306057 R 400085 R 400079 R 302950 R 400120 R 400122 R 400138 R 400171 R 400144 R 400145 R 400146 R 400154 R 400162 R 400163 R 400168 B 00008036 B 00008035 B 00003159 B 00003119 B 00003158 B 00003227 B 00006883 B 00001557 B 00001217 B 00009977 B 00008376 B 00001362 B 00001553 B 00001559 B 00002474 B 00008652 B 00001562 B 00001227 B 00008321 B 00007806 B 00008323 B 00009928 B 00001463 B 00001215 B 00002214 B 00001006 B 00001561 B 00001560 land land Sør Sør Sør Sør Sør Sør Sør Sør Sør Sør Sør Sør Sør 10
BF536 BF539 BF541 BF543 BF552 BF556 BF567 BF568 BF571 BF572 BF573 BF574 BF575 BF579 BF585 BF595 BF604 BF614 BF617 BF636 BF639 BF644 BF649 BF651 BF652 BF653 R 400061 R 309821 R 400071 R 309920 B 00001734 B 00001465 B 00008371 B 00001041 B 00008304 B 00008700 B 00007816 B 00008347 B 00001555 B 00008392 B 00001363 B 00008369 B 00008320 B 00001678 B 00001226 B 00006708 B 00001645 B 00001197 B 00006712 B 00008622 B 00008540 B 00003260 11