Oppgave 2. Benytt informasjonen i vedlagte Tabell 1 og 2 (Appendix) og besvar følgende:

Størrelse: px

Begynne med side:

Download "Oppgave 2. Benytt informasjonen i vedlagte Tabell 1 og 2 (Appendix) og besvar følgende:"

Jonathan Rønningen
6 år siden
Visninger:

1 Side 1 av 2 Norges teknisknaturvitenskapelige universitet Fakultet for naturvitenskap og teknologi Institutt for biologi Faglig kontaktperson(er) under eksamen: Jarle Mork ( ), Hans Stenøien ( ) EKSAMEN I: BI 3010 BOKMÅL DATO: 18. mai 2007 Antall timer: 4 Studiepoeng: 7,5 Antall sider: 2 Sensurdato: 8. juni 2007 Tillatte hjelpemidler: Kalkulator HP30S VED SENSUR TELLER OPPGAVENE LIKT Bokmål Oppgave 1. Formulér Hardy-Weinbergs lov med ord. Hva innebærer det at en populasjon er i Hardy- Weinberg likevekt, og hva er forutsetningene for denne likevekten? Oppgave 2. Benytt informasjonen i vedlagte Tabell 1 og 2 (Appendix) og besvar følgende: a) Hva er allelfrekvensene for A og B i stikkprøvene b) Hva er de forventede (etter HW teorem) genotype antallene i stikkprøvene c) Hva er kji-kvadrat (Goodness-of-fit test) for de observerte genotypefordelingene d) Hvordan beregnes antall frihetsgrader (DF) i en Goodness-of-fit test? e) Hva er signifikansnivåene (P) for de observerte genotypefordelingene (benytt Appendix Tabell 2)? f) Hva kan den observerte proporsjonen av heterozygoter i stikkprøvene tyde på? g) Vis hvordan man med en RxC kji-kvadrat test og Tabell 2 kan avgjøre om forskjellen i allelproporsjoner mellom de to populasjonene i Tabell 1 er statistisk signifikant, og rapporter resultatet. Oppgave 3. Den såkalte "Breeder's equation" er en enkel formel for den forventede responsen (R) på et seleksjonsregime uttrykt ved arvbarheten (h 2 ) og seleksjonsdifferentialet (S) når 1

2 Side 2 av 2 trunkeringspunktet (T) er gitt. (Seleksjonsdifferensialet S kan formuleres som I*SD P, der I er differansen i fenotypisk middelverdi for egenskapen mellom populasjonen og den selekterte gruppen, uttrykt i SD P enheter (dvs av populasjonens middelverdi)). Anta følgende scenario: Man ønsker å forbedre egenskapen <gjennomsnittlig lengde ved alder 2 år> for en populasjon av oppdrettsfisk. I startpopulasjonen er denne lengden 30 cm med et standardavvik (SD P ) på 6 cm. Arvbarheten for egenskapen er I et tenkt forsøk (Regime 1) selekterer man ut fisk større enn 36 cm og bruker disse som stamfisk for neste generasjon (F1). I et annet tenkt forsøk (Regime 2) selekterer man ut de største 20% av populasjonen og lar disse være stamfisk for å produsere F1. a) Hva er forventet gjennomsnittlig lengde ved 2 år ved Regime 1? b) Hva er forventet gjennomsnittlig lengde ved 2 år ved Regime 2? Benytt Falconer's Tabell A (Appendix Tabell 3) som hjelpemiddel. Oppgave 4. a) Hva er nøytralitetsteorien? b) Hva er nesten-nøytralitet teorien? 2

3 Side 1 av 2 Noregs teknisknaturvitenskapelege universitet Fakultet for naturvitenskap og teknologi/ Institutt for biologi Fagleg kontaktperson under eksamen: Jarle Mork ( ), Hans Stenøien ( ) EKSAMEN I: BI 3010 NYNORSK DATO: 18. MAI 2007 Timetal: 4 Studiepoeng: 7,5 Sidetal: 2 Sensurdato: 8. JUNI 2007 Tilletne hjelpemidlar: Kalkulator HP30S VED SENSUR TEL OPPGÅVENE LIKT Nynorsk Oppgåve 1. Formulér Hardy-Weinbergs lov med ord. Kva tyder det at ein populasjon er i Hardy- Weinberg likevekt, og kva er føresetnadane for denne likevekta? Oppgåve 2. Bruk opplysningane i Tabell 1 og 2 (Appendix) og svar på fylgjande: a) Kva er allelfrekvensane for A og B i stikkprøvene? b) Kva er dei forventa (etter HW lova) genotype antala i stikkprøvene? c) Kva er kji-kvadrat (G-o-f ; Goodness-of-fit test) for dei observerte genotypefordelingane? d) Korleis reknar ein ut antalet frihetsgradar (DF) for ein G-o-f test? e) Kva er signifikansnivåa (P) for dei observerte genotypefordelingane (bruk Tabell 2 i Appendix)? f) Kva kan den observerte andelen av heterozygotar i stikkprøvene tyde på? g) Vis korleis ein med ein RxC kji-kvadrat test og Tabell 2 kan avgjere om forskjellen i allelproporsjonar mellom dei to populasjonane i Tabell1 er statistisk signifikant, og rapporter resultatet. 3

4 Side 2 av 2 Oppgåve 3. Den såkalla "Breeder's equiation" er ein enkel formel for den forventa responsen (R) i eit seleksjonsregime, uttrykt ved arvbarheita (h 2 ) og seleksjonsdifferensialet (S) når populasjonens medelverdi og trunkeringspunktet (T) er kjent. (Seleksjonsdifferensialet S kan og uttrykkjast som I*SD P, der I er forskjellen i fenotypisk medelverde mellom populasjonen og den selekterte gruppa, uttrykt i SD P einingar (dvs av populasjonens medelverde)). Tenk deg fylgjande scenario: Ein ynskjer å forbetre eigenskapen <gjennomsnittleg lengde ved alder 2 år> for ein populasjon av oppdrettsfisk. I startpopulasjonen er denne lengda 30 cm med eit standardavvik (SD P ) på 6 cm. Arvbarheita for eigenskapen er I eit tenkt forsøk (Regime 1) selekterer ein ut fisk større enn 36 cm og bruker dei som stamfisk for neste generasjon (F1). I eit anna tenkt forsøk (Regime 2) selekterer ein ut dei største 20% av populasjonen og let dei vere stamfisk for å produsere F1. a) Kva er forventa gjennomsnittleg lengde ved 2 år i F1 ved Regime 1? b) Kva er forventa gjennomsnittleg lengde ved 2 år i F1 ved Regime 2? Bruk Falconer's Tabell A (Appendix Tabell 3) som hjelpemedel. Oppgåve 4. a) Kva er nøytralitetsteorien? b) Kva er nesten-nøytralitet teorien? 4

5 Page 1 of 2 NORWEGIAN UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY Faculty of Natural Sciences and Technology Department of Biology Subject teacher: Jarle Mork ( ), Hans Stenøien ( ) EXAMINATION IN: BI 3010 DATE: May 18., 2007 ENGLISH Points: 7.5 Number of hours: 4 Number of pages: 2 Permitted aids: Calculator HP 30S Grades to be announced on: June 8., 2007 ALL QUESTIONS COUNT AS EQUAL English Question 1. Phrase Hardy-Weinberg s law in words. What does it mean that a population is in Hardy- Weinberg equilibrium, and what are the basic assumptions for an equilibrium? Question 2. Use the information in tables 1 and 2 (Appendix) and answer the following questions: a) What are the allele frequencies for A and B in the samples? b) What are the expected (according to H-W) genotypic numbers in the samples? c) What are the chi-square (Goodness-of-fit test; G-o-f) values for each of the observed genotype distributions? d) How are degrees of freedom (DF) calculated in G-o-f tests? e) What are the significance levels (P) for the observed genotype distributions in the samples (use Appendix Table 2). f) What are the heterozygote proportions in the samples indicative of? g) Show how you can use a chi-square RxC contingency table test and Table 2 to decide whether the difference in allelic proportions in samples 1 and 2 is statistically significant, and report your conclusion. 5

6 Page 2 of 2 Question 3. The so-called "Breeder's equiation" is a simple formula for estimating the expected response (R) in a selection regime, using the heritability (h 2 ) and the selection differential (S) when the population mean and the truncation point (T) is known. (S can also be expressed as I*SD P, where I is the difference (in SD P units) in phenotypic mean values between the population and the selected group). Assume the following scenario: We want to improve the trait <mean length at age=2 years> in a population of farmed fish. In the start population the phenotypic mean value is 30 cm with SD P =6 cm. The heritability of the trait is In one hypothetical experiment (Regime 1), individuals larger than 36 cm are selected for use as brood stock for producing the F1 generation. In a second hypothetical experiment (Regime 2), the largest (by length) 20% of the individuals are used for producing F1. a) What is the expected mean lenght at 2 years in F1 using Regime 1? b) What is the expected mean length at 2 years in F1 using Regime 2? Use Falconer's Table A (Appendix Table 3) as an aid. Question 4. a) What is the neutral theory b) What is the nearly-neutral theory 6

7 APPENDIX Table 1. Observed genotype numbers at a locus in samples of diploid specimens from two locations. Genotypes Allele frequencies Goodness-of-fit test AA AB BB N qa qb Chi-square and DF P Sample Sample Table 2. Chi-square threshold values for various DF and probabilitiy levels. 7

8 Table 3. Falconer's table A 8

Like dokumenter

EKSAMENSOPPGAVER/ EXAM QUESTIONS: BI3010 Populasjonsgenetikk / Population Genetics

Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet Institutt for biologi EKSAMENSOPPGAVER/ EXAM QUESTIONS: BI3010 Populasjonsgenetikk / Population Genetics - Faglig kontakt under eksamen / Contact person during