(12) Translation of european patent specification (11) NO/EP 2479289 B1 (19) NO NORWAY (51) Int Cl. C12Q 1/68 (2006.01) Norwegian Industrial Property Office (21) Translation Published 2016.07.25 (80) Date of The European Patent Office Publication of the Granted Patent 2016.04.06 (86) European Application Nr. 12164321.7 (86) European Filing Date 2008.06.06 (87) The European Application s Publication Date 2012.07.25 (30) Priority 2007.06.08, EP, 07109907 2007.06.15, EP, 07110409 2007.07.31, EP, 07113516 2007.08.21, EP, 07114659 2007.08.23, EP, 07114863 2008.01.23, EP, 08150552 2008.02.14, EP, 08151442 (84) Designated Contracting States: AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HR HU IE IS IT LI LT LU LV MC MT NL NO PL PT RO SE SI SK TR (73) Proprietor Epigenomics AG, Geneststrasse 5, 10829 Berlin, DE-Tyskland (72) Inventor Devos, Theo, 1208 NE 100th Street, Seattle, WA 98125, US-USA Lofton-Day, Cathy, 4816 Linden Avenue N, Seattle, WA 98103, US-USA Sledziewski, Andrew, 17736 15th Avenue NW, Shoreline, WA 98177, US-USA Model, Fabian, Debenzer Str. 73, 12683 Berlin, DE-Tyskland Krouse, Michael, 700 20th Avenue, Seattle, WA 98007, US-USA Schuster, Mathias, Platanenstr. 4, 13156 Berlin, DE-Tyskland Distler, Jürgen, Herderstr. 24, 12163 Berlin, DE-Tyskland Tetzner, Reimo, 8736 A Phinney Avenue N, Seattle, WA 98103, US-USA Ho, Jesse, 1250 150th Avenue, Seattle, WA 98007, US-USA (74) Agent or Attorney Bryn Aarflot AS, Postboks 449 Sentrum, 0104 OSLO, Norge (54) Title Method for methylation analysis (56) References Cited: EP-A2-1 721 992 WO-A-2006/113770 WAN ET AL: "Bisulfite modification of immobilized DNAs for methylation detection", BIOSENSORS & BIOELECTRONICS, ELSEVIER SCIENCE PUBLISHERS, BARKING, GB, vol. 22, no. 11, 30 March 2007 (2007-03-30), pages 2415-2421, XP022006435, ISSN: 0956-5663 BOYD VICTORIA L ET AL: "Methylation-dependent fragment separation: Direct detection of DNA methylation by capillary electrophoresis of PCR products from bisulfite-converted genomic DNA", ANALYTICAL BIOCHEMISTRY, ACADEMIC PRESS INC. NEW YORK, vol. 354, no. 2, 6 May 2006 (2006-05-06), pages 266-273, XP002483856, ISSN: 0003-2697 DEVOS T ET AL: "Methylated Septin 9 DNA: a biomarker found in blood plasma, for the detection of colorectal cancer", CLINICAL CHEMISTRY, AMERICAN ASSOCIATION FOR CLINICAL CHEMISTRY, WASHINGTON, DC, vol. 53, no. 6, Suppl. S, 1 June 2007 (2007-06-01), page A109, XP001537814, ISSN: 0009-9147 BURROWS J F ET AL: "Altered expression of the septin gene, SEPT9, in ovarian neoplasia", JOURNAL OF PATHOLOGY, JOHN WILEY & SONS LTD, GB, vol. 201, no. 4, 1 December 2003 (2003-12-01), pages 581-588, XP002402384, ISSN: 0022-3417, DOI: 10.1002/PATH.1484
Enclosed is a translation of the patent claims in Norwegian. Please note that as per the Norwegian Patents Acts, section 66i the patent will receive protection in Norway only as far as there is agreement between the translation and the language of the application/patent granted at the EPO. In matters concerning the validity of the patent, language of the application/patent granted at the EPO will be used as the basis for the decision. The patent documents published by the EPO are available through Espacenet (http://worldwide.espacenet.com) or via the search engine on our website here: https://search.patentstyret.no/
1 Fremgangsmåte for metyleringsanalyse PATENTKRAV 1. Fremgangsmåte for metyleringsanalyse, omfattende a) å behandle genomisk DNA med én eller flere reagenser for å omdanne ikke-metylerte cytosinbaser til uracilsulfonat eller til en annen base som har en annen bindende oppførsel enn cytosin, mens metylert cytosin forblir uforandret; b) å amplifisere det behandlede DNA-et ved hjelp av i) et oligonukleotid omfattende eller bestående av en sekvens definert av SEQ ID NO: 5 eller en variant derav med 5 -terminal og/eller 3 -terminal sletting av 1, 2, 3, 4 eller 5 nukleotider; og ii) et oligonukleotid omfattende eller bestående av en sekvens som definert av SEQ ID NO: 44 eller en variant derav med 5 -terminal og/eller 3 -terminal sletting av 1, 2, 3, 4 eller 5 nukleotider; hvori oligonukleotidene er egnet for anvendelse som primere; c) å dedusere nærværet eller fraværet av metylering av CpG-dinukleotider amplifisert i trinn b) fra resultatene fra trinn b). 2. Fremgangsmåten ifølge krav 1, hvori amplifiseringen av fremgangsmåtetrinn b) i tillegg omfatter anvendelsen av i) minst ett oligonukleotid omfattende eller i det vesentlige bestående av en sekvens valgt fra gruppen bestående av SEQ ID NO: 7 og 49-57, hvori den ene eller flere oligonukleotider er egnet for anvendelse som blokkere; ii) minst ett oligonukleotid omfattende eller i det vesentlige bestående av en sekvens valgt fra gruppen bestående av SEQ ID NO: 8 og 58-61, hvori den ene eller flere oligonukleotider er egnet for anvendelse som prober; og iii) 3. en polymerase, fortrinnsvis en varmestabil polymerase. Fremgangsmåten ifølge krav 2, omfattende a) å anvende et oligonukleotid omfattende eller i det vesentlige bestående av sekvensen ifølge SEQ ID NO: 7 i punkt (i); og b) å anvende et oligonukleotid omfattende eller i det vesentlige bestående av sekvensen ifølge SEQ ID NO: 8 i punkt (ii).
2 4. Fremgangsmåte for å detektere og/eller klassifisere cellulære proliferative forstyrrelser, omfattende: a) å behandle genomisk DNA med én eller flere reagenser for å omdanne ikke-metylerte cytosinbaser til uracilsulfonat eller til en annen base som har en annen bindende oppførsel enn cytosin, mens metylert cytosin forblir uforandret; b) å amplifisere det behandlede DNA-et ved hjelp av i) et oligonukleotid omfattende eller bestående av en sekvens som definert av SEQ ID NO: 5, eller varianter derav med 5 -terminal og/eller 3 -terminal sletting av 1, 2, 3, 4 eller 5 nukleotider, idet den ene eller flere oligonukleotider er egnet for anvendelse som primere; og ii) et oligonukleotid omfattende eller bestående av en sekvens som definert av SEQ ID NO: 44 eller varianter derav med 5 -terminal og/eller 3 -terminal sletting av 1, 2, 3, 4 eller 5 nukleotider; idet den ene eller flere oligonukleotider er egnet for anvendelse som primere; c) å dedusere nærværet eller fraværet av metylering av CpG-dinukleotidene amplifisert i trinn b) fra produktet i trinn b), hvori minst én av detektering og klassifisering av cellulære proliferative forstyrrelser, i det minste delvis er gitt. 5. Fremgangsmåten ifølge krav 1, hvori amplifiseringen av fremgangsmåtetrinn b) i tillegg omfatter anvendelsen av i) minst ett oligonukleotid omfattende eller i det vesentlige bestående av en sekvens valgt fra gruppen bestående av SEQ ID NO: 7 og 49-57, idet den ene eller flere oligonukleotider er egnet for anvendelse som blokkere; ii) minst ett oligonukleotid omfattende eller i det vesentlige bestående av en sekvens valgt fra gruppen bestående av SEQ ID NO: 8 og 58-61, idet den ene eller flere oligonukleotider er egnet for anvendelse som prober; og iii) en polymerase, fortrinnsvis en varmestabil polymerase. 6. Anvendelse av en fremgangsmåte ifølge kravene 1-3 for oppdagelsen av en metyleringsmarkør, hvori markøren er indikativ for bivirkninger for pasienter eller enkeltpersoner, hvorved disse bivirkningene tilhører minst én av de følgende kategoriene: uønskede legemiddelinteraksjoner; kreftsykdommer; cellulære proliferative forstyrrelser; tykktarmskreft; leverkreft; CNS-skader; skade eller sykdom; symptomer på aggresjon eller atferds forstyrrelser; kliniske; psykologiske og sosiale konsekvenser av hjerne skader; psykotiske
3 forstyrrelser og personlighetsforstyrrelser; demens og/eller tilknyttede syndromer; kardiovaskulær sykdom, funksjonssvikt eller skade; funksjonssvikt, skade eller sykdom i mage-tarmkanalen; funksjonssvikt, skade eller sykdom i luftveiene; lesjon, inflammasjon, infeksjon, immunitet og/eller rekonvalesens; funksjonssvikt, skade eller sykdom i kroppen som en abnormitet i utviklingsprosessen; funksjonssvikt, skade eller sykdom i huden, i musklene, i bindevevet eller i beinene; endokrin og metabolsk funksjonssvikt, skade eller sykdom; hodepiner eller seksuell funksjonssvikt.