Årsrapport 2012 Avdeling for mikrobiologi og smittevern 1
1. Beskrivelse av avdelingen Avdeling for mikrobiologi og smittevern leverer mikrobiologiske tjenester til Akershus universitetssykehus, sykehjem og primærhelsetjenesten i Akershus og deler av Oslo. Avdelingen er ansvarlige for smittevern for de samme institusjonene og områdene. Avdelingen utfører noen molekylærbiologiske og infeksjonsimmunologiske undersøkelser for Rikshospitalet og enkelte andre sykehus i Helse Sør-Øst. Avdelingen het Avdeling for mikrobiologi frem til 31/12-2011 og skiftet 1/1-2012 navn til Avdeling for mikrobiologi og smittevern. Samtidig ble avdelingen seksjonert og Seksjon for Forskning og utvikling ble etablert. Avdelingen har nå fem seksjoner: Bakteriologi, Substrat/glassvask, Smittevern, Forskning og utvikling, Spesialister/LIS. 1.1 Avdelingens tilbud og tjenester Diagnostikken ved avdelingen inkluderer påvisning av bakterier, sopp, parasitter og virus i ulike biologiske materialer. I tillegg utføres resistensbestemmelse mot antimikrobielle midler når dette er relevant. Vi benytter både tradisjonelle dyrkningsmetoder samt infeksjonsimmunologiske og molekylærbiologiske metoder. Rådgivning om prøvetakingsmetoder og tolkning av svar er en viktig del av vårt tilbud til rekvirentene. Smittevernseksjonen har som overordnede mål å forebygge infeksjoner, utføre infeksjonsovervåking og bidra ved oppklaring av utbrudd og utføre infeksjonsepidemiologisk forskning. I samarbeid med Forskning- og utviklingsseksjonen utføres genotyping av bakteriestammer, primært MRSA, som ledd i epidemiologisk overvåking og utbruddsoppklaring. Avdelingen har nasjonal referansefunksjon for diagnostikk og typing av humant papillomavirus (HPV). Denne referansefunksjonen er lagt til Forskning- og utviklingsseksjonen. 1.2 Organisasjonsmodell Deler av de mikrobiologiske analysene ved Ahus (de fleste infeksjonsimmunologiske og molekylærgenetiske analysene, samt prøvemottak) blir administrert av Avdeling for tverrfaglig laboratoriemedisin og medisinsk biokjemi, dette inkludert driftspersonell (unntatt leger) og budsjett. Begge avdelinger er plassert i Divisjon for diagnostikk og teknologi. Leger ansatt i Avdeling for mikrobiologi og smittevern har også medisinskfaglig ansvar for mikrobiologiske analyser utført ved Avdeling for tverrfaglig laboratoriemedisin og medisinsk biokjemi. Fra 01.01.12 blir klinisk smittevern og en del av det tidligere EpiGen-instituttet slått sammen med Mikrobiologisk avdeling til Avdeling for mikrobiologi og smittevern (MIKS). 1.3 Infrastruktur Avdelingen er fysisk plassert i 4. etg. i Ahus behandlingsbygg på Nordbyhagen. Smittevernseksjonen har lokaler i umiddelbar nærhet. Laboratoriet har 2 BSL3-laboratorier. Seksjon for genteknologi er fysisk plassert i egne lokaler direkte tilknyttet bakteriologisk lab. Infeksjonsimmunologi utføres på maskiner plassert i 2 ulike lokaliteter i Avdeling for tverrfaglig laboratoriemedisin og medisinsk biokjemi, også dette i umiddelbar nærhet til bakteriologisk lab. Avdelingen bruker laboratoriedatasystemet CGM Analytix med tilknyttet statistikkverktøy QlikView. 2
1.4 Annen aktivitet Avdelingen betjener et nedslagsfelt på ca 490 000 innbyggere. Det holdes regelmessige møter med infeksjonsmedisinsk avdeling og barneavdelingen. I forbindelse med HPV referansefunksjon er det tett samarbeid med Avdeling for patologi. Avdelingens leger og sykepleiere driver etterutdannelse av alle typer helsepersonell, undervisnings- og forelesningsaktivitet både på høyskole-/universitetsnivå og på medisinske møter/konferanser. Avdelingen ble knyttet til Universitet i Oslo fra 2006 og deltar i undervisningen av medisinstudenter. Mikrobiologisk avdeling, Ahus ble godkjent som utdanningsinstitusjon gruppe II fra 22.08.89 og gruppe I fra 21.02.05. Bioingeniørstudenter ved Bioingeniørhøyskolen i Oslo får sin praksis på avdelingen, og i 2012 gjennomførte 3 studenter sin bacheloroppgave med avdelingens bioingeniører og leger som veiledere. Avdelingen har som mål å ha en relativt omfattende forskning. 1.5 Råd og utvalg - interne Avdelingsutvalget: Består av avdelingens ledere og tillitsvalgte, samt verneombud. Utdanningsutvalget: Består av alle avdelingens leger. Leder i 2012 har vært Silje Bakken Jørgensen. Forsknings- og utdanningsutvalget er blitt opprettet i løpet av 2012 og består av sjef for Fou-avdelingen (Ole Herman Ambur), lege med universitetstilknytning (1. amanuensis Truls M. Leegaard), aktiv forsker (Hege Vangstein Aamot), representant for ingeniører/bioingeniører (Magnus Øglen) og smittevernoverlegen (Silje B. Jørgensen). 1.6 Råd og utvalg - eksterne AFA (Arbeidsgruppen for antibiotikaspørsmål, www.antibiotikaresistens.no): Truls Leegaard medlem siden 2007. Representerer også AFA i NordicAST (www.nordicast.org) ESCMID: Truls Leegaard medlem av Professional affairs committee (www.escmid.org). UEMS (Union Européenne des Médecins Spécialistes/European union of medical specialists, www.uems-smm.org). Truls Leegaard norsk representant i seksjon for Medisinsk Mikrobiologi leder der arbeidsgruppen for nye felles spesialistregler i Europa. Antibiotikaveileder for sykehusene: Truls Leegaard, medlem av redaksjonskomiteen. Nasjonal beredskapskomité: Trond E. Ranheim Nasjonal referansegruppe for bakteriologi: Trond E. Ranheim RUFUT (Rådgivende utvalg for utdanning av bioingeniører): Merete Holth Fagråd for infeksjonssykdommer, immunologi og smittevern Helse Sør-Øst: Silje B. Jørgensen Rådgivningsgruppen for Masseundersøkelsen mot livmorhalskreft: Christine M Jonassen Helsedirektoratets arbeidsgruppe som utreder bruk av HPV-test i primærscreening: Christine M Jonassen Styringsgruppen for HPV-vaksineoppfølgingsprogrammet: Referanselaboratoriet for HPV representert ved Christine M Jonassen, Merete Holth og Truls Leegaard E-læringsgruppa for smittevern HSØ: Silje Severine Sætre HSØ produktråd: Michaela Marie Lelek Pasientsikkerhetskampanjens ekspertråd for smittevern (fram til august): Marit Velten Loraas Medlem av /Deltar på eksterne møter: Norsk forum for helseledelse 3
NORM (nasjonal overvåkning for resistente mikrober) 1.7 Mål og strategiarbeid Avdelingen startet arbeidet med mål - og strategiutvikling i 2010. Det har satset mye på dette og en strategiplan for avdelingen fra 2010 2016 er utarbeidet. Avdelingen hadde i 2012 et strategiseminar, se egen rapport. Det ble også avholdt et avdelingsseminar med tema arbeidsmiljø. 1.8 Åpningstider og kontaktinfo Det er felles ekspedisjon for alle laboratoriene lokalisert i B304 Åpningstid: 08.00-15.00 Tlf.: (679) 61200 Avdelingen har åpningstid alle hverdager kl. 08.00-15.30. Bakteriologisk seksjon er i tillegg bemannet alle dager i året. Det er opprettet rådgivingstelefon som betjenes av lege på hverdager 08.00-15.30 Telefon: (679) 69412 Mikrobiologiske prøvesvar gis på hverdager 8.00-15.30 på lør-, søn- og helligdager 8.00-14.00 Telefon: (679) 61353 Smittevernseksjonen har telefontid fra kl 8.00-15.30 Telefon: (679) 68153, 63938, 64399, 64400 1.9 Ledelse: Avdelingsleder: Merete Holth Avdelingsoverlege og 1. amanuensis, dr med: Truls Leegaard Medisinsk faglig ansvar bakteriologi og medieproduksjon: Seksjonsoverlege Trond E. Ranheim Medisinsk faglig ansvar genteknologi: Truls Leegaard Medisinsk faglig ansvar infeksjonsimmunologi: Truls Leegaard Medisinsk faglig ansvar Seksjon for forskning og utvikling: Truls Leegaard Smitttevernoverlege/seksjonsleder smittevernseksjonen: Silje Bakken Jørgensen Seksjonsleder substrat: Overbioingeniør Anne Borling Seksjonsleder bakteriologi: Overbioingeniør Kaja Marienborg Seksjonsleder forskning og utvikling: Ole Herman Ambur (Anita Blomfeldt kst. seksjonssjef januar august) Verneombud: May Lilly Colban og Ellen Myrvang 4
2. Driftsåret 2012 oppsummering Driftsåret 2012 bar preg av tilpasninger til ny organisering. Utvikling av nye metoder: MRSA-diagnostikken er endret. Nå gjøres PCR direkte på prøvemateriale etter oppformering i buljong. Det er brukt mye legeressurser på validering av nye instrumenter for infeksjonsimmunologisk diagnostikk av HIV, hepatitt C og CMV (UniCel fra Beckman Coulter), og hepatitt B (Roche fra Cobas). High-throughput -sekvensering er etablert der man bruker Ion Torrent for forsking på humant papillomavirus (HPV). 2.1 Aktivitetsutvikling Som en del av "Hovedstadsprosessen" fikk sykehuset økt opptaksområdet med ca 160.000 innbyggere fra 1.1.2011. Dette medførte at avdelingens aktivitet økte betydelig. 2.2 Aktiviteten i 2012 Utvikling bakteriologi, infeksjonsimmunologi og genteknologi Avdelingen utførte i 2012 totalt 627 452 fordelt på bakteriologi: bakteriologi 219 059 (+ 1,8 %), infeksjonsimmunologi 208 170 ( 4,4 %) og genteknologi 200 223 (+ 60,6 %) analyser. Tall i parentes angir endring fra 2011. Aktivitet utført på smittevernlab kommer i tillegg. 25 000 20 000 15 000 10 000 Analyser bakteriologi 2011/12 Interne analyser 2011 Interne analyser 2012 PHT 2011 PHT 2012 Poliklinikk 2011 Poliklinikk 2012 Måltall 2012 Total aktivitet 2012 Total aktivitet 2011 5 000-1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 Måneder Tabell 1 Fordeling interne eksterne prøver: Det har vært en uventet nedgang i antall analyser fra primærhelsetjenesten (PHT) sett i lys av økt opptaksområde. Fordelingen mellom PHT og interne prøver er om lag 50 / 50. 5
Utvikling medieproduksjon: Det har vært en nedgang på 1,1 % sammenlignet med 2011. Egenproduksjon har vært 9 479 liter. Det har blitt kjøpt inn 240 ESBL-skåler og 330 VRE-skåler. MEDIEPRODUKSJON: 2011 2012 Endring: Total mengde (antall liter) 9584 9479 1.1 % Seksjonen består av en vaskeenhet og en produksjonsenhet. Vaskeenheten: Har ansvaret for glassvask/vask av utstyr til alle laboratorieavdelingene, samt sterilisering av utstyr til eget og andre laboratorieavdelingers bruk. Produksjonsenheten: Enheten forsyner seksjon for bakteriologi med alt av faste og flytende dyrkningsmedier, reagenser og buffere med unntak av 2 ulike skåler som kjøpes ferdig. Enheten produserer også medier til universitetet, seksjon for genteknologi samt enkelte transportmedier til primærhelsetjenesten. Enheten produserer mange ulike agarer, ca 40 på skåler og i underkant av 10 på rør. I tillegg kommer rundt 50 flytende medier/buffere/buljonger. I 2012 startet vi opp med produksjon av Columbia EH blodagar med gentamicin. Aktivitetsnedgangen på medieproduksjon skyldes omlegging av analyser. Hovedårsaken er endring av MRSA-metodikk fra tradisjonell dyrkning til molekylærbiologisk metode, og automatisert resistensbestemmelse på Phoenix på uriner. Seksjonen ble CE-merket i begynnelsen av 2012. Medieproduksjon 2011/12 1 200 1 000 Medieproduksjon 2011 Medieproduksjon 2012 Antall liter 800 600 400 200-1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 Tabell 2 Aktivitet fra seksjon forskning og utvikling (): Ole Herman Ambur trådte inn som ny leder av seksjonen 1. september 2012 etter kst. leder Anita Blomfeldt. Seksjonens forsknings- og utviklingsaktivitet var i 2012 i hovedsak knyttet til to 6
fagområder: Infeksjonsepidemiologi knyttet til Staphylococcus aureus (gule stafylokokker) og Humant papillomavirus (HPV). Nasjonalt Referanselaboratorium for HPV hører under seksjonen og drifter HPV-rutinediagnostikk og HPV Norvaks (vaksineoppfølgingsprosjekt). Smittevern og infeksjonsepidemiologi på : Antall laboratorieanalyser innen smittevern utført av personell fra er oppført under Aktivitet smittevernlab. En stipendiat er tatt opp UiO. Etablering av prosjekt MILITÆR med protokoller, søknad om støtte, godkjenninger fra REK og personvernombud. Innsamling av prøver til prosjekt INVASIV med oppstart mars 2011 har fortsatt i hele 2012. Isolater til PVL hurtigtest og PVL positive MRSA er samlet inn, samt godkjenning fra personvernombud er innhentet for disse aktiviteter. To prosjekter med bachelorgradsstudenter fra HiOA har blitt gjennomført. Materiale til Orto-prosjektet 2007-2011 (S. aureus hos ortopediske pasienter) ble ferdig innsamlet. Prosjektet Phenotypic and genotypic antimicrobial resistance in invasive Staphylococcus aureus finansiert av NORM ble avsluttet. Samarbeidsprosjekter: MRSA klonalitet ved helseinstitusjoner i Oslo og Akershus med OUS, Ullevål og MRSA-funn i sykehjem i Oslo 2005-11 med smittevernoverlegen i Oslo. HPV på : Aktivitet i forbindelse med nasjonal referansefunksjon for humant papillomavirus (HPV) i egen årsrapport: Se vedlegg 3. Metoder: Testing av IonTorrent high throughput sequencing av HPV, og etablering av bioinformatikksamarbeid med Institutt For Informatikk, UiO. HPVgenotyping med Luminex-analyse har blitt utbedret og et HPV-arkiv (plasmider) har blitt klonet og sekvensert. Cobas4800 HPV-test brukt i rutinediagnostikken har blitt akkreditert. Analyser: >6000 prøver analysert og genotypet i rutinediagnostikk og vaksineoppfølgingsprosjektet (HPV Norvaks). Luminex-analyse validert etter WHO standard (EQUALIS). Medlemmer av seksjonen har hospitert ved WHO HPV-referanselaboratoriet i Malmø og fått opplæring på HPV Luminex. Aktivitet Smittevernseksjonen: Ahus infeksjonskontrollprogram har blitt vedlikeholdt. Det er gjennomført 33 smitteoppsporinger etter MRSA-påvising hos pasienter innlagt ved Ahus, og 531 ansatte er MRSA-testet i forbindelse med disse smitteoppsporingene. Seksjonen har forhåndstestet 98 ansatte for MRSA. MRSA-testede ansatte i smitteoppsporing Ahus 600 500 400 Antall 300 200 100 0 År 2011 2012 Ca. 2400 inngrep er fulgt opp med tanke på utvikling av postoperative sårinfeksjoner. Følgende operative inngrep overvåkes på helårsbasis: Keisersnitt, cholecystektomi, colonkirurgi, rectumkirurgi, totalprotese hofte, hemiprotese hofte, revisjonsprotese hofte, HCS, totalprotese kne, ankelinngrep, Det er gjennomført 4 prevalensregistreringer av sykehusinfeksjoner etter NOIS-malen. For overvåkningsresultater, se egen rapport vedlegg 5. 7
Prevalensregistreringer av etterlevelse av håndsmykkeforbud ved pasientrelatert arbeid er igangsatt. To nye områder i Pasientsikkerhetskampanjen er lansert: blodbaneinfeksjoner ved SVK og kateterassosierte urinveisinfeksjoner. Det er blitt innført elektronisk infeksjonsregistrering av postoperative sårinfeksjoner etter gastrokirurgiske inngrep. Vi har fullført og lansert Infeksjonskontrollprogram for sykehjem i kommunene med spesialavtale innenfor smittevern. En ny kommune har underskrevet avtale, og én har sagt opp sin avtale. Se for øvrig vedlegg 6. Aktivitet smittevernlab 2011 2012 ANALYSER ANTALL ANTALL Bakterieisolater* 704 1191 spa 537 639 PVL 383 452 MLST 3 3 MLST allel 1 SCCmec 7 2 PFGE 36 31 MLVA 24 37 AFLP 10 20 * Isolater mottatt: a) for rutinemessig genotyping av MRSA regionalt b) som ledd i lokal infeksjonsovervåking til genotyping c) som ledd i lokal infeksjonsovervåking til nedfrysing Forskningsprøver er ikke inkludert 3. Kvalitet og kvalitetsarbeid i 2012 Alle medier er godkjent for CE-merking. Avdelingens metodebøker og Laboratoriehåndbok er overført til EQS kvalitetssystem og er dermed tilgjengelig på alle lokale arbeidsstasjoner. Laboratoriehåndboka er også tilgjengelig på internett. Bakteriologiseksjonen jobber mot akkreditering i løpet av 2013. HPV COBAS-test ble akkreditert i 2012. 4. Utdanning Avdelingen har gjennom 2012 hatt ansvar for spesialistutdanning av 5 leger, tre innenfor medisinsk mikrobiologi og to innenfor infeksjonsmedisin. En lege har fullført sin spesialisering i mikrobiologi i løpet av året. 5. Forskning 2012 Økt akademisk aktivitet er et av avdelingens satsningsområder, og flere nye prosjekter er igangsatt i 2012 for å øke aktiviteten. I 2012 har man hatt både interne og eksterne 8
prosjekter. Samarbeidspartnere har vært : Epi-Gen, kliniske avdelinger på AHUS, andre mikrobiologiske avdelinger, NORM, K-res, AFA og EUCAST. Forskningskompetanse Det er én 1. amanuensis ved avdelingen. I tillegg har seksjonen tre ansatte med PhDgrad. I tillegg er store deler av avdelingens aktivitet knyttet til genteknologisk og infeksjonsimmunologisk seksjon ved Tverrfaglig laboratoriemedisin og medisinsk biokjemiseksjon for genteknologi, og der er på genteknologisk seksjon 3 Forskere med doktorgrad. En med bakgrunn fra bakteriologi og 2 med bakgrunn fra molekylær genetikk. Disse er faglig nært knyttet til MIKS. Publikasjoner: Se vedlegg 4 6. Personellmessige forhold 6.1 Bemanning pr 31.12.12 En 1. amanuensis (20 % universitetsstilling og 80 % sykehusstilling) Overleger: 6 av 8 besatt, hvorav 1 er konstituert. LIS: Medisinsk mikrobiologi 2 av 2 besatt. Infeksjonsmedisin 1 av 1 besatt. Bakteriologisk lab: Bioingeniører 25,5 av 25,5 stillinger besatt. Substrat og glassvask: Bioingeniører/ingeniører/teknisk personell 6,5 av 6,5 besatt. -seksjonen: 1 stipendiat og 8 ingeniører/forskere i faste og midlertidige stillinger. Utvikling i årsverk Tabell 3 Mikrobiologi og smittevern 6.3 Turnover/rekruttering Det har vært liten turnover i løpet av året. Det er fortsatt vanskelig å rekruttere ferdige spesialister innen mikrobiologi. 6.4 Sykefravær Totalt sykefravær har vært 6,7 % i løpet av året, men med en relativt stor økning mot slutten av året. 9
Tabell 4 Mikrobiologi og smittevern 6.5 Opplæring og kompetanseutvikling Vi har hatt en økning i antall stillinger for både leger og bioingeniører i forbindelse med økt opptaksområde, og mye tid har gått med til opplæring av nyansatte. En sykepleier er opptatt på masterprogram ved NHV, én er tatt opp på diplomprogrammet, og ytterligere én har gjennomført kurs i epidemiologi tilsvarende 6 studiepoeng. En sykepleier er tatt opp til mastergradstudium i helseinformatikk ved NTNU. To bioingeniører har gjennomført videreutdanning ved høyskole. 7. HMS arbeid i 2011 Avdelingen prioriterer HMS arbeidet i avdelingen. HMS-runde er gjennomført og tiltaksplaner fulgt opp. Det er gjennomført medarbeiderundersøkelse (PULS-måler n). Det arrangeres daglig pausegym. Verneombud: May Lilly Colban og Ellen Myrvang 10
8. Organisasjonsutvikling Ny organisasjonsplan fra ultimo 2010. Divisjon for diagnostikk og teknologi (DDT) Direktør Kjell Borthne Stab Tverrfaglig laboratoriemedisin og medisinsk biokjemi Avdeling for mikrobiologi og smittevern Avdeling for patologi Immunologisk og transfusjonsmedisinsk avdeling Bildediagnostisk avdeling Medisinsk teknisk avdeling E-helse Merkantil avdeling 2 Vedlegg til EQS dok. 9542 Administrerende direktør på Ahus er juridisk ansvarlig for foretakets virksomhet. Godkjent av Janne Pedersen 09.09.2011 Ny organisering av Avdeling for mikrobiologi og smittevern fra 2012. Avdeling for mikrobiologi og smittevern Avdelingssjef Avdelingsoverlege Spesialister og LIS Bakteriologi Medieproduksjon og glassvask Smittevern Medisinsk faglig ansvar for: Prøvemottak Genteknologi Infeksjons- Immunologi Bakteriologi - generell Mykobakteriologi Mykologi Parasittologi Resistensovervåkning Medieproduksjon Glassvask Merkantile tjenester Infeksjonsforebygging Infeksjonsovervåkning Smitteoppsporing Utbruddsoppklaring HPV nasjonal referansefunksjon Genotyping smittevern Forskning Metodeutvikling Bakteriologi Medieproduksjon og glassvask Smittevern 2 EQS dok. 9542 Administrerende direktør på Ahus er juridisk ansvarlig for foretakets virksomhet. Godkjent av Kjell Borthne februar 2013. Versjon 5.2 11
Tverrfaglig Laboratoriemedisin og Medisinsk biokjemi Avdelingssjef Leger Medisinsk Biokjemi, NOKLUS Prøvemottak/-taking Klinisk Kjemi Immunologi Hematologi, Koagulasjon, Flowcytometri Genteknologi Medisinsk faglig ansvar Medisinsk biokjemi NOKLUS Prøvetaking og desentralisert prøvetaking Desentralisert analysering Prøvemottak Klinisk kjemiske analyser Elektroforese og proteinanalyser Medikamenter og misbruksanalyser Kromatografi Sporelementer Hormoner og hjertemarkører Allergologi Autoimmune analyser Infeksjonsimmunologi Hematologi Morfologi Koagulasjon Flowcytometri Genteknologi fra alle spesialistområdene Automatisk prøvehåndtering Enhet Ski: Prøvetaking / prøvemottak Hematologi / Koagulasjon Klinisk kjemiske / Immunologiske analyser 5 Vedlegg til EQS dok. 9542 Administrerende direktør på Ahus er juridisk ansvarlig for foretakets virksomhet. Godkjent av Janne Pedersen 09.09.2011 9. Anskaffelse av nytt utstyr/nye metoder Ibruktakelse av MALDI TOF MS (Matrixassisted laser desorption/ionisation time of flight mass spectometry). Ibruktakelse av anaerobskap. 10. Økonomi Mikrobiologisk avdeling hadde et driftsmessig overskudd per 31.12.2012. Dette skyldes i hovedsak ubesatte overlegestillinger. Tabell 5 12
Vedlegg 1: Resistensrapport 2012 Vedlegg 2: Blodkulturfunn AHUS, agensfordeling i blodkultur Vedlegg 3: Årsmelding for 2012 fra HPV-referanselaboratoriet Vedlegg 4: Publikasjonsliste 2012 Vedlegg 5: Resultater fra infeksjonsovervåking ved Ahus 2012 Vedlegg 6: Årsrapport for Ahus sitt smittevernarbeid i kommuner med spesialavtale innenfor smittevern 13