APTIMA COMBO 2-analyse

Transkript

1 APTIMA COMBO 2-analyse Til in vitro-diagnostisk bruk. Bare til USA-eksport. Allmenn informasjon Beregnet bruk Sammendrag og forklaring av testen Prinsipper for prosedyren Advarsler og forholdsregler Krav til lagring og håndtering av reagenser Prøvetaking og prøvelagring Testfortolkning QC pasientresultater Begrensninger Forventede verdier for DTS-systemer Klinisk ytelse med DTS-systemer Analyseytelse med DTS-systemer Overensstemmelse for kliniske prøver for TIGRIS DTS-systemet Analyseytelse med TIGRIS DTS-systemer Analyseytelse med PANTHER-systemet Bibliografi DTS-systemer...10 Reagenser og vedlagte materialer...10 Materialer som er nødvendige, men leveres separat...11 Tilleggsutstyr...12 Testprosedyre for DTS-systemer...12 Prosedyremerknader...17 TIGRIS DTS-system Reagenser og vedlagte materialer...21 Materialer som er nødvendige, men leveres separat...22 Tilleggsutstyr...23 Testprosedyre for TIGRIS DTS-system...24 Prosedyremerknader...26 PANTHER-systemet...28 Reagenser og vedlagte materialer...28 Materialer som er nødvendige, men leveres separat...29 Tilleggsutstyr...30 Testprosedyre for PANTHER-systemet...31 Prosedyremerknader NO Rev. C

2 Allmenn informasjon Allmenn informasjon Beregnet bruk APTIMA COMBO 2-analysen er en nukleinsyresondetest for amplifikasjonsmål som bruker målinnfanging for in vitro-kvalitativ detektering og differensiering av ribosom-rna (rrna) fra Chlamydia trachomatis (CT) og/eller Neisseria gonorrhoeae (GC) som hjelp ved diagnostisering av klamydia og/eller gonokokkbetinget urogenital sykdom ved hjelp av TIGRIS DTS-systemet eller PANTHER-systemet eller ved bruk av DTS-systemenes halvautomatiske instrumentering, som angitt. Analysen kan brukes til å teste følgende prøver fra symptomatiske personer: endocervikale, vaginale og mannlige uretrale vattpinneprøver tatt av kliniker og urinprøver fra kvinner og menn. Analysen kan brukes til å teste følgende prøver fra asymptomatiske personer: endocervikale, vaginale og mannlige uretrale vattpinneprøver tatt av kliniker, vaginale vattpinneprøver fra pasient 1, og urinprøver fra kvinner og menn. Denne analysen er også beregnet brukt i forbindelse med testing av gynekologiske prøver fra både symptomatiske og asymptomatiske pasienter. Disse cervikale prøvene, oppsamlet i ampullen med PreservCyt-oppløsning, kan testes før eller etter Pap-behandling. Testing av post-papbehandlede prøver er begrenset til prøver som kun er behandlet med ThinPrep systemet. 1 Vaginale vattpinneprøver fra pasienter er et alternativ for screening av kvinner når en bekkenundersøkelse ellers ikke er indikert. Prøvetakingssettet for vaginale vattpinneprøver er ikke ment for hjemmbruk. Sammendrag og forklaring av testen Infeksjoner med Chlamydia trachomatis (CT) og Neisseria gonorrhoeae (GC) er to av de vanligste seksuelt overførte infeksjonene verden over. Bare i USA ble omtrent (426,0 tilfeller per befolkning) nye tilfeller av CT og (100,8 per befolkning) nye tilfeller av GC-infeksjoner rapporter til sentre for sykdomskontroll i 2010 (5). Chlamydiae er ikke-motile, gram-negative, obligate intracellulære bakterier. CT-artene består av femten serovarer (A, B, Ba, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L1, L2 og L3) som kan fremkalle sykdom hos mennesker (34). Serovarene fra D til K er de viktigste årsakene til genitale chlamydia-infeksjoner hos menn og kvinner (26). C. trachomatis kan forårsake ikke-gonokokkisk uretritt, epididymitt, proktitt, cervicitt, akutt salpingitt og inflammatorisk sykdom i bekkenet (PID) (3, 15, 28, 29). Infeksjoner med C. trachomatis er ofte asymptomatiske hos både menn og kvinner. Barn som er født av infiserte mødre, har betydelig høyere risiko for å utvikle inklusjonskonjunktivitt og chlamydia pneumonia (1, 11, 27). Historisk har flere metoder for CT-detektering vært brukt på kliniske laboratorier, inkludert cellekultur, direkte testing av fluorescerende antistoffer og enzymimmunitetsanalyse. Nyere metoder for CT-detektering omfatter direkte DNA-probeanalyser og nukleinsyreamplifikasjonstest (nucleic acid amplification test, NAAT) DNA-probeanalyser. Cellekultur ble tidligere ansett som gullstandarden for CT-detektering. Kulturen er ganske spesifikk, men vitenskapelige publikasjoner har vist at NAAT DNA-probeteknologiene har høyere klinisk følsomhet enn kultur (2, 9, 17, 30). Grunnet den lavere kliniske følsomheten og variabel ytelse fra laboratorium til laboratorium har mange laboratorier erstattet kultur med direkte DNA-probe og NAAT-er. N. gonorrhoeae er kausativt agens for gonorésykdom. N. gonorrhoeae er ikke-motile, gramnegative diplokokker. De fleste gonoréinfeksjoner er ukompliserte infeksjoner i de nedre genitalier og kan være asymptomatiske. Hos kvinner kan imidlertid ubehandlede infeksjoner forverres og føre til inflammatorisk sykdom i bekkenet (PID). PID kan manifestere seg som APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

3 Allmenn informasjon endometritt, salpingitt, bekkenperitonitt og tubo-ovariale abscesser. En liten prosentandel av personer med gonokokkinfeksjoner kan utvikle spredt gonokokkinfeksjon (DGI) (14, 20). Konvensjonell diagnose med GC-infeksjon krever isolering av organismen på selektive medier eller observasjon av diplokokker i gramfargingsutstryk (16). Kulturmetoder kan ha god klinisk følsomhet, men er svært avhengige av riktig prøvehåndtering. Feil prøvelagring og transport kan føre til tap av organismens viabilitet og gi falskt negative resultater. I tillegg kan dårlig prøvetakingsteknikk, giftige prøvetakingsmaterialer og veksthemming av komponenter fra kroppssekreter også føre til falsk negative resultater (7, 18). Vanlige metoder uten kultur for GC-detektering omfatter direkte DNA-probetester og NAAT-er. For førstegenerasjons NAAT-er for CT og GC er det teknologiske problemer som har begrenset deres ytelse. Disse problemene omfatter tungvint prøvebehandling og prøvehemming, som kan gi falskt negative resultater (6, 10, 13, 19, 25, 31, 32, 33). APTIMA COMBO 2-analysen er en andregenerasjons NAAT, som bruker målinnfanging, transkripsjonsformidlet amplifikasjon (TMA) og Dual Kinetic Assay-teknologi (DKA) for å effektivisere prøvebehandling, amplifisere mål-rrna og detektere amplikon. Studier som sammenlignet ytelse og prøvehemming for ulike amplifikasjonssystemer, har vist fordelene med Target Capture-, TMA- og DKA-teknologiene (8, 12). APTIMA COMBO 2-analysen gir kvalitativ detektering av CT- og/eller GC-rRNA i endocervikale, vaginale og mannlige uretrale vattpinneprøver tatt av kliniker, vaginale vattpinneprøver fra pasienter, prøver i PreservCyt væske-pap og urinprøver fra symptomatiske og asymptomatiske kvinner og menn. Prinsipper for prosedyren APTIMA COMBO 2-analysen kombinerer teknologiene Target Capture, TMA og DKA. Prøvene tas og overføres til deres respektive prøvetransportrør. Transportoppløsningene i disse rørene frigjør rrna-målsekvensene og beskytter dem mot nedbryting under lagring. Når APTIMA COMBO 2-analysen utføres i laboratoriet, blir mål-rrna-molekylene isolert fra prøvene ved bruk av fangeoligomere via målinnfanging som bruker magnetiske mikropartikler. Fangeoligomerne inneholder sekvenser som er komplementære til spesifikke regioner av målmolekylene, samt en streng med rester av deoksyadenosin. Et separat fangeoligomer brukes for hvert mål. Under hybridiseringstrinnet bindes de sekvensspesifikke regionene av fangeoligomerne til spesifikke regioner av målmolekylene. Fangeoligomeret:målkomplekset blir da fanget ut av oppløsningen ved å redusere temperaturen i reaksjonen til romtemperatur. Denne temperaturreduksjonen muliggjør hybridisering mellom deoksyadenosinregionen på fangeoligomeret og poly-deoksytymidinmolekylene som er kovalent bundet til de magnetiske partiklene. Mikropartiklene, inkludert de fangede målmolekylene som er bundet til dem, blir trukket til siden av reaksjonskaret ved hjelp av magneter, og supernatantet aspireres. Partiklene vaskes for å fjerne rester av prøvematriks som kan inneholde amplifikasjonsreaksjonsinhibitorer. Når målinnfangingstrinnene er fullført, er prøvene klare for amplifikasjon. Amplifikasjonsmålanalyser er basert på de komplementære oligonukleotidprimernes evne til å bindes spesifikt og muliggjøre enzymatisk amplifikasjon av målnukleinsyrestrengene. APTIMA COMBO 2-analysen dupliserer en spesifikk region av 23S-rRNA fra CT og en spesifikk region av 16S-rRNA fra GC via mellomliggende DNA. Et unikt sett med primere brukes for hvert målmolekyl. Detektering av sekvensene av rrna-amplifikasjonsprodukt (amplikon) oppnås ved bruk av nukleinsyrehybridisering. Enkelttvunnede kjemisk luminescente DNA-prober, som er komplementære til en region av hvert målamplikon, merkes med forskjellige acridiniumestermolekyler. De merkede DNA-probene kombineres med amplikon og danner stabile RNA:DNA-hybrider. Reagensvalget differensierer hybridisert og ikke-hybridisert probe og eliminerer generering av signal fra ikke-hybridisert probe. Under APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

4 Allmenn informasjon detekteringstrinnet måles lyset som avgis fra de merkede RNA:DNA-hybridene, som fotonsignaler i et luminometer og rapporteres som relative lysenheter (RLU). I Dual Kinetic Assay (DKA) muliggjør forskjeller i de kinetiske profilene for de CT- og GC-merkede probene differensiering av signalet. Kinetiske profiler avledes fra måling av fotonsignalet under detekteringsavlesningstiden. Den kjemiske luminescensdetekteringsreaksjonen for CT-signalet har svært rask kinetikk og har den kinetiske typen blinksignal. Den kjemiske luminescensdetekteringsreaksjonen for GC-signalet er relativt langsommere og har den kinetiske typen glødesignal. Analyseresultatene bestemmes med en grenseverdi basert på total RLU og den kinetiske kurven. Advarsler og forholdsregler A. Til in vitro-diagnostisk bruk. B. Flere spesifikke advarsler, forholdsregler og prosedyrer for å kontrollere kontaminasjon for TIGRIS DTS-systemet vises i brukerveiledningen for TIGRIS DTS-systemet (TIGRIS DTS System Operator s Manual). C. Flere spesifikke advarsler, forholdsregler og prosedyrer for å kontrollere kontaminasjon for PANTHER-systemet vises i brukerveiledningen for PANTHER-systemet (PANTHER System Operator s Manual). Laboratorierelatert D. Analysen er ikke evaluert i pasientpopulasjoner med lav forekomst av CT-sykdom. Derfor er ikke ytelsen i situasjoner med lav forekomst fastslått. E. Bruk bare laboratorie-engangsenheter som er vedlagt eller spesifisert. F. Bruk laboratoriets rutinemessige forholdsregler. Ikke spis, drikk eller røyk i angitte arbeidsområder. Bruk pudderfrie engangshansker, vernebriller og laboratoriefrakker når prøver og testsettreagenser håndteres. Vask hendene grundig etter håndtering av prøver og testsettreagenser. G. Advarsel: Irritanter og korrosjonsmidler: Unngå kontakt av Auto Detect 1 og Auto Detect 2 med hud, øyne og slimhinner. Hvis disse væskene kommer i kontakt med hud eller øyne, vask det berørte området med vann. Fortynn med vann før du tørker opp eventuelt søl av disse væskene. H. Arbeidsflater, pipetter og annet utstyr må dekontamineres regelmessig med 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypoklorittløsning. Spesifikt for DTS-systemer I. Det anbefales på det sterkeste å bruke et separat område til DKA for å minimere amplikonkontaminasjon i analysen. Dette dedikerte området bør være unna områder der det utføres reagensforberedelse, målinnfanging og amplifikasjon. J. For å hindre at laboratorieområder kontamineres med amplikon, bør laboratorieområdet organiseres med en ensrettet arbeidsflyt: fra reagensforberedelse til DKA. Prøver, utstyr og reagenser må ikke returneres til området der et forutgående trinn ble utført. I tillegg må personalet ikke flyttes tilbake til forrige arbeidsområder uten egnete sikkerhetstiltak mot kontaminasjon. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

5 Allmenn informasjon Prøverelatert K. Denne analysen er bare testet med endocervikale og mannlige uretrale vattpinneprøver, prøver i PreservCyt væske-pap, vaginale vattpinneprøver og urinprøver fra kvinner og menn. Ytelsen med andre typer prøver enn de som er spesifisert i Prøvetaking og prøvelagring, er ikke vurdert. Laboratorier kan validere andre prøvetakingsenheter (21, 23). På DTS-systemer er PACE prøvetakningssett kun validert for bruk med APTIMA adaptersett. PACE prøvetakingssett og APTIMA adaptersett kan foreløpig ikke brukes med TIGRIS DTS-systemet eller PANTHER-systemet. Gynekologiske prøver som tas for forberedelse med ThinPrep 2000-systemet, skal tas med prøvetakingsenheter av kosttypen eller en kombinasjon av endocervikal børste/plastspatel. L. Utløpsdatoene som står på prøvetakingssettene, gjelder prøvetakingsinstitusjonen og ikke testinstitusjonen. Prøver som er tatt før utløpsdatoen på prøvetakingssettet og er transportert og lagret i samsvar med instruksjonene i pakningsvedlegget, er gyldige for testing selv om utløpsdatoen på prøvetakingsrøret er utløpt. M. PreservCyt-oppløsningen har blitt validert som et alternativt medium for testing med APTIMA COMBO 2-analysen. Pap-prøver i PreservCyt flytende medium med ThinPrep 3000-prosessoren eller andre instrumenter, er ikke evaluert for testing for Chlamydia trachomatis eller Neisseria gonorrhoeae med APTIMA COMBO 2-analysen. N. Når urin er tilført i urintransportrøret, må væskenivået være mellom de to svarte indikatorstrekene på røretiketten. Hvis ikke, må prøven avvises. O. Oppretthold riktige lagringsforhold under prøvetransport for å sikre prøvenes integritet. Prøvens stabilitet under andre transportforhold enn de som anbefales, er ikke vurdert. P. Prøvene kan være infektiøse. Bruk universelle forholdsregler når du utfører denne analysen. Laboratoriedirektøren bør etablere metoder for riktig håndtering og kassering. Kun personell som har fått tilstrekkelig opplæring i håndtering av smittsomt materiale, skal tillates å utføre denne diagnostiske prosedyren. Q. Unngå krysskontaminasjon under prøvehåndteringstrinnene. Prøver kan inneholde ekstremt store mengder organismer. Påse at prøvebeholderne ikke kommer i kontakt med hverandre, og fjern brukte materialer uten å la dem passere over åpne beholdere. Bytt hansker hvis de kommer i kontakt med prøvemateriale. R. Hvis laboratoriet mottar et transportrør for vattpinneprøver som ikke inneholder noen vattpinne, eller som inneholder to vattpinner, en rengjøringsvattpinne eller en vattpinne som ikke er levert av Gen-Probe, må prøven avvises. Før du avviser et transportrør for vattpinneprøver uten vattpinne, må du forsikre deg om at det ikke er et APTIMA prøveoverføringsrør, siden denne typen prøvetransportrør ikke vil inneholde noen vattpinne. S. Prøver i PreservCyt væske-pap skal tas i samsvar med produsentens instruksjoner. Alikvoter som senere fjernes fra PreservCyt-ampullen for testing med APTIMA COMBO 2-analysen, skal kun behandles med bruk av APTIMA prøveoverføringssett. T. Ved gjennomboring kan det under visse forhold komme væske ut av lokkene til APTIMA transportrør. Følg instruksjonene i den relevante testprosedyren for å hindre at dette skjer. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

6 Allmenn informasjon Analyserelatert U. Ytelsen til vaginale vattpinneprøver er ikke evaluert hos gravide kvinner. V. Ytelsesegenskapene til endocervikale, vaginale og mannlige uretrale vattpinneprøver, mannlige og kvinnelige urinprøver, og Pap-prøver i PreservCyt flytende medium har ikke blitt evaluert hos ungdommer på under 16 år. W. Ikke bruk dette settet etter utløpsdatoen. X. Ikke veksle, bland eller kombiner analysereagenser fra sett som har forskjellig partinumre. APTIMA-kontroller og analysevæsker kan være fra forskjellige partinumre. Spesifikt for DTS-systemer Y. Det må brukes spisser med hydrofobe plugger. Minst to repetisjonspipetter må være dedikert til bruk med denne analysen: én for bruk i målinnfangings- og amplifikasjonstrinnene, og én for bruk i DKA-trinnene. To mikropipetter må være dedikert til bruk i denne analysen: én for bruk ved prøveoverføring og én for bruk ved reagensforberedelse. Alle pipetter må rengjøres regelmessig som beskrevet i Testprosedyre for DTS-systemer, Prosedyremerknader. Z. Når du bruker repetisjonspipetter for å tilsette reagens, må du ikke berøre røret med pipettespissen, for å hindre overføring fra ett rør til et annet. AA.Tilstrekkelig blanding er nødvendig for å oppnå nøyaktige analyseresultater. For fullstendig informasjon se Testprosedyre for DTS-systemer, Prosedyremerknader. AB.Det må brukes separate vannbad til målinnfangings-, amplifikasjons- og DKA-trinnene i analysen. AC.Forseglingskort må kastes i avfallsbeholderen umiddelbart etter at de er tatt ut av reaksjonsrørene. Det skal alltid brukes nye forseglingskort. De skal aldri brukes om igjen etter et foregående trinn. Forseglingskort skal festes godt til toppen av alle reaksjonsrør. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

7 Allmenn informasjon Krav til lagring og håndtering av reagenser A. Følgende reagenser er stabile når de lagres ved 2 C til 8 C (nedkjølt): APTIMA COMBO 2 amplifikasjonsreagens APTIMA COMBO 2 enzymreagens APTIMA COMBO 2 probereagens APTIMA COMBO 2 Target Capture-reagens B APTIMA positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC APTIMA positiv kontroll, GC / negativ kontroll, CT B. Følgende reagenser er stabile når de lagres ved 2 C til 30 C: APTIMA COMBO 2 oppløsning for amplifikasjonsrekonstituering APTIMA COMBO 2 fortynnet enzymoppløsning APTIMA COMBO 2 fortynnet probeoppløsning APTIMA COMBO 2 Reagensvalg C. Følgende reagenser er stabile når de lagres ved 15 C til 30 C (romtemperatur): Target Capture-reagens APTIMA vaskemiddel APTIMA Buffer for nøytraliseringsvæske APTIMA oljereagens D. Target Capture-arbeidsreagens (wtcr) er stabil i 30 dager når det lagres ved 15 C til 30 C. Skal ikke kjøles. E. Etter rekonstituering er enzymreagens, amplifikasjonsreagens og probereagens stabile i 30 dager når de lagres ved 2 C til 8 C. F. Kast eventuelt ubrukt rekonstituert reagens og wtcr etter 30 dager eller etter at utløpsdatoen for hovedpartiet er utløpt, det som kommer først. G. Kontroller er stabile inntil datoen som er angitt på ampullene. H. Reagenser som er lagret på TIGRIS DTS-systemet, er stabile på systemet i 48 timer. I. Reagenser som er lagret på PANTHER-systemet, er stabile på systemet i 72 timer. J. Probereagenset og det rekonstituerte probereagenset er lysfølsomt. Lagre reagensene slik at de er beskyttet mot lys. Den spesifiserte rekonstituerte stabiliteten er basert på at det rekonstituerte probereagenset er eksponert for to 60 W lysstoffrør i 12 timer, på en avstand på 43 cm og en temperatur under 30 C. Lyseksponeringen av det rekonstituerte probereagenset bør begrenses tilsvarende. K. Ved oppvarming til romtemperatur kan enkelte kontrollrør se uklare ut eller inneholde utfellinger. Uklarhet eller utfellinger forbundet med kontroller påvirker ikke kontrollenes ytelse. Kontrollene kan brukes uansett om de er klare eller uklare/inneholder utfellinger. Hvis man ønsker klare kontroller, kan oppløseligheten fremskyndes ved å inkubere kontrollene i øvre del av romtemperaturområdet (15 C til 30 C). L. Ikke frys reagensene. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

8 Allmenn informasjon Prøvetaking og prøvelagring APTIMA COMBO 2-analysen detekterer forekomst av CT og GC i følgende prøver: endocervikale og mannlige uretrale vattpinneprøver, vaginale vattpinneprøver, prøver i PreservCyt væske-pap og urinprøver fra kvinner og menn. Ytelsen med andre typer prøver enn de som er tatt i følgende prøvetakingssett, er ikke vurdert: APTIMA prøvetakingssett for begge kjønn, med vattpinner for endocervikale vattpinneprøver og mannlige uretrale vattpinneprøver APTIMA urinprøvetakingssett for urinprøver fra menn og kvinner APTIMA prøvetakingssett for vaginale vattpinneprøver APTIMA Specimen Transfer Kit (prøveoverføringssett) (til bruk med gynekologiske prøver tatt i PreservCyt-oppløsning) Spesifikt for DTS-systemer PACE prøvetakingssett for mannlige uretrale prøver eller konjunktivalprøver (sammen med APTIMA adaptersett) PACE prøvetakingssett for endocervikale prøver (sammen med APTIMA adaptersett) A. Instruksjoner for prøvetaking: Se pakningsvedlegget for det relevante prøvetakningssettet for spesifikke instruksjoner om prøvetaking. B. Prøvetransport og prøvelagring før testing: 1. Vattpinneprøver: a. Etter prøvetaking, transporter og lagre vattpinnen i transportrøret for vattpinneprøver, ved 2 C til 30 C til den skal testes. Prøver må analyseres med APTIMA COMBO 2- analysen innen 60 dager etter prøvetaking. Hvis lengre lagring er påkrevd, frys ved -20 C til -70 C i inntil 12 måneder etter prøvetaking (se Studier av prøvestabiliteten). 2. Urinprøver: a. Urinprøver som fortsatt er i det primære prøvetakingsrøret, må transporteres til laboratoriet ved 2 C til 30 C. Overfør urinprøver til APTIMA transportrør for urinprøver innen 24 timer etter prøvetaking. Lagre ved 2 C til 30 C og test innen 30 dager etter prøvetaking. b. Etter prøvetaking, transporter de behandlede urinprøvene i APTIMA transportrør for urinprøver ved 2 C til 30 C, og lagre ved 2 C til 30 C inntil testing. Behandlede urinprøver må analyseres med APTIMA COMBO 2-analysen innen 30 dager etter prøvetaking. Hvis lengre lagring er påkrevd, frys ved -20 C til -70 C i inntil 12 måneder etter prøvetaking (se Studier av prøvestabiliteten). 3. Prøver i PreservCyt væske-pap: a. Prøver i PreservCyt væske-pap som skal testes for CT og/eller GC, må cytologibehandles og/eller overføres til et APTIMA prøveoverføringsrør innen 30 dager etter prøvetaking når de er lagret ved 2 C til 30 C (se Studier av prøvestabiliteten). b. Hvis prosedyren for ThinPrep alikvotfjerning skal brukes, se brukerveiledningen for ThinPrep eller ThinPrep 3000-prosessoren Tillegg for instruksjoner om fjerning av alikvot. Overfør 1 ml av den fjernede alikvoten til et APTIMA prøveoverføringsrør i samsvar med instruksjonene i pakningsvedlegget til APTIMA prøveoverføringssett. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

9 Allmenn informasjon c. Hvis testing av prøven etter behandling med ThinPrep 2000-prosessoren, behandles Pap-prøver i PreservCyt flytende medium i samsvar med brukerhåndboken for ThinPrep 2000-prosessoren og pakkevedlegget for APTIMA prøveoverføringssett. Overfør 1 ml av væsken som er igjen i ampullen med PreservCyt-oppløsning til et APTIMA prøveoverføringsrør i samsvar med instruksjonene i pakningsvedlegget til APTIMA prøveoverføringssett. d. Når Pap-prøver i PreservCyt flytende medium er overført til APTIMA prøveoverføringsrør, må prøven analyseres med APTIMA COMBO 2-analysen innen 30 dager hvis den er lagret ved 2 C til 8 C, eller innen 14 dager hvis den er lagret ved 15 C til 30 C. Hvis lengre lagring er påkrevd, frys ved -20 C til -70 C i inntil 12 måneder etter overføring (se Studier av prøvestabiliteten). C. Prøvelagring etter testing: 1. Prøver som er analysert, må lagres loddrett i et stativ. 2. Prøvetransportrør må dekkes med en ny, ren plastfilm eller foliebarriere. 3. Hvis analyserte prøver må fryses eller transporteres, fjern gjennomtrengelige lokk og plasser nye ugjennomtrengelige lokk på prøvetransportrørene. Hvis prøver må transporteres for testing på et annet laboratorium, må anbefalte temperaturer opprettholdes. Før lokk fjernes fra testede prøver med nye lokk, må prøvetransportrør sentrifugeres i 5 minutter ved 420 relativ sentrifugalkraft (RCF) for å få all væsken ned i bunnen av røret. Unngå plasking og krysskontaminering. Merknad: Prøver må sendes i samsvar med gjeldende nasjonale og internasjonale transportbestemmelser. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

10 DTS-systemer DTS-systemer Reagenser for APTIMA COMBO 2-analysen for CT og GC er oppført under for DTS-systemer. Reagensidentifiseringssymboler er også oppført ved siden av reagensnavnet. Reagenser og vedlagte materialer APTIMA COMBO 2 analysesett, 100 tester (2 esker) (kat.nr ) APTIMA COMBO 2 nedkjølt eske (eske 1 av 2) (lagres ved 2 C til 8 C ved mottak) Symbol Komponent Antall A E P TCR-B PCT/NGC PGC/NCT APTIMA COMBO 2 amplifikasjonsreagens Ikke-infeksiøs nukleinsyre tørket i en bufret oppløsning som inneholder < 5 % bulkingmiddel. APTIMA COMBO 2 enzymreagens Revers transkriptase og RNA-polymerase tørket i HEPES-bufret oppløsning som inneholder < 10 % bulkingreagens. APTIMA COMBO 2 probereagens Ikke-infektiøse kjemisk luminescente DNA-prober tørket i succinatebufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. APTIMA COMBO 2 Target Capture-reagens B Ikke-infeksiøs nukleinsyre i en bufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. APTIMA positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC Ikke-infektiøs CT-nukleinsyre i en bufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. Hver prøve på 400 µl inneholder estimert rrna-ekvivalent på 1 CT IFU (5 fg/analyse*). APTIMA positiv kontroll, GC / negativ kontroll, CT Ikke-infeksiøs GC-nukleinsyre i en bufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. Hver prøve på 400 µl inneholder estimert rrna-ekvivalent på 50 GC-celler (250 fg/analyse*). *rrna-ekvivalentene ble beregnet ut fra genomstørrelse og estimert DNA:RNA-forhold/celle av hver organisme. APTIMA COMBO 2 romtemperert eske (eske 2 av 2) (lagres ved 15 C til 30 C ved mottak) Symbol Komponent Antall TCR W DF O APTIMA COMBO 2 Target Capture-reagens Bufret saltoppløsning som inneholder fastfase og fangeoligomere. APTIMA vaskemiddel 10 mm HEPES-bufret oppløsning som inneholder < 2 % rengjøringsmiddel. APTIMA Buffer for nøytraliseringsvæske 800 mm bikarbonatbufret oppløsning. APTIMA oljereagens Silikonolje. 1 ampulle 1 ampulle 1 ampulle 1 x 0,35 ml 3 x 1,7 ml 3 x 1,7 ml 1 x 22 ml 1 x 402 ml 1 x 402 ml 1 x 24,6 ml APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

11 DTS-systemer Materialer som er nødvendige, men leveres separat Merknad: Materialer som er tilgjengelige fra Gen-Probe, har katalognumre oppført med mindre noe annet er angitt. Kat.nr. LEADER HC+ luminometer Systemet GEN-PROBE Target Capture (TCS) Inkubatorer og virvelblandere: 2 virvelblandere for flere rør sirkulasjonsvannbad (62 C ± 1 C, 42 C ± 1 C, 62 C ± 1 C) 3 vannbadinnsatser ELLER 2 SB100 Dry Heat Bath/virvelblandere Det kan være nødvendig med ytterligere SB100-bad etter hvert som testmengden øker APTIMA Auto Detect-sett pipetter av merket eppendorf Repeater Plus pipetter, 1000 µl RAININ PR eppendorf-pipette, 20 µl til 200 µl Repetisjonspipettespisser, 2,5 ml Repetisjonspipettespisser, 5,0 ml Repetisjonspipettespisser, 25,0 ml Spisser, P1000 Style spiss med spesiell diameter kun tilgjengelig fra Gen-Probe Pipettespisser 20 µl til 200 µl Enheter med ti rør (TTU) (Fisher) TU0022 Kassetter med ti spisser (TTC) APTIMA prøvetakingssett for begge kjønn, med vattpinner for endocervikale vattpinneprøver og mannlige uretrale vattpinneprøver APTIMA urinprøvetakningssett for urinprøver fra menn og kvinner APTIMA urinprøvetransportrør for urinprøver fra menn og kvinner APTIMA prøvetakingssett for vaginale vattpinneprøver APTIMA prøveoverføringssett C SysCheck kalibreringsstandard Blekemiddel, 5 % til 7 % (0,7 M til 1,0 M) natriumhypoklorittløsning Standard urinprøvetakingsbeholdere, uten konserveringsmiddel Plastbeholder med stort lokk APTIMA gjennomtrengelige lokk Utskifting av ugjennomtrengelige lokk A APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

12 DTS-systemer Tilleggsutstyr Kat.nr. PACE prøvetakingssett for mannlige uretrale prøver eller konjunktivalprøver PACE prøvetakingssett for endocervikale prøver APTIMA adaptersett GEN-PROBE blekemiddelforsterker for rutinemessig rengjøring av overflater og utstyr APTIMA kontrollsett APTIMA analysevæske (APTIMA vaskemiddel, APTIMA buffer for nøytraliseringsvæske og APTIMA oljereagens) C STD ferdighetspanel Spisser, 1000 μl ledende, væskeføling TECAN Freedom EVO 100/4, som inneholder DTS 800-systemer APTIMA COMBO 2 Dekkplate Reagensbeholder (40 ml kvartmodul) Delt reagensbeholder (19 ml x 2 kvartmodul) (Tecan) Testprosedyre for DTS-systemer A. Klargjøring av utstyr 1. Juster ett vannbad til 62 C ± 1 C (for målinnfanging og binding av primer), et annet vannbad til 42 C ± 1 C (for amplifikasjon) og et tredje vannbad til 62 C ± 1 C (for DKA). Hvis SB100 Dry Heat Bath/virvelblander brukes, se brukerveiledningen for SB100 Dry Heat Bath/virvelblander (brukerveiledningen for SB100). 2. Før analysen startes, tørk av arbeidsflater og pipetter med 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypoklorittløsning. La natriumhypoklorittløsningen være i kontakt med flatene og pipettene i minst 1 minutt, og skyll deretter med vann. Pass på at ikke natriumhypoklorittløsningen tørker. Dekk benkeflaten der testen skal utføres, med rene, absorberende laboratoriebenkekleder med bakside av plast. 3. Plasser et tilstrekkelig antall kassetter med ti spisser i Target Capture-systemet (TCS). Kontroller at TCS-vaskeflasken er fylt med APTIMA vaskemiddel og at aspirasjonsmanifolden er koblet til vakuumpumpen. (Se brukerveiledningen for Target Capture-systemet [Target Capture System Operator s Manual].) B. Reagensrekonstituering Merknad: Reagenser skal rekonstitueres før man starter prøveoverføring. 1. For å rekonstituere amplifikasjon-, enzym- og probereagenser, blandes flaskene med lyofilisert reagens med rekonstitueringsløsningen. Hvis de har vært oppbevart i kjøleskap, skal rekonstitueringsløsningene komme opp til romtemperatur før de brukes. a. Par opp den relevante rekonstitueringsoppløsningen med det lyofiliserte reagenset. Etikettene er fargekodet slik at de kan pares riktig. b. Åpne ampullen med lyofilisert reagens og sett den skårete enden av rekonstitueringskragen godt inn i ampulleåpningen (figur 1, trinn 1). APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

13 DTS-systemer c. Åpne den samsvarende flasken med rekonstitueringsoppløsning, og sett lokket på en ren, tildekket arbeidsflate. d. Mens du holder flasken med rekonstitueringsoppløsning på benken, sett den andre enden av rekonstitueringskragen godt inn i flasken (figur 1, trinn 2). e. Inverter langsomt den sammenmonterte flasken og ampullen. La oppløsningen tømmes fra flasken inn i ampullen (figur 1, trinn 3). f. Bland forsiktig oppløsningen i flasken. Unngå at det dannes skum mens du virvler flasken (figur 1, trinn 4). g. Vent til det lyofiliserte reagenset er opptatt i oppløsningen, og inverter deretter den sammenmonterte flasken og ampullen på nytt. Sett dem i 45 vinkel for å minimere skumdannelse (figur 1, trinn 5). La all væsken tømmes tilbake i flasken. h. Fjern rekonstitueringskragen fra flasken (figur 1, trinn 6). i. Sett lokk på flasken igjen. Registrer operatørens initialer og rekonstitueringsdatoen på etiketten (figur 1, trinn 7). j. Kast rekonstitueringskragen og ampullen (figur 1, trinn 8). Figur 1. Rekonstitueringsprosess for DTS-systemer 2. Amplifikasjonsreagenser, enzymreagenser og probereagenser som allerede er rekonstituert, skal nå romtemperatur (15 C til 30 C) før analysen startes. Hvis probereagens inneholder utfellinger som ikke gjenopptas i oppløsningen ved romtemperatur, varm opp ved 62 C i 1 til 2 minutter. Etter dette varmetrinnet kan probereagens brukes selv om det fortsatt er utfellinger igjen. Etter resuspensjon, bland ved å invertere forsiktig. Vær forsiktig så det ikke dannes skum. Merknad: Dette inverteringstrinnet skal alltid utføres hvis oppløsningen inneholder utfellinger, enten ved å varme opp til 62 C eller ved å varme opp til romtemperatur. 3. Forbered Target Capture-arbeidsreagens (wtcr) a. Overfør 20 ml av TCR til en dedikert ren, tørr beholder med riktig størrelse. b. Tilsett 200 µl av TCR-B i TCR med en mikropipette. c. Bland oppløsningen grundig ved å virvle den. d. Merk beholderen. Registrere operatørens initialer, forberedelsesdato og begge partinumrene. Merknad: For et mindre antall med reaksjoner (prøver og kontroller), bruk følgende til å beregne volumer av TCR og TCR-B: APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

14 DTS-systemer Volum av TCR (ml) = (antall reaksjoner + 5 ekstra reaksjoner) x 0,1 ml Volum av TCR-B (ml) = Volum av TCR (ml) / 100 C. Target Capture Repetisjonspipetten som brukes i målinnfanging og amplifikasjon, må være dedikert til bruk kun i disse trinnene. Se Advarsler og forholdsregler for mer informasjon. Stativoppsett 1. La kontroller og prøver nå romtemperatur før behandling. 2. Prøver må ikke virvles. 3. Kontroller visuelt at hvert prøverør oppfyller ett av følgende kriterier: a. At det er en enkelt blå APTIMA vattpinne for prøvetaking i et transportrør for vattpinneprøver for begge kjønn. b. At det er en enkelt rosa APTIMA vattpinne for prøvetaking i et transportrør for vaginale vattpinneprøver. c. At sluttvolumet med urin befinner seg mellom de svarte fyllestrekene i et transportrør for urinprøver. d. Om det mangler en vattpinne i APTIMA prøvetransportrør for prøver i PreservCyt væske-pap. 4. Inspiser prøverør før de gjennomtrenges: a. Hvis det er bobler mellom væsken og lokket i et prøverør, sentrifuger røret i 5 minutter ved 420 RCF for å fjerne boblene. b. Hvis et prøverør har et volum som er mindre enn det som er vanlig når instruksjonene for prøvetaking er fulgt, sentrifuger røret i 5 minutter ved 420 RCF for å sikre at det ikke er noe væske i lokket. c. Hvis væskenivået i et urinprøverør ikke er mellom de to svarte indikatorstrekene på etiketten, må prøven avvises. Ikke gjennomtreng et overfylt rør. d. Hvis en urinprøve inneholder utfellinger, varm opp prøven ved 37 C i inntil 5 minutter. Hvis utfellingene ikke gjenopptas i oppløsningen, kontroller visuelt at utfellingene ikke er til hinder for overføring av prøven. Merknad: Dersom instruksjonene i trinn 4a 4c ikke følges, kan det føre til væskeutstrømming fra prøverørlokket. 5. Hvis prøver med standard (ugjennomtrengelige) lokk skal testes, må de sentrifugeres i 5 minutter ved 420 RCF (relativ sentrifugalkraft) for å få all væsken ned i bunnen av røret før lokket tas av. Unngå plasking og krysskontaminering. 6. Plasser tilstrekkelig med enheter med ti rør i TTU-stativet (stativ for enhet med ti rør) til å få plass til kontroller og prøver. 7. Hvis det ønskes en arbeidsliste, skal arbeidslisten opprettes nå. For instruksjoner om hvordan du oppretter en arbeidsliste, se brukerveiledningen for APTIMA analyseprogramvare (APTIMA Assay Software Operator s Manual). 8. Bland wtcr grundig. Tilsett 100 µl i hvert reaksjonsrør med repetisjonspipetten. 9. For at de skal fungere skikkelig med APTIMA analyseprogramvare, må positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC være i første posisjon i første TTU. a. Hold positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC-røret i den ene hånden eller plasser den i et stativ. Denne etiketten er rosa. Teksten på etiketten er CONTROL + CT PCT / CONTROL GC NGC. Gjennomtreng lokket med en mikropipette, og vær APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

15 DTS-systemer forsiktig så ikke spissen kommer ned i bunnen av røret. Tilsett 400 µl av positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC i det første reaksjonsrøret. b. Bruk en ny pipettespiss, og tilsett på samme måte 400 µl av positiv kontroll, GC / negativ kontroll, CT i det andre reaksjonsrøret. Etiketten for den andre kontrollen er blågrønn. Teksten på etiketten er CONTROL + GC PGC / CONTROL CT NCT. 10. Fortsett stativoppsettprosedyren ved å tilsette 400 µl av hver prøve i de gjenværende reaksjonsrørene. Bruk en ny pipettespiss for hver prøve og kontroll. Akseptabelt volum av prøve eller kontroll som tilsettes i et reaksjonsrør, er 400 µl ± 100 µl. Se Prosedyremerknader, Pipettering av kontroll og prøve for mer informasjon. Target Capture Bruken av systemet GEN-PROBE Target Capture er beskrevet i brukerveiledningen for Target Capture-systemet (Target Capture System Operator s Manual). Hvis SB100 Dry Heat Bath/virvelblander brukes, se brukerveiledningen for SB Tildekk TTU-ene med forseglingskort, og rist stativet forsiktig for hånd. Må ikke virvles. Inkuber stativet ved 62 C ± 1 C i et vannbad i 30 ± 5 minutter. 12. Fjern stativet fra vannbadet og tørk av bunnen av rørene på absorberende materiale. 13. Kontroller at forseglingskortene sitter godt på. Bytt dem om nødvendig ut med nye forseglingskort, og forsegl TTU-ene godt. 14. Virvle stativet i 60 sekunder på virvelblanderen for flere rør. Se Prosedyremerknader, Virvling for mer informasjon. Start virvlingen innen 2 minutter etter at stativet ble fjernet fra vannbadet. 15. La forseglingskortene sitte på, og inkuber stativet ved romtemperatur i 30 ± 5 minutter. 16. Plasser stativet på den magnetiske basen for TCS i 5 til 10 minutter. 17. Fyll på pumpeslangen til dispenseringsstasjonen ved å pumpe APTIMA vaskemiddel gjennom dispenseringsmanifolden. Pump væske gjennom systemet til det ikke er noen luftbobler i slangen og til alle de ti munnstykkene leverer en jevn væskestrøm. 18. Slå på vakuumpumpen, og koble fra aspirasjonsmanifolden ved den første koblingen mellom aspirasjonsmanifolden og ventilklaff-flasken. Kontroller at vakuummåleren oppfyller lekkasjetestspesifikasjonene. 1 Denne avlesningen kan ta 15 sekunder. Koble til aspirasjonsmanifolden igjen, og kontroller at vakuummåleren oppfyller vakuumnivåspesifikasjonen. La vakuumpumpen være på til alle målinnfangingstrinn er fullført og aspirasjonsmanifoldslangen er tørr. 19. Fest aspirasjonsmanifolden godt til det første settet med spisser. Aspirer all væske ved å senke spissene ned i den første TTU-en til spissene kort berører bunnen av rørene. Ikke la spissene fortsette å berøre bunnen av rørene. 20. Når aspirasjonen er fullført, ejiser spissene inn i sine opprinnelige TTC-er. Gjenta aspirasjonstrinnene for de gjenværende TTU-ene, og bruk en dedikert spiss for hver prøve. 21. Plasser dispenseringsmanifolden over hver TTU, og tilsett 1,0 ml APTIMA vaskemiddel i hvert rør i TTU-en ved hjelp av pumpeslangen til dispenseringsstasjonen. 22. Dekk til rørene med et forseglingskort og fjern stativet fra den magnetiske basen for TCS. Virvle stativet én gang på virvelblanderen for flere rør. Se Prosedyremerknader, Virvling for mer informasjon. 23. Plasser stativet på den magnetiske basen for TCS i 5 til 10 minutter. 24. Aspirer all væske som beskrevet i trinn 19 og Se vakuumspesifikasjonsarket for Target Capture-systemet, som du finner bakerst i brukerveiledningen for Target Capture-systemet, eller kontakt Teknisk support. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

16 DTS-systemer 25. Etter den endelige aspirasjonen, fjern stativet fra den magnetiske basen for TCS og kontroller rørene visuelt for å sikre at all væske er aspirert, og at alle rørene inneholder magnetpartikkelpellets. Hvis noe væske er synlig, sett stativet tilbake på den magnetiske basen for TCS i 2 minutter, og gjenta aspirasjonen for denne TTU-en ved å bruke samme spisser som ble brukt tidligere for hver prøve. Merknad: Hvis en magnetpartikkelpellet er synlig når aspirasjonen er fullført, kan røret godkjennes. Hvis ingen pellets er synlige, må prøven testes på nytt. Hvis den samme prøven ikke inneholder en magnetpartikkelpellet i dette trinnet i en senere kjøring, kan dette indikere et prøvespesifikt problem. I så fall anbefales det å ta prøven på nytt. D. Amplifikasjon Hvis SB100 Dry Heat Bath/virvelblander brukes, se brukerveiledningen for SB Tilsett 75 µl av det rekonstituerte amplifikasjonsreagenset i hvert reaksjonsrør med repetisjonspipetten. Alle reaksjonsblandinger i stativet skal nå være røde. 2. Tilsett 200 µl av oljereagenset i hvert reaksjonsrør med repetisjonspipetten. 3. Dekk til rørene med et forseglingskort og virvle dem på virvelblanderen for flere rør. 4. Inkuber stativet i et vannbad ved 62 C ± 1 C i 10 ± 5 minutter. 5. Overfør stativet til et vannbad på 42 C ± 1 C og inkuber i 5 ± 2 minutter. 6. Mens stativet er i vannbadet, fjern forsiktig forseglingskortet og tilsett 25 µl av det rekonstituerte enzymreagenset i hvert reaksjonsrør med repetisjonspipetten. Alle reaksjonsblandinger skal nå være oransje. 7. Dekk straks til rørene med et nytt forseglingskort, fjern stativet fra vannbadet og bland innholdet i reaksjonsrørene ved forsiktig å riste stativet for hånd. 8. Inkuber stativet i et vannbad ved 42 C ± 1 C i 60 ± 15 minutter. E. Dual Kinetic Assay (DKA) Hvis SB100 Dry Heat Bath/virvelblander brukes, se brukerveiledningen for SB100. Repetisjonspipetten som brukes i hybridiserings- og valgtrinnene, må være dedikert til bruk kun i disse trinnene. Se Advarsler og forholdsregler. 1. Hybridisering a. Fjern stativet fra vannbadet og overfør det til DKA-området. Tilsett 100 µl av det rekonstituerte probereagenset i hvert reaksjonsrør med repetisjonspipetten. Alle reaksjonsblandinger skal nå være gule. b. Dekk til rørene med et forseglingskort og virvle stativet på virvelblanderen for flere rør. c. Inkuber stativet i et vannbad ved 62 C ± 1 C i 20 ± 5 minutter. d. Fjern stativet fra vannbadet og inkuber ved romtemperatur i 5 ± 1 minutter. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

17 DTS-systemer 2. Valg a. Tilsett 250 µl av Reagensvalg i hvert reaksjonsrør med repetisjonspipetten. Alle reaksjonsblandinger skal nå være røde. b. Dekk til rørene med et forseglingskort, virvle stativet i 10 sekunder eller til fargen blir ensartet, og inkuber stativet i et vannbad ved 62 C ± 1 C i 10 ± 1 minutter. c. Fjern stativet fra vannbadet. 3. Detektering Detektering må utføres ved 18 C til 28 C. a. Inkuber stativet ved 18 C til 28 C i 15 ± 3 minutter. Merknad: Dette temperaturområdet er kritisk for analyseytelsen. b. For informasjon om bruk av LEADER HC+-luminometeret og APTIMA analyseprogramvare, se brukerveiledningen for LEADER HC+-luminometeret og brukerveiledningen for APTIMA analyseprogramvare (Aptima Assay Software Operator s Manual). c. Sørg for at det er tilstrekkelige volum med Auto Detect 1 og 2 til å fullføre testene. d. Klargjør LEADER HC+-luminometeret ved å plassere en tom TTU i kassettposisjon nummer 1 og utføre Wash (Vaske) protokollen. e. Plasser TTU-ene i luminometeret. f. Logg på datamaskinen. Klikk New Run (Ny kjøring), velg analyseprotokollen APTIMA COMBO 2 og legg inn antall rør (kontroller og prøver). Klikk Next (Neste) for å starte kjøringen. Merknad: Kjøringen må fullføres innen 2 timer etter slutten av valgtrinnet Inkubasjon. g. Forbered nøytraliseringsvæsken ved å blande like volumer av 5 % til 7 % (0,7 M til 1,0 M) natriumhypoklorittløsning og APTIMA buffer for nøytraliseringsvæske i en plastbeholder med stort lokk. Merk og skriv utløpsdatoen på plastbeholderen. Nøytraliseringsvæsken er stabil i 4 uker ved romtemperatur. Kast nøytraliseringsvæsken etter 4 uker eller etter at 100 behandlede prøver er nøytralisert (det som kommer først). h. Når de brukte TTU-ene er fjernet fra luminometeret, plasser TTU-ene i beholderen med nøytraliseringsvæske. La TTU-ene være i beholderen i 15 minutter før de kastes. Laboratoriedirektøren bør etablere metoder for riktig håndtering og kassering. Prosedyremerknader A. Kontroller For at de skal fungere skikkelig med APTIMA analyseprogramvare, må positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC være i første posisjon i første TTU. Denne kontrolletiketten er rosa. Teksten på etiketten er CONTROL + CT PCT / CONTROL GC NGC. Den positive kontrollen for GC / negative kontrollen for CT må være i andre posisjon i første TTU. Denne kontrolletiketten er blågrønn. Teksten på etiketten er CONTROL + GC PGC / CONTROL CT NCT. Dersom de plasseres i feil posisjon, vil kjøringen mislykkes. Eventuelle tilleggskontroller må angis som pasientprøver og overvåkes av operatøren for å se om de kan godkjennes. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

18 DTS-systemer B. Pipettering av kontroll og prøve Volumet av kontroll eller prøve som tilsettes i reaksjonsrøret, skal være 400 µl ± 100 µl. Det anbefales å inspisere volumet som pipetteres i hvert reaksjonsrør visuelt, for å sikre at det overføres riktig volum. Riktig volum av kontroll eller prøve er nødvendig for å få nøyaktige resultater. Hvis det ikke er pipettert riktig volum, må wtcr og kontroll eller prøve pipetteres på nytt i et nytt reaksjonsrør. C. Reagenser Fortynnet probeoppløsning kan danne utfellinger under lagring. Hvis dette skjer, skal fortynnet probeoppløsning varmes på 62 C i 1 til 2 minutter. Etter dette varmetrinnet kan fortynnet probeoppløsning brukes selv om det fortsatt er utfellinger igjen. Etter resuspensjon, bland innholdet i ampullen ved å invertere forsiktig. Vær forsiktig så det ikke dannes skum. D. Temperatur 1. Trinnene for målinnfanging, amplifikasjon, hybridisering og valg er temperaturavhengige. Det er derfor vesentlig at vannbadene opprettholdes innen det spesifiserte temperaturområdet. 2. Romtemperatur defineres som 15 C til 30 C. 3. Detekteringstrinnene i analysen må utføres ved 18 C til 28 C. E. Tid Reaksjonene for målinnfanging, amplifikasjon, hybridisering og valg er temperaturavhengige. Følg tidene som er angitt i Testprosedyre for DTS-systemer. F. Virvling Riktig virvling er viktig for at APTIMA COMBO 2-analysen blir vellykket. Når tilstrekkelig virvelbevegelse oppnås, roteres suspensjonen i en hastighet som får oppløsningen til å stige til øvre halvdel av røret. Denne bevegelsen (virvling) opprettholdes i spesifikke tidsperioder. Når du skal virvle reaksjoner, sett hastigheten på virvelblanderen for flere rør til laveste innstilling, fest stativet og slå på strømmen. Øk hastigheten langsomt til væsken stiger halvveis opp i røret. Virvle i 10 sekunder, den angitte tidsperioden, eller til fargen blir ensartet. Sett deretter hastigheten på virvelblanderen for flere rør til den laveste innstillingen, slå den av og fjern stativet. Reaksjonsblandingene skal aldri komme i berøring med forseglingskortene. G. Vannbad 1. Vannivået i vannbadene må ha en dybde på 3,8 cm til 5 cm, målt fra støttemetallbrettet (på bunnen av vannbadet) til overflaten av vannet. Dette vil sikre riktig varmeoverføring. 2. For å unngå krysskontaminering skal vannbad dedikeres til spesifikke analysetrinn. H. Dekontaminering 1. Overflater og pipetter Laboratoriumsbenkflater og pipetter må dekontamineres regelmessig med 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypoklorittløsning. La natriumhypoklorittløsningen være i kontakt med flatene i minst 1 minutt, og skyll deretter med vann. Pass på at ikke natriumhypoklorittløsningen tørker. Klorløsninger kan korrodere utstyr og metall. Skyll alt utstyr grundig med vann for å unngå korrosjon. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

19 DTS-systemer 2. TCS aspirasjonsmanifold a. Plasser en ny TTC i TTC-stativet. Skru på vakuumpumpen. Fest aspirasjonsmanifolden til spissene i TTC. Aspirer alt vaskemiddel som er igjen i primingskålen i dispenseringsstasjonen for vaskemiddel. (Sett vekk dispenseringsmanifolden.) b. Hell minst 100 ml av 0,5 % til 0,7 % (0,07 M til 0,1 M), eller hvis ønskelig 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M), natriumhypoklorittløsning i primingskålen. Aspirer all oppløsning via aspirasjonsmanifolden. c. Hell minst 100 ml dejonisert vann i primingskålen. Aspirer alt vannet via aspirasjonsmanifolden. d. Ejiser spissene inn i sin opprinnelige TTC. e. La vakuumpumpen være på til manifoldslangen er tørr, for å hindre tilbakestrømming. f. Dekontaminer overflatene på aspirasjonsmanifolden som beskrevet i TCS-enhet. 3. TCS avfallsbeholder Når avfallsflasken er 25 % full, eller hver uke, fjern avfallsflasken fra Target Capture-systemet. a. Slå av vakuumpumpen og la vakuumtrykket utlignes. b. Løs ut hurtigkoblingsanordningene mellom avfallsflasken og overløpsflasken og mellom avfallsflasken og aspirasjonsmanifolden. c. Fjern avfallsflasken fra vakuumfelleboksen. d. Fjern lokket og tilsett forsiktig 400 ml med 5 % til 7 % (0,7 M til 1,0 M) natriumhypoklorittløsning til flasken (eller 1 L hvis det brukes en avfallsflaske på 10 L). Merknad: Dette kan gjøres i en røykhette for å unngå at det slippes ut røyk i laboratoriet. e. Sett lokk på avfallsflasken og virvle forsiktig innholdet til det er helt blandet. f. La avfallsflasken stå i 15 minutter, og kast deretter innholdet (avfall). g. Skyll avfallsflasken med vann for å fjerne eventuelt gjenværende avfall. h. Sett lokk på den tomme avfallsflasken og plasser den i vakuumfelleboksen. Fest hurtigkoblingsanordningene på TCS-enheten. Kast begge hanskene i henhold til retningslinjer for avfallshåndtering. 4. TCS-enhet Tørk av overflatene på TCS-enheten, aspirasjonsmanifolden og spissene for rengjøringsbufferejektoren med tørkepapir fuktet med 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypoklorittløsning. Følg trinnet for natriumhypokloritt ved å skylle med vann, og tørk deretter overflatene helt med tørkepapir. 5. Stativer Senk ned stativene i en 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypoklorittløsning, og påse at de er dekket av natriumhypoklorittløsningen. Hold stativene nedsenket i væsken i 10 minutter. Lengre eksponering kan skade stativene. Skyll stativene grundig med vann, plasser stativene på et rent, absorberende klede, og la stativene lufttørke grundig. Stativenes levetid blir forlenget hvis de tørkes stående og ikke opp-ned. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

20 DTS-systemer I. Analysekontaminering 1. Kontaminerende materiale kan bli tilført hvis det ikke utvises tilstrekkelig forsiktighet under analyseprotokollen. 2. TTU-er må dekontamineres i nøytraliseringsvæske, som beskrevet under Detektering. Ikke bruk TTU-er flere ganger. 3. Dekontaminer utstyr og arbeidsflater regelmessig, som beskrevet i Prosedyremerknader, Dekontaminering. 4. Som med alle reagenssystemer kan overflødig pudder på enkelte typer hansker føre til kontaminering av åpnede rør. Pudderfrie hansker anbefales. J. Protokoll for laboratoriumskontaminasjonsovervåking for DTS-systemer Det er mange laboratoriespesifikke faktorer som kan bidra til kontaminering, deriblant testvolum, arbeidsgang, sykdomsprevalens og ulike laboratorieaktiviteter. Disse faktorene bør tas i betraktning ved fastsettelse av frekvens for kontaminasjonsovervåking. Intervaller for kontaminasjonsovervåking bør fastsettes ut fra laboratoriets praksis og prosedyrer. Ved overvåking av laboratoriekontaminasjon bør følgende prosedyre utføres ved hjelp av APTIMA prøvetakingssett for begge kjønn, med vattpinner for endocervikale vattpinneprøver og mannlige uretrale vattpinneprøver: 1. Merk vattpinnetransportrør med numre som tilsvarer områdene som testes. 2. Fjern vattpinnen for prøvetaking (vattpinne med blå pinne med grønn skrift) fra forpakningen, fukt vattpinnen i vattpinnetransportmedium og gni det aktuelle området med en sirkelbevegelse. 3. Plasser straks vattpinnen i transportrøret. 4. Bryt forsiktig vattpinnens skaft ved innsnittslinjen. Vær forsiktig for å unngå at innholdet plasker. 5. Kork vattpinnetransportrøret godt. 6. Gjenta trinn 2 til 5 for hvert område som skal testes. 7. Test vattpinnen med APTIMA COMBO 2-analysen i samsvar med Testprosedyre for DTS-systemer. Hvis resultatene er CT- eller GC-positive eller tvetydige (se Testfortolkning QC pasientresultater), kan overflaten være kontaminert og må dekontamineres ved å behandle den med natriumhypoklorittløsning som anbefalt i Testprosedyre for DTS-systemer, Klargjøring av utstyr. Merknad: Hvis man mistenker at vannbadet er kontaminert, kan vannbadet testes med testprosedyren for urinprøver, ved å tilsette 2,0 ml av vannet i et urinprøvetransportrør. K. Feilsøking 1. Lave verdier for positiv kontroll kan oppstå på grunn av feil temperaturer under ulike trinn i analysen, eller fordi valgtiden i valgtrinnet har vart lenger enn den anbefalte tiden. 2. Høye bakgrunnsverdier kan forekomme hvis valgtiden i valgtrinnet var for kort, hvis valgtemperaturen var feil, eller hvis det har vært utilstrekkelig blanding etter at Reagensvalg ble tilsatt. 3. Hvis positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC er positiv eller tvetydig for GC, eller hvis positiv kontroll, GC / negativ kontroll, CT er positiv eller tvetydig for CT, se Prosedyremerknader, Analysekontaminering for mer informasjon. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

21 TIGRIS DTS-system TIGRIS DTS-system Reagenser for APTIMA COMBO 2-analysen for CT og GC er oppført under for TIGRIS DTS-systemet. Reagensidentifiseringssymboler er også oppført ved siden av reagensnavnet. Reagenser og vedlagte materialer APTIMA COMBO 2 analysesett, 250 tester (2 esker og 1 kontrollsett) (kat.nr og B) APTIMA COMBO 2 nedkjølt eske (Boks 1 av 2) (lagres ved 2 C til 8 C ved mottak) Symbol Komponent Antall A E P TCR-B APTIMA COMBO 2 amplifikasjonsreagens Ikke-infeksiøs nukleinsyre tørket i en bufret oppløsning som inneholder < 5 % bulkingmiddel. APTIMA COMBO 2 enzymreagens Revers transkriptase og RNA-polymerase tørket i HEPESbufret oppløsning som inneholder < 10 % bulkingreagens. APTIMA COMBO 2 probereagens Ikke-infektiøse kjemisk luminescente DNA-prober tørket i succinate-bufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. APTIMA COMBO 2 Target Capture-reagens B Ikke-infeksiøs nukleinsyre i en bufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. 1 ampulle 1 ampulle 1 ampulle 1 x 0,61 ml APTIMA COMBO 2 romtemperert eske (Boks 2 av 2) (lagres ved 15 C til 30 C ved mottak) Symbol Komponent Antall AR ER PR S TCR APTIMA COMBO 2 oppløsning for amplifikasjonsrekonstituering Vandig oppløsning med konserveringsmidler. APTIMA COMBO 2 fortynnet enzymoppløsning HEPES-bufret oppløsning som inneholder overflateaktivt middel og glyserol. APTIMA COMBO 2 fortynnet probeoppløsning Succinate-bufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. APTIMA COMBO 2 Reagensvalg 600 mm borat-bufret oppløsning som inneholder overflateaktivt middel. APTIMA COMBO 2 Target Capture-reagens Bufret saltoppløsning som inneholder fastfase og fangeoligomere. 1 x 27,7 ml 1 x 11,1 ml 1 x 35,4 ml 1 x 108 ml 1 x 54 ml Rekonstitueringskrager 3 Strekkodeark for hovedparti 1 ark APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

22 TIGRIS DTS-system APTIMA kontrollsett (lagres ved 2 C til 8 C ved mottak) Symbol Komponent Antall PCT/NGC APTIMA positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC Ikke-infektiøs CT-nukleinsyre i en bufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. Hver prøve på 400 µl inneholder estimert rrna-ekvivalent på 1 CT IFU (5 fg/analyse*). 5 x 1,7 ml PGC/NCT APTIMA positiv kontroll, GC / negativ kontroll, CT Ikke-infeksiøs GC-nukleinsyre i en bufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. Hver prøve på 400 µl inneholder estimert rrna-ekvivalent på 50 GC-celler (250 fg/analyse*). 5 x 1,7 ml *rrna-ekvivalentene ble beregnet ut fra genomstørrelse og estimert DNA:RNA-forhold/celle av hver organisme. Materialer som er nødvendige, men leveres separat Merknad: Materialer som er tilgjengelige fra Gen-Probe, har katalognumre oppført med mindre noe annet er angitt. Kat.nr. TIGRIS DTS-system APTIMA analysevæskesett (APTIMA vaskemiddel, APTIMA buffer for nøytraliseringsvæske og APTIMA oljereagens) APTIMA Auto Detect-sett APTIMA sett med konserveringsmiddel for systemvæske Spisser, 1000 µl konduktive, væskefølende Kjøringssett TIGRIS DTS-systemets kjøringssett som inneholder Flerrørsenheter (MTU) Avfallsposesett for MTU/spisser MTU-avfallsdeflektor MTU-avfallslokk APTIMA prøveoverføringssett for bruk med prøver i PreservCyt-oppløsning (Tecan) C APTIMA prøvetakingssett for vaginale vattpinneprøver APTIMA prøvetakingssett for begge kjønn, med vattpinner for endocervikale vattpinneprøver og mannlige uretrale vattpinneprøver APTIMA urinprøvetakningssett for urinprøver fra menn og kvinner APTIMA urinprøvetransportrør for urinprøver fra menn og kvinner Blekemiddel, 5 % til 7 % (0,7 M til 1,0 M) natriumhypoklorittløsning Vann for TIGRIS DTS -system Se brukerveiledningen for TIGRIS DTS-system for spesifikasjoner APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

23 TIGRIS DTS-system Kat.nr. Engangshansker SysCheck kalibreringsstandard APTIMA gjennomtrengelige lokk Utskifting av ugjennomtrengelige lokk A Reservehette for 250-testsett Fortynnet amplifikasjons- og probereagensoppløsning CL0041 (100 lokk) Fortynnet enzymreagensoppløsning (100 lokk) TCR og Reagensvalg CL0040 (100 lokk) Tilleggsutstyr Kat.nr. APTIMA kontrollsett GEN-PROBE blekemiddelforsterker for rutinemessig rengjøring av overflater og utstyr APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

24 TIGRIS DTS-system Testprosedyre for TIGRIS DTS-system Merknad: Se brukerveiledningen for TIGRIS DTS-systemet (TIGRIS DTS System Operator s Manual) for ytterligere informasjon om prosedyrer med TIGRIS DTS-system. A. Klargjøring av arbeidsområdet 1. Rengjør arbeidsflater der reagenser og prøver skal forberedes. Tørk av arbeidsflater med 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypoklorittløsning. La natriumhypoklorittløsningen være i kontakt med flatene i minst 1 minutt, og skyll deretter med vann. Pass på at ikke natriumhypoklorittløsningen tørker. Dekk benkeflaten der reagenser og prøver skal forberedes, med rene, absorberende laboratoriebenkekleder med bakside av plast. B. Reagensrekonstituering/-forberedelse av et nytt sett Merknad: Reagenser skal rekonstitueres før man begynner arbeidet med TIGRIS DTS-systemet. 1. For å rekonstituere amplifikasjonsreagens, enzymreagens og probereagens, kombiner flaskene med lyofilisert reagens med rekonstitusjonsoppløsningen. Hvis rekonstitusjonsoppløsninger er avkjølt, må de nå romtemperatur før bruk. a. Par opp hver rekonstitusjonsoppløsning med dens lyofiliserte reagens. Kontroller at rekonstitusjonsoppløsningen og det lyofiliserte reagenset har samsvarende fargeetiketter før du fester rekonstitueringskragen. b. Kontroller partinumrene på strekkodearket for hovedpartiet for å sikre at de riktige reagensene pares. c. Åpne ampullen med lyofilisert reagens og sett den skårete enden av rekonstitueringskragen godt inn i ampulleåpningen (figur 2, trinn 1). d. Åpne den samsvarende flasken med rekonstitueringsoppløsning, og sett lokket på en ren, tildekket arbeidsflate. e. Mens du holder flasken med fortynnet oppløsning på benken, sett den andre enden av rekonstitueringskragen godt inn i flasken (figur 2, trinn 2). f. Inverter langsomt de sammenmonterte flaskene. La oppløsningen tømmes fra flasken inn i glassampullen (figur 2, trinn 3). g. Bland forsiktig oppløsningen i flasken. Unngå at det dannes skum mens du virvler flasken (figur 2, trinn 4). h. Vent til det lyofiliserte reagenset er opptatt i oppløsningen, og inverter deretter de sammenmonterte flaskene på nytt. Sett dem i 45 vinkel for å minimere skum (figur 2, trinn 5). La all væsken tømmes tilbake i plastflasken. i. Fjern rekonstitusjonskragen og glassampullen (figur 2, trinn 6). j. Sett hetten tilbake på plastflasken. Registrer operatørens initialer og rekonstitueringsdatoen på etiketten (figur 2, trinn 7). k. Kast rekonstitusjonskragen og glassampullen (figur 2, trinn 8). Advarsel: Unngå skumdannelse ved rekonstituering av reagenser. Skum svekker nivågjenkjenningsfunksjonen i TIGRIS DTS-system. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

25 TIGRIS DTS-system Figur 2. Rekonstitueringsprosess for TIGRIS DTS- eller PANTHER-system 2. Forbered Target Capture-arbeidsreagens (wtcr) a. Par opp de relevante flaskene med TCR og TCR-B. b. Kontroller reagenspartinumrene på strekkodearket for hovedpartiet for å sikre at de riktige reagensene i settet pares. c. Åpne flasken med TCR, og sett lokket på en ren, tildekket arbeidsflate. d. Åpne flasken med TCR-B og hell hele innholdet opp i flasken med TCR. Det vil kanskje bli igjen litt væske i TCR-B-flasken. e. Sett lokk på flasken med TCR og bland oppløsningen forsiktig for å blande innholdet. Unngå skumdannelse under dette trinnet. f. Skriv operatørens initialer og gjeldende dato på etiketten. g. Kast TCR-B-flasken og lokket. 3. Forberede Reagensvalg a. Kontroller partinummeret på reagensflasken for å påse at den samsvarer med partinummeret på hovedpartiets strekkodeark. b. Skriv operatørens initialer og gjeldende dato på etiketten. Merknad: Bland alle reagenser grundig ved forsiktig å invertere dem før de plasseres i systemet. Unngå skumdannelse ved invertering av reagenser. C. Forberedelse av reagens for reagenser som allerede er rekonstituert 1. Amplifikasjonsreagenser, enzymreagenser og probereagenser som allerede er rekonstituert, må nå romtemperatur (15 C til 30 C) før analysen startes. 2. Hvis rekonstituert probereagens inneholder utfellinger som ikke gjenopptas i oppløsningen ved romtemperatur, varm opp flasken med lokk ved maks. 62 C i 1 til 2 minutter. Etter dette varmetrinnet kan probereagens brukes selv om det fortsatt er utfellinger igjen. Bland probereagens ved å invertere, og vær forsiktig så det ikke dannes skum, før det plasseres i systemet. 3. Bland hvert reagens grundig ved å invertere forsiktig før de plasseres i systemet. Unngå skumdannelse ved invertering av reagenser. 4. Ikke fyll på reagensflasker. TIGRIS DTS-system vil gjenkjenne og avvise flasker som er påfylt. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

26 TIGRIS DTS-system D. Prøvehåndtering 1. La kontroller og prøver nå romtemperatur før behandling. 2. Prøver må ikke virvles. 3. Kontroller visuelt at hvert prøverør oppfyller ett av følgende kriterier: a. At det er en enkelt blå APTIMA vattpinne for prøvetaking i et transportrør for vattpinneprøver for begge kjønn. b. At det er en enkelt rosa APTIMA vattpinne for prøvetaking i et transportrør for vaginale vattpinneprøver. c. At sluttvolumet med urin befinner seg mellom de svarte fyllestrekene i et transportrør for urinprøver. d. Om det mangler en vattpinne i APTIMA prøvetransportrør for prøver i PreservCyt væske-pap. 4. Inspiser prøverør før de plasseres på stativet: a. Hvis det er bobler mellom væsken og lokket i et prøverør, sentrifuger røret i 5 minutter ved 420 RCF for å fjerne boblene. b. Hvis et prøverør har et volum som er mindre enn det som er vanlig når instruksjonene for prøvetaking er fulgt, sentrifuger røret i 5 minutter ved 420 RCF for å sikre at det ikke er noe væske i lokket. c. Hvis væskenivået i et urinprøverør ikke er mellom de to svarte indikatorstrekene på etiketten, må prøven avvises. Ikke gjennomtreng et overfylt rør. d. Hvis et urinprøverør inneholder utfellinger, varm opp prøven ved 37 C i inntil 5 minutter. Hvis utfellingene ikke gjenopptas i oppløsningen, kontroller visuelt at utfellingene ikke er til hinder for overføring av prøven. Merknad: Dersom instruksjonene i trinn 4a 4c ikke følges, kan det føre til væskeutstrømming fra prøverørlokket. Merknad: Inntil 3 separate alikvoter kan testes fra hvert prøverør. Forsøk på å pipettere mer enn 3 alikvoter fra prøverøret kan føre til feil pga. utilstrekkelig volum. E. Klargjøring av systemet Sett opp systemet og arbeidslisten i samsvar med instruksjonene i brukerveiledningen for TIGRIS DTS-system (TIGRIS DTS System Operator s Manual) og Prosedyremerknader. Prosedyremerknader A. Kontroller 1. For at de skal fungere riktig med APTIMA analyseprogramvare for TIGRIS DTS-system, er frontkontroller og sluttkontroller påkrevd. Positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC må være i første posisjon og i nest siste posisjon i en arbeidsliste. Denne kontrolletiketten er rosa. Teksten på etiketten er CONTROL + CT PCT / CONTROL GC NGC. Positiv kontroll, GC / negativ kontroll, CT må være i andre posisjon og i siste posisjon i en arbeidsliste. Denne kontrolletiketten er blågrønn. Teksten på etiketten er CONTROL + GC PGC / CONTROL CT NCT. 2. Hvert APTIMA kontrollrør kan testes én gang. Forsøk på å pipettere mer enn én gang fra røret kan føre til feil pga. utilstrekkelig volum. B. Temperatur Romtemperatur defineres som 15 C til 30 C. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

27 TIGRIS DTS-system C. Hanskepudder Som med alle reagenssystemer kan overflødig pudder på enkelte typer hansker føre til kontaminering av åpnede rør. Pudderfrie hansker anbefales. D. Protokoll for laboratoriumskontaminasjonsovervåking for TIGRIS DTS-system Det er mange laboratoriespesifikke faktorer som kan bidra til kontaminering, deriblant testvolum, arbeidsgang, sykdomsprevalens og ulike laboratorieaktiviteter. Disse faktorene bør tas i betraktning ved fastsettelse av frekvens for kontaminasjonsovervåking. Intervaller for kontaminasjonsovervåking bør fastsettes ut fra laboratoriets praksis og prosedyrer. Ved overvåking av laboratoriekontaminasjon bør følgende prosedyre utføres ved hjelp av APTIMA prøvetakingssett for begge kjønn, med vattpinner for endocervikale vattpinneprøver og mannlige uretrale vattpinneprøver: 1. Merk vattpinnetransportrør med numre som tilsvarer områdene som testes. 2. Fjern vattpinnen for prøvetaking (vattpinne med blå pinne med grønn skrift) fra forpakningen, fukt vattpinnen i vattpinnetransportmedium og gni det aktuelle området med en sirkelbevegelse. 3. Plasser straks vattpinnen i transportrøret. 4. Bryt forsiktig vattpinnens skaft ved innsnittslinjen. Vær forsiktig for å unngå at innholdet plasker. 5. Kork vattpinnetransportrøret godt. 6. Gjenta trinn 2 til 5 for hvert område som skal testes. Hvis resultatene er CT- eller GC-positive eller tvetydige, se Testfortolkning QC pasientresultater. Mer informasjon om TIGRIS DTS-systemets kontaminasjonsovervåkning, se brukerhåndboken for TIGRIS DTS-systemet. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

28 PANTHER-systemet PANTHER-systemet Reagenser for APTIMA COMBO 2-analysen for CT og GC er oppført under for PANTHER-systemet. Reagensidentifiseringssymboler er også oppført ved siden av reagensnavnet. Reagenser og vedlagte materialer APTIMA COMBO 2-analysesett 100 tester (2 esker og 1 kontrollsett) (kat.nr ) 250 tester (2 esker og 1 kontrollsett) (kat.nr ). APTIMA COMBO 2 nedkjølt eske (eske 1 av 2) (lagres ved 2 C til 8 C ved mottak) Symbol A E P TCR-B Komponent APTIMA COMBO 2 amplifikasjonsreagens Ikke-infeksiøs nukleinsyre tørket i en bufret oppløsning som inneholder < 5 % bulkingmiddel. APTIMA COMBO 2 enzymreagens Revers transkriptase og RNA-polymerase tørket i HEPES-bufret oppløsning som inneholder < 10 % bulkingreagens. APTIMA COMBO 2 probereagens Ikke-infektiøse kjemisk luminescente DNA-prober tørket i succinate-bufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. APTIMA COMBO 2 Target Capture-reagens B Ikke-infeksiøs nukleinsyre i en bufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. Antall 250-testsett Antall 100-testsett 1 ampulle 1 ampulle 1 ampulle 1 ampulle 1 ampulle 1 ampulle 1 x 0,61 ml 1 x 0,30 ml APTIMA COMBO 2 romtemperert eske (eske 2 av 2) (lagres ved 15 C til 30 C ved mottak) Symbol AR ER PR S Komponent APTIMA COMBO 2 oppløsning for amplifikasjonsrekonstituering Vandig oppløsning med konserveringsmidler. APTIMA COMBO 2 fortynnet enzymoppløsning HEPES-bufret oppløsning som inneholder overflateaktivt middel og glyserol. APTIMA COMBO 2 fortynnet probeoppløsning Succinate-bufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. APTIMA COMBO 2 Reagensvalg 600 mm borat-bufret oppløsning som inneholder overflateaktivt middel. Antall 250-testsett Antall 100-testsett 1 x 27,7 ml 1 x 11,9 ml 1 x 11,1 ml 1 x 6,3 ml 1 x 35,4 ml 1 x 15,2 ml 1 x 108 ml 1 x 43,0 ml APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

29 PANTHER-systemet APTIMA COMBO 2 romtemperert eske (eske 2 av 2) (lagres ved 15 C til 30 C ved mottak) Symbol Komponent Antall 250-testsett Antall 100-testsett TCR APTIMA COMBO 2 Target Capture-reagens Bufret saltoppløsning som inneholder fastfase og fangeoligomere. 1 x 54 ml 1 x 26,0 ml Rekonstitueringskrager 3 3 Strekkodeark for hovedparti 1 ark 1 ark APTIMA kontrollsett (lagres ved 2 C til 8 C ved mottak) Symbol Komponent Antall PCT/NGC APTIMA positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC Ikke-infektiøs CT-nukleinsyre i en bufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. Hver prøve på 400 µl inneholder estimert rrna-ekvivalent på 1 CT IFU (5 fg/analyse*). 5 x 1,7 ml PGC/NCT APTIMA positiv kontroll, GC / negativ kontroll, CT Ikke-infeksiøs GC-nukleinsyre i en bufret oppløsning som inneholder < 5 % rengjøringsmiddel. Hver prøve på 400 µl inneholder estimert rrna-ekvivalent på 50 GC-celler (250 fg/ analyse*). *rrna-ekvivalentene ble beregnet ut fra genomstørrelse og estimert DNA:RNA-forhold/celle av hver organisme. 5 x 1,7 ml Materialer som er nødvendige, men leveres separat Merknad: Materialer som er tilgjengelige fra Gen-Probe, har katalognumre oppført med mindre noe annet er angitt. Kat.nr. PANTHER-systemet APTIMA analysevæskesett (APTIMA vaskemiddel, APTIMA buffer for nøytraliseringsvæske og APTIMA oljereagens) APTIMA Auto Detect-sett (1000 tester) (1000 tester) Flerrørsenheter (MTU) PANTHER avfallsposesett PANTHER avfallsbeholderlokk Eller PANTHER kjøringssett inneholder MTU-er, avfallsposer, avfallsbeholderlokk, analysevæsker og Auto Detect Spisser, 1000 µl konduktive, væskefølende APTIMA prøveoverføringssett for bruk med prøver i PreservCyt-oppløsning (5000 tester) (Tecan) C APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

30 PANTHER-systemet APTIMA prøvetakingssett for vaginale vattpinneprøver APTIMA prøvetakingssett for begge kjønn, med vattpinner for endocervikale vattpinneprøver og mannlige uretrale vattpinneprøver APTIMA urinprøvetakningssett for urinprøver fra menn og kvinner APTIMA urinprøvetransportrør for urinprøver fra menn og kvinner Blekemiddel, 5 % til 7 % (0,7 M til 1,0 M) natriumhypoklorittløsning Engangshansker SysCheck kalibreringsstandard APTIMA gjennomtrengelige lokk Utskifting av ugjennomtrengelige lokk A Reservehette for 250-testsett Fortynnet amplifikasjons- og probereagensoppløsning CL0041 (100 lokk) Fortynnet enzymreagensoppløsning (100 lokk) TCR og Reagensvalg CL0040 (100 lokk) Reservehette for 100-testsett Fortynnet amplifikasjons-, enzym- og probereagensoppløsning CL0041 (100 lokk) TCR og Reagensvalg (100 lokk) Tilleggsutstyr Kat.nr. APTIMA kontrollsett GEN-PROBE blekemiddelforsterker for rutinemessig rengjøring av overflater og utstyr APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

31 PANTHER-systemet Testprosedyre for PANTHER-systemet Merknad: Se brukerveiledningen for PANTHER-systemet for ytterligere informasjon om prosedyrer med PANTHER-system. A. Klargjøring av arbeidsområdet 1. Rengjør arbeidsflater der reagenser og prøver skal forberedes. Tørk av arbeidsflater med 2,5 % til 3,5 % (0,35 M til 0,5 M) natriumhypoklorittløsning. La natriumhypoklorittløsningen være i kontakt med flatene i minst 1 minutt, og skyll deretter med vann. Pass på at ikke natriumhypoklorittløsningen tørker. Dekk benkeflaten der reagenser og prøver skal forberedes, med rene, absorberende laboratoriebenkekleder med bakside av plast. B. Reagensrekonstituering/-forberedelse av et nytt sett Merknad: Rekonstitusjon av reagensen skal utføres før arbeidet på PANTHER-systemet begynner. 1. For å rekonstituere amplifikasjonsreagens, enzymreagens og probereagens, kombiner flaskene med lyofilisert reagens med rekonstitusjonsoppløsningen. Hvis rekonstitusjonsoppløsninger er avkjølt, må de nå romtemperatur før bruk. a. Par opp hver rekonstitusjonsoppløsning med dens lyofiliserte reagens. Kontroller at rekonstitusjonsoppløsningen og reagenset har samsvarende etikettfarger før du fester rekonstitueringskragen. b. Kontroller partinumrene på strekkodearket for hovedpartiet for å sikre at de riktige reagensene pares. c. Åpne ampullen med lyofilisert reagens og sett den skårete enden av rekonstitueringskragen godt inn i ampulleåpningen (figur 3, trinn 1). d. Åpne den samsvarende flasken med rekonstitusjonsoppløsning, og legg hetten på en ren, tildekket arbeidsflate. e. Mens du holder flasken med oppløsning på benken, sett den andre enden av rekonstitusjonskragen godt inn i flaskeåpningen (figur 3, trinn 2). f. Inverter langsomt de sammenmonterte flaskene. La oppløsningen tømmes fra flasken inn i glassampullen (figur 3, trinn 3). g. Bland forsiktig oppløsningen i flasken. Unngå at det dannes skum mens du virvler flasken (figur 3, trinn 4). h. Vent til det lyofiliserte reagenset er opptatt i oppløsningen, og inverter deretter de sammenmonterte flaskene på nytt. Sett dem i 45 vinkel for å minimere skumdannelse (figur 3, trinn 5). La all væsken tømmes tilbake i plastflasken. i. Fjern rekonstitueringskragen og glassampullen (figur 3, trinn 6). j. Sett hetten tilbake på plastflasken. Registrer operatørens initialer og rekonstitueringsdatoen på etiketten (figur 3, trinn 7). k. Kast rekonstitusjonskragen og glassampullen (figur 3, trinn 8). APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

32 PANTHER-systemet Advarsel: Unngå skumdannelse ved rekonstituering av reagenser. Skum svekker nivågjenkjenningsfunksjonen i PANTHER-systemet. Figur 3. Rekonstitueringsprosess for TIGRIS DTS- eller PANTHER-system 2. Forbered Target Capture-arbeidsreagens (wtcr) a. Par opp de relevante flaskene med TCR og TCR-B. b. Kontroller reagenspartinumrene på strekkodearket for hovedpartiet for å sikre at de riktige reagensene i settet pares. c. Åpne flasken med TCR, og sett lokket på en ren, tildekket arbeidsflate. d. Åpne flasken med TCR-B og hell hele innholdet opp i flasken med TCR. Det vil kanskje bli igjen litt væske i TCR-B-flasken. e. Sett lokk på flasken med TCR og bland oppløsningen forsiktig for å blande innholdet. Unngå skumdannelse under dette trinnet. f. Skriv operatørens initialer og gjeldende dato på etiketten. g. Kast TCR-B-flasken og lokket. 3. Forberede Reagensvalg a. Kontroller partinummeret på reagensflasken for å påse at den samsvarer med partinummeret på hovedpartiets strekkodeark. b. Skriv operatørens initialer og gjeldende dato på etiketten. Merknad: Blandes grundig ved forsiktig snuing av alle reagensene før de settes inn i systemet. Unngå skumdannelse når reagensene snus. C. Forberedelse av reagens (for reagenser som allerede er rekonstituert) 1. Amplifikasjonsreagenser, enzymreagenser og probereagenser som allerede er rekonstituert, må nå romtemperatur (15 C til 30 C) før analysen startes. 2. Hvis rekonstituert probereagens inneholder utfellinger som ikke gjenopptas i oppløsningen ved romtemperatur, varm opp flasken med lokk ved maks. 62 C i 1 til 2 minutter. Etter dette varmetrinnet kan probereagens brukes selv om det fortsatt er utfellinger igjen. Bland probereagens ved å invertere, og vær forsiktig så det ikke dannes skum, før det plasseres i systemet. 3. Bland hvert reagens grundig ved å invertere forsiktig før de plasseres i systemet. Unngå skumdannelse ved invertering av reagenser. 4. Ikke fyll på reagensflasker. PANTHER-systemet vil gjenkjenne og avvise flasker som er påfylt. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

33 PANTHER-systemet D. Prøvehåndtering 1. La kontroller og prøver nå romtemperatur før behandling. 2. Prøver må ikke virvles. 3. Kontroller visuelt at hvert prøverør oppfyller ett av følgende kriterier: a. At det er en enkelt blå APTIMA vattpinne for prøvetaking i et transportrør for vattpinneprøver for begge kjønn. b. At det er en enkelt rosa APTIMA vattpinne for prøvetaking i et transportrør for vaginale vattpinneprøver. c. At sluttvolumet med urin befinner seg mellom de svarte fyllestrekene i et transportrør for urinprøver. d. Om det mangler en vattpinne i APTIMA prøvetransportrør for prøver i PreservCyt væske-pap. 4. Inspiser prøverør før de plasseres på stativet: a. Hvis det er bobler mellom væsken og lokket i et prøverør, sentrifuger røret i 5 minutter ved 420 RCF for å fjerne boblene. b. Hvis et prøverør har et volum som er mindre enn det som er vanlig når instruksjonene for prøvetaking er fulgt, sentrifuger røret i 5 minutter ved 420 RCF for å sikre at det ikke er noe væske i lokket. c. Hvis væskenivået i et urinprøverør ikke er mellom de to svarte indikatorstrekene på etiketten, må prøven avvises. Hvis et urintransportrør har et volum som er mindre enn det som vanligvis observeres, sentrifuger røret i 5 minutter ved 420 RCF for å sikre at det ikke er noe væske i lokket. Ikke gjennomtreng et overfylt rør. d. Hvis et urinprøverør inneholder utfellinger, varm opp prøven ved 37 C i inntil 5 minutter. Hvis utfellingene ikke gjenopptas i oppløsningen, kontroller visuelt at utfellingene ikke er til hinder for overføring av prøven. Merknad: Dersom instruksjonene i trinn 4a 4c ikke følges, kan det føre til væskeutstrømming fra prøverørlokket. Merknad: Inntil 3 separate alikvoter kan testes fra hvert prøverør. Forsøk på å pipettere mer enn 3 alikvoter fra prøverøret kan føre til behandlingsfeil. E. Klargjøring av systemet 1. Sett opp systemet i samsvar med instruksjonene i brukerveiledningen for PANTHER-system (PANTHER System Operator s Manual) og Prosedyremerknader. Påse at det brukes reagensstativer og TCR-adaptere med riktig størrelse. 2. Plasser prøvene. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

34 PANTHER-systemet Prosedyremerknader A. Kontroller 1. For at de skal fungere riktig med APTIMA analyseprogramvare for PANTHER-systemet, er ett par kontroller påkrevd. Rørene med positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC og positiv kontroll, GC / negativ kontroll CT kan plasseres i hvilken som helst stativposisjon eller i hvilket som helst prøveromrekke i PANTHER-systemet. Pipettering av pasientprøver starter når én av følgende to betingelser er oppfylt: a. Et par kontroller blir for øyeblikket behandlet av systemet. b. Gyldige resultater for kontrollene er registrert i systemet. 2. Når kontrollrørene er pipettert og behandles for et bestemt reagenssett, kan pasientprøver kjøres med det tilhørende settet i inntil 24 timer, med mindre: a. Kontrollresultater er ugyldige. b. Det tilhørende analysereagenssettet blir fjernet fra systemet. c. Det tilhørende analysereagenssettet har overskredet stabilitetsgrensene. 3. Hvert APTIMA kontrollrør kan testes én gang. Forsøk på å pipettere mer enn én gang fra røret kan føre til behandlingsfeil. B. Temperatur Romtemperatur defineres som 15 C til 30 C. C. Hanskepudder Som med alle reagenssystemer kan overflødig pudder på enkelte typer hansker føre til kontaminering av åpnede rør. Pudderfrie hansker anbefales. D. Protokoll for laboratoriumskontaminasjonsovervåking for PANTHER-systemet Det er mange laboratoriespesifikke faktorer som kan bidra til kontaminering, deriblant testvolum, arbeidsgang, sykdomsprevalens og ulike laboratorieaktiviteter. Disse faktorene bør tas i betraktning ved fastsettelse av frekvens for kontaminasjonsovervåking. Intervaller for kontaminasjonsovervåking bør fastsettes ut fra laboratoriets praksis og prosedyrer. Ved overvåking av laboratoriekontaminasjon bør følgende prosedyre utføres ved hjelp av APTIMA prøvetakingssett for begge kjønn, med vattpinner for endocervikale vattpinneprøver og mannlige uretrale vattpinneprøver: 1. Merk vattpinnetransportrør med numre som tilsvarer områdene som testes. 2. Fjern vattpinnen for prøvetaking (vattpinne med blå pinne med grønn skrift) fra forpakningen, fukt vattpinnen i vattpinnetransportmedium og gni det aktuelle området med en sirkelbevegelse. 3. Plasser straks vattpinnen i transportrøret. 4. Bryt forsiktig vattpinnens skaft ved innsnittslinjen. Vær forsiktig for å unngå at innholdet plasker. 5. Kork vattpinnetransportrøret godt. 6. Gjenta trinn 2 til 5 for hvert område som skal testes. Hvis resultatene er CT- eller GC-positive eller tvetydige, se Testfortolkning QC pasientresultater. Mer informasjon om PANTHERs systemspesifikke kontaminasjonsovervåkning fås fra Gen-Probes tekniske støtteavdeling. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

35 Testfortolkning QC pasientresultater Testfortolkning QC pasientresultater A. Testfortolkning Analysetestresultater blir automatisk fortolket av APTIMA analyseprogramvare ved hjelp av APTIMA COMBO 2-protokollen og presenteres som individuelle CT- og GCtestresultater. Et testresultat kan være negativt, tvetydig, positivt eller ugyldig, noe som bestemmes av kinetisk type og totale RLU i detekteringstrinnet (se nedenfor). Et testresultat kan være ugyldig grunnet en parameter som ligger utenfor de normale, forventede områdene. Testresultater som er tvetydige og ugyldige etter første test, bør kontrolleres ved å teste prøven på nytt. Total RLU (x 1000) som gir CT-resultat Kinetisk type Negativ Tvetydig Positiv Kun CT 1 til < til < til < 4500 CT og GC 1 til < til < til < 4500 CT ubestemmelig 1 til < til < 4500 I/A Total RLU (x 1000) som gir GC-resultat Kinetisk type Negativ Tvetydig Positiv Kun GC 1 til < til < til < 4500 GC og CT 1 til < til < til < 4500 GC ubestemmelig 1 til < til < 4500 I/A B. Kvalitetskontrollresultater og akseptabilitet Positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC og positiv kontroll, GC / negativ kontroll, CT fungerer som kontroller for trinnene målinnfanging, amplifikasjon og detektering i analysen. I samsvar med retningslinjer eller krav iht. lokale, regionale og/eller nasjonale forskrifter eller akkrediterte organisasjoner kan ytterligere kontroller for cellelysering og RNA-stabilisering være inkludert. Positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC fungerer som en negativ kontroll for GC-testresultatene. Positiv kontroll, GC / negativ kontroll, CT fungerer som en negativ kontroll for CT-testresultatene. Ved behov kan brukeren legge til en dobbel negativ kontroll for å overvåke analysebakgrunnen. Riktig forberedelse av prøver bekreftes visuelt med at det er en enkelt APTIMA vattpinne for prøvetaking i et transportrør for vattpinneprøver, med et endelig urinvolum mellom de svarte fyllestrekene på et urinprøvetransportrør, eller med fravær av en vattpinne i et APTIMA prøveoverføringsrør for prøver i væske-pap. De positive kontrollene må gi følgende testresultater: Kontroll Total RLU (x 1000) CT-resultater GC-resultater Positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC 100 og < 3000 Positiv Negativ Positiv kontroll, GC / negativ kontroll, CT 150 og < 3000 Negativ Positiv 1. APTIMA analyseprogramvare evaluerer kontrollene automatisk ut fra ovennevnte kriterier og vil rapportere kjøringsstatus som PASS (Godkjent) hvis kriteriene for kontrollkjøringen er oppfylt, og som FAIL (Feil) hvis kontrollkriteriene ikke er oppfylt. 2. Hvis kjøringsstatusen er FAIL (Feil), blir alle testresultater i samme kjøring ugyldige og skal ikke rapporteres. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

36 Testfortolkning QC pasientresultater 3. Hvert laboratorium bør implementere relevante kontrollprosedyrer for å oppfylle kravene i CLIA-forskriftene (paragraf ). Merknad: Se Feilsøking eller kontakt Gen-Probe Teknisk support for å få hjelp med kontrollresultater som er utenfor området på DTS-systemer. 4. Ved hjelp av en parameter for TIGRIS DTS-systemet kan hver institusjon spesifisere en kontrollgrupperingsfrekvens som gjør det mulig å plassere flere sett med kontroller i definerte intervaller i arbeidslisten. Hvis denne parameteren er angitt, vil TIGRIS DTS-systemet kreve at et sett med kontroller plasseres etter det definerte antallet prøver i kontrollgruppen. TIGRIS DTS-systemet evaluerer automatisk hver kontroll i arbeidslisten ut fra de ovennevnte kriteriene og vil ugyldiggjøre alle prøver i de(n) berørte kontrollgruppen(e) hvis kontrollkriteriene ikke er oppfylt. Se brukerveiledningen for TIGRIS DTS-systemet (TIGRIS DTS System Operator s Manual) for mer informasjon. 5. Negative kontroller vil kanskje ikke være effektive for overvåking av tilfeldig overføring. Se Analyseytelse med TIGRIS DTS-systemer for resultater fra en analytisk overføringsstudie med høye nivåer av målorganismer, som ble utført for å demonstrere kontroll av overføring på TIGRIS DTS-systemet. Se Analyseytelse med PANTHERsystemet for resultater fra en analytisk overføringsstudie med høye nivåer av målorganisme, som ble utført for å demonstrere kontroll av overføring på PANTHER-systemet. C. Klargjøringskontroll for prøve (valgfritt) Positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC og positiv kontroll, GC / negativ kontroll, CT som leveres i settet, fungerer som kontroller for trinnene målinnfanging, amplifikasjon og detektering i analysen og må inkluderes i hver analysekjøring. Ved behov kan kontroller for cellelysering og RNA-stabilisering i egnede transportmedier (PreservCytoppløsning, STM) testes i samsvar med kravene til relevante akkrediterte organisasjoner eller laboratorienes egne prosedyrer. Kjente positive prøver kan fungere som kontroller ved at de behandles og testes sammen med ukjente prøver. Prøver som brukes som forberedelseskontroller, må lagres, håndteres og testes i samsvar med pakningsvedlegget. Klargjøringskontroller for prøve skal fortolkes på samme måte som beskrevet for pasienttestprøver. Se Testfortolkning QC pasientresultater, Pasienttestresultater. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

37 Testfortolkning QC pasientresultater D. Pasienttestresultater 1. Hvis kontrollene i en kjøring ikke gir forventede resultater, skal ikke testresultater på pasientprøver i samme kjøring rapporteres. 2. Resultater av vattpinneprøver, prøver i PreservCyt væske-pap og urinprøver (Se Merknader nedenfor.) a. Første resultater CT-pos CT-neg CT-ekviv GC-pos. GC-neg GC-ekviv Ugyldig b. Resultater for omtest Positiv for CT rrna. Antatt negativ for CT rrna. Prøven skal testes på nytt. Positiv for GC rrna. Antatt negativ for GC rrna. Prøven skal testes på nytt. Prøven skal testes på nytt. CT-pos CT-neg CT-ekviv GC-pos. GC-neg GC-ekviv Ugyldig Positiv for CT rrna. Antatt negativ for CT rrna. Ubestemmelig, det må tas en ny prøve. Positiv for GC rrna. Antatt negativ for GC rrna. Ubestemmelig, det må tas en ny prøve. Ubestemmelig, det må tas en ny prøve. Merknader: Grundig vurdering av ytelsesdata anbefales for å fortolke resultater av APTIMA COMBO 2-analyser for asymptomatiske personer eller personer i populasjoner med lav forekomst. Det er det første gyldige resultatet for hvert analytt som skal rapporteres. Et negativt resultat utelukker ikke forekomst av CT- eller GC -infeksjon, fordi resultatene er avhengige av korrekt prøvetaking, fravær av inhibitorer og tilstrekkelig rrna til at det skal kunne detekteres. Testresultater kan påvirkes av feil prøvetaking, feil prøvelagring, teknisk feil eller forveksling av prøver. Som med alle metoder uten kulturdyrking, kan ikke en positiv prøve som er tatt fra en pasient etter terapeutisk behandling, fortolkes som å indikere forekomst av viabel CT eller GC. Som med alle urinprøvemetoder, kan ikke et negativt urinprøveresultat for en kvinnelig pasient som man klinisk mistenker kan ha klamydia- eller gonokokkinfeksjon, utelukke forekomst av CT eller GC i urogenital-traktus. I slike tilfeller anbefales testing av en endocervikal prøve. I tillegg har et negativt urinprøveresultat for GC fra en kvinne en lavere negativ prediktiv verdi enn resultat fra en endocervikal vattpinneprøve. Det anbefales å ta en endocervikal prøve av kvinnelige pasienter som man klinisk mistenker kan ha klamydia- eller gonokokkinfeksjon. Hvis det tas både en Pap-prøve og en endocervikal vattpinneprøve, må prøven i PreservCyt væske-pap tas før den endocervikale vattpinneprøven. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

38 Begrensninger Begrensninger A. Denne analysen kan bare brukes av personell som har fått opplæring i prosedyren. Dersom instruksjonene i dette pakningsvedlegget ikke følges, kan det føre til feil resultater. B. Vattpinneprøver ble evaluert i APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemet for interferens fra blod, gynekologiske smøremidler og sæddrepende midler. Urinprøver ble evaluert for interferens fra blod, vanlige vitaminer, mineraler og reseptfrie smertestillende midler. Blodinterferens ble også evaluert på TIGRIS DTS-systemet og PANTHER-systemet. Dataene indikerte ingen analyseinterferens fra disse stoffene. C. Effektene av tampongbruk, utskylling og andre prøvetakingsvariabler er ikke vurdert for innvirkning på detektering av CT eller GC. D. Forekomst av slim i endocervikale prøver har ingen innvirkning på detektering av CT eller GC av APTIMA COMBO 2-analysen. Men for å sikre prøvetaking av celler smittet med CT, bør det tas prøver av sylinderepitelceller som dekker endocervix. Hvis overflødig slim ikke fjernes, er ikke prøvetaking av disse cellene sikret. E. Denne analysen er kun testet med følgende prøvetyper: Endocervikale, vaginale og mannlige uretrale prøver tatt av kliniker Prøver i PreservCyt væske-pap tatt av kliniker Vaginale vattpinneprøver fra pasienter Urinprøver fra kvinnelige og mannlige pasienter Ytelsen med andre typer prøver enn de som er tatt i følgende prøvetakingssett, er ikke vurdert: APTIMA prøvetakingssett for begge kjønn, med vattpinner for endocervikale vattpinneprøver og mannlige uretrale vattpinneprøver APTIMA urinprøvetakingssett for urinprøver fra menn og kvinner APTIMA prøvetakingssett for vaginale vattpinneprøver APTIMA Specimen Transfer Kit (prøveoverføringssett) (til bruk med gynekologiske prøver tatt i PreservCyt-oppløsning) Spesifikt for DTS-systemer PACE prøvetakingssett for mannlige uretrale prøver eller konjunktivalprøver (sammen med APTIMA adaptersett) PACE prøvetakingssett for endocervikale prøver (sammen med APTIMA adaptersett) F. Urinprøver, vaginale vattpinneprøver og prøver i PreservCyt væske-pap er ikke ment som erstatning for livmorhalsundersøkelser eller endocervikale prøver for diagnostisering av urogenital infeksjon hos kvinner. Pasienter kan ha cervicitt, uretritt, urinveisinfeksjoner eller vaginale infeksjoner av andre årsaker eller samtidige infeksjoner fra andre agens. G. APTIMA COMBO 2-analysen skal ikke brukes til evaluering av mistenkt seksuelt overgrep eller andre rettsmedisinske indikasjoner. For pasienter som et falskt positivt resultat kan få negative psykososiale konsekvenser for, anbefaler CDC ny testing (4). H. Pålitelige resultater er avhengig av tilfredsstillende prøvetaking. Siden transportsystemet som brukes for denne analysen, ikke tillater mikroskopisk vurdering av prøvenes nøyaktighet, må klinikere ha opplæring i riktige prøvetakingsteknikker. Se pakningsvedlegget for det relevante GEN-PROBE prøvetakingssettet. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

39 Begrensninger I. Det kan ikke avgjøres med APTIMA COMBO 2-analysen hvorvidt behandling er mislykket eller vellykket, siden det fortsatt kan finnes nukleinsyre etter riktig antimikrobiell behandling. J. Resultater fra APTIMA COMBO 2-analysen skal tolkes i sammenheng med andre laboratoriedata og kliniske data som er tilgjengelige for klinikeren. K. Et negativt resultat utelukker ikke mulig infeksjon, da resultatene er avhengige av korrekt prøvetaking. Testresultater kan påvirkes av feil prøvetaking, teknisk feil, forveksling av prøver eller målnivåer under analysens deteksjonsgrense. L. APTIMA COMBO 2-analysen gir kvalitative resultater. Det er derfor ikke mulig å fastslå noen korrelasjon mellom styrken på et positivt analysesignal og antall organismer i prøven. M. I kliniske studier av vaginale vattpinneprøver, endocervikale vattpinneprøver, mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøver er ytelsesegenskapene for detektering av CT og GC utledet fra populasjoner med høy forekomst. Positive resultater i populasjoner med lav forekomst skal fortolkes forsiktig, med forståelse for at sannsynligheten for et falskt positivt resultat kan være større enn for et sant positivt resultat. N. I kliniske studier av prøver i PreservCyt væske-pap er APTIMA COMBO 2-analysens ytelse for detektering av CT og GC utledet primært fra populasjoner med lav forekomst. Allikevel bør positive resultater i populasjoner med lav forekomst fortolkes forsiktig, med forståelse for at sannsynligheten for et falskt positivt resultat kan være større enn for et sant positivt resultat. O. Ytelsen til APTIMA prøveoverføringssett var ikke evaluert for testing av den samme Papprøven behandlet i PreservCyt flytende medium både før og etter ThinPrep-Pap-behandling. P. Pap-prøver i PreservCyt flytende medium, behandlet med andre instrumenter enn ThinPrep 2000-prosessoren har ikke blitt evaluert til bruk i APTIMA-analyser. Q. Vaginale vattpinneprøver fra pasienter er et alternativ for screening av kvinner når en bekkenundersøkelse ellers ikke er indikert. R. Vaginale vattpinneprøver fra pasienter skal kun brukes på helseinstitusjoner der støtte/ rådgivning er tilgjengelig for å forklare prosedyrer og forholdsregler. S. APTIMA COMBO 2-analysen er ikke validert for bruk med vaginale vattpinneprøver som er tatt av pasienter. T. Ytelsen til vaginale vattpinneprøver er ikke evaluert hos gravide kvinner. U. Ytelsesegenskapene til endocervikale, vaginale og mannlige uretrale vattpinneprøver har mannlige og kvinnelige urinprøver, og Pap-prøver i PreservCyt flytende medium ikke blitt evaluert hos ungdommer på under 16 år. V. Ytelsen til TIGRIS DTS-systemet er ikke fastslått ved høyder over 2240 moh. (7355 fot). Ytterligere volumetriske verifikasjoner og analysespesifikke studier vil bli utført før, eller som en del av, installasjonen og godkjenningsprosessen i laboratorier som ligger på mer enn 2240 moh. (7355 fot). W. Ytelsen til PANTHER-systemet er ikke evaluert ved høyder over 2000 moh. (6561 fot). APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

40 Begrensninger X. Det er ingen ting som tyder på nedbryting av nukleinsyrer i PreservCyt-oppløsning. Hvis en prøve i PreservCyt væske-pap har små mengder CT- og GC-cellemateriale, kan det forekomme ujevn distribusjon av dette cellematerialet. Og sammenlignet med direkte prøvetaking med APTIMA vattpinnetransportmedium, resulterer tilleggsvolumet av PreservCyt-oppløsning i økt fortynning av prøvematerialet. Disse faktorene kan påvirke evnen til å detektere små mengder organismer i prøvematerialet. Hvis negative resultater fra prøven ikke stemmer med det kliniske inntrykket, kan det bli nødvendig å ta en ny prøve. Y. Kunder må selv validere LIS-overføringsprosessen. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

41 Forventede verdier for DTS-systemer Forventede verdier for DTS-systemer Forekomst Forekomsten av CT- og/eller GC-sykdom i pasientpopulasjoner avhenger av risikofaktorer som alder, kjønn, tilstedeværelse av symptomer, typen klinikk og testmetode. Et sammendrag av forekomsten av tre CT- og GC-sykdomsutfall bestemt av APTIMA COMBO 2-analysen vises i tabell 1a, 1b og 1c for tre kliniske flersenterstudier, sortert etter klinisk institusjon og samlet. Forekomst av C. trachomatis- og/eller N. gonorrhoeae-sykdom bestemt av resultater av APTIMA COMBO 2-analysen sortert etter klinisk institusjon Tabell 1a: Endocervikale vattpinneprøver, mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøver Endocervikale og mannlige uretrale vattpinneprøver % Forekomst (antall positive/ antall testet) Urin % Forekomst (antall positive/ antall testet) Institusjon CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ 1 10,0 (39/392) 12,8 (50/392) 14,5 (57/392) 8,4 (33/395) 12,9 (51/395) 13,9 (55/395) 2 7,0 (13/186) 12,9 (24/186) 6,5 (12/186) 5,3 (13/245) 13,9 (34/245) 8,6 (21/245) 3 10,4 (48/462) 22,9 (106/462) 14,3 (66/462) 10,3 (48/465) 20,9 (97/465) 12,7 (59/465) 4 3,3 (9/270) 12,2 (33/270) 7,0 (19/270) 3,3 (9/270) 11,5 (31/270) 6,7 (18/270) 5 1,9 (10/533) 8,4 (45/533) 2,3 (12/533) 2,1 (12/567) 9,4 (53/567) 1,8 (10/567) 6 6,3 (43/678) 12,8 (87/678) 16,2 (110/678) 5,9 (40/681) 10,9 (74/681) 13,5 (92/681) 7 4,4 (11/252) 8,7 (22/252) 21,8 (55/252) 4,1 (12/295) 9,2 (27/295) 18,0 (53/295) Alle 6,2 (173/2773) 13,2 (367/2773) 11,9 (331/2773) 5,7 (167/2918) 12,6 (367/2918) 10,6 (308/2918) Tabell 1b: Vaginale vattpinneprøver fra pasienter og vaginale vattpinneprøver tatt av kliniker Vaginale vattpinneprøver fra pasienter % Forekomst (antall positive/ antall testet) Vaginale vattpinneprøver tatt av kliniker % Forekomst (antall positive/ antall testet) Institusjon CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ 1 1,8 (4/220) 16,4 (36/220) 4,1 (9/220) 3 (7/230) 15,7 (36/230) 3,5 (8/230) 2 9,6 (19/198) 18,7 (37/198) 6,6 (13/198) 9,5 (19/199) 18,1 (36/199) 7 (14/199) 3 0,9 (1/111) 9 (10/111) 2,7 (3/111) 0,9 (1/113) 9,7 (11/113) 1,8 (2/113) 4 0,4 (1/266) 9 (24/266) 1,9 (5/266) 0,4 (1/267) 11,2 (30/267) 2,2 (6/267) 5 0,5 (1/199) 7,5 (15/199) 0,5 (1/199) 0,5 (1/199) 7 (14/199) 0,5 (1/199) 6 2,8 (8/290) 10 (29/290) 5,5 (16/290) 2 (6/296) 12,2 (36/296) 5,4 (16/296) 7 0 (0/102) 11,8 (12/102) 0 (0/102) 0 (0/102) 9,8 (10/102) 0 (0/102) 8 0 (0/48) 8,3 (4/48) 2,1 (1/48) 0 (0/51) 7,8 (4/51) 2 (1/51) Alle 2,4 (34/1434) 11,6 (167/1434) 3,3 (48/1434) 2,4 (35/1457) 12,1 (177/1457) 3,3 (48/1457) APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

42 Forventede verdier for DTS-systemer Tabell 1c: Prøver i PreservCyt væske-pap Institusjon PreservCyt væske-pap % Forekomst (antall positive / antall testet) CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ 1 3,0 (3/100) 13,0 (13/100) 2,0 (2/100) 2 0 (0/124) 3,2 (4/124) 0,8 (1/124) 3 0,4 (2/475) 6,1 (29/475) 0,4 (2/475) 4 0,4 (1/287) 4,2 (12/287) 0 (0/287) 5 0 (0/297) 5,1 (15/297) 1,0 (3/297) 6 0 (0/364) 5,5 (20/364) 0,6 (2/364) ALLE 0,4 (6/1647) 5,6 (93/1647) 0,6 (10/1647) Forekomsten av CT og GC ble beregnet med resultatene av APTIMA COMBO 2- analysen fra prøver i PreservCyt væske-pap. Positive og negative prediktive verdier for hypotetiske forekomstrater i Nord-Amerika De estimerte positive og negative prediktive verdiene (PPV og NPV) for ulike forekomstrater ved bruk av APTIMA COMBO 2-analysen vises i tabell 2 og 3 for henholdsvis CT og GC. Disse beregningene er basert på hypotetisk forekomst og samlet følsomhet og spesifisitet beregnet ut fra pasientinfeksjonsstatus for to kliniske flersenterstudier. Samlet følsomhet og spesifisitet for CT var henholdsvis 96,1 % og 98,0 % (tabell 2). Samlet følsomhet og spesifisitet for GC var henholdsvis 97,8 % og 99,2 % (tabell 3). Faktisk PPV og NPV som ble beregnet ut fra de kliniske dataene, vises i tabell 6a og 10a (vattpinneprøver og urinprøver), tabell 6b og 10b (vaginale vattpinneprøver) og tabell 6c og 10c (prøver i PreservCyt væske-pap). Tabell 2: Hypotetisk PPV og NPV for CT Forekomstrate (%) Følsomhet (%) Spesifisitet (%) Positiv prediktiv verdi (%) Negativ prediktiv verdi (%) Tabell 3: Hypotetisk PPV og NPV for GC Forekomstrate (%) Følsomhet (%) Spesifisitet (%) Positiv prediktiv verdi (%) Negativ prediktiv verdi (%) 1 96,1 98,0 33,1 100,0 1 97,8 99,2 55,3 100,0 2 96,1 98,0 50,0 99,9 2 97,8 99,2 71,4 100,0 5 96,1 98,0 72,0 99,8 5 97,8 99,2 86,6 99, ,1 98,0 84,5 99, ,8 99,2 93,2 99, ,1 98,0 89,6 99, ,8 99,2 95,6 99, ,1 98,0 92,4 99, ,8 99,2 96,8 99, ,1 98,0 94,2 98, ,8 99,2 97,6 99, ,1 98,0 95,4 98, ,8 99,2 98,1 99,0 APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

43 Klinisk ytelse med DTS-systemer Klinisk ytelse med DTS-systemer Se Overensstemmelse for kliniske prøver for TIGRIS DTS-systemet etter avsnittet Analyseytelse med DTS-systemer for kliniske ytelsesegenskaper som er spesifikke for TIGRIS DTS-systemet. Resultater av klinisk studie Ytelsesegenskaper for APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemer ble fastslått i tre kliniske flersenterstudier i Nord-Amerika. Den første kliniske flersenterstudien evaluerte endocervikale og mannlige uretrale vattpinneprøver tatt av kliniker og urinprøver fra 1363 mannlige og 1569 kvinnelige studiedeltakere som var innmeldt ved sju geografisk ulike kliniske institusjoner. Den andre kliniske flersenterstudien evaluerte vaginale vattpinneprøver fra pasienter og vaginale vattpinneprøver tatt av kliniker fra 1464 kvinnelige studiedeltakere som var innmeldt ved åtte geografisk ulike kliniske institusjoner. Den tredje kliniske flersenterstudien evaluerte prøver i PreservCyt væske-pap fra 1647 studiedeltakere som var innmeldt ved seks kliniske institusjoner. Ved ytelsesberegninger basert på symptomstatus ble studiedeltakere klassifisert som symptomatiske hvis symptomer som utflod, dysuri og bekkensmerter ble rapportert av studiedeltakerne. Studiedeltakere ble klassifisert som asymptomatiske hvis de ikke rapporterte symptomer. Klinisk studie av endocervikale vattpinneprøver, mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøver I den kliniske flersenterstudien av endocervikale vattpinneprøver, uretrale vattpinneprøver og urinprøver ble 2932 symptomatiske og asymptomatiske mannlige og kvinnelige studiedeltakere som gikk til klinikker for seksuelt overførte sykdommer, fødeavdelinger/ gynekologiske avdelinger og familieplanleggingsklinikker, innmeldt i studien. Så mange som tre uretrale vattpinneprøver og urinprøver ble tatt fra mannlige studiedeltakere, og fire endocervikale vattpinneprøver og urinprøver ble tatt fra kvinnelige studiedeltakere. For menn som leverte én uretral vattpinneprøve, inkluderte testingen kun GC-kultur. For menn som leverte tre vattpinneprøver, inkluderte testingen GC-kultur, APTIMA COMBO 2-analysen og en kommersielt tilgjengelig NAAT (nukleinsyreamplifikasjonsanalyse) for CT og GC. Testingen av endocervikale vattpinneprøver inkluderte APTIMA COMBO 2-analysen, to kommersielt tilgjengelig NAAT-er (nukleinsyreamplifikasjonsanalyser) for CT, én kommersielt tilgjengelig NAAT (nukleinsyreamplifikasjonsanalyse) for GC, samt GC-kultur. Vattpinneprøven for GC-kultur ble tatt først, og prøvetakingsrekkefølgen for de gjenværende vattpinneprøvene ble rotert for å minimere effekten av bias ved prøvetaking. Urin ble testet med APTIMA COMBO 2-analysen, to kommersielt tilgjengelig NAAT-er (nukleinsyreamplifikasjonsanalyser) for CT og én kommersielt tilgjengelig amplifikasjonsanalyse for GC. De kommersielt tilgjengelig amplifikasjonsanalysene ble brukt som referanseanalyser i denne kliniske studien av APTIMA COMBO 2-analysen. Alle ytelsesberegninger var basert på det totale antallet endocervikale og mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøver fra menn og kvinner for APTIMA COMBO 2-analysen, sammenlignet med en algoritme for pasientinfeksjonsstatus for hvert kjønn. I hver kjønnsspesifikk algoritme ble angivelsen av en pasient som infisert, ikke-infisert eller ubestemt basert på de kombinerte resultatene fra endocervikale og mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøver for referanse-naat-analysen. Studiedeltakerne fikk status som CT-infisert ut fra to positive referanse-naat-resultater med hvilken som helst kombinasjon av vattpinneprøve og urinprøve. Hvis alle referanseanalyseresultater var negative, ble studiedeltakeren klassifisert som ikke-infisert. Hvis det kun var ett positivt resultat, ble studiedeltakerens klassifisert som ubestemt. Studiedeltakerne fikk status som GC-infisert APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

44 Klinisk ytelse med DTS-systemer ut fra en positiv kultur eller positive vattpinneprøve- og urinprøveresultater med referanseamplifikasjonsanalysen. En negativ kultur og et enkelt positivt resultat med referanseamplifikasjonsanalysen gav statusen ubestemt. Hvis alle referanseanalyseresultater var negative, ble studiedeltakeren klassifisert som ikke-infisert. Tabell 7a, 7b, 7c, 8, 11a, 11b, 11c, og 12 oppsummerer frekvensen av testresultatene for de to referanse-naat-ene og APTIMA COMBO 2-analysen for deltakere i den kliniske studien. Resultater av APTIMA COMBO 2-analysen fra endocervikale og mannlige uretrale vattpinneprøver tatt av kliniker og urinprøver fra menn og kvinner ble sammenlignet med algoritmen for pasientinfeksjonsstatus for å finne følsomhet, spesifisitet og prediktive verdier. Totalt testresultater for CT og testresultater for GC ble brukt i dataanalysen. Følsomhet og spesifisitet for CT etter kjønn, prøvetype og symptomstatus vises i tabell 5a. Tabell 6a viser APTIMA COMBO 2-analysens følsomhet, spesifisitet og prediktive verdier for CT sammenlignet med pasientinfeksjonsstatus for hver klinisk institusjon og samlet. Følsomhet og spesifisitet for detektering av GC etter kjønn, prøvetype og symptomstatus vises i tabell 9a. Tabell 10a viser følsomhet, spesifisitet og prediktive verdier for GC for APTIMA COMBO 2-analysen sammenlignet med pasientinfeksjonsstatus for hver klinisk institusjon og samlet. Prøver som var positive med APTIMA COMBO 2-analysen og hadde negativ pasientinfeksjonsstatus (dvs. tilsynelatende falskt positive), ble testet med alternativ GEN-PROBE amplifikasjonsanalyse for CT og GC. Disse analysene amplifiserer CT- og GC-sekvenser som er forskjellige fra de som amplifiseres i APTIMA COMBO 2-analysen. Testingen ble utført på en per prøve-basis (dvs. ikke nødvendigvis på parede vattpinneprøver og urinprøver), og resultatene av de alternative amplifikasjonsanalysene ble ikke brukt for å endre den opprinnelige pasientkategoriseringen (tabell 5a og 9a). Endocervikale vattpinneprøver ble evaluert for virkning av blod på CT- og GC-analyseytelsen. Av de 2454 prøvene som ble evaluert for CT-ytelse, inneholdt 234 (9,5 %) blod. Av de 2829 prøvene som ble evaluert for GC-ytelse, inneholdt 247 (8,7 %) blod. Verken CT- eller GC-analyseytelsen viste noen statistisk forskjell for prøver som inneholdt blod, sammenlignet med prøver som ikke inneholdt blod. Du finner ytterligere data om testing med blod i Interfererende substanser. Ytelsen til analysen med endocervikale vattpinneprøver og urinprøver fra gravide ble vurdert i den kliniske studien. For CT var følsomheten for endocervikale vattpinneprøver og urinprøver henholdsvis 100 % (8/8) og 100 % (8/8). Spesifisiteten for endocervikale vattpinneprøver og urinprøver var henholdsvis 95,8 % (23/24) og 100 % (24/24). For GC var følsomheten for endocervikale vattpinneprøver og urinprøver henholdsvis 100 % (8/8) og 100 % (8/8). Spesifisiteten for endocervikale vattpinneprøver og urinprøver var henholdsvis 100 % (26/26) og 100 % (26/26). Av de testresultatene med APTIMA COMBO 2-analysen fra denne kliniske flersenterstudien var 3 CT-resultater og 9 GC-resultater tvetydige ved gjentatt testing og ble ekskludert fra analysen. Én prøve var ugyldig for både CT- og GC-resultater og ble ekskludert fra studien. Klinisk studie av vaginale vattpinneprøver I den kliniske flersenterstudien av vaginale vattpinneprøver ble 1464 symptomatiske og asymptomatiske kvinnelige studiedeltakere som gikk til klinikker for seksuelt overførte sykdommer, fødeavdelinger/gynekologiske avdelinger og familieplanleggingsklinikker, innmeldt i den kliniske studien. Av de 646 asymptomatiske deltakerne som ble innmeldt i studien, var 2 under 16 år, 158 var i alderen fra 16 til 20 år, 231 var mellom 21 og 25 år, og 255 var over 25 år. Av de 818 symptomatiske deltakerne som ble innmeldt i studien, var 160 i alderen fra 16 til 20 år, 324 var mellom 21 og 25 år, og 334 var over 25 år. Det ble tatt APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

45 Klinisk ytelse med DTS-systemer fem prøver av hver kvalifisert studiedeltaker: én urinprøve, én vaginal vattpinneprøve fra pasient, én vaginal vattpinneprøve tatt av kliniker og to randomiserte endocervikale vattpinneprøver. Resultatene fra APTIMA COMBO 2-analysen ble generert fra de to vaginale vattpinneprøvene, en av de endocervikale vattpinneprøvene og et alikvot av urinprøven. Den andre endocervikale vattpinneprøven og et annet alikvot av urinprøven ble testet med en annen kommersielt tilgjengelig NAAT for CT og en annen kommersielt tilgjengelig NAAT for GC. Endocervikale vattpinneprøver og urinprøver som var testet i APTIMA COMBO 2-analysen og de andre kommersielt tilgjengelige NAAT-ene, ble brukt som referanse-naat-er for å bestemme infeksjonsstatus for hver studiedeltaker i den kliniske studien av vaginale vattpinneprøver. Prøvetestingen ble utført enten ved institusjonen der studiedeltakeren ble innmeldt, eller ved en ekstern testinstitusjon. Alle ytelsesberegninger var basert på det totale antallet resultater for vaginale vattpinneprøver fra pasient og vaginale vattpinneprøver tatt av kliniker for APTIMA COMBO 2-analysen, sammenlignet med en algoritme for pasientinfeksjonsstatus. Totalt 2073 testresultater for vaginale vattpinneprøver for CT og 2073 testresultater for vaginale vattpinneprøver for GC ble brukt i dataanalysen. I algoritmen ble en pasient klassifisert som enten infisert eller ikkeinfisert med CT eller GC basert på resultater fra endocervikale vattpinneprøver og urinprøver fra den kommersielt tilgjengelige APTIMA COMBO 2-analysen og den andre kommersielt tilgjengelige NAAT. Pasienter ble ansett som infisert med CT eller GC hvis to av de fire endocervikale vattpinneprøvene og urinprøvene testet positivt i APTIMA COMBO 2-analysen og de andre referanse-naat (én prøve testet positivt i hver NAAT). Pasienter ble ansett som ikke-infisert hvis mindre enn to referanse-naat-resultater var positive. Tabell 7b og 11b oppsummerer antallet resultater fra symptomatiske og asymptomatiske studiedeltakere klassifisert som infiserte eller ikke-infiserte med henholdsvis CT eller GC, i henhold til algoritmen for pasientinfeksjonsstatus. I denne kliniske studien ble to kommersielt tilgjengelige NAAT-er brukt for å bestemme infeksjonsstatus for GC. Kultur ble ikke brukt som referanse, siden APTIMA COMBO 2-analysen allerede er evaluert mot kultur for andre prøvetyper (se Klinisk studie av endocervikale vattpinneprøver, mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøver for mer informasjon). Følsomhet og spesifisitet for CT etter kjønn, prøvetype og symptomstatus vises i tabell 5b. Tabell 6b viser APTIMA COMBO 2-analysens følsomhet, spesifisitet og prediktive verdier for CT sammenlignet med pasientinfeksjonsstatus for hver klinisk institusjon og samlet. Følsomhet og spesifisitet for detektering av GC etter kjønn, prøvetype og symptomstatus vises i tabell 9b. Tabell 9b viser følsomhet, spesifisitet og prediktive verdier for GC for APTIMA COMBO 2-analysen sammenlignet med pasientinfeksjonsstatus for hver klinisk institusjon og samlet. Prøver som var positive med APTIMA COMBO 2-analysen og hadde negativ pasientinfeksjonsstatus (dvs. tilsynelatende falskt positive), ble testet med alternative TMA-analyser for CT og GC. Disse alternative TMA-analysene har målsekvenser som er unike i forhold til målsekvensene med APTIMA COMBO 2-analysen. Resultatene av de alternative TMA-analysene ble ikke brukt for å endre den opprinnelige pasientkategoriseringen (tabell 5b og 9b). Av de 1464 innmeldte studiedeltakerne var det 13 med ukjent pasientinfeksjonsstatus for CT og 14 med ukjent pasientinfeksjonsstatus for GC. Studiedeltakerne ble klassifisert med ukjent pasientinfeksjonsstatus hvis det ikke var tilstrekkelig med resultater for sikker bestemmelse av infeksjonsstatus. Disse studiedeltakernes resultater ble ikke inkludert i noen ytelsesberegninger. Av de 5782 resultatene av APTIMA COMBO 2-analysen av vaginale vattpinneprøver fra den kliniske flersenterstudien var det en liten prosentandel (28, 0,5 %) av de vaginale vattpinneprøvene som først testet ugyldig eller tvetydig for CT eller GC. Ved gjentatt testing var bare 3 CT-resultater og 2 GC -resultater tvetydige, og disse ble ekskludert fra analysen. Ingen prøver testet ugyldig ved gjentatt testing. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

46 Klinisk ytelse med DTS-systemer Klinisk studie av prøver i PreservCyt væske-pap En prospektiv klinisk flersenterstudie ble utført for å evaluere bruken av PreservCytoppløsningen (en komponent i ThinPrep 2000-systemet) som et alternativt medium for gynekologiske prøver for detektering av CT og GC. Ett tusen seks hundre og førtisju (1647) symptomatiske og asymptomatiske kvinnelige studiedeltakere som gikk til fødeavdelinger/ gynekologiske avdelinger, familieplanleggingsklinikker, offentlige helsesentre, kvinneklinikker og klinikker for seksuelt overførte sykdommer, ble evaluert i den kliniske studien. Av de 1647 tilgjengelige studiedeltakerne var 1288 asymptomatiske, og 359 var symptomatiske. Studiedeltakerne ble innmeldt fra institusjoner med en CT-forekomst fra 3,2 % til 14,0 % og en GC-forekomst fra 0 % til 5,0 %. Det ble tatt to prøver fra hver kvalifiserte studiedeltaker: Én prøve i PreservCyt væske-pap og én endocervikal vattpinneprøve. Pap-prøver i PreservCyt flytende medium ble behandlet i samsvar med brukerveiledningen for ThinPrep 2000-prosessoren og pakningsvedlegget til APTIMA prøveoverføringssett. Prøven i PreservCyt væske-pap ble først behandlet med ThinPrep 2000-prosessoren og ble deretter overført til APTIMA prøveoverføringssett for testing med APTIMA COMBO 2-analysen. Prøvene i PreservCyt væske-pap og de endocervikale vattpinneprøvene ble testet med APTIMA COMBO 2-analysen. Følsomheten og spesifisiteten for prøvene i PreservCyt væske-pap ble beregnet ved å sammenligne resultatene med en algoritme for pasientinfeksjonsstatus. I algoritmen ble en pasient klassifisert som enten infisert eller ikke-infisert med CT eller GC basert på resultater fra endocervikale vattpinneprøver fra to kommersielt tilgjengelige NAAT-er (Tabeller 7c og 11c). For CT inkluderte referanse-naat-ene APTIMA COMBO 2-analysen og APTIMA CT-analysen. For GC inkluderte referanse-naat-ene APTIMA COMBO 2-analysen og APTIMA GC-analysen. Positive resultater fra begge referanse-naat-ene var nødvendig for å fastslå at en pasient var infisert. En pasient ble fastslått som ikke-infisert hvis resultatene fra de to referanse-naat-ene ikke samsvarte eller var negative. Følsomheten og spesifisiteten for CT for prøver i PreservCyt væske-pap som ble testet i APTIMA COMBO 2-analysen, vises i tabell 5c, etter symptomstatus og samlet. For CT var den samlede følsomheten 96,7 % (87/90). For symptomatiske og asymptomatiske studiedeltakere var følsomheten henholdsvis 96,7 % (29/30) og 96,7 % (58/60). Samlet spesifisitet for CT for prøver i PreservCyt væske-pap var 99,2 % (1545/1557). For symptomatiske og asymptomatiske studiedeltakere var spesifisiteten henholdsvis 98,5 % (324/329) og 99,4 % (1221/1228). Tabell 6c viser APTIMA COMBO 2-analysens følsomhetsog spesifisitetsverdier for CT for prøver i PreserveCyt væske-pap etter klinisk institusjon og samlet. For CT varierte følsomheten fra 92,9 % til 100 %. Spesifisiteten varierte fra 97,7 % til 100 %. Følsomheten og spesifisiteten for GC for prøver i PreservCyt væske-pap som ble testet i APTIMA COMBO 2-analysen, vises i tabell 9c, etter symptomstatus og samlet. For GC var den samlede følsomheten 92,3 % (12/13). For symptomatiske og asymptomatiske studiedeltakere var følsomheten henholdsvis 100 % (7/7) og 83,3 % (5/6). Samlet spesifisitet for GC for prøver i PreservCyt væske-pap var 99,8 % (1630/1634). For symptomatiske og asymptomatiske studiedeltakere var spesifisiteten henholdsvis 100 % (352/352) og 99,7 % (1278/1282). Tabell 10c viser APTIMA COMBO 2-analysens følsomhets- og spesifisitetsverdier for GC for prøver i PreserveCyt væske-pap etter klinisk institusjon og samlet. For GC varierte følsomheten fra 80,0 % til 100 %. Spesifisiteten varierte fra 99,0 % til 100 %. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

47 Klinisk ytelse med DTS-systemer Distribusjonen av cervikalt prøvetakingsutstyr som ble brukt i denne kliniske studien ut fra klinisk institusjon, vises i tabell 4. Tabell 4: Sammendrag av cervikalt prøvetakingsutstyr som ble brukt i studien av prøver i PreservCyt væske-pap Klinisk prøvetakingsinstitusjon Cervikalprøveutstyr Totalt Spatel/Cytobrush Kosttypeanordning Ytelsestabeller for Chlamydia trachomatis Følsomhet og spesifisitet for C. trachomatis Tabell 5a: Prøver med APTIMA COMBO 2-analysen vs. pasientinfeksjonsstatus Mann Prøve Vattpinneprøve Urin Symptomer Status N TP FP 4 TN FN Følsomhet (95 % KI) Spesifisitet (95 % KI) Sympt a ,4 % (92,8 98,6) 96,9 % (94,9 98,2) Asympt b ,6 % (86,7 98,5) 98,4 % (96,3 99,5) Alle c ,9 % (92,9 98,0) 97,5 % (96,1 98,5) Sympt d ,5 % (95,7 99,7) 98,4 % (96,8 99,3) Asympt e ,3 % (89,4 99,2) 98,8 % (96,8 99,7) Alle f ,9 % (95,4 99,2) 98,5 % (97,4 99,2) Kvinne Totalt Vattpinneprøve Urin Vattpinneprøve Urin Sympt g ,4 % (86,7 96,1) 96,7 % (95,1 97,9) Asympt h ,4 % (91,3 100) 98,8 % (97,4 99,6) Alle i ,2 % (90,1 97,0) 97,6 % (96,6 98,4) Sympt j ,8 % (88,5 97,1) 98,8 % (97,7 99,5) Asympt k ,8 % (88,8 99,6) 99,0 % (97,7 99,7) Alle l ,7 % (90,7 97,3) 98,9 % (98,1 99,4) Sympt m ,7 % (91,8 96,8) 96,8 % (95,6 97,7) Asympt n ,3 % (91,6 98,8) 98,7 % (97,6 99,3) Alle o ,2 % (92,9 96,9) 97,6 % (96,8 98,2) Sympt p ,5 % (94,0 98,2) 98,6 % (97,8 99,2) Asympt q ,5 % (92,0 98,8) 98,9 % (97,9 99,5) Alle r ,5 % (94,5 98,0) 98,7 % (98,2 99,2) TP = sanne positive, FP = falskt positive, TN = sanne negative, FN = falskt negative. 1 Inkluderer 1 mannlig studiedeltaker som det ikke ble rapportert symptomer for. 2 Inkluderer 1 kvinnelig studiedeltaker som det ikke ble rapportert symptomer for. 3 Inkluderer 1 mannlig og 1 kvinnelig studiedeltaker som det ikke ble rapportert symptomer for. 4 Alternative TMA-resultater for CT representerer antall positive resultater/antall prøver som ble testet: a: 11/14, b: 3/5, c: 14/19, d: 4/8, e: 0/4, f: 4/12, g: 18/22, h: 4/6, i: 22/28, j: 2/8, k: 1/5, l: 3/13, m: 29/36, n: 7/11, o: 36/47, p: 6/16, q: 1/9, og r: 7/25. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

48 Klinisk ytelse med DTS-systemer Tabell 5b: Vaginale vattpinneprøver med APTIMA COMBO 2-analysen vs. pasientinfeksjonsstatus Prøver fra pasient Prøver tatt av kliniker Prøve Symptomstatus N TP FP 1 TN FN Vaginale vattpinneprøver Vaginale vattpinneprøver Følsomhet (95 % KI) Spesifisitet (95 % KI) Asympt a ,4 % (91,2 100) 96,8 % (95,0 98,1) Sympt b ,5 % (91,3 99,0) 96,4 % (94,7 97,7) Asympt c ,7 % (88,7 99,6) 97,2 % (95,5 98,4) Alle d ,6 % (92,7 98,7) 96,8 % (95,6 97,7) TP = sanne positive, FP = falskt positive, TN = sanne negative, FN = falskt negative. 1 Alternative TMA-amplifikasjonsresultater for CT representerer antall positive resultater/antall prøver som ble testet: a: 15/18, b: 17/25, c: 15/16, og d: 32/41. Tabell 5c: PreservCyt-prøver med APTIMA COMBO 2-analysen vs. pasientinfeksjonsstatus Symptom Status Asympt AC2/CT-resultat med PreservCyt +/+ +/- -/+ -/- Følsomhet (95 % KI) Spesifisitet (95 % KI) Positiv Negativ Totalt ,7 % (88,5-99,6) 99,4 % (98,8-99,8) Sympt Alle Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt ,7 % (82,8-99,9) 98,5 % (96,5-99,5) 96,7 % (90,6-99,3) 99,2 % (98,7-99,6) +/+ = Positive resultater for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Positive resultater for endocervikale vattpinneprøver i ACT-analysen. +/- = Positive resultater for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Negative resultater for endocervikale vattpinneprøver i ACT-analysen. -/+ = Negative resultater for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Positive resultater for endocervikale vattpinneprøver i ACT-analysen. -/- = Negative resultater for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Negative resultater for endocervikale vattpinneprøver i ACT-analysen. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

49 Klinisk ytelse med DTS-systemer Ytelse for C. trachomatis etter klinisk institusjon Tabell 6a: Prøve i APTIMA COMBO 2-analysen vs. Pasientens infeksjonsstatus Mann Prøve Institusjon N TP FP TN FN Forekomst (%) Urin Følsomhet (95% KI) Spesifisitet (95% KI) ,9 97,2 % (85,5 99,9) 95,0 % (89,5 98,2) 85,4 99, ,4 100 % (82,4 100) 97,3 % (90,6 99,7) 90, ,5 97,4 % (91,0 99,7) 97,1 % (93,3 99,0) 93,8 98, ,5 100 % (73,5 100) 97,4 % (86,5 99,9) 92, ,1 96,0 % (79,6 99,9) 100 % (96,8 100) , ,4 93,7 % (85,8 97,9) 97,8 % (95,3 99,2) 92,5 98, ,0* 90,9 % (70,8 98,9) 100 % (29,2 100) ,0 ALLE ,4 95,9 % (92,9 98,0) 97,5 % (96,1 98,5) 92,9 98, ,9 97,2 % (85,5 99,9) 95,0 % (89,5 98,2) 85,4 99, ,9 100 % (84,6 100) 98,6 % (92,7 100) 95, ,3 100 % (95,4 100) 100 % (95,8 99,9) 97, ,5 100 % (73,5 100) 98,8 % (91,0 100) ,1 100 % (88,8 100) 98,5 % (94,6 99,8) 93, ,4 93,7 % (85,8 97,9) 99,6 % (98,0 100) 98,7 98, ,9* 100 % (85,8 100) 100 % (29,2 100) ALLE ,8 97,9 % (95,4 99,2) 98,5 % (97,4 99,2) 95,8 99,3 PPV (%) NPV (%) Kvinne Vattpinneprøve Vattpinneprøve Urin ,0 94,4 % (81,3 99,3) 96,5 % (91,3 99,0) 89,5 98, ,8 91,7 % (61,5 99,8) 98,6 % (92,2 100) 91,7 98, ,0 89,5 % (78,5 96,0) 89,8 % (83,1 94,4) 79,7 95, ,8 100 % (87,2 100) 98,8 % (95,8 99,9) 93, ,6 96,4 % (81,7 99,9) 99,7 % (98,4 100) 96,4 99, ,5 94,6 % (81,8 99,3) 97,0 % (94,0 98,8) 83,3 99, ,5 100 % (69,2 100) 100 % (97,1 100) ALLE ,9 94,2 % (90,1 97,0) 97,6 % (96,6 98,4) 87,4 99, ,0 94,4 % (81,3 99,3) 96,5 % (91,3 99,0) 89,5 98, ,8 100 % (73,5 100) 98,6 % (92,2 100) 92, ,8 94,7 % (85,4 98,9) 97,7 % (93,3 99,5) 94,7 97, ,8 88,9 % (70,8 97,6) 98,8 % (95,8 99,9) 92,3 98, ,9 96,6 % (82,2 99,9) 99,4 % (97,9 99,9) 93,3 99, ,4 94,6 % (81,8 99,3) 99,6 % (97,7 100) 97,2 99, ,5 100 % (69,2 100) 100 % (97,1 100) ALLE ,0 94,7 % (90,7 97,3) 98,9 % (98,1 99,4) 93,8 99,1 TP = sanne positive, FP = falskt positive, TN = sanne negative, FN = falskt negative. * Forekomst overestimert fordi første prøvetaking var begrenset til screening for symptomatiske studiedeltakere. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

50 Klinisk ytelse med DTS-systemer Tabell 6b: Vaginale vattpinneprøver med APTIMA COMBO 2-analysen vs. pasientinfeksjonsstatus Prøver fra pasient Prøve Institusjon N TP FP TN FN Forekomst (%) Vaginale vattpinneprøver Følsomhet (95 % KI) Spesifisitet (95 % KI) ,0 100 % (76,8 100) 94,6 % (85,1 98,9) 82, ,9 100 % (75,3 100) 90,6 % (75,0 98,0) 81, ,9 100 % (39,8 100) 95,1 % (83,5 99,4) 66, ,6 85,7 % (42,1 99,6) 99,7 % (94,1 99,6) 66,7 99, ,4 100 % (59,0 100) 97,6 % (93,0 99,5) 70, ,7 100 % (63,1 100) 97,0 % (89,6 99,6) 80, ,4 100 % (47,8 100) 98,4 % (91,5 100) 83, ,0 100 % (29,2 100) 97,5 % (86,8 99,9) 75,0 100 ALLE ,7 98,4 % (91,2 100) 96,8 % (95,0 98,1) 76,9 99,8 PPV (%) NPV (%) Prøver tatt av kliniker Vaginale vattpinneprøver ,9 94,4 % (81,3 99,3) 95,3 % (91,2 97,8) 79,1 98, ,5 96,2 % (86,8 99,5) 96,5 % (92,1 98,9) 90,9 98, ,0 100 % (66,4 100) 97,1 % (91,8 99,4) 75, ,6 95,0 % (75,1 99,9) 95,5 % (92,0 97,7) 63,3 99, ,5 100 % (75,3 100) 98,9 % (96,2 99,9) 86, ,1 100 % (89,4 100) 96,6 % (93,6 98,4) 78, ,8 90,0 % (55,5 99,7) 98,9 % (94,1 100) 90,0 98, ,0 100 % (29,2 100) 97,9 % (88,7 99,9) 75,0 100 ALLE ,2 96,6 % (92,7 98,7) 96,8 % (95,6 97,7) 80,6 99,5 TP = sanne positive, FP = falskt positive, TN = sanne negative, FN = falskt negative. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

51 Klinisk ytelse med DTS-systemer Tabell 6c: PreservCyt-prøver med APTIMA COMBO 2-analysen vs. pasientinfeksjonsstatus Institusjon Alle AC2/CT-resultat med PreservCyt +/+ +/- -/+ -/- Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Forekomst (%) Følsomhet (95 % Kl) Spesifisitet (95 % Kl) PPV (%) NPV (%) 14,0 100 % (76,8-100) 97,7 % (91,9-99,7) 87, ,2 100 % (39,8-100) 100 % (97,0-100) ,5 93,5 % (78,6-99,2) 99,5 % (98,4-99,9) 93,5 99,5 2,8 100 % (63,1-100) 98,2 % (95,9-99,4) 61, ,7 92,9 % (66,1-99,8) 99,3 % (97,5-99,9) 86,7 99,6 5,2 100 % (82,4-100) 99,7 % (98,4-100) 95, ,5 96,7 % (90,6-99,3) 99,2 % (98,7-99,6) 87,9 99,8 +/+ = Positive resultater for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Positive resultater for endocervikale vattpinneprøver i ACT-analysen. +/- = Positive resultater for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Negative resultater for endocervikale vattpinneprøver i ACT-analysen. -/+ = Negative resultater for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Positive resultater for endocervikale vattpinneprøver i ACT-analysen. -/- = Negative resultater for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Negative resultater for endocervikale vattpinneprøver i ACT-analysen. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

52 Klinisk ytelse med DTS-systemer Chlamydia trachomatis Analyse i forhold til infeksjonsstatus for kvinnelige pasienter Tabell 7a: Endocervikale vattpinneprøver og urinprøver Pasientens infeksjonsstatus APTIMA COMBO 2- NAAT 1 NAAT 2 Symptomstatus analyse FU FS FU FS FU FS Sympt Asympt Infisert IA IA Infisert IA + IA Infisert IA Infisert - + IA Infisert Infisert Infisert Infisert Infisert + IA Infisert + - IA Infisert Infisert Infisert Infisert Infisert Infisert + + IA Infisert IA Infisert Infisert IA Infisert Infisert Infisert Infisert IA 1 0 Infisert Ikke-infisert IA Ikke-infisert IA 2 1 Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Totalt FU = Urin fra kvinner, FS = Endocervikale vattpinneprøver fra kvinner. IA representerer prøver som ikke kunne tas eller ikke var tilgjengelige for testing. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

53 Klinisk ytelse med DTS-systemer Tabell 7b: Vaginale vattpinneprøver fra pasienter og vaginale vattpinneprøver tatt av kliniker NAAT 2 (APTIMA COMBO 2) APTIMA COMBO 2-analyse Pasientens infeksjonsstatus NAAT 1 Symptomstatus FS FU FS FU PVS CVS Symp Asymp Totalt Infisert Infisert Infisert Infisert IA Infisert Infisert Infisert IA Infisert + = Infisert Infisert Infisert Infisert - IA Infisert Infisert Infisert Infisert Infisert Infisert Infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert IA Ikke-infisert IA Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert IA Ikke-infisert = Ikke-infisert IA Ikke-infisert IA Ikke-infisert IA IA Ikke-infisert IA = Ikke-infisert = Ikke-infisert - IA Ikke-infisert - IA - - IA Ikke-infisert - = Ikke-infisert - = IA Ikke-infisert = APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

54 Klinisk ytelse med DTS-systemer Tabell 7b: Vaginale vattpinneprøver fra pasienter og vaginale vattpinneprøver tatt av kliniker Pasientens infeksjonsstatus Ikke-infisert IA Ikke-infisert - - IA Ikke-infisert - - = Ikke-infisert - - = Totalt FS = Endocervikale vattpinneprøver fra kvinner, FU = Urin fra kvinner, PVS = Vaginale vattpinneprøver fra asymptomatiske pasienter, CVS = Vaginale vattpinneprøver tatt av kliniker. IA representerer prøver som ikke kunne tas eller ikke var tilgjengelige for testing. Likhetstegnet (=) representerer tvetydig ved gjentatt testing. Tabell 7c: Klinisk studie av prøver i PreservCyt væske-pap Pasientinfeksjonsstatus for C. trachomatis Pasientens infeksjonsstatus NAAT 1 NAAT 2 (APTIMA COMBO 2) APTIMA COMBO 2-analyse Resultat av endocervikale Symptomstatus vattpinneprøver AC2 ACT Symp Asymp Infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Totalt Symptomstatus FS FU FS FU PVS CVS Symp Asymp Totalt C. trachomatis-analyse for pasientinfeksjonsstatus for menn Tabell 8: C. trachomatis-analyse av uretrale vattpinneprøver og urinprøver for pasientinfeksjonsstatus for menn Pasientens infeksjonsstatus NAAT 1 NAAT 2 APTIMA COMBO 2- analyse Symptomstatus MU MS MU MU MS Sympt Asympt Infisert IA Infisert Infisert + IA + + IA 4 6 Infisert + IA Infisert + IA Infisert Infisert Infisert + + IA Infisert + + IA Infisert Infisert Infisert Infisert IA 1 0 Infisert Infisert Ikke-infisert IA Ikke-infisert IA 13 8 Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Totalt MU = Urin fra menn, MS = Mannlige uretrale vattpinneprøver. IA representerer prøver som ikke kunne tas eller ikke var tilgjengelige for testing. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

55 Klinisk ytelse med DTS-systemer Ytelsestabeller for Neisseria gonorrhoeae Følsomhet og spesifisitet for N. gonorrhoeae Tabell 9a: Prøver med APTIMA COMBO 2-analysen vs. pasientinfeksjonsstatus Mann Prøve Symptomer N TP FP 4 TN FN Vattpinneprøve Urin Følsomhet (95 % KI) Spesifisitet (95 % KI) Sympt a ,0 % (97,2 99,8) 98,8 % (97,2 99,6) Asympt b % (78,2 100) 96,7 % (94,3 98,3) Alle c ,1 % (97,3 99,8) 97,8 % (96,5 98,7) Sympt d ,4 % (96,3 99,5) 99,8 % (98,7 100) Asympt e % (75,3 100) 99,5 % (98,1 99,9) Alle f ,5 % (96,5 99,5) 99,6 % (98,9 99,9) Kvinne Totalt Vattpinneprøve Urin Vattpinneprøve Urin Sympt g % (96,2 100) 98,1 % (96,9 98,9) Asympt h ,9 % (83,8 99,9) 99,6 % (98,7 100) Alle i ,2 % (95,7 100) 98,7 % (98,0 99,3) Sympt j ,6 % (85,3 97,0) 99,1 % (98,2 99,6) Asympt k ,5 % (71,0 96,5) 99,5 % (98,5 99,9) Alle l ,3 % (85,0 95,6) 99,3 % (98,6 99,6) Sympt m ,3 % (97,8 99,8) 98,3 % (97,4 99,0) Asympt n ,9 % (88,7 99,9) 98,5 % (97,5 99,2) Alle o ,1 % (97,7 99,8) 98,4 % (97,8 98,9) Sympt p ,1 % (94,9 98,5) 99,3 % (98,7 99,7) Asympt q ,1 % (78,8 97,5) 99,5 % (98,8 99,8) Alle r ,5 % (94,4 98,0) 99,4 % (99,0 99,7) TP = sanne positive, FP = falskt positive, TN = sanne negative, FN = falskt negative. 1 Inkluderer 1 mannlig studiedeltaker som det ikke ble rapportert symptomer for. 2 Inkluderer 1 kvinne som det ikke ble rapportert symptomer for. 3 Inkluderer 1 mann og 1 kvinne som det ikke ble rapportert symptomer for. 4 Alternative TMA-resultater for GC representerer antall positive resultater/antall prøver som ble testet: a: 5/5, b: 12/12, c: 17/17, d: 0/1, e: 2/2, f: 2/3, g: 13/15, h: 2/2, i: 15/17, j: 4/7, k: 0/2, l: 4/9, m: 18/20, n: 14/14, o: 32/34, p: 4/8, q: 2/4, og r: 6/12. Tabell 9b: Vaginale vattpinneprøver med APTIMA COMBO 2-analysen vs. pasientinfeksjonsstatus Prøver fra pasient Prøver tatt av kliniker Prøve Vaginale vattpinneprøver Vaginale vattpinneprøver Symptom Status N TP FP 1 TN FN Følsomhet (95 % KI) Spesifisitet (95 % KI) Asympt a % (83,9 100) 99,5 % (98,6 99,9) Sympt b ,2 % (87,0 99,5) 99,1 % (98,1 99,6) Asympt c ,5 % (77,2 99,9) 99,3 % (98,3 99,8) Alle d ,0 % (88,8 99,2) 99,2 % (98,6 99,6) TP = sanne positive, FP = falskt positive, TN = sanne negative, FN = falskt negative. 1 Alternative TMA-amplifikasjonsresultater for GC representerer antall positive resultater/antall prøver som ble testet: a: 3/3, b: 6/7, c: 3/4, og d: 9/11. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

56 Klinisk ytelse med DTS-systemer Tabell 9c: PreservCyt-prøver med APTIMA COMBO 2-analysen vs. pasientinfeksjonsstatus Symptom Status Asympt Sympt Alle AC2/GC-resultat med PreservCyt +/+ +/- -/+ -/- Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Følsomhet (95 % KI) Spesifisitet (95 % KI) 83,3 % (35,9-99,6) 99,7 % (99,2-99,9) 100 % (59,0-100) 100 % (99,0-100) 92,3 % (64,0-99,8) 99,8 % (99,4-99,9) 1 Én prøve hadde et avvikende resultat: Tvetydig resultat for endocervikale vattpinneprøver i APTIMA COMBO 2- analysen/positivt resultat for endocervikale vattpinneprøver i APTIMA GC-analysen. +/+ = Positivt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Positivt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AGC-analysen. +/- = Positivt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Negativt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AGC-analysen. -/+ = Negativt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Positivt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AGC-analysen. -/- = Negativt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Negativt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AGC-analysen. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

57 Klinisk ytelse med DTS-systemer Ytelse for Neisseria gonorrhoeae etter klinisk institusjon Tabell 10a: Prøver med APTIMA COMBO 2-analysen vs. pasientinfeksjonsstatus Mann Prøve Institusjon N TP FP TN FN Forekomst (%) Urin Følsomhet (95 % KI) Spesifisitet (95 % KI) ,8 98,2 % (90,6 100) 99,0 % (94,7 100) 98,2 99, ,4 100 % (75,3 100) 100 % (95,7 100) ,9 100 % (94,9 100) 96,9 % (93,4 98,9) 92, ,7 100 % (83,2 100) 100 % (89,4 100) ,6 100 % (73,5 100) 100 % (97,1 100) ,3 98,9 % (94,3 100) 95,9 % (92,5 98,0) 90,4 99, ,2* 98,1 % (90,1 100) 100 % (2,5 100) ,0 ALLE ,2 99,1 % (97,3 99,8) 97,8 % (96,5 98,7) 94,9 99, ,0 98,3 % (90,8 100) 100 % (96,5 100) , ,3 100 % (82,4 100) 100 % (95,8 100) ,8 100 % (94,9 100) 99,0 % (96,3 99,9) 97, ,7 100 % (83,2 100) 100 % (89,4 100) ,8 100 % (76,8 100) 100 % (97,5 100) ,8 95,7 % (89,4 98,8) 99,6 % (97,7 100) 98,9 98, ,4* 100 % (93,4 100) 100 % (15,8 100) ALLE ,0 98,5 % (96,5 99,5) 99,6 % (98,9 99,9) 99,1 99,4 PPV (%) NPV (%) Kvinne Vattpinneprøve Vattpinneprøve Urin ,3 100 % (88,4 100) 98,8 % (95,7 99,9) 93, ,0 90,0 % (55,5 99,7) 98,6 % (92,6 100) 90,0 98, ,2 100 % (88,8 100) 98,8 % (95,6 99,8) 93, ,3 100 % (59,0 100) 100 % (98,2 100) ,1 100 % (63,1 100) 99,7 % (98,5 100) 88, ,9 100 % (90,3 100) 96,7 % (93,6 98,6) 81, ,7 100 % (47,8 100) 97,7 % (93,4 99,5) 62,5 100 ALLE ,6 99,2 % (95,7 100) 98,7 % (98,0 99,3) 88,1 99, ,3 80,0 % (61,4 92,3) 98,8 % (95,7 99,9) 92,3 96, ,0 90,0 % (55,5 99,7) 98,6 % (92,6 100) 90,0 98, ,2 96,8 % (83,3 99,9) 98,8 % (95,6 99,8) 93,8 99, ,3 71,4 % (29,0 96,3) 99,0 % (96,6 99,9) 71,4 99, ,1 100 % (63,1 100) 100 % (99,0 100) ,8 97,2 % (85,5 99,9) 99,2 % (97,1 99,9) 94,6 99, ,7 100 % (47,8 100) 99,2 % (95,8 100) 83,3 100 ALLE ,6 91,3 % (85,0 95,6) 99,3 % (98,6 99,6) 92,1 99,2 TP = sanne positive, FP = falskt positive, TN = sanne negative, FN = falskt negative. * Forekomst overestimert fordi første prøvetaking var begrenset til screening for symptomatiske studiedeltakere. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

58 Klinisk ytelse med DTS-systemer Tabell 10b: Vaginale vattpinneprøver i APTIMA COMBO 2-analysen vs. Pasientens infeksjonsstatus Prøver fra pasient Prøve Institusjon N TP FP TN FN Forekomst (%) Vaginale vattpinneprøver Følsomhet (95 % KI) Spesifisitet (95 % KI) ,1 100 % (47,8-100) 98,5 % (91,7-100) 83, ,2 100 % (59,0-100) 100 % (91,0-100) ,4 100 % (15,8-100) 100 % (91,8-100) ,7 100 % (2,5-100) 100 % (97,6-100) ,8 100 % (2,5-100) 100 % (97,2-100) ,7 100 % (47,8-100) 97,1 % (90,1-99,7) 71, ,0 I/A 100 % (94,7-100) I/A ,0 I/A 100 % (91,8-100) I/A 100 ALLE ,3 100 % (83,9-100) 99,5 % (98,6-99,9) 87,5 100 PPV (%) NPV (%) Prøver tatt av kliniker Vaginale vattpinneprøver ,3 100 % (73,5-100) 98,6 % (96,0-99,7) 80, ,8 100 % (88,8-100) 98,8 % (95,7-99,9) 93, ,5 75,0 % (19,4-99,4) 100 % (96,7-100) , ,9 100 % (47,8-100) 99,2 % (97,2-99,9) 71, ,0 100 % (15,8-100) 100 % (98,1-100) ,8 90,0 % (68,3-98,8) 98,6 % (96,3-99,6) 81,8 99, ,0 I/A 100 % (96,4-100) I/A ,0 100 % (2,5-100) 100 % (92,7-100) ALLE ,2 96,0 % (88,8-99,2) 99,2 % (98,6-99,6) 86,7 99,8 TP = sanne positive, FP = falskt positive, TN = sanne negative, FN = falskt negative. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

59 Klinisk ytelse med DTS-systemer Tabell 10c: PreservCyt-prøver med APTIMA COMBO 2-analysen vs. pasientinfeksjonsstatus Institusjon Alle AC2/GC-resultat med PreservCyt +/+ +/- -/+ -/- Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Positiv Negativ Totalt Forekomst (%) Følsomhet (95 % KI) Spesifisitet (95 % KI) PPV (%) NPV (%) 5,0 100 % (47,8-100) 100 % (96,2-100) ,8 100 % (2,5-100) 100 % (97,0-100) ,1 80,0 % (28,4-99,5) 100 % (99,2-100) ,8 0,3 100 % (2,5-100) 100 % (98,7-100) ,0 I/A 99,0 % (97,1-99,8) 0, ,3 100 % (2,5-100) 99,7 % (98,5-100) 50, ,8 92,3 % (64,0-99,8) 99,8 % (99,4-99,9) 75,0 99,9 1 Én prøve hadde et avvikende resultat: Tvetydig resultat for endocervikale vattpinneprøver i APTIMA COMBO 2-analysen/ Positivt resultat for endocervikale vattpinneprøver i APTIMA GC-analysen. +/+ = Positivt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Positivt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AGC-analysen. +/- = Positivt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Negativt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AGC-analysen. -/+ = Negativt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Positivt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AGC-analysen. -/- = Negativt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AC2-analysen / Negativt resultat for endocervikale vattpinneprøver i AGC-analysen. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

60 Klinisk ytelse med DTS-systemer Neisseria gonorrhoeae Analyse i forhold til infeksjonsstatus for kvinnelige pasienter Tabell 11a: Endocervikale vattpinneprøver og urinprøver Pasientens infeksjonsstatus APTIMA COMBO NAAT Kultur Symptomstatus 2-analyse FU FS FS FU FS Symp Asymp Infisert IA Infisert Infisert Infisert Infisert + IA Infisert Infisert + + IA Infisert Infisert Infisert Ikke-infisert IA 2 3 Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Totalt FU = Urin fra kvinner, FS = Endocervikale vattpinneprøver fra kvinner. IA representerer prøver som ikke kunne tas eller ikke var tilgjengelige for testing. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

61 Klinisk ytelse med DTS-systemer Tabell 11b: Analyse av vaginale vattpinneprøver fra pasienter og vaginale vattpinneprøver tatt av kliniker Pasientens infeksjonsstatus APTIMA COMBO NAAT 1 NAAT 2 Symptomstatus 2-analyse FS FU FS FU PVS CVS Sympt Asympt Totalt Infisert Infisert Infisert IA Infisert Infisert + IA Infisert Infisert Infisert Infisert Infisert Infisert Infisert Infisert Infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert IA Ikke-infisert = Ikke-infisert IA Ikke-infisert IA IA Ikke-infisert - IA Ikke-infisert - IA - - IA Ikke-infisert - = Ikke-infisert - = IA Ikke-infisert = Ikke-infisert IA Ikke-infisert - - IA Ikke-infisert - - = Totalt FS = Endocervikale vattpinneprøver fra kvinner, FU = Urin fra kvinner, PVS = Vaginale vattpinneprøver fra asymptomatiske pasienter, CVS = Vaginale vattpinneprøver tatt av kliniker, IA representerer prøver som ikke kunne tas eller ikke var tilgjengelige for testing. Likhetstegnet (=) representerer tvetydig ved gjentatt testing. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

62 Klinisk ytelse med DTS-systemer N. gonorrhoeae Analyse i forhold til infeksjonsstatus for kvinnelige pasienter Tabell 11c: Klinisk studie av prøver i PreservCyt væske-pap Pasientinfeksjonsstatus for N. gonorrhoeae Pasientens infeksjonsstatus Resultat av endocervikale Symptomstatus vattpinneprøver AC2 AGC Symp Asymp Infisert Ikke-infisert = Ikke-infisert Ikke-infisert Totalt N. gonorrhoeae Analyse i forhold til infeksjonsstatus for mannlige pasienter Tabell 12: Uretrale vattpinneprøver og urinprøver Pasientens infeksjonsstatus APTIMA COMBO NAAT 1 Kultur Symptomstatus 2-analyse MU MS MS MU MS Symp Asymp Infisert IA Infisert - IA + IA Infisert - IA Infisert Infisert Infisert + IA + IA Infisert + IA + + IA 8 0 Infisert + IA Infisert + IA Infisert Infisert + + IA Infisert Infisert Infisert Infisert IA 1 0 Infisert Ikke-infisert IA Ikke-infisert IA Ikke-infisert IA 17 9 Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Ikke-infisert Totalt MU = Urin fra menn, MS = Mannlige uretrale vattpinneprøver, IA = prøver som ikke kunne tas eller ikke var tilgjengelige for testing. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

63 Klinisk ytelse med DTS-systemer RLU-distribusjon av APTIMA-kontroller Distribusjonen av RLU-er for APTIMA positiv kontroll, GC / negativ kontroll, CT og APTIMA positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC fra alle APTIMA COMBO 2-analysekjøringer som ble utført under de kliniske studiene av prøver, vises i tabell 13. Tabell 13: Distribusjon av total RLU for APTIMA COMBO 2-analysekontroller Kontroll Positiv kontroll, CT / negativ kontroll, GC Positiv kontroll, GC / negativ kontroll, CT Statistikk Klinisk studie av endocervikale vattpinneprøver, mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøver Total RLU (x1000) Klinisk studie av vaginale vattpinneprøver Klinisk studie av prøver i PreservCyt væske-pap Maksimum Persentil Gjennomsnitt Persentil Minimum Maksimum Persentil Gjennomsnitt Persentil Minimum Presisjonsstudie Det ble utført presisjonstesting ved tre institusjoner for å finne mål på repeterbarhet og reproduserbarhet. Det ble foretatt presisjonsstudier som en del av den kliniske studien av endocervikale vattpinneprøver, mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøver, samt den kliniske studien av prøver i PreservCyt væske-pap. Ved den førstnevnte studien ble hver institusjon utstyrt med tre identiske paneler med 13 prøver som inneholdt 0 til 500 fg med CT-rRNA, 0 til fg med GC-rRNA eller en kombinasjon av både CT- og GC-rRNA. Testingen ble utført i løpet av tre dager ved bruk av et forskjellig analysesettparti hver dag. Beskrivende statistikk for samlet RLU, innenfor samme kjøring, mellom kjøringer og fra institusjon til institusjon er oppsummert i tabell 14a. For den sistnevnte presisjonsstudien ble reproduserbarheten etablert med et panel på 12 prøver generert ved å tilsette PreservCyt-oppløsningen 0 til 2000 fg/analyse av CT- og 0 til 5000 fg/analyse av GC-rRNA og fordele 1,0 ml i APTIMA prøveoverføringsrør. To (2) operatører på hver av de tre institusjonene utførte én kjøring per dag på hver av de tre dagene, noe som til sammen utgjorde tre gyldige kjøringer per operatør. Testingen ble utført med ett analysesettparti. Resultatene av denne presisjonsstudien er oppsummert i tabell 14b. For begge studiene ble reproduserbarheten etablert ved å tilsette rrna i relevant transportmedium (STM, PreservCyt-oppløsning). Reproduserbarheten ved testing av kliniske vattpinneprøver, urinprøver eller prøver i PreservCyt væske-pap som inneholdt målorganisme, er ikke bestemt. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

64 Klinisk ytelse med DTS-systemer Tabell 14a: Transportmedium for vattpinneprøve Høy Middels Lav Negativ Panelprøve N Gjennomsnittlig RLU (x1000) Mellom Innenfor kjøring Mellom kjøringer institusjoner SD (RLU) CV (%) SD (RLU) CV (%) SD (RLU) CV (%) , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , ,5 Vattpinneprøve , , ,8 Urin , , ,9 * Dobbelt positive panelprøver inneholdt både CT- og GC-rRNA. Tabell 14b: PreservCyt-oppløsning Konsentrasjon (fg/analyse) CT GC N CTvattpinneprøve Dobbel vattpinneprøve* Dobbel urinprøve* GCvattpinneprøve CTvattpinneprøve Dobbel vattpinneprøve* GCvattpinneprøve CTvattpinneprøve Dobbel vattpinneprøve* Dobbel urinprøve* GCvattpinneprøve Overensstemmelse Gjennomsnitt RLU (x1000) Innenfor kjøring SD (x1000) CV (%) Mellom kjøringer SD (x1000) CV (%) Mellom institusjoner SD (x1000) CV (%) Mellom operatører SD (x1000) ,5% 9,7 31,6 I/A 3,4 I/A 6,4 I/A 4,7 I/A ,3% ,3 54,8 4,2 0,0 0,0 0,0 0, % ,1 4,7 79,8 7, ,9 2,4 0, % ,6 3,4 78,0 3,3 94,7 4,0 37,9 1, % ,0 0,0 0, ,9 90,7 9, % ,3 6,0 71,7 7,4 22,8 2,4 85,0 8, % ,0 88,9 3, ,7 0,0 0, ,1% , , ,2 39,7 2, % , ,1 98,8 4, , ,3% , , ,6 26,9 1,3 RLU - Relative lysenheter, SD = Standardavvik, CV = Variasjonskoeffisient, I/A representerer prøver som ikke var tilgjengelige for negative panelprøver. Prøver med avvikende og tvetydige resultater ble inkludert i signalvariabilitetsanalysen. For CV- og SD-verdier som er lik 0,0, er variabiliteten på grunn av denne kilden veldig liten i forhold til andre variasjonskilder. CV (%) APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

65 Analyseytelse med DTS-systemer Analyseytelse med DTS-systemer Se Analyseytelse med TIGRIS DTS-systemer etter avsnittet Overensstemmelse for kliniske prøver for TIGRIS DTS-systemet for informasjon om analytiske ytelsesegenskaper som er spesifikke for TIGRIS DTS-systemet. Se Analyseytelse med PANTHER-systemet for informasjon om analytiske ytelsesegenskaper som er spesifikke for PANTHER-systemet. Analytisk følsomhet Den analytiske følsomheten for Chlamydia trachomatis (deteksjonsgrenser) ble bestemt ved direkte sammenligning av fortynninger av CT-organismer i cellekultur og i analysen. Fastsettelsen av analytisk følsomhet for analysen er én IFU (inklusjonsdannende enhet) per analyse (7,25 IFU/vattpinneprøver, 5,0 IFU/mL urin, 9,75 IFU/mL PreservCyt væske-pap) for alle 15 CT-serovarer (A, B, Ba, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L1, L2 og L3). Men fortynninger av mindre enn 1,0 IFU/analyse for alle serovarer var positive i APTIMA COMBO 2-analysen. Den analytiske følsomheten for Neisseria gonorrhoeae ble bestemt ved direkte sammenligning av fortynninger av 57 ulike kliniske isolater i kultur og i APTIMA COMBO 2-analysen med vattpinneprøver og urinprøver og 20 kliniske isolater med prøver i PreservCyt væske-pap. Fastsettelsen av analytisk følsomhet for analysen er 50 celler/analyse (362 celler/vattpinneprøve, 250 celler/ml urin, 488 celler/ml PreservCyt væske-pap). Alle testede stammer var imidlertid positive ved mindre enn 50 celler/analyse. Analytisk spesifisitet Til sammen 154 kulturisolater ble evaluert med APTIMA COMBO 2-analysen. Disse isolatene inkluderte 86 organismer som kan isoleres fra urogenital-traktus, og 68 ytterligere organismer som representerer et fylogenetisk tverrsnitt av organismer. De testede organismene inkluderte bakterier, sopp, gjærsopp, parasitter og virus. Alle organismer unntatt C. psittaci, C. pneumoniae og virusene ble testet med 1,0 x 10 6 celler/analyse i både vattpinne- og urintransportmedium. Chlamydia- og neisseria-organismene ble testet i PreservCytoppløsningsmedium. C. psittaci og C. pneumoniae ble testet med 1,0 x 10 5 IFU/analyse. Virusene ble testet på følgende måte: (a) herpes simplex virus I og II: 2,5 x 10 4 TCID 50 /analyse, (b) humant papillomavirus 16: 2,9 x 10 6 DNA kopier/analyse og (c) cytomegalovirus: 4,8 x 10 5 infiserte cellekulturer celler/analyse. Kun CT- og GC-prøver gav positive resultater i APTIMA COMBO 2-analysen. Listen over testede organismer vises i tabell 15. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

66 Analyseytelse med DTS-systemer Tabell 15: Analytisk spesifisitet Organisme Organisme Organisme Achromobacter xerosis Escherichia coli Neisseria mucosa (3) Acinetobacter calcoaceticus Flavobacterium meningosepticum Neisseria sicca (3) Acinetobacter lwoffii Fusobacterium nucleatum Neisseria subflava (14) Actinomyces israelii Gardnerella vaginalis Neisseria perflava Actinomyces pyogenes Gemella haemolysans Neisseria polysaccharea Aerococcus viridans Haemophilus ducreyi Paracoccus denitrificans Aeromonas hydrophila Haemophilus influenzae Peptostreptococcus anaerobius Agrobacterium radiobacter Herpes simplex virus I Peptostreptococcus productus Alcaligenes faecalis Herpes simplex virus II Plesiomonas shigelloides Bacillus subtilis Humant papillomavirus 16 Propionibacterium acnes Bacteriodes fragilis Kingella dentrificans Proteus mirabilis Bacteriodes ureolyticus Kingella kingae Proteus vulgaris Bifidobacterium adolescentis Klebsiella oxytoca Providencia stuartii Bifidobacterium brevi Klebsiella pneumoniae Pseudomonas aeruginosa Branhamella catarrhalis Lactobacillus acidophilus Pseudomonas fluorescens Brevibacterium linens Lactobacillus brevis Pseudomonas putida Campylobacter jejuni Lactobacillus jensonii Rahnella aquatilis Candida albicans Lactobacillus lactis Rhodospirillum rubrum Candida glabrata Legionella pneumophila (2) Saccharomyces cerevisiae Candida parapsilosis Leuconostoc paramensenteroides Salmonella minnesota Candida tropicalis Listeria monocytogenes Salmonella typhimurium Chlamydia pneumoniae Micrococcus luteus Serratia marcescens Chlamydia psittaci (2) Moraxella lacunata Staphylococcus saprophyticus Chromobacterium violaceum Moraxella osloensis Staphylococcus aureus Citrobacter freundii Morganella morganii Staphylococcus epidermidis Clostridium perfringens Mycobacterium smegmatis Streptococcus agalactiae Corynebacterium genitalium Mycoplasma genitalium Streptococcus bovis Corynebacterium xerosis Mycoplasma hominis Streptococcus mitis Cryptococcus neoformans N. meningitidis serogruppe A Streptococcus mutans Cytomegalovirus N. meningitidis serogruppe B Streptococcus pneumoniae Deinococcus radiodurans N. meningitidis serogruppe C (4) Streptococcus pyogenes Derxia gummosa N. meningitidis serogruppe D Streptococcus salivarius Eikenella corrodens N. meningitidis serogruppe Y Streptococcus sanguis Enterobacter aerogenes N. meningitidis serogruppe W135 Streptomyces griseinus Enterobacter cloacae Neisseria cinerea (4) Trichomonas vaginalis Enterococcus avium Neisseria dentrificans Ureaplasma urealyticum Enterococcus faecalis Neisseria elongata (3) Vibrio parahaemolyticus Entercoccus faecium Neisseria flava Yersinia enterocolitica Erwinia herbicola Neisseria flavescens (2) Erysipelothrix rhusiopathiae Neisseria lactamica (9) (n) representerer antall testede stammer. Alle testede organismer gav et negativt resultat i APTIMA COMBO 2-analysen basert på kinetisk profiltype og RLU. Interfererende substanser Følgende interfererende substanser ble individuelt tilsatt i vattpinneprøver og prøver i PreservCyt væske-pap: 10 % blod, prevensjonsgel, sæddrepende midler, fuktighetsmidler, hemorroidebedøvende midler, hudpleieolje, pudder, soppdrepende krem, vaginale glidemidler, intimspray og leukocytter (1,0 x 10 6 celler/ml). Følgende interfererende substanser ble individuelt tilsatt i urinprøver: 30 % blod, urinanalytter, protein, glukose, ketoner, bilirubin, nitrat, urobilinogen, ph 4 (sur), ph 9 (alkalisk), leukocytter (1,0 x 10 6 celler/ml), cellerester, vitaminer, mineraler, acetaminofhen, aspirin og ibuprofen. Alle ble testet for potensiell analyseinterferens ved fravær og tilstedeværelse av CT og GC ved en estimert rrna-ekvivalent APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

67 Analyseytelse med DTS-systemer på 1,0 CT IFU/analyse (5 fg/analyse) og 50 GC celler/analyse (250 fg/analyse). rrnaekvivalentene ble beregnet ut fra genomstørrelse og estimert DNA:RNA-forhold/celle av hver organisme. Ingen interferens ble observert med noen av de testede substansene. Ingen amplifikasjonsinhibitorer ble observert i APTIMA COMBO 2-analysen. Gjenfinning Escherichia coli og Gardnerella vaginalis (2,4 x 10 5 celler/analyse) og Lactobacillus acidophilus, Gardnerella vaginalis, Bacteroides ureolyticus og Staphylococcus epidermis (1,0 x 10 8 celler/analyse) ble tilsatt prøver som inneholdt et rrna-ekvivalent på ca. 1,0 CT IFU (5 fg) og 50 GC celler (250 fg). Disse tilsetningene forstyrret ikke amplifikasjon og detektering av CT- eller GC-rRNA med APTIMA COMBO 2-analysen. Studier av prøvestabiliteten A. Endocervikale vattpinneprøver Data for å underbygge anbefalte transport- og lagringsforhold for endocervikale vattpinneprøver ble generert med sammenslåtte negative vattpinneprøver. Fem sammenslåtte prøver ble tilsatt CT og GC med sluttkonsentrasjoner på henholdsvis 10 IFU og 100 CFU per reaksjon. Prøvene med tilsetninger ble oppbevart ved -70 C, -20 C, 4 C og 30 C. Prøvene ble testet i duplikat på dag 0, 20, 35, 60 og 90. Alle testforhold var positive for både CT og GC på alle tidspunkter og ved alle temperaturer. B. Prøver i PreservCyt væske-pap Data for å underbygge anbefalte transport- og lagringsforhold for prøver i PreserveCyt væske-pap ble generert med sammenslåtte negative prøver i PreserveCyt væske-pap. Fire sammenslåtte prøver ble tilsatt CT og GC med sluttkonsentrasjoner på henholdsvis 10 IFU og 100 CFU per reaksjon. Prøvene i PreservCyt væske-pap ble oppbevart ved 30 C i 7 dager, og deretter ble 1,0 ml av prøvene tilsatt i et APTIMA overføringsrør. Prøvene med tilsetninger ble oppbevart ved 4 C, 10 C og 30 C. Prøvene som var lagret ved 4 C og 10 C, ble testet i duplikat på dag 0, 6, 13, 26, 30 og 36. Prøvene som var lagret ved 30 C, ble testet i duplikat på dag 0, 5, 8, 14 og 17. Fire prøvesamlinger i PreservCyt væske-pap med tilsetninger ble tilsatt i APTIMA overføringsrør og oppbevart ved 30 C i 14 dager, og ble deretter lagret ved enten -20 C eller -70 C. Prøvene som var oppbevart ved -20 C og -70 C, ble testet i duplikat etter 0, 30, 60, 90, og 106 dagers lagring. Alle testforhold var positive for både CT og GC på alle tidspunkter og ved alle temperaturer. C. Vaginale vattpinneprøver Data for å underbygge anbefalte transport- og lagringsforhold for vaginale vattpinneprøver ble generert med sammenslåtte negative vattpinneprøver. Femten samlinger av vaginale vattpinneprøver ble tilsatt CT og GC med sluttkonsentrasjoner på henholdsvis 1,0 IFU og 50 CFU per reaksjon. Prøvene med tilsetninger ble oppbevart ved -70 C, -20 C, 4 C og 30 C. Prøvene ble testet med ett alikvot på dag 0, 20, 36, 73 og 114. Alle testforhold var positive for både CT og GC på alle tidspunkter og ved alle temperaturer. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

68 Analyseytelse med DTS-systemer D. Urinprøver Data for å underbygge anbefalte transport- og lagringsforhold for urinprøver ble generert med ti negative urinprøver fra kvinner og ti negative urinprøver fra menn. Urinprøvene ble tilsatt CT og GC med sluttkonsentrasjoner på henholdsvis 10 IFU og 100 CFU per reaksjon. To sett med urinprøver med tilsetninger ble oppbevart ved 4 C og 30 C i 24 timer og ble deretter tilsatt i urintransportmedium (UTM). De to settene med UTMprøver ble da oppbevart ved 4 C og 30 C og ble testet i triplikat på dag 0, 1, 5, 20 og 35. Alle prøvene var positive for både CT og GC da urinprøvene ble oppbevart ved 4 C før tilsetning av UTM. Da urinprøvene ble oppbevart ved 30 C før tilsetning av UTM, var alle prøvene positive for CT, og 95 % av prøvene var positive for GC på dag 35. De samme prøvene ble testet etter 116 dagers lagring ved -20 C og -70 C. Alle prøver var positive for både CT og GC under alle lagringsforhold. E. Ytterligere studie av stabilitet av frossen prøve (lagret ved -20 C) Data for å underbygge anbefalte lagringsforhold ved -20 C for endocervikale vattpinneprøver, uretrale vattpinneprøver, vaginale vattpinneprøver, urinprøver fra kvinner og menn og prøver i PreservCyt væske-pap ble generert med 90 negative prøver av hver type, der 30 prøver ble tilsatt CT og GC ved henholdsvis 1,0 IFU og 50 CFU per reaksjon, 30 prøver ble tilsatt henholdsvis 0,1 IFU og 5 CFU per reaksjon, og 30 prøver ble ikke tilsatt noe. Prøvene ble lagret ved -20 C og ble testet på dag 0, 200 og 400. Alle prøver med tilsetninger oppfylte akseptkriteriene på 95 % overensstemmelse med forventede resultater. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

69 Overensstemmelse for kliniske prøver for TIGRIS DTS-systemet Overensstemmelse for kliniske prøver for TIGRIS DTS-systemet Overensstemmelse for TIGRIS DTS-system Overensstemmelsen mellom resultater fra APTIMA COMBO 2-analysen generert på det helautomatiske TIGRIS DTS-systemet og de halvautomatiske DTS-systemene ble evaluert ved å teste endocervikale vattpinneprøver, mannlige uretrale vattpinneprøver, urinprøver fra kvinner og menn, vaginale vattpinneprøver og prøver i PreservCyt væske-pap. Hver av de kliniske prøvene ble testet individuelt med APTIMA COMBO 2-analysen på både TIGRIS DTS-systemet og DTS-systemene hos Gen-Probe. Overensstemmelsesstudie for kliniske prøver endocervikale vattpinneprøver, mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøver fra kvinner og menn Mannlige og kvinnelige studiedeltakere som gikk til klinikker for seksuelt overførte sykdommer, legevaktklinikker, offentlige helsesentre og familieplanleggingsklinikker, ble innmeldt ved sju geografisk ulike kliniske institusjoner med lav til høy forekomst av CT og GC. Overensstemmelsesstudien for kliniske prøver evaluerte overensstemmelsen mellom de to systemene ved bruk av vattpinneprøver og urinprøver fra 485 mannlige og 576 kvinnelige studiedeltakere. Av de 1991 testede prøvene var det en liten prosentandel som først testet ugyldig eller tvetydig for CT eller GC på TIGRIS DTS-systemet (20, 1,0 %) og på DTSsystemene (14, 0,7 %). Ved gjentatt testing var det to (2) kliniske prøver med tvetydige GC -resultater på TIGRIS DTS-systemet. Disse er ikke inkludert i ekvivalensberegningene. Den samlede prosentvise overensstemmelsen og prosentandelen med positiv og negativ overensstemmelse ble beregnet. Prøver som gav avvikende resultater på DTS-systemene og TIGRIS DTS-systemet, ble testet med alternative TMA-amplifikasjonsanalyser for CT og GC. Dette er nukleinsyreamplifikasjonstester (nucleic acid amplification test, NAAT-er) med andre CT- eller GC-rRNA-målsekvenser enn de i APTIMA COMBO 2-analysen. Gjentatt testing med APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemene ble også utført med prøver som gav avvikende resultater på TIGRIS DTS-systemet og DTS-systemene. Tabell 16 og 17 viser samlet prosentvis overensstemmelse for alle parede testresultater som ble oppnådd på TIGRIS DTS-systemet og DTS-systemene for henholdsvis vattpinneog urinprøver. Samlet overensstemmelse var 98,3 % for vattpinneprøver og 99,2 % for urinprøver. Se tabell 5a og 9a for ytelsesestimater for APTIMA COMBO 2-analysen for endocervikale vattpinneprøver, mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøver fra kvinner og menn som ble testet på DTS-systemene. Kliniske ytelsesestimater for TIGRIS DTS-systemet med endocervikale vattpinneprøver, mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøver fra kvinner og menn kan forventes å være lignende grunnet overensstemmelsesfunnene. Overensstemmelsesstudie for kliniske prøver Vaginale vattpinneprøver og prøver i PreservCyt væske-pap Kvinnelige studiedeltakere som gikk til klinikker for seksuelt overførte sykdommer, offentlige helsesentre og fødeavdelinger/gynekologiske avdelinger, leverte vaginale vattpinneprøver og prøver i PreservCyt væske-pap. De vaginale vattpinneprøvene ble overført direkte til Gen-Probe for testing, mens prøvene i PreservCyt væske-pap ble behandlet ved 2 cytopatologiske laboratorier før de ble overført. Hos Gen-Probe ble først de vaginale vattpinneprøvene og prøvene i PreservCyt væske-pap screenet med APTIMA COMBO 2- analysen på DTS-systemene. Prøver med endelige ugyldige eller tvetydige resultater på DTS-systemene ble ikke utvalgt til videre testing på TIGRIS DTS-systemet. Prøver som var positive med APTIMA COMBO 2-analysen, og et delsett av prøver som var negative med APTIMA COMBO 2-analysen, ble utvalgt for sammenligningstester på TIGRIS DTS-systemet. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

70 Overensstemmelse for kliniske prøver for TIGRIS DTS-systemet Ett hundre og sytti (170) vaginale vattpinneprøver og 170 prøver i PreservCyt væske-pap fra 181 kvinnelige studiedeltakere ble testet på begge systemene. Majoriteten av prøvene (110 vaginale vattpinneprøver og 107 prøver i PreservCyt væske-pap) som ble valgt ut for sammenligningstester, var fra symptomatiske kvinner. Sytten (17) arbeidslister ble startet: 13 (76,5 %) var gyldige, og 4 (23,5 %) var ugyldige fordi instrumentet detekterte høye bakgrunnsverdier på luminometeret. Instrumentet hadde løse Detect 1- og 2-koblinger, slik at det kan ha kommet luft inn i slangene eller det kan ha blitt injisert feil mengder med detekteringsreagens. Disse arbeidslistene var gyldige ved gjentatt testing. Av de 340 prøvene som ble testet, var det ingen som hadde innledende ugyldige eller tvetydige testresultater på TIGRIS DTS-systemet. Tabell 18 og 19 viser samlet prosentvis overensstemmelse for CT- og GC-deteksjon for alle parede testresultater som ble oppnådd på TIGRIS DTS-systemet og DTS-systemene for henholdsvis vaginale vattpinneprøver og prøver i PreserveCyt væske-pap. Samlet overensstemmelse var 98,2 % for vaginale vattpinneprøver og 98,2 % for prøver i PreservCyt væske-pap. Se tabell 5b, 5c, 9b, og 9c for ytelsesestimater for APTIMA COMBO 2-analysen for vaginale vattpinneprøver og prøver i PreservCyt væske-pap som ble testet på DTS-systemene. Kliniske ytelsesestimater for TIGRIS DTS-systemet med vaginale vattpinneprøver og prøver i PreserveCyt væske-pap kan forventes å være lignende grunnet overensstemmelsesfunnene. Overensstemmelsesstudie for klinisk CT/GC-panel endocervikale vattpinneprøver, mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøver fra kvinner og menn Studien av overensstemmelse for klinisk CT/GC-panel evaluerte ekvivalensen mellom de to systemene ved å bruke 13 Gen-Probe-forberedte kliniske CT/GC-paneler som inneholdt 0 til 2500 IFU (inklusjonsdannende enheter)/ml av CT og/eller 0 til CFU (kolonidannende enheter)/ml av GC. De kliniske CT/GC-panelene ble opprettet fra vattpinneog urinprøver som var tatt av 222 mannlige og 117 kvinnelige studiedeltakere som var bestemt å være ikke-infiserte basert på negative vattpinne- og urinprøveresultater i APTIMA COMBO 2-analysen med DTS-systemene. Hvert av de 13 CT/GC-panelene besto av 5 replikater av hver prøvetype (endocervikal vattpinneprøve, mannlig uretral vattpinneprøve, urinprøve fra kvinne, urinprøve fra mann) for til sammen 20 replikater per panel. Tabell 20 viser prosentvis overensstemmelse med forventede CT- og GC-resultater for TIGRIS DTS-systemet og for DTS-systemene for hvert av de 13 CT/GC-panelene. Konsentrasjonene varierte fra 10 ganger under til 1000 ganger over de gitte analytiske grensene for APTIMA COMBO 2-analysen på 1 IFU/analyse for CT og 50 CFU/analyse for GC. Tabell 20 viser også samlet prosentvis overensstemmelse (99,3 %) mellom CT/GCpanelresultatene fra TIGRIS DTS-systemet og fra DTS-systemene. Positiv og negativ overensstemmelse vises i tabell 21 og 22 for henholdsvis CT- og GC-panelresultater. For vattpinneprøve- og urinprøvepaneler var positiv overensstemmelse henholdsvis 100 % og 96,2 % for CT, og begge var 100 % for GC. For vattpinneprøver og urinprøver var negativ overensstemmelse henholdsvis 100 % og 98,0 % for CT, og begge var 100 % for GC. 3 av 5 panelreplikater med urinprøver fra kvinner som var én log under APTIMA COMBO 2- analysens gitte analytiske følsomhet på 1 IFU/analyse for CT, var CT- på TIGRIS DTSsystemet. 1 av 5 panelreplikater med urinprøver fra kvinner fra et separat panel var CT- på DTS-systemene. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

71 Overensstemmelse for kliniske prøver for TIGRIS DTS-systemet Tabell 16: Overensstemmelsesstudie for kliniske prøver: Resultater av endocervikale og mannlige uretrale vattpinneprøver 1 DTS-systemer TIGRIS DTS-system CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ CT-/GC- Totalt CT+/GC CT+/GC CT-/GC CT-/GC Totalt Prosentvis overensstemmelse 96,8 % (83,3-99,9) 90,0 % (83,2-94,7) 97,1 % (89,9-99,6) 99,7 % (99,1-100) I/A (95 % KI) Samlet prosentvis overensstemmelse (95 % Kl): 98,3 % (97,3-99,0) + angir Positiv, - angir Negativ, I/A = Ikke aktuelt. 1 Data vises ikke: To prøver testet tvetydig for CT-/GC på både TIGRIS DTS-systemet og DTS-systemene. Én prøve testet CT-/GC- på TIGRIS DTS-systemet, men tvetydig for CT-/GC på DTS-systemene. Ved gjentatt testing med APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemene testet denne prøven CT-/GC-. Prøven testet også GC- i den alternative TMAamplifikasjonsanalysen. 2 1/1 var CT+/GC+ ved gjentatt testing på DTS-systemene og var CT+ i den alternative TMA-amplifikasjonsanalysen. 3 11/12 ble testet på nytt. 11/11 var CT-/GC- ved gjentatt testing med APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemene. 9/11 var CT- ved testing i den alternative TMA-amplifikasjonsanalysen, og 2/11 var CT+. 4 2/2 var CT-/GC- ved gjentatt testing med APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemene og var GC- i den alternative TMA-amplifikasjonsanalysen. 5 2/2 var CT-/GC- ved gjentatt testing med APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemene og var CT- i den alternative TMA-amplifikasjonsanalysen. Tabell 17: Overensstemmelsesstudie for kliniske prøver: Resultater av urinprøver fra kvinner og menn DTS-systemer TIGRIS DTS-system CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ CT-/GC- Totalt CT+/GC CT+/GC CT-/GC CT-/GC Totalt Prosentvis overensstemmelse 100 % (89,1-100) 92,6 % (85,9-96,7) 98,1 % (89,9-100) 99,9 % (99,3-100) I/A (95 % KI) Samlet prosentvis overensstemmelse (95 % Kl): 99,2 % (98,1-99,5) + angir Positiv, - angir Negativ, I/A = Ikke aktuelt. 1 7/8 var CT-/GC- ved gjentatt testing med APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemene og var CT- i den alternative TMA-amplifikasjonsanalysen. 1/8 var CT+/GC- ved gjentatt testing med APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemene og var CT+ i den alternative TMA-amplifikasjonsanalysen. 2 1/1 var CT-/GC- ved gjentatt testing med APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemene og var GC- i den alternative TMA-amplifikasjonsanalysen. 3 1/1 var CT-/GC- ved gjentatt testing med APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemene og var CT+ i den alternative TMA-amplifikasjonsanalysen. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

72 Overensstemmelse for kliniske prøver for TIGRIS DTS-systemet Tabell 18: Overensstemmelsesstudie for kliniske prøver: Resultater av vaginale vattpinneprøver DTS-systemer TIGRIS DTS-system CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ CT-/GC- Totalt CT+/GC CT+/GC CT-/GC CT-/GC Totalt Prosentvis overensstemmelse 100 % (86,8-100) 100 % (92,0-100) 96,0 % (79,6-99,9) 97,3 % (90,7-99,7) I/A (95 % KI) Samlet prosentvis overensstemmelse (95 % Kl): 98,2 % (94,9-99,6) + angir Positiv, - angir Negativ, I/A = Ikke aktuelt. Tabell 19: Overensstemmelsesstudie for kliniske prøver: Resultater av prøver i PreservCyt væske-pap DTS-systemer TIGRIS DTS-system CT+/GC+ CT+/GC- CT-/GC+ CT-/GC- Totalt CT+/GC CT+/GC CT-/GC CT-/GC Totalt Prosentvis overensstemmelse 100 % (86,8-100) 97,8 % (88,2-99,9) 96,0 % (79,6-99,9) 98,6 % (92,7-100) I/A (95 % KI) Samlet prosentvis overensstemmelse (95 % Kl): 98,2 % (94,9-99,6) + angir Positiv, - angir Negativ, I/A = Ikke aktuelt. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

73 Overensstemmelse for kliniske prøver for TIGRIS DTS-systemet Tabell 20: Overensstemmelsesstudie for klinisk CT/GC-panel: Overensstemmelse av forventede CT- og GC-resultater for paneler med endocervikale vattpinneprøver, mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøver fra kvinner og menn Panelprøve CT/GC Panelprøvekonsentrasjon 1 CT IFU/mL GC CFU/mL Replikater TIGRIS % overens. CT DTS % overens. TIGRIS % overens. GC DTS % overens. Lav/lav 2, Lav/høy 2, Høy/lav Høy/høy Svært lav/neg 0, Lav/neg 2, Middels/neg Høy/neg Neg/svært lav 0 12, Neg/lav Neg/middels Neg/høy Neg/neg Samlet prosentvis overensstemmelse mellom TIGRIS og DTS (95 % Kl): 99,3 % (98,3-99,8) IFU = inklusjonsdannende enheter, CFU = kolonidannende enheter, TIGRIS % overens. = overensstemmelse mellom TIGRIS DTS-systemet og forventede resultater, DTS % overens. = overensstemmelse mellom DTS-systemene og forventede resultater. 1 Et prøvetakingsrør inneholder ca. 2,9 ml transportmedium for vattpinneprøver og 4,0 ml blanding av transportmedium/urin for urinprøver. 2 CT-konsentrasjonen i denne kliniske CT/GC-panelprøven er én log under APTIMA COMBO 2-analysens fastsatte analytiske følsomhet på 1 IFU/analyse (7,25 IFU/vattpinneprøve, 5 IFU/mL urin). 3 1 av 5 panelreplikater med urinprøver fra kvinner var CT- på DTS-systemene. 4 3 av 5 panelreplikater med urinprøver fra kvinner var CT- på TIGRIS DTS-systemet. Tabell 21: Overensstemmelsesstudie for klinisk CT/GC-panel: CT-resultater for paneler med endocervikale og mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøvepaneler fra kvinner og menn Prøve N DTS+ TIGRIS+ N DTS+ TIGRIS- N DTS- TIGRIS+ N DTS- TIGRIS- N Positiv overensstemmelse (95 % KI) Negativ overensstemmelse (95 % KI) Vattpinneprøve (95,5-100) 100 (92,7-100) Urin ,2 (89,3-99,2) 98,0 (89,6-100) + angir Positiv, - angir Negativ, KI = konfidensintervall. 1 3 av 5 panelreplikater med urinprøver fra kvinner som var én log under APTIMA COMBO 2-analysens gitte analytiske følsomhet på 1 IFU/analyse for CT, var CT- på TIGRIS DTS-systemet. 2 1 av 5 panelreplikater med urinprøver fra kvinner var CT- på DTS-systemene. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

74 Overensstemmelse for kliniske prøver for TIGRIS DTS-systemet Tabell 22: Overensstemmelsesstudie for klinisk CT/GC-panel: GC-resultater for paneler med endocervikale og mannlige uretrale vattpinneprøver og urinprøvepaneler fra kvinner og menn Prøve N DTS+ TIGRIS+ N DTS+ TIGRIS- N DTS- TIGRIS+ N DTS- TIGRIS- N Positiv overensstemmelse (95 % KI) Negativ overensstemmelse (95 % KI) Vattpinneprøve (95,4-100) 100 (92,9-100) Urin (95,5-100) 100 (92,9-100) + angir Positiv, - angir Negativ, KI = konfidensintervall, TIGRIS = TIGRIS DTS-systemet. Presisjonsstudie Presisjonen for TIGRIS DTS-systemet (dvs. reproduserbarheten) ble evaluert ved én ekstern klinisk institusjon og hos Gen-Probe. Presisjonen med APTIMA COMBO 2-analysen ble evaluert på tre TIGRIS DTS-systemer, to studieinstitusjoner, med to settpartier for APTIMA COMBO 2-analysen og fire operatører. Tabell 23 viser presisjons-rlu-data for gjennomsnitt, standardavvik, variasjonskoeffisient (CV) og prosentvis overensstemmelse med forventede resultater for beregninger av variabilitet mellom institusjoner, mellom operatører, mellom partier, mellom kjøringer og innenfor kjøringer. På den eksterne institusjonen utførte to operatører tre arbeidslister (dvs. kjøringer) per settparti for APTIMA COMBO 2-analysen på ett TIGRIS DTS-system og fullførte til sammen 6 arbeidslister hver. Hos Gen-Probe utførte to operatører tre arbeidslister per settparti for APTIMA COMBO 2-analysen på hvert av to TIGRIS DTS-systemer og fullførte til sammen 12 arbeidslister hver. Dermed ble 36 arbeidslister fullført til sammen. Hver arbeidsliste besto av seks identiske presisjonspaneler med 12 prøver, som inneholdt 0 til 2000 fg/analyse med CT-rRNA og/eller 0 til 2433 fg/analyse med GC-rRNA. Hver arbeidsliste besto av seks identiske presisjonspaneler med 12 prøver, som inneholdt 0 til 2000 fg/analyse med CT-rRNA og/eller 0 til 5000 fg/analyse med GC-rRNA. Panelprøvene som inneholdt CT og GC, ble kategorisert som med lave (5 eller 100 fg/analyse), middels (1000 fg/analyse) eller høye ( 2000 fg/analyse) konsentrasjoner med CT eller med lave ( 250 fg/analyse), middels (ca fg/analyse) eller høye (5000 fg/analyse) konsentrasjoner med GC. Reproduserbarheten ble fastsatt ved å tilsette rrna i vattpinnetransportmedium. Reproduserbarheten ved testing av vattpinneprøver og urinprøver som inneholdt målorganisme, er ikke bestemt. Presisjonen ble fastsatt i samsvar med NCCLSretningslinjene EP5-A (22). APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

75 Overensstemmelse for kliniske prøver for TIGRIS DTS-systemet Tabell 23: Presisjonsdata for TIGRIS DTS-system Kons. Innenfor kjøring Mellom institusjoner Mellom partier Mellom operatører Mellom kjøringer CT GC Gjennomsnittlig SD SD SD SD SD RLU % CV CV CV CV CV (RLU (RLU (RLU (RLU (RLU N (x1000) Overens. (%) (%) (%) (%) (%) x 1000) x 1000) x 1000) x 1000) x 1000) Neg Neg ,25 26,2 0,66 13,9 0,05 1,0 0,08 1,7 0,30 6,4 Neg Høy ,5 2,3 61,2 5,0 10,0 0, ,1 1,4 Høy Neg ,8 3, ,1 7,3 40,8 3,2 40,4 3,1 Høy Høy ,2 2,2 40,0 1,6 110,3 4,5 28,4 1,1 52,3 2,1 Neg Lav ,3 2,6 61,0 5,3 0 0,0 20,7 1,8 18,5 1,6 Lav 1 Neg ,8 6,9 1,5 0,1 73,8 7,0 28,5 2,7 26,9 2,5 Middels Middels ,8 2,0 40,0 1,6 101,1 4, ,9 2,1 Lav 1 Lav ,5 112,3 5,3 84,1 3,9 33,2 1,5 34,2 1,6 52,9 2,5 Lav 1 Høy ,3 3,3 97,8 4,2 59,3 2, ,7 1,8 Høy Lav ,1 2,6 50,7 2,1 86,2 3,7 4,6 0,2 42,4 1,8 SD = Standardavvik, % CV = Prosentvis variasjonskoeffisient, % Overens. = Prosentvis overensstemmelse, Kons. = konsentrasjon. Merk: Variabiliteten fra enkelte faktorer kan være numerisk negativ, noe som kan skje hvis variabiliteten er svært liten på grunn av disse faktorene. Hvis dette skjer, blir variabiliteten som måles med standardavvik og % CV, angitt til 0. Se NCCLS godkjente retningslinjer EP5-A (22). 1 Panelprøver med lave verdier ble tilsatt analysens gitte analytiske følsomhet på (5 fg CT rrna/analyse, 250 fg GC rrna/analyse, eller begge deler for dobbelt positive panelprøver). For CT tilsvarer det testede målnivået ca. 36 fg/vattpinneprøve og 25 fg/ml urin. For GC tilsvarer det testede målnivået ca fg/vattpinneprøve og 1250 fg/ml urin. Basert på genomstørrelse og estimert DNA:RNA-forhold/celle av hver organisme tilsvarer 5 fg 1 IFU CT, og 250 fg tilsvarer 50 celler GC. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

76 Analyseytelse med TIGRIS DTS-systemer Analyseytelse med TIGRIS DTS-systemer Se Analyseytelse med PANTHER-systemet for informasjon om analytiske ytelsesegenskaper som er spesifikke for PANTHER-systemet. Ekvivalensstudie av analytisk følsomhet Fortynninger av tre CT-serovarer (E, F, G) som forbindes med urogenital sykdom, ble testet på tre TIGRIS DTS-systeminstrumenter og parallelt på DTS-systemene. CT-serovarene ble fortynnet i vattpinnetransportmedium og en samling med behandlede urinprøver. Konsentrasjonene varierte fra 3 IFU (inklusjonsdannende enheter) per analyse til 0,1 IFU per analyse, noe som er én log under analysens gitte analytiske følsomhet på én IFU per analyse (7,25 IFU/vattpinneprøve, 5 IFU/mL urin). Prosentvis positivitet mellom TIGRIS DTSog DTS-systemene tilsvarte 95 % konfidens for alle tre serovarer ned til det gitte analytiske nivået. Fortynninger under nivået testet også positivt på begge plattformer. Samlet ble den sammenlignbare følsomheten vist ved et detekteringsnivå på én IFU per analyse mellom TIGRIS DTS og DTS-systemene. Ett følsomhetspanel i samlingen med vaginale prøver og ett følsomhetspanel i samlingen med etterbehandlede prøver i PreservCyt væske-pap ble forberedt med 5 fg CT-rRNA og testet i 60 replikater på TIGRIS DTS-systemet. Prosentvis positivitet (95 % KI) på TIGRIS DTS-systemet var 100 % (95,1 100) for vaginale vattpinneprøver og 100 % (95,1 100) for etterbehandlede prøver i PreservCyt væske-pap. Fortynninger av tre kliniske GC-isolater ble testet på tre TIGRIS DTS-systemer og parallelt på DTS-systemene. GC-isolatene ble fortynnet i vattpinnetransportmedium og en samling med behandlede urinprøver. Konsentrasjonene varierte fra 150 celler per analyse til 5 celler per analyse, noe som er én log under analysens gitte analytiske følsomhet på 50 celler/ analyse (362 celler/vattpinneprøve, 250 celler/ml urin). Prosentvis positivitet mellom TIGRIS DTS- og DTS-systemene tilsvarte 95 % konfidens for alle de tre isolatene ned til det gitte analytiske nivået. Fortynninger under nivået testet også positivt på begge plattformer. Samlet ble den sammenlignbare følsomheten vist ved et detekteringsnivå på 50 celler per analyse mellom TIGRIS DTS og DTS-systemene. Ett følsomhetspanel i samlingen med vaginale prøver og ett følsomhetspanel i samlingen med etterbehandlede prøver i PreservCyt væske-pap ble forberedt med 250 fg GC-rRNA og testet i 60 replikater på TIGRIS DTS-systemet. Prosentvis positivitet (95 % KI) på TIGRIS DTS-systemet var 100 % (95,1 100) for vaginale vattpinneprøver og 100 % (95,1 100) for etterbehandlede prøver i PreservCyt væske-pap. Studie av kliniske paneler tilsatt CT-/GC-rRNA Vaginale vattpinneprøver og prøver i PreservCyt væske-pap Studien av kliniske paneler tilsatt CT-/GC-rRNA evaluerte overensstemmelsen mellom de to systemene ved å bruke 2 Gen-Probe-forberedte kliniske CT/GC-paneler som var tilsatt 0 til 5000 fg CT-rRNA/analyse og/eller 0 til fg GC-rRNA/analyse. De kliniske CT-/GCpanelene ble opprettet fra vaginale vattpinneprøver og prøver i PreservCyt væske-pap som var tatt fra 309 kvinnelige studiedeltakere som hadde negative prøveresultater med APTIMA COMBO 2-analysen på DTS-systemene da de ble testet hos Gen-Probe. Negative prøver ble sammenslått etter prøvetype, ble tilsatt eller ikke tilsatt CT- og/eller GC-rRNA og fordelt som replikater av hver panelprøve. Replikater av hver av 13 panelprøver med ulike mengder tilsatt rrna ble kombinert til ett klinisk panel for hver prøvetype. Hvert panel inneholdt til sammen 132 replikater. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

77 Analyseytelse med TIGRIS DTS-systemer Ett replikat med vaginale vattpinneprøver fra en panelprøve med svært lav CT-konsentrasjon (0,05 fg rrna/analyse) viste et tvetydig CT-resultat på DTS-systemene. Tabell 24 viser prosentvis overensstemmelse for hvert nivå av rrna i panelene med henholdsvis vaginale vattpinneprøver og prøver i PreservCyt væske-pap, med forventede CT- og GC-resultater for TIGRIS DTS-systemet og for DTS-systemene. Konsentrasjonene varierte fra 1 log under til 3 log over 5 fg CT-rRNA/analyse og 250 fg GC-rRNA/analyse. Tabell 24 viser også samlet prosentvis overensstemmelse (99,2 % for panelet med vaginale vattpinneprøver og 100 % for panelet med prøver i PreservCyt væske-pap). Tabell 24: Overensstemmelsesstudie for kliniske paneler tilsatt CT-/GC-rRNA: Overensstemmelse med forventede CT- og GC-resultater for panelet med vaginale vattpinneprøver og panelet med prøver i PreservCyt væske-pap Panelprøve CT/GC Konsentrasjon (fg rrna/ analyse) CT GC Replikater Panel med prøver i PreservCyt Panel med vaginale vattpinneprøver væske-pap CT GC CT GC TIGRIS % overens. DTS % overens. TIGRIS % overens. DTS % overens. TIGRIS % overens. DTS % overens. TIGRIS % overens. DTS % overens. Lav/lav Lav/høy Høy/lav Høy/høy Svært lav/neg 0, , Lav/neg Middels/neg Høy/neg Neg/svært lav Neg/lav Neg/middels Neg/høy Neg/neg Samlet prosentvis overensstemmelse mellom TIGRIS og DTS (95 % Kl): 99,2 % (95,8 100) Samlet prosentvis overensstemmelse mellom TIGRIS og DTS (95 % Kl): 100 % (97,2 100) DTS % overens. = overensstemmelse mellom DTS-systemene og forventede resultater, TIGRIS % overens. = overensstemmelse mellom TIGRIS DTS-systemet og forventede resultater. 1 1/10 av replikatene hadde tvetydige CT-resultater på DTS-systemene og ble ekskludert fra denne analysen. 8/9 stemte med forventede resultater. 1/9 var CT- på DTS-systemene. CT-konsentrasjonen for denne panelprøven er 1 log under 5 fg rrna/analyse. Ekvivalensstudie av analytisk spesifisitet For en nukleinsyreamplifikasjonsanalyse bestemmes analytisk spesifisitet med hensyn til individuelle organismer stort sett ut fra analysekjemien (f.eks. oligonukleotidsekvenser) snarere enn av plattformen. Siden reagensene for APTIMA COMBO 2-analysen er identiske på TIGRIS DTS-systemet og DTS-systemene, ble analytiske spesifisitetseksperimenter på TIGRIS DTS-systemet utført for å fokusere på de mest utfordrende kulturisolatene. Disse organismene inkluderer slike som er kjent for å kryssreagere i andre amplifikasjonsanalyser. Tjuefire (24) kulturisolater ble valgt ut fra panelet med organismer i tabell 15, deriblant 3 organismer som er nært beslektet med CT, og 17 organismer som er nært beslektet med GC. Alle de testede organismene gav negative resultater på TIGRIS DTS-systemet. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

78 Analyseytelse med TIGRIS DTS-systemer Ekvivalensstudie om interfererende substanser Blod, som ofte finnes i urogenitale prøver, kan interferere i noen amplifikasjonsanalyser. Fullflod ble brukt for å fastslå graden av blodinterferens på TIGRIS DTS-systemet og ekvivalensen mellom TIGRIS DTS-systemet og DTS-systemene med hensyn til denne potensielle interfererende substansen. Friskt blod ble tilsatt kliniske samlinger med vattpinneprøver, vaginale vattpinneprøver, etterbehandlede prøver i PreservCyt væske-pap og urinprøver og deretter testet for potensiell analyseinterferens ved fravær og tilstedeværelse av CT- og GC-mål. Estimert rrna-ekvivalent for én CT-IFU/analyse (5 fg/ analyse) og 50 GC -celler/analyse (250 fg/analyse) ble brukt, siden dette representerer analysens analytiske følsomhet. rrna-ekvivalentene ble beregnet ut fra genomstørrelse og estimert DNA:RNA-forhold/celle av hver organisme. Prøvene ble testet på to TIGRIS DTSsystemer. Alle prøvene som inneholdt målnukleinsyre, var positive da de ble testet med et nivå på 10 % (vol/vol) blod i vattpinneprøver, vaginale vattpinneprøver, etterbehandlede prøver i PreservCyt væske-pap og med 30 % (vol/vol) blod i urinprøver. Alle prøver som ikke inneholdt mål, ble korrekt identifisert som negative for både CT og GC. Disse resultatene er identiske med de som ble vist for DTS-systemene med prøver som var tilsatt samme mengder blod. Blod tilsatt vattpinneprøver, vaginale vattpinneprøver, etterbehandlede prøver i PreservCyt væske-pap og urinprøver i mye større mengder enn det som kan forventes ved normal prøvetaking, interfererte ikke med resultatene på TIGRIS DTS-systemet. Overføringsstudier for TIGRIS DTS-systemet For å fastslå at TIGRIS DTS-systemet minimerer risikoen for falskt positive resultater på grunn av overføringskontaminasjon, ble det utført en analytisk studie over flere dager med paneler med tilsetninger på tre TIGRIS DTS-systemer. I studien brukte man 20 % GC-prøver med høye nivåer av målorganisme som inneholdt 1,0 x 10 9 celler/reaksjon, og som var tilfeldig fordelt blant 80 % negative prøver som inneholdt vattpinnetransportmedium. I løpet av studien ble 1372 prøver med høye nivåer av målorganisme og 5516 negative prøver testet på tre TIGRIS DTS-systemer. Den samlede overføringsfrekvensen, inkludert både falskt positive og tvetydige resultater, var i gjennomsnitt 0,3 % (18/5491). Til sammen 25 negative prøver ble rapportert som ugyldige og ble ekskludert fra beregningene. En separat analyse ble utført på et delsett av studiepopulasjonen, som besto av de negative prøvene som fulgte like etter et positivt resultat med høye nivåer av målorganisme. Den samlede overføringsfrekvensen for dette delsettet av populasjonen, inkludert både falskt positive og tvetydige resultater, var i gjennomsnitt 1,1 % (12/1097). For falskt positive resultater i dette delsettet varierte overføringsfrekvensen fra 0 % til 1,1 % på de tre TIGRIS DTS-systemene. For tvetydige resultater i dette delsettet varierte overføringsfrekvensen fra 0 % til 0,9 % på de tre TIGRIS DTS-systemene. Disse resultatene viser at overføringskontaminasjonen er minimert på TIGRIS DTS-systemet. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

79 Analyseytelse med PANTHER-systemet Analyseytelse med PANTHER-systemet Overensstemmelsesstudie for klinisk panel med tilsetninger Individuelle negative urinprøver ble tilsatt CT-serovar G, GC eller en kombinasjon av CT og GC for å opprette et panel med 120 CT-positive, 120 GC-positive og 120 dobbelt positive panelprøver. CT-positive panelprøver ble tilsatt organismer i mengder på 0,25 IFU/mL, 2,5 IFU/mL eller 25 IFU/mL (0,5 fg/analyse, 5 fg/analyse eller 50 fg/analyse). GC-positive panelprøver ble tilsatt organismer i mengder på 12,5 CFU/mL, 125 CFU/mL eller 1250 CFU/mL (25 fg/analyse, 250 fg/analyse eller 2500 fg/analyse). Dobbelt positive prøver ble tilsatt CT-organismer i mengder på 2,5 IFU/mL (5 fg/analyse) og GC-organismer i mengder på CFU/mL ( fg/analyse) eller CT i mengder på 25 IFU/mL (50 fg/analyse) og GC i mengder på 1250 CFU/mL (2500 fg/analyse) eller CT i mengder på IFU/mL ( fg/analyse) og GC i mengder på 125 CFU/mL (250 fg/analyse) eller CT i mengder på 2,5 IFU/mL (5 fg/analyse) og GC i mengder på 125 CFU/mL (250 fg/ analyse). I tillegg ble det tatt 120 CT- og GC-negative urinprøver. De positive og negative panelene ble testet på tre PANTHER-systemer og tre TIGRIS DTS-systemer. Positiv prosentvis overensstemmelse mellom PANTHER-systemet og TIGRIS DTS-systemet var 100 % med et lavere 95 % konfidensintervall på 99,5 for CT og GC. Negativ prosentvis overensstemmelse mellom PANTHER-systemene og TIGRIS DTS-systemene var 99,9 % med et lavere 95 % konfidensintervall på 99,5. Resultatene av studien vises i tabell 25. Tabell 25: Overensstemmelsesstudie for klinisk panel med tilsetninger: Overensstemmelse med forventede CT- og GC-resultater Panelprøve Konsentrasjon (IFU eller CFU/mL) Konsentrasjon (fg/analyse) CT GC CT GC Replikater TIGRIS % overens. CT PANTHER % overens. TIGRIS % overens. GC PANTHER % overens. CT-/GC-paneler 1,2 Lav/lav 2, Mid/Mid Lav/høy 2, Høy/lav GC-paneler 2,3 Neg/svært lav 0 12, * Neg/lav Neg/middels , CT-paneler 1,3 Svært lav/neg 0,25 0 0, Lav/neg 2, Middels/neg Negative paneler 3 Neg/neg ,7 99,7 *Én panelprøve ble fremstilt feil og ble ekskludert fra analysen. 1 Samlet CT-positiv prosentvis overensstemmelse mellom TIGRIS DTS-systemet og PANTHER-systemet (95 % Kl): 100 % (99,5 100). 2 Samlet GC-positiv prosentvis overensstemmelse mellom TIGRIS DTS-systemet og PANTHER-systemet (95 % Kl): 100 % (99,5 100). 3 Samlet negativ prosentvis overensstemmelse mellom TIGRIS DTS-systemet og PANTHER-systemet (95 % Kl): 99,9 % (99,5 100). APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

80 Analyseytelse med PANTHER-systemet Studie av analytisk følsomhet Den analytiske følsomheten til APTIMA COMBO 2-analysen ble testet med tre representative prøvematriser. Disse var urin behandlet med urintransportmedium (UTM), PreservCyt væske- Pap fortynnet med vattpinnetransportmedium (STM), samt STM. CT- og GC-rRNA ble tilsatt i samlinger av disse tre matrisene i følgende konsentrasjoner med RNA-ekvivalente konsentrasjoner på 0,5 fg/analyse, 5 fg/analyse og 50 fg/analyse (rrna-ekvivalens på 0,25 IFU/mL, 2,5 IFU/mL eller 25 IFU/mL) for CT eller 25 fg/analyse, 250 fg/analyse eller 2500 fg/analyse for GC (rrna-ekvivalenter på 12,5 CFU/mL, 125 CFU/mL eller 1250 CFU/mL). rrna-ekvivalentene ble beregnet ut fra genomstørrelse og estimert DNA:RNA-forhold/celle av hver organisme. Disse panelene ble testet på tre PANTHER-systemer med tre reagenspartier i replikater på 96. Overensstemmelsen med forventede resultater ble beregnet. Overensstemmelsen med forventede resultater var 100 % (95 % KI 96,1 100 %) for alle urinpaneler, 100 % (95 % KI 96,0 100 %) for alle paneler med prøver i PreservCyt væske-pap og 100 % (95 % KI 96,1 100 %) for alle STM-paneler. Analysens analytiske følsomhet er 2,5 IFU/mL for CT og 125 CFU/mL for GC. Reproduserbarhetsstudie Presisjonen med APTIMA COMBO 2-analysen ble evaluert på tre PANTHER-systemer og tre settpartier for APTIMA COMBO 2-analysen i løpet av 24 dager. Paneler ble fremstilt ved å tilsette CT- og/eller GC-rRNA i STM med konsentrasjonene som vises i tabell 26. Operatørene utførte to kjøringer per dag og kjørte hver panelprøve i replikater på to per kjøring. Overensstemmelsen med forventede resultater ble beregnet, og presisjonen ble estimert i samsvar med NCCLS-retningslinjene EP5-A2 (24). Totalt antall replikater for hvert panel var 96. Tabell 26 viser presisjons-rlu-data for gjennomsnitt, standardavvik, variasjonskoeffisient (CV) og prosentvis overensstemmelse med forventede resultater og beregninger av variabilitet mellom instrumenter, mellom partier, mellom kjøringer og innenfor kjøringer, samt samlet variabilitet. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

81 Analyseytelse med PANTHER-systemet Tabell 26: PANTHER-systemets presisjon for APTIMA COMBO 2-analysen Gjennomsnittlig % instrumenter kjøringer kjøring Mellom Mellom Innenfor Mellom partier Totalt CT GC Matrise (IFU/mL)(CFU/mL) RLU Overens. SD CV SD CV SD CV SD CV SD CV (x1000) (x1000) (%) (x1000) (%) (x1000) (%) (x1000) (%) (x1000) (%) ,06 1 0,88 13, ,02 15,7 1,3 20,1 0, ,03 5,7 20,03 1,6 8,43 0,7 47,05 3,8 87,1 7,1 2, ,97 6,2 6,11 0, ,87 2,6 84,8 6, ,85 5,7 15,3 1, ,58 3,1 84,3 6,6 0 12, ,44 1,7 28,59 2, ,68 2,5 43,2 4 STM Urin Preserv- Cyt ,81 2, ,86 0,7 27,58 2,2 41,6 3, ,41 2, ,83 0,8 31,83 2,4 44,4 3,4 2, ,58 3, ,99 2,2 101,5 4,1 2, ,13 2, ,8 0,8 46,77 1,9 89 3, ,72 1,3 6,14 0, ,66 7,8 196,3 7, ,63 3,4 9,36 0, ,35 2,1 99, ,2 3,2 0,66 10,8 0,36 5,9 1 16,3 1,3 21,2 0, ,73 8,2 165,65 19,2 47,97 5,6 132,27 15,3 228,6 26,5 2, , ,56 7,9 8,56 0,8 74,19 6,6 129,4 11, ,45 4,9 13,97 1,1 13,36 1,1 43,03 3,5 76,7 6,2 0 12, ,83 1,9 31,81 3,1 7,88 0,8 49,53 4,9 62,3 6, ,32 4,1 23,5 1,9 1,68 0,1 40,28 3,3 67,9 5, ,01 4,2 40,34 3,2 7,72 0,6 40,23 3,2 78,2 6,2 2, ,92 3,2 40,88 1,8 10,43 0,5 56,12 2,5 101,9 4, ,8 11, ,54 22,4 1,7 24,7 0, ,29 8,3 30,08 2, ,57 5, ,4 2, ,54 5,2 24,83 2, ,01 3,9 82,1 6, ,14 5,3 26,36 2,2 14,67 1,2 34,97 2,9 79,8 6,5 0 12, ,28 3,3 36,92 3,7 15,97 1,6 26,15 2,6 58,4 5, ,1 3,4 4,45 0,4 10,87 0,9 21,44 1, ,69 3 7,47 0,6 13,61 1,1 18,04 1,5 44,6 3,6 2, ,68 4,3 35,27 1,5 12,61 0,5 48,86 2,1 117,2 5 Merknad: Variabiliteten fra enkelte faktorer kan være numerisk negativ, noe som kan skje hvis variabiliteten er svært liten på grunn av disse faktorene. Når dette skjer, SD=0 og CV=0 %. * Totalt antall replikater for hvert panel = 96. I utvalgte kjøringer ble individuelle replikater ikke testet på nytt. Analytisk spesifisitet Analytisk spesifisitet ble ikke testet på PANTHER-systemet. Se Analyseytelse med TIGRIS DTS-systemer for Ekvivalensstudie av analytisk spesifisitet. Ekvivalensstudie om interfererende substanser Blod, som ofte finnes i urogenitale prøver, kan interferere i noen amplifikasjonsanalyser. Fullblod ble brukt for å etablere graden av blodinterferens på PANTHER-systemet med hensyn til denne potensielt interfererende substansen. Friskt blod ble tilsatt kliniske samlinger med vaginale vattpinneprøver, etterbehandlede prøver i PreservCyt væske-pap eller urinprøver og deretter testet for potensiell analyseinterferens ved tilstedeværelse og fravær av CT- og GC-mål. Estimert rrna-ekvivalenter for én CT-IFU/analyse (5 fg/analyse) og 50 GC -celler/analyse (250 fg/analyse) ble brukt som målkonsentrasjoner, siden disse representerer analysens analytiske følsomhet. Prøvene ble testet på PANTHER-systemet. APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

82 Bibliografi Alle prøvene som inneholdt målnukleinsyre, var positive da de ble testet med et nivå på 10 % (vol/vol) blod i vattpinneprøver eller prøver i PreservCyt væske-pap, eller med 30 % (vol/vol) blod i urinprøver. Alle prøver som ikke inneholdt mål, ble korrekt identifisert som negative for både CT og GC. Disse resultatene er identiske med de som ble vist for TIGRIS DTSsystemet med prøver som var tilsatt samme mengder blod. Blod tilsatt vattpinneprøver, PreservCyt- og urinprøver i mye større mengder enn det som kan forventes ved normal prøvetaking, interfererte ikke med resultatene på PANTHER-systemet. Overføringsstudier for PANTHER-systemet For å fastslå at PANTHER-systemet minimerer risikoen for falskt positive resultater på grunn av overføringskontaminasjon, ble det utført en analytisk studie med flere kjøringer med paneler med tilsetninger på tre PANTHER-systemer. Overføringen ble vurdert med bruk av ca. 20 % høytitrede GC-prøver fordelt mellom negative prøver. Kjøringene inkluderte grupper med høypositive prøver og grupper med negative prøver, samt enkle høypositive prøver fordelt i et bestemt mønster i kjøringen. Høytitrede prøver ble fremstilt ved å bruke GC-rRNA tilsatt i STM for å få en sluttkonsentrasjon på 5 x 10 5 fg rrna/reaksjon (rrna-ekvivalent på 2,5 x 10 5 CFU/mL). Testingen ble utført ved å bruke 5 kjøringer på hvert av tre PANTHER-systemer med totalt 2936 negative prøver. Samlet overføringsfrekvens var 0 % med et 95 % konfidensintervall på 0 0,1 %. Fire negative prøver ble rapportert som ugyldige og ble ekskludert fra beregningene. Bibliografi 1. Beem, M. O., and E. M. Saxon Respiratory tract colonization and a distinctive pneumonia syndrome in infants infected with Chlamydia trachomatis. NEJM 296: Buimer, M., G. J. J. Van Doornum, S. Ching, P. G. H. Peerbooms, P. K. Plier, D. Ram, and H. H. Lee Detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae by Ligase chain reaction-based assays with clinical specimens from various sites: implications for diagnostic testing and screening. J. Clin. Microbiol. 34: Cates, Jr., W., and J. N. Wasserheit Genital chlamydia infections: epidemiology and reproductive sequelae. Am. J. Obstet. Gynecol. 164: Centers for Disease Control and Prevention Screening Tests to Detect Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae infections. United States Morbid. and Mortal. Weekly Rep. 51 (RR-15). 5. Centers for Disease Control and Prevention Sexually Transmitted Disease Surveillance Atlanta, GA: U.S. Department of Health and Human Services. November. 6. Chernesky, M. A., D. Jang, J. Sellors, K. Luinstra, S. Chong, S. Castriciano, and J. B. Mahony Urinary inhibitors of polymerase chain reaction and Ligase chain reaction and testing of multiple specimens may contribute to lower assay sensitivities for diagnosing Chlamydia trachomatis infected women. Mol. Cell. Probes. 11: Ching, S., H. Lee, E. W. Hook, III, M. R. Jacobs, and J. Zenilman Ligase chain reaction for detection of Neisseria gonorrhoeae in urogenital swabs. J. Clin. Microbiol. 33: Chong, S., D. Jang, X. Song, J. Mahony, A. Petrich, P. Barriga, and M. Chernesky Specimen processing and concentration of Chlamydia trachomatis added can influence false-negative rates in the LCx assay but not in the APTIMA COMBO 2 Assay when testing for inhibitors. J. Clin. Microbiol. 41: Crotchfelt, K. A., B. Pare, C. Gaydos, and T. C. Quinn Detection of Chlamydia trachomatis by the Gen-Probe AMPLIFIED Chlamydia Trachomatis assay (AMP CT) in urine specimens from men and women and endocervical specimens from women. J. Clin. Microbiol. 36: Farrel, D. J Evaluation of AMPLICOR Neisseria gonorrhoeae PCR using cppb nested PCR and 16S rrna PCR. J. Clin. Microbiol. 37: Frommell, G. T., R. Rothenberg, S. Wang, and K. McIntosh Chlamydial infection of mothers and their infants. Journal of Pediatrics 95: Gaydos, C. A., T.C. Quinn, D. Willis, A. Weissfeld, E. W. Hook, D. H. Martin, D. V. Ferraro, and J. Schachter Performance of the APTIMA COMBO 2 Assay for detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae in female urine and endocervical swab specimens. J. Clin. Microbiol. 41: Goessens, W. H. F., J. W. Mouton, W. I. Van Der Meijden, S. Deelen, T. H. Van Rijsoort-Vos, N. L. Toom, H. Verbrugh, and R. P. Verkooyen Comparison of three commercially available amplification assays, AMP CT, LCx, and COBAS AMPLICOR, for detection of Chlamydia trachomatis in first-void urine. J. Clin. Microbiol. 35: Holmes, K. K., G. W. Counts, and H. N. Beatz Disseminated Gonococcal infection. Ann. of Intern. Med. 74: APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

83 Bibliografi 15. Holmes, K. K., H. H. Handsfield, S. P. Wang, B. B. Wentworth, M. Turck, J. B. Anderson, and E. R. Alexander Etiology of nongonococcal urethritis. NEJM 292: Hook, E. W., III, and H. H. Handsfield Gonococcal infections in the adult. p In K. Holmes et al. (eds.) Sexually Transmitted Diseases. McGraw Hill, New York, NY. 17. Jaschek, G., C. A. Gaydos, L. E. Welsh, and T. C. Quinn Direct detection of Chlamydia trachomatis in urine specimens from symptomatic and asymptomatic men by using a rapid polymerase chain reaction assay. J. Clin. Microbiol. 31: Krauss, S. J., R. C. Geller, G. H. Perkins, and D. L. Rhoden Interference of Neisseria gonorrhoeae growth by other bacterial species. J. Clin. Microbiol. 4: Mahony, J., S. Chong, D. Jang, K. Luinstra, M. Faught, D. Dalby, J. Sellors, and M. Chernesky Urine specimens from pregnant and nonpregnant women inhibitory to amplification of Chlamydia trachomatis nucleic acid by PCR, Ligase chain reaction, and transcription-mediated amplification: identification of urinary substances associated with inhibition and removal of inhibitory activity. J. Clin. Microbiol. 36: Masi, A. T., and B. I. Eisenstein Disseminated Gonococcal Infections (DGI) and Gonococcal Arthritis (GCA): II Clinical Manifestations, Diagnosis, Complications, Treatment and Prevention. Semin. Arthritis Rheum. 10: McCurdy, Brenda W Cumitech Guide on Verification and Validation of Procedures in the Microbiology Laboratory. February, 1997, American Society for Microbiology. ASM Press. 22. National Committee for Clinical Laboratory Standards NCCLS EP5-A: Evaluation of Precision Performance of Clinical Chemistry Devices; Approved Guideline (Vol. 19, No. 2). 23. National Committee for Clinical Laboratory Standards User Protocol for Evaluation of Qualitative Test Performance: Approved Guideline for additional Guidance on Appropriate Internal Quality Control Testing Practices. 24. National Committee for Clinical Laboratory Standards NCCLS EP5-A2: Evaluation of Precision Performance of Quantitative Measurement Methods: Approved Guideline (2nd edition, Vol. 24, No. 25). 25. Peterson E. M., V. Darrow, J. Blanding, S. Aarnaes, and L. M. de La Maza Reproducibility problems with the AMPLICOR PCR Chlamydia trachomatis test, J. Clin. Microbiol. 35: Schachter, J Chlamydiae (Psittacosis-Lymphogranuloma Venereum-Trachoma group), p In E. H. Lennette, et al. (ed.), Manual of Clinical Microbiology, 4 th ed. American Society for Microbiology, Washington, D.C. 27. Schachter, J., and M. Grossman Chlamydial infections. Ann. Rev. Med. 32: Schachter, J Medical progress: chlamydial infections (third of three parts). NEJM 298: Schachter, J., E. C. Hill, E. B. King, V. R. Coleman, P. Jones, and K. F. Meyer Chlamydial infection in women with cervical dysplasia. Am. J. Obstet. Gynecol. 123: Stary, A., E. Schuh, M. Kerschbaumer, B. Gotz, and H. Lee Performance of transcription-mediated amplification and Ligase chain reaction assays for detection of chlamydial infection in urogenital samples obtained by invasive and noninvasive methods. J. Clin. Microbiol. 36: Toye, B., W. Woods, M. Bobrowska, and K. Ramotar Inhibition of PCR in genital and urine specimens submitted for Chlamydia trachomatis testing. J. Clin. Microbiol. 36: Verkooyen, R. P., A. Luijendijk, W. M. Huisman, W. H. F. Goessens, J. A. J. W. Kluytmans, J. H. Rijsoort-Vos, and H. A. Verbrugh Detection of PCR inhibitors in cervical specimens by using the AMPLICOR Chlamydia trachomatis assay. J. Clin. Microbiol. 34: Vincelette, J., J. Schirm, M. Bogard, A. Bourgault, D. Luijt, A. Bianchi, P. C. Van Voorst Vader, A. Butcher, and M. Rosenstraus Multicenter evaluation of the fully automated COBAS AMPLICOR PCR test for detection of Chlamydia trachomatis in urogenital specimens. J. Clin. Microbiol. 3: Yuan, Y., Y-X. Zhang, N. G. Watkins, and H. D. Caldwell Nucleotide and deduced amino acid sequences for the four variable domains of the major outer membrane proteins of the 15 Chlamydia trachomatis serovars. Infect. Immun. 57: APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C

84 Gen-Probe Incorporated San Diego, CA Kontaktinformasjon i USA og internasjonalt: Kundeservice: [email protected] Teknisk support: [email protected] Gratistelefon fra USA og Canada: Kundeservice: Teknisk support: EMERGO EUROPE Molenstraat BH, The Hague Nederland GEN-PROBE, GEN-PROBE and design, APTIMA, APTIMA and design, APTIMA COMBO 2, DTS, LEADER, PACE, PANTHER, SB100 og TIGRIS er varemerker for Gen-Probe Incorporated. eppendorf (stilisert) og REPEATER er varemerker for Eppendorf AG. PRESERVCYT og THINPREP er varemerker for Hologic, Inc. TECAN og FREEDOM EVO er varemerker for Tecan Group AG. Eventuelle andre merkenavn som måtte forekomme i dette pakningsvedlegget, tilhører de respektive eierne Gen-Probe Incorporated NO Rev. C APTIMA COMBO 2-analyse NO Rev. C