INTRODUKSJON TIL PUBMED

Transkript

1 INTRODUKSJON TIL PUBMED Kompendium som deles ut i forbindelse med våre Pubmedkurs. 1 Jan Ove Rein Medisinsk bibliotek, NTNU, februar 2008 [email protected] 2 Litteratursøk Kilder Referanseliste Biomedisinsk forskning er i enorm vekst og det er ikke enkelt å holde seg orientert. Det kreves både kunnskap og ferdigheter for å finne frem i informasjonsjungelen. Det stilles også nå større krav til at det dokumenteres kvalitetssikret litteratursøking i forbindelse med vitenskaplig publisering. Litteratursøkingen skal være dokumentert og etterprøvbar. Det er som regel ingen fasitsvar i forbindelse med litteratursøking, og det er derfor viktig å kunne ettergå litteratursøkingen i et arbeide. 1

2 Søkestrategi Informasjonssøking = Søkestrategi + Søketeknikk 3 Still deg selv spørsmål for å definere problemstillingen og hva det er det ønskes informasjon om. Å stille presise spørsmål er et av de viktigste skrittene i søkeprosessen. Strukturer og fokuser problemstillingen før søking, men vær fleksibel underveis. Søkeprosessen skal være dynamisk. Bryt problemstillingen ned i nøkkelord. Vurder om det finnes synonymer for de ulike nøkkelordene (stol ikke kun på et nøkkelord). I de fleste baser må du bruke engelske søkeord. Pass på å ikke bruke for spesifikke nøkkelord i starten. Start bredt og heller bli mer spesifikk etter hvert. Bruk emneordliste (tesaurus) der dette er mulig for å finne relevante nøkkelord. Skriv operatorene med STORE bokstaver! Bruk NOT med forsiktighet! 4 Figur lånt fra hjemmesiden til Durham University Library 2

3 Problemstilling: Fører luftforurensning i urbane strøk til økt dødelighet blant befolkningen? 5 Søkestrategi PICO et hjelpemiddel i søkeprosessen Fører luftforurensning i urbane strøk til økt dødelighet blant befolkningen? Pasienter/ Populasjon/Problem Intervensjon/ Eksposisjon Comparison Outcome Hvem? Hva? Alternativet? Resultat? Befolkning i byer Luftforurensning Landbefolkning Økt dødelighet OR OR City population Inner-city population Poor air quality Polluted air Death Death rate Urban Poplation (MESH) Air Pollution Air Pollutants (MESH) Rural Population (MESH) Mortality Survival Rate Life Expectancy (MESH) 6 AND (Etter: Haraldstad & Christophersen, 2004) 3

4 Søkestrategi PICO et hjelpemiddel i søkeprosessen Ikke alle søk lar seg gruppere i fire kategorier, men to eller tre av kategoriene bør kunne identifiseres. Hvem Virkemiddel Utfall Søkeresultat fra PubMed 7 Søkestrategi PICO Noen eksempler 8 Spørsmål om effekt: Er trening et effektivt tiltak for å redusere overvekt? Hvem: Overvektige barn Hva (tiltak): Trening Utfall: Vektutvikling Spørsmål om diagnose: Er CT med kontrast best for å vurdere mulig nyrestein? Hvem: Pasienter med mistenkt nyrestein Hva: CT Utfall: Testens presisjon Spørsmål om årsak: Er risikoen for å utvikle lærevansker økt blant barn som er født for tidlig? Hvem: Skolebarn Hva: Født for tidlig Utfall: Lærevansker 4

5 Søkestrategi Noen råd for søkeprosessen 9 Vær oppmerksom på emneordenes/tesaurusenes hierarkiske oppbygging (sjekk overordnede/underordnede emneord). Sjekk scope (definisjon) og når emneord ble tatt i bruk. Husk at bruken av faguttrykk og emneord kan ha endret seg over tid. Husk at nye artikler ofte ikke har fått påsatt emneord. Bruk din fagkunnskap til å finne eventuelle synonymord. Husk ulik skrivemåte for engelsk/amerikansk (behaviour/behavior) For et optimalt resultat, bør både emneordssøk og fritekstsøk utføres. Bruk forfattersøk på spesielt relevante forfattere som supplement. Søkestrategi Noen råd for søkeprosessen Ønskes spesielle publikasjonstyper, bruk mulighetene som ligger under avgrensning, og ikke søk på disse som emneord - Søk på RCT som emneord gir artikler om anvendelsen av denne forskningsmetoden. - Søk der RCT brukes som avgrensning vil gi artikler som er RCT. Når det gjelder legemidler, søk både på salgsnavn og generisk navn (mange legemidler har også egne emneord). 10 Viagra OR sildenafil En viktig del av søkeprosessen er å vurdere hvilken type publikasjon (oversiktsartikkel, case report, RCT etc.) som vil gi svar på dine spørsmål, samt hvilket fokus artiklene skal ha (diagnose, etiologi, prognose, behandling etc.). 5

6 11 Pubmed (Medline) er den største fagdatabasen for biomedisin, og dekker både biomedisinsk grunnforskning og mer klinisk, sykdomsorientert materiale. Inneholder mer enn 17 millioner ref. fra mer enn 5000 tidsskrifter fra USA og 80 andre land. Dekker 1950 og fremover. Gir gode muligheter til presise søk takket være det gode emneordssystemet (MESH). Best dekning på amerikanske og engelskspråklige titler. Medline er også tilgjengelig for NTNU St. Olav via Ovidgrensesnittet fra Helsebiblioteket.no PubMed er fritt tilgjengelig for alle. Husk at du alltid bør søke i minst en database til, i tillegg til PubMed (for eksempel EMBASE, Cochrane eller ISI)! Hva er PubMed? Medline (1966 ->) OldMedline ( ) PubMed In process PubMed as supplied by publisher 12 6

7 Hvordan artikler kommer inn i PubMed: Kvalitetssjekk MESH ord Noen uker Individuelle tidsskrift PubMed as supplied by publisher Pub Med in process PubMed - Indexed for Medline 13 Hvor finner jeg fagdatabasene? Bruk lenka til PubMed fra fagsiden for å få tilgang til fulltekst og kopibestilling via

8 PubMed - Oversikt Søkefelt Avgrensninger Søkehistorikk Søkedetaljer Pålogging til personlig område Hjelpefunksjoner 15 Spesialfunksjoner: - Tidsskriftsøk - Emneordsøk (MESH) -Siteringssøk - Hjelpemiddel for klinisk søking og spesialsøk MESH-søking Hva er en tesaurus/et tesaurusord? Mad Cow Disease? Crazy Cow Syndrome? Bovine Spongiform Encephalopathy? BSE? Bovine Encephalopathy? I MESH brukes Encephalopathy, Bovine Spongiform konsekvent som tesaurusord (emneord) for alle artikler som handler om dette temaet. 16 En tesaurus er et kontrollert vokabular med emneord som brukes i databasene. 8

9 Emnesøk og bruk av Boolske operatorer Har vitamin C eller fiskeoljer noen hensikt i forebygging og behandling av forkjølelse? Her søkes det etter artikler som inneholder ordene common cold OG vitamin C ELLER fish oil i tittel eller sammendrag. Det skjer imidlertid også en mapping mot MESH (den medisinske tesaurusen). PubMed settter automatisk AND hvis du skriver flere ord! 17 Hvordan tolker PUBMED ditt søk? Klikk på Details knappen 18 Vi ser her at Common Cold og Fish Oils er MESH ord, men at vitamin C er mappet mot MESH ordet Ascorbic Acid. PubMed overprøver ikke ditt søk, og søker i tillegg på søkeordene dine som tekstord (i tittel og sammendrag). 9

10 Emnesøk og bruk av Boolske operatorer Bruk parenteser når du bruker flere søkeord og forskjellige Boolske operatører. Pubmed behandler søkeord fra venstre mot høyre. common cold AND vitamin C OR fish oil Gir ikke samme resultat som Common cold AND (vitamin C OR fish oil) 19 PubMed - Indekssøking? Skriv inn ord/uttrykk Velg bestemte felter (tittel, forfatter, o.s.v.) Det er mulig å velge flere ord v.h.a. Ctrl tasten og kombinere dem med AND, OR og NOT knappene. 20 Denne funksjonen kan brukes til å finne ut hvilke termer/ord som finnes i ulike felter, og hvor ofte de forekommer. 10

11 Trunkering Søking på ordstamme: Child* gir søk på child, children, childhood o. s. v. * brukes av bl.a. Bibsys Pubmed, ISI og Spirsbasene (Biological abstracts). $ brukes av bl.a. Ovid basene (EMBASE) I noen baser brukes $ og? I tillegg til * som wildcards. Sjekk brukerveiledningen for basene for mer informasjon. 21 Trunkering Bruk trunkering med forsiktighet, da denne funksjonen kan gi mange treff og mye støy, samt at den i noen baser vil slå av mappingen mot emneord (for eksempel i Pubmed). Søk heller på synonymer med OR: Child OR Children OR Childhood 22 11

12 Frasesøking i Pubmed Frasesøk: vitamin c brain cancer 23 Dette er et viktig hjelpemiddel når man søker på nettet (for eksempel via Google), og er også mulig i PubMed for å indikere at to ord skal stå ved siden av hverandre. Bruk av frasesøk i Pubmed frarådes imidlertid fordi dette vil slå av PubMeds mapping mot MESH ord. Søk på vitamin c: ("ascorbic acid"[tiab] NOT Medline[SB]) OR "ascorbic acid"[mesh Terms] OR vitamin C[Text Word] Søk på vitamin c : "vitamin C"[All Fields] Du kan imidlertid bruke frasesøking når du på forhånd har sjekket at det ikke finnes noe MESH-ord knyttet til temaet/søkeordene du leter etter. MESH-søking Søking med vanlige ord (fritekst) kan ofte gi mange irrelevante treff. For en høyere presisjon i søkene bør søk direkte på emneord brukes. I PubMed leses alle indekserte artikler av fagpersoner som setter på MESH ord, som da skal i stor grad skal reflektere innholdet i artikkelen. Ulempen med MESH søking er at helt nye artikler kan mangle MESH ord, og blir dermed ikke funnet. Sjekk alltid definisjon og event. årstall for det MESH ordet du vil bruke. MESH tesaurusen er tilgjengelig fra menyen til venstre på hovedsiden

13 MESH-søking Skriv inn søkeord/ emneord. Legg merke til MESH! Du får da forslag til MESH ord. Klikk på aktuelt MESH for mer informasjon. 25 MESH-søking Definisjon Aspektorer Synonymer dekket av denne MESH termen. MESH tre/hierarki 26 MESH tesaurusen vil ofte gi forslag til relaterte MESH ord som kan være relevante sammen med det valgte ordet. 13

14 MESH-søking - Aspektorer 27 Aspektorene (subheadings) gir oss muligheten til å avgrense på spesielle aspekter ved emneordene (ved å hake av en eller flere av aspektorene). Behandling av forkjølelse: Common Cold/therapy Vær oppmerksom på at bruk av aspektorer kan føre til at man mister enkelte relevante artikler. Bruk derfor disse med forsiktighet! Bruk aspektoren adverse effects for å sjekke bivirkninger på legemidler og behandling fremfor å søke direkte i fritekst. MESH-søking - Emnetre Mange MESH ord finnes i flere emnetrær. PubMed søker automatisk på underemnord ( exploding ), og denne funksjonen må slås manuelt av. Søker du på Angina Pectoris, søker du i tillegg på: - Angina, Unstable - Angina Pectoris, Variant -MicrovascularAngina 28 14

15 MESH-søking Kryss av for ønsker MESH ord (og eventuelt aspektorer) og velg Send to Search box with and fra Send to menyen. 29 Trykk deretter på Search PubMed for å gjøre et søk på MESH ordet i PubMed MESH-søking 30 MESH søk på vårt eksempel: 1. Common Cold [MESH] 2. Ascorbic Acid [MESH] 3. Fish Oils [MESH] 4. 1 AND (2 OR 3) Dette kan også uttrykkes direkte som: Common Cold [MESH] AND (Ascorbic Acid [MESH] OR Fish Oils [MESH]) Men det er bedre gjøre individuelle søk på de enkelte MESH ord først og kombinere til slutt. Dette for å unngå feil i forbindelse med omfattende søk (som vil gi lange søkestrenger) og for at det skal bli lettere å inkludere nye MESH ord senere i søket. 15

16 MESH-søking Hvordan unngå å miste de nyeste artiklene ved MESH-søking? 1. Gjør først MESH-søket ditt (Søk1). 2. Søk deretter på søkeordene/mesh-ordene som fritekstsøk, men avgrens på artikler publisert de siste seks måneder (Søk2). 3. Hvis du ønsker det, kan du slå sammen de to søkene til en treffliste ved å kombinere dem: Søk1 OR Søk2 Husk at det vil variere fra tema til tema hvor mange nye artikler som ligger i PubMed uten emneord. 31 Hvordan finne alternative MESH ord Velg Citation i Display nedtrekksmenyen

17 Hvordan finne alternative MESH ord Viser at dette er en oversiktsartikkel. Her kan du sjekke om det finnes alternative MESH ord som du ikke har tenkt på selv. 33 I Citation-grensesnittet får du informasjon om publikasjonstype, emneord m.m. nedenfor sammendraget Det optimale søk Det finnes ingen fasit for hvordan det perfekte søk skal utføres. Dette vil variere fra søk til søk. Skal du gjøre grundige søk, vil det lønne seg både med tesaurussøk og fritekstsøk på alle mulige synonymer. Start med å søke bredt, og avgrens etter hvert etter behov

18 Historikk og Kombinasjonssøking Går du deg vill i søkingen eller ønsker å kombinere søk, er det bare å klikke på History knappen. Kombinasjon av søk 35 Klikk på Result for å gå tilbake til tidligere søk. Avgrensning av søk Avgrensning på forfatter Avgrensning på tidsskrift Avgrensning på dato Avgrensning på kjønn og dyr/menneske Avgrensning på språk Avgrensning på alder Avgrensning på publikasjonstype (for eksempel Review, RCT etc. 36 Avgrensning på felt 18

19 Avgrensning av søk - tidsavgrensning 37 Published in the last (= Publikasjonstidspunkt) Klikk på nedtrekksmenyen for å velge tidsavgrensning. Velg Choose date range for å legge inn fra-til dato/år. Valget Any date gir søk i alle år som ligger inne. Added to PubMed in the last gir mulighet til å avgrense på artikler lagt inn i PubMed siden et bestemt tidspunkt. Trykk Clear for å annullere valgte limits. Husk at søk også kan avgrenses ved å bruke flere søkeord og AND. Avgrensning av søk Valgte avgrensninger 38 V viser at en eller flere avgrensninger er valgt. NB! Denne må fjernes når du skal søke på nytt, da den har en tendens til å henge igjen (også hvis du går ut av PubMed og inn igjen senere). Tenk igjennom bruken av avgrensninger, da disse kan fjerne relevante artikler. Gjør testsøk med og uten avgrensninger for å være sikker. Husk at enkelte avgrensninger vil eliminere nye artikler som ikke er fullt indeksert i PubMed (eks: PubMed - in process artikler). 19

20 Håndtering av trefflista Interessante artikler kan merkes ved å hake dem av. Velg: Printer for utskrift File for lagring eller import til Referansehåndteringsprogram. for å sende søk på epost. Tekst for rent tekstformat. 39 Merker du noen artikler, vil kun disse bli overført til lagring eller utskrift. Du kan også lagre søkestrategien din på PubMed med My NCBI. Utskrifttavla/Clipboard Ønsker du å samle flere søk i en fil eller i ei utskrift, kan du lagre disse midlertidig på utklippstavla. Dette gjøres ved å velge Clipboard (1) fra Send to menyen. Innholdet i utklipstavla hentes opp ved å trykke på Clipboardfanen (2), og kan eksporteres på ulike måter som vanlig. * viser at det er innhold i utklippstavla. Utklippstavla har plass til maks. 500 referanser. 20

21 Pubmed & e-ubit: Hvordan skaffe artikler? Klikk på hyperlenken for å komme til sammendrag og event. fulltekst. Lenke til fulltekst fra utgiver finnes for en del referanser, men virker bare når vi har abonnement eller artikkelen er gratis. 41 e-ubit gir alltid korrekt informasjon om fulltekst, samt mulighet til kopibestilling Pubmed & e-ubit: Hvordan skaffe artikler? 42 I perioder i høst har eventuell fulltekst åpner seg direkte i e-ubit vinduet. Klikk på Vis SFX-Meny for å se flere muligheter i e-ubit (for eksempel Bibsys beholdning). Bruk også denne funksjonen hvis fulltekst ikke fungerer. Alternativt vil SFX menyen åpnes direkte og fulltekst må velges manuelt (se neste bilde). 21

22 Opplysninger om referansen Her får du beskjed om fulltekst kun når du har tilgang, og lenkene fører nesten alltid direkte til artikkelen e-ubit (Hvis du ber om menyen eller hvis fullteksttilgang mangler. NB! Klikk Advanced / Flere valg hvis ikke hele menyen vises) Her kan du bestille kopi via Bibsys (hvis fulltekst mangler), eller sjekke beholdning av trykt utgave Her kan du gjøre et videresøk på forfatteren i ISI Web of Science (kun for NTNU). Dette valget dukker ikke alltid opp Her kan du gjøre et internettsøk på ord i artikkelens tittel (for eksempel via Google) Her kan du eksportere referansen til et referansehåndteringsverktøy (NB! Fungerer ikke alltid optimalt!) 43 Her kan du sjekke det aktuelle tidsskrifts Impact Factor. NB! Denne funksjonen fungerer ikke alltid, og dette valget kommer ikke alltid opp. Pubmed & e-ubit: Hvordan skaffe artikler? Eksempel på en fulltekstartikkel: Bruk alltid PDF versjon for utskrift. Nettversjon (html) av artikkelen. Det er ikke alle e-tidsskrifter som har artikler i begge formater. Noen har kun en pdfversjon. Andre (spesielt eldre hefter) kan kun ha en nettversjon

23 Hvordan skaffe artikler - Kopibestilling? Eventuell beholdning av trykt utgave ved UBIT Legg inn lånenummeret ditt og etternavn Legg Eventuell inn eventuelle melding til beskjeder biblioteketil biblioteket Betalingsnummer som fås fra instituttet/klinikken. Oppgis ikke dette, får du regning personlig. Referansen dras automatisk med 45 Klikk her for å sende bestillingen PubMed - Forfattersøk b Etternavn og initialer med store bokstaver (uten komma) tolkes som forfatternavn. PubMed trunkerer fornavn slik at event. mellomnavnsinitialer blir inkludert. Forfattersøk er også tilgjengelig gjennom feltavgrensning i Limits. Trykk på Add Author, og skriv inn etternavn. Forfatterindeksen vil sprette opp med forslag til navn. Velg ønsket navn og trykk GO

24 PubMed - Forfattersøk Forfattersøk kan også angis ved bruk av kommandoen [AU]. Nyheter: Navn [1AU] Forfatter er førsteforfatter på en artikkel. Navn [LASTAU] Forfatter er sisteforfatter på en artikkel. Navn [1AU] AND Navn [LastAU] Forfatter er eneforfatter på en artikkel. 47 PubMed Søk på ord i tittel/originaltittel Det kan søkes etter ord i tittel ved bruk av kommandoen [TI]. Du kan også søke etter ord i originaltittel (på originalspråket) ved bruk av kommandoen: [TT] 48 24

25 Søk i et bestemt tidsskrift Velg Journals database fra menyen til venstre. Husk at du også kan avgrense til bestemte tidsskrift v.h.a. LIMITS. Søk på full tittel eller forkortelser (J* Clin* Onc*) Klikk på links og velg PubMed for å søke på artikler kun i dette tidsskriftet. 49 Denne søkemuligheten kan brukes til å finne tidsskriftforkortelser. Siteringssøk Siteringssøk brukes for å finne en referanse som du vet finnes, men som du har kun noen få opplysninger om. Velg Single Citation Matcher fra menyen til venstre. Legg inn de opplysningene du har. Du får hjelp fra indeksen når du begynner å skrive inn tidsskrift- og forfatternavn. Avslutt med Go

26 Clinical Queries - Søkefiltre Hjelpemiddel for å finne klinisk informasjon Clinical Queries er tilgjengelig fra menyen til venstre på hovedsiden. Søkeord 51 Studiekategori Velg søkets nøyaktighet Clinical Queries - Søkefiltre Hjelpemiddel for å finne klinisk informasjon Sensivitet: Stor sjanse for å finne alle relevante artikler, men også noen som ikke er så relevante. Spesifisitet: Stor andel av treff på relevante artikler (mindre støy), men du risikerer å miste noen relevante artikler. Egen søkemotor også for systematiske oversiktsartikler: 52 26

27 Gjennom My NCBI gir PubMed deg mulighet til å personifisere PubMed og opprette et eget område tilgjengelig gjennom personlig passord. Du kan bl.a.: * Lagre søk til senere. * Opprette varsling på epost når nye artikler som matcher dine søkekriterier dukker opp. * Lagre personlige filtre som vil gruppere søkeresultatene dine slik du ønsker. * Endre utseende på hvordan referanser presenteres. * Få fargemerking av søkeordene dine. Du må registrere deg før du kan ta i bruk My NCBI, og logge deg inn med brukernavn og passord for å få tilgang til tjenesten (det er mulig å aktivere en automatisk pålogging). 53 Registrering Velg navn og passord (som du husker!) Sikkerhetsspørsmål for at du skal kunne få tilsendt glemt passord Skriv inn oppgitte bokstaver/tall 54 Epost må legges inn hvis du skal bruke epostvarsling 27

28 Endre utseende Velg My NCBI fra inngangsporten øverst til høyre på siden. Er du ikke pålogget, blir du bedt om å logge på du går videre. Deretter velger du User Preferences fra menyen til venstre. 55 Endre utseende 56 Velg fargeutheving av søkeord Avslutt med OK Velg format for enkeltreferanser (AbstractPlus er default, men Abstract gir mer oversiktlig tilgang til fulltekst og eventuell kopibestilling) 28

29 Lagre søk på My NCBI Søk lagres ved å klikke på lenken Save Search til høyre for søkefeltet. Husk at det er søkestrategien som lagres her, ikke trefflista! Velg navn på søket og trykk OK. 57 Ønsker du å opprette en automatisk overvåkning av det valgte søk, klikk OK. Opprette varsling via epost Hvor ofte vil du motta varsel Velg om du vil ha en html formatert eller en med vanlig tekst. 58 Vil du vite hvis det ikke har kommet nye artikler i perioden? Maks. antall artikler det skal varsles om 29

30 Lagre søk Når du logger deg inn i My NCBI får du opp dine lagrede søk, og kan søke opp disse på nytt, lage epostvarsling, eller slette gamle søk. 59 Bruk av filtre Klikk på verktøyikonet for å få tilgang til filtervalg. Ofte brukte filtre kan velges direkte herifra 60 Velger oversiktsartikler 30

31 Bruk av filtre Flere filtre kan velges ved å klikke på Browse-fanen 61 Ønsker filtre for meta-analyser og RCT artikler. Bruk av filtre Klikk på ønsket publikasjonsform, og velg deretter dette filteret. 62 I tillegg til den ordinære trefflista får vi alternative lister med treff som er gruppert i forhold til våre valgte filter. 31

32 Bruk av filtre Oversikt over aktiverte filtre finnes under fanen My Selections, og herifra kan du også deaktivere valgte filtre. 63 Bruk basenes hjelpfunksjoner og tutorials hvis du står fast! Ta kontakt med biblioteket hvis du trenger hjelp! Lykke til! 64 32