Spesifikasjon - overføring av HPVtestresultater. Utarbeidet i forbindelse med Masseundersøkelsen mot livmorhalskreft 1. juli 2005

Transkript

1 Spesifikasjon - overføring av HPVtestresultater Utarbeidet i forbindelse med Masseundersøkelsen mot livmorhalskreft 1. juli 2005 Oppdatert 18. september 2013

2 Innhold 1. Innledning Om denne spesifikasjonen Utvekslingsrutinene Kvalitetskrav for registrering av HPV-testresultater ved det enkelte laboratorium Forsendelsesrutiner Hvilke HPV-testresultater skal overføres? Filformat Oversikt over filformatet Detaljert gjennomgang av de forskjellige feltene i filformatet Detaljert gjennomgang av de forskjellige feltene i filformatet Mulige framtidige oppdateringer

3 1. Innledning 1.1. Om denne spesifikasjonen Denne spesifikasjonen gir støtte for patologi- og mikrobiologilaboratorier som gjennomfører elektronisk innrapportering av HPV-testresultater fra cervix. Spesifikasjonen er beregnet for laboratoriets IT-ansvarlige - samt eventuelle vedlikeholdsprogrammerere som skal modifisere dataprogrammene. Det forutsettes således en viss kjennskap til IT-terminologi. Avsnittet om forsendelsesrutiner er beregnet for personale som skal gjennomføre forsendelsesrutinene Utvekslingsrutinene Datainnsending skjer på CD i et eget definert format. Utvekslingsrutinene er som følger: 1. Laboratoriet registrerer HPV-testene i sitt eget IT-system. 2. En gang per måned overføres registrerte data til CD. 3. CDen sendes med vanlig brevpost til Kreftregisteret. 4. Kreftregisteret overfører data fra CDen til den sentrale databasen Kvalitetskrav for registrering av HPVtestresultater ved det enkelte laboratorium Det enkelte laboratorium har ansvar for at det etableres rutiner som sikrer korrekt registrering. 3

4 2. Forsendelsesrutiner Registreringene samles opp i månedlige forsendelser. Første uke i hver måned sendes CD for samtlige HPV-testresultater som er besvart i foregående måned. F.eks. sendes CD for HPV-testresultater tatt i juli 2005 inn til Kreftregisteret i løpet av uken august CDene nummereres fortløpende (tilsendte etiketter benyttes), og laboratoriet fører oversikt over når den enkelte CD er sendt (tilsendt skjema benyttes): Diskettnummer Sendt Signatur Det er viktig at nummeréringen er fortløpende og at forsendelsesoversikten oppdateres hver gang forsendelse skjer. CDene emballeres forsvarlig - slik at skader under postbehandling unngås - og sendes som vanlig brevpost til: Masseundersøkelse mot livmorhalskreft Kreftregisteret Postboks 5313, Majorstuen 0304 Oslo Laboratoriet er ansvarlig for å anskaffe egnede CDer. CD emballasje kan rekvireres fra Kreftregisteret. Kreftregisteret vil samle opp mottatte CDer i ca. ett år og deretter returnere dem uten at informasjonen er slettet. Det er laboratoriets ansvar at CDene slettes før evt. gjenbruk. 4

5 3. Hvilke HPV-testresultater skal overføres? Kopi av alle HPV-testresultater fra cervix skal overføres. Dette gjelder uavhengig av pasientens alder eller årsak til at prøven er tatt. Forøvrig henvises til Forskrift om innsamling og behandling av helseopplysninger i Kreftregsiteret (Kreftregisterforskriften), fremmet av Sosial- og helsedepartementet og fastsatt ved kgl. Res. 21. desember

6 4. Filformat 4.1. Oversikt over filformatet Av hensyn til de forskjellige IT-systemene som benyttes ved mikrobiologi- og patologilaboratoriene er filformatet som defineres i denne spesifikasjonen konstruert slik at det enkelt skal kunne skrives ut fra og leses inn i de fleste databehandlingsverktøy. Formatet er kommaseparert for å lette bruk av moderne databehandlingsverktøy. Alle felter har fast lengde slik at eldre verktøy basert på faste posisjoner (f.eks. FORTRAN og RPG II) enkelt skal kunne skrive ut feltene Filnavn Formatet består av en fil med filnavn konstruert slik: <laboratorienummer>"v"<cdnummer>".csv" F.eks. filnavnet "12V00015.CSV" betyr CD nummer 15 fra laboratorium nummer 12. CDnummeret er høyrejustert og ledende nuller inkluderes slik at CDnummeret alltid har 5 sifre. Tilsvarende har laboratorienummeret alltid 2 sifre. Posttypen er indikert med "V". Tabell 1 Følgende laboratorienummer benyttes Patologi laboratorier Lab for patologi Oslo Universitets sykehus OUS Nummer Lab. for patologi A/S 03 Gades Institutt Haukeland sykehus St. Olavs Hospital Molde Sjukehus Unilabs Labortoriemedisin AS 11 Sykehuset Østfold Fredrikstad Patologisk-Anatomisk Avdeling Universitetssykehuset i Nord-Norge UNN Sykehuset Telemark Sykehuset Innlandet, Lillehammer Vestre Viken, Drammen sykehus Ålesund Sykehus

7 Nordlandssykehuset, Bodø Stavanger universitetssykehus SUS Sykehuset sørlandet, Kristiansand Akershus universitetssykehus (Ahus) Sykehuset i Vestfold Avdeling for patologi, Førde sentralsjukehus Avdeling for patologi, Haugesund sjukehus Mikrobiologi laboratorier Avd for mikrobiologi Oslo Universitets sykehus OUS Avd for mikrobiologi Oslo Universitets sykehus OUS Nummer Fürst, Molekylærbiologisk avd 36 Haukeland sykehus St. Olavs Hospital Molde Sjukehus Sykehuset Østfold Fredrikstad Universitetssykehuset i Nord-Norge Telelab Sykehuset Innlandet, Lillehammer Sykehuset Buskerud Ålesund Sykehus Nordlandssykehuset, Bodø Stavanger universitetssykehus Sykehuset sørlandet, Kristiansand

8 Akershus universitetssykehus (Ahus) Sykehuset i Vestfold Laboratorienumrene er basert på Kreftregisterets nummertildeling for laboratoriene Filstruktur Poststruktur Filen består av poster ("records") av fast format. Hver post avsluttes med ett CR/LFpar (dvs. desimalt ASCII 13 og 10) og hele filen avsluttes med filsluttmerke (dvs. desimalt ASCII 26). Vanligvis skrives disse kontrolltegnene ut automatisk av databehandlingsverktøyet som benyttes (standard MS-DOS tekstfilformat). Eksempel: <Post 1> <CR> <LF> <Post 2> <CR> <LF>... <Post n> <CR> <LF> <EOF> Tegnsett Det gjøres spesielt oppmerksom på plasseringen av følgende tegn i tegnsettsekvensen: Tegn æ 230 ø 248 å 229 Æ 198 Ø 216 Å 197 Plassering (desimal) Feltseparatorer og feltjustering Hvert felt omsluttes av tegnene "" (anførselstegn) og feltene separeres av, (komma). Felter som inneholder koder (f.eks. HPV-type, personnummer) skal ha evt. ledende nuller. F.eks. "06" istedenfor "6 " eller " 6". Felter som inneholder tekst skal være venstrejustert - andre felter kan valgfritt høyre eller venstrejusteres. 8

9 Eksempel Nedenfor er gitt et eksempel på en kort fil som oppfyller spesifikasjonen (linjeskillene er her tatt med kun av typografiske årsaker): "42","V","00015"," ","33266", "Hansen ", "Petra ","8160", "01","0"," "," "," "," ", " "," "," "<CR><LF> "31","V","00015"," ","23269", "Kristensen ", "Wenche Margrethe ","0175", "02","1","16","18","33","06", " "," "," "<CR><LF> <EOF> 9

10 4.2. Detaljert gjennomgang av de forskjellige feltene i filformatet Nedenfor gjennomgås feltene som rapporteres fra laboratoriene. Feltene er beskrevet i samme rekkefølge som de benyttes i postene. Dataelement Laboratorienummer Eksempler og forklaring av koder "42" "31" Antall posisjoner Kommentarer 2 Hvert laboratorium får tildelt sitt eget nummer for identifikasjon. Se tabell 1. Posttype "V" 1 Konstant verdi som identifiserer posttypen som er beskrevet i denne spesifikasjonen. CDnummer "00015" 5 CDnummer skal stemme overens med oversikten som laboratoriet fører. Fødselsdato " " " " = fødselsdato er ukjent 10 Ved registreringen i den sentrale databasen kontrolleres at fødselsdato er en eksisterende dato. Årstall må oppgis med fire sifre. Dersom det oversendes data som inneholder tosifret årstall etter 15. desember 1999 vil Kreftregisterets systemer tolke datoene slik: Personnummer "33266" Slektsnavn Fornavn og mellomnavn " " = personnummer er ukjent "Hansen " "Petra " For fullstendige fødselsnumre regnes århundre ut fra kombinasjonen av tosifret årstall og personnummer basert på skattedirektoratets retningslinjer. For prøver hvor personnummer mangler, antas fødselsdato å ligge på 1900-tallet. Fødselsdato og navn kontrolleres mot folkeregisteret og eventuelle avvik i århundre forsøkes korrigert manuelt. 5 Ved registreringen i den sentrale databasen kontrolleres at sjekksifrene er riktige og at personen er registrert i personregisteret. Dersom fødselsnummeret er konstruert (f.eks. for personer som ikke er bosatt i Norge) må sentralenheten behandle HPV-testresultatet spesielt. I slike tilfeller skal personnummeret stå tomt. Konstruerte personnumre skal ikke overføres til Kreftregisteret. 30 Dersom slektsnavn har kortere lengde enn 30 tegn fylles resten av feltet med mellomromtegn. Dersom slektsnavn har lengre lengde enn 30 tegn kuttes overskytende antall tegn vekk fra slutten av slektsnavnet. 34 Tilsvarende som for slektsnavn. Som skilletegn mellom fornavn og mellomnavn benyttes enten mellomromtegn eller komma. 10

11 Dataelement Postnummer "8160" Eksempler og forklaring av koder " " Antall posisjoner Kommentarer 4 Postnummer Dersom postnummer ikke er tilgjengelig skal feltet ha tomt innhold. Testtype "01" 2 Feltet angir hva slags type HPV-test som er benyttet. For å se hvilken test som korresponderer med hvilket nummer, se tabell 2. Testresultat "0" = Negativ "1" = Positiv "9" = Uegnet 1 Dersom det er testet positivt for minst en HPVtype skal verdien være 1. Dersom det ikke er testet positivt for noen HPV-typer skal verdien være 0. HPV-type 1 "16" 2 HPV-type det er testet positivt for. Hvis det er testet positivt for én HPV-type registreres denne her og HPV-type 2-4 har tomt innhold. Hvis det er testet positivt for to HPVtyper registreres en HPV-type i HPV-type 1, og den andre HPV-typen i HPV-type 2. HPV-type 3-4 har da tomt innhold. Osv. HPV-type 2 "18" 2 HPV-type det er testet positivt for. Hvis det er testet positivt for færre enn to HPVtyper settes feltet tomt. HPV-type 3 "33" 2 HPV-type det er testet positivt for. Hvis det er testet positivt for færre enn tre HPVtyper settes feltet tomt. HPV-type 4 "06" 2 HPV-type det er testet positivt for. Hvis det er testet positivt for færre enn fire HPV-typer settes feltet tomt. Testdato " " 10 Dato for utført test hos laboratorium. Oppgis på samme måte som fødselsdatoen. Prøvetakingsdato " " " " Testnummer " " " " "HPV " 10 Dato for prøvetaking hos rekvirent. Oppgis på samme måte som fødselsdatoen. 10 Dette nummeret skal være unikt for hvert testresultat innenfor hvert laboratorium. Eksisterer ikke dette i laboratoriesystemet må det konstrueres et for uttrekket. 11

12 4.3. Genotypetest For records med testtyper hvor positiv/ negativ test og genotypetest gjøres samtidig skal det sendes én rad som inneholder data for både positiv/ negativ test (feltet Testresultat) og for genotypetest (feltene HPV-type1 til 4). For testtyper hvor positiv/ negativ test og genotypetest gjøres separat skal det sendes én rad for positiv/ negativ test (feltet Testresultat) og én rad for genotypetest (feltene HPV-type1 til 4) (der hvor genotypetest gjøres). Begge radene skal inneholde aktuelle opplysninger for de andre feltene. Eksempel (linjeskillene er her tatt med kun av typografiske årsaker): "51","V","00001"," ","11211","HANSEN ","PETRA ","8160","03","1","16","18"," "," "," "," "," " "51","V","00001"," ","11211","HANSEN ","PETRA ", "8160","04","1"," "," "," "," "," "," "," " "51","V","00001"," ","11211","HANSEN ","PETRA ","8160","08","1","16","18","82"," "," "," "," " 12

13 Tabell 2 HPV-testtyper Nummer Navn 01 HCII 02 HCIII 03 PreTect HPV-Proofer, NORCHIP 04 Amplicor, Roche Diagnostics 05 PCR- primer, må oppgis første gang 06 Real time PCR 07 Ventana Inform HPV (ISH) 08 ISH andre, må oppgis første gang 09 PAP 13 Tele-lab 11 Cobas Hvis man benytter andre tester enn de nevnt overfor, må man kontakte Gry Baadstrand Skare (gbs@kreftregisteret.no) eller Randi Waage (randi.waage@kreftregisteret.no) for å få tildelt nummer. Hvilke HPV-tester som til enhver tid kan benyttes i Masseundersøkelsen mot livmorhalskreft finnes på Kreftregisterets nettside: 13

14 5.0 Mulige framtidige oppdateringer Det er aktuelt å ta hensyn til følgende punkter ift hvordan systemet bygges opp, slik at framtidige versjoner kan inneholde disse hvis aktuelt. Øke antall HPV-typer som det er mulig å inkludere (nå fire). 14