Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet

Juli 2015 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet Versjon 1 72 Kvalitativ in vitro-diagnostikk Til bruk med QIAsymphony SP/AS- og Rotor-Gene Q-instrumenter 4572366 QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, 40724 Hilden, TYSKLAND R4 1075376NO Sample & Assay Technologies

QIAGEN Sample and Assay Technologies QIAGEN er den ledende leverandøren av innovativ prøve- og analyseteknologi og gjør det mulig å isolere og påvise innhold i enhver biologisk prøve. Våre avanserte høykvalitetsprodukter og -tjenester sikrer suksess fra prøve til resultat. QIAGEN setter standardene når det gjelder: Rensing av DNA, RNA og proteiner Nukleinsyre- og proteinanalyser microrna-forskning og RNAi Automatisering av prøve- og analyseteknologi Vårt mål er å gjøre det mulig for deg å oppnå enestående suksess og gjennombrudd. Se www.qiagen.com for mer informasjon.

Innhold Tilsiktet bruk 4 Sammendrag og forklaring 4 Patogeninformasjon 4 Prosedyreprinsipp 4 Materialer som følger med 6 Innhold i settet 6 Nøvendige materialer som ikke følger med 6 Advarsler og forsiktighetsregler 8 Sikkerhetsinformasjon 9 Generelle forsiktighetsregler 9 Oppbevaring og håndtering av reagens 10 Håndtering og oppbevaring av prøver 10 Prosedyre 12 Kontroller 13 Klargjøring av bærer-rna (CARRIER) og intern kontroll (C. difficile intern kontroll) 13 Analysekontrollsett og analyseparametersett 15 Protokoller DNA-isolering og analyseoppsett på QIAsymphony SP/AS 16 PCR på Rotor-Gene Q-instrument 27 Tolking av resultater 31 Feilsøkingsveiledning 36 Kvalitetskontroll 41 Begrensninger 41 Ytelsesegenskaper 42 Referanser 42 Symboler 42 Kontaktinformasjon 43 Bestillingsinformasjon 44 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 3

Tilsiktet bruk Artus C. difficile QS-RGQ-settet er en in vitro polymerasekjedereaksjon (PCR)- analyse til bruk med QIAsymphony SP/AS- og Rotor Gene Q-instrumenter for kvalitativ påvisning av toksigene Clostridium difficile toksin A- og toksin B-gener i human flytende eller myk avføring fra pasienter som mistenkes å ha Clostridium difficile-relatert sykdom. Testen skal brukes direkte på pasientprøver. artus C. difficile QS-RGQ-settet skal brukes som hjelp ved diagnostisering av Clostridium difficile-infeksjon. Sammendrag og forklaring Artus C. difficile QS-RGQ-settet er et bruksklart system for påvisning av C. difficile-dna ved bruk av en polymerasekjedereaksjon (PCR) på RotorGene Q-instrumenter med prøveklargjøring og analyseoppsett ved bruk av QIAsymphony SP- og AS-instrumentene. Patogeninformasjon Clostridium difficile (C. difficile) er den vanligste årsaken til sykehusrelatert diaré, og er påvist å utgjøre 48 % av alle gastrointestinale sykehuservervede infeksjoner i Europa (1). Infeksjon med C. difficile kan føre til mer alvorlige komplikasjoner uten riktig behandling, inkludert pseudomembranøs kolitt og toksisk megakolon. Pasienter med risiko for C. difficile -infeksjon inkluderer eldre, de som har vært innlagt på sykehus i lange perioder, og de med tidligere eksponering for antibiotika (2). Patogenesiteten til toksigene stammer av C. difficile kommer av 2 proteintoksiner, toksin A (tcda) og toksin B (tcdb). Både toksin A og toksin B bidrar til diaré ved å forårsake tarmbetennelse og væsketap grunnet skade på epitelvev. I tillegg er utviklingen av en hypervirulent stamme, klassifisert som NAP1/027/B1, tilskrevet den økte alvorlighetsgraden og mortaliteten grunnet C. difficile-infeksjon når denne stammen blir mer utbredt på verdensbasis (2). Prosedyreprinsipp C. difficile Master A og C. difficile Master B inneholder reagenser og enzymer for den spesifikke forsterkningen av målregioner i tcda, tcdb og tcdbv-gener for toksigene C. difficile-genomer, og for direkte påvisning av det spesifikke amplikonet i den fluorescerende kanalen Cycling Orange og Cycling Green for Rotor-Gene Q-instrumenter. 4 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

I tillegg inneholder artus C. difficile QS-RGQ-settet et sekundært heterologt kontrollsystem for å identifisere mulige feil under hele analyseprosessen. Dette påvises som en intern kontroll (IC) i den fluorescerende kanalen Cycling Crimson for Rotor-Gene Q-instrumenter. Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 5

Materialer som følger med Innholdet i artus C. difficile QS-RGQ-settet er tilstrekkelig for 72 tester i ett av tre partier med 24 reaksjoner på QIAsymphony RGQ. Rotor-Gene Q-instrumentets rotor rommer opptil 72 reaksjonsrør. Innhold i settet artus C. difficile QS-RGQ Kit (72) Katalognr. 4572366 Antall reaksjoner 72 Blå C. difficile master A 3 x 330 µl Fiolett C. difficile master B 3 x 600 µl Grønn Rød C. difficile Internal Control (C. difficile intern kontroll) C. difficile Positive Control (C. difficile positiv kontroll) 3 x 540 µl 3 x 330 µl Hvit C. difficile Negative Control (C. difficile negativ kontroll) 3 x 330 µl artus C. difficile QS-RGQ Kit Handbook (Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet) (engelsk) 1 Nødvendige materialer som ikke følger med Når du arbeider med kjemikalier, må du alltid bruke en egnet laboratoriefrakk, engangshansker og vernebriller. Du finner mer informasjon på de aktuelle sikkerhetsdatabladene (HMS-databladene) som fås fra leverandøren av produktet. Forbruksvarer og reagenser til forbehandling av prøver PurFlock Ultra Flocked Swab (PurFlock Ultra nylonpensel) (Puritan Medical Products Company LLC, kat.nr. 25-3306-U) Buffer ATL (4 x 50 ml) (kat.nr. 939016) 6 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

Adaptere for QIAsymphony SP Elution Microtube Rack QS (Elueringsmikrorørstativ QS) (kjøleadapter, EMT, v2, Qsym, kat.nr. 9020730) i kombinasjon med QIAsymphony SP/ASoverføringsrammen Tube Insert 3B (Rørinnlegg 3B) (innlegg, 2,0 ml v2, prøvebær. (24), Qsym, kat.nr. 9242083) Forbruksvarer og reagenser for QIAsymphony SP QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini-sett (kat.nr. 937036) Buffer ATL (4 x 50 ml) (kat.nr. 939016) Sample Prep Cartridges (Prøveklargjøringspatroner) 8-brønns (kat.nr. 997002) 8-Rod Covers (8-stangsdeksler) (kat.nr. 997004) Filter-Tips (Filterspisser), 1500 µl (kat.nr. 997024) Filter-Tips (Filterspisser) 200 µl (Kat.nr. 990332) Elution Microtubes CL (Elueringsmikrorør CL) (EMTRE) (kat.nr. 19588) Tip disposal bags (Spissavfallsposer) (kat.nr. 9013395) Micro tubes 2.0 ml Type H (Mikrorør 2,0 ml type H), uten kantbase (Sarstedt, kat.nr. 72.693) eller Micro tubes 2.0 ml Type I (Mikrorør 2,0 ml type I), med kantbase (Sarstedt, kat.nr. 72.694, www.sarstedt.com) for bruk med prøver og interne kontroller Tubes 14 ml, 17 x 100 mm polystyrene round-bottom (Rør 14 ml, 17 x 100 mm polystyren, rund bunn) (Becton Dickinson, kat.nr. 352051) til bruk med interne kontroller Adaptere og reagensholdere for QIAsymphony AS Reagent holder 1 QS (Reagensholder 1 QS) (kjøleadapter, reagensholder 1, Qsym, kat.nr. 9018090) RG Strip Tubes 72 QS (RG-strimmelrør 72 QS) (kjøleadapter, RG-strimmelrør 72, Qsym, kat.nr. 9018092) Forbruksvarer for QIAsymphony AS Strip Tubes and Caps (Strimmelrør og lokk), 0,1 ml (kat.nr. 981103) Tubes, conical, 2 ml, Qsym AS (Rør, koniske, 2 ml, Qsym AS) (kat.nr. 997102) Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 7

Tubes, conical, 5 ml, Qsym AS (Rør, koniske, 5 ml, Qsym AS) (kat.nr. 997104) Filter-Tips (Filterspisser), 1500 µl (kat.nr. 997024) Filter-Tips (Filterspisser) 200 µl (Kat.nr. 990332) Filter-Tips (Filterspisser), 50 µl (kat.nr. 997120) Tip disposal bags (Spissavfallsposer) (kat.nr. 9013395) Utstyr til generell laboratoriebruk Pipetter (justerbare)* og sterile pipettspisser med filtre Vorteks-blander* Arbeidsbenksentrifuge* med rotor for 2 ml reaksjonsrør Utstyr for prøveklargjøring og analyseoppsett QIAsymphony SP (kat.nr. 9001297),* programvareversjon 4.0 eller høyere QIAsymphony AS (kat.nr. 9001301),* programvareversjon 4.0 eller høyere Utstyr for PCR Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM-instrument Rotor-Gene AssayManager versjon 1.0 eller nyere Advarsler og forsiktighetsregler Til bruk i in vitro-diagnostikk * Pass på at instrumentene er kontrollert og kalibrert i henhold til produsentens anbefalinger. Hvis relevant, Rotor-Gene Q 5plex HRM-instrument med en produksjonsdato på januar 2010 eller senere. Produksjonsdatoen finnes i serienummeret på instrumentets bakside. Serienummeret er i formatet "RMMÅÅNNN" der "MM" angir produksjonsmåneden i siffer, "ÅÅ" angir de siste to sifrene i produksjonsåret og "NNN" angir den unike instrumentidentifikatoren. Det kan være nødvendig å foreta en engangsjustering av Rotor-Gene Q- og Rotor-Gene Q MDxinstrumenter produsert før juni 2014 før de kan brukes med artus C. difficile QS-RGQ-settet. Ved manglende justering kan det hende at instrumenter produsert før juni 2014 (dvs. serienumre lavere enn R0614999) ikke klarer å gjennomføre ovennevnte analyse godt nok (se Begrensninger på side 41 for mer informasjon). 8 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

Sikkerhetsinformasjon Når du arbeider med kjemikalier, må du alltid bruke en egnet laboratoriefrakk, engangshansker og vernebriller. Du finner mer informasjon på de aktuelle sikkerhetsdatabladene (HMS-databladene). Disse er tilgjengelige elektronisk i et lettvint og kompakt PDF-format på www.qiagen.com/safety der du kan finne, vise og skrive ut sikkerhetsdatablader for hvert QIAGEN -sett og hver settkomponent. For sikkerhetsinformasjon for QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini-settet se bruksanvisningen for QIAsymphony DSP Virus/Pathogen-settet (håndbok) (QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Kit Instructions for Use (Handbook)) som følger med dette settet. For sikkerhetsinformasjon om instrumentene, se QIAsymphony SP/AS User Manual General Description, QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony SP, QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony AS, QIAsymphony Management Console User Manual, Brukerhåndbok for Rotor-Gene AssayManager kjerneapplikasjon, artus Basic Plug-in brukerhåndbok, og brukerhåndboken som følger med Rotor-Gene Q-instrumentet. Kast prøve- og analyseavfall i henhold til de lokale sikkerhetsforskriftene. Følgende risiko- og sikkerhetssetninger gjelder for komponenter i artus C. difficile QS-RGQ-settet. artus C. difficile IC Inneholder: Mixture of 5-Chloro-2-methyl-4-isothiazolin-3-one and 2-Methyl-2H -isothiazol-3-one (3:1). Advarsel! Kan utløse en allergisk hudreaksjon. Benytt vernehansker/ verneklær/ vernebriller/ ansiktsskjerm. C. difficile Positive Control Inneholder: Mixture of 5-Chloro-2-methyl-4-isothiazolin-3-one and 2-Methyl-2H -isothiazol-3-one (3:1). Advarsel! Kan utløse en allergisk hudreaksjon. Benytt vernehansker/ verneklær/ vernebriller/ ansiktsskjerm. Generelle forsiktighetsregler Vær alltid oppmerksom på følgende: Bruk sterile pipettspisser med filtre. I løpet av manuelle trinn skal rørene holdes lukket når dette er mulig for å unngå kontaminering. Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 9

Tin alle komponentene grundig ved romtemperatur (15 25 C) før igangsetting av en analyse. Når de er opptinet, bland komponentene (ved å pipettere flere ganger opp og ned eller ved å utføre pulsvorteks) og sentrifuger kort. Påse at det ikke finnes skum eller bobler i reagensrørene. Ikke bland komponentene fra sett med ulike partinumre. Følg generelle forsiktighetsregler. Alle pasientprøver skal anses som potensielt smittefarlige og håndteres deretter. Forsikre deg om at de nødvendige adapterne er forhåndkjølt til 2 8 C. Arbeid hurtig og hold PCR-reagensene på is eller i kjøleblokken før lasting. Fortsett kontinuerlig fra én del av arbeidsflyten til den neste. Ikke overskrid 30 minutters overføringstid mellom QIAsymphony AS- og Rotor-Gene Q- instrumentet). Kontroller at vedlikehold er utført og at reservedeler (f.eks. spissbeskyttere) er satt på plass igjen. Oppbevaring og håndtering av reagens Komponentene i artus C. difficile QS-RGQ-settet skal lagres ved 30 til 10 C og er stabile inntil utløpsdatoen som er angitt på etiketten. Gjentatt opptining og frysing (>3 x) skal unngås, da dette kan redusere analyseytelsen. Alle reagenser som lastes på QIAsymphony AS er kun til bruk i den kjøringen. Ikke fjern gjenværende komponenter for å bruke dem for enda en PCR. Håndtering og oppbevaring av prøver Informasjon om håndtering og oppbevaring av prøver for humane flytende eller myke avføringsprøver er oppgitt i tabell 1. Alle prøver må behandles som potensielt smittefarlig materiale. 10 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

Tabell 1. Håndtering, oppbevaring og klargjøring av prøver for humane flytende eller myke avføringsprøver Prøvetaking Prøvetransport Prøveoppbevaring (inkludert tiden påkrevd for transport) Prøveklargjøring Human flytende eller myk avføring samlet inn ved bruk av en nylonpensel (PurFlock Ultra Flocked Swab (PurFlock Ultra nylonpensel) [Puritan Medical Products Company LLC, kat.nr. 25-3306-U]) Knusesikker transport Forsendelse innen 24 timer etter prøvetaking Sending av prøver med post ifølge de lovfestede instruksjonene for transport av patogent materiale* Prøver skal sendes nedkjølte (2 til 8 C) 2 8 C i opptil 7 dager. 10 til 30 C i opptil 30 dager 1. Sett en nylonpensel (PurFlock Ultra Flocked Swab (PurFlock Ultra nylonpensel) [Puritan Medical Products Company LLC, kat.nr. 25-3306-U]) inn i avføringsprøven. 2. Plasser penselen i et Sarstedt 2.0 ml Micro tube Type H (Sarstedt 2,0 ml mikrorør type H), uten kantbase (kat.nr. 72.693) eller et Sarstedt Micro tube 2.0 ml Type I (Sarstedt mikrorør 2,0 ml type I), med kantbase (kat.nr. 72.694) fylt med 1500 µl buffer ATL (ATL). Roter for å løsne prøven fra penselen. 3. Fjern og kast penselen. 4. Lukk røret med hette. Bland med pulsvorteksing og sentrifuger hurtig. *International Air Transport Association (IATA). Dangerous Goods Regulations. Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 11

Prosedyre Tabell 2. Generell informasjon Sett artus C. difficile QS-RGQ Kit, 4572366 Prøvemateriale Innledende rensing Prøvevolum (inkludert for stort volum) Analyseparametersett Standard analysekontrollsett Human flytende eller myk avføring (definert som avføring som former seg etter beholderen) QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini Kit (kat.nr. 937036) 1500 µl artus_c.diff_stool200_v1 ACS_Complex200_V6_DSP_artus_C.difficile Elueringsvolum 110 µl Påkrevd QIAsymphonyprogramvareversjon Påkrevd QIAsymphony SP/ASkonfigurasjonsprofil Volum av masterblanding Versjon 4.0 eller høyere Standardprofil 1 25 µl Malvolum 15 µl Antall reaksjoner Kjøretid på QIAsymphony SP/AS Kjøretid på Rotor-Gene Q-instrument 24 72* (inkludert alle kontroller som skal lastes på QIAsymphony SP og QIAsymphony AS) For 24 reaksjoner: ca. 90 minutter For 72 reaksjoner: ca. 280 til 290 minutter Ca. 120 minutter * Påse at grensen på 72 reaksjoner og 1 analysestativadapter ikke overskrides. Unngå forlenget inkubasjonstid (>30 minutter) mellom fullførelse av analysekjøringen og overføring til Rotor-Gene Q-instrumentet. 12 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

Kontroller Positiv kontroll C. difficile positiv kontroll (følger med artus C. difficile QS-RGQ-settet) overvåker effektiviteten til prøveklargjøring og downstream-analysen. Denne positive kontrollen lastes på QIAsymphony SP før DNA-rensing (Se side 21 for mer informasjon om å laste den positive kontrollen). Negativ kontroll C. difficile negativ kontroll (følger med artus C. difficile QS-RGQ-settet) lastes på QIAsymphony SP før DNA-rensing i stedet for en pasientprøve, og bidrar til å identifisere kontaminasjon under prøveklargjøring og/eller downstreamanalysen (se side 21 for mer informasjon om å laste den negative kontrollen). Klargjøring av bærer-rna (CARRIER) og intern kontroll (C. difficile intern kontroll) Bruk av QIAsymphony DSP Virus/Pathogen-sett i kombinasjon med artus C. difficile QS-RGQ-settet krever introduksjon av den interne kontrollen (C. difficile intern kontroll), som består av inaktivert, intakt Geobacillus stearothermophilus i renseprosedyren for å overvåke effektiviteten på prøveklargjøringen og downstream-analysen. Den interne kontrollen (C. difficile intern kontroll), som følger med artus C. difficile QS-RGQ-settet, må tilsettes med bærer-rna (CARRIER)-buffer AVE (AVE)- blanding. Det totale volumet av den interne kontroll-bærer-rna (CARRIER)-buffer AVE (AVE)-blanding er 120 µl per prøve. For å klargjøre bærer RNA (CARRIER)-buffer AVE (AVE)-blandingen, tilsett 1350 µl buffer-ave (AVE), levert med QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini Kit, for å resuspendere den lyofiliserte bærer-rna (CARRIER). Vend røret opp ned for å blande. For beregning av intern kontroll (IC) skal "IC Calculator" (IC-kalkulator) i QIAsymphony Management Console (QMC) brukes. Tabell 3 representerer tilsetning av intern kontroll til prøven i et forhold på 0,1 µl per 1 µl elusjonsvolum. Vi anbefaler å klargjøre ferske blandinger for hver kjøring rett før bruk. Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 13

Tabell 3. Klargjøring av bærer-rna (CARRIER) og intern kontroll (C. difficile intern kontroll) Komponent n = antall prøver og kontroller n 13 Volum (µl) (Sarstedt-rør)* n 13 Volum (µl) (BD-rør) Lager bærer-rna (CARRIER) (n + 3) x 3 (n + 5) x 3 Intern kontroll (C. difficile intern kontroll) (n + 3) x 14 (n + 5) x 14 Buffer AVE (AVE) (n + 3) x 103 (n + 5) x 103 Sluttvolum per prøve (ekskludert dødvolum) 120 120 Totalt volum for n prøver (n + 3) x 120 (n + 5) x 120 * Mikrorør 2,0 ml type H eller mikrorør 2,0 ml type I (Sarstedt, kat.nr. 72.693 og 72.694). Hvis du klargjør den interne kontrollen som en basisløsning i et større rør, må det totale volumet av hver komponent multipliseres med antallet anvendte interne kontroller. Intern kontrollblanding som tilsvarer 3 ekstra prøver (dvs. 360 µl) kreves. Ikke fyll med mer enn 1,92 ml totalt volum (tilsvarende maksimalt 13 prøver). Hvis du bruker mer enn 13 reaksjoner i mikrorør 2,0 ml, må du sette opp reaksjonene i et større rør og laste inn flere rør. For hvert rør må du sørge for å tilsette det nødvendige overflødige volumet for 3 ytterligere reaksjoner. Tubes 14 ml, 17 x 100 mm polystyrene round-bottom (Rør 14 ml, 17 x 100 mm polystyren, rund bunn) (Becton Dickinson, kat.nr. 352051) til bruk med interne kontroller Intern kontrollblanding som tilsvarer 5 ekstra prøver (dvs. 600 µl) kreves. Beregning av blanding med "IC-kalkulator" 1. Åpne QMC. 2. Velg ikonet IC Calculator (IC-kalkulator). 3. Velg "ACS_Complex200_V6_DSP_artus_C.difficile" på ACS-nedtrekkslisten. 4. Legg inn nødvendig antall prøver. 5. Velg laboratorieutstyret brukt for den interne kontrollen. 6. Velg et elueringsvolum på 110 µl. 7. Velg "Internal Control/Eluate" (Intern kontroll/eluat) og "0.1 µl" (0,1 µl) for intern kontroll-modus. 8. Trykk på "Calculate" (Beregn) for å starte beregning av intern kontrollblanding. 14 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

IC-kalkulatoren viser de ulike volumene av reagenser som skal blandes for den interne kontrollblandingen og rørtypen som skal brukes på høyre side av skjermen. Analysekontrollsett og analyseparametersett Analysekontrollsett er kombinasjonen av en protokoll pluss ekstra parametre, slik som intern kontroll, for prøverensing på QIAsymphony SP. Et standard analysekontrollsett er forhåndsinstallert for hver protokoll. Analyseparametersett er kombinasjonen av en analysedefinisjon med ekstra definerte parametre, slik som replikattelling og antall analysestandarder for analyseoppsett på QIAsymphony AS. Ved integrerte kjøringer på QIAsymphony SP/AS, er analyseparametersettet, artus_c.diff_stool200_v1, direkte forbundet med et forhåndsanalysekontrollsett, Complex200_V6_DSP_artus_C.difficile, som angir den tilknyttede prøverensingsprosessen Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 15

Protokoll: DNA-isolering og analyseoppsett på QIAsymphony SP/AS Viktige punkter før du starter Sørg for å være kjent med bruken av QIAsymphony SP/AS-instrumentene. Bruksanvisninger finnes i håndbøkene som fulgte med instrumentene og i de mest oppdaterte versjonene som ligger online på www.qiagen.com/products/qiasymphonyrgq.aspx. Last ned applikasjonspakken fra "Protocol Files" (Protokollfiler) på fanen "Resources" (Ressurser) på nettkatalogsiden for artus C. difficile QS-RGQsettet (www.qiagen.com/p/artus-c-difficile-qs-rgq-kit-ce). Før første gangs bruk av en reagenspatron (RC) må det kontrolleres at bufrene QSL2 og QSB1 i reagenspatronen (RC) ikke inneholder noen utfelling. Ved behov, flytt karene som inneholder bufrene QSL2 og QSB1 fra reagenspatronen (RC) og inkuber i 30 minutter ved 37 C med ekstra risting for å løse opp utfellingen. Pass på å sette på plass karene i de riktige posisjonene. Hvis reagenspatronen (RC) allerede er hullet, pass på at karene er forseglet med gjenbrukstetningsstrimler og inkuber hele reagenspatronen (RC) i 30 minutter ved 37 C og rist av og til i et vannbad.* La prøvene kjøles ned til romtemperatur (15 25 C). Kontroller at bufferen ATL (ATL) ikke inneholder bunnfelling. Hvis bunnfelling er dannet, må den løses opp ved å varme opp bufferen ved 70 C med forsiktig risting i et vannbad.* Aspirer bobler fra overflaten, og la bufferen kjøles ned til romtemperatur (15 25 C). Prøv å unngå kraftig risting av reagenspatronen (RC). Ellers kan det dannes skum, som kan føre til problemer med væskenivådeteksjon. Arbeid hurtig og hold PCR-reagensene på is eller i kjøleblokken før lasting. Reagensvolumene er optimalisert for 3 partier med 24 reaksjoner per sett per kjøring. Påse at eluater fra prøveklargjøringen og alle komponentene i artus C. difficile QS-RGQ-settet blir værende på instrumentet maksimalt i den normale tiden som kreves for prøverensing analyseoppsett for 72 analysereaksjoner, inkludert inntil 30 minutters overføringstid fra QIAsymphony AS til Rotor-Gene Q-instrumentet. * Pass på at instrumentene er kontrollert og kalibrert i henhold til produsentens anbefalinger. 16 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

Nødvendige tiltak før du starter Før hver bruk må alle analysereagensene i artus C. difficile QS-RGQ-settet tines fullstendig, blandes (ved gjentatt pipettering opp og ned eller gjennom hurtig vorteksering) og sentrifugeres i minst 3 sekunder. Unngå boble- eller skumdannelse i reagensene. Klargjør alle nødvendige blandinger. Klargjør ved behov blandinger som inneholder RNA (CARRIER) og interne kontroller rett før start. For mer informasjon, se "Klargjøring av bærer-rna (CARRIER) og intern kontroll (C. difficile intern kontroll)", side 13. For sikkerhetsinformasjon om instrumentene, påse at alle instrumenter er rene og at delene som kan skiftes ut er lastet (f.eks. spissbeskyttelser) som beskrevet i vedlikeholdsanvisningene i QIAsymphony SP/AS User Manual General Description, QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony SP, QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony AS, QIAsymphony Management Console som følger med. Sørg for å utføre vedlikehold regelmessig for å redusere faren for krysskontaminering. Påse at QIAsymphony-prosessprofilen "Default Profile 1" (Standardprofil 1) er aktiv. Den valgte profilen vises i hjørnet nede på høyre av berøringsskjermen. Profilen kan endres på menyen "Configuration" (Konfigurasjon) på fanen "Tools" (Verktøy) av en bruker logget på som "Supervisor" (Leder). Prosedyre 1. Lukk alle skuffer og lokk på QIAsymphony SP/AS. 2. Slå på instrumentet, og vent til skjermen "Sample Preparation" (Prøveklargjøring) vises og initialiseringsprosedyren er fullført. Strømbryteren befinner seg nederst i venstre hjørne på QIAsymphony SP. 3. Logg på instrumentene. 4. Klargjør skuffen "Waste" (Avfall) i QIAsymphony SP. Åpne "Waste"-skuffen. Tøm og installer væskeavfallsflasken. Pass på å ta av lokket før du legger avfallsvæskeflasken i skuffen. Sett inn spissrennen. Merk: Ulike spissrenner må brukes for drift på benkeflaten og drift av QIAsymphony Cabinet SP/AS. Sett inn spissparkingsstasjonen. Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 17

Sett inn tomme enhetsbokser (se tabell 4 og figur 1). Pass på at det er minst én tom enhetsboks i spor 4 (nærmest deg). Sett inn en tom spissavfallspose (under avfallsskuffen for drift på benkeflaten eller i søppelkurven for drift av QIAsymphony Cabinet SP/AS). Lukk "Waste"-skuffen og utfør en inventarskanning. Tabell 4. Nødvendig plastutstyr for 1 3 prøvepartier Ett parti, 24 prøver To partier, 48 prøver Tre partier, 72 prøver Tomme enhetsbokser 2 3 4 Figur 1. Posisjon av enhetsbokser. 5. Last skuffen "Eluate" (Eluat). Plasser adapteren (Elution Microtube Rack QS) på overføringsrammen. Åpne "Eluat"-skuffen. Plasser enheten med adapteren og overføringsrammen i spor 1 på "Eulat"-skuffen. Velg "Elution Slot 1" (Elueringsspor 1) på berøringsskjermen. Fjern bunnen av CL-stativet for elueringsmikrorør ved å vri stativet til bunnen kommer ut. Skann strekkoden på CL-stativet for elueringsmikrorør ved bruk av den håndholdte strekkodeskanneren. Sett stativet inn i adapteren på "Elution Slot 1". Fjern lokket på CL-stativet for elueringsmikrorør. 18 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

Lukk "Eluat"-skuffen. Trykk "OK". Vent til skanningen er fullført. 6. Last skuffen "Reagents and Consumables" (Reagenser og forbruksvarer) (figur 2). Åpne skuffen "Reagents and Consumables". Ta ut reagenspatronen (RC) og før du bruker den for første gang må du kontrollere at bufrene QSL2 og QSB1 i patronen ikke inneholder noen utfelling. Hvis bufrene QSL2 og QSB1 inneholder bunnfelling, må du følge anvisningene på side 16. Merk: Prøv å unngå kraftig risting av reagenspatronen (RC), ellers kan det dannes skum, som kan føre til problemer med væskenivådeteksjon. Plasser reagenspatronen (RC) i den grå reagenspatronholderen. Påse at magnetpartiklene er helt resuspendert. Roter karet som inneholder magnetpartiklene kraftig i minst 3 minutter før bruk. Sett beholderen som inneholder magnetpartiklene tilbake i reagenspatronen (RC). Før lasting av reagenspatronen (RC), fjern dekselet fra beholderen som inneholder magnetpartiklene. Åpne enzymrørene. Sett lokkene til enzymrørene på hetteholderne på den grå reagenspatronholderen. Merk: Hvis enzymrørene inneholder luftbobler, må du aspirere boblene fra overflaten. Installer enzymstativet (ER) på reagenspatronholderen (RC). Installer stikklokket (PL) på reagenspatronen (RC), og klikk den forsiktig på plass. Plasser klargjort(e) reagenspatron(er) (RC) på posisjon RC 1 og/eller RC 2. Én ny reagenspatron (RC) er tilstrekkelig for opptil 96 prøver. Trykk på "R+C"-fanen på berøringsskjermen. Trykk på knappen "Bottle ID" (Flaske-ID). Trykk på tekstfeltet og skann strekkoden på flasken med bufferen ATL (ATL) ved bruk av den håndholdte strekkodeskanneren. Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 19

Figur 2. Posisjon til reagenser og forbruksvarer på QIAsymphony SP. Åpne flasken med bufferen ATL (ATL) og kontroller at den ikke inneholder bunnfelling. Hvis bufferen ATL (ATL) inneholder bunnfelling, må du følge anvisningene på side 16. Sett flasken med bufferen ATL (ATL) i posisjon B1, som er ved siden av reagenspatronspor 1 (RC 1) (posisjon 1 på bildet ovenfor). Last tilstrekkelige stativer med 200 µl filterspisser til engangsbruk i posisjon 1 4 på spisstativholderen (se tabell 5, side 21). Last tilstrekkelige stativer med 1500 µl filterspisser til engangsbruk i posisjon 5 18 på spisstativholderen (se tabell 5, side 21). Sørg for å klikke alle stativer på plass. Merk: Vi anbefaler å laste mer enn det nødvendige antallet filterspisser av hver størrelse slik at tilstrekkelige filterspisser er tilgjengelige for automatisert feilhåndtering. Ta lokket av enhetsboksene for prøveklargjøringspatroner og last tilstrekkelig prøveklargjøringspatroner i posisjon 1 3 på enhetsboksholderen (Se tabell 5, side 21). Ta lokket av enhetsboksen for 8-stangsdeksler og last enhetsboksen med tilstrekkelig 8-stangsdeksler i posisjon 4 på enhetsboksholderen (Se tabell 5, side 21). Merk: Forbruksvarer av plast kan forskyves under transport eller oppbevaring. Kontroller at alle plastartikler er riktig innrettet i enhetsboksen før lasting på QIAsymphony SP. Trykk "OK" på skjermbildet for forbruksvarer. Lukk skuffen "Reagents and Consumables" (Reagenser og forbruksvarer) og utfør en inventarskanning. 20 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

Tabell 5. Nødvendig plastutstyr for 1 3 prøvepartier Ett parti, 24 prøver* To partier, 48 prøver* Tre partier, 72 prøver* Filterspisser til engangsbruk, 200 µl 34 (1 stativ) 60 (2 stativer) 86 (3 stativer) Filterspisser til engangsbruk, 1500 µl 123 (4 stativer) 205 (7 stativer) 295 (10 stativer) Prøveklargjøring spatroner 18 36 54 8-stangdeksler 3 6 9 * Utføring av mer enn én inventarskanning krever ekstra filterspisser til engangsbruk. Det finnes 32 filterspisser/spisstativ, 28 prøveklargjøringspatroner/enhetsboks og tolv 8- stangdeksler/enhetsboks. Antall nødvendige filterspisser inkluderer filterspisser for én inventarskanning per reagenspatron. 7. Last skuffen "Sample" (Prøve) (rørbærer) med de positive og negative kontrollene. Plasser røret med C. difficile positiv kontroll (følger med artus C. difficile QS-RGQ-settet) i posisjon 1 på den første prøvebæreren (bruk rørinnlegg 3B for 2 ml mikrorør). Plasser røret med C. difficile negativ kontroll (følger med artus C. difficile QS-RGQ-settet) i posisjon 2 på den første prøvebæreren (bruk rørinnlegg 3B for 2 ml mikrorør). Merk: Sørg for å laste de positive og negative kontrollene i riktig posisjon. Rotor-Gene AssayManager importerer ikke resultatfilen hvis de positive og negative kontrollene er plassert i en annen posisjon. Ikke last kontroller inn i ytterligere bærere for samme AS-parti. 8. Fyll skuffen "Sample" (rørbærer) med prøvene. Last klargjorte prøver (se side 11) i 2 ml mikrorør i prøverørbæreren som allerede inneholder kontrollene (bruk rørinnlegg 3B for 2 ml mikrorør). Om nødvendig, klargjør ytterligere prøverørbærere på samme måte, men uten kontroller. Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 21

Merk: Hvis prøvene inneholder strekkoder, plasser prøvene i rørbæreren slik at strekkodene er helt synlige. Kontroll at prøve- og kontrollrør er riktig lastet og klikket på plass. Sett alle prøvebærere inn i "Sample"-skuffen, spor 1 4. Indikatorlampen blir oransj ved riktig lasting. 9. Bruk oppsettet for "Integrated run" (Integrert kjøring) på berøringsskjermen på QIAsymphony, og tast inn den nødvendige informasjonen for hvert prøveparti som skal behandles. Trykk på fanen "Integrated Run" på berøringsskjermen. Trykk på "Define run" (Definer kjøring). Velg "SP Batch 1" (SP-parti 1) (eller relevant partinummer på prøvebærer med "Full Process Controls" (Full behandling-kontroller) hvis du utfører kontinuerlig lasting). Trykk på "Edit samples" (Rediger prøver). Påse at riktig laboratorieutstyr er tilordnet prøvene. Om nødvendig, korriger tilordningen av laboratorieutstyr. Trykk på "ID/Type". Velg den første posisjonen og trykk på "Sample ID" (Prøve-ID). Trykk på tekstfeltet, legg inn C. difficile positiv kontroll, og trykk på "OK". Velg den første posisjonen og trykk på "EC+". Velg den andre posisjonen og trykk på "Sample ID". Trykk på tekstfeltet, legg inn C. difficile negativ kontroll, og trykk på "OK". Velg den andre posisjonen og trykk på "EC ". Ved behov, løs eventuelle strekkodefeil for prøve- og innleggs-ider. Trykk "OK". Merk: Ikke tilordne prøvetypen "EC+" eller "EC " til andre rør enn de positive og negative kontrollene som følger med artus C. difficile QS-RGQsettet. Rotor-Gene AssayManager avviser kjøringer med feil kontrollmønstre. Hvis du i tillegg behandler tidligere karakteriserte prøver sammen med testprøvene, må du sørge for å tilordne "prøvetype" "prøve" til disse prøvene. 10. Definer analysen(e) som skal kjøres. 22 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

Trykk på den tilsvarende "SP Batch" (SP-parti)-knappen. Trykk på "Define assays" (Definer analyser). Velg prøvene som skal behandles med analysen. Velg analysen "artus_c.diff_stool200_v1" under kategorien "artus QS- RGQ". Trykk "OK". Gjenta trinn 10 for alle partier og prøver som skal behandles. 11. Definer QIAsymphony AS-partiet. Velg alle partier som skal behandles i én integrert QIAsymphony RGQkjøring. Trykk på "Create AS Batch" (Opprett AS-parti). Merk: Alle QIAsymphony SP-partier tilordnet til samme QIAsymphony ASparti (integrert QIAsymphony RGQ -kjøring) vil bli behandlet i samme analyseoppsettprosedyre. Trykk "OK" for å sette kjøringen på pause. 12. Fyll skuffen "Sample" med den interne kontrollblandingen. Plasser de(t) tidligere klargjorte røret/rørene med intern kontrollblanding (se side 13) inn i prøvebæreren (bruk rørinnlegg 3B for 2 ml mikrorør). Sett prøvebæreren inn i spor A i "Sample"-skuffen. 13. Definer de interne kontrollposisjonene. Trykk på knappen "Define ICs" (Definer IC-er). Velg posisjonene til den interne kontrollblandingen. Velg den tilsvarende interne kontrollen "Complex200_V6_DSP_artus_C.difficile" fra mappen "Required" (Påkrevd). Påse at riktig laboratorieutstyr er tilordnet. Hvis ikke, korriger tilordningen av laboratorieutstyr ved å trykke på "IC Tubes" (IC-rør). Trykk "OK". 14. Start kjøringen. Trykk på "Run" (Kjør)-knappen for å starte kjøringen. Les og bekreft meldingen som vises. Vi anbefaler å vente ved instrumentet til det har utført væskenivåpåvisning i rørene med intern kontroll (QIAsymphony SPbærerstatusen skifter til "running" (kjører)). Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 23

Merk: Ikke stans kjøringen eller sett den på pause under behandling (bortsett fra i nødssituasjoner), siden dette vil føre til at de relevante prøvene og analysereaksjonene flagges som "utydelige". Rotor-Gene AssayManager anser "utydelige" analysereaksjoner som ugyldige. Merk: Man kan kontinuerlig laste prøver og legge dem til denne kjøringen (til reagenser er lastet) eller til en ny QIAsymphony RGQ-kjøring. Laste QIAsymphony AS-skuffer for analyseoppsett 15. Sett inn en tom spissavfallspose og spissrenner. Sett inn en tom spissavfallspose under skuffen "Waste" (Avfall) for drift på benkeflaten eller i søppelkurven for drift av QIAsymphony SP/AS. Åpne skuffene "Eluate and Reagents" (Eluat og reagenser) og "Assays" (Analyser) på QIAsymphony AS. Åpne lokket og sett spissrennen inn i instrumentet. Merk: Ulike spissrenner må brukes for drift på benkeflaten og drift av QIAsymphony Cabinet SP/AS. Lukk lokket, og les og bekreft meldingen. 16. Last skuffen "Assays" med analysestativ. Trykk på spor 5, "Assay" (Analyse) (gul). Fyll det påkrevde antallet strimmelrør (4 rør = 1 segment) i en forhåndsnedkjølt Rotor-Gene Strip Tubes 72 QS kjøleadapter som angitt på berøringsskjermen. Merk: Last fullførte strimmelrør. Ikke bryt av strimmelrørene. Last adapteren med strimmelrør på spor 5 i "Assays"-skuffen. Trykk på "Rack ID" (Stativ-ID) på berøringsskjermen, legg inn en brukerdefinert stativ-id, og trykk "OK". Merk: Det er også mulig å bruke den automatiske ID-funksjonen. Trykk på "Load" (Last). 17. Last skuffen "Assays" og "Eluate and Reagents" med filterspisser. Last minst antallet filterspisser som er angitt på skjermbildet "Assay Setup Loading Information" (Analyseoppsett Lasteinformasjon). Merk: Begynn å laste spisstativ fra posisjonene på baksiden (nær kjøleadapterne). I sjeldne tilfeller kan det hende at pipetteringshodet ikke kan nå frem til enkelte posisjoner mot lokket, noe som kan få instrumentet til å stoppe opp automatisk. Vi anbefaler å laste mer enn det nødvendige 24 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

antallet filterspisser av hver størrelse slik at tilstrekkelige filterspisser er tilgjengelige for automatisert feilhåndtering. 18. Last skuffen "Eluate and Reagents" med reagenser. Før hver bruk må alle analysereagenser tines fullstendig, blandes og sentrifugeres i minst 3 sekunder. Unngå boble- eller skumdannelse i reagensene (se prosedyren beskrevet i "Viktige punkter før du starter", side 16). Trykk på spor 3, "Reagent" (gul) på berøringsskjermen. Klargjør en forhåndsnedkjølt reagensholder som anvist på berøringsskjermen. Velg rørposisjonene på berøringsskjermen, last et tomt rør for masterblandingen, og fyll minst det nødvendige volumet for de riktige reagensene i de nødvendige rørene i de tilsvarende posisjonene, som anvist på berøringsskjermen. Merk: Det kan være nødvendig å kombinere de samme reagenstypene (C. difficile Master A eller C. difficile Master B) i ett rør hvis påkrevd volum overskrider fyllevolumet til de tilsvarende reagensene. Ett rør hver av C. difficile Master A og C. difficile Master B er tilstrekkelig for 24 QIAsymphony SP-eluater (inkludert kontroller). Merk: Viskøse reagenser kan være vanskelige å håndtere med manuelle pipetter. Pass på å overføre hele volumet av C. difficile Master A og C. difficile Master B inn i de relevante rørene. Merk: Alternativt, velg "List View" (Listevisning) på berøringsskjermen og klargjør reagensadapteren deretter. En "lasteinformasjonsfil" kan også lastes ned via QMS- eller USB-porten (og skrives ut) når QIAsymphony AS Batch er definert og satt i kø. Trykk på knappen "Scan Kit Barcode" (Skannesettstrekode) på berøringsskjermen og trykk på settets lyseblå strekkodelinje. Trykk på tekstfeltet og skann settets strekkode på øvre side av artus C. difficile QS-RGQ-settet ved bruk av den håndholdte strekkodeskanneren. Last den klargjorte reagensadapteren på spor 3 i "Eluate and Reagents"-skuffen. Trykk på "Load" (Last)-knappen. Lukk begge skuffene. Trykk på "Scan" (Skann) for å gå inn i skannedialogen. Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 25

Trykk på "Scan" for å utføre en inventarskanning av alle QIAsymphony AS-komponenter. Merk: Vi anbefaler å vente ved instrumentet til skannet er fullført. Analyseoppsett starter automatisk når prøveklargjøring på QIAsymphony SP er ferdig. 19. Kontroller tidspunktet for slutten av QIAsymphony AS-partiet for å fjerne analysestativet. Når QIAsymphony AS-skanningen er ferdig, vises den beregnede tiden for integrert kjøring på skjermbildet "Integrated Run Overview" (Oversikt over integrert kjøring). Maksimal tid tillatt fra slutten av QIAsymphony AS-kjøringen til starten av Rotor-Gene Q-instrumentets kjøring er 30 minutter. Sørg for å overføre analysestativet til Rotor-Gene Q- instrumentet innen 30 minutter etter slutten av analysekjøringen. Fjerning av analysestativ og overføring av resultatfil 20. Fjern QIAsymphony AS-parti og analysestativet. Åpne skuffene "Assays" og "Eluate and Reagents". Fjern adapteren med strimmelrørene og lukke rørene med de riktige hettene. Trykk på spor 5, "Assay". Trykk på knappen "Remove" (Fjern). Fjern reagensadapteren og kast reagensene i henhold til de lokale sikkerhetsforskriftene. Trykk på spor 3, "Reagent" (Reagens). Trykk på knappen "Remove". Lukk skuffene "Assays" og "Eluate and Reagents". Trykk på "Scan" (Skann) for å gå inn i skannedialogen. Trykk på "Scan" for å utføre en inventarskanning for adaptere på venstre og høyre side (normalt forhåndsvalgt). Trykk på "Integrated Batch" (Integrert parti) for å fjerne den integrerte kjøringen. Les og bekreft meldingen. Den endelige QIAsymphony AS-resultatfilen opprettes, og kan overføres til enten en USB-enhet eller til en definert mappe (\log\results\as) via QMC. 26 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

21. Overfør resultatfilen til en definert mappe. Følg trinn 21a for å overføre resultatfilen ved bruk av USB-enheten. Følg trinn 21b for å overføre resultatfilen ved bruk av QMC. 21a.Overfør resultatfilen ved bruk av USB-enheten. Sett inn USB-enheten. Velg "Tools" (Verktøy). Velg "File Transfer" (Filoverføring). Velg "Result Files" (Resultatfiler) i kolonnen "Save to USB Stick" (Lagre på USB-enhet). Trykk på knappen "Transfer" (Overføring). Les og bekreft meldingen. Etter vellykket overføring, trykk på "OK" og ta ut USB-enheten. Fortsett til "Protokoll: PCR på Rotor-Gene Q", side 27. 21b. Overfør resultatfil ved bruk av QMC. Logg på riktig QIAsymphony SP/AS. Velg overføringsfilikonet. Velg filformatet "Resultat File AS" (Resultatfil-AS). Velg resultatfil med riktig tidsstempel og parti-id på listen over "Remote Site" (Eksternt sted)-filer (høyre kolonne). Overfør resultatfil til "Local Site" (Lokalt sted) (filen er lagret under banen definert i "Tools" (Verktøy), "Options" (Alternativer), "File Transfer" (Filoverføring), under \log\results\as). Merk: Hvis det er konfigurert flere partier på QIAsymphony AS i en integrert kjøring, last QIAsymphony AS-skuffene på nytt, og start på trinn 15. Fortsett til "Protokoll: PCR på Rotor-Gene Q", side 27. Merk: Vi anbefaler merking av strimmelrørenes hetter for å sikre riktig posisjonering og bruk av en nedkjølt transportramme for å unngå kontaminasjon. Protokoll: PCR på Rotor-Gene Q-instrumentet Viktige punkter før du starter Bruk tid til å bli kjent med Rotor-Gene Q-instrumentet før igangsetting av protokollen. Se instrumentets brukerhåndbok. Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 27

Rotor-Gene AssayManager muliggjør automatisert tolking av PCR-resultatene. artus C. difficile QS-RGQ-settet må kjøres på Rotor-Gene Q-instrumentet ved bruk av automatisert tolkning av resultater med Rotor-Gene AssayManager. Sykleringsparametrene låses for kjøringen. Last ned applikasjonspakken fra "Protocol Files" (Protokollfiler) på fanen "Resources" (Ressurser) på nettkatalogsiden for artus C. difficile QS-RGQsettet (www.qiagen.com/p/artus-c-difficile-qs-rgq-kit-ce). Når du har installert plugin-modulen og importert analyseprofilen (se "Ting du skal gjøre før du starter", nedenfor), kan Rotor-Gene AssayManager bruke informasjonen i QIAsymphony AS-resultatfilen til å konfigurere en kjøring for PCR-forsterkning i sanntid og etterfølgende automatisert tolkning av resultater. For systembred prosessikkerhet er det nødvendig å aktivere følgende innstillinger for lukket modus: "Material number required" (Materialnummer påkrevd), "Valid expiry date required" (Gyldig utløpsdato påkrevd) og "Lot number required" (Partinummer påkrevd). Nødvendige tiltak før du starter For automatisert tolkning av resultater ved bruk av artus C. difficile QS-RGQsettet med Rotor-Gene AssayManager, må den nyeste artus grunnleggende plugin-modulen være installert på din Rotor-Gene AssayManager. Start installasjonsprosessen ved å dobbeltklikke på ArtusBasic.Installation.msi, og følg installasjonsanvisningene. For en detaljert beskrivelse, se "Installing Plug-ins" (Installere plugin-moduler) (se den medfølgende Brukerhåndbok for Rotor-Gene AssayManager kjerneapplikasjon. For å bruke artus C. difficile QS-RGQ-settet for humane flytende eller myke avføringsprøver, må filen AP_artus_C.diff_stool200_QS_V1_0_0.iap importeres i Rotor-Gene AssayManager. For å importere analyseprofilen i Rotor-Gene AssayManager, naviger til "Configuration Environment" (Konfigurasjonsmiljø) og skift til fanen "Assay Profile" (Analyseprofil). Klikk på "Import" (Importer) og velg filen AP_artus_C.diff_stool200_QS_V1_0_0.iap i den åpne fildialogen. Klikk på "Open" (Åpne), så vil analyseprofilen lastes og legges til i listen over tilgjengelige analyseprofiler. Merk: Den samme versjonen av en analyseprofil kan ikke importeres to ganger. 28 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

Prosedyre 1. Klargjør rotoren og start kjøringen på Rotor-Gene Q-instrumentet. Plasser en 72-brønners rotor på rotorholderen. Fyll rotoren med strimmelrør. Sørg for å starte med posisjon 1 og fylle strimmelrørene i riktig retning. Bruk tomme strimmelrør med hetter for å fylle alle ubrukte posisjoner. Koble til låseringen. Last Rotor-Gene Q-instrumentet med rotoren og låseringen. Hvis du bruker en USB-enhet til dataoverføring direkte fra QIAsymphony SP/AS, må du pakke ut resultatfilen fra QIAsymphony AS. Resultatfilene lagres under \log\results\as. Merk: På de fleste datamaskiner kan filer pakkes ut ved å høyreklikke filen og deretter klikke på "Extract" (Ekstraher) i menyen som åpnes. Start Rotor-Gene AssayManager. Logg på lukket modus. Velg miljøet "Setup" (Oppsett), hvis det ikke allerede er forhåndsvalgt. Importer QIAsymphony AS-resultatfilen nederst på skjermen. Velg kilden "QIAsymphony" som "Import type" (Importtype). I dialogen "Select file" (Velg fil), åpne tilsvarende QIAsymphony ASresultatfil og klikk på "Open" (Åpne). Les og bekreft meldingen. Etter vellykket import, velg tilsvarende arbeidsliste fra arbeidslistbehandlingslisten og klikk på knappen "Apply" (Bruk). Legg til et eksperimentnavn. Velg sykleren som skal brukes i dialogen "Cycler selection" (Syklervalg). Kontroller riktig tilkobling av låseringen, og bekreft på skjermen at låseringen er tilkoblet. Lukk Rotor-Gene Q-instrumentlokket. Klikk på knappen "Start run" (Start kjøring). Merk: Ved bruk av flere syklerkjøringer, må du skifte til tilsvarende syklermiljø for å se fremdriften av kjøringen. Når kjøringen er ferdig, klikk på "Finish run..." (Avslutt kjøring...). For brukere logget på med operatørrollen: Klikk på "Release" (Frigi). Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 29

For brukere logget på med godkjennerrollen: Klikk på "Release and go to approval" (Frigi og gå til godkjenning). 2. Frigi og rapporter resultater. Hvis du har brukt "Release" (Frigi) før, må du velge miljøet "Approval" (Godkjenning). Trykk på "Apply filter" (Bruk filter) (eller velg egne filteralternativer på forhånd). Velg eksperiment. Klikk på "Start approval" (Start kjøring). Godkjenn resultatene for hver testprøve. Bruk knappen "Accepted" (Godtatt) for testprøver med resultater analysert av Rotor-Gene AssayManager som du er enig i. Bruk knappen "Rejected" (Avvist) hvis testprøveresultatet evaluert av Rotor-Gene AssayManager av en eller annen grunn ikke er akseptabelt. Merk: Et resultat automatisk stilt til Invalid (Ugyldig) av Rotor-Gene AssayManager kan ikke konverteres til et gyldig resultat lenger selv om resultatet avvises. Valgfritt: Legg inn kommentarer. Klikk på "Release /report data " (Frigi/rapporter data...". Velg en rapportprofil og klikk "OK". Rapporten genereres og lagres automatisk. Merk: Brukeren trenger godkjenningsrettigheter for å frigi en analyse. Last av Rotor-Gene Q-instrumentet og kast strimmelrørene i henhold til de lokale sikkerhetsforskriftene. 3. Utfør vedlikehold. Når alle QIAsymphony AS-partier i den integrerte QIAsymphony SP/AS-kjøringen er ferdig, må du utføre det regelmessige vedlikeholdet som beskrevet i QIAsymphony SP/AS User Manual General Description. Merk: Dette kan utføres når som helst før starten av den neste integrerte kjøringen, ifølge lokale bestemmelser eller prioriteter. Utfør daglig, ukentlig og årlig forebyggende vedlikehold som beskrevet i QIAsymphony SP/AS User Manual General Description. 30 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

Tolking av resultater Dette avsnittet beskriver tolkingen av resultater på Rotor-Gene Q-instrumentet. Gjennomgå også prøvestatusinformasjonen fra QIAsymphony SP/ASresultatfilene for analysering av det fullførte prøve-til-resultat-arbeidsforløpet. Kun prøver med en gyldig status skal brukes. artus C. difficile QS-RGQ-settets analyseprofil for humane flytende eller myke avføringsprøver inneholder regler for automatisk tolking av analyseresultater. Hver prøve og kontroll viser et uavhengig resultat for hvert mål: tcda, tcdb og intern kontroll. Hvert resultat rapporteres som "Signal detected" (Signal registrert), "No signal" (Intet signal) eller "INVALID". Resultater fra positiv/negativ kontroll: Alle mål for den positive kontrollen ("Positive Control") og den negative kontrollen ("Negative Control") må være gyldige for å bekrefte at analysestatusen er vellykket og at testresultatene kan rapporteres. Hvis et mål for den positive kontrollen eller negative kontrollen er ugyldig, viser resultater for hver prøve i kjøringen "INVALID". Hele analysekjøringen må testes på nytt. Den positive kontrollen må rapportere et "Signal detected"-resultat for tcda, tcdb og den interne kontrollen. Den negative kontrollen må rapportere et "Signal detected"-resultat for den interne kontrollen, og "No signal" eller "Signal detected" for de spesifikke målene. Prøveresultater: Se tabell 6 (side 32) for et sammendrag av resultattolkinger. Siden resultater rapporteres hver for seg for tcda- og tcdb-mål, anses en prøve som positiv for toksigent C. difficile hvis enten tcda eller tcdb registreres. Det interne kontrollsignalet må registreres i prøver der det ikke er registrert noen tcda- og/eller tcdb-signaler. Hvis signalet for den interne kontrollen ikke registreres eller er "INVALID", vises alle mål for prøven som "INVALID". Prøven må testes på nytt. Det interne kontrollsignalet må rapporteres som "No signal" eller "INVALID" i prøver der det ikke registreres noen tcda-og/eller tcdb-signaler. I disse tilfellene vil resultater for ttcda og tcdb vil bli rapportert. Det er ikke nødvendig å teste på nytt. Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 31

Merk: Hos enkelte positive C. difficile-prøver forventes det at den interne kontrollen PCR kan være inhibert, noe som vil forårsake resultatet "No signal" (Intet signal) eller "INVALID" for den interne kontrollen. I noen prøver kan et resultat for tcda eller tcdb rapporteres som "INVALID". I slike tilfeller anbefaler vi å teste prøven på nytt. Hvis tcda eller tcdb rapporteres som "INVALID" og flagget viser CT_ABOVE_ ACCEPTED_RANGE, må ikke denne prøven testes på nytt og anses å være negativ, hvis den interne kontrollen er gyldig. Tabell 6. Sammendrag av resultattolkinger Målresultat tcda tcdb Intern kontroll Signal registrert Signal registrert Signal registrert/ Intet signal/ UGYLDIG Toksigen C. difficile registrert i prøven Ja Signal registrert Intet signal Signal registrert/ Intet signal/ UGYLDIG Ja Intet signal Signal registrert Signal registrert/ Intet signal/ UGYLDIG Ja Intet signal Intet signal Signal registrert Nei Tabellen fortsettes på neste side 32 Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015

Tabell 6. Fortsatt Målresultat tcda tcdb Intern kontroll Intet signal Intet signal Intet signal/ UGYLDIG Toksigen C. difficile registrert i prøven Feil, test prøve på nytt Signal registrert/ Intet signal INVALID* Signal registrert/ Intet signal/ UGYLDIG Feil, test prøve på nytt INVALID* Signal registrert/ Intet signal Signal registrert/ Intet signal/ UGYLDIG Feil, test prøve på nytt * Hvis tcda eller tcdb rapporteres som ugyldig med flagget CT_ABOVE_ACCEPTED_RANGE", anses målet som gyldig, men negativt. Denne automatiserte analysen kan gi følgende tilsvarende flagg. Flagg Atferd Beskrivelse ASSAY_INVALID Ugyldig Analysen er ugyldig siden minst én ekstern kontroll er ugyldig. CT_ABOVE_ ACCEPTED_RANGE CT_BELOW_ ACCEPTED_RANGE CURVE_SHAPE_ ANOMALY Ugyldig Ugyldig Ugyldig Den registrerte C T -verdien er høyere enn den definerte C T -cutoffverdien. Den registrerte C T -verdien er lavere enn den definerte C T -cutoff-verdien. Rådataforsterkningen viser en fasong som avviker fra den etablerte atferden for denne analysen. Sannsynligheten er høy for feil resultater eller feiltolkning av resultater. Håndbok for artus C. difficile QS-RGQ-settet 07/2015 33