(12) Translation of european patent specification (11) NO/EP 2728014 B1 (19) NO NORWAY (1) Int Cl. C12Q 1/68 (06.01) Norwegian Industrial Property Office (21) Translation Published 16.02.22 (80) Date of The European Patent Office Publication of the Granted Patent..07 (86) European Application Nr. 12190844.6 (86) European Filing Date 12..31 (87) The European Application s Publication Date 14.0.07 (84) Designated Contracting States: Designated Extension States: AL AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HR HU IE IS IT LI LT LU LV MC MK MT NL NO PL PT RO RS SE SI SK SM TR BA ME (73) Proprietor Genesupport SA, MCL-Hôpital Daler, Route de Bertigny 36, 1700 Fribourg, CH- Sveits (72) Inventor Conrad, Bernard, Jardins du Salesianum 11, 1700 Fribourg, CH-Sveits (74) Agent or Attorney Tandbergs Patentkontor AS, Postboks 70 Vika, 0118 OSLO, Norge (4) Title Non-invasive method for detecting a fetal chromosomal aneuploidy (6) References Cited: WO-A1-11/0906 US-A1-12 270 739 CHIU ROSSA W K ET AL: "Noninvasive prenatal diagnosis of fetal chromosomal aneuploidy by massively parallel genomic sequencing of DNA in maternal plasma", PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES, NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES, US, vol., no. 1, 23 December 08 (08-12- 23), pages 48-463, XP002644, ISSN: 0027-8424, DOI:.73/PNAS.08641 [retrieved on 08-12-] R. W. K. CHIU ET AL: "Non-invasive prenatal assessment of trisomy 21 by multiplexed maternal plasma DNA sequencing: large scale validity study", BMJ, vol. 342, no. jan11 1, 11 January 11 (11-01-11), pages c7401-c7401, XP0024134, ISSN: 099-8138, DOI:.1136/bmj.c7401 ERIC Z. CHEN ET AL: "Noninvasive Prenatal Diagnosis of Fetal Trisomy 18 and Trisomy 13 by Maternal Plasma DNA Sequencing", PLOS ONE, vol. 6, no. 7, 6 July 11 (11-07-06), page e21791, XP0024137, DOI:.1371/journal.pone.0021791 MATHIAS EHRICH ET AL: "Noninvasive detection of fetal trisomy 21 by sequencing of DNA in maternal blood: a study in a clinical setting", AMERICAN JOURNAL OF OBSTETRICS & GYNECOLOGY, MOSBY, ST LOUIS, MO, US, vol. 4, no. 3, 28 December (-12-28), pages.e1-.e11, XP028184664, ISSN: 0002-9378, DOI:.16/J.AJOG..12.060 [retrieved on 11-01-07] FAN H C ET AL: "Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by shotgun sequencing DNA from maternal blood", PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES, NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES, US, vol., no. 42, 21 October 08 (08--21), pages 16266-16271, XP00261306, ISSN: 0027-8424, DOI:.73/PNAS.0808319 [retrieved on 08--06] XUE X ET AL: "Optimizing the yield and utility of circulating cell-free DNA from plasma and serum", CLINICA CHIMICA ACTA, ELSEVIER BV, AMSTERDAM, NL, vol. 404, no. 2, 27 June 09 (09-06-27), pages 0-4, XP026138962, ISSN: 0009-8981, DOI:.16/J.CCA.09.02.018 [retrieved on 09-03-]
Enclosed is a translation of the patent claims in Norwegian. Please note that as per the Norwegian Patents Acts, section 66i the patent will receive protection in Norway only as far as there is agreement between the translation and the language of the application/patent granted at the EPO. In matters concerning the validity of the patent, language of the application/patent granted at the EPO will be used as the basis for the decision. The patent documents published by the EPO are available through Espacenet (http://worldwide.espacenet.com) or via the search engine on our website here: https://search.patentstyret.no/ NO/EP2728014
1 Patentkrav 1. Fremgangsmåte for å oppnå et sett av referanseprøver for diagnose av føtal aneuploidi fra en maternal biologisk prøve inneholdende cellefritt DNA, omfattende: 2 30 3 (i) ekstrahering av cellefritt DNA fra et sett av biologiske prøver oppnådd fra et sett av euploid gravide kvinner som bærer et euploid foster; (ii) pre-sekvensering DNA for hver prøve; (iii) kartlegging av de sekvensene som er oppnådd i trinn (ii) til det humane (iv) utvelging av et sett av prøver basert på mengden av unike eksakte sekvenser som er tilordnet det humane genomet i trinn (iii); (v) massiv parallell sekvensering av DNA for hver prøve fra nevnte sett av prøvene som ble valgt i trinn (iv); (vi) kartlegging av de sekvensene som er oppnådd i trinn (v) til det humane (vii) utvelging av et sett av referanseprøver basert på antallet av de unike eksakte sekvensene som er tilordnet det humane genomet i trinn (vi). 2. Fremgangsmåte ifølge krav 1, videre omfattende, mellom trinnet med ekstrahering av cellefritt DNA og trinnet av pre-sekvensering: - analysering av størrelsesfordelingen av DNA-molekyler i hver prøve; - utvelging et sett av prøver basert på størrelsesfordelingen av DNA-molekylene i nevnte prøver. 3. Fremgangsmåte ifølge krav 1 eller 2, hvor ekstraheringen av cellefritt DNA fra hver prøve av settet av biologiske prøver innbefatter: - blanding av nevnte biologiske prøve med en sammensetning som omfatter kloroform og fenol; - ekstrahering av den vandige fase fra nevnte blanding; - presipitering av DNA fra den vandige fase. 4. Fremgangsmåte ifølge krav 2 til 3, hvor trinnet med utvelging av et sett av prøver basert på størrelsesfordelingen av DNA-molekylene omfatter utvelging av prøver hvor
2 minst 90 vekt%, fortrinnsvis mer enn 9 vekt%, av DNA-molekylene har en størrelse fra 6 bp til 176 bp. 2 30 3. Fremgangsmåte ifølge krav 2 til 4, hvor trinnet med utvelging av et sett av prøver basert på størrelsesfordelingen av DNA-molekylene omfatter utvelging av prøvene med minst 0,88 ng/µl DNA-molekyler med en størrelse fra 6 bp til 176 bp. 6. Fremgangsmåte ifølge krav 1 til, hvor trinn (ii) omfatter sekvensering fra 00 til 0 000 sekvenser innenfor hver prøve. 7. Fremgangsmåte ifølge krav 1 til 6, hvor trinn (iv) omfatter utvelging av prøver som har minst 70 % av unike eksakte sekvenser med hensyn til det totale antall sekvenser som er oppnådd i trinn (ii). 8. Fremgangsmåte ifølge krav 1 til 7, hvor trinn (v) omfatter sekvensering av minst 2 millioner sekvenser for hver prøve. 9. Fremgangsmåte ifølge krav 1 til 8, hvor trinn (vii) omfatter utvelging av prøver som har mer enn millioner unike eksakte sekvensavlesninger.. Fremgangsmåte for diagnostisering av føtal aneuploidi fra en maternal biologisk prøve, som omfatter: (a) ekstrahering av celle-fritt DNA fra en maternal biologisk testprøve oppnådd fra en gravid kvinne; (b) massiv parallell sekvensering av cellefritt DNA ekstrahert fra nevnte testprøve; (c) kartlegging av de sekvenser som er oppnådd i trinn (b) til det humane (d) beregning av en test-parameter som indikerer antallet av unike eksakte sekvenser tilordnet et kromosom eller kromosomalt område av interesse; (e) beregning av et sett med referanseparametere, hvor hver referanseparameter er indikativ for antallet unike eksakte sekvenser tilordnet et kromosom eller kromosomal region av interesse i en prøve av et sett av referanseprøver som er oppnådd i kravene 1 til 8; (f) sammenligning av nevnte test-parameter beregnet i trinn (d) med nevnte sett av referanseparametere beregnet i trinn (e); (g) basert på sammenligningen, diagnostisering av en føtal aneuploidi.
3 11. Fremgangsmåte ifølge krav, hvor ekstraheringen av cellefritt DNA fra den maternale biologiske prøven omfatter: - blanding av nevnte biologiske prøve med en blanding som omfatter kloroform og fenol; - ekstrahering av den vandige fase fra nevnte blanding; - presipitering av DNA fra den vandige fase. 12. Fremgangsmåte ifølge krav eller 11, hvor nevnte test-parameter er den unike sekvensmarkør tettheten av kromosomet eller den kromosomale regionen av interesse normalisert til den mediane unike eksakte sekvensmarkør tettheten på alle autosomer. 13. Fremgangsmåte ifølge krav til 12, hvor sammenligningen i trinn (f) er gjort ved beregning av z-skåret av nevnte test-parameter med hensyn til et sett av referanseparametere. 14. Fremgangsmåte ifølge krav til 13, hvor kromosomet av interesse er kromosom 21, kromosom 18 eller kromosom 13.. Fremgangsmåte ifølge krav 13, hvor kromosomet av interesse er kromosom 21, og z-skåret på en trisomil 21-prøve er minst 4,4, mens den absolutte verdi av z-skåret av en prøve-euploid for kromosom 21 er mindre enn 4,4.