Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant -settet
|
|
- Kai Christiansen
- 7 år siden
- Visninger:
Transkript
1 Januar 2013 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant -settet 12 (katalognr ) 24 (katalognr ) Version 1 Kvantitativ in vitro-diagnostikk Til bruk med Rotor-Gene Q, ABI PRISM 7900HT SDS, Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR System og LightCycler instrumenter , QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, Hilden, TYSKLAND R NO Sample & Assay Technologies
2 QIAGEN Sample and Assay Technologies QIAGEN er den ledende leverandøren av innovativ prøve- og analyseteknologi og gjør det mulig å isolere og påvise innhold i enhver biologisk prøve. Våre avanserte høykvalitetsprodukter og -tjenester sikrer suksess fra prøve til resultat. QIAGEN setter standardene innen: Rensing av DNA, RNA og proteiner Nukleinsyre- og proteinanalyser microrna-forskning og RNAi Automatisering av prøve- og analyseteknologi Vårt mål er å gjøre det mulig for deg å oppnå enestående suksess og gjennombrudd. Du finner mer informasjon på
3 Innhold Bruksområde 4 Sammendrag og forklaring 4 Prinsippene for prosedyren 6 Medfølgende materialer 9 Settets innhold 9 Materialer som er nødvendige, men som ikke medfølger 10 Advarsler og forholdsregler 11 Generelle forholdsregler 11 Håndtering og oppbevaring av reagensen 12 Prosedyre 13 Klargjøring av prøve-dna 13 Protokoller qpcr på RotorGene Q MDx 5plex HRM eller Rotor 14 qpcr på ABI PRISM 7900HT SDS, Applied Biosystems 7500 sanntids PCRsystem og LightCycler 480-instrument 19 qpcr på LightCycler 1.2-instrument 25 Tolkning av resultater 30 Feilsøkingsveiledning 34 Kvalitetskontroll 37 Begrensninger 38 Ytelsesegenskaper 38 Ikke-kliniske studier 38 Kliniske studier 40 Referanser 41 Symboler 42 Kontaktinformasjon 43 Bestillingsinformasjon 44 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013 3
4 Bruksområde ipsogen JAK2 MutaQuant-settet er en in vitro kvantitativ test beregnet på påvisning og kvantifisering av JAK2 V617F/G1849T-allele i genomisk DNA ekstrahert fra perifert blod fra pasienter med mistenkt myeloproliferativ neoplasme (MPN). Fraværet av JAK2 V617F/G1849T-mutasjon ekskluderer ikke forekomsten av andre JAK2-mutasjoner. Testen kan rapportere falskt negative resultater i tilfeller med ytterligere mutasjoner i nukleotid til (1). Merk: Settet skal brukes i samsvar med instruksjonene i denne håndboken, i kombinasjon med validerte reagenser og instrumenter. Alt bruk som ikke overholder instruksjonene og/eller modifisering av komponentene fører til at QIAGENs ansvar oppheves. Sammendrag og forklaring En tilbakevendende mutasjon, V617F, som påvirker Janus-tyrosinkinase 2 (JAK2)-genet, ble identifisert 2005 (2 5), og førte til et viktig gjennombrudd innen forståelse, klassifisering og diagnostisering av myeloproliferative neoplasmer (MPN). JAK2 er et avgjørende intracellulært signaliseringsmolekyl for en rekke cytokiner, deriblant erytropoietin. JAK2 V617F-mutasjonen er påvist hos >95 % av pasienter med polycytaemia vera (PV), % av pasienter med essensiell trombocytemi (ET) og 50 % av pasienter med primær myelofibrose (PMF). JAK2 V617F er også påvist i enkelte sjeldne tilfeller med kronisk myelomonocytisk leukemi, myelodysplastisk syndrom, systemisk mastocytose og kronisk nøytrofil leukemi, men i 0 % av KMML (6). Mutasjonen tilsvarer en enkeltnukleoidendring av JAK2-nukleotid 1849 i ekson 14, som fører til en unik substitusjon av valin (V) til fenylalanin (F) i posisjon 617 i proteinet (JH2-domene). Det fører til konstitutiv aktivering av JAK2, hematopoietisk transformasjon in vitro og vekst av erytropoietin-uavhengig koloni (EEC) hos alle pasienter med PV samt en stor andel av ET- og PMFpasienter (7). JAK2 V617F er en viktig drivkraft i transformasjonen av hematopoietiske celler i MPN, men de nøyaktige patologiske mekanismene som med samme unike mutasjon fører til så ulike kliniske og biologiske enheter, er enda ikke fullstendig kartlagt. Tradisjonelt er diagnostering av MPN basert på kliniske, benmargshistologiske og cytogene kriterier. Oppdagelsen av en sykdomsspesifikk molekylær markør førte både til en enklere prosess og økt diagnostisk nøyaktighet. Påvisning av JAK2 V617F-mutasjon er nå en del av WHO 2008-referansekriteriene for diagnostisering av BCR-ABL-negativ MPN (tabell 1), og forekomst av denne mutasjonen er et hovedkriterium for diagnostisk bekreftelse. 4 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
5 WHO-kriterier for diagnostisering av MPN (tilpasset fra referanse 8) Kriterier for diagnostisering av polycythemia vera (PV) Store 1. Hemoglobin (Hgb) >18,5 g.dl-1 (menn) eller >16,5 g.dl-1 (kvinner) eller Hgb eller hematokrit (Hct) >99. persentil av referanseområde for alder, kjønn, beliggenhet over havet eller Hgb >17 g.dl -1 (menn) eller >15 g.dl -1 (kvinner) hvis forbundet med vedvarende økning på 2 g.dl -1 fra baseline som ikke kan tilskrives korrigering av jernmangel eller Forhøyet cellemasse >25 % over gjennomsnittlig normal forventet verdi 2. Forekomst av JAK2V617F eller lignende mutasjon Mindre 1. Trilineær myeloproliferasjon av benmarg 2. Subnormalt erytropoietinnivå i serum 3. Vekst av endogen erytroidkoloni (EEC) Kriterier for diagnostisering av essensiell trombocytemi (ET) Store 1. Blodplatetelling 450 x 10 9 l Megakaryocyttisk proliferasjon med stor og moden morfologi. Ingen eller liten granulocyttisk eller erytroid proliferasjon 3. Overholder ikke WHO-kriterier for kronisk myeloid leukemi (PMF), myelodysplastisk syndrom (MDS) eller annen myeloid neoplasme 4. Påvist JAK2V617F eller annen klonal markør eller Ingen holdepunkter for reaktiv trombocytose Mindre - Kriterier for diagnostisering av primær myelofibrose (PMF) Store 1. Megakaryocyttisk prolifasjon og atypi ledsaget av enten retikulinog/eller kollagenfibrose eller Ved mangel på retikulinfibrose må megakarocyttendringer ledsages av økt margcellularitet, granulocyttisk prolifasjon og ofte redusert erytropoiese (dvs. prefibrotisk PMF) 2. Overholder ikke WHO-kriterier for (KMML), PV, MDS eller annen myeloid neoplasme 3. Påvist JAK2V617F eller annen klonal markør eller Ingen holdepunkter for reaktiv margfibrose Mindre 1. Leukoerythroblastosis 2. Forhøyet serumlaktatdehydrogenase (LDH) 3. Anemia 4. Palpabel splenomegali Nylig har internasjonale eksperter foreslått kriterier for terapeutiske studier i PV og ET. Basert på data om allograft, alfa-interferon eller hydroksyurea, er JAK2V617F-kvantifisering innført som et potensielt nyttig verktøy for å overvåke behandlingsrespons (9). En reduksjon i JAK2 V617F-byrde er observert i Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013 5
6 respons på noen av de nye anti-jak2-rettede legemidlene i klinisk utvikling (10). Prinsippene for prosedyren Flere ulike teknikker er foreslått for å kvantitativt bestemme andelen enkle nukleoitidpolymorfismer (SNP-er) i DNA-prøvene. Av disse foretrekkes metoder basert på sanntids kvantitativ polymerasekjedereaksjon (qpcr) siden de er mer følsomme og gjør at allelebyrden kan overvåkes longtudinalt. Mange av disse teknikkene har en moderat følsomhet på 1 10 %, for eksempel, TaqMan allelediskriminering, Pyrosequencing, smeltekurveanalyse og direkte sekvensiering. Noen av disse, som smeltekurve og sekvensiering, er kun semikvantitative, mens andre, for eksempel Pyrosequencing, krever behandling etter PCR eller instrumentering som ikke er lett tilgjengelig eller har avskrekkende høye oppsettkostnader for rutinemessig laboratorietesting. En svært følsom metode med en følsomhet på <0,1 % krever bruk av en SNPspesifikk primer som tillater selektiv forsterkning av det mutante allelet eller villtypeallelet som lett kan påvises på et sanntids qpcr instrument. Ipsogen JAK2 MutaQuant-settet er basert på denne metoden. Bruken av qpcr tillater nøyaktig kvantifisering av PCR-produkter under den eksponensielle fasen av PCR-forsterkningsprosessen. Kvantitative PCR-data kan innehentes raskt, uten behandling etter PCR, med sanntids påvisning av fluorescerende signaler under og/eller etter PCR-sykling, hvilket drastisk reduserer faren for kontaminering av PCR-produktet. At present, 3 main types of qpcr techniques are available: qpcr analysis using SYBR Green I Dye, qpcr analysis using hydrolysis probes, and qpcr analysis using hybridization probes. Denne analysen benytter qpcr-hydrolyseprinsippet med oligonukleotid med dobbelt fargestoff. Under PCR hybridiseres «fremover»- og «revers»-primere til en spesifikk sekvens. Et oligonukleotid med dobbelt fargestoff inngår i samme blanding. Denne proben, som består av et oligonukleotid merket med et 5' rapporteringsfargestoff og et nedstrøms, 3'undertrykkingsfargestoff (quencher), hybridiseres til en målsekvens i PCR-produktet. qpcr-analyse med hydrolyseprober benytter 5' 3 -eksonukleaseaktiviteten til Thermus aquaticus (Taq) DNA-polymerase. Når proben er intakt, fører rapporteringsfargestoffets nærhet til undertrykkingsfargestoffet til supprimert rapporteringsfluorescens, hovedsakelig med Förster-energioverføring. Under PCR tilkobles proben spesifikt mellom fremover- og reversprimerstedene hvis det aktuelle målet er tilstede. 5' 3'-eksonukleaseaktiviteten til DNApolymerase spalter kun proben mellom rapporteringsstoffet og undertrykkingsstoffet hvis proben hybridiseres til målet. Probefragmentene forskyves deretter fra målet, og polymerisering av tråden fortsetter. 3'-enden av proben er blokkert for å forhindre forlengelse av proben under PCR (figur 1). 6 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
7 Denne prosessen oppstår i hver syklus og forstyrrer ikke den eksponensielle oppsamlingen av produktet. Økningen i fluorescenssignal påvises kun hvis målsekvensen komplementerer proben og dermed forsterkes under PCR. På grunn av disse kravene påvises ikke ikke-spesifikk forsterkning. Økningen i fluorescens er derfor direkte proporsjonal med målforsterkningen under PCR. Herding Herding av primere og probe Polymerisering Trådforskyvning Spalting Polymerisering fullført PCR-produkt fullført og fluorescerende signaloppsamling i hver syklus Fører til frigjøring av undertrykkingsfargestoff og rapporteringsfluorescenssignal Rapporteringsstoff Undertrykkingsstoff Spesifikk probe PCR-produkt Fremover- og reversprimere Taq-polymerase Figur 1. Reaksjonsprinsipp Den kvantitative allelespesifikke PCR-teknologien brukt i dette analysesettet muliggjør følsom, nøyaktig og svært reproduserbar påvisning av SNP-er. Denne teknikken er basert på bruk av spesifikke fremover-primere, for villtype- og V617F-allele (11). Overensstemmelsen mellom primer og mål-dna må være perfekt for å muliggjøre forlengelse og forsterkning i PCR (se figur 2). Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013 7
8 Ikke match Mutant allele Ingen forsterkning Ingen probespalting Ingen oppsamling av fluorescerende Match WT-allele Forsterkning Probespalting Oppsamling av fluorescerende signal Match Mutant allele Forsterkning Probespalting Oppsamling av fluorescerende signal Ikke WT-allele Ingen forsterkning Ingen probespalting Ingen oppsamling av fluorescerende Figur 2. Allelespesifikk PCR.Bruk av villtype- eller V617F-primere og probeblanding muliggjør spesifikk påvisning av villtype- eller mutert allele i to separate reaksjoner utført ved bruk av samme prøven. Resultater kan uttrykkes som en prosentandel av VF-kopier blant totale JAK2-kopier. 8 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
9 Medfølgende materialer Settets innhold ipsogen JAK2 MutaQuant Kit (12) (24) Katalognr Antall reaksjoner V617F positive control (V617F positiv kontroll) (100 % V617Fallele) V617F negative control (V617F negativ kontroll) (100 % villtypeallele) M1-VF Standard Dilution, 50 copies (M1-VF standardfortynning, 50 kopier) (5 x 10 1 V617F kopier/5 µl) M2-VF Standard Dilution, 500 copies (M2-VF standardfortynning, 500 kopier) (5 x 10 2 V617F kopier/5 µl) M3-VF Standard Dilution, 5000 copies (M3-VF standardfortynning, 5000 kopier) (5 x 10 3 V617F kopier/5 µl) M4-VF Standard Dilution, 50,000 copies (M4-VF standardfortynning, kopier) (5 x 10 4 V617F kopier/5 µl) WT-1 Standard Dilution, 50 copies (WT-1 standardfortynning, 50 kopier) (5 x 10 1 villtypekopier/5 µl) WT-2 Standard Dilution, 500 copies (WT-2 standardfortynning, 500 kopier) (5 x 10 2 villtypekopier/5µl) PC-VF-JAK2 PC-VF-JAK2 Mini NC-VF-JAK2 NC-VF-JAK2 Mini M1-VF M1-VF Mini M2-VF M2-VF Mini M3-VF M3-VF Mini M4-VF M4-VF Mini WT-1 WT-1 Mini WT-2 WT-2 Mini 40 µl 60 µl 40 µl 60 µl 20 µl 30 µl 20 µl 30 µl 20 µl 30 µl 20 µl 30 µl 20 µl 30 µl 20 µl 30 µl Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013 9
10 WT-3 Standard Dilution, 5000 copies (WT-3 standardfortynning, 5000 kopier) (5 x 10 3 villtypekopier/5 µl) WT-4 Standard Dilution, 50,000 copies (WT-4 standardfortynning, kopier) (5 x 10 4 villtypekopier/5 µl) Primers and Probe Mix JAK2 WT* (Primere og probeblanding JAK2 WT*) Primers and Probe Mix JAK2 V617F (Primere og probeblanding JAK2 V617F ) WT-3 WT-3 Mini 20 µl 30 µl WT-4 WT-4 Mini 20 µl 30 µl PPM-JAK2 WT 25x PPM-JAK2 WT Mini 25x PPM-JAK2 V617F 25x PPM-JAK2 V617F Mini 25x 52 µl 95 µl 52 µl 95 µl ipsogen JAK2 MutaQuant Kit Handbook (engelsk) 1 1 * Blanding av spesifikke revers- og fremoverprimere for villtype JAK2-kontrollgen og en spesifikk FAM TAMRA -probe. Blanding av spesifikke revers- og fremoverprimere for JAK2 V617F-mutasjon og en spesifikk FAM TAMRA-probe. Merk: Roter og sentrifuger raskt standardfortynningene og primerne og probeblandingene før bruk. Materialer som er nødvendige, men som ikke medfølger Bruk alltid egnet laboratoriefrakk, engangshansker og vernebriller ved arbeid med kjemikalier. Du finner mer informasjon på det aktuelle sikkerhetsdatabladet (HMS), som kan skaffes fra produktleverandøren. Reagenser Nukleasefritt vann av PCR-kvalitet Buffer og Taq DNA-polymerase: Validerte reagenser er TaqMan Universal PCR Master Mix (Master Mix PCR 2x) (Life Technologies, kat.nr ) og LightCycler TaqMan Master (Master Mix PCR 5x) (Roche, kat.nr ) eller LightCycler FastStart DNA Master PLUS HybProbe (Master Mix 5x) (Roche, kat. Forbruksvarer Nukleasefrie aerosolresistente sterile PCR-pipettespisser med hydrofobe filtre 10 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
11 0,5 ml eller 1,5 ml nukleasefrie PCR-glass Is Utstyr Mikroliterpipette* dedikert til PCR (1 10 µl; µl; µl) Benksentrifuge* med rotor for 0,5 ml/1,5 ml reaksjonsglass og mikroplater (kan oppnå rpm) Sanntids PCR-instrument:* Rotor-Gene Q 5plex HRM eller annen Rotor Gene; LightCycler 1.2, eller 480; ABI PRISM 7900HT SDS; Applied Biosystems 7500 sanntids PCR-system; og tilknyttet spesifikt materiale Biofotometer Advarsler og forholdsregler For bruk i forbindelse med in vitro-diagnostikk Bruk alltid egnet laboratoriefrakk, engangshansker og vernebriller ved arbeid med kjemikalier. Du finner mer informasjon på det aktuelle sikkerhetsdatabladet (HMS). Disse er tilgjengelige online i praktisk og kompakt PDF-format på Her kan du finne, vise og skrive ut sikkerhetsdatabladet for hvert QIAGEN-sett og hver settkomponent. Kast prøve- og analyseavfall i henhold til de lokale sikkerhetsforskriftene. 24-timers nødinformasjon Medisinsk nødinformasjon på engelsk, fransk og tysk er tilgjengelig 24 timer i døgnet fra: Poison Information Center Mainz, Tyskland Tlf.: Generelle forholdsregler Bruk av qpcr-tester forutsetter god laboratoriepraksis, herunder vedlikehold av utstyr, som er dedikert til molekylær biologi og overholder relevante bestemmelser og standarder. Dette settet er beregnet på bruk i forbindelse med in vitro-diagnostikk Reagenser og instruksjoner i dette settet er validert for optimal ytelse. Ytterligere fortynning av reagensene eller endring av inkubasjonstider og temperaturer kan føre til feilaktige eller uoverensstemmende data. PPM-WT- og PPM-VF- * Pass på at instrumentene er kontrollert og kalibrert i henhold til produsentens anbefalinger. Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
12 reagenser kan endres hvis de eksponeres for lys. Alle reagenser er formulert spesifikt for bruk med denne testen. For å oppnå optimal testytelse må det ikke foretas erstatninger. Utvis ekstrem forsiktighet for å unngå: DNase-kontaminering som kan forårsake nedbrytning av templat-dna. DNA- eller PCR-overføringskontaminering som fører til falskt positive signaler Vi anbefaler derfor følgende. Bruk nukleasefritt laboratorieutstyr (f.eks. pipetter, pipettespisser, reaksjonshetteglass) og hansker når du utfører analysen. Bruk nye aerosolresistente pipettespisser for alle pipetteringstrinn for å unngå krysskontaminering av prøvene og reagensene. Klargjør en forhånds-pcr-masterblanding med dedikert materiale (pipetter, spisser osv.) i et dedikert område der ingen DNA-matriser (SNA, plasmid eller PCR-produkter) innføres. Tilsett templat i en separat sone (helst i et eget rom) med spesifikke materialer (pipetter, spisser osv.). Håndtering og oppbevaring av reagensen Settene transporteres på tørris og må oppbevares ved 30 C til 15 C ved mottak. Minimer eksponering for lys for primere og probeblandinger (PPM-WT- og PPM-VF-glass). Bland og sentrifuger glassene varsomt før anbrudd. Oppbevar alle settkomponenter i originalbeholderne. Disse oppbevaringsforholdene gjelder både åpnede og uåpnede komponenter. Komponenter som oppbevares under andre forhold enn de angitt på etikettene vil kanskje ikke fungere riktig og kan ha en negativ innvirkning på analyseresultatene. Utløpsdatoer for hver reagens er angitt på de enkelte komponentetikettene. Under riktige oppbevaringsforhold ivaretas produktetes ytelse frem til utløpsdatoen trykt på etiketten. Det er ingenting som tyder på at dette produktet er ustabilt. Positive og negative kontroller skal imidlertid kjøres samtidig med ukjente prøver. 12 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
13 Prosedyre Klargjøring av prøve-dna Genomisk DNA skal hentes enten fra fullblod, rensede lymfocytter fra perifert blod i fullblod, polynukleære celler eller granulocytter. For sammenlignbare resultater anbefales det at samme cellefraksjons- og DNA-ekstraksjonssmetode anvendes. DNA-ekstraksjon kan utføres med en hjemmelaget metode eller med et kommersielt tilgjengelig sett. DNA-mengde skal bestemmes ved å måle prøvens optiske tetthet (Optic Density OD) ved 260 nm, og DNA-kvalitet kan bestemmes enten ved bruk av spektrofotometri eller gel*-elektroforese. OD 260 /OD 280 -forholdet skal være 1,7 1,9. Mindre forhold enn dette kan indikere proteinkontaminering eller forekomst av organiske kjemikalier. Elektroforetisk analyse på en 0,8 1,0 % agarosegel* skal muliggjøre visualisering av isolert DNA samt et tydelig bånd på ca. 20 kb (en lett utstryksprøve vil gi akseptable resultater). Resulterende DNA må fortynnes til en konsentrasjon på 5 ng/µl i 1x TEbufferen* ved ph 8,0 og deretter oppbevares ved +4 til +8 C i 1 uke eller ved 20 C hvis langvarig oppbevaring er påkrevd. qpcr-reaksjonen er optimert for DNA-prøver som inneholder 25 ng renset genomisk DNA. * Bruk alltid egnet laboratoriefrakk, engangshansker og vernebriller ved arbeid med kjemikalier. Du finner mer informasjon på det aktuelle sikkerhetsdatabladet (HMS), som kan skaffes fra produktleverandøren. Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
14 Protokoll: qpcr på RotorGene Q MDx 5plex HRM eller Rotor-Gene Q 5plex HRM-instrumenter med 72-glassrotor Ved bruk av dette instrumentet anbefaler vi å utføre alle målinger i duplikat, som indikert i tabell 2. Tabell 2. Antall reaksjoner for Rotor-Gene Q-instrumenter med 72- glassrotor Prøver Reaksjoner Med JAK2 V617F primere og probeblanding (PPM-VF) 4 M-VF-standarder 8 reaksjoner, hver testet i duplikat n DNA-prøver 2 DNA-kontroller Vannkontroll n x 2 reaksjoner 4 reaksjoner: 4 reaksjoner: positiv kontroll (PC-VF) og negativ kontroll (NC-VF), hver testet i duplikat 2 reaksjoner Med JAK2-villtypeprimere og probeblanding (PPM-WT) 4 villtypestandarder 8 reaksjoner, hver testet i duplikat n DNA-prøver 2 DNA-kontroller Vannkontroll n x 2 reaksjoner 4 reaksjoner: PC-VF og NC-VF, hver testet i duplikat 2 reaksjoner Prøvebehandling på Rotor-Gene Q-instrumenter med 72-glassrotor Vi anbefaler testing av minst 8 DNA-prøver med 24-reaksjonssettet (katalognr ) og minst 6 DNA-prøver med 12-reaksjonssettet (katalognr ) i samme eksperiment for å optimere bruken av standarder og primere og probeblandinger. 14 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
15 Anbefalt rotoroppsett for hvert eksperiment med ipsogen 24-prøvers JAK2 MutaQuant-sett. PC-VF: V617F positiv kontroll; NC-VF: V617F negativ kontroll; M-VF: V617F standards; M-WT: wild-type standards; S: DNA sample; H 2 O: water control. Merk: Pass på at prøver som skal testes alltid plasseres i posisjon 1 i rotoren. Ellers utfører ikke instrumentet kalibrering under kalibreringstrinnet, og feilaktige fluorescensdata innhentes. Fyll alle andre posisjoner med tomme glass. qpcr på Rotor-Gene Q-instrumenter med 72-glassrotor Merk: Utfør alle trinn på is. Prosedyre 1. Tin opp alle nødvendige komponenter og legg dem på is. 2. Klargjør følgende qpcr-blanding i henhold til antallet prøver som skal behandles. Alle konsentrasjoner er for sluttreaksjonsvolum. Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
16 Tabell 3 og 4 beskriver pipetteringsplanen for klargjøring av én reagensblanding, beregnet på å oppnå et sluttreaksjonsvolum på 25 µl. En forhåndsblanding kan klargjøres i samsvar med antallet reaksjoner, ved bruk av samme primer og probeblanding (enten PPM-VF eller PPM-WT). Andre volum inkluderes for å kompensere for pipetteringsfeil. Tabell 3. Klargjøring av qpcr-blanding Komponent TaqMan Universal PCR masterblanding, 2x Primere og probeblanding, PPM-VF 25x Nukleasefritt vann av PCRkvalitet Prøve (skal tilsettes i trinn 4) 1 reaksjon (µl) V617Fforhåndsblanding reaksjoner (µl) Sluttkonsentrasjon 12,5 387,5 1x 1,0 31 1x 6,5 201,5 5,0 5 hver Totalvolum 25,0 25 hver 16 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
17 Table 4. Preparation of qpcr mix Komponent TaqMan Universal PCR masterblanding, 2x Primere og probeblanding, PPM-WT 25x Nukleasefritt vann av PCRkvalitet Prøve (skal tilsettes i trinn 4) 1 reaksjon (µl) WTforhåndsblanding reaksjoner (µl) Sluttkonsentrasjon 12,5 387,5 1x 1,0 31 1x 6,5 201, hver Totalvolum hver 3. Dispenser 20 µl av qpcr-forhåndsblandingen (VF eller WT) pr. glass. 4. Tilsett 5 µl av materialet som skal kvantifiseres (25 ng genomisk DNA eller kontroll) i riktig glass (totalvolum 25 µl). 5. Bland varsomt ved å pipettere opp og ned. 6. Plasser glassene i den termiske sykleren i samsvar med produsentens anbefalinger. 7. Programmer Rotor-Gene Q-instrumentet med det termiske syklingsprogrammet som indikert i tabell 5. Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
18 Tabell 5. Temperaturprofil Analysemodus Holding Kvantifisering Temperatur: 50 grader Tid: 2 min. Holding 2 Temperatur: 95 C Tid: 10 min. Sykling 50 ganger 95 C i 15 sek. 62 C i 1 min. med innhenting av FAM-fluorescens i grønn kanal: Enkel 8. For Rotor-Gene Q-instrumenter, velg Slope Correct (Helningskorreksjon) for analysen. Vi anbefaler å stille inn terskelen ved 0,03. Start det termiske syklingsprogrammet, som angitt i tabell Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
19 Protokoll: qpcr på ABI PRISM 7900HT SDS, Applied Biosystems 7500 sanntids PCR-system og LightCycler 480- instrument Ved bruk av 96-brønn-plate qpcr-utstyr, anbefaler vi å utføre alle målinger i duplikat, som indikert i tabell 6. Antall reaksjoner som bruker 96-brønn-plate qpcr-utstyr Prøver Reaksjoner Med JAK2 V617F primere og probeblanding (PPM-VF) 4 M-VF-standarder 8 reaksjoner, hver testet i duplikat n DNA-prøver 2 DNA-kontroller Vannkontroll n x 2 reaksjoner 4 reaksjoner: PC-VF og NC-VF, hver testet i duplikat 2 reaksjoner Med JAK2-villtypeprimere og probeblanding (PPM-WT) 4 villtypestandarder 8 reaksjoner, hver testet i duplikat n DNA-prøver 2 DNA-kontroller Vannkontroll n x 2 reaksjoner 4 reaksjoner: PC-VF og NC-VF, hver testet i duplikat 2 reaksjoner Prøvebehandling på ABI PRISM 7900HT SDS, Applied Biosystems 7500 sanntids PCR-system og LightCycler 480-instrument Vi anbefaler testing av 8 DNA-prøver med 24-reaksjonssettet (katalognr ) og minst 6 DNA-prøver med 12-reaksjonssettet (katalognr ) i samme eksperiment for å optimere bruken av standarder og primere og probeblandinger. Plateskjemaet i figur 4 viser et eksempel på et slikt eksperiment ved bruk av 24- reaksjonssettet (katalognr ), og figur 5 viser et eksempel på et slikt eksperiment ved bruk av 12-reaksjonssettet (katalognr ). Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
20 Figur 4. Anbefalt plateoppsett for ett eksperiment ved bruk av 24-reaksjonssettet (katalognr ). PC-VF: V617F positiv kontroll; NC-VF: V617F negativ kontroll; M-VF: V617F standarder; M-WT: villtypestandarder; Merk: DNA-prøve; H 2 O: vannkontroll Figur 5. Anbefalt plateoppsett for ett eksperiment ved bruk av 12-reaksjonssettet (katalognr ). PC-VF: V617F positiv kontroll; NC-VF: V617F negativ kontroll; M-VF: V617F-standarder; M-WT: villtypestandarder; S: DNA-prøve; H 2 O: vannkontroll 20 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
21 qpcr på ABI PRISM 7900HT SDS, Applied Biosystems 7500 sanntids PCR-system og LightCycler 480-instrument Merk: Utfør alle trinn på is. Prosedyre 1. Tin opp alle nødvendige komponenter og legg dem på is. 2. Klargjør følgende qpcr-blanding i henhold til antallet prøver som skal behandles. Alle konsentrasjoner er for sluttreaksjonsvolum. Tabell 7 og 8 beskriver pipetteringsplanen for klargjøring av én reagensblanding, beregnet på å oppnå et sluttreaksjonsvolum på 25 µl. En forhåndsblanding kan klargjøres i samsvar med antallet reaksjoner, ved bruk av samme primer og probeblanding (enten PPM-VF eller PPM-WT). Andre volum inkluderes for å kompensere for pipetteringsfeil. Tabell 7. Klargjøring av qpcr-blanding Komponent TaqMan Universal PCR masterblanding, 2x Primere og probeblanding, PPM-VF 25x Nuklease-fritt vann av PCRkvalitet Prøve (skal tilsettes i trinn 4) 1 reaksjon (µl) V617F-forhåndsblanding reaksjoner (µl) reaksjoner (µl) Sluttkonsentrasjon 12,5 337,5 387,5 1x 1, x 6,5 175,5 201,5 5,0 5 hver 5 hver Totalvolum hver 25 hver Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
22 Tabell 8. Klargjøring av qpcr-blanding WT-forhåndsblanding Komponent 1 reaksjon (µl) reaksjoner (µl) reaksjoner (µl) Sluttkonsentrasjon TaqMan Universal PCR masterblanding, 2x Primere og probeblanding, PPM-WT 25x Nukleasefritt vann av PCRkvalitet Prøve (skal tilsettes i trinn 4) 12,5 337,5 387,5 1x 1, x 6,5 175,5 201,5 5,0 5 hver 5 hver Totalvolum 25,0 25 hver 25 hver 3. Dispenser 20 µl qpcr-forhåndsblanding (VF eller WT) pr. brønn. 4. Tilsett 5 µl av materialet som skal kvantifiseres (25 ng prøvegenomisk DNA eller kontroll) i tilsvarende brønn (totalvolum 25 µl). 5. Bland varsomt ved å pipettere opp og ned. 6. Lukk platen og sentrifuger raskt (300 x g, ca. 10 seconds). 7. Plasser platen i den termiske sykleren i samsvar med produsentens anbefalinger. 8. Programmer den termiske sykleren med det termiske syklingsprogrammet og still inn instrumentet for innhenting av dobbeltmerket FAM-fluorescerende probe som angitt i tabell 9 for ABI PRISM 7900HT SDS og Applied Biosystems 7500 sanntids PCRsystem, eller tabell 10 for LightCycler 480-instrumentet. 22 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
23 Tabell 9. Temperaturprofil for ABI PRISM 7900HT SDS og Applied Biosystems 7500 sanntids PCR-system Analysemodus Standardkurve absolutt kvantifisering Holding Temperatur: 50 C Tid: 2 minutter Holding 2 Temperatur: 95 C Tid: 10 minutter Sykling 50 ganger 95 C i 15 sekunder 63 C i 1 minutt 30 sekunder med innhenting av FAM-fluorescerens; undertrykkingsstoff: TAMRA Tabell 10. Temperaturprofil for LightCycler 480-instrument Analysemodus Påvisningsformater Absolutt kvantifisering ( Abs Quant ) Velg «Simple Probe» (Enkeltprobe) i vinduet for påvisningsformat Holding Temperatur: 50 C Tid: 2 minutter Holding 2 Temperatur: 95 C Tid: 10 minutter Sykling 50 ganger 95 C i 15 sekunder 63 C for 1 minutt 30 sekunder med innhenting av FAM-fluorescens tilsvarende ( nm) for LCversjon 01 og ( nm) for LC-versjon For ABI PRISM 7900HT og Applied Biosystems 7500 sanntids PCRsystem, følg trinn 8a. For LightCycler 480-instrumentet, følg trinn 8b. 9a. ABI PRISM 7900HT and Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR System: We recommend a threshold set at 0.1. Start the cycling program, as indicated in Table 9. Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
24 9b. LightCycler 480: We recommend a Fit point analysis mode with background at 2.0 and threshold at 2.0. Start the thermal cycling program, as indicated in Table Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
25 Protokoll: qpcr på LightCycler 1.2-instrument Vi anbefaler å måle prøver i duplikat og kontroller kun én gang med kapillære instrumenter, som angitt i tabell 11. Tabell 11. Antall reaksjoner for LightCycler 1.2-instrument Prøver Reaksjoner Med JAK2 V617F primere og probeblanding (PPM-VF) 4 M-VF-standarder 4 reaksjoner, testet én gang hver n DNA-prøver 2 DNA-kontroller Vannkontroll n x 2 reaksjoner 2 reaksjoner: PC-VF og NC-VF, testet én gang hver 1 reaksjon Med JAK2-villtypeprimere og probeblanding (PPM-WT) 4 villtypestandarder 4 reaksjoner, testet én gang hver n DNA-prøver 2 DNA-kontroller Vannkontroll n x 2 reaksjoner 2 reaksjoner: PC-VF og NC-VF, testet én gang hver 1 reaksjon Prøvebehandling på LightCycler 1.2-instrument Vi anbefaler å teste 4 DNA-prøver i samme eksperiment for å optimere bruken av standarder og primere og probeblandinger. Kapillærplanen i figur 6 viser et eksempel på et eksperiment. Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
26 Figur 6. Anbefalt rotoroppsett for hvert eksperiment med ipsogen JAK2 MutaQuantsett. PC-VF: V617F positiv kontroll; NC-VF: V617F negativ kontroll; M-VF: V617F standarder; M-WT: villtypestandarder; S: DNA-prøve; H 2 O: vannkontroll qpcr on LightCycler 1.2 instrument Merk: På grunn av bestemte teknologiske krav, må LightCycler-eksperimenter utføres ved bruk av spesifikke reagenser. Vi anbefaler å bruke LightCycler FastStart DNA Master PLUS HybProbe og følge produsentens instruksjoner for klargjøring av Master Mix 5x. Merk: Utfør alle trinn på is. Prosedyre 1. Tin opp alle nødvendige komponenter og legg dem på is. 2. Klargjør følgende qpcr-blanding i henhold til antallet prøver som skal behandles. Alle konsentrasjoner er for sluttreaksjonsvolum. Tabell 12 og 13 beskriver pipetteringsplanen for klargjøring av én reagensblanding, beregnet på å oppnå et sluttreaksjonsvolum på 20 µl. En forhåndsblanding kan klargjøres i samsvar med antallet reaksjoner, ved bruk av samme primer og probeblanding (enten PPM-VF eller PPM-WT). Andre volum inkluderes for å kompensere for pipetteringsfeil. 26 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
27 Tabell 12. Klargjøring av qpcr-blanding Komponent Nylig klargjort LightCycler FastStart DNA Master PLUS HybProbeblanding, 5x Primere og probeblanding, PPM-VF 25x Nukleasefritt vann av PCR-kvalitet Prøve (skal tilsettes i trinn 4) 1 reaksjon (µl) V617Fforhåndsblanding reaksjoner (µl) Sluttkonsentrasjon 4,0 64,0 1x 0,8 12,8 1x 10,2 163,2 5,0 5 hver Totalvolum 20,0 20 hver Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
28 Tabell 13. Klargjøring av qpcr-blanding Komponent 1 reaksjon (µl) WTforhåndsblanding reaksjoner (µl) Sluttkonsentrasjon Nylig klargjort LightCycler FastStart DNA Master PLUS HybProbeblanding, 5x Primere og probeblanding, PPM-WT 25x Nukleasefritt vann av PCR-kvalitet Prøve (skal tilsettes i trinn 4) 4,0 64,0 1x 0,8 12,8 1x 10,2 163,2 5,0 5 hver Totalvolum 20,0 20 hver 3. Dispenser 15 µl qpcr-forhåndsblanding (VF eller WT) pr. kapillær. 4. Tilsett 5 µl av materialet som skal kvantifiseres (25 ng genomisk DNA eller kontroll) i riktig glass (totalvolum 20 µl). 5. Bland varsomt ved å pipettere opp og ned. 6. Plasser kapillærene i adapterne som følger med apparatet, og sentrifuger raskt (700 x g, ca. 10 sekunder). 7. Last kapillærene inn i den termiske sykleren i henhold til produsentens anbefalinger. 8. Programmer LightCycler 1.2-instrumentet med det termiske syklingsprogrammet som angitt i tabell Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
29 Tabell 14. Temperaturprofil Analysemodus Kvantifisering Holding 1 Temperatur: 55 C Tid: 2 minutter Stigning: 20 Holding 2 Temperatur: 95 C Tid: 10 minutter Stigning: 20 Sykling 50 ganger 95 C i 15 sekunder; stigning: C i 1 minutt; stigning: 20; med innhenting av FAM-fluorescence: Enkel 9. For LightCycler 1.2 er F1/F2 og modusen «2 nd derivative analysis» (2. derivative analyse) anbefalt. Start det termiske syklingsprogrammet, som angitt i tabell 14. Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
30 Tolkning av resultater Prinsipp for dataanalysering Data om verdier for terskelsyklus (C T ) og krysningspunkt (C P ) kan eksporteres fra qpcr-instrumentet og inn i en Excel -fil for analysering. Disse verdiene kan brukes til å beregne gjennomsnittsverdien for C P og C T, og standard C T - gjennomsnittsverdier kan legges inn for å oppnå en standardkurve for både villtype- og V617F-standarder ved bruk av følgende ligning og tabell 15. y = gj.sn. C P ; x = logg 10 CN der CN= genkopinummer i prøven på 5 µl Tabell 15. Kvantitative data for villtype- og V617F-standardene Standard Kopinummer (CN) logg 10 CN M1-VF 5 x 10 1 VF 1.7 M2-VF 5 x 10 2 VF 2.7 M3-VF 5 x 10 3 VF 3.7 M4-VF 5 x 10 4 VF 4.7 WT-1 5 x 10 1 WT 1.7 WT-2 5 x 10 2 WT 2.7 WT-3 5 x 10 3 WT 3.7 WT-4 5 x 10 4 WT 4.7 Merk: Hver bruker bør måle sin egen reproduserbarhet i laboratoriet sitt. Standardkurve og kvalitetskriterier Figure 7 og 9 viser eksempler på resultater oppnådd med ipsogen JAK2 MutaQuant-settet, og figur 8 og 10 viser et eksempel på den teoretiske kurven beregnet ut fra 4 standardfortynninger. 30 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
31 M4-VF M3-VF M2-VF M1-VF Figur 7. Forsterkningsdiagram for 5 x 10 1, 5 x 10 2, 5 x 10 3 og 5 x 10 4 kopier av JAK2 V617F-plasmidet (henholdsvis kontroll M1-VF, M2-VF, M3-VF, M4-VF). y = -3,4017x + 44,774 R² = 0,9989 Figur 8. Standardkurve for JAK2 V617F. Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
32 WT-4 WT-3 WT-2 WT-1 Figur 9. Forsterkningsdiagram for 5 x 10 1, 5 x 10 2, 5 x 10 3 og 5 x 10 4 kopier av JAK2- villtypeplasmidet (henholdsvis kontroll WT-1, WT-2, WT-3 og WT-4). y = -3,6x + 43,643 R² = 0,9981 Figur 10. Standardkurve for JAK2-villtype. Siden standarder er 10-gangers fortynninger, er den teoretiske helningen av kurven 3,32. En helning mellom 3,0 og 3,9 er akseptabelt så lenge R² er 32 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
33 >0,95 (12). En verdi for R² >0,98 er imidlertid ønskelig for å oppnå nøyaktige resultater (13). Standardkurveligningene kan deretter brukes til å beregne V617F- og WTlogg 10 -kopinumre i de ukjente prøvene. V617F-standardkurveligningen skal brukes til å forvandle gjennomsnittlig C P / C T -råverdi (oppnådd med PPM-VF) for ukjente prøver og kontrollprøver til JAK2 V617F-kopinumre (CN V617F ). logg 10 CN V617F = (Gj.sn. C pv617f skjæringspunkt for standardkurve V617F ) Helning for standardkurve V617F Ligningen for villtype-standardkurve skal brukes til å forvandle gjennomsnittlig C P /C T -råverdi (oppnådd med PPM-WT) for ukjente prøver og kontrollprøver til JAK2-villtypekopinumre (CN WT ). logg 10 CN WT = (Gj.sn. C pwt skjæringspunkt for standardkurve WT ) Helning for standardkurve WT Uttrykking av resultatene Resultater er relative til 25 ng av totalt genomisk DNA, og skal uttrykkes som prosentandelen av JAK2 V617F som følger. JAK2 V617F % = CN V617F (CN V617F + CN WT ) x 100 Reproduserbarhet mellom replikater Innhentede data skal være konsekvente mellom duplikatene. Positive og negative kontroller Den positive kontrollen eller PC-VF skal gi en JAK2 V617F prosent på over 99,9 %. Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
34 Den negative kontrollen eller NC-VF skal gi en JAK2 V617F-prosent på under 0,1 %. Hvis disse kontrollene ikke fungerer riktig, må du se «Feilsøkingsveiledning», side 34, for å finne en løsning. Vannkontroller Negative kontroller skal gi null CN for påvisning av både JAK2 V617F- og JAK2-villtype. En positiv vannkontroll skyldes krysskontaminering. Se «Feilsøkingsveiledning» nedenfor for å finne en løsning. Feilsøkingsveiledning Denne feilsøkingsveiledningen kan være nyttig for å løse problemer som kan oppstå. For mer informasjon, se også siden med vanlige spørsmål og svar på vårt tekniske supportsenter: Forskerne ved QIAGENs tekniske serviceavdeling er alltid klare til å besvare eventuelle spørsmål du måtte ha enten om informasjonen og protokollen i denne håndboken eller prøve- og analyseteknologi (for kontaktinformasjon, se «Kontaktinformasjon», side 43). Kommentarer og forslag Standardkurven for villtype eller V617F er ikke lineær Inversjon av hetteglass, inversjon under distribusjon, krysskontaminering, delvis nedbrytning av standarden, RQPCR-reagens, ikke-spesifikk forsterkning eller PCRprogramvfeil Manglende eller lavt signal for én standard Standard ikke distribuert, eller bruk av samme PPM-blanding Kontroller pipetteringsplanen og oppsettet av reaksjonen. Oppbevar ipsogen JAK2 MutaQuantsettet ved 15 til 30 C og oppbevar primere og probeblandinger beskyttet mot lys. Se «Håndtering og oppbevaring av reagensen», side 12. Unngå gjentatt frysing og tining. Kontroller pipetteringsplanen og oppsettet av reaksjonen. Gjenta PCR-kjøringen. 34 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
35 Negativ (H 2 O) kontroll er positiv Krysskontaminering, reagenskontaminering, instrumentfeil, brønn- eller kapillærinversjon eller probeforringelse. Kommentarer og forslag Skift ut alle essensielle reagenser. Prøver, settkomponenter og forbruksvarer må alltid håndteres i samsvar med normalt godkjent praksis for å forhindre at det overføres kontaminering. Oppbevar primere og probeblandinger beskyttet mot lys. Se etter falskt positive prøver på fluorescenskurver. Manglende signal, selv i standardkontroll a) Feil påvisningskanal er valgt Still kanal til F1/F2 eller 530 nm/640 nm. b) Pipetteringsfeil eller utelatte reagenser c) Ingen datainnhentingsprogrammer Kontroller pipetteringsplanen og oppsettet av reaksjonen. Gjenta PCR-kjøringen. Kontroller syklusprogrammet. Velg innhentingsmodus «Single» (Enkel) på slutten av hvert herdingssegment i PCR-programmet. Manglende eller lavt signal i prøver, men ok standardkontroller Hemmende effekter på prøvemateriale forårsaket av utilstrekkelig rensing Kontroller alltid DNA-kvaliteten og (OD 260 /OD 280 ) og konsentrasjonen før du starter. Gjenta DNA-klargjøring. Fluorescensintensiteten er for lav a) Uegnet oppbevaring av settkomponenter Alikvoter reagenser for oppbevaring. Oppbevar ipsogen JAK2 MutaQuantsettet ved 15 til 30 C og oppbevar primere og probeblandinger beskyttet mot lys. Se «Håndtering og oppbevaring av reagensen», side 12. Unngå gjentatt frysing og tining. Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
36 b) Svært lav initiell mengde av mål- DNA Negative kontroller er positive Overføring av kontaminering Kommentarer og forslag Kontroller mengden prøve-dna. Merk: Avhengig av valgt metode for DNA-klargjøring, kan det oppstå hemmende effekter. Skift ut alle essensielle reagenser. Gjenta eksperimentet med nye alikvoter av alle reagenser. Håndter alltid prøver, settkomponenter og forbruksvarer i samsvar med normalt akseptert praksis for å forhindre overføring av kontaminering. Fluorescencsintensiteten varierer a) Pipetteringsfeil Roter og sentrifuger alle reagenser etter tining. LightCycler-variabilitet forårsaket av en såkalt «pipetteringsfeil» kan reduseres ved å analysere data i F1/F2 eller 530 nm/640 nm-modus. b) Utilstrekkelig sentrifugering av platen, glassene eller kapillærene, eller den klargjorte PCR-blandingen kan fremdeles befinner seg i det øvre karet i kapillæren, eller en luftboble kan sitte fast i kapillærspissen. c) Utsiden av kapillærspissen er skitten Sentrifuger alltid kapillærer med reaksjonsblandingen, som beskrevet i brukerhåndboken for det relevante apparatet. Bruk alltid hansker ved håndtering av kapillærene. 36 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
37 Kommentarer og forslag Villtype eller V617F positive kontroller signaliserer ved bruk av resiprok PPM Krysskontaminering, reagenskontaminering eller brønn- eller kapillærinversjon Invertert påvisning av positiv kontroll Distribuert inversjon av PPM i brønn eller kapillær eller i forhåndsblandingen Skift ut alle essensielle reagenser. Gjenta eksperimentet med nye alikvoter av alle reagenser. Håndter alltid prøver, settkomponenter og forbruksvarer i samsvar med normalt akseptert praksis for å forhindre overføring av kontaminering. Kontroller pipetteringsplanen og oppsettet til reaksjonen. Kontroller pipetteringsplanen og oppsettet til reaksjonen. Manglende signal for én positiv kontroll eller begge PPM eller kontroll-dna utelatt Kontroller pipetteringsplanen og oppsettet til reaksjonen. Høy bakgrunn Fluoroforbleking Oppbevar og håndter proben beskyttet mot lys. Dårlig reproduserbarhet for duplikatprøvene Pipetteringsfeil eller krysskontaminering Kontroller pipetteringsplanen og oppsettet av reaksjonen. Kvalitetskontroll Kvalitetskontroll av det fullstendige settet er utført på et LightCycler 480- instrument. Dette settet er produsert i henhold til ISO 13485:2003-standarden. Analysesertifikater er tilgjengelige på anmodning fra Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
38 Begrensninger Brukerne må ha opplæring og kjennskap til denne teknologien før bruk av denne enheten. Dette settet skal brukes i samsvar med instruksjonene i denne håndboken, i kombinasjon med et validert instrument nevnt i Materialer som er nødvendige, men som ikke medfølger, side 10. Alle diagnostiske resultater som genereres må tolkes i sammenheng med andre kliniske funn eller laboratoriefunn. Det er brukerens ansvar å validere systemytelsen for alle prosedyrer anvendt i laboratoriet som ikke er dekt av QIAGENs ytelsesstudier. Det er viktig å være oppmerksom på utløpsdatoer som er trykket på boksen og etikettene på alle komponenter. Bruk ikke komponenter med utløpt dato. Ytelsesegenskaper Ikke-kliniske studier Presisjon En presisjonsstudie ble utført ved bruk av 12 DNA-prøver ekstrahert fra cellelinjer som tilsvarte ulike JAK2 V617F-allelebyrder. Totalt 80 målinger ble utført på hver prøve ved bruk av 3 ulike partier av ipsogen JAK2 MutaQuantsettet. Denne presisjonsstudien brukte et Applied Biosystems 7500 sanntids PCR-system. Analytiske data er oppsummert i Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
39 Table 15. Kvantitative data for villtype- og V617F-standardene Prøve Teoretisk JAK2 V617F (%) n* Gjennomsnitt (%) CV (%) Persentil 5 95 A , ,5 0,000 0,015 B 0, ,101 89,2 0,003 0,284 C 0,5 79 0,449 61,6 0,161 0,950 D ,169 41,6 0,611 1,998 E ,046 33,5 1,168 3,185 F ,733 30,6 2,120 5,560 G ,246 22,4 3,647 7,309 H 12, ,633 16,6 12,792 22,335 I ,602 14,8 22,705 34,773 J ,181 6,6 50,024 63,724 K ,153 3,8 75,352 85,551 L ,998 0,003 99, ,000 * Avvikende verdier ble ekskludert. Disse ble definert som verdier mindre enn det nedre kvartilet minus 3 ganger interkvartilområdet eller større enn det øvre kvartilet pluss 3 ganger interkvartilområdet på et boksdiagram. n = antall validerte prøver; CV = global variasjonskoeffisient. Blankgrense og påvisningsgrense Bakgrunnsnivå eller blanknivå (Level of Blank LOB) ble bestemt på negative prøver (8 prøver, 76 målinger). Dette ble påvist å være 0,014 %. Påvisningsgrense (Limit of Detection LOD) ble bestemt ved bruk av prøver som var påvist positive men hadde lav ekspresjon (7 prøver, 68 målinger). Dette ble påvist å være 0,061 %, med et 90 % konfidensintervall og øvre grense ved 0,091 %. Denne optimale følsomheten kan oppnås på prøver som inneholder minst kopier av JAK2-genet (villtype eller V617F-mutasjon). Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
40 Kvantifiseringsdata skal rapporteres som følger. JAK2 V617F 0,014 % kan tolkes som at JAK2 V617F-mutasjonen ikke ble påvist. JAK2 V617F er >0,014 % men <0,091 % kan tolkes som et ubestemmelig resultat (gråsone). JAK2 V617F 0,091 % kan tolkes som et positivt resultat og at JAK2 V617F-mutasjonen er påvist. Linearitet Linearitetsstudier ble utført på 12 prøver, hver fra en ulik DNA-blanding ekstrahert fra cellelinjer som var positive og negative for JAK2 V617F-mutasjon. Hver prøve ble testet 5 ganger. Data fra denne studien viste at ipsogen JAK2 MutaQuant-settet ga lineære resultater på tvers av det dynamiske området. Kliniske studier DNA fra blod eller benmarg ble ekstrahert fra 87 pasientprøver og analysert med ipsogen JAK2 MutaQuant-settet. I tillegg ble prosentandelen av JAK2 V617F-mutasjoner kvantifisert og sammenlignet med screeningtestresultater oppnådd med ipsogen JAK2 MutaScreen EZ-settet (katalognr ). Innhentede data vises i tabell Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
41 Tabell 16. Kontingenstabell som viser overenstemmelsen mellom resultater oppnådd med ipsogen JAK2 MutaQuant-settet og ipsogen JAK2 MutaScreen EZ-settet Resultater fra ipsogen JAK2 MutaQuant-settet Mutasjon påvist Ubestemmelig resultat Mutasjon påvist 40 0 Resultater fra ipsogen JAK2 MutaScreen EZ-settet Ubestemmelig resultat Mutasjon ikke påvist n Mutasjon ikke påvist n Positiv overensstemmelse Negativ overensstemmelse Generell overensstemmelse 100% (95 % konfidensintervall: 91%, 100%) 71% (95 % konfidensintervall: 51%, 85%) 89 % (95 % konfidensintervall: 79%, 95%) Referanser QIAGEN opprettholder en stor oppdatert online database med vitenskapelige kunngjøringer om bruk av QIAGEN-produkter. Omfattende søkealternativer gjør at du kan finne de artiklene du har behov for, enten med enkelt nøkkelordsøk eller ved å spesifisere bruksområde, forskningsområde, tittel osv. For en fullstendig liste over referanser, besøk QIAGENs referansedatabase online på eller ta kontakt med QIAGENs tekniske serviceavdeling eller din lokale distributør. Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
42 Anvendte referanser 1. National Center for Biotechnology Information (NCBI): NT_ James, C. et al. (2005) A unique clonal JAK2 mutation leading to constitutive signalling causes polycythaemia vera. Nature 434, Levine, R. L. et al. (2005) Activating mutation in the tyrosine kinase JAK2 in polycythemia vera, essential thrombocythemia, and myeloid metaplasia with myelofibrosis. Cancer Cell 7, Kralovics, R. et al. (2005) A gain of function mutation of JAK2 in myeloproliferative disorders. N. Engl. J. Med. 352, Baxter, E. J. et al. (2005) Acquired mutation of the tyrosine kinase JAK2 in human myeloproliferative disorders. Lancet 36, Tefferi, A. et al. (2009) Myeloproliferative neoplasms: contemporary diagnosis using histology and genetics. Nat. Rev. Clin. Oncol. 6, Prchal, J.F. and Axelrad, A.A. (1974) Bone marrow responses in polycythemia vera. N. Engl. J. Med. 290, Tefferi, A. and Vardiman, J.W. (2008) Classification and diagnosis of myeloproliferative neoplasms: the 2008 World Health Organization criteria and point-of-care diagnostic algorithms. Leukemia, 22, Barosi, G. et al. (2009) Response criteria for essential thrombocythemia and polycythemia vera: result of a European LeukemiaNet consensus conference. Blood 113, Pardanani, A. et al. (2011) Safety and efficacy of TG101348, a selective JAK2 inhibitor, in myelofibrosis. J. Clin. Oncol. 29, Lippert, E. et al. (2006) The JAK2-V617F mutation is frequently present at diagnosis in patients with essential thrombocythemia and polycythemia vera. Blood 108, van der Velden, V.H. et al. (2003) Detection of minimal residual disease in hematologic malignancies by real-time quantitative PCR: principles, approaches, and laboratory aspects. Leukemia 17, Branford, S. et al. (2006) Rationale for the recommendations for harmonizing current methodology for detecting BCR-ABL transcripts in patients with chronic myeloid leukaemia. Leukemia 20, Symboler Følgende symboler kan vises på emballasjen og merkingen: <N> Inneholder nok reagens til <N> reaksjoner Brukes innen 42 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
43 Medisinsk utstyr til in vitro-diagnostikk Katalognummer Partinummer Materialnummer Temperaturbegrensning Produsent Se bruksanvisningen Kontaktinformasjon For teknisk hjelp og mer informasjon, se vårt tekniske supportsenter på ring eller kontakt en av QIAGENs tekniske serviceavdelinger eller lokale distributører (se bak på omslaget eller besøk Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/
44 Bestillingsinformasjon Produkt Innhold Kat.nr. ipsogen JAK2 MutaQuant Kit (12) For 12 reaksjoner: Villtype JAK2- genkontroll, JAK2 V617F-kontrollgen, primere og probeblanding PPM-WT, primere og probeblanding PPM-VF ipsogen JAK2 MutaQuant Kit (24) For 24 reaksjoner: Villtype JAK2- genkontroll, JAK2 V617F-kontrollgen, primere og probeblanding PPM-WT, primere og probeblanding PPM-VF Rotor-Gene Q MDx for IVD-validert sanntids PCRanalyse i kliniske bruksområder Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM Platform Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM System Sanntids PCR-sykler og High Resolution Melt-analysator med 5 kanaler (grønn, gul, oransje, rød, dyp rød) pluss HRM-kanal, bærbar PC, programvare, tilbehør, 1-års garanti på deler og utførelse, installasjon og opplæring ikke inkludert Sanntids PCR-sykler og High Resolution Melt-analysator med 5 kanaler (grønn, gul, oransje, rød, dyp rød) pluss HRM-kanal, bærbar PC, programvare, tilbehør, 1-års garanti på deler og utførelse, installasjon og opplæring For oppdatert lisensinformasjon og produktspesifikke ansvarsfraskrivelser, se den respektive håndboken eller brukerhåndboken for QIAGEN-settet. Håndbøker og bruksanvisninger for QIAGEN-sett er tilgjengelige på eller på forespørsel fra QIAGENs tekniske serviceavdeling eller din lokale distributør. 44 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant-settet 01/2013
Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant -settet
August 2016 Håndbok for ipsogen JAK2 MutaQuant -settet 12 (katalognr. 673522) 24 (katalognr. 673523) Version 1 Kvantitativ in vitro-diagnostikk Til bruk med Rotor-Gene Q, ABI PRISM 7900HT SDS, Applied
Håndbok for ipsogen WT1 ProfileQuant -settet (ELN*)
Mars 2015 Håndbok for ipsogen WT1 ProfileQuant -settet (ELN*) 24 Versjon 1 Kvantitativ in vitro-diagnostikk For bruk med Rotor-Gene Q, ABI PRISM 7900HT SDS, Applied Biosystems 7500 sanntids PCR-system
Håndbok for ipsogen BCR-ABL1 Mbcr IS-MMR Kit
Januar 2013 Håndbok for ipsogen BCR-ABL1 Mbcr IS-MMR Kit 24 Versjon 1 Kvantitativ in vitro-diagnostikk For bruk med Rotor-Gene Q, Applied Biosystems, ABI PRISM og LightCycler instrumenter 670723 QIAGEN
Håndbok for ipsogen BCR-ABL1 Mbcr IS-MMR DX-sett
Juli 2016 Håndbok for ipsogen BCR-ABL1 Mbcr IS-MMR DX-sett 24 Versjon 1 Kvantitativ in vitro-diagnostikk For bruk med Rotor-Gene Q, Applied Biosystems, ABI PRISM og LightCycler instrumenter 670823 QIAGEN
Håndbok for ipsogen BCR-ABL1 Mbcr IS-MMR Kit
Juli 2016 Håndbok for ipsogen BCR-ABL1 Mbcr IS-MMR Kit 24 Versjon 1 Kvantitativ in vitro-diagnostikk For bruk med Rotor-Gene Q, Applied Biosystems, ABI PRISM og LightCycler instrumenter 670723 QIAGEN GmbH,
Ytelseskarakteristikker
Ytelseskarakteristikker QIAamp DSP DNA FFPE Tissue-sett, Versjon 1 60404 Versjonshåndtering Dette dokumentet er ytelsesegenskaper for QIAamp DSP DNA FFPE Tissue-sett, versjon 1, R3. Se etter nye elektroniske
Laboratorieprotokoll for manuell rensing av DNA fra 0,5 ml prøve
Laboratorieprotokoll for manuell rensing av DNA fra 0,5 ml prøve For rensing av genomisk DNA fra innsamlingssett i seriene Oragene og ORAcollect. Du finner flere språk og protokoller på vårt nettsted,
Håndbok for ipsogen RT-sett
Mars 2015 Håndbok for ipsogen RT-sett 33 Versjon 1 In vitro-diagnostikk 679923 QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, 40724 Hilden, TYSKLAND R3 1072504NO Sample & Assay Technologies QIAGEN prøve- og analyseteknologi
QIAsymphony SP protokollark
QIAsymphony SP protokollark DNA_Blood_400_V6_DSP-protokoll Generell informasjon Til in vitro-diagnostisk bruk. Denne protokollen brukes til rensing av totalt genomisk og mitokondrielt DNA fra friskt eller
Håndbok for ipsogen BCR-ABL1 Mbcr RGQ RT-PCR-sett
Desember 2014 Håndbok for ipsogen BCR-ABL1 Mbcr RGQ RT-PCR-sett Versjon 1 24 Kvantitativ in vitro-diagnostikk Til bruk sammen med Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM-instrument 670923 QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse
Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi.
- 1 - Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi. Laboratorieøvelser onsdag 18.mars 2014. Øvelser: 5. Gelelektroforese på PCR produkt fra meca og nuc PCR fra dag 1 6. Mycobakterium genus FRET realtime
QIAsymphony SP protokollark
QIAsymphony SP protokollark DNA_Buffy_Coat_200_V7_DSP-protokoll Generell informasjon Til in vitro-diagnostisk bruk. Denne protokollen brukes til rensing av totalt genomisk og mitokondrielt DNA fra frisk
Tissue_LC_200_V7_DSP og Tissue_HC_200_V7_DSP (brukervalidert for QIAsymphony DSP DNA Mini-sett)
August 2015 QIAsymphony SP-protokollark Tissue_LC_200_V7_DSP og Tissue_HC_200_V7_DSP (brukervalidert for QIAsymphony DSP DNA Mini-sett) Dette dokumentet er Tissue_LC_200_V7_DSP og Tissue_HC_200_V7_DSP
Leucosep-rør LTK.615 PAKNINGSVEDLEGG. Brukes til in vitro-diagnostikk PI-LT.615-NO-V3
Leucosep-rør LTK.615 PAKNINGSVEDLEGG Brukes til in vitro-diagnostikk PI-LT.615-NO-V3 Bruksanvisning Bruksområde Leucosep-rørene er beregnet til bruk ved oppsamling og separasjon av mononukleære celler
artus EBV QS-RGQ Kit Ytelsesegenskaper Mai 2012 Sample & Assay Technologies Analytisk følsomhet plasma artus EBV QS-RGQ Kit, Version 1,
artus EBV QS-RGQ Kit Ytelsesegenskaper artus EBV QS-RGQ Kit, Version 1, 4501363 Se etter nye elektroniske etikettoppdateringer på www.qiagen.com/products/artuscmvpcrkitce.aspx før testen utføres. Gjeldende
QIAsymphony DSP sirkulerende DNA-sett
QIAsymphony DSP sirkulerende DNA-sett Februar 2017 Ytelsesegenskaper 937556 Sample to Insight Innhold Ytelsesegenskaper... 4 Grunnleggende ytelse... 4 Kjøringspresisjon... 6 Tilsvarende ytelse av 2 ml
Brukes til preparering og isolering av rensede lymfocytter direkte fra helblod PAKNINGSVEDLEGG. Brukes til in vitro diagnostikk PI-TT.
Brukes til preparering og isolering av rensede lymfocytter direkte fra helblod PAKNINGSVEDLEGG Brukes til in vitro diagnostikk PI-TT.610-NO-V5 Brukerveiledning Bruksområde T-Cell Xtend-reagenset er beregnet
Progensa PCA3 Urine Specimen Transport Kit
Instruksjoner for legen Progensa PCA3 Urine Specimen Transport Kit Til in vitro diagnostisk bruk. Bare for eksport fra USA. Instruksjoner 1. Det kan være nyttig å be pasienten drikke mye vann (omtrent
Se etter nye elektroniske etikettoppdateringer på www.qiagen.com/products/artushcvrgpcrkitce.aspx før testen utføres.
artus HCV QS-RGQ Kit Ytelsesegenskaper artus HCV QS-RGQ Kit, versjon 1, 4518363, 4518366 Versjonstyring Dette dokumentet er artus HCV QS-RGQ-sett ytelsesegenskaper, versjon 1, R3. Se etter nye elektroniske
Hurtigveiledning for BRAF Pyro Plug-in
Hurtigveiledning for BRAF Pyro Plug-in Februar 2017 Til installasjon og bruk med PyroMark Q24- instrumenter og PyroMark Q24-programvaren, versjon 2.0 Sample to Insight Om BRAF Pyro Plug-in BRAF Pyro Plug-in-pakken
ipsogen BCR-ABL1 Mbcr RGQ Håndbok for RT-PCR-sett
September 2016 ipsogen BCR-ABL1 Mbcr RGQ Håndbok for RT-PCR-sett Versjon 1 24 Kvantitativ in vitro-diagnostikk Til bruk sammen med Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM-instrument 670923 QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse
QIAsymphony SP protokollark
QIAsymphony SP protokollark PC_AXpH_HC2_V1_DSP-protokoll Tilsiktet bruk Til in vitro-diagnostisk bruk. Denne protokollen ble utviklet til bruk med cervikalprøver som lagres i PreservCyt -løsning ved bruk
Hurtigveiledning for RAS Extension Pyro Plug-in
Februar 2017 Hurtigveiledning for RAS Extension Pyro Plug-in Til installasjon og bruk med PyroMark Q24- instrumenter og PyroMark Q24-programvaren, versjon 2.0 Sample to Insight Om RAS Extension Pyro Plug-in
artus BK Virus QS-RGQ Kit
artus BK Virus QS-RGQ Kit Ytelsesegenskaper artus BK Virus QS-RGQ Kit, versjon 1, 4514363 Se etter nye elektroniske etikettoppdateringer på www.qiagen.com/products/artusbkvirusrgpcrkit.aspx før testen
QIAsymphony SP protokollark
Februar 2017 QIAsymphony SP protokollark circdna_2000_dsp_v1 og circdna_4000_dsp_v1 Dette dokumentet er QIAsymphony circdna_2000_dsp_v1 og circdna_4000_dsp_v1- protokollark, versjon 1, R1 Sample to Insight
artus HBV QS-RGQ-sett
artus HBV QS-RGQ-sett Ytelsesegenskaper artus HBV QS-RGQ-sett, versjon 1, 4506363, 4506366 Se etter nye elektroniske etikettoppdateringer på www.qiagen.com/products/artushbvpcrkitce.aspx før testen utføres.
PROGENSA PCA3 Urine Specimen Transport Kit
PROGENSA PCA3 Urine Specimen Transport Kit Instruksjoner for legen Til in vitro diagnostisk bruk. Bare for eksport fra USA. Instruksjoner 1. Det kan være nyttig å be pasienten drikke mye vann (omtrent
TheraScreen : K-RAS Mutation Kit for deteksjon av 7 mutasjoner i K-RAS-genet
TheraScreen : K-RAS Mutation Kit for deteksjon av 7 mutasjoner i K-RAS-genet Til bruk på Roche LightCycler 480 Real-Time PCR-system (instrument II) (katalognr.: 05015278001) og Applied BioSystems 7500
Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi.
- 1 - Molekylære metoder i medisinsk mikrobiologi. Laboratorieøvelser tirsdag 17.mars. Øvelser: 1. Ekstraksjon av nukleinsyrer ved varmelysering (S. aureus) 2. DNA-isolering med Qiagen kolonne (to prøver:
AdnaTest ProstateCancerSelect
AdnaTest ProstateCancerSelect Anriking av tumorceller fra blodet fra pasienter med prostatakreft til genekspresjonsanalyser Til bruk i in vitro-diagnostikk Brukerhåndbok T-1-520 Innhold Bestillingsinformasjon...
Bruksanvisning IVD Matrix HCCA-portioned
Bruksanvisning IVD Matrix HCCA-portioned Renset matriksstoff til massespektrometri med matriksassistert laserdesorpsjonsionisasjonflytid (MALDI-TOF-MS). CARE- produkter er beregnet på å forsyne våre internasjonale
Hurtigveiledning for EGFR Pyro Plug-in
Hurtigveiledning for EGFR Pyro Plug-in Februar 2017 Til installasjon og bruk med PyroMark Q24- instrumenter og PyroMark Q24-programvaren, versjon 2.0 Sample to Insight Om EGFR Pyro Plug-in EGFR Pyro Plug-in-pakken
artus CMV QS-RGQ-sett
artus CMV QS-RGQ-sett Ytelsesegenskaper artus CMV QS-RGQ-sett, Versjon 1, 4503363 Se etter nye elektroniske etikettoppdateringer på www.qiagen.com/products/artuscmvpcrkitce.aspx før testen utføres. Gjeldende
AdnaTest BreastCancerDetect
AdnaTest BreastCancerDetect RT-PCR-sett for påvisning av brystkreft-assosiert genekspresjon i anrikede tumorceller Til bruk i in vitro-diagnostikk Brukerhåndbok T-1-509 Innhold Bestillingsinformasjon...
Bruksanvisning IVD Matrix HCCA-portioned
Bruksanvisning IVD Matrix HCCA-portioned Renset matriksstoff til massespektrometri med matriksassistert laserdesorpsjonsionisasjonflytid (MALDI-TOF-MS). CARE- produkter er beregnet på å forsyne våre internasjonale
3M Food Safety 3M Molecular Detection System. Patogentesting. Enkelt og greit
3M Food Safety 3M Molecular Detection System Patogentesting Enkelt og greit Matproduksjon er ditt fagfelt Matsikkerhet er vårt Forbrukerne stoler på at ditt firma leverer mat av trygg kvalitet hver dag.
QIAsymphony DSP DNA Kits
QIAsymphony DSP DNA Kits QIAsymphony DSP DNA Kits er beregnet til bruk kun i kombinasjon med QIAsymphony SP. QIAsymphony DSP DNA Mini Kits gir reagenser for automatisert rensing av totalt DNA fra humant
Håndbok for artus CT/NG QS-RGQsettet
oktober 2014 Håndbok for artus CT/NG QS-RGQsettet Versjon 1 96 Kvalitativ in vitro-diagnostikk Til bruk med QIAsymphony SP/AS og Rotor-Gene Q-instrumenter 4569365 QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, 40724 Hilden,
artus HI Virus-1 QS-RGQ Kit
artus HI Virus-1 QS-RGQ Kit Ytelsesegenskaper artus HI Virus-1 QS-RGQ Kit, versjon 1, 4513363, 4513366 Se etter nye elektroniske etikettoppdateringer på www.qiagen.com/products/artushivirusrt-pcrkitce.aspx
QIAsymphony SP protokollark
QIAsymphony SP protokollark VirusBlood200_V5_DSP-protokoll Generell informasjon Til in vitro-diagnostisk bruk. Denne protokollen brukes til rensing av viralt DNA fra friskt humant fullblod ved bruk av
Kvalitetssikring av HPV-testing i Norge
Kvalitetssikring av HPV-testing i Norge HPV-referanselaboratoriets rolle i Masseundersøkelsen mot livmorhalskreft Irene Kraus Christiansen Nasjonalt referanselaboratorium for humant papillomavirus Fagdag,
TruSeq Custom Amplicon Dx FFPE QC Kit
TruSeq Custom Amplicon Dx FFPE QC Kit TIL IN VITRO-DIAGNOSTISK BRUK Katalognr. 20006259: 1 4 anvendelser, opptil 48 prøver Tiltenkt bruk Illumina TruSeq Custom Amplicon Dx FFPE QC Kit er et sett med reagenser
Bruksanvisning IVD Matrix HCCA-portioned
8290200 Bruksanvisning IVD Matrix HCCA-portioned Renset matriksstoff til matriksassistert laserdesorpsjons-ionisasjon flytid for massespektrometri (MALDI-TOF-MS). CARE- produkter er utformet for å støtte
Laboratorieutstyrsliste QIAsymphony SP
Februar 2017 Laboratorieutstyrsliste QIAsymphony SP Prøve- og eluatrør/-stativ som kan brukes med QIAsymphony DSP sirkulerende DNA-sett og QIAsymphony SP (programvareversjon 4.0 og programvareversjon 4.1;
AdnaTest ProstateCancerDetect
AdnaTest ProstateCancerDetect RT-PCR-sett for påvisning av prostatakreft-assosiert genekspresjon i anrikede tumorceller Til bruk i in vitro-diagnostikk Brukerhåndbok T-1-521 Innhold Bestillingsinformasjon...
RespiFinder RG Panel. Ytelsesegenskaper. November Sample & Assay Technologies. Deteksjonsgrense (LOD)
RespiFinder RG Panel Ytelsesegenskaper Håndbok for RespiFinder RG Panel versjon1, 4692163 Se etter nye elektroniske etikettoppdateringer på www.qiagen.com/p/respifinder-rg-panel-ce før testen utføres.
Håndbok for therascreen IDH1/2 RGQ PCR-settet
Juni 2013 Håndbok for therascreen IDH1/2 RGQ PCR-settet 20 Versjon 1 For påvisning av 12 IDH1- og IDH2-mutasjoner i gliomer Til bruk i in vitro-diagnostikk Til bruk sammen med Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM-instrumentet
Aptima Multitest Swab Specimen Collection Kit
Multitest Swab Specimen Collection Kit Aptima Bruksområder Aptima Multitest Swab Specimen Collection Kit (prøvetakingssett for vattpinneprøver) skal brukes til Aptima-analyser. Aptima Multitest Swab Specimen
Nasjonal holdbarhetsdatabase
Nasjonal holdbarhetsdatabase hvordan kan vi finne ut hvor lenge prøvene er holdbare? Preanalyse 10. 11.mai 2017 Nasjonalt prosjekt for standardisering av holdbarhetsforsøk Protokoll med beskrivelse av
Amplifikasjonsteknikker - andre metoder
Amplifikasjonsteknikker - andre metoder Svein Arne Nordbø TH-28973 17.03.15 Alternative amplifikasjonsmetoder Templat-amplifikasjons metoder Signal-amplifikasjonsmetoder Templat-amplifikasjons metoder
Produktbeskrivelse. Accu-Chek Aviva II
Produktbeskrivelse Accu-Chek Aviva II 1 Innhold Generelt... 3 Analyseprinsipp... 4 Reagenser... 4 Prøvemateriale... 5 Kalibrering/ koding... 5 Kvalitetskontroll... 5 Analyseprosedyre... 6 Kontroll... 6
Klinisk molekylærmedisin (5): Eksempler på funksjonelle analyser
Pediatrisk Endokrinologi 2003;17: 64-69 Klinisk molekylærmedisin (5): Eksempler på funksjonelle analyser Pål Rasmus Njølstad 1,2,3, Lise Bjørkhaug 1 1 Seksjon for pediatri, Institutt for klinisk medisin
Håndbok for therascreen IDH1/2 PCR-settet
August 2016 Håndbok for therascreen IDH1/2 PCR-settet Versjon 1 For påvisning av 12 IDH1 and IDH2-mutasjoner I gliomer 20 Til bruk in vitro-diagnostikk Til bruk sammen med Rotor-Gene Q MDx 5plex HRMinstrumentet
Bli kjent med HemoCue WBC diff
Bli kjent med HemoCue WBC DIFF Utfordringen En vanlig utfordring for leger har vært og er ofte, manglende muligheter til å vurdere, teste, diagnostisere og iverksette behandling i en og samme konsultasjon.
Rikshospitalet HF Nytt forskningsbygg ved Radiumhospitalet
Rikshospitalet HF Nytt forskningsbygg ved Radiumhospitalet D2 Beskrivelse av og krav til leveransen Revisjo n Revisjons dato Beskrivelse Utarbeidet av Kontrollert Godkjent 1.0 11.08.2008 Konkurransegrunnlag
Monosed SR Vakuumrør BRUKERVEILEDNING
Monosed SR Vakuumrør BRUKERVEILEDNING Manual kode MAN-133-nb Revisjon 01 Revidert dato: November 2015 Bruksanvisning for in vitro diagnostiske instrumenter for profesjonell bruk PRODUKTNAVN PRODUKTET DELENUMMER
mylife Unio : nøyaktig, presis og brukervennlig Aktuelle studieresultater
mylife Unio : nøyaktig, presis og brukervennlig Aktuelle studieresultater Ved riktig bruk gir blodsukkermålesystemer mennesker med diabetes mulighet til å kontrollere sin behandling og hjelper til at man
QIAsymphony RGQ-protokollark
QIAsymphony RGQ-protokollark Innstillinger for å kjøre artus CT/NG QS-RGQsettet (Rotor-Gene Q programvare.) Se etter nye elektroniske etikettoppdateringer på www.qiagen.com/products/artusctngqsrgqkitce.aspx
Maxwell 16 Blood DNA Purification System
Teknisk håndbok Maxwell 16 Blood DNA Purification System Forsiktig - håndter kassettene med forsiktighet, forseglede kanter kan være skarpe. 2800 Woods Hollow Rd. Madison, WI USA In Vitro diagnostisk medisinsk
Håndbok for therascreen EGFR Plasma RGQ PCR Kit
desember 2014 Håndbok for therascreen EGFR Plasma RGQ PCR Kit Versjon 1 24 Til bruk i in vitro-diagnostikk Til bruk sammen med Rotor-Gene Q MDx-instrumenter 870311 QIAGEN Manchester Ltd, Skelton House,
LTK.615 PAKNINGSVEDLEGG
LTK.615 PAKNINGSVEDLEGG For in vitro-diagnostisk bruk PI-LT.615-NO-V4 Instruktiv informasjon Tilsiktet bruk Leucosep-rør er beregnet på innsamling og separasjon av perifere mononukleære blodceller (PBMC
Myeloproliferativ Sykdommer. Hematologi kurs for Allmennmedisin Waleed Majeed Overlege,KBK,SUS
Myeloproliferativ Sykdommer Hematologi kurs for Allmennmedisin Waleed Majeed Overlege,KBK,SUS Sekundær Polycythemia HYPOXI UTLØST Hjerte og lungesykdom Søvnapne syndrome Røyking High Altitude CO Forgiftning
Kan laboratoriene stole på sine kontrollmaterialer?
Kan laboratoriene stole på sine kontrollmaterialer? Bioingeniørkongressen 2. juni 2016 Mari Solhus Produktspesialist/bioingeniør SERO AS Utfordringer med bruk av kvalitetskontroller Konsekvenser for laboratoriedriften
Installasjonsveiledning for Rotor- Gene Q
Mars 2014 Installasjonsveiledning for Rotor- Gene Q For bruk med Rotor-Gene Q sanntids PCRsyklere Sample & Assay Technologies QIAGEN Sample and Assay Technologies QIAGEN er ledende leverandør av prøve-
Pasientkasiuistikk. Internundervisning 03.03.15 Vilde D Haakensen Avdeling for blodsykdommer. Produksjon Blodtap Destruksjon
Pasientkasiuistikk Internundervisning 03.03.15 Vilde D Haakensen Avdeling for blodsykdommer Hb MCV -Jernmangel -Beta-thalassemi -Sekundær (blyforgiftning/ infeksjoner/kreft) Prøver: -Ferritin - serum-jern
7900003 24 tester Circulating Tumor Cell Control Kit
7900003 24 tester Circulating Tumor Cell Control Kit 1 TILTENKT BRUK For in vitro diagnostisk bruk CELLSEARCH Circulating Tumor Cell Control Kit er tiltenkt brukt som en analysekontroll for å sikre at
Automatisert fæcesdiagnostikk ved Haukeland Universitetssjukehus. Therese Midtbø. Bioingeniør Haukeland Universitetssjukehus.
Automatisert fæcesdiagnostikk ved Haukeland Universitetssjukehus Therese Midtbø. Bioingeniør Haukeland Universitetssjukehus Introduksjon Molekylærbiologiskseksjon på Mikrobiologisk avdeling, Haukeland
VERIFISERING AV STORE ANALYSESYSTEMER
05.06.2016 Bioingeniørkongressen 2016 Sigrid Høistad og Torill Kalfoss VERIFISERING AV STORE ANALYSESYSTEMER SIDE 2 1 Hvor stort? 6 Advia Chemistry XPT 18 Advia Centaur XPT SIDE 3 Klinisk kjemi: 42 analytter
NGS (Neste Generasjons Sekvensering) i diagnostikk, erfaringer og resultater
NGS (Neste Generasjons Sekvensering) i diagnostikk, erfaringer og resultater Emiel Janssen Seksjonsleder for Kvantitativ og Molekylær Patologi Daglig leder for laboratoriet for molekylær biologi Avdeling
C V C. Bruksanvisning for Biofortuna SSPGo TM HLA No Template Control Kit BF-40-02. revisjon 2. Juli 2014
DOT137v1 English. Instructions for Use Biofortuna SSPGo TM HLA No Template Control Kit BF-40-02 Side 1 av 7 Bruksanvisning for Biofortuna SSPGo TM HLA No Template Control Kit BF-40-02 revisjon 2 Juli 2014
Produktbeskrivelse. cobas h 232
Produktbeskrivelse cobas h 232 INNHOLDSFORTEGNELSE: 1. Generell beskrivelse 3 2. Instrumentmoduler..4 3. Teststrimmel.5 4. Analyseprinsipp/reagenser....6 5. Prøvemateriale/Kalibrering.....7 6. Svarrapportering/vedlikehold......8
Akkreditering sertifisering
Akkreditering sertifisering Tromsø, 11. 12. februar 2015 Kari Iversen Dyrdal Kvalitetsleder Avdeling for immunologi og transfusjonsmedisin Sertifisering ISO 9001:2008 (kvalitetsledelse) Akkreditering ISO
Side 1 Versjon
Side 1 BEHANDLING AV AVVIKENDE EKV-RESULTAT Ekstern kvalitetsvurdering (EKV) er en viktig del av kvalitetssikringen ved medisinske laboratorier fordi resultatene herfra kontinuerlig forteller noe om kvaliteten
Praktisk gjennomføring av primærscreening HPV
Praktisk gjennomføring av primærscreening HPV Pia Moltu Fagbioingeniør, gynekologiske prøver Cytologiseksjonen og seksjon for kvantitativ og molekylær patologi Stavanger Universitetssykehus, SUS Primærscreening
Håndbok for ipsogen CALR RGQ PCR-sett
Håndbok for ipsogen CALR RGQ PCR-sett November 2016 Versjon 1 24 Til bruk i in vitro-diagnostikk Til bruk sammen med Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM-instrument 674023 QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, D-40724
INSTRUKSJONER OM HURTIGREFERANSER Kun til bruk med Sofia Analyzer. Sofia Analyzer og Influenza A+B FIA. Velg analysatormodus.
Eject Sofia Analyzer og Influenza FIA INSTRUKSJONER OM HURTIGREFERANSER Kun til bruk med Sofia Analyzer. TESTPROSEDYRE Alle kliniske prøver må ha romtemperatur før analysen begynner. Utløpsdato: Kontroller
ARCHITECT Anti-HBs Reagent Kit (100T) 7C ARCHITECT Anti-HBs Reagent Kit (500T) 7C
Produktinformasjon Dato 30. april 2015 Produkt Produktbeskrivelse Nytt bestillingsnummer Nytt GTIN ARCHITECT Anti-HBs Reagent Kit (100T) 7C18-27 00380740105358 ARCHITECT Anti-HBs Reagent Kit (500T) 7C18-37
SYSMEX XS-1000i. Analyseprinsipper
SYSMEX XS-1000i Analyseprinsipper Prinsipper RBC Plt impedans måling Hb fotometrisk måling WBC 5 Diff fluorescens flowcytometri 2 Erytrocytter og trombocytter Telles i en egen kanal, impedans kanalen,
Hvordan finner vi ut at instrumentene er rene? Dekontamineringsdagene 2019
Hvordan finner vi ut at instrumentene er rene? Dekontamineringsdagene 2019 Linda Ashurst, spesialrådgiver Hva er rengjøring? NS EN ISO 15883-1: 2009 3.9 Cleaning «Fjerning av forurensning fra en gjenstand
cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test BRAF
cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test FOR BRUK TIL IN VITRO-DIAGNOSTIKK. cobas DNA Sample Preparation Kit DNA SP 24 Tests P/N: 05985536190 cobas 4800 BRAF V600 Mutation Test BRAF 24 Tests P/N: 05985595190
MBT Sepsityper IVD Kit
1834338 Bruksanvisning MBT Sepsityper IVD Kit Sett for identifisering av mikroorganismer fra positive blodkulturer ved hjelp av IVD MALDI Biotyper-systemet CARE- produkter er utformet for å støtte kunder
Kvantitative analyser av DNA og RNA
Kvantitative analyser av DNA og RNA Randi Hovland Atle Brendehaug Gunnar Houge Senter for medisinsk genetikk og molekylærmedisin, HUS Senter for medisinsk genetikk og molekylærmedisin, HUS Senter for medisinsk
BRUKSINSTRUKSJONER PARASITE SUSPENSIONS. n Parasite Suspensions i formalin TILTENKT BRUK OPPSUMMERING OG FORKLARING PRINSIPPER KOMPOSISJON
BRUKSINSTRUKSJONER n Parasite Suspensions i formalin TILTENKT BRUK Microbiologics Parasite Suspensions støtter kvalitetssikringsprogrammer ved å fungere som kvalitetskontrollutfordringer som inneholder
Hensikten med forsøket er å isolere eget DNA fra kinnceller, se hvordan det ser ut og hva det kan brukes til videre.
DNA HALSKJEDE Hensikt Hensikten med forsøket er å isolere eget DNA fra kinnceller, se hvordan det ser ut og hva det kan brukes til videre. Bakgrunn Det humane genomet består av omtrent 2.9 milliarder basepar.
Produkt Produktnavn Gjeldende nummer Nytt nummer Lotnummer. ARCHITECT Free T4 Reagent 7K65-20, -25, -30 7K65-22, -27, -32 Alle ARCHITECT Free T4
Abbott Laboratories 100 Abbott Park Road Abbott Park, IL 60064-6081 Produktinformasjon Dato 13. juni 2013 Produkt Produktnavn Gjeldende nummer Nytt nummer Lotnummer ARCHITECT Free T4 Reagent 7K65-20, -25,
Nasjonale kvalitetsindikatorer
Nasjonale kvalitetsindikatorer Fagmøte 2019, Gardermoen Gunn B B Kristensen Mandat Kartlegge kvalitetsindikatorer i bruk, både nasjonalt og internasjonalt Utarbeide forslag til nasjonale kvalitetsindikatorer
artus VZV RG PCR Kit-håndbok
September 2009 artus VZV RG PCR Kit-håndbok Versjon 1 24 (katalognr. 4502263) 96 (katalognr. 4502265) Kvantitativ in vitro diagnostikk Til bruk med Rotor-Gene Q-instrumenter 4502263, 4502265 1056824NO
MINIMAL RESIDUAL DISEASE (MRD) VED ALL OG AML. Bjørn Tore Gjertsen
MINIMAL RESIDUAL DISEASE (MRD) VED ALL OG AML Bjørn Tore Gjertsen Minimal Residual Disease (MRD) Definisjon: En liten mengde leukemiske celler i benmargen tiltross for at pasienten oppfyller kriteriene
RoActemra for Systemisk Juvenil Idiopatisk Artritt (sjia) VEILEDER FOR DOSERING OG ADMINISTRASJON - TRINN FOR TRINN
Til sykepleier - Veileder for dosering og administrasjon RoActemra for Systemisk Juvenil Idiopatisk Artritt (sjia) VEILEDER FOR DOSERING OG ADMINISTRASJON - TRINN FOR TRINN En veiledning som skal hjelpe
HbA1c og glukosebelastning: Hvem og hva fanges opp med de ulike diagnostiske metodene?
HbA1c og glukosebelastning: Hvem og hva fanges opp med de ulike diagnostiske metodene? Data fra Tromsøundersøkelsen og Tromsø OGTT Studien Moira Strand Hutchinson 12. november 2012 Universitetet i Tromsø.
Hurtigtesten som utføres per i dag. Åpent møte 7 januar 2008 Gentesting ved bryst- og eggstokkreft
Hurtigtest egnet for formålet? Åpent møte 7 januar 2008 Gentesting ved bryst- og eggstokkreft Overlege dr philos Torunn Fiskerstrand Haukeland Universitetssykehus Hurtigtesten som utføres per i dag 23
Hvordan forbedre EKV-program som har metodespesifikk fasit?
Hvordan forbedre EKV-program som har metodespesifikk fasit? Anne Stavelin Bioingeniør, PhD NKK-møte, Solstrand 14. mars 2014 www.noklus.no Norsk kvalitetsforbedring av laboratorievirksomhet utenfor sykehus
Vår ref. Tabell 1. Prøver og lokaliteter Lokalitet/merking Saksnummer Vår merking Undersøkt materiale*
Oslo DTU Technical University of Denmark National Institute of Aquatic Resources v/s. Berg Vejlsøvej 39 DK-86 Silkeborg DANMARK Ullevålsveien 68 Postboks 750 Sentrum 006 Oslo Sentralbord 3 60 00 Faks 3
artus EBV QS-RGQ Kit Håndbok
Mai 2012 artus EBV QS-RGQ Kit Håndbok 24 Versjon 1 Kvantitativ in vitro-diagnostikk Til bruk med QIAsymphony SP/AS og Rotor-Gene Q-instrumenter 4501363 1060927NO QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, D-40724
Nytte av prokalsitonin og nøytrofil CD64 som markør for postoperativ infeksjon
Nytte av prokalsitonin og nøytrofil CD64 som markør for postoperativ infeksjon Kurs i hematologi 18. 19. mai 2015 KS møtesenter, Oslo Kristin Husby, Spesialbioingeniør Prosjektet er utført ved Tverrfaglig
Analyse av troponin T, NT-proBNP og D-dimer Større trygghet rundt diagnostikk av hjerte- og karlidelser i primærhelsetjenesten
Analyse av troponin T, NT-proBNP og D-dimer Større trygghet rundt diagnostikk av hjerte- og karlidelser i primærhelsetjenesten Viktig diagnostisk supplement i primærhelsetjenesten Bruk av troponin T,
Håndbok for artus HBV QS-RGQ-sett
Mai 2012 Håndbok for artus HBV QS-RGQ-sett 24 (katalognr. 4506363) Versjon 1 72 (katalognr. 4506366) Kvantitativ in vitro-diagnostikk Til bruk med QIAsymphony SP/AS og Rotor-Gene Q-instrumenter 4506363,
Godkjent av: Godkjent fra: Gerd Torvund. Gerd Torvund
Dokument ID: 1753 Versjon: 4 Status: Godkjent Retningslinje AMB Validering verifiseringsplan/rapport av analysemetode og analytisk kvalitet Klinikk for medisinsk diagnostikk KMD / Avd. Medisinsk biokjemi
artus BK Virus RG PCR Kithåndbok
Desember 2014 artus BK Virus RG PCR Kithåndbok 24 (katalognr. 4514263) 96 (katalognr. 4514265) Versjon 1 Kvantitativ in vitro diagnostikk Til bruk med Rotor-Gene Q-instrumenter 4514263, 4514265 1056823NO
HURTIGREFERANSEINSTRUKSER Bare for bruk med Sofia Analyzer.
Reader Eject Reader Analyzer og Strep A FIA HURTIGREFERANSEINSTRUKSER Bare for bruk med Sofia Analyzer. TESTPROSEDYRE Alle kliniske prøver må ha romtemperatur før du begynner med analysen. Utløpsdato: