SEmantic Health Integration Architecture (SEHIA) En lettere vei til interoperabilitet?

Transkript

1 SEmantic Health Integration Architecture (SEHIA) En lettere vei til interoperabilitet? Trond Elde MsC fra Institutt fra datateknikk og informasjonsvitenskap

2 Bakgrunn og motivasjon Hvordan integrere kliniske retningslinjer i journalsystemer? Semantisk interoperabilitet er vanskelig Semantisk Web EPJsystemer? 2

3 EVICARE: Kontekst sensitive søk Søk etter relevante kliniske anbefalinger basert på opplysninger i pasientens journal Søk etter relevante kliniske variabler basert på innhold i klinisk anbefaling (SEHIA) EPJsystemer Kontekst sensitive søk for relevante retningslinjer Kontekst sensitiv søk for relevante kliniske variabler i pasientens journal 3

4 Forskjellig representasjonsformer Elektronisk pasientjournal Retningslinjer på web Fritekst HTML,PDF Fritekst journal HTML, RTF, PDF «Strukturert Journal» Tabeller, XML/JSON, Objekt, graph,.. «Web 1.0»

5 Fokus for SEHIA Elektronisk pasientjournal Maskinlesbar («Computer interpretable») «Strukturert» journal Retningslinjer på web Fritekst (HTML) Lesbar for menneske («Human readable»

6 Maskinlesbar EPJ? Ontologi (Vokabular) Informasjon Legemiddelverket Diagnose Forskrivning FEST DIPS DIPS ICPC-2 ICD-10 Undersøkelse WHO DIPS Data XML Tabell Tabell Tabell Arketype Norsk laboratoriekodeverk Helsedirektoratet NCSP NOMESKO Prosedyre DIPS Observation OpenEHR RM SNOMED CT IHTSDO

7 Ulike «språk» for å si det samme på Observation of «Glucose» som HL7 + LOINC, Observation of «Glukose» som openehr arketype «Måling av Glukose» som en del av tekstjournal Måling av «Glukose» i tabell + Norsk laboratoriekode Problem: «Ontologisiloer» Løsning: Standardisering? Mapping? 7

8 Ontologi-former WinMed Datamodell OpenEHR RM Datamodell ICD10 Datamodell Arketype A000 A001 A009 A010 A011 A012 A013 A014 A020 A021 A022 A028 A029 A030 A031 Kolera som skyldes Vibrio cholerae 01, biovar cholerae Kolera som skyldes Vibrio cholerae 01, biovar eltor Uspesifisert kolera Tyfoidfeber Paratyfoidfeber A Paratyfoidfeber B Paratyfoidfeber C Uspesifisert paratyfoidfeber Salmonellaenteritt Salmonellasepsis Lokaliserte salmonellainfeksjoner Andre spesifiserte salmonellainfeksjoner Uspesifisert salmonellainfeksjon Shigellose som skyldes Shigella dysenteriae Shigellose som skyldes Shigella flexneri HL7 vmr

9 Utfordringer for SEHIA Retningslinjer må gjøres maskinlesbar Ontologier på ulike former Data lagret på ulike former Stor heterogenitet «Ontologisiloer» 9

10 Semantisk Web W3C sier «The Semantic Web provides a common framework that allows data to be shared and reused across application, enterprise, and community boundaries 10

11 Semantisk Web Web of Data Data identifisert med URI Data lenket til ontologier (vokabularer) Egnet for resonnering med datamaskin Web of Documents Alle dokumenter identifisert med URI Lesbar for mennesker

12 Enkel datamodell: RDF Resource Description Framework RDF-trippel: <Subject> <predikat> <Object> Graf

13 Ide: Semantisk web for integrasjon? Representere alt med Semantisk Web-teknologi? Både data og ontologier Uniform representasjon som en graf (RDF) Mappe ontologier Minske problem med ontologisiloer Finne match mellom EPJ og kliniske retningslinjer 13

14 Semantisk annotering med RDFa Maskinlesbar hl7vmr:observationresult urn:/helsedir/neklab/npu01568

15 Fra ulike representasjoner av ontologier og data til. Ontologi (Vokabular) Rad Data Undersøkelse DIPS DB-skjema LDL 2,9 mmol/l ( ) Rad (kodeverkstabell) Norsk laboratoriekodeverk Helsedirektoratet

16 .. enhetlig representasjon som RDF dips:db/dwundersokelse Resultat av resonnering rdf:type helsedir:neklab/npu01568/class rdf:type hl7vmr:cd rdf:type NPU01568 hl7vmr:cd#code < < hl7vmr:cd#displayname T18:00:00 hl7vmr:ivl_ts#high hl7vmr:observationbase#observationfocus P-LDL-kolest. hl7vmr:observationresult#observationvalue rdf:type 2,9 hl7vmr:observationresult Tegnforklaring: Class name property name <resources> literals Ontologi Data

17 Ide: Semantisk web for integrasjon? Representere alt som Semantisk Web? Både data og ontologier Uniform representasjon som en graf (RDF) Mappe ontologier Minske problem med ontologisiloer Finne match mellom EPJ og kliniske retningslinjer 17

18 Mapping og matching mellom EPJ og retningslinjer EPJsystemer Undersøkelse (observasjon) Resultat av resonnering LOINC: Lipids subclassof Finnes i retningslinje (RDFa) 12/08/10 målt 2,9 mmol/l type LOINC: Cholesterol (LP ) type Match!! type NEKLAB: LDL kolesterol (NPU01568) equivalentclass subclassof LOINC: Cholesterol. in LDL (LP ) hastargetcode LP Mapping

19 Ide: Semantisk web for integrasjon? Representere alt som Semantisk Web? Både data og ontologier Uniform representasjon som en graf (RDF) Mappe ontologier Minske problem med ontologisiloer Finne match mellom EPJ og kliniske retningslinjer 19

20 Semantisk Web er god for Mapping av terminologisystem med hierarkier Semantisk annotering av HTML baserte retningslinjer (RDFa) 20

21 Utfordring med Semantisk Web RDF-grafer kan bli meget komplekse Mangel på verktøystøtte Open world assumption («weakly typed»). Alt er lovlig Vanskelig å debugge Ikke mulig og mappe alt Kalkulerte felter Forskjellig granularitet 21

22 Lettere vei til interoperabilitet? Ikke et klart ja eller nei, «it depends» Med bedre verktøystøtte => JA 22

23 Referanser Masteroppgave: roppgave.pdf RDFa: W3C Semantisk Web: 23