Plan. Pensum i bioinformatikk. Hva er bioinformatikk?
|
|
- Helen Arntsen
- 8 år siden
- Visninger:
Transkript
1 Bioinformatikk - et interessant forskningsfelt for statistikere? Mette Langaas Hva er bioinformatikk? Plan Bakgrunn i biologi (gen, genom). Forskningsområder innen bioinformatikk. Funksjonell genomikk: Genekspresjon. DNA microarray data Statistiske metoder for DNA microarray data PubGene, et litteratur-nettverk som kan kombineres med DNA microarray data Hvordan kan statistikere bidra? Figur fra The Human Genome Project Hva er bioinformatikk? Pensum i bioinformatikk Ifølge Professor R. Altman (lederartikkel i Bioinformatics) bør pensum inneholde: Bioinformatikk er et tverrfaglig forskningsområde der matematikk, statistikk og informatikk anvendes til å analysere data som er produsert av eksperimentelt arbeide innen biokjemi, cellebiologi og genetikk. Definisjon benyttet ved Chalmers Universitet. biologi: generelt: molekyl ærbiologi, cellebiologi og genetikk informatikk generelt: programmering, datastrukturer, algoritmer og håndtering av databaser mer spesielt: dynamisk programmering, søkealgoritmer, optimering statistikk generelt: sannsynlighetsteori,statistisk forsøksplanlegging, statistisk analyse og stokastiske prosesser mer spesielt: klusteranalyse, klassifikasjon, nevrale nettverk, genetiske algoritmer og Bayesiansk inferens "bioinformatiske kjernefag" generelt: biologiske databaser, annotasjon av biologiske sekvenser, metoder som støtter laboratorie-arbeid, proteinstruktur mer spesielt: sammenligning av biologiske sekvenser (sequence alignment), Hidden Markov Models og fylogenetiske trær etikk Cellen Kopiert fra foredrag av Terry Speed, ppt Figur fra The Human Genome Project at
2 Figur fra The Human Genome Project at Figur fra The Human Genome Project at Proteinsyntese: translasjon og transkripsjon Noen forskningsområder innen bioinformatikk funksjonell genomikk: utforske funksjonen til genomet, dvs. rollen til hvert gen. proteomikk: hvilke proteiner er tilstede i en celleog hvordan samvirker de ulike proteinene? strukturell genomikk: bestemme den tredimensjonale strukturen til proteiner som er kodet i genomet. pharmacogenetikk: hvordan påvirker ulike genetiske forskjeller en pasients respons på medisiner komparativ genomikk: studere funksjonen til menneskets gener og andre områder av menneskets DNA ved å studere deres paralleller i andre organismer (f.eks. mus). Figur fra The Human Genome Project at Funksjonell genomikk Genekspresjon Genekspresjon. DNA microarray eksperiment og data Statistiske metoder for DNA microarray data PubGene, et litteratur-nettverk som kan kombineres med DNA microarray data. The process by which a gene's coded information is converted into the structures present and operating in the cell. Expressed genes include those that are transcribed into mrna and then translated into protein and those that are transcribed into RNA but not translated into protein (e.g., transfer and ribosomal RNAs)
3 Måle genaktivitet -- før og nå Molekylærbiologi Ett gen analysert for mange sample ved blots Funksjonell genomikk Tusenvis av gener analysert i parallell Anvendelsesområder for microarrays for genekspresjon Sykdomsdiagnostikk og behandling Hvilket ekspresjonsmønster er typisk for en sykdom.. eller kan brukes til å foreslå en behandling? Identifikasjon av nye kandidat-gener for behandling. Hvilke gener påvirkers av en bestemt behandling? Klassifikasjon av sykdommer fra genekspresjon. Tidsutvikling sykdom og behandling Landbruk Matanalyser (Genetisk Modifisert Organismer) Biologisk spørsmål/hypotese Hvilke gener er aktive i kreftsvulster vs. normalt vev? Eksperimentelt design Microarray eksperiment Statistisk analyse Biologisk verifikasjon og fortolkning Microarray eksperiment 1. Microarray printing: Små mengder av tusenvis av klonede eller syntetisk fremstilt DNAfragmenter (gener) avsettes på en glassplaten (kalt microarryen) 2. Merking og hybridisering: mrna fra vevsprøver (som representerer alle aktive gener) merkes og reagerer (hybridiserer) med fragmentene på glassplaten. 3. Måling av intensitet: Intensiteten i hvert punkt (spot) angir aktiviteten til det tilhørende genet. Med inspirasjon fra foredrag av Terry Speed, -ts-sko01.html Microarray printing Microarray printing Robotic printing on glass microscope slides Collections of thousands of cloned gene fragments Arrays of spots of gene fragments e.g /cm 2 Figur fra Ola Myklebost
4 Microarray fra Mikromatriseprosjektet ved Radiumhospitalet 2700 humane genes tilgjengelig siden desember kr /pr slide Microarray- printer ved NTNU, bildet er hentet fra Eksperiment av Anne Forus Microarray eksperiment: merking og hybridisering Microarray eksperiment: Måling av intensitet Tumor mrna cdna Referanse mrna cdna RNA vevsprøver Revers transkripsjon Fluorescentmerket cdnas Image acquisition Confocal optics One gray scale image for each fluorochrome Digital image processing Hybridisering 2 lasers Vasking etc. Figur fra Ola Myklebost Figur fra Ola Myklebost Data fra microarray eksperimenter For hvert eksperiment (array): G gi =intensitet for grønt-merket sample for gen g i microarray i R gi =intensitet for rødt-merket sample for gen g i microarray i Vanligvis dannes log-ratio intensiteter fra hvert eksperiment: X gi =log 2 (R gi /G gi ) Dette fordi biologer bruker en felles referanse, og gjør parvise sammenligninger. sample 1 sample 2 sample 3 reference sample n reference reference reference Data matrise: {X gi } for g=1,...,#gener og i=1,...,#microarrays Data fra microarray eksperimeter Men egentlig intensiteter (og ikke ratioer): {Y gid } for g=1,...,#gener, i=1,...,#microarrays, d=1,2 merkestoff, som mengden {Y gid } = { G gi,r gi }. Vanskelig å overbevise biologer om at intensiter kan brukes, og gir mer informasjon enn ratioer. Analyse av data fra microarrays er VANSKELIG pga: Store datamengder typisk samples og gener (variable). Mangende data eller upålitelige data. Statistiske metoder er ikke tilpasset eller nye metoder er ikke utviklet
5 Analyse av genekspresjons data OPPGAVE planlegge eksperiment fra bilde til intensitet håndtere systematiske feil håndtere manglende data finne lignende grupper av gener og/eller samples diskriminere mellom to eller flere grupper av samples klassifisere ett nytt sample til en av mange klasser (eller beregne klasse sannsynligheter) finne gener som er ulikt uttrykt (alle samples eller subsett) METODE forsøksplanlegging bildeanalyse ad hoc, trenger statistisk modell! analyse av manglende data clustering diskriminering og klassifikasjon bootstrapping, multippel testing egenskapsutvelgelse Statistisk modell for data fra cdna eksperimenter Utgangspunkt: scannede microarrays, 2 bilder (16 bit) fra hvert DNA microarray eksperiment. Utallige kilder til systematiske feil, bla. ulik effektivitet av de to fargestoffene effekt av penn romlige effekter over glass-platen scanner-innstillinger, etc. Kilder til tilfeldige feil Statistisk modell som tar hensyn til systematiske og tilfeldige feil. Sluttprodukt: Intensiteter, eller videre statistiske analyser. Web-basert implementasjon Romlig systematisk effekt? Intensitet=spot- bakgrunn Glattet intensitet Intensitet -glattet intensitet PubGene litteratur-nettverk som kan kombineres med DNA microarray data rød grønn Figur fra Petter Mostad, Bioinformatics ved Chalmers, PubGene Bakgrunn: Funksjonen til gener kan forstås ved å se på relasjoner mellom gener. Mye informasjon om funksjonen til gener er lagret kun som (fri -tekst) artikler. Hypoteser: At to gener nevnes sammen (i artikkel-tittel eller artikkel-abstract) betyr at det finnes en underliggende sammenheng. Viktig informasjon kan ekstraheres fra titler og abstracts PubGene Løsning: Finner par av gener som nevnes sammen i litteraturen (10 millioner MEDLINE titler og abstracts). [Finner først gen-artikkel matrise, konverterer den til gen-gen matrise.] Visualiserer gen-gen nettverk. En web-site: I tillegg: kombinerer et genekspresjons datasett med litteraturnettverket. Utfordinger: Mange gener har ikke offisielle navn. Mange navn på hvert gen: gen-symboler, korte gen-navn, lange gen-navn, IMAGE clone-id. Få ned feilraten. Oppnådd: Rask og effektiv tekstmining er nyttig. Effektivitet vs.presisjon (statistiske analyser er dyre)
6 PubGene clustering av data fra genekspresjon Hvordan kan statistikere bidra? For å lykkes kreves tett tverrfaglig samarbeid: biologer-medisinere-biokjemikere-genetikereinformatikere og STATISTIKERE! Stort behov for statistisk tankesett innen analyse av genekspresjonsdata tilfeldig og systematisk støy, replikasjon, reproduserbare analyser. Statistiske utfordringer IDAG: Forsøksdesign: konkurrenter til referansedesign. Utarbeide statistisk modell for å håndtere systematiske og tilfeldige feil med utgangspunkt i scannede microarrays. Metoder for å håndtere manglende (og sensurerte) verdier. Generelt metoder for stor-p-liten-n Bioinformatikk - et interessant forskningsfelt for statistikere? Viktige biologiske og medisinske problemstillinger Nytt fagfelt med spennende teknologi Store datamengder Mangel på statistisk ekspertise Mange statistiske utfordringer JA!
Plan. Pensum i bioinformatikk. Hva er bioinformatikk?
Bioinformatikk - en innføring fra en statistikers ståsted Mette Langaas Plan Hva er bioinformatikk? Hva er gen og genom? Forskningsområder innen bioinformatikk. Funksjonell genomikk: genekspresjon og DNA
DetaljerMette Langaas. Norsk Regnesentral Mette Langaas 1. Plan
Bioinformatikk - en innføring fra en statistikers ståsted Mette Langaas Figur fra The Human Genome Project http://www.ornl.gov/hgmis / 08.05.2001 Mette Langaas 1 Plan Hva er bioinformatikk? Hva er gen
DetaljerBIOINFORMATIKK ET INTERESSANT FORSKNINGSFELT FOR STATIS TIKERE? METTE LANGAAS, NORSK REGNESENTRAL Mette.Langaas@nr.no HVA ER BIOINFORMATIKK?
BIOINFORMATIKK ET INTERESSANT FORSKNINGSFELT FOR STATIS TIKERE? METTE LANGAAS, NORSK REGNESENTRAL Mette.Langaas@nr.no HVA ER BIOINFORMATIKK? Bioinformatikk er et tverrfaglig forskningsfelt der matematikk,
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF2300 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Tirsdag 15. juni 2004 Tid for eksamen : 09.00 12.00 Oppgavesettet er på : 13
DetaljerForeleser: Eivind Coward, kontor 5. etg. Datablokken. coward@ii.uib.no Gruppeleder: Harald Barsnes
Foreleser: Eivind Coward, kontor 5. etg. Datablokken. coward@ii.uib.no Gruppeleder: Harald Barsnes Forelesninger: tirsdag og fredag 12 14 rom 2104 Øvinger: fredag 10 12 rom 2143 Gi en innføring i noen
DetaljerBioteknologi i dag muligheter for fremtiden
Bioteknologi i dag muligheter for fremtiden Arvestoff Genetisk materiale, DNA. Baser En del av et nukleotid som betegnes med bokstavene A, C, G og T. Med disse fire bokstavene skriver DNAtrådene sine beskjeder
DetaljerZebrafish as a model for human development and disease. Jon Vidar Helvik
Zebrafish as a model for human development and disease. Jon Vidar Helvik Mann versus fish Zebrafish is an important model for human development and disease. Most human organ system can be study on a cellular
DetaljerLEKSJON 4: BIOTEKNOLOGI HVORDAN VI BRUKER NATURENS EGNE MEKANISMER TIL VÅR FORDEL, OG UTFORDRINGENE SOM FØLGER MED
LEKSJON 4: BIOTEKNOLOGI HVORDAN VI BRUKER NATURENS EGNE MEKANISMER TIL VÅR FORDEL, OG UTFORDRINGENE SOM FØLGER MED KOMPETANSEMÅL Forklarebegrepene krysning og genmodifisering, og hvordan bioteknologi brukes
DetaljerMolekylærbiologi: Nøkkelen til alle levende organismer
Molekylærbiologi: Nøkkelen til alle levende organismer Svein-Ole Mikalsen Náttúruvísindadeildin Megindeildin fyri náttúru- og heilsuvísindi Fróðskaparsetur Føroya Botanikk Zoologi Genetikk Mikrobiologi
DetaljerEKSAMENSOPPGAVE I BI2014 MOLEKYLÆRBIOLOGI
Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet Institutt for biologi EKSAMENSOPPGAVE I BI014 MOLEKYLÆRBIOLOGI Faglig kontakt under eksamen: Ralph Kissen Tlf.: 41344134 (mobil) - Eksamensdato: 11. desember
DetaljerSammenligningen mellom Arabidopsis thaliana genomet og de kjente genomene fra cyanobakterier, gjær, bananflue og nematode, viser bl. a.
Sammenligningen mellom Arabidopsis thaliana genomet og de kjente genomene fra cyanobakterier, gjær, bananflue og nematode, viser bl. a. Antall gener som er involvert i cellulær kommunikasjon og signaloverføring
DetaljerInformasjon om studieprogrammet Beregningsorientert informatikk
Informasjon om studieprogrammet Beregningsorientert informatikk Beregningsorientert informatikk kombinerer kunnskaper og ferdigheter i matematikk og informatikk, og legger spesielt vekt på utvikling av
DetaljerSå, hvordan lager man nye nerveceller?
Forskningsnyheter om Huntingtons sykdom. I et lettfattelig språk. Skrevet av forskere. Til det globale HS-fellesskapet. Å omdanne hudceller til hjerneceller: et gjennombrudd innen forskning på Huntingtons
DetaljerMOLEKYLÆRBIOLOGISK DAG
MOLEKYLÆRBIOLOGISK DAG Velkommen til Molekylærbiologisk institutt, Universitetet i Bergen 5. mars 2015 Forsidebilde (fotograf: Marc Niere) Dyrkede celler som vokser og deler seg i det uendelige er et nyttig
DetaljerGenfeil i kreftsvulster nøkkelen til en mer persontilpasset behandling?
Genfeil i kreftsvulster nøkkelen til en mer persontilpasset behandling? Hege G. Russnes Forsker ved Avd. For Genetikk, Institutt for Kreftforskning og overlege ved Avd. For Patologi Oslo Universitetssykehus
DetaljerOversikt over kap. 11. Kap. 11 Den direkte påvisning av genotype skiller individuelle genomer. Fire klasser av DNA polymorfismer.
Kap. 11 Den direkte påvisning av genotype skiller individuelle genomer Oversikt over kap. 11 Fire klasser av DNA variasjon til direkte påvisning av genotype. Metoder som bruker hybridisering, elektroforese,
DetaljerIntroduction to the Practice of Statistics
David S. Moore George P. McCabe Introduction to the Practice of Statistics Fifth Edition Chapter 3: Producing Data Copyright 2005 by W. H. Freeman and Company Produsere data Kap 1: Utforske gitte data
DetaljerMOLEKYLÆRBIOLOGISK FAGDAG
MOLEKYLÆRBIOLOGISK FAGDAG Velkommen til Molekylærbiologisk institutt, Universitetet i Bergen 8. mars 2017 Forsidebilde (fotograf: Marc Niere) Dyrkede celler som vokser og deler seg i det uendelige er et
DetaljerForslag til felles føringer for læringsutbyttebeskrivelsene for bachelorprogrammene ved MN Prosjektgruppen for InterAct Ved Olav Sand og Knut Mørken
Forslag til felles føringer for læringsutbyttebeskrivelsene for bachelorprogrammene ved MN Prosjektgruppen for InterAct Ved Olav Sand og Knut Mørken 1. Før læringsutbyttebeskrivelsene står det noen setninger
DetaljerKlinisk molekylærmedisin (5): Eksempler på funksjonelle analyser
Pediatrisk Endokrinologi 2003;17: 64-69 Klinisk molekylærmedisin (5): Eksempler på funksjonelle analyser Pål Rasmus Njølstad 1,2,3, Lise Bjørkhaug 1 1 Seksjon for pediatri, Institutt for klinisk medisin
DetaljerEpigenetikk; arvesynden i ny innpakning? Dag O. Hessen University of Oslo, Dept. Biology Center of Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES)
Epigenetikk; arvesynden i ny innpakning? Dag O. Hessen University of Oslo, Dept. Biology Center of Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES) Den genetiske kode Oppnøstingen av den genetiske kode foregikk
DetaljerBLAST. Blast. Noen mulige sammenstilling av CHAEFAP og CAETP. Evolusjonær basis for sekvenssammenstilling. Sekvenssammenstilling og statistikken brukt
Blast BLAST Sekvenssammenstilling og statistikken brukt Finner best mulig sammenstilling(er), evt. finner veldig gode sammenstillinger. Kan teoretisk unngå å finne beste sammenstilling. Avgjør om sammenstillingen
DetaljerFYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, DNA, RNA, Translasjon, Transkripsjon Proteinsyntese, Cellesyklus
FYS 3710 Biofysikk og Medisinsk Fysikk, 2017 7 DNA, RNA, Translasjon, Transkripsjon Proteinsyntese, Cellesyklus Einar Sagstuen, Fysisk institutt, UiO 18.09.2017 1 DNA A / C / G / T 2 -deoxyribose monofosfate
DetaljerDet humane genomet. (genom = arvemasse) 3 x 10 9 basepar. ca. 30.000 gen. ferdigsekvensert ca. år 2001
Det humane genomet (genom = arvemasse) 3 x 10 9 basepar ca. 30.000 gen ferdigsekvensert ca. år 2001 kromosom 21 127 kjente gen 98 ukjente gen Biologi cellekultur organ organismar kva gen er involvert i
DetaljerPROGRAMFAG I PROGRAMOMRÅDE FOR REALFAG
PROGRAMOMRÅDET REALFAG Fagtilbud skoleåret 2018-2019 Fag Vg1 Vg2 Vg3 BIOLOGI 0 Biologi 1 Biologi 2 FYSIKK 0 Fysikk 1 +Fysikk 2 INFORMASJONS- 0 Informasjonsteknologi 1 Informasjonsteknologi 2 TEKNOLOGI
DetaljerFLERVALGSOPPGAVER BIOTEKNOLOGI
FLERVALGSOPPGAVER BIOTEKNOLOGI FLERVALGSOPPGAVER FRA EKSAMEN I BIOLOGI 2 V2008 - V2011 Disse flervalgsoppgavene er hentet fra eksamen i Biologi 2 del 1. Det er fire (eller fem) svaralternativer i hver
DetaljerOblig3 - obligatorisk oppgave nr. 3 (av 3) i INF3350/4350
Oblig3 - obligatorisk oppgave nr. 3 (av 3) i INF3350/4350 Levering av besvarelsen Besvarelse må leveres senest mandag 12. november kl 16.00. Send besvarelsen på epost til Lars Baumbusch (lars.o.baumbusch@rr-research.no).
DetaljerMer om Markov modeller
Høyere ordens Markov modeller Mer om Markov modeller p h mnr = Pr( Y j+ 3 = ah Y j+ 2 = am, Y j+ 1 = an, Y j = a : r For en k-te ordens Markov modell som modellerer en DNA prosess vil det være 3*4 k mulige
DetaljerOppgave 2b V1979 Hvor i cellen foregår proteinsyntesen, og hvordan virker DNA og RNA i cellen under proteinsyntesen?
Bi2 «Genetikk» [3B] Målet for opplæringa er at elevane skal kunne gjere greie for transkripsjon og translasjon av gen og forklare korleis regulering av gen kan styre biologiske prosessar. Oppgave 2b V1979
Detaljer2.8 BACHELORGRADSPROGRAM I BIOMATEMATIKK
2.8 BACHELORGRADSPROGRAM I BIOMATEMATIKK SIDE 111 2.8 BACHELORGRADSPROGRAM I BIOMATEMATIKK 2.8.1 INNLEDNING Dette er et treårig studieprogram med emner fra matematikk, statistikk, biologi og medisin. Programmet
DetaljerML-208, generell informasjon
ML-208, generell informasjon Emnekode: ML-208 Emnenavn: Molekylærbiologi Dato:20.12.2017 Varighet:4 timer Tillatte hjelpemidler: Ingen Merknader:Lag gjerne tegninger og figurer for å illustrere og forklare
DetaljerNasjonal DNA sekvensdata IT plattform for helsevesenet- genap. Store data møter medisinen 1. september 2015
Nasjonal DNA sekvensdata IT plattform for helsevesenet- genap Store data møter medisinen 1. september 2015 1 Målsetning med prosjektet Prosjektets målsetning er å utvikle en IKT infrastruktur for sentral,
DetaljerKlipp og lim: Genredigering med CRISPR teknologi
Klipp og lim: Genredigering med CRISPR teknologi Realfagskonferanse 4. mai 2017 Magnar Bjørås Institutt for kreftforskning og molekylærmedisin, NTNU Klinikk for laboratoriemedisin, Oslo Universitetssykehus
Detaljer2.8 BACHELORGRADSPROGRAM I BIOMATEMATIKK
2.8 BACHELORGRADSPROGRAM I BIOMATEMATIKK SIDE 111 2.8 BACHELORGRADSPROGRAM I BIOMATEMATIKK 2.8.1 INNLEDNING Dette er et treårig studieprogram med emner fra matematikk,, biologi og medisin. Programmet er
DetaljerDen komplette DNA sekvens fra en organisme.
Definisjoner: Hva er et genom? Den komplette DNA sekvens fra en organisme. Den komplette samlingen av gener som koder for alle proteiner, pluss ribosomalt RNA, trna, snrna (involvert i mrna spleising)
DetaljerML-208, generell informasjon
ML-208, generell informasjon Emnekode: ML-208 Emnenavn: Molekylærbiologi Dato:20.12.2017 Varighet:4 timer Tillatte hjelpemidler: Ingen Merknader:Lag gjerne tegninger og figurer for å illustrere og forklare
DetaljerSøkeproblemet. Gitt en datastruktur med n elementer: Finnes et bestemt element (eller en bestemt verdi) x lagret i datastrukturen eller ikke?
Søking Søkeproblemet Gitt en datastruktur med n elementer: Finnes et bestemt element (eller en bestemt verdi) x lagret i datastrukturen eller ikke? Effektiviteten til søkealgoritmer avhenger av: Om datastrukturen
DetaljerPreimplantasjonsdiagnostikk PGD Hvorfor, hvordan, hva får vi vite? Arne Sunde
Preimplantasjonsdiagnostikk PGD Hvorfor, hvordan, hva får vi vite? Arne Sunde Leder, Fertilitetsseksjonen, St. Olavs Hospital HF, Trondheim Professor II, Cellebiologi, NTNU Genetiske tester før fødsel
DetaljerDagens plan: INF Algoritmer og datastrukturer. Eksempel. Binære Relasjoner
Dagens plan: INF2220 - Algoritmer og datastrukturer HØSTEN 2009 Institutt for informatikk, Universitetet i Oslo INF2220, forelesning 10: Disjunkte Mengder Definisjon av binær relasjon Definisjon av ekvivalens
DetaljerNytt studium i Medisinsk Teknologi
Nytt studium i Medisinsk Teknologi 1 Medisinsk Teknologi (klassisk) Laboratorier Biokjemi Analyse Legemidler Utstyr Pasientnært IKT 2 Medisinsk Teknologi Rettet bl.a. mot eldre og uføre Fire kategorier:
DetaljerDatastrukturer for rask søking
Søking Søkeproblemet Gitt en datastruktur med n elementer: Finnes et bestemt element (eller en bestemt verdi) x lagret i datastrukturen eller ikke? Effektiviteten til søkealgoritmer avhenger av: Om datastrukturen
DetaljerKokeboka, oppskriften og kirsebærpaien
Forskningsnyheter om Huntingtons sykdom. I et lettfattelig språk. Skrevet av forskere. Til det globale HS-fellesskapet. Farefull spleising - en ny måte å tenke om det skadelige huntingtinproteinet Forskere
DetaljerIntroduksjon til analyse av cdna mikromatrisedata
Norsk Epidemiologi 2003; 13 (2): 291-296 291 Introduksjon til analyse av cdna mikromatrisedata Marit Holden og Anders Løland Norsk Regnesentral, Gaustadalléen 23, Postboks 114 Blindern, 0314 Oslo Korrespondanse:
DetaljerINF Algoritmer og datastrukturer
INF2220 - Algoritmer og datastrukturer HØSTEN 2009 Institutt for informatikk, Universitetet i Oslo INF2220, forelesning 10: Disjunkte Mengder Bjarne Holen (Ifi, UiO) INF2220 H2009, forelesning 10 1 / 27
DetaljerProgrammering i naturfag. Av Emil Thune
Programmering i naturfag Av Emil Thune Grunnleggende ferdigheter i faget (forslag) Digitale ferdigheter i naturfag er å bruke digitale verktøy til å utforske, registrere, gjøre beregninger, visualisere,
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
Kandidatnummer: BOKMÅL UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF3350/INF4350 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Tirsdag 5. desember 2006 Tid for eksamen : 15.30
DetaljerKapittel 3. Datainnsamling Dataproduksjon
Kapittel 3 Datainnsamling Dataproduksjon Produsere/samle data Kap 1: Utforske og analysere gitte data for en variabel ved hjelp av grafer og tall Kap 2: Analysere sammenhenger mellom gitte data for to
DetaljerStudiehåndbok. Bachelor i matematiske realfag (B-MR) FYSIKK INFORMATIKK MATEMATIKK STATISTIKK
Studiehåndbok Bachelor i matematiske realfag (B-MR) FYSIKK INFORMATIKK MATEMATIKK STATISTIKK 2007/2008 26.11.2007 Beskrivelse av bachelorgraden i matematiske realfag For å få bachelorgraden i matematiske
DetaljerMOL204 Anvendt bioinformatikk I
Universitetet i Bergen Molekylærbiologisk institutt Matematisk naturvitenskapelig embetseksamen MOL204 Anvendt bioinformatikk I bokmål / nynorsk / english Mandag 20. desember 2010, 4 timer, kl 9:00 13:00
DetaljerFødt Født sånn sånn eller blitt sånn? Monica Cheng Munthe-Kaas, OUS 11.09.2013
Født Født sånn sånn eller blitt blitt sånn? sånn? Monica Cheng Munthe-Kaas, OUS 11.09.2013 Innlandskongressen for Helseforskning 11 September 2013 Monica Cheng Munthe-Kaas Gener versus Miljø HJERNEVASK
Detaljer4260 Mikrobiologi. Midtprøveoppgaver. 02. oktober 2013
1 Høgskolen i Telemark Fakultet for allmennvitenskapelige fag 4260 Mikrobiologi Midtprøveoppgaver 02. oktober 2013 Tid: 2 timer Sidetall: 7 (40 spørsmål) Hjelpemidler: Ingen Velg kun ett svaralternativ
DetaljerProsjektbeskrivelsen består av
Kvantitative hovedoppgaver: prosjektbeskrivelsen og litt om metode Knut Inge Fostervold Prosjektbeskrivelsen består av Vitenskapelig bakgrunn og problemformulering (ca 2 sider) Design og metode (ca 2-3
DetaljerNKR, bachelor / master, tidsplan. Knut Mørken STUT,
NKR, bachelor / master, tidsplan Knut Mørken STUT, 16.10.2015 NKR-Kortversjon for universitetsstudier NKR-Kortversjon for universitetsstudier Endelig mål for utdanning Å kunne utlede ny kunnskap fra etablert
DetaljerGenetikk og persontilpasset medisin Ny teknologi nye muligheter og nye utfordringer
Genetikk og persontilpasset medisin Ny teknologi nye muligheter og nye utfordringer Dag Undlien Avdeling for medisinsk genetikk Oslo Universitetssykehus d.e.undlien@medisin.uio.no Dep of Medical Genetics
Detaljer1. En ikke-naturlig forekommende eller konstruert sammensetning omfattende:
1 Patentkrav EP2931898 1. En ikke-naturlig forekommende eller konstruert sammensetning omfattende: et leveringssystem som er operativt konfigurert for å levere CRISPR-Caskomplekskomponenter eller polynukleotidsekvenser
DetaljerFlervalgsoppgaver: proteinsyntese
Flervalgsoppgaver - proteinsyntese Hver oppgave har ett riktig svaralternativ. Proteinsyntese 1 Hva blir transkribert fra denne DNA sekvensen: 3'-C-C-G-A-A-T-G-T-C-5'? A) 3'-G-G-C-U-U-A-C-A-G-5' B) 3'-G-G-C-T-T-A-C-A-G-5'
DetaljerFakultet for biovitenskap Institutt for plantevitenskap. Master i Biologi (M-BIOL)
Fakultet for biovitenskap Institutt for plantevitenskap Master i Biologi (M-BIOL) Opptak 2019 Master Biologi (M-BIOL) Mastergraden er på 120 studiepoeng (stp). 65 stp er obligatoriske for alle, andre studiepoeng
DetaljerBred profil på statistikk?
Bred profil på statistikk? Geir Storvik Juleseminar CSE 30. November 2012 Statistikk Statistikk involverer innsamling, organisering, analysering, tolkning og presentasjon av data Sentralt: Ta hensyn til
DetaljerOm Kurset og Analyse av Algoritmer
Om Kurset og Analyse av Algoritmer Lars Vidar Magnusson 8.1.2014 Praktisk informasjon om kurset Hva er en algoritme? (kapittel 1) Hvordan analysere en algoritme? (kapittel 2) Praktisk Informasjon Introduction
DetaljerProsjektbeskrivelsen består av
Kvantitative hovedoppgaver: prosjektbeskrivelsen og litt om metode og utforming Knut Inge Fostervold Prosjektbeskrivelsen består av Vitenskapelig bakgrunn og problemformulering (ca 2 sider) Design og metode
DetaljerPersontilpasset medisin. Dag Undlien Avdeling for medisinsk genetikk Oslo Universitetssykehus og Universitetet i Oslo
Persontilpasset medisin Dag Undlien Avdeling for medisinsk genetikk Oslo Universitetssykehus og Universitetet i Oslo Persontilpasset medisin skjer i norske sykehus i dag Gleevec ved leukemi Herceptin og
DetaljerEKSAMEN I TMA4255 ANVENDT STATISTIKK
Norges teknisk naturvitenskapelige universitet Institutt for matematiske fag Side 1 av 5 Faglig kontakt under eksamen: Mette Langaas (988 47 649) BOKMÅL EKSAMEN I TMA4255 ANVENDT STATISTIKK Onsdag 8. august
Detaljer10. EKSAMENSDAGER 1997/98
10. EKSAMENSDAGER 1997/98 SIDE 335 10. EKSAMENSDAGER 1997/98 H-97 V-98 AKVAKULTUR AK 100 Akvakultur 25.11 04.06 AK 101 Vannkjemi/oseanografi 15.12 03.06 AK 102 Lovverk/forvaltning innen fiske og akvakultur
Detaljer3.10 KVANTITATIV BIOLOGI - MASTERPROGRAM
SIDE 211 3.10.1 INNLEDNING Kvantitativ biologi er et tverrfaglig studieprogram ved NTNU. Masterprogrammet ligger i skjæringspunktet mellom matematikk, statistikk og informatikk på den ene siden, og biologi
DetaljerPROGRAMFAG I PROGRAMOMRÅDE FOR REALFAG
PROGRAMOMRÅDET REALFAG Fag Vg1 Vg2 Vg3 BIOLOGI 0 Biologi 1 Biologi 2 FYSIKK 0 Fysikk 1 +Fysikk 2 GEOFAG* 0 Geofag 1 Geofag 2 INFORMASJONS- 0 Informasjonsteknologi 1 Informasjonsteknologi 2 TEKNOLOGI KJEMI
DetaljerMaster. Biologi (BIOL)
UMB, Institutt for plante- og miljøvitenskap Master i Biologi (BIOL) H:studieplaner/2009_2010/MasterBiologi Master Biologi (M-BIOL) Mastergraden er på 120 studiepoeng (sp). 70 sp er obligatoriske for alle,
DetaljerUtfordringer knyttet til statistisk analyse av komposittdata
ISSN 1893-1170 (online utgave) ISSN 1893-1057 (trykt utgave) www.norskbergforening.no/mineralproduksjon Notat Utfordringer knyttet til statistisk analyse av komposittdata Steinar Løve Ellefmo 1,* 1 Institutt
Detaljer3.10 KVANTITATIV BIOLOGI - MASTERGRAD- SPROGRAM
3.10 KVANTITATIV BIOLOGI - MASTERGRADSPROGRAM SIDE 179 3.10 KVANTITATIV BIOLOGI - MASTERGRAD- SPROGRAM 3.10.1 INNLEDNING Kvantitativ biologi er et tverrfaglig studieprogram ved NTNU. Masterprogrammet ligger
DetaljerGensøk. Oppsummering. Typer av sammenstillinger. Sammenstilling av sekvenser. To prinsipper for søking etter gener i DNA:
Oppsummering Gensøk Oppsummeringen som gis her omfatter bare de temaer som er forelest av Ole Christian, og er ikke ment å være komplett. I korte trekk gjelder for denne delen av pensum som for de øvrige:
DetaljerLæreplan i Programmering og modellering - programfag i studiespesialiserende utdanningsprogram
2.12.2016 Læreplan i - programfag i studiespesialiserende utdanningsprogram Formål Programmering er et emne som stadig blir viktigere i vår moderne tid. Det er en stor fordel å kunne forstå og bruke programmering
DetaljerKap 12. Det eukaryote kromosom. En organelle for pakking og styring av DNA
Kap 12. Det eukaryote kromosom En organelle for pakking og styring av DNA Oversikt over kapittel 12 Komponentene i et kromosom: DNA, histoner, og nonhiston proteiner Ett langt DNA molekyl og mange typer
DetaljerForskningsmetoder i informatikk
Forskningsmetoder i informatikk Forskning; Masteroppgave + Essay Forskning er fokus for Essay og Masteroppgave Forskning er ulike måter å vite / finne ut av noe på Forskning er å vise HVORDAN du vet/ har
DetaljerHashing: Håndtering av kollisjoner
Hashing: Håndtering av kollisjoner Innsetting av dataelement i hashtabell Algoritme: 1. Bruk en hashfunksjon til å beregne hashverdi basert på dataelementets nøkkelverdi 2. Sett inn dataelementet i hashtabellen
DetaljerAnbefalt løp etter basisblokka for spesialisering i anvendt matematikk: MAT-3941 Master s thesis in applied physics and mathematics
ANVENDT MATEMATIKK En spesialisering innen anvendt matematikk er rettet mot utvikling av matematiske og numeriske modeller som har relevans for kjemi, biologi og fysikk. Gruppa i anvendt matematikk kan
DetaljerBiofysikk og Medisinsk fysikk - BMF
Biofysikk og Medisinsk fysikk - BMF - der FYSIKK møter medisin, kjemi, biologi, informatikk Kjemibygningen, 3.etg vest Radiumhospitalet Rikshospitalet / Intervensjonssenteret http://www.mn.uio.no/fysikk/forskning/grupper/biofysikk/
Detaljer3.10 MASTERGRADSPROGRAM I KVANTITATIV
3.10 MASTERGRADSPROGRAM I KVANTITATIV SIDE 183 3.10 MASTERGRADSPROGRAM I KVANTITATIV 3.10.1 INNLEDNING Kvantitativ biologi er et tverrfaglig studieprogram ved NTNU. Masterprogrammet ligger i skjæringspunktet
DetaljerHvor raskt klarer vi å sortere?
Sortering Sorteringsproblemet Gitt en array med n elementer som kan sammenlignes med hverandre: Finn en ordning (eller permutasjon) av elementene slik at de står i stigende (evt. avtagende) rekkefølge
DetaljerTrening øker gjenvinning i celler Natur og miljø
Forskningsnyheter om Huntingtons sykdom. I et lettfattelig språk. Skrevet av forskere. Til det globale HS-fellesskapet. Trening øker gjenvinning i celler Trening øker cellulær gjenvinning hos mus. Er det
DetaljerFigurer kapittel 8: Bioteknologi Figur s
2 Figurer kapittel 8: Bioteknologi Figur s. 236 237 5' 3' 5' 3' DNA-primer 5' 3' DNA bit som skal kopieres Oppvarming 3' 5' 5' DNAprimer tilsettes 3' 3' 5' DNApolymerase Nytt DNA dannes Kopieringen gjentas
DetaljerVi som står bak prosjektet er Eirik Krogstad og Petter Hannevold. Vi har gjort et prosjekt sammen med Microbial Evolution Research Group (MERG) ved
1 Vi som står bak prosjektet er Eirik Krogstad og Petter Hannevold. Vi har gjort et prosjekt sammen med Microbial Evolution Research Group (MERG) ved Biologisk institutt, Universitetet i Oslo. Disse jobber
DetaljerMikromatriser introduksjon. Strategi for mikromatrise eksperimenter. Forelesning # 8. Bruksområder. Mikromatriser trinn for trinn. Lars O.
Mikromatriser introduksjon Strategi for mikromatrise eksperimenter Forelesning # 8 probe Lars O. Baumbusch Radiumhospitalet Rikshospitalet HF Senter for Bioinformatikk, IFI, UiO Biological Question Lars
DetaljerDNA mikromatriser små brikker med store konsekvenser
FAGARTIKKEL Nor Tannlegeforen Tid 2002; 112: 890 4 Anne Isine Bolstad DNA mikromatriser små brikker med store konsekvenser Mikromatriseteknikken er en ny teknologi som gjør det mulig å studere uttrykking
DetaljerTMA4240 Statistikk H2010
TMA4240 Statistikk H2010 Statistisk inferens: 9.4: Konfidensintervall for µ 8.7: Student-t fordeling 8.6: Fordeling til S 2 Mette Langaas Foreleses onsdag 13.oktober, 2010 2 Estimering Mål: finne sannheten
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i: KJB 492 Bioinformatikk Eksamensdag: Fredag 14. desember 2001 Tid for eksamen: Kl.: 9.00 13.00 Oppgavesettet er på 7 sider. Vedlegg:
DetaljerExamination paper for (BI 2015) (Molekylærbiologi, laboratoriekurs)
Department of (Biology) Examination paper for (BI 2015) (Molekylærbiologi, laboratoriekurs) Academic contact during examination: Thorsten Hamann Phone: 91825937 Examination date: 19.12.2016 Examination
DetaljerForeleses onsdag 13.oktober, 2010
TMA440 Statistikk H010 Statistisk inferens: 9.4: Konfidensintervall for µ 8.7: Student-t fordeling 8.6: Fordeling til S Mette Langaas Foreleses onsdag 13.oktober, 010 Estimering Mål: finne sannheten om
Detaljer... Proteiner og enzymer. kofaktor. polypeptid
30 Proteiner og enzymer Proteiner er bygd opp av rekker av aminosyrer som er kveilet sammen ved hjelp av bindinger på kryss og tvers, såkalte peptidbindinger. Slike oppkveilete rekker av aminosyrer kaller
DetaljerGenkartlegging. Hva er egentlig et genkart? Genetisk og fysisk kartlegging
NTNU Genkartlegging 1 Termin IC Frank Skorpen Institutt for laboratoriemedisin, barne- og kvinnesykdommer Hva er egentlig et genkart? Kartet over det humane genom gir oss posisjonen av de ca 25,000 genene
DetaljerHva kan overordnede læringsmål være?
Hva kan overordnede læringsmål være? Knut STUT 16. januar 2015 Hvorfor en faglig strategi? Hvis vi ønsker utvikling bør vi vite i hvilken retning Vi er enige om at det generelt er en tydelig utvikling
DetaljerVil laksegenomet løse sykdomsproblematikken i akvakulturnæringen? Unni Grimholt CEES, Biologisk Institutt, UiO
Vil laksegenomet løse sykdomsproblematikken i akvakulturnæringen? Unni Grimholt CEES, Biologisk Institutt, UiO tja Men det er et skritt videre i riktig retning? Patogene problemer i oppdrett Antall oppdretts
DetaljerGenetiske undersøkelser av biologisk materiale
Genetiske undersøkelser av biologisk materiale Torunn Fiskerstrand, overlege PhD Senter for klinisk medisin og molekylærmedisin, Haukeland Universitetssykehus Institutt for klinisk medisin, Universitetet
DetaljerUNIVERSITETET I OSLO
Bokmål UNIVERSITETET I OSLO Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Eksamen i : INF2300 Grunnkurs i bioinformatikk Eksamensdag : Mandag 6. juni 2005 Tid for eksamen : 09.00 12.00 Oppgavesettet er på
DetaljerReproduksjon av dyrevirus. Adsorpsjon Penetrasjon og avkledning Replikasjon og transkripsjon Syntese og samling (assembly) av viruskapsid Frigjøring
Reproduksjon av dyrevirus Adsorpsjon Penetrasjon og avkledning Replikasjon og transkripsjon Syntese og samling (assembly) av viruskapsid Frigjøring ATTACHMENT Click after each step to view process PENETRATION
DetaljerGRUNNLEGGENDE GENETISKE BEGREPER Del I - en serie om kattegenetikk
GRUNNLEGGENDE GENETISKE BEGREPER Del I - en serie om kattegenetikk Dette er første del i en serie om kattegenetikk. I denne første delen vil jeg ta for meg de ulike genetiske begrepene som blir brukt i
DetaljerBiobanker for Helse BioHealth. Camilla Stoltenberg FUGE Sluttrapporteringseminar Oslo 21. mai 2008
Biobanker for Helse BioHealth Camilla Stoltenberg FUGE Sluttrapporteringseminar Oslo 21. mai 2008 Hva er budskapet? Det er verdt å satse på biobankene og helseundersøkelsene Vi vil finne årsaker til utbredte
DetaljerMasterspesialiseriger innen LUN
1 Masterspesialiseriger innen LUN Masterspesialisering i matematikk - anvendt matematikk m/fysikk - anvendt matematikk m/kjemi Masterspesialisering i fysikk - fornybar energifysikk - biologisk fysikk Masterspesialisering
DetaljerEstimering av en straffet Cox-modell på bakgrunn av mikroarray genekspresjonsdata. Hege Leite Størvold
Universitetet i Oslo Institutt for informatikk Estimering av en straffet Cox-modell på bakgrunn av mikroarray genekspresjonsdata Hege Leite Størvold hegelst@ifi.uio.no 26. oktober 2004 Forord Denne oppgaven
DetaljerFagorientering 30. jan 2013 REALFAG
Fagorientering 30. jan 2013 REALFAG Biologi Biologi 1 Biologi 2 Den unge biologen Cellebiologi Fysiologien til mennesket Funksjon og tilpasning Biologisk mangfold Den unge biologen Økologi Energiomsetning
DetaljerProgrambeskrivelse for revidert versjon av bachelorprogrammet Matematikk, informatikk
Programbeskrivelse for revidert versjon av bachelorprogrammet Matematikk, informatikk og teknologi (MIT) Tabell 1 Revidert versjon av Matematikk, informatikk og teknologi Programnavn: Vertsinstitutt: Navn
DetaljerGentesting ved alvorlig sykdom. Rapport fra
Gentesting ved alvorlig sykdom Rapport fra Torunn Fiskerstrand, dr philos, Laboratorieoverlege, spesialist i medisinsk genetikk, amanuensis Møte i Prioriteringsutvalget, Helsedirektoratet 6 april 2017
Detaljer