Q x Amplified DNA Assays /08

Transkript

1 B ProbeTec Herpes Simplex Viruses (HSV 1 & 2) Q x Amplified DNA Assays /08 U r Norsk BRUKSOMRÅDE Når BD ProbeTec Herpes Simplex Viruses (HSV 1 & 2) Q x Amplified DNA Assays (HSV Q x Assays) [Herpes Simplex-virus (HSV 1 og 2) Q x amplifiserte DNA-analyser] blir testet med BD Viper System i ekstraksjonsmodus, brukes SDA-teknologi (trådforskyvningsamplifisering) til direkte, kvalitativ påvisning og differensiering av DNA fra Herpes Simplex-virus type 1 (HSV1) og Herpes Simplex-virus type 2 (HSV2) i klinikerinnsamlede eksterne anogenitale lesjonsprøver. Analysen er indikert for bruk med symptomatiske personer til å bistå i diagnostiseringen av anogenitale HSV1- og HSV2- infeksjoner. Advarsel: BD ProbeTec Herpes Simplex Viruses (HSV 1 & 2) Q x amplifiserte DNA-analyser (HSV Q x -analyser) er ikke beregnet for bruk med cerebrospinal væske (CSF). Analysene er ikke planlagt brukt til prenatal screening eller til personer under 17 år. SAMMENDRAG OG FORKLARING Herpes Simplex-virus type 1 (HSV1) og type 2 (HSV2) er ubikvitære dobbeltstrengs neurotropiske DNA-virus av Herpesviridae-familien som fører til uhelbredelige livslange infeksjoner og som fører fra inokulering av virus gjennom oppskrapt hud eller mukøse membraner. Begge virus kan ligge latent i lange perioder og føre til gjentatte episoder med symptomatisk sykdom. Den primære overføringsmåten for HSV1 er via orale sekresjoner og ikke-genital kontakt, og det fører til overvekt av infeksjoner i munn, svelg, ansikt, øyne og det sentrale nervesystem. I senere år har frekvensen av genitale HSV1-infeksjoner økt på grunn av mindre grad av oral infeksjon i den tidlige pubertetsalder, noe som gjør personer mottakelige for genital infeksjon senere i livet med en økning i hyppigheten av orogenital kontakt. 1,2 Likevel viser seroprevalensstudier at opptil 80 % av barna er smittet av HSV1 når de blir voksne, med de høyeste tallene for personer fra dårlige sosioøkonomiske grupper. 3 I motsetning til HSV1 er infeksjon med HSV2 vanligvis resultat av seksuell overføring. I USA har % av befolkningen antistoffer for HSV2 ved 40-års alder og generelt er det minst 50 millioner mennesker med genital herpes. 3 I de fleste tilfellene er symptomene milde eller ugjenkjennelige og infeksjonen forblir udiagnostisert, selv om periodisk avgivelse av smittsomt virus i kjønnskanalen likevel forekommer. Som et resultat av dette skjer mesteparten av overføringen av genital herpes gjennom seksuell kontakt med personer som er asymptomatiske eller som ikke er klar over at de er smittet. Infeksjon med HSV2 er mer vanlig hos kvinner enn menn, og knyttes til en økt risiko for seksuelt overført Human Immunodeficiency Virus (HIV). 4 Mens overføring av herpes til nyfødte in utero eller intrapartum er sjelden, er konsekvensene av slike infeksjoner alvorlige og ofte fatale. 5 Klassisk primær genital herpesinfeksjon begynner med lokal smerte eller prikking, ofte fulgt av feber, uvelhet og hovne lymfeknuter i lysken. I løpet av dager oppstår blemmer på labia minora, introitus og urethra meatus hos kvinner og på skaft og glans på penis hos menn. Perineum og perianale områder kan også bli affisert, og det samme kan øvre deler av lår og sete. Cervikale lesjoner opptrer også hyppig hos kvinner. Primær infeksjon med HSV1 kan ikke skilles fra infeksjon forårsaket av HSV2 på klinisk grunnlag og lesjonene kan også forveksles med slike som forårsakes av andre seksuelt overførte sykdommer. Som en følge av dette er laboratorietesting nødvendig for endelig diagnose for å redusere symptomer og påskynde tilheling av lesjoner. Dessuten, siden gjentatte HSV1-infeksjoner og subklinisk avgivelse er mindre hyppig enn for HSV2, er bestemmelse av infeksjonens etiologi og typebestemmelse av viruset nyttig i vurderingen av prognosen og i rådgivningen. 1,2,6 Foretrukket diagnosemetode for herpesinfeksjon har historisk vært viral isolasjon i vevskultur fulgt av typespesifikk immunofluorescent påvisning. Men den økte sensitiviteten, robustheten og korte tiden til resultater for utvidede metoder for påvisning av viralt DNA fører til at de tas stadig mer i bruk. 1,3,6 Når det brukes sammen med BD Viper System i ekstraksjonsmodus, involverer BD ProbeTec HSV Q x amplifisert DNAanalyse automatisert ikke-spesifikk ekstraksjon av DNA fra kliniske prøver ved hjelp av kjemisk lysering, etterfulgt av binding av DNA til magnetiske partikler, vasking av den bundne nukleinsyren og elusjon i en amplifiseringskompatibel buffer. Når DNA fra HSV1 og/eller 2 er til stede, påvises det deretter ved hjelp av trådforskyvningsamplifikasjon (SDA) av en typespesifikk målsekvens i nærvær av en fluorescensmerket detektorsonde. 7,8 PROSEDYREPRINSIPPER BD ProbeTec HSV Q x amplifisert DNA-analyse er beregnet på bruk med BD Q x- penselprøve og BD universell viral transport (UVT) [eller identiske Copan-produserte medieformler se avsnittet SAMLINGSSETT LEVERT SEPARAT] til prøvetaking og transport, relevante reagenser, BD Viper System og BD FOX-ekstrahering. Penselprøver tas og transporteres i sine foreskrevne transportinnretninger som ivaretar integriteten til DNA fra HSV over de angitte temperatur- og tidsområdene. For å opprettholde konsistent arbeidsflyt med andre prøvetyper som behandles på BD Viper System, gjennomgår HSV-prøvene en forhåndsvarmingstrinn i BD Viper Lysing Heater. Etter nedkjøling lastes prøvene på BD Viper System, som deretter utfører alle trinnene som inngår i ekstraksjon og amplifikasjon av mål-dna uten ytterligere brukerintervensjon. Prøven overføres til et ekstraksjonsrør som inneholder jernoksidpartikler i en oppløselig hinne og tørket ekstraksjonskontroll. En høy ph brukes til å lysere virus og frigjøre deres DNA i løsningen. Syre tilsettes deretter for å senke ph-en og indusere en positiv ladning på jernoksidet, som igjen binder det negativt ladde DNAet. Partiklene og det bundne DNA-et dras deretter til sidene av ekstraksjonsrøret av magneter, og den behandlede prøven aspireres til avfall. Partiklene vaskes, og en elusjonsbuffer med høy ph tilsettes for å restituere det rensede DNA-et. Til slutt brukes en nøytraliseringsbuffer til å bringe ph-en i den ekstraherte løsningen til det optimale nivået for amplifisering av målet. BD ProbeTec HSV Q x amplifisert DNA-analyse er basert på samtidig amplifisering og påvisning av mål-dna ved bruk av amplifiseringsprimere og en fluorescensmerket detektorsonde. 7,8 Reagensene for SDA blir tørket i fire separate

2 engangsbrønner: primingbrønnene inneholder de analysespesifikke amplifiseringsprimerne, den fluorescensmerkede detektorsonden, nukleotidene og andre reagenser som er nødvendige for amplifisering, mens de analysespesifikke amplifiseringsbrønnene hver inneholder de to enzymene (en DNA-polymerase og en restriksjonsendonuklease) som er nødvendige for SDA. BD Viper System pipetterer deler av den rensede DNA-løsningen fra hvert ekstraksjonsrør inn i to separate primingbrønner for å rehydrere innholdet, én brønn samsvarer med HSV1 og den andre med HSV2. Etter en kort inkubering overføres reaksjonsblandingene til samsvarende, forhåndsoppvarmede amplifiseringsbrønner som er forseglet for å hindre kontaminering, og deretter inkuberes de i én av de to termisk kontrollerte fluorescensavleserne. Nærværet eller fraværet av DNA fra HSV fastslås ved å beregne toppfluorescensen (maksimale relative fluorescensenheter [MaxRFU]) i løpet av amplifiseringsprosessen og ved å sammenligne denne målingen med en forhåndsbestemt terskelverdi. I tillegg til fluorescenssonden som brukes til å påvise amplifisert mål-dna fra HSV, innlemmes et annet merket oligonukleotid i hver reaksjon. Oligonukleotidet for ekstraksjonskontroll (EC) er merket med et annet fargestoff enn det som brukes til påvisning av det HSV-spesifikke målet, og brukes til å bekrefte gyldigheten av ekstraksjonsprosessen. EC tørkes i ekstraksjonsrørene og rehydreres ved tilsetning av prøven og ekstraksjonsreagensene. På slutten av ekstraksjonsprosessen overvåkes EC-fluorescensen av BD Viper-instrumentet, og en automatisert algoritme anvendes på både de EC- og HSV-spesifikke signalene for å rapportere prøveresultater som positive, negative eller med EC-svikt. REAGENSER SOM FØLGER MED Hver BD ProbeTec HSV Q x -reagenspakke inneholder: HSV1 Q x amplifisert DNA-analyse, primingbrønner, 3 poser med 32 mikrobrønner hver: hver primingbrønn inneholder omtrent 108 pmol oligonukleotider, 27 pmol fluorescensmerket detektorsonde, 150 nmol dntps, med stabilisatorer og bufferkomponenter. HSV1 Q x amplifisert DNA-analyse, amplifiseringsbrønner, 3 poser med 32 mikrobrønner hver: hver amplifiseringsbrønn inneholder omtrent 100 enheter DNA-polymerase og 500 enheter restriksjonsenzym, med stabilisatorer og bufferkomponenter. HSV2 Q x amplifisert DNA-analyse, primingbrønner, 3 poser med 32 mikrobrønner hver: hver primingbrønn inneholder omtrent 105 pmol oligonukleotider, 36 pmol fluorescensmerket detektorsonde, 120 nmol dntps, med stabilisatorer og bufferkomponenter. HSV2 Q x amplifisert DNA-analyse, amplifiseringsbrønner, 3 poser med 32 mikrobrønner hver: hver amplifiseringsbrønn inneholder omtrent 35 enheter DNA-polymerase og 500 enheter restriksjonsenzym, med stabilisatorer og bufferkomponenter. MERK: Hver mikrobrønnlomme inneholder én pose med tørkestoff. Materialer som LEVERES SEPARAT* Control Set for the BD ProbeTec Herpes Simplex Viruses (HSV 1 & 2) Q x Amplified DNA Assays: 24 HSV Q x -positive kontrollrør som inneholder omtrent kopier av phsv1 og kopier av phsv2 lineære plasmider i bærernukleinsyre, og 24 HSV Q x -negative kontrollrør som kun inneholder bærernukleinsyre. Konsentrasjoner av phsv1- og phvs2-plasmider fastslås ved hjelp av UV-spektrofotometri. Swab Diluent (fortynningsmiddel for penselprøver) for BD ProbeTec Q x amplifiserte DNA-analyser: 48 rør som hvert inneholder omtrent 2 ml kaliumfosfat-/kaliumhydroksidbuffer med DMSO og konserveringsmiddel. BD FOX-ekstraksjonsrør for BD ProbeTec Q x amplifiserte DNA-analyser: 48 strimler med 8 rør, som hvert inneholder omtrent 10 mg jernoksid i en oppløselig hinne og omtrent 240 pmol fluorescensmerket oligonukleotid for ekstraksjonskontroll. Ekstraksjonsreagens og lyseringskar for BD ProbeTec Q x amplifiserte DNA-analyser: 12 reagenser og 12 lyseringskar, hvert ekstraksjonsreagenskar med 4 hulrom inneholder omtrent 16,5 ml bindesyre, 117 ml vaskebuffer, 35 ml elusjonsbuffer og 29 ml nøytraliseringsbuffer med konserveringsmiddel; hvert lyseringskar inneholder omtrent 11,5 ml lyseringsreagens. *Merk: For en fullstendig liste over katalognumre kan du se avsnittet TILGJENGELIGHET. UTSTYR/FORBRUKSVARER som LEVERES SEPARAT BD Viper-instrument, BD Viper-instrumentplater, BD Viper Pipette Tips, BD Viper avfallsbokser for spisser, BD Viper Amplification Plate Sealers (svarte) og forseglingsverktøy, BD Viper Lysing Heater, BD Viper Lysing Rack, BD Viper Neutralization Pouches og gjennomhullbare lokk til bruk på BD Viper System (ekstrahert modus), BD Viper System Accessories. SAMLESETT SOM LEVERES SEPARAT BD ProbeTec Q x samlesett for endocervikale prøver eller lesjonsprøver til bruk med BD Viper System i ekstraksjonsmodus, BD Universal Viral Transport Medium (UVT) (3 ml) penselsett med polyesterfiberspiss (Kat. Nr [sett], [UVT-medium] / [penselsamling]) eller identisk Copan Universal Transport Medium* (UTM-RT) og penselsett med polyesterfiberspiss (Kat. Nr. 302C.LC, 302C, 330C, 340C eller 321C). * Prøvetakingsinnretningen og prøvetakingsmediet i BD UVT-settet er identisk med Copan UTM-RT-mediet og prøvetakingsinnretningen i de oppførte katalognumrene. NØDVENDIGE MATERIALER SOM IKKE FØLGER MED Nitrilhansker, 1 % (v/v) natriumhypokloritt*, pipetter som kan overføre 0,5 ml, fosfatbufret saltløsning (PBS). *Løs opp 200 ml blekemiddel i 800 ml vann for å klargjøre en 1 % (v/v) natriumhypoklorittløsning. Lages nytt daglig. Oppbevarings- og håndteringskrav: Reagensene kan oppbevares ved 2 33 ºC. Uåpnede reagenspakker er stabile til utløpsdatoen. Når en pose er åpnet, er reagensbrønnene stabile i 8 uker hvis de er ordentlig forseglet, eller til utløpsdatoen (det som kommer først). Skal ikke fryses. 2

3 ADVARSLER OG FORHOLDSREGLER Generelt 1. Til in vitro-diagnostisk bruk. 2. Patogene mikroorganismer, blant annet hepatittvira og humant immunsviktvirus, kan være til stede i kliniske prøver. Standard forsiktighetsregler 9-12 og institusjonelle retningslinjer skal følges ved håndtering av alt materiale kontaminert med blod og andre kroppsvæsker. 3. Se brukerhåndboken for BD Viper System for flere advarsler, forsiktighetsregler og merknader som er spesifikke for BD Viper. Prøve 4. For prøvetaking av eksterne anogenitale lesjoner brukes enten UVT-prøvetakingsinnretningen (3 ml fyllevolum) med standard polyesterfiberspisspensel med plastskaft eller BD ProbeTec Q x prøvetakingssett for endocervikale prøver eller lesjonsprøver til bruk med BD Viper System i ekstraksjonsmodus med BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser. 5. Håndter alle prøver som om de er infiserte og bruk sikre laboratorieprosedyrer som skissert i CDC/NIH Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories og i CLSI Document M29 Protection of Laboratory Workers from Occupationally Acquired Infections. Rengjør og desinfiser alle overflater og alt utstyr grundig med 1 % (v/v) natriumhypoklorittløsning. Følg lokale krav og institusjonens krav for deponering av materialer som har vært i kontakt med kliniske prøver. Reagenser 6. Denne reagenspakken er til testing av eksterne anogenitale lesjonsprøver enten med UVT eller BD Q x Swab Collection Kits til bruk med BD Viper System i ekstraksjonsmodus. 7. Bruk kun prøve- og kontrollrør med gjennomhullbare korker på BD Viper System i ekstraksjonsmodus. Ikke fjern gjennomhullbare korker før instrumentet kjøres. Pass på å skifte ut alle gjennomhullede korker med nye korker som kan gjennomhulles, før instrumentet kjøres. 8. Ikke bland priming- og amplifiseringsbrønner for en gitt analyse fra forskjellige sett. 9. BD Q x - inneholder dimetylsulfoksid (DMSO), som er skadelig ved innånding, svelging eller i kontakt med huden. Unngå kontakt med øynene. Hvis stoffet kommer i kontakt med øynene, skyll straks med store mengder vann og oppsøk lege. Dersom det kommer i kontakt med huden, vask umiddelbart med rikelige mengder vann. 10. Ikke behandle eller test UVT eller BD ProbeTec Q x prøvetakingssett for endocervikale prøver eller lesjonsprøver hvis de er mottatt i laboratoriet uten at samsvarende pensel er tilstede i røret. Det kan gi falskt negativt resultat. 11. Bruk kun BD Viper-pipettspissene som leveres av BD sammen med BD Viper System. 12. Ekstraksjonsreagensen og lyseringskarene for BD ProbeTec Q x amplifiserte DNA-analyser inneholder etsende stoffer. Det anbefales på det sterkeste å bruke personlig verneutstyr, som f.eks. nitrilhansker, vernebriller og laboratoriefrakk, når du håndterer disse reagensene. Disse løsningene har en sterkt etsende virkning, og kan forårsake alvorlige brannskader på hud og slimhinner. Unngå kontakt med øynene og huden. Unngå å puste inn damp, dunst eller spray. Skadelig ved svelging. Ikke spis eller drikk i nærheten av disse reagensene. Hvis det oppstår kontakt, må du fjerne de kontaminerte klærne omgående, vaske huden med såpe og vann og skylle grundig. Hvis stoffet kommer i kontakt med øynene, skyll straks med store mengder vann og oppsøk lege. 13. Bruk kun BD Viper-amplifiseringsplateforseglinger (svarte) på amplifiseringsplatene med BD Viper System. Hvis de gjennomsiktige forseglingene brukes til å forsegle amplifiseringsplatene, kan det gi feilaktige resultater. 14. Reagensposer som inneholder ubrukte primingbrønner og amplifiseringsbrønner, MÅ forsegles godt igjen etter åpning. Kontroller at en tørkepose er til stede før reagensposen forsegles på nytt. 15. Fordi HSV Q x -positive kontroller brukes både til HSV1 Q x - og HSV2 Q x -testing, er det viktig å sørge for riktig plassering av mikrobrønnstrimlene for å få riktige sluttresultater. 16. Platen som inneholder amplifiseringsbrønnene, MÅ være skikkelig forseglet med BD Viperamplifiseringsplateforsegling (svart) før platen fjernes fra BD Viper System. Forseglingen sørger for en lukket reaksjon for amplifisering og påvisning, og er nødvendig for å unngå kontaminering av instrumentet og arbeidsområdet med amplifiseringsprodukter. Forseglingen skal ikke på noe tidspunkt fjernes fra mikrobrønnene. 17. Primingbrønner med gjenværende væske (etter overføring av væske fra primingbrønnene til amplifiseringsbrønnene) utgjør en kilde til målkontaminering. Forsegle primingbrønnene godt med plateforseglingen før de kasseres. 18. For å forhindre kontaminering av arbeidsområdet med amplifiseringsprodukter må avfallsposene som leveres i tilbehørssettet, brukes ved kassering av testede amplifiseringsbrønner. Pass på at posene er godt lukket før de kastes. 19. Selv om egne arbeidsområder ikke er nødvendig fordi utformingen til BD Viper reduserer muligheten for amplifiseringskontaminering i testomgivelsene, er det nødvendig med andre forsiktighetsregler for å kontrollere kontamineringen, særlig for å hindre kontaminering av prøven under manipulering (se nr ). 20. SKIFT HANSKENE hvis de kommer i kontakt med prøven eller ser ut til å være våte, for å hindre kontaminering av andre prøver. Skift hansker før du forlater eller kommer inn i arbeidsområdet. 21. I tilfelle kontaminering av arbeidsområdet eller utstyret med prøver eller kontroller må du rengjøre det kontaminerte området med 1 % (vekt per vekt) natriumhypokloritt og skylle grundig med vann. La overflaten tørke fullstendig før du fortsetter. 22. Hvis det søles på BD Viper Lysing Rack, må racket senkes ned i 1 % (v/v) natriumhypokloritt i 1 2 min. Ikke overskrid 2 min. Skyll racket grundig med vann, og la det lufttørke. 23. Rengjør hele arbeidsoverflaten benkeplater og instrumentoverflater med 1 % (v/v) natriumhypokloritt daglig. Skyll godt med vann. La overflatene tørke fullstendig før videre testing. 3

4 24. Følg etablert laboratoriepraksis når brukte pipetter, prøverør, primingbrønner og annet engangsutstyr skal kasseres. Kasser engangsutstyr forsvarlig. Forsegl og kast avfallsbeholdere når de er ¾ fulle eller daglig (det som skjer først). 25. Bruk personlig verneutstyr, inkludert vernebriller, ved håndtering av biologiske prøver. 26. Kontakt den lokale BD-representanten i tilfelle en uvanlig situasjon, slik som søl i BD Viper-instrumentet eller DNA-kontaminering som ikke kan fjernes ved rengjøring. PRØVETAKING OG TRANSPORT BD ProbeTec HSV Q x -analyser på BD Viper System i ekstraksjonsmodus er utformet for å oppdage forekomst av Herpes Simplex-virus type 1 eller Herpes Simplex-virus type 2 fra eksterne anogenitale lesjonsprøver. De enhetene som kan brukes til å ta lesjonsprøver for testing på BD Viper System, er: BD ProbeTec Q x prøvetakingssett for endocervikale prøver eller lesjonsprøver til bruk med BD Viper System i ekstraksjonsmodus. BD Universal Viral Transport (UVT) - 3 ml fyllevolum og pensel i vanlig størrelse med polyesterfiberspiss med plastskaft. (Kat. nr ). Identisk Copan Universal Transport Medium (UTM-RT) med penselsett med polyesterfiberspiss (Kat. nr. 302C, 302C.LC, 330C, 340C and 321C) kan også være brukt. Ved forsendelse innenlands og utenlands skal prøver pakkes og merkes i samsvar med gjeldende lokale, nasjonale og internasjonale bestemmelser vedrørende transport av kliniske prøver og etiologiske/smittefarlige stoffer. Tids- og temperaturbetingelser for oppbevaring må opprettholdes under transport. Etter forvarming kan Q x -er og fortynnede UVT-prøver oppbevares i opptil 120 dager ved -20 C før testing på BD Viper System. Innhenting, Oppbevaring og transport av lesjonspenselprøve De eksterne anogenitale lesjonsprøvene for BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser er innhentet enten med BD ProbeTec Q x penselprøvetakingssett for endocervikale prøver eller lesjonsprøver eller med UVT-prøvetakingsenhet (pensel med polyesterspiss med plastskaft brukt med 3 ml fyllevolum). Et volum på 0,5 ml av UVT-prøven må tilsettes et Q x fortynningsmiddelrør for penselprøver under behandlingen og har derfor ekstra stabilitetskrav. Stabilitetsinformasjon gis for hver prøvetype (tabell 1, 2A, 2B og 3). Innsamling av eksterne anogenitale penselprøver ved hjelp av BD ProbeTec Q x prøvetakingssett for endocervikale prøver eller lesjonsprøver til bruk med BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser MERK: Alle prøver må være tatt av pasienten av personer med riktig opplæring. 1. Åpne den indre Q x -penselpakken og kasser penselen med hvitt skaft. 2. Ta den rosa prøvepenselen ut av pakken. 3. Pensle basen på den eksponerte lesjonen med fast hånd for å absorbere eksudater og cellemateriale med den rosa penselen. 4. Ta korken av røret med Q x Sett den rosa prøvepenselen helt inn i røret med Q x Brekk skaftet på penselen ved merket. Utvis varsomhet for å unngå sprut. 7. Sett korken tett på røret. 8. Merk røret med pasientdata og dato/klokkeslett for prøvetaking. 9. Transporter til laboratoriet. Oppbevaring og transport av BD ProbeTec Q x lesjonspenselprøve Q x -penselen må oppbevares og transporteres til laboratoriet og/eller teststedet ved enten 2 30 C for testing innen 14 dager etter prøvetaking, eller ved -20 C for testing innenfor 120 dager etter prøvetaking. Tabell 1. Stabilitet i anogenitale lesjonsprøver tatt med BD Q x Swab Collection Kit BD ProbeTec Q x Collection Kit for endocervikale prøver eller lesjonsprøver Temperaturforhold for transport til teststed og oppbevaring Behandle prøven i henhold til bruksanvisningen 2 30 C -20 C 14 dager etter prøvetaking 120 dager etter prøvetaking Innsamling av eksterne anogenitale penselprøver ved hjelp av Universal Viral Transport (UVT) prøvetakingssett (eller likeverdig Copan prøvetakingssett) til bruk med BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser MERK: Alle prøver må være tatt av pasienten av personer med riktig opplæring. 1. Fjern korken fra transportmediet som følger med i transportsettet. 2. Eksponer basen på lesjonen. 3. Åpne penselpakken og kasser den andre penselen hvis den finnes (enten den andre penselen med plastskaftet eller penselen med metallskaft og minispiss) 4. Bruk bare én pensel med plastskaft og polyesterfiberspiss som leveres i UVT-transportsettet, pensle lesjonen grundig for å absorbere eksudater og cellemateriale ved basen av lesjonen. 5. Plasser straks penselen som er brukt til å innhente lesjonsprøver, i transportmediet. 6. Brekk penselskaftet ved å bøye det mot ampulleveggen jevnt ved den forhåndsmerkede linjen. 7. Sett på plass korken på ampullen og lukk godt igjen. 8. Merk ampullen med pasientdata og dato/klokkeslett for prøvetaking. 9. Transporter til laboratoriet. 4

5 Oppbevaring og transport av UVT-lesjonsprøve: Hvis UVT-prøven er innsamlet, oppbevart og transportert før overføring til Q x -, kan UVT-prøver oppbevares under forholdene i tabell 2A. Tabell 2A: Oppbevaring og transport av anogenitale lesjonsprøver innhentet med UVT-prøvetakingssett (3 ml fylleampulle med pensel med polyesterfiberspiss med plastskaft) Temperaturforhold for transport til teststed og oppbevaring Behandle prøven i henhold til bruksanvisningen UVT-prøver C 2 8 C -70 C Mål opp og forvarm innen 48 timer etter prøvetaking Mål opp og forvarm innen 14 dager etter prøvetaking Mål opp og forvarm innen 120 dager etter prøvetaking UVT-prøvematrise kan oppbevares og transporteres i UVT-ampullen innenfor følgende vilkår: Opptil 48 timer ved C, eller Opptil 14 dager ved 2 8 C, eller Opptil 120 dager ved -70 C. Når UVT-prøvene er målt opp i Q x- en, må prøvene forvarmes. MERK: Bruk rene hansker ved håndtering av anogenitale lesjonsprøver. Hvis hanskene kommer i kontakt med en prøve, bytt umiddelbart til nye hansker for å unngå kontaminering av andre prøver. 1. Alle UVT-prøver skal ha romtemperatur før de behandles. 2. Kontroller at UVT inneholder en pensel med hvitt skaft. 3. Ta bort et forhåndsfylt Q x penselfortynningsrør fra pakningen. 4. Merk det forhåndsfylte Q x penselfortynningsrøret med pasientidentifikasjon og dato/klokkeslett på UVT-prøven. 5. Vortex UVT-prøven i 5 10 s. 6. Ta bort den svarte gjennomhullbare korken fra det forhåndsfylte Q x penselfortynningsrøret. 7. Ta korken av transportflasken med UVT-prøven. Unngå berøring av penselen. Bruk en pipette, og overfør 0,5 ml med UVT-prøve til Q x penselfortynningsrøret med aseptisk teknikk. 8. Kasser pipetten. MERK: Pipetten skal bare brukes på én enkelt prøve. 9. Sett korken tett på Q x penselfortynningsrøret som inneholder 0,5 ml med UVT med den svarte gjennomhullbare korken og vend røret opp ned 3 4 ganger for å sikre at prøven og fortynningen er godt blandet. 10. Q x penselfortynningsrøret som inneholder 0,5 ml med UVT-prøve er klart til å forvarmes. 11. Sett korken på UVT-flasken igjen. Bruk oppsamlingskorken med penselen og oppbevar ved 2 8 C eller -70 C. 12. Skift hansker før du fortsetter, for å hindre kontaminering. 13. Gjenta trinn 1 10 for flere eksterne anogenitale UVT-lesjonsprøver. Oppbevaring og transport av UVT-prøver i Q x -: Hvis UVT-prøven er innsamlet og umiddelbart overført til Q x -, kan prøvene oppbevares under forholdene i tabell 2B før forvarmingsprosedyren. Tabell 2B. Oppbevaring og transport av anogenitale UVT-lesjonsprøver i Q x - Temperaturforhold for transport til teststed og oppbevaring Behandle prøven i henhold til bruksanvisningen UVT-prøver overført i Q x -: C 2 8 C -20 C Forvarm innen 24 t. etter oppmåling Forvarm innen 14 dager etter prøvetaking Forvarm innen 120 dager etter prøvetaking Prøvebehandlingsprosedyren for BD ProbeTec Herpes Simplex Viruses (HSV 1 og 2) Q x amplifisert DNA-analyse på BD Viper System i ekstraksjonsmodus. MERK: La alle prøvene tine fullstendig i romtemperatur og bland dem ved å vende dem opp ned før du fortsetter. 1. Kontroller at Q x -røret enten inneholder en pensel med rosa skaft eller inneholder UVT-prøver (diluent er rosaaktig/purpurfarget). Bekreft også at hvert rør har en svart, gjennomhullbar kork. 2. Ved hjelp av røroppsettrapporten setter du Q x -røret i riktig rekkefølge i BD Viper Lysing Rack og låser det på plass. 3. Gjenta trinn 1 og 2 for flere eksterne anogenitale lesjonspenselprøver. 4. Prøvene er nå klare til å forvarmes. 5. Skift hansker før du fortsetter, for å hindre kontaminering. KLARGJØRING TIL Kvalitetskontroll MERK: HSV 1 og 2 Q x positive og negative kontroller (dvs. analysekontroller) krever ikke tilførsel av væske av brukeren før innlasting i BD Viper Lysing Rack. Ikke rehydrer kontrollene før de settes i BD Viper Lysing Rack. 1. Ved hjelp av røroppsettrapporten setter du HSV Q x -positive kontroller i de riktige posisjonene i BD Viper Lysing Rack. 5

6 2. Ved hjelp av røroppsettrapporten setter du HSV Q x -negative kontroller i de riktige posisjonene i BD Viper Lysing Rack. 3. Kontroller og prøver er klare til forhåndsvarming. FORVARMINGSPROSEDYRE MERK: Forvarmingsprosedyren må anvendes én gang for alle prøver for å sikre at prøvematrisen er homogen før den settes i BD Viper System. Hvis prøvene ikke forvarmes, kan det ha en negativ virkning på egenskapene til BD ProbeTec HSV Q x -analysene og/eller BD Viper System. Prøver og behandlingskontroller (se Prøvebehandlingskontroller) må forvarmes, men forvarming av analysekontrollene er valgfritt. MERK: Nedkjølte eller frosne prøver må nå romtemperatur før forvarming. 1. Sett BD Viper Lysing Rack inn i BD Viper Lysing Heater. 2. Forhåndsoppvarm prøvene i 15 min. ved 114 C ± 2 C. 3. Fjern lyseringsracket fra lyseringsheateren, og la prøvene kjøles ned ved romtemperatur i minst 15 min. før de settes inn i BD Viper-instrumentet. 4. Se testprosedyren for testing av prøver og kontroller. 5. Etter forvarming kan prøver oppbevares frosne i 120 dager ved -20 C eller lagres i opptil 7 dager ved 2 30 C uten ytterligere forvarming før testing på BD Viper System. MERK: Frosne prøver må tines til romtemperatur før testing. Tabell 3. Stabilitet etter forvarming Temperaturforholdene for oppbevaring etter forvarmingstrinnet på BD Viper i samsvar med instruksjonene Prøvestabilitet etter forvarming 2 30 C -20 C Innen 7 dager etter forvarming Innen 120 dager etter forvarming TESTPROSEDYRE Se brukerhåndboken for BD Viper-instrumentet for spesifikke anvisninger om bruk og vedlikehold av systemkomponentene. Det optimale miljøforholdet for HSV Q x -analysene er C og % relativ luftfuktighet. Kvalitetskontroll Kvalitetskontroll må utføres i samsvar med gjeldende lokale og/eller nasjonale forskrifter eller godkjenningskrav og laboratoriets standardprosedyrer for kvalitetskontroll. Det anbefales at brukeren refererer til aktuelle CLSIretningslinjer og CLIA-regler for egnede kvalitetskontrollprosedyrer. Kontrollsettet for BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser leveres separat. En positiv og en negativ kontroll må inkluderes på hver plate og for hvert nytt reagenspartinummer (lot). Kontroller må plasseres i henhold til brukerhåndboken for BD Viper-instrumentet. HSV Q x positiv kontroll vil bare overvåke for alvorlig svikt i reagensene. HSV Q x negativ kontroll overvåker kontaminering av reagensene og/eller miljøet. HSV Q x positiv kontroll inneholder klonede HSV1- og HSV2-målområder. Disse kontrollene kan brukes til intern kvalitetskontroll, eller brukere kan utvikle sitt eget interne kvalitetskontrollmateriale. 13 Tilleggskontroller kan testes i henhold til retningslinjene eller kravene til lokale eller nasjonale godkjenningsinstanser. Se CLSI C24-A3 for mer rettledning om hensiktsmessig interne testmetoder for kvalitetskontroll. 13 Den positive kontrollen inneholder omtrent kopier per ml av phsv1 og kopier per ml av phsv2 lineære plasmider. Oligonukleotidet for ekstraksjonskontroll (EC) brukes til å bekrefte gyldigheten av ekstraksjonsprosessen. EC tørkes i ekstraksjonsrørene og rehydreres av BD Viper System ved tilsetning av prøven og ekstraksjonsreagensene. På slutten av ekstraksjonsprosessen overvåkes EC-fluorescensen av instrumentet, og en automatisert algoritme anvendes på både de EC- og HSV-spesifikke signalene for å rapportere prøveresultater som positive, negative eller med EC-svikt. Generell kvalitetskontrollinformasjon for BD Viper System Plasseringen til mikrobrønnene er vist i et fargekodet plateoppsettskjermbilde på LCD-skjermen. Pluss-symbolet (+) inni mikrobrønnen angir den positive kvalitetskontrollprøven. Minus-symbolet (-) inni mikrobrønnen angir den negative kvalitetskontrollprøven. Et kvalitetskontrollpar må loggføres for hvert reagenssetts partinummer (lot) og for hver plate som skal testes. For hver plate, hvis kvalitetskontrollprøver ikke er riktig loggført, vil det vises en meldingsboks som forhindrer racklagring og analysering før et kvalitetskontrollpar er lagt til. Maksimalt to kvalitetskontrollpar per rack er tillatt per analyse. Kjøre én plate på et BD Viper System: De to første posisjonene (A1 og B1) er reservert for henholdsvis den positive (A1) og den negative (B1) kontrollen. Den første tilgjengelige posisjonen for en pasientprøve er C1. Kjøre to plater på et BD Viper System: For plate én er de to første posisjonene (A1 og B1) reservert bare for den positive (A1) og den negative (B1) kjørekontrollen. Den første tilgjengelige posisjonen for en pasientprøve er C1. For plate to (full plate) er de to siste posisjonene (G12 og H12) reservert for henholdsvis den positive (G12) og den negative (H12) kontrollen. For plate to (delvis plate) tilordnes de siste to posisjonene etter den siste pasientprøven som henholdsvis den positive og den negative kontrollen. Se brukerhåndboken for BD Viper-instrumentet for mer informasjon. 6

7 MERKNADER: Forsøk ikke å hydrere kontrollene før de settes inn i BD Viper Lysing Rack. BD Viper System rehydrerer kontrollene mens analysen pågår. Annet kontrollmateriale kan legges til, forutsatt at det er loggført som prøver. Prøverackposisjon A1 må inneholde en HSV1 og 2 Q x positiv kontroll, og prøverackposisjon B1 må bare inneholde en HSV1 og 2 Q x negativ kontroll. Se brukerhåndboken for BD Viper-instrumentet for mer informasjon om plassering av kontroller i blandet batch-modus. Tolkning av kvalitetskontrollresultater HSV1 og HSV2 positiv kontroll og HSV1 og HSV2 negativ kontroll må teste henholdsvis positivt og negativt, for å kunne rapportere pasientresultater. Hvis de positive og negative kontrollene ikke oppfører seg som ventet, må kjøringen anses for ugyldig, og pasientresultatene blir ikke rapportert av instrumentet. Hvis noen av kontrollene ikke gir de forventede resultatene, må hele kjøringen gjentas med et nytt sett kontroller, nytt ekstraksjonsrør, nytt ekstraksjonsreagenskar, nytt lyseringskar og nye mikrobrønner. Hvis den gjentatte kvalitetskontrollen ikke gir de forventede resultatene, må du ta kontakt med den lokale BD-representanten. Se tabell 4 for tolkning av kvalitetskontrollresultater. Se brukerhåndboken for BD Viper-instrumentet for mer informasjon. Tabell 4. Tolkning av kvalitetskontrollresultater Kontrolltype Symbol for rapportering av rørresultat MaxRFU Kvalitets-kontrolldisposisjon HSV positiv kontroll OK 125 Kvalitetskontroll bestått HSV positiv kontroll <125 Kvalitetskontroll ikke bestått HSV positiv kontroll eller eller Enhver verdi Kvalitetskontroll ikke bestått HSV negativ kontroll OK <125 Kvalitetskontroll bestått HSV negativ kontroll 125 Kvalitetskontroll ikke bestått HSV negativ kontroll eller eller eller Enhver verdi Kvalitetskontroll ikke bestått = ikke bestått, = ekstraksjonsoverføringsfeil, = væskenivåfeil, = ekstraksjonskontrollfeil, = feil TOLKNING AV TESTRESULTATER BD ProbeTec HSV Q x amplifisert DNA-analyser bruker fluorescerende energioverføring som påvisningsmetode for å teste etter forekomsten av Herpes Simplex type 1 og 2 i kliniske prøver. Alle beregninger utføres automatisk av BD Viper-programvaren. Tilstedeværelsen eller fraværet av HSV1- eller HSV2-DNA fastslås ved å beregne toppfluorescensen (MaxRFU) i løpet av amplifiseringsprosessen og ved å sammenligne denne målingen med en forhåndsbestemt terskelverdi. Størrelsen på MaxRFU-verdien angir ikke organismenivået i prøven. Hvis det HSV1- eller HSV2-spesifikke signalet er likt eller større enn en terskel på 125 MaxRFU, ignorerer algoritmen EC-fluorescensen. Hvis det HSV1- eller HSV2-spesifikke signalet er mindre enn en terskel på 125 MaxRFU, benytter algoritmen ECfluorescensen i tolkningen av resultatet. Hvis resultatene fra analysekontrollen ikke er som forventet, vil ikke pasientresultatene rapporteres. Se avsnittet Kvalitetskontroll for forventede kontrollverdier. Rapporterte resultater bestemmes som følger i tabell 5, tolkning av testresultater for HSV1 og HSV2 Q x -analyser. 7

8 Tabell 5. Tolkning av testresultater for HSV1 og HSV2 Q x -analysene Tolkning av resultater for HSV Q x -analyser Rørrapporteringsresultat HSV Q x MaxRFU Rapport Tolkning Resultat 125 HSV-DNA påvist av SDA Positiv for HSV- DNA Positiv <125 HSV-DNA ikke påvist av SDA Negativ for HSV- DNA Negativ <125 Svikt i ekstraksjonskontroll. Gjenta test fra innledende prøverør eller skaff en ny prøve til testing. Ikke rapporterbart resultat Svikt i ekstraksjonskontroll Enhver verdi Enhver verdi Svikt i ekstraksjonsoverføring. Gjenta test fra innledende prøverør eller skaff en ny prøve til testing. Væskenivåsvikt. Gjenta test fra innledende prøverør eller skaff en ny prøve til testing. Ikke rapporterbart resultat Ikke rapporterbart resultat Svikt i ekstraksjonsoverføring Væskenivåsvikt Enhver verdi Feil. Gjenta test fra innledende prøverør eller skaff en ny prøve til testing. Ikke rapporterbart resultat Feil Prøvebehandlingskontroller Kontroller av prøveprosessen kan testes i samsvar med kravene fra de relevante godkjenningsmyndighetene. En positiv prøvebehandlingskontroll må teste hele analysesystemet. Til dette formålet kan kjente positive prøver fungere som kontroller ved at de behandles og testes sammen med ukjente prøver. Prøver som bare brukes som behandlingskontroller, må lagres, behandles og testes i samsvar med anvisningene i dette pakningsvedlegget (se Prøvetaking og transport). Prøvebehandlingskontroller kan også klargjøres i laboratoriet enten ved hjelp av kommersielt tilgjengelig AcroMetrix OptiQual HSV-1 (Kat.nr ) og AcroMetrix OptiQual HSV-2 (Kat. nr ) eller med Herpes Simplex virus 1 (ATCC VR-539) og Herpes Simplex virus 2 (ATCC VR-734) ved å følge prosedyren under. Prøver som vil bli brukt som prøvebehandlingskontroller, vil hver måtte logges inn som en prøve. AcroMetrix behandlingskontrollklargjøring MERK: Det anbefales å kontrollere at kontroller gir riktige resultater før de brukes som prøvebehandlingskontroller. 1. Tin opp en ampulle med AcroMetrix OptiQual HSV-1 DNA Control (nr ) og OptiQual HSV-2 DNA Control (nr ) 2. Tilsett 100 µl OptiQual HSV-1 and/or 100 µl of OptiQual HSV-2 Control i et rør med BD ProbeTec Q x - rør, og lukk godt med en svart kork som kan gjennomhulles. 3. Bland løsningen ved å virvle eller snu den. 4. Ved hjelp av røroppsettrapporten setter du behandlingskontrollprøven på plass i BD Viper Lysing Rack, logger den inn som en prøve, og låser på plass. 5. Behandle kontrollene i henhold til forvarmingsprosedyren og følg deretter testprosedyren. ATCC behandlingskontrollklargjøring Hvis en kjent positiv prøve ikke er tilgjengelig, kan et annen tilnærming være å analysere en standardkultur av Herpes Simplex virus 1 ATCC nr. VR-539 og Herpes Simplex virus 2 ATCC nr. VR- 734, klargjort som beskrevet nedenfor: 1. Tin en ampulle med hver av Herpes Simplex virus 1 og Herpes Simplex virus 2 mottatt fra ATCC. 2. Gjør i stand separate 10x serielle fortynninger for hvert virus til 10 3 fortynning (minst 4 ml endelig volum) i fosfatbufret saltvann (PBS). Det anbefales at fortynningen testes for å bekrefte at de riktige HSV1- og HSV2- resultatene er oppnådd, før de brukes som prøvebehandlingskontroller. 3. Hell 100 µl av en fortynning av HSV1 og 100 µl av en fortynning av HSV2 i et rør med BD ProbeTec Q x-, og lukk godt med en svart kork som kan gjennomhulles. 4. Bland løsningen ved å virvle eller snu den. 5. Ved hjelp av røroppsettrapporten setter du prøvebehandlingskontrollen på plass i BD Viper Lysing Rack, logger den inn som en prøve, og låser på plass. 6. Behandle kontrollene i henhold til forvarmingsprosedyren og følg deretter testprosedyren. Overvåkning av forekomst av DNA-kontaminering Minst en gang i måneden skal følgende testprosedyre gjennomføres for å overvåke arbeidsplassen og utstyret med henblikk på forekomst av DNA-kontaminering. Miljøovervåkning er avgjørende for å påvise kontaminering før det utvikler seg til et problem. 1. For hvert område som skal testes, må det brukes en ren rosa prøvetakingspensel fra BD ProbeTec Q x prøvetakingssett for endocervikale prøver eller lesjonsprøver. 2. Dypp den rosa prøvepenselen i røret med BD Q x-, og pensle det første området* med en bred, feiende bevegelse. 3. Sett den rosa prøvepenselen helt inn i røret med BD Q x Brekk skaftet på den rosa penselen ved merket. Utvis varsomhet for å unngå sprut. 5. Lukk røret godt med den svarte korken som kan gjennomhulles. 8

9 6. Gjenta for hvert område som skal testes. 7. Når alle penselprøver er tatt og behandlet i samsvar med forvarmingsprosedyren, følger du testprosedyren. *Anbefalte testområder omfatter: Instrumentdekk: deksler for pipettespisstasjon (2), rørbehandlingsstasjon: rørinnrettingsblokk og fast metallbase, dekkavfallsområde, primings- og varmingsheatere / transittstasjoner, ekstraksjonsblokk, plateforseglingsverktøy, spissutvekslingsstasjoner (2). Instrumentets utside: øvre dørhåndtak, nedre dørhåndtak, hurtigventil for avfallsvæske, LCD-skjerm (berøringsskjerm), tastatur/skanner, transittområde, låseplate og fast metallsokkel. Tilbehør: rørlåsedeksel, BD Viper Lysing Rack/bordsokkel, BD Viper Lysing Heater, mikrobrønnplater av metall, tidstaker, laboratoriebenkeflater. Hvis et område gir et positivt resultat eller hvis kontaminering mistenkes, må området rengjøres med 1 % (v/v) natriumhypokloritt. Sørg for at hele området vætes med løsningen, og la den forbli på overflaten i minst 2 minutter eller til den er tørr. Om nødvendig skal du fjerne overflødig rengjøringsløsning med et rent håndkle. Tørk av området med et rent håndkle gjennomfuktet i vann, og la overflaten tørke. Test området på nytt. Gjenta rengjøringsprosessen inntil et negativt resultat oppnås. Hvis kontamineringen ikke forsvinner, skal du kontakte den lokale BDrepresentanten for ytterligere informasjon. BEGRENSNINGER VED PROSEDYREN 1. Enheten er ikke beregnet for bruk med cerebrospinal væske (CSF), endocervikale prøver eller andre lesjoner enn klinisk innhentede eksterne anogenitale lesjonsprøver. 2. Optimale testresultater forutsetter adekvat prøveinnsamling, transport og håndtering. Se avsnittet Prøvetaking og transport i dette vedlegget. 3. Et negativt resultat utelukker ikke muligheten for infeksjon fordi testresultatene kan påvirkes av feil prøvetaking/ transport/håndtering (utilstrekkelig prøvetaking), tilstedeværelse av hemmer(e), teknisk feil, forbytting av prøver, samtidig antibiotikabehandling eller utilstrekkelig DNA for påvisning. 4. HSV-levedyktighet og/eller smitteevne kan ikke konkluderes fra et positivt testresultat, siden mål-dna kan vedvare når smittsomt virus ikke er til stede. 5. Som med mange diagnostiske tester skal resultatene av BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser tolkes i sammenheng med andre laboratoriemessige og kliniske data som er tilgjengelige for legen. 6. BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser gir kvalitative resultater. Ingen korrelasjon kan trekkes mellom størrelsen på det positive analysesignalet (MaxRFU) og mengden av virus i en infisert prøve. 7. Den prediktive verdien av en analyse avhenger av prevalensen av sykdommen i en bestemt befolkning. Se Tabell 7 for hypotetiske prediktive verdier ved testing av forskjellige populasjoner. 8. Siden den positive kontrollen for BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser brukes ved testing for både HSV1 og HSV2, er riktig posisjonering av mikrobrønnstrimlene viktig for rapporteringen av sluttresultatene. 9. Bruk av BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser skal begrenses til personale som har opplæring i analyseprosedyrene og BD Viper System. 10. Reproduserbarheten til BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser ble etablert ved hjelp av utsådd Q x - og for å simulere begge prøvetypene anbefalt for disse analysene. Se tabellene 16A-16D for reproduserbarhetsresultater. 11. Analyseegenskapene for BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser er ikke evaluert med prøver fra pasienter på under 17 år. 12. Denne testen påviser og differensierer bare mellom HSV1 og HSV2. Den påviser eller differensierer ikke noen andre typer av herpesvirus. 13. Det finnes en risiko for falske negative resultater på grunn av forekomsten av sekvensvarianter i målene for analysen, prosedyrefeil, amplifikasjonshemmere i prøvene eller antall organismer under påkrevd grense for analysene. FORVENTEDE RESULTATER A. Prevalens Den observerte prevalensen under en kliniske multisenterstudie (februar 2010 august 2010) for anogenitale lesjonsprøver ble estimert ved å bruke BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser. Prevalensen for HSV1 for prøver var 13,2 % (66/501) og for Q x -prøver var 14,3 % (71/497). Prevalensen for HSV2 for prøver var 47,3 % (237/501) og for Q x -prøver var 49,4 % (246/498). Tabell 6 viser et sammendrag av antallet positive resultater og totalt antall prøver for hver analyse og prøvetype etter subjektets alder. 9

10 Tabell 6. HSV Q x analysedistribusjon etter aldersgruppe. Alle kliniske steder. Alder HSV1 Q x - positiv HSV2 Q x - positiv Totalt antall prøver 10 Prøvetype HSV1 Q x - positiv Q x - HSV2 Q x - positiv Totalt antall prøver 18 til 25 år 48 (18,5 %)* 115 (44,4 %) (19,0 %) 120 (46,5 %) til 30 år 11 (10,1 %) 55 (50,5 %) (11,1 %) 56 (51,9 %) til 35 år 3 (5,3 %) 31 (54,4 %) 57 5 (8,8 %) 32 (56,1 %) til 40 år 4 (16,0 %) 13 (52,0 %) 25 4 (16,0 %) 13 (52,0 %) til 45 år 0 8 (40,0 %) (50,0 %) til 50 år 0 6 (37,5 %) 16 1 (6,7 %) 6 (40,0 %) til 55 år 0 6 (66,7 %) (66,7 %) 9 56 til 60 år 0 1 (33,3 %) (33,3 %) 3 61 til 65 år til 70 år 0 2 (100,0 %) (100,0 %) 2 Totalt **,*** Prevalens 13,2 % 47,3 % NA 14,3 % 49,4 % NA * Prosentandeler for en bestemt alder ble beregnet ut fra antall positive (HSV1 eller HSV2) for det aldersområdet og det totale antall prøver for det aldersområdet. ** Av de 501 evaluerbare subjektene var tre ikke-kompatible Q x -prøver ikke tilgjengelige for HSV1- og HSV2-dataanalyse. De var ikke-kompatible på grunn av utilstrekkelig volum, oppmålingsfeil eller prøvetakingsfeil. *** Én Q x -prøve resulterte i en HSV1-ekstraksjonsfeil på BD Viper System, og det ga totalt 497 HSV1- resultater for denne prøvetypen. B. Positiv og negativ prediktiv verdi Hypotetiske positive og negative prediktive verdier (PPV og NPV) for HSV1 og HSV2 Q x -analysene vises i tabell 7. Disse beregningene er basert på hypotetisk prevalens og samlet sensitivitet og spesifisitet per prøvetype som bestemt i det kliniske forsøket. For HSV1 Q x -analysen er disse beregningene basert på en samlet sensitivitet og spesifisitet på henholdsvis 96,8 % og 97,6 % for og henholdsvis 96,7 % og 95,1 % i Q x -. For HSV2 Q x -analysen er hypotetisk PPV og NPV basert på en samlet sensitivitet og spesifisitet på henholdsvis 98,4 % og 83,7 % for og henholdsvis 98,4 % og 80,6 % i Q x -. PPV ble beregnet ved hjelp av: (Sensitivitet x Prevalens) / (Sensitivitet x Prevalens + [1 Spesifisitet] x [1 Prevalens]). NPV ble beregnet ved hjelp av: (Spesifisitet x [1 Prevalens]) / ([1 Sensitivitet] x Prevalens + Spesifisitet x [1 Prevalens]). Tabell 7: Prevalens vs hypotetiske prediktive verdier for HSV Q x -analyser Prevalens (%) Q x - HSV1 HSV2 HSV1 HSV2 PPV (%) NPV (%) PPV (%) NPV (%) PPV (%) NPV (%) PPV (%) NPV (%) 2 45,1 99,9 11,0 100,0 28,7 99,9 9,4 100,0 5 68,0 99,8 24,1 99,9 50,9 99,8 21,1 99, ,8 99,6 40,1 99,8 68,7 99,6 36,0 99, ,0 99,2 60,1 99,5 83,1 99,1 55,9 99, ,5 98,6 72,1 99,2 89,4 98,5 68,5 99, ,4 97,9 80,1 98,7 92,9 97,7 77,2 98, ,6 96,8 85,8 98,1 95,2 96,6 83,5 98,1 EGENSKAPER VED UTFØRELSEN Penselprøver fra eksterne anogenitale lesjoner ble innsamlet fra 564 samtykkende mannlige og kvinnelige pasienter som gikk til klinikker for familieplanlegging, OB/GYN og seksuelt overførte sykdommer ved ni geografisk ulike kliniske steder i Nord-Amerika. Pasientene ble klassifisert som symptomatiske hvis de viste en ekstern anogenital lesjon som oppfylte studiens inklusjons-/eksklusionskriterier og legen mistenkte en herpesinfeksjon. Femtiseks pasienter ble ekskludert fra dataanalysen på grunn av overtrådte alderskrav, antibiotikabehandling i de siste 21 dagene, valgfri uttrekking av studien etter innledende samtykke, transportfeil, problemer med informert samtykke, pasientene oppfylte ikke studiens inklusjons-/eksklusionskriterier, prøvetakingsfeil, forsendelsesfeil eller feil ved merking. Den endelige dataanalysen omfattet derfor 508 samtykkende pasienter.

11 For hver av de 508 samtykkende pasientene ble det tatt to penselprøver fra den eksterne anogenitale lesjonen. Den første prøven som ble tatt, var alltid Universal Viral Transport-prøven fulgt av BD ProbeTec Q x prøvetakingssett for endocervikale prøver eller lesjonsprøver (Q x -prøve). UVT ble målt opp i en rør med Q x - (UVT i Q x -), og en cryo-ampulle (ampulle som egner seg for oppbevaring ved -70 C), og resterende UVT ble sendt til ett av to laboratorier for viralkultur og typing. Q x -prøvene og prøvene ble transportert til ett av tre BD Viper-testlaboratorier der de ble testet ved hjelp av BD ProbeTec HSV1 og HSV2 Q x -analyser på BD Viper System. Cryo-ampullen som inneholdt UVT-alikvoten, ble sendt til et laboratorium for PCRtesting. Alle sensitivitets- og spesifisitetsberegninger var basert på det totale antallet BD ProbeTec HSV1 and HSV2 Q x - analyseresultater for Q x -- og prøver, og sammenlignet med kommersielt tilgjengelig viralkultur og typingprosedyre som referansemetoden. En PCR-metode ble også brukt til analyse av avvikende resultater fra BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser og referansekulturmetoden. Lesjonen ble betraktet som positiv for HSV1 hvis referanseviralkulturen var positiv for HSV og ble typebestemt som HSV1. Lesjonen ble betraktet som negativ for HSV1 hvis referanseviralkulturen var negativ for HSV. Det var totalt syv pasienter som ikke kunne skaffe et typingresultat for referanseviralkulturen. Det ga 501 evaluerbare pasienter. Av de 501 pasientene med et typingresultat for referanseviralkulturen var 189 positive for HSV2. Viralkultur/typingsystem kan ikke påvise HSV1 i prøver som er positive for HSV2 og derfor ble de 189 HSV2-positive prøvene ikke inkludert i analysen av HSV1-ytelse. Det var tre ikke-kompatible Q x -prøver på grunn av utilstrekkelig volum, oppmålingsfeil eller prøvetakingsfeil og én som førte til en HSV1 ekstraksjonskontrollfeil og som ikke var tilgjengelig for HSV1-analyse. De gjenværende prøvene, 312 prøver og 308 Q x -prøver, med BD ProbeTec HSV1 Q x -analyseresultater og et referanseviralkulturresultat var tilgjengelig for å beregne sensitivitet og spesifisitet. Sensitivitet og spesifisitet etter prøvetype for HSV1 Q x -analysen presenteres i tabell 8A. Lesjonen ble betraktet som positiv for HSV2 hvis referanseviralkulturen var positiv for HSV og ble typebestemt som HSV2. Pasientene ble betraktet som negative for HSV2 hvis referanseviralkulturen var negativ for HSV eller referanseviralkulturen var positiv for HSV og ble typebestemt som HSV1. Det var totalt syv pasienter som ikke kunne skaffe et typingresultat for referanseviralkulturen. Det ga 501 evaluerbare pasienter. Det var tre ikke-kompatible Q x - prøver på grunn av utilstrekkelig volum, oppmålingsfeil eller prøvetakingsfeil. De gjenværende prøvene, 501 prøver og 498 Q x -prøver, med BD ProbeTec HSV2 Q x -analyseresultater og et referanseviralkulturresultat var tilgjengelig for å beregne sensitivitet og spesifisitet. Sensitivitet og spesifisitet etter prøvetype for HSV2 Q x -analysen presenteres i tabell 8B. Tabellene 12A og 12B oppsummerer antall resultater fra pasienter utpekt av viralkultur som positive eller negative for HSV1 eller positive eller negative for HSV2 etter lesjonsstadium. MERK: I avsnittet Tolkning av tabeller (på slutten av vedlegget) finner du en forklaring av symboler og forkortelser brukt i tabellene. Tabell 8A: HSV1 Q x -analyseresultater sammenlignet med viralkultur (etter prøvetype) Ytelse sammenlignet med viralkultur Prøvetype n A Sensitivitet 95 % K.I. Spesifisitet 95 % K.I ,8 % (60/62) C (88,8 % 99,6 %) 97,6 % (244/250) D (94,8 % 99,1 %) Q x B 96,7 % (59/61) C (88,7 % 99,6 %) 95,1 % (235/247) E (91,7 % 97,5 %) A Referanseviralkulturen brukt i denne studien kunne ikke påvise noen co-infiserte prøver. Bare hvis prøven er negativ for HSV2, blir den typebestemt for HSV1. Derfor er antall prøver brukt til HSV1-analyse likt antall prøver med et referanseviralkulturresultat for typebestemmelse (501) minus antall prøver positive for HSV2 ved referansemetoden (189). B Et totalt antall på fire Q x -prøver ble ikke inkludert i HSV1-analysen på grunn av utilstrekkelig volum, oppmålingsfeil eller ekstraksjonsfeil. C Begge pasientene som ble identifisert som positive for HSV1 med viralkultur, var negative for HSV1 med HSV1 Q x - analyse og PCR. Både HSV Q x -analysene og PCR-analysen identifiserte pasientene som positive for HSV2. D Det var seks prøvene som ble identifisert som negative for HSV1 med viralkultur, men var positive for begge HSV1 Q x. Analyse og PCR-analyse. E Det var tolv Q x -prøver som ble identifisert som negative for HSV1 med viralkultur, men var positive med HSV1 Q x -analysene. Syv av disse prøvene var også positive med PCR-analysen. Tabell 8B: HSV2 Q x -analyseresultater sammenlignet med viralkultur (etter prøvetype) Ytelse sammenlignet med viralkultur Prøvetype n Sensitivitet 95 % K.I. Spesifisitet 95 % K.I ,4 % (186/189) F (95,4 % 99,7 %) 83,7 % (261/312) G,I (79,1 % 87,6 %) Q x ,4 % (186/189) F (95,4 % 99,7 %) 80,6 % (249/309) H,I (75,7 % 84,8 %) F Alle tre pasientene som ble identifisert som positive for HSV2 med viralkultur, var negative for HSV2 både med HSV2 Q x -analyse og PCR-analysen. Både HSV Q x -analysene og PCR-analysene identifiserte alle tre pasientene som positive for HSV1. G 46 av de 51 HSV2 prøvene var positive, og viralkulturnegative var positive for HSV2 med PCR. H 49 av de 60 HSV2 positive og viralkulturnegative var positive for HSV2 med PCR I Påvisning av nukleinsyre av PCR- og HSV2 Q x -analysen i prøver som var kulturnegative, kunne indikere påvisning av ikke-levedyktige viralpartikler. 11

12 Tabell 9A: HSV1 Q x -analyseresultater sammenlignet med referanseviralkultur (etter klinisk sted) Ytelse sammenlignet med viralkultur Prøvetype Q x - Klinisk sted n Sensitivitet 95 % K.I. Spesifisitet 95 % K.I ,0 % (6/6) (54,1 % 100,0 %) 97,7 % (42/43) (87,7 % 99,9 %) ,0 % (6/6) (54,1 % 100,0 %) 100,0 % (29/29) (88,1 % 100,0 %) 3 21 N/A N/A 100,0 % (21/21) (83,9 % 100,0 %) ,0 % (3/3) (29,2 % 100,0 %) 100,0 % (7/7) (59,0 % 100,0 %) ,7 % (2/3) (9,4 % 99,2 %) 96,4 % (27/28) (81,7 % 99,9 %) ,0 % (2/2) (15,8 % 100,0 %) 100,0 % (10/10) (69,2 % 100,0 %) ,1 % (16/17) (71,3 % 99,9 %) 96,9 % (62/64) (89,2 % 99,6 %) ,0 % (13/13) (75,3 % 100,0 %) 95,7 % (22/23) (78,1 % 99,9 %) ,0 % (12/12) (73,5 % 100,0 %) 96,0 % (24/25) (79,6 % 99,9 %) ,0 % (6/6) (54,1 % 100,0 %) 97,7 % (42/43) (87,7 % 99,9 %) ,0 % (6/6) (54,1 % 100,0 %) 100,0 % (29/29) (88,1 % 100,0 %) 3 20 N/A N/A 95,0 % (19/20) (75,1 % 99,9 %) ,0 % (3/3) (29,2 % 100,0 %) 100,0 % (7/7) (59,0 % 100,0 %) ,7 % (2/3) (9,4 % 99,2 %) 96,4 % (27/28) (81,7 % 99,9 %) ,0 % (2/2) (15,8 % 100,0 %) 100,0 % (10/10) (69,2 % 100,0 %) ,8 % (15/16) (69,8 % 99,8 %) 93,8 % (60/64) (84,8 % 98,3 %) ,0 % (13/13) (75,3 % 100,0 %) 95,5 % (21/22) (77,2 % 99,9 %) ,0 % (12/12) (73,5 % 100,0 %) 83,3 % (20/24) (62,6 % 95,3 %) Tabell 9B: HSV2 Q x -analyseresultater sammenlignet med referanseviralkultur (etter klinisk sted) Ytelse sammenlignet med viralkultur Prøvetype Q x - Klinisk sted n Sensitivitet 95 % K.I. Spesifisitet 95 % K.I ,0 % (26/26) (86,8 % 100,0 %) 87,8 % (43/49) (75,2 % 95,4 %) ,0 % (35/35) (90,0 % 100,0 %) 60,0 % (21/35) (42,1 % 76,1 %) ,0 % (12/12) (73,5 % 100,0 %) 76,2 % (16/21) (52,8 % 91,8 %) ,0 % (3/3) (29,2 % 100,0 %) 80,0 % (8/10) (44,4 % 97,5 %) ,0 % (30/30) (88,4 % 100,0 %) 80,6 % (25/31) (62,5 % 92,5 %) ,0 % (5/5) (47,8 % 100,0 %) 91,7 % (11/12) (61,5 % 99,8 %) ,7 % (44/46) (85,2 % 99,5 %) 86,4 % (70/81) (77,0 % 93,0 %) ,5 % (21/22) (77,2 % 99,9 %) 88,9 % (32/36) (73,9 % 96,9 %) ,0 % (10/10) (69,2 % 100,0 %) 94,6 % (35/37) (81,8 % 99,3 %) ,0 % (26/26) (86,8 % 100,0 %) 81,6 % (40/49) (68,0 % 91,2 %) ,0 % (35/35) (90,0 % 100,0 %) 60,0 % (21/35) (42,1 % 76,1 %) ,0 % (12/12) (73,5 % 100,0 %) 70,0 % (14/20) (45,7 % 88,1 %) ,0 % (3/3) (29,2 % 100,0 %) 80,0 % (8/10) (44,4 % 97,5 %) ,0 % (30/30) (88,4 % 100,0 %) 80,6 % (25/31) (62,5 % 92,5 %) ,0 % (5/5) (47,8 % 100,0 %) 83,3 % (10/12) (51,6 % 97,9 %) ,7 % (44/46) (85,2 % 99,5 %) 83,8 % (67/80) (73,8 % 91,1 %) ,5 % (21/22) (77,2 % 99,9 %) 88,6 % (31/35) (73,3 % 96,8 %) ,0 % (10/10) (69,2 % 100,0 %) 89,2 % (33/37) (74,6 % 97,0 %) 12

13 C. MaxRFU-frekvensdistribusjon Totalt 620 HSV1 Q x -analyseresultater ble evaluert ved ni geografisk ulike kliniske steder. En frekvensdistribusjon for de innledende MaxRFU-verdiene for HSV1 Q x -analysen vises på figur A og på figur B. Distribusjonen av MaxRFU-verdier fra HSV1 Q x sant positive (TP), sant negative (TN), falskt positive (FP) og falskt negative (FN) prøver (dvs. fra prøvene som ga resultater som ikke stemte overens med viralkulturreferansen) vises i tabell 10A. Figur A: Frekvensdistribusjon av MaxRFU for HSV1 Q x -analysen, Figur B: Frekvensdistribusjon av MaxRFU for HSV1 Q x -analysen, Q x - 13

14 Tabell 10A: HSV1 Q x MaxRFU-områder for falske negative, falske positive, sanne negative og sanne positive resultater FN FP TN TP MaxRFU-område J Totalt n Q x Q x Q x Q x J Enhver MaxRFU-verdi under 125 betraktes som negativ for HSV1 mens MaxRFU-verdier 125 betraktes som positive for HSV1 Totalt 999 HSV2 Q x -analyseresultater ble evaluert fra ni geografisk ulike kliniske steder. En frekvensdistribusjon for de innledende MaxRFU-verdiene for HSV2 Q x -analysen vises på figur C og på figur D. Distribusjonen av MaxRFU-verdier fra HSV2 Q x sant positive, sant negative, falskt positive og falskt negative prøver (dvs. fra prøvene som ga resultater som ikke stemte overens med viralkulturreferansen) vises i tabell 10B. Figur C: Frekvensdistribusjon av MaxRFU for HSV2 Q x -analysen, 14

15 Figur D: Frekvensdistribusjon av MaxRFU for HSV2 Q x -analysen, Q x - Tabell 10B: HSV2 Q x MaxRFU-områder for falske negative, falske positive, sanne negative og sanne positive resultater FN FP TN TP MaxRFU-område K Totalt n Q x Q x Q x Q x K Enhver MaxRFU-verdi under 125 betraktes som negativ for HSV2 mens MaxRFU-verdier 125 betraktes som positive for HSV2 D. Co-infeksjon To pasienter i den kliniske multisenterstudien ble påvist som co-infisert (positive for både HSV1 og HSV2) i hver prøvetype med HSV1- og HSV2 Q x -analysene. Referanseviralkultursystemet, som ikke kan påvise co-infeksjoner, identifiserte hver pasient som bare HSV2-positiv, mens PCR identifiserte hver pasient som co-infisert med HSV1 og HSV2. E. Kontroller Under den kliniske evalueringen oppstod det ingen feil under den positive HSV1 eller HSV2 Q x -kontrollen i 122 HSV1/HSV2 Q x -platekjøringer. For den negative HSV1/HSV2 Q x -kontrollen var det ingen negative HSV1 eller HSV2 Q x -kontrollfeil i 122 HSV1/HSV2 Q x -platekjøringer. MaxRFU-verdiene som ble observert i de kliniske testene under de positive og negative HSV1/HSV2 Q x -kontrollene, vises i tabell 11. Tabell 11. HSV Q x -analysekontrollinformasjon 15 MaxRFU Kontroll n Område 5. persentil Gj.snitt Median 95. persentil HSV1 Q x negativ kontroll HSV1 Q x positiv kontroll HSV2 Q x negativ kontroll HSV2 Q x positiv kontroll

16 Tabell 12A: Analyse av positive/negative HSV1-prøver fra pasienter sammenlignet med viralkulturbaserte prøver på lesjonsstadiet HSV1 Viralkultur Lesjonsstadium PCR Q x - Menn Kvinner Totalt Pustel P P P Vesikkel P P P P Ulcus P P P Ulcus P P N/A L Ulcus N N N Totalt viralkultur positiv Pustel P P P Pustel N N N Pustel N N EC Pustel N N N/A Pustel N/A N N Vesikkel N N P N Vesikkel N N N Ulcus P P P Ulcus P N P Ulcus N N P Ulcus N N N Ulcus N N N/A Annet M P P P Annet N N N Totalt viralkultur negativ Totalt viralkulturresultater L N/A = Ikke tilgjengelig M Annet = lesjonsprøver som ikke kunne kjennetegnes av de typiske HSV-stadiene (vesikkel, pustel eller ulcus). 16

17 Tabell 12B: Analyse av positive/negative HSV2-prøver fra pasienter sammenlignet med viralkulturbaserte prøver på lesjonsstadiet HSV2 Viralkultur Lesjonsstadium PCR Q x - Menn Kvinner Totalt Pustel P P P Vesikkel P P P P Ulcus P P P Ulcus N N N Ulcus N/A N P P Annet O P P P Totalt viralkultur positiv Pustel P P P Pustel N N N Pustel N N N/A Pustel N/A N N Vesikkel P P P Vesikkel N N P Vesikkel N N N Ulcus P P P Ulcus P N P N Ulcus P N N N N/A = Ikke tilgjengelig Ulcus N P P Ulcus N P N Ulcus N N P Ulcus N N N Ulcus N N N/A Annet P P P Annet N P P Annet N N P Annet N N N Totalt viralkultur negativ Totalt viralkulturresultater P O Annet = lesjonsprøver som ikke kunne kjennetegnes av de typiske HSV-stadiene (vesikkel, pustel eller ulcus). P Antallet inkluderer ikke de 7 pasientene som var HSV-positive, men som ikke kunne typebestemmes. Analytisk sensitivitet for HSV 1 og 2 Q x -analysene Den analytiske sensitiviteten (påvisningsgrense eller LOD) for hver av BD ProbeTec HSV Q x -analysene ble bestemt ved å tynne ut HSV1-stamme VR-539 og HSV2-stramme VR-734 i en representativ matrise ved å variere konsentrasjonen av virale partikler for å skape et LOD-panel bestående av seks målnivåer. Labial penselmatrise ble valgt som representativ, siden den var den mest utfordrende matrisen for HSV Q x -analysene. Data ble generert for hvert målnivå (n = 66 til 72 per nivå), og resulterende MaxRFU-verdier ble analysert for å bestemme andelen positive verdier på hvert nivå. Andelen positive verdier ble brukt til å generere positivitetskurver for måltitrering. Ut fra disse ble 95 % LOD beregnet. LOD for UVT-prøvetype svarer til nivået for HSV i UVT før fortynning 1:4 med Q x -. Følgelig vil LOD for UVT-prøver være høyere enn LOD for Q x -prøve. HSV Type 1 Påvisningsgrensene (LOD-ene) for HSV1 Q x -analysen med humant herpesvirus type 1 stamme VR-539 in Q x - og UVT-prøver som er ekstrahert på BD Viper System, ble fastslått å være 23 viralpartikler per ml for Q x -diluent, og 85 viralpartikler per ml UVT. Disse LOD-ene, konvertert til TCID 50 /ml, presenteres også (se tabell 13A). LOD-ene for HSV1 Q x -analysen på BD Viper System for HSV1-stamme VR-260, VR-733 og VR-735 var også bestemt både for Q x - og UVT (se tabell 13B). 17

18 Tabell 13A: LOD for HSV1-stamme VR-539 (i representativ matrise) Medium LOD (vp/ml) LOD (TCID 50 /ml) Q x BD UVT Tabell 13B: LOD for HSV1 ekstra stammer (i rent medium) HSV1-stamme Medium LOD (vp/ml) VR-260 VR-733 VR-735 Q x - 6 BD UVT 110 Q x - 14 BD UVT 185 Q x - 14 BD UVT 130 HSV type 2 Påvisningsgrensene (LOD-ene) for HSV1 Q x -analysen med humant herpesvirus type 1 stamme VR-539 i BD Q x - og UVT-prøver som er ekstrahert på BD Viper System, ble fastslått å være 23 viralpartikler per ml for Q x -diluent, og 85 viralpartikler per ml UVT. Disse LOD-ene, konvertert til TCID 50 /ml, presenteres også (se tabell 13C). LOD-ene for HSV2 Q x -analysen på BD Viper System for HSV2-stamme VR-540 ble også bestemt både i Q x - og UVT (se tabell 13D). Tabell 13C: LOD for HSV2-stamme VR-734 (i representativ matrise) Medium LOD (vp/ml) LOD (TCID 50 /ml) Q x BD UVT Tabell 13D: LOD for HSV2 ekstra stammer (i rent medium) HSV2-stamme Medium LOD (vp/ml) VR-540 Q x - 34 BD UVT

19 Analytisk spesifisitet for HSV 1 og 2 Q x -analyser DNA fra 57 organismer oppført i tabell 14 ble ekstrahert på BD Viper System og testet med BD ProbeTec HSV Q x amplifiserte DNA-analyser. Alle potensielt kryssreaktive arter ble testet ved omtrent 1x10 8 kolonidannende enheter/ ml for bakterier og gjær eller 1x10 6 plakkdannende enheter/ml eller større for virus, unntatt der det er angitt. HSV Q x -analysen kryssreagerte ikke med noen av de testede organismene. Tabell 14: Mulige kryssreagerende mikroorganismer Actinomyces israelii Adenovirus Alcaligenes faecalis Candida albicans Chlamydia trachomatis serovar H Chlamydia trachomatis serovar LGV-2 Clostridium perfringens Corynebacterium genitalium Cryptococcus neoformans HHV-5 Cytomegalovirus (CMV) Q Enterobacter cloacae Enterococcus faecalis Enterococcus faecium Enterovirus (Echovirus 11) Q HHV-4 Epstein Barr-virus R Escherichia coli (stamme K1) Gardnerella vaginalis Gemella haemolysans Haemophilus ducreyi Haemophilus influenzae Hepatitt B-virus Q HHV-6 (Roseolovirus) Q HHV-6B (Roseolovirus) Q HHV-7 (Roseolovirus) Q HHV-8 (Rhadinovirus) Q Humant immunsviktvirus 1 (HIV-1) R Humant papillomavirus 16 Q Humant papillomavirus 18 Q Kingella kingae Klebsiella pneumoniae Lactobacillus acidophilus Listeria monocytogenes Mobiluncus mulieris Moraxella lacunata Mycobacterium tuberculosis Q Mycoplasma genitalium Neisseria gonorrhoeae Neisseria meningitidis Propionibacterium acnes Proteus vulgaris Pseudomonas aeruginosa Staphylococcus aureus Staphylococcus epidermidis Staphylococcus saprophyticus Streptococcus agalactiae Streptococcus mitis Streptococcus pneumoniae Streptococcus pyogenes Treponema pallidum Trichomonas vaginalis Varicella-Zoster-virus (HHV-3) Q Veillonella parvula Humant immunsviktvirus 2 (HIV-2) R Herpesvirus type 1 (HSV1) R * Humant papillomavirus 6 Q Herpesvirus type 2 (HSV2) R ** Humant papillomavirus 11 Q Q Genomisk DNA testet ved 1x10 6 DNA-kopier/mL R Vira ble testet ved en konsentrasjon på 1 x 10 8 viruspartikler/ml. * Testet som kryssreaktivt bare i HSV2 Q x -analysen ** Testet som kryssreaktivt bare i HSV1 Q x -analysen 19

20 HSV Q x -forstyrrende stoffer Utførelsen til BD ProbeTec HSV Q x -analysen på BD Viper System i ekstraksjonsmodus ble evaluert ved forekomst av mulige forstyrrende stoffer som kan oppdages i BD Q x -- og UVT-prøver. Mulige forstyrrende stoffer ble tilsatt i Q x -- og UVT-prøvermatriser, både ved tilstedeværelse og fravær av HSV1 og HSV2 (69 HSV1 vp/ml og 252 vp/ml HSV2 i Q x -matrise, og 255 HSV1 vp/ml og 1905 vp/ml HSV2 i UVT penselmatrise). Disse nivåene er tre ganger grensene for påvisning (LOD). Resultatene er oppsummert i tabell 15. Tabell 15: HSV Q x -analyser, potensielt forstyrrende stoffer Tolkning Q x - UVT Ingen forstyrrelse observert på oppførte nivåer Kan føre til svikt i ekstraksjonskontroll (EC) Kan forårsake falskt negative resultater Blod (2,5 % v/v) Sædvæske (2,5 % v/v) Slim (2,5 % v/v) Feces (2,5 % v/v) Urin (2,5 % v/v) Maisstivelse (2,5 %) Reseptfrie vaginale produkter og prevensjonsmidler (2,5 % v/v) Reseptfrie munnsårprodukter (2,5 % v/v) Hemorroidekrem (2,5 % v/v) Vaginale behandlinger på resept og antibiotikabehandling (2,5 % v/v) Leukocytter (1x10 6 celler/ml) 1x10 6 viralpartikler/ml HSV1 (når testet i HSV2 Q x -analyse) 1x10 6 viralpartikler/ml HSV2 (når testet i HSV1 Q x -analyse) Ikke relevant Ikke relevant 20 Blod (3,3 % v/v) Sædvæske (3,3 % v/v) Slim (3,3 % v/v) Feces (3,3 % v/v) Urin (3,3 % v/v) Maisstivelse (3,3 %) Reseptfrie vaginale produkter og prevensjonsmidler (3,3 % v/v) Reseptfrie munnsårprodukter (3,3 % v/v) Hemorroidekrem (3,3 % v/v) Vaginale behandlinger på resept og antibiotikabehandling (3,3 % v/v) Leukocytter (1x10 6 celler/ml) 1x10 6 viralpartikler/ml HSV1 (når testet i HSV2 Q x -analyse) 1x10 6 viralpartikler/ml HSV2 (når testet i HSV1 Q x -analyse) Ikke relevant Ikke relevant Prøvestabilitet for BD Q x - Ansamlinger med HSV1- og HSV2-negativ labial penselprøvematrise ble brukt i analytiske eksperimenter for å støtte oppbevarings- og transportstabiliteten for Q x penselprøver fra lesjoner. Ansamlinger med penselprøvematrise ble tilsatt HSV1-stamme VR-539 og HSV2-stamme VR-734 ved henholdsvis 69 og 252 vp/ml. Disse nivåene er tre ganger grensene for påvisning (LOD). Ansamlingene ble dispensert i 2 ml volumer i BD Q x -rør for å simulere lesjonspenselprøver og oppbevart under følgende betingelser: 2 8 C i 7, 14 og 30 dager; 30 C i 7, 14 og 30 dager; og -20 C i 30, 60 og 180 dager. På hvert tidspunkt ble prøver tatt ut av oppbevaring og testet med BD ProbeTec HSV Q x -analysene på BD Viper System i ekstraksjonsmodus. Tjuefire analysereplikater ble generert for hvert forhold (prøvetype/temperatur/varighet). De forventede resultatene ble oppnådd med HSV Q x -analysene under alle de testede forholdene. Stabilitet for UVT-penselprøver Ansamlinger med HSV1- og HSV2-negativ labial penselprøvematrise ble brukt i analytiske eksperimenter for å støtte oppbevarings- og transportstabiliteten for Q x UVT-prøver fra lesjoner. Ansamlinger med labial UVT-penselprøvematrise ble tilsatt HSV1-stamme VR-539 og HSV2-stamme VR-734 for å oppnå henholdsvis 255 og 1905 vp/ml. Disse nivåene er tre ganger grensene for påvisning (LOD). Ansamlingene ble lagret som fersk (ufortynnet) UVT for å simulere lesjonspenselprøver under følgende betingelser: 2 8 C i 2, 4, 7 og 14 dager; 25 C i 24 og 48 timer og ved -70 C i 30, 60 og 120 dager. På hvert tidspunkt ble ansamlinger tatt ut av oppbevaring og 0,5 ml volum ble tilsatt Q x - rørene og testet med BD ProbeTec HSV Q x -analysene på BD Viper System i ekstraksjonsmodus. Tjuefire analysereplikater ble generert for hvert forhold (prøvetype/temperatur/varighet). De forventede resultatene ble oppnådd med HSV Q x -analysene under alle de testede forholdene. Prøvestabilitet for Ansamlinger med HSV1- og HSV2-negativ labial penselprøvematrise ble brukt i analytiske eksperimenter for å støtte oppbevarings- og transportstabiliteten for Q x UVT-prøver fra lesjoner. Ansamlinger med labial UVT-penselprøvematrise ble tilsatt HSV1-stamme VR-539 og HSV2-stamme VR-734 for å oppnå henholdsvis 255 og 1095 vp/ml. Disse nivåene er tre ganger grensene for påvisning (LOD). Ansamlingene ble tilsatt som 0,5 ml volumer i Q x -rør og lagret for å simulere lesjonspenselprøver og oppbevart under følgende betingelser: 2 8 C i 2, 4 og 7 dager; 30 C i 24 timer; og -20 C i 30, 60 og 120 dager. På hvert tidspunkt ble ansamlinger tatt ut av oppbevaring og testet med BD ProbeTec HSV Q x -analysene på BD Viper System i ekstraksjonsmodus. Tjuefire analysereplikater ble generert for hvert forhold (prøvetype/temperatur/varighet). De forventede resultatene ble oppnådd med HSV Q x -analysene under alle de testede forholdene. Prøvestabilitet etter forvarming Ansamlinger med HSV1- og HSV2-negativ labial penselprøvematrise ble brukt i analytiske eksperimenter for å støtte kravene for forvarmede uttrykte Q x og rør med penselprøver fra lesjoner. For begge matrisetypene ble ansamlede prøver tilsatt HSV1-stamme VR-539 ved henholdsvis 69 vp/ml og 255 vp/ml for Q x- og UVT, og HSV2-stamme VR-734 ved henholdsvis 252 vp/ml og 1905 vp/ml for Q x- og UVT. Disse nivåene er tre ganger grensene for påvisning (LOD). UVT-ansamlingene ble tilmålt som 0,5 ml volumer i Q x -rør. Prøverørene ble forvarmet ved 114 C i 15 minutter og nedkjølt i 15 min. Etter forvarmingen ble